高雄高等行政法院判決
100年度訴更一字第7號民國101年3月28日辯論終結原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院代 表 人 釋證嚴訴訟代理人 聶齊桓 律師
林進富 律師被 告 嘉義縣財政稅務局代 表 人 簡世明 局長訴訟代理人 陳珮如
范秀鳳劉桂位上列當事人間房屋稅事件，原告不服嘉義縣政府中華民國98年2月10日府研法訴字第0980027663號訴願決定，提起行政訴訟，經本院98年度訴字第146號判決後，被告不服，提起上訴，經最高行政法院100年度判字第150號判決廢棄原判決發回本院更為審理，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用（含更審前訴訟費用）由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：緣原告所有坐落嘉義縣○○鎮○○里○○路○號房屋2棟（下稱系爭房屋），其中1棟為地下2樓及地上12樓之建物（稅籍編號：00000000000），於民國89年5月18日經嘉義縣政府工務局核發使用執照（85年嘉工局管部使字第00187號），原告並於89年6月30日檢附相關資料向被告申報新建房屋設籍，經被告於89年7月11日以嘉縣稅分二字第89207611號函核定系爭房屋應稅部分面積及評定房屋現值為新臺幣（下同）零元，免稅部分之面積為137,549.8平方公尺，評定房屋現值為635,759,600元在案；嗣於96年3月房屋稅清查時發現原告係依醫療法第5條規定，由行政院衛生署（下稱衛生署）核准設立之醫療財團法人，而非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」規定所核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，核與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符，遂以96年4月3日嘉縣稅分房字第0966470762號函撤銷前89年7月11日嘉縣稅分二字第89207611號現值核定通知書原核定上開房屋之應稅與免稅面積及其評定現值；而另1棟系爭房屋為地上2層樓建物（稅籍編號：00000000000），係原告於96年10月2日經嘉義縣政府核發使用執照（96年嘉府城使執字第00171號）之房屋，原告並於96年12月18日檢附相關資料向被告申報新建房屋設籍，經被告以97年1月10日嘉縣稅分房字第0966414620號函核定該屋應稅部分面積為913.7平方公尺，評定房屋現值為3,312,300元在案，被告乃依據上開2棟系爭房屋使用執照之構造、各樓層實際用途及面積等資料核定應稅與免稅面積及房屋評定現值，並分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率核定課徵97年房屋稅13,258,942元及38,643元，共計房屋稅額13,297,585元。原告不服，申請復查，未獲變更，乃就其中供醫院、診療室、辦公室、機房、電梯等使用（面積共104,267.4平方公尺）課徵非住家非營業用稅率房屋稅額11,924,059元及供員工餐廳使用（面積3,285平方公尺）課徵住家用稅率房屋稅額156,174元，共計房屋稅額12,080,233元（本院98年度訴字第146號判決及最高行政法院100年度判字第150號判決均誤繕為1,208,233元）部分，提起訴願（另關於原核定免稅部分及供營業用和非住家非營業使用部分1,217,352元《即維康藥局、美髮部、靜思書軒、義美超市、荷苞山咖啡廳等課徵營業用稅率房屋稅額113,010元及出租予岳洋有限公司作停車場使用課徵非住家非營業用稅率房屋稅1,104,342元》部分，則不爭執），亦遭決定駁回，原告就被告課徵97年度房屋稅超過1,373,526元部分（即1,217,352元＋員工餐廳房屋稅156,174元），仍表不服，遂提起行政訴訟。前經本院以98年度訴字第146號判決訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）關於課徵97年度房屋稅超過1,373,526元部分均撤銷；被告不服，提起上訴，由最高行政法院將原判決廢棄，發回本院更為審理。
二、本件原告主張：
（一）請求依據：
1.原告之請求依據係房屋稅條例第15條第1項第2款：「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：‧‧‧二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」之規定。
2.「社會福利事業」並無資格主張依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，該款係規定「慈善救濟事業」免徵房屋稅。房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件，並沒有明文限制「慈善救濟事業」必須做政府機關依法律應做的社會福利事項，才算是「慈善救濟事業」。
（二）行政處分違法：
1.被告就「業經立案」及「慈善救濟事業」要件所適用之認定標準，違反中央法規標準法第5條第2款及第6條規定，逾越法律授權，違反司法院釋字第478號及第530號解釋，增加法律所無之限制，係屬違法之行政處分。被告就「慈善救濟事業」要件所適用之認定標準，復違反行政程序法第6條課稅公平原則，係屬違法之行政處分。
2.按「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇。」行政程序法第6條定有明文。次按「人民有依法律納稅之義務，稅捐稽徵機關行使課稅權亦應嚴守憲法租稅法定原則、平等原則及國際公約人權保障精神，對於稅法、法規命令及行政規則之解釋與適用，應落實稅捐稽徵法第11條之3、第12條之1之規定，以保障納稅義務人權利。」為財政部100年1月14日臺財稅字第10004501830號函所釋示。又「所謂『平等原則』係指行政機關非有正當理由，作成行政行為時，對行為所規制之對象，不得為差別待遇而言。」最高行政法院88年度判字第3724號判決亦有明文。究竟有沒有醫院可以被認定為「慈善救濟事業」？其認定之標準為何？原告並非主張教會醫院免徵房屋稅故原告亦得免徵，而是主張財政部或被告係以什麼標準，依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵教會附設醫院或財團法人教會醫院房屋稅，就應該以同一標準免徵原告之房屋稅。同樣是醫院，這是課稅標準應符合課稅公平的問題。原告主張稅務機關即財政部及被告係以不同的免徵標準適用於原告及教會醫院（即教會附設醫院或財團法人教會醫院）間，亦即主張本件課稅處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則，被告如果否認其免徵標準有違反課稅公平原則，應主張並舉證其免徵標準同一。被告迄未盡其主張及舉證責任，應認被告適用於原告之免徵標準違反課稅公平原則，係違法之行政處分，應予撤銷。
3.次按「左列事項應以法律定之：‧‧‧二、關於人民之權利、義務者。」「應以法律規定之事項，不得以命令定之。」中央法規標準法第5條第2款及第6條分別定有明文。
準此，無論是財政部、被告或法院，均無權未經法律授權而以任何會計比例或量身定作之標準，排除原告依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用。財政部或被告若認為房屋稅條例第15條第1項第2款規定之適用範圍過於廣泛，或認為應該要向內政部立案，自應提案交由立法院修法。
4.目前僅有房屋稅條例第15條第1項第2款使用「慈善救濟事業」之法律名詞，並無其他法規有完全相同之法律名詞。是否為「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之定義內涵，超出此範圍之標準或解釋，均屬「增加法律所無之限制」，違反司法院釋字第478號及第530號解釋，如果漠視內政部否認自己是慈善救濟事業中央主管機關之函釋，是行政權或司法權對立法權的僭越。無論財政部、被告或法院均無權以「命令」或「裁判」之形式，超出「慈善救濟事業」文義解釋之定義內涵，為原告或其他醫療財團法人量身定作「慈善救濟事業」之限制性或排除性標準。
5.財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函業已明示原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人，以具備慈善救濟本質及從事慈善救濟工作，作為認定是否為慈善救濟事業之標準，是被告應以同一標準適用於原告，始符合課稅公平原則，所作之行政處分方為合法。同理，衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函亦已明示以持續提供醫療救濟服務，作為認定是否為慈善救濟事業之標準。內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函亦明示「宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定」。被告係財政部之下級機關，自不得推翻上級機關之標準而另訂標準，否則違反課稅公平原則，並逾越法律授權，亦係違法之行政處分，應予撤銷。
6.抑有進者，有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政後，內政部分別以100年11月24日內授中社字第10007010432號函及101年1月4日內授中社字第1000701331號函認定原告為業經立案之慈善救濟事業，並且指明原告所從事之慈善救濟，係參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所稱「本部上開相關規定」，即符合原兒童及少年福利法（現為兒童及少年福利與權益保障法）、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定。財政部100年12月12日臺財稅字第10000478210號函亦明示：「內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復臺北高等行政法院、高雄高等行政法院。
有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明。」等語。可知財政部亦已表明尊重內政部所為原告是慈善救濟事業之認定。
（三）「業經立案」之要件：
1.按房屋稅條例第15條第1項第2款係規定「業經立案」，並非規定為「業經向內政部立案」，內政部組織法或房屋稅條例均查無「慈善救濟事業應向內政部立案或原則上應向內政部立案」或「內政部係慈善救濟事業中央主管機關」之法律規定。故「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」或「內政部係慈善救濟事業中央主管機關」之解釋，是增加法律所無的限制，違反司法院釋字第478號及第530號解釋。
2.「教會附設醫院」是教會向內政部立案為「宗教團體」，「財團法人教會醫院」是向衛生署立案為「醫療財團法人」，「老人扶、療養院」是向內政部立案為「社會福利事業」，以上均係向法院為財團法人登記，內政部從來就沒有所謂「慈善救濟事業主管機關」之法律規定，也就沒有所謂「向慈善救濟事業主管機關為慈善救濟事業立案」之程序，就房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案」之「私立慈善救濟事業」之要件，不管是社會福利事業之立案、宗教團體之立案、醫療財團法人之立案都可以，只要有向政府機關立案，且具私立慈善救濟事業性質者，就符合「業經立案」之「私立慈善救濟事業」之要件，此由財政部100年8月3日臺財稅字第10000273810號函稱：「又原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日臺財稅第37824號函及同年12月19日臺財稅第38987號函釋‧‧‧免徵房屋稅。」等語可資佐證。其中「原內政部主管立案之宗教團體附設醫院」一語，足見財政部就「教會附設醫院」係向內政部立案為「宗教團體」，而非立案為「慈善救濟事業」，並未認為不符合「業經立案」之要件，自不應要求原告應向內政部立案。
3.財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函記載：「說明：‧‧‧二、本案經函准內政部前揭函示，旨揭醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考該部相關規定。又案經行政院衛生署前揭函略以：『‧‧‧本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形‧‧‧』本部同意上開內政部及行政院衛生署意見。‧‧‧
四、‧‧‧旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」等語。即附設醫院自教會分割出來，成為向衛生署立案之獨立「醫療財團法人」，財政部同意「財團法人教會醫院」是否慈善救濟事業，應由衛生署認定。財政部並未再要求「財團法人教會醫院」應向內政部立案，而直接同意衛生署關於「財團法人教會醫院」係「慈善救濟事業」之認定。同理，不應要求原告應向內政部立案。
4.又內政部以100年5月23日內授中社字第1000700490號函略以：「說明：‧‧‧二、‧‧‧查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利‧‧‧等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業，‧‧‧，準此，本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。」由上可知，內政部明白表示其並非慈善救濟事業之主管機關，而是慈善救濟事業範疇內「社會福利事業」之主管機關，亦即衛生署才是慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關，而原告已向慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關即衛生署立案。
5.再內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函略以：「說明：‧‧‧二、‧‧‧本部（社會司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。三、‧‧‧爰醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案。」等語。亦即社會福利事業具慈善救濟事業性質者，向內政部所為立案，係社會福利事業之立案，並非慈善救濟事業之立案。故內政部表明醫療財團法人毋須為此再向內政部立案，是原告毋須再向內政部立案。
