高雄高等行政法院判決
100年度訴字第205號民國100年12月22日辯論終結原 告 觀昇有線電視股份有限公司代 表 人 王世銘訴訟代理人 蘇二郎 律師被 告 財政部台灣省南區國稅局代 表 人 許春安 局長訴訟代理人 翁玉環上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國100年2月25日台財訴字第09900522670號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要︰緣原告96年度營利事業所得稅結算申報，列報前5年核定虧損本年度扣除額新台幣（下同）60,358,459元，被告以其中50,163,404元未符規定，乃否准認列，核定前5年核定虧損本年度扣除額10,195,055元。原告不服，申經復查，未獲變更，提起訴願亦遭駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張︰
(一)企業併購法第38條第1項規定，合併存續公司得繼受參與合併公司於合併之前的虧損扣抵，係採「自虧損發生年度起5年內」自純益額中扣除之方式，換言之，公司合併後，存續公司得將參與合併公司於合併前經核定尚未扣除之前5年各期虧損，依該條文所訂之股東持股比例計算後之金額（該金額即為存續公司得繼受之虧損扣抵數）自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除，其定義明確，且使徵納雙方有一致的基礎，符合客觀及公平原則。復依司法院釋字第650號解釋之意旨，凡增加營利事業當年度之所得及應納稅額，即已涉及租稅客體稅基之規範，即顯非執行法律之細節性或技術性事項。若稅務機關僅以財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋為依據，而就租稅構成要件、非屬技術性與細節性範疇事項加以規定，進而增加法律所無之納稅義務人租稅負擔，在未有法律具體明確之授權下任意規範，自不得將此種違反租稅法律主義與法律保留原則之規定適用於本件。被告卻依據財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋：「一、公司合併．．．適用合併前5年虧損扣除規定時，合併消滅公司依所得稅法第75條第1項規定辦理當期決算，經該管稽徵機關核定之決算虧損，得按該公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，於虧損發生之次一年度起5年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除。」即認定該等存續公司得繼受之虧損應自虧損發生之「次年度起」5年內自純益額中扣除，然財政部上開令釋與企業併購法第38條之規定相左。若立法者有意就此虧損扣除起始年度另加限制或變更計算，自應於立法時明文規定或提案修法以為納稅義務人明確遵循，尚無需行政機關自為法律明文外之揣測解釋，藉以任意擴大稅基，增加法律所無之限制及納稅義務人之負擔。另本件基於租稅法律主義，除稅法有所規定外，稅務機關不得以短計納稅義務人之虧損扣抵金額或限制其不得於某一年度扣除之方式致增加其納稅負擔，否則即屬越權。申言之，企業併購法第38條乃本件原告於系爭年度申報扣除消滅公司決算虧損之法律依據，既上揭條文已清楚言明「自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除」，並無任何模糊或語意不清之處，是原告（本件合併存續公司）將消滅公司決算年度（96年度）之虧損，按其原股東因合併而持有存續公司股權比例計算之金額，自原告96年度營利事業所得稅結算申報之純益額中扣除，並無任何違反上開企業併購法條文之處，相較於被告予以否准之原核定，顯未根據企業併購法等任何法律條文所為，是以被告否准之處分並未有相關法律依據，顯有違憲法第19條所揭櫫之租稅法律主義至灼。
(二)按「法規對其他法規所規定之同一事項而為特別之規定者，應優先適用之。」為中央法規標準法第16條所規定，此即「特別法優先普通法」之法理。次按「公司之併購，依本法之規定；本法未規定者，依公司法、證券交易法、促進產業升級條例、公平交易法、勞動基準法、外國人投資條例及其他法律之規定。」為企業併購法第2條所明定，對於適用範圍與法規定位有詳細明文，故公司有合併或分割行為時，均須優先適用企業併購法之規定。此外，財政部亦曾就公司依企業併購法辦理合併之相關營業稅問題發布新聞稿，敘明企業併購法屬特別法，應優先於營業稅法及相關函令之規定，顯見財政部亦認同企業併購法相對於我國各項稅法而言為特別法。