高雄高等行政法院判決
100年度訴字第610號民國101年3月27日辯論終結原 告 長亨精密股份有限公司代 表 人 紀一珍訴訟代理人 王元宏 律師被 告 財政部高雄市國稅局代 表 人 何瑞芳訴訟代理人 李文欽上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國100年9月8日台財訴字第10000333350號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要︰緣原告民國97年度營利事業所得稅結算申報，採獨立計算免稅所得公式，列報合於獎勵規定之免稅所得新台幣（下同）29,381,733元，經財政部台灣省南區國稅局（下稱南區國稅局）以原告未符合獨立計算免稅所得之要件，乃按「全部機器設備技術比」之計算公式，核定合於獎勵規定之免稅所得為2,878,457元，應補稅額3,329,379元。原告不服，申請復查，因原告所在地主管稽徵機關南區國稅局所屬高雄縣分局（下稱高雄縣分局）自100年1月1日起改隸財政部高雄市國稅局，並更名為鳳山分局（下稱鳳山分局），案經財政部高雄市國稅局（下稱被告）接辦，以100年6月16日財高國稅法字第1000042639號復查決定駁回。原告不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、原告主張：
（一）原告增資擴展投資計畫完成後投計畫之產品，其所得之計算應適用製造業及其相關技術服務業5年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第4點關於「獨立計算」免稅所得之規定：
1、按行為時促進產業升級條例（99年5月12日已廢止）第9條之2明定：「為健全經濟發展並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資，該等公司自91年1月1日起至92年12月31日止，新投資創立或增資擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：1、屬新投資創立者，自其產品開始銷售之日或開始提供勞務之日起，連續5年內免徵營利事業所得稅。2、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」從上開條文第2款可知，法令賦予得享有5年免稅優惠之標的，係指限定期間內新增設備所產出之「新增所得」。
2、次按「公司如『會計帳冊簿據完備』，其新投資創立或增資擴展投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）銷貨收入、銷貨成本及毛利正確『獨立計算』，且『合理分攤』營業費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額有關之非營業損益者，該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額依其帳證紀錄予以核實認定。」為免稅所得計算要點第4點第1項關於「獨立計算免稅所得」之明文規定，可見公司採獨立計算免稅所得之要件有三：會計帳冊簿據完備、生產線獨立、營業費用及非營業損益得合理分攤。
3、本件原告增資擴展生產之投資計畫產品為「296航空器及其零件（航空引擎葉片）」，而航空引擎葉片係航空器發動機內關鍵性且為核心之零組件，係原告參加主導性新產品「商用氣渦輪引擎3D翼形面組件」專案計畫核准開發有案之3D翼形葉片，其生產流程為：備料、銑床、翼形面檢驗、拋光、螢檢、珠擊、磨光、吹砂、噴塗、完工檢驗。
4、從上開產製事實足以判斷，原告系爭投資計畫產品，係以專屬生產投資計畫產品之機器設備生產，投資計畫產品與非投資計畫產品不論就生產製程，或是設備、人力資源分配及工廠配置等，均可明確予以獨立區分；且原告之會計帳冊簿據，亦已將投資計畫產品之銷貨收入、銷貨成本及毛利予以分別計算，故按獨立計算之方式計算免稅所得，除符合免稅計算要點第4點所稱「獨立計算免稅所得」之要件外，亦符合行為時促進產業升級條例第9條之2所欲給予投資計畫期間內新增設備產出新增所得之獎勵目的。
（二）被告依免稅所得計算要點第6點第1項「全部機器設備技術比」公式，用以計算原告之免稅所得額，除有法令適用錯誤之違誤，與事實亦有未合：
1、按「公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，如『會計帳冊簿據完備』，其新投資創立或增資擴展投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）銷貨收入、銷貨成本及毛利正確『獨立計算』，且『能直接合理明確歸屬或合理分攤』與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得有關之營業費用及非營業損益者，該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得依其帳證紀錄予以核實認定。」為新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱新興產業免稅所得計算要點）第4點關於「獨立計算免稅所得」之明文規定。
2、又按財政部於99年5月10日發布台財稅字第09904519470號令修正新興產業免稅所得計算要點，增列第4點第2項規定，將獨立計算免稅所得明確規範得將「營業費用及非營業損益」依內容性質區分為「可直接合理明確歸屬」或「無法直接合理明確歸屬」，其屬無法直接合理明確歸屬者，得選擇按其性質合理分攤，以期使原遭稽徵機關嚴格認定而幾乎無人採用之獨立計算免稅所得，重新給予明確定義而使納稅義務人得以採用而不致再生爭議。
3、如將免稅所得計算要點第4點第1項與新興產業免稅所得計算要點第4點第1項關於「獨立計算免稅所得」之要件簡略比較如下：
⑴前者：會計帳冊簿據完備、獨立計算、合理攤銷。
⑵後者：會計帳冊簿據完備、獨立計算、能直接合理明確歸屬或合理攤銷。
自「文義解釋」的角度觀察，免稅所得計算要點第4點第1項並未要求「能直接合理明確歸屬」者，始有獨立計算免稅所得之適用；況財政部於99年5月10日發布台財稅字第09904519470號令修正增訂第2項規定：「前項營業費用、非營業收入及非營業損失依其內容性質可直接合理明確歸屬於經核准並完成投資計畫產品（勞務）者，應直接歸屬。其無法直接合理明確歸屬者，『營業費用』部分得選擇按其性質，以經核准並完成投資計畫產品（勞務）收入與其他產品（勞務）收入之比例、薪資、員工人數、辦公室使用面積或其他合理分攤基礎作為基礎，分攤計算之．．．。」由此可見，構成獨立計算免稅所得之要件者，就其「營業費用及非營業損益」無論是否可直接合理明確歸屬者，均得適用之。
4、惟查，財政部100年9月8日台財訴字第10000333350號訴願決定書略以：「又縱如原告所訴已將該廠之設備區分為應稅、免稅設備（即非受獎勵設備、受獎勵設備），分別用以生產應稅、免稅產品，兩者並未混用，應可獨立計算等，惟查製造業產品成本之彙總，除直接材料、直接人工可直接歸屬（追溯）至產品外，其餘無法直接歸屬之製造成本，均須透過合理有系統之方法累積至各成本庫中，進而以製造費用分攤成為各項產品之成本，亦即製造費用本質上係透過分攤而來，故在同一廠房中生產數項產品，無論其生產線是否獨立，仍須為各項『製造費用』之分攤（如廠房租金、保險及財產稅，照明設備），廠房行政人員等支援成本），而難謂可獨立計算。．．．至於『獨立計算』免稅產品，則係針對『個別』產品，須其生產過程中所需之各種直接材料、直接人工及製造費用皆可明確歸屬該項產品，並獨立記帳．．．。」因而駁回原告訴願，非但將免稅所得計算要點第4點第1項「合理攤銷」營業費用（製造費用）之範圍過度限縮，誤認為僅有可直接合理明確歸屬系爭免稅產品營業費用（製造費用）時始有獨立計算免稅所得，且與財政部99年5月10日台財稅字第09904519470號解釋意旨顯相矛盾。