6.又財政部100年8月3日臺財稅字第10000273810號函略以：「說明：‧‧‧二、按房屋稅條例第15條第1項第2款規定，‧‧‧。上開『立案』係指經『慈善救濟事業』主管機關核准設立許可。復依內政部組織法第4條及第13條規定，內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、指導及監督事項。是以，慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部職權（最高行政法院99年度判字第1354號、100年度判字第150號等判決參照），‧‧‧。
四、‧‧‧故是否屬慈善救濟事業，仍應以慈善救濟事業主管機關內政部認定為準，行政院衛生署尚不得遽以醫療法相關規定認定。」云云，其見解與內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函牴觸，無從得到內政部之認同與配合，要原告向內政部立案，在事實上已屬不能，財政部之上開見解已失其立論依據與執行之可能性。且財政部以上開函釋規定同級機關內政部應該做什麼，係僭越立法院之權限，違反憲政體制，係屬違憲函釋。
7.嗣內政部再以101年1月4日內授中社字第1000701331號函稱：「說明：二、‧‧‧本部‧‧‧於100年11月24日以內授中社字第1000701043號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認定。至於其立案並不以向本部立案為限，屬經衛生署許可立案。」等語。
8.99年2月3日修正公布並自101年1月1日施行之行政院組織法第3條規定：「行政院設下列各部：一、內政部。‧‧‧十一、衛生福利部。」即將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」，此項修法具有前瞻性，不但與時俱進、符合時代潮流，而且是以功能為導向的政府改革趨勢。在101年1月1日以前，實務上有向衛生署立案，亦有向內政部社會司立案，復有向內政部民政司立案。但自101年1月1日起，只有宗教團體附設醫院是向內政部民政司立案外，其餘無論社會福利事業或醫療財團法人事實上均只能向衛生署（即衛生福利部）立案，原告早已符合向衛生署立案之要件。
（四）衛生署並非僅係醫療業務之主管機關：
1.99年2月3日修正公布並自101年1月1日施行之行政院組織法第3條規定：「行政院設下列各部：一、內政部。‧‧‧十一、衛生福利部。」足見在立法趨勢上，甚至必須將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」，全面掌握慈善救濟，以符合國際潮流，擴大慈善救濟之功能與範圍，使受救助人能夠得到更為全面的慈善救濟。
2.被告辯稱依醫療法等規定，衛生署僅有醫療與衛生業務，而無慈善救濟業務云云。惟按內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函記載：「有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定。」等語，可知內政部明示其並無法規規範慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準。若按被告之邏輯，內政部依法就只是「社會福利事業」及「宗教團體」等相關業務之主管機關，尚未及於「慈善救濟業務」，被告的邏輯顯然違反論理法則。
3.既然法無明文規定，基於行政一體性原則，在法理上是開放由目的事業主管機關來決定慈善救濟事業之認定標準並從事認定，蓋目的事業主管機關較任何其他機關更清楚該目的事業有無具備慈善救濟本質及提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作。是以內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函稱：「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利‧‧‧等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業。」等語，故被告所辯慈善救濟事業並非衛生署之業務云云，要與內政部之上開見解牴觸，已無可採。內政部鼓勵慈善救濟事業多元化，並未畫地自限，給慈善救濟事業充分多元發展的空間，才是符合國際慈善救濟的思潮，並且是有利於受救助人的正確解釋方向。
4.又內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函明示：「財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」等語，即由衛生署參考內政部「上開相關規定」來認定。內政部復以100年5月23日內授中社字第1000700490號函進一步闡明：「查身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法、老人福利法所規定涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。另有關醫療補助，依社會救助法第2條規定屬社會救助項目，依上開四法涉及衛生主管機關職掌者，由衛生目的事業主管機關辦理。」就上開二函釋參互以觀，內政部係本於身心障礙者權益保障法等四法之規定，認為衛生署非但是醫療財團法人之主管機關，同時也是醫療慈善救濟事業之主管機關。而原告之「慈善救濟執行報告」即係按上開四法所示項目，詳列原告已經做到上開事項並附相關證據為憑。故衛生署認定原告為慈善救濟事業，並未違反內政部函釋之法律意旨，且衛生署認定原告是慈善救濟事業之結論與事實相符。
5.按「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」為醫療法第46條所明定。即辦理醫療慈善救濟績效卓著者，由衛生署獎勵之，顯見衛生署有醫療慈善救濟之監督業務。次按「本法第46條及第53條所定醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之範圍如下：一、貧困家庭、弱勢家庭、無依或路倒病人所需醫療費用，及其因病情所需之交通、輔具、照護、康復、喪葬或其他特殊需要之相關費用。二、輔導病人或家屬團體之相關費用。三、辦理社區醫療保健、健康促進及社區回饋等醫療服務之相關費用。四、便民社會服務之相關費用。五、配合政府政策辦理國際醫療援助之相關費用。」醫療法施行細則第30條之1第1項定有明文。益證醫療慈善救濟確係衛生署主管監督之業務。
6.抑有進者，兒童及少年福利與權益保障法第31條第3項及第55條第1項分別規定：「第1項早期療育所需之篩檢、通報、評估、治療、教育等各項服務之銜接及協調機制，由中央主管機關會同衛生、教育主管機關規劃辦理。」「兒童及少年罹患性病或有酒癮、藥物濫用情形者，其父母、監護人或其他實際照顧兒童及少年之人應協助就醫，或由直轄市、縣（市）主管機關會同衛生主管機關配合協助就醫；必要時，得請求警政主管機關協助。」老人福利法第3條第3項第2款規定：「前2項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：‧‧‧二、衛生主管機關：主管老人預防保健、心理衛生、醫療、復健與連續性照護之規劃、推動及監督等事項。」身心障礙者權益保障法第21條第1項及第22條分別規定：「中央衛生主管機關應規劃整合醫療資源，提供身心障礙者健康維護及生育。」「各級衛生主管機關應整合醫療資源，依身心障礙者個別需求提供保健醫療服務，並協助身心障礙福利機構提供所需之保健醫療服務。」要言之，兒童及少年福利與權益保障法、老人福利法、身心障礙者權益保障法均有衛生署主管監督之醫療慈善救濟或社會福利事項，豈容被告視而不見？
（五）教會是宗教團體，不是慈善救濟事業，故財政部認為教會附設之醫院是慈善救濟事業：最高行政法院100年度判字第150號判決以財政部64年11月4日臺財稅字第37824號函及同年12月19日臺財稅字第38987號函似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之要件，核與本件屬醫療財團法人，係經醫療財團法人許可之事實有別，從而認為原告無從適用財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函等情，係屬誤會。理由如下：
1.按教會免徵房屋稅是依房屋稅條例第15條第1項第3款：「專供祭祀用之宗祠、宗教團體供傳教佈道之教堂及寺廟。
但以完成財團法人或寺廟登記，且房屋為其所有者為限。」規定，而非同條例第15條第1項第2款：「業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」規定。是最高行政法院推論財政部似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業，而認原告無從適用財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函等情，依房屋稅條例第15條第1項第3款其論述不能成立。故醫院不僅是醫院，也可以同時是慈善救濟事業。
2.次按「宗祠、宗教團體附設供民眾免費閱覽之圖書館，准照貴廳建議比照房屋稅條例第15條第1項第3款規定免徵房屋稅。」為財政部75年6月4日臺財稅字第7548661號函所釋示。是財政部認為宗教團體（包括教會）附設圖書館並非慈善救濟事業，對照該部64年11月4日臺財稅字第37824號函及同年12月19日臺財稅字第38987號函認為教會附設醫院是慈善救濟事業，益證財政部是因教會附設醫院是「醫院」的緣故，所以是慈善救濟事業。畢竟教會是宗教團體，並不符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。如果教會申請附設餐廳或藥房，教會附設餐廳或附設藥房都不會是房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。而教會附設醫院是慈善救濟事業的原因，在於其醫院的本質及所從事之慈善救濟工作是「慈善救濟事業」。因為醫院不是教會，不適用房屋稅條例第15條第1項第3款規定，而應該歸類在同條項第2款「慈善救濟事業」。
3.財政部100年8月3日臺財稅字第10000273810號函稱：「又原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日臺財稅第37824號函及同年12月19日臺財稅第38987號函釋‧‧‧免徵房屋稅。」等語。其中「內政部主管立案之宗教團體」一語，足證財政部認為教會是宗教團體，而非慈善救濟事業。教會本身是「宗教團體」，故不符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。財團法人中華民國佛教慈濟慈善事業基金會（下稱慈濟基金會）是「社會福利事業」，且同時是符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。依被告之主張，不是慈善救濟事業的教會，所附設的醫院是「慈善救濟事業」，慈濟基金會是社會福利事業，且是慈善救濟事業，其所捐助設立之醫院，反而不是「慈善救濟事業」，被告所辯顯然有失課稅公平。原告與教會附設醫院同為宗教醫院，而且原告捐助章程第3條規定係以「佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨」「照顧低收入民眾，以服務社會為目的」而具備慈善救濟本質，並且直接由證嚴法師擔任原告之董事長，與「宗教團體」即教會所附設的醫院，在「醫療慈善法人」之本質上及在「醫療慈善救濟工作」上並無不同，何況原告所做的「醫療慈善救濟工作」有過之而無不及，基於課稅公平原則，不容差別待遇，原告亦應被認為是慈善救濟事業而免徵房屋稅。
（六）醫療與慈善救濟均係原告之主要目的事業：
1.財政部100年8月3日臺財稅字第1000273810號函稱：「又原內政部主管立案之宗教團體附設醫院，對貧民等施予醫療救濟，或訂定較一般醫院收費為低之收費標準，符合上述房屋稅條例第15條慈善救濟性質，爰本部64年11月4日臺財稅第37824號函及同年12月19日臺財稅第38987號函釋‧‧‧免徵房屋稅。」等語。可知財政部係基於下述原因之一，即「對貧民等施予醫療救濟」，或「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」，而認定教會附設醫院係符合房屋稅條例第15條慈善救濟性質，即符合慈善救濟係該教會附設醫院主要目的事業之要求，而得免徵房屋稅。原告非但對貧民、災區民眾等施以義診，此有原告之慈善救濟執行報告可證，符合財政部前開函文「對貧民等施予醫療救濟」之要件，抑且對低收入戶、老人、身心障礙者等予以醫療補助，此有原告社會服務室醫療補助辦法可稽，故收費標準與一般財團法人醫院不完全相同，且符合財政部前開函文「訂定較一般醫院收費為低之收費標準」之要件，自應同免房屋稅，以符課稅公平。
2.此外，上開財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函又以只要符合下述要件，即「具備慈善救濟本質」，且「從事慈善救濟工作」者，就認定財團法人教會醫院屬慈善救濟事業，而符合慈善救濟係該財團法人教會醫院主要目的事業之要求，得免徵房屋稅。原告同樣符合上開「具備慈善救濟本質」及「從事慈善救濟工作」之要件，詳如後述。
3.原告持續從事社會救助法、兒童及少年福利與權益保障法、老人福利法、身心障礙者權益保障法之醫療救濟服務及慈善救濟工作，有慈善救濟執行報告可稽，足證慈善救濟事業亦為原告主要目的事業。被告誤以為因有健保制度，已無「醫療慈善」存在之空間。實則健保非但在醫療補助的功能極為有限，抑且未對社會救助法所規定的「生活扶助」「急難救助」及「災害救助」施以救助。
4.原告以偏遠醫療為主，就是以醫療慈善救濟為主要目的，故91至96年均係虧損，所以結餘為零；迄97及98年始有結餘。但是原告雖然虧損，每年仍有高額之醫療慈善救濟支出，且逐年增加，分別為91年48,030,089元，92年58,403,555元，93年79,004,372元，94年113,834,666元，95年161,368,507元，96年192,700,396元，97年198,129,165元，98年225,135,021元，有「原告91-98年慈善救濟支出明細表」可證。91至96年因係虧損，故結餘為零作為分母，除以前開各年度醫療慈善救濟支出金額得到的數值是「無限大」，遠遠超過醫療法第46條結餘之10％用於醫療慈善救濟之要求。再參酌「95-98年慈濟醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」，原告97年及98年有結餘，97年提撥23.41％，98年提撥86.76％；反觀同樣有結餘之天主教聖保祿修女會醫院97年提撥11.32％，98年提撥11.71％；屏東基督教醫院97年撥14.11％，98年提撥20.92％，固均較醫療法第46條之提撥標準為高，值得嘉許，但提撥之金額與比例均遠低於原告，原告提撥之比例是上開醫院比例的數倍，前開醫院均是以醫療及慈善救濟事業為主要目的事業，則對原告亦應作相同之認定。
