高雄高等行政法院判決 九十年度訴字第一二八二號
原 告 滿和營造股份有限公司代 表 人 甲○○○董事長訴訟代理人 乙○○被 告 財政部臺灣省南區國稅局代 表 人 許虞哲局長訴訟代理人 丙○○右當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國九十年三月六日台財訴第0000000000號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如左：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實
一、事實概要：緣原告八十六年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入新台幣（下同）七千一百零五萬一千二百四十八元、營業成本六千七百二十二萬六千零五十九元、全年所得額為五萬三千九百八十元，經被告核定原告營業收入九千三百八十二萬四千零八十五元、營業成本八千八百八十二萬九千九百零四元，全年所得額三百三十八萬三千三百六十五元，原告不服，主張其中澎四十二號道路路基路面拓寬工程及員貝漁港修建二期工程，應按全部完工法認列工程收入及成本云云，申經復查未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，乃提起本件訴訟。
二、兩造聲明：
（一）原告聲明求為判決：原處分及訴願決定均撤銷。
（二）被告聲明求為判決：駁回原告之訴。
三、兩造爭點：
甲、原告主張之理由：
（一）原處分援用之營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第廿四條之規定，顯無法律具體授權之依據，且逾越母法之規範範圍；按人民有依法納稅之義務，憲法第十九條定有明文。又依中央法規標準法第五條第二款之規定：「關於人民之權利義務之事項應以法律定之。」另參酌司法院釋字第四四三號及第四七九號解釋意旨，亦明白表示行政命令若欠缺法律授權之依據，或逾越母法規範之限度者，無效。原處分所援引之營利事業所得稅查核準則第廿四條第一項有關工程損益計算之認定係對人民課稅之計算方法，性質上為對人民之財產之限制，乃規範人民納稅義務之事項，應依法律規範之，行政機關依職權執行法律，雖得訂定命令對法律為必要之補充，惟其僅能就執行母法之細節性、技術性事項加以規定，不得逾越母法之限度，尤其若母法未規定之事項，行政命令亦不得越俎代庖，自行規定以限制人民之權利或課予義務。亦屢經司法院大法官會議解釋在案，而綜觀前查核準則所授權之法律，有關營利事業所得稅之計算，並未設有營利事業承包工程之工期在一年以上；有關工程損益之計算，應採完工比例法之規定，法律亦未明確授權得以命令為之。前開查核準則第廿四條第一項之規定，顯然欠缺法律授權之依據，且退步言之，縱前開準則確已經法律明確之授權，然核其規定之內容顯已非僅就細節性及技術性之事項加以規定，而係有關人民納稅義務事項所為之限制規定而逾越母法之範圍，顯違背憲法所保障之法律租稅主義精神，應屬無效。
（二）原告承包之澎湖縣政府四十二號線道路路基路面拓寬工程及員貝漁港修建二期工程，並不適用查核準則第廿四條第一項按完工比例法認列，參酌如下：
