高雄高等行政法院判決
104年度訴字第256號民國105年1月13日辯論終結原 告 中國鋼鐵股份有限公司代 表 人 宋志育訴訟代理人 林瑞彬 律師
李育昇 律師賴永發 會計師被 告 財政部高雄國稅局代 表 人 吳英世 局長訴訟代理人 曾淑青
張宇凡上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國104年4月29日台財訴字第10313975340號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下︰
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：原告代表人於起訴時為鄒若齊，訴訟繫屬中原告代表人變更為宋志育，茲據原告新任代表人具狀向本院聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、事實概要︰緣原告民國99年度營利事業所得稅結算申報與其子公司中龍鋼鐵股份有限公司（下稱中龍公司）採連結稅制合併申報，原告99年度列報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額新臺幣（下同）9,665,865,465元（包括原告前10年虧損99年度扣除額5,853,996,616元以及中龍公司前10年虧損99年度扣除額3,811,868,849元），案經被告審查結果，將其申報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額調減8,492,836,215元，核定為1,173,029,250元。原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
三、原告主張︰
(一)根據一般公認會計原則，從事企業投資係基於繼續經營之假設；為瞭解企業經營成果，習慣上均以會計年度逐年加以衡量。所得稅係以所得為課稅客體，而企業真正之所得，非待其經濟活動終止時無法確知。但事實上，課稅制度顯然無法延至企業終止時再行課徵，通常係依課稅年度逐年核算課稅所得加以計徵。然而，為了逐年核計所得及課稅目的而將永續之企業活動劃分成無數段落，難免產生課稅期間長短造成稅賦輕重不均衡及所得不穩定者比所得平均者稅賦為重之不公平現象。為消除上開現象，以達稅制之公平合理，推行所得稅制之國家，乃建立盈虧互抵制度。但是依年度核計之虧損額如准予無限期盈虧互抵，將使每一年度之課稅均處於不確定狀態，增加稅務行政上之困擾。因此，目前世界各國所得稅制大多採用限期盈虧互抵制度，俾能兼顧公平合理稅制及稅務行政簡便原則，通常採行方法有兩種，虧損若可抵以前年度之盈餘而申請退稅者，稱為（前抵Carry-back），虧損若可在以後年度之盈餘中扣除，而減少以後年度之稅負者，稱為後延（Carry-over）。而由上開說明可知，虧損扣抵乃追求稅務之公平，屬於納稅義務人之「權利」，並非國家給予納稅義務人之恩惠，非得以任何方式予以剝奪。訴願決定援引財政部賦稅署104年3月25日臺稅所得字第10304049180號函謂：「查所得稅法第39條第1項但書規定，係考量以年度為期限計算營利事業之所得，常使各年度盈虧變動較大之營利事業，負荷過重，爰採以往年度虧損後轉方式，對於帳冊齊全，申報正確者，予以優惠。」故財政部及被告顯係誤解所得稅制之基本原理，致本案於顯無法律依據之情形下，可任意以行政函令創設投資收益可以用來調減虧損扣抵數，甚至可調減因連結稅制而合併申報之他公司之虧損扣抵，違反量能課稅及租稅法律主義。
(二)營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則（下稱處理原則）第
5、6點規定，適用連結稅制方式遇有個別公司有依法尚未扣除之虧損時，計算方式應為：1.合併申報前，各公司尚未扣除之前10年內各期營業之虧損(個別營業虧損)僅能自各該公司當年度所得額中扣除。2.合併申報年度起，申報主體之盈餘及虧損應相互抵銷，合併計算；如尚有虧損(合併營業虧損)仍得適用虧損扣抵自合併申報所得額中扣除（不區分來源）。3.合併申報後，子公司因股權變動而採個別申報時，尚未扣除之合併營業虧損金額應逐年按該公司當期營業虧損金額占合併申報各公司營業虧損金額合計數之比例計算之金額自合併營業虧損數中減除，並由該個別申報主體抵扣。合併申報公司得就稽徵機關核定尚未扣除之前10年內各期合併營業虧損，減除上開個別申報公司依規定比例計算之金額後之餘額，繼續自合併申報所得額中扣除。
(三)被告援引財政部66年3月9日台財稅字第31580號函釋（下稱財政部66年函釋）：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（註：現行規定為10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」將原告虧損年度（98年度）免計入所得之投資收益及免稅所得先行抵減該期之申報虧損，已有違法：
１、財政部66年函釋有違憲法第19條之租稅法定主義，而有違法之情形。按「憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，係指國家課人民以繳納稅捐之義務或給予人民減免稅捐之優惠時，應就租稅主體、租稅客體、稅基、稅率等租稅構成要件，以法律或法律明確授權之命令定之；如以法律授權主管機關發布命令為補充規定時，其授權應符合具體明確之原則；若僅屬執行法律之細節性、技術性次要事項，始得由主管機關發布命令為必要之規範，否則即屬違反『租稅法律主義』（司法院釋字第443號、第620號、第622號、第640號解釋參照）。……上開查核準則之訂定，並無所得稅法之明確授權；其第36條之1第2項擬制設算利息收入之規定，亦欠缺法律之依據，縱於實務上施行已久，或有助於增加國家財政收入、減少稽徵成本，甚或有防杜租稅規避之效果，惟此一規定擴張或擬制實際上並未收取之利息，涉及租稅客體之範圍，並非稽徵機關執行所得稅法之技術性或細節性事項，顯已逾越所得稅法之規定，增加納稅義務人法律所無之租稅義務，與憲法第19條規定之意旨不符，應自本解釋公布之日起失其效力。」「所得稅法施行細則第82條第3項規定：『營利事業帳載應付未付之費用或損失，逾2年而尚未給付者，應轉列其他收入科目，俟實際給付時，再以營業外支出列帳。』營利事業所得稅查核準則第108條之1規定：『營利事業機構帳載應付未付之費用或損失，逾2年而尚未給付者，應轉列『其他收入』科目，俟實際給付時再以營業外支出列帳。』上開規定關於營利事業應將帳載逾2年仍未給付之應付費用轉列其他收入，非但增加營利事業當年度之所得及應納稅額，且可能帶來一時不能克服之財務困難，影響該企業之經營，顯非執行法律之細節性或技術性事項…已逾越所得稅法之授權，違反憲法第19條『租稅法律主義』，應自本解釋公布之日起至遲於1年內失其效力。」司法院釋字第650、657號解釋可參。另參所得稅法第39條規範虧損扣除之要件以觀，並無要求以往年度之虧損須扣除當年度取得之投資收益，參照前述司法院釋字第650、657號解釋之意旨，財政部66年函釋未有所得稅法本文之「明確授權」，而就租稅構成要件、非屬技術性與細節性範疇事項加以規定，進而增加法律所無之納稅義務人租稅負擔，是以在未有法律具體明確之授權下而以解釋函令任意規範，上開66年函釋顯有違反租稅法律主義之違法，洵堪認定。綜上，依據上開解釋意旨，凡增加營利事業當年度之所得及應納稅額，即已涉及租稅客體稅基之規範，顯非執行法律之細節性或技術性事項，基於租稅法律主義，除稅法有所規定外，稅捐機關尚不得以短計納稅義務人之虧損扣抵金額或其他方式致增加其納稅負擔，否則即屬越權。惟查，財政部66年函釋之規定自行加入「虧損扣抵數應先行減除投資收益」之要件，致納稅義務人依法可扣抵之虧損金額減少，在無法律基礎下增加納稅義務人之租稅負擔，顯違反母法所得稅法第39條之明文規定，對其增訂不當之限制，容有違法，被告卻予以援用，原處分亦有違法。
