高雄高等行政法院判決
99年度訴字第219號民國99年7月13日辯論終結原 告 恆昌精密科技股份有限公司代 表 人 甲○○董事長訴訟代理人 丙○○○○○
邱超偉律師石繼志律師複代理人 王維毅律師被 告 財政部臺灣省南區國稅局代 表 人 乙○○局長訴訟代理人 丁○○
戊○○上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國99年2月11日台財訴字第09800593560號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項︰本件被告代表人原為邱政茂局長，嗣變更為乙○○局長，原告以新任代表人聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、事實概要︰緣原告民國95年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）16,755,698元，被告初核以其擇定以研究與發展支出為要件，因其研究與發展支出適用投資抵減金額經核定為0元，乃核定免稅所得0元。原告不服，申請復查，未獲變更；提起訴願，經遭決定駁回；遂提起本件行政訴訟。
三、本件原告主張︰
㈠、被告已違反「租稅法律主義」：
1、原告所申請適用之租稅獎勵為「新興重要策略性產業-以研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅」而非「公司研究與發展人才培訓支出投資抵減」；而「新興重要策略性產業-以研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅」租稅獎勵適用所需之申請程序，原告已按相關法令辦理，其包括⑴「促進產業升級條例」（下稱促產條例）第8條第1項及第3項、第9條第1項及第2項；⑵「促進產業升級條例施行細則」（下稱促產條例施行細則）第17條第2項、第19條；⑶「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（下稱獎勵辦法）第2條第3款、第4條第1項及第2項、第5條第1項第3款第1目及第2目，並已分別取得「經濟部工業局」「南部科學工業園區管理局」「財政部」證明及核准函，以其誠如財政部核准函中所示，除非原告投資計畫完成年度及其前後一年度之研究與發展支出金額經稅捐稽徵機關核定後，未達「新興重要策略性產業獎勵辦法」第2條第3款之標準，始有同辦法第12條之適用。故查，無論於「促產條例」、「促產條例施行細則」暨「新興重要策略性產業獎勵辦法」，甚或上述相關主管機關核准函令中，皆未規定或要求原告（即適用免稅所得之租稅獎勵申請者）需另行提出「研究與發展人才培訓支出〝投資抵減〞」之申請，方能符合免稅所得租稅獎勵之資格。被告僅以原告未於95年度營利事業所得稅結算申報書中填寫申報-「研究與發展及人才培訓之支出適用投資抵減」之租稅減免書表為由，認為原告未提出「投資抵減之申請」，故逕行認定原告當期研究與發展支出為0元，然「未申請」與「未發生」不為相同，且原告一再重申，其所申請之租稅獎勵為「新興重要策略性產業-以研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅」而非「公司研究與發展人才培訓支出投資抵減」，填寫「研究與發展及人才培訓之支出適用投資抵減」租稅減免書表為適用「研發投資抵減」之程序，且是研發投資抵減唯一之申請程序，若今原告申請適用租稅獎勵為「研發投資抵減」，其未進行唯一程序而無法適用，此為合理，然原告所申請適用之租稅獎勵為5年免稅，「研發投資抵減」租稅減免書表之填寫與5年免稅資格並無必要或前提關係。再則，被告以「新興重要策略性產業獎勵辦法」第4條第1項及「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」（下稱計算要點）第17條規定，稱研發投資抵減之申請程序為5年免稅適用必要程序之一，然查該等法令規定之內容為：「．．．所稱研究與發展支出，應以稅捐稽徵機關依『公司研究與發展及人才培訓之支出適用投資抵減辦法規定支出』核定之研究與發展支出金額為準。」