高雄高等行政法院判決109年度訴字第284號民國111年4月20日辯論終結原 告 歐欣環保股份有限公司代 表 人 林志燦訴訟代理人 蕭偉松 律師
陳毓芬 律師被 告 臺南市政府水利局代 表 人 韓榮華訴訟代理人 葉張基 律師被 告 臺南市政府代 表 人 黃偉哲訴訟代理人 許照生 律師上列當事人間水土保持法事件，原告不服臺南市政府中華民國109年6月29日府法濟字第1090722447號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下︰
主 文
一、訴願決定及原處分（被告臺南市政府水利局民國108年10月24日南市水保字第1081079333號函）均撤銷。
二、被告臺南市政府水利局就原告於民國106年5月15日所為之申請，應依本判決之法律見解另為適法之處分。
三、原告其餘之訴駁回。
四、訴訟費用由被告臺南市政府水利局負擔4分之3，餘由原告負擔。事實及理由
一、爭訟概要：原告前擬具「南區（龍崎廠）事業廢棄物綜合處理中心興辦事業計畫書」（下稱龍崎開發案興辦計畫書）送請經濟部審查，案經該部以民國98年7月29日經授工字第09820410660號函復原則同意。嗣該部前以95年6月2日經授工字第09520407400號函核發予行政院國軍退除役官兵輔導委員會所屬龍崎工廠及榮民工程股份有限公司（下稱榮工公司）之上開事業廢棄物清除處理中心（下稱龍崎開發案）輔導設置文件，因龍崎工廠直營民營化政策，其權利由原告概括承受，故以99年2月10日經授工字第09920401280號函核發變更後之南區（龍崎廠）事業廢棄物綜合處理中心輔導設置文件予原告及榮工公司，並未加註輔導設置期間。原告乃擬具「臺南縣○○鄉○○段56-4等58筆地號南區（龍崎廠）事業廢棄物綜合處理中心開發興建工程水土保持計畫」（下稱系爭水保計畫），經改制前臺南縣政府以99年6月10日府農保字第0990137977號函（下稱臺南縣政府99年6月10日函）核定，並以99年9月14日府農保字第0990226992A號函（下稱臺南縣政府99年9月14日函）核發系爭水保計畫第1期設場階段之水土保持施工許可證，核定預定完工期限為100年9月6日，嗣原告因該施工許可證逾期繳回，復經被告臺南市政府水利局（下稱水利局）依原告申請及經濟部工業局（下稱工業局）103年9月22日工永字第10300835180號函核准展延前開開發案期限，以被告臺南市政府103年10月6日府水保字第1030910909號函再次核發系爭水保計畫第1期設場階段之水土保持施工許可證，並核定預定完工期限為103年10月15日，惟原告期限屆至未完工，乃繳回該施工許可證。其後，經濟部因榮工公司退出龍崎開發案，再以104年5月12日經工字第10402606960號函核發變更後之輔導設置文件予原告，嗣經濟部考量事業廢棄物掩埋場興建有其必要性，而龍崎開發案因被告臺南市政府尚未重新核發水土保持施工許可證，可能不及於106年5月屆期前完成設置，故以106年3月10日經工字第10602603090號函（下稱經濟部106年3月10日函）廢止該部104年5月12日經工字第10402606960號函，另再核發原告龍崎開發案變更輔導設置文件，並載明原告應自發文次日起2年完成設置。原告於106年5月15日依水土保持計畫審核監督辦法（下稱審監辦法）第22條規定，重新向被告水利局申請系爭水保計畫之施工許可證，經被告臺南市政府以106年12月21日府水保字第1061344957號函（下稱被告臺南市政府106年12月21日函），核發系爭水保計畫第一期（一）之水土保持施工許可證，並核定系爭水保計畫第一期部分施工項目及預定完工期限為自申報復工日起90日；另於該函敘明略以，其餘非防災及維護所需水土保持設施及建築、污水工程之施工許可，將配合行政院後續政策指示辦理。原告乃就其申請系爭水保計畫第一期水土保持施工許可證項目表示不服，提起訴願，案經行政院農業委員會（下稱農委會）107年12月3日農訴字第1070727682號訴願決定作成「關於原告申請系爭水保計畫第一期水土保持施工許可證項目，經原處分機關駁回之部分撤銷，由原處分機關於2個月內另為適法之處分。」被告臺南市政府以107年12月14日府水保字第1071387113號函（下稱被告臺南市政府107年12月14日函）重新核發系爭水保計畫第一期設場階段水土保持設施之水土保持施工許可證，並核定預定完工期限為108年3月10日。原告就核定之預定完工期限不服，再次提起訴願，經農委會以108年9月12日農訴字第1080707278號訴願決定作成「原處分機關於原處分機關核定之預定完工期限部分撤銷，由原處分機關於2個月內另為適法之處分。」被告水利局認經濟部106年3月10日函同意龍崎開發案之輔導設置期限為發文次日起2年，故龍崎開發案之輔導設置期限已於108年3月10日屆至，則系爭水保計畫及107年12月14日施工許可證即一併失效，乃以108年10月24日南市水保字第1081079333號函（下稱108年10月24日函）知原告，並未再核發水土保持施工許可證。原告不服，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、原告起訴主張及聲明︰
(一)主張要旨︰
1、依當時審監辦法第31條之1第4款規定，被告水利局以108年10月24日函認定前已核發之水土保持計畫及水土保持施工許可證等文件均失其效力，並拒絕依原告之申請核發水土保持施工許可證，就原告申請核發水土保持施工許可證為具體之否准決定，而生限制及剝奪原告合法施作水土保持工程權利之法律效果，性質上自屬行政處分。
2、被告水利局未經合法之權限委任，欠缺事務權限：⑴依水土保持法第2條、第12條第1項第4款、審監辦法第5條第1
項、第4項規定，於直轄市係以「直轄市政府」作為核定水土保持計畫書（包含認定業經核定之水保計畫失效）及核發水土保持施工許可證之主管機關（管轄機關）。是以，本件所涉水土保持事務之主管機關應為被告臺南市政府，如其欲將該權限委任下級機關執行，須依行政程序法第15條規定之程序辦理，方屬合法委任。惟被告臺南市政府未依任何行政作用法之授權，或踐行任何公告等法定程序，逕自將核定水土保持計畫書（包含認定業經核定之水保計畫失效）及核發水土保持施工許可證之權限，委任被告水利局，明顯違反管轄法定原則，依行政程序法第11條、第15條規定、法務部96年11月20日法律字第960036300號函釋及最高行政法院103年度判字第605號、96年度判字第1916號判決意旨，自不生委任效力，被告水利局所為之處分即欠缺事務權限。⑵地方制度法第18條第7款第2目規定其中「自然保育」範圍過
於抽象、概括，未盡具體，依前揭法務部函釋意旨，不足以作為本件水土保持事務之授權依據，遑論此一規定之目的係在劃分自治事項，未有將事務權限委任被告水利局之意思，無從作為委任之授權依據。又被告水利局組織規程第3條第5款規定及分層負責明細表均為組織法，性質為行政機關「業務執行事項劃分以為各機關重要事項核定執行之內部依據」，並非「行政作用法」，自非委任之授權依據。亦即，被告水利局組織規程及分層負責明細表，都只是規定機關內部的業務分工，而不涉及機關在該等業務之處理上，是否得以自身名義對外發文之問題，即與事務管轄權移轉無關，自不得作為委任之授權依據。再者，被告水利局組織規程雖係依被告臺南市政府組織自治條例第11條第2項所訂定，惟被告臺南市政府組織自治條例性質亦屬組織法，非行政作用法，亦不得作為委任之授權依據。且被告水利局分層負責明細表，其性質為行政程序法第159條第2項規定之行政規則，係供機關內部事務分配參考等情，亦為被告等所自承，益徵該分層負責明細表確實無從作為權限委任之法規依據。
⑶被告臺南市政府前於106年12月21日、107年12月14日核發水
土保持施工許可證予原告，可見被告臺南市政府直至107年12月14日仍以其名義核發水土保持施工許可證，倘若其後有權限移轉，則應有相關法規修正或權限移轉公告。然而，地方制度法、被告臺南市政府組織自治條例、被告水利局組織規程等法規，於107年12月14日施工許可證作成後至108年10月24日原處分作成時，均未見修正，益徵被告臺南市政府稱此為委任之授權依據，斷無足採。
3、被告以輔導設置建議期間屆期，認定系爭水保計畫與水土保持施工許可證均失其效力，明顯違法：
⑴非都市土地使用管制規則即在處理非都市土地因「申請開發
」所涉土地使用管制分區變更之事務，據此所為之核准文件性質上即屬開發或利用許可文件。蓋因涉及非都市土地之開發及因此涉及之使用分區變更茲事體大，申請人自需訂定相關計畫書（開發計畫、興辦事業計畫），並於其內容擬定計畫使用之土地範圍、使用分區情形、所設事業之工程項目及內容、施工及營運管理計畫、污染防治及防災計畫等完整說明，以供各該目的事業主管機關為實質之審查，最後經目的事業主管機關核准之文件，即屬開發或利用許可文件。自龍崎開發案興辦計畫書所列「作業流程」及興辦計畫書檢附之工業局98年3月13日工地字第09800196940號函可知，本件係因所涉開發之土地係國家機關原已開發設置完成之工業區用地，事業之興辦並未變更土地之使用目的，最後經認定無須辦理土地使用分區變更。因此，無須訂定開發計畫、無須由地方縣市政府土地主管機關審核開發計畫，亦無須取得內政部區域計畫委員會核發開發許可，僅需備置興辦事業計畫，並由目的事業主管機關工業局（或經濟部）審查及核定興辦計畫即可。此依非都市土地使用管制規則相關規定就「興辦事業計畫」核定或核准之文件，即屬本件之目的事業主管機關開發或利用許可文件。觀諸經濟部110年11月19日經授工字第11020441920號函（下稱經濟部110年11月19日函）亦稱：「查本部98年7月29日經授工字第09820410660號函核可歐欣環保股份有限公司之興辦事業計畫書，其性質係依非都市○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○○區變更『申請開發許可』所需，而報經目的事業主管機關（本部）核准之文件。」可認本件之目的事業主管機關開發或利用許可文件即為工業局核備之興辦計畫書。
⑵工業局依當時審監辦法第6條規定，以98年8月5日工永字第09
800649820號函，將原告提出之水土保持計畫書、龍崎開發案興辦計畫書，及環境影響說明書送請被告臺南市政府，以供審查水土保持計畫。嗣被告臺南市政府依當時審監辦法第7條第4款規定，審查核定水土保持計畫後，便於99年6月10日將水土保持計畫核定本及水土保持保證金繳納通知單檢送；工業局隨即依審監辦法第7條第5款規定，將水土保持計畫核定本及相關文件送交原告，並副知被告臺南市政府。由上述歷程可知，本件之開發或利用許可文件應為龍崎開發案興辦計畫書。
⑶工業局108年3月15日工永字第10800201150號函（下稱工業局
