臺中高等行政法院判決
99年度訴字第203號99年9月14日辯論終結原 告 財團法人佛教慈濟綜合醫院代 表 人 甲○○訴訟代理人 聶齊桓 律師被 告 臺中縣地方稅務局代 表 人 乙○○訴訟代理人 丙○○上列當事人間因房屋稅事件，原告不服臺中縣政府中華民國99年4月26日府訴委字第0990128561號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下︰
主 文訴願決定、復查決定及原處分（原核定處分）關於課徵原告民國98年度房屋稅超過新臺幣貳仟玖佰玖拾壹元部分均撤銷。
訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
一、程序事項：本件原告經合法通知，未於言詞辯論期日到場，核無行政訴訟法第218條準用民事訴訟法第386條所列各款情形，爰依到場被告聲請，由其一造辯論而為判決。
二、事實概要：緣原告所有坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋，係依據臺中縣政府核發（94）府工建使字第3505號使用執照所載設立房屋稅籍（稅籍編號：00000000000），核定為總層數地上l層、地下1層，構造別為鋼筋混凝土造，民國（下同）98年房屋現值為新臺幣（下同）3,674,500元，課稅總面積1,620.8平方公尺，現作醫院使用，按非住家非營業用稅率課徵98年房屋稅計73,490元。另坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋，係依據臺中縣政府核發（90）府工建使字第2203號使用執照所載設立房屋稅籍（稅籍編號：00000000000），核定為總層數地上6層、地下1層，構造別為鋼骨造，98年房屋現值為1億2,606萬9,500元，課稅總面積3萬577.1平方公尺，其中24平方公尺現作藥局使用，改按營業用稅率課徵，其餘面積3萬553.1平方公尺供醫院使用，按非住家非營業用稅率課徵，經核課其98年房屋稅計252萬2,387元，原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭駁回，遂提起本件行政訴訟。
三、本件原告主張：
（一）原告係由財團法人中華民國佛教慈濟慈善事業基金會（下稱「慈濟基金會」）捐助成立之非以營利為目的而以提供醫療之慈善救濟服務為目的之公益財團法人，且於76年10月15日花稅法字第6160367號復查決定書核予免徵房屋稅之授益行政處分，被告竟於98年5月作出課徵98年房屋稅，計259萬5,877元之違法行政處分。原告對上開課徵房屋稅扣除營業（出租藥局）使用房屋稅金額2,991元後總計259萬2,886元部分之處分實難折服，嗣經原告提起訴願，復以99年4月26日府訴委字第0990128561號訴願決定書駁回，原告實難甘服，爰依行政訴訟法第4條規定提起行政訴訟。
（二）原告係依法登記設立之私立慈善救濟事業，且不以營利為目的，符合房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，應免徵房屋稅：原告是出於證嚴法師慈善救濟的動機而設立，成立醫院的本質係設立慈善救濟事業，原告係由慈濟基金會為提供慈善醫療救助服務之目的，而捐助成立之非以營利為目的之公益財團法人，揆諸慈濟基金會年鑑、大愛電視台紀錄片、慈濟月刊等文獻均有記載。慈濟醫院創辦人證嚴法師立願凝眾起眾人點滴的力量，而成立「佛教克難慈濟功德會」，旋於61年至68年在花蓮縣花蓮市○○街開設「慈濟貧民施醫義診所」，在證嚴法師眼中，慈濟醫院不是賺錢的工具，而是實踐慈善救濟的道路，遂在慈濟功德會下正式成立「佛教慈濟綜合醫院籌建委員會」。故慈濟醫院之成立係沿襲慈濟慈善救濟之宗旨而設。75年慈濟醫院成立後，即接手「慈濟貧民施醫義診所」之使命，致力於偏遠地區及原住民的義診，原告並與慈濟基金會合作，成立「慈濟人醫會」（下稱人醫會），使用醫院人力與資源，從事慈善醫療救護工作，並以原告醫院為據點，建立志工體系，致力推動醫療之慈善救濟關懷服務，原告與慈濟基金會合作，共同以慈善之心，投入人力、資金推動捐髓風氣，75年時花蓮係人口外移之地區，證嚴法師明知設此醫院，經營必將虧損，必有賴慈濟基金會資助，仍決意將原告之本院，創設於其他財團不願前往之花蓮，無非係以慈善救濟觀點設立醫院，其後設立各分院包括台東關山分院，亦均非挑選人口眾多、經濟發達的地區設立，足證非以經濟效益或賺錢為目的，而係以慈善救濟之發心，冀使偏遠地區仍能享有經濟發達地區相同之優質醫療服務。