高雄高等行政法院判決
九十四年度訴字第四三五號原 告 偉訓科技股份有限公司代 表 人 甲○○訴訟代理人 蘇二郎 律師被 告 財政部台灣省南區國稅局代 表 人 乙○○ 局長訴訟代理人 丙○○上列當事人間因所得稅法事件，原告不服財政部中華民國九十四年四月十三日台財訴字第０九四０００００三五０號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實
壹、事實概要：緣原告申報九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料，原列報分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額新台幣（下同）一０、六八０、二八０元，期末餘額一０、二四九、三六六元，經被告依綜合所得稅各類所得網路申報回執聯，查獲原告實際已分配可扣抵稅額為一一、九二五、０五四元，核定應分配之可扣抵稅額為一０、六八０、二八０元，核定原告超額分配可扣抵稅額為
一、二四四、七七四元，因原告已於九十一年五月三十一日自動補繳超額分配可扣抵稅額一、二四四、七七四元，被告認定原告超額分配可扣抵稅額應補繳稅額為０元。被告乃以九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書，核定超額分配可扣抵稅額為一、二四四、七七四元、期末餘額應為九、００四、五九二元。原告不服，申請復查未獲變更，提起訴願，經遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
貳、兩造之聲明：
甲、原告聲明求為判決：
（一）訴願決定、復查決定及原處分均撤銷。
（二）訴訟費用由被告負擔。
乙、被告聲明求為判決：
（一）原告之訴駁回。
（二）訴訟費用由原告負擔。
叁、兩造主張之理由：
甲、原告起訴意旨略謂：
一、按財政部九十年四月二日台財稅第0000000000號函釋「營利事業已自動補繳超額分配之可扣抵稅額者，無須再更正其獲配股利或盈餘日之股東可扣抵稅額帳戶餘額。但該項自動補繳之稅額，係就已多分配予股東申報扣抵之稅額予以彌補，不得再計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，以免發生重複分配之情形。」該函釋係避免稅額重複分配之情形。本件原告已就超額分配之稅額另行補繳予國庫，是以原股東可扣抵帳戶應有之餘額仍屬股東可享之抵稅權利，並未有重複分配稅額之情事。次按兩稅合一之基本精神，為公司所繳納之稅負可用以抵減股東個人之綜合所得稅，始不致對同一所得課徵二次稅負，原告於申報股東可扣抵稅額變動明細前，即自動補繳上述超額分配之股東可扣抵稅額，並改按正確之稅額扣抵比率所計算股東可扣抵稅額分配數申報，此與稅務機關審查發現，責令補繳而須處罰之情事不一。且原告所補繳超額分配之股東可扣抵稅額，固不計入股東可扣抵稅額帳戶，惟原告實際已就超額分配之稅額一、二四四、七七四元自動補繳，且未將已補繳之稅額一、二四四、七七四元再行計入股東可扣抵稅額帳戶，是被告亦不應再將原告所補繳溢分配之股東可扣抵稅額，自股東可扣抵稅額帳戶重複減除，此舉不但損及股東權益，並造成原告九十一年度及九十二年度分配盈餘總額所含之可扣抵稅額均有超額分配之情形，而仍須再計算並補繳前述二年度之超額分配可扣抵稅額金額。縱原告九十年度可分配股利總額，含之可扣抵稅額有超額分配情形，原告亦已於九十一年五月三十一日申報該（九十）年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細時已補繳，並未因而造成原告之股東有短納稅額而使國庫產生稅收損失，原告亦無短漏報稅額之情形。倘被告原核定原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶餘額經核定為九、００四、五九二元，因九十年度營利事業所得稅及股東可扣抵稅額帳戶於九十三年四月三十日始經核定，而當時原告早已分配屬九十一年度及九十二年度之盈餘，致原告須因而再補繳九十一年度及九十二年度之超額分配股東可扣抵稅額各分別為七六七、四三一元及五三
一、一八六元，且依上開函釋亦均不得再計入原告之股東可扣抵稅額帳戶，作為原告之股東抵減權益，在國家之實質稅收並未減少之情況下，原告所補繳之稅款倘否准計入股東可扣抵稅額帳戶，實係為國家溢收稅款，顯有違兩稅合一制之精神，不符實質課稅及租稅公平之原則。