5、小結：原告系爭投資計畫產品依「獨立計算」免稅所得為29,381,733元，非但符合免稅所得計算要點第4點第1項規定，且符合99年5月10日台財稅字第09904519470號解釋意旨，與法未有不合，因此被告遽以「全部機器設備技術比」公式計算原告合於獎勵規定之免稅所得僅有2,878,457元，不僅與事實不符，更有法令適用錯誤之違誤。
（三）免稅所得計算要點第6點第1項「全部機器設備技術比」公式，不當限縮人民得享有租稅優惠之範圍，且欠缺法律授權明確性，係屬違憲之無效命令：
1、按「為健全經濟發展，並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資，公司自91年1月1日起至92年12月31日，新投資創立或增資擴展者，得依下列規定免徵營利事業所得稅：．．．2、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」「第1項公司免稅之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院定之。」為行為時促進產業升級條例第9條之2第1項第2款及第3項所明定。
2、次按「符合促進產業升級條例第9條之2暨製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法規定之公司，依本要點規定計算免稅所得額。」「公司非依前2點規定計算免稅所得額者，其免稅所得額得就下列公式擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、技術方式適用本條例第9條新興重要策略性產業或本條例第9條之2製造業及其相關技術服務業之獎勵者，各次以資本額及購置全新機器、設備、技術方式適用新興重要策略性產業或本條例第9條之2之投資計畫，其免稅所得額計算公式，均須一致。（一）採全部機器設備技術比公式計算：免稅所得額＝〔全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）〕×〔投資計畫之產品（勞務）收入淨額∕全部產品（勞務）收入淨額〕×機器設備技術比率×（1－委外加工比率），（1）機器設備技術比率＝〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額∕完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、技術等（土地除外）出租（借）人之取得成本〕（2）委外加工比率＝投資計畫之產品（勞務）委託加工成本∕投資計畫之產品（勞務）總成本．．．前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之；未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關得以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額。」為免稅所得計算要點第1點、第6點第1項及第2項所明定。
3、再按司法院釋字第657號解釋認為：「憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、稅基、稅率等租稅構成要件，以法律或法律明確授權之命令定之；如以法律授權主管機關發布命令為補充規定時，其授權應符合具體明確之原則；若僅屬執行法律之細節性、技術性次要事項，始得由主管機關發布命令為必要之規範，迭經本院解釋在案（司法院釋字第443號、第620號、第622號、第640號、第650號參照）。」經查被告所援引之系爭免稅所得計算要點正係就「5年免稅」此一租稅優惠如何量化計算其「稅基」之規定，依司法院前揭解釋，即須以「法律」或「具有法律明確授權之法規命令」始得規範之。
4、惟查，行為時促進產業升級條例第9條之2雖授權「行政院」針對公司免稅之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項制訂法規命令；行政院並於92年3月20日發布「製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法（下稱92年獎勵辦法）」全文11條，並自發布日施行。然相較於行政院98年5月27日發布施行之「製造業及其相關技術服務業於中華民國97年7月1日至98年12月31日新增投資適用5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法（下稱98年獎勵辦法）」第17條第1項乃就「免稅所得之計算方法」明文授權財政部訂定，系爭92年獎勵辦法顯無相類似之授權規範，準此，財政部所發布之免稅所得計算要點」為欠缺母法授權之行政命令，應定性為「解釋性行政規則」位階，而不具有法規命令之性質。
5、小結：行為時促進產業升級條例第9條之2所規定之「5年免稅」規定係法律明文規定而為人民依法得主張享有之「租稅優惠」，揆諸司法院釋字第657號解釋之意旨，非依法律或法律明確授權之法規命令不得規範（或限制）之。是以，促進產業升級條例第9條之2所規定「5年免稅」此一租稅優惠之稅基計算，應屬租稅法律主義之適用範圍，而非屬「細節性、技術性」事項。然免稅所得計算要點竟以行政規則位階規範「5年免稅」之免稅所得計算方法，實已違反憲法第19條租稅法律主義，依憲法第172條規定，應為無效之命令。準此，被告依免稅所得計算要點第6點第1項規定適用全部機器設備技術比計算原告之免稅所得額，除有法令適用錯誤之違誤，其所推論而得之事實，亦與原告之實際情況有顯著不同。
（四）退萬步言，縱認為免稅所得計算要點為有效之行政命令，其中免稅所得計算要點第6點第1項「全部機器設備技術比」雙重稀釋免稅所得額，違反實質課稅原則，應無拘束法院之效力：
1、按司法院釋字第216號解釋：「法官依據法律獨立審判，不受任何干涉，憲法第80條載有明文。各機關依其職掌就有關法規為釋示之行政命令，法官於審判案件時，固可予以引用，但仍得依據法律，表示適當之不同見解，並不受其拘束，本院釋字第137號解釋即係本此意旨；司法行政機關所發行政上之命令，不影響於審判權之行使，為法院組織法第90條所明定。司法行政機關自不得提示法律上之見解而命法官於審判上適用，如有所提示，亦僅供法官參考，法官於審判案件時，不受甚拘束。」
2、次按「所得稅納稅義務人未自行申報或提示證明文件，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。此項推計核定方法，與憲法並不牴觸，惟依此項推計核定方法估計所得額時，應力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得相當，以維租稅公平原則，至於個人出售房屋，未能提出交易時實際成交價格及原始取得之實際成本之證明文件者，如不問年度、地區、經濟情況如何不同，概按房屋評定價格，以固定不變之百分比，推計納稅義務人之所得額，自難切近實際，有失公平合理，且與所得稅法所定推計核定之意旨未盡相符。」業經司法院釋字第218號及第361號解釋在案。足見「推計課稅」之公式內容必須力求客觀、公平，並貼近應稅所得，始無違反租稅公平原則。