5.原告所提供之醫療救濟服務或慈善救濟工作，涉及內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所指「本部上開相關規定」之4項法律，即原兒童及少年福利法（現為兒童及少年福利與權益保障法）、社會救助法、老人福利法及身心障礙者權益保障法，比「財團法人老人扶、療養院」僅係提供老人福利法有償的醫療與照顧所涉獵的項目為多，詳如慈善救濟執行報告；原告不只提供「有償」醫療與照顧，而且提供「無償」醫療與照顧（義診）及社會救助法上之「生活扶助」、「醫療補助」、「急難救助」、「災害救助」，都是「財團法人老人扶、療養院」所沒有提供的慈善救濟，自應認定慈善救濟是慈濟醫院的主要目的事業。
6.依衛生署網站上公開之各財團法人醫院財務報告及95至98年度之教會醫院慈善救濟支出明細表顯示，原告所支出的醫療社會服務費用比教會附設醫院或財團法人教會醫院為多，各該教會醫院支出醫療社會服務費用最高者為彰化基督教醫院於98年度係占原告38.77％，最低者高雄基督教信義醫院於97年度係占原告的0.24％，自應認定慈善救濟事業係原告主要目的事業。
7.財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函認定13家財團法人教會醫院為「慈善救濟事業」，而前開13家財團法人教會醫院98年合計投入社會醫療救濟支出約為428,926,000元，而原告98年投入社會醫療救濟支出即高達223,671,941元，遠遠超過前開各家財團法人教會醫院投入之金額，有各該醫療財團法人98年財報可證，在98年排名第一，約占前開13家總額的52％，應認定慈善救濟事業係原告的主要目的事業。
8.原告從事慈善救濟之項目、受惠人次、投入人次、地域範圍、訓練醫療志工的人數及慈善救濟支出之金額，均較財團法人老人扶、療養院、教會附設醫院及財團法人教會醫院為多，做得較多的原告自然同屬以慈善救濟事業為主要目的之事業。
9.勸募器官不是醫療行為，所以不是醫院或醫護人員的責任，而是慈善救濟行為。臺灣各醫院都是人力吃緊，而勸募器官是無償行為，要耗費人力成本與機會成本。募得器官之醫院就器官之利用依法沒有決定權，必須陳報衛生署成立之「財團法人器官捐贈移植登錄中心」統籌決定究竟給哪一家醫院需要器官的病患使用。所以進行勸募，非但對勸募醫院沒有好處，抑且未必對自己的病患有任何好處。原告非但動員醫護人員、醫療志工來勸募器官，使已沒有救治希望的病人及其家屬同意捐贈，原告均補助捐贈者醫療費用與喪葬費用，增加他人捐贈器官之誘因，以醫療為營利手段的醫院不會這麼做。原告不但不會因器官捐贈而增加盈收，反而為此支出醫療費用及喪葬費用，由原告慈善救濟執行報告第1頁可知，原告91年至99年11月器官捐贈補助費用已高達19,123,850元。原告勸募器官愈多，支出的醫療費用及喪葬費用愈多，虧的也愈多，花的人力成本、機會成本愈多，足見原告勸募器官是慈善救濟行為，醫院是可以成為慈善救濟平臺，從事慈善救濟，是應認定慈善救濟事業係原告之主要目的事業。
10.原告甚至對於在其他醫院就診的病患提供醫療補助，以幹細胞採集費用補助為例，臺北馬偕醫院、臺南奇美醫院、臺北榮總、臺大醫院、三軍總醫院、成大醫學院附設醫院、中國醫藥大學附設醫院、林口長庚醫院、高雄醫學大學附設中和紀念醫院、林口長庚兒童醫院、高雄榮總、高雄長庚醫院、嘉義長庚醫院、臺中榮總、和信治癌中心醫院等15家醫院，共計139件貧困病患個案，受到原告就幹細胞採集費用之醫療補助，此有原告捐贈者幹細胞採集費用補助明細表（94-99年度）及簽呈可證。補助他醫院的病患，有如間接補助競爭對手，如果原告不是以慈善救濟事業為主要目的事業，有哪家醫院會補助在其他醫院看病的病患？從上開簽呈所載個案訪查事實，其中不乏被醫療費用拖垮之小康家庭，也不乏各式各樣的貧困家庭雖有健保，仍付不起醫療費用，臺灣需要完整的慈善救濟體系，醫院是不可或缺的重要環節，此一環節有賴鼓勵具備慈善救濟本質的醫療財團法人竭力投入，以彌補慈善救濟體系的不足。
11.原告章程所載目的事業歸納起來僅有兩大部分，一為與「醫療財團法人」有關之目的事業，一為與「慈善救濟事業」有關之目的事業；扣除原告有關醫療財團法人必需之目的事業部分外，全部都是慈善救濟，這點也與「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」章程相同，足證慈善救濟是原告主要目的事業。
12.原告「慈善救濟執行報告」記載了原告執行社會救助法、兒童及少年福利與權益保障法、老人福利法及身心障礙者權益保障法的社會福利項目，如果訂立章程時不嫌繁瑣，將「慈善救濟執行報告」所做所為，一一歸納，分門別類，而列載於章程，可以列出幾十項，數目遠逾依據衛生署制式章程範本而記載有關醫療財團法人應記載事項之數目。因此，慈善救濟是否為醫院之主要目的事業其判斷標準，絕非依據章程的條文數量，而需視原告實質上有無持續提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作、並訓練醫療志工。
13.何況原告捐助章程第4條第13款「其他有關事項」是概括條款，已涵蓋可以從事之一切慈善救濟項目，這也就是為什麼原告「慈善救濟執行報告」所列各式各樣醫療救濟服務或慈善救濟工作，並沒有逾越章程目的事業範圍，而仍屬符合章程上所記載之目的事業。
14.抑有進者，原告捐助章程第16條規定：「決算後若有結餘提存充實本院基金50％餘得撥充社會慈善救濟事業。」是在章程定位上，原告主要目的事業僅有兩部分，其一為一般醫療財團法人之目的事業，另一為慈善救濟事業。
15.原告是否屬慈善救濟事業，應從原告投入各項慈善救濟工作之情形實質審查之，而不得逕行以章程所載業務項目之「數目」為形式判斷。
16.繼衛生署認定原告是慈善救濟事業後，內政部亦已100年11月24日內授中社字第10007010432號函及101年1月4日內授中社字第1000701331號函認定原告是慈善救濟事業，且財政部100年12月12日臺財稅字第10000478210號函亦明示尊重內政部所為之認定。易言之，無論內政部、衛生署及財政部，均未認為慈善救濟不是原告之主要目的事業。
（七）認定財團法人醫院為慈善救濟事業之標準：財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函就財團法人教會醫院，建立兩項標準，即具備慈善救濟本質，且從事慈善救濟工作者，就符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函針對原告亦建立兩項標準，即持續（不是一時或偶然的行善）提供醫療救濟服務者，就符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。參以最高行政法院判決發回意旨認為要參考內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所指「本部上開相關規定」，則歸納上開財政部、衛生署及內政部函文，財團法人醫院要成為慈善救濟事業之要件有：⑴提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利與權益保障法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作；⑵持續性；⑶具備慈善救濟本質等3項要件：
⑴原告具備慈善救濟本質：
①原告係證嚴法師發心，由慈濟基金會捐助成立，並由證嚴
法師親自擔任董事長之佛教醫院。而證嚴法師決定創辦原告醫院的動機與目的是為了解決貧窮問題，足證原告在設立之動機與目的上是具備慈善救濟本質。
②由原告捐助章程第3條可知，原告係以佛教慈濟精神辦理
醫療服務不以營利為宗旨，及照顧低收入民眾，以服務社會為目的，係具宗教背景之醫院，而具慈善救濟本質，與一般財團法人醫院顯有不同。
③證嚴法師是原告董事長，風雨無阻，每週一至週六清晨7
時起至8時30分止，使原告各分院視訊連線，親自以志工早會方式，由醫院各級主管、醫護人員與志工分享醫療慈善救濟之人文精神與工作心得，並由證嚴法師親自激勵與啟發醫護人員與志工之悲憫心，使眾人能無怨無悔、堅持恆心地走在慈善救濟的大道上，足證原告有其他財團法人醫院所無之慈善救濟本質。
④以八八水災為例，原告各分院均主動帶領醫護人員及醫療
志工前往水災現場救助，此有原告臺中分院、大林分院、花蓮分院、玉里院區、臺北分院、關山分院之「八八水災支援『醫療義診』暨『重建家園』報告書」可證。試問有幾家老人福利機構或教會醫院參與？原告的投入必然是排名第一，足證原告具備慈善救濟本質。
⑤依財政部臺灣省北區國稅局之機關或團體及其作業組織結
算申報核定通知書，原告91至98年歷年來累積課稅所得額為「-2,989,463,366元」，原告自91年起至99年11月止，醫院慈善救濟支出高達1,509,102,063元，超過負課稅所得的一半，遠逾系爭房屋每年房屋稅課稅金額，有原告91年至99年11月醫院慈善救濟統計表可證，復已超過原告歷年來之盈餘698,761,387元（即97年度632,222,218元及98年度66,539,169元，合計為698,761,387元）兩倍多，原告可以少做或不做慈善救濟工作，以降低虧損，在虧損情形下，猶不改初衷，持續提供或從事醫療救濟服務或慈善救濟工作，且慈善救濟支出之金額龐大並逐年遞增，足證原告具備慈善救濟本質。
⑥原告91年志工職前訓練人數3,020人，在職訓練人數54,24
1人；92年志工職前訓練人數10,790人，在職訓練人數54,777人；93年志工職前訓練人數11,336人，在職訓練人數58,610人；94年志工職前訓練人數13,970人，在職訓練人數71,881人；95年志工職前訓練人數13,754人，在職訓練人數67,889人；96年志工職前訓練人數41,206人，在職訓練人數154,040人；97年志工職前訓練人數34,013人，在職訓練人數167,908人；98年志工職前訓練人數23,203人，在職訓練人數133,047人；99年志工職前訓練人數28,256人，在職訓練人數161,700人，有原告六院彙總醫院志工服務總人次、服務人日及用人費用估算表可證。從91年職前訓練3千人、在職訓練5萬人到99年職前訓練2萬多人、在職訓練16萬人，這些都是可貴的社會資本，一旦遇到災變，就能發揮慈善救濟功用，足證原告具備慈善救濟本質。
⑦原告訓練之志工從事志工服務，91年有40,216人次；92年
有37,879人次；93年有38,777人次；94年有37,153人次；95年有38,811人次；96年有49,396人次；97年有50,304人次；98年有51,470人次；99年有50,568人次，有原告六院彙總醫院志工服務總人次、服務人日及用人費用估算表可稽，足證原告具備慈善救濟本質。
⑧原告用醫院的人力與資源去推動成立「人醫會」，以醫院
的醫事人員作為「人醫會」的當然成員，並以「人醫會」作為原告「社區健康中心」的團隊之一，由原告花蓮總院院長林俊龍擔任「人醫會」的全球召集人，藉由原告的醫療專業人力與設備，作為「人醫會」的基礎，由原告發動並擬定計畫，以「人醫會」名義帶動原告以外的國內外醫生、護士，來擴大慈善救濟的力量與成效，共同投入慈善救濟之義診工作，國內外找不到第2家醫院對慈善救濟的投入做到這個程度，此有臺灣地區慈濟人醫會義診服務統計及國際慈濟人醫會義診服務統計暨現場照片可證。從原告有志、有心結合國內外慈善救濟力量，以擴大慈善救濟之成效上，足證原告具備慈善救濟本質。
⑵提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作：原告從事社會救
助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利與權益保障法、老人福利法所規定之社會福利項目，此有原告慈善救濟執行報告可稽。上開報告業經原告財務室主任謝秀圓及醫事室主任陳星助會同用印，係私文書，具證據能力，其中所附統計表、私文書及照片等資料亦具證據能力。
⑶持續性：持續從事慈善救濟才是慈善救濟事業，醫療慈善
救濟團隊不是天上掉下來的禮物，原告要能長久從事慈善救濟，將慈善救濟當作事業，因此長期訓練能參與醫療救濟服務或慈善救濟工作的人力，包括醫療志工在內，並持續不懈地從事醫療救濟服務及慈善救濟工作。由原告慈善救濟執行報告足證原告係持續從事醫療救濟服務及慈善救濟工作。
（八）直接供辦理事業所使用之自有房屋：
1.原告對於到院診治之70歲以上老人一律給予醫療補助，對於貧病老人，則不問科別，進一步再予醫療補助，而決定醫療補助、提供醫療補助及實施醫療行為，均係在醫院房屋內進行，有老人醫療費用折扣優免電腦系統畫面及貧病老人醫療補助單可稽，足證醫院房屋也同時是直接供醫療慈善救濟使用，符合直接供辦理事業所使用之自有房屋之要件。
2.任何大型慈善救濟行動都需要結合人力與物資，擬訂計畫、決策、調動人員、集合物資。原告急難救助、災害救助也不例外，有關計畫的擬訂與決定、人員的調集、物資的調度、視訊連線以瞭解現場物資和人員的需求而作物資與人員的配置調度，及其他特殊狀況之協助處理決定，都是在醫院房屋內進行，不可能徒憑至災區現場臨時規畫可以成事。
3.義診計畫（免費醫療補助）的擬訂與推動，義診人員（包括醫護人員與醫療志工）的職前訓練與在職訓練也都是在醫院內進行。病友團體、衛教團體、老人健康講座等活動也多利用醫院房屋進行，有慈善救濟執行報告所附照片可證。
4.社會救助法規定之急難救助、災害救助並不能以醫院內進行為限。倘限於在醫院內進行急難救助、災害救助始得免徵房屋稅，未免不食人間煙火，絕非慈善救濟事業免徵房屋稅之立法目的。很多身心障礙者、老人或貧困家庭是無力到醫院診治或身處醫療資源不足之偏遠地區，原告不遠千里、不辭辛勞前往提供義診服務、對老人、低收入戶等病患作居家關懷，前往災區從事社會救助法所定之災害救助，反而不能免徵房屋稅，依舉輕以明重之法理，應非房屋稅條例第15條第1項第2款之立法本旨。
5.家扶中心補助低收入戶學生學費，也要到宅訪視，難道家扶中心的房屋不能免徵房屋稅？之所以財政部以64年11月4日臺財稅字第37824號函認定教會附設醫院為慈善救濟事業後，還要再以同年12月19日臺財稅字第38987號函釋直接釋疑：「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日臺財稅第37824號函示免徵房屋稅。」即財政部認為所謂「直接供辦理事業所使用之房屋」，在醫院之情形，係指「直接供醫院使用之房屋」免徵房屋稅，而不是必須「直接供進行醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務使用之房屋」或「直接供慈善救濟使用之房屋」；且財政部直接例示醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等應屬「直接供醫院使用之房屋」，被告之見解顯與財政部之函釋牴觸，殊無可採。