原告認為上列無論「新興重要策略性產業獎勵辦法」第4條第1項或計算要點第17條規定之旨意，係在規範稅捐稽徵機關於審核以研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅者，對其研究與發展支出可認定範圍及其應提出之文件，應引用「公司研究與發展人才培訓支出適用投資抵減辦法」之「原則」及「精神」，藉以審核申請者投資計畫完成年度及其前後1年度之研究與發展支出金額，有無財政部核准函中所示，即原告投資計畫完成年度及其前後1年度之研究與發展支出金額，未達「新興重要策略性產業獎勵辦法」第2條第3款所訂標準之情事，非用以擴大解釋為「申請者需另行提出投資抵減之申請方能適用免稅所得之租稅獎勵」，且於「促產條例」第2條亦規定：「促進產業升級，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律規定較本條例更有利者，適用有利法律。」此乃「促產條例」之「從優」原則，而被告核定時除自行擴大解釋「新興重要策略性產業獎勵辦法」第4條第1項及「計算要點」第17條之規定，以不利產業之方向處理，又違反「促產條例」第2條規定精神。
2、另被告復查及財政部訴願決定書一再以原告未於租稅減免附冊書表-「新投資創立或增資擴展適用免徵營利事業所得稅免稅所得計算表填寫說明」-表六「新投資創立或增資擴展投資計畫完成年度之前1年度起之研究與發展支出資料」之「依抵減辦法研發支出申報數」等欄位填寫金額為由，認定研發費用為0元云云。惟原告認為該表格已敘明填寫金額屬「依抵減辦法研發支出申報數」，原告暨無提出「研究與發展人才培訓支出投資抵減」之申請，無抵減辦法之適用，故該欄未填寫任何金額，並無錯誤，原告並不因此而喪失免稅資格。遑論被告原核定、復查決定或財政部訴願之決定，皆是擴大解釋租稅法令之行為，僅以原告未填寫投資抵減之書表或金額為由，逕行剝奪原告原按法令所訂程序取得之租稅獎勵適用資格，實已違反「租稅法律主義」。
㈡、被告已違反「租稅公平原則」：租稅獎勵訂定之用意原在促進產業發展，健全經濟發展，惟避免因租稅獎勵過度擴張造成租稅不公平之現象，政府對租稅獎勵適用資格、期間皆有所限制，此於各租稅獎勵之法令明顯可查；若享有雙重獎勵優惠者，相關法令亦是要求產業擇一適用之規定，如：
1、按「促產條例」第8條及第9條規定：為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高．．．得依下列規定自當年度起5年內抵減營利事業所得稅額或綜所稅稅額：．．．公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者．．．其經股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東抵減之規定，擇定後不得變更。
2、次按「公司研究與發展人才培訓支出適用研發抵減投資抵減審查要點」第4點規定：「經適用研發支出投資抵減者，不得重複適用自動化設備投資抵減及投資資源貧瘠或發展遲緩鄉鎮地區之投資抵減。」此等法令之訂定無非為避免因雙重獎勵而破壞租稅之公平。然依被告核定、復查決定及財政部訴願之決定，認定凡以研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅之新興重要策略性產業，除可就新增所得享有免徵營利事業所得稅外，其原未享有減稅之非免稅所得則可再透過「研究與發展支出投資抵減」之申請（申請程序即所得稅結算申報時填寫投資抵減相關書表）即可再享另一減稅之益處，且該雙重減稅之益處，非由營利事業自行選擇單一享有或雙重享有，而是強迫給予雙重減稅益處；反之，若未另提出研究與發展支出投資抵減之申請者，則連原「新增所得享有免徵營利事業所得稅之獎勵」亦不可享有，直接否定前面依法進行之申請程序，剝奪原已適用資格，試問「租稅公平」之原則何在？此一雙重享受租稅獎勵之現象，實非公平之事，對不願享有雙重租稅獎勵之營利事業，稅務人員自行擴大解釋法令，對於遵守租稅公平原則之業者以此近似處罰之對待，實難令人甘服。
㈢、被告原核定、復查決定或財政部訴願之決定與被告對原告95年度「全年所得額」核定結果相違背：