準此，揆諸企業併購法第38條係規範於該法第3章中之「租稅措施」，已清楚明訂公司合併，存續公司得將參與合併公司於合併前經核定尚未扣除之前5年各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除；是以，依上述中央法規標準法第16條之規定，財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋顯然因牴觸企業併購法第38條之規定而應屬無效。而若財政部係因不認同該項特別法之規定，其自應循提案修法程序解決，尚不得逕以發布與上位法律規範內容相違之解釋函令，以替代應行之修法程序，此等作法顯已違反租稅法律主義，致該解釋函令因違反上位法律而為無效。另查被告於訴願理由(二)謂：「基於衡平考量，爰擬參照現行合併前5年虧損扣除額之規定，核釋前述當期決算虧損，得按該合併消滅公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，於虧損發生之次一年度起5年內（按虧損發生當年度並無適用虧損扣除之問題，應自虧損發生之次一年度起方有適用虧損扣除問題），自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除，以維公平。」係援引財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋，認為合併消滅公司依所得稅法第75條第1項規定辦理當期決算，經該管稽徵機關核定之決算虧損，按公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，應於虧損發生之次一年度起5年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除；是以，被告認為原告合併觀亞股份有限公司（下稱觀亞公司），有關消滅公司決算虧損應於該公司虧損發生後之次一年度起，亦即97年度起方得自原告之純益額中扣除。然查，被告於本件所援引之法令依據係財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋，實屬稅務主管機關所為之行政命令，其位階尚低於一般稅法，該令釋雖規定應於虧損發生之次一年度起方能減除該虧損，其顯然與企業併購法第38條規定之自虧損發生當年度起可減除有所牴觸，是該令釋所規定之課稅規定於本件中是否適法而仍應予以適用，乃為司法機關應予審酌之處。準此，原告於系爭年度營利事業所得稅申報時，有關消滅公司決算虧損得由原告繼受及扣除事宜，係依較高位階之企業併購法第38條明文規定辦理，自屬適法；被告卻援引係屬行政命令之財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋予以否准，適用之法令恐有錯誤，自應予以追認此等「消滅公司決算虧損本年度扣除額」50,163,404元，方為正辦。
(三)第以企業併購法第38條之立法意旨，係以追求經濟效率為目標而排除營利事業合併時之租稅障礙，而被告稅務機關位於行政高權之地位，於其職權範圍內就相關法律為解釋時，應遵守一般法律解釋方法，不應任意限縮該法律所規定營利事業稅捐優惠之適用範圍及其立法目的，而否准原告適用法律文字意義已相當明確之企業併購法第38條規定。是以，被告強行變更企業併購法第38條「自虧損發生年度起」之明文，顯有違目的解釋原則，亦與租稅法律主義有違。再者，法律文字解釋其結果要符合一般國民常識的正確解釋，針對被告援引財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋所主張者，存續公司得繼受之虧損應自虧損發生之「次年度起」5年內自純益額中扣除云云；惟查，並非特別法中所有對於「當年度」之文字解釋，均依被告以恣意之方式逕自解釋為「次一年度」。舉例而言，參照行為時促進產業升級條例第6條第2項有關投資抵減之規定「．．．『當年度起』5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額．．．。」該法條文義即係指「當年度」而非「次年度」起5年內始能抵減，此可由99年度營利事業所得稅結算申報書租稅減免部分之各年度適用各項投資抵減稅計算明細表而為佐。再依司法院釋字第620號解釋之意旨：「．．．惟探求立法意旨，主要仍應取決於表現於法條文字之客觀化之立法者意思，而非立法者參與立法程序當時之主觀見解。」則司法機關適用上開規定，探討立法意旨，自無捨法條明文，而就立法者個人主觀見解之理。是以，被告對企業併購法第38條明文規定：「自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。」其文字解釋，自不應任意限縮該法律所規定營利事業稅捐優惠之適用範圍及立法目的，否則被告豈不將同為特別法之法律條文卻有不同解釋之理？且對於納稅義務人之法律適用上，亦無從適從。
