高雄高等行政法院判決
107年度訴字第286號民國107年10月31日辯論終結原 告 日月光半導體製造股份有限公司代 表 人 張虔生訴訟代理人 李佳育 律師被 告 財政部高雄國稅局代 表 人 洪吉山訴訟代理人 林淑芬上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國107年6月6日台財法字第10713921740號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下︰
主 文
一、原告之訴駁回。
二、訴訟費用由原告負擔。事實及理由
一、爭訟概要︰原告103年度營利事業所得稅結算申報，列報依法律規定之投資抵減稅額，本年度准予抵減稅額新臺幣（下同）328,865,189元，經被告初查以原告103年度公司研究發展活動事實認定之申請，經經濟部工業局（下稱工業局）審核認其不符申請資格條件而無法受理，乃否准認列適用產業創新條例第10條規定之投資抵減稅額189,944,081元，嗣原告主張改以廢止前促進產業升級條例第6條，本年度為最後抵減年度之尚未抵減稅額21,031,058元抵減，被告乃核定依法律規定之投資抵減稅額本年度准予抵減稅額159,952,166元。原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、原告起訴主張及聲明：
(一)主張要旨：
1、原告係基於民國99年5月12日之產業創新條例及101年5月3日之公司研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱101年投抵辦法）規劃安排及從事103年度之研發活動投資，詎工業局於該年度即將完結的前12日（即103年12月19日），始修正公告公司研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱103年投抵辦法），客觀上根本無從按103年投抵辦法重新調整當年度投資研發活動之可能。是以，103年投抵辦法之法規變更實非原告於當年度規劃或實際投資研發時所能預期者，工業局執103年投抵辦法審查原告103年度投資抵減申請案，與「法律不溯既往」有違，應以99年5月12日之產業創新條例及101年投抵辦法作為審查依據，方屬適法。
2、退步言之，縱使工業局得適用103年投抵辦法審查原告103年度投資抵減申請案（假設語氣），經濟部與財政部共同會商研議產業創新條例與公司研究發展支出適用投資抵減辦法（新名稱：公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法，下稱研發投抵辦法），而103年6月18日產業創新條例第10條第1項修正公布後，財政部即對外表示「基於法律不溯及既往原則，違章行為發生日在今年6月20日以後者，才須適用新法」，明白揭示該修正條文不溯及適用生效日前之違規事件，工商時報隨即於翌日（6月19日）刊出報導，工業局之智慧電子產業辦公室網站更直接全文引用該篇報導，並刊登於其官方網站。其次，工業局亦對資誠會計師事務所表示：「101或102年發生重大違章者，仍可『申請』研發投抵（不追溯），103年6月20日（含）以後發生重大違章者，須3年後才可以『申請』研發投抵」，資誠會計師事務所隨後於103年6月出版之「台灣租稅及投資法令要聞」中，發布上開訊息予各方週知。換言之，經濟部、財政部與工業局均認103年產業創新條例第10條第1項不溯及適用，故而發生於000年0月00日前之違章事件（如K7廠事件），不應納入103年產業創新條例第10條第1項規定之「最近3年內違反環境保護相關法律且情節重大」之消極資格要件範圍內，而104年投抵辦法第2條之1第2款所定之「最近3年內違反環境保護相關法律且情節重大」，既是基於103年產業創新條例第10條第1項而來，解釋上自應採取相同之認定標準而排除K7廠事件，方屬允當。又前開「103年產業創新條例第10條第1項不涵蓋發生於000年0月00日前之違章事件」之解釋意旨，自各主管機關透過媒體明白對外揭示以來，各主管機關均未曾對外公開變更該解釋意旨，是工業局自亦應受該公開對外之解釋意旨所拘束，而各業者（含原告）自亦皆得信賴該解釋意旨投資研發活動並依法申請投資抵減。詎料，工業局卻仍於適用103年投抵辦法第2條之1時，擅自納入K7廠事件並據以做成核駁處分，顯與前開之解釋意旨相悖，不僅違反法律禁止溯及既往原則，也違反行政自我拘束原則，更全然不顧原告早已對前開解釋意旨產生信賴並據以投入資金與資源從事研發，顯已違反信賴保護原則，實非可採。