（九）衛生署之認定符合法律規定之意旨：
1.內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函稱：「說明：‧‧‧二、‧‧‧查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利‧‧‧等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業，本部有關法規並未就慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準加以範定，準此，本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。」等語。內政部認為各目的事業都可以從事慈善救濟，社會福利事業只是慈善救濟範疇的一部分，並非只有向內政部立案的社會福利事業，才可以是慈善救濟事業，向衛生署立案的醫療財團法人，也可以是慈善救濟事業，是依前開內政部之函文，衛生署認定原告為慈善救濟事業乙節，與內政部所認知之法律規定意旨並無不符之情形。被告辯稱原告未向內政部立案，且是醫療財團法人，不是社會福利事業，所以不是慈善救濟事業云云，與上開內政部函文牴觸，實無可採。
2.又內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函稱：「說明：‧‧‧三、‧‧‧（三）綜上，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，應由其醫療事業主管機關行政院衛生署認定。」等語。醫療財團法人既係向衛生署立案，其是否慈善救濟事業，依行政一體原則，自應由衛生署認定，內政部上開函文與原告見解相同。衛生署每年考核原告經會計師簽證之財務報表，並以衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函認定原告係屬慈善救濟事業，其認定結果，復與原告慈善救濟執行報告顯示原告確實持續從事醫療救濟服務或慈善救濟工作，而具備慈善救濟本質之事實相符，衛生署認定原告是慈善救濟事業之結論並無違誤。
3.衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函以原告具備「提供醫療救濟服務」及「持續性」等兩項要件，故屬「慈善救濟事業」。上開衛生署函文之標準，並未超出房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」文義解釋之範圍，亦未違反行政程序法第6條課稅公平原則，且符合中央法規標準法第5條第2款及第6條之規定，並未逾越法律之授權；復未與內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所示「本部上開相關規定」之法律意旨相違或牴觸；且未違反司法院釋字第478號及第530號解釋替原告量身定作於法無據之限制性或排除性標準，或增加法律所無之限制。是衛生署認定原告為慈善救濟事業，符合法律規定之意旨。
4.內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函稱：「說明：‧‧‧二、‧‧‧本部（社會司）僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。三、‧‧‧查醫療財團法人係依據醫療法相關規定向衛生署申請設立，非屬本部（社會司）主管之依民法及『內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點』許可設立之全國性財團法人社會福利慈善事業基金會，爰醫療財團法人毋須向本部（社會司）申請立案。」等語。該函並檢附內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號函及同年月31日內授中社字第1000012304號函。依前開內政部函文，內政部已否認其為慈善救濟事業之中央主管機關，而應由醫療事業主管機關衛生署認定，且無須再向內政部立案。內政部並以檢附函文之方式引用衛生署所為原告是慈善救濟事業之認定，據以回覆財政部，足證內政部認為衛生署之函文符合法律規定之意旨，否則不會引用。
5.內政部審查原告慈善救濟執行報告後，以100年11月24日內授中社字第10007010432號函復：「說明：‧‧‧二、本案依行政院衛生署認定，貴院91-99年慈善救濟執行報告內容辦理『經濟個案補助項目』，符合醫療法施行細則第30條之1規定所列醫療救濟事項之範圍，且前開各年度醫療救濟支出占醫療收入結餘比例，皆已超過醫療法第46條規定之比例。三、本部就是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，說明如下：（一）統計表二、『兒童少年照護及福利類』頁18-頁22及頁115-頁148中，禪光育幼院醫療補助、新北市政府兒童醫療補助等，屬社會救助範疇，至兒童發展聯合評估中心（早期療育部分）、兒童復健中心團體（花蓮）、兒少保護個案（花蓮、大林、臺中）等，屬社會福利服務範疇。（二）推動骨髓移植、安寧療護、器官捐贈及主動提供弱勢民眾貧病生活補助、健保費補助、低收入戶醫療補助及遊民免費義診等服務，係該醫院基於公益目的而自行辦理之社會救助性質之優免措施；另該院慈善救濟執行報告內容（如55、56等頁內容），對於生活陷困民眾其醫療費用或喪葬費用無力負擔者，給予急難救助，核屬社會救助範疇，即執行報告內容第1頁91年至99年11月醫院慈善救濟統計表內『經濟個案補助費用』（醫療、看護、交通、生活、喪葬等費用）合計11億2,904萬464元。（三）辦理『病友團體』『社區居家關懷』『社區公共衛生教育』3項目尚符合『身心障礙者權益保障法』第21條、第22條及第23條規定之服務提供，係屬提供身心障礙者健康維護及生育保健，與醫院應為住院之身心障礙者提供出院準備計畫等相關服務。（四）辦理『老人照護及福利類』項目計有18項，其中『社區長者關懷服務』、『貧困老人輔具轉贈』、『老人保護個案』、『社區老人獨居探訪』、『高齡老人情緒疏導』、『高齡長者就醫及保險資訊提供說明』、『主動關心高齡老年人』、『銀髮族社區健康講座』等項目尚符合『老人福利法』第17條及第18條規定之服務提供。」等語。是上開內政部函文已從實質認定原告是慈善救濟事業，且認為原告所從事之慈善救濟，確有參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所稱「本部上開相關規定」。
6.內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函稱：「說明：‧‧‧二、‧‧‧有關財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟認定案，業經本部函請衛生署表示意見並於100年11月24日以內授中社字第1000701043號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認定。至於其立案並不以向本部立案為限，屬經衛生署許可立案。」是內政部再度闡明原告是業經立案之慈善救濟事業，並重申原告所從事之慈善救濟，係參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函所稱「本部上開相關規定」即符合原兒童及少年福利法（現為兒童及少年福利與權益保障法）、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定。
7.財政部100年12月12日臺財稅字第10000478210號函亦載明：「說明：‧‧‧二、有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政。此決議與本部100年7月6日臺財稅字第10004717670號函、同年8月3日臺財稅字第10000273810號函復臺中高等行政法院、高雄高等行政法院意見尚屬一致。三、另查內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復臺北高等行政法院、高雄高等行政法院。有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明。」等語。財政部亦已表明尊重內政部所為原告是慈善救濟事業之認定。
（十）醫療志工是慈濟醫院的志工：
1.醫院要能持續從事慈善救濟才是慈善救濟事業。原告要能長久從事慈善救濟，將慈善救濟當作事業，需要長期訓練能參與醫療救濟服務或慈善救濟工作的人力，包括醫療志工在內。有鑑於全球暖化，災變頻仍，災區需要大量人力，才足以發現病患、清理環境、協助搬運大體、宣導衛教、建立醫療站、提供醫療補給、給與醫護人員協助，否則很快會成為疫區，不是只靠少數的醫療團隊就能應付。一般志工如果沒有醫療志工的訓練，在惡劣環境下，極易受到感染，成為拖累。醫療救濟服務是專業的慈善救濟服務，訓練醫療志工是建立醫療慈善救濟體系的重要環節。在災區或貧困地區沒有人力如同沒有米一樣，都是沒有辦法發放賑濟。原告為了具備提供醫療救濟服務及慈善救濟工作中所需的人力要素，無償進行醫療志工的職前訓練與在職訓練，包括感染控制、醫學常識、護理照護病患的技巧、衛教宣導、生命教育、身心靈照顧等課程；原告持續無償訓練醫療志工，就是屬於為醫療救濟服務及慈善救濟工作而付出。
2.由於慈濟基金會沒有醫療專業人員，也沒有相關設備器材，是無法訓練醫療志工，故由原告負責訓練醫療志工。經原告每年免費訓練出來的醫療志工，就是原告之志工，即使該志工亦參與其他基金會的活動而擔任他人的志工，甚至接受他人的其他訓練，但仍無礙其具備於原告醫療志工之資格，得隨時報名參加原告的義診活動或其他活動。
3.醫療志工在原告之義診活動或其他活動中，執行其志工職務，過失致他人受傷甚至死亡，依民法第188條規定，該志工係屬原告事實上之受僱人，原告應負僱用人之侵權行為連帶賠償責任，故該志工當然為原告之志工。一旦報名參與原告規劃推動之義診活動或其他活動，在該活動中即屬原告之志工。
（十一）土地稅減免規則第8條第1項第5款：
1.按「私有土地減免地價稅或田賦之標準如下：‧‧‧五、經事業主管機關核准設立之私立醫院、捐血機構、社會救濟慈善及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業，其本身事業用地，全免。但為促進公眾利益之事業，經由當地主管稽徵機關報經直轄市、縣（市）主管機關核准免徵者外，其餘應以辦妥財團法人登記，或係辦妥登記之財團法人所興辦，且其用地為該財團法人所有者為限。」土地稅減免規則第8條第1項第5款定有明文。上開規定完全沒有私立醫院不得為慈善救濟事業之意涵，否則「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」將無法符合慈善救濟事業之標準。
2.土地稅減免規則並非房屋稅條例之授權命令，不得作為房屋稅條例法律用語之解釋依據。且土地稅減免規則並無房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語，且未定義何謂「私立慈善救濟事業」。
3.土地稅減免規則第8條第1項第5款所稱「社會救濟慈善事業」，與房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語不同，且無論「私立醫院」、「社會救濟慈善事業」均為土地稅減免規則第8條第1項第5款所列免徵地價稅之對象。而原告既是私立醫院，亦是慈善救濟事業。
4.土地稅減免規則第8條第1項第5款在最後加上「及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業」之概括用語，來擴大地價稅免徵對象之範圍。從而，土地稅減免規則將「私立醫院」與「社會救濟慈善事業」分別例示，尚無法據此作出「醫療財團法人」不得被認定為慈善救濟事業之結論。
（十二）應否適用老人扶、療養院之認定標準：被告援引財政部85年7月5日臺財稅字第851116753號函檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄，主張須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得免徵房屋稅云云。惟查：
1.國內各財團法人醫院之成本及費用占其醫療收入均在90％以上，多數在95％以上，平均約在97％，此有衛生署網站上公開之各財團法人醫院財務報表可證。以其中經營績效著稱之長庚醫院為例，該醫院院區位於都會地區，而其98年度醫務利益率僅為7％而已，換言之，100元的醫療收入，就要有93元的成本及費用，盈餘只有7元。然依被告所辯醫療財團法人必須將醫療收益全部投入慈善救濟，才算是慈善救濟事業云云。試想醫療財團法人如要符合此一標準，不出數月內必然倒閉、破產，根本不可能持續從事慈善救濟，被告竟將只需低成本經營之老人扶、療養院之標準，適用於原告，其所辯無異於殺雞取卵，在事實上根本不可行，抑且在法律上毫無依據。
2.何況老人扶、療養院與老人間係訂立「照護」「醫療」及「旅館」之有償混合契約，其收費約在16,000元至31,000元不等。老人扶、療養院提供「照護」「醫療」及「旅館」等服務，並未作出任何慈善救濟工作。而依前開會議紀錄之標準，僅係要求老人扶、療養院收益全部用於其目的事業，是老人扶、療養院亦未如被告所辯將全部收益用於「慈善救濟事業」，被告有何理由援引其例適用於原告，而不適用於「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」？
3.財政部85年7月5日臺財稅字第851116753號函僅係檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄。前開內政部會議紀錄並非財政部函釋，自無法規命令之效力。
4.內政部係社會福利事業之主管機關，而非慈善救濟事業之主管機關，且由上開會議紀錄之文義，係就財團法人老人福利機構作出決議，與財團法人醫院無關，無從拘束教會附設醫院、財團法人教會醫院或原告。內政部亦從未將此標準適用於向內政部民政司立案之「教會附設醫院」，而財政部亦從未將此標準適用於向衛生署立案之「財團法人教會醫院」。被告若主張有適用於「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」，因屬積極事實，應負舉證之責。被告顯係為原告量身定作於法無據之上開排除要件，違反行政程序法第6條之規定。
