高雄高等行政法院判決
101年度訴字第66號民國101年5月8日辯論終結原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院代 表 人 釋證嚴訴訟代理人 聶齊桓 律師
林進富 律師被 告 嘉義縣財政稅務局代 表 人 簡世明 局長訴訟代理人 陳珮如
范秀鳳劉桂位上列當事人間房屋稅事件，原告不服嘉義縣政府中華民國100年12月20日府行法訴字第1000167131號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要︰緣原告所有坐落嘉義縣○○鎮○○里○○路○號房屋2棟（下稱系爭房屋），其中1棟為地下2樓及地上12樓之建物（稅籍編號：00000000000），於民國89年5月18日經嘉義縣政府工務局核發使用執照（85年嘉工局管部使字第00187號），原告並於89年6月30日檢附相關資料向被告申報新建房屋設籍，經被告於89年7月11日以嘉縣稅分二字第89207611號函核定系爭房屋應稅部分面積及評定房屋現值為新臺幣（下同）零元，免稅部分之面積為137,549.8平方公尺，評定房屋現值為635,759,600元在案；嗣於96年3月房屋稅清查時發現原告係依醫療法第5條規定，由行政院衛生署（下稱衛生署）核准設立之醫療財團法人，而非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」規定所核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，核與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符，遂以96年4月3日嘉縣稅分房字第0966470762號函撤銷前89年7月11日嘉縣稅分二字第89207611號現值核定通知書原核定上開房屋之應稅與免稅面積及其評定現值；而另1棟系爭房屋為地上2層樓建物（稅籍編號：00000000000），係原告於96年10月2日經嘉義縣政府核發使用執照（96年嘉府城使執字第00171號）之房屋，原告並於96年12月18日檢附相關資料向被告申報新建房屋設籍，經被告以97年1月10日嘉縣稅分房字第0966414620號函核定該屋應稅部分面積為913.7平方公尺，評定房屋現值為3,312,300元在案，被告乃依據上開2棟系爭房屋使用執照之構造、各樓層實際用途及面積等資料核定應稅與免稅面積及房屋評定現值，並分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率核定課徵100年房屋稅共計12,799,882元；惟原告不服，就課徵非住家非營業用稅率稅額共計11,455,894元部分提起復查，未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，原告就被告課徵100年度房屋稅超過1,343,988元部分（出租及員工餐廳住家稅額），仍表不服，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張︰
（一）原告係由慈濟基金會為提供慈善醫療救助服務之目的，而捐助成立之非以營利為目的之公益財團法人。證諸慈濟基金會年鑑、大愛電視台紀錄片、慈濟月刊等文獻均有記載。而按司法院釋字第530號解釋謂：「惟各該命令之內容不得牴觸法律，非有法律具体明確之授權亦不得對人民自由權利增加法律所無之限制，若有涉及審判上之法律見解者，法官於審判案件時，並不受其拘束」，次按司法院釋字第478號解釋謂：「其以『須經稽徵機關核准按自用住宅用地稅率課徵地價稅』為申請退稅之要件部分，係增加土地稅法第35條第1項第1款所無之限制，有違憲法第19條租稅法律主義，應不予援用」，而房屋稅條例第15條第1項第2款僅規定：「業經立案之私立慈善救濟事業」並非規定為：「業經『向內政部』立案之私立慈善救濟事業」，自不容稅捐機關增加法律所無之限制即「須向內政部立案」，被告增加法律所無之限制來剝奪原告房屋稅之優免，依前揭司法院大法官會議解釋，係屬違憲。
（二）次按醫療法第46條明文規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之‧‧‧百分之10以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之」是醫療財團法人辦理「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」等醫療慈善救濟事業時，依前開規定，由中央主管機關即衛生署直接監督管理，且擇優獎勵。醫療法係特別法，自醫療法制定頒布後，在立法上，醫療財團法人踐行其慈善救濟本質時，顯非交由內政部立案監督管理。而原告之捐助章程第19條規定：「決算後若有結餘提存充實本院基金百分之50餘得撥充社會慈善救濟事業」，即結餘之其餘百分之50得撥充慈善救濟事業，是從原告捐助章程可以看出慈善救濟事業是原告主要目的事業。且93年間增訂醫療法第38條第2項規定：「醫療財團法人所得稅、土地稅及房屋稅之減免，依有關稅法之規定辦理。」依賴勁麟委員等之提案說明：「為鼓勵私人及團體捐贈設立醫療財團法人，提供高品質醫療服務，增進民眾就醫之基本人權保障，爰增訂第1項、第2項明定對醫療財團法人之捐贈，及其設立機構、提供服務均屬公益性行為，依相關稅法之規定減免稅賦」。是醫療法第38條第2項規定即在使醫療財團法人雖係在衛生署立案，仍得享有房屋稅之減免，否則有何必要在房屋稅條例第15條第1項第2款規定外，再增訂醫療法第38條第2項之規定？再者，醫療財團法人依法無從經內政部立案許可而得從事慈善救濟與醫療事業，倘將房屋稅條例第15條第1項第2款之「立案」解釋為必須向內政部立案，則所有醫療財團法人都無法符合房屋稅條例第15條第1項第2款之免徵要件，前開醫療法第38條第2項之規定將形同具文。且醫療財團法人之成立，依醫療法第5條及第11條之規定，必須經衛生署許可設立，並「向法院登記」，再報衛生署備查，亦即向衛生署立案，向法院登記，是在醫療法施行後，已無從向內政部立案成立醫療財團法人來從事慈善救濟與醫療業務。醫療財團法人向衛生署立案後，亦無從重複向內政部為立案。原告即係向衛生署立案，經衛生署許可設立，向法院為財團法人登記後，報衛生署備查，合於房屋稅條例第15條第1項第2款：「業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋」之規定。
（三）又近日行政院院會通過之「財團法人法草案」，其第1條立法理由說明載稱：「三、另私立醫療機構、私立學校或宗教團體等特殊性質之財團法人，主管機關已定有醫療法及私立學校法等專法加以規範，自亦應優先適用各該專業法律之規定；各該專業法律未規定者，始適用本法；本法未規定者，適用民法之規定，併此敘明。」其第3條第2項規定：「財團法人之業務跨越目的事業主管機關者，以其主要業務之目的事業主管機關為主管機關。」，而其立法理由說明則載稱：「二、第二項明定以其主要業務目的事業主管機關為主管機關：（一）財團法人從事之公益活動已日趨多元化，其目的事業未必侷限於單一領域，是以未來財團法人之業務跨越目的事業主管機關，乃時勢所趨。為期事權統一，宜由單一目的事業主管機關統籌管理。」據上法理足見：1、財團法人醫院應受醫療法專門規範；
2、事涉多數目的主管機關者，無須重複立案，只要向其主要的目的事業主管機關立案。故屬於慈善救濟事業之醫院僅須向衛生署立案即可，殊無必須向內政部立案之法理。
（四）內政部已明白表示原告是否符合「立案之私立慈善救濟事業」要由其主管機關衛生署來認定，故立案應向衛生署立案，此有內政部以96年10月2日內授中社字第0860015743號函（稱：「‧‧‧查財團法人佛教慈濟綜合醫院為醫事財團法人，非本部主管範疇，請逕向行政院衛生署洽詢。」是內政部已明白表示慈濟醫院是否符合「立案之私立慈善救濟事業」要由其主管機關衛生署來認定，並非內政部之權責範圍）、內政部以96年12月17日內授中社字第0960018943號函（稱：「有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，‧‧‧至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」內政部重申是否慈善救濟事業，要由醫療財團法人之主管機關衛生署來認定。）可證。且衛生署於96年12月5日衛署醫字第0960053851號函亦稱：「復查貴部64年11月4日台財稅字第37824號及同年12月19日台財稅字第38987號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人醫院依據上開醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業。綜上，財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」是立案機關衛生署已行使職權明白認定原告係慈善救濟事業。抑且，前開內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函稱：「有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定」等語，足證內政部依法自認係社會福利事業主管機關，而非慈善救濟事業主管機關，故被告無權擅認內政部是慈善救濟事業主管機關而作出應向內政部立案之結論，且此係增加法律所無之限制，並無法律依據。
（五）另財政部64年11月4日台財稅第37824號函釋：「臺灣基督教××會附設××紀念醫院，如查明完成財團法人登記，辦理具有成績並持有主管機關證明者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」財政部64年12月19日台財稅字第38987號函釋：「臺灣基督教××會附設××紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」教會附設醫院免徵房屋稅。同是醫院之原告亦應作相同解釋。雖財政部認為基督教附設醫院是符合「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件，所以有房屋稅條例第15條第1項第2款規定之適用。實則基督教會既是向主管宗教團體之內政部民政司登記而非向社會司登記，毫無可能導出所附設之醫院為慈善救濟事業或社會福利事業之結論。但是基督教附設醫院確實是慈善救濟事業的根本原因在於基督教附設醫院有「懸壺濟世」、「濟世救人」的醫療使命，是專業的慈善救濟性質，必須有醫護專業，甚至相當水準的儀器設備，才能完成的慈善救濟事業，與一般造橋、舖路，祇要有錢，誰都可以做的慈善救濟，是迥然有別。宗教團體雖非慈善救濟事業，但其內部之事業單位即附設醫院如果具備慈善救濟本質且從事慈善救濟工作者，即屬慈善救濟事業，而以教會之宗教團體立案作為其立案，主管機關仍是內政部，得免徵房屋稅。同理，醫療財團法人如果具備慈善救濟本質，且從事慈善救濟工作者，應得免徵房屋稅。此外，同樣有收費，又不需要作慈善救濟，就可以免徵房屋稅之醫院有：國立台灣大學醫學院附設醫院、中山醫學大學附設醫院、高雄醫學院附設中和紀念醫院、中國醫藥大學附設醫院、臺北醫學大學附設醫院等。原告是醫學中心等級，卻不能免徵。固然學校附設醫院係依房屋稅條例第15條第1項第1款：「業經立案之私立學校及學術研究機構，完成財團法人登記者，其供校舍或辦公使用之自有房屋」而免徵房屋稅。但被告能將前開學校附設醫院之「醫院房屋」從寬認定是「學校辦公使用」，符合房屋稅條例第15條第1項第1款「供校舍或辦公使用之自有房屋」的免徵要件，卻將實際從事慈善救濟工作之，從嚴認定為不符合慈善救濟事業，在事實認定上豈符課稅公平原則？且原告從事慈善救濟事業，為公知之事實，就公知之事實，毋待原告舉證證明。試問台灣或全球有那一家醫院有如此之慈善救濟行為？即使是業經財政部認定為慈善救濟事業之基督教附設醫院，其所做的慈善救濟的項目及地域範圍，也不及原告，認為原告不是慈善救濟事業，豈符課稅公平原則？雖被告誤以為因有健保制度，已無「醫療慈善」存在之空間。然健保在醫療補助的功能都極為有限，又如何對社會救助法所規定的「生活扶助」、「急難救助」及「災害救助」施以救助？健保能推動各「醫療財團法人」訓練醫療志工嗎？益證被告不知民間疾苦。
