高雄高等行政法院判決
97年度訴字第00493號原 告 瑞儀光電股份有限公司代 表 人 甲○○訴訟代理人 陳志愷 會計師
黃彥賓 會計師被 告 財政部高雄市國稅局代 表 人 乙○○ 局長訴訟代理人 丙○○
丁○○上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國97年4月10日台財訴字第09700077780號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：緣原告94年度營利事業所得稅結算申報，原列報全年所得額新台幣（下同）9億8,824萬5,504元，合於獎勵規定之免稅所得1億0,759萬4,004元，嗣因原告未將已核准適用投資抵減之新增「無塵室」自動化設備，換算本期服務成本1億8,465萬9,108元，納入免徵營利事業所得稅計算公式中機器設備比之分母內，經被告重新計算核定為全年所得額9億8,824萬5,504元，合於獎勵規定之免稅所得8,500萬1,115元，應補稅額816萬8,017元；並就免稅所得計算錯誤致短繳營利事業所得稅自繳稅款564萬8,222元部分，加計利息11萬3,812元。原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：
（一）按「機器、設備、廠房及工程等係依促進產業升級條例第8條第3項及其施行細則第15條規定，由各該業別中央目的事業主管機關會同財政部訂定，並報經行政院核定之適用範圍標準所規定投資計畫，投資購置之機器、設備、廠房或工程等內容為準。」行為時促進產業升級條例第8條之1免稅所得計算公式（下稱免稅所得計算公式）註釋3定有明文。而為使計算免稅所得機器設備比率之分子及分母之基礎一致而臻於公平合理，相關獎勵辦法所定投資計畫應投資購置之項目，若未包含廠房或工程者，則該廠房或工程之購置成本不應列入上開機器設備比率計算，此觀新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第13條第1項第5款規定：「依相關獎勵辦法規定，其符合新興重要策略性產業之要件不包括購置主體建築（物）者，於計算機器設備比率時，其帳載建築（物）之成本，免予計入。」之意旨自明。據此，由於「重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準」（下稱適用範圍標準）第2條中有關「重要科技事業」適用範圍之要件，並無購置廠房或工程之相關規定，則於計算免稅所得之機器設備比率時，自無須將該廠房或工程購置成本列入計算。
（二）依標的外觀與使用功能性質上屬固定資產建築物，其建物本身為使建物達於可使用狀態，則相關改良工程所需之成本費用，均應視為固定資產建築物之成本，而無劃歸直接或間接提供生產使用之機器設備之餘地。所謂「無塵室」，係指「一個為了對空間內空氣中的微粒做控制，所建造的特殊封閉性『建築』。」原告固定資產項下之無塵室，主要可分為「設備本體」及「各項工程施作」二大部分：有關「設備本體」包含防靜電儀器、靜電消除設備、黏度灰塵處理機等直接或間接提供生產使用之機器設備，帳列原告「機器設備」科目，可適用自動化設備投資抵減，而原告亦已將該設備列入重要科技事業完成證明及全新機器設備清單中，計入機器設備比之分子及分母中計算免稅所得，於法並無違誤。至「各項工程施作」部分，主要功能係促進環境清潔度，控制生產現場環境之落塵量，防止落塵掉落於生產機台上之導光板，造成LCD液晶電視發光時產生異物點之瑕疵，而附屬於一般建築物之相關改良工程，故其購置內容主要包括空調工程、配電工程、消防工程、貨梯及特殊建築裝修工程用料等設施，帳列原告「房屋及建築」科目，其功能當非屬直接或間接提供生產使用之機器設備之範疇，依前揭免稅所得計算公式規定，自無須將該購置成本列入機器設備比率計算，原告亦未將其列入重要科技事業完成證明及全新機器設備清單中；惟因上開工程施作部分係為使無塵室之「設備本體」得以正常運作之必要投入，故經濟部工業局（下稱工業局）核驗發證准予適用自動化機器設備投資抵減。