（１）原告八十六年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入七千一百零五萬一千二百四十八元、營業成本六千七百二十二萬六千零五十九元、全年所得額為五萬三千九百八十元，固經被告核定其八十六年之營業收入九千三百八十二萬四千零八十五元、營業成本八千八百八十二萬九千九百零四元，全年所得額三百三十八萬三千三百六十五元，此乃因被告將原告承包之澎四十二道路拓寬及員貝漁港修建二期工程以完工比例法計算損益之故，然查該二工程固分別於八十三年八月五日及八十四年十月廿一日開工，迄八十五年底均未完工，惟前開澎四十二號道路路基路面拓寬工程自開工後，原預定之完工期限為三六０個工作天，預計在八十五年底即可完工，然該工程直至八十七年二月五日始完工，於八十七年三月四日及同年月五日才完成驗收，而遲延完工之原因係因開工後，澎湖縣政府始於八十三年九月十六日辦理會勘，且因澎湖縣政府未先辦理土地徵收完畢，即先行發包造成當地民眾之抗爭，致原告施工受阻無法按原訂進度計劃施工，經原告向澎湖縣政府申報前述情形後，澎湖縣政府乃同意原告暫停施工，俟報台灣省政府公路局第三區工程處核備後，再通知原告復工，有附呈澎湖縣政府八十三年九月十二日八三澎府建程字第四六九０四號函及同年九月三十日八三澎府建程字四八五０八號函可稽，嗣於八十四年二月四日澎湖縣政府又以八四澎府字第０五三四四號函通知原告准予自八十四年一月廿六日起停工，迄至八十四年十二月廿六日原告又再以書面向澎湖縣政府申請因四十二號道路之土地徵收問題尚未辦妥，澎湖縣政府辦妥徵收作業後再行復工，而澎四十二號道路拓寬工程，因用地牴觸戶仍不同意施工，影響工程進行甚鉅，原告無法施工，只得向澎湖縣府申請解決，澎湖縣政府乃又於八十五年一月三十一日以八五澎府建程字第０三九三０號函指示澎湖縣七美鄉公所協調土地所有人同意先行施工，自八十三年八月五日開工後，原告即因前開於其承攬當時無法預測且不可歸責於原告之因素，致施工進度時做時輟而施工進度延宕下來。於八十五年十一月五日又因管線埋設問題，由台灣電力公司澎湖區營業處以（八五）澎區電發字第０一九三四號函原告及澎湖縣政府等單位召開澎四二號線管路埋設工程協調會，會議結論略為：「（一）地上物請主管機關於十日內進行拆除，（二）地上物拆除後，同意電力管線配合道路一併施工，唯不得影響道路工程進行．．．．．．」。原告因台電電桿問題及部分地上物尚未拆除，且可施工部分之工程已全部完成之情況下，原告乃以八十六年三月十七日澎滿字第００二０號函向澎湖縣政府申請准予辦理停工，俟前開問題解決後再申請復工，嗣於八十六年七月四日又以（八六）澎滿字第００三八號函向澎湖縣政府說明因牴觸戶拆除之廢棄物尚未清除，無法施工，申請於廢棄物清除完畢後再行復工，澎湖縣政府隨即於八十六年七月十一日以八六澎府建宅字第四一六七一號函復原告所請，原告乃於廢棄物清除後復工至八十七年二月五日完工。
（２）員貝漁港修建二期工程自八十四年十月二十一日開工後，契約約定預定完工日期為八十五年六月二十五日，然迄至八十七年六月十七日始完工，而自開工後，因員貝漁港位處澎湖離島，工程地點施工不便，故原告乃於八十四年十二月五日以書面向澎湖縣政府申請改於歧頭村碼頭灌製實心方块後再運往員貝漁港吊放，八十五年二月十六日原告又函請澎湖縣政府表示因施工期間適逢澎湖東北季風凜冽並發生數起海難死傷多人，致無法以船搬運砂石等建材及人員出入，且當地警局嚴格執行若有六級風時，即不准船隻載運建築材料，請求澎湖縣政府准予扣除因氣象報告六級風不能工作之日數，嗣於八十五年五月二十四日澎湖縣政府因台灣省政府漁業局請求變更設計，故又以八五澎府農港字第二七九八七號函要求原告辦理變更設計議定手續，議價結果為「本次變更設計追加減後，發包工作費為一千五百零五萬四千元，原告應補繳履約保證金三十五萬四千元，而因變更設計影響工期日數則展延六十三天」，有附呈澎湖縣政府八十五年六月十八日八五澎府農港字三三四三０號函可稽。變更設計後原告施工中又發現該員貝碼頭工程基礎下方地層為泥漿土質鬆軟，施工不易，若繼續施工恐碼頭無法承受壓力而導致傾斜倒塌，故於八十五年七月二日申請澎湖縣政府派員會勘，澎湖縣政府接獲原告申請後於八十五年八月二十七日以八五澎府農港字第四七四二六號函向原告表示因員貝漁港二期工程基礎開挖後地質鬆軟，故已於八十五年七月二日核准原告停工在案，惟為顧及十月份起即為澎湖季風季節，屆時恐無法施工，影響工程進度，故請求原告自八十五年九月二日起復工，至於碼頭工程部分應俟澎湖縣政府辦理地質鑽探及變更設計後方可施作，而所需工期則另計。