（六）「財團法人老人扶療養機構」是社會福利事業，稅捐機關認定它同時得是房屋稅條例第15條第1項第2款之「慈善救濟事業」，而免徵房屋稅，卻不認定原告是慈善救濟事業，顯不符合課稅公平原則。「財團法人老人扶療養院」與受惠者間所訂契約是「醫療」、「照顧」（高階的照顧是護士，低階的照顧是看護）及「旅館」的混合契約；醫院同樣有「醫療」、「照顧」及「住院」的服務。如果「醫療」與「照顧」不能被認定為「慈善救濟行為」，則扣除「醫療」與「照顧」兩項工作後，難道「財團法人老人扶療養機構」僅是因為提供了「旅館」（即住宿之部分）而被認定為「慈善救濟事業」？當然不是，由此益證不僅是提供住宿可以是慈善救濟行為，「醫療」與「照顧」行為，也可以同時是慈善救濟行為。「財團法人老人扶療養院」究竟收費從事了那些慈善救濟工作？原告主張原告所從事96年12月17日內政部函所指「本部上開相關規定」之慈善救濟工作項目、受惠人次、投入人次、地域範圍、訓練志工的人數，較「財團法人老人扶療養機構」不至於遜色，基於課稅公平原則，亦應認定原告是慈善救濟事業。
（七）99年2月3日修正公布新的行政院組織法第3條第11款規定：「行政院設下列各部：一、內政部。‧‧‧十一、衛生福利部」，定於101年1月1日起生效，即將內政部社會司裁撤，其業務劃歸衛生署，並將衛生署升格為「衛生福利部」。顯然慈善救濟事業向衛生署立案是具有前瞻性，不但與時俱進、符合時代潮流，而且是以功能為導向的政府改革趨勢。被告若依然膠柱鼓瑟於「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」，即與法制改革趨勢相違。何況內政部一向是「社會福利事業」的主管機關，從未自認是「慈善救濟事業」的主管機關。若依被告所辯，慈善救濟事業「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」始得免徵房屋稅，則101年1月1日起，升格後的衛生署才是社會福利事業主管機關時，「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」之解釋就不僅是違憲而已，而且與體制不合，根本無法適用，蓋內政部社會司已裁撤。遑論內政部早已表明它不是慈善救濟事業主管機關，祇是被告為了課稅，閉門造車、充耳不聞而已。且98年財政部函釋認同教會附設醫院改向衛生署立案，仍然是慈善救濟事業，並未以「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」作為免徵房屋稅之標準：由於教會附設醫院已改向衛生署立案，故財政部以98年4月9日台財稅字第09804526600號明白函釋：「主旨：原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅」、「旨揭醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢」、「旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅」，顯亦認為向衛生署立案，仍屬符合房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案」之要件，否則各「財團法人教會醫院」（財團法人台灣基督教長老教會新樓醫院、財團法人彰化基督教醫院、財團法人天主教聖功醫院、財團法人天主教靈醫會羅東聖母醫院、財團法人屏東基督教醫院、財團法人天主教若瑟醫院、財團法人天主教聖馬爾定醫院、財團法人嘉義基督教醫院、財團法人天主教聖保祿修女會醫院、財團法人台東基督教醫院、財團法人恆春基督教醫院、財團法人高雄基督教信義醫院、財團法人天主教耕莘醫院、財團法人埔里基督教醫院）均係「醫療財團法人」要如何適用房屋稅條例第15條第1項第2款而免徵房屋稅？雖最高行政法院判決推測財政部似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之要件云云。惟查教會是依房屋稅條例第15條第1項第3款「宗教團體供傳教佈道之教堂及寺廟」而免徵房屋稅，不是依房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」而免徵房屋稅，故最高行政法院判決前開推測性論述，依房屋稅條例第15條第1項第3款是不能成立。再由宗教團體（教會）附設圖書館亦是依房屋稅條例第15條第1項第3款免徵，而非依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵，有財政部75年6月4日台財稅字第7548661號函釋可稽，足證財政部實係因「教會附設醫院」是醫院，故以其為「慈善救濟事業」而免徵房屋稅。而被告所認為的慈善救濟事業即「財團法人老人扶療養院」，和原告一樣有收費，財政部所認為的慈善救濟事業即「教會附設醫院」也和原告一樣有收費，但均無礙其被認定為慈善救濟事業。財政部於98年函釋持與衛生署相同見解認為：「本署（即衛生署）所管醫療財團法人所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與前開內政部規定有不一致情形‧‧本部同意上開內政部及行政院衛生署意見」等語在卷可參。故財政部與衛生署均認為收費與否，與是否慈善救濟事業無關。然綜觀上開內政部、財政部及衛生署之函釋，則相關主管機關認定財團法人醫院為「慈善救濟事業」之標準，即得歸納為：1.「具備慈善救濟本質」，2.「持續性」，3.提供或從事符合社會救助法、身心障礙者權益保障法、兒童及少年福利法及老人福利法所規定社會福利項目之醫療救濟服務或慈善救濟工作」3項要件，而原告完全符合此3項要件，應屬「慈善救濟事業」。
（八）雖最高行政法院判決略以：醫療法第46條不得作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據等情。然查，醫療財團法人是否為慈善救濟事業，應以衛生署之認定為依據，此有內政部以96年12月17日內授中社字第0960018943號函、財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函在卷可證。
此外，土地稅減免規則第8條第1項第5款規定：「私有土地減免地價稅或田賦之標準如下：‧‧‧經事業主管機關核准設立之私立醫院、捐血機構、社會救濟慈善及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業，其本身事業用地，全免。但為促進公眾利益之事業，經由當地主管稽徵機關報經直轄市、縣(市)主管機關核准免徵者外，其餘應以辦妥財團法人登記，或係辦妥登記之財團法人所興辦，且其用地為該財團法人所有者為限。」完全沒有私立醫院不得為慈善救濟事業之法規意涵，否則「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」也無法符合慈善救濟事業之標準。且土地稅減免規則並非房屋稅條例之授權命令，不得作為房屋稅條例法律用語之解釋依據。又土地稅減免規則第8條第1項第5款所稱「社會救濟慈善事業」，與房屋稅條例第15條第1項第2款「私立慈善救濟事業」之用語不同，且無論「私立醫院」、「社會救濟慈善事業」均被土地稅減免規則第8條第1項第5款列為免徵地價稅之對象。而原告既是私立醫院，也是慈善救濟事業。再者，土地稅減免規則第8條第1項第5款在最後要加上「及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業」之概括用語，來擴大地價稅免徵對象之範圍。從而土地稅減免規則將「私立醫院」與「社會救濟慈善事業」分別例示，尚無法據此作出「醫療財團法人」不得被認定為「慈善救濟事業」之結論。其次，教會免徵房屋稅是依房屋稅條例第15條第1項第3款規定免徵房屋稅。是故最高行政法院推測財政部似認教會屬經立案之私立慈善救濟事業云云，依房屋稅條例第15條第1項第3款其論述不能成立。
故醫院不僅是醫院而已，它可以同時是慈善救濟事業。而財政部75年6月4日台財稅字第7548661號函釋：「宗祠、宗教團體附設供民眾免費閱覽之圖書館，准照貴廳建議比照房屋稅條例第15條第1項第3款規定免徵房屋稅」，財政部認為宗教團體（包括教會）附設圖書館不是「慈善救濟事業」，對照財政部64年11月4日台財稅字第37824號函及財政部64年12月19日台財稅字第38987號函認為「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」，益證財政部是因「教會附設醫院」是醫院的緣故，所以是「慈善救濟事業」。畢竟「教會」是宗教團體，並不符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。如果「教會」申請附設餐廳或申請附設藥房，「教會附設餐廳」或「教會附設藥房」都不會是房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。「教會附設醫院」是「慈善救濟事業」的原因，在於其醫院的本質及所從事之慈善救濟工作是「慈善救濟事業」。因為醫院不是教會，不適用房屋稅條例第15條第1項第3款，而應該歸類在房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。然「教會」本身是宗教團體，並不符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。