２、財政部66年函釋將投資收益自核定虧損中先行抵減，將致被投資公司分配之稅後盈餘，於投資公司身上透過虧損扣抵先行抵減投資收益方式，可能造成重複課稅，而違反兩稅合一之立法目的。查我國兩稅合一制度，87年1月1日施行「前」之所得稅法第42條規定：「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益80%，免予計入所得額課稅。」而現行條文修正為「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」其立法理由乃係認為，在兩稅合一之設算扣抵制下，營利事業取自轉投資事業之投資收益，不計入投資事業之所得額課稅，僅在最終被投資事業階段課徵一次營利事業所得稅。又獨立課稅制下為減輕轉投資收益重複課稅所採行之80%免稅之規定，已無存在必要，爰予修正。是以，兩稅合一制度於87年1月1日施行前，投資收益中之20%對於營利事業仍為應稅所得，而其餘80%之部分係屬投資收益相關成本費用，逕按投資收入扣除成本費用後之淨額20%列入所得，從而財政部66年函釋因而援引此一文字而規定應將本質上為所得，但依法可免予計入所得之投資收益先行抵減各期核定虧損數，再以此餘額自純益中扣除；亦即在兩稅合一制度施行前，投資收益對於營利事業而言仍有所得性質，故似可將此作為純益額之調整項目之一。然自87年度起新法施行後，現行有效之所得稅法第42條規定營利事業轉投資收益，不計入所得額課稅。觀其修法理由，係為避免個人與營利事業間就同一筆股利所得產生重複課稅情事，而改由自然人股東就其所獲配之股利收入時由其申報所得課稅，而營利事業本身則不因為此投資收益而產生營利事業所得稅之租稅負擔，僅產生股東可扣抵稅額之立帳與記載義務，因此法人股東因投資於國內其他營利事業所獲配之營利所得，已非屬課稅所得性質，且立法者亦據此明文規定營利事業所收到之股利應不計入所得，營利事業不因此產生租稅負擔，將修正後之所得稅法第42條文字制定為「不計入」所得，與修法前將投資收益相關成本費用扣除淨額方予計入有所不同。綜上，財政部66年函釋制定之時點既係早於兩稅合一實施之前，在股利所得於營利事業間仍具有所得性質之時空背景下，方有財政部66年函釋之規定內容；惟如今投資收益於營利事業已全數不計入所得而由最終個人股東負擔所得相關稅負，從而營利事業間之投資收益即未具有所得性質，換言之，稅法對於投資收益之租稅定性已有改變，設若再援引財政部66年函釋，將上開投資收益加回虧損，將導致免稅效果喪失之結果，誠非合理，而有未當，從而財政部66年函釋即應予以變更或廢止，不應繼續援引適用。詎料被告仍據此過時之財政部66年函釋作出原處分，原處分顯有違法之處。
３、財政部66年函釋與出售土地之免稅所得等，不必於扣除核定虧損前先行減除之規定，顯相矛盾。按「公司組織之營利事業依所得稅法第39條規定將經稽徵機關核定之前3年（註︰
現行為10年）內各期虧損自本年度純益額中扣除時，各該虧損年度如有暫停課徵營利事業所得稅之證券交易所得，無須先予抵減各該年度之核定虧損，但停徵期間所發生之損失，亦不得併入前3年核定虧損額，自本年度純益額中扣除。」「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（註︰現行為10年）各期核定虧損者，各該虧損年度如有依同法第4條第16款規定免納所得稅之土地交易所得，可免先予抵減各該期之核定虧損，但出售土地之損失，亦不得併入前3年核定虧損額，自本年度純益額中扣除。」分別為財政部74年7月6日台財稅第18503號函釋（下稱財政部74年函釋）及財政部76年9月22日台財稅第0000000號函釋（下稱財政部76年函釋）之規定，由上開二函釋，可知停徵證券交易所得稅之證券交易損益（所得稅法第4條之1）不須列入盈虧互抵之範圍，以及免納所得稅之土地交易所得（所得稅法第4條第1項第16款），亦可免先予抵減各該期之核定虧損。惟財政部66年函釋之規定，公司於計算前10年虧損扣抵金額時，必須將各年度取得之投資收益，先行自各該期之核定虧損中抵減，始為「營業之虧損」而得適用所得稅法第39條但書之規定，作為以後10年度可適用之核定虧損扣抵金額，是有關投資收益應自各期核定虧損中先行抵減，顯異於其他免稅所得課稅之規定。前揭財政部74年函釋及76年函釋，對於停徵之證券交易所得及出售土地之免稅所得，不必於扣除核定虧損前先行減除之規定，符合所得稅法第39條之規定，可知免稅所得將不影響盈虧互抵計算。換言之，免稅所得仍屬所得之一，僅是因某些政策上之原因而被歸類為無應納稅額之免稅所得。相較於上開「免稅所得」，投資收益屬「不計入所得」，已全然無「所得」之性質，既然免稅所得毋庸抵減當年度核定虧損，稅捐機關自無理由要求營利事業將非具所得性質之投資收益，須自核定虧損中減除。綜上，營利事業有所得即應課稅，惟營利事業之所得中若有所得稅法特別規定之免稅所得，則免稅所得之部分依法可不須課稅，此為國內外政府通常基於各種政策目的所採行之各種優惠措施，諸如避免重複課稅之投資收益、土地交易所得免稅、為擴大或維持資本市場規模而停徵之證券交易所得以及鼓勵根留台灣之營運總部免稅所得等等。是以所得稅法規範之各種免稅所得，雖本質及來源因政府各種政策考量而有所不同，但政府採行免稅優惠措施，以減免所得稅來達到特定之政策目的，則無二致。然而財政部66年函釋之規定，竟將投資收益自核定虧損中先行抵減，異於前揭財政部74年函釋及76年函釋之規定，對於停徵之證券交易所得及出售土地之免稅所得，不必於扣除核定虧損前先行減除之規定，財政部66年函釋顯有逾越所得稅法之規範，而違法增加納稅義務人之稅務負擔之情形，應不予援用。
４、財政部66年函釋可能侵蝕納稅義務人可後抵以後年度應稅所得之金額，使其喪失抵稅權，增加所得稅法未規定之負擔。查所得稅法第39條所規定虧損可抵減之金額，實係為納稅義務人基於一定條件下可享有之租稅優惠及抵稅之「權利」。是以，若財政部66年函釋自行加入「虧損扣抵應先行減除投資收益」之要件，亦即若將納稅義務人免計入所得額之投資收益先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額自本年度純益額中扣除，將會造成納稅義務人免稅之投資收益侵蝕可後抵以後年度應稅所得之金額，並喪失抵稅權之情形，致納稅義務人以後有獲利年度依法可扣抵之虧損金額減少，毋寧在無法律基礎下增加納稅義務人之租稅負擔，顯違反母法所得稅法第39條之明文規定。舉例說明：假設A公司於98年度有虧損100元、免稅之股利所得有30元，全年所得（即包含應稅與免稅之所得）為虧損70元。於99年度時有課稅所得210元，並無免稅之股利所得，故全年所得為210元。故若以往年度之虧損毋須先行扣除投資收益，因此98年虧損之金額係100元，則至99年扣除98年虧損金額100元後之虧損扣抵後應稅之課稅所得即為110元（210元-100元）；惟按現行財政部66年函釋，98年時A公司之投資收益仍屬「營利事業之所得」，故全年所得亦含當期免稅之投資收益，致99年可供虧損扣抵之金額僅有70元，應稅之課稅所得為140元（210元-70元）。由此可知，若依財政部66年函釋之規定，將會造成A公司98年免稅之投資收益30元侵蝕可後抵99年應稅所得之虧損金額，並損失抵稅權之情形，致其隔年依法可扣抵之虧損金額減少，並有虛增應稅所得之情事。次查，所得稅法第24條第1項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。」係為收入與成本費用配合原則，是以所得額應區分「應稅」與「免稅」所得，應稅之課稅所得項下，只能減除應稅之成本費用，所產生應稅之虧損，亦應僅能扣抵以後年度產生之應稅所得，倘若需先扣抵免稅之投資收益，則與上開成本收入配合原則有所衝突。綜上，財政部66年函釋之規定，使納稅義務人於虧損年度若有投資收益者須將其先行抵減各該期之核定虧損，再以較低之虧損餘額自本年度純益額中扣除，將造成納稅義務人實際可後抵之虧損額減少，等同於破壞實施兩稅合一制度後，投資收益已不被視為營利事業所得意旨，致納稅義務人喪失應有之抵稅權利，對納稅義務人至為不公，詎料被告仍援引上開違法之財政部66年函釋而作出原處分，原處分亦有不法，應予廢棄，自不待言。
(四)被告除援引財政部66年函釋等相關函令，將原告個別公司虧損年度（98年度）免計入所得之投資收益及免稅所得先行抵減該期之申報虧損，且因原告個別之投資收益及免稅所得合計數大於核定虧損，故原處分就該差額核定調減合併申報子公司（即中龍公司）之核定虧損金額，亦即將原告前10年核定虧損本年度扣除額調減8,492,836,215元後，核定為1,173,029,250元，亦有違法之情形：
１、原處分侵蝕其他合併個體（中龍公司）之虧損額。從合併營利事業所得稅申報書之申報總表觀之，總表僅從單一營利事業所得稅申報書第59欄位才開始連結，並非自始至終由中鋼欄位01+中龍欄位01=合併欄位01，然後合併欄位01+合併02+……，亦即，投資收益的加回應屬於單一公司階段先加回，確定單一公司（即原告）之虧損金額後，始有連結作用發生。換言之，處理原則對於連結稅之計算係採先個別計算課稅所得後再連結計算合併課稅所得額，則個別公司之投資收益僅限用在計算其課稅所得額前之可扣抵虧損金額的加計項目，僅能將個別公司之虧損抵減至零為止，而不應再侵蝕其他合併個體之虧損額。經查，本案原告個別公司98年度依所得稅法第24條規定計算之虧損為5,840,383,408元，倘須依財政部66年函釋及相關函令須扣減當年度獲配之投資收益及營運總部免稅所得8,364,332,598元及114,890,409元，則原告個別公司98年度之營業虧損僅應扣減至0元，而非因免稅投資收益加回而有課稅所得2,638,839,599元；中龍個別公司依所得稅法第24條規定計算之虧損為3,811,868,849元，因當年度並無須扣減之投資收益，故中龍個別公司98年度之營業虧損應為3,811,868,849元，復按處理原則第5點第2款後段規定，原告個別公司98年度之營業虧損為0元，合併申報中龍公司之營業虧損為3,811,868,849元，經合併計算後為虧損3,811,868,849元，故得依所得稅法第39條但書規定，自合併營業虧損發生年度起5年內（現行規定為10年），從當年度合併結算申報所得額中扣除供以後年度之虧損扣抵金額應為3,811,868,849元。原告主張之虧損扣抵金額計算方式：個別公司先計算後，再合併計算。