108年3月15日函）明確指出：「依廢棄物清理法並無授權於前述管理辦法中訂定相關許可及許可期限業務，爰本部依據前述管理辦法發給歐欣公司之輔導設置文件即非屬核准開發或利用許可文件，本局前已於107年5月14日工永字第10700461760號函貴府說明在案……。」、「本部發給歐欣公司之輔導設置文件既非屬核准開發或利用許可文件，應非屬『水土保持法』及相關子法所稱目的事業主管機關之開發或利用許可，本部本案輔導設置文件所載『2年內完成設置』亦非『水土保持計畫審核監督辦法』第34條之『目的事業主管機關核准之開發期限』，故本部是否給予展期應無涉貴府受理及審核旨述水土保持計畫之展延申請，建請貴府本於職權依水土保持法相關規定妥予處理。」經濟部110年8月10日經工字第11002609090號函（下稱經濟部110年8月10日函）及110年11月19日函再度重申相同意旨。經濟部既明確肯認，其並未獲任何之法律授權得依「經濟部輔導設置事業廢棄物清除處理設施管理辦法」（下稱輔導設置辦法）核發許可文件或訂立許可期限，基於法律保留原則及授權明確性原則，經濟部確實無權發給開發或利用許可文件，或訂立許可期限。是以，經濟部縱依上開輔導設置辦法對外核發之輔導設置文件，性質上自非開發或利用許可文件，亦無涉任何開發或許可期限之訂立。經濟部106年3月10日函之2年輔導設置建議期間，即非被告等所稱之開發期限。
⑷被告固稱被告臺南市政府核發之水土保持施工許可證上所載
「開發或許可文件」為輔導設置文件，非興辦計畫書，原告從來沒有對其提出爭執，並多次申請變更或展延輔導設置文件云云，惟此為被告臺南市政府錯誤以輔導設置文件為開發或利用許可文件，致使原告有所誤認。況本不因原告之認知即可變更輔導設置文件之性質，被告亦無從就歷來核發之水土保持施工許可證之違法、錯誤內容主張行政處分之構成要件效力，被告此部分主張自無可取。又自文件內容觀之，龍崎開發案興辦計畫書方有擬計畫開發之工程項目及內容、施工及營運管理計畫、污染防治及防災計畫等完整說明，始足供被告臺南市政府審查水土保持計畫時作為參考，經濟部輔導設置文件則無前開內容，僅為一簡單函文，此亦凸顯內容未見說明具體開發內容之經濟部輔導設置文件顯非目的事業主管機關之開發或利用許可文件。被告臺南市政府顯無從據經濟部輔導設置文件審查本案之水土保持計畫，其稱經濟部輔導設置文件為開發或利用許可文件，顯非可採。
⑸經濟部106年3月10日函之「2年內完成設置」，並未使用「期
限」等文字，自非行政處分附加有效期限，且僅記載於該函之「其他事項」，可見非屬行政處分之重要內容，僅為不具規制性之通知、建議或說明，性質上實非具有規制效力之開發期限。況且，倘輔導設置文件於108年3月10日即已屆期，則被告臺南市政府何須針對原告所提之水土保持施工許可證展延申請案，於108年5月30日仍回覆：「貴公司因核發旨揭水土保施工許可證事件，不服本府107年12月14日府水保字第1071387113號函，並於108年2月26日向行政院農業委員會提起訴願。據此，貴公司申請之完工期限展延將俟上開訴願決定後研辦。」未見其主張水土保持計畫及水土保持施工許可證已因輔導設置建議期間屆期而失效等文字。可見，於被告臺南市政府之主觀認知，本件輔導設置建議期間並非開發期限，其後於原處分所為認定明顯有所矛盾，被告臺南市政府明顯違法濫權。
⑹綜上可知，無論依廢棄物清理法第28條第4項或輔導設置辦法
規定，均未授權經濟部核發開發與利用許可，或得於輔導設置文件附加開發期限之權限，經濟部106年3月10日函所核發之輔導設置文件，性質並非開發或利用許可文件，該函之2年輔導設置建議期間自與開發期限無涉。被告不顧上開法規授權範圍、有權機關就相關法令所為之法律解釋與事實認定，錯誤將輔導設置文件視為開發或利用許可文件，並以該輔導設置文件於108年3月10日已屆期失效，逕依當時審監辦法第31條之1第4款與第35條之1第3款規定，認定本件水土保持計畫與水土保持施工許可證均失其效力，顯有認定事實與適用法律之重大違誤，並嚴重牴觸法律保留原則及授權明確性原則，違反依法行政原則至明，原處分明顯違法、無據。
4、系爭水保計畫並無因開發期限屆至而失效之問題，被告自應依系爭水保計畫核定施工範圍所需之360天工期，核發具備完整施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證予原告：
⑴本件輔導設置文件之2年輔導設置建議期間並非「期限」，被
告應依水土保持計畫所定之施工範圍及工期核發水土保持施工許可證。況觀諸經濟部110年8月10日函、110年11月19日函之意見，龍崎開發案興辦事業計畫書既無「撤銷或廢止存續」之情事，目的事業主管機關及開發或利用許可文件為工業局審查核可並送經濟部核備之龍崎開發案興辦計畫書，迄今仍為有效，並無所謂開發或利用許可文件到期之問題。是此，系爭水保計畫並未失效，被告自應依法核給完整施工範圍、完整工期之水土保持施工許可證，俾使原告得依興辦計畫書完成之開發，以達中央政府輔導設置掩埋場最終有效處理廢棄物之環保政策（實際上同性質之北部、中部處理中心均早已設置完成）。退步言，本件應將原告提起本件申請後，不可歸責於原告之時間經過予以排除（被告相關處分業經訴願機關兩度撤銷，其等仍拒絕依訴願決定作成適法之處分），被告無由藉之主張輔導設置建議期間業已經過。
⑵觀諸系爭水保計畫，可知龍崎開發案第一期之水土保持工程
施工期限預計為360天，施工作業內容（即施工範圍）包括：(1)初期防災設施、假設工程及地表清除；(2)防災工程；
(3)永久性及臨時性滯洪沉砂池；(4)地下排水盲管系統；(5)臨時性排水；(6)施工便道；(7)整地工程；(8)擋土工程；
(9)道路工程；(10)排水工程；(11)植生工程。考量水土保持設施應以合理施作方式並佐以適當之工期進行施作，方得以發揮水土保持之效能，被告臺南市政府自應依水土保持計畫所載內容，核發具備完整施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證予原告。
⑶依監造單位森山工程顧問有限公司（下稱森山公司）110年7
月16日函復意見，本件第1、2次核發水土保持施工許可證，因與鄰近居民協商及核定工期過短，均未能施工；第3、4次核發水土保持施工許可證，雖分別實際進場施作23天、27天，惟施作工項均為測量、放樣、施工便道、臨時滯洪沉沙池等臨時性防災設施，且不僅尚未施作完成，更因停工已逾2年，現地狀況經過降雨及沖蝕影響而有所改變，日後復工，亦皆需重新施作。故本件雖經被告4次核發水土保持施工許可證，惟因遭受民意反彈，行政院院會決議暫緩推動，後來尚有被告以命停工，或要求重新提送計畫及文件，或以核給顯不具實益之過短工期等方式阻撓原告進場施作之情形，導致原告始終未能順利施作水土保持工程，或所施作工項均係尚未完成之臨時性防災設施，該等設施更因停工過久不具原本效益，形同未施作。從而，為供原告得依原水土保持計畫核定範圍進行完整施作，被告自應依水土保持計畫核給原告具360天完整工期之水土保持施工許可證。
5、被告水利局陳報之自然地景公告圖說，龍崎開發案58筆土地中，涉及劃入自然地景之18筆土地（全部或部分），其面積約為2.662公頃，占開發案面積41.1986公頃僅約6.46%，可知龍崎開發案僅極少部分土地遭被告臺南市政府劃入龍崎牛埔堊地之自然地景，此至多僅涉及審監辦法第19條規定之水土保持計畫變更，並不影響原核定水土保持計畫之有效性或逕認水土保持計畫失效，此就原處分違法無效或應撤銷之事實亦無影響。
(二)聲明︰
1、訴願決定及原處分（被告水利局108年10月24日函）均撤銷。
2、被告臺南市政府或水利局應就原告於106年5月15日所為之申請，依系爭水保計畫（第一期）核發具備完整之施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證予原告。
三、被告水利局答辯及聲明︰
(一)答辯要旨︰
1、被告水利局108年10月24日函僅為觀念通知：⑴被告水利局108年10月24日函只是在說明原告水土保持計畫及
水土保持施工許可證已經在「半年前」的108年3月10日失其效力之「觀念通知」而已，被告水利局並無就此作成任何決定或其他公權力措施而對原告直接發生法律效果之單方行政行為。易言之，並非被告水利局108年10月24日函使系爭水保計畫及水土保持施工許可證失其效力，系爭水保計畫及水土保持施工許可證「業於108年3月10日失其效力」係因為審監辦法第31條之1之適用問題所致，並非此函賦予其失效之效果，並未直接影響原告權利義務關係，且並未對外發生任何效力。
⑵經濟部核定原告所提出之龍崎開發案興辦計畫後，等於經濟
部指定原告可以投資設置事業廢棄物清除處理設施，但此興辦計畫只是經濟部根據管理辦法所為之指定或遴選程序而已，不等於原告單憑興辦計畫就可實際動工興建，仍然必須經過其他審查程序。又原告提出之興辦計畫並非輔導設置辦法第4條第2款規定經濟部必須「依法」核定之文件，亦即該興辦計畫之同意僅係經濟部為了發給營運機構輔導設置文件前之中間遴選程序，自不可能屬具有「法效性」之核准開發或利用許可文件。且當興辦計畫所擇定之地點為山坡地時，原告首先須依審監辦法第7條第1款規定，擬具水土保持計畫併同目的事業開發或利用許可申請文件，向各目的事業主管機關（經濟部）申請，不能直接向被告提出申請，經濟部於受理申請後，應將水土保持計畫或簡易水土保持申報書送請主管機關（臺南縣政府）審核。基於上開說明，經濟部核准之興辦計畫非設置管理辦法明文規定之程序文件，故經濟部對興辦計畫核准並非水土保持施工許可證之依據。且依審監辦法第22條規定，目的事業主管機關之核准或開發許可文件，係申請人於申請水土保持施工許可證時須自行檢附之文件，而原告申請水土保持施工許可證時並未附上興辦計畫同意函，足見原告從未認為興辦計畫之同意函屬於目的事業主管機關之核准或開發許可文件。
⑶經濟部核准開發或利用許可（即輔導設置文件）後，應依審
監辦法第7條第5款規定，將水土保持計畫核定本及其他文件送交水土保持義務人，並副知主管機關（臺南縣政府）。臺南縣政府收到經濟部核准開發或利用許可後，核准原告所提出水土保持計畫。水土保持計畫書有效期間為3年，此係因為審監辦法第22條第1項規定，倘未在核定後3年內申報開工並取得水土保持施工許可證或沒有在期限內完工者，根據審監辦法第31條之1第3、4款規定，原核定水土保持計畫失其效力，其已核發水土保持施工許可證一併失其效力。因此，原告在101年8月申報開工，並於申報開工前，檢附相關資料向臺南縣政府申領核發水土保持施工許可證，臺南縣政府並於99年9月14日第一次核發水土保持施工許可證。
⑷被告水利局108年10月24日函僅是單純說明水土保持施工許可
證的期限必須與輔導設置文件之期限約款「連結」之事實，而非以行政處分決定水土保持施工許可證的期限，確實是觀念通知，只在說明原核定水土保持計畫失其效力，其已核發水土保持施工許可證根據審監辦法第31條之1第3、4款規定一併失其效力之事實。