被告明知系爭無塵室「各項工程施作」購置成本，並未列入原告符合重要科技事業投資計畫及目的事業主管機關核發完成證明之全新機器設備清單內，竟將之列入機器設備比率分母計算，實有誤用法令之情，造成計算免稅所得機器設備比率之分子及分母之基礎不一致，而扭曲免稅所得之計算，顯有未合。
（三）再按通常法律適用依序包括下列四個階段：１、調查證據、認定事實，即發生什麼事實，存在那些證據？２、解釋及確定法律構成要件的涵意，即法律構成要件具體的確認其規範的範圍。３、涵攝即案件的事實於法定構成要件是否該當？４、確定法律效果，如何處置？為三段式法學論說闡述之原理。適用範圍標準之訂立目的，旨在鼓勵及扶持對國家經濟發展具有重大貢獻之重要科技事業之創立或擴充，將關於符合要件之投資標的，自投資計畫完成之日起，連續5年免徵營利事業所得稅；而「網際網路業製造業及技術服務業購置設備或技術適用投資抵減辦法」（下稱投資抵減辦法）之訂立目的，則在促進產業升級之需要，以獎勵廠商投資於促進自動化、資源回收、防治污染、節約能源或提高能源使用效率之設備或技術之支出，提供投資抵減之租稅優惠。二者之獎勵目的、範圍、方式及適用要件既不相同，自不因投資標的已適用投資抵減，即需將該標的購置成本列入機器設備比率計算。被告於涵攝系爭無塵室成本應否列入計算免稅所得之機器設備比率計算之法律效果時，未就其事實依其應有之法律構成要件而為正確之解釋與適用，竟以「對同一『無塵室』標的，一方面主張係『自動化設備』享受投資抵減稅額，另一方面又主張屬固定資產，於計算免稅所得時，不列入免稅計算公式中機器設備比之分母內計算，實有違一般之邏輯法則並享受雙重之租稅減免」為由，僅憑原告已依投資抵減辦法適用投資抵減，即作須列入機器設備比率計算之論據，混淆個別法律構成要件之適用。
（四）又按「全部機器設備比計算公式：．．．（二）符合經核准並完成之投資計畫之產品（勞務）部分委託加工者：１、符合投資計畫之產品銷貨（勞務）收入淨額（註2）×〔經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額÷（經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額＋經核准並完成投資計畫全新設備清單以外之機器及設備總金額（註3、12）＋租（借）機器設備等出租（借）人之取得成本（註3））〕（註4）×〔1－（投資計畫之產品（勞務）委託加工成本÷投資計畫之產品（勞務）總製造成本）〕（註5）＝新增符合投資計畫之產品銷貨（勞務）收入淨額。」為免稅所得計算公式第2條第2項第2款第2目第1小目所規定。則有關重要科技事業屬製造業者機器設備比率之計算，並無需將購置廠房或工程成本列入分母計算，該等成本亦非屬同比率分子「投資計畫全新設備清單」之適用範圍，此為訴願決定理由所明知，惟訴願決定仍以原告在無塵室「各項工程施作」購置成本，未列入機器設備比率分子之計算，而列入分母予以計算，其理由與判斷相互矛盾。
（五）至關於利息部分，如果本稅不存在，利息也不存在，而所得稅法第100條之2規定，係針對費用超限，本件所爭執之免稅所得部分，不應在上揭規定之內等語。並聲明求為判決：訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）均撤銷。
三、被告則以：