1、營利事業所得稅結算申報書所示，「＃53-全年所得係由營業收入－營業成本－營業費用＋非營業收入總額－非營業收入損失及費用總額」計算而出，查原告95年度營利事業所得稅結算申報-全年所得額申報數為34,457,592元，其中當期營業費用申報數為89,192,723元，該金額包括三部分：「推銷費用」21,875,964元、「管理費用」28,510,920元、「研究與發展支出」38,805,839元，原告95年度營業費用包含「推銷、管理、研究與發展支出（簡稱研發費用）」三大部分，此非但於當期營利事業所得稅結算申報所附會計師簽證報告書中有所敘明，且此三大部分之帳列明細表亦已併同檢附於會計師簽證報告書之附表三。原告95年度營利事業所得稅結算申報之全年所得額業經被告查核，被告於97年12月4日依原告申報數核定全年所得，換言之，95年度全年所得額核定數等同原告申報數34,457,592元，其亦代表原告95年度營業費用包括推銷、管理及研發費用所申報之金額被告全數認定，其中即包括「研發費用」38,805,839元，亦按申報數核定，無任何刪減或調整，等同承認原告研發支出存在之事實。今被告核定時以原告「未依規定格式填報研究與發展支出以適用投資抵減」為由，認定原告95年度-研究與發展支出為0元，其與審核「全年所得額」之核定結果逕相違背。
2、再則，如前所述，原告於94年度起即開始設立研究發展部門，研究與發展相關支出亦自該年度起每年皆有發生，被告對於原告94年及96年研發投抵金額雖部分調減，亦未全數否決，此亦證明原告研發行為確實持續發生，而95年僅以未填寫研發投資抵減明細表為由，即否認原告研發支出存在之事實，斷不合理。且被告於核定時若發現此部分金額未填寫而屬必要，亦應依行政程序法第36條、第39條、第40條等規定，通知原告陳述意見或提供文書資料或補正填寫金額，豈能因申報書上之附件書表未填寫研發支出「核定數」或「申報數」，即逕認定該項研究與發展支出金額為0元，被告原核定行為顯然違反行政程序法之規定，應予撤銷。
㈣、被告否定原告租稅獎勵資格之理由與被告所進行之稅務宣導不一致，原告95年度營利事業所得稅核定日期97年12月4日，被告於98年1月21日之網頁所公告之稅務新聞對外宣導：
「．．．在5年免稅期間內，如無投入研發支出，將會被取消免稅資格」，其所宣導重點在於強調乃在有無投入研發支出，並未提及需另行提出「研發投資抵減」之申請，方能保留免稅權益；且被告於該新聞稿中另述：「該公司95年度未申報研發支出金額，該公司亦承認其95年度並未投入研發支出」，被告皆著重強調「未申報」、「未投入」研發支出而非強調「未提出」研發投資抵減之申請，其宣導重點皆在強調5年免稅權益之適用在於有無研發支出之發生，而非在有無另行申請「研發投資抵減」；而被告於稅務新聞所述原告承認其95年度並未投入研發支出，其與事實完全不符。無論是「租稅法律主義」、「租稅公平原則」原告均未曾違犯。縱退步言之，被告仍認原告於當年度結算申報有不足之處，亦應給予原告補充資料之機會，然被告毫不考量前開各項事實而逕自剝奪原告免稅所得資格之適用。原告嗣於歷次之口頭溝通、復查申請書、訴願書等均一再表明事實及受委屈之處，惟被告自始至終均迴避此問題、不願回應、不予置理、一意孤行，於復查決定書及訴願答辯書等均一再以同一理由辯護，而訴願決定亦不能匡正被告之失，仍然未予交代，貿然駁回原告之訴願，均屬違法。
㈤、依租稅法之目的論解釋方法，原告得依獎勵辦法第2條第3款規定享有5年免徵營利事業所得稅：
1、依鈞院94年度訴字第1123號判決意旨：「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。租稅法之解釋，原則上應為文理解釋，如果單純為文理解釋而猶有不明者，則當然應依法律規定之趣旨及目的加以解釋，亦即應為目的論之解釋，是為當然（參司法院釋字第257、第4
20、第496號解釋）。申言之，租稅法之解釋，應該依法之安定性，預測可能性、秉持誠信原則及實質課稅原則，予以解釋。」
2、查本件兩造之爭執點乃在於「獎勵辦法」第2條第3款規定申請5年免徵營利事業所得稅時，是否須依公司以投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減為前提？就此，原、被告雙方分就所涉及之法令（促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、獎勵辦法、投資抵減辦法、免稅所得計算要點）為文理解釋，且均有所本，然卻得出完全不同之結論，換言之，就上開爭點，無法僅以文理解釋即探求出系爭法令之真正意涵。而基於法令解釋本不以文理解釋為唯一方法，倘文理解釋無從探求系爭法令之意涵，不妨依法律規定之趣旨及目的加以解釋，亦即以目的論之解釋，以為探究，為此，爰就信賴保護原則、法之安定性、預測可能性、秉持誠信原則及實質課稅公平原則分別探究如下：
