高雄高等行政法院判決
104年度訴字第42號民國104年9月16日辯論終結原 告 謝石泉、謝石潭及謝林秀月等3人共同經營之石安
牧場代 表 人 謝石泉訴訟代理人 李嘉典 律師
洪瑄憶 律師被 告 財政部高雄國稅局代 表 人 吳英世 局長訴訟代理人 盧錦緡
許金汶上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國103年12月29日台財訴字第10313971040號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：緣被告以原告謝石泉、謝石潭及謝林秀月等3人共同經營之石安牧場，未依規定期限辦理民國97年度營利事業所得稅結算申報，經滯報通知後，仍未於15日內補報，遂依行為時所得稅法第79條第1項規定，以查得之營業收入淨額新臺幣（下同）199,126,776元，按雞飼育業之同業利潤標準7％核算其營業淨利，並核定全年所得額計13,938,874元，補徵稅額3,474,718元，另依98年5月27日修正公布所得稅法第108條第2項但書規定，加徵怠報金90,000元。原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：
(一)本件被告並未先轉請行政院農業發展委員會（下稱農委會）表示專業意見，即擅自逕行核定系爭行政處分，系爭行政處分顯嚴重違反農業發展條例之規定及其立法意旨：
⒈農業發展條例業訂有諸多獎勵農民之優惠規定。其第3條第1
款規定：「農業：指利用自然資源、農用資材及科技，從事農作、森林、水產、畜牧等產製銷及休閒之事業。」另「農業動力用電費用，不採累進計算，停用期間，免收基本費。」「作農業使用之耕地依第33條及第34條規定移轉與農民團體、農業企業機構及農業試驗研究機構時，其符合產業發展需要、一定規模或其他條件，經直轄市、縣(市)主管機關同意者，得申請不課徵土地增值稅。」「作農業使用之農業用地及其地上農作物，由繼承人或受遺贈人承受者，其土地及地上農作物之價值，免徵遺產稅，並自承受之年起，免徵田賦10年。承受人自承受之日起5年內，未將該土地繼續作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用，或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用而再有未作農業使用情事者，應追繳應納稅賦。但如因該承受人死亡、該承受土地被徵收或依法變更為非農業用地者，不在此限。」「作農業使用之農業用地及其地上農作物，贈與民法第1138條所定繼承人者，其土地及地上農作物之價值，免徵贈與稅，並自受贈之年起，免徵田賦10年。受贈人自受贈之日起5年內，未將該土地繼續作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用，或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用而再有未作農業使用情事者，應追繳應納稅賦。但如因該受贈人死亡、該受贈土地被徵收或依法變更為非農業用地者，不在此限。」「家庭農場為擴大經營面積或便利農業經營，在同一地段或毗鄰地段購置或交換耕地時，於取得後連同原有耕地之總面積在5公頃以下者，其新增部分，免徵田賦5年；所需購地或需以現金補償之資金，由主管機關協助辦理20年貸款。」「農民或農民團體辦理共同供銷、運銷，直接供應工廠或出口外銷者，視同批發市場第一次交易，依有關稅法規定免徵印花稅及營業稅。」「農民出售本身所生產之農產品，免徵印花稅及營業稅。」分別為同條例第29條第2項、第37條第2項、第38條第1項、第2項、第41條、第46條、第47條所明定。此均係為落實農業發展條例第1條所揭櫫之「為確保農業永續發展，因應農業國際化及自由化，促進農地合理利用，調整農業產業結構，穩定農業產銷，增進農民所得及福利，提高農民生活水準，特制定本條例；本條例未規定者，適用其他法律之規定。」之立法旨趣。
⒉農業長期以來是中華民族發展之根基，加以未來農經貿易趨
向快速整合，農業已具高度自由化、國際化之趨勢。我國五千年來歷朝歷代均以農為國本，農業向來為中華民族發展之根基，此窺諸上開法條之內容可悉，政府於農業發展條例中訂有諸多獎勵農民之優惠規定，即係為確保農業之永續發展，落實以農立國之立法精神。而農業未來的發展，必須因應未來農經貿易趨向快速整合，具高度自由化、國際化之趨勢，例如：世界貿易組織（ＷＴＯ）、亞太地區「東協加Ｎ」及太平洋戰略經濟夥伴協定（ＴＰＰ）。今日之農業發展，業已無法仍以傳統守舊之模式為之，為因應全球農經貿易高度自由化、國際化，所需簽定之諸多國際多邊協定，將使農業面臨自由化、國際化所帶來之龐大壓力與嚴峻挑戰，各國政府有鑒於此，均規劃相關之農業保護及發展之配套措施，予以因應。以臨近之韓國及中國大陸對生產初級農產品(如雞蛋等，以下同)之農場、畜牧場或獨資合夥均免課徵營利事業所得稅，僅對於法人組織課徵營利事業所得稅。我國自加入WTO組織後，初級農產品未來勢將逐鹿國際市場，必將與來自中國大陸及韓國之廉價初級農產品爭奪國際市場。是以，如政府於此時反就初級農產品課徵營所稅，造成初級農產品之生產成本遽增，則我國初級農產品於國際市場，勢將完全喪失競爭力，毫無任何競逐能力：⑴韓國相關規定：農業所得不需繳交所得稅，但最近修法，自2015年1月1日起，將對年收入超過6億韓元（約新臺幣1,710萬元，匯率以1:0.0285計）之營農組合社團法人，年收入超過30億韓元（約新臺幣8,550萬元）之營業公司才需繳交所得稅。⑵中國大陸相關規定：新企業所得稅法規定，企業從事農林牧漁所得，免徵企業所得稅；從事高經濟農業如花卉、茶及飲料作物，香料作物，海水養殖及內陸養殖，則減半徵收企業所得稅。綜上可悉，政府應對生產初級農產品之農場、畜牧場或獨資合夥事業，維持並持續予以免徵營利事業所得稅之待遇，方能提昇我國初級億農產品業者於國際市場之生存及競爭力，俾能因應國際市場上與日俱增之競爭壓力。
⒊農業發展條例第3條規定：「本條例用辭定義如下：…三、
農民：指直接從事農業生產之自然人。四、家庭農場：指以共同生活需戶為單位，從事農業經營之農場。…八、農業企業機構：指從事農業生產或農業試驗研究之公司。」可知農業經營之組織類型，有農民、家庭農場（包含獨資及合夥），及公司組織之農業企業機構。我國政府現今農業施政主軸為：「輔導農民擴大經營規模、引入資金投注初級農業生產」此乃因我國農業經營率屬小農型態，長期以來，農業經營規模小、勞動力老化、競爭力低，生產受自然環境限制與影響，因此政府就積極引入代耕制度，農業經理人制度，以協助農民（農業經營者）引入勞動力，減少農地閒置，增加生產，並減少經營成本。是以，農業發展條例中即明定有「家庭農場」「農業產銷班」及「委託代耕」等制度，且農業發展條例第28條規定：「中央主管機關應訂定農業機械化發展計畫，輔導農民或農民團體購買及使用農業機械，並予協助貸款或補助。」同條例第30條規定：「主管機關應獎勵輔導家庭農場，擴大經營規模；並籌撥資金，協助貸款或補助。前項擴大經營規模，得以組織農業產銷班、租賃耕地、委託代耕或其他經營方式為之。」等，均係使農民得以運用各種穩健方式經營農業，換言之，如仍具「農民」身分，即均應得享受政府各種稅賦優惠或政策性輔導，此與具法人身分之農業企業機構者截然不同。參照上開農業發展條例之規範精神觀之，無論係一般農民、畜牧場或獨資合夥之農場等，其農業生產設備之擴充或資本之投入，均不應作為其課稅與否之認定基準。換言之，農業生產絕不得僅僅以投資金額及經營規模作為課稅基準。按，農委會對外宣示之長期施政目標，即在擴大農業經營規模，引入新式農機具或設備以提升生產效能，導入代耕或農業經理人制度，並因應科技及社會之發展，輔導農民採用有別於傳統通路之銷售方式(如網路行銷，契約生產或大賣場通路等)。今，農民如僅因採用與以往有別之銷售方式，或增加人手協助便利初級農產品之收成，或為提高食品安全、改善生產環境或效能，而引入新型設備等作為，即反遭稅捐機關違反上開農業發展條例所揭櫫之確保農業永續經營之立法精神，逕行課徵營利事業所得稅，將嚴重打擊農民及家庭農業（包括獨資及合夥事業）對農業繼續經營及投資之意願，且必將使我國農業發展之國際化、自由化原地踏步。申言之，農業經營方式及技術必須因應國際化、自由化之趨勢，與時俱進才有利基；即使財政部欲針對農業之課稅政策加以調整，亦理應仿照國外法例，對課稅之對象或基準，修法予以明確規範，方屬正辦，兼符依法行政之法治國精神。
⒋被告及訴願機關卻罔顧上開農業發展條例對原告等業者，原