3、甚者，工業局為統一研發投抵辦法規範中「情節重大」此一不確定法律概念之認定標準，並就申請人是否構成情節重大之認定程序有劃一之處理方式，已自行訂定「研發投資抵減及補助案件申請公司或企業之資格有違法且情節重大認定要點」（下稱「認定要點」），其中第3點規定：「申請人最近3年違反環保、勞工或食安衛法律，且符合下列情況之一者，以情節重大認定之：……（二）受各法令主管機關下列裁罰之一者：……2.同一年度依同一法律裁罰達新台幣3百萬以上罰鍰，並有令其部分停工或停業，且未於6個月內准許復工或復業。」而第6點復規定：「研發投抵申請人若經確定判決確認無本要點第3點所列情事，或依行政救濟程序認定審認結果有瑕疵或違法時，應依行政程序法、相關辦法及本要點之規定重新認定。」工業局後續函請行政院環境保護署（下稱環保署）等協力單位依其所定之「認定要點」，協助對申請人進行查覆，而環保署則依「認定要點」認定原告K7廠事件屬「C類.同一年度依同一法律裁罰達新台幣3百萬以上罰鍰，並有令其部分停工或停業，且未於6個月內准許復工或復業（即認定要點第3點第2項第2款）」之情節重大違規事件，工業局爰據此做成核駁處分，被告與財政部進而乃依核駁處分陸續作成原處分、復查決定與訴願決定。惟查原告不服核駁處分，向台北高等行政法院提起行政訴訟（105年度訴字第1845號判決），台北高等法院已於107年5月17日已判決撤銷該核駁處分，承審法院指出：「原處分既另以說明三所載：該裁處書如經行政救濟程序撤銷，被告（工業局）將依行政程序法及投抵辦法相關規定，重新認定原告申請資格等語（註：於該案原處分說明（三）之內容與本件核駁處分說明（三）之內容相同），表明情節重大認定要點第6點規定之意旨，則如有符合該要點第6點所定情事發生時，被告自當遵照該規定及原處分說明三之記載辦理，始符誠信。高雄市環保局對原告所為裁處中之系爭罰鍰處分，既經另案判決撤銷確定，且高雄市環保局迄至本院於107年4月26日進行言詞辯論時止，並未再作其他處分，復據被告訴訟代理人於本院言詞辯論期日所自承（下稱本院卷2第180頁），是依本件訴訟於本院言詞辯論終結時之事實狀態，原告雖因違反環境保護法規致受部分停工處分，然因其原受300萬元以上之罰鍰處分，業經法院確定判決撤銷而不存在，故不符情節重大認定要點第3點所定應認定為情節重大之情形，被告卻怠於依同要點第6點規定，重行認定原告是否符合投資抵減之申請資格條件，僅以停工處分未經撤銷，及高雄市環保局尚得另為罰鍰處分等理由，主張其對系爭申請案不予受理並無違法，殊無可採。」（第20頁，第14行以下）由上可知，原告遭高雄市政府環境保護局（下稱高雄市環保局）裁罰超過300萬元以上之罰鍰處分，已被判決撤銷確定在案，原告並無情節重大認定要點所定第3點情形，被告怠於依同要點第6點規定，重行認定原告符合投資抵減之申請資格條件，其核駁處分確有違反行政自我拘束原則及誠實信用原則之違法，故而被承審法院所撤銷。是以，基於核駁處分所做成之原處分、復查決定及訴願決定實有違誤，殊無維持之必要，應予撤銷。
4、原告為避免裁判歧異、節省司法資源，並達成紛爭一次解決之目標，聲請裁定停止訴訟程序。依最高行政法院107年度判字第264號判決足資認定，最高行政法院亦認被告需基於工業局等中央目的事業主管機關對於申請人所提申請案之審定結果，方能做成核課處分，倘納稅義務人同時對於工業局之審定結果及被告之核課處分均提起行政救濟，前階段工業局審定結果之訴訟結果，即為後階段被告核課處分行政訴訟之先決問題，則審理該核課處分行政訴訟之法院，當依行政訴訟法第177條第2項規定裁定停止審理，自不待言。又依行政程序法第128條向原處分機關申請「程序再開」之客體，當以「非經實體判決確定之行政處分」或「經實體判決確定但無法透過再審程序救濟者」為限，職此，倘原告本件敗訴確定後（設語氣），本件即不屬前者而無從逕依該條向被告申請程序再開；倘原告與工業局間之行政訴訟獲勝訴之確定判決，為證明本件屬「經實體判決確定從一再審程序救濟者」，反而可能仍須先就本件聲請再審被否准後，再向被告申請程序再開，司法資源勢必再被使用，殆屬無疑，為避免本件早於原告與工業局間之行政訴訟確定，至原告在勝訴確定後，為重新取得抵稅利益，仍需提起再審，造成重複審理之情，徒生判決歧異與後續之程序耗費，謹請鈞院考量依法裁定停止訴訟。
(二)聲明：訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。
三、被告答辯及聲明：
(一)答辯要旨：