二、次按「法官依據法律獨立審判，憲法第八十條設有明文。各機關依其職掌就有關法規為釋示之行政命令，法官於審判案件時，並不受其拘束。」司法院大法官會議釋字第四０七號解釋理由書著有明文。是被告所主張財政部九十年四月二日台財稅字第０九００四五一一四七號函釋，係屬財政部依其職掌就有關法規為釋示之行政命令，並無拘束貴院審判之效力。
三、又按「營利事業繳納屬八十七年度或以後年度之營利事業所得稅，除本法另有規定外，得於盈餘分配時，由其股東、社員、合夥人或資本主將獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵。」所得稅法第三條之一即明定八十七年一月一日起實施「兩稅合一」制度之稅額計算方法。蓋「兩稅合一（即現行之所得稅新制）是消除營利所得重複課稅的稅制，認為公司為法律的虛擬體，不具獨立納稅能力，僅是作為把盈餘傳送給股東的導管，所以公司階段的所得與股東階段的股利，應僅課徵一次所得稅，此即為通稱的兩稅合一制。相對於兩稅合一的稅制稱為獨立課稅制（即過往之所得稅舊制），將公司與股東視為獨立的個體，公司的所得在公司階段課徵一次所得稅後，其盈餘分配予股東時，股東須再繳納一次所得稅，因此，投資所得在公司階段與股東階段一共繳納兩次所得稅，造成重複課稅。」財政部八十七年七月八日台財稅字第八七一九五三一七一號函釋（「兩稅合一所得稅法疑義解答（增訂版）參照」。兩稅合一制度之採行，其目的乃為「消弭重複課稅之情形」，故採「最終稅負制」，依股東個人所得課稅級距定其稅負，併予敘明。
四、依租稅法律主義，被告於認定原告九十年度股東可扣抵稅額期末餘額時，即不得違反所得稅法第三條之一「兩稅合一」制度之精神為核定：
（一）本件原告計算九十年度股東可扣抵稅額比例時誤算為一一、九二五、０五四元，期末餘額亦誤計為九、００四、五九二元。嗣經原告自行核算發現正確之股東可扣抵稅額應更正為一０、六八０、二八０元，期末餘額正確應更正為一０、二四九、三六六元，亦即實際超額分配可扣抵稅額
一、二四四、七七四元。准此，原告乃依核算之正確結果為股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料申報，列報分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額為一０、六八０、二八０，期末餘額一０、二四九、三六六元，並於九十一年五月三十一日自動向被告補繳該超額分配可扣抵稅額一、二
四四、七七四元。嗣經被告核定原告所申報可扣抵稅額金額無誤，且該超額分配可扣抵稅額一、二四四、七七四元業經自動補繳完訖，被告乃認原告於補納該超額分配可扣抵稅額後，其已無超額分配可扣抵稅額存在。
（二）又原告股東可扣抵稅額帳戶之正確餘額本應因原告之補繳行為，隨之更正回復為正確之金額即一０、二四九、三六六元，此乃當然之理。然被告逕以原告雖已自動補繳超額分配之可扣抵稅額，但依上揭財政部九十年四月二日台財稅字第第０九００四五一一四七號函釋，無須再更正其獲配股利或盈餘日之股東可扣抵帳戶餘額，乃認定原告股東可扣抵稅額帳戶餘額應為九、００四、五九二元，而非正確之餘額一０、二四九、三六六元。
（三）按上開所得稅法第三條之一所揭櫫「兩稅合一」制度之精神，營利事業繳納屬八十七年度或以後年度之營利事業所得稅，本即得於盈餘分配時，由其股東將獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵。雖原告有誤算股東可扣抵稅額致有超額分配之情事發生在先，然原告於被告查獲前已就此一計算錯誤自動補繳更正，並於申報時依正確金額申報無誤，亦經被告機關核定超額分配可扣抵稅額為０元。准此，被告即應將原告所補納超額分配可扣抵稅額之稅款一、二四四、七七四元復歸入股東可扣抵稅額帳戶，依原告列報並經核定無誤之正確金額認定原告股東之可扣抵稅額帳戶餘額為一
０、二四九、三六六元，以免重複課稅之弊，俾維所得稅法第三條之一所定兩稅合一制度之基本精神。