即原告個別可扣除虧損(應是小於或等於0)為0元（可扣除虧損額5,840,383,408元＋投資收益8,364,332,598元＋營運總部免稅所得114,890,409元）；中龍公司個別可扣除虧損(應是小於或等於0)為3,811,849元（可扣除虧損額3,811,868,849元+投資收益0元+營運總部免稅所得0元），則合併虧損扣抵金額為3,811,868,849元（原告可扣除虧損0元＋中龍公司可扣除虧損3,811,868,849元）。而被告依據財政部66年函釋，各項次均合併計算，即可扣除虧損額為9,652,252,257元（原告5,840,383,408元＋中龍公司3,811,868,849元），投資收益為8,364,332,598元（原告8,364,332,598元＋中龍公司0元），營運總部免稅所得為114,890,409元（原告114,890,409元＋中龍公司0元），則合併虧損扣抵金額為1,173,029,250元（可扣除虧損額9,652,252,257元＋投資收益8,364,332,598元＋營運總部免稅所得114,890,409元）。由上開計算方式可知，被告之計算方式，將導致原告之虧損扣抵金額大幅減少，導致原告租稅上之不利益。綜上，本件原告個別公司98年度投資收益及免稅所得大於虧損，應僅能認定原告98年度可供以後年度扣抵之虧損金額為0元，遍查所有法令，絕無原告個別公司可能因當期投資收益及免稅所得大於核定虧損，即認原告有應課稅之所得額，可去侵蝕適用連結稅制之子公司中龍公司之個別虧損。原處分顯已錯誤適用上開法令，而有扭曲連結稅制之立法意旨，原處分應予廢棄。
２、原處分顯與其所引用之條文相違，而有適用法律錯誤之違法。查復查決定及訴願決定均引用處理原則第5、6點為據，而認定原處分以原告之投資收益去抵減子公司即中龍公司之虧損係屬正確云云。惟查，處理原則第5點規定：「五、營業虧損之扣除規定：(一)合併申報前，各公司經稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期營業之虧損(以下稱個別營業虧損)，得依所得稅法第39條但書規定，自各該公司當年度所得額中扣除。(二)自合併申報年度起，各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互抵銷，合併計算。其經合併計算抵銷之虧損額，不得再適用所得稅法第39條但書規定；其經合併計算後仍為虧損者(以下稱合併營業虧損)，得依所得稅法第39條但書規定，自合併營業虧損發生年度起5年內，從當年度合併結算申報所得額中扣除。」細察上開第5點第2款，應係規定「各公司應各自計算當年度營業之所得額或虧損額後」，再「將各公司計算出之所得額或虧損額相互抵銷」，即原告個別公司98年度之營業虧損為0元，合併申報中龍公司之營業虧損為3,811,868,849元，經合併計算後為虧損3,811,868,849元，上開第5點第2款並未規定得逕以母公司之投資收益去抵減子公司之虧損，從而被告於上開處理原則之適用上，已有錯誤。處理原則第6點復規定：「六、合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算規定：(一)各公司依所得稅法第24條規定計算之所得額，扣除依法律規定減免所得稅之所得額及合於所得稅法第39條但書規定之個別營業虧損後之餘額，為各公司課稅所得額。…」亦已明文揭示各公司應先「分別」計算「各公司」之課稅所得額後，再予以合併結算所得額，至為明確。惟查，被告於計算本件各公司之課稅所得額時，竟以原告之投資收益去抵減中龍公司之虧損，顯已違反上開處理原則第6點之規定，原處分顯已違反上開處理原則，而有違法或不當之情形。
(五)我國連結稅制計算處理原則係屬「所得的連結」，與美國稅制採「合併的連結」概念迥異，被告答辯理由引用財政部賦稅署函復稱財政部93年7月5日台財稅字第0930453061號函（下稱財政部93年函）與美國連結稅制規定一致云云，已將我國與美國迥不相同之連結方式混為一談，將不同法制誤為相同而加以比附援引，其立論顯屬錯誤：
１、處理原則第6點第1款及第2款規定：「(一)各公司依所得稅法第24條規定計算之所得額，扣除依法律規定減免所得稅之所得額及合於所得稅法第39條但書規定之個別營業虧損後之餘額，為各公司課稅所得額。(二)各公司課稅所得額之合計數，為合併結算申報所得額。」可知上開原則係「所得的連結」，亦即以個別公司分別計算之課稅所得額為連結稅制之計算基礎，公司間之交易損益或投資損益仍以個別公司為主體分別計算，不予消除。反觀美國連結稅制係採「合併連結」，作法上是將所有合併個體視為一個獨立公司，類似會計學上合併報表觀念，合併個體各公司會計科目相加後需消除合併個體間相關交易（以本事件為例，在美國連結稅制所謂同一經濟個體概念下，須先消除原告與中龍公司間之內部交易後，始合併為單一經濟個體）、股利等，故我國與美國對於稅制連結之處理規則並不相同。綜上，從我國連結稅制係以個別公司分別計算之課稅所得額為計算基礎之觀點出發，當個別公司當期投資收益大於虧損，其於適用財政部66年函釋虧損扣減投資收益時，應僅能以個別公司自身之虧損為限，而不應再侵蝕其他合併個體之虧損額。關於此點，從本案合併營利事業所得稅申報書的申報總表欄位亦可明證此一計算邏輯：參照總表各欄可知，稅制連結申報並非自始即由「中鋼欄位01+中龍欄位01=合併欄位01，然後合併欄位01+合併02+……」之計算方式，而係從單一營利事業所得稅申報書第59欄位才開始連結，亦即投資收益的加回應於單一公司階段先加回，確定單一公司(即原告)的虧損金額後，始有連結作用發生。從上開處理原則規定及合併營利事業所得稅申報書的申報總表欄位計算方式可證，我國連結稅制計算係採先個別計算課稅所得後，再連結計算合併課稅所得額（以本件為例：申報時並未消除原告與中龍二公司間之交易，僅將各公司個別計算之課稅所得加以連結，其概念僅止於公司合併申報納稅，並非公司合併為單一經濟個體），則個別公司之投資收益僅限用在計算其課稅所得額前之可扣抵虧損金額的加計項目，亦僅能將個別公司之虧損抵減至零為止，而不應再侵蝕其他合併申報個體之虧損額。
２、財政部93年函以：「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅結算申報者，依規定扣除前5年（現為10年）核定合併營業虧損時，合併申報呈虧損之年度，合併申報各公司之投資收益合計數中，屬於獲配自合併申報公司間之投資收益部分，得免依本部66年3月9日台財稅第31580號函規定，先行抵減各該年度之核定合併營業虧損。」乃針對採用連結稅制申報之公司，其合併申報各公司之投資收益合計數中，屬於獲配自合併申報公司間之投資收益部分，得否依財政部66年函釋規定先行抵減各該年度之核定合併營業虧損所為之核釋，其意旨係避免申報公司間在無實質取得外部投資收益之情況下，卻因連結稅制之採用，致產生額外之租稅負擔，故明文釋示予以排除適用。然對於獲配自非屬合併申報公司之投資收益大於個別公司核定虧損部分，應否侵蝕其他合併申報虧損公司之虧損金額等，則非前開函釋內容所涵蓋。惟查，被告引用財政部前開函令，作反面及擴大解釋，將原告個別公司虧損年度（98年度）免計入所得之投資收益及免稅所得，先行抵減該期之申報虧損後，因原告個別公司之投資收益及免稅所得合計數大於核定虧損，故被告就該差額核定調減合併申報子公司（即中龍公司）之核定虧損金額，亦即將原告前10年核定虧損本年度扣除額調減8,492,836,215元後，核定為1,173,029,250元云云。然被告上開計算方式，導致非屬獲配自合併申報公司間之投資收益，非但需適用財政部66年函釋將投資收益先行抵減虧損，竟認依該93年函，足以導出得減除合併申報連結稅制之他公司之虧損金額，顯然不可能為財政部上開函釋之反面解釋所能涵攝，被告容有適用法令錯誤之情形。次查，前開財政部66年函釋指明「應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除」，縱係可採，亦係考量因依行為時所得稅法第42條第1項規定而獲實質免稅之優惠，未計入當年度所得課稅，如於嗣後年度計算前5年（現為10年）核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，為被告及財政部所一再強調。惟查，本件原告個別公司98年度所獲配之投資收益已然大於虧損金額，倘依財政部66年函釋先行扣減投資收益後再計算虧損扣抵金額，則原告98年度個別公司可供以後年度扣抵之虧損金額已為0元，已不會造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，然被告卻擴張適用，導致個別公司獲配自非屬合併申報公司間之投資收益侵蝕其他合併申報虧損公司之虧損金額，將造成納稅義務人之租稅不利益，顯非上開財政部函釋之意旨。