5.衛生署98年1月12日衛署醫字第0970053721號函記載：「說明：‧‧‧四、經查貴部97年11月4日臺財稅字第09704553970號函所稱臺灣基督教會附設紀念醫院，應屬於現行醫療法所指本署所管具宗教團體背景之醫療財團法人，‧‧‧，本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形。爰建請貴部（即財政部）依前開函說明二，考量各該醫療機構權益不應因政府之行政管理需求而遭平白減損，予以覈實從寬認定。」等語。財政部為此以98年4月9日臺財稅字第09804526600號函釋行文各地方稅務局略以：「說明：‧‧‧二、‧‧‧又案經行政院衛生署前揭函略以：『‧‧‧，本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形‧‧‧』本部同意上開內政部及行政院衛生署意見。‧‧‧四、‧‧‧．旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」等語。由上可知，無論衛生署或財政部均未以全部收益用於目的事業之標準適用於具宗教慈善救濟性質之醫療財團法人。
6.上開內政部會議紀錄將全部收益直接用於各該目的事業始得免徵房屋稅之見解，並非房屋稅條例第15條第1項第2款之要件，其見解非但於法無據，抑且違反中央法規標準法第5條第2款及第6條規定。被告自不得以於法無據之決議拘束原告。
7.「慈善救濟事業」是房屋稅條例第15條第1項第2款所定之法律名詞，是否「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之定義內涵，超出此範圍之標準或解釋，均屬增加法律所無之限制。是上開「將全部收益直接用於各該目的事業」之見解，違反司法院釋字第478號及第530號解釋意旨而增加法律所無之限制。
8.按「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日臺財稅第37824號函示免徵房屋稅。」為財政部64年12月19日臺財稅字第38987號函所釋示。是財政部係直接認定教會附設醫院就是慈善救濟事業，並未要求教會附設醫院必須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認屬慈善救濟事業，只要房屋係直接供醫院使用，即得免徵房屋稅。原告同屬醫院，殊無作不同解釋之理由。被告並無權為原告量身定作限制性或排除性之標準。
9.內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函係要求認定醫療財團法人是否屬慈善救濟事業時，必須參考「本部上開相關規定」，而非要求參考前開關於老人扶、療養院之會議紀錄。何況上開內政部96年12月17日函及財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函、衛生署96年12月6日衛署醫字第0960053851號函業已分別就「醫療財團法人」得否同時是「慈善救濟事業」設有認定之標準，即：⑴提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利與權益保障法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作；⑵持續性；⑶具備慈善救濟本質等3項要件，均未以「全部收益直接用於目的事業」作為認定標準進而要求教會附設醫院、財團法人教會醫院或其他醫療財團法人。下級機關無權推翻上級機關之標準而另訂標準。
10.原告是否為慈善救濟事業，係主管機關事實認定之問題。衛生署業已以96年12月5日衛署醫字第0960053851號函認定原告及其各分院應可認屬慈善救濟事業。有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政後，內政部審查原告之慈善救濟執行報告後，以100年11月24日內授中社字第10007010432號函及101年1月4日內授中社字第1000701331號函認定原告是慈善救濟事業，而財政部100年12月12日臺財稅字第10000478210號函亦載明：「內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復臺北高等行政法院、高雄高等行政法院。有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明。」等語。基此，無論衛生署、內政部、財政部均未以須將全部收益直接用於目的事業作為認定原告是否為慈善救濟事業之標準。
11.退萬步言，原告否認有將收益用於目的事業以外之情形，此有衛生署網站公開之原告經會計師簽證之財務報告為證。網站公開已屬公知之事實，倘原告有將收益用於目的事業以外，因屬積極事實，應由被告負舉證責任，然被告並未舉證以實其說，是其所辯自無可取等情。並聲明求為判決訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）關於課徵97年度房屋稅超過1,373,526元部分均撤銷。
三、被告則以：
（一）按「憲法第19條規定『人民有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。」業經司法院釋字第369號及第496號解釋揭櫫甚明。而租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。房屋稅條例第15條第1項第2款規定，業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。故該規定房屋稅之免徵，應具備：1.須為經立案之私立慈善救濟事業；2.已完成財團法人登記；3.不以營利為目的；4.直接供辦理事業所使用之自有房屋等4項要件。而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。
（二）查慈濟基金會係於69年1月16日由前臺灣省政府社會處核准立案，經內政部於84年1月25日同意改隸該部，並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告則係於73年12月27日經衛生署核准設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，二者間分屬單獨成立之財團法人，原告雖由慈濟基金會捐助，然其非慈濟基金會之附設醫院，自不得依財政部64年11月4日臺財稅字第37824號及同年12月19日臺財稅字第38987號函釋免徵房屋稅。又原告乃係衛生署核准設立之醫療財團法人，而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然從事慈善救濟事業，且依財政部100年7月6日臺財稅字第10004717670號函釋，醫療財團法人雖係經衛生署許可並向法院登記之財團法人，並非屬經立案之慈善救濟事業，故依臺灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函釋及財政部71年12月8日臺財稅字第38854號函釋規定，醫事財團法人因不符房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，其自有供事業用房屋即無免徵房屋稅。是被告以其不合免稅要件，依房屋稅條例第3條規定，就系爭房屋使用執照之構造，依各樓層實際用途及面積等核定應稅與免稅面積及房屋評定現值，分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率分別課徵97年房屋稅，於法並無違誤。
（三）原告係依據醫療法成立之醫療財團法人，惟按醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，而醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立（參見最高行政法院101年度判字第144號判決），故原告不得以醫療法第46條規範所為之公益作為其以「慈善救濟事業」為目的事業之論的：
1.所謂「慈善救濟事業」，參照司法院院字第817號解釋，自應指濟貧、救災、養老、卹孤及其他以救濟為目的之事業而言（參見最高行政法院73年度判字第54號判決）。另按「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。‧‧‧。」「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」分別為醫療法第1條及第5條第2項所明定。可知醫療法係以「從事醫療事業辦理醫療機構」，並非以從事「慈善救濟」之目的而訂立，顯見醫療財團法人非以從事「慈善救濟事業」為目的而設立。至醫療法第46條雖規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」惟本條係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立。
2.由財政部100年7月6日臺財稅字第10004717670號函及同年8月3日臺財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款經立案之私立慈善救濟事業所有房屋得免徵房屋稅，係就該事業從事慈善救濟，主在補足政府對於提供社會福利或社會救助之不足，爰就其直接辦理事業所使用之自有房屋准予免徵。至慈善救濟事業之認定應以主要成立目的及核心業務係為從事社會福利或社會救助為主。醫療法並非為慈善救濟目的所訂定，旨在規範醫療事業，縱其於醫療法規範財團法人醫院年度醫療收入結餘10％以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，尚不得即認為其屬慈善救濟事業。
3.參照立法院公報第75卷第81期第167頁及同卷第90期第91頁委員會紀錄，說明醫療法第46條規定醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之規範，係因財團法人醫院之收費標準與一般醫院一樣，但享有土地稅、營業稅、綜合所得稅免稅，故應提撥部分收入作社會公益事業及教育訓練之用，如此對醫院、社會皆有利，而非據此就可認定為慈善救濟事業。
4.土地稅減免規則已將「財團法人醫院」與「社會救濟慈善事業」分開列示：按「私有土地減免地價稅或田賦之標準如下：‧‧‧五、經事業主管機關核准設立之私立醫院、捐血機構、社會救濟慈善及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業，其本身事業用地，全免。但為促進公眾利益之事業，經由當地主管稽徵機關報經直轄市、縣（市）主管機關核准免徵者外，其餘應以辦妥財團法人登記，或係辦妥登記之財團法人所興辦，且其用地為該財團法人所有者為限。」土地稅減免規則第8條第1項第5款定有明文。由上可知，「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」與「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益見所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。
5.所得稅法將「公益事業」與「慈善事業」分開列示：按衛生署公告之「醫療財團法人捐助章程」參考範例第3條規定：「本法人除醫療服務事業外，得辦理下列公益事業：
一、醫事人員培養。二、醫學研究。三、社會大眾健康之促進。四、護理、精神復健等服務。五、老人、身心障礙者及其他社會福利服務。六、其他醫療公益有關之事業。」可知財團法人醫院之業務範疇本質上係從事醫療事業之公益事業。次按所得稅法第4條第1項第13款規定：「左列各種所得，免納所得稅：‧‧‧十三、教育、文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得。」可見所得稅法係將「公益事業」與「慈善事業」分開列示，益見醫療財團法人公益事業非等同慈善救濟事業。
6.另按「合於第4條第13款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織，應依第71條規定辦理結算申報；其不合免稅要件者，仍應依法課稅。」為所得稅法第71條之1第3項所明定。再按「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：一、合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案。‧‧‧八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70％。但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此限。」「符合前條規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。」行政院訂頒之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第1款、第8款及第3條第1項分別定有明文。又「說明：‧‧‧三、本標準所稱『銷售貨物或勞務』，係指將貨物之所有權移轉與他人，以取得代價者，為銷售貨物；提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者，為銷售勞務。四、慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，其取得之代價含有捐贈收入性質，得不視為本標準所稱『銷售貨物或勞務』。」為財政部84年3月1日臺財稅字第841607554號函所釋示。
7.查醫療財團法人財報科目區分為銷售貨物或勞務之收入及銷售貨物或勞務以外之收入兩部分，依前揭所得稅法第4條第1項第13款及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入包含捐贈收入、利息收入、租賃收入及其他非醫務收益等項目，符合行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。益證醫療財團法人房屋稅、土地稅、營業稅、所得稅之減免，乃應依各該稅法規定辦理，並非依醫療法第38條第2項規定即當然得予減免。其次，慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，得不視為「銷售貨物或勞務」，免予課徵所得稅，此為前揭財政部84年3月1日臺財稅字第841607554號函所釋示，然銷售貨物或勞務之醫療收入之所得依法應課徵所得稅，顯見醫療財團法人稅法上非即當然為「慈善救濟事業」。
（四）原告引用衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函，主張該署已行使職權認原告為慈善救濟事業云云，顯有不當：