⑴就信賴保護原則、法之安定性、預測可能性、誠信原則而言：
①依鈞院90年度訴字第1805號判決所載：「所謂信賴保護原則
乃源自於法安定性原則，屬憲法位階之原則，對行政及立法均有適用，人民因信任行政機關特定行為，而為財產或其他權利之處分者，如其信賴之成立善意且無重大過失，即應受到保護」。
②查原告於94年12月26日取得經濟部工業管理局新興重要性策
略產業資格核准函後，隨即於該年度起增資擴展生產BGA板沖切機及LCD玻璃機板AOI檢測機等投資計畫，並設立研究發展部門，且自該年度起每年均支出研究與發展相關費用，嗣後並依法令規定陸續取得南科管理局新興重要性策略產業完成證明、財政部免徵營利事業所得稅5年案核准函在案。
③換言之，原告信賴上開主管機關之核准函，並進而為增資擴
展、設立研究發展部門、支出研究與發展相關費用之財產上處分行為，目的就是為適用促產條例第9條第1項、第2項及同條例施行細則第17條第2項、獎勵辦法第2條第3款之相關租稅優惠規定，而行政機關既已核准原告適用租稅優惠在先，倘再於事後允許被告任意否定原告享有之租稅優惠資格，，不僅不利於法安定性之維持，亦不符信賴保護原則與預測可能性，且恐易招致人民對行政機關誠信原則之質疑。
⑵就實質課稅公平原則而言：
按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之，此觀司法院釋字第420、496、500號解釋自明，準此，納稅義務人是否符合免稅資格而享有租稅優惠，自應斟酌具體經濟上之意義及實質課稅公平之原則為之。」最高行政法院98年度判字第144號判決闡釋甚詳。是故租稅法所重視者，乃實質上是否有租稅優惠之經濟事實，而非著重於形式上是否提出租稅優惠之相關申請手續，以符實質課稅公平原則；原告所為增資擴展、設立研究發展部門、支出研究與發展相關費用之財產上處分行為，其經濟上之意義即為適用促產條例、獎勵辦法等相關法令之租稅優惠，並符合促產條例第1條促進產業升級、健全經濟發展之立法目的，故基於實質課稅之公平，倘實質上原告已符合租稅優惠之經濟事實，即應據以給予租稅優惠，不因其未填寫租稅減免附冊第15頁之研究與發展支出投資抵減明細表或於會計師查核簽證報告中敘明當年度申請適用研究與發展投資抵減之支出金額，而有差異，以符法制。
⑶綜上所述，依租稅法之目的論解釋方法，並參酌信賴保護原
則、法之安定性、預測可能性、秉持誠信原則及實質課稅公平原則，原告得依獎勵辦法第2條第3款規定享有5年免徵營利事業所得稅。
㈥、被告主張原告須另行提出「研究與發展人才培訓支出投資抵減之申請」，方能符合免稅所得租稅獎勵之資格，乃增加法律所無之限制，違反租稅法律主義之原則：
1、依台中高等行政法院97年度訴字第218號判決意旨：「按租稅優惠之條件為租稅法律主義之內容，是關於租稅優惠條件之訂定，應依法律或依法律所授權之法規性命令予以明定，如屬依法律規定或法律所授權之法規性命令，未加以限制之租稅優惠內容，由主管機關以非屬法律授權之法規命令之行政函釋方式，予以限制，即有以行政命令增加法律所無限制之情形，即屬違背租稅法律主義之原則」。
2、細查相關之促產條例、促產條例施行細則、獎勵辦法，甚或上述相關主管機關核准函令中，皆未規定或要求原告須另行提出「研究與發展人才培訓支出投資抵減之申請」，方能符合免稅所得租稅獎勵之資格，故被告主張原告須另行提出「研究與發展人才培訓支出投資抵減之申請」，方能符合免稅所得租稅獎勵之資格，乃增加法律所無之限制，違反租稅法律主義之原則。
㈦、被告已違反租稅法律主義中之「程序保障原則」、「納稅者權利保護原則」：
1、依最高行政法院95年度判字第1712號判決：「租稅法律主義，其內涵包括課稅要件法定主義、課稅要件明確主義、合法性原則、程序上保障原則、納稅者的權利保護原則、以及禁止溯及立法等。其中課稅要件法定主義者，係指有關租稅之最重要事項，諸如究竟何者，應該繳納何種租稅、其租稅額應該依何種基礎計算、所繳交之稅額又是若干，必定是由法律事先加以規定。」