３、關於連結稅制計算係採先個別計算課稅所得後再連結計算合併課稅所得額之概念，亦曾經稅捐稽徵機關於他案件中明確肯認，此參臺北高等行政法院101年度訴字第64號判決理由書所載該案被告財政部臺北市國稅局(改制後為財政部臺北國稅局)答辯理由謂：「……現行所得稅制亦未採合併財報申報，即應按個別公司分別計算之課稅所得額為連結稅制之計算基礎，故連結稅制應以個別公司按所得稅法第24條及相關規定計算之課稅所得額為連結基礎，公司間之交易損益或投資損益仍以個別公司為主體分別計算，不予消除。是金融控股公司與各子公司如有應稅、免稅收入，應計算個別公司之課稅所得額，再予加總計算合併結算申報所得額……。」即明。按照上開財政部臺北國稅局所陳明之連結稅制計算方式，足證本件合併虧損之計算，應先計算原告之虧損為0元後，再與中龍公司之虧損3,811,868,849元連結，合併虧損應為3,811,868,849元，始屬正確。
(六)原處分有違租稅中立原則：
１、我國連結稅制之相關法令，主要為所得稅法第39條第1項及處理原則第5、6點。依據上開法令，2個原在法律上完全獨立之法人，於符合特定條件之情形下，得合併結算申報所得稅。立法者之所以作此法制上設計，依據金融控股公司法第49條之立法理由為「由於金融控股公司與其持有百分之90股份之子公司，已為經濟上之同一實體，與公司內部部門無異，尚不宜因分設子公司而增加其租稅負擔，以維租稅中立原則，爰為本條連結稅制之規定。」可知連結稅制之立法目的，在於避免增加納稅義務人之租稅負擔，並以「租稅中立原則」為連結稅制之核心原則，合先敘明。經查，從財政學之角度來衡量稅負制度，一般均以租稅中立性（tax neutrality）原則為租稅經濟效率之最高指導原則。所謂租稅中立原則，係要求租稅的課徵應以不干擾市場經濟最適的資源配置，避免發生政府所收到租稅的貨幣價值，低於人民因繳納租稅所產生不快樂感覺的貨幣價值，而發生租稅的無謂損失（dead weight loss）或超額負擔（excess burden）。任一租稅的課徵，若發生此種損失，則該租稅具租稅中立性。在立法上，租稅中立原則亦為立法者於制定賦稅法規之際所考量。如90年7月9日修正公布、91年1月1日施行之加值型及非加值型營業稅法第41條之修正立法理由為：「為促使進口貨物在國內流通或使用時，與國產貨物負擔相同之營業稅，俾國內產品與進口貨物立於公平競爭之地位，維護租稅中立原則，防杜逃漏，減少地下經濟及虛設行號之滋長，爰參照其他實施加值稅國家作法，將原條文第2、3項刪除。」即引用租稅中立原則作為立法之方向。蘇永欽大法官在司法院釋字第696號解釋部分不同意見書提及：「財政學上對於稅制的評價有深入的討論，主要考量的無非是稅負公平、租稅中立、經濟調適性和稽徵效率（包括程序的簡便、防制逃漏的成本等）」亦提及租稅中立原則為考量稅制之標準之一。可知租稅中立原則於立法上及司法解釋上之重要性。
２、依據連結稅制之相關法令，原告個別公司98年度之營業虧損3,811,868,849元既調減為0元，再合併中龍公司之營業虧損3,811,868,849元，因此供以後年度扣抵之合併虧損金額應為3,811,868,849元。查原告當期個別公司申報課稅所得額為虧損，然因當期所獲配之投資收益大於虧損金額，故依財政部66年函釋，原告當期個別公司並可供以後年度扣抵之虧損金額為0元，而非2,510,335,982元（即-5,853,996,616元+8,364,332,598元），亦即原告個別公司不可能因當期投資收益大於所申報虧損，即使原告有應課稅之所得額，而去侵蝕中龍公司之核定虧損，再者，原告當期並無投資收益，以原告個別公司之投資收益侵蝕中龍個別公司之虧損，亦不合理。另外，財政部66年函釋規定須將投資收益自核定虧損中先行抵減，該函釋本身即有變相取消關於投資收益免稅權利而有違反所得稅法第42條規定及兩稅合一稅制之疑慮，而被告據以將原告個別公司當期投資收益大於所申報虧損金額，因合併稅制之故而去沖減中龍公司所申報之虧損金額，則將更進一步變相形成原告當期獲配之投資收益形同應稅而有違所得稅法第42條規定外，亦將使原告與中龍公司因合併稅制之故致原告因適用連結稅制而產生超額租稅負擔之不利結果，實已有違反租稅中立性原則。次查，財政部99年7月16日台財稅字第09900181190號函(下稱財政部99年函)亦已明確揭櫫：「……母、子公司符合該條項規定要件可自當年度純益額中扣除之以前年度虧損金額應以個別公司為衡量基礎……。」可知被告以原告之投資收益為據而調減中龍公司虧損一事，顯已違反財政部前開函釋之見解，並造成原告增加租稅負擔，已與租稅中立原則相悖，洵堪認定。綜上，依據被告本件稅額之計算方式，原告98年度原為免稅之投資收益將侵蝕中龍公司之虧損，而導致較高之營利事業所得稅額，設若原告未採取連結稅制，反而應繳交之營所稅額將較低。而如上所陳，連結稅制之精神，非在於增加納稅義務人之稅務負擔，而係從經濟實質之角度，來避免公司因分設子公司而增加租稅負擔，詎料被告之計算方式，背道而馳，導致原告增加租稅負擔，原處分顯已違反租稅中立原則。
(七)被告原核定使選擇適用連結稅制申報之原告與子公司中龍公司，整體課稅結果反較採個別申報方式不利，與企業併購法設計連結稅制之立法目的背道而馳。查原告98年獲配免稅投資收益大部分來自於具有控制力之子公司，倘原告公司運用實質影響力延緩子公司股利匯回，使本應於當年分配之股利延至次年度再行支付，如此即可免除財政部66年函釋之適用，即無需繳納該部分之稅負。惟原告為大型上市公司，不採行取巧方式避稅，亦允許子公司股利匯回，承擔應有之稅負，然而，被告原核定將原告投資收益加回侵蝕中龍公司之虧損，不僅使原告本身虧損抵減權利喪失，亦使中龍公司原有的虧損抵減權利也併同喪失。蓋企業併購法之制定，係因應我國產業全球化之趨勢、提升產業國際競爭力與推動知識經濟發展，為鼓勵企業借重合併、分割及收購等行為，進行產業之調整與企業之轉型，所建立之企業併購與籌資法制，而連結稅制係規範於企業併購法中，其目的則在於透過母公司申報集團營利事業所得稅，達成減低稅負並撙節徵納雙方行政成本之政策目的。倘以本件原告因採用連結稅制反而造成稅負增加之不利結果，恐已違反企業併購法以及連結稅制設計的立法初衷。
(八)財政部104年10月8日台財稅字第10400650430號函（下稱財政部104年函），說明四合併營業虧損於適用所得稅法第39條第1項但書虧損扣除之計算方式，違反我國連結稅制計算採「所得的連結」之處理原則，與租稅法律主義有違：
１、財政部104年函復鈞院函詢事項之說明三敘明：「……『營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則』（下稱合併申報處理原則）第6點第1款規定，以各公司按所得稅法第24條規定計算之所得額，扣除依法律規定減免所得稅之所得額等項目後之餘額為連結基礎。是合併申報之各公司係個別調整減除免計入所得額之投資收益後，計算各公司之課稅所得額或虧損，再予以加總計算合併結算申報所得額或虧損。」等語，即在闡明處理原則第6點第1款所稱之「各公司課稅所得額」(即各公司營利事業所得稅結算申報書第1頁損益及稅額計算表之第59欄課稅所得額)係指調整投資收益後之課稅所得額，關於此點說明確合於我國連結申報稅制採取「所得的連結」申報概念。至若連結申報之各公司營利事業所得稅結算申報書第59欄皆為虧損，加總計算合併結算申報為虧損（即合併營業虧損，本件原告與中龍公司之情形即屬之），於適用所得稅法第39條第1項但書虧損扣除規定時，關於財政部66年函釋規定，其投資收益抵減虧損究應以各公司之投資收益分別抵減各公司虧損，再以各公司抵減後之虧損額合計數，自以後年度合併結算申報所得額中扣除？(各公司虧損額最高抵減至零為止，不會因抵減後產生課稅所得額，侵蝕其他連結申報公司之虧損額。)抑或以合併申報各公司之投資收益合計數抵減合併營業虧損後之餘額，自以後年度合併結算申報所得額中扣除？（此方式會造成個別公司投資收益抵減虧損後產生課稅所得額，侵蝕其他連結申報公司之虧損額。）關於財政部66年函釋於連結申報案件應如何適用，既欠缺法律明文規定，然依上述說明可知，我國連結稅制係採「所得的連結」申報概念，且連結前之所得額或虧損係各公司個別調整減除免計入所得額之投資收益後之課稅所得額或虧損。依此原則，連結申報案件於適用財政部66年函釋投資收益應先行抵減各該年度之虧損時，應以各公司之投資收益分別抵減各公司之虧損，再以各公司抵減後之虧損額合計數，自以後年度合併結算申報所得額中扣除。然前開財政部104年函之說明四卻援引該部66年函釋，於法無明文規定之情形下，自行創設合併申報公司虧損年度投資收益之抵減方式謂：「合併營業虧損於適用所得稅法第39條第1項但書虧損扣除規定時，仍應依上開本部66年函規定，先行減除合併申報各公司獲配免計入所得額之投資收益合計數後之餘額，自以後年度合併結算申報所得額中扣除。」云云，不僅已違反租稅法律主義，且與我國連結稅制所謂「所得的連結」申報概念不符，更使原告合併申報結果較之單獨計算稅額更為不利，有違司法院釋字第696號解釋意旨。
２、財政部既為本件訴願決定機關，於本件訴訟結果難謂無利害關係存在，難期待其解釋之中立。其對於法律適用所為解釋不應作為本事件裁判之依據。按「行政法院認為有必要時，得就訴訟事件之專業法律問題徵詢從事該學術研究之人，以書面或於審判期日到場陳述其法律上意見。」為行政訴訟法第162條第1項所明定。倘鈞院就本件所涉合併申報年度母公司投資收益抵減虧損計算方式，因稅法欠缺明文規定而認為有裁判適用認定之疑義，亦得循前開規定徵詢稅法專業學者之意見。至於財政部縱為稅捐稽徵上級主管機關，其對於稅法解釋及適用疑義所表示之專業意見固不能謂全無參考價值，然觀諸財政部104年函所出具之意見，其內容仍在重述其於本件訴願決定理由所持之法律見解，而此既為本件之爭點所在，自不能僅依財政部一方所持之意見為論斷。