（一）原告為促進產業升級條例第8條之1增資擴展之重要科技事業，業由工業局核准生產免稅產品「液晶顯示器用背光板模組」適用免徵營利事業所得稅，原告選擇自91年1月1日起連續免徵營利事業所得稅5年，並選擇免稅所得計算公式第1條第2項第2款第3小目所規定之「增加銷貨量觀念」計算免稅所得，此有工業局89年7月3日工證（89）二字第0892247000號、財政部91年3月20日台財稅字第0910452051號核准函、原告簽證會計師簽證報告第29頁附卷足稽。
被告初查以原告於計算免稅所得時，未將已依促進產業升級條例第6條第1項第1款規定，申請核准適用投資抵減之新增「無塵室」自動化設備，換算本期服務成本1億8,465萬9,108元（取得成本2億6,055萬5,597元），納入免稅所得計算公式中之分母「經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額＋向稅捐稽徵機關申請核備日或投資計畫完成日之前一年度起取得機器、設備、廠房及工程等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、廠房及工程等（土地除外）出租（借）人之取得成本」予以計算，經被告重新計算核定全年所得額為9億8,824萬5,504元，合於獎勵規定之免稅所得為8,500萬1,115元，應補稅額816萬8,017元；另就免稅所得計算錯誤，致短繳營利事業所得稅自繳稅款564萬8,222元部分，加計利息11萬3,812元，並無違誤。
至原告主張應依免稅所得計算公式第2條第2項第2款第1目所規定之「全部機器設備比計算公式」計算免稅所得，惟原告既已自行擇定「增加銷貨量觀念」計算免稅所得，自不得再另行主張採用「全部機器設備比計算公式」計算免稅所得，原告對相關規定，顯有誤解。
（二）系爭「無塵室」以外表觀之，固屬原告主張一個為了對空間內空氣中的微粒做控制，所建造的特殊封閉性「建築」，惟原告生產系爭免稅產品，須於具有控制生產條件功能100級/10,000級之無塵室環境中（即需使用該特殊封閉性之空間及其附屬專門之設備及工程規劃，為生產產品或提供勞務過程中所需之設備，在生產過程中亦有其不可取代性及影響產品不良率之關鍵性）才能作業，就其功能言，與投資抵減辦法第2條「自動化設備」之定義並無不合；又原告於重要科技完成證明及全新機器設備清單中，列有靜電灰塵處理機等屬「無塵室」之設備，且於增資擴展期間內，將系爭「無塵室」之空調工程、配電工程、消防工程、貨梯等相關工程成本，申請適用「投資抵減辦法」之「自動化設備」，並經核准及享受投資抵減稅額在案，此有經濟部加工出口區管理處高雄分處完成證明購置全新機器設備清單、相關無塵室之產品項目及工程流程與標準、適用投資抵減證明書及被告核准函等附卷可稽，則於計算免稅所得時，認定屬自動化設備，併入免稅計算公式之分母內計算，並無不合。
（三）又「無塵室」雖可分為「設備本體」及「各項工程施作」二大部分，「設備本體」既經原告帳列「機器設備」，而誠如原告所稱「各項工程施作」，係為使「無塵室」之「設備本體」得以正常運作之必要投入之費用，且依會計原理之購置成本定義，該兩部分本來就視為一個整體設備。又原告對同一無塵室之「各項工程施作」標的，一方面主張係「自動化設備」享受投資抵減稅額，另一方面又主張屬固定資產，於計算免稅所得時，不列入免稅計算公式中機器設備比之分母內計算，實有違一般之邏輯法則，並享受雙重之租稅減免，是原告主張無須將「無塵室」之購置廠房或工程成本列入免稅所得計算，委不足採。