八十五年十月十一日澎湖縣政府又以八五澎府農港字第五七五二０號函復原告略謂因預定興建堤址進行地質鑽探工作，請自八十五年十月五日起停工，俟地質鑽探報告檢討分析完成後，再另行通知復工等語。八十六年一月二十二日澎湖縣政府又以八六澎府農港字第０三七三一號函通知原告及相關單位召開工程變更設計說明協調會。八十六年一月二十七日召開協調會，協調結論為：「（一）地方漁民要求新建南突堤碼頭依原設計堤址（如附圖橙色部分）施工，以發揮颱風季節內泊地之避風效果，惟受限於經費，不依顧問公司所提變更方案採打樁方式，仍採重力式碼頭結構型式施工，並請顧問公司計算在最安全原則下增加碼頭基礎之拋石深度，以改善地質結構，所需經費由延建南碼頭工程（如附圖綠色部分）追減移用，並於原合約金額範圍內辦理變更設計。（二）延建南碼頭工程現已灌製完成之Ａ型空心方塊十八座，仍應列入工程計價後留置於現場供下期工程使用。（三）至南碼頭損壞部分，為維其使用功能，由本府籌措財源補助原狀修復。」八十六年三月二十五日澎湖縣政府乃以八六澎府農港字第一五九九二號函復原告因地質關係辦理第二次變更設計，變更設計期間乃處於停工狀態，自八十六年六月四日始復工。而因施工地點係在澎湖離島，原告因施工需要僱請拖吊船及平台船載運所需之砂石、機具材料等，故申請澎湖縣政府核准船隻得往返於歧頭漁港、員貝漁港等各離島間，澎湖縣政府亦同意原告僱請施吊船及平台船運送砂石及機具等，然對可否往返各離島之間，因事屬航政機關權責，故表示應由原告向船政機關申請，有八十六年七月三日八六澎府農漁字第三九九七九號函可稽。至八十六年八月八日原告已完成第一階段碼頭基礎改良工程，乃依據澎湖縣政府八十六年七月五日八六澎府農漁字第四０六八八號函之規定自該日起申報停工，並請求澎湖縣政府派員檢測，澎湖縣政府乃於八十六年八月十八日以八六澎府農港字第四九九七五號函復原告同意其所請自八十六年八月六日起停工，經觀測滿一個月，且基礎沈陷量穩定後再依通知辦理復工，八十六年九月二十四日原告因拖吊船及平格船無法進港施工，而請求停工，亦經澎湖縣政府於八十六年九月三十日以八六澎府農港字第六０一四六號函復同意在案，原告即於八十六年十月二十日向高雄縣港務局馬公辦事處申請核發航線許可，並於八十六年十月二十九日請求澎湖縣政府准許自八十六年十月四日起停工，澎湖縣政府亦表示同意，交通部亦於八十六年十一月十日同意原告航線之申請，詎事後原告因工程所需石頭須經歧頭碼頭運往員貝施工時，又遭當地居民抗議阻撓工程無法順利進行，原告只得於八十七年一月二十三日向澎湖縣政府申請停工，澎湖縣政府亦於八十七年二月十日以八七澎府農港字第０五八八八號函復原告同意其停工之申請，經澎湖縣政府召開協調會後歧頭村民始同意原告使用歧頭漁港，有附呈該府八十七年三月十七日八七澎府農港第一四二０七號函暨協調會紀錄可稽。澎湖縣政府又因當地漁民之建議而於八十七年四月十日函復原告應將原工程之南突堤碼頭工程堤線右移約三．五公尺。原告依約施工後於八十七年四月十四日時業已依施工程序完成方塊預壓工作，遂又請求澎湖縣政府准予申報停工，經澎湖縣政府同意停工辦理沈陷量檢測一個月後，並無沈陷現象，故於八十七年五月二十日函復原告應自八十七年五月二十二日復工，至同年六月十七日全部工程完工。