（四）且按「營利事業有左列各款情形之一者，應就其超額分配之可扣抵稅額，責令營利事業限期補繳，並按超額分配之金額，處一倍之罰鍰：三、違反第六十六條之六規定，分配股利淨額所適用之稅額扣抵比率，超過規定比率，致所分配之可扣抵稅額，超過依規定計算之金額者。」所得稅法第一百十四條之二第一項第三款定有明文。蓋所得稅法對於超額分配股東可扣抵稅額之情形，僅規定應令其補繳，並未規定補繳後股東可扣抵稅額帳戶之期末餘額不得更正回復正確數額，則被告所引據財政部九十年四月二日台財稅字第第０九００四五一一四七號函釋，所指營利事業補繳稅款後不得更正其股東可扣抵稅額帳戶餘額，違反前述「兩稅合一」之稅法原理，且係對於營利事業超額分配可扣抵稅額之處理增加法律所無之限制，與「法律保留原則」及「租稅法律主義」之精神有違。
五、再者，依被告所引用九十年四月二日台財稅第0000000000號函釋認營利事業補繳稅款後不得更正其股東可扣抵稅額帳戶餘額，恐違反「股東平等原則」之精神：
（一）基於「股東平等原則」，不論盈餘分派、剩餘財產之分派或股東表決權之行使，均不應受差別待遇。而本件原告為股票上市公司，該公司股票於證券市場公開交易數量繁多，股東之更迭交替亦屬頻繁，如依被告機關所認原告補繳稅款後不得更正其股東可扣抵稅額帳戶餘額，將導致於原告前次盈餘分配基準日後始取得股份之股東，其可扣抵稅額帳戶之稅額扣抵比率，較於原告前次盈餘分配基準日前即已取得相同股份之股東為少，此時依「兩稅合一」之課稅原則，將導致於原告前次盈餘分配基準日後始取得股份之股東，其所受實質之盈餘分配亦較於原告前次盈餘分配基準日前即已取得相同股份之股東為少，顯已違反「股東平等原則」之基本精神。
（二）原告既已就超額分配之可扣抵稅額補繳至國庫，則國庫稅收亦已無所損失。此際實質導致於原告前次盈餘分配基準日前取得股份之股東受有超額分配可扣抵稅額之利益，且使原告公司受有代此些股東補繳稅款之損失，則應由原告自行依法向該等股東請求返還其所得之利益，而非由被告恣意以侵奪於原告前次盈餘分配基準日後取得公司股份之股東之可扣抵稅額帳戶之稅額扣抵比率，無端造成於原告前次盈餘分配基準日後始取得公司股份之股東承受租稅上之不利益，侵蝕「股東平等原則」之基本精神。
六、「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除︰一、分配屬八十七年度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。」「營利事業分配屬八十七年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，按各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額計算其可扣抵之稅額，併同股利或盈餘分配。」分別為所得稅法第六十六條之四第一項第一款及所得稅法第六十六條之六第一項所明定。因此，營利事業股東可扣抵稅額帳戶因分配股利而依法應減除之可扣抵稅額所適用之稅額扣抵比率應為依所得稅法第六十六條之六第一項規定計算之比率，如營利事業減除股利分配所含可扣抵稅額所適用之稅額扣抵比率錯誤，致減除金額錯誤者，除法令另有規定外，營利事業應更正原減除金額，以符前揭所得稅法規定。
七、營利事業如有所得稅法第一百十四條之二第一項各款情事而超額分配可扣抵稅額者（即適用稅額扣抵比率錯誤而超額分配可扣抵稅額），營利事業如已補繳超額分配予股東或社員之可扣抵稅額，該營利事業股東可扣抵稅額帳戶原依所得稅法第六十六條之四第一項第一款減除股利分配所含可扣抵稅額，應依正確稅額扣抵比率計算之金額更正減除。
八、兩稅合一稅制，營利事業所繳納之營利事業所得稅係屬個人股東或社員之暫繳稅款性質，營利事業於分配股利時，依前述所得稅法第六十六條之六第一項規定計算稅額扣抵比率，並據以分配股東或社員可扣抵稅額。因此，營利事業若多計稅額扣抵比率，將超額分配可扣抵稅額予個人股東或社員不法扣抵其綜合所得稅，而造成國家稅收損失。營利事業如發生超額分配可扣抵稅額予股東或社員之情事，理應更正股利憑單，再由個人股東更正其個人綜合所得稅，並補繳其溢扣抵之稅款，惟如此一來，將增加稅務機關之稽徵作業成本。為防杜營利事業超額分配可扣抵稅額，造成國家稅收之損失，並增加稽徵作業成本，所得稅法第一百十四條之二第一項規定營利事業有超額分配可扣抵稅額予股東或社員者，應責令營利事業補繳，並裁處一倍之罰鍰。則依據所得稅法第一百十四條之二第一項規定，營利事業既已補繳超額分配予股東或社員之可扣抵稅額，形同營利事業已將股東或社員多扣抵之稅款繳還國庫，營利事業自無須再更正股利憑單予股東或社員更正補繳多扣抵之稅款，否則政府將重複徵稅。