3、再按「營利事業所得之計算，係以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，為所得稅法第24條第1項所明定。免稅所得與應稅所得之投入成本及費用若無法明確劃分歸屬者，依公平原則，自應以收入比例作為分攤之基準。」司法院釋字第493號解釋理由書著有明文。可見所得之基本概念，乃是「收入減去成本費用」，故同一公司內如兼有生產「免稅產品」與「應稅產品」，其收入與成本費用應基於「收入及成本費用對應原則」為適當之對應，始符合租稅公平。若因收入、成本或費用之性質，而無法明確合理分攤各成本費用於各收入項目時，稅捐稽徵機關得以「收入比例」之公式作為推計課稅事實之方法，並非同時兼採「收入比例」及「成本比例」作為分攤標準。
4、惟查免稅所得計算要點第6點第1項採「全部機器設備技術比」計算免稅所得，其計算公式可分成三部分，包括（1）收入比：就與投資計畫相關之全年所得額乘以投資計畫產品收入占總收入之比例（2）機器設備技術比：投資計畫期間購置生產投資計畫產品全新機器設備占所有參與生產投資計畫產品之機器及設備之比例（3）委外加工比：委外加工成本占總製造成本之比例。由此可知，免稅所得計算要點第6點第1項之分攤公式乃兼採「收入比例」及「成本比例」，質言之，係就免稅所得額先以「收入比例」之方式予以攤銷，再以「成本比例」之方式進行雙重稀釋的效果。依前揭司法院釋字第493號解釋意旨，同一公司若兼有生產「免稅產品」與「應稅產品」，其免稅所得與應稅所得之投入成本及費用無法明確劃分歸屬者，依公平原則，應僅以「收入比例」為分攤基準即可。準此，免稅所得計算要點第6點第1項兼採「收入比例」及「成本比例」，造成免稅所得額之不當稀釋，明顯不符推計課稅公式應力求客觀公平之要求，違反實質課稅原則，應為無效之行政命令，依上開司法院釋字第216號解釋意旨，並無拘束法院之效力，被告所為之行政處分應予撤銷，方為正鵠。
（五）被告遽將非屬生產投資計畫產品之機器設備計入機器設備技術比之分母，不僅與事實不符，更有法令適用錯誤之違誤：
1、本件被告逕依免稅所得計算要點第6點第1項以全部機器設備技術比核定計算之免稅所得為2,878,457元【〔全年所得額35,741,391元－免納或停徵所得額0元－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收入10,449,791元＋與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業損失6,969,875元〕×收入比86.54%（投資計畫之產品收入淨額704,062,103元÷全部產品收入淨額813,475,850元）×機器設備技術比率10.31%〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元/（完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元＋完成證明所載全新機器、設備、技以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額合計211,911,847元）〕×〔1－委外加工比率0%〕】，其中完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術211,911,847元計入機器設備技術比之分母，可見被告乃將非屬生產投資計畫產品之機器設備計入機器設備技術比之分母。
2、經查，被告之所以將全部生產機器及設備計入分母，其理由不外乎：「若機器設備技術比之分母僅以『投資計畫工廠之機器設備總金額』為限，則人民必會將『完成證明所載全新機器、設備以外之機器設備』中預計用於生產投資計畫產品者，故意不登記在『完成投資計畫工廠』之財產清冊，而先登記在其他『非完成投資計畫工廠』之財產清冊下，藉此不當地減少『機器設備技術比之分母』，相對而言即可拉高『機器設備技術比』；嗣後再以『事實上流用』的方式將前述機器及設備加入『完成投資計畫之工廠』以擴大產量，以遂其爭取更多免稅所得額之目的。」亦即系爭免稅所得計算要點第6點第1項採「全部機器設備技術比」之行政立法目的乃在於防杜前述之「不當流用行為」。
3、本件原告增資擴展生產之投資計畫產品為「296航空器及其零件（航空引擎葉片）」，而航空引擎葉片係航空器發動機內最關鍵性且為核心之零組件，係原告參加主導性新產品「商用氣渦輪引擎3D翼形面組件」專案計畫核准開發有案之3D翼形葉片，其具有下列特殊性：（1）葉片翼面呈3度空間（3D）大扭轉曲面。（2）翼形葉片尺寸大。（3）材料來源屬於高加工難度特殊超合金鈦6鋁4釩材料。
生產應用主要關鍵必須使用3D MODEL建構、高階高精度5軸加工機製造及3D曲面多點快速全檢量測系統。原告係國內外唯一自行研製，使用國內品牌4軸臥式加工機改良進階到4+1軸功能，成功取代全球大廠皆以5軸加工專機生產3D葉片的廠商，並為原告專案計畫核定有案之主導性技術。換言之，一般低階（2軸至3軸）設施，無法應用於加工製造屬高階設施需求的3D葉片，因此根本不生上述「不當流用」之情況。
4、小結：自「功能觀點」而言，非投資生產計畫之機器設備中，必須可用於生產投資計畫生產之產品者，始具有「利用可能性」。準此，被告未予考慮原告所有之機器設備是否皆與生產投資計畫產品有關，即推定原告所有之全部機器設備具有流用情形，而將全數納入機器設備比率分母，此種假設事實，非但違反依證據認定事實之證據法則，亦違反一般經驗法則，其所作成之違法行政處分應予撤銷，而無拘束法院之效力。
（六）況被告採「全部機器設備技術比」之計算公式欠缺實質關聯性，違反比例原則，顯有法令適用錯誤之違誤：
1、縱認為免稅所得計算要點第6點第1項「全部機器設備技術比」出於防杜若干公司藉由流用方式以不當增加免稅所得額之立法目的有其正當性，惟為達成此一目的，亦非不能考慮其他具有相同效果，但對納稅人侵害較小之方式，例如「具結保證不流用機器設備，否則一經查獲，願受罰鍰或取消租稅優惠之資格」或「加強實地勘查稽徵」等方式以防杜之。據此，被告未優先考慮其他可以達成相同效果，但不違反「實質課稅原則」之方法，卻採用「雙重稀釋」此種嚴重違反實質課稅原則之手段，其「全部機器設備技術比」之計算公式應已違反憲法第23條比例原則，是以，被告驟然將非屬生產投資計畫產品工廠之機器設備計入機器設備技術比之分母，不僅與事實不符，更有法令適用錯誤之違誤。
2、為符合行為時促進產業升級條例係就新增所得給予免稅之立法意旨，應改以生產製造投資計畫之機械設備172,720,378元計入機械設備比之分母，計算出免稅所得為4,125,913元【〔全年所得額35,741,391元－免納或停徵所得額0元－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收入10,449,791元＋與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業損失6,969,875元〕×收入比86.54%（投資計畫之產品收入淨額704,062,103元÷全部產品收入淨額813,475,850元）×機器設備技術比率14.78%〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元/（完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元＋完成證明所載全新機器、設備、技以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額合計147,198,474元）〕×〔1－委外加工比率0%〕】，以符合實質課稅原則。