（三）前開員貝漁港二期工程自澎湖縣政府發包由原告承包後，即因前開諸多非可歸責於原告之原因如航行之禁止、地質之下陷、探勘，民眾之抗爭及前後二次變更設計等情形致施工進度屢遭延誤，而四十二號線道路工程亦因相關土地之徵收，澎湖縣政府未辦理徵收完畢即發包，致原告進度無法依約進行而於約定期限內如期完工。施工期間由於可歸責於澎湖縣政府之因素及其他非可歸責原告之因素所致之延誤工期，致原告所投入之金錢及時間、機具、材料、人工及通貨膨脹之問題均係原告承攬當時所無法事先預估。且前開兩項工程均位處澎湖離島，澎湖每年十月東北季風開始吹起，至離島之航運即時開時停，若依原訂契約之完工期限，原告本可預估其營業成本及收入，原告各期應收之工程價款本可先為估計及確定，惟因前開多非可歸責於原告之原因所致之停工或延誤工期，致原告根本無法正確估計其依施工進度各期所應收之工程價款，例如本於某時期應完成進度百分之幾，得領多少工程款，均因工期延遲致無法估計。尤有進者，因工程一再被延誤及展延之結果，再加上離島船舶停靠問題及民眾之抗爭等此諸多原因皆非原告當初向澎湖縣政府承包之時所能預先計入其成本之內，況土地徵收及航線停靠問題等事涉公權力之行使，尤非原告所能解決。承包後原告為履行前開兩項合約並解決前開問題所投入之人力及金錢已非可數計，而原告自始依原訂契約內容估計所雇用之工人，購買之材料、機具等又因前開諸多因素之困擾而造成投入成本之增加，而該成本係原告訂約時所不可預測，更遑論預測完工程度及完工日期。凡此種種情況均已符合營利事業所得稅查核準則第二十四條第一項但書第一款：「各期應收工程價款無法估計」及第二款「履行合約所須投入成本與期末完工程度均無法估計」之規定，而應依全部完工法計算其損益，始為合理。至於被告抗辯原告因編有上開工程之收入、成本及毛利分析表，其工程損益均可合理估計云云，顯有誤會，蓋前開所編之收入、成本及毛利分析表乃係原告依據前開工程合約書內所附之包商估價單所列之表所為之初步估計概況，於簽約後，先用以向國稅局申報之用，且開工後因諸多不可歸責於原告事由所致之因素影響，已使得原告各期應收之工程價款及因履行合約所投入之成本與期末完工程度均因之而無法推算。原決定未見及此，徒以原告對前開二項所編之收入、成本及毛利分析表即逕行推論應按完工比例法之方式調整訟爭二工程之損益，顯然於法不合。
乙、被告主張之理由：
（一）按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為所得稅法第二十四條第一項所明定。又「營利事業承包工程之工期在一年以上者，有關工程損益之計算，應採完工比例法。但有左列情形之一，致工程損益確無法估計者，得採全部完工法，於完工年度再行計算損益：一、各期應收工程價款無法估計。二、履行合約所須投入成本與期末完工程度均無法估計。三、歸屬於合約之成本無法辨認。」為營利事業所得稅查核準則（以下簡稱查核準則）第二十四條第一項所規定。
（二）又按「完工比例法」係指長期工程，工期在一年以上，其工程損益在承包時均可合理估計，是工程利益可隨工程施工進度而逐漸實現，為確保公司股東權益，各年度均可按工程完工比例，合理認列該長期工程已施工部分損益，商業會計法第五十九條及財務會計準則公報第一號一般公認會計原則第四十三條有明確規範，合先敘明。
（三）原告復查主張其不符完工比例法認定之要件，應採全部完工法認列工程收入及成本云云，被告復查以系爭工程均屬政府機關所發包，按原告所提示工程合約書記載，各期應收工程價款、履行合約所須投入成本與期末完工程度及歸屬於合約之成本均可合理估計，依原告所編制系爭工程收入、成本及毛利分析表，按本年度完工比例攤計工程收入四千六百五十八萬六千七百一十一元及工程成本四千五百二十二萬三千八百二十二元，並無不合，予以維持。