九、此外，所得稅法第一百十四條之二第一項並未限制營利事業已補繳超額配可扣抵稅額者，其股東可扣抵稅額帳戶原依所得稅法第六十六條之四第一項第一款減除之股利分配所含可扣抵稅額，不得按正確稅額扣抵比率計算之金額更正減除。如真限制營利事業更正減除之可扣抵稅額，因營利事業已補繳超額分配可扣抵稅額，國庫並未短徵稅款，但營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額較正確餘額短少超額分配之金額，日後無法分配給股東，形同政府變相課徵稅捐，有違法課稅之虞。茲舉例說明：甲公司九十三度於分配九十二年度股利前股東可扣抵稅額帳戶餘額為一千萬元，因分配九十二年度股利而減除可扣抵稅額八百萬元，分配後股東可扣抵稅額帳戶餘額為二百萬元。嗣後於九十四年度發現因為稅額扣抵比率計算錯誤而多分配可扣抵稅額一百萬元，分配九十二年度股利而減除可扣抵稅額應為七百萬元。甲公司考量下列三方案：Ａ、更正股利憑單，並更正股東可扣抵稅額帳戶減除分配九十二年度股利所含可扣抵稅額，而不自動補繳超額分配之可扣抵稅額。Ｂ、不更正股利憑單，但自動補繳超額分配之可扣抵稅額，並更正減少股東可扣抵稅額帳戶減除分配九十二年度股利所含可扣抵稅額。Ｃ、不更正股利憑單，但自動補繳超額分配之可扣抵稅額，惟不更正減少股東可扣抵稅額帳戶減除分配九十二年度股利所含可扣抵稅額。關於上揭三方案說明如下，Ａ、甲公司更正股利憑單予股東，由股東更正個人綜合所得稅並補繳溢扣抵之稅款，將增加甲公司、股東及稅務機關之作業成本，並可能引發股東之抱怨。甲公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額回復依法應之有正確餘額，對納稅義務人無額外之租稅負擔，應為合法之方案。Ｂ、不增加甲公司、股東及稅務機關之作業成本。甲公司之股東可扣抵稅額帳戶餘額回復依法應之有正確餘額，對納稅義務人無額外之租稅負擔，應為合法之方案。Ｃ、不增加甲公司、股東及稅務機關之作業成本。甲公司之股東可扣抵稅額帳戶未更正減少九十二年股利分配減除之可扣抵稅額金額，不符所得稅法第六十六條之四第一項第一款規定，致其餘額較依法應有之正確餘額減少，損害甲公司股東依法可享有之可扣抵稅額權益，應為不合法之方案等語。
乙、被告答辯意旨略謂：
一、按「凡依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自八十七年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，以供稽徵機關查核。」「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶額中減除：一、分配屬八十七年度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。」分別為所得稅法第六十六條之一第一項前段及第六十六條之四第一項第一款所明定。次按「營利事業已自動補繳超額分配之可扣抵稅額者，無須再更正其獲配股利或盈餘日之股東可扣抵稅額帳戶餘額。但該項自動補繳之稅額，係就已多分配予股東申報扣抵之稅額予以彌補，不得再計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，以免發生重複分配之情形。」為財政部九十年四月二日台財稅第0000000000號函釋在案。
二、原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料申報，列報分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額一０、六八０、一八０元，期末餘額一０、二四九、三六六元，原核依其綜合所得稅各類所得網路申報回執聯查得其實際已分配可扣抵稅額為一一、九二五、０五四元，惟經核定應分配之可扣抵稅額為一０、六八０、二八０元，乃核定超額分配可扣抵稅額一、二四四、七七四元，期末餘額應為九、００四、五九二元。