2、根據最高行政法院103年2月份第1次庭長法官聯席會議決議、鈞院103年度訴字第321號判決意旨，水土保持法事件有關地方政府主管機關部分，其作用應在於將此法定權限劃歸為地方自治團體享有，而使該地方自治團體得基於團體權限及自主組織權，由其立法機關及行政機關自行決定團體內部之任務分配及執行機關，以落實憲法對地方自治之制度性保障之功能。我國現行行政法規，雖常分別就中央、直轄市、縣（市）規定其主管機關，然此種規定，就地方而言，應屬團體管轄，而非層級管轄。因此，基於地方自治權，地方政府得將有關業務委由所屬下級機關執行之，無須法律特別授權，而與一般之委任不同，故本件當無行政程序法第11條第1、5項及第15條第1、3項行政委任等法規適用之問題。至於本件早期由被告臺南市政府分別於106年12月21日及107年12月14日核發水土保持許可證，事後改由被告水利局作成108年10月24日函，係因為法制單位當時「通案」建議應依最高行政法院103年2月份第1次庭長法官聯席會議決議辦理，並非針對本件特別為之。又被告水利局組織規程第3條規定，分別於100年3月14日、101年4月6日修正並刊登公報，被告水利局分層負責明細表(甲表)，分別於100年1月10日、103年4月24日及109年6月23日公告修正，被告水利局因上開規定取得團體管轄權限，就本件確實有管轄權。況組織內部的事務分配是行政程序法第159條第2項第1款之「組織性行政規則」，依法無需公告。且如上述，此為團體管轄而非層級管轄問題，不論由被告臺南市政府或水利局作成，均依法有據。
3、經濟部核發之龍崎開發案輔導及設置文件係屬審監辦法第22條第1項之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」：
⑴按水土保持法第12條規定，水土保持計畫或簡易水土保持申
報書係為配合目的事業所為之水土保持處理與維護，而審監辦法第22條第1項所稱之「目的事業主管機關核准開發或利用許可」，則以該目的事業主管之相關法令中，有類似之「開發利用許可」規定，為優先適用。是該目的事業之主管機關主管法令如有類似許可開發利用之規定，則該許可文件即屬審監辦法規定所稱之「目的事業主管機關核准開發或利用許可」，獲開發利用之土地經營人、使用人或所有人水土保持義務人即須擬具水土保持計畫書及上開文件，依審監辦法第7條規定申請主管機關核定水土保持計畫及施工許可證。但如該開發或利用許可經廢止或已失效力，依審監辦法第31條之1第4款規定原審定或核定水土保持規劃書、水土保持計畫或簡易水土保持申報書亦失其效力，據此核發之水土保持施工許可證及完工證明書一併失效。⑵龍崎開發案係經濟部為執行「全國事業廢棄物管制清理方案
」，依據輔導設置辦法指定並輔導設置事業廢棄物清除處理設施。又龍崎開發案場址前已為工廠使用，故無須辦理使用分區變更，而無經內政部區域計畫委員會核發開發許可程序，但設置依據確為輔導設置辦法，亦即龍崎開發案設置位置係屬經濟部參酌其區位條件審核認屬適當，而依輔導設置辦法輔導設置，該事業廢棄物清除處理設施並因之得排除適用「公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法」，故經濟部核發之輔導設置許可文件其性質自應與審監辦法第22條第1項所稱之「目的事業主管機關核准開發或利用許可」相當，此觀經濟部95年6月2日經授工字第09520407400號函核發行政院退除役官兵輔導委員會所屬龍崎工廠及榮工公司變更後之輔導設置文件後，工業局除收受水土保持義務人擬具之水土保持計畫，並以98年8月5日工永字第09800649820號函轉系爭水保計畫予改制前臺南縣政府審查，改制前臺南縣政府審查核定後亦以99年6月10日函知工業局，其等程序即認定經濟部為屬目的事業主管機關甚明。
⑶被告臺南市政府於107年4月10日以府水保字第1070374776號
函詢工業局：「請檢視貴局開發或利用許可文件，是否符合農委會87年07月14日（87）農林字第87131398號函釋應配合目的事業（經濟部）相關法令之規定程序，並請惠復。」工業局則於107年5月14日以工永字第10700461760號函覆：「貴府函詢有關水土保持法所稱開發或利用許可文件認定事宜，因屬貴管業務權責，請本於職權妥處。」表示工業局知其非水土保持法之主管機關，無權解釋水土保持法與審監辦法之相關規定，仍然請被告臺南市政府本於職權處理。再者，經濟部106年3月10日函說明二甚至明確記載：｢查本部前以104年5月12日經工字第10402606960號函核發貴公司變更輔導設置文件在案；今臺南市政府尚未重新核發水土保持施工許可證，可能不及於106年5月屆期前完成設置，惟事業廢棄物掩埋場之興建有其必要性，因而變更輔導設置文件，……。｣表示經濟部在106年3月10日發函時也認定輔導設施文件就是審監辦法所規定目的事業主管機關之開發或利用許可，否則無須因被告臺南市政府尚未重新核發水土保持施工許可證而自動變更展延輔導設施文件內容與期限。從而，水土保持法之子法｢審監辦法｣之解釋爭議，應由水土保持法之中央目的事業主管機關農委會方有權為行政解釋，經濟部與工業局無權解釋審監辦法第22、34條等規定之適用要件。經濟部亦自承其非水土保持法之主管機關，無從就水土保持計畫審核監督辦法第22條第1項之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」進行認定與解釋，可見工業局108年3月15日函稱經濟部核發之輔導設置文件非屬「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」，明顯逾越其法定權限而不可採。
⑷依管理辦法第2、4條規定，係由經濟部指定或遴選公民營機
構以及發給輔導設置文件，經濟部屬審監辦法第7條所規定之目的事業主管機關。且依經濟部110年8月10日函、110年11月10日函，目的事業主管機關為「經濟部」，未將權限委任予工業局。又被告就本件4張水土保持施工許可證中｢開發或利用許可｣之欄位均為經濟部歷次輔導設置文件之函文，表示水土保持法地方主管機關審核時確實係以經濟部歷次核發輔導設置文件為開發或利用許可文件，原告亦未對水土保持施工許可證所載開發或利用許可文件是輔導設置文件提出任何爭執。況興辦事業計畫核定後，必須有經濟部核發之輔導設置文件，地方政府才能核發水土保持施工許可證，故開發或利用許可就是經濟部核發之輔導設置文件。另經濟部於111年1月14日被告水利局所舉辦之水土保持計畫審核監督辦法之目的事業主管機關核准開發或利用許可討論會議中已明確表示「三、查本部98年7月29日經授工字第09820410660號函同意備查歐欣環保股份有限公司之興辦事業計畫書，係為辦理土地分區變更所提出，後經內政部地政司確認無需辦理土地分區變更。」換言之，本件廢棄物清除處理設施設置前無須辦理土地分區變更，則作為辦理土地使用分區變更申請開發許可所需文件之經濟部98年7月29日經授工字第09820410660號函，不可能是被告核發水土保持施工許可證時所需要審查之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」。
⑸倘興辦計畫核定函為開發或利用許可文件，原告何須多次申
請經濟部變更或展延輔導設置文件，經濟部又何須發出輔導設置文件或展延，足見兩造都認知係以經濟部核發之輔導設置文件為開發或利用許可文件。又假設興辦計畫為開發或利用許可文件者，因興辦計畫未載明開發期限，則水土保持工程完工期限應依照水土保持施工許可證核可期限及依審監辦法第34條規定之展延期限辦理，則完工期限在展延2次後，於101年9月6日即截止，水土保持施工許可證不得再展延。
但實際上在103年10月6日、106年12月21日、107年12月14日得以再核發水土保持施工許可證，係因經濟部輔導設置文件給予較長期限，故被告臺南市政府始根據審監辦法第34條規定給予展延期限，此等展延期限之歷程更足以證明輔導設置文件確為開發利用許可文件。
4、龍崎開發案之輔導設置期限屆至後，系爭水保計畫及水土保持施工許可證即應一併失效：⑴經濟部原於95年6月2日、99年2月10日核發予原告及榮工公司
之輔導設置文件，並未註記輔導設置期間，嗣於104年5月12日核發變更輔導設置文件函始有：「應依據行政院及臺南市政府意見，持續辦理居民及民意代表之溝通，並自發文次日起2年完成設置。」經濟部106年3月10日核發變更輔導設置函則仍延長開發案之輔導設置期限2年，並載明該部104年5月12日函停止適用等語，可知上開記載應屬輔導設置辦法第5條第7款所定「其他經經濟部指定者」之記載事項，其性質核屬核發龍崎開發案輔導設置處分所為之期限附款，而原告對經濟部上開附款並未爭執，故輔導設置期限自應受經濟部106年3月10日函所拘束。然原告並未依經濟部106年3月10日函所訂2年期限屆完成設置，且經濟部亦未再准核變更輔導設置期限，則輔導設置文件自屬失效，致有原目的事業主管機關之開發許可文件屆期失效情形，故被告水利局108年10月24日函依據審監辦法規定說明系爭水保計畫及水土保持許可證應一併失效，核屬有據。
⑵經濟部108年2月14日經工字第10802601430號函亦載明：｢本
部106年3月10日以經工字第10602603090號函核發本案之輔導設置文件，將於108年3月10日屆期不予展延。｣另行政院長108年2月19日於立法院答詢宣布：「基於對地方民意反映的回應，對地方特殊地質跟自然保育的維護，所以對於龍崎掩埋場3月10日展延期限到期之後不再延期。」再者，原告於103年10月28日以工函字第1031008號繳回該次施工許可證時，亦明白表示：｢本案俟取得目的事業主管機關核准展延開發期限後，再依審監辦法第34條第2項規定檢據核准展延開發期限之文件重新申領核發。｣原告嗣於104年5月20日以工函字第1040502號函重新申請水土保持施工許可證所檢附核准展延開發期限之文件就是經濟部104年5月12日經工字第10402606960號函，該函就是輔導設置文件，表示原告始終承認經濟部輔導設置文件就是本件目的事業主管機關核准開發或利用許可文件。
⑶被告臺南市政府106年12月21日函附水土保持施工許可證「五
、目的事業主管機關核發開發或許可文件」欄位確實記載「經濟部工業局106年3月10日經工永字第1060263090號函」，原告對與此函有關第一期許可證項目提起訴願，並未對於「
五、目的事業主管機關核發開發或許可文件」欄位之處分提出訴願，故被告臺南市政府106年12月21日函所核發之水土保持施工許可證確係以經濟部106年3月10日函為審監辦法第22條之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，當經濟部106年3月10日函附有延長開發案輔導設置期限2年之期限附款時，則被告臺南市政府106年12月21日函所核發之水土保持施工許可證有效期限當然也受到此期限附款之限制，只到108年3月10日(即期限之附款)。