慈濟基金會是「社會福利事業」，且是符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件。依被告之主張，不是「慈善救濟事業」的教會，所附設的醫院是「慈善救濟事業」，慈濟基金會是「慈善救濟事業」，而所捐助設立之原告，反而不是「慈善救濟事業」，怎麼會有這種顯失公平的課稅解釋？原告與教會附設醫院同為「醫院」，而且原告是以「社會福利事業」為本質的慈濟基金會所設立，直接由證嚴法師擔任原告的董事長，同具宗教性質，與「宗教團體」即「教會」所附設的醫院，在「醫療慈善法人」之本質上及在「醫療慈善救濟工作」上並無不同，原告所做的「醫療慈善救濟工作」甚至可能有過之而無不及，基於課稅公平原則，原告也應被認為是慈善救濟事業而免徵房屋稅。
（九）又按行政程序法第6條規定：「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇。」及財政部100年1月14日台財稅字第10004501830號函釋：「稅捐稽徵機關行使課稅權應嚴守憲法租稅法定原則、平等原則‧‧‧以免造成不公平之稅捐負擔及違反稅捐正義‧‧‧」次按最高行政法院88年度判字第3724號判決：「所謂『平等原則』係指行政機關非有正當理由，作成行政行為時，對行為所規制之對象，不得為差別待遇而言。‧‧‧」究竟有沒有醫院可以被認定為「慈善救濟事業」，其認定之標準為何？原告不是主張教會醫院免徵所以原告亦得免徵，而是主張財政部或稅務局係以什麼標準，依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵教會附設醫院或財團法人教會醫院，就應該以同一標準免徵原告。同樣是醫院，這是課稅標準應符合課稅公平的問題。原告是主張稅務機關即財政部或稅務局係以不同的免徵標準適用於原告及教會醫院（即教會附設醫院或財團法人教會醫院）間，也就是主張本件課稅處分所依據之免徵標準違反課稅公平原則，被告如果否認其免徵標準有違反課稅公平原則，應主張並舉證其免徵標準同一。被告迄未盡其主張及舉證責任，應認被告適用於原告之免徵標準違反課稅公平原則，係違法之行政處分，應予撤銷。
（十）雖被告辯以：房屋稅條例第15條第1項第2款所規定，必需經慈善救濟事業主管機關立案者為前提云云。惟查，被告原係以原告未向內政部立案為由，而認為不能免徵房屋稅。現已改口為原告未向慈善救濟事業主管機關立案。然經台中高等行政法院函詢內政部：「貴部是否為『慈善救濟事業』之主管機關，‧‧‧如非貴部所主管，係屬何機關所主管？」內政部以100年5月23日內授中社字第1000700490號函覆稱：「查財團法人基金會，計有文教、醫療、環保、農業、宗教、社會福利、‧‧‧等類型，分別由各目的事業所屬之相關部會或地方政府主管；上開團體均可辦理慈善救濟事業」，依內政部前開函釋，醫療財團法人的慈善救濟事業主管機關是衛生署。原告已向其慈善救濟主管機關衛生署立案，是被告所辯未向慈善救濟主管機關立案云云，與事實不符。又內政部前開函釋復明示：「本部僅係慈善救濟事業範疇內『社會福利事業』之主管機關。」內政部再度明示其並非慈善救濟事業主管機關，而是慈善救濟事業範疇內之社會福利事業的主管機關，亦即衛生署才是慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關，立案向衛生署立案已足，不應再向慈善救濟事業範疇內「社會福利事業」之主管機關內政部立案。「財團法人教會醫院」就是僅向衛生署立案，該醫療財團法人未曾再向內政部立案，依財政部98年函釋，也已被財政部認為符合「業經立案」之要件。原告從事醫療且提供醫療慈善救濟服務與「財團法人教會醫院」及「教會附設醫院」完全相同，自應同被認定為慈善救濟事業。原告也辦理符合內政部96年函所指「本部上開相關規定」之慈善救濟或社會福利項目，有「慈善救濟執行報告」在卷可證。請鈞院命被告舉證「財團法人教會醫院」或「教會附設醫院」提供了什麼與原告不同的慈善救濟服務，致原告不能被認定為慈善救濟事業。
（十一）此外，內政部審查原告之慈善救濟執行報告後，以100年11月24日內授中社字第10007010432號函釋認定：「
二、本案依行政院衛生署認定，貴院91-99年慈善救濟執行報告內容辦理『經濟個案補助項目』，符合醫療法施行細則第30條之1規定所列醫療救濟事項之範圍，且前開各年度醫療救濟支出佔醫療收入結餘比例，皆已超過醫療法第46條規定之比例。三、本部就是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，說明如下：（一）統計表二、『兒童少年照顧及福利類』頁18-頁22及頁115-頁148中，禪光育幼院醫療補助、新北市政府兒童醫療補助等，屬社會救助範疇，至兒童發展聯合評估中心（早期療育部分）、兒童復健中心團體（花蓮）、兒少保護個案（花蓮、大林、台中）等，屬社會福利服務範疇。（二）推動骨髓移植、安寧療護、器官捐贈及主動提供弱勢民眾貧病生活補助、健保費補助、低收入戶醫療補助及遊民免費義診等服務，係該醫院基於公益目的而自行辦理社會救助性質之優免措施；另該院慈善救濟執行報告內容（如55、56等頁內容），對於生活陷困民眾其醫療費用或喪葬費用無力負擔者，給予急難救助，核屬社會救助範疇，即執行報告內容第1頁91年至99年11月醫院慈善救濟統計表內『經濟個案補助費用』（醫療、看護、交通、生活、喪葬等費用）合計11億2,904萬464元。（三）辦理『病友團體』『社區居家關懷』『社區公共衛生教育』3項目尚符合『身心障礙者權益保障法』第21條、第22條及第23條規定之服務提供，係屬提供身心障礙者健康維護及生育保健，與醫院應為住院身心障礙者提供出院準備計畫等相關服務。（四）辦理『老人照顧及福利類』項目計有18項，其中『社區長者關懷服務』、『貧困老人輔具轉贈』、『老人保護個案』、『社區老人獨居探訪』、『高齡老人情緒疏導』、『高齡長者就醫及保險資訊提供說明』、『主動關心高齡老人』、『銀髮族社區健康講座』等項目尚符合『老人福利法』第17條及第18條規定之服務提供。」是內政部上開函釋已從實質認定原告是慈善救濟事業，且已認為原告所從事之慈善救濟，確有參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋所稱「本部上開相關規定」。另內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函亦謂：「關於慈善救濟事業之認定，應由內政部主政，如涉及目的事業主管機關專業領域，可請各該機關表示意見供參。又該條款所稱『立案之慈善救濟事業』，並未明定應向何機關立案，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限。』有關財團法人佛教慈濟綜合醫院慈善救濟認定案，業經本部函請衛生署表示意見並於100年11月24日以內授中社字第1000701043號函認符合原兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定，關於其所辦理之慈善救濟事業，業經本部認定。至於其立案並不以向本部立案為限，屬經衛生署許可立案」。是內政部再度闡明原告是業經立案之慈善救濟事業，並重申原告所從事之慈善救濟，係參考並符合內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋所稱「本部上開相關規定」即符合兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定。且財政部100年12月12日台財稅字第10000478210號亦函釋：「有關貴院是否屬『業經立案之慈善救濟事業』等疑義一案，‧‧‧二、有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議應由內政部主政。此決議與本部100年7月6日台財稅字第10004717670號函、同年8月3日台財稅字第10000273810號函復台中高等行政法院、高雄高等行政法院意見尚屬一致。三、另查內政部就貴院91年至99年慈善救濟執行項目是否屬『社會福利服務』或『社會救助』範疇，業於100年11月24日分別函復台北高等行政法院、高雄高等行政法院。有關如何認屬慈善救濟事業乙節本部當予以尊重，併此敘明」。
財政部亦已表明尊重內政部所為原告是慈善救濟事業之認定。
（十二）原告91至98年歷年來累積「課稅所得額」為－2,989,463,366元，此有財政部臺灣省北區國稅局之核定通知書可證，經查原告醫院經營多年，一直處於虧損狀態，直至97年方始轉虧為盈，此有財政部臺灣省北區國稅局之核定通知書可證。準此，財政部臺灣省北區國稅局既已核定原告91至97年歷年來累積之課稅所得額為負數，且原告就該核定稅捐之行政處分並未提起行政救濟，故相關案件業已確定，至為明確。前開核定稅捐之行政處分於法定救濟期間經過後，已發生形式確定力，則基於法之安定性原則，相對人或利害關係人自應尊重其效力而不得再對之爭訟。被告與財政部臺灣省北區國稅局同屬稅捐稽徵機關，自應尊重財政部臺灣省北區國稅局就原告歷年來之經營確有虧損之核定處分，不得再為其他不同之認定或主張，殆無疑義！然原告91至98年歷年來累計之「慈善救濟支出」為1,076,605,771元，已超過原告歷年來累計之「盈餘」，正足以證明原告確為「慈善救濟事業」。且依行政程序法第6條等相關法規、函釋及最高行政法院判決可知，稅捐稽徵機關行使課稅權應嚴守平等原則，非有正當理由，不得為差別待遇；本案原告與其他經核定為「慈善救濟事業」之教會醫院同屬醫療財團法人，投入鉅額心力及金錢於慈善救濟工作，基於差別待遇禁止原則與租稅公平原則，「慈善救濟支出」之金額較低者已經財政部核定為「慈善救濟事業」，「慈善救濟支出」之金額較高之原告，自然更應該是「慈善救濟事業」！此外，原告歷年來之「慈善救濟支出」皆遠較該等教會醫院為高，故基於「舉輕以明重」之法理，「慈善救濟支出」之金額較低者已屬「慈善救濟事業」，「慈善救濟支出」之金額較高之原告，就更應該是「慈善救濟事業」了；否則，豈有「租稅公平」之可言！更何況，原告95至98年度之「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例亦遠高於經財政部核定為屬慈善救濟事業之大多數教會醫院，被告認定原告為非屬慈善救濟事業，亦有違「租稅公平原則」！再者，大多數教會醫院之「醫療社會服務費用」占其醫療收入之比例都遠較原告為低，惟該等教會醫院皆已經財政部核定屬慈善救濟事業；反之，原告之「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例遠高於該等教會醫院，竟遭被告認定為非屬慈善救濟事業，被告之認事用法，亦顯有違「租稅公平原則」經查其他經財政部核定為屬慈善救濟事業之教會醫院，其大多數之「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例亦遠較原告為低。原告謹以衛生署網站上所提供之原告及該等教會醫院之收支餘絀表為比較基準，分別計算原告及該等教會醫院之「醫療社會服務費用」占其「醫務收入」之比例，可知原告98年之「醫療社會服務費用」占醫務收入之比例為1.65％，惟該等教會醫院之比例則多半不到1％，甚至低至0.09％。而該等教會醫院皆已經財政部核定屬慈善救濟事業。反之，原告之「醫療社會服務費用」占醫療收入之比例遠高於該等教會醫院，竟遭被告認定為非屬慈善救濟事業，被告之認事用法，亦顯有違「租稅公平原則」等語。並聲明求為判決：訴願決定、復查決定及原處分關於課徵100年房屋稅逾1,343,988元部分均撤銷。
