高雄高等行政法院判決
100年度訴字第449號民國101年3月28日辯論終結原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院代 表 人 釋證嚴訴訟代理人 聶齊桓 律師
林進富 律師被 告 嘉義縣財政稅務局代 表 人 簡世明 局長訴訟代理人 陳珮如
柯乃菱劉桂位上列當事人間房屋稅事件，原告不服嘉義縣政府中華民國100年6月21日府研法訴字第1000059157號、第0000000000號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要︰緣原告所有坐落嘉義縣○○鎮○○里○鄰○○路○號房屋2棟（下稱系爭房屋），其中1棟為地下2樓及地上12樓之建物（稅籍編號00000000000），於民國89年5月18日經嘉義縣政府核發使用執照（85年嘉工局管部使字第00187號），原告並於89年6月30日檢附相關資料向被告申報新建房屋設籍，經被告於89年7月11日嘉縣稅分二字第89207611號函核定系爭房屋應稅部分面積及評定房屋現值為0，免稅部分之面積為137,549.8平方公尺，評定房屋現值為新臺幣（下同）635,759,600元在案；嗣96年3月房屋稅清查時發現原告核與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符，被告遂以96年4月3日嘉縣稅分房字第0966470762號函撤銷被告89年7月11日嘉縣稅分二字第89207611號現值核定通知書原核定上開房屋之應稅與免稅面積及其評定現值；而另1棟系爭房屋為地上2層樓建物（稅籍編號：00000000000），係原告於96年10月2日經嘉義縣政府核發使用執照（96年嘉府城使執字第00171號）之房屋，原告並於96年12月18日檢附相關資料向被告申報新建房屋設籍，經被告以97年1月10日嘉縣稅分房字第0966414620號函核定該屋應稅部分面積為913.7平方公尺，評定房屋現值為3,312,300元在案，是被告依據上開2棟系爭房屋使用執照之構造、各樓層實際用途及面積等資料核定應稅與免稅面積及房屋評定現值，並分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率核定課徵98年房屋稅共計13,152,829元；惟原告不服，就課徵非住家非營業用稅率稅額共計12,872,001元部分提起復查，經被告98年8月19日嘉縣財稅法字第0986305505號復查決定未獲變更，嗣再針對上開復查決定所核定之房屋稅額12,872,001元部分中，除停車場出租使用課徵非住家非營業用稅率之房屋稅額計1,089,251元外，其餘供醫院、診療室、辦公室、機房、電梯等使用按非住家非營業用稅率稅額共計11,782,750元部分，仍表不服，提起訴願，經訴願決定：「原處分撤銷，由原處分機關於2個月內另為適法之處分。」並以嘉義縣政府98年12月28日府研法訴字第0980189852號函送達在案，被告旋另以99年2月26日嘉縣財稅法字第0996301934號重行查核決定，仍維持原核定。原告再表不服提起訴願，經嘉義縣政府以99年7月30日府研法訴字第0990115357號訴願決定：「原處分撤銷，由原處分機關另為適當之處理。」被告為疏減訟源，避免徒增行政成本，遂邀原告辦理相關協談事宜，惟因協談結果雙方未達共識，被告乃以99年10月6日嘉縣財稅法字第0996305953號函通知原告98年及99年房屋稅復查決定乙事，俟最高行政法院相關判決結果再予以辦理。原告對被告前開號函仍表不服再提起訴願。案經嘉義縣政府以99年12月21日府研法訴字第0990191243號訴願決定：
「訴願不受理。」嗣因最高行政法院對於原告91年至96年房屋稅補徵案件廢棄原判決並發回高等行政法院，被告乃依最高行政法院判決意旨，於100年1月26日以嘉縣財稅法字第1006300658號函重行復查決定：「維持原核定」，原告不服，提起訴願；另被告對系爭房屋核定課徵99年房屋稅共計12,977,158元，原告不服，就課徵非住家非營業用稅率稅額共計11,618,238元部分提起復查，未獲變更，原告即提起訴願，均遭決定駁回，遂合併提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：
(一)請求依據:原告之請求依據係房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，「社會福利事業」並無資格主張依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，房屋稅條例第15條第1項第2款是規定「慈善救濟事業」免徵房屋稅。房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件，並沒有明文限制「慈善救濟事業」必須做政府機關依法律應做的社會福利事項，才算是「慈善救濟事業」。
(二)行政處分違法：
1、被告就「業經立案」要件所適用之認定標準，違反中央法規標準法第5條第1項第2款及同法第6條逾越法律授權，違反司法院釋字第503號及第478號解釋增加法律所無之限制，係屬違法之行政處分。被告就「慈善救濟事業」要件所適用之認定標準，違反行政程序法第6條課稅公平原則、違反中央法規標準法第5條第1項第2款及同法第6條逾越法律授權，違反司法院釋字第503號及第478號解釋增加法律所無之限制，係屬違法之行政處分。
2、原告主張被告係以不同的免徵標準適用於原告及教會醫院（即教會附設醫院或財團法人教會醫院）間，也就是主張本件課稅處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則，被告如果否認其免徵標準有違反課稅公平原則，應主張並舉證其免徵標準同一。被告迄未盡其主張及舉證責任，應認被告適用於原告之免徵標準違反課稅公平原則，係違法之行政處分，應予撤銷。被告無權未經法律授權而以任何會計比例或量身定作之標準，排除原告依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用。是否屬房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之定義內涵，超出此範圍之標準或解釋，均屬「增加法律所無之限制」，依司法院釋字第530號及第478號解釋，係屬違憲，而且是行政權或司法權對立法權的僭越。有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政後，內政部審查原告之慈善救濟執行報告後，以100年11月24日內授中社字第10007010432號函釋及101年1月4日內授中社字第1000701331號函釋，認定原告是業經立案之慈善救濟事業，並且指明原告所從事之慈善救濟，係參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋所稱「本部上開相關規定」即符合兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定。財政部100年12月12日台財稅字第10000478210號函亦已表明尊重內政部所為原告是慈善救濟事業之認定。
(三)「業經立案」之要件：
1、房屋稅條例第15條第1項第2款係規定：「業經立案」並非規定為：「業經『向內政部』立案」，內政部組織法或房屋稅條例均查無「慈善救濟事業」「應向內政部立案或原則上應向內政部立案」之法律規定。故「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」之解釋，是增加法律所無的限制，違反司法院釋字第530號及第478號解釋。