（七）綜上論結，本件爭點在於原告生產3D翼型葉片（系爭免稅產品）究有無適用免稅所得計算要點第4點關於「獨立計算」免稅所得之適用？按免稅所得計算要點第4點第1項之文義解釋及財政部於99年5月10日發布台財稅字第09904519470號解釋意旨，應肯認原告系爭投資計畫產品依獨立計算免稅所得，於法並無不合。退萬步言，被告遽以「全部機器設備技術比」公式計算免稅所得，並未深究原告是否具有不當流用機器設備之情事，逕將非屬生產投資計畫產品工廠之機器設備計入機器設備技術比之分母，以致原告之租稅優惠權利受損。被告對於事實之認定有所誤解，並於適用法令有所違誤，違反稅捐實質正義，並對原告公司之財產權造成侵害，應予撤銷，始符法制等語，並聲明求為判決訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）關於「合於獎勵規定之免稅所得」改採全部機器設備比計算免稅所得部分應予撤銷。
三、被告則以：
（一）原告92年度辦理增資擴展投資計畫，生產296航空器及其零件（航空引擎葉片），經經濟部工業局92年9月1日工證南字第09205238450號函，核准符合行為時促進產業升級條例第9條之2第1項第2款及行政院92年3月20日發布之92年獎勵辦法規定，准自投資計畫完成日（93年1月12日）起適用5年免徵營利事業所得稅。系爭投資計畫核准免稅期間（93年1月12日起5年）之開始適用免稅年度為93年度，南區國稅局於審查原告93年度營利事業所得稅結算申報案，依其所提示廠區平面配置圖及財產目錄等資料，發現受獎勵設備及非受獎勵設備置於同一廠房，並非整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准，並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，不符合獨立計算之要件，遂於95年12月6日以南區國稅高縣1字第0950066045號函請原告就本次增資擴展計畫於「全部機器設備技術比」與「增加銷貨量」兩公式中，擇一計算免稅所得，經合法送達，原告逾期未選擇，乃依免稅所得計算要點第6點規定，以「全部機器設備技術比」公式核定其免稅所得。原告不服，提起行政爭訟，業經鈞院97年度訴字第888號判決及最高行政法院99年度裁字第738號裁定駁回確定。原告94、95及96年度均延續上開方式申報免稅所得，並循序提起行政爭訟，亦經鈞院99年度訴字第368號、100年度訴字第139號、第140號判決及最高行政法院100年度判字第1597號裁定駁回在案。
（二）次查，本件97年度營利事業所得稅結算申報，延續93、94、95、96年度申報「採獨立計算」免稅所得公式，列報合於獎勵規定之免稅所得29,381,733元，嗣被告以原告未符合獨立計算免稅所得之要件，乃按「全部機器設備技術比」之計算公式，核定97年度合於獎勵規定之免稅所得為2,878,457元【計算式一：投資計畫之產品收入淨額704,062,103元/全部產品收入淨額813,475,850元＝收入比86.54%。計算式二：完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元/〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額221,911,847元〕＝機器設備技術比率10.31﹪。計算式三：〔全年所得額35,741,391元－免納或停徵所得稅之所得額0元－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收入10,449,791元＋與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業損失6,969,875元〕×收入比86.54﹪×機器設備技術比率10.31﹪×（1－委外加工比率0﹪）＝免稅所得為2,878,457元】，應補稅額3,329,379元。再者，原告96年度將原安裝於仁武廠之免稅設備遷移至岡山本洲廠（即新建之葉片專製廠），95至97年間陸續購置之非受獎勵設備，其安裝地點亦為岡山本洲廠（改制前高雄縣○○鎮○○里○○○路○○號），經被告所屬岡山稽徵所（岡山稽徵所）實地勘查屬實，此有岡山稽徵所投資抵減檢查報告表、經濟部工業局96年6月29日工證金字第096005549840號、96年12月13日工證金字第09601054740號、97年8月8日工證南字第09705559670號、97年11月24日工證南字第09705587030號及99年1月12日工證金字第09801094470號網際網路業製造業及技術服務業購置設備或技術投資抵減證明書等資料附卷可稽，其受獎勵設備及非受獎勵設備置於同一廠房，並非整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，依法尚不符合獨立計算之要件。又依免稅所得計算要點第6點規定，公司非依前2點規定計算免稅所得額者，其免稅所得額得就下列公式擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更，則97年度營利事業所得稅結算申報，按「全部機器設備技術比」之計算公式，核定合於獎勵規定之免稅所得為2,878,457元，並無不合。
（三）原告之受獎勵設備及非受獎勵設備置於同一廠房，並非整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准，並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，且95至97年間陸續購置之非受獎勵設備，其安裝地點亦為岡山本洲廠，已如前述，亦為原告所不爭，已不符免稅所得計算要點第5點「．．．（一）當年度計算免稅所得額時，其整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後之免稅期間內所生產（提供）．．．。」規定獨立計算免稅所得之要件。又縱如原告所訴已將該廠之設備區分為應稅、免稅設備（即非受獎勵設備、受獎勵設備），分別用以生產應稅、免稅產品，兩者並未混用，應可獨立計算等。惟查，製造業產品成本之彙集，除直接材料、直接人工可直接歸屬（追溯）至產品外，其餘無法直接歸屬之製造成本，均須透過合理有系統之方法累積至各成本庫中，進而以製造費用分攤成為各項產品之成本，亦即製造費用本質上係透過分攤而來，故在同一廠房中生產數項產品，無論其生產線是否獨立，仍須為各項製造費用之分攤（如廠房租金、保險及財產稅，照明設備，廠房行政人員等支援成本），而難謂可獨立計算。