(九)財政部99年函就「合併辦理所得稅結算申報之母子公司短漏報所得情節輕微適用盈虧互抵相關課稅規定」之核釋，亦屬母子公司合併辦理所得稅結算申報適用盈虧互抵課稅規定，其所揭櫫之課稅所得額認定計算方式，即係以個別公司為衡量基礎，此項原則適足為本件爭議解釋及認定之依據。申言之，上開財政部函釋意在闡明我國連結稅制係採所得連結制，合併申報之母公司與其持股90%以上之本國子公司係視為同一所得納稅主體，參與合併申報之各公司當年度課稅所得額及虧損額可相互抵銷，投資抵減獎勵可共同適用，以減輕其所得稅負擔。惟因各該公司仍具有獨立之法人人格並應單獨設立帳簿，且所得稅法第39條第1項但書規定適用以前年度虧損扣除之要件，係依個別公司訂定，故上開母、子公司符合該條規定要件可自當年度純益額中扣除之以前年度虧損金額應以個別公司為衡量基礎。此項財政部關於連結稅制虧損扣除所揭櫫之計算概念，於本事件爭議亦應一體適用，始符租稅公平及平等原則等情。並聲明求為判決：訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。
四、被告則以：
(一)查原告係自98年度起依企業併購法第40條規定，選擇以其為納稅義務人合併本國子公司即中龍公司辦理營利事業所得稅及未分配盈餘申報，則自98年起各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互抵銷，合併計算；合併計算後如仍為虧損者，即為合併營業虧損，得自合併營業虧損發生年度起10年內，從當年度合併結算申報所得額中扣除。本件原告及中龍公司98年度結算申報虧損各5,853,996,616元、3,811,868,849元，經被告合併計算核定虧損為9,652,252,257元之後，減除該年度原告及中龍公司合併計算非屬獲配合併申報公司間之投資收益8,364,332,598元及營運總部免稅所得114,890,409元之金額1,173,029,250元，認屬為合併營業虧損，並無不合。原告訴稱：應個別計算其與中龍公司98年度得扣減之營業虧損金額後，再合併方屬合併營業虧損乙節，按原告及中龍公司既自98年度起自行選定以連結稅制合併申報營利事業所得稅，則自98年度起有關合併結算申報營業虧損之扣除，自應遵照處理原則第5點、第6點辦理，即應以所得額、虧損額相互抵銷後合併計算營業虧損，又處理原則係基於法律具體明確之授權，係為合理計算應納稅額，作為徵納依據之目的而訂定，核與租稅法律主義並無牴觸，且未逾越法律授權之目的、內容及範圍，自得予以適用。原告所訴尚不足採。
(二)按財政部賦稅署104年3月25日臺稅所得字第10304049180號函復原告疑義略以：「……二、財政部66年函是否違反所得稅法第42條規定乙節，說明如下：（一）查所得稅法第39條第1項但書規定，係考量以年度為期限計算營利事業之所得，常使各年度盈虧變動較大之營利事業，負荷過重，爰採以往年度虧損後轉方式，對於帳冊齊全，申報正確者，予以優惠。次查同法第42條規定公司獲配國內其他營利事業之投資收益不計入所得額課稅，其目的係避免公司間轉投資收益重複課徵營利事業所得稅。（二）公司於虧損年度自國內轉投資事業獲配之投資收益屬當年度所得之一部分，雖依所得稅法第42條規定不計入當年度所得額課稅，嗣後年度依同法第39條第1項但書規定計算該虧損年度之核定可扣除虧損金額時，倘未加回該不計入所得額課稅之投資收益，將虛增可扣除之虧損金額，造成投資收益於取得年度及虧損扣除年度雙重獲益之情形，財政部66年函爰規定各虧損年度之投資收益，應先行抵減各該年度之核定虧損後，再以虧損之餘額扣除，以兼顧租稅公平並反映營利事業實際經營所得與納稅能力，其與所得稅法第42條避免投資收益重複課稅之目的無違。
三、有關採連結稅制計算合併營業虧損適用財政部66年函疑乙節，說明如下：（一）按金融控股公司法第49條及企業購法第40條有關合併辦理營利事業所得稅結算申報規定，係將金融控股公司或併購母公司與其持股90%以上之子公司，視為同一所得稅納稅主體，該納稅主體範圍內各合併申報公司之所得應予合計。次按『營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則』第5點規定，合併申報前，各公司經稽徵機關核定尚未扣除之前5年(現為10年)內各期營業之虧損，得依所得稅法第39條第1項但書規定，自各該公司當年度所得額中減除；惟自合併申報年度起，母公司及各子公司當年度營業所得額或虧損額，應相抵銷合併計算，其經合併計算抵銷之虧損額，不得再適用所得稅法第39條第1項但書規定；其合併計算後仍為虧損者，始得依所得稅法第39條第1項但書定於虧損發生年度起10年內，自當年度合併結算申報所得額中扣除。依上，合併申報虧損年度之投資收益，應抵減該年度合併之虧損後，以虧損之餘額依所得稅法第39條第1項書規定扣除，且抵銷之虧損不得再適用該但書虧損扣除規定，以避免虛增合併申報納稅主體之可扣除虧損金額。（二）另財政部93年7月5日台財稅字第0930453061號令規定，採連結稅制辦理合併申報之營利事業，依規定扣除前10年核定合併營業虧損時，合併申報各公司之投資收益合計數中，屬於獲配自合併申報公司間之投資收益部分，得免依財政部66年函先行抵減各該年度之核定合併營業虧損，與美國連結稅制消除合併申報公司間相關收入之原則，尚屬一致。」益證被告核定核無未妥，原告所訴，亦屬誤解。
(三)再查土地交易所得，係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅及證券交易所得依同法第4條之1停止課徵所得稅，均係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象；而本件將投資收益及營運總部免稅所得自核定虧損扣除，以作為原告實際虧損額，除為反映原告實際營業上之盈虧外，亦避免原告重複享受租稅優惠，且三者據以免納所得稅之法令規定不同，並各有其立法目的，是難比附援用有關土地交易所得甚或證券交易所得之規定，而免自核定虧損中扣除。
(四)至原告主張被告以其當期投資收益及免稅所得大於所申報虧損之金額，而去侵蝕中龍公司已核定之虧損金額，有違反租稅中立及企業併購法、連結稅制設計之初衷等節，按「公司併購形成完全控股關係時，通常於業務上係整體經營，實質上為同一公司，母公司如繼續持有90%股權達12個月以上，許其選擇合併報繳營利事業所得稅，將更能符合經濟實質之課稅原則，亦可減少徵納雙方對母子公司間有無非常規交易之爭議。爰參照金融控股公司法第49條之規定，於本條明定有關所得稅連結申報之規定。」為企業併購法第40條之立法意旨，可知連結稅制之設計，乃是鑑於集團企業下投資控股公司(母公司)與其高度持股之子公司，雖形式上之組織或法人人格獨立，然於經濟實質上實具有同一實體性，故許可其合併報繳，視為同一所得稅納稅主體。依此立法意旨，經授權訂定之處理原則，就合併申報營業虧損之扣除暨課稅所得額及應納稅額之計算，於第5點、第6點已規定，合併申報前（即97年度以前）各公司之個別營業虧損及投資收益，由各公司分別計算可供以後年度扣除之虧損額，並分別自各公司當年度所得額中扣除，自合併申報年度起（即98年度以後），各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互抵銷，合併計算。是本件原查將原告98年度非屬獲配合併申報公司間之投資收益8,364,332,598元，營運總部免稅所得114,890,409元，及98年度核定合併結算申報虧損9,652,252,257元，相互抵銷後核定前10年合併營業虧損本年度扣除額為1,173,029,250元，並無不合。次按「企業應慎重選用會計原則各期一致使用」為財務會計準則公報第8號第8條規定，且查企業併購法就符合得採合併報繳營利事業所得稅條件之企業，並無強制規定必須非採連結稅制申報不可，企業併購法第40條第1項「……而持有其子公司股份或出資額達已發行股份總數或資本總額90%者，得自其持有期間在一個課稅年度內滿12個月之年度起，選擇以該公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅申報；……。」規定甚明。是原告既自行選定以連結稅制合併申報營利事業所得稅，經被告依其選定方式計算課稅所得後，反稱被告核定違反租稅中立原則及企業併購法、連結稅制設計之初衷，顯無足採等語資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