5、按水土保持法第1條及第4條規定意旨，水土保持處理與維護之實施目的旨在合理利用有限的水土資源，達到人類永續發展的目的，故課予在公、私有土地之經營或使用者有實施水土保持之義務。是此水土保持義務既係因開發利用行為涉及利用土地水土資源，乃課予使用人等水土保持義務，則該開發利用行為之許可如嗣後廢止或失效，所衍生之水土保持義務自失所附麗，無由再依其水土保持計畫核予施工許可證。原告所提興辦計畫書之「興辦事業之各項工作及程序事宜」作業流程，為原告參照當時「非都市土地使用管制規則」第17條附表二（使用分區及使用地變更計畫一併申請案件之審議流程圖）自行製作，並非法定流程，原告得以免經土地主管機關開發計畫初審、內政部區域計畫委員會開發計畫書圖審查及核發開發許可，係依工業局98年3月13日工地字第09800196940號函而無須辦理使用分區變更，但經濟部依管理辦法第4條所定輔導程序，就龍崎開發案之場址是否適宜為南區事業廢棄物綜合處理中心仍具有審查之權限，且經該部審核並核發輔導設置文件後，廢棄物清除處理業者即得據此申請水土保持計畫、雜項執照等，故該輔導設置文件之性質自與目的事業主管機關之開發許可相當，核無原告主張無須為開發利用許可之情形。又龍崎開發案如完成開發，該事業廢棄物清除處理設施之管理規定即輔導設置辦法，排除｢公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法｣之適用，故其許可開發自應以該輔導設置文件是否有效為前提；況依廢棄物清理法第28條第1項及第4項規定，廢棄物清除處理設施之設置原則應依｢公民營廢棄物清除處理機構許可管理辦法｣向處理場所在地方主管機關申請設置許可，例外始得依輔導設置辦法設置，故就廢棄物處理管理體系而言，自無所謂依輔導設置辦法設置之事業廢棄物處理場無須開發許可之理由，是原告主張顯與90年10月24日修正廢棄物清理法第28條加強事業廢棄物處理規範之本旨有違，自難採憑。
6、在原告未能向經濟部申請延長輔導設置期限之情形下，因為根本沒有開發興建工程本體，被告水利局根本無法根據審監辦法相關規定核發水土保持施工許可證，故被告水利局並無核發水土保持施工許可證之作為義務，則原告向被告水利局申請核發水土保持施工許可證當屬無據。再者，根據森山公司之函覆，原告實際施工50天，當然不得再請求360天工期。至於監察院之調查意見乃係針對行政機關行政事項之處理有無缺失或行政機關為行政行為是否具備積極性、明確性，而有再予檢討之餘地為衡酌，此與行政訴訟之要件，容有不同，故監察院之調查意見非屬事實存否之證據，尚不足為有利原告之證據，況鈞院應自行認定事實適用法律，並不受監察院調查報告之拘束。
(二)聲明︰原告之訴駁回。
四、被告臺南市政府答辯及聲明︰
(一)答辯要旨：
1、被告水利局依被告臺南市政府組織自治條例第11條第1項第7款規定為被告臺南市政府之一級機關，並依被告臺南市政府組織自治條例授權訂定之水利局組織規程第3條第5款掌理被告臺南市政府轄下關於山坡地水土保持管理及處理之一切事物，而原告請求核發水土保持施工許可證，乃係依水土保持法授權訂定之審監辦法第22條第1項提出申請，可知核發水土保持施工許可證屬水土保持管理之一環，依被告水利局組織規程第3條第5款，自屬被告水利局之權限。又依據鈞院103年度訴字第321號判決見解，本件關於水土保持法地方政府主管機關部分（即水土保持法第2條），其作用應在於將此法定權限劃歸為地方自治團體享有，而使該地方自治團體得基於團體權限及自主組織權。此種規定，就地方而言，應屬團體管轄，而非層級管轄，因此，基於地方之自治權，地方政府得將有關業務委由所屬下級機關執行之，無須法律特別授權，而與一般之委任不同，故本件當無原告所稱違反行政程序法第11條第1、5項及第15條第1、3項行政委任等法規之問題。
2、不論被告水利局組織規程或水利局分層負責明細表(甲表)均明定被告水利局就本件確實有管轄權，原告雖引用其他縣市政府自治條例相關規定稱被告臺南市政府如將此權限委任被告水利局須再行依行政程序法第15條公告云云，惟此乃涉及地方自治團體之立法權限，如臺南市議會對此認為無另行公告之必要而未於被告臺南市政府組織自治條例中立法規定，被告臺南市政府自無援用其他地方自治團體組織自治條例之可能。又實務上一級機關使用｢局函｣或｢府函｣的差別，有時候只是承辦人員認為要慎重一點就以｢府函｣發出之習慣作業而已，但實際上真正處理公務的都是一級機關的承辦單位。至於早期由被告臺南市政府分別於106年12月21日及107年12月14日核發水土保持許可證，事後改由被告水利局作成108年10月24日函通知，係因許育典副市長在108年8月30日所召開臺南市政府第328次各局處協調會議明確提示：｢對外作成之行政處分，請各局務必以局及局長的名義發文，請勿再以市府及市長名義發出，以落實訴願制度核心價值-行政的自我檢討。｣會後並提供最高行政法院103年2月份第1次庭長法官聯席會議決議，故包括被告水利局在內其他所有局處均依指示辦理，並非針對本件特別為之。從而，核發水土保持施工許可證為被告水利局之權限。
3、經濟部核發之龍崎開發案輔導及設置文件係屬審監辦法第22條第1項之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件：
⑴依輔導設置辦法第2條、第4條、第11條規定，工業局只是負
責備查之機關，主管機關為經濟部。縱使經濟部授權工業局處理，此乃中央機關之權限委任，依行政程序法第15條須有法規規定且須將該法規刊登政府公報或新聞紙，而與地方自治團體將業務委由下級機關執行不同。又依經濟部與所屬行政機關權責劃分表，其中工業局與經濟部權責劃分均無管理辦法之授權），故輔導設置文件仍應係由經濟部發出，經濟部應屬審監辦法第7條所規定之目的事業主管機關。至監察院調查報告並無拘束法院認定事實、適用法律職權之效力。⑵興辦計畫僅係經濟部根據輔導設置辦法所為之指定或遴選程
序而已，不表示原告單憑興辦計畫就可實際動工興建，仍須經過其他審查程序。再者，經濟部所核准之興辦計畫並非輔導設置辦法第4條第2款明文經濟部必須「依法」核定之文件，亦即該興辦計畫之同意僅係經濟部為了發給營運機構輔導設置文件前之中間遴選程序，自不可能屬具有「法效性」之核准開發或利用許可文件，故經濟部對興辦計畫核准並非水土保持施工許可證之依據。且依審監辦法第22條規定，目的事業主管機關之核准或開發許可文件，係申請人於申請水土保持施工許可證時須自行檢附之文件，而原告申請水土保持施工許可證時亦係檢附經濟部核發之輔導設置文件，並未附上興辦計畫同意函，足見原告從未認為興辦計畫之同意函屬於目的事業主管機關之核准或開發許可文件。⑶從事廢棄物清除、處理原應由主管機關核發公民營廢棄物清
除處理機構許可文件後，始得受託清除、處理廢棄物業務，惟經濟部輔導設置之廢棄物清除處理設施，於取得經濟部發給其營運機構輔導設置文件即無須再次取得主管機關核發之廢棄物清除處理機構許可文件（廢棄物清理法第28條第1項第3款第3目及第41條第1項第5款），從而，經濟部發給之營運機構輔導設置文件即具有與廢棄物清理主管機關核發之廢棄物清除處理機構許可文件同等效果。況農委會就審監辦法關於「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」亦指出係以該會主管之相關法令中，有類似之開發利用「許可」規定，為優先適用，而管理辦法中類似之開發利用許可即為「輔導設置文件」。是以，依審監辦法第22條第1項第1款規定，向主管機關申領核發水土保持施工許可證所須檢附之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」即為「輔導設置文件」。其次，經濟部95年6月2日經授工字第09520407400號函核發龍崎開發案變更後之輔導設置文件後，工業局除收受水土保持義務人擬具之水土保持計畫外，亦以98年8月5日工永字第09800649820號函轉系爭水保計畫予改制前臺南縣政府審查，改制前臺南縣政府審查核定後則於99年6月10日函知工業局，其等程序即認定經濟部為目的事業主管機關甚明。再者，原告於103年10月28日以工函字第1031008號繳回該次施工許可證時明白表示：｢本案俟取得目的事業主管機關核准展延開發期限後，再依審監辦法第34條第2項規定檢據核准展延開發期限之文件重新申領核發。｣嗣後於104年5月20日以工函字第1040502號函重新申請水土保持施工許可證所檢附核准展延開發期限之文件即為經濟部核發之輔導設置文件，可見原告亦承認經濟部輔導設置文件就是目的事業主管機關核准開發或利用許可文件。⑷原告分別於102年5月22日工函字第1020507號函、104年4月24
日工函字第1040405號函及106年2月14日工函字第1060202號函多次申請經濟部變更或展延輔導設置文件，經濟部亦多次發出設置輔導文件或展延，且102年之展延係由行政院所核定，工業局只是轉發行政院展延核定結果，之後104年之變更及106年之展延均係由工業局轉呈原告變更或展延申請，再由經濟部為變更與展延之准許，更足以證明兩造都認知係以經濟部核發之輔導設置文件為開發或利用許可文件，倘以興辦計畫核定函為開發或利用許可文件者，原告根本無須一再提出變更與展延輔導設置文件之申請，只要引用興建計畫即可主張其開發沒有任何期限即可。另因興辦計畫未載明開發期限，則水土保持工程完工期限應依照水土保持施工許可證核可期限及依審監辦法第34條規定之展延期限辦理，則完工期限在展延2次後，於101年9月6日即截止，水土保持施工許可證不得再展延。但實際上在103年10月6日、106年12月21日、107年12月14日得以再核發水土保持施工許可證，係因經濟部輔導設置文件給予較長期限，故被告臺南市政府始根據審監辦法第34條規定給予展延期限，此等展延期限之歷程更足以證明輔導設置文件確為開發利用許可文件。⑸被告臺南市政府曾於107年4月10日以府水保字第1070374776
號函詢工業局：「請檢視貴局開發或利用許可文件，是否符合農委會87年07月14日（87）農林字第87131398號函釋應配合目的事業（經濟部）相關法令之規定程序，並請惠復。」經工業局於107年5月14日以工永字第10700461760號函覆：
「貴府函詢有關水土保持法所稱開發或利用許可文件認定事宜，因屬貴管業務權責，請本於職權妥處。」表示工業局亦知悉自身非水土保持法之主管機關，無權解釋水土保持法與審監辦法之相關規定。又經濟部在106年3月10日發函時亦認定輔導設施文件就是審監辦法所規定目的事業主管機關之開發或利用許可，否則無須因被告臺南市政府尚未重新核發水土保持施工許可證而自動變更展延輔導設施文件內容與期限。綜上，工業局亦知悉此部分其無權責為解釋，108年3月15日函充其量只是將意見告知被告臺南市政府，仍然請被告臺南市政府本於職權處理，並無拘束被告臺南市政府之效力。
4、經濟部核發之輔導設置文件既屬向主管機關申領核發水土保持施工許可證所須檢附「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」，而經濟部106年3月10日函於延長龍崎開發案之輔導設置期限2年後，即未再准核變更輔導設置期限，從而，經濟部作為目的事業主管機關所核發龍崎開發案輔導及設置文件既已於108年3月10日到期而失效，則原告申領核發水土保持施工許可證所檢附之資料即欠缺「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」，被告臺南市政府縱為有權核發水土保持施工許可證之機關，亦無義務再核發水土保持施工許可證予原告。
5、第一次施工許可證期間原為99年9月14日至100年9月6日，經展延兩次至101年9月6日，原告於101年8月20日申報開工，於102年3月12日繳回許可證，原告本應於原展延期限101年9月6日期滿繳回許可證，但實際上原告持續施工，拖至102年3月12日始繳回許可證，故此部分原告實際施工7個月。第二次施工許可證期間原為103年10月6日至103年10月15日，原告似未施工。第三次施工許可證期間為106年12月21日至申報復工日起90日，原告於106年12月21日申請復工，被告於107年1月9日准許復工，107年1月24日命令停工，故此部分原告實際施工約2週。第四次施工許可證期間為107年12月14日至108年3月10日，原告似未施工。原告實際已施工日約為7.5個月，縱使有權請求被告臺南市政府再次核發水土保持許可證，原告亦不得請求核發360天水土保持施工許可證。