三、被告則以︰
（一）查慈濟基金會係於69年1月16日前臺灣省政府社會處核准立案，經內政部84年1月25日同意改隸該部，並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告則係於73年12月27日經衛生署核准設立且向法院聲請設立完成登記之醫療財團法人，二者間分屬單獨成立之財團法人，原告雖由慈濟基金會捐助，然並非慈濟基金會之附設醫院，自不得依財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋免徵房屋稅。是原告係衛生署核准設立之醫療財團法人，而非目的事業主管機關內政部核准有案之私立慈善救濟事業，依前揭臺灣省稅務局68年函釋及財政部上揭71年函釋規定，醫事財團法人，因不符房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，其自有供事業用房屋即無免徵房屋稅，故被告以其不合免稅要件，依房屋稅條例第3條規定，就系爭房屋使用執照之構造，依各樓層實際用途及面積等核定應稅與免稅面積及房屋評定現值，分別按營業用、住家用及非住家非營業用稅率課徵100年房屋稅，法並無違誤。
（二）另按「憲法第19條規定『人民有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。」業經司法院釋字第369號及第496號解釋揭櫫甚明。而租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。房屋稅條例第15條第1項第2款規定，業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。故該規定房屋稅之免徵，應具備：（1）須為經立案之私立慈善救濟事業。（2）已完成財團法人登記。（3）不以營利為目的。（4）直接供辦理事業所使用之自有房屋等4要件。而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。
四、原告係依據醫療法成立之醫療財團法人，惟查醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，而醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立（參見最高行政法院101年度判字第144號判決）。且所謂「慈善救濟事業」，參照司法院院字第817號解釋，自應指濟貧、救災、養老、恤貧以及其他以救濟為目的之事業而言（參見最高行政法院73年判字第54號裁判）。惟按「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。‧‧‧」、「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」分別為醫療法第1條及第5條第2項所明定。可知醫療法係以「從事醫療事業辦理醫療機構」，並非以「慈善救濟」之目的而訂立，顯見醫療財團法人非以從事「慈善救濟事業」為目的而設立。另依據財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函及100年8月3日台財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款經立案之私立慈善救濟事業所有房屋得免徵房屋稅，係就該事業從事慈善救濟，主在補足政府對於提供社會福利或社會救助之不足，爰就其直接辦理事業所使用之自有房屋准予免徵。至慈善救濟事業之認定應以主要成立目的及核心業務係為從事社會福利或社會救助為主。醫療法並非為慈善救濟目的所訂定，旨在規範醫療事業，縱其於醫療法規範財團法人醫院年度醫療收入結餘百分之10以辦理辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，尚不得即認為其屬慈善救濟事業。參照立法院公報第75卷第81期第167頁及同卷第90期第91頁委員會紀錄，說明醫療法第46條規定，醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之規範，係因財團法人醫院之收費標準與一般醫院一樣，但享有土地稅、營業稅、綜合所得稅免稅，故應提撥部分收入作社會公益事業及教育訓練之用，如此對醫院、社會皆有利，而非據此就可認定為慈善救濟事業。土地稅減免規則已將「財團法人醫院」與「社會救濟慈善事業」分開列示：依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定：「經事業主管機關核准設立之私立醫院、捐血機構、社會救濟慈善及其他為促進公眾利益，不以營利為目的，且不以同業、同鄉、同學、宗親成員或其他特定之人等為主要受益對象之事業，其本身事業用地，全免。但為促進公眾利益之事業，經由當地主管稽徵機關報經直轄市、縣（市）主管機關核准免徵者外，其餘應以辦妥財團法人登記，或係辦妥登記之財團法人所興辦，且其用地為該財團法人所有者為限。」可知，「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」與「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益見所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。所得稅法將「公益事業」與「慈善事業」分開列示：按衛生署公告之「醫療財團法人捐助章程」參考範例第3條規定：「本法人除醫療服務事業外，得辦理下列公益事業：一、醫事人員培養。二、醫學研究。三、社會大眾健康之促進。四、護理、精神復健等服務。五、老人、身心障礙者及其他社會福利服務。六、其他醫療公益有關之事業。」可知財團法人醫院之業務範疇本質上係從事醫療事業之公益事業。次按所得稅法第4條第1項規定：「左列各種所得，免納所得稅。」同條項第13款規定：「教育、文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得。」可見所得稅法係將「公益事業」與「慈善事業」分開列示，益見醫療財團法人公益事業非等同慈善救濟事業。另按「合於第4條第13款規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織，應依第71條規定辦理結算申報；其不合免稅要件者，仍應依法課稅。」為所得稅法第71條之1第3項所明定。次按「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：一、合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案。‧‧‧八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70％。‧‧‧」、「符合前條規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。」為行政院訂定「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第8款及第3條第1項所規定。又「主旨：核釋83年12月30日修正發布施行之『教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準』適用疑義。說明：三、本標準所稱『銷售貨物或勞務』，係指將貨物之所有權移轉與他人，以取得代價者，為銷售貨物；提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者，為銷售勞務。四、慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，其取得之代價含有捐贈收入性質，得不視為本標準所稱『銷售貨物或勞務』。‧‧‧」為財政部84年3月1日台財稅第000000000號函所明釋。
查醫療財團法人財報科目區分為銷售貨物或勞務之收入及銷售貨物或勞務以外之收入兩部分，依前揭所得稅法第4條第1項第13款及教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入包含捐贈收入、利息收入、租賃收入及其他非醫務收益等項目，符合行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。益證醫療財團法人房屋稅、土地稅、營業稅、所得稅之減免，乃應依各該稅法規定辦理，並非依醫療第38條第2項規定即當然得予減免。次查慈善救濟團體義賣貨物或舉辦義演，得不視為「銷售貨物或勞務」，免予課徵所得稅，為前揭財政部84年3月1日台財稅第000000000號函所釋示，然銷售貨物或勞務之醫療收入之所得依法應課徵所得稅，顯見醫療財團法人稅法上非即當然為「慈善救濟事業」。
（三）依財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函及100年8月3日台財稅字第10000273810號函可知，房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「立案」係指經「慈善救濟事業」主管機關核准許可。復依內政部組織法第4條及第13條規定，內政部設有社會司，掌理社會福利、社會保險、社會救助等規劃、指導及監督事項，是以慈善救濟事業之立案及監督，在中央屬內政部之職權。另依據衛生署組織法第1條、第4條及第6條規定，衛生署掌理掌理全國衛生行政事務，其雖設有醫事處，但確係為掌理醫事機構設置許可等醫事管理事項，是有關慈善救濟事業之認定，尚非該署之業管職掌；故針對衛生署所援引醫療法第46條規範醫療財團法人應提撥下限為其「收入結餘百分之10」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據，既經最高行政法院所不採，且審認慈善救濟事業之立案及監督係屬內政部職掌，則衛生署所為認定自不可作為符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之依據。衛生署逕依醫療法第46條規定，將醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，無異是將公益性之醫療財團法人與慈善救濟財團法人劃上等號。