(四)財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋於92年8月發布後，財政部或被告等實際稅捐執行機關應可查覺其與企業併購法第38條規定間矛盾之處，就此矛盾處自應儘速釐清何者方為正確妥適之作法，並進一步修正函釋或是透過修改法律之方式而使其上下位階之法令規定內容一致，方使納稅義務人有明確之遵循方向，而得以符合明確性原則。惟查，企業併購法係於91年2月6日完成立法經總統公布後，立法機關業於93年5月5日再針對部分條文加以修正，該次修正亦不乏修正第3章租稅措施中之諸多條文；依據常理，若該企業併購法第38條條文於規範上（消滅公司決算虧損得自虧損發生當年度起由存續公司減除）確有不合理或不夠明確之處，立法者及財政部理應提案將該條條文變更為「自虧損發生次一年度起5年內從當年度純益額中扣除」，然而企業併購法第38條確實未於該次修法時加以修正，可見立法者或財政部認為該條規定本為正確而無須修正；而財政部對於該條文與財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋間之矛盾，竟未主動提案修正企業併購法第38條，亦未修正財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋，亦實令納稅義務人無所適從並深感困惑。本件原告就系爭年度營利事業所得稅結算申報，適用文字意義已相當清楚之企業併購法第38條明文，竟遭被告以顯然違反租稅法律主義及中央法規標準法之否准理由（僅以財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋為依據）加以否准，如該等否准理由為適法，豈非等同稅務機關得自行創造法律所無之規範，其根據法律所發布之解釋函令竟可逾越或違反法律之明文。
(五)所得稅法第24條第1項規定：「營利事業所得之計算，以其年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」另所得稅法第39條有關虧損扣抵之規定，其立法意旨係「以往年度虧損原則上不得列入本年度計算，但以年度為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重。」次按企業併購法第38條有關公司合併虧損扣除之規定，立法理由則為：「公司併購前之虧損如一概不准扣除，將造成併購之租稅障礙，．．．基於公司併購適用虧損扣除之計算原則宜採一致性規範，爰參照金融機構合併法第17條第2項、促進產業升級條例部分條文修正草案第15條第4項規定，於本條明定公司合併、公司與外國公司合併及公司分割得適用虧損扣除之規定。」觀諸所得稅法第39條及企業併購法第38條之立法意旨，所得稅法係依一般公認會計原則並以企業永續經營為假設，惟稅捐之徵課為稽徵實務需要，乃以一年為課稅基礎，加以切割企業之營業期間，並以所得稅法第24條明文規定營利事業所得額，係以全年度各項收入併計成本費用損失而得。然稅法應著重經濟實質，為避免人為劃分課稅期間或會計期間，造成課稅所得與經濟實際狀況不符，是以所得稅法乃設有盈虧互抵之規定。企業併購法則基於以追求經濟效率為政策目標，並排除企業併購障礙之立意，更進一步指出，為避免造成併購之租稅障礙，爰規定公司合併、分割均有虧損扣除之適用。是以，由上述可知企業併購法第38條規定之意旨，與所得稅法第39條之意旨，均在於租稅公平之精神，此二條文之間並不相違與牴觸。至於企業併購法第38條與所得稅法第39條對於得開始抵減虧損之年度之規定雖有所不同（即營利事業究應自虧損發生之次一年度起方可自純益額中扣除，或可於虧損發生年度起即予減除），惟究二條文文字差異之原因，實係因一般營利事業其年度中所發生之虧損，於年度結算申報時，自然會與同一年度後續月份之損益合計計算全年損益，始符合前述所得稅法第24條之規定，是以所得稅法第39條乃規定自虧損發生之次一年度起抵減，殆無疑義；但另一方面，當營利事業與另一營利事業合併而消滅時，因合併之事實可能發生於年度中，此時消滅公司須依法將合併前之損益辦理決算申報，合併基準日後至當年年底之剩餘月份損益則當然與合併後存續公司併計，因此消滅公司於合併前之虧損，可能包含合併當年度部分月份（即決算期間）之虧損，若未發生合併則會與同一年度後續月份之損益併同計算全年損益，卻因發生合併事件而被迫拆分為兩段個別辦理所得稅申報，是以自應允許合併後存續公司得自虧損發生年度起主張抵減，方為企業併購法第38條立法意旨所謂之「排除合併租稅障礙」，亦吻合前述所得稅法第24條，營利事業同一年度內收入、成本、費用應併計同一年損益申報營利事業所得稅之規定及精神，此乃企業併購法第38條與所得稅法第39條文字有所差異之真意，被告不察，竟於訴願理由四、（三）中稱非額外給予法令所無之租稅優惠，而否准原告於本年（96年度）列報消滅公司合併當年度之虧損，對原告實屬不公亦顯非適法。