2、「教會附設醫院」是教會向內政部立案為「宗教團體」，「財團法人教會醫院」是向行政院衛生署（下稱衛生署）立案為「醫療財團法人」，「老人扶療養院」是向內政部立案為「社會福利事業」，以上均係向法院為財團法人登記，內政部從來就沒有所謂「慈善救濟事業主管機關」之法律規定，也就沒有所謂「向慈善救濟事業主管機關為慈善救濟事業立案」之程序，不管是社會福利事業之立案、宗教團體之立案、醫療財團法人之立案都可以，祇要有向政府機關立案，且具私立慈善救濟事業性質者，就符合「業經立案」之「私立慈善救濟事業」之要件，此有財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函可資佐證，自不應要求原告應向內政部立案。依財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋意旨，其同意「財團法人教會醫院」是否慈善救濟事業，應由衛生署認定。財政部並未再要求「財團法人教會醫院」應向內政部立案，而直接同意衛生署關於「財團法人教會醫院」係「慈善救濟事業」之認定。依內政部以100年5月23日內授中社字第1000700490號函釋意旨，其並非慈善救濟事業主管機關，而是慈善救濟事業範疇內之社會福利事業的主管機關，亦即衛生署才是慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關，而原告已向慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關衛生署立案。依內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函釋，醫療財團法人無須再向內政部立案。而財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函釋內容，其見解與內政部100年7月19日內授中社字第1000015998號函、101年1月4日內授中社字第1000701331號函釋內容牴觸，無從得到內政部之認同與配合，要原告向內政部立案，在事實上已屬不能，財政部之上開見解已失其立論依據與執行之可能性。按99年2月3日修正公布行政院組織法第3條第11款規定，於101年1月1日起生效，即將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」，此項修法具有前瞻性，不但與時俱進、符合時代潮流，而且是以功能為導向的政府改革趨勢，衛生署並非僅係醫療業務之主管機關，原告早已符合向衛生署立案之要件。依醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定，益證醫療慈善救濟確係衛生署主管監督之業務。且依兒童及少年福利法第23條、第35條、老人福利法第3條第3項、身心障礙者權益保障法第21條第1項、第22條規定，均有衛生署主管監督之醫療慈善救濟或社會福利事項。教會是宗教團體，不是慈善救濟事業，故財政部是認為所附設之醫院是慈善救濟事業，最高行政法院100年度判字第74號判決之意旨，與房屋稅條例第15條第1項第3款規定不合，故醫院不僅是醫院，也可以同時是慈善救濟事業。依財政部75年6月4日台財稅字第7548661號函釋，對照財政部64年11月4日台財稅字第37824號函及財政部64年12月19日台財稅字第38987號函釋內容，益證財政部是因「教會附設醫院」是醫院之緣故，所以是慈善救濟事業。依被告之主張，不是慈善救濟事業的教會，所附設的醫院是慈善救濟事業，慈濟基金會是「社會福利事業」且是「慈善救濟事業」，其所捐助設立之原告，反而不是慈善救濟事業，被告之答辯顯然有失課稅公平。
(四)醫療與慈善救濟均係原告之主要目的事業：
1、原告非但對貧民、災區民眾等施以義診，有原告之「慈善救濟執行報告」可證，符合財政部100年8月3日台財稅字第1000273810號函對貧民等施予醫療救濟、訂定較一般醫院收費為低之收費標準之要件，同樣符合財政部98年函釋「具備慈善救濟本質」及「從事慈善救濟工作」之要件。且原告持續從事社會救助法、兒童及青少年福利法、老人福利法、身心障礙者權益保障法之醫療救濟服務及慈善救濟工作，足證慈善救濟事業也是原告的主要目的事業。
2、原告以偏遠醫療為主，就是以醫療慈善救濟為主要目的，故91至96年均係虧損，所以結餘為零；迄97及98年始有結餘。
但是原告雖然虧損，每年仍有高額之醫療慈善救濟支出，且逐年增加，分別為91年48,030,089元，92年58,403,555元，93年79,004,372元，94年113,834,666元，95年161,368,507元，96年192,700,396元，97年198,129,165元，98年225,135,021元，有「原告91-98年慈善救濟支出明細表」在卷可證。91至96年因係虧損，故結餘為零作為分母，除以前開各年度醫療慈善救濟支出金額得到的數值是「無限大」，遠逾醫療法第46條結餘之10％用於醫療慈善救濟之要求。再參酌卷附「95-98年慈濟醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」，原告97年及98年有結餘，97年提撥23.41％，98年提撥86.76％；反觀同樣有結餘之「天主教聖保祿修女會醫院」97年提撥11.32％，98年提撥11.71％；「屏東基督教醫院」97年撥14.11％，98年提撥20.92％，固均較醫療法第46條之提撥標準為高，值得嘉許，但提撥之金額與比例均遠低於原告，原告提撥之比例是上開醫院比例的數倍，前開醫院是以醫療及慈善救濟事業為主要目的事業，則對原告亦應作相同之認定。原告所提供之醫療救濟服務或慈善救濟工作，涉及社會救助法、兒童及少年福利法、老人福利法及身心障礙者權益保障法，比「財團法人老人扶療養院」僅係提供老人福利法「有償的醫療與照顧」所涉獵的項目為多，所提供「無償醫療與照顧」（義診）及社會救助法上之「生活扶助」、「醫療補助」、「急難救助」、「災害救助」，都是「財團法人老人扶療養院」所沒有提供之慈善救濟，自應認定慈善救濟是原告的主要目的事業。依衛生署網站上公開之各財團法人醫院財務報告及95年至98年之「教會醫院慈善救濟支出明細表」顯示，原告所支出的「醫療社會服務費用」比「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」為多，自應認定慈善救濟事業係原告的主要目的事業。財政部於98年間認定了13家「財團法人教會醫院」為「慈善救濟事業」，而前開13家「財團法人教會醫院」合計投入「社會醫療救濟支出」428,926,000元，而慈濟醫院98年投入「社會醫療救濟支出」即高達223,671,941元，遠逾前開各家「財團法人教會醫院」投入之金額，有各該「醫療財團法人」98年財報附卷可證，在98年排名第一，約占前開13家總額的百分之52，應認定慈善救濟事業係慈濟醫院的主要目的事業。原告從事慈善救濟之項目、受惠人次、投入人次、地域範圍、訓練醫療志工的人數及慈善救濟支出之金額，均較「財團法人老人扶療養機構」、「教會附設醫院」及「財團法人教會醫院」為多，做得較多的原告自然同屬以慈善救濟事業為主要目的事業。勸募器官不是醫療行為，所以不是醫院或醫護人員的責任，而是慈善救濟行為。募得器官之醫院就器官之利用依法沒有決定權，必須陳報衛生署成立之「財團法人器官捐贈移植登錄中心」統籌決定究竟給那一家醫院需要器官的病患使用。所以進行勸募，非但對勸募醫院沒有好處，抑且未必對自己的病患有任何好處，原告均補助捐贈者醫療費用與喪葬費用，反而為此支出醫療費用及喪葬費用。足見原告勸募器官是慈善救濟行為，醫院是可以成為慈善救濟平台、從事慈善救濟，應認定慈善救濟事業係原告的主要目的事業。原告甚至對於在其他醫院就診的病患提供「醫療補助」，以幹細胞採集費用補助為例，94-99年度原告對於15家醫院共計139件貧困病患個案提供幹細胞採集費用之「醫療補助」，足證慈善救濟是原告之主要目的事業。
3、原告章程所載目的事業歸納起來祇有兩大部分，一為與「醫療財團法人」有關之目的事業，一為與「慈善救濟事業」有關之目的事業；扣除原告有關醫療財團法人必需的目的事業部分外，全部都是慈善救濟，這點也與「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」章程相同，足證慈善救濟是原告的主要目的事業。如果訂立章程時不嫌煩瑣，將「慈善救濟執行報告」所做所為，一一歸納，分門別類，而列載於章程，可以列出幾十項，因此，慈善救濟是否為醫院之主要目的事業其判斷標準，絕非章程的條文數量，而是要看原告實質上有無持續提供醫療救濟服務或從事慈善救濟工作、並訓練醫療志工。何況原告章程第4條第1項第13款「其他有關事項」，是概括條款，已涵蓋可以從事之一切慈善救濟項目，另依原告章程第16條之規定，所謂「餘得撥充社會慈善救濟事業」，仍屬原告章程規定之主要目的事業。