五、經查：前揭事實概要欄所載各情，業經兩造分別陳述在卷，復有被告99年度營利事業所得稅結算申報核定清單、98年度營利事業所得稅合併結算申報核定通知書、99年度營利事業所得稅合併結算申報核定通知書及稅額繳款書、復查決定書、訴願決定書等附原處分卷足稽，堪予認定。兩造對於原告自98年度起依企業併購法第40條規定，選擇以其為納稅義務人，合併本國子公司即中龍公司辦理營利事業所得稅及未分配盈餘申報，99年度營利事業所得稅結算申報與子公司中龍公司採連結稅制合併申報之事實，並不爭執。而原告提起本件訴訟係以2個問題層次為訴求：⑴財政部74年函釋及76年函釋，對於停徵證券交易所得稅之證券交易所得及出售土地之免稅所得，規定不必於扣除核定虧損前先行減除，則相較於上開「免稅所得」之不具所得性質之投資收益，更無自核定虧損減除之理。財政部66年函釋為87年兩稅合一施行前之函釋，有關營利事業間之投資收益於所得稅法第42條第1項86年12月30日修正公布後，已全數不計入所得而由最終個人股東負擔相關稅負，營利事業間之投資收益不具所得性質益徵明顯，財政部66年函釋更無再適用餘地。上開函釋將免計入所得額之投資收益自核定虧損中先行抵減，將致被投資公司分配之稅後盈餘，於投資公司身上透過虧損扣抵先行抵減投資收益方式，造成重複課稅，而違反兩稅合一之立法目的，亦與出售土地之免稅所得等，不必於扣除核定虧損前先行減除之規定，顯相矛盾，並侵蝕納稅義務人可後抵以後年度應稅所得之金額，增加所得稅法第39條規定所無之限制，違反租稅法定主義。故而被告依該函釋將原告個別公司(中鋼公司)虧損年度(98年度)免計入所得之投資收益及免稅所得(8,364,332,598元＋114,890,409元＝8,479,223,007元，即兩造於審理時所簡稱之中鋼公司免計入所得額之投資收益85億元)抵減當期之核定虧損，造成原告實際可後抵之虧損額減少，而有違法。⑵退而言之，即便應適用財政部66年函釋，被告之計算亦有違誤。蓋依處理原則第6點第1款規定，個別公司應「分別」計算「各公司」之課稅所得額後，再予以合併計算所得額。本件98年度原告個別公司投資收益及免稅所得合計數(8,479,223,007元)大於核定虧損(5,840,383,408元，即兩造簡稱之58億元)，依處理原則第5點第2款後段規定，計算原告個別公司98年度營業虧損僅應扣減至0元，而中龍公司營業虧損既為3,811,868,849元(即兩造所簡稱之38億元)，則兩家公司98年度合併計算可供後抵之虧損應為3,811,868,849元(0元＋3,811,868,849元)，然被告卻將原告個別公司之投資收益除抵減原告個別公司之虧損外，復擴及於抵減子公司中龍公司之虧損，致原告合併申報可後抵之虧損僅餘1,173,029,250元(即兩造簡稱之11億元，計算式：（《-5,840,383,408元》＋《8,479,223,007元》＋《-3,811,868,849元》＝《-1,173,029,250元》），造成原告與子公司中龍公司合併申報之結果，較之單獨申報計算之稅額更為不利，有違租稅中立原則及司法院釋字第696號解釋意旨。茲分別論述如下：
甲、有關適用所得稅法第39條規定扣抵虧損時，應否將各期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損，其餘額方可自本年度純益額中扣除部分：
(一)按「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」所得稅法第39條第1項定有明文。次按「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（編者註：現為10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」則經財政部66年函釋在案。
(二)現行所得稅法之基本建制原則，基於「量能課徵」之目標，原則上將同一稅捐主體之全部所得均納入規範，並以「綜合計算」方式為稅基量化，且適用通用稅率。只在立法政策另有考量時，才將特定種類之稅捐客體例如土地交易所得及證券交易所得以免稅或分離課稅之方式，排除在綜合課徵之範圍。而所得稅法第39條所規範之盈虧互抵，在現行法制下被視為對營利事業之優惠，使營利事業打破週期計算稅額之限制，能在不同稅捐週期內之盈虧得以互補，其立法理由係以往年度虧損原則上不得列入本年度計算，但年度為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重。外國法例有將以往年度虧損後轉或前轉等方法，惟前轉使以往年度稅負不確定，且退稅手續繁瑣，殊非所宜，故本法採後轉辦法，並為建立藍色申報制度，對帳證齊全，申報正確者，予以優待。此等優惠當然必須針對「所得稅法中加總計算並適用通用稅率之綜合所得」才有意義，因此上述分離課稅之土地交易所得及免稅之證券交易所得，自然會排除在計算範圍內，此乃法理上之當然。至於轉投資收益所得部分，其在所得種類之歸屬上仍被劃歸為「營利所得」，而屬綜合計算並適用通用稅率之所得。不過因其在前階段被投資公司分配營利所得前，已課過一次營利事業所得稅，因此有「重複課徵」之問題產生，而有制定所得稅法第42條規定之規範需求，該條之規定內容，雖歷經多次變化（44年12月23日所得稅法第38條第2項規定：「前項收益，如係公司組織投資於其他事業之營利所得時，得僅以其50%數額，計入所得額課稅。」52年1月29日變更為所得稅法第42條規定：「公司組織之營利事業。投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者。其投資收益免予計入所得額課稅。」69年12月30日修正為：「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收之80%，免予計入所得額課稅。」86年12月30日修正之現行規定，其第1項為：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」），規範外觀也有「免稅」或「部分免稅」或「不計入所得額課稅」，但論之實質，以上歷次規定內容之真正規範本旨都是在「認知該等所得種類屬性應歸入『綜合計算並適用通用稅率』之一般所得」基礎下，達成「避免重複課稅」之目的。與「基於立法政策考量，針對特定種類稅捐客體之特殊性，自始將之自合併計算範圍中抽離，單獨給予免稅或單一特別稅率」之情形有別，因此在計算前後盈虧互抵時，仍應計入虧損之減項(最高行政法院102年度判字第111號判決意旨參照)。是以所得稅法第39條所稱之「虧損」，依同法第24條第1項規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；因同法第42條第1項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之核定數（虧或盈），並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條第1項但書規定時，自不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據。而所得稅法第42條始終建立在避免公司轉投資收益重複課稅之意旨上（消除營利事業階段重複課稅），則該投資收益部分雖免予計入所得額課稅，惟仍屬營利事業之所得，於計算年度營業之虧損時，自應將此收益計入判斷，始符「營業之虧損」之意義。財政部66年函釋符合所得稅法第39條所稱之「虧損」之意義，無違該條法律規定。原告主張財政部66年函釋於兩稅合一制實施後，已無適用餘地云云，尚有誤會。又該函釋：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年純益額中扣除前3年（現為10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」非指應將投資收益加入當年度純益額，並無重複課稅之虞，亦無違同法第42條投資收益不計入所得額課稅之立法設計；況依所得稅法第42條規定而獲實質免稅優惠之投資收益，因未計入當年度所得課稅，如於嗣後年度計算前10年核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，而有違租稅公平原則，故營利事業所得稅結算申報核定通知書上之各期核定虧損數須先減除投資收益部分，始為所得稅法第39條所稱之「營業之虧損」，財政部66年函釋核與前開法條立法本旨及精神相符，與租稅法定無違，無重複課稅及侵蝕抵稅權之虞，符合租稅公平原則。
(三)又土地交易所得係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅，證券交易所得係依同法第4條之1停止課徵所得稅，兩者均係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象，而投資收益則係依據所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之所得，其目的係因被投資公司已繳納營利事業所得稅，如再由投資公司將投資收益作為課稅所得合計，將產生重複課稅之情形，故投資收益仍具所得屬性，僅為避免重複課稅而不計入課稅所得，與土地交易所得及證券交易所得係基於政策考量而免稅，三者所得性質不同，尚無比附援引之餘地。因此，原告主張財政部74年函釋及76年函釋，對於停徵證券交易所得稅之證券交易所得及出售土地之免稅所得，規定不必於扣除核定虧損前先行減除，則相較於上開「免稅所得」之不具所得性質之投資收益，更無自核定虧損減除之理云云，亦無可取。