1、原告103年度營利事業所得稅結算申報，列報依產業創新條例第10條及廢止前促進產業升級條例第6條、第15條規定適用投資抵減稅額，本年度抵減稅額328,865,189元，並依研發投抵辦法檢附相關文件於104年5月29日以(104)明財字第089號申請書，向工業局申請103年度公司研究發展活動認定，經該局以105年3月15日工電字第10500205631號函復「主旨：有關貴公司依本局103年12月19日修正之『公司研究發展支出適用投資抵減辦法』（以下簡稱本辦法）申請103年度公司研發活動認定案，復如說明，請查照。說明：……二、高雄市政府環境保護局於102年12月20日裁定貴公司違反『水汙染防治法』第7條第1項（裁處書字號第00-000-000000號）一案，業經行政院環境保護署及高雄市政府環境保護局確認係屬違反環境保護相關法且情節重大情事，本局依此認定貴公司因不符合本辦法第2條之1第2款申請資格條件，無法受理旨揭申請案件。……」而研發投抵辦法第12條第1項，明定「公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條、第2條之1及第3條規定，始得適用投資抵減之獎勵：……」是有關產業創新條例第10條「最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律」規定期間認定，或原告是否符合同辦法第2條、第2條之1及第3條規定，始得適用投資抵減，該事實認定由中央目的事業主管機關經濟部為之而非被告。
2、參照臺北高等行政法院104年度訴字第816號及最高行政法院105年度判字第214號判決：「按行政處分除非具有無效之事由而無效外，具有存續力，於未經撤銷、廢止或未因其他事由而失其效力前，其效力繼續存在（行政程序法第110條第3項參照）；另行政處分具有構成要件效力，即有效之行政處分，處分機關以外之國家機關，包括法院，除非是有權撤銷機關，應尊重該行政處分，並以之為行為之基礎，因而一有效行政處分（前行政處分）之存在及內容，成為作成他行政處分（後行政處分）之前提要件時，前行政處分作成後，後行政處分應以前行政處分為其構成要件作為決定之基礎。」本件原告既經工業局以其不符合研發投抵辦法之申請資格條件，無法受理103年度公司研發活動申請認定案，在該行政處分未被撤銷前，被告受其拘束而不得為相異之決定。從而否准認列原告申請適用產業創新條例第10條規定之投資抵減稅額189,944,081元，核定依法律規定之投資抵減稅額，本年度准予抵減稅額159,952,166元，並無不合。
3、至原告主張其103年度研發活動符合申請投資抵減資格，經工業局審核「無法受理」，業經臺北高等行政法院判決撤銷該核駁處分，原處分、復查決定及訴願決定應予撤銷一節，查工業局對臺北高等行政法院判決，已依法向最高行政法院提起上訴，現繫屬最高行政法院審理中。次查，原告之102年度研發活動申請符合投資抵減資格，前於103年5月31日以
（103）明財字第80號函檢附申請書及相關資料向工業局申請認定，工業局以與本件相同事實否准，經訴願決定駁回，業經最高行政法院107年5月10日107年度判字第264號判決原告「上訴駁回」在案。原告不服工業局105年3月15日工電字第10500205631號函所為處分之爭議，既經工業局另案循序提起行政訴訟中，嗣後如該案之行政救濟結果，經工業局重為處分後，致本件原核定有須變更、調整者，當由被告另依法定程序處理，且原告亦可循相關規定申請重行核定，從而本件，似無停止訴訟進行之理由。
(二)聲明：駁回原告之訴。
四、爭點：
(一)被告就原告103年度營利事業所得稅申報中列報依法律規定之投資抵減稅額，核定准予抵減稅額159,952,166元，有無違誤？
(二)本件有無停止訴訟程序之必要？
五、本院的判斷：
(一)前提事實：如爭訟概要欄所述事實，業經兩造分別陳述在卷，並有工業局105年3月15日工電字第10500205631號函、原告103年度營利事業所得稅結算申報書、被告103年度營利事業所得稅核定通知書暨調整法令及依據說明書、核定稅額繳款書、復查決定書、訴願決定書等附於原處分卷可查。
(二)被告就原告103年度營利事業所得稅申報中列報依法律規定之投資抵減稅額，核定准予抵減稅額159,952,166元，並無違誤。
1、應適用的法令：
(1)行為時產業創新條例第3條規定：「本條例所稱主管機關：在中央為經濟部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」第10條規定：「（第1項）為促進產業創新，最近3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更，並以不超過其當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限。……（第2項）前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。」