原告醫院經營已二十年，一直處於虧損狀態，歷年均經慈濟基金會資助慈濟之醫療志業，慈濟基金會以金錢支援原告，作為慈濟基金會藉由原告醫院，以達到慈濟基金會從事慈善醫療救濟服務之策略，原告雖然處於虧損狀態，仍竭力從事慈善救濟，綜上所述，足以反映原告設立之理念與本質，確係慈善救濟事業。另由原告捐助章程、法人登記目的、目的事業主管機關之認定及花蓮稅捐稽徵處原本之認定，均足證明原告係慈善救濟事業，行政院衛生署並於76年7月4日以衛署醫字第675199號函證明原告係非以營利為目的之財團法人，花蓮縣稅捐稽徵處亦於76年10月15日以原告符合房屋稅條例第15條第1項第2款之規定於91年准予免徵房屋稅在案。另按原告捐助章程第3條規定：「本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾，以服務社會為目的。」自始揭櫫慈善救濟之設立宗旨。再由臺灣花蓮地方法院核發之原告法人登記證書之目的欄亦載明「本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務，不以營利為目的，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾就醫，以服務社會為目的。」故原告係不以營利為目的之私立慈善救濟事業。凡此種種，均足表徵原告立案宗旨即係慈善救濟事業，與房屋稅條例第15條第1項第2款相合。
（三）房屋稅條例第15條第1項第2款並非規定財團法人醫院必須向內政部作法人登記為「救濟事業」後，始得免徵房屋稅，而係規定「業經立案之私立慈善救濟事業」得免徵房屋稅。被告機關徒以原告未向內政部登記為救濟事業，或非屬慈善救濟事業附設醫院之形式論述，違反租稅法定主義及實質課稅原則，認原告非屬慈善救濟事業，則認事用法俱有違誤：
1、按政治大學非營利中心主任江明修教授認為財團法人是以財產的集合為基礎，在性質上皆為公益性。目前國內有關財團法人的制度運作主要規定於民法之中，部分則另以特別法（如私校法、醫療法）規範之。由於民法中僅為原則性之規定，各政府主管機關基於管理的需要，又分別制定了相關監督準則與辦法；慈善救濟為公益團體的目的事業，不因主管機關或組織設立方式之不同而有損害其慈善救濟之本質。惟查房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「經主管機關核准立案之私立慈善救濟事業」，並未明定私立慈善救濟事業之「立案」主管機關係專指內政部而言，祇要原告完成財團法人登記立案並有從事慈善醫療救濟服務之目的與事實，自應被認定為「經主管機關核准立案之私立慈善救濟事業」；被告機關增加法律所無之限制，有違租稅法律主義及行政程序法第4條行政行為應受法律及一般法律原則之拘束及第8條行政行為，應以誠實信用之方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。另按財政部93年度自行研究報告亦指出租稅法定主義係稅法上建制之基本原則之一，法律保留原則為租稅法上之具體實現，故稅捐之核課，就具體個案認定問題涉及裁量權者，若逾越租稅法定主義適用界限，即有違租稅法之安定性而引發行政爭訟，故被告機關於決定書中主張租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實而非外觀之法律行為或形式登記云云，實已違反憲法保留及法律授權逾越憲法及法律所保障人民之財產權。從憲法第19條、司法院釋字第217號、496號及釋字第420號解釋揭示之「租稅法律主義」及「實質課稅原則」之意旨，觀之原告於79年成立時，即依法申請免徵房屋稅並獲核可，且該原則除於85年所得稅法修法於第66條之8列入明文外，衡諸相關稅法並無明文，亦非憲法或行政法之原則，倘被告無限上綱，動輒引用，似有違反租稅法律主義之嫌。
2、另根據非營利組織租稅學者許崇源教授認為根據補助說與主權說，非營利組織從事公益事務，具有輔助政府支出的功能，使政府的負擔減輕，所以政府應減免其稅捐。政府不選擇直接支出而選擇免稅（政府可選擇自行執行、直接補助或減免稅捐之隱藏式補助），其目的在使非營利組織免於政府干預，並免於浪費資源於遊說或租稅規劃。故公益組織有其自治管理之權，但是政府依法行政監督表徵於法令的明確及行政行為的合法與適當性。故慈善救濟之事業非以形式附設為要，而以其是否從事醫療慈善救濟之公益服務行為實質審查，此即為房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「經主管機關核准立案之私立慈善救濟事業」之真義。再依原告捐助章程第8條、第19條、第20條規定，原告在決策權之結構設計上，亦已實質監督原告慈善救濟事業之執行與規劃，足證原告公益慈善救濟事業之性質，其財產公共利益特性與一般營利性醫院不同，自應符合租稅減免的要件。