（四）原告除執前詞，又主張被告援用查核準則第二十四條之規定，顯無法律具體授權之依據，且逾越母法之規範範圍及其承包之澎湖縣政府四十二號道路路基路面拓寬工程與員貝漁港修建二期工程，並不適用查核準則第二十四條第一項按完工比例法認列云云，查按查核準則第一條規定：「本準則係依稅捐稽徵法、所得稅法、營業稅法、促進產業升級條例、中小企業發展條例、商業會計法、稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法、商業會計處理準則及其他有關法令之規定訂之。」準此，查核準則係財政部本諸職權依有關法律所訂定，作為所屬各級稽徵機關查核各項稅捐之標準，有補充法律之效，與所得稅法並無牴觸，與中央法規標準法第七條前段「各機關依其法定職權或基於法律授權訂定發布之命令」規定相符；又憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，係指人民僅依法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅之義務。至於課稅原因事實之有無及有關證據之證明力如何，乃屬事實認定問題，不屬於租稅法律主義之範圍。而財政部發布之營利事業所得稅查核準則，係規定有關營利事業所得稅結算申報之調查、審核等事項（司法院釋字第二一七號解釋及第四三八號解釋參照）。而查核準則第二十四條之內容，則係針對為查核長期未完工程時，認納稅義務人所列之工程收入與工程成本，有依其完工比例逐年認定其損益之必要，為求課稅行政措施之規定，並無逾越母法之規定範圍。
（五）第查系爭未完工程，其工期均在一年以上，且工程收入、成本及毛利分析表係依據工程合約書內之估價單編制而成，均為原告所不爭，是系爭未完工程損益均可合理估計；又按原告起訴狀稱系爭未完工程在承建過程中，因不可歸責於原告之因素，致本年度施工不順工期拖延冗長云云，查依原告所提示工程收入、成本及毛利分析表，系爭未完工程本年度完工比例均在百分之四十左右，而被告亦係依原告所申報完工比例調整其工程收入及工程成本，若如原告所稱本年度幾乎未施工，則本年度完工比例幾近於零，然原告所提出之工程收入、成本及毛利分析表，系爭未完工程在本年度完工比例卻達百分之四十，是原告所訴稱核不足採。綜上，本件被告依首揭法條規定，針對系爭未完工程採完工比例法調整其損益課徵營利事業所得稅，並無不合，應予維持。
理 由
一、按「營利事業承包工程之工期在一年以上，有關工程損益之計算，應採完工比例法。但有左列情形之一，致工程損益確無法估計者，得採全部完工法，於完工年度再行計算損益：一、各期應收工程價款無法估計。二、履行合約所須投入成本與期末完工程度均無法估計。三、歸屬於合約之成本無法辨認。」為營利事業所得稅查核準則第二十四條第一項所明定。而查核準則係依稅捐稽徵法、所得稅法、營業稅法、促進產業升級條例、中小企業發展條例、商業會計法、稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法、商業會計處理準則及其他有關法令之規定訂之，此觀該查核準則第一條之規定自明。而憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，係指人民僅依法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅之義務。至於課稅原因事實之有無及有關證據之證明力如何，乃屬事實認定問題，不屬於租稅法律主義之範圍。財政部發布之營利事業所得稅查核準則，係規定有關營利事業所得稅結算申報之調查、審核等事項（司法院釋字第二一七號解釋及第四三八號解釋參照）。其中查核準則第二十四條第一項關於完工比例法之規定，即是本於營利事業所得稅採權責發生制之精神而來，並就性質尚無法適用完工比例法者為例外之規定，此純屬關於營利事業所得稅結算申報審核之事項，核與租稅法律主義及法律保留原則無涉，且此規定與所得稅法中關於營利事業所得稅結算申報採權責發生制之意旨相符，爰予援用；則原告主張其有違法律保留原則，應屬無效云云，尚無可採。