是以，本件原告因96年度營利事業所得稅結算申報為純益，而將消滅公司決算年度（96年度）之虧損按比例扣除，實係完全符合所得稅法第24條之規定，即營利事業同一年度內收入、成本、費用應併計同一年損益申報營利事業所得稅，且與所得稅法第39條立法意旨並無不符，更吻合企業併購法第38條之明文規定，自得合法享有公司合併前之虧損自發生年度後抵稅之權利；反之，被告予以否准之原核定，不僅已因採取非屬法律之財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋之文字，強行變更企業併購法第38條「自虧損發生年度起」之明文規定而否准原告列報消滅公司合併當年度（即96年度）之虧損於本年度扣除，明顯不公平的限制納稅義務人合法之抵稅權利，忽略企業併購法第38條之立法意旨，更顯已自行限縮企業併購法第38條之適用範圍。是以，被告並無予以否准之法律依據，其違反租稅法律主義至灼。
(六)稅捐稽徵法第15條規定：「營利事業因合併而消滅時，其合併前之應納稅捐，應由合併後存續或另立之營利事業負繳納之義務。」因虧損扣除本為所得概念之貫徹，扣除虧損後始有所得。惟扣除方式不同，較簡易方式，即按合併前各股東因合併後持有存續或新設股權比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。企業併購法第38條即採此制度。再依司法院釋字第620號解釋之意旨：「．．．
惟探求立法意旨，主要仍應取決於表現於法條文字之客觀化之立法者意思，而非立法者參與立法程序當時之主觀見解。」則司法機關適用上開規定，探討立法意旨，自無捨法條明文，而就立法者個人主觀見解之理等語。並聲明求為判決：訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。
三、被告則以︰
(一)依司法院釋字第427號解釋意旨，公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損。至公司合併應否給予租稅優惠，則屬立法問題。依此，基於現階段公司經由合併以提昇經營效率之趨勢，爰配合於金融機構合併法第17條第2項、企業併購法第38條第1項及促進產業升級條例第15條第4項明定，合併後存續或新設公司得依規定，扣除各該參與合併公司合併前尚未扣除之前5年內各期虧損。
(二)至合併當年度消滅公司決算虧損，得否由後合併後存續公司或新設公司依規定扣除，尚乏明文規定。基於衡平考量，財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋參照現行合併前5年虧損扣除之規定，關於前述當期決算虧損，得按該公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，於虧損發生之次一年度起5年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除，以維公平，此係基於財稅行政主管機關職權，就所得稅法第39條所為之釋示，乃為闡明法規之原意，並未逾越前揭法律規定。
(三)另合併前5年虧損扣除按企業併購法第38條之立法目的，係為消弭併購之租稅障礙所施行之租稅措施，與考量公司之盈餘係由各股東依其持有股份比例承受等情況，尚非額外給予法令所無之租稅優惠。是企業併購法第38條第1項明定，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，從合併後存續或新設公司結算申報年度之純益額中扣除。首揭財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋亦係基於前開立法理由，針對合併當年度消滅公司決算虧損適用合併前5年虧損扣除所為之補充核釋，自無違反前開法律規定。
(四)又所得稅法第39條立法理由，係為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，並考量企業永續經營及課稅能力之正確衡量，對原則上以往年度虧損不得列入本年度計算之規定，放寬為公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，其以往年度虧損，得自本年度純益額中扣除。原告於96年12月31日與持有其100%股權之母公司觀亞公司合併，觀亞公司為合併後消滅公司，其依所得稅法第75條第1項規定辦理96年度決算申報，並列報虧損50,163,404元。