1.依據財政部100年7月6日臺財稅字第10004717670號函及同年8月3日臺財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「立案」係指經「慈善救濟事業」主管機關核准許可。復依內政部組織法第4條及第13條規定，內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、推行、指導及監督事項，是以慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部之職權。另依據行政院衛生署組織法第1條、第4條及第6條規定，行政院衛生署掌理全國衛生行政事務，其雖設有醫事處，但確係為掌理醫事機構設置許可等醫事管理事項，是有關慈善救濟事業之認定，尚非該署之職掌；故針對衛生署所援引醫療法第46條規範醫療財團法人應提撥下限為其「收入結餘10％」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據，既經最高行政法院所不採，且審認慈善救濟事業之立案及監督係屬內政部職掌，則衛生署所為認定自不可作為符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之依據。
2.衛生署逕依醫療法第46條規定，將醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，無異是將公益性之醫療財團法人與慈善救濟財團法人劃上等號。蓋醫療財團法人本身即應具有公益性，其依醫療法第46條提撥年度醫療收入結餘（非全部收入）之10％，應屬回饋社會之機制，然公益事業未必等同慈善救濟事業，是慈善救濟事業其定義應是狹義性之公益（亦即應為濟貧、救災、養老、卹孤及其他以救濟為目的之事業），是衛生署泛將符合醫療法第46條規定之醫療財團法人均視為慈善救濟事業，則全國醫事財團法人均視為「慈善救濟事業」，據此衛生署認定醫療財團法人為慈善救濟事業者，基於平等原則，以公益為目的而設立之各種型態財團法人，均比附援引認定為慈善救濟事業，則房屋稅條例第15條第1項第2款規定無異是形同具文。
3.依衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函所示，醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，核與財政部85年7月5日臺財稅字第851116753號函檢送內政部85年6月22日研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄：「財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認定屬慈善救濟事業相較，有違比例原則。
（五）原告實質上係以從事「醫療事業」為主要目的事業，而非以從事「慈善救濟」為主要目的事業：
1.按「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」「本法第46條及第53條所定醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之範圍如下：一、貧困家庭、弱勢家庭、無依或路倒病人所需醫療費用，及其因病情所需之交通、輔具、照護、康復、喪葬或其他特殊需要之相關費用。二、輔導病人或家屬團體之相關費用。三、辦理社區醫療保健、健康促進及社區回饋等醫療服務之相關費用。四、便民社會服務之相關費用。五、配合政府政策辦理國際醫療援助之相關費用。」分別為醫療法第46條及同法施行細則第30條之1第1項所明定。次按「第5條第2項第1款所定收支餘絀表、第2款所定損益表之科目分類與其帳項內涵及應註明事項如下：一、醫務收入：指因提供醫療服務所獲得之收入；其認列應依財務會計準則公報第32號規定辦理；支付點值調整及健保核減，應列為門急診收入－健保及住院收入－健保之減項；其科目之分類如下：（一）門急診收入－健保。（二）門急診收入－非健保。（三）住院收入－健保。（四）住院收入－非健保。（五）其他醫務收入－健保。（六）其他醫務收入－非健保。二、醫務成本：指因提供醫療服務所產生之費用，包括人事費用、藥品費用、藥品存貨盤盈（虧）、醫材費用、醫材存貨盤盈（虧）、折舊費用、租金費用、事務費用、社會服務費用、教育研究發展費用、其他設備費用及其他醫務費用等；其科目性質及應註明事項如下：（一）依職工福利金條例所提撥之福利金與依本法第46條及第53條規定應提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等，應列為費用。（二）財務報表應附註揭露依本法第46條及第53條規定所提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等各項費用之期初提撥金餘額、當期支用金額、當期提撥金額、當期用途明細及期末提撥金餘額，並說明提撥已逾2年尚未支用之金額等資訊。三、管理費用：指因行政管理部門所發生之薪資、租金、文具用品、旅費、運費、郵電費、修繕費、廣告費、水電瓦斯費、保險費、交際費、稅捐、呆帳、折舊、各項耗竭及攤提、伙食費及職工福利等費用。四、非醫務活動收益及費損：指非因提供醫療服務所發生之收益及費損，包括利息收入、投資收入、租金收入、捐贈收入、研究計畫收入、其他非醫務收益、董事會費用、利息費用、租金費用、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分固定資產損益、處分投資損益、減損損失、減損迴轉利益、存貨跌價損失、捐贈費用、募款活動費用及研究計畫費用等。五、利息收入、利息費用及研究計畫收入、研究計畫費用，應分別列示。六、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分投資損益等，得以其淨額列示。七、醫療財團法人應將捐贈收入依捐贈人是否限制捐贈資產之使用用途及限制之程度，分為捐贈收入－未受限、捐贈收入－暫時受限及捐贈收入－永久受限3類。八、所得稅費用，其所得稅之計算、分攤及表達方式，應依財務會計準則公報第22號規定辦理。九、會計原則變動之累積影響數，應單獨列示。十、本期淨利或淨損：指本期之盈餘或虧損。本期淨利或淨損於醫療財團法人，稱為本期餘絀。」為醫療法人財務報告編製準則第20條所規定。
2.另由原告向國稅局申報之96至97年度所得稅結算申報書及會計師之稅務簽證申報查核報告書觀之，原告從事醫療服務，收入來源大部分來自醫務收入，並非無償。除前揭醫療法人財務報告編製準則第20條所規定之醫務成本、管理費用、非醫務活動費損，未見帳列有其他之貧困優免或無償救助之支出，足認原告實質上係以從事「醫療事業」為主要目的事業，而非以從事「慈善救濟」為主要目的事業。
3.又機關或團體符合行政院訂頒之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條規定者，其本身之所得及附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅。其中現行教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項第8款定有「機關團體用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70％」之規定。上開支出比例，依財政部89年6月1日臺財稅第0000000000號函釋示，係以機關團體「用於與其創設目的有關活動之支出（包括銷售與非銷售貨物或勞務之支出）」占其「創設目的有關收入（包括銷售與非銷售貨物或勞務之收入）加計其創設目的以外之所得額及附屬作業組織之所得額」之比例計算為準。是機關團體之年度收入及支出，如與其創設目的活動有關，均應予以計入支出比例之分母與分子，據以核定其是否符合該條款規定。又醫療財團法人依所得稅法第4條第1項第13款及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入，符合前述行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。據此，財政部臺灣省北區國稅局核定原告91至96年度應稅所得額，當課稅所得額均為負數時，依前述規定，屬銷售貨物或勞務以外收入之免稅所得，自未列入計算，但核定本期餘絀數，銷售與非銷售貨物或勞務之收入，均應予以計入。惟依原告
96、97年度教育文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織結算申報書顯示，其中義診費、醫療社會服務費用、捐贈衛生署等費用僅占與創設目的有關支出1.48％、1.56％；占與創設目的有關收入1.19％、1.11％（參見最高行政法院101年度判字第144號判決），可知原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的事業。
4.原告捐助章程第4條關於原告業務範圍之規定，其中列明與慈善救濟有關者僅第10款「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及第12款「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，已非無疑。且依原告捐助章程第16條雖敘明「決算後若有結餘提存充實本院基金50％餘得撥充社會慈善救濟事業」，然查原告帳載91至98年度平衡表觀之，其91至98年度淨值之變動，由原有永久受限淨值－登記（創設）基金及暫時受限淨值－擴建基金4,983,072,565元，增加為16,695,066,886元及4,439,912,161元，亦未見設有社福基金，顯見原告決算後結餘只提存充實該院登記（創設）基金及擴建基金，益見原告實質上係以從事「醫療事業」為主要目的事業，而非以從事「慈善救濟」為主要目的事業（參見臺北高等行政法院100年度訴更一字第28號判決）。
5.依財政部臺灣省北區國稅局花蓮縣分局提供原告各年度機關或團體及其作業組織結算申報核定通知書顯示，91年至97年核定及98年申報，應稅部分：銷售貨物或勞務收入淨額分別為4,758,100,488元、5,393,628,897元、6,357,985,606元、7,718,329,595元、10,694,090,181元、12,498,201,911元、13,062,860,742元、13,611,645,662元；銷售貨物或勞務支出分別為5,140,186,971元、5,851,927,581元、6,956,868,272元、8,842,050,157元、11,568,119,412元、12,749,409,038元、12,430,638,524元、13,545,106,493元；課稅所得額分別為-382,086,483元、-458,298,684元、-598,882,666元、-1,123,720,562元、-874,029,231元、-251,207,127元、0元（原課稅所得應為632,222,218元，因扣除前5年內各期銷售貨物或勞務累計虧損632,222,218元）、0元（原課稅所得應為66,539,169元，因扣除前10年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額66,539,169元）。免稅部分：銷售貨物或勞務以外之收入分別為1,113,697,005元、1,094,187,704元、544,553,347元、1,138,021,311元、1,303,607,721元、3,292,862,501元、4,616,683,529元、1,185,261,442元，扣除當年度成本費用或損失（與創設目的有關活動之支出）後餘絀數額分別為731,610,522元、635,889,020元、-54,802,882元、13,663,398元、429,096,198元、3,041,362,374元、5,039,515,646元、1,036,278,365元，91年至98年累計結餘金額為10,872,612,641元，從原告申報之各年期餘絀處理分析表顯示，其收入結餘均未見全部投入慈善救濟工作，難謂慈善救濟事業為原告的主要目的事業（參見臺北高等行政法院100年度訴更一字第28號判決）。
6.就原告所提出之91年至99年11月之慈善救濟執行報告，有關慈善救濟支出明細表及慈善救濟執行報告均係自行製作之文書資料，其項目雖載明經濟個案補助費用、器官捐贈補助費用、辦理病友團體費用、社區居家關懷費用、社區公共衛生教育、志願服務教育訓練費用、義診費、諮詢及資源轉介事務費用等，然該等慈善救濟支出內容經核與原告向衛生署申報之收支餘絀表及「醫療社會服務費用明細表」內容觀之，除義診費及社服室費用外，其餘慈善救濟支出項目皆僅係遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定所提撥之醫療社會服務費用，且經查原告所列出之93年至98年慈善救濟支出金額其所提撥比例約為醫療收入淨額之1％左右，益見原告非係以慈善救濟事業為其目的事業。
7.又按稅捐稽徵程序，稅捐稽徵機關雖依職權調查原則而進行，惟有關課稅事實，多發生於納稅義務人所得支配範圍，為貫徹公平合法之課稅目的，因而課納稅義務人申報協力義務。準此，納稅義務人依個別稅捐法規之規定，負有稽徵程序之申報協力義務，實係貫徹公平及合法課稅所必要。原告得否免徵房屋稅之免稅要件事實，亦即實質上是否以從事慈善救濟事業為主要目的事業之相關證據資料，諸如原告直接從事慈善救濟事業之支出、盈餘之實際運用方式、實際提撥於慈善救濟事業之比例，均由原告所管領，自應由原告舉證以實其說。本件原告雖提出97年相關慈善救濟支出明細分類帳證明其慈善救濟執行報告所列之慈善救濟支出，然依據原告91年至99年之慈善救濟執行報告，有關貧病生活補助係由原告將需生活扶助的病患轉介由慈濟基金會提供生活扶助，另依據原告所提出之97年「慈善救濟財會系統分類帳」，可知對於原告所提出經濟個案醫療補助中，慈濟基金會亦有提供貧困醫療費用補助，另其他基金會亦有相同之補助情形，是對於原告所列舉所有之貧困醫療支出，究係是否透過慈濟基金會或其他基金會轉介並直接提供補助？另查有關經濟個案補助費用約有80％以上皆係原告所稱「門診、急診、住院殘障老人優待及福保之醫療優免」分別轉入經濟個案補助，惟所謂醫療優免本係原告對於「醫療收入」之減項，其並無實際補助支出，且對於原告此項轉列費用並無時間、對象、條件及用途，無從認定是否符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、老人福利法及兒童及少年福利與權益保障法等相關規定要件。又原告91年至99年皆有來自慈濟基金會之應收醫療款，而依據94至96年應收醫療款明細表可知，原告對慈濟基金會之應收醫療款係用作門診收入，另參見97年至99年之財務資料，原告96年至99年皆有來自慈濟基金會之「醫療收入」，且此等醫療收入之比例約佔全年醫療收入之1％至2％。是原告對於門診、急診、住院殘障老人優待及福保之醫療優免是否透過慈濟基金會給予補助？因原告僅列舉傳票號、摘要、金額，並無相關收支單據及相關帳簿文據可供核對，尚難謂其已盡協力義務。