蓋醫療財團法人本身即應具有公益性，其依醫療法第46條提撥年度醫療收入結餘（非全部收入）之10％，應屬回饋社會之機制，然公益事業未必等同慈善救濟事業，是慈善救濟事業其定義應是狹義性之公益（亦即應為濟貧、救災、養老、恤貧以及其他以救濟為目的之事業），是衛生署泛將符合醫療法第46條規定之醫療財團法人均視為慈善救濟事業，則全國醫事財團法人均視為「慈善救濟事業」，據此衛生署認定醫療財團法人為慈善救濟事業者，基於平等原則，以公益為目的而設立之各種型態財團法人，均比附援引認定為慈善救濟事業，則房屋稅第15條第1項第2款規定無異是形同具文。依衛生署96年12月5日函示，醫療財團法人僅提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，即是慈善救濟事業，核與財政部85年7月5日台財稅第000000000號函引據內政部85年6月25日台（85）內社字第8577923號函附研商會議記錄：「主旨：檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：一、財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認定屬慈善救濟事業，相較有違比例原則。另查有關慈善事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，依據內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函係函復財政部說明略以：「二、‧‧‧經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為‧‧‧；另查社會救助法第2條規定，社會救助分為‧‧‧三、另依本部91年8月22日台內中社字第0910075289號函‧‧‧」，可知慈善事業之型態、範圍及認定標準，內政部雖無明文規定，惟自社會救濟法、社會救助法及內政部91年8月22日台內中社字第0910075289號函論及之規定等內容，應可窺知。又房屋稅條例對於慈善事業既未予明定，足見立法者有意參酌當時社會福利法規做為其依據，而慈善救濟事業主管機關之認定，亦應如是。經查房屋稅條例第15條第1項第2款，經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的之財團法人免徵房屋稅，始修訂於56年4月11日，須辦理具有成績者，其供辦公使用房屋始有免稅適用，嗣於59年7月8日再將直接供辦理事業所使用之房屋全部納入免稅範圍，是參酌當時之社會救濟事業的規範，即是社會救濟法，該法於32年9月29日公布施行，至69年6月14日始公布廢止，其廢止係因當時行政院函請立法院審議「社會救助法草案」，並請立法院於「殘障福利法」、「老人福利法」及「社會救助法」等草案完成立法程序時，同時將「社會救濟法」廢止。換言之，社會救濟法係我國第一部有關社會救濟事業的規範，依該法第14條規定：「救濟除本法或其他法律另有規定者外，依受救濟人之需要，以左列方法為之。一、救濟設施處所內之留養。二、現款或食物衣服等必需品之給與。三、免費醫療。四、免費助產。」第26條規定：「為治療受救濟人之疾病，得設置施醫所。」第27條規定：「施醫所得附設於公立醫院，或主管官署囑託著有聲譽之私立醫院設置之，其設有衛生所之縣市，得由該院所辦理。」第28條規定：「應受救濟之妊婦，由助產所醫師助產士助產，未設助產所之縣市鄉鎮，應為指定助產之醫師助產士或處所、不收費用。」第29條規定：「為治療精神病及防護社會利益，得設精神病院，患精神病而應受救濟者，得令入院治療。」可知社會救濟法規定有關醫療之救濟設施均屬免費性質，同時依據該法第50條規定：「本法稱主管官署，在中央為社會部，在省為省政府，在市為市政府，在縣為縣政府，但第26條至第29條所定事項之中央主管官署為衛生署，關於臨時及緊急之救濟由振濟委員會主管。」社會救濟法雖將醫療業務之助產所、施醫所等救濟設施規範於社會救濟事業，惟其中央主管官署為衛生署。然因社會救濟法廢止後，取而代之之新社會救濟法規「殘障福利法」（現為身心障礙者權益保障法）、「老人福利法」及「社會救助法」已排除免費醫療之規定，另依社會救助法第2條：「本法所稱社會救助，分生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助。」第3條：「本法所稱主管機關，在中央為內政部；在省（市）為省（市）社會處（局）；縣（市）為縣（市）政府。」第11條：「凡合於左列規定之一者，得檢同有關證明，向當地主管機關申請醫療補助：
1.低收入之傷、病患者。2.救助設施所收容之傷、病患者。‧‧‧」第18條：「具有下列情形之一者，得檢同有關證明，向戶籍所在地主管機關申請醫療補助：一、低收入戶之傷、病患者。二、患嚴重傷、病，所需醫療費用非其本人或扶養義務人所能負擔者。參加全民健康保險可取得之醫療給付者，不得再依前項規定申請醫療補助。」、第19條：「低收入戶參加全民健康保險之保險費，由中央及直轄市、縣(市)主管機關編列預算補助。」及第20條：「醫療補助之給付項目、方式及標準，由中央、直轄市主管機關定之；直轄市主管機關並應報中央主管機關備查。」，凡病患就醫均有健保給付，其如屬低收入戶之傷、病患者、患嚴重傷、病，所需醫療費用非其本人或扶養義務人所能負擔者，均得檢同有關證明，向戶籍所在地主管機關申請醫療補助，是在新社會救濟法規施行後，已由政府納入社會福利制度，且關於主管機關之認定，在經過69年社會救濟法之廢止及新法－「社會救助法」、「殘障福利法」、「老人福利法」三法，及70年公布「社會救助設施設立及管理辦法」公布後，已未將「施醫所」列入社會救助設施，而是由內政部及各縣市政府以醫療補助之方式取而代之，故三法所規定之中央主管官署均為內政部並延續至今，顯見衛生署於69年後已非社會救濟福利事業主管機關。本案依原告捐助章程第4條所載，其業務範圍所包括之低收入戶照護、老人及身心障礙者等社會福利服務事項，如寬認其屬慈善救濟事務，則依志願服務法第4條、社會救助法第3條、老人福利法第3條及身心礙障者權益保障法第2條規定：「本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄縣市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」其皆係以內政部為主管機關，故原告就低收入戶照護等社福事項，如未經目的事業主管機關（內政部）核准立案，縱有衛生署核准立案之醫事財團法人登記或法院核准立案之財團法人登記，仍非該款所稱慈善救濟事業。
（四）按「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之10％以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；10％以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」、「本法第46條及第53條所定醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之範圍如下：一、貧困家庭、弱勢家庭、無依或路倒病人所需醫療費用，及其因病情所需之交通、輔具、照護、康復、喪葬或其他特殊需要之相關費用。二、輔導病人或家屬團體之相關費用。三、辦理社區醫療保健、健康促進及社區回饋等醫療服務之相關費用。四、便民社會服務之相關費用。五、配合政府政策辦理國際醫療援助之相關費用。」為醫療法第46條及同法施行細則第30條之1所明定。又「第5條第2項第1款所定收支餘絀表、第2款所定損益表之科目分類與其帳項內涵及應註明事項如下：一、醫務收入：指因提供醫療服務所獲得之收入；其認列應依財務會計準則公報第32號規定辦理；支付點值調整及健保核減，應列為門急診收入－健保及住院收入－健保之減項；其科目之分類如下：（一）門急診收入－健保。（二）門急診收入－非健保。（三）住院收入－健保。（四）住院收入－非健保。（五）其他醫務收入－健保。（六）其他醫務收入－非健保。二、醫務成本：指因提供醫療服務所產生之費用，包括人事費用、藥品費用、藥品存貨盤盈（虧）、醫材費用、醫材存貨盤盈（虧）、折舊費用、租金費用、事務費用、社會服務費用、教育研究發展費用、其他設備費用及其他醫務費用等；其科目性質及應註明事項如下：
（一）依職工福利金條例所提撥之福利金與依本法第46條及第53條規定應提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等，應列為費用。（二）財務報表應附註揭露依本法第46條及第53條規定所提撥之研究發展、人才培訓、健康教育、醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務金等各項費用之期初提撥金餘額、當期支用金額、當期提撥金額、當期用途明細及期末提撥金餘額，並說明提撥已逾2年尚未支用之金額等資訊。三、管理費用：指因行政管理部門所發生之薪資、租金、文具用品、旅費、運費、郵電費、修繕費、廣告費、水電瓦斯費、保險費、交際費、稅捐、呆帳、折舊、各項耗竭及攤提、伙食費及職工福利等費用。四、非醫務活動收益及費損：指非因提供醫療服務所發生之收益及費損，包括利息收入、投資收入、租金收入、捐贈收入、研究計畫收入、其他非醫務收益、董事會費用、利息費用、租金費用、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分固定資產損益、處分投資損益、減損損失、減損迴轉利益、存貨跌價損失、捐贈費用、募款活動費用及研究計畫費用等。五、利息收入、利息費用及研究計畫收入、研究計畫費用，應分別列示。六、金融資產評價損益、金融負債評價損益、採用權益法認列之投資損益、兌換損益、處分投資損益等，得以其淨額列示。七、醫療財團法人應將捐贈收入依捐贈人是否限制捐贈資產之使用用途及限制之程度，分為捐贈收入－未受限、捐贈收入－暫時受限及捐贈收入－永久受限三類。八、所得稅費用，其所得稅之計算、分攤及表達方式，應依財務會計準則公報第22號規定辦理。九、會計原則變動之累積影響數，應單獨列示。十、本期淨利或淨損：指本期之盈餘或虧損。本期淨利或淨損於醫療財團法人，稱為本期餘絀。」為醫療法人財務報告編製準則第20條所規定。就原告所提出之91年99年11月之慈善救濟執行報告，有關慈善救濟支出明細表及慈善救濟執行報告均係自行製作之文書資料，其項目雖載明經濟個案補助費用、器官捐贈補助費用、辦理病友團體費用、社區居家關懷費用、社區公共衛生教育、志願服務教育訓練費用、義診費、諮詢及資源轉介事務費用等，惟各項費用之實際支出情形如何，尚乏單據供核，無從查知是否確實從事社會慈善救濟事業。是被告經核上開慈善救濟支出內容與原告向衛生署申報之收支餘絀表及「醫療社會服務費用明細表」內容觀之，除義診費及社服室費用外，其餘慈善救濟支出項目皆係遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定所提撥之醫療社會服務費用，且經查原告所列出之93年至98年慈善救濟支出金額其所提撥比例約為醫療收入淨額之1％左右。另查原告向國稅局申報之96年至97年度所得稅結算申報書及會計師之稅務簽證申報查核報告書觀之，原告從事醫療服務，收入來源大部分來自醫務收入，並非無償。