4、歸納上開財政部98年函釋、100年8月3日台財稅字第1000273810號函、衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函及內政部96年函之意旨，財團法人醫院要成為慈善救濟事業之要件即為：(1)提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作、(2)「持續性」、(3)具備慈善救濟本質3項要件，依原告所提出之「慈善救濟執行報告」內容，原告均具備上述3項要件，自屬慈善救濟事業。衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函認定原告屬慈善救濟事業，符合法律規定之意旨。
(五)直接供辦理事業所使用之自有房屋：財務室就醫療補助優免之數據是依據病患就醫時，因其身分折扣優免，透過電腦系統自動月結彙整的數據，優免時是電腦作業優免，有老人優待折扣、身心障礙折扣、福保折扣之電腦畫面可證，一律由電腦直接進行「醫療補助」，其提供「醫療補助」及實施醫療行為，均係在醫院房屋內進行，足
證原告房屋也同時是直接供醫療慈善救濟使用，符合直接供辦理事業所使用之自有房屋之要件。任何大型慈善救濟行動都須要結合人力與物資，擬訂計畫、決策、調動人員、集合物資。原告之「急難救助」、「災害救助」也不例外，有關計畫的擬訂與決定、人員的調集、物資的調度、視訊連線以瞭解現場物資和人員之需求而作物資與人員的配置調度，及其他特殊狀況之協助處理決定，都是在醫院房屋內進行。義診計畫（免費醫療補助）的擬訂與推動，義診人員包括醫護人員與醫療志工的「職前訓練」與「在職訓練」也都是在醫院內進行。病友團體活動、老人健康講座等也多利用醫院房屋進行。社會救助法的「急難救助」、「災害救助」亦不能限於醫院內進行。原告不遠千里、不辭辛勞前往提供義診服務，對老人、低收入戶等病患作居家關懷，前往災區從事社會救助法的「災害救助」，若不能免徵房屋稅，依「舉輕以明重」之法理，應非房屋稅條例第15條第1項第2款之立法本旨。家扶中心補助低收入戶學生學費，也要到宅訪視，難道家扶中心的房屋不能免徵房屋稅？財政部於64年間業以64年11月4日台財稅第37824號函認定教會附設醫院為慈善救濟事業後，僅1個月後，還要再以64年12月19日台財稅字第38987號函釋認定所謂「直接供事業使用之房屋」，在醫院之情形，係指「直接供醫院使用之房屋」免徵房屋稅，而不是必須「直接供進行醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務使用之房屋」或「直接供慈善救濟使用之房屋」；財政部並且直接例示醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等應屬直接供醫院使用之房屋，被告之見解顯與財政部之見解相左，殊無可採。
(六)依土地稅減免規則第8條第1項第5款之規定，完全沒有私立醫院不得為慈善救濟事業之法規意涵，否則「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」也無法符合慈善救濟事業之標準。土地稅減免規則並非房屋稅條例之授權命令，不得作為房屋稅條例法律用語之解釋依據。且土地稅減免規則並無房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語，且並未定義何謂「私立慈善救濟事業」。其所稱「社會救濟慈善事業」，與房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語不同，且無論「私立醫院」、「社會救濟慈善事業」均被土地稅減免規則第8條第1項第5款列為免徵地價稅之對象。而原告既是私立醫院，也是慈善救濟事業。該款規定在最後要加上「及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業」之概括用語，來擴大地價稅免徵對象之範圍。從而土地稅減免規則將「私立醫院」與「社會救濟慈善事業」分別例示，尚無法據此作出「醫療財團法人」不得被認定為「慈善救濟事業」之結論。
(七)被告援引財政部85年7月5日台財稅第000000000號函檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄，而率認須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得免徵房屋稅云云。惟查，醫療財團法人如要符合此一標準，幾年或幾月內必然倒閉、破產，根本不可能持續性之從事慈善救濟，被告竟將祇需低成本經營之老人扶療養院之標準，適用於原告，其所辯無異於「殺雞取卵」，在事實上根本不可行，抑且在法律上毫無依據。老人扶療養院收費提供「照護」、「醫療」及「旅館」之外，並未從事「慈善救濟工作」，依前開會議紀錄之標準僅係要求老人扶療養院收益全部用於其「目的事業」上，並未要求用於慈善救濟事業，自不得援用於原告。且該函並非財政部之函釋，無法規命令之效力。且內政部自己也從未將此標準適用於向內政部民政司立案之「教會附設醫院」，財政部也從未將此標準適用於向衛生署立案之「財團法人教會醫院」。被告要原告適用於法無據之上開排除要件，違反行政程序法第6條之規定。從衛生署98年1月12日衛署醫字第0970053721號函、財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋意旨可知，無論衛生署或財政部均未以全部收益用於目的事業之標準適用於具宗教慈善救濟性質之醫療財團法人。退萬步言，原告否認有將收益用於目的事業外之情形，有原告經會計師簽證之財務報告為證，被告主張原告有將收益用於目的事業外乙節，係屬積極事實，應由被告負舉證責任，被告並未立證以實其說，所辯自無可取。綜上所述，原處分及訴願決定均有違誤之處等情，並聲明求為判決：訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）關於課徵原告98年度房屋稅逾1,370,079元部分及課徵原告99年度房屋稅逾1,358,920元均撤銷。
三、被告則以︰
(一)查慈濟基金會係於69年1月16日由前臺灣省政府社會處核准立案，經內政部84年1月25日同意改隸該部，並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告則係於73年12月27日經衛生署核准設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，二者間分屬單獨成立之財團法人，原告雖由慈濟基金會捐助，然其非慈濟基金會之附設醫院，自不得依財政部64年11月4日台財稅字第37824號及同年12月19日台財稅字第38987號函釋免徵房屋稅。又原告乃係衛生署核准設立之醫療財團法人，而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然從事慈善救濟事業，且依財政部100年7月6日台財稅字第100004717670號函釋，醫療財團法人雖係經衛生署許可並向法院登記之財團法人，並非屬經立案之慈善救濟事業，故依前揭臺灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函釋及財政部71年12月8日台財稅第38854號函釋規定，醫事財團法人，因不符房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，其自有供事業用房屋即無免徵房屋稅。是被告以其不合免稅要件，依房屋稅條例第3條規定，就系爭房屋使用執照之構造，依各樓層實際用途及面積等核定應稅與免稅面積及房屋評定現值，分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率分別課徵98年及99年房屋稅，法並無違誤。
(二)原告係依據醫療法成立之醫療財團法人，惟查醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，而醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立（最高行政法院101年度判字第144號判決參照），故原告不得以醫療法第46條規範所為之公益作為其以「慈善救濟事業」為目的事業之論述。
1、所謂「慈善救濟事業」，參照司法院院字第817號解釋，自應指濟貧、救災、養老、恤貧以及其他以救濟為目的之事業而言（參見最高行政法院73年度判字第54號判決)。另依醫療法第1條及第5條第2項規定，可知醫療法係以「從事醫療事業辦理醫療機構」，並非以從事「慈善救濟」之目的而訂立，顯見醫療財團法人非以從事「慈善救濟事業」為目的而設立。至醫療法第46條之規定係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立。