2、查原告已依獎勵辦法申請自95年4月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅，並經被告核准在案，縱其漏未填寫租稅減免附冊第15頁之研究與發展支出投資抵減明細表或於會計師查核簽證報告中敘明當年度申請適用研究與發展投資抵減之支出金額，惟基於程序上保障原則、納稅者的權利保護原則，被告本應就此一不利於原告之事項，依行政程序法第36條、第39條、第40條、第102條規定，就原告申報16,755,698元之免稅所得，於作成核定原告就該項研究與發展金額為0元之負擔處分前，通知原告陳述意見或提供文書資料或補正填寫金額才對，豈能逕剝奪原告原已取得之租稅獎勵資格並逕認定該項研究與發展金額為0元。故被告之原核定行為，顯已違反程序上保障原則、納稅者權利保護原則以及上開行政程序法之規定等情，並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分。
四、被告則以︰
㈠、按新興重要策略性產業屬製造業者，若依獎勵辦法第2條第3款規定，選擇以研究與發展支出為要件申請5年免徵營利事業所得稅，屬增資擴充者，於投資計畫完成年度及其前、後一年度之3年期間內之研究與發展支出占投資計畫增加實收資本額之比率應達10％。又選擇適用5年免稅者，其適用免稅年度之研究與發展支出應占同年度該公司營業收入淨額2％，未達2％者，其免稅所得應按規定計算之金額，乘以實際研究與發展支出比率除以2％計算之。而所稱「研究與發展支出」，係指稅捐稽徵機關依投資抵減辦法規定核定之研究與發展支出，若稅捐稽徵機關尚未核定時，即以申報數為準。是以，新興重要策略性產業之公司，以研究與發展支出為要件申請5年免徵營利事業所得稅，於適用5年免稅期間內，各年度須有投入研究與發展之支出，且必須依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減，並以經稽徵機關依該辦法規定核定之研究與發展支出金額為準，憑以計算各年度之研究與發展支出比率與免稅所得，始為適法，合先陳明。
㈡、查原告94年度增資擴展投資計畫於系爭95年4月1日完成，並取得經濟部工業局94年12月26日工金字第09400714390號核准函、南部科學工業園區管理局96年4月19日南商字第0960009369號完成證明、全新機器設備清單及財政部96年5月22日台財稅字第09600189170號核准函等，其應符合屬新興重要策略性產業以研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅之公司，依法取得自該計畫完成之日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅之資格，該項享有租稅優惠之資格，被告並未予以剝奪；惟查，本件原告申報95年度（5年免稅期間之開始年度）系爭免稅所得16,755,698元，原告既選擇以研究與發展支出為要件計算免稅所得，且主張當年度有投入研究與發展之支出，則其必須依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減，然原告95年度營利事業所得稅結算申報書，自始未依規定格式填報研究與發展支出投資抵減明細表，亦未於會計師查核簽證報告中敘明95年度申請適用投資抵減之研究與發展支出金額，且未檢附研發相關之證明文件，自難認原告已依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減。原告既未提出研究與發展支出適用投資抵減，則被告於計算系爭免稅所得時，依投資抵減辦法規定核定研究與發展支出金額為0元，從而計算研究與發展支出比率為0元及95年度之免稅所得亦為0元，原核定並未違反租稅法律主義。
㈢、次查，新興重要策略性產業以研究與發展支出為要件5年免徵營利事業所得稅之公司，其投入之研究與發展支出，除可依投資抵減辦法規定享受投資抵減外，可再併同享受5年免徵營利事業所得稅之雙重租稅獎勵規定，並未逾越促產條例及所得稅法等相關之規定，且係對納稅義務人有利，核與租稅法律主義無違，亦不違反租稅公平原則，是原告主張，核不足採。