三、原告九十年度實際分配予股東之可扣抵稅額超過其應分配之可扣抵稅額，核有超額分配金額一、二四四、七七四元，為原告所不爭執。原告九十年度實際已分配可扣抵稅額為一一、九二五、０五四元，原核依其經核定應分配之可扣抵稅額一０、六八０、二八０元核定分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，並將實際分配數與應分配數之差額一、二四
四、七七四元核定為超額分配可扣抵稅額，自股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除，原核依首揭規定，核定期末餘額九、００四、五九二元，並無不合。至原告稱其縱有超額分配情形，已於九十一年五月三十一日補繳，並未造成股東有短納稅額而使國庫產生稅收損失之情形乙節。經查，該筆自動補繳之稅額，僅係就其已多分配予股東申報扣抵之稅額予以彌補，惟其實際已分配可扣抵稅額為一一、九二五、０五四元，自應於股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除，原告所訴為無理由，請予駁回等語。
理 由
一、按「凡依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自八十七年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，以供稽徵機關查核。新設立之營利事業，應自設立之日起設置並記載。」「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除：一、分配屬八十七年度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。」「營利事業分配屬八十七年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，按各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額計算其可扣抵之稅額，併同股利或盈餘分配。其計算公式如下：稅額扣抵比率＝股東可扣抵稅額帳戶餘額/累積未分配盈餘帳戶餘額，股東（或社員）可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額×稅額扣抵比率」及「營利事業有左列各款規定情形之一者，應就其超額分配之可扣抵稅額，責令營利事業限期補繳，並按超額分配之金額，處一倍之罰鍰：一、違反第六十六條之二第二項、第六十六條之三或第六十六條之四規定，虛增股東可扣抵稅額帳戶金額，或短計第六十六條之六規定之帳載累積未分配盈餘帳戶金額，致分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過其應分配之可扣抵稅額者。二、違反第六十六條之五第一項規定，分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過股利或盈餘之分配日其股東可扣抵稅額帳戶餘額者。三、違反第六十六條之六規定，分配股利淨額所適用之稅額扣抵比率，超過規定比率，致所分配之可扣抵稅額，超過依規定計算之金額者。」分別為所得稅法第六十六條之一第一項、第六十六條之四第一項第一款、第六十六條之六第一項及第一百十四條之二第一項所明定。次按「三、投資之營利事業如因故未依前開規定申請更正，且屬未經檢舉及未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查之案件，基於簡政便民之考量，准依下列方式辦理：．．．（二）差異數致投資之營利事業發生虛增獲配股利或盈餘日之股東可扣抵稅額帳戶餘額者：１、該投資之營利事業依所得稅法第六十六條之六規定計算，併同分配予其股東之可扣抵稅額，超過其應分配之可扣抵稅額，已發生超額分配情形。惟營利事業如已自動補繳該超額分配之股東可扣抵稅額並加計利息者，得適用稅捐稽徵法第四十八條之一規定免予處罰。２、營利事業已自動補繳超額分配之可扣抵稅額者，無須再更正其獲配股利或盈餘日之股東可扣抵稅額帳戶餘額。但該項自動補繳之稅額，係就已多分配予股東申報扣抵之稅額予以彌補，不得再計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，以免發生重複分配之情形。．．．」為財政部九十年四月二日台財稅第0000000000號函釋在案。前揭財政部函釋係上級機關為下級機關在執行職務時所為之解釋，性質上屬行政規則，其內容係闡明法規之原意，爰予援用。