（四）按免稅所得計算要點中之「全部機器設備技術比」公式之分母「機器、設備、新建主體建築（物）總金額及取得成本等之總和」，係依相關（含農業、電影工業數位化後製作、廣播電視事業數位化製作及播送暨產業升級、製造業及技術服務業等）獎勵辦法，將多種業別之計算公式予以彙總規範，其中製造業及技術服務業僅以機器、設備總金額及取得成本為計算基礎，並無帳載建築（物）之成本項目，故特別於該要點第13條第1項第5款，予以排除計入，以免混淆。且適用範圍標準亦於88年12月31日廢止（被告誤為89年3月24日），故原告有關之「投資抵減稅」及「免徵營利事業所得稅」等租稅優惠，自應依促進產業升級條例第2條規定辦理，且被告對系爭「自動化設備」之認定，除依行政院訂定之「投資抵減辦法」「網際網路業製造業及技術服務業購設置備或技術適用投資抵減辦法申請須知（下稱投資抵減辦法申請須知）等規定，作為審理依據外，並未再訂定其他標準，而「免稅所得」之計算，依財政部91年5月20日台財稅字第0910451619號令及92年6月6日台財稅字第0920453588號函等規定，予以計算，是原告有關「適用範圍標準」及「投資抵減辦法」，兩者獎勵目的、範圍、方式及適用要件不同，不能混淆適用與免稅所得計算要點及適用範圍標準第2條，並無購置廠房或工程之相關規定，自無須將購置廠房或工程成本列入免稅所得計算之主張，自無可採等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、上開事實概要欄所載之事實，已經兩造分別陳述在卷，並有原告94年營利事業所得稅結算申報核定通知書、核定稅額繳款書附於原處分卷可稽，洵堪信實。原告提起本件訴訟，無非係以：（一）依標的外觀與使用功能性質上屬固定資產建築物，其建物本身為使建物達於可使用狀態，則相關改良工程所需之成本費用，均應視為固定資產建築物之成本，關於無塵室各項工程施作部分，主要功能在促進環境清潔度，控制生產現場環境之落塵量，防止落塵掉落於生產機台上之導光板，造成LCD液晶電視發光時產生異物點之瑕疵，而附屬於一般建築物之相關改良工程，帳列原告「房屋及建築」科目，其功能當非屬直接或間接提供生產使用之機器設備之範疇，依上揭免稅所得計算要點，無須將該購置成本列入機器設備比率計算；適用範圍標準第2條有關「重要科技事業」適用範圍要件之規定，並無購置廠房或工程之相關規定，則於計算免稅所得之機器設備比率時，自無須將該廠房或工程購置成本列入計算，此觀免稅所得計算要點第13條第5款之規定自明，原告亦未將其列入重要科技事業完成證明及全新機器設備清單中，且適用範圍標準與投資抵減辦法二者之獎勵目的、範圍、方式及適用要件既不相同，自不因投資標的已適用投資抵減，即需將該標的購置成本列入機器設備比率。（二）又依所得稅法第100條之2規定，係針對費用超限，本所爭執之免稅所得部分，不應在上揭規定之內，自不應加利息云云，資為爭議。
五、經查：
（一）按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之：１.投資於自動化設備或技術．．．。」「合於前條規定之重要科技事業及重要投資事業，於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅或前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理：．．．２、屬增資擴展之事業，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。第2項免徵營利事業所得稅，得由該事業在其產品開始銷售之日或勞務開始提供之日起，2年內自行選定延遲開始免稅之期間；其延遲期間最長不得超過4年，延遲後免稅期間之始日，應為一會計年度之首日。」「綜合所得稅納稅義務人結算申報所列報之免稅及扣除項目或金額，及營利事業所得稅納稅義務人結算申報所列報減除之各項成本、費用或損失，超過本法及附屬法規規定之限制，致短繳自繳稅款，經稽徵機關核定補繳者，應自結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅款之日止，就核定補徵之稅額，依第123條規定之存款利率，按日加計利息，一併徵收。但加計之利息，以一年為限。」為行為時促進產業升級條例第6條第1項第1款、第8條之1、所得稅法第100條之2第1項所明定。次按「本辦法所用名詞定義如下：．．．５、自動化設備：指具下列功能之一，在生產產品或提供勞務過程中所需之設備：．．．（4）自動裝配、加工或控制生產條件功能．．．