6、審監辦法第22條第第1項第1款所稱之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」即為經濟部核發之輔導設置文件，而經濟部就此輔導設置文件於104年5月12日核發時即載明輔導設置期為2年，且於前揭輔導設置文件到期後，未再准予展延，則本於依法行政原則，被告臺南市政府縱為核發水土保持許可證之機關，亦無從忽略審監辦法第22條第1項申請人須檢附「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」之規定，逕自核發水土保持施工許可證；同理，除非原告於本案言詞辯論終結前取得經濟部核發之輔導設置文件，否則依最高行政法院99年度判字第1049號、100年度判字第1924號判決意旨，亦無法要求被告應核發水土保持施工許可證予原告。至於因為時間經過導致原告逾期不能請求之不利益，依前揭最高行政法院判決意旨，並非課予義務訴訟應審理之範疇。
(二)聲明︰原告之訴駁回。
五、爭點︰
(一)被告水利局108年10月24日函是否為行政處分？
(二)被告臺南市政府抑或水利局有核發系爭水保計畫水土保持許可證之權限？
(三)審監辦法第22條第1項所指之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件是否為經濟部就龍崎開發案所核發之輔導設置文件？經濟部106年3月10日函核發之輔導設置文件是否已因屆期而失效？且系爭水保計畫及水土保持許可證是否亦併同失效﹖
(四)原告申請依系爭水保計畫（第一期）核發具備完整之施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證，是否有據？
六、本院的判斷︰
(一)前提事實︰如爭訟概要欄所記載之事實，業據兩造分別陳明在卷，並有經濟部98年7月29日經授工字第09820410660號函（卷1第51頁）、95年6月2日經授工字第09520407400號函（卷1第53至54頁）、99年2月10日經授工字第09920401280號函（卷1第63至64頁）、104年5月12日經工字第10402606960號函（卷2第268至269頁）、106年3月10日函（卷1第267至268頁）、臺南縣政府99年6月10日函（卷1第75至76頁）、99年9月14日函（卷1第161至163頁）、被告臺南市政府103年10月6日府水保字第1030910909號函（卷2第187至189頁）、106年12月21日函（卷1第185至186頁）、107年12月14日函（本院卷1第217至218頁）、原告106年5月15日工函字第1060501號函（卷1第183頁）、農委會107年12月3日農訴字第1070727682號訴願決定（卷1第208至215頁）、108年9月12日農訴字第1080707278號訴願決定（卷1第231至240頁）、被告水利局108年10月24日函（卷1第243至244頁）及訴願決定書（卷1第246至265頁）等附本院卷為證，可信為真實。
(二)被告水利局108年10月24日函為行政處分：
1、按「行政機關行使公權力，就特定具體之公法事件所為對外發生法律上效果之單方行政行為，皆屬行政處分，不因其用語、形式以及是否有後續行為或記載不得聲明不服之文字而有異。」（司法院釋字第423號解釋參照）。故行政機關作成之函文是否為行政處分，不應拘泥於該公文書所使用之文字，而應探求行政機關之真意，若行政機關對於人民請求作成行政處分之事項，雖未為具體准駁之表示，但如自其說明之內容，已足認其有准駁之表示，而對人民發生法律上效果者，即應認屬行政處分。
2、經查，原告於106年5月15日依審監辦法第22條規定，檢附經濟部106年3月10日函及相關申請文件向被告水利局申請系爭水保計畫之施工許可證，經被告臺南市政府106年12月21日函，核發系爭水保計畫第一期（一）之水保施工許可證，原告隨即於翌日（22日）申報開工（但被告臺南市政府隨後受到龍崎當地居民強烈抗議及臺南市議會現場會勘要求，乃以107年1月24日府水保字第1070151467號函命原告即日停工），惟因原告就該施工許可證之項目不服，提起訴願，經農委會訴願決定將被告臺南市政府駁回之部分撤銷，責由被告臺南市政府於2個月內另為適法之處分；後經被告臺南市政府復以107年12月14日函重新核發系爭水保計畫第一期設場階段水土保持設施之水保施工許可證（期限至108年3月10日止），並撤銷106年12月21日函核發之水保施工許可證，原告亦隨即於107年12月19日提出申請，經被告臺南市政府同意備查後復工【然原告開工後，被告臺南市政府另以108年1月3日府水保字第1071455112號函（下稱被告臺南市政府108年1月3日函）復工業局表示因地方民意反彈甚大，請求工業局停止展延龍崎開發案之開發期限，並於108年1月25日以記者會及新聞稿表示將對龍崎牛埔堊地指定為暫定自然地景，並命原告當日起配合停工】，惟原告仍對被告臺南市政府107年12月14日函重新核發之水保施工許可證內所核定之預定完工期限不服，再次提起訴願，復經訴願機關之農委會於108年9月1日決定將被告臺南市政府上開核發之水保施工許可證關於核定預定完工期限之部分撤銷，責由被告臺南市政府於2個月內另為適法之處分乙節，為兩造所是認，並有原告106年5月15日函（卷1第183頁）、被告臺南市政府106年12月21日函（卷1第185至186頁）、市長信箱案件處理單、剪報、臺南市議會會勘通知單、被告臺南市政府107年1月24日函（卷2第199至229頁）、107年12月14日函（卷1第217至218頁）、108年1月3日函（卷2第247頁）、森山公司110年7月16日森字第1100000243號函（卷3第203至207頁）、農委會107年12月3日農訴字第1070727682號訴願決定（卷1第208至215頁）、108年9月12日農訴字第1080707278號訴願決定（卷1第231至240頁）等文件附於本院卷可稽，則此等事實自堪信實。準此，農委會前揭訴願決定係以訴願機關之資格基於行政機關之自我審查而部分撤銷下級機關所為之原處分，亦即肯認原處分機關核發水保施工許可證之決定仍屬合法有效，但其關於課予完工期限之內容有事實不明之違法情事而應予撤銷，故發回原處分機關，並課予核發水保施工許可證之主管機關應對原告合法有效之申請，有義務作成合於審監辦法規範所要求之特定內容行政處分，且自農委會於108年9月1日作成訴願決定發回原處分機關時止，臺南縣政府99年6月10日函核定之系爭水保計畫並未失效，被告臺南市政府107年12月14日函核發之水保施工許可證除完工期限之約定外，亦屬合法有效乙節，堪以認定。惟查，受訴願決定發回處分之被告臺南市政府爾後即未再依訴願決定之旨重作任何處分，反而係由被告臺南市政府及水利局均肯認被告水利局始為有權核發水保施工許可證之處分機關，嗣後由被告水利局以108年10月24日函復原告表示臺南縣政府99年6月10日函核定之系爭水保計畫及被告臺南市政府107年12月14日函所核發之水土保持施工許可證均已於108年3月10日失其效力，並於說明欄略以：「二、旨案目的事業主管機關經濟部於106年3月10日以經工字第10602603090號函核發之輔導設置文件業於108年3月10日屆期失效，且依經濟部108年2月14日經工字第1080260143號函說明三表明前揭輔導設置文件屆期不予展延。職此，依水土保持計畫審核監督辦法第35條之1第3款及第31條之1第4款規定，自108年3月10日起，旨案水土保持計畫失其效力，臺南市政府107年12月14日府水保字第1071387118號函核發之水土保持施工許可證一併失其效力。三、倘後續有水土保持法第12條各款之開發行為，需依據水土保持法第12條及水土保持計畫審核監督辦法第6條規定，擬具水土保持計畫或簡易水土保持申報書，由目的事業主管機關受理後，送本局審核。」等語（本院卷1第243至244頁），核其內容，已明確宣示臺南縣政府99年6月10日函核定之系爭水保計畫及被告臺南市政府107年12月14日函核發之水保施工許可證均已失效，不僅其內容明顯反於前揭訴願決定發回意旨所肯認之處分效力，且其說明欄第3項亦明白否准原告106年5月15日之申請，清楚表示除非原告有新的開發行為另循審監辦法第6條規定重新提出申請外，其原有申請行為已告結案。是綜觀被告水利局108年10月24日函，其實質上確有否准原告申請核發水保施工許可證之意思表示，參以被告臺南市政府及水利局均稱其基於團體管轄權限已將水保施工許可證之處分權限透過臺南市政府組織自治條例、水利局組織規程及水利局分層負責明細表（甲表）等規定授權予被告水利局，而系爭水保計畫及水保施工許可證既已失效，渠等自無義務就農委會前揭訴願決定重作其他處分等語（本院卷2第390頁），準此，被告水利局前函對原告法律上之權利義務自是產生規制作用，揆諸前揭說明，應屬行政處分，從而，原告對被告水利局108年10月24日函不服，循序提起本件課予義務訴訟，程序上並無不合。乃被告辯稱經濟部106年3月10日函核發之龍崎開發案輔導及設置文件已屆期失其效力，而原告復未於規定期限內申報開工及完工，依審監辦法第31條之1第3、4款規定，臺南縣政府99年6月10日函核定之系爭水保計畫及被告臺南市政府107年12月14日函核發之水保施工許可證均已一併失其效力，故被告水利局之函文純就上開文件已失效之事實通知原告，屬觀念通知，並非行政處分云云，要非可採，合先敘明。
(三)被告水利局有核發系爭水保計畫水保施工許可證之權限：
1、適用法條：⑴水土保持法第2條：「本法所稱主管機關：在中央為行政院農
業委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。」⑵地方制度法第18條第1款第2目、第13款：「下列各款為直轄
市自治事項：一、關於組織及行政管理事項如下：(二)直轄市組織之設立及管理。……十三、其他依法律賦予之事項。」⑶地方制度法第25條：「直轄市、縣（市）、鄉（鎮、市）得
就其自治事項或依法律及上級法規之授權，制定自治法規。自治法規經地方立法機關通過，並由各該行政機關公布者，稱自治條例……。」⑷被告臺南市政府組織自治條例第11條第1項第7款及第2項：「
（第1項）本府設下列一級機關：……七、水利局。（第2項）本府所屬一級機關之組織規程另定之。」（100年6月7日制定）⑸100年1月18日發布之被告水利局組織規程第3條第5款：｢本局設各科、室，分別掌理下列事項：……五、水土保持工程科：
山坡地水土保持、土石流防治及野溪之新建、改善、增建之工程規劃、施工、管理，工程用地取得、拆遷補償等事項。｣ （100年3月14日刊登市政公報）⑹101年2月22日修正發布之被告水利局組織規程第3條第5款：｢本局設各科、室，分別掌理下列事項：……水土保持工程科：