2、依據財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函及100年8月3日台財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款經立案之私立慈善救濟事業所有房屋得免徵房屋稅，係就該事業從事慈善救濟，主在補足政府對於提供社會福利或社會救助之不足，爰就其直接辦理事業所使用之自有房屋准予免徵。至慈善救濟事業之認定應以主要成立目的及核心業務係為從事社會福利或社會救助為主。醫療法並非為慈善救濟目的所訂定，旨在規範醫療事業，縱其於醫療法規範財團法人醫院年度醫療收入結餘百分之10以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，尚不得即認為其屬慈善救濟事業。
3、參照立法院公報第75卷第81期第167頁及同卷第90期第91頁委員會紀錄，說明醫療法第46條規定，醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之規範，係因財團法人醫院之收費標準與一般醫院一樣，但享有土地稅、營業稅、綜合所得稅免稅，故應提撥部分收入作社會公益事業及教育訓練之用，如此對醫院、社會皆有利，而非據此就可認定為慈善救濟事業。
4、土地稅減免規則已將「財團法人醫院」與「社會救濟慈善事業」分開列示，益見所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。
5、所得稅法將「公益事業」與「慈善事業」分開列示：由衛生署公告之「醫療財團法人捐助章程」參考範例第3條規定可知，財團法人醫院之業務範疇本質上係從事醫療事業之公益事業，另按所得稅法第4條第1項規定，可見所得稅法係將「公益事業」與「慈善事業」分開列示，益見醫療財團法人公益事業非等同慈善救濟事業。
6、另按「合於第4條第13款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織，應依第71條規定辦理結算申報；其不合免稅要件者，仍應依法課稅。」為所得稅法第71條之1第3項所明定。次按「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：一、合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案。‧‧‧。八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70％。‧‧‧。」「符合前條規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。」為行政院訂定「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第8款及第3條第1項所規定。又「主旨：核釋83年12月30日修正發布施行之『教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準』適用疑義。說明：三、本標準所稱『銷售貨物或勞務』，係指將貨物之所有權移轉與他人，以取得代價者，為銷售貨物；提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者，為銷售勞務。四、慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，其取得之代價含有捐贈收入性質，得不視為本標準所稱『銷售貨物或勞務』。‧‧‧。」為財政部84年3月1日台財稅第000000000號函所明釋。
7、查醫療財團法人財報科目區分為銷售貨物或勞務之收入及銷售貨物或勞務以外之收入兩部分，依前揭所得稅法第4條第1項第13款及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入包含捐贈收入、利息收入、租賃收入及其他非醫務收益等項目，符合行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。益證醫療財團法人房屋稅、土地稅、營業稅、所得稅之減免，乃應依各該稅法規定辦理，並非依醫療法第38條第2項規定即當然得予減免。次查慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，得不視為「銷售貨物或勞務」，免予課徵所得稅，為前揭財政部84年3月1日台財稅第000000000號函所釋示，然銷售貨物或勞務之醫療收入之所得依法應課徵所得稅，顯見醫療財團法人稅法上非即當然為「慈善救濟事業」。
(三)原告引用衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函，主張該署已行使職權認定原告為慈善救濟事業，顯有不當。
1、依據財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函及100年8月3日台財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「立案」係指經「慈善救濟事業」主管機關核准許可。復依內政部組織法第4條及第13條規定，內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、指導及監督事項，是以慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部之職權。另依據行政院衛生署組織法第1條、第4條及第6條規定，衛生署掌理全國衛生行政事務，其雖設有醫事處，但確係為掌理醫事機構設置許可等醫事管理事項，是有關慈善救濟事業之認定，尚非該署之業管職掌；故針對衛生署所援引醫療法第46條規範醫療財團法人應提撥下限為其「收入結餘百分之十」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據，既經最高行政法院所不採，且審認慈善救濟事業之立案及監督係屬內政部職掌，則衛生署所為認定自不可作為符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之依據。
2、衛生署逕依醫療法第46條規定，將醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，無異是將公益性之醫療財團法人與慈善救濟財團法人劃上等號。蓋醫療財團法人本身即應具有公益性，其依醫療法第46條提撥年度醫療收入結餘（非全部收入）之10％，應屬回饋社會之機制，然公益事業未必等同慈善救濟事業，是慈善救濟事業其定義應是狹義性之公益（亦即應為濟貧、救災、養老、恤貧以及其他以救濟為目的之事業），是衛生署泛將符合醫療法第46條規定之醫療財團法人均視為慈善救濟事業，則全國醫事財團法人均視為「慈善救濟事業」，據此衛生署認定醫療財團法人為慈善救濟事業者，基於平等原則，以公益為目的而設立之各種型態財團法人，均比附援引認定為慈善救濟事業，則房屋稅條例第15條第1項第2款規定無異是形同具文。
3、依衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函示，醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，核與財政部85年7月5日台財稅第000000000號函引據內政部85年6月25日台（85）內社字第8577923號函附研商會議紀錄須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認定屬慈善救濟事業，相較有違比例原則。
(四)原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」而非以「從事慈善救濟為主要目的事業」。
1、查原告向被告申報之96年至97年度所得稅結算申報書及會計師之稅務簽證申報查核報告書觀之，原告從事醫療服務，收入來源大部分來自醫務收入，並非無償。除醫療法人財務報告編製準則第20條所規定之醫務成本、管理費用、非醫務活動費損，未見帳列有其他之貧困優免或無償救助之支出，足認原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」而非以「從事慈善救濟」為主要目的事業。