(2)行為時研發投抵辦法第1條規定：「本辦法依產業創新條例第10條第2項規定訂定之。」第2條之1規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司或有限合夥事業，應符合下列資格條件：一、依公司法設立之公司或依有限合夥法組織登記之有限合夥事業。二、最近3年內未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。三、具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」第12條第1項、第2項規定：「（第1項）公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條、第2條之1及第3條規定，始得適用投資抵減之獎勵：……（第2項）中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後7個月內，將當年度研究發展活動審查認定結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。」第13條第1項規定：「公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並檢附前條第1項規定之文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。」
(3)行政程序法第110條第3項規定：「行政處分未經撤銷、廢止，或未因其他事由而失效者，其效力繼續存在。無效之行政處分自始不生效力。」
2、經查，原告103年度營利事業所得稅申報，列報依法律規定之投資抵減稅額328,865,189元，惟其中適用產業創新條例第10條規定以103年度公司研究發展支出抵減103年度營利事業所得稅額189,944,081元部分，依研發投抵辦法第12條第1項規定，需經中央主管機關（即工業局）審查認定其當年度研究發展活動符合第2條、第2條之1及第3條規定，始得適用投資抵減之獎勵，再由稅捐稽徵機關依審查意見及檢附與申請適用投資抵減之支出項目相關文件核定其投資抵減稅額，然原告並未取得工業局核准其適用投資抵減獎勵之資格，此有工業局105年3月15日工電字第10500205631號函在卷（本院卷第43-44頁）可參，足認原告並不符合研發投抵辦法規定之投資抵減獎勵資格，是被告以原告並未取投資抵減之資格，據以否准原告列報適用產業創新條例第10條規定之投資抵減稅額189,944,081元，並核定其營利事業所得稅申報准予抵減之投資抵減稅額為159,952,166元（申報328,865,189元－否准認列189,944,081元＋核定增加21,031,058元），即無不合。
3、原告雖已就工業局之行政處分提起訴訟，並泛稱工業局核駁處分違反行政自我拘束原則及信賴保護原則，主張其已具備申請資格條件等語，惟依行政程序法第110條第3項規定可知，工業局所為之行政處分（先前行政處分）既尚未經撤銷，自仍具有存續力及構成要件效力，並得為本件原處分（後行政處分）核駁之基礎；且有效之先前行政處分成為後行政處分之構成要件事實之一部分時，則該先前之行政處分因其存續力而產生構成要件效力。當事人如以後行政處分為訴訟客體，而非以有效之先前行政處分為訴訟客體，提起行政訴訟時，行政法院於撤銷訴訟雖有權對行政處分為適法性審查，惟審查對象僅限於作為本次撤銷訴訟程序標的之行政處分（後行政處分），則該先前行政處分之實質合法性，並非該受訴行政法院審理之範圍（最高行政法院104年度判字第382號判決意旨參照）。本院自無從對工業局核駁處分之合法性為實質審理，並據此判斷本件行政處分之適法性。況依工業局前揭函說明三所載，倘高雄市環保局裁處書經行政救濟程序撤銷，工業局將依行政程序法及研發投抵辦法相關規定，重新認定原告申請資格，並依規定補送103年度研究發展活動審認結果予稅捐稽徵機關等語可知，縱前行政處分最終經行政救濟程序撤銷，並不表示原告即當然具有投資抵減獎勵之資格，仍需待工業局重為准駁處分後，稽徵機關始得據該准駁處分審認原告列報之投資抵減稅額是否合法。是原告上開所述，並不足採。
(三)本件並無裁定停止訴訟程序之必要。
1、應適用的法令：行政訴訟法第177條規定：「（第1項）行政訴訟之裁判須以民事法律關係是否成立為準據，而該法律關係已經訴訟繫屬尚未終結者，行政法院應以裁定停止訴訟程序。（第2項）除前項情形外，有民事、刑事或其他行政爭訟牽涉行政訴訟之裁判者，行政法院在該民事、刑事或其他行政爭訟終結前，得以裁定停止訴訟程序。」