１６、購置成本：指取得設備或技術之價款及因取得並為適於營業上使用而支付之一切必要費用．．．。」「．．．四、審查原則：（一）本辦法第2條所稱『自動化設備』界定如下：．．．其他自動化設備．．．（三）水電、消防及工安設備：限新設工廠或舊廠址內新建廠房之消防及工安設備，方由本局受理發證，其申請程序：已事先經本局核備之整廠案件，其水電、消防及工安設備在其原定之完成時間內，可依原核備項目分批申請投資抵減。．．．（五）投資抵減項目及款額之認定事項：．．．４、安裝設備所需之必要費用應直接向稅捐稽徵單位申請認定。．．．」分別為行為時投資抵減辦法第2條第5款第4目、第16款、投資抵減辦法申請須知第4點第1項、第3項第1款、第5項第4款所規定。另按「本部91年5月20日台財稅字第0910451619號令發布修正『88年12月31日修正前促進產業升級條例第8條之1免徵營利事業所得稅計算公式』註一之一（二）及『原獎勵投資條例第6條免徵營利事業所得稅計算公式』註一（三）部分，應更正如附件．．．。」「生產事業因適用免稅計算公式不當或計算錯誤而短繳營利事業所得稅自繳稅款，或經稽徵機關更正核定應補繳稅款者，可適用所得稅法第100條之2規定加計利息一併徵收，免按同法第112條規定加徵滯納金。」復分別經財政部92年6月6日台財稅字第0920453588號函及74年12月23日台財稅第26629號函釋示在案。
（二）經查，系爭無塵室內設施雖可分為「設備本體」（即生產設備包括拋光機、IR爐、油墨印刷機、烤箱與成形機等）及「各項工程施作及其附屬設備」，而上揭各項工程施作及其附屬設備內容包括設備製作、空調工程、配電工程、消防工程、隔間工程等各項工程施作，及防靜電儀器、靜電消除設備、無塵室專用吸塵器、雷射粒子計數器與環境計測系統等附屬設備在內，有被告於97年9月4日實地勘查表及上揭「各項工程施作及其附屬設備」照片附本院卷及無塵室設備照片清單卷宗可稽。至所謂無塵室係將室內塵埃數量、溫濕度、氣流、風速、室壓、靜電、振動、照明及噪音等控制在所需求之數值內的空間，故無塵室雖為控制空間內空氣中之微粒，所建造特殊封閉性之「建築」，但原告生產系爭免稅產品，除需使用上揭「設備本體」外，尚需上揭「各項工程施作及其附屬設備」，以使無塵室內該特殊封閉性之空間具有控制生條件功能，如無此「各項工程施作及其附屬設備」，原告所生產之產品不良率將偏高，影響製成率甚大。例如無塵室材料及空調工程之浴塵室，原告工作人員須先穿著無塵衣，進入該浴塵室將塵埃除去，然後穿著浴塵衣之工作人員再至拋光機、油墨印刷機等「設備本體」前從事作業。故上揭「各項工程施作及其附屬設備」自屬生產系爭產品或提供勞務過程中所需之設備，在生產過程中具有不可取代性及影響產品不良率之關鍵性，而與上揭設備本體構成一個整體自動化設備。自屬投資抵減辦法第2條第5款第4目規定所謂具有控制生產條件功能，在生產產品或提供勞務過程中所需之自動化設備。次查，原告雖僅將上揭「各項工程施作之一些附屬設備」，如消除靜電處理機、黏度灰塵處理機等，列於重要科技完成證明及全新機器設備清單中，然又於增資擴展期間內，將系爭「無塵室」之設備製作、空調工程、配電工程、消防工程、貨梯等相關工程成本，申請為適用「投資抵減辦法」之「自動化設備」，並經核准及享受投資抵減稅額在案，此有經濟部加工出口區管理處高雄分處90年12月24日經加高處（90）壹字第0900007548號函、原告增資擴展購置全新機器設備清單、財政部91年1月30日台財稅字第0910450870號函及同年3月20日台財稅字第0910452051號函、原告設備投抵明細附原處分卷可稽。