除首揭醫療法人財務報告編製準則第20條所規定之醫務成本、管理費用、非醫務活動費損，未見帳列有其他之貧困優免或無償救助之支出，足認原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」而非以「從事慈善救濟」為主要目的事業。第查，機關或團體符合行政院訂定之教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條規定要件者，其本身之所得及附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅。其中現行教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條第1項第8款定有「機關團體用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70％」之規定。上開支出比例，依財政部89年6月1日台財稅第0000000000號函釋示，係以機關團體「用於與其創設目的有關活動之支出（包括銷售與非銷售貨物或勞務之支出）」占其「創設目的有關收入（包括銷售與非銷售貨物或勞務之收入）加計其創設目的以外之所得額及附屬作業組織之所得額」之比例計算為準。是機關團體之年度收入及支出，如與其創設目的活動有關，均應予以計入支出比例之分母與分子，據以核定其是否符合該條款規定。又醫療財團法人依所得稅法第4條第1項第13款及前揭教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條及第3條第1項規定，醫療收入屬銷售貨物或勞務之收入（課稅所得），醫院銷售貨物或勞務以外之收入，符合前述行政院規定標準者，免納所得稅（免稅所得）。據此，財政部臺灣省北區國稅局核定原告91年至96年度應稅所得額，當課稅所得額均為負數時，依前述規定，屬銷售貨物或勞務以外收入之免稅所得，自未列入計算，但核定本期餘絀數，銷售與非銷售貨物或勞務之收入，均應予以計入（見91至97年結算申報核定通知書影本）。惟查依原告96、97年度教育文化、公益、慈善機關或團體及其作業組織結算申報書顯示，其中義診費、醫療社會服務費用、捐贈衛生署等費用僅佔與創設目的有關支出1.48％、1.56％；占與創設目的有關收入1.19％、1.11％（詳見最高行政法院101年度判字第144號判決），可知原告實質上非以從事慈善救濟為主要目的事業。原告捐助章程第4條關於原告業務範圍之規定，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，已非無疑。且依原告之捐助章程第16條雖敘明「決算後若有結餘提存充實本院基金百分之50，餘得撥充社會慈善救濟事業」，然查原告帳載91年至98年度平衡表觀之，其91年至98年度淨值之變動，由原有永久受限淨值－登記（創設）基金及暫時受限淨值－擴建基金4,983,072,565元，增加為16,695,066,886元及4,439,912,161元，亦未見設有社福基金，顯見原告決算後結餘只提存充實該院登記（創設）基金及擴建基金，益見原告實質上係以「從事醫療事業為主要目的事業」而非以「從事慈善救濟為主要目的事業」（參見台北高等行政法院100年度訴更一字第28號判決）。依財政部臺灣省北區國稅局花蓮縣分局提供原告各年度機關或團體及其作業組織結算申報核定通知書顯示，91年至97年核定及98年申報，應稅部分：銷售貨物或勞務收入淨額分別為4,758,100,488元、5,393,628,897元、6,357,985,606元、7,718,329,595元、10,694,090,181元、12,498,201,911元、13,062,860,742元、13,611,645,662元；銷售貨物或勞務支出分別為5,140,186,971元、5,851,927,581元、6,956,868,272元、8,842,050,157元、11,568,119,412元、12,749,409,038元、12,430,638, 524元、13,545,106,493元；課稅所得額分別為負382,086,483元、負458,298,684元、負598,882,666元、負1,123,720,562元、負874,029,231元、負251,207,127元、0元（原課稅所得應為632,222,218元，因扣除前5年內各期銷售貨物或勞務累計虧損632,222,218元）、0元（原課稅所得應為66,539,169元，因扣除前10年核定銷售貨物或勞務虧損未扣除額66,539,169元）。免稅部分：銷售貨物或勞務以外之收入分別為1,113,697,005元、1,094,187,704元、544,553,347元、1,138,021,311元、1,303,607,721元、3,292,862,501元、4,616,683,529元、1,185,261,442元，扣除當年度成本費用或損失（與創設目的有關活動之支出）後餘絀數額分別為731,610,522元、635,889,020元、負54,802,882元、13,663,398元、429,096,198元、3,041,362,374元、5,039,515,646元、1,036,278,365元，91年至98年累計結餘金額為10,872,612,641元，從原告申報之各年期餘絀處理分析表顯示，其收入結餘均未見全部投入慈善救濟工作，難謂慈善救濟事業為原告的主要目的事業（參見台北高等行政法院100年度訴更一字第28號判決）。稅捐稽徵程序，稅捐稽徵機關雖依職權調查原則而進行，惟有關課稅事實，多發生於納稅義務人所得支配範圍，為貫徹公平合法之課稅目的，因而課納稅義務人申報協力義務。房屋稅條例第15條第3項之規定，實為適用優惠稅率規定所必要之稽徵程序，業據司法院釋字第537號解釋理由闡釋在案。原告雖提出相關慈善救濟支出明細表及慈善救濟執行報告，尚乏單據供核，難認其已盡協力義務。又依社會救助法第10、18、20、21及25條等規定，原告補助之捐贈，是否符合醫療補助、急難救助等要件，以及所謂「辦理病友團體費用」、「社區公共衛生教育（未含人力成本）」等支出，均乏相關單據及資料佐證。另「社服室費用」並非社會救助法規定之「生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助」各項，與內政部96年12月17日函未符。
其他貧病生活補助係由原告將需生活扶助的病患轉介由慈濟基金會提供生活扶助，非原告對該個案行使救助行為，尚難認原告係從事慈善救濟。
（五）又按「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」為司法院釋字第420號解釋釋示在案。基此，實質課稅原則，應於實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為據。是對於實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義及實質課稅原則，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。政府對醫療財團法人實施租稅優惠政策，其主要目的係藉租稅減免之誘因，鼓勵醫院多從事醫療公益服務活動，慈善救濟之舉本非慈善救濟事業始得為之，況原告遵行醫療法第46條及同法施行細則第30條之1規定所提撥之醫療社會服務費用，其每年期提撥比例約為醫療收入淨額之1％左右，此等支出核與經內政部立案之「財團法人」老人福利機構，依財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函轉內政部符合免稅之慈善救濟事業，係免費提供設施或勞務，如有酌收必要費用者，應經主管機關證明該費用之收取為必要且不以營利為目的，並須將全部收益直接用於該目的事業，顯有差距，亦難謂符合比例原則；顯見原告所為慈善救濟支出之目的僅係為呼應醫療法第46條及同法施行細則第30條之一「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」，其實質上並非以慈善救濟事業主要目的，自與「慈善救濟事業」為主要目的事業有別，更不得作為醫療財團法人即屬慈善救濟事業之論據。判斷事業是否為慈善救濟事業，非僅以其立案之名稱為準，應係綜合各種事證加以從實質上判斷。慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告乃是經衛生署准予設立並完成登記之醫療財團法人，二者分屬單獨成立之財團法人，不容混為一談。故本案依據前揭說明第六點所列舉之各種事證從實質上加以判斷，原告雖屬醫療財團法人，但並非慈善救濟事業，並無違誤（參見最高行政法院101年度判字第144號判決）。
退步言之，縱令原告確有依醫療法及自身章程提撥年度醫療收益結餘10％至50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，惟依財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋之意旨，須為收費非以營利為目的且不違反相關從事社會福利之目的，並將全部收益直接用於各該目的者，得認屬慈善救濟事業。而房屋稅條例第15條第1項第2款乃基於辦理社會福利慈善救助事業者，其營收全部及資本孳息僅能辦理社會福利慈善救助事項，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要。查原告收費標準乃根據中央健康保險局之標準向就醫民眾收取自費額，並依該局標準請款，與一般診所收費標準無異，原告僅依醫療及自身章程提撥年度醫療收益結餘10％至50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，並未將全部收益直接用於各該目的事業，核與房屋稅條例第15條第1項第2款立法精神及上開函釋相違。又本案經查核衛生署所公示之財務報表，原告與其他同屬醫療財團法人之訴外人財團法人國泰綜合醫院、財團法人新光吳火獅紀念醫院、醫療財團法人辜公亮基金會（原名：財團法人辜公亮基金會和信治癌中心醫院）、財團法人為恭紀念醫院、財團法人長庚紀念醫院等醫院之收支餘絀表可知，原告所為94年至98年之「慈善救濟支出」（醫療社會服務費用）所佔其醫療收入比例與上開醫療財團法人之「慈善救濟支出」比例相近，亦同樣僅占醫療收入些微比例。是對於上開與原告同屬醫療財團法人之訴外人等而言，同樣係依據醫療法第46條規定提供醫療救濟服務之支出，原告即可因該等支出而認定符合適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅優惠，然其他醫療財團法人卻不適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅優惠，亦違反租稅公平原則。房屋稅條例第15條第1項第2款規定，本係以立案之慈善救濟事業財團法人且直接供辦理「慈善救濟事業」所使用之自有房屋為免徵房屋稅之條件，若依據原告所提之慈善救濟支出占醫療收入比率，即可認定為其目的事業為「慈善救濟事業」，對於本案系爭房屋大林分院非直接供辦理「慈善救濟事業」之用之醫療大樓、各醫學中心、辦公室等七成五以上的面積均適用免稅優惠，顯有擴大解釋房屋稅條例第15條第1項第2款之認定，只要是醫療財團法人即可因行政院衛生署之解釋函而兼具慈善救濟事業之性質，從而享有房屋稅優惠，似違反法律之體系正義及法規範目的；是以本案系爭房屋主要係供醫療業務使用，並非以系爭房屋直接供辦理低收入戶照護、老人、身心障礙者福利服務等慈善救濟事務之用，核與房屋稅條例第15條第1項第2款規定之「其直接供辦理事業所使用之自有房屋」不符，基於租稅法定主義，本案核無房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之適用至明。