本應賦予之諸多優惠規定，反違法逕行作成系爭違法之行政處分及訴願決定。查，原告長久以來秉諸上引農業發展條例之相關規定，均被認定屬自力耕作者畜牧業，應適用財政部每年訂頒之「自力耕作漁、林、牧收入成本及必要費用標準」內所規定之「…五、畜牧：各種畜牧收入（包含一般畜牧、養豬、生乳、蛋雞、肉雞、種雞、蛋鴨、種鴨、肉鴨、養蠶、鹿茸、乳鴿）均按調查之資料核定。成本及必要費用標準百分之一百。」之準則，做為課稅標準，換言之，原告販售雞蛋之收入性質應屬畜牧收入，依上開規定，原告之收入減除成本及必要費用100％後並無所得額，依上引農業發展條例及財政部每年訂頒之標準，原告多年以來依上開準則，均非財政部課徵營利事業所得稅之對象。次查，農委會為本件原告所從事之畜牧業之主管機關，被告於作成系爭行政處分前，理應先轉請農委會表示專業意見，在農委會未就上開課稅與否之疑義，表示專業意見前，被告不得專斷認定原告非屬自力耕作畜牧業。被告竟於未先轉請農委會表示專業意見前，罔顧農業發展條例長久以來對原告所明文授與之諸多優惠規定，蠻橫強行作成系爭違法之行政處分。農委會前業已明確認定，生產及銷售初級農產品之畜牧業者，均應予免課營利事業所得稅：農委會前於103年6月9日以農企字第1030711834號函覆原告：「二、有關反應因長期配合本會政策，擴大經營規模並改善設備從事飼養蛋雞生產雞蛋，卻被課徵營利事業所得稅……。三、本會認為生產及銷售初級農產品，均應免課稅。……本會將本於中央農業主管機關之立場，持續與財政部協商溝通，期能爭取對自力耕作初級農產品無論規模得免課營所稅，以建構更有利農業產業結構調整及促進農業發展之制度。四、……期能持續配合本會政策，共同為農業之永續發展而努力。」不僅明確認定生產及銷售初級農產品者均應免予課稅，且認為不應針對自力耕作畜牧業給予差別待遇，更重申該會歷年來之一貫見解，均認定初級農產品無論規模均應免課營利事業所得稅，方能落實農業發展條例揭櫫之確保農業永續發展之精神。換言之，原告長期以來既均遵循上開合法有效之法令，信賴政府認定原告確屬自力耕作之畜牧業，無需作營業登記，繳納營業稅，更不需繳納營利事業所得稅，原告之信賴利益應獲尊重及確保。財政部賦稅署前於102年4月30日曾就「按所得稅法第11條第2項業規範營利事業之認定原則，請提供近年來行政法院於個案將自力耕作漁林牧之態樣認定為營利事業之相關判決。」等事項，函詢轄下全國各地國稅局，嗣經財政部高雄國稅局彙整財政部臺北國稅局、財政部北區國稅局、財政部中區國稅局、財政部南區國稅局之意見後，以：「…經查各地區國稅局，尚無因畜牧場雞蛋產量、資金、設備等不同規模或基於產銷型態差異，而將該等畜牧場視為營利事業之案例，亦無因自力耕作漁林牧之個人認定為營利事業而經法院判決之個案資料」等節函覆財政部賦稅署，明確表明就畜牧業而言，目前尚乏視為營利事業予以課稅之前例可循，顯見本件被告擅行違背上引農業發展條例及相關法令之規定，對原本免課徵營利事業所得稅之原告，作成應予課徵營利事業所得稅之行政處分，且此一違法之行政處分，乃我國稅捐機關針對國內為數一千多家蛋農畜牧業者，認定需繳交營利事業所得稅之首例，顯見本件被告對原告所加諸之系爭課稅行政處分，嚴重悖於租稅法定主義及農業發展條例之立法精神，並與法治國之依法行政及權力分立原則相悖。
(二)本件復查決定及訴願決定，完全未查系爭處分業已違反平等原則及禁止差別待遇之原則。按「中華民國人民，無分男女、宗教、種族、階級、黨派，在法律上一律平等」此即憲法第7條所揭櫫之平等原則。參諸司法院釋字第547、584、596、722號解釋可知法規範是否符合平等權保障之要求，其判斷應取決於該法規範如有差別待遇，此差別待遇之目的是否合憲，其所採取之分類與規範目的之達成間，是否具一定關聯性而定，行政程序法第6條並已規定：「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇。」顯見行政機關之行政行為，亦應適用憲法第7條所明定之平等原則。再按，財政部前於69年8月26日台財稅字第37150號之函釋（下稱財政部69年8月26日函）中，早已明確揭示：不論漁撈業之規模大小或僱用員工人數之多寡，均應一概認定係屬自力耕作者漁撈業，免予課徵營利事業所得稅。且財政部前於104年7月22日函覆鈞院之函釋中，針對69年8月26日函釋意旨明確揭示：「考量漁撈作業或經營漁業之個人，不論出資人有無上船參加漁撈作業，均屬漁民，且由於漁船購置成本較高，非一般漁民可單獨出資購置，實務上漁民為分散風險，常與其他漁民互為出資合夥購置漁船，如僅就其所參加漁船作業之漁撈收入認屬個人自力之收入，而其餘投資漁船所獲漁撈收入則認屬投資收入，不僅過於苛細並徒增執行上之困擾，爰配合實務需求，就類此情形從寬認定漁民所獲漁貨收入於減除必要費用之餘額，直接歸課個人綜合所得稅，免徵營利事業所得稅。」等情，顯見上開函釋真意，並非以漁撈業之規模大小或僱用員工人數之多寡做為認定應否課徵營利事業所得稅之依據，反係直接揭示漁撈業屬自力耕作者，無論投資及規模大小，均應一律適用財政部所部頒之「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」，成本及費用標準為收入之100％，免予課徵營利事業所得稅。綜上可悉，農、牧業者與漁撈業者之產業類型及體質均十分相近。是故本件原告既屬自力耕作之農、牧業者，自亦應得援依平等原則及禁止差別待遇原則等之法治國原理原則，與漁撈業者同等一體適用上開函釋意旨，免徵營利事業所得稅。
(三)系爭行政處分、復查決定及訴願決定，違背法律保留原則及租稅法定原則：
⒈按司法院釋字第443號解釋明確揭櫫法律保留原則係指國家
公權力限制人民之權利義務時，需以法律或經法律授權之法規命令為之，而租稅法定主義，則係指政府需以法律明文規定課徵名目與額度後，方得命人民繳交稅款，此亦源於法治國原則（司法院釋字第217、413號解釋參照）。故政府之稅捐稽徵機關需根據法律或經法律授權之法規命令，明定課稅之範圍後，始得對人民賦予課稅處分。次按，所得稅法第11條第2項規定：「本法稱營利事業，係指公營、私營或公私合營，以營利為目的，具備營業牌號或場所之獨資、合夥、公司及其他組織方式之工、商、農、林、漁、牧、礦冶等營利事業。」同法第14條第1項第6款之規定：「個人之綜合所得總額，以其全年下列各類所得合併計算之：…第六類：自力耕作、漁、牧、林、礦之所得：全年收入減除成本及必要費用後之餘額為所得額。」上開法條均非以規模大小或聘僱員工人數多寡，作為認定各行各業應否課徵營利事業所得稅之標準。又監察院前於102年5月10日函詢財政部：「貴部對於從事飼養蛋雞生產雞蛋之畜牧場…如何區分畜牧場係自力耕作、漁、牧、林、礦應徵個人綜合所得稅，或屬營利事業而應徵營利事業所得稅？有何具體明確之認定標準或法令、解釋函可供參照（例如聘僱員工人數、經營規模大小）？」之內容可悉，監察院於上開函詢意旨中，明確揭櫫財稅機關於無具體明確之法令依據前，絕不得擅以規模大小或聘僱員工人數多寡，作為擅行課徵原告營利事業所得稅之憑據，以落實租稅法定主義之精神。被告係於101年8月17日首度至原告現場勘查經營情狀，卻僅憑101年8月17日之勘查紀錄，回溯推斷距上開勘查日4年前之97年間，原告之經營規模非屬自力耕作畜牧業，進而將原告代表人謝石泉97年度之銀行帳戶內之款項，逕自認定均屬原告97年販售雞蛋之收入，足徵被告純係以想像推測之方式，違法強加課徵原告以系爭營利事業所得稅。
⒉次查，揆諸財政部南區國稅局前於98年1月19日回覆原告之
內容：「您所詢問關於牧場未加工農產品是否需開立免稅發票案，回覆如下：一、依加值型及非加值型營業稅法第29條規定，專營同法第8條第1項第19款未經加工之生鮮農、漁、牧產物、副產物之免稅貨物者，得免辦營業登記。二、依同法施行細則第16條之3第2項未經加工之生鮮農、林、漁、牧產物、副產物係指下列情形之一者：（一）未經加工之農、林、漁、牧原始產物及副產物。……（三）其他經財政部會同行政院農業委員會認定者。三、台端所營如符合前揭法令規定，即可使用農漁牧收據來作為交易記錄證明。」可悉原告僅需以農漁牧收據，即得為交易紀錄之證明，依法免徵營利事業所得稅，免辦營業登記，亦免開立發票，益徵被告於毫無法令依據下，逕自憑其自由心證，對原告回溯自97年起補繳營利事業所得稅，顯與租稅法定主義相悖。
⒊再查，依所得稅法第14條第1項第6款規定之「自力耕作、漁
、牧、林、礦之所得…」規定中所謂之「自力耕作」，文義解釋上並未限於「僅限一人耕作」，殆無疑義，則被告豈能違法以原告為合夥事業為由，即違法認定原告非「自力耕作畜牧業」，而不得適用上開所得稅法第14條第1項第6款之規定，免徵營利事業所得稅？是以，系爭行政處分、復查決定及訴願決定，均明顯悖於上引法治國之法律保留原則、租稅法定原則。
(四)本件處分違反信賴保護原則：⒈司法院釋字第525、529、574、589、605號等解釋，已一再
宣示凡公權力之行使涉及人民之信賴利益而有保護必要時，均應有信賴保護原則之適用，行政程序法第8條亦規定：「行政行為，應以誠實信用方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。」，換言之，所有國家公權力之行使，包含行政行為，均應遵守信賴保護原則。次按司法院釋字第589號解釋更明確揭櫫：「法治國原則為憲法之基本原則，首重人民權利之維護、法秩序之安定及信賴保護原則之遵守。行政法規公布施行後，制定或發布法規之機關依法定程序予以修改或廢止時，應兼顧規範對象信賴利益之保護。受規範對象如已在因法規施行而產生信賴基礎之存續期間內，對構成信賴要件之事實，有客觀上具體表現之行為，且有值得保護之利益者，即應受信賴保護原則之保障。」之意旨。財政部台財訴字第791342058號訴願決定書亦揭示：「海關在未給予國內造紙場合理的事前通知下，遽予改變作業方式，致國內造紙廠於本部上揭函令公告前已申請進口之捲桶牛皮紙因不克調整將無法免稅放行，訴願人基於信賴海關前揭權宜行政行為將遭受措手不及的利益損害，核與租稅信賴原則有違，原處分雖無違法，惟系爭來貨係在本部上接函令公告前申報廢紙進口案件，在行政措施改變未公告週知前遽予改變稅則課稅，核屬欠當，除非經原處分機關查明來貨有轉售之事實，應予認定為非廢紙，否則，不宜以堪用品課稅，是本案原處分撤銷，由原處分機關查明後另為處分。」之意旨。
⒉農業發展條例於第47條明文規定：「農民出售本身所生產之