（四）又按「入帳基礎」與「獨立計算」係屬不同之觀念。商業會計法相關規定係就入帳基礎所為之規定，當營利事業生產「多種」產品，無法明確區分各產品實際發生之製造費用（如機器設備折舊、間接人工及間接材料）時，為合理表達該產品之生產成本，法律明文規定可採「分攤」之方式，將無法直接歸屬之成本分攤至各產品中，故所有已發生之成本，如經簽證會計師或稽徵機關查明屬實，則所列報之各項產品之成本，稽徵機關會依法予核認（因為不影響課稅所得額）。至於「獨立計算」免稅產品，則係針對「個別」產品，須其生產過程中所需之各種直接材料、直接人工及製造費用皆可明確歸屬該項產品，並獨立記帳。又獨立計算下之產品成本係「不變」的，而採分攤方式計算之產品成本則會因分攤標準之不同而有不同之結果（例如製造費用依工時比分攤與依使用製造面積分攤即會產生不同之結果）。另查，並非所有依商業會計法相關規定記帳之營利事業均可稱為獨立計算，然獨立計算之營利事業，於帳務處理上，卻一定要遵守商業會計法及相關法令之規定。原告相同案情之93至96年度營利事業所得稅事件，皆因未符合獨立計算免稅所得之要件，業經鈞院及最高行政法院審認並判決駁回在案，業如前述。
（五）依免稅所得計算要點第6點規定，其免稅所得額得就「全部機器設備技術比」與「增加銷貨量」兩公式，擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更。原告97年度既不符合獨立計算之要件，而系爭投資計畫開始適用免稅年度（93年度），業經核定採「全部機器設備技術比」公式計算其免稅所得，是依法原告97年度亦應採用「全部機器設備技術比」公式。又採全部機器設備技術比公式計算免稅所得者，即應依免稅所得計算要點規定公式計算之，原告97年度機器設備所生產之產品（運輸工具零組件、航空器及其零件），與系爭投資計畫之產品（航空器及其零件），皆屬中華民國稅務行業標準分類之中類29（中類29運輸工具製造修配業，業於96年8月修正公布為中類31其他運輸工具製造業及部分中類30汽車及其零件）項下之產品，依免稅所得計算要點第10點第5款第4目規定，皆應納入完成證明所載全新機器、設備、技術總金額以外之機器及設備、技術內，計算機器設備技術比率，是原告主張與生產投資計畫產品無關之設備排除在機器設備比分母之外，顯係誤解，應不足採。
（六）至原告稱應按新興產業免稅所得計算要點第4點關於「獨立計算免稅所得」之明文規定，及財政部99年5月10日台財稅字第09904519470號令，將獨立計算免稅所得明確規範得將「營業費用及非營業損益」，依其內容性質區分為可直接合理歸屬及無法直接合理明確歸屬，其屬無法直接合理明確歸屬者，得選擇按其性質合理分攤乙節。查「為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟需扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，．．．得依下列規定自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額或綜合所得稅額：．．．。」及「符合促進產業升級條例（以下簡稱本條例）第8條及其相關獎勵辦法規定之公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，依本要點規定計算免稅所得額。」為行為時促進產業升級條例第8條及新興產業免稅所得計算要點第1點所規定。按行為時促進產業升級條例第8條之立法目的在於「創業投資事業為企業創新技術商業化與研究成果、技術擴散的重要媒介，而政府指定之重要科技事業因投資規模較大，且具市場不確定之特性風險較高，但對未來工業水準之提升及國防工業之建立，具關鍵性之影響，於未來十年仍有大力扶植之必要。惟避免對產業之直接減免稅捐而與國際貿易有關規定不合，仍宜維持對投資事業之股東，就投資額之固定百分比內抵減所得之規定，以鼓勵投資。以維持與開發度類似國家相當之投資租稅環境。」此與本件係適用行為時促進產業升級條例第9條之2對製造業及其相關技術服務業之獎勵目的，在擴大誘發中小企業投資以達到增加產值，並藉由其關聯效果帶動國內經濟成長不同，兩者社會性政策目的不同，自不得任意比附援引，原告亦有誤解。
（七）另原告主張被告援引免稅所得計算要點第6點第1項計算公式，不當限縮人民得享租稅優惠之範圍，且欠缺法律授權明確性，係屬違憲之無效命令；該計算公式屬雙重稀釋免稅所得額，違反實質課稅原則，應無拘束法院之效力乙節。經查，行為時促進產業升級條例之訂定，係以稅捐減免之獎勵方法，達成促進產業升級，健全經濟發展之目的。該條例授權行政院訂定產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，並因而使諸多生產事業可進入受獎勵範圍；至於得依行政院訂定之適用範圍標準進入受獎勵範圍之產業，應如何自其所得中區分出符合獎勵之免稅所得而給予免稅優惠，則屬促進產業發展條例有關稅捐優惠法制之具體化，係屬稅捐主管機關財政部之職權。財政部為執行該條例第9條之2之規定，本其規範意旨，於92年10月13日訂定免稅所得計算要點，供徵納雙方適用，尚無牴觸所得稅母法而增加人民法律所無之租稅負擔，核與憲法第19條、所得稅法第24條及司法院釋字第640號解釋等均無違誤，原告所稱顯係誤解。又所謂「免稅所得」乃生產事業於「免稅期間」以「免稅設備」「自行」生產「免稅產品」並「銷售」所產生之所得。本件係以全部機器設備技術比計算免稅所得，故免稅所得應以「全年所得」按收入比、設備比及自製比計算，其理在此，其間並無雙重稀釋免稅所得之情形，原告所稱核無足採等語，並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、本件前開事實概要欄所載之事實，有原告97年度營利事業所得稅結算申報書、被告97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、核定稅額繳款書、經濟部工業局92年9月1日工證南字第09205238450號函、93年12月6日工中字第09305056670號函暨其檢發之製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅完成證明及全新機器設備清單、原告復查申請書、被告復查決定書、原告訴願書、財政部訴願決定書及原告起訴狀附原處分卷、訴願卷及本院卷可稽，且為兩造所不爭執，應堪認定。兩造之爭點為：被告原處分以原告未符合獨立計算免稅所得之要件，乃按「全部機器設備技術比」之計算公式，核定合於獎勵規定之免稅所得為2,878,457元，應補稅額3,329,379元，是否合法？
（一）按「為健全經濟發展，並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資，公司自91年1月1日起至92年12月31日止，或自97年7月1日起至98年12月31日止，新投資創立或增資擴展者，得依下列規定免徵營利事業所得稅：1、屬新投資創立者，自其產品開始銷售或開始提供勞務之日起，連續5年內免徵營利事業所得稅。2、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」「第1項公司免稅之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院定之。」為行為時促進產業升級條例第9條之2第1項及第3項所明定。次按「公司如會計帳冊簿據完備，其新投資創立或增資擴展投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）銷貨收入、銷貨成本及毛利正確獨立計算，且合理分攤營業費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額有關之非營業損益者，該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額依其帳證紀錄予以核實認定。．．．。」「前點所稱銷貨收入、銷貨成本正確獨立計算，指依下列規定辦理者：（1）當年度計算免稅所得額時，其整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後之免稅期間內所生產（提供），且會計帳冊簿據對於投資計畫產品（勞務）及非屬投資計畫之產品（勞務）能明確區分記載，並提供屬投資計畫之產品（勞務）相關明細資料者。．．．。」「公司非依前2點規定計算免稅所得額者，其免稅所得額得就下列公式擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、技術方式適用本條例第9條新興重要策略性產業或本條例第9條之2製造業及其相關技術服務業之獎勵者，各次以資本額及購置全新機器、設備、技術方式適用新興重要策略性產業或本條例第9條之2之投資計畫，其免稅所得額計算公式，均須一致。