2、第查，機關或團體符合行政院訂定之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條規定要件者，其本身之所得及附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅。其中現行教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項第8款定有「機關團體用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70％」之規定。上開支出比例，依財政部89年6月1日台財稅第0000000000號函釋示，係以機關團體「用於與其創設目的有關活動之支出（包括銷售與非銷售貨物或勞務之支出）」占其「創設目的有關收入（包括銷售與非銷售貨物或勞務之收入）加計其創設目的以外之所得額及附屬作業組織之所得額」之比例計算為準。是機關團體之年度收入及支出，如與其創設目的活動有關，均應予以計入支出比例之分母與分子，據以核定其是否符合該條款規定。又醫療財團法人依所得稅法第4條第1項第13款及前揭教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入，符合前述行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。據此，財政部臺灣省北區國稅局核定原告91年至96年度應稅所得額，當課稅所得額均為負數時，依前述規定，屬銷售貨物或勞務以外收入之免稅所得，自未列入計算，但核定本期餘絀數，銷售與非銷售貨物或勞務之收入，均應予以計入。惟查依原告96、97年度教育文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織結算申報書顯示，其中義診費、醫療社會服務費用、捐贈衛生署等費用僅佔與創設目的有關支出1.48％、1.56％；占與創設目的有關收入1.19％、1.11％，可知原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的事業。
3、原告捐助章程第4條關於原告業務範圍之規定，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，已非無疑。且依原告之捐助章程第16條雖敘明「決算後若有結餘提存充實本院基金百分之50，餘得撥充社會慈善救濟事業」，然查原告帳載91年至98年度平衡表觀之，其91年至98年度淨值之變動，由原有永久受限淨值－登記（創設）基金及暫時受限淨值－擴建基金4,983,072,565元，增加為16,695,066,886元及4,439,912,161元，亦未見設有社福基金，顯見原告決算後結餘只提存充實該院登記（創設）基金及擴建基金，益見原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」而非以「從事慈善救濟為主要目的事業」。
4、依財政部臺灣省北區國稅局花蓮縣分局提供原告各年度機關或團體及其作業組織結算申報核定通知書顯示，91年至97年核定及98年申報，應稅部分：銷售貨物或勞務收入淨額分別為4,758,100,488元、5,393,628,897元、6,357,985,606元、7,718,329,595元、10,694,090,181元、12,498,201,911元、13,062,860,742元、13,611,645,662元；銷售貨物或勞務支出分別為5,140,186,971元、5,851,927,581元、6,956,868,272元、8,842,050,157元、11,568,119,412元、12,749,409,038元、12,430,638,524元、13,545,106,493元；課稅所得額分別為負382,086,483元、負458,298,684元、負598,882,666元、負1,123,720,562元、負874,029,231元、負251,207,127元、0元（原課稅所得應為632,222,218元，因扣除前5年內各期銷售貨物或勞務累計虧損632,222,218元）、0元（原課稅所得應為66,539,169元，因扣除前10年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額66,539,169元）。免稅部分：銷售貨物或勞務以外之收入分別為1,113,697,005元、1,094,187,704元、544,553,347元、1,138,021,311元、1,303,607,721元、3,292,862,501元、4,616,683,529元、1,185,261,442元，扣除當年度成本費用或損失（與創設目的有關活動之支出）後餘絀數額分別為731,610,522元、635,889,020元、負54,802,882元、13,663,398元、429,096,198元、3,041,362,374元、5,039,515,646元、1,036,278,365元，91年至98年累計結餘金額為10,872,612,641元，從原告申報之各年期餘絀處理分析表顯示，其收入結餘均未見全部投入慈善救濟工作，難謂慈善救濟事業為原告的主要目的事業。
5、就原告所提出之91年至99年11月之慈善救濟執行報告，有關慈善救濟支出明細表及慈善救濟執行報告均係自行製作之文書資料，其項目雖載明經濟個案補助費用、器官捐贈補助費用、辦理病友團體費用、社區居家關懷費用、社區公共衛生教育、志願服務教育訓練費用、義診費、諮詢及資源轉介事務費用等，然查該等慈善救濟支出內容經核與原告向行政院衛生署申報之收支餘絀表及「醫療社會服務費用明細表」內容觀之，除義診費及社服室費用外，其餘慈善救濟支出項目皆僅係遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定所提撥之醫療社會服務費用，且經查原告所列出之93年至98年慈善救濟支出金額其所提撥比例約為醫療收入淨額之1左右，益見原告非係以慈善救濟事業為其目的事業。
6、再查，原告雖提出97年相關慈善救濟支出明細分類帳證明其慈善救濟執行報告所列支慈善救濟支出，然依據原告之91年至99年之慈善救濟執行報告，有關貧病生活補助係由原告將需生活扶助的病患轉介由慈濟基金會提供生活扶助，另依據原告所提出的97年「慈善救濟財會系統分類帳」，可知對於原告所提出經濟個案醫療補助中，慈濟基金會亦有提供貧困醫療費用補助，另其他基金會亦有相同之補助情形，是對於原告所列舉所有之貧困醫療支出，究係是否透過慈濟基金會或其他基金會轉介並直接提供補助？另查有關經濟個案補助費用約有80﹪以上皆係原告所稱「門診、急診、住院殘障老優及福保之醫療優免」分別轉入經濟個案補助，惟查所謂醫療優免本係原告對於「醫療收入」之減項，其並無實際補助支出，且對於原告此項轉列費用並無時間、對象、條件及用途，無從認定是否符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、老人福利法及兒童少年福利法等相關規定要件。次查原告91年至99年各年皆有來自慈濟基金會之應收醫療款，而依據94至96年應收醫療款明細表可知，原告對慈濟基金會之應收醫療款係用作門診收入，另參見97年至99年之財務資料，原告96年至99年皆有來自慈濟基金會之「醫療收入」，且此等醫療收入之比例約佔全年醫療收入之1％－2％。是原告對於門診、急診、住院殘障老優及福保之醫療優免是否透過慈濟基金會給予補助？因原告僅列舉傳票號、摘要、金額，並無相關收支單據及相關帳簿文據可供核對，尚難謂其已盡協力義務。
7、依志願服務法第1條、第3條及第9條之規定，舉凡提高公共事務效能及增進社會公益所為之各項輔助性服務，皆可成立志願服務隊召募志工從事自願服務工作，且志願服務運用單位應就個別需求對志工辦理特殊訓練為事理之所然。況查依原告所列舉97年有關「志願服務教育訓練費用」共計17,118,340元中，僅列出2次志工在職訓練費用共計4,142元，其餘約98﹪之費用皆是用於志工之餐費自難謂訓練醫療志工即為慈善救濟事業，是原告主張，洵屬無理由。