農產品，免徵印花稅及營業稅。」加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第8條第1項規定：「下列貨物或勞務免徵營業稅：…十九、飼料及未經加工之生鮮農、林、漁、牧產物、副產物；農、漁民銷售其收穫、捕獲之農、林、漁、牧產物、副產物。」財政部66年7月30日台財稅第35012號函：「凡個人從事畜牧、水產養殖等生產，應僅對其所得課徵個人所得稅，不視為營利事業辦理營利事業登記，亦不課徵營業稅及營利事業所得稅。」財政部69年8月26日函釋：「獨資或合夥購置漁船，經營漁撈業者，不論漁船噸位多寡及船主或合夥人有無參加漁撈作業，其出售捕獲魚貨之全部收入，自69年度起免徵營利事業所得稅，由稽徵機關依查得之魚貨收入資料按部頒各該年度『自力耕作、漁、牧、林、礦所得減除必要費用標準』所訂捕魚部分之費用標準核計所得額並依其分紅比例，歸戶課徵個人之綜合所得稅。」所得稅法第14條第1項規定：「個人之綜合所得總額，以其全年下列各類所得合併計算之：第六類：自力耕作、漁、牧、林、礦之所得：全年收入減除成本及必要費用後之餘額為所得額。」財政部102年2月27日訂定「101年度自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」第5條規定：「畜牧：各種畜牧收入（包括一般畜牧、養豬、生乳、蛋雞、肉雞、種雞、蛋鴨、種鴨、肉鴨、養蠶、鹿茸、乳鴿），均按調查之資料核定，成本及必要費用為收入之百分之一百。」及改制前高雄縣政府前於98年1月15日以府農畜字第098001616580號函覆謝石泉：「二、經查台端已領有畜牧場登記證書（石安牧場，農畜牧登字第202171號），若符合前述規定則為該條例所定義之農民」此外農委會102年5月13日農牧字第1020213774號函覆被告所屬岡山稽徵所及高雄市政府農業局102年6月6日高市農畜字第10231555100號函覆謝石泉均謂：「…『自力耕作畜牧業個人』與『畜牧場』所登記之負責人與主要管理人雷同，應無區別。」另農委會93年11月18日農牧字第930154670號函覆謝石泉謂：「二、查『農業發展條例』第47條規定：『農民出售本身所生產之農產品，免徵印花稅及營業稅。』，準此，貴牧場出售本身所生產之農產品（雞蛋），應可適用該條例免稅規定。」及農委會103年6月9日農企字第1030711834號函復原告，均採相同見解。綜上可悉，依上引各項法規以及各級行政及稅捐稽徵機關之法令函釋之內容，在在印證原告確屬自力耕作之畜牧業，絕無疑義。
⒊謝石泉、謝石潭及謝林秀月均具農民身份，3人共同出資為
一般之合夥，所共同經營之石安牧場於89年6月為牧場登記，領有畜牧場登記證書（農畜牧登字第202171號），原告長期以來均遵循上引法令函釋之見解，信賴政府認定原告確屬自力耕作畜牧業，並不須作營業登記，繳納營業稅，亦不須繳納營利事業所得稅，盡心盡力響應政府發展農業之政策，因之雖畜牧業之經營環境日益困頓，惟原告仍願堅持百忍，年年投入資金及人力，戮力研發改良蛋品，尤於國內近年各食安問題頻生之情形下，原告更期能生產國人得以安心食用，衛生安全無虞之蛋品，以確保國人之身體健康為最高職志。但被告於103年間，竟罔顧上引信賴保護原則，僅憑其主觀之行政裁量，認定原告應回溯自97年起補繳營利事業所得稅，造成原告原已陷入經營瓶頸之畜牧業，經營成本大增，數十年來所苦心孤詣慘澹經營之心血及堅守食安之決心，遭逢前所未有之挫敗，恐將自此付諸流水。
⒋退萬步言之，政府至少本應先訂定過渡期間之條款，方符合
法制。按，依司法院釋字第605號解釋意旨：「中華民國88年11月25日修正發布之公務人員俸給法施行細則第15條第3項修正規定……，並另以指定施行日期方式，訂定過渡條款。衡量此項修正……已顧及憲法上之信賴保護原則，與平等原則亦尚無違背。」其理由書並已明確認定：「任何行政法規皆不能預期其永久實施，然行政法規發布施行後，訂定或發布法規之機關依法定程序予以修改，應兼顧規範對信賴利益之保護。其因公益之必要修正法規之內容，如人民因信賴舊法規而有客觀上具體表現信賴之行為，並因法規修正，使其依舊法規已取得之權益，與依舊法規預期可以取得之利益受損害者，應針對人民該利益所受之損害，採取合理之補救措施，或訂定合理之過渡條款，俾減輕損害，以符憲法保障人民權利意旨。」是以如人民原本依信賴保護原則應受保護之利益遭剝奪時，則此等法律秩序之變更，政府本應訂定合理之過渡條款，方符信賴保護原則之本旨。原告等長期以來，依法本均被認定為一自力耕作畜牧業。詎料，在立法機關及行政機關猶尚未就上引原告所長期信賴且現仍有效存在之法令函釋予以修正前，被告竟違法改認定原告為應課徵營利事業所得稅之業者，違反信賴保護原則。
(五)最高行政法院62年判字第52號判例意旨：「如納稅義務人未依法自行辦理結算申報，經調查發現補徵應納稅額者，主管機關仍應就查得之資料核實計徵，始符課稅公平之原則。」則被告應以具體「查得之資料」憑以核定原告之稅負，然本件被告竟於未查得具體實據下，直接以同業利潤標準核定原告之所得額，並課徵營利事業所得稅，違反上述判例意旨及所得稅法第79條第1項之規定。原告係銷售「雞蛋」之自力耕作農牧業者，然被告竟恣意援引「雞飼育業」之同業利潤標準，認定原告應適用上開同業利潤標準核定營業淨利，罔顧「雞蛋業者」與「雞飼育業」實係兩種完全不同行業別之事實。退萬步言之，被告102年4月3日財高國稅岡營字第1020432137號函：「依98年5月27日修正前之所得稅法第71條規定，獨資、合夥組織之營利事業，需先辦理營利事業所得稅結算申報，計算及繳納應納之結算稅額，其盈餘總額再歸課資本主或合夥人綜合所得稅，並由資本主或合夥人申報扣抵該盈餘總額所含之稅額；另修正後之年度，仍應辦理營利事業所得稅結算申報，無須計算及繳納應納之結算稅額，其營利事業所得額，應由資本主或合夥人列為營利所得，課徵綜合所得稅。」之內容可悉，獨資、合夥組織之營利事業者之納稅義務人，依修正後之新法，僅需課徵綜合所得稅，而不需課徵營利事業所得稅，被告完全未鑒及此，卻仍逕自以「雞飼育業」之同業利潤標準對原告課徵營利事業所得稅，應屬違法。
(六)被告前於所提出之補充答辯狀中，片面濫言主張：「因陳佳欽牧場及宏昇畜牧場，均係查定課徵之小規模營業人，故非營利事業所得稅之申報對象」等語云云。然依被告補充答辯狀之附件4可悉，陳佳欽牧場之佔地面積為0.6654頃（即665,4平方公尺，即兩千餘坪），雞舍15棟，蛋雞33,270隻，如此經營規模，豈可謂之小規模營業。稅捐稽徵單位竟僅查定其每月銷售額僅為54,545元，並擅行片面認定其屬小規模營業人，無需課徵營利事業所得稅。試問，如依稅捐稽徵單位認定之方式，陳佳欽牧場中每隻蛋雞，每月所能生產之銷售額豈非僅為1.639元（計算式：54,545元÷33,270隻蛋雞＝1.639元），此等認定標準悖於社會通念，益徵被告就本件均無法援引任何具體客觀明確之標準，做為課稅之依據，反僅憑自由心證，率爾認定陳佳欽牧場為小規模營業人，無需課徵營利事業所得稅。尤其所得稅法第14條第1項第6類所載之自力耕作者，依文義解釋，從未限定「僅限一人耕作」方屬自力耕作者，被告豈能憑一己之自由心證，認定原告非自力耕作者。
(七)本件被告針對原告回溯5年課徵營利事業所得稅之行政處分，顯具重大違法之失：
⒈被告於上引狀紙中所列舉之應課徵營利事業所得稅之客體，
與本件之情形，迥然有異。查，被告於所提出之補充答辯狀中，陳明「陳佳欽牧場、宏昇畜牧場（96年至99年）為查定課徵之小規模營業人，無須課徵營利事業所得稅。又嘉利德生產科技有限公司、牧大蛋品行、保證責任高雄市家禽品生產合作社及保證責任中華民國雞蛋運銷合作社，均已申報96年至100年度營利事業所得稅，而無回溯核課5年營利事業所得稅」等語云云。惟查，被告所舉之「嘉利德生產科技有限公司、牧大蛋品行、保證責任高雄市家禽品生產合作社及保證責任中華民國雞蛋運銷合作社」均已申報營利事業所得稅等情，其課徵之對象，顯與原告迥不相侔。蓋，上開嘉利德生產科技有限公司等均為販賣蛋品之公司、合作社等，而非初級農產品之生產者，依公司法等相關規定本應向主管機關登記，並向稅捐稽徵單位辦理稅籍登記後，方得營業，因之，稅捐稽徵單位依法向上開嘉利德生產科技有限公司等課徵營利事業所得稅，自符法律之規定。反觀原告長久以來均係未加工之初級農產品之自產自銷者，依營業稅法第8條第1項第19款及第29條之規定，並無需向國稅局辦理稅籍登記。換言之，被告所舉之嘉利德生產科技有限公司等係法人組織，具獨立人格，而原告係非法人組織之農、牧業者，未具獨立人格，乃自產自銷初級農產品之「自力耕作者」，兩者之本質迥然不同，原告依上引營業稅法之規定，自無需向國稅局辦理稅籍登記。再查，我國農業主管機關農委會前於104年4月10日以農企字第1040012297號函覆鈞院時，業已就本件明確表達專業意見：「非法人之農、牧場，其自產自銷之初級農產品，屬自力耕作之範疇，故領有畜牧場登記證書非屬法人之蛋農（按，原告領有畜牧場登記證書：農畜牧登字第202171號，乃自力耕作之蛋農），本會認為應適用財政部每年訂定『自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準』，免予課徵營利事業所得稅。」益徵原告長久以來均依法被認定係自力耕作者，絕非營利事業所得稅之課徵對象。
⒉我國現行法律中，並無以聘僱員工人數多寡、經營規模大小
，作為認定是否屬於營利事業之規定，被告焉能片面擅行以員工人數多寡或經營規模，率爾認定原告係屬營利事業？次查，原告長年以來賡續投入難以數計之生產成本，藉以提昇其等所生產蛋品之品質，被告豈能僅以原告之員工數多寡，即率爾認定原告為營利事業，並強行認定原告自96年起即非屬自力耕作者，應回溯5年課徵營利事業所得稅。末查，被告於補充答辯狀中，既業已明確陳明就其所列舉之陳佳欽牧場等人，均無回溯5年課徵營利事業所得稅等情，則被告單就原告強行回溯5年課徵營利事業所得稅，應屬違法。