（1）採全部機器設備技術比公式計算：免稅所得額＝〔全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）〕×〔投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額〕×機器設備技術比率×〔1－委外加工比率〕①機器設備技術比率＝完成證明所載全新機器、設備、技術總金額÷〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、技術等（土地除外）出租（借）人之取得成本〕②委外加工比率＝投資計畫之產品（勞務）委託加工成本÷投資計畫之產品（勞務）總成本．．．。前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之；未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關得以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額。．．．。」分別為免稅所得計算要點第4點、第5點及第6點所規定。
（二）次按「憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、稅基、稅率等租稅構成要件，以法律或法律明確授權之命令定之；如以法律授權主管機關發布命令為補充規定時，其授權應符合具體明確之原則；若僅屬執行法律之細節性、技術性次要事項，始得由主管機關發布命令為必要之規範．．．。」業經司法院釋字第657號解釋理由書闡示在案。再按司法院釋字第480號解釋意旨：「法律內容不能鉅細靡遺，一律加以規定，其屬細節性、技術性之事項，法律自得授權主管機關以命令定之，俾利法律之實施，行政機關基於此種授權，在符合立法意旨且未逾越母法規定之限度內所發布之施行細則或命令，自為憲法之所許。」故行政解釋係在補充法令之效力，當法律有意義不明或不備時，或法條文字雖無明文規定，而依論理顯然含有其意義等情況時，均得就法律予以作解釋。參諸免稅所得計算要點第1點規定：「符合促進產業升級條例（以下簡稱本條例）第9條之2暨製造業及其相關技術服務業新增新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法（以下簡稱獎勵辦法）規定之公司，依本要點規定計算免稅所得額。」及第2點規定：「．．．（2）免稅所得額：指符合獎勵辦法，經核准並完成投資計畫且依本要點計算之所得額。」準此可知，免稅所得計算要點所規範者，係屬符合行為時促進產業升級條例第9條之2規定至明。又關於免稅所得之計算方法，雖無直接以明文規定，然上開計算公式之適用，乃是在從事製造業之營利事業，依行為時促進產業升級條例第9條之2之規定，針對所生產的特定產品，投入資本，增資擴展，擴大其產銷活動，國家乃針對該營利事業因為增資擴展所增產之該特定產品，就其行銷所創造出來的所得，給予免稅優惠。而此等新增之所得本來即無法在事實層面上來認定，必須透過一個計算公式計算出來，核其性質係執行法律之細節性及技術性事項，且屬於執行租稅減免優惠法律之行政措施，並非用以課予人民義務或限制人民基本權利，其受法律規範之密度應較為寬鬆，自得由主管機關發布命令為必要之規範。財政部於92年10月13日頒布之免稅所得計算要點，乃其基於稅捐主管機關職權，針對符合行為時促進產業升級條例第9條之2及製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法規定之公司，應如何計算免稅所得額，予以細節性及技術性之補充規定，以確保上開法條規定之執行，除斟酌投資人之權益外，並兼顧租稅公平原則，為執行母法及相關法律所必要，符合立法意旨，且未增加法律所無之限制，與憲法第23條並無牴觸，主管機關自得加以適用。原告主張免稅所得計算要點以行政規則位階規範「5年免稅」之免稅所得計算方法，已違反憲法第19條租稅法律主義云云，並不可採。
（三）再按「稅捐法定原則」「量能課稅原則」及「稽徵經濟原則」為稅捐法制三大基本原則。依據量能課稅原則，有所得即應依法納稅；所得稅法關於營利事業所得稅之課徵客體，係採概括規定，凡營利事業之營業收益及其他收益，除具有法定減免事由外，均應予以課稅，俾實現租稅公平負擔原則。惟國家往往為達到例如經濟發展之目的，例外給予人民租稅優惠。促進產業發展條例之訂定，即係以稅捐減免之獎勵方法，以達成促進產業升級，健全經濟發展之目的。該條例沿續獎勵投資條例之精神，陸續對重要科技事業、重要投資事業、創業投資事業、新興重要策略性產業、科學工業公司、製造業及其相關技術服務業等給予稅捐優惠。該條例就上開獎勵業別雖授權行政院訂定產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，並因而使諸多生產事業可進入受獎勵範圍，享有雙重之免稅優惠，不但其購買機器設備之成本支出一定比例之金額可享有抵減應納稅額之優惠，且使用此等機器設備所產生之「所得」，又可享有免稅優惠，並可讓業者視其營收狀況選擇遲延適用免稅期間。然而，行政院及目的事業主管機關所重者為要將哪些產業納入獎勵範圍，故其訂定相關之適用範圍標準，均著重於經濟發展層面之策略布局，而非免稅所得之計算方式。至於得依行政院訂定之適用範圍標準進入受獎勵範圍之產業，應如何自其所得中區分出符合獎勵之免稅所得給予免稅優惠，則屬有關行為時促進產業升級條例稅捐優惠法制之具體化，應屬稅捐主管機關財政部之職權。財政部為執行行為時促進產業升級條例第9條之2之規定，本其規範意旨，於92年10月13日訂定免稅所得計算要點，供徵納雙方適用，足為納稅義務人於適用前所能預見。又為避免同一生產事業內免稅所得侵蝕應稅所得，形成不公，依前引該條例第9條之2規定增資擴展之事業，係以新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅之文義，本來免稅所得之計算須業者能獨立計算為原則，惟實務上，生產事業往往無法符合免稅所得計算要點第4點有關獨立計算即「投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）銷貨收入、銷貨成本及毛利正確獨立計算，且合理分攤營業費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益者，該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得額依其帳證紀錄核實認定。」