(四)綜上，原告以前詞主張被告不得將原告個別公司(中鋼公司)虧損年度(98年度)免計入所得之投資收益及免稅所得(8,364,332,598元＋114,890,409元＝8,479,223,007元，即兩造於審理時所簡稱之中鋼公司免計入所得額之投資收益85億元)抵減當期核定虧損云云，並非可採。
乙、關於原告與其子公司中龍公司採連結制合併申報，如何計算其投資收益抵減核定虧損部分：
(一)按「（第1項）公司進行合併、分割或依第27條至第29條規定收購，而持有其子公司股份或出資額達已發行股份總數或資本總額90%者，得自其持有期間在一個課稅年度內滿12個月之年度起，選擇以該公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅申報；……。（第2項）依前項規定選擇合併申報營利事業所得稅者，其合於規定之各本國子公司，應全部納入合併申報；其選擇合併申報，無須事先申請核准，一經選擇，除因正當理由，於會計年度終了前2個月內，報經賦稅主管機關核准者外，不得變更。（第3項）依前項規定經核准變更採分別申報者，自變更之年度起連續5年，不得再選擇合併申報；……。（第4項）依第1項規定合併申報營利事業所得稅者，其合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算、合併申報未分配盈餘及應加徵稅額之計算、營業虧損之扣除、投資抵減獎勵之適用、國外稅額之扣抵、股東可扣抵稅額帳戶之處理、暫繳申報及其他應遵行事項之辦法，由賦稅主管機關定之。」為行為時企業併購法第40條所明定。次按「五、營業虧損之扣除規定：(一)合併申報前，各公司經稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期營業之虧損(以下稱個別營業虧損)，得依所得稅法第39條但書規定，自各該公司當年度所得額中扣除。(二)自合併申報年度起，各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互抵銷，合併計算。其經合併計算抵銷之虧損額，不得再適用所得稅法第39條但書規定；其經合併計算後仍為虧損者(以下稱合併營業虧損)，得依所得稅法第39條但書規定，自合併營業虧損發生年度起5年內，從當年度合併結算申報所得額中扣除。」「六、合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算規定：(一)各公司依所得稅法第24條規定計算之所得額，扣除依法律規定減免所得稅之所得額及合於所得稅法第39條但書規定之個別營業虧損後之餘額，為各公司課稅所得額。(二)各公司課稅所得額之合計數，為合併結算申報所得額。(三)合併結算申報所得額，扣除合於所得稅法第39條但書規定之合併營業虧損後之餘額，為合併結算申報課稅所得額。(四)合併結算申報課稅所得額，依規定稅率計算之應納稅額，為合併結算申報應納稅額。」為處理原則第5點第1、2款及第6點規定。
(二)查，原告與其子公司中龍公司於98年度依所得稅法第39條及行為時企業併購法第40條規定，採連結稅制合併辦理營利事業所得稅結算申報，經核定當年度合併結算申報課稅所得額為虧損9,652,252,257元，嗣於99年度合併申報營利事業所得時，列報前10年（即98年度）核定合併營業虧損本年度扣除額為9,652,252,257元，惟經被告查得其列報之前10年核定合併營業虧損（即98年度合併營業虧損），依財政部66年函釋規定，應將免計入所得額之投資收益先行抵減核定虧損，故其可扣除虧損應為1,173,029,250元（即98年度合併申報課稅所得額-9,652,252,257元＋合併營運總部免稅所得114,890,409元＋合併投資收益8,364,332,598元），遂將99年度可扣除虧損調減8,492,836,215元，此有原告及中龍公司99年度營利事業所得稅結算申報核定清單、99年度營利事業所得稅合併結算申報核定通知書及稅額繳款書在卷（原處分卷第43-44、47、42頁）足證。則被告以原告及其子公司中龍公司98年度有不計入課稅所得額之合併投資收益及免稅所得合計8,492,836,215元，惟仍屬營利事業所得，於99年度計算實際營業虧損扣抵時，為免虛增營業虧損金額，乃依財政部66年函釋將核定虧損數先減除投資收益後計算實質之營業虧損扣除額，揆諸前揭規定及說明，被告該項核定處分並無違誤。
(三)原告稱被告除將原告個別公司虧損年度（98年度）免計入所得之投資收益及免稅所得先行抵減該期之申報虧損外，竟更調減合併申報子公司（即中龍公司）之核定虧損金額，使選擇適用連結稅制申報之原告與子公司中龍公司，整體課稅結果反較採個別申報方式不利，違背企業併購法設計連結稅制之立法目的及處理原則第5、6點規定，並違反租稅中立原則及司法院釋字第696號解釋意旨云云。惟查：
１、依金融控股公司法第49條之立法本旨，當母公司已持有子公司之股份達90%以上時，其法律形式上雖為個別之法人主體，但基於完全控股關係下，已近經濟上之同一實體，子公司與母公司內部部門無異，實應將母子公司視為同一實質經濟體看待，並在此基礎下決定該經濟體之稅捐，不宜因分設子公司而增加其租稅負擔，並減少租稅規避之現象。是於金融控股公司法第49條設有「所得稅連結申報」之規定，令母子公司得合併報繳營利事業所得稅，使能更符合經濟實質之課稅原則。即將集團視為單一經濟個體，一體適用所得稅法相關規定，並為企業併購法第40條所沿用，即為一般所稱之連結稅制。而採用所得稅連結申報，必須先算出個別納稅主體之所得額後，併計數個納稅主體彼此間得盈餘與虧損後，才得出此連結集團應負擔之總稅捐，故性質上屬於跨稅捐主體，准許其就彼此間所得之盈虧併計之稅捐優惠措施（所得稅法第16條亦類此設計）。是合併申報前（本件即97年度以前），各公司仍屬不同稅捐主體，其個別營業虧損及投資收益，由各公司分別計算可供以後年度扣除之虧損額，並分別自各公司當年度所得額中扣除；自合併申報年度起（本件即98年度以後），既將母子公司視為單一經濟個體，並就此單一經濟個體內各公司當年度營業之所得額或虧損額相互抵銷合併計算，而其經合併計算後仍為虧損者（即合併營業虧損），得依法自合併營業虧損發生年度起5年內，從單一經濟個體當年度合併結算申報所得額中扣除，則合併申報後欲適用所得稅法第39條計算此單一經濟個體營業上之虧損時，自應將該合併申報之單一經濟個體內所有投資收益合併計算，並計入此單一經濟個體之所得（如同一公司各部門不計入所得課稅之投資收益，皆屬公司之所得），以判斷此單一經濟個體實際營業上虧損，尚無得於併計數個納稅主體彼此間盈餘與虧損後，又重新回頭各別審認數個納稅主體之營業上虧損，做為計算合併營業虧損之基礎。況如前述，所得稅法第39條所稱之虧損扣抵係指實際營業上之虧損非帳面核定虧損，若如原告所述，以各公司之投資收益分別抵減各公司虧損（但有上限，即個別公司投資收益抵減上限為個別公司之虧損額，即投資收益抵減至虧損額為零止），再以各公司抵減後之虧損額合計數，自以後年度合併結算申報所得額中扣除，則依所設上限計算出之營業上虧損即非真實之營業虧損，亦會虛增合併虧損金額。舉例來說，前一年度(即合併申報第1年) 甲公司虧損10萬元，不計入課稅所得額投資收益50萬元、乙公司虧損30萬元，合併申報虧損40萬元；本年度若甲公司有所得40萬元，乙公司虧損10萬元，則依原告算法：本年度得扣除之前一年度合併營業虧損為30萬元（＝上限0元-30萬元），本年度合併申報所得為0元（＝40萬元-10萬元-30萬元），則前一年度甲公司之投資收益50萬元不僅未計入所得課稅，本年度因乙公司之虧損得於合併申報中於甲公司所得扣除，且前一年度合併之虧損亦得扣除，使合併申報之兩公司於取得收益年度及虧損扣除年度實質上有營業所得（前一年度合併營業所得10萬元＝50萬元-10萬元-30萬元；本年度合併營業所得30萬元＝40萬元-10萬元）卻無庸課稅。若依被告算法，本年度得扣除之前一年度合併營業虧損為0元（有所得10萬元＝50萬元-10萬元-30萬元），本年度合併申報為有課稅所得30萬元（＝40萬元-10萬元-0元），則前一年度投資收益不課稅（實際營業上有所得10萬元＝50萬元-10萬元-30萬元），但亦不侵蝕本年度應課稅所得30萬元。
２、至於原告稱被告之核定與所引處理原則第5、6點規定相違，適用法律錯誤乙事。惟依前引財政部經授權訂定之處理原則就合併申報營業虧損之扣除暨課稅所得額及應納稅額之計算。於處理原則第5點、第6點，可知合併申報前之營業虧損係隸屬於個別租稅主體，自應由個別公司之次年度所得額中扣除，至於合併申報後因併計數個納稅主體，彼此間所得與虧損互抵後方為合併主體之課稅所得或虧損，且依此計算後仍為虧損者方屬合併營業虧損，而得於合併申報後自次年度於合併納稅主體所產生之所得額中扣抵，則適用所得稅法第39條第1項但書規定之虧損扣除時，自係指「合併計算」後有營業上之虧損而言，此由上開處理原則第5點第2款規定即明。而原告主張「各公司應各自計算當年度營業之所得額或虧損額後」，再「將各公司計算出之所得額或虧損額相互抵銷」乙節，則因原告就「各公司應各自計算當年度營業之所得額或虧損額」之計算設有上限，則此無法反應合併主體真實營業上虧損，已詳如前述，故原告上開主張自不符「合併計算」後有營業上之虧損，無從依此認定營業上之虧損扣除額。況查，合併申報係於單一營利事業所得稅申報書第59欄位即開始連結，投資收益之加回係於第59欄位(課稅所得額)合併申報之所得或虧損核定後，為反應實際營業上虧損，以第59欄位為基準所為調整，自與原告所稱「於單一公司階段先加回，確定單一公司(即原告)的虧損金額後，始有連結作用發生」云云，不相符合。又原告稱我國連結稅制計算係採先個別計算課稅所得後，再連結計算合併課稅所得額（以本件為例：申報時並未消除中鋼與中龍二公司間之交易，僅將各公司個別計算之課稅所得加以連結，其概念僅止於公司合併申報納稅，並非公司合併為單一經濟個體）之概念，亦曾經稅捐稽徵機關於臺北高等行政法院101年度訴字第64號案件中明確肯認云云，惟上開案件旨在處理母子公司間之交易損益或投資損益是否應予消除，與本件虧損扣抵如何計算之爭點無涉，該案並經最高行政法院部分廢棄發回，無足為原告有利認定。