(八)原告數十年來均因長期信賴遵循財政部每年所訂頒之「自力耕作漁、林、牧之所得及必要費用為收入之百分之一百」之標準，認定己身無需繳納營利事業所得稅，故原告長期以來並未設置帳簿。況查，原告並非「稅捐稽徵機關管理營利事業會記帳簿憑證辦法」所應規範之對象，自亦無相關會計資料，而得於被告所規定之限期內申報，惟，被告均未就上情予以衡之，竟仍依所得稅法第108條第2項之規定，加徵原告應繳納怠報金之行政處分，則系爭行政處分、復查決定及訴願決定之認事用法，均有違誤。
(九)財政部104年7月22日以台財稅字第10400589600號函覆鈞院：「所得稅法施行細則第17條第1項規定，納稅義務人有完備會計紀錄及確實憑證者，應依申報數核實減除；其無完備會計紀錄及確實憑證者，稽徵機關得依本部核定之標準調整之。為利徵納雙方計算前開所得額，由各地區國稅局依同條第2項規定擬定『自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準』，報請本部核定。本部前鑑於個人自力經營者，均未記帳且多屬虧損情形，爰從寬訂定畜牧自力耕作者之成本及費用標準為收入之100％。」可悉，財政部長期以來，均肯認自力耕作之農、林、漁、牧等業者皆屬長期深陷經營困境之行業，故設定自力耕作者之成本及必要費用標準為收入之100％，藉以扶植自力耕作之農、林、漁、牧等相關業者，期能落實我國農業發展條例所揭櫫之確保農、林、漁、牧業之永續發展之立法精神。原告長期以來，依我國農業最高主管機關農委會之專業認定，係屬自力耕作之農、牧業者，，此參諸農委會前於104年4月10日以農企字第1040012297號函覆鈞院：「本會本於中央農業主管機關之立場，認為非法人之農、牧場，其自產自銷之初級農產品，屬自力耕作之範疇」之意旨，顯見原告確屬自力耕作之農、牧業者，而非營利事業，自更無適用所得稅法第21條及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第1條第1項之規定，設置帳簿之必要等語。並聲明求為判決原處分（含復查決定）及訴願決定均撤銷。
三、被告則以：
(一)查石安牧場係由負責人謝石泉與合夥人謝石潭及謝林秀月等3人於65年設立（牧場登記），並取得畜牧場登記證書，渠等3人具有農民身分，從事蛋雞飼養及雞蛋銷售，依網路及媒體資料，該牧場投入大量資金，並以現代化設備飼養蛋雞，除擁有亞洲第一台洗蛋機(12道洗、選蛋嚴格流程)，並以高科技血蛋檢測，16道分級篩選，全自動化設備包裝，雞蛋年產量5仟600萬顆，僱用牧場經理、場長等協助處理牧養事宜，銷售通路為聯華食品工業股份有限公司（下稱聯華食品公司）、好市多股份有限公司（下稱好市多公司）及統一超商股份有限公司（下稱統一超商公司）等，另亦設有銷售網站，論其營運規模及方式，應已符合所得稅法第11條第2項所稱之營利事業，其所得應課徵營利事業所得稅。又從「臺灣農產品安全追溯資訊網」查詢產銷履歷生產者載有「石安牧場」，核屬組織方式為農業經營業者，與僅以個人自力耕作從事農、林、漁、牧業尚屬有別，即與所得稅法第14條第1項第6類規定及財政部66年7月30日台財稅第35012號函釋情形尚有不同，其屬所得稅法第11條第2項規定之其他組織型態，該牧場所得應依所得稅法規定課徵營利事業所得稅，原告經催報後逾期仍未辦理營利事業所得稅結算申報，被告乃依查得營業收入199,126,776元，按同業利潤標準淨利率7%計算營業淨利為13,938,874元，核定全年及課稅所得額為13,938,874元，應補稅額3,474,718元，並加徵怠報金90,000元，揆諸首揭規定，洵無不合。
(二)第查，本件原告從事飼養蛋雞及銷售雞蛋所得，係屬營利事業所得稅課稅範疇，暨其以組織方式從事飼養蛋雞及銷售雞蛋應予課稅之事證，分述如下：
⒈一貫化設備及規模面：原告於85年引進歐、美、荷全自動化
作業生產系統後，投入大量資金，並以現代化設備飼養蛋雞，除擁有亞洲第一台洗蛋機(12道洗、選蛋嚴格流程)，並以高科技血蛋檢測，16道分級篩選，全自動化設備包裝，雞蛋(品名：領鮮蛋)年產量5仟600萬顆。被告為求慎重於101年8月17日派員前往現場實勘，確係由負責人及親屬等3人共同經營，擁有2座德製全密環控自動養產設備，全密閉式環保雞舍及全密閉水廉式生產溫層，採全自動化設備洗蛋、選蛋及包裝，具備餵食、防疫、產銷一貫作業流程之產業規模，論其規模，自與自力耕作農、林、漁、牧業之個人有別，且該牧場經營期間未有向主管機關報備停歇業情事，由耗費鉅資投資設備，且具相當耐用年限之特性而論，自購入一貫化設備後應屬持續經營。
⒉僱用員工面：依勞工保險局101年8月23日保承資字第101611
17290號函檢送原告96年1月至100年12月勞工保險單位被保險人名冊，可查得原告已為員工固定投保薪資，且經原告101年8月17日現場勘得確僱用30名員工協助處理牧場事宜，並設有牧場場長、經理負責對外事宜，是原告確為有組織且有僱用員工從事生產之事實，自非屬農民個人生產銷售型態。⒊資金面：經查核原告之代表人謝石泉96年至100年資金往來
資料，每月均有聯華食品公司、好市多公司等大額資金存入謝石泉及合夥人謝石潭及謝林秀月帳戶，96年至100年共計16億餘元，經謝石泉等3名合夥人於101年7月19日出具說明書表示存入3人帳戶之資金為原告收入，故論其收入規模自與個人自力耕作有別。
⒋銷售通路面：除聯華食品公司、好市多公司及統一超商公司
等知名大賣場外，原告另經營網站交易，商品包括領鮮蛋及加工食品，領鮮蛋之訂購及付款帳戶為原告。
⒌綜上，不論原告之營運規模及經營方式，皆符合所得稅法第
11條第2項有關「營利事業」定義之規定，至所得稅法第14條第1項第6類，係以個人「自力耕作、漁、牧、林、礦之所得」為綜合所得稅之課稅類別，該牧場合夥人雖具農民身分，然其牧場經營所得，尚需長期僱用人員協助及使用高科技設備方得以成就，即以組織方式從事畜牧為業，已難謂其所得為「自力耕作、漁、牧、林、礦之所得」或個人從事畜牧、水產養殖等生產之所得，即與財政部66年7月30日台財稅第35012號函釋情形迥然不同，應依所得稅法第11條第2項規定暨財政部101年11月8日台財稅字第10100192940號函釋意旨課徵營利事業所得稅；至財政部69年8月26日函及66年7月30日台財稅第35012號函釋，僅在於闡明不符合營利事業定義之獨資或合夥購置漁船，經營漁撈業者，與個人從事畜牧、水產養殖等生產，免徵營利事業所得稅，僅對其所得課徵綜合所得稅，與本件原告因符合營利事業之定義，應予課徵營利事業所得稅有別，尚難援引適用，是原告所訴，顯難採據。
(三)至稱財政部69年8月26日函，不論漁撈業之規模大小或僱用人數之多寡，均一概認定係屬自力耕作者漁撈業。惟被告逕以原告有聘僱員工及經營規模較大為由，自行認定為營利事業，並課徵營利事業所得稅，有違平等及禁止差別待遇原則乙節，查該函釋規定獨資或合夥購置漁船，經營漁撈業者，不論漁船噸位多寡及船主或合夥人有無參加漁撈作業，其出售捕獲魚貨之全部收入，免徵營利事業所得稅，由稽徵機關依查得之魚貨收入資料按部頒標準核計所得額課徵個人綜合所得稅，係考量參與漁撈作業或經營漁業之個人，不論出資人有無上船參加漁撈作業，均屬漁民，且由於漁船購置成本較高，非一般漁民可單獨出資購置，實務上漁民為分散風險，常與其他漁民互為出資合夥購置漁船，如僅就其所參加漁船作業之漁撈收入認屬個人自力之收入，而其餘投資漁船所獲漁撈收入則認屬投資收入，不僅過於苛細，並徒增執行上之困擾，財政部為配合實務需求，就類此情形從寬認定漁民所獲漁貨收入於減除必要費用之餘額，直接歸課綜合所得稅，免徵營利事業所得稅。本件原告從事雞蛋產銷經營型態核與上開個人獨資或合夥購置漁船經營漁撈業有別，尚不宜援引。
(四)依所得稅法第11條第2項規定，營利事業之認定條件，包括⑴以營利為目的⑵具備營業牌號或場所⑶獨資、合夥、公司及其他組織方式經營型態。另查商業登記法第5條第2款有關家庭農、林、漁、牧業者得免依本法申請登記之規定，其所稱家庭農、林、漁、牧業，依同法施行細則第2條規定，係指以自任操作或雖僱用員工而仍以自己操作為主者為限。準此，倘具備營業牌號或場所並以組織方式經營農、林、漁、牧之符合所得稅法規定之營利事業，即應依該法規定課徵營利事業所得稅；至個人從事農、林、漁、牧、礦業者，不符合上開營利事業認定條件者，依所得稅法第14條第1項第6類規定，以全年收入減除成本及必要費用後之餘額為所得額，課徵綜合所得稅。本件原告不論從經營設備、組織規模、僱用員工及產品銷售情形觀之，足認其經營於97年度，已非屬自任操作或雖僱用員工而仍以自己操作為主之小規模營業，而係以營利為目的，具備營業牌號及場所，並以合夥之組織方式經營之畜牧業，已符合所得稅法第11條第2項所稱營利事業，其所得自應依法課徵營利事業所得稅。
(五)查原告與本件核課稅捐認定基礎相同之96年度營利事業所得稅，核定應補繳2,758,913元及加徵怠報金90,000元，已依行政救濟管道提起行政訴訟，並經鈞院以103年度訴字第207號判決原告之訴駁回，合先敘明。原告稱其被認定屬自力耕作者畜牧業，應適用財政部每年訂頒之「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」，是被告應先函詢農委會，其是否屬自力耕作者畜牧業？又稱其領有畜牧場登記證書，謹請鈞院函詢農委會，依現行農業發展條例之規定，是否需課徵營利事業所得稅？又系爭行政處分是否違反農業發展條例第1條所揭櫫之立法精神乙節，查被告已於102年4月30日以財高國稅岡營字第1020482905號函詢農委會，案經農委會於102年5月13日農牧字第1020213774號函說明二略以：「查我國目前已登記之畜牧場除少數為公司、學校、公務單位設立外，多為自然人即一般農民所有，是以，『自力耕作畜牧業個人』與『畜牧業』所登記之負責人與主要管理人雷同，應無區別；至經營畜牧場之農民其自力耕作能力，視其飼養畜禽種類、飼養方式、畜禽舍設施等因素有所差異，宜以個案認定。」準此，被告依個案查得事證，認定原告組織型態、營運規模及經營方式業符合所得稅法第11條第2項營利事業認定條件，非屬農民自力從事畜牧，爰該牧場從事飼養蛋雞及銷售雞蛋所得，應依規定按營利事業課徵所得稅，與個人從事自力耕作、漁、牧、林、礦之所得性質有別，自無「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」之適用。