之規定，則在此免稅所得不能獨立計算之情形下，應如何計算始符合獎勵目的及租稅公平，財政部乃於免稅所得計算要點第6點第1項訂定「全部機器設備技術比」及「增加銷貨量」2種不能獨立計算公式，採行分攤方式計算免稅所得，使業者亦得有條件享受免稅所得，以免因無法獨立計算逕將免稅所得以「零」計算有過苛之嫌，亦免納稅義務人任意將其所得全歸入免稅所得，違反行為時促進產業升級條例之獎勵目的，並兼顧「稽徵經濟」及「量能課稅」原則。是納稅義務人在無法獨立計算又欲享受租稅優惠之情形下，免稅所得計算要點非僅硬性規定一種計算公式，而已提供「全部機器設備技術比」及「增加銷貨量」2種公式讓納稅義務人選擇適用，使其參與稅負稽徵程序，則納稅義務人既有數個選項可以選擇，即應儘早行使此項租稅優惠選擇權，以確定租稅法律關係。又為避免納稅義務人藉申報免稅所得計算公式之選擇，導致租稅法律關係不確定，並鑑於適用5年免徵營利事業所得稅之公司辦理結算申報時需檢附該投資計畫之完成證明及其全新設備清單，另營利事業所得稅結算申報書中亦有財產目錄之機器、設備等資料，稅捐稽徵機關可依全部機器設備技術比率公式，據以計算公司之免稅所得。但以增加銷貨量公式計算免稅所得者，倘公司未提供投資計畫完成之日起投資計畫產品（勞務）銷貨量、基準年度投資計畫產品（勞務）銷貨量等資料，則稽徵機關尚無法依增加銷貨量公式計算公司之免稅所得，是以免稅所得計算要點第6點第2項規定：「前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之；未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關得以全部機器設備技術比公式核定其免稅所得額。」乃財政部為執行行為時促進產業升級條例第9條之2之規範意旨所為規定，衡諸申請該條例第9條之2租稅優惠之相關事實資料多半掌握於申請租稅優惠者自身，爰課予申請租稅優惠者主動於一定期間內檢具相關資料選擇適用免稅計算公式，符合上開法律規定之意旨，乃為確定國家與人民租稅法律關係所必要之合理手段，已調和稽徵正確、稽徵程序經濟效能暨租稅安定之原則，核與該條例第9條之2規範意旨無違，自得適用。故納稅義務人於營利事業所得稅結算申報時如怠於行使選擇計算公式，形同放棄選擇權，稅捐稽徵機關為確定租稅法律關係，經依免稅所得計算要點第6點第2項規定按全部機器設備技術比公式核定免稅所得額後，納稅義務人即不得變更以增加銷貨量公式計算免稅所得進而指摘稽徵機關之核課違法。
（四）本件原告增資擴展生產「296航空器及其零件（航空引擎葉片）」，經核准自93年1月12日起適用5年免稅在案。97年度營利事業所得稅結算申報，延續93至96年度申報採「獨立計算免稅所得」，列報合於獎勵規定之免稅所得29,381,733元，經被告以其本次增資擴展計畫，業經於93年度核定不符獨立計算之要件，乃依上4期核定採「全部機器設備技術比」計算免稅所得，核定合於獎勵規定之免稅所得2,878,457元。又系爭投資計畫核准免稅期間（93年1月12日起5年）之開始適用免稅年度為93年度，南區國稅局於審查原告93年度營利事業所得稅結算申報案，依其所提示廠區平面配置圖及財產目錄等資料，發現受獎勵設備及非受獎勵設備置於同一廠房，並非整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准，並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，不符合獨立計算之要件，遂於95年12月6日以南區國稅高縣1字第0950066045號函請原告就本次增資擴展計畫於「全部機器設備技術比」與「增加銷貨量」兩公式中，擇一計算免稅所得，經合法送達，原告逾期未選擇，乃依免稅所得計算要點第6點規定，以「全部機器設備技術比」公式核定其免稅所得。原告不服，提起行政爭訟，業經本院97年度訴字第888號判決及最高行政法院99年度裁字第738號裁定駁回原告之訴而確定在案，有上開裁判附卷可稽，並為兩造所不爭執，應堪認定。又原告雖於96年度將原安裝於仁武廠之免稅設備遷移至岡山本洲廠（即新建之葉片專製廠），惟經被告實地勘查結果，原告仍將受獎勵設備及非受獎勵設備置同一廠房，並非整廠（棟、間）之機器、設備或技術等均屬經核准並完成投資計畫中全新機器、設備、技術清單內所載者，有原告財產目錄、經濟部工業局96年6月29日工證金字第09605549840號、97年8月8日工證南字第09705559670號、97年11月24日工證南字第09705587030號、99年1月12日工證金字第09801094470號網際網路製造業及技術服務業購置設備或技術投資抵減證明書、岡山稽徵所投資抵減檢查報告表附原處分卷可證，亦核與免稅所得計算要點第5點規定獨立計算免稅所得之要件不符。前高雄縣分局既於95年12月6日上開南區國稅高縣1字第0950066045號函請原告就「全部機器設備技術比」「增加銷貨量」公式擇一計算免稅所得，經合法送達，惟原告逾期未提示，則被告在原告放棄選擇之情形下，依免稅所得計算要點第6點第2項後段規定，按「全部機器設備技術比」計算原告本年度免稅所得，即屬有據。又行為時促進產業升級條例第9條之2為租稅優惠之規定，相關事實資料大多掌握於原告手中，原告在無法獨立計算之情形下既然放棄選擇所欲適用之免稅所得計算公式，又未檢具完整事實資料，被告實無法依職權為原告核算採用哪一種公式對原告最為有利，尤其依免稅所得計算要點第6點第2項規定原告已可預見如其不行使選擇權，被告即得按「全部機器設備技術比公式」核定原告之免稅所得，則原告放棄權利在先，殊無於被告核定後指摘被告依「全部機器設備技術比公式」核定原告免稅所得為違法之理。另上開全部機器設備技術比公式既係在免稅所得無法獨立計算下所設，其中有關機器設備技術比率，僅係為區分免稅及應稅所得，而以產製各項產品之非受獎勵設備及受獎勵設備之價值作為分攤基礎，核與會計上為正確計算各年損益之目的，透過合理有系統方式將資本支出分攤至各年損益，俾符成本收益配合原則之概念無涉，亦非以查得之資料或同業利潤標準推計課稅。原告主張前開「全部機器設備技術比」公式兼採「收入比例」及「成本比例」，造成免稅所得額之不當稀釋，明顯不符推計課稅公式應力求客觀公平之要求，違反實質課稅原則云云，亦無可取。
（五）又被告按「全部機器設備技術比公式」計算本年度原告免稅所得，既屬有據，則本件尚審究在該公式下應納入「機器設備技術比率」分母之機器設備為何？按免稅所得計算要點第6點第1項第1款「全部機器設備技術比公式」之規定如下：「免稅所得額＝【全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）】×[投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額]×機器設備技術比率×〔1－委外加工比率〕。（1）機器設備技術比率＝完成證明所載全新機器、設備、技術總金額÷[完成證明所載全新機器、設備、技術總金額＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、技術等（土地除外）出租（借）人之取得成本]。（2）委外加工比率＝投資計畫之產品（勞務）委託加工成本÷投資計畫之產品（勞務）總成本。」又「公司依第6點規定計算各機器設備技術比率時，按下列規定辦理：（一）『完成證明所載全新機器、設備、技術之總金額』指載於目的事業主管機關核發之完成證明及全新機器、設備、技術清單中之機器、設備、技術之總金額。（二）除第13點第5款第1目另有規定外，機器、設備、技術等服務不滿1年者，應按當年度服務月份占全年月份比例計算。．．．（五）公司擇採全部機器設備技術比公式計算免稅所得額者，其完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等金額，除依第1款至第4款規定辦理外，尚須按下列規定辦理：．．．