山坡地水土保持管理與宣導、土石流潛勢溪流防治與坡地防災管理，山坡地邊坡崩塌防治、野溪疏通、水土保持處理、維護工程、濱海沙灘、沙洲緊急復育工程之施工、管理及履約督導等事項。｣⑺被告水利局組織規程第11條：「本局分層負責明細表分甲表
及乙表，甲表由本局擬訂，報請本府核定；乙表由本局訂定，報請本府備查。」（100年1月18日制定後不曾修改）⑻被告水利局分層負責明細表(甲表)：「水土保持工程科：……
二、水土保持相關計畫：一、山坡地開發水土保持計畫審核及施工許可證完工證明之核發。由承辦人擬辦、科長／主任審核、局長核定。｣
2、得心證理由：⑴按「地方自治為憲法所保障之制度。基於住民自治之理念與
垂直分權之功能，地方自治團體設有地方行政機關及立法機關，其首長與民意代表均由自治區域內之人民依法選舉產生，分別綜理地方自治團體之地方事務，或行使地方立法機關之職權，地方行政機關與地方立法機關間依法並有權責制衡之關係。中央政府或其他上級政府對地方自治團體辦理自治事項、委辦事項，依法僅得按事項之性質，為適法或適當與否之監督。地方自治團體在憲法及法律保障之範圍內，享有自主與獨立之地位，國家機關自應予以尊重。」「地方自治團體在受憲法及法律規範之前提下，享有自主組織權及對自治事項制定規章並執行之權限。地方自治團體及其所屬機關之組織，應由地方立法機關依中央主管機關所擬訂之準則制定組織自治條例加以規定，復為地方制度法第28條第3款、第54條及第62條所明定。」業經司法院釋字第498號、第527號解釋分別闡釋在案。又參酌釋字第527號解釋理由書更進一步闡明：「……所謂自主組織權係謂地方自治團體在憲法及法律規範之前提下，對該自治團體是否設置特定機關（或事業機構）或內部單位之相關職位、員額如何編成得視各該自治團體轄區、人口及其他情形，由該自治團體之立法機關及行政機關自行決定及執行之權限……。」準此可知，地方自治團體享有憲法所保障之地方自主組織權，為法律上具有自我負責處理自己事務之獨立行政主體，得因地制宜自主規劃採取有效能之組織體，遂行地方自治團體內部任務之分派及執行，以謀求地方自治團體住民之最佳福祉。是以，原屬團體權限概念之地方自治事項及委辦事項，如何在地方自治團體之內部組織間「初次」分配其機關權限，應屬行政程序法第11條指涉範圍。地方自治團體對於因中央法令而取得自治事項或委辦事項之團體權限，該團體權限在地方自治團體內部組織中如何進一步分配機關權限之問題，應屬該地方自治團體在符合行政程序法第11條管轄法定及既定等原則之要求下，基於地方自治自主組織權，得自行以自治條例、自治規則及委辦規則等各種適當之地方法規處理（林明昕著，地方自治事項與委辦事項之委任及委託：以臺北市政府組織自治條例第2條第2項及第3項之爭議為中心，臺大法學論叢第39卷第4期，第269頁、第270頁）。亦即，我國現行行政法規，雖常分別就中央、直轄市、縣（市）規定其主管機關，然此種規定，就地方而言，應屬團體管轄，而非層級管轄之規定。因此，基於地方之自治權，地方政府得將有關業務委由所屬下級機關執行之，無須法律特別授權，而與一般之委任不同（陳敏著，行政法總論，第919-920頁，100年9月7版）。
又行政院99年8月2日院臺規字第0990101446號釋示：「自治法規之主管機關為直轄市政府、縣（市）政府之事項，如其性質確屬自治事項或團體委辦事項者，直轄市、縣（市）自治法規得明定其主管機關為直轄市政府、縣（市）政府所屬一級機關。」亦同此見解。⑵根據我國行政程序法第15條第1項規定，權限委任係指行政機
關依法規將其權限之一部分，委任所屬下級機關執行之管轄權變更情形。而權限委任作為行政管轄權移轉機制之一，於管轄權移轉後，原法定管轄機關與受委任機關間之關係為何，學說上有所謂「真正權限委任」與「不真正權限委任」之分。不真正權限委任係指原法定管轄機關雖業已依法將其權限之一部委任下級機關，然卻保留得隨時介入委任事務實質決定之「收回權」。在此觀點下，行政法學說乃將此等不真正權限委任，亦稱之為「保留型之權限委任」，以與原法定管轄機關全然放棄自我決定權之真正權限委任，亦稱之為「轉嫁型之權限委任」相區隔。我國行政程序法第15條第1項所規定之權限委任機制，無論從其立法說明，抑或訴願法第8條之體系觀察，在在揭示應是採取「真正權限委任」之設計無疑。是以，在此架構下，倘若認為原法定管轄機關即使未行使收回權，亦可自行受理人民申請，並自為准駁決定者，將嚴重混亂管轄權移轉之規範體系與法律效果，並違背立法者於行政程序法第15條第1項特別明文規定權限委任制度之旨趣。而直轄市政府與縣（市）政府所屬機關及學校，以及鄉（鎮、市）公所所屬機關之組織與權限分配，根據地方制度法第62條第1項、第2項及第4項之規定，乃屬於「行政保留」事項，分別由直轄市政府、縣（市）政府，以及鄉（鎮、市）公所以組織規程定之，即為已足。除此之外，地方立法機關尚可透過以規範特定行政事務為標的之專業自治條例，為特定行政機關設定行政管轄權，而地方政府亦可就自治事項，基於法律、自治條例之授權，訂定自治規則，指定特定地方行政機關之行政管轄權。在此情形下，地方自治條例與自治規則實為賦予地方行政機關執行自治事項管轄權之真正「管轄權設定規範」（詹鎮榮著，論地方行政機關之權限委任－以「授權法規」之位階與性質為中心，收錄於行政法總論之變遷與續造，第132至133、142至143頁）。⑶按水土保持法第2條規定僅扼要規定中央及地方主管機關，並
於同法第5至9、16至20條有將特定水土保持事務或地區劃歸中央主管機關權限外，並未就中央主管機關之權限進一步細分，是水土保持法第2條規定性質上應屬自治事項之賦予，而非層級管轄條款；其次，參諸上開被告臺南市政府組織自治條例第11條、被告水利局組織規程第3條、第11條及被告水利局分層負責明細表（甲表）等組織法之規定，足見被告臺南市政府基於地方政府之自主組織權及團體管轄權限，已將臺南市轄內關於山坡地水土保持管理及宣導等相關事務，劃歸其所屬一級機關即被告水利局管轄，從而，堪認被告水利局有核發系爭水保計畫水保施工許可證之事務管轄權限。至水土保持法雖明定直轄市水土保持之主管機關為直轄市政府，惟被告臺南市政府既已將山坡地水土保持管理相關事務之權限，移轉於被告水利局管轄，則被告臺南市政府就該等事務，僅保留監督權，即無自行處理山坡地水土保持相關事務之權限，否則即可能發上下權限衝突之情事，且被告水利局之組織規程既已明定其權責包括水保施工許可證在內之「山坡地水土保持管理」，並經發布且刊登市府公報，已合於行政程序法第15條關於權限委任之規定，則關於水保施工許可證事宜在臺南市即屬被告水利局之主管事項，當無需再依行政程序法有關權限委任公告之規定辦理。而被告臺南市政府既未於其組織自治條例或水利局組織規程內規定將上開權責收回由被告臺南市政府自為管轄之情事，則被告臺南市政府自上開法規授權之始，即無權限就山坡地水土保持管理核發水保施工許可證，並理應實質劃歸為被告水利局之管轄權限。雖被告臺南市政府就原告106年5月15日之申請，先後於106年12月21日及107年12月14日分別以自己名義核發水保施工許可證予原告，然因被告臺南市政府為被告水利局之上級機關，並有水土保持法第2條之明文規定，則此等事務管轄錯誤之違法瑕疵，就客觀第三人而言，尚未達到重大且明顯之瑕疵而應宣告無效之程度，何況被告臺南市政府106年12月21日函業經被告臺南市政府以107年12月14日函撤銷、被告臺南市政府107年12月14日函復經訴願決定撤銷，則本件理應由有權核發水保施工許可證之被告水利局重新就原告106年5月15日之申請，依水土保持法及審監辦法等規定，作成准否核發系爭水保計畫施工許可證之處分。乃原告主張系爭水保計畫之施工許可向來均以被告臺南市政府名義為之，則被告臺南市政府始為水保施工許可證之有權處分機關，至被告水利局未經合法之權限委任，欠缺山坡地水土保持事務權限等語，不足採取。
(四)審監辦法第22條第1項所稱之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，應為龍崎開發案之興辦計畫書，並包含經濟部106年3月10日函核發之龍崎開發案輔導設置文件：
1、應適用之法令：⑴廢棄物清理法①第28條第1項第3款第3目及第4項 :「（第1項)事業廢棄物之
清理，除再利用方式外，應以下列方式為之：……三、委託清除、處理：……（三）委託目的事業主管機關自行或輔導設置之廢棄物清除處理設施清除、處理。……。（第4項)第1項第3款第3目所輔導設置之廢棄物清除處理設施應具備之專業技術人員設置、營運、操作紀錄與其他應遵行事項之管理辦法，由中央目的事業主管機關會商相關機關定之。」②第41條第1項第6款：「從事廢棄物清除、處理業務者，應向
直轄市、縣（市）主管機關或中央主管機關委託之機關申請核發公民營廢棄物清除處理機構許可文件後，始得受託清除、處理廢棄物業務。但有下列情形之一者，不在此限：……六、目的事業主管機關依第33條、第34條規定自行或輔導設置之處理設施。」⑵水土保持法①第5條：「對於興建水庫、開發社區或其他重大工程水土保持
之處理與維護，中央或直轄市主管機關於必要時，得指定有關之目的事業主管機關、公營事業機構或公法人監督管理之。」②第6條前段：「水土保持之處理與維護在中央主管機關指定規
模以上者，應由依法登記執業之水土保持技師、土木工程技師、水利工程技師、大地工程技師等相關專業技師或聘有上列專業技師之技術顧問機構規劃、設計及監造。」③第12條第1項及第4項：「（第1項)第12條水土保持義務人於
山坡地或森林區內從事下列行為，應先擬具水土保持計畫，送請主管機關核定，如屬依法應進行環境影響評估者，並應檢附環境影響評估審查結果一併送核：一、從事農、林、漁、牧地之開發利用所需之修築農路或整坡作業。二、探礦、採礦、鑿井、採取土石或設置有關附屬設施。三、修建鐵路、公路、其他道路或溝渠等。四、開發建築用地、設置公園、墳墓、遊憩用地、運動場地或軍事訓練場、堆積土石、處理廢棄物或其他開挖整地。……（第4項）第1項各款行為，屬中央主管機關指定之種類，且其規模未達中央主管機關所定者，其水土保持計畫得以簡易水土保持申報書代替之；其種類及規模，由中央主管機關定之。」⑶環境影響評估法第14條第1項：「目的事業主管機關於環境影
響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」⑷輔導設置辦法①第1條：「本辦法依廢棄物清理法（以下簡稱本法）第28條第
4項規定訂定之。」②第4條：「經濟部輔導設置事業廢棄物清除處理設施，應依下
列程序辦理：一、評估國內事業廢棄物處理需求，擬訂執行計畫報經行政院核定。二、依前款核定計畫，指定或遴選具意願、專業能力及相關經驗，且廠（場）址區位條件合適之公民營機構投資設置。三、就同意輔導之事業廢棄物清除處理設施，發給其營運機構輔導設置文件。」③第5條：「前條第3款之輔導設置文件應記載事項如下：一、
營運機構名稱及地址。二、組織。三、營運機構負責人姓名及身分證明文件字號。四、營業項目。五、清除、貯存、處理廢棄物之種類、數量及處理方法。六、事業廢棄物清除處理設施設置地點。七、其他經經濟部指定者。」④第6條：「（第1項)前條輔導設置文件第1款至第3款記載事項