8.另原告主張持續大量訓練醫療志工從事志工服務即為慈善救濟事業。按「為整合社會人力資源，使願意投入志願服務工作之國民力量做最有效之運用，以發揚志願服務美德，促進社會各項建設及提昇國民生活素質，特制定本法。」「本法之名詞定義如下：一、志願服務：民眾出於自由意志，非基於個人義務或法律責任，秉誠心以知識、體能、勞力、經驗、技術、時間等貢獻社會，不以獲取報酬為目的，以提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務。二、志願服務者（以下簡稱志工）：對社會提出志願服務者。三、志願服務運用單位：運用志工之機關、機構、學校、法人或經政府立案團體。」「為提昇志願服務工作品質，保障受服務者之權益，志願服務運用單位應對志工辦理下列教育訓練：一、基礎訓練。二、特殊訓練。前項第1款訓練課程，由中央主管機關定之。第2款訓練課程，由各目的事業主管機關或各志願服務運用單位依其個別需求自行訂定。」志願服務法第1條第1項、第3條及第9條分別定有明文。故舉凡提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務，皆可成立志願服務隊召募志工從事自願服務工作，且志願服務運用單位應就個別需求對志工辦理特殊訓練，此為事理之所然，況且依原告所列舉97年有關「志願服務教育訓練費用」共計17,118,340元中，僅列出2次志工在職訓練費用共計4,142元，其餘約98％之費用皆是用於志工之餐費，自難謂訓練醫療志工即為慈善救濟事業，是原告主張洵無理由。
9.至「社服室費用」，係原告社服室下設2組，即「社工組」與「志工組」，負責低收入戶、身心障礙者、老人、兒童及少年等弱勢族群之福利服務，屬於從事醫療慈善救濟或慈善救濟工作的單位，其人事、耗材、差旅事務等相關費用。惟此項費用支出之對象係社服室及其人員，並非社會救助法規定之受救助對象即低收入戶、低收入戶之傷、病患者及患嚴重傷、病者，亦非老人福利法及身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利與權益保障法等規定之老人、身心障礙者、兒童及少年。且社服室工作項目為病人與家屬之就醫說明、器官捐贈、遺體捐贈、病理解剖等事務說明及相關諮詢及轉介服務，並非社會救助法規定之「生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助」各項，均核與內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨未盡相符。
（六）基於租稅法律主義及實質課稅原則，原告並無法適用房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅：
1.按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」業經司法院釋字第420號解釋在案。基此，實質課稅原則應於實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為據。是對於實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義及實質課稅原則，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。
2.原告係依醫療法第5條及第11條規定，經主管機關衛生署以73年12月27日衛署醫字第501843號函許可設立，並經臺灣花蓮地方法院同意聲請財團法人設立登記，有法人登記證書及捐助章程可稽。則原告就系爭房屋未能提出業已向內政部或縣市政府辦理慈善救濟事業財團法人之登記，核與內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋有關社會福利事業必須符合依法經社會福利事業主管機關許可設立之要件，已有未合。且判斷事業是否為慈善救濟事業，非僅以其立案之名稱為準，依內政部100年5月23日內授中社字第1000700490號、同年5月31日內授中社字第1000012304號及同年7月19日內授中社字第1000015998號等函，並未就慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據、認定標準加以規範，應係綜合各種事證加以從實質上判斷。慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告乃是經衛生署准予設立並完成登記之醫療財團法人，然二者分屬單獨成立之財團法人，不容混為一談。故本件依據前揭說明所列舉之各種事證從實質上加以判斷，原告雖屬醫療財團法人，但並非慈善救濟事業，並無違誤（參見最高行政法院101年度判字第144號判決）。
3.政府對醫療財團法人實施租稅優惠政策，其主要目的係藉租稅減免之誘因，鼓勵醫院多從事醫療公益服務活動，慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，依據財政部100年7月6日臺財稅字第10004717670號函及同年8月3日臺財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款經立案之私立慈善救濟事業所有房屋得免徵房屋稅，係就該事業從事慈善救濟，主在補足政府對於提供社會福利或社會救助之不足，爰就其直接辦理事業所使用之自有房屋准予免徵。至慈善救濟事業之認定應以主要成立目的及核心業務係為從事社會福利或社會救助為主。醫療法並非為慈善救濟目的所訂定，原告既係依據醫療法所成立之醫療財團法人，按醫療法第1條及第5條第2項規定可知，其主要目的事業乃是從事醫療事業辦理醫療機構，並非以從事慈善救濟事業為目的而設立。況且原告遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1％左右，此等支出核與經內政部立案之「財團法人」老人福利機構，依財政部85年7月5日臺財稅字第851116753號函轉內政部符合免稅之慈善救濟事業，係免費提供設施或勞務，如有酌收必要費用者，應經主管機關證明該費用之收取為必要且不以營利為目的，並須將全部收益直接用於該目的事業，顯有差距，亦難謂符合比例原則；顯見原告所為慈善救濟支出之目的僅係為呼應醫療法第46條及同法施行細則第30條之1「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」，其實質上並非以慈善救濟事業為主要目的，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。
4.內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函雖稱：「說明：‧‧‧二、‧‧‧有關財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟認定案，業經本部函請衛生署表示意見並於100年11月24日以內授中社字第10007010431號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認可。」等語。然按內政部100年11月24日內授中社字第10007010431號函僅係對於原告所提91年至99年之慈善救濟執行報告內容去審認，惟該份報告僅是文書、統計表及照片資料，尚無實際支出單據供核，故財政部100年12月12日臺財稅字第10000478210號函說明三即明示對於內政部就原告「91年至99年慈善救濟執行項目」是否屬「社會福利服務」或「社會救助」範疇之意見，有關如何認屬慈善救濟事業，當予以尊重，並非謂原告即屬符合房屋稅條例第15條第1項第2款所揭免稅要件，是財政部並未進一步發函表示原告即屬「業經立案之慈善救濟事業」。故原告所提內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函之意見，並不影響最高行政法院對於原告非屬「慈善救濟事業」之法律見解（參見最高行政法院101年度裁字第205號裁定、101年度判字第144號及101年度判字第211號判決）。
5.退步言之，縱令原告確有依醫療法及自身捐助章程提撥年度醫療收益結餘10％至50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，惟依財政部85年7月5日臺財稅字第851116753號函檢送「內政部85年6月22日研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄」之意旨，須為收費非以營利為目的且不違反相關從事社會福利之目的，並將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業。而房屋稅條例第15條第1項第2款乃基於辦理社會福利慈善救助事業者，其營收全部及資本孳息僅能辦理社會福利慈善救助事項，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。查原告收費標準乃根據中央健康保險局之標準向就醫民眾收取自費額，並依該局標準請款，與一般診所收費標準無異，原告僅依醫療及自身捐助章程提撥年度醫療收益結餘10％至50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，並未將全部收益直接用於各該目的事業，核與房屋稅條例第15條第1項第2款立法精神及上開財政部函文檢附之會議紀錄相違。
6.又本件經查核衛生署所公示之財務報表，原告與其他同屬醫療財團法人之訴外人國泰綜合醫院、新光吳火獅紀念醫院、辜公亮基金會和信治癌中心醫院、為恭紀念醫院、長庚紀念醫院等醫院之收支餘絀表可知，原告所為94年至98年之「慈善救濟支出」（醫療社會服務費用）所占其醫療收入比例與上開醫療財團法人之「慈善救濟支出」比例相近，亦同樣僅占醫療收入些微比例。是對於上開與原告同屬醫療財團法人之訴外人等而言，同樣係依據醫療法第46條規定提供醫療救濟服務之支出，原告即可因該等支出而認定符合適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅優惠，然其他醫療財團法人卻不適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅優惠，亦違反租稅公平原則。
7.房屋稅條例第15條第1項第2款規定，本係以立案之慈善救濟事業財團法人且直接供辦理「慈善救濟事業」所使用之自有房屋為免徵房屋稅之條件，若依據原告所提之慈善救濟支出占醫療收入比率，即可認定為其目的事業為「慈善救濟事業」，對於本件系爭房屋非直接供辦理「慈善救濟事業」之用之醫療大樓、各醫學中心、辦公室等七成五以上的面積均適用免稅優惠，顯有擴大解釋房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，只要是醫療財團法人即可因衛生署之解釋函文而兼具慈善救濟事業之性質，從而享有房屋稅優惠，似違反法律之體系正義及法規範目的。是以本件系爭房屋主要係供醫療業務使用，並非直接供辦理低收入戶照護、老人、身心障礙者福利服務等慈善救濟事務之用，核與房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「其直接供辦理事業所使用之自有房屋」不符，基於租稅法定主義，本件核無房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用至明。
（七）復按行政法上之「平等原則」，並非指絕對、機械之形式上平等，而係指相同事物性質應為相同之處理，非有正當理由，不得為差別待遇而言；如果事物性質不盡相同而為合理之各別處理，自非法所不許（最高行政法院95年度判字第446號判決意旨參照）。又按財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函略以：「說明：‧‧‧二、‧‧‧又案經行政院衛生署前揭函略以：『‧‧‧本署現管具教會背景之各醫療財團法人，多陸續由其他部會主管改隸本署主管。所有宗教財團法人附設醫療機構於改隸本署前即免徵房屋稅。前開改隸本署主管醫療機構，係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，其所屬之財團法人公益性亦未嘗稍異，其自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損‧‧‧本署所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形‧‧‧』本部同意上開內政部及行政院衛生署意見。三、本案之適用對象為‧‧‧。四、‧‧‧旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」等語。上開函文係就原屬宗教團體法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本件原告原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別。從而，本件尚無比附援引前述財政部函文免徵房屋稅之餘地；況且該函亦明示該等醫院在改設為醫療財團法人後，需以該等醫院仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質並未變更者，方可准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，並非謂醫療財團法人醫院皆可認屬為慈善救濟事業。另財團法人老人扶、療養院業經主管機關內政部認定屬社會福利事業，與原告非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，二者情形不同。是原告主張其歷年來慈善救濟支出皆高於財政部98年4月9日臺財稅字第09804526600號函之適用對象即天主教若瑟醫院、高雄基督教信義醫院、天主教耕莘醫院、基督教長老教會新樓醫院、天主教聖保祿修女會醫院等教會醫院，且財團法人老人扶、療養院亦有收費，原處分有違租稅公平原則云云，核無足採，併予敘明等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、本件如事實概要欄所載之事實，業據兩造分別陳明在卷，復有被告所屬民雄分處89年7月11日嘉縣稅分二字第89207611號房屋現值核定通知書（見原處分卷第143頁）、97年1月10日嘉縣稅分房字第0966414620號函（同卷第137頁）、97年度房屋稅課稅明細表（同卷第146至159頁、第230頁）、97年房屋稅繳款書（同卷第106頁）等影本附原處分卷可稽，洵堪認定。兩造爭點為：系爭房屋（除出租予維康藥局、美髮部、靜思書軒、義美超市、荷苞山咖啡廳等營業使用，出租岳洋公司經營管理之停車場及員工餐廳等使用部分外）是否符合房屋稅條例第15條第1項第2款所定免徵房屋稅之要件？經查：