4 、公司之機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免予納入『完成證明所載全新機器、設備、技術總金額以外之機器及設備、技術』內。稅捐稽徵機關對上開機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務）分類有疑義者，得洽各中央目的事業主管機關認定之。」「公司計算當年度之免稅所得額，其免稅期間不滿1會計年度者，應按免稅有效日數占全年日數之比例換算之。」分別為免稅所得計算要點第10點及第15點所明定。蓋「營利事業所得稅之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。．．．。」所得稅法第24條第1項亦定有明文。另所謂「免稅所得」乃生產事業於「免稅期間」以「免稅設備」「自行」生產「免稅產品」並「銷售」所產生之所得，即以免稅產品銷貨收入淨額減除免稅產品銷貨成本費用及與免稅業務無關之非營業損益後，所產生之所得；惟對於無法在生產過程中針對「個別」產品所需之各種直接材料、直接人工及製造費用予以明確歸屬並獨立計帳之生產事業，因無法獨立計算免稅所得，則須自「全年所得」中區分「免稅」所得與「應稅」所得兩部分。又在無法獨立計算下，因免稅產品可能同時由免稅設備及應稅設備生產，或以免稅設備同時生產免稅產品及應稅產品，致難以分辨所銷售之免稅產品係以應稅或免稅設備生產，故免稅所得之計算應以「全年所得」按收入比、設備比及自製比計算，其理在此。此種無法獨立計算免稅所得之生產事業在免徵營利事業所得稅期間內，其免稅產品收入既係由免稅設備及應稅設備（成本）所產生，故於計算增資「受獎勵」之免稅產品收入時，自應按受獎勵設備成本（即投資計畫完成證明所載機器設備）占全部應稅及免稅設備成本比例分攤計算。又鑑於行為時促進產業升級條例第9條之2對製造業及其相關技術服務業之獎勵有別於其他新興高科技產業之獎勵目的，其重點不在產業升級，而在誘發中小企業投資以達到增加產值，並藉由其關聯效果帶動國內經濟成長，是以製造業及其相關技術服務業獎勵辦法第7條放寬獎勵限制，亦即經核發5年免稅投資計畫核准函之公司，除其投資計畫之產品或勞務別依中華民國行業標準分類有中類以上變更或投資計畫有展延之必要者，方應於投資計畫完成期限屆滿前，向經濟部工業局申請變更或延展，否則，均可納入獎勵範圍。相對於此，除非公司之機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）達到分屬中華民國行業標準分類中類以上不同之極大差異外，因各該中類以內之免稅及應稅機器設備（成本）均可能生產免稅產品（收入），則各該免稅及應稅設備均應納入設備比之分母，即屬合理，且其業已將中類以上不同之機器設備排除於分母之外，已對納稅義務人有利。由是前引免稅所得計算要點第10點第5款第4目規定：「公司之機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免予納入『完成證明所載全新機器、設備、技術總金額以外之機器及設備、技術』內。稅捐稽徵機關對上開機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務）分類有疑義者，得洽各中央目的事業主管機關認定之。」核與行為時促進產業升級條例第9條之2及製造業及其相關技術服務業免稅所得獎勵辦法之規範意旨無違，自得適用。準此，被告依前引「全部機器設備技術比」公式計算原告本年度免稅所得，即無不合。從而，被告核定原告97年度合於獎勵規定之免稅所得為2,878,457元【計算式一：投資計畫之產品收入淨額704,062,103元/全部產品收入淨額813,475,850元＝收入比86.54﹪。計算式二：完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元/〔完成證明所載全新機器、設備、技術總金額25,521,904元＋完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等（土地除外）總金額221,911,847元〕＝機器設備技術比率10.31﹪。計算式三：〔全年所得額35,741,391元－免納或停徵所得稅之所得額0元－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收入10,449,791元＋與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業損失6,969,875元〕×收入比86.54﹪×機器設備技術比率10.31﹪×（1－委外加工比率0﹪）＝免稅所得為2,878,457元】，應補稅額3,329,379元，即無不合。原告雖主張其增資擴展生產之投資計畫產品為航空引擎葉片，具有特殊性，不會產生不當流用機器設備之情形，被告將全部生產機器及設備計入分母，違反行政程序法第7條規定，應改以生產製造投資計畫之機械設備172,720,378元計入機械設備比之分母，計算出免稅所得為4,125,913元，以符合實質課稅原則，其餘非專屬生產製造投資計畫之機器設備應自分母中剔除云云。惟查，原告經核准之投資計畫生產產品或提供技術服務為「296航空器及其零件（航空引擎葉片）」，有前引經濟部工業局93年12月6日工中字第09305056670號函暨其檢發之製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅完成證明及全新機器設備清單附於原處分卷可稽，核屬中華民國行業標準分類之中類第29類。而原告提供之機器設備清單經中央目的事業主管機關即經濟部工業局在本院97年度訴字第888號案件審理時參加訴訟，其認定結果，皆可生產中華民國行業標準分類中類29（運輸工具製造修配業）之產品（業據本院依職權調取97年度訴字第888號事件核閱其內98年6月18日準備程序筆錄屬實），是被告依免稅所得計算要點第10點第5款第4目規定計算本件機器設備技術比率之分母，核無不合。原告上開主張，核與前述免稅所得計算要點之規定不符，顯有誤解，不足採取。
五、綜上所述，原告之主張既不可採，則被告依「全部機器設備技術比」公式計算核定原告本年度免稅所得為2,878,457元，並無違誤；復查及訴願決定遞予維持，亦無不合；原告起訴意旨求為撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證明確，兩造其餘主張核與判決結果無影響，爰不逐一論述，併此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 4 月 10 日
高雄高等行政法院第三庭
審判長法官 蘇 秋 津
法官 孫 國 禎法官 詹 日 賢以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 101 年 4 月 10 日
書記官 宋 鑠 瑾