8、又查，「社服室費用」係原告社服室下設2組，即「社工組」與「志工組」，負責低收入戶、身心障礙者、老人、兒童及少年等弱勢族群之福利服務，屬於從事醫療慈善救濟或慈善救濟工作的單位，其人事、耗材、差旅事務等相關費用。惟此項費用支出之對象係社服室及其人員，並非前揭社會救助法規定之受救助對象即低收入戶、低收入戶之傷、病患者及患嚴重傷、病者，亦非老人福利法及身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法等規定之老人、身心障礙者、兒童及少年。且社服室工作項目為病人與家屬之就醫說明、器官捐贈、遺體捐贈、病理解剖等事務說明及相關諮詢及轉介服務，並非社會救助法規定之「生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助」各項，均核與首揭內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨，未盡相符。
(五)基於租稅法律主義及實質課稅原則，原告並無法適用房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅。
1、原告就系爭房屋未能提出業已向內政部或縣市政府辦理慈善救濟事業財團法人之登記，核與前揭內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋有關「社會福利事業」必須符合「依法經社會福利事業主管機關許可設立」之要件，已有未合。且判斷事業是否為慈善救濟事業，非僅以其立案之名稱為準，依內政部100年5月23日、100年5月31日、100年7月19日等函釋，並未就慈善救濟事業之型態、範圍、及其設立之法令依據、認定標準加以規範，應係綜合各種事證加以從實質上判斷。依據前揭說明列舉之各種事證從實質上加以判斷，原告雖屬醫療財團法人，但並非慈善救濟事業，並無違誤。
2、政府對醫療財團法人實施租稅優惠政策，其主要目的係藉租稅減免之誘因，鼓勵醫院多從事醫療公益服務活動，慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，依據財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函及100年8月3日台財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款經立案之私立慈善救濟事業所有房屋得免徵房屋稅，係就該事業從事慈善救濟，主在補足政府對於提供社會福利或社會救助之不足，爰就其直接辦理事業所使用之自有房屋准予免徵。至慈善救濟事業之認定應以主要成立目的及核心業務係為從事社會福利或社會救助為主。醫療法並非為慈善救濟目的所訂定，原告既係依據醫療法所成立之醫療財團法人，按醫療法第1條及第5條第2項規定可知，其主要目的事業乃是以醫療事業辦理醫療機構為目的事業，並非以從事慈善救濟事業為目的而設立。況原告遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1％左右，此等支出核與經內政部立案之「財團法人」老人福利機構，依財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函轉內政部符合免稅之慈善救濟事業，係免費提供設施或勞務，如有酌收必要費用者，應經主管機關證明該費用之收取為必要且不以營利為目的，並須將全部收益直接用於該目的事業，顯有差距，亦難謂符合比例原則；顯見原告所為慈善救濟支出之目的僅係為呼應醫療法第46條及同法施行細則第30條之1「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」，其實質上並非以慈善救濟事業主要目的，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。
3、內政部雖以101年1月4日內授中社字第1000701331號函對於原告認定慈善救濟乙案，依據該部100年11月24日內授中社字第10007010431號函關於其辦理之慈善救濟事業認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，而認定原告其所辦理之慈善救濟事業。然查內政部100年11月24日之函文僅係對於原告所提出91年至99年所提出之慈善救濟執行報告內容去審認，惟該份報告僅是文書、統計表及照片資料，尚無實際支出單據供核，故財政部100年12月12日台財稅字第10000478210號函說明第3點即明示對於內政部就原告「91年至99年慈善就濟執行項目」是否屬「社會福利服務」或「社會救助」範疇之意見，有關如何認屬慈善救濟事業，財政部當予以尊重，並非謂原告即屬符合房屋稅條例第15條第1項第2款所揭免稅要件，是財政部並未進一步發函表示原告即認屬為「業經立案之慈善救濟事業」。故對於原告所提之內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函之意見，並不影響最高行政法院對於原告非屬「慈善救濟事業」之法律見解。
4、退步言之，縱令原告確有依醫療法及自身章程提撥年度醫療收益結餘10％-50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，惟依財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋之意旨，須為收費非以營利為目的且不違反相關從事社會福利之目的，並將全部收益直接用於各該目的者，得認屬慈善救濟事業。而房屋稅條例第15條第1項第2款乃基於辦理社會福利慈善救助事業者，其營收全部及資本孳息僅能辦理社會福利慈善救助事項，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。查原告收費標準乃根據中央健康保險局之標準向就醫民眾收取自費額，並依該局標準請款，與一般診所收費標準無異，原告僅依醫療及自身章程提撥年度醫療收益結餘10％-50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，並未將全部收益直接用於各該目的事業，核與房屋稅條例第15條第1項第2款立法精神及上開函釋相違。
5、又本件經查核衛生署所公示之財務報表，原告與其他同屬醫療財團法人之訴外人財團法人國泰綜合醫院、財團法人新光吳火獅紀念醫院、醫療財團法人辜公亮基金會（原名：財團法人辜公亮基金會和信治癌中心醫院）、財團法人為恭紀念醫院、財團法人長庚紀念醫院等醫院之收支餘絀表可知，原告所為94年至98年之「慈善救濟支出」（醫療社會服務費用）所佔其醫療收入比例與上開醫療財團法人之「慈善救濟支出」比例相近，亦同樣僅占醫療收入些微比例。是對於上開與原告同屬醫療財團法人之訴外人等而言，同樣係依據醫療法第46條規定提供醫療救濟服務之支出，原告即可因該等支出而認定符合適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅優惠，然其他醫療財團法人卻不適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅優惠，亦違反租稅公平原則。
6、房屋稅條例第15條第1項第2款規定，本係以立案之慈善救濟事業財團法人且直接供辦理「慈善救濟事業」所使用之自有房屋為免徵房屋稅之條件，若依據原告所提之慈善救濟支出占醫療收入比率，即可認定為其目的事業為「慈善救濟事業」，對於本件系爭房屋大林分院非直接供辦理「慈善救濟事業」之用之醫療大樓、各醫學中心、辦公室等七成五以上的面積均適用免稅優惠，顯有擴大解釋房屋稅條例第15條第1項第2款之認定，只要是醫療財團法人即可因行政院衛生署之解釋函而兼具慈善救濟事業之性質，從而享有房屋稅優惠，似違反法律之體系正義及法規範目的；是以本件系爭房屋主要係供醫療業務使用，並非以系爭房屋直接供辦理低收入戶照護、老人、身心障礙者福利服務等慈善救濟事務之用，核與房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「其直接供辦理事業所使用之自有房屋」不符，基於租稅法定主義，本件核無房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用至明。