（六）復按「行政法上之平等原則，並非指絕對、機械之形式上平等，而係指相同事物性質應為相同之處理，非有正當理由，不得為差別待遇而言；如果事物性質不盡相同而為合理之各別處理，自非法所不許。」最高行政法院95年度判字第446號判決意旨參照。另按財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函示：「‧‧‧又案經行政院衛生署前揭函略以：『‧‧‧本署現管具教會背景之各醫療財團法人，多陸續由其他部會主管改隸本署主管。所有宗教財團法人附設醫療機構於改隸本署前即免徵房屋稅。前開改隸本署主管醫療機構，係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，其所屬之財團法人公益性亦未嘗稍異，其自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損‧‧‧』本部同意上開內政部及行政院衛生署意見。三、本案之適用對象為‧‧‧旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稅稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」上開函釋係就原屬宗教團體法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本案原告原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別。從而，本案尚無比附援引前述財政部釋函免徵房屋稅之餘地，況查該函亦明示該等醫院在改設為醫療財團法人後，需以該等醫院仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質並未變更者，方可准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，並非謂醫療財團法人醫院皆可認屬為慈善救濟事業。另財團法人老人扶療養院業經內政部主管機關認定屬社會福利事業，與原告非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人，二者情形不同。是原告主張其歷年來慈善救濟支出皆高於財政部上開函釋核定若瑟醫院、高雄基督教信義醫院、天主教耕莘醫院、基督長老教會新樓醫院、聖保祿修女會醫院等教會醫院，財團法人老人扶療養院亦有收費，原處分有違租稅公平原則云云，核無足採等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、本件如事實概要欄所載之事實，業據兩造分別陳明在卷，復有被告所屬民雄分局100年房屋稅繳款書2份（見本院卷一第18頁）、被告製作原告系爭房屋100年房屋稅課稅明細表（見原處分卷一第78頁）等文件附卷可稽，洵堪認定。兩造爭點厥為：系爭房屋（除出租及員工餐廳住家等使用部分外）是否符合房屋稅條例第15條第1項第2款所定免徵房屋稅之要件？經查：
（一）按「房屋稅之徵收，依本條例之規定；本條例未規定者，依其他有關法律之規定。」「房屋稅依房屋現值，按左列稅率課徵之：．．．二、非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值3％，最高不得超過5％。其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值1.5％，最高不得超過2.5％。
」「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：．．．二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」分別為房屋稅條例第1條、第5條第2款、第6條、第15條第1項第2款所明定。次按「嘉義縣房屋稅稅率規定如下：一、營業用房屋按其現值課徵3％。．．．三、住家用、自住用房屋按其現值課徵1.2％。四、私立醫院、診所、．．．等非營業用房屋，按其現值課徵2％。」嘉義縣房屋稅徵收自治條例第3條第1項亦有明文。
（二）次按「憲法第19條規定『人民有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。」業經司法院釋字第369號及第496號解釋揭櫫甚明。而租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。房屋稅條例第15條第1項第2款規定，業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。故該規定房屋稅之免徵，應具備：（1）須為經立案之私立慈善救濟事業。（2）已完成財團法人登記。（3）不以營利為目的。（4）直接供辦理事業所使用之自有房屋等4要件。而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。又「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。‧‧‧」「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」分別為醫療法第1條及第5條第2項所明定，足徵醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立。至同法第46條雖規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之10以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之10以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」惟該條規定係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立，且既言「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業。此外，參照財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋意旨，房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，自係以從事慈善救濟為主要目的之事業，即應將其全部收益直接用於慈善救濟事業，則醫療法第46條上述提撥下限為收入「結餘10％」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之規定，自不得作為認定醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據。況依土地稅減免規則第8條第1項第5款之免徵地價稅規定，係將「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」與「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別例示，益見所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上，並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。再以醫療法若有醫療財團法人應免徵房屋稅之意旨，立法政策上應係如該法第38條第3項為租稅應否課徵之明文，而非僅是於同條第2項規定醫療財團法人房屋稅之減免，依有關稅法之規定辦理。故醫療財團法人之房屋稅應否免徵，仍應視個案是否合於房屋稅條例之規定而定，並非當然應課徵或免徵房屋稅。
（三）又按，內政部設有社會司，掌理社會救助之規劃、推行、指導及監督事項，亦經內政部組織法第4條及第13條規定甚明，足認慈善救濟事業之立案及監督，在中央原則上應屬內政部掌管事項。復按「本法所稱主管機關：在中央為內政部．．．。」「下列事項，由中央主管機關掌理。但涉及各中央目的事業主管機關職掌，依法應由各中央目的事業主管機關掌理者，從其規定．．．。」「本法所定事項，主管機關及各目的事業主管機關應就其權責範圍，針對兒童及少年之需要，尊重多元文化差異，主動規劃所需福利，對涉及相關機關之兒童及少年福利業務，應全力配合之。主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管兒童及少年福利法規、政策、福利工作、福利事業、專業人員訓練、兒童及少年保護、親職教育、福利機構設置等相關事宜。二、衛生主管機關：主管婦幼衛生、優生保健、發展遲緩兒童早期醫療、兒童及少年心理保健、醫療、復健及健康保險等相關事宜．．．。」「本法所稱主管機關：在中央為內政部．．．本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。前2項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：身心障礙者人格維護、經濟安全、照顧支持與獨立生活機會等相關權益之規劃、推動及監督等事項。二、衛生主管機關：身心障礙者之鑑定、保健醫療、醫療復健與輔具研發等相關權益之規劃、推動及監督等事項。」「私人或團體設立身心障礙福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」「本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。前2項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：一、主管機關：主管老人權益保障之規劃、推動及監督等事項。二、衛生主管機關：主管老人預防保健、心理衛生、醫療、復健與連續性照護之規劃、推動及監督等事項。」「私人或團體設立老人福利機構，應向直轄市、縣（市）主管機關申請設立許可。」「醫療法人經中央主管機關及目的事業主管機關之許可，得附設下列機構：一、護理機構、精神復健機構。