原告96年度營利事業所得稅結算申報，列報前5年核定虧損本年度扣除額60,358,459元（係觀亞公司之95年度結算虧損10,195,055元及96年度決算虧損50,163,404元），既然本件系爭虧損數50,163,404元係96年度合併消滅公司決算申報之虧損，依前揭令釋意旨，當期決算產生之虧損，參照現行合併前5年虧損扣除額之規定，得按該合併消滅公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，於虧損發生之次一年度（97年）起5年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除。是被告核定原告前5年核定虧損本年度扣除額10,195,055元，並無不合等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、本件如事實概要欄所載之事實，業經兩造分別陳明在卷，並有被告92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋、96年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、復查決定書及訴願決定書附原處分卷可稽，應堪認定。兩造不爭之事實：原告於96年12月31日與持有其100%股權之母公司觀亞公司合併，觀亞公司為合併後消滅公司。茲兩造爭執者為原告得否將消滅公司（即觀亞公司）96年度決算申報之虧損，自原告96年度營利事業稅結算申報之純益額扣除？
五、本院判斷如下：
(一)按企業併購法第38條第1項規定：「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。」
(二)次按公司法第75條規定：「因合併而消滅之公司，其權利義務，應由合併後存續或另立之公司承受。」行為時所得稅法第24條第1項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。．．．。」第39條規定：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」蓋營利事業所得之計算，係以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算，而所得稅法第39條但書旨在建立誠實申報納稅制度，其扣除虧損只適用於可扣抵期間內未發生公司合併之情形，若公司合併者，則應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損；至公司合併應否給予租稅優惠，則屬立法問題，此觀司法院釋字第427號解釋甚明。又企業併購法第38條之立法目的，乃為避免公司併購前之虧損如因併購而一併不准扣除，將造成併購之租稅障礙，並考量如完全許其扣除而不予限制，則又難以防杜專以享受虧損扣除而進行之併購，爰配合公司藉併購提升經營績效之趨勢，與考量公司之虧損係由各股東依其持有股份比例承受及公司併購適用虧損扣除之計算原則宜採一致規範等基礎下，明文確定參與併購之公司其依行為時所得稅法第39條關於虧損扣抵以後年度純益額之權益得予延續。而本年度之所以產生虧損，既是因為本年度收入減除成本、費用、損失及稅捐後之純益為負數之結果，且法無明文本年度之虧損可以自本年度之純益額中扣抵，則合併後之存續公司不論就其本年度之虧損，或就消滅公司於本年度因合併而依所得稅法第75條第1項所為決算申報之虧損，均不得自合併後存續公司本年度之純益額中扣抵，乃屬當然。而合併後存續公司可否將參與合併之公司以往年度之虧損，自其本年度之純益額中扣抵乙節，鑑於保障參與合併公司其依行為時所得稅法第39條關於虧損扣抵以後年度純益額之權益得予延續，遂於企業併購法第38條給予相同的租稅優惠，則財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋：「一、公司合併，依金融機構合併法第17條第2項、企業併購法第38條第1項及促進產業升級條例第15條第4項，適用合併前5年虧損扣除規定時，合併消滅公司依所得稅法第75條第1項規定辦理當期決算，經該管稽徵機關核定之決算虧損，得按該公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，於虧損發生之次一年度起5年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除。」核與企業併購法第38條之規範意旨相符，自得適用。