(六)查原告係從事飼養蛋雞生產雞蛋再予銷售，並非純粹僅買進賣出雞蛋，核與批發及零售業銷售雞蛋分屬不同的業別，是被告援引雞飼育業之同業利潤標準核定營業淨利，並不違誤。又按「納稅義務人未依規定期限辦理結算申報者，稽徵機關應即填具滯報通知書，送達納稅義務人，限於接到滯報通知書之日起15日內補辦結算申報；其逾限仍未辦理結算申報者，稽徵機關應依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額及應納稅額，並填具核定稅額通知書，連同繳款書，送達納稅義務人依限繳納；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依稅捐稽徵法有關規定辦理。」為行為時所得稅法第79條第1項所明定。嗣後，因應兩稅合一制度及簡政便民，於98年5月27日配合修訂所得稅法第71條第2項，並於同法第79條第1項增訂獨資、合夥組織之營利事業屆期未申報者，稽徵機關應於核定其所得額後，將其營利事業所得額直接歸課獨資資本主或合夥組織合夥人之綜合所得稅。是為法安定性，基於法律不溯及既往原則，被告以原告97年度營利事業所得稅案，應適用前述行為時所得稅法第79條規定，並無不合。
(七)又稱原告遵循財政部每年訂頒之「自力耕作漁林牧之成本及必要費用為收入之百分之一百」之標準，認定無需繳納營利事業所得稅，故未設置帳簿，況原告並非「稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法」所規範之對象，自亦無相關會計資料而得於規定之限期內申報，惟被告竟依所得稅法第108條第2項之規定，加徵怠報金，有違法令等云，按「營利事業應保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄。前項帳簿憑證及會計紀錄之設置、取得、使用、保管、會計處理及其他有關事項之管理辦法，由財政部定之。」「為促使營利事業保持足以正確計算其銷售額及營利事業所得額之帳簿憑證及會計記錄，依所得稅法第21條第2項規定，訂定本辦法。」為所得稅法第21條及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第1條第1項所明定。本件原告係以合夥之組織方式經營之畜牧業，符合所得稅法第11條第2項所稱營利事業，已如前述。則原告自有依前揭所得稅法及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法規定，保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄之義務；況且，原告為合夥組織，且其經營頗具規模，為統計其經營績效，作為合夥人間盈虧分配之依據，衡情亦會保存會計帳簿憑證，以供合夥人參考，不至於全無保留會計帳簿憑證。是原告所述，尚難採據等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、前揭事實概要欄所載各情，業經兩造分別陳述在卷，復有97年度營利事業所得稅結算申報滯報通知書及送達證書、97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書及核定稅額繳款書、原告代表人謝石泉102年4月15日出具之說明書、畜牧場登記證書、復查決定書、訴願決定書等等影本附原處分卷足稽，堪予認定。本件兩造之爭點為原告謝石泉、謝石潭及謝林秀月等3人共同經營之石安牧場是否為所得稅法第11條第2項規定之營利事業，其所得應否課徵營利事業所得稅？又原告經被告通知限期補辦營利事業所得稅結算申報，逾期未辦理結算申報，被告對其加徵怠報金，是否適法？
甲、程序事項：
(一)原告起訴時原列謝石泉、謝石潭、謝林秀月等3人為原告，嗣更正為「謝石泉、謝石潭、謝林秀月等3人共同經營之石安牧場」為原告，並以謝石泉為其代表人為上開合夥起訴等情，有原告之起訴狀及陳報狀附卷可資對照(本院卷一第5頁、卷二第8頁)。
(二)查，本件被告係以石安牧場為謝石泉、謝石潭及謝林秀月等3人共同經營之合夥而對該合夥課徵97年度營利事業所得稅及加徵怠報金，業據被告訴訟代理人陳述在卷，並有核定稅額繳款書及核定通知書附卷可稽(原處分卷二第253-254頁、訴願卷第125頁)，原告不服，亦由其代表人謝石泉代表謝石泉、謝石潭及謝林秀月等3人共同經營之石安牧場提出復查申請，被告復查決定之對象亦復如是，此有復查申請書及復查決定書附卷可佐(原處分卷二第263、280頁)。此外，有關石安牧場96年度之營利事業所得稅補稅及加徵怠報金處分、復查決定書及訴願決定書之對象，以及原告之後對96年度營利事業所得稅提起之行政訴訟所列原告，亦是如此，為原告所不爭，並有被告整理之「96年度營利業所得稅行政救濟主體」明細表可參(原處分卷二第294頁)。雖原告就其96年度營利事業所得稅事件於本院103年度訴字第207號審理時改以謝石泉、謝石潭、謝林秀月等3人之名義為原告，並一併改以「謝石泉、謝石潭、謝林秀月」名義對本件被告97年度營利事業所得之復查決定提起訴願及提起本件行政訴訟，此經原告於本院審理時陳述甚詳(本院卷一第226頁筆錄)。惟按合夥為所得稅法之課稅主體，具有行政訴訟法上之當事人能力，本件被告既是對謝石泉、謝石潭及謝林秀月等3人共同經營之石安牧場之合夥補徵營利事業所得稅及加徵怠報金，則原告於起訴後將原列之原告「謝石泉、謝石潭、謝林秀月」改為與原處分及復查決定對象一致之合夥即「謝石泉、謝石潭、謝林秀月等3人共同經營之石安牧場」為原告，並以謝石泉為其代表人，應予准許，不涉當事人之變更。至本件訴願時原告雖列「謝石泉、謝石潭、謝林秀月」3人名義為訴願人，然詢之原告訴訟代理人，亦表明石安牧場為原告3人共同出資之合夥，則原告提起訴願時雖將訴願人記載為「謝石泉、謝石潭、謝林秀月」，但探究原告真意，其應是以被告所記載之處分(合夥)對象循序提起訴願，故可認原告業經合法訴願程序，合先敘明。
乙、實體事項：
(一)按「所得稅分為綜合所得稅及營利事業所得稅。」「凡有中華民國來源所得之個人，應就其中華民國來源之所得，依本法規定，課徵綜合所得稅。」「凡在中華民國境內經營之營利事業，應依本法規定，課徵營利事業所得稅。」「本法稱營利事業，係指公營、私營或公私合營，以營利為目的，具備營業牌號或場所之獨資、合夥、公司及其他組織方式之工、商、農、林、漁、牧、礦冶等營利事業。」所得稅法第1條、第2條第1項、第3條第1項、第11條第2項定有明文。次按同法第14條第1項第1類及第6類規定：「個人之綜合所得總額，以其全年下列各類所得合併計算之：第一類：營利所得：公司股東所獲分配之股利總額、合作社社員所獲分配之盈餘總額、合夥組織營利事業之合夥人每年度應分配之盈餘總額、獨資資本主每年自其獨資經營事業所得之盈餘總額及個人一時貿易之盈餘皆屬之。……。第六類：自力耕作、漁、牧、林、礦之所得：全年收入減除成本及必要費用後之餘額為所得額。」第24條第1項規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。……。」準此可知，所得稅分為綜合所得稅及營利事業所得稅，而究應課徵綜合所得稅或營利事業所得稅則視其主體及所得性質定之。如以營利為目的，具備營業牌號或場所，無論其以個人獨資、合夥、公司或其他組織方式經營者，即便經營之事業為農、林，漁、牧，仍應依所得稅法課徵營利事業所得稅。至如為個人因自力耕作、漁、牧、林、礦之所得，則依綜合所得稅課徵之，而無論何者，均應依個案事實認定之。
(二)經查，石安牧場由謝石泉、謝石潭、謝林秀月3人出資合夥經營，每人出資比例三分之一，於89年6月為畜牧場登記，並以謝石泉為登記負責人，其場址坐落改制前高雄縣阿蓮鄉石安村230之53號，場地面積1.8公頃，主要畜牧設施計有雞舍8棟、管理室及洗蛋場1棟、倉庫、雨棚1棟、工具室1棟，飼養家畜禽種類及規模為蛋雞277,000隻等情，此有原告代表人謝石泉102年4月15日出具之說明書、土地登記第2類謄本及畜牧場登記證書等影本附卷可稽(原處分卷一第202-208頁、第7頁)。又石安牧場於85年引進歐、荷洗選蛋設備，並設置有歐盟規格之福利雞籠2座、自動供水飲水系統、洗蛋機、血蛋檢測器等，採行檢疫、清潔、收蛋、檢測之自動化設備一貫作業，對外以「石安牧場」之品名行銷雞蛋，主要銷售客戶為好市多公司、聯華公司、統一公司、麥當勞等外，並設置「石安牧場」網站供消費者網購宅配，擴大通路，尤其屢獲國內各大媒體及知名財經雜誌報導，增加品牌能見度，助益市場行銷及市占規模，另以「石安牧場」之名義於網路上招聘員工。該牧場96年度至100年度收入合計約達1,666,577,258元，其中系爭97年度僱用員工投保（含加退保）人數計43人，鮮雞蛋月產量19,500箱，97年度營業收入總計199,126,776元，此有勞工保險局101年8月23日保承資字第10161117290號函、投保清冊、石安牧場各年度收入統計表、謝石泉彰化銀行岡山分行及土地銀行岡山分行存摺存款紀錄、被告101年8月17日石安牧場現場勘查表、石安牧場財產明細表、媒體報導、徵才廣告、石安牧場網頁簡介及照片附於原處分卷足稽（參原處分卷一第39-89、111-146、155-15