變更時，營運機構應於變更後15日內，敘明變更項目及內容，連同有關證明文件，向經濟部辦理資料變更。（第2項)前條第4款至第7款記載事項之變更，應先經經濟部同意。」⑤第7條：「營運機構應依輔導設置文件之內容設置事業廢棄物
清除處理設施，並於設置完成後依本辦法規定營運之。」⑸審監辦法①93年8月31日訂定之第6條第1項：「水土保持義務人應依中央
主管機關規定格式，擬具水土保持計畫或簡易水土保持申報書6份及抄件若干份 (依主管機關要求數量) ，並檢附下列文件，由目的事業主管機關受理後，送請主管機關審核：一、目的事業開發或利用之申請文件。二、環境影響說明書或環境影響評估報告書及審查結論各一份；無需者免附。三、水土保持規劃書審定本一份；無需者免附。 」②93年8月31日訂定之第7條：「水土保持計畫及簡易水土保持
申報書審查程序如下：一、水土保持義務人擬具水土保持計畫或簡易水土保持申報書併同目的事業開發或利用許可申請文件，向各目的事業主管機關申請。二、目的事業主管機關於受理前款申請後，應將水土保持計畫或簡易水土保持申報書送請主管機關審核。三、主管機關認定水土保持計畫或簡易水土保持申報書無第10條第1款至第5款及第11條第4款等情事，且屬需繳納審查費者，應通知水土保持義務人限期繳納審查費。四、水土保持計畫或簡易水土保持申報書經主管機關審查核定後，應檢附下列文件送目的事業主管機關並副知水土保持義務人：（一）水土保持計畫或簡易水土保持申報書核定本4份。（二）水土保持保證金繳納通知單1份；免繳納者免附。五、目的事業主管機關核准開發或利用許可後，應將水土保持計畫或簡易水土保持申報書核定本2份及其他文件1份送交水土保持義務人，並副知主管機關。」③103年12月25日修正第22條：「（第1項)水土保持義務人應於
水土保持計畫核定後3年內，向主管機關申報開工，並於申報開工前，檢附下列資料，向主管機關申領核發水土保持施工許可證：一、目的事業主管機關核准開發或利用許可文件。二、水土保持計畫核定本。三、繳納水土保持保證金證明文件；無需者免附。四、承辦監造之技師證書、執業執照及監造契約影本；無需者免附。（第2項)主管機關核發水土保持施工許可證時，應同時核定施工期限或各期施工期限，並檢還前項第1款及第2款文件。（第3項)水土保持計畫得以簡易水土保持申報書代替者，其水土保持施工許可證得以簡易水土保持申報書之核可函代替，並應於核定後1年內申報開工。（第4項)水土保持義務人無法於第1項及前項規定期限內申報開工者，應於期限屆滿10日前，向主管機關申請展延，並以2次為限，每次不得超過6個月。」④第24條：「水土保持計畫需分期施工者，應於計畫中敘明各
期施工之內容，並按期申領水土保持施工許可證。」⑤第31條之1第4款：「有下列情形之一者，自發生之日，原審
定或核定水土保持規劃書、水土保持計畫或簡易水土保持申報書失其效力，其已核發水土保持施工許可證及完工證明書者，一併失其效力：……四、區域計畫委員會或目的事業主管機關不同意核發開發或利用許可，或其開發或利用許可廢止或已失效力。」⑥103年12月25日修正第34條：「（第1項)水土保持施工，未能
於核定期限內完工者，應於期限屆滿10日前，向主管機關申請展延。（第2項)前項展延以2次為限，每次不得超過6個月。但目的事業主管機關核准之開發期限較長者，從其規定。」⑦第35條之1第3款：「本辦法中華民國103年12月25日修正施行
前已審定、核定之水土保持規劃書、水土保持計畫或簡易水土保持申報書，有下列情形之一者，應依第31條之1規定辦理：……三、符合第31條之1第3款、第4款或第5款情形。」⑹函釋
農委會87年7月14日（87）農林字第87131398號函：「鑒於現行諸多目的事業相關法令內『開發許可』、『同意設置』、『核准開發事業計畫』、『核准設立』、『核發興辦事業設置許可』、『核准興辦事業計畫』等相關類似規定，其辦理程序不一，故首揭『開發或利用之許可』之認定亦應配合各目的事業相關法令規定之程序辦理。茲為水土保持法暨其相關子法與首揭辦法相互配合之實際需要，故本案『開發或利用之許可』申請案，如屬水土保持法施行細則第9條第2項規定（如屬依法應進行環境影響評估者，並應檢附環境影響說明書或環境影響評估報告書及審查結論，併同水土保持計畫送核）者，因已先擬具水土保持規劃書送審核，其水土保持計畫於核發『開發許可』後辦理；其他申請案之水土保持計畫則應於核發『開發許可』前辦理。」
2、是由前揭規定觀之，屬水土保持法第5條、第6條前段規定所稱特定規模工程以上之水保處理與維護，中央機關得指定有關之目的事業主管機關監督管理之，並應由依法登記執業之特定技師或技術顧問機構規劃、設計及監造。而負責執行該項工程之水保義務人（或開發單位）如已該當環境影響評估法第5條規定應實施環評時，其應先提出環說書以完成環評審查程序，繼之依目的事業主管機關之要求製作必要文件以取得其開發許可（環境影響評估法第14條第1項規定參照），嗣後再依審監辦法第7條、第22條規定向工程所在地之水保主管機關擬具水保規劃文件以取得其所核發之水保計畫及水保施工許可證以後始得開工。參以水保計畫之審查程序僅得由該工程負責監督管理之目的事業主管機關將水保義務人檢送之開發文件及水保規劃書向核發水保計畫及施工許可證之主管機關提出，則目的事業主管機關在向水保計畫審核主管機關提出申請前，必定業已核發該工程之開發許可，否則就不可能主動送交申請文件以開啟水保計畫之審核程序（農委會87年7月14日（87）農林字第87131398號函關於依法應進行環評者，亦同此見解）。又佐以審監辦法第6條、第7條及第22條規定乃多階段行政程序之前後程序關係，亦即水保義務人需先取得水保主管機關核發之水保計畫，繼之再向同一主管機關申請施工許可後始得開工，則審監辦法第6條規定所指審核水保計畫之主管機關即同時為核發水保施工許可證之主管機關，且審監辦法第6條規定所稱之目的事業主管機關當然亦同為審監辦法第22條規定所指之目的事業主管機關。而水保主管機關依審監辦法第6條規定審核應否核發水保計畫時既有要求目的事業主管機關提送其已許可水保義務人開發之申請文件（審監辦法第6條第1項第1款規定），則其嗣後續依審監辦法第22條規定審查水保義務人提送之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，就不可能異於前揭水保計畫審核時所提送之目的事業主管機關許可開發之申請文件，除非前揭水保計畫審核時所提送之目的事業主管機關許可開發業經撤銷或廢止，以致使前程序所核發之水保計畫依審監辦法第31條之1第4款規定併同失其效力外，水保義務人於向主管機關申請核發水保施工許可證時，就不可能另行提送與水保計畫核定時相左之目的事業主管機關開發許可，主管機關更不得要求水保義務人提送與前程序水保計畫審核時無關之開發許可作為本次核發水保施工許可證之前提要件。
3、經查，行政院為因應國內特殊事業廢棄物處理處置設施之需求，先於90年1月17日核定「全國事業廢棄物管制清理方案」，明定關於有害事業廢棄物之處理及最終處理設置之規劃設置，由經濟部（工業局）負責統籌規劃、分工協調與推動（卷3第401至415頁）；後於90年6月26日續核定經濟部所擬「全國整體性特殊事業廢棄物清理計畫」計畫籌設特殊事業廢棄物應變貯存設施及北、中、南區特殊事業廢棄物綜合處理中心，其中南部綜合處理中心由工業局協助辦理環評作業，由榮工公司負責於大發工業區及退輔會所屬之龍崎工廠內規劃設置，而本計畫執行之主辦單位工業局之工作項目包含：1、遴選顧問機構辦理本計畫相關規劃評估作業（包括整體清理計畫研擬、各綜合處理中心初步規劃及可行性評估、中區及南區綜合處理中心環境影響評估工作、製作招標文件及合約文件、協助辦理招標、審標、決標及訂約，及協助查核建廠完成之功能測試與興建營運期間執行情形等相關事宜）。2、提供彰濱工業區環保設施用地供中區綜合處理中心建廠使用。3、洽商委託公、民營機構設置應變貯存設施。4、洽商委託公、民營機構設置中區、南區綜合處理中心。5、遴選委託公、民營機構設置北區綜合處理中心。6、協助推動南區綜合處理中心設置計畫。7、協助建廠用地取得、使用分區變更或土地使用變更編定等是（卷2第75至119頁；卷3第417至450頁）；而後經濟部並於91年1月30日依前揭計畫及依廢棄物清理法第28條第4項規定之授權訂定輔導設置辦法，據以輔導設置北中南事業廢棄物綜合處理中心，以協助產業界解決事業廢棄物處理問題（見經濟部110年8月10日函，卷3第395頁）。其中前揭計畫所指之南區事業廢棄物綜合處理中心即為本件龍崎開發案，原開發單位先於92年5月27日提出環說書經環保署核定有條件通過環評審查，並經該署以92年10月14日環署綜字第0920072696-B號函同意備查（卷1第152頁）；繼之再於93年2月間將其所擬龍崎開發案興辦計畫書送工業局審核，並經經濟部以93年3月2日經授工字第09321001740號函（下稱經濟部93年3月2日函）同意核備（卷1第49頁），隨後經濟部並於95年6月2日以經授工字第09520407400號函核發龍崎開發案輔導設置文件予原開發單位（卷1第53頁）。後因退輔會龍崎工廠配合行政院移轉民營政策，與民間合資成立原告公司，經其再次修訂前揭興辦計畫書，因工業局以98年3月13日工地字第09800196940號函復龍崎開發案坐落土地本為工業用地，且為該工業區准許使用範疇，毋須依行為時非都市土地變更變定執行要點第9點第2項規定辦理使用分區變更等語（興辦計畫書核定本第336頁），即無需另向開發案所在土地主管機關申辦開發計畫之審查及核發開發許可（興辦計畫書核定本第104頁），原告即將上開興辦計畫書送交工業局逕為本件興辦計畫之審核，並經經濟部以98年7月29日經授工字第09820410660號函（下稱經濟部98年7月29日函）原則同意（卷1第51頁），經濟部並續於99年2月10日以經授工字第09920401280號函（下稱經濟部99年2月10日函）就變更後之興辦事業計畫書核發龍崎開發案輔導設置文件予原告及榮工公司（卷1第63至74頁）；其後原告即依審監辦法第6條規定擬具系爭水保計畫書送交工業局，由工業局受理後，再以98年8月5日工永字第09800649820號函（下稱工業局98年8月5日函）依審監辦法第6條規定，檢送原告擬具之系爭水保計畫書及經經濟部98年7月29日函同意之龍崎開發案興辦計畫書、環說書定稿本送請臺南縣政府審核（卷2第239頁），並經臺南縣政府以99年6月10日函核定系爭水保計畫（卷1第75至158頁），且依其所核定之水保計畫檢核表上記載本件依審監辦法第6條第1項第1款所應提出之目的事業開發或利用許可申請文件係表明為經濟部93年3月2日函同意核備之龍崎開發案興建計畫書（卷1第94頁）。而原告隨即與森山公司簽約，由森山公司擔任系爭水保計畫之監造單位，並向臺南縣政府申請施工許可，臺南縣政府隨後依審監辦法第22條規定，以99年9月14日函核發龍崎開發案第1期設場階段之水保施工許可證，預定完工期限為100年9月6日（卷1第161至163頁），但因遭遇鄰近居民抗爭，經協商後仍未取得共識，原告亦2度申請展延完工期限，並經被告臺南市政府同意展延至101年9月6日（卷2第175頁），雖經原告於101年8月20日申請開工（卷2第177頁），但被告臺南市政府拒不回文而致期限屆至（卷3第219至225頁）；其後被告臺南市政府雖以103年10月6日函重新核發系爭水保計畫第1期之施工許可證（期限僅至同年月15日，該函說明欄內明白表示本件目的事業主管機關為工業局，見卷2第187至189頁），又隨即於同年月20日以原告未於核定期限內完工為由通知其繳回上開施工許可證（卷3第233至235頁）。