顯見原告對系爭無塵室之「各項工程施作之附屬設備，是否列於重要科技完成證明及全新機器設備清單中認定不一，且「各項工程施作及其中一些附屬設備」，一方面主張係「自動化設備」享受投資抵減稅額，另一方面又主張屬於固定資產建築物之一部，於計算免稅所得時，不列入上揭免稅所得計算公式中機器設備比之分母內計算，致享有雙重租稅減免，亦有違一般邏輯法則。再按會計原理中成本項目包括所有使資產達到可供使用狀態及地點為止之一切必要且合理的支出，如機器設備之成本項目，包括發票價格、運費、安裝、試車等，使機器設備達到可使用狀態及地點之一切必要且合理的支出。如果重型機器設備安裝時，需要強化地基，或者因為機器設備危險性高、價值昂貴而必須另加設安全設施，也都是屬於設備的成本（參閱鄭丁旺、汪泱若及黃金發合著，會計學原理上冊，94年7 月初版，頁268至270）。則系爭無塵室內「設備本體」原告既帳列為「機器設備」，則該「各項工程施作及其附屬設備」，依上所述之功能，係使無塵室內「設備本體」得以正常運作，原告因此所投入之費用，自屬上揭投資抵減辦法第2條第16款所定使「機器設備」適於營業上使用而支付之一切費用，自當歸屬設備或技術之投入成本。是原告主張：又依標的外觀與使用功能性質上屬固定資產建築物，其建物本身為使建物達於可使用狀態，則相關改良工程所需之成本費用，均應視為固定資產建築物之成本，關於無塵室各項工程施作部分，主要功能在促進環境清潔度，控制生產現場環境之落塵量，防止落塵掉落於生產機台上之導光板，造成LCD液晶電視發光時產生異物點之瑕疵，而附屬於一般建築物之相關改良工程，帳列原告「房屋及建築」科目，其功能當非屬直接或間接提供生產使用之機器設備之範疇，依免稅所得計算要點，無須將該購置成本列入機器設備比率計算云云，委無足取。
（三）又按「重要科技事業之適用範圍，其屬製造業者，應符合下列各要件：．．．３、投資計畫之全新機器、設備購置金額1億元以上。」「公司依第7點規定計算各機器設備比率時，按下列規定辦理：．．．依相關獎勵辦法規定，其符合新興重要策略性產業之要件不包括購置主體建築（物）者，於計算機器設備比率時，其帳載建築（物）之成本，免予計入。」固為適用範圍標準第2條第1項第3款及免稅所得計算要點第13條第5款所明定。另查，免稅所得計算要點中之「全部機器設備技術比」公式之分母「機器、設備、新建主體建築（物）總金額及取得成本等之總和」，係依相關（含農業、電影工業數位化後製作、廣播電視事業數位化製作及播送暨產業升級、製造業及技術服務業等）獎勵辦法，將多種業別之計算公式予以彙總規範，其中製造業及技術服務業僅以機器、設備總金額及取得成本為計算基礎，並無帳載建築（物）之成本項目，故特別於該要點第13條第5款，予以排除計入，以免混淆，惟被告係依「投資抵減辦法」、「投資抵減辦法申請須知」及相關會計原理，認定系爭「無塵式」為「自動化設備」，與上開要點規定，並無不符。再查，原告係申請適用促進產業升級條例之租稅優惠，依促進產業升級條例第2條之規定，「促進產業升級，依本條例之規定」，工業局既對計算免稅所得之系爭設備，並未另行訂定其他標準予以審理，且該適用範圍標準業於88年12月31日廢止（被告誤為89年3月24日），即應適用促進產業升級條例之規定，是被告依原告所擇定免稅所得計算公式，即採財政部91年5月20日台財稅字第0910451619號令(92年6月6日台財稅字第0920453588號函修正)附促進產業升級條例第8條之1免稅所得計算公式第2條第2項第2款之公式，非原告所稱免稅所得計算公式第2條第2項第1款中「全部機器設備比計算公式」，核定本件原告免稅所得為85,00萬1,115元，應補稅額816萬8,017元，即無不合。是原告另稱：適用範圍標準第2條有關「重要科技事業」適用範圍要件之規定，並無購置廠房或工程之相關規定，則於計算免稅所得之機器設備比率時，自無須將該廠房或工程購置成本列入計算，此觀免稅所得計算要點第13條第5款之規定自明，原告亦未將其列入重要科技事業完成證明及全新機器設備清單中，且適用範圍標準與投資抵減辦法之獎勵目的、範圍、方式及適用要件均不相同，自不因投資標的已適用投資抵減，即需將該標的購置成本列入機器設備比率乙節，亦非可採。