二、本件原告申報九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料，原列報分配股利總額或盈餘額總額所含之可扣抵稅額一０、六八０、二八０元，期末餘額一０、二四九、三六六元，被告初查原告綜合所得稅各類所得網路申報回執聯時，查獲原告實際已分配可扣抵稅額為一一、九二五、０五四元，經被告核定分配股利總額或盈餘額總額所含之可扣抵稅額應為一
０、六八０、二八０元，原告實際上已分配予股東之可扣抵稅額為一一、九二五、０五四元，超過可扣抵稅額之金額一
０、六八０、二八０元，被告乃核定原告超額分配可扣抵稅額一、二四四、七七四元，因原告已於九十一年五月三十一日自動補繳超額分配可扣抵稅額一、二四四、七七四元，被告於九十三年四月十九日核定原告九十年度超額分配可扣抵稅額一、二四四、七七四元，期末餘額九、００四、五九二元等情，此有原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表、被告核定九十年度營利事業所得稅結算稅額自動補報繳款書、綜合所得稅各類所得網路申報回執聯等影本附於原處分卷可稽，且經兩造分別陳明在卷，洵堪信實。而原告提起本件訴訟，其起訴意旨略謂：原告於分配八十九年度盈餘時，因計算錯誤致溢分配股東可扣抵稅額一、二四四、七七四元，上開稅額原告已於九十一年五月三十一日補繳，並依分配股利總額所含之可扣抵稅額正確金額一０、六八０、二八０元申報，是原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額為一０、二四九、三六六元，惟原核雖按其所申報正確可分配之股利總額所含之可扣抵稅額一０、六八０、二八０元核定，被告卻再次減除上開溢分配之股東可扣抵稅額，致原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額核定為九、００四、五九二元，較其申報數短少一、二四四、七七四元。原告縱有超額分配情形，因原告已於九十一年五月三十一日補繳，並未造成股東有短納稅額而使國庫產生稅收損失之情形，其並無短漏報稅額。被告引據九十年四月二日台財稅第0000000000號函釋，營利事業補繳稅款後不得更正其股東可扣抵稅額帳戶餘額，違反「兩稅合一」之稅法原理及股東平等原則。又原告固有誤算股東可扣抵稅額，致有超額分配之情事，然原告於被告查獲前已就此一計算錯誤自動補繳更正，並於申報時依正確金額申報無誤，亦經被告核定超額分配可扣抵稅額為０元。被告應將原告所補納超額分配可扣抵稅額之稅款一、二四四、七七四元復歸入股東可扣抵稅額帳戶，依原告列報並經核定無誤之正確金額認定原告股東之可扣抵稅額帳戶餘額為一０、二四九、三六六元，以免重複課稅，以維持所得稅法第三條之一所定兩稅合一制度之基本精神云云，資為爭議。
三、經查，原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料申報，原列報分配股利總額或盈餘額總額所含之可扣抵稅額一０、六八０、二八０元，期末餘額一０、二四九、三六六元，被告查核原告綜合所得稅各類所得網路申報回執聯時，查獲原告實際已分配可扣抵稅額為一一、九二五、０五四元（超過依規定計算之金額一０、六八０、二八０元），且原告於九十一年五月三十一日自動補繳超額分配可扣抵稅額一、二
四四、七七四元，是本件原告九十年度已超額分配股東可扣抵稅額一、二四四、七七四元，應可認定。又按所得稅法第六十六條之四第一項第一款已明文規定「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除︰1、分配屬八十七年度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。」本件原告九十年度實際上已分配予股東之可扣抵稅額既為一一、九二五、０五四元，依前揭規定，自應全數於九十年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除。從而，被告核定原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，核定「分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額」為一０、六八０、二八０元，核定「超額分配可扣抵稅額」為一、二四