二、原告提起本件訴訟，無非以其所承包工程澎湖縣政府四十二號線道路路基路面拓寬工程及員貝漁港修建二期工程，有查核準則第二十四條第一項第一款及第二款之情形，應依全部完工法計算損益云云。經查：
（一）原告主張其所承包澎湖縣政府四十二號線道路路基路面拓寬工程及員貝漁港修建二期工程，應依查核準則第二十四條第一項第一款及第二款規定，按全部完工法計算損益，主要係以該等工程因可歸責於澎湖縣政府之因素及其他不可歸責原告之因素導致工期延誤，致原告所須投入之金錢及時間、機具、材料、人工及通貨膨脹之問題均係原告承攬當時所無法預估。且前開兩項工程均位處澎湖離島，澎湖每年十月東北季風開始吹起，至離島之航運即時開時停，若依原訂契約之完工期限，原告本可預估其營業成本及收入，進而原告各期應收之工程價款亦可先為估計及確定，惟因前開多非可歸責於原告之原因所致之停工或延誤工期，致原告根本無法正確估計其施工進度及各期所應收之工程價款等語為論據。
（二）按依查核準則第二十四條第一項規定，營利事業承包工程之工期在一年以上，有關工程損益之計算，除有該項但書各款所列情形之一，致工程損益確無法估計者，得採全部完工法外，原則上均應採完工比例法。本件四十二號線道路路基路面拓寬工程及員貝漁港修建工程係分別於八十三年八月五日及八十四年十月二十一日開工，迄八十五年底均未完工，且均至八十七年始完工一節，已經兩造分別陳明在卷，故此二工程其工期均在一年以上甚明，則依前述查核準則第二十四條第一項規定，除有該項但書各款所列情形之一，致工程損益確無法估計者，得採全部完工法外，原則上應採完工比例法。而本件系爭之四十二號線道路路基路面拓寬工程及員貝漁港修建工程，依據契約約定，其付款均是依工程進度按期給付之，有該契約二份附卷可稽，至原告所舉因不可歸責於原告之事由所致之工期延長或停工，縱認屬實，然此工期之延長與該工程損益之情形觀之，其所關係者應僅是工程成本之增加，亦即工期之延長並不會造成各期應收工程價款無法估計之情形；另系爭二工程其應完成如何程度之工程，於工程契約中均有明確約定，有該契約可憑，並不會造成履行契約所須投入成本與期末完工程度均無法估計之情形；且所謂估計，係屬合理估計並非確定之數字，至原告雖主張其所編之收入、成本及毛利分析表係原告依據工程合約書內所附之包商估價單所列之表所為之初步估計概況，於開工後因諸多不可歸責於原告事由所致之因素影響，已使得原告因履行合約所投入之成本因之而無法推算云云；然查，被告就系爭二工程係採工程成本比例法核算完工比例，而所謂工程成本比例法，依查核準則第二十四條第四項第一款規定，即按投入成本占估計總成本之比例計算，故本件縱如原告主張有前述不可歸責之原因致工期延長，亦僅是總成本（即履行合約所須投入成本）之估計與原有之估計有差異，並非履行契約所需之成本無法估計；而此於訂約後所發生成本增加之事由，應係於實際成本發生時，調整總成本之估計，並依比例調整工程損益；而原告因工程延期致增加工程成本，若原告提出帳證經被告查核屬實，被告亦同意按調整後之工程成本核算系爭工程本年度之損益等情，已據被告於本院審理中陳述甚明，然原告並未能提出帳證以供被告查核，亦據原告於本院審理中陳述綦詳，故原告所舉之工期延長等事由，實與查核準則第二十四條第一項第二款規定履行合約所須投入成本與期末完工程度均無法估計之要件不合；況此二工程均是自八十三或八十四年度開工至八十六年度尚未完工之工程，而原告於其八十四年度營利事業所得稅提起行政救濟案中，亦是以該工程應採全部完工法為爭執，並經最高行政法院八十九年度判字第二七六五號判決認其主張不可採，而駁回其訴在案，有該判決附卷可稽，是原告以上述事由主張系爭二項工程應適用全部完工法云云，即無可採。