㈣、原告於申報系爭免稅所得時，依前所述，除須依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減外，尚必須填寫結算申報租稅減免附冊書表「新投資創立或增資擴展適用免徵營利事業所得稅免稅所得計算表」之表一至表七資料，而原告僅填寫其中表一至表五等，疏漏未填表六：「新投資創立、各次增資擴展投資計畫完成年度之前一年度起之研究與發展支出資料」。然該表六中已明確列有「依抵減辦法研發支出申報數」、「依抵減辦法研發支出核定數」．．．等表格欄項，且填寫說明亦記載：「一、屬新興重要策略性產業之公司，新投資創立或增資擴展選擇以研究與發展支出為要件者，方需填寫本表。．．．四、所稱『抵減辦法』，係指行政院依促進產業條例第6條第4項訂定發布之『公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法』，請將稅捐稽徵機關依『抵減辦法』規定核定之研究與發展支出金額填於『依抵減辦法研發支出核定數』欄。若尚未核定時，以申報數為準，並將該金額填於『依抵減辦法研發支出申報數』欄。」是以，無論就相關法令規定或結算申報書租稅減免附冊書表之填寫說明，均已充分曉示納稅義務人應如何填寫免稅所得計算相關書表，及其應依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減。從而，本件原告主張於相關法令及租稅減免附冊書表之填寫說明中，皆未規定或要求原告需另行提出研究與發展支出投資抵減之申請，方能符合新興重要策略性產業5年免徵營利事業所得稅之資格乙節，顯不足採。
㈤、另查，原告95年度申報「營業費用」項下之研究與發展支出38,805,839元，雖經被告依其申報數核定，然該核定數係屬營業費用性質，核與業務有關並檢附合法憑證，即可認列。惟申報研究與發展支出適用投資抵減，尚須稽徵機關依投資抵減辦法規定，就原告檢附之相關書表、憑證審核，按核定金額的30％可抵減營利事業所得稅額，兩者之認定各有不同，是原告認為被告核定其研究與發展費用38,805,839元，已等同承認其95年度有研究與發展支出投資抵減之事實，顯屬誤解。至其主張倘被告仍認原告於當年度結算申報有不足之處，應依職權調查證據，並依行政程序法相關規定給予陳述意見或提供補充資料之機會乙節，因本件無涉課稅事實之調查，且有關研究與發展支出適用投資抵減稅額之申請程序及申請期間規定，已規範於首揭投資抵減辦法第8條至明。本件原告既未於辦理95年度營利事業所得稅結算申報當時提出研究與發展支出適用投資抵減，而於事後始主張申請補正，已不符合抵減之申報程序規定，自與該辦法所定要件不符，原告所訴，核不足採。
㈥、至原告主張被告否定其租稅獎勵資格之理由與前開稅務宣導不一致乙節，查該則新聞係舉例提醒以研究與發展支出為要件的新興重要策略性產業之公司，於適用5年免稅期間內，各年度須有投入研究與發展支出之事實且應申報研究與發展支出金額，並經國稅局核定金額為準。倘各年度無研究與發展支出之事實及未申報研究與發展支出金額，則國稅局將會核定其研究與發展支出金額為0元，研究與發展支出比率亦為0元，從而剔除列報之免稅所得，是請公司應特別注意相關規定，以免喪失免稅權益。此與本件被告否定原告租稅獎勵資格之理由，業如前述甚詳，並無不一致情形，原告所訴顯有誤解等語，資為抗辯，並聲明求為判決駁回原告之訴。
五、本件事實概要欄所載之事實，有經濟部工業局96年5月14日工金字第09600343050號函、財政部96年5月22日台財稅字第09600189170號函、南部科學工業園區管理局96年4月19日南商字第0960009369號函、原告95年度營利事業所得稅結算申報書、被告核定通知書等附於原處分卷可稽，且經兩造分別陳明在卷，洵堪信實。兩造所爭執者厥為原告95年度營利事業所得稅結算申報，列報免稅所得16,755,698元，被告核定為0元，是否合法。經查：
㈠、按「為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟須扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，營利事業或個人原始認股或應募屬該新興重要策略性產業之公司發行之記名股票，持有時間達3年以上者，得依下列規定自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額或綜合所得稅額．．．。新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表定之，並每2年檢討1次，做必要調整及修正。」