(六)按財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋係就原屬宗教團體法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本件原告原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別。從而，本件尚無比附援引前述財政部函釋免徵房屋稅之餘地，況查該函亦明示該等醫院在改設為醫療財團法人後，需以該等醫院仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質並未變更者，方可准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，並非謂醫療財團法人醫院皆可認屬為慈善救濟事業。另財團法人老人扶療養院業經內政部主管機關認定屬社會福利事業，與原告非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，二者情形不同。是原告主張其歷年來慈善救濟支出皆高於財政部上開函釋核定若瑟醫院、高雄基督教信義醫院、天主教耕莘醫院、基督長老教會新樓醫院、聖保祿修女會醫院等教會醫院，財團法人老人扶療養院亦有收費，原處分有違租稅公平原則云云，核無足採等語，資為抗辯，並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、上開事實概要欄所述之事實，為兩造所不爭執，並有被告98、99年房屋稅繳款書、原告法人登記證書、原告捐助章程、嘉義縣政府99年7月30日府研法訴字第0990115357號、99年12月21日府研法訴字第0990191243號、100年6月21日府研法訴字第1000059157號、第0000000000號訴願決定書等附卷可稽，應堪認定。本件兩造之爭點為：原告所有系爭房屋中，關於被告課徵原告98年度房屋稅逾1,370,079元部分(即原告有爭議之11,782,750元部分)及課徵原告99年度房屋稅逾1,358,920元(即原告有爭議之11,618,238元部分)是否符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅之要件？爰分述如下：
(一)按「房屋稅之徵收，依本條例之規定；本條例未規定者，依其他有關法律之規定。」「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：．．．2、非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值百分之3，最高不得超過百分之5。其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值百分之1.5，最高不得超過百分之
2.5。」「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：．．．2、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」分別為房屋稅條例第1條、第5條第2款、第6條、第15條第1項第2款定有明文。次按「嘉義縣房屋稅稅率規定如下：一、營業用房屋按其現值課徵百分之3。‧‧‧三、住家用、自住用房屋按其現值課徵百分之1.2。四、私立醫院、診所、‧‧‧等非營業用房屋，按其現值課徵百分之2。」嘉義縣房屋稅徵收自治條例第3條第1項亦規定明確。
(二)次按「憲法第19條規定『人民有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。」業經司法院釋字第369號及第496號解釋揭櫫甚明。而租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。房屋稅條例第15條第1項第2款規定，業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。故該規定房屋稅之免徵，應具備：（1）須為經立案之私立慈善救濟事業。（2）已完成財團法人登記。（3）不以營利為目的。（4）直接供辦理事業所使用之自有房屋等4要件。而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。
(三)再按「臺灣基督教會附設紀念醫院，如查明完成財團法人登記者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」「醫事財團法人所有房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」「紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅。」財政部64年11月4日台財稅字第37824號、64年12月19日台財稅字第38987號、71年12月8日台財稅第38854號及前臺灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函釋在案。
核上開函釋，乃財政部及前臺灣省稅務局基於主管權責，就辦理房屋稅條例第15條第1項第2款規定案件所為之函釋，無違租稅法律主義及立法之本旨，稽徵機關辦理相關案件自得援用。
(四)又按，內政部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，亦經內政部組織法第4條及第13條規定甚明，足認慈善救濟事業之立案及監督，在中央原則上應屬內政部掌管事項。復按「本法所稱主管機關：在中央為內政部．．．。」「下列事項，由中央主管機關掌理。但涉及各中央目的事業主管機關職掌，依法應由各中央目的事業主管機關掌理者，從其規定．．．。」「本法所定事項，主管機關及各目的事業主管機關應就其權責範圍，針對兒童及少年之需要，尊重多元文化差異，主動規劃所需福利，對涉及相關機關之兒童及少年福利業務，應全力配合之。主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管兒童及少年福利法規、政策、福利工作、福利事業、專業人員訓練、兒童及少年保護、親職教育、福利機構設置等相關事宜。
二、衛生主管機關：主管婦幼衛生、優生保健、發展遲緩兒童早期醫療、兒童及少年心理保健、醫療、復健及健康保險等相關事宜．．．。」「本法所稱主管機關：在中央為內政部．．．本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。前2項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：身心障礙者人格維護、經濟安全、照顧支持與獨立生活機會等相關權益之規劃、推動及監督等事項。二、衛生主管機關：身心障礙者之鑑定、保健醫療、醫療復健與輔具研發等相關權益之規劃、推動及監督等事項。」「私人或團體設立身心障礙福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」「本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。前2項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管老人權益保障之規劃、推動及監督等事項。二、衛生主管機關：主管老人預防保健、心理衛生、醫療、復健與連續性照護之規劃、推動及監督等事項。」「私人或團體設立老人福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」「醫療法人經中央主管機關及目的事業主管機關之許可，得附設下列機構：一、護理機構、精神復健機構。二、關於醫學研究之機構。三、老人福利法等社會福利法規規定之相關福利機構。前項附設機構之設立條件、程序及其他相關事項，仍依各該相關法規之規定辦理。」並經兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第63條、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項、醫療法第31條第3項規定明確。又「．．