四、七七四元，合計一一、九二五、０五四元，應自股東可扣抵稅額帳戶餘額減除，並無不合。次按首揭財政部九十年四月二日台財稅第0000000000號函釋所稱「不得再計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，以免發生重複分配之情形。」係指超額分配股東可扣抵稅額，因股東已扣抵當年度綜合所得稅，故補徵稅額係就多分配予股東扣抵之稅額予以補徵，該項自動補繳之稅額自不得再計入原告所設置之股東可扣抵稅額帳戶餘額。本件原告九十年度實際上超額分配予股東可扣抵稅額一、二四四、七七四元，經原告自動補繳該超額分配予股東申報扣抵之稅額，然原告就該已分配予股東申報扣抵之稅額自無法於後年再次分配予股東扣抵，倘原告將該已分配予股東之可扣抵稅額再計入股東可扣抵稅額帳戶餘額，將發生九十年度之後年此部分可扣抵稅額再分配予股東，即有重複分配之情形，而與所得稅法第六十六條之四第一項第一款及前揭財政部九十年四月二日台財稅第0000000000號函釋意旨不符。再者，被告將原告超額分配股東可扣抵稅額一、二四四、七七四元計入減項，僅係還原原告實際分配金額，與前揭函釋意旨並無不符。是被告將原告九十年度超額分配予股東之可扣抵稅額一、二四四、七七四元，計入九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細表之減項，予以減除，即無違誤。從而，原告主張被告核定九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表時，已將「分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額」正確數額一０、六八０、二八０元，列為股東可扣抵稅額帳戶減除項目，被告不得再將核定超額分配稅額一、二四四、七七四元自股東可扣抵稅額帳戶減除云云，並不可採。
四、至原告主張其已補繳稅款，倘否准計入股東可扣抵稅額帳戶，實係國家溢收稅款，有違兩稅合一制之精神，不符實質課稅及租稅公平之原則云云。然本件原告超額度分配九十年度股東之可扣抵稅額一、二四四、七七四元，原告已於九十一年五月三十一日自動補繳該超額分配予股東之可扣抵稅額，該超額分配股東之可扣抵稅額既已實際分配予股東，自不得重行納入股東可扣抵稅額帳戶之內。準此，原告對於已實際分配予股東之可扣抵稅額並未予追回，則被告將該筆未追回之可扣抵稅額列入減除項目，並無不合。原告復執前詞，顯係誤解。
叁、綜上所述，原告之主張既無可採。本件被告核定原告九十年
度超額分配予股東之可扣抵稅額一、二四四、七七四元，列入原告九十年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報核定通知書之「核定超額分配可扣抵稅額」減除項目，予以扣除，並無違誤，復查暨訴願決定予以維持，亦無不合；原告提起本件訴訟，求為撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已明，至於兩造其餘主張，經核與判決結果不生影響，爰不一一論述，附此敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第一百九十五條第一項後段、第九十八條第三項前段，判決如主文。
中 華 民 國 九十五 年 七 月 七 日
第一庭審判長法 官 呂佳徵
法 官 林勇奮法 官 蘇秋津以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後二十日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後二十日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後二十日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
提起上訴應預繳送達用雙掛號郵票七份（每份三十四元）。
中 華 民 國 九十五 年 七 月 七 日
書記官 陳嬿如