３、至於原告主張選擇適用連結稅制申報之原告與子公司中龍公司，整體課稅結果反較採個別申報方式不利，與金融公司控股法第49條、企業併購法、所得稅法第39條第1項及處理原則第5點、第6點設計連結稅制旨在於維護租稅中立之立法目的不合，且與司法院釋字第696號解釋揭示之「合併計算課稅時，較之單獨計算稅額，增加其稅負者，即與租稅公平原則不符」意旨相違云云。按，連結稅制著重經濟實質而不拘泥於法律形式，理論基礎在於租稅中立性，不應因同一企業主體設立不同子公司架構而有差異的租稅待遇，故允許併計數個納稅主體彼此間盈餘與虧損互抵後方為課稅所得或虧損，減少租稅負擔，原告採行連結稅制申報，其所得可當期扣抵子公司之虧損，並未增加其負擔，無違租稅中立。至於所得稅法第39條虧損扣抵之適用，既以計算實際營業上虧損為主，必以確實產生營業上虧損始有適用，尚非指經核定之虧損均得予以扣抵，原告認被告之算法使其子公司中龍公司之核定虧損遭侵蝕，致生額外租稅負擔之不利情形，尚有誤解。至司法院釋字第696號解釋係針對78年12月30日修正公布之所得稅法第15條第1項規定：「納稅義務人之配偶，及合於第17條規定得申報減除扶養親屬免稅額之受扶養親屬，有前條各類所得者，應由納稅義務人合併報繳。……。」（該項規定於92年6月25日修正，惟就夫妻所得應由納稅義務人合併報繳部分並無不同。）認為其中有關夫妻非薪資所得強制合併計算，較之單獨計算稅額，增加其稅負部分，違反憲法第7條平等原則而所為之解釋，此與營利事業可自由選擇母子公司是否依企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得結算申報者，甚且於選擇合併申報後，尚得依企業併購法第40條第2項規定於事後加以變更者不同，換言之，法律並未強制營利事業採取合併申報，則其合併申報與單獨申報二者間所生之稅負差異，核與司法院釋字第696號解釋之情形不同，自難相提併論。原告主張被告之核定方式侵蝕中龍公司之虧損，使其合併申報較單獨申報產生更不利結果，違反租稅中立及司法院釋字第696號解釋意旨云云，顯有誤會而非可採。
４、另原告主張財政部99年函就有關盈虧互抵課稅所得額之認定計算方式即係以個別公司為衡量基礎，則本件亦應本於同一精神計算扣抵虧損金額乙節。查，財政部99年函釋：「一、依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定選擇合併辦理營利事業所得稅結算申報之母公司及其各本國子公司，如有短漏報所得情事，於適用本部83年7月13日台財稅字第831601175號函、83年7月13日台財稅第000000000號函及85年10月2日台財稅第000000000號函有關短漏報情節輕微可適用所得稅法第39條以前年度虧損扣除規定之比例標準時，其申報扣除年度應以個別公司短漏報課稅所得額占該公司全年所得額之比例，其虧損年度應以個別公司短漏之所得額占該公司全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例判定。二、合併申報之母公司及其各本國子公司如不符合所得稅法第39條第1項但書規定適用以前年度虧損扣除之要件(以下簡稱盈虧互抵適用要件) 時，應依下列規定辦理：(一)合併申報年度，各公司當年度營業之所得額或虧損額相互抵銷、合併計算後仍為虧損者，虧損之公司當年度如有不符合盈虧互抵適用要件之情形，應以核定合併營業虧損額為準，按該公司當年度之核定營業虧損額占該年度合併申報各公司核定營業虧損額合計數之比例，計算不得依所得稅法第39條規定自以後年度核定合併結算申報所得額中扣除之虧損金額。(附釋例一) (二)合併申報年度，各公司當年度營業之所得額或虧損額相互抵銷、合併計算後有所得額者，有所得之公司當年度如有不符合盈虧互抵適用要件之情形，應以核定合併結算申報所得額為準，按該公司當年度之核定課稅所得額占該年度有所得之各公司核定課稅所得額合計數之比例，計算不得依所得稅法第39條規定扣除以前年度核定合併營業虧損額之所得金額。(附釋例二)」乃鑒於公司併購形成完全控股關係時，通常於業務上係整體經營，實質上為同一公司，所以企業併購法及金融控股公司法對於因併購而形成高度持股（達90%以上）之集團公司，可由母公司合併申報集團營利事業所得稅，個別公司之賺賠是採損益連結制，盈虧可互抵，所得稅負相對較輕，並可降低徵納雙方行政成本。惟公司採用連結稅制適用盈虧互抵仍需符合所得稅法規定之要件：包括須為會計師簽證、如期申報及短漏報情節輕微；而所謂情節輕微，於上開函釋發布時是指當年度個別公司短漏報的所得稅稅額在10萬元以下或者不超過20萬元並已主動誠實補報；或是短漏報課稅所得額占全年所得額比例不超過5﹪或不超過10%並已主動誠實補報者。現行實務一旦合併申報的母子公司出現短漏報情形，即不得享有盈虧互抵優惠，需各就其課稅所得申報繳稅，如該子公司數目眾多且互有盈虧時，反較未申請連結稅制更不利，使原立法美意大打折扣。為解決此一現象，財政部遂發布上開函釋從寬解釋，明確規定有關短漏報情節輕微可適用所得稅法第39條以前年度虧損扣除規定之比例標準時，其申報扣除年度應以個別公司短漏報課稅所得額占該公司全年所得額之比例，其虧損年度應以個別公司短漏之所得額占該公司全年核定可供以後年度扣除之虧損金額比例判定。故核此函釋與本件係計算合併申報可扣抵虧損數額之計算無關。故原告主張本件原告個別公司與中龍公司可自當年度純益額中扣除之以前年度虧損金額應以個別公司為衡量基礎，不應將原告個別公司投資收益擴及消除中龍公司之虧損，造成合併申報可後抵虧損減少云云，即非可採。
六、綜上所述，原告之主張既不足取，被告將原告申報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額調減8,492,836,215元，核定原告得扣除之營業虧損為1,173,029,250元，並無違誤。訴願決定予以維持，亦無不合。原告起訴意旨求為撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法核與判決結果不生影響，爰不再逐一論述，附此敘明。
七、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 105 年 2 月 3 日
高雄高等行政法院第一庭
審判長法官 呂 佳 徵
法官 吳 永 宋法官 簡 慧 娟以上正本係照原本作成。
一、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
二、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
三、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│（一）符合右列情形│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 之一者，得不│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 委任律師為訴│ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ 訟代理人 │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│（二）非律師具有右│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 列情形之一，│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 經最高行政法│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ 院認為適當者│ 。 ││ ，亦得為上訴│3.專利行政事件，具備專利師資格或││ 審訴訟代理人│ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合（一）、（二）之情形，而得為強制律師代理之例││外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出（二）所││示關係之釋明文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 105 年 2 月 3 日
書記官 凃 瓔 純