．二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為安老所、育嬰所、育幼所、殘廢教養所、習藝所、婦女教養所、助產所、施醫所及其他以救濟為目的之設施；另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。三、另依本部91年8月22日台內中社字第0910075289號函針對土地稅捐減免就平均地權條例第35條之1及其施行細則第50條第1項規定所為之函釋略以，社會福利事業指依法經社會福利事業主管機關許可設立，以興辦社會福利服務及社會救助為主要目的之事業，並符合下列情形之一：(一)依民法，經社會福利事業主管機關許可設立之社會福利慈善事業基金會興辦福利事業者。(二)依兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法(已修訂為『身心障礙者權益保障法』)及社會救助法等社會福利相關法規經直轄市、縣(市)社會福利事業主管機關許可設立之社會福利機構興辦社會福利事業者。(三)財團法人附設前款之社會福利機構興辦社會福利事業者‧‧‧。四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」亦經內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋在案。
(五)揆諸前揭內政部組織法第4條、第13條、兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項前段、第63條、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項、醫療法第31條第3項之規定及內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨，內政部係社會福利事業主管機關甚明。原告仍應向內政部申請設立許可，並受其監督，始符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件。經查，原告係依醫療法第5條規定，由衛生署核准設立之醫療財團法人，非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人乙節，為兩造所不爭執，參諸上述說明，自與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符。是衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函雖認定原告屬慈善救濟事業，惟參照上揭說明，衛生署並非私立慈善救濟事業之主管機關，其上述函釋，自無從為原告有利之認定。又查，慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告係經衛生署准予設立並完成登記之醫療財團法人，二者分屬單獨成立之財團法人，縱原告係由慈濟基金會捐助，自亦難據以認定原告亦屬經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業。另查，原告雖由慈濟基金會捐助，然非慈濟基金會之附設醫院，自無前述財政部64年11月4日台財稅字第37824號、64年12月19日台財稅字第38987號及98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋之適用。至於內政部100年11月24日內授中社字第10007010431號函，雖認定原告91年至99年慈善救濟執行報告內容經內政部及衛生署認符合醫療法及其施行細則、兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定之慈善救濟事項，惟此僅能證明原告有從事上述執行報告內容之慈善救濟事項，尚難據此認定原告即屬經內政部核准立案之私立慈善救濟事業。另內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函固謂房屋稅條例第15條第1項第2款所稱經立案之私立慈善救濟事業，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限，惟該見解參諸上揭說明，亦與前揭法律之規定不符，並不可採。是本件原告既未向內政部申請設立許可，自與房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件不合，被告原處分發單課徵原告所有系爭房屋98年度房屋稅11,782,750元(即原告有爭議部分)及99年度房屋稅11,618,238元(即原告有爭議部分)，均尚無違誤。
(六)另按「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。‧‧‧」「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」分別為醫療法第1條及第5條第2項所明定，可知醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立。至同法第46條雖規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之10以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之10以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」惟該條規定係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立。且參照財政部85年7月5日台財稅第000000000號函釋意旨，房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，即應將其全部收益直接用於慈善救濟事業，則醫療法第46條上述提撥下限為收入「結餘百分之10」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之規定，自不得作為認定醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據。況依土地稅減免規則第8條第1項第5款之免徵地價稅規定，係將「辦妥財團法人登記之私立醫院」與「辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益見所謂「辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上，並非即當然為「辦妥財團法人登記之私立慈善救濟事業」。
(七)再查，觀諸原告之捐助章程第4條關於原告業務範圍之規定，其業務事項共臚列13項，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，已非無疑。且依原告之捐助章程第16條係規定：「決算後若有結餘提存充實本院基金百分之50餘得撥充社會慈善救濟事業。」即其慈善救濟事業之進行係就決算後之結餘款百分之50為之。是原告於98年度及99年度決算後雖已有盈餘，縱令原告確有依醫療法及自身捐助章程提撥年度醫療收益結餘10％-50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項屬實，惟參照前述財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋意旨，原告並非將其全部收益直接用於慈善救濟事業，仍非以從事慈善救濟為主要目的之事業，則其醫療服務財團法人醫院仍與房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」之要件不合，而與房屋稅條例第15條第1項第2款規定之免徵房屋稅要件不符。
五、綜上所述，被告發單課徵原告所有系爭房屋98年度房屋稅11,782,750元(即原告有爭議部分)及99年度房屋稅11,618,238元(即原告有爭議部分)，均無違誤，訴願決定予以維持，核無不合。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其他攻擊防禦方法，核與判決之結果不生影響，茲不逐一論述，併此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 4 月 10 日
高雄高等行政法院第二庭
審判長法官 邱 政 強
法官 李 協 明法官 林 勇 奮以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 101 年 4 月 10 日
書記官 林 幸 怡