(三)本件原告主張企業併購法第38條第1項規定，合併存續公司得繼受參與合併公司於合併之前的虧損扣抵，係採「自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除」之方式，原告（本件合併存續公司）將消滅公司決算年度（96年度）之虧損，按其原股東因合併而持有存續公司股權比例計算之金額，應得自原告96年度營利事業所得稅結算申報之純益額中扣除，被告援引財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋，係對企業併購法加諸不當之限制，增加納稅義務人法律所無之租稅義務，顯有違反租稅法定主義云云。經查，本件原告於96年12月31日與觀亞公司合併，觀亞公司為合併後消滅公司，依公司法第75條規定，自合併基準日起原告繼受觀亞公司之權利義務，並依行為時所得稅法第75條第1項規定，於97年4月24日代為辦理觀亞公司96年度決算申報，列報課稅所得額虧損50,163,404元。依司法院釋字第427號解釋意旨，公司合併應以合併基準時為準，更始計算合併後公司之盈虧，不得追溯扣抵合併前各該公司之虧損，至公司合併應否給予租稅優惠，則屬立法問題。是公司法第75條雖規定因合併而消滅之公司，其權利義務，應由合併後存續或另立之公司承受，然消滅公司之虧損並非當然可逕由存續公司營利事業所得稅結算申報扣抵。惟基於前述理由，及確定參與併購之公司其依行為時所得稅法第39條關於虧損扣抵以後年度純益額之權益得予延續，企業併購法第38條第1項爰明定，「合併後存續或新設公司」於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之「前5年內」各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起「5年內」從「當年度純益額」中扣除。是以解釋上開條文，應從「合併後存續或新設公司」觀察，該公司有純益額之當年度，其前5年內虧損可從當年度純益額中扣除，而各該參與合併之公司符合「前5年內」之各期虧損，得享有自虧損發生年度起「5年內」從「合併後存續或新設公司」有純益額之當年度予以扣除，如此解釋，始符合該條項之規範意旨。例如，96年度有純益額，則91至95年度內之虧損，可自96年度純益額中扣除；換言之，91年度虧損可於「虧損發生年度」之次年起5年內，即92至96年度內之純益額中扣除，依此類推，每一虧損年度之虧損可抵扣純益額之機會均有5年。此與企業併購法第38條第1項所定，得將經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自當年度純益額中扣除之規定，始為相符；且與行為時所得稅法第39條所揭，得將經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自本年純益額中扣除之規定，衡平一致。是為避免產生「合併消滅公司決算年度之虧損可抵扣合併存續公司同年度之純益額」之誤解，財政部乃作成92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋：「．．．合併消滅公司依所得稅法第75條第1項規定辦理當期決算，經該管稽徵機關核定之決算虧損，得按該公司股東持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，於虧損發生之次一年度起5年內，自合併後存續或新設公司之當年度純益額中扣除。．．．」核與企業併購法第38條第1項規定之本旨，即無不合。是以原告所稱企業併購法第38條第1項規定，合併存續公司得繼受參與合併公司於合併之前的虧損扣抵，係採自虧損發生年度起5年內從存續公司當年度純益額中扣除之方式云云，顯有誤解。本件被告查認合併消滅公司96年度決算申報之虧損，扣除起始年度應為97年度，揆諸前揭規定及說明，應無違誤，亦無原告所稱被告援引財政部92年8月13日台財稅字第0920454432號令釋，係對企業併購法加諸不當之限制，增加法律所無之租稅義務，有違租稅法定主義之情事。原告上開主張，核不足採。
六、綜上所述，原告之主張，均無可採。被告以系爭50,163,404元係合併消滅公司96年度決算申報之虧損，扣除起始年度應為97年度，所為否准認列系爭合併消滅公司96年度決算申報之虧損，及據此所為核定原告前5年核定虧損本年度扣除額為10,195,055元，應補稅額12,540,851元之處分，於法並無違誤，復查及訴願決定遞予維持，並無不合。原告起訴意旨求為撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法，均核與本件判決結果不生影響，爰不一一論述，附此敘明。
七、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 1 月 5 日
高雄高等行政法院第四庭
審判長法官 戴 見 草
法官 孫 國 禎法官 簡 慧 娟以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 101 年 1 月 5 日
書記官 涂 瓔 純