8、159、147-153、154、163-185頁、本院卷一第234頁）。則由石安牧場之組織型態、資金、場所、設備、人力規模、建立品牌等企業走向，並積極拓展通路與異界合作拓展市場等方式行銷其產品觀之，均為組織性、系統性及專業性之商業模式，足認原告謝石泉、謝石潭及謝林秀月等3人所經營之石安牧場係以營利為目的，具備營業場所，而以合夥商業化方式經營之事業組織，為所得稅法第11條第2項所稱之營利事業，其並非同法第14條第1項第6類係對個人因自力耕作獲致之所得課徵個人綜合所得稅之自力耕作者。被告以原告已符合所得稅法第11條第2項所稱之營利事業定義，認定其為營利事業，並無不合。又被告並非僅以原告規模大小及聘用員工多寡認定原告是屬於營利事業，亦非僅以被告係於101年8月17日至石安牧場現場勘查經營情狀推定系爭97年度之營業情形，而是綜合上開事證判定原告97年度為具有營利目的之事業組織而為所得稅法第11條第2項之營利事業，故原告主張所得稅法第11條第2項及第14條第1項第6類並未以規模大小及聘用員工人數作為自力耕作者與營利事業之判定標準，被告卻以原告之規模、聘用員工人數及101年8月17日之勘查紀錄推定原告97年度非屬自力耕作畜牧業而應歸為營利事業，違反法律保留及租稅法定原則云云，並非可採。
(三)第按「納稅義務人應於每年5月1日起至5月31日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。…。」「納稅義務人未依規定期限辦理結算申報者，稽徵機關應即填具滯報通知書，送達納稅義務人，限於接到滯報通知書之日起15日內補辦結算申報；其逾限仍未辦理結算申報者，稽徵機關應依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額及應納稅額，並填具核定稅額通知書，連同繳款書，送達納稅義務人依限繳納；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依稅捐稽徵法有關規定辦理。」「稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。」分別為行為時所得稅法第71條第1項、第79條第1項、第83條第1項所明定。又「稅捐之核課期間，依左列規定：…三、未於規定期間內申報，或故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者；其核課期間為7年。」為稅捐稽徵法第21條第1項第3款所明定。查，本件被告依據查得資料，以原告係從事蛋雞飼養及雞蛋銷售之營利事業，未依規定期限辦理97年度營利事業所得稅結算申報，經被告填具滯報通知書，請原告於15日內補辦結算申報，於103年2月18日合法送達(原處分卷一第215-220頁)，仍未補報，且迄至本院言詞辯論終結仍無法提出帳證供核，被告在此情形下，乃於核課期間內依行為時所得稅法第79條第1項規定，按雞飼育業（行業標準代號：0123-11，見本院卷一第235頁、卷二第60-64頁）同業利潤標準（淨利率7％），核定營業淨利及全年所得額為13,938,874元，補徵稅額3,474,718元，揆諸前揭法律規定，並無不合。原告訴稱被告未以具體「查得之資料」核定，直接以同業利潤標準核定原告之所得額，並課徵營利事業所得稅，違反最高行政法院62年判字第52號判例：「如納稅義務人未依法自行辦理結算申報，經調查發現補徵應納稅額者，主管機關仍應就查得之資料核實計徵，始符課稅公平之原則。」之意旨及行為時所得稅法第79條第1項規定云云，並非可採。又雞飼育業屬於畜牧業下之細類，所謂畜牧業即凡從事家畜及家禽之飼育、放牧，以生產肉、乳、皮、毛、蛋等之行為均屬之，其下再以飼育種類分為牛飼業、豬飼業、雞飼業、鴨飼業等細項分類，此有稅務行業標準分類暨同業利潤標準查詢可稽(本院卷二第60頁)，故原告訴稱其是銷售雞蛋之畜牧業者，被告卻罔顧「雞蛋業者」與「雞飼育業」係兩種不同行業別之事實，逕以「雞飼育業」之同業利潤標準核定原告之營業淨利，應屬無據云云，並非可採。
(四)原告雖稱：從農業發展條例第1條、第3條、第28條、第29條第2項、第30條第37條第2項、第38條第1項、第2項、第41條、第46條、第47條等，可知政府訂定諸多獎勵農民規定，以確保農業永續發展，擴大農場經營規模，故無論係一般農民、畜牧場或獨資合夥之農場，均不應以其投資金額及經營規模作為課稅基準；另財政部南區國稅局98年1月19日回覆原告亦謂依營業稅法第29條規定專營同法第8條第1項第19款未經加工之生鮮農、漁、牧產物、副產物之免稅貨物，得免辦營業登記，並可使用農漁牧收據作為交易紀錄憑證，復經農委會93年11月18日農牧字第0930154670號函謂原告出售本身所生產之農產品可依農業發展條例第47條規定免稅等語，足見原告得以農漁牧收據作為交易紀錄，免辦營業登記、免開發票及免徵營利事業所得稅。又改制前高雄縣政府98年1月15日府農畜字第098001616580號函稱領有畜牧場登記書者，應為農民，及農委會102年5月13日農牧字第1020213774號函及高雄市政府農業局102年6月6日農畜字第10231555100號函均謂有關「自力耕作畜牧業個人」與「畜牧場」所登記之負責人與管理人雷同，應無區別，足見對於生產及銷售初級農產品者，均應免予課稅，而謝石泉、謝石潭、謝林秀月具有農民身分共同經營石安牧場，應屬自力耕作畜牧業而給予免課營利事業所得稅云云。惟查：
１、為確保農業永續發展，因應農業國際化及自由化，促進農地合理利用，調整農業產業結構，穩定農業產銷，增進農民所得及福利，提高農民生活水準，農業發展條例對農業及農民固採取諸多獎勵措施，惟該條例就稅捐部分除對土地增值稅、遺產稅、贈與稅、田賦、關稅、印花稅、貨物稅、營業稅等有特別規定外，並未就銷售農業貨物或勞務之所得有減免所得稅之規定，故有關農民出售自產農產品應否課徵所得稅，仍應回歸所得稅法之規定，方符租稅法律原則。原告系爭年度銷售雞蛋產品之所得究屬所得稅法所定之自力耕作所得或營利事業所得，即應依所得稅法規定之要件及個案事實判定之，尚難以農業發展條例寓有獎勵農業之目的，即謂凡屬農民生產並銷售初級農產品者即為所得稅法第14條第1項第6類之自力耕作所得。而所得稅法第14條第1項第6類乃個人所得之一種類型，其係個人因自力耕作獲致之所得，所得稅法將其歸類於個人綜合所得課稅，並以該自力耕作之個人為納稅主體，反觀同屬個人惟如係獨資資本主，且具備營業牌號或場所並以營利為目的之經營所得，所得稅法則認此為一營利事業而以獨資資本主之營利事業為納稅主體，課徵營利事業所得稅，其餘如合夥、公司或其他組織，亦同。其均非以納稅義務人是否為農民，是否為畜牧場登記所登記之負責人，或者銷售之物品是否為初次生產之農產品作區分。至於改制前高雄縣政府98年1月15日府農畜字第0980016580號函謂原告已領有畜牧場登記證書，若符合農業發展條例之規定則為該條例所定義之農民(本院卷一第103頁)等語，及農委會102年5月13日農牧字第1020213774號函暨高雄市政府農業局102年6月6日高市農畜字第10231555100號函覆原告謂：「自力耕作畜牧業個人」與「畜牧場」所登記之負責人與主要管理人雷同，應無區別(本院卷一第104、105頁)等情，僅是就領有畜牧場登記證書者是否為農民，及就目前已登記之畜牧場少數為公司、學校、公務單位設立外，多為自然人即一般農民所有為前提所為之說明，均與所得稅法規定之個人所得及營利事業所得之區別要件無涉。原告主張謝石泉、謝石潭、謝林秀月為農民，領有畜牧場登記，故出售自產之初級農產品所得應免課營利事業所得稅云云，顯有誤解。況自力耕作所得亦非免稅所得，仍應按全年收入減除成本及必要費用後之餘額為所得額，報繳綜合所得稅。雖財政部每年訂頒「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」其中97年度部分於該標準第5條規定：「五、畜牧：各種畜牧收入（包括一般畜牧、養豬、生乳、蛋雞、肉雞、種雞、蛋鴨、種鴨、肉鴨、養蠶、鹿茸、乳鴿），均按調查之資料核定。成本及必要費用為收入之100％。」實則上開標準乃依所得稅法施行細則第17條規定所訂定，即：「(第1項)本法第14條第1項第6類所定成本及必要費用之減除，納稅義務人有完備會計紀錄及確實憑證者，應依申報數核實減除；其無完備會計紀錄及確實憑證者，稽徵機關得依財政部核定之標準調整之。(第2項)前項標準，由財政部各地區國稅局擬訂，報請財政部核定之。」可知，即便是自力耕作所得，其成本費用原則上應核實認定，亦非全然是100％。財政部之所以就自力耕作而無完備會計紀錄及確實憑證者，訂定成本費用標準為收入之100％，乃鑑於個人自力經營者，均未記帳且多屬虧損情形，爰加以從寬訂定其成本費用，此經財政部104年7月22日台財稅字第10400589600號函覆本院在案(本院卷一第295頁)，故其亦非獎勵農業之租稅優惠規定，換言之，不能因為財政部對於無完備會計紀錄及確實憑證者從寬訂定成本費用標準，即認自力耕作所得為所得稅法對於獎勵農業所給予免課稅捐之租稅優惠。所得稅法第14條第1項第6類之自力耕作所得與營利事業所得均為應稅所得，並無不同，要與農業發展條例鼓勵農業擴大經營之目的無涉。原告如前所述，是以營利為目的之營利事業，故原告以前詞主張依前揭農業發展條例等鼓勵農民之規範意旨，應認原告為自力耕作者而給予免課營利事業所得稅云云，亦是對自力耕作所得之誤解，即非可採。