（四）復按營利事業所得稅之完稅方式，係以結算申報為原則，則營利事業所得稅之納稅義務人，須逕向稽徵機關申報上一年度內營利事業收入總額之項目數額，以及有關減免、扣除之事實（即依所得稅法及相關法令之規定，自行調整其帳載之收入、成本、費用及所得額），並應依全年應納稅額減除暫繳稅額及尚未抵繳之扣繳稅款，計算其應納之營利事業所得稅，自行填具繳款書向國庫繳納，然後隨同申報書申報（參照張進德所著租稅法與實例解說，95年6月，5版1刷，第222頁及第224頁）。是所得稅法第100條之2第1項雖僅規定，營利事業所得稅納稅義務人結算申報所列報減除之各項成本、費用或損失，超過本法及附屬法規規定之限制，致短繳自繳稅款，經稽徵機關核定補繳者，須要按日加計利息。惟該條立法目的顯係警示營利事業所得稅之納稅義務人，須依法申報所列報減除之各項成本、費用或損失，如未依法申報，致短繳自繳稅款，不但國庫稅收減少，有違稅捐公平原則，縱稽徵機關事後予以核定補繳，亦增加稽徵成本，故規定加計利息，以警示納稅義務人依法申報，以免短繳自繳稅款。經查，本件原告未將已核准適用投資抵減之新增「無塵室」自動化設備換算本期服務成本，納入免徵營利事業所得稅計算公式中機器設備比之分母內，核屬適用所得稅法之附屬法規所訂計算公式錯誤，而此公式既為計算該免稅所得而訂頒，本質上即為計算相關成本費用之限制規定，故原告因就免稅所得計算錯誤致短繳營利事業所得稅自繳稅款564萬8,222元部分，即與營利事業所得稅納稅義務人結算申報所列報減除之各項成本、費用或損失，超過本法及附屬法規規定之限制，致短繳自繳稅款之情形相同，財政部74年12月23日台財稅第26629號函釋生產事業因適用免稅計算公式不當或計算錯誤而短繳營利事業所得稅自繳稅款，或經稽徵機關更正核定應補繳稅款者，可適用所得稅法第100條之2規定加計利息一併徵收，核與上揭所得稅法第100條之2第1項規定意旨無違，並未逾該條之立法意旨，自可予以援用。是被告依上揭函釋意旨，就原告免稅所得計算錯誤，致短繳營利事業所得稅自繳稅款564萬8,222元部分，加計利息11萬3,812元。揆諸上揭所述，亦無違誤。是原告主張：
所得稅法第100條之2規定，係針對費用超限，本件所爭執之免稅所得部分，不應在上揭規定之內，亦不足為採。
六、綜上所述，原告所述各節，均無可採。被告將原告已核准適用投資抵減之新增「無塵室」自動化設備，換算本期服務成本1億8,465萬9,108元，納入免徵營利事業所得稅計算公式中機器設備比之分母內，重新計算核定原告全年所得額9億8,824萬5,504元，合於獎勵規定之免稅所得8,500萬1,115元，應補徵稅額816萬8,017元；另就免稅所得計算錯誤致短繳營利事業所得稅自繳稅款564萬8,222元部分，加計利息11萬3,812元，核均無違誤。訴願決定遞予維持，亦無不合。原告提起本件訴訟求為撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法，核與判決結果不生影響，爰不再逐一論述，併予敘明。
七、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 97 年 11 月 18 日
高雄高等行政法院第四庭
審判長法官 楊 惠 欽
法官 蘇 秋 津法官 林 勇 奮以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 97 年 11 月 18 日
書記官 黃 玉 幸