俟經濟部因榮工公司退出龍崎開發案，再以104年5月12日經工字第10402606960號函（下稱經濟部104年5月12日函）核發變更後之輔導設置文件予原告（卷2第191頁），因被告臺南市政府迄未重新核發水保施工許可，致原告仍具有未能於該函輔導設置文件所載「其他事項」欄內所指「自發文次日起2年內完成設置」之情事，經濟部乃續核發106年3月10日函所示之輔導設置文件予原告，除於「其他事項」欄記載：「應依據行政院及臺南市政府意見，持續加強與當地民眾、環保團體及民意代表之溝通，並自發文次日起2年內完成設置。」外，並於說明欄第4項明示該部104年5月12日函自經濟部106年3月10日函發文次日起停止適用（卷2第193至197頁）。雖經濟部就被告臺南市政府108年1月3日函所請求事項，曾以108年2月14日經工字第10802601430號函表示其對106年3月10日函於108年3月10日屆期不予展延等語（卷2第245至246頁），惟經濟部亦以110年8月10日及同年11月19日函先後重申廢棄物清理法第28條第4項規定授權中央目的事業主管機關訂定之輔導設置辦法，僅授權同條第1項第3款第3目所輔導設置之廢棄物清除處理設施應具備之專業技術人員設置、營運、操作紀錄與其他應遵行事項，並未授權得訂定相關許可、許可期限、廢止等事項，是以輔導設置辦法僅規定目的事業主管機關（即經濟部）就同意輔導之事業廢棄物清除處理設施，發給輔導設置文件（卷3第395至39
9、521至524頁）；且經濟部98年7月29日函核定之龍崎開發案興辦計畫書及106年3月10日函迄至本院言詞辯論終結之際，均未經經濟部另發函予以撤銷或廢止等事實，為兩造所不爭，並有前揭清理方案、計畫書及經濟部、臺南縣政府、被告臺南市政府、原告等函文附於本院卷可參，則此等事實亦堪信實。
4、是由前揭查證事實觀之，依行政院核定之「全國整體性特殊事業廢棄物清理計畫」，佐諸以98年8月5日函送臺南縣政府審查系爭水保計畫之出名機關及被告臺南市政府103年10月6日函核定之水保施工許可證等文件，足見工業局始為經行政院及經濟部指定為本件龍崎開發案依環境影響評估法第14條、水土保持法第5條、審監辦法第6條等規定所稱之目的事業主管機關，此亦為經濟部110年8月10日函所是認（卷3第398至399頁），此與經濟部僅單純作為輔導設置辦法所指之主管機關，究屬二事。其次，依工業局98年8月5日函依審監辦法第6條提送之系爭水保計畫申請文件及臺南縣政府99年7月29日函核定之系爭水保計畫，均明確記載經經濟部核定之龍崎開發案興辦計畫書始為審監辦法第6條第1項第1款所稱之目的事業主管機關許可開發申請文件。至於經濟部依輔導設置辦法核發之龍崎開發案輔導設置文件，必先已通過該開發案之興辦計畫書後始行核發，且只要該興辦計畫內容有所變更或執行該項興辦計畫所示工程之開發單位有所更迭，經濟部就隨即重新製發新的輔導設置文件予開發單位，亦足見經濟部係遵循該興辦計畫核定及變更狀況據以核發輔導設置文件，以補充開發單位執行是項工程所需之法令文件，是其性質上係屬該興辦計畫之附隨文件，並隨該興辦計畫之變動而變更其內容。今龍崎開發案興辦計畫書既仍有效存在，且未經有權機關撤銷或廢止（參經濟部110年8月10日及11月19日函，卷3第399、524頁），佐諸經濟部針對該興辦計畫最近所核發予開發單位即原告之106年3月10日函示輔導設置文件亦仍持續生效（雖該函其他事項欄敘明原告應於發文次日起2年內完成龍崎開發案之設置等語，然經濟部既未經廢棄物清理法授權得對輔導設置文件限定開發期限，且該文件註記內容亦非屬效力規定之記載，更無論經濟部嗣後均未曾依行政程序法之規定撤銷或廢止其106年3月10日函，則該函所示開發期限之註記，性質上僅係訓示規範，要求開發單位不要無故延宕工程施作而已），揆諸前揭規定之說明，原告106年5月15日申請系爭水保計畫之施工許可事件，其依審監辦法第22條第1項第1款規定應提出之「目的事業主管機關核准開發或利用許可文件」，即係指現仍有效之經濟部98年7月29日函同意經工業局審核通過之龍崎開發案興辦計畫書，並包含經濟部106年3月10日核發之輔導設置文件，此不因被告於原告歷次申請水保施工許可證時僅要求提出經濟部核發之輔導設置文件，即遽認該款所指之文件當然排除經核定之興辦計畫書；至其依審監辦法第22條第1項第2款規定所指之水保計畫核定本，即係臺南縣政府99年9月14日函核定之系爭水保計畫，且該水保計畫亦不發生已依審監辦法第31條之1第4款規定失其效力之情事。乃被告辯以經濟部僅係將輔導設置辦法之相關業務依內部權責分工交由工業局執行，但未依行政程序法第15條規定將該辦法所賦予之權限委任工業局為之，故經濟部始為龍崎開發案之目的事業主管機關；且經濟部就該開發案所核發之輔導設置文件始為審監辦法第22條第1項第1款所示之目的事業主管機關核准開發或利用許可文件，此亦為原告歷次申請水保施工許可證時所提出之目的事業主管機關開發許可文件，至於該案興辦計畫書只是經濟部核發輔導設置許可之中間程序文件，且僅係作為非都市○○○○○○○○○○○○○○○區變更申請開發許可所需之目的事業主管機關核准興辦事業計畫文件，與目的事業主管機關之開發許可無涉，惟經濟部106年3月10日函所核發之輔導設置許可，已於108年3月10日期限屆至而失其效力，則原告106年5月15日之申請，自不具備審監辦法第22條第1項第1、2款規定所要求之許可文件云云，洵屬無據，不應採取。
(五)再查，原告自100年9月6日至107年12月14日分別自水保主管機關領得系爭水保計畫之施工許可證後，或因居民、環保團體之抗爭，或因水保主管機關不同意開工、故意核發過短期限或限縮系爭水保計畫之施工許可，甚或以將委託第三公正單位再行評估或系爭水保計畫用地將指定為自然地景為由，屢屢命施工中之原告停工，致原告僅曾於106年12月至107年1月間、107年12月至108年1月間短暫施工，施工項目主要為施工便道開設、B-2滯洪沉沙池開挖、施工安全管制、測量及放樣等臨時性防災設施等事實，為兩造所是認，並有森山公司110年7月16日森字第1100000243號函附相關公文、系爭水保計畫監工月報表等文件在卷可佐（本院卷3第203至355頁），森山公司並稱原告並未完成任何工項，且原告自被告臺南市政府命於108年1月25日停工後，迄今已逾2年，現地狀況因降雨及沖蝕而有所不同，後續如復工，系爭水保計畫所列工程皆需重新施作等語（見上開卷第207頁），參以被告臺南市政府代表人亦向龍崎開發案附近居民表達反對該開發案興建之立場，並承諾將盡一切手段阻止原告之開發行為等語（上開卷第83頁），足見原告雖曾取得系爭水保計畫之施工許可，但其所取得之施工許可證或有明顯之違法瑕疵，且原告無論是未能申報開工（含復工）或未能於期限內完工，均係不可歸責於原告之事由所致，則原告亦無該當審監辦法第31條之1各款情事。詎被告不思如何與龍崎開發案興辦計畫之目的事業主管機關協商是否本件存有情事變更而有中止該興辦計畫之必要，並依行政程序法等規定廢止該興辦計畫並補償原告所受損失，卻逕自採取抵制中央主管機關所欲執行重大建設之積極作為，並對自己已核發之系爭水保計畫消極不履行，而後再自行詮釋水土保持法、輔導設置辦法及審監辦法等規定，不僅拒不依訴願決定之行政自我審查機制重作處分，反而另以被告水利局108年10月24日函自行認定其所核發之系爭水保計畫及被告臺南市政府107年12月14日所核發之水保施工許可已該當失效情事而逕自否准原告106年5月15日之申請，則被告水利局前揭否准處分，自非適法。
(六)綜上所述，被告水利局108年10月24日函為否准原告106年5月15日申請事件之行政處分，且該處分確存有前揭違法情事，訴願決定未予糾正，亦有違誤，原告訴請撤銷訴願決定及被告水利局108年10月24日函，為有理由，應予准許。至原告請求被告臺南市政府或水利局應就原告於106年5月15日所為之申請，依系爭水保計畫（第一期）核發具備完整之施工範圍及完工期限（360天）之水土保持施工許可證予原告乙節，因被告臺南市政府並非核發水保施工許可證之事務管轄機關，其此部分請求為無理由，應予駁回；又被告水利局固為有權管轄機關，但原告提出申請時，僅提出經濟部106年3月10日函核發之輔導設置文件，並未一併提出龍崎開發案興辦計畫書，理應由被告水利局命其補正是項許可文件；且系爭水保計畫是否如監造單位森山公司所陳均未完成任何工項而有必要重新施作，仍有賴水保主管機關會同施工及監工單位現場履勘以確認應核發之施工天數；再者，龍崎開發案於被告水利局重新審核時，該地是否已有公告確定之自然地景處分存在，致使被告水利局應先命原告依審監辦法第19條規定就系爭水保計畫辦理變更設計等應調查事項，故本件事證尚未明確，本院無從自為判決，爰依行政訴訟法第200條第4款規定，就此請求有理由部分，判命被告應依本判決之法律見解另為適法之處分。又本件兩造其餘陳述主張核於本件判決結果無影響，爰不逐一論述，併此敘明。
七、結論︰原告之訴一部有理由，一部無理由。中 華 民 國 111 年 5 月 11 日
高雄高等行政法院第一庭
審判長法官 李 協 明
法官 邱 政 強法官 林 彥 君以上正本係照原本作成。
一、如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
二、上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書。（行政訴訟法第241條之1第1項前段）
三、但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人。（同條第1項但書、第2項）得不委任律師為訴訟代理人之情形 所 需 要 件 （一）符合右列情形之一者，得不委任律師為訴訟代理人 1.上訴人或其法定代理人具備律師資格或為教育部審定合格之大學或獨立學院公法學教授、副教授者。 2.稅務行政事件，上訴人或其法定代理人具備會計師資格者。 3.專利行政事件，上訴人或其法定代理人具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 （二）非律師具有右列情形之一，經最高行政法院認為適當者，亦得為上訴審訴訟代理人 1.上訴人之配偶、三親等內之血親、二親等內之姻親具備律師資格者。 2.稅務行政事件，具備會計師資格者。 3.專利行政事件，具備專利師資格或依法得為專利代理人者。 4.上訴人為公法人、中央或地方機關、公法上之非法人團體時，其所屬專任人員辦理法制、法務、訴願業務或與訴訟事件相關業務者。 是否符合（一）、（二）之情形，而得為強制律師代理之例外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出（二）所示關係之釋明文書影本及委任書。中 華 民 國 111 年 5 月 16 日
書記官 謝 廉 縈