２、次按「在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵加值型或非加值型之營業稅。」「下列貨物或勞務免徵營業稅：．．．十九、飼料及未經加工之生鮮農、林、漁、牧產物、副產物；農、漁民銷售其收穫、捕獲之農、林、漁、牧產物、副產物。」「農民出售本身所生產之農產品，免徵印花稅及營業稅。」為營業稅法第1條、第8條第1項第19款及農業發展條例第47條所規定。查，謝石泉因登記為石安牧場負責人，因此符合農業發展條例第3條第3款規定之農民，而該牧場出售本身所生產之雞蛋則符合上開法律規定免徵營業稅乙節，固據原告提出財政部南區國稅局98年1月19日電子郵件回函、農委會93年11月18日農牧字第0930154670號函（本院卷一第91、220頁)為據。惟上開函文均係有關營業稅法之管理課稅及農業發展條例免徵營業稅之說明。而營業稅乃消費稅，與所得稅是針對個人及營利事業之所得課徵所得稅者不同，故有關營業稅法對農產品之減免營業稅優惠規定，不能作為減免所得稅之依據，更與解釋所得類型歸屬之判斷無關。而經營牧場之負責人具有農民身分，及其得否免辦營業登記，並非判斷該牧場所得究應課營利事業所得稅或應課綜合所得稅之依據，亦不因其出售本身所生產之農產品，免徵營業稅，即認定其出售農產品之所得，一律依所得稅法第14條第1項第6類規定課徵綜合所得稅。本件如前所述，原告並非所得稅法第14條第1項第6類之自力耕作者，而是以營利為目的之營利事業，故原告以前詞主張依前揭農業發展條例等鼓勵農民之規範意旨，應認原告為自力耕作者，而應給予免課營利事業所得稅云云，即非可採。
(五)原告另主張農委會為農業主管機關，其已函明生產及銷售初級農產品者，均應免予課稅，惟被告卻仍對原告課徵營利事業所得稅，違反農業發展條例精神及權力分立原則云云。惟查，農委會103年6月9日農企字第1030711834號函係稱：「
二、有關反映因長期配合本會政策，擴大經營規模並改善設備從事飼養蛋雞生產雞蛋，卻被課徵營利事業所得稅…。三、本會認為生產及銷售初級農產品者，均應免課稅。…本會將本於中央農業主管機關之立場，持續與財政部協商溝通，期能爭取對自力耕作初級農產品者無論規模得免課營所稅，以建構更有利農業產業結構調整及促進農業發展之制度。四、…期盼能持續配合本會政策，共同為農業之永續發展而努力。」(本院卷一第219頁)，惟如前述，所得稅之課徵與否應適用所得稅法之規定，目前所得稅法無論就自力耕作所得或以營利為目的之事業組織銷售農產品之所得，均無免稅之規定，故農委會上開函文祇在表達未來努力願景，無法作為原告免徵系爭營利事業所得稅之依據。至於農委會104年4月10日農企字第1040012297號函雖謂：「二、基於整體農業發展需要及各項農業施政、輔導措施(含稅制)之調整因應，有關銷售自產初級農產品是否課徵營利事業所得稅之問題，本會曾於去(103)年8月間洽財政部取得共識，對『自力耕作』之意涵，由本會與該部共同商討認定，謹先陳明。三、現行農業發展條例對農民銷售自產初級農產品是否需課徵營利事業所得稅雖未明文規定，惟本會本於中央農業主管機關之立場，認為非法人之農、牧場，其自產自銷之初級農產品，屬自力耕作之範疇。故領有畜牧場登記證書非屬法人之蛋農，本會認為應適用財政部每年訂定『自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準』之『五、畜牧：各種畜牧收入(包括一般畜牧、養豬、生乳、蛋雞、肉雞、種雞、蛋鴨、種鴨、肉鴨、養蠶、鹿茸、乳鴿)，均按調查之資料核定。成本及必要費用為收入之百分之一百』，免予課徵營利事業所得稅。」（本院卷一第151頁）惟查，非法人之農、牧場如其經營方式屬所得稅法第11條第2項之營利事業者，其銷售事業產品即應依所得稅法課徵營利事業所得稅，自與個人出售其自力耕作之畜牧產品不同，且自力耕作者之收入成本及必要費用，依所得稅法施行細則第17條規定，原則上係以核實認定，例外才依財政部訂頒之標準核算，並非全然為收入之100％。農委會上開函釋未就此加以區別，即謂非法人之農、牧場自產自銷之初級農產品，均應按財政部每年訂定「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」認定成本及必要費用為收入100％乙節，尚難採取。原告執以主張被告未尊重農委會意見，仍對原告課徵營利事業所得稅，違反農業發展條例精神及權力分立原則云云，即無可採。
(六)原告復主張其可比照財政部66年7月30日台財稅字第35012號函釋及69年8月26日函釋規定，適用個人綜合所得稅及財政部頒「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」認定成本費用為收入之100％，否則違反司法院釋字第547、584、596、722號等解釋所示之平等原則；又財政部對於諸多爭議問題均會事先研商，再訂頒相關規定後實施，而本件財政部卻未依循前述諸多爭議問題事先研商，再訂頒相關規定後實施之處理模式，而任由稽徵機關擅權自行認定，有違租稅公平原則；另原告長期信賴財政部上開函釋及前述農委會、高雄市政府農業局、財政部南區國稅局等函文，認為原告為免辦營業登記、免徵營業稅之自力耕作者，而被告在財政部尚未訂定過渡條款前逕認原告系爭所得應課徵營利事業所得稅，違反司法院釋字第525、529、574、589、605號解釋所示之信賴保護原則云云，經查：
１、財政部66年7月30日台財稅字第35012號函釋（按此函釋依據財政部101年11月13日台財稅字第101040520號令自102年1月1日起，非經該部重行核定，一律不再援引適用）：「凡個人從事畜牧、水產養殖等生產，應僅對其所得課徵個人綜合所得稅，不再視為營利事業辦理營業登記，亦不再課徵營業稅及營利事業所得稅。」係財政部基於中央主管機關之地位，就所得稅法第14條規定所為之解釋性質之行政規則。該函釋係強調「個人從事」畜牧、水產養殖等生產，始得課徵個人綜合所得稅，而本件原告所經營之石安牧場係以合夥之組織方式經營之畜牧業，非屬個人自力耕作獲致個人所得者，核與上開函釋所謂「個人從事畜牧生產」之要件不符，故尚難援引上開財政部函釋，而為原告有利之認定。
２、次按稅捐債務於法定課稅要件事實實現時即已發生，故經營畜牧業所得，究應依所得稅法第3條第1項、第11條第2項規定課徵營利事業所得稅，或應依所得稅法第2條第1項、第14條第1項第6類規定課徵個人綜合所得稅，於法定課稅要件事實實現時即已確定，被告本得依職權認定事實適用法律，並作成課稅處分。原告訴稱其長期信賴農業等機關認定其為農業發展條例之農民及免辦營業登記免納營業稅之函文，而相信其為自力耕作畜牧業者而免報繳營利事業所得稅，被告在財政部未訂定過渡條款逕行對原告補徵系爭營利事業所得稅，違反信賴保護原則云云，應有誤解。再者，本件被告作成核課處分前即曾於101年9月10日向財政部函詢原告所得得否參照財政部66年7月30日台財稅字第35012號函及69年8月26日函釋規定，免徵營利事業所得稅，經財政部函復：「二、依所得稅法第11條第2項規定，營利事業指公營、私營或公私合營，以營利為目的，具備營業牌號或場所之獨資、合夥、公司及其他組織方式之工、商、農、林、漁、牧、礦、冶等營利事業。同法第14條第1項第6類規定，個人之綜合所得總額包括自力耕作、漁、牧、林、礦之所得。另本部66年7月30日台財稅第35012號函規定，凡個人從事畜牧、水產養殖等生產，應僅對其所得課徵個人綜合所得稅，不視為營利事業辦理營業登記，不課徵營利事業所得稅。上開有關農、林、漁、牧所得課稅規定之適用，尚應以個人從事或以組織方式從事為區分。三、旨揭牧場領有畜牧場登記證書，其是否為以營利為目的，具備營業牌號或場所之『其他組織』方式之營利事業，宜由貴局查明認定。倘經貴局現場勘查其營運方式及規模，認其與以個人身分從事畜牧生產有別，且經貴局確認旨揭牧場之組織性質屬所得稅法第11條第2項規定之其他組織型態，亦即與前開本部66年7月30日函釋情形尚有不同時，請本諸職權依前開所得稅法規定辦理。」此有被告101年9月10日財高國稅審一字第1010013723號函及財政部101年11月8日台財稅字第10100192940號函等影本附卷（原處分卷一第1-6頁）可稽。且依財政部104年7月22日函覆本院之台財稅字第10400589600號函說明三及說明四略以：「
三、本部66年7月30日台財稅第35012號函規定，凡個人從事畜牧、水產養殖等生產，應僅對其所得課徵個人綜合所得稅，不視為營利事業辦理營業登記，亦不課徵營業稅及營利事業所得稅，係為改進當時畜牧業及水產養殖業課稅方式，減輕個人從事該等行業之租稅負擔，爰規定其所得不課徵營業稅及營利事業所得稅，直接歸課個人綜合所得稅。四、另本部69年8月26日台財稅第37150號函規定，獨資或合夥購置漁船，經營漁撈業者，不論漁船噸位多寡及船主或合夥人有無參加漁撈作業，其出售捕獲魚貨之全部收入，免徵營利事業所得稅，由稽徵機關依查得之魚貨收入資料按部頒標準核計所得額課徵個人綜合所得稅，係考量參與漁撈作業或經營漁業之個人，不論出資人有無上船參加漁撈作業，均屬漁民，且由於漁船購置成本較高，非一般漁民可單獨出資購置，實務上漁民為分散風險，常與其他漁民互為出資合夥購置漁船，如僅就其所參加漁船作業之漁撈收入認屬個人自力之收入，而其餘投資漁船所獲漁撈收入則認屬投資收入，不僅過於苛細並徒增執行上之困擾，爰配合實務需求，就類此情形從寬認定漁民所獲漁貨收入於減除必要費用之餘額，直接歸課個人綜合所得，免徵營利事業所得稅。」（本院卷一第295頁）足見上開函釋係基於當時從事畜牧、水產養殖等生產多為個人，為稽徵經濟，減少認定困擾，所為協助下級機關認定事實之解釋，非謂從事畜牧、水產養殖等生產者皆當然不課徵營利事業所得稅。況查，本件原告係以營利為目的而以合夥事業組織方式經營畜牧業，甚為明確，核與上開個人獨資或合夥購置漁船經營漁撈業，其行業特性及經營方式迥然不同，亦難比附援引上開函釋而為原告有利之認定。再者，本件是否適用財政部訂頒之「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」，財政部既為訂頒該標準之主管機關，在無悖於事實認定及法律適用之情形，依前所述，財政部認應以個人是否出售自力耕作之產品獲致之所得或以營利為目的並以組織方式從事為區分，其解釋意見，並無不合。準此，被告依個案查得事證，認定原告具有以企業化組織之經營型態，其營運規模及經營方式，業已符合所得稅法第11條第2項所定營利事業之要件，而非屬於農民自力耕作從事畜牧，因認該牧場從事飼養蛋雞及銷售雞蛋所得，應依規定按營利事業課徵所得稅，核與平等原則無違。綜上，原告以前詞主張系爭處分有違農業發展條例精神、未適用「自力耕作漁林牧收入成本及必要費用標準」不符平等原則、禁止差別待遇原則、租稅公平原則、信賴保護原則云云，並非可採。