二、關於醫學研究之機構。三、老人福利法等社會福利法規規定之相關福利機構。前項附設機構之設立條件、程序及其他相關事項，仍依各該相關法規之規定辦理。」兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第63條第1項、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項及醫療法第31條第3項亦分別定有明文。又按「‧‧‧二、有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國69年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為安老所、育嬰所、育幼所、殘廢教養所、習藝所、婦女教養所、助產所、施醫所及其他以救濟為目的之設施；另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。三、另依本部91年8月22日臺內中社字第0910075289號函針對土地稅捐減免就平均地權條例第35條之1及其施行細則第50條第1項規定所為之函釋略以，社會福利事業指依法經社會福利事業主管機關許可設立，以興辦社會福利服務及社會救助為主要目的之事業，並符合下列情形之一：（一）依民法及內政業務財團法人監督準則．．．規定，經社會福利事業主管機關許可設立之社會福利慈善事業基金會興辦福利事業者。（二）依兒童及少年福利法、老人福利法、身心障礙者保護法（已修訂為『身心障礙者權益保障法』）及社會救助法等社會福利相關法規經直轄市、縣（市）社會福利事業主管機關許可設立之社會福利機構興辦社會福利事業者。（三）財團法人附設前款之社會福利機構興辦社會福利事業者‧‧‧。四、至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」亦經內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋在案。
（四）雖原告主張內政部96年10月2日內授中社字第0960015743號函及96年12月17日內授中社字第0960018943號函，認原告是否屬慈善救濟事業，須由醫療財團法人之主管機關衛生署認定，並因衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函已認定原告係慈善救濟事業，乃認原告合於房屋稅條例第15條第1項第2款所規定「經立案之私立慈善救濟事業」之要件云云。惟查，衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函係謂：「主旨：有關財團法人慈濟綜合醫院及其各分院是否屬慈善救濟事業乙案，復如說明段，請查照。說明：‧‧‧二、查醫療法第46條規定略以：『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之10以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，百分之10以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。』爰財團法人醫療機構具公益性質，並非以營利為其目的，故其性質核與私立醫療機構有別，合先敘明。三、復查貴部64年11月4日台財稅字第37824號及同年12月19日台財稅字第38987號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人醫院依據上開醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業。綜上，財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」等語。然已辦理財團法人登記之醫療財團法人，固得認具公益性質，但並非即當然為經立案之慈善救濟事業，且醫療法第46條亦不得作為醫療財團法人即當然為慈善救濟事業之依據，均已如上述。至財政部64年11月4日台財稅第37824號函及同年12月19日台財稅第38987號函固分別謂：「臺灣基督教××會附設××紀念醫院，如查明完成財團法人登記，辦理具有成績並持有主管機關證明者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」「臺灣基督教××會附設××紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」惟其係針對有為財團法人登記之教會所附設之醫院為釋示，即其似認教會屬經立案之慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之要件，核與本件係屬醫療財團法人，係經醫療財團法人許可之事實有別。且財政部亦曾以71年12月8日台財稅第38854號函釋示：「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」等語在案，即未肯認醫事財團法人即當然屬經立案之慈善救濟事業。則上述衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函逕援引財政部64年11月4日台財稅第37824號函、同年12月19日台財稅第38987號函及醫療法第46條規定，而未慮及房屋稅條例第15條第1項第2款所規定「慈善救濟事業」之意涵及財政部其他函釋，遽謂原告可認屬慈善救濟事業，已不無疑問！故衛生署前揭函釋，本院尚難予以援用。
（五）是以揆諸前揭內政部組織法第4條、第13條、兒童及少年福利法第6條第1項前段、第7條、第9條第1款、第2款、身心障礙者權益保障法第2條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第63條、老人福利法第3條第1項、第2項、第3項第1款、第2款、第36條第1項及醫療法第31條第3項規定，暨內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函釋意旨，內政部係社會福利事業主管機關甚明。故本件原告仍應向內政部申請設立許可，並受其監督，始符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件。經查，原告係依醫療法第5條規定，由衛生署核准設立之醫療財團法人，非屬內政部依「內政部審查內政業務財團法人設立許可及監督要點」核准立案並完成財團法人登記之內政業務財團法人乙節，為兩造所不爭執，參諸上述說明，自與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之免徵房屋稅要件不符。又查，慈濟基金會雖係經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業，惟原告係經衛生署准予設立並完成登記之醫療財團法人，二者分屬單獨成立之財團法人，縱原告係由慈濟基金會捐助成立，亦難據以認定原告亦屬經內政部核准立案並完成財團法人登記之私立慈善救濟事業。另查，原告雖由慈濟基金會捐助，然非慈濟基金會之附設醫院，自無前述財政部64年11月4日台財稅字第37824號、64年12月19日台財稅字第38987號及98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋之適用。至於內政部100年11月24日內授中社字第10007010431號函，雖認定原告91年至99年慈善救濟執行報告內容經內政部及衛生署認符合醫療法及其施行細則、兒童及少年福利法、社會救助法、身心障礙者權益保障法及老人福利法相關規定之慈善救濟事項，惟此僅能證明原告有從事上述執行報告內容之慈善救濟事項，尚難據此認定原告即屬經內政部核准立案之私立慈善救濟事業。另內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函固謂房屋稅條例第15條第1項第2款所稱經立案之私立慈善救濟事業，目前實務執行上並不以向內政部立案者為限，惟該見解參諸上揭說明，核與前揭法律之規定不符，並不可採。是本件原告既未向內政部申請設立許可，自與房屋稅條例第15條第1項第2款規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件不合，被告原處分發單課徵原告所有系爭房屋100年度房屋稅，尚無違誤。
（六）再查，觀諸原告之捐助章程第4條關於原告業務範圍之規定，其業務事項共臚列13項，其中列明與慈善救濟有關者僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，則慈善救濟事務實質上是否屬原告主要目的之事業，已非無疑。且依原告之捐助章程第16條係規定：「決算後若有結餘提存充實本院基金50％餘得撥充社會慈善救濟事業。」即其慈善救濟事業之進行係就決算後之結餘款50％為之。是原告於97年度決算後雖已有盈餘，縱令原告確有依醫療法及自身捐助章程提撥年度醫療收益結餘10％至50％辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項屬實，惟參照前述財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋意旨，原告並非將其全部收益直接用於慈善救濟事業，仍非以從事慈善救濟為主要目的之事業，則其醫療服務仍與房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」之要件不合，自難適用該條款規定免徵房屋稅。
五、綜上所述，原告前揭主張，均無足取。被告以系爭房屋既不符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅要件，因而發單課徵原告所有系爭房屋100年度房屋稅12,799,882元，並無違誤；訴願決定予以維持，亦無不合。原告起訴意旨求為撤銷訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）關於課徵100年度房屋稅超過1,343,988元部分，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其他攻擊防禦方法，核與判決之結果不生影響，茲不逐一論述，併此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 5 月 22 日
高雄高等行政法院第三庭
審判長法官 蘇 秋 津
法官 詹 日 賢法官 林 彥 君以上正本係照原本作成。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須按對造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 101 年 5 月 22 日
書記官 洪 美 智