促產條例第8條第1項、第3項定有明文。次按「新興重要策略性產業屬製造業者，應符合下列要件之一：．．．三、符合中小企業認定標準規定之公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之3年期間內，新投資創立者，於該期間內之研究與發展支出占投資計畫實收資本額之比率，應達10％；增資擴充者，於該期間內之研究與發展支出占投資計畫增加實收資本額之比率，應達10％。」「第2條第2款、第3款及前條第2款、第3款所稱研究與發展支出，指稅捐稽徵機關依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定核定之研究與發展支出．．．前項研究與發展支出，於稅捐稽徵機關尚未核定時，以申報數為準。」及「選擇適用本條例第9條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之。擇定適用第2條第2款、第3款．．
．規定，並經取得完成證明之公司，選擇適用5年免稅者，其適用免稅年度之研究與發展支出應占同年度該公司營業收入淨額2％，未達2％者，其免稅所得應按前項規定計算之金額，乘以實際研究與發展支出比率除以2％計算之。第2項之研究與發展支出，應以稅捐稽徵機關依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定核定之金額為準。」亦分別為行為時獎勵辦法第2條第1項第3款、第4條第2項、第3項、第17條第1項、第2項、第4項所明定。又「公司依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依下列規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。．．．一、研究與發展支出。」亦為公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法（下稱投資抵減辦法）第8條第1項前段所規定。再按「公司以研究與發展支出比率或金額方式適用新興重要策略性產業者，其免稅所得額計算公式如下：免稅所得額＝【全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）】×【新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額】×研究與發展支出比率×【１－委外加工比率】．．．（2）研究與發展支出比率＝當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率÷2％．．．。」及「第8點所稱研究與發展支出，應以稅捐稽徵機關依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定核定之研究與發展金額為準。」亦分別為新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第8點及第17點所規定。
㈡、本件原告94年度增資擴展投資計畫於系爭95年4月1日完成，並取得經濟部工業局94年12月26日工金字第09400714390號核准函、南部科學工業園區管理局96年4月19日南商字第0960009369號完成證明、全新機器設備清單及財政部96年5月22日台財稅字第09600189170號核准函，有上開各該函文附於原處分卷可稽，是其係符合新興重要策略性產業以研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅之公司，依法取得自該計畫完成之日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅之資格，該項享有租稅優惠之資格，此為兩造所不爭，應可認定。