(七)第按行為時所得稅法第71條規定：「(第1項)納稅義務人應於每年5月1日起至5月31日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。(第2項)中華民國境內居住之個人全年綜合所得總額不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數者，得免辦結算申報。但申請退還扣繳稅款及可扣抵稅額者，仍應辦理申報。(第3項)前2項所稱可扣抵稅額，指股利憑單所載之可扣抵稅額及獨資資本主、合夥組織合夥人所經營事業繳納之營利事業所得稅額。」嗣因上開兩稅合一制度，獨資、合夥組織之營利事業需先辦理營利事業所得稅結算申報計算及繳納應納之結算稅額，其盈餘總額再歸課資本主或合夥人同年度綜合所得稅，並由資本主或合夥人申報扣抵該盈餘總額所含之稅額，增加徵納雙方稅務行政作業。為簡政便民，98年5月27日修正公布施行之所得稅法第71條增訂第2項，明定該等營利事業仍應辦理申報，但無須計算及繳納其應納之結算稅額，其營利事業所得額直接歸課獨資資本主或合夥組織合夥人綜合所得稅；至原條文第2項移列為第3項，並酌作文字修正；原條文第3項移列至第4項，並刪除獨資資本主、合夥組織合夥人所經營事業繳納之營利事業所得稅額屬可扣抵稅額之規定。98年5月27日修正後所得稅法第71條第2項規定為：「獨資、合夥組織之營利事業應依前項規定辦理結算申報，無須計算及繳納其應納之結算稅額；其營利事業所得額，應由獨資資本主或合夥組織合夥人依第14條第1項第1類規定列為營利所得，依本法規定課徵綜合所得稅。」準此可知，獨資或合夥型態的營利事業，在兩稅合一實施後，需報繳營利事業所得稅，而所繳納的營利事業所得稅，全數等於獨資資本主或合夥企業合夥人申報個人綜合所得稅時可扣抵稅額；迄至98年5月27日修正所得稅法第71條後，雖獨資資本主或合夥型態之營利事業所得額直接歸課為該獨資資本主或合夥人綜合所得稅下之所得，課徵綜合所得稅，惟其本身仍應依規定辦理營利事業所得稅結算申報，祇是無須計算及繳納其應納之結算稅額而已，況且，該所得係依所得稅法第14條第1項第1類歸課於獨資資本主或合夥組織合夥人之營利所得，亦非歸類於同條項第6類之自力耕作所得。本件係屬原告97年度所得，被告適用98年5月27日修正前所得稅法之規定，核定原告97年度營利事業所得稅，並無不合。原告訴稱獨資、合夥組織之營利事業者之納稅義務人，依98年5月27日修正後之新法，僅需課徵綜合所得稅，而不需課徵營利事業所得稅，被告完全未鑒及此，仍逕自以「雞飼育業」之同業利潤標準對原告課徵營利事業所得稅應屬違法云云，亦無可採。
(八)末按「納稅義務人逾第79條第1項規定之補報期限，仍未辦理結算申報，經稽徵機關依查得資料或同業利潤標準核定其所得額及應納稅額者，應按核定應納稅額另徵百分之20怠報金；其屬獨資、合夥組織之營利事業應按稽徵機關調查核定之所得額按當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額另徵百分之20怠報金。但最高不得超過9萬元，最低不得少於4千5百元。」為98年5月27日修正公布所得稅法第108條第2項所明定。原告雖稱其長期遵循財政部每年訂頒之「自力耕作漁林牧之成本及必要費用為收入之百分之一百」之標準，自認無需繳納營利事業所得稅，故未設置帳簿，亦無相關會計資料而得於規定之限期內申報，本件被告加徵怠報金，於法有違云云。按「營利事業應保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄。前項帳簿憑證及會計紀錄之設置、取得、使用、保管、會計處理及其他有關事項之管理辦法，由財政部定之。」「為促使營利事業保持足以正確計算其銷售額及營利事業所得額之帳簿憑證及會計記錄，依所得稅法第21條第2項規定，訂定本辦法。」所得稅法第21條及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第1條第1項各定有明文。又所得稅法第83條規定：「（第1項）稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。……（第3項）納稅義務人已依規定辦理結算申報，但於稽徵機關進行調查時，通知提示有關各種證明所得額之帳簿、文據而未依限期提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準核定其所得額；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依法辦理。」財政部據此每年均頒布同業利潤標準，以供各稽徵機關為核定之準據。經查，本件原告為所得稅法第11條第2項所稱之營利事業，則原告自有依前揭法規，保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計記錄之責，並於稽徵機關進行調查或復查時，有提供帳證供查核之義務，且原告銷售對象為聯華食品公司、好市多公司及統一超商公司等大型企業，並有網路配銷通路，衡情不至全無保留會計帳簿憑證，以供核帳查詢及做為合夥人間盈虧分配之依據。惟原告卻未依規定辦理，亦無法提供帳簿以查核，則被告依查得資料，以原告係從事蛋雞飼養及雞蛋銷售，未依規定期限辦理97年度營利事業所得稅結算申報，經滯報通知後，仍未於15日內補報，亦未提示帳證供核，被告乃依行為時所得稅法第79條第1項規定，按雞飼育業（行業標準代號：0123-11）同業利潤標準（淨利率7％），核定營業淨利及全年所得額13,938,874元，補徵稅額3,474,718元，另依98年5月27日修正公布所得稅法第108條第2項規定，加徵怠報金90,000元，於法亦無不合。
五、綜上所述，原告之主張既不足取，被告依行為時所得稅法第79條第1項規定，依查得原告營業收入淨額199,126,776元，按雞飼育業（行業標準代號：0123-11，淨利率7％）同業利潤標準核算營業淨利，並核定全年所得額13,938,874元，補徵稅額3,474,718元，另依98年5月27日修正公布所得稅法第108條第2項但書規定，加徵怠報金90,000元，並無違誤。復查決定及訴願決定遞予維持，亦無不合。原告起訴意旨求為撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法核與判決結果不生影響，爰不再逐一論述，附此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 104 年 9 月 30 日
高雄高等行政法院第一庭
審判長法官 呂 佳 徵
法官 吳 永 宋法官 簡 慧 娟以上正本係照原本作成。
一、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
二、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
三、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│（一）符合右列情形│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 之一者，得不│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 委任律師為訴│ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ 訟代理人 │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│（二）非律師具有右│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 列情形之一，│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 經最高行政法│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ 院認為適當者│ 。 ││ ，亦得為上訴│3.專利行政事件，具備專利師資格或││ 審訴訟代理人│ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合（一）、（二）之情形，而得為強制律師代理之例││外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出（二）所││示關係之釋明文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 104 年 9 月 30 日
書記官 凃 瓔 純