（三）又依原告所製作之原告公司八十六年度營建工程收入、成本及毛利分析表之記載，系爭澎湖縣政府四十二號線道路路基路面拓寬工程，八十五年度之累計工程成本為一千五百四十八萬二千二百七十七元，八十六年度則為三千二百五十三萬七千六百八十七元，則就此工程八十六度發生之工程成本達一千七百多萬元，而其完工比例亦達百分之四十二；另員貝漁港修建二期工程部分，八十五年度累計工程成本為七百二十一萬六千零七十元，八十六年度則為一千二百六十八萬六千一百三十五元，則此工程八十六度發生之工程成本為五百四十餘萬元，而其工程完工比例則約百分之三十九等情，有該營建工程收入、成本及毛利分析表影本附卷可稽；系爭工程於八十六年既發生上述之工程成本，並有約百分之四十之完工比例，而若如原告主張其於八十六年度幾乎未施工，其完工比例即應幾近於零，豈會有達百分之四十之完工比例，而被告亦係依原告所申報完工比例調整其工程收入及工程成本，已如前述，故原告以其八十六年度幾乎未施工，主張不應適用完工比例法云云，自無可採。
三、又按以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課，為所得稅法第三十九條所明定。而其立法理由則為「以往年度虧損原則上不得列入本年度計算，但以年度為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重。外國立法例有將以往年度虧損後轉或前轉等方法，惟前轉使以往年度稅負不確定，且退稅手續繁瑣，殊非所宜，故本法採後轉辦法，並為建立藍色申報制度，對帳冊齊全，申報正確者，予以優待」。足見限於使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，始得將以往年度虧損以後轉方式在以後年度扣除，此係法律之規定，且此規定係立法者本於立法政策所考量之結果，並非行政機關之裁量所致，故縱依此規定適用結果，造成以往年度得否扣除之不同情形，亦係適用法律之當然結果，併予敘明。
四、綜上所述，原告所承包澎湖縣政府四十二號線道路路基路面拓寬工程及員貝漁港修建二期工程其工期均在一年以上，而原告主張該二工程應採全部完工法計算損益之主張又不可採，且又未能提出帳證以供查核其原所提出之收入、成本及毛利分析表上所載之成本已有變動，致影響被告按工程成本比例法核算原告本年度之損益，故而被告按原告原所提出之收入、成本及毛利分析表之記載，依完工比例法，按工程成本比例法核算完工比例，核定原告八十六年度之營業收入為九千三百八十二萬四千零八十五元，營業成本為八千八百八十二萬九千九百零四元，全年所得額為三百三十八萬三千三百六十五元，於法並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合；原告提起本件訴訟，求為撤銷，為無理由，應予駁回。
五、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第一百九十五條第一項後段、第九十八條第三項前段，判決如主文。
中 華 民 國 九十 年 八 月 二十二 日
高雄高等行政法院第一庭
審判長法官 陳光秀法 官 呂佳徵法 官 楊惠欽右為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後二十日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後二十日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後二十日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
提起上訴應預繳送達用雙掛號郵票七份（每份三十四元）。
中 華 民 國 九十 年 八 月 二十二 日
法院書記官 藍亮仁