（一）按「房屋稅之徵收，依本條例之規定；本條例未規定者，依其他有關法律之規定。」「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：．．．二、非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值3％，最高不得超過5％。其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值1.5％，最高不得超過2.5％。
」「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：．．．二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」分別為房屋稅條例第1條、第5條第2款、第6條、第15條第1項第2款所明定。次按「嘉義縣房屋稅稅率規定如下：一、營業用房屋按其現值課徵3％。．．．三、住家用、自住用房屋按其現值課徵1.2％。四、私立醫院、診所、．．．等非營業用房屋，按其現值課徵2％。」嘉義縣房屋稅徵收自治條例第3條第1項亦有明文。
（二）次按「憲法第19條規定『人民有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。」業經司法院釋字第369號及第496號解釋揭櫫甚明。而租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。房屋稅條例第15條第1項第2款規定，業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。故該規定房屋稅之免徵，應具備：（1）須為經立案之私立慈善救濟事業。（2）已完成財團法人登記。（3）不以營利為目的。（4）直接供辦理事業所使用之自有房屋等4要件。而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業，合先敘明。
（三）再按「臺灣基督教會附設紀念醫院，如查明完成財團法人登記者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日臺財稅字第37824號函示免徵房屋稅。」「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」「紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅。」財政部64年11月4日臺財稅字第37824號、64年12月19日臺財稅字第38987號、71年12月8日臺財稅字第38854號及前臺灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函釋在案。查上開函釋，乃財政部及前臺灣省稅務局基於主管權責，就辦理房屋稅條例第15條第1項第2款規定案件所為之函釋，性質上屬解釋性之行政規則，核與租稅法律主義及前揭房屋稅條例之立法本旨並無不合，稽徵機關辦理相關案件自得援用。
（四）又按，內政部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，亦經內政部組織法第4條及第13條規定甚明，足認慈善救濟事業之立案及監督，在中央原則上應屬內政部掌管事項。復按「本法所稱主管機關：在中央為內政部．．．。」「下列事項，由中央主管機關掌理。但涉及各中央目的事業主管機關職掌，依法應由各中央目的事業主管機關掌理者，從其規定．．．。」「本法所定事項，主管機關及各目的事業主管機關應就其權責範圍，針對兒童及少年之需要，尊重多元文化差異，主動規劃所需福利，對涉及相關機關之兒童及少年福利業務，應全力配合之。主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管兒童及少年福利法規、政策、福利工作、福利事業、專業人員訓練、兒童及少年保護、親職教育、福利機構設置等相關事宜。二、衛生主管機關：主管婦幼衛生、優生保健、發展遲緩兒童早期醫療、兒童及少年心理保健、醫療、復健及健康保險等相關事宜．．．。」「本法所稱主管機關：在中央為內政部．．．本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。前2項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：身心障礙者人格維護、經濟安全、照顧支持與獨立生活機會等相關權益之規劃、推動及監督等事項。二、衛生主管機關：身心障礙者之鑑定、保健醫療、醫療復健與輔具研發等相關權益之規劃、推動及監督等事項。」「私人或團體設立身心障礙福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」「本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。前2項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管老人權益保障之規劃、推動及監督等事項。二、衛生主管機關：主管老人預防保健、心理衛生、醫療、復健與連續性照護之規劃、推動及監督等事項。」「私人或團體設立老人福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」「醫療法人經中央主管機關及目的事業主管機關之許可，得附設下列機構：一、護理機構、精神復健機構。二、關於醫學研究之機構。三、老人福利法等社會福利法規規定之相關福利機構。前項附設機構之設立條件、程序及其他相關事項，仍依各該相關法規之規定辦理。」兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第63條第1項、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項及醫療法第31條第3項亦分別定有明文。又按「‧‧‧二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為安老所、育嬰所、育幼所、殘廢教養所、習藝所、婦女教養所、助產所、施醫所及其他以救濟為目的之設施；另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。三、另依本部91年8月22日臺內中社字第0910075289號函針對土地稅捐減免就平均地權條例第35條之1及其施行細則第50條第1項規定所為之函釋略以，社會福利事業指依法經社會福利事業主管機關許可設立，以興辦社會福利服務及社會救助為主要目的之事業，並符合下列情形之一：（一）依民法及內政業務財團法人監督準則．．．規定，經社會福利事業主管機關許可設立之社會福利慈善事業基金會興辦福利事業者。（二）依兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法（已修訂為『身心障礙者權益保障法』）及社會救助法等社會福利相關法規經直轄市、縣（市）社會福利事業主管機關許可設立之社會福利機構興辦社會福利事業者。（三）財團法人附設前款之社會福利機構興辦社會福利事業者‧‧‧。四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」亦經內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋在案。
（五）揆諸前揭內政部組織法第4條、第13條、兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第63條、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項及醫療法第31條第3項規定，暨內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨，內政部係社會福利事業主管機關甚明。故本件原告仍應向內政部申請設立許可，並受其監督，始符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件。經查，原告係依醫療法第5條規定，由衛生署核准設立之醫療財團法人，非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人乙節，為兩造所不爭執，參諸上述說明，自與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符。是衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函雖認定原告屬慈善救濟事業，惟參照上揭說明，衛生署並非私立慈善救濟事業之主管機關，故尚難以上述衛生署函釋為原告有利之認定。又查，慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告係經衛生署准予設立並完成登記之醫療財團法人，二者分屬單獨成立之財團法人，縱原告係由慈濟基金會捐助成立，亦難據以認定原告亦屬經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業。另查，原告雖由慈濟基金會捐助，然非慈濟基金會之附設醫院，自無前述財政部64年11月4日臺財稅字第37824號、64年12月19日臺財稅字第38987號及98年4月9日臺財稅字第09804526600號函釋之適用。至於內政部100年11月24日內授中社字第10007010431號函，雖認定原告91年至99年慈善救濟執行報告內容經內政部及衛生署認符合醫療法及其施行細則、兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定之慈善救濟事項，惟此僅能證明原告有從事上述執行報告內容之慈善救濟事項，尚難據此認定原告即屬經內政部核准立案之私立慈善救濟事業。另內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函固謂房屋稅條例第15條第1項第2款所稱經立案之私立慈善救濟事業，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限，惟該見解參諸上揭說明，核與前揭法律之規定不符，並不可採。是本件原告既未向內政部申請設立許可，自與房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件不合，被告原處分發單課徵原告所有系爭房屋97年度房屋稅，尚無違誤。
（六）另按「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。‧‧‧」「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」分別為醫療法第1條及第5條第2項所明定，可知醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立。至同法第46條雖規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」惟該條規定係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，係以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立。且參照財政部85年7月5日臺財稅字第851116753號函釋意旨，房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，即應將其全部收益直接用於慈善救濟事業，則醫療法第46條上述提撥下限為收入「結餘10％」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之規定，自不得作為認定醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據。況依土地稅減免規則第8條第1項第5款之免徵地價稅規定，係將「辦妥財團法人登記之私立醫院」與「辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益見所謂「辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上，並非即當然為「辦妥財團法人登記之私立慈善救濟事業」。
（七）再查，觀諸原告之捐助章程第4條關於原告業務範圍之規定，其業務事項共臚列13項，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，已非無疑。且依原告之捐助章程第16條係規定：「決算後若有結餘提存充實本院基金50％餘得撥充社會慈善救濟事業。」即其慈善救濟事業之進行係就決算後之結餘款50％為之。是原告於97年度決算後雖已有盈餘，縱令原告確有依醫療法及自身捐助章程提撥年度醫療收益結餘10％-50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項屬實，惟參照前述財政部85年7月5日臺財稅字第851116753號函釋意旨，原告並非將其全部收益直接用於慈善救濟事業，仍非以從事慈善救濟為主要目的之事業，則其醫療服務仍與房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」之要件不合，自難適用該條款規定免徵房屋稅。
五、綜上所述，系爭房屋既不符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅要件，被告發單課徵原告所有系爭房屋97年度房屋稅13,297,585元，並無違誤；訴願決定予以維持，亦無不合。原告起訴意旨求為撤銷訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）關於課徵97年度房屋稅超過1,373,526元部分，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其他攻擊防禦方法，核與判決之結果不生影響，茲不逐一論述，併此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 4 月 10 日
高雄高等行政法院第二庭
審判長法官 邱 政 強
法官 林 勇 奮法官 李 協 明以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 101 年 4 月 10 日
書記官 黃 玉 幸