㈢、原告係擇定以依研究與發展支出為要件申請免徵營利事業所得稅之公司，其原告95年度營利事業所得稅結算申報（5年免稅期間之開始年度），申報系爭免稅所得16,755,698元，是其既擇定以研究與發展支出為要件計算免稅所得，又其研究與發展支出之計算，即免稅所得之計算，依前開免稅所得計算要點第17點規定，應以稅捐稽徵機關依投資抵減辦法規定核定之研究與發展支出金額為準，然查原告95年度營利事業所得稅結算申報，並未依規定格式填報研究與發展支出投資抵減明細表，亦未於會計師查核簽證報告中敘明95年度申請適用投資抵減之研究與發展支出金額，且未檢附研發相關之證明文件，有原告95年度營利事業所得稅結算申報書在卷可稽，是難認原告已依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減（最高行政法院94年度判字第1522號判決參照）。從而，原告既未提出研究與發展支出適用投資抵減，則被告於計算系爭免稅所得時，依投資抵減辦法規定核定研究與發展支出金額為0元，是於計算研究與發展支出比率為0元及95年度之免稅所得亦為0元，並無不合。原告主張被告核定違反租稅法定主義云云，並不可採。
㈣、再以免稅所得係屬租稅優惠，納稅義務人欲享該租稅優惠，自須依相關規定申報，並提出資料以供憑核，承前所述，原告於95年度申報系爭免稅所得時，除須依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減外，尚必須填寫結算申報租稅減免附冊書表「新投資創立或增資擴展適用免徵營利事業所得稅免稅所得計算表」之表一至表七資料，然原告僅填寫其中表一至表五（詳原處分卷第94頁至98頁），並未填載表六（詳原處分卷第127頁）：「新投資創立、各次增資擴展投資計畫完成年度之前1年度起之研究與發展支出資料」，且該表六中已明確列有「依抵減辦法研發支出申報數」、「依抵減辦法研發支出核定數」等表格欄項，且填寫說明亦記載：「一、屬新興重要策略性產業之公司，新投資創立或增資擴展選擇以研究與發展支出為要件者，方需填寫本表。．．．四、所稱『抵減辦法』，係指行政院依促進產業條例第6條第4項訂定發布之『公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法』，請將稅捐稽徵機關依『抵減辦法』規定核定之研究與發展支出金額填於『依抵減辦法研發支出核定數』欄。若尚未核定時，以申報數為準，並將該金額填於『依抵減辦法研發支出申報數』欄。」是無論從前揭法令之規定或從結算申報書租稅減免附冊書表之填寫說明，均足以使納稅義務人了解應如何填載免稅所得計算相關書表，及其應依投資抵減辦法規定申報研究與發展支出適用投資抵減，原告既未依規定填載申報，自無從享有免稅之租稅優惠，且該部分係原告未予填載申報，並非其已申報而被告予以剔除，故被告無從命補正。原告主張被告認其須另行提出「研究與發展人才培訓支出投資抵減之申請」，方能符合免稅所得租稅獎勵之資格，乃增加法律所無之限制，違反租稅法律主義原則，且其行政程序未命補正，亦屬違法云云，並不可採。
㈤、第以原告95年度營利事業所得稅結算申報，其申報於「營業費用」項下之研究與發展支出38,805,839元，業經被告依其申報數核定在案，此為兩造所不爭，然該核定係屬營業費用性質，僅須其提出與業務有關並檢附合法憑證資料，即可認列。然申報研究與發展支出適用投資抵減，尚須稽徵機關依投資抵減辦法規定，就原告申報時檢附之相關書表、憑證審核，按核定金額的30％可抵減營利事業所得稅額，兩者並不相同，是原告主張被告核定其研究與發展費用38,805,839元，已等同承認其95年度有研究與發展支出投資抵減之事實，容有誤解，亦不可採。
㈥、綜上所述，原告主張既不可採，則被告以原告95年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得16,755,698元，初核以其擇定以研究與發展支出為要件，因其研究與發展支出適用投資抵減金額經核定為0元，乃核定免稅所得0元，並無違法；復查決定、訴願決定予以維持，核無不合；原告起訴意旨求為均予撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已明，兩造其餘攻擊防禦方法核與判決之結果不生影響，爰無逐一論述之必要。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 99 年 7 月 27 日
高雄高等行政法院第四庭
審判長法官 戴 見 草
法官 簡 慧 娟法官 詹 日 賢以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 99 年 7 月 27 日
書記官 江 如 青