2、依行政訴訟法第177條第2項規定，行政法院知有其他行政爭訟牽涉行政訴訟之裁判時，是否以裁定停止訴訟程序，法條既是規定「得」以裁定停止訴訟程序，而非如同條第1項係規定「應」以裁定停止訴訟程序，故行政法院就是否停止訴訟程序，係具有裁量權，並非一律應裁定停止訴訟程序。查，原告申請以103年度投資於研發活動之支出費用抵減103年度營利事業所得稅，其中列報之投資抵減稅額189,944,081元，因未取得工業局認定其103年度研究發展活動符合申請投資抵減獎勵之資格，經被告以工業局之行政處分迄今無經撤銷或廢止之情事，其效力仍繼續存在，原告未檢附工業局核准申請函，與法規範不符，予以否准抵認列投資抵減稅額，已如前述，則本件准予抵減之稅額固涉及原告與工業局間之行政訴訟事件，惟其彼此間不具本案與先決關係，僅互有牽涉，縱工業局之核駁處分遭撤銷，亦不表示原告於本案即當然具有申請投資抵減獎勵之資格，此參原告與工業局間行政訴訟案件經臺北高等行政法院以105年度訴字第1845號判決以「對於依該辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，尚規定應具備研發能力，及所從事研究發展活動，應具有高度創新之資格條件，原告是否符合該款規定，尚未經被告審查，則被告應否作成原告符合申請適用研究發展投資抵減資格條件之行政處分，事證仍非明確，原告另請求判決被告應認定原告符合公司研究發展支出適用投資抵減辦法之申請資格條件，及將其103年度研究發展活動之審查認定結果，送交高雄國稅局核定投資抵減稅額之行政處分，尚未達全部有理由之程度，……。」（本院卷第77頁）可明，行政法院自得視個案決定有無裁定停止訴訟之必要。又稅捐稽徵法對於稅捐之核課期間設有限制規定，若未於法定期間內核課，將損及國庫稅收，於公益有重大危害，稽徵機關無可能任令等候每一階段行政處分之合法性均已獲得確保，或受處分人已窮盡救濟途徑而未能推翻前處分效力時，方進行下一階段之行政處置，被告自無俟原告與工業局間就前行政處分案之行政救濟確定後再行核課之理。至倘原告與工業局間訴訟案件之行政救濟結果有變更，且工業局重為處分後影響本件原處分核定結果，原告就本案之行政處分仍可循更正或申請重行核定等程序救濟，考量上開情節，本件尚無停止訴訟程序之必要。
(四)本件判決基礎已經明確，兩造其餘的攻擊防禦方法及訴訟資料經本院斟酌後，核與判決結果不生影響，無一一論述的必要，一併說明。
六、判決結論：本件原告之訴為無理由，應予駁回。中 華 民 國 107 年 11 月 14 日
高雄高等行政法院第一庭
審判長法官 戴 見 草
法官 邱 政 強法官 吳 永 宋以上正本係照原本作成。
一、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
二、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
三、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│（一）符合右列情形│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 之一者，得不│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 委任律師為訴│ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ 訟代理人 │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│（二）非律師具有右│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 列情形之一，│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 經最高行政法│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ 院認為適當者│ 。 ││ ，亦得為上訴│3.專利行政事件，具備專利師資格或││ 審訴訟代理人│ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合（一）、（二）之情形，而得為強制律師代理之例││外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出（二）所││示關係之釋明文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 107 年 11 月 14 日
書記官 陳 嬿 如