3、縱以被告機關所援引之財政部71年12月8日台財稅第38854號函及臺灣省稅務局68年5月14日稅三字第34478號函之規定，亦未直接排除醫事財團法人得適用房屋稅條例第15條第1項第2款之規定免徵房屋稅。查首揭函令謂「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定．．．」，可見醫事財團法人亦有屬慈善救濟事業者，並得適用免徵房屋稅規定；另查次揭函令「○○紀念醫院既經貴處查明雖係財團法人，但非慈善救濟事業，其所有房屋自未便免徵房屋稅」，係說明醫事財團法人免徵房屋稅以有實際從事慈善救濟事業者為限，其經查明並無實際從事慈善救濟事業者，尚不得適用免稅規定。是以醫事財團法人是否適用房屋稅條例第15條第1項第2款免稅規定，應視其是否有從事慈善救濟事業之實質為斷，而非認醫事財團法人均無房屋稅免稅之情形。被告機關主張從事公益之醫事財團法人係以登記在內政部，始能符合房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，其解釋即逾越法律授權。
（四）被告機關以原告依中央健保局規定收取費用，核與一般醫院並無不同，有違依法行政原則及授權基礎之遵守：按醫療法第21條規定：「醫療機構收取醫療費用之標準，由直轄市、縣（市）主管機關核定之。」依法所有類型之醫療院所，不問其是否慈善救濟事業，其收費標準與型態均係依主管機關指示申請辦理，且遍查醫療法及房屋稅條例亦無慈善救濟醫院應為特別收費之規定，被告機關以原告遵守法令收費之事實，據為認定非屬慈善救濟醫院，非但違反論理原則，抑且將受費差異作為房屋稅免徵的負擔條件，實有違依法行政原則及授權基礎之遵守。
（五）被告機關撤銷核予原告免徵房屋稅之授益行政處分，有違信賴保護之原則及違反撤銷權行使之法律規範：
1、原告於89年申請免稅時即以獨立醫療法人資料送審，被告亦依法完成審查，核予免稅通知，難謂有行政處分違法之構成條件。退步言之，縱使被告機關認為係行政處分本身錯誤，復查原告之所受免稅授益處分並無行政程序法第119條規範信賴不值得保護之各款情形之一，故依同法第117條第1項第2款規定，被告機關不得撤銷原告之授益行政處分。退萬步言，原告如同意被告機關之撤銷，原告對於被告機關所為之撤銷處分，基於信賴保護利益亦得請求相當之補償。
2、另據財政部於92年3月21日以台財稅字第0920451438號函詢衛生署稱：「為研議財團法人醫院房屋稅徵免需要，轉惠知財團法人醫院提供落實社會福利慈善事業之推動，所用於醫療救濟及其他慈善救濟支出項目，又馬偕醫院，慈濟綜合醫院．．．」，是財政部於92年間已知衛生署回覆之函詢結果，無論回函結果如何，稅捐徵收之上級主管機關財政部於92年時，倘認原告非屬慈善救濟事業而不符房屋稅免徵要件，即屬已知有撤銷原因，依行政程序法第117條撤銷權行使之除斥期間規定，應自被告機關或其上級機關知有撤銷原因時起二年內為之。即使被告機關之撤銷處分具實質法定理由，但依本法已過二年除斥期間，按行政程序法第111條，為具重大明顯瑕疵處分，應為無效之行政處分。反之，若92年時，財政部認為原告慈濟醫院符合免徵房屋稅之法定要件，即屬認定原告係慈善救濟事業，則被告下級機關之認定不容與上級機關之認定牴觸，下級機關所為牴觸上級機關認定之行政處分即屬無效之行政處分。
3、實則財政部於92年3月21日以台財稅字第0920451438號函詢衛生署，衛生署於92年4月4日以衛署醫字第0920202773號回函稱：「至本案有關財團法人醫療機構之房屋稅徵免疑義乙節，本署認為基於財團法人醫療機構之公益性質及其社會責任與服務事項，有關此類機構房屋稅之徵收，建請得依房屋稅條例第十五條第一項第二款規定或貴部六十四年十一月四日台財稅字第三八九八七號函示規定，予以免徵為宜」等語，足證衛生署認為原告合於救濟事業之規定。財政部函詢後，若未進而要求所屬稅捐稽徵處追補原告房屋稅，足認其同意衛生署之見解，被告機關實不應為原處分至明。
4、被告機關就房屋稅條例第15條第1項第2款所規定「業經立案之私立慈善救濟事業」之解釋既與衛生署之解釋不同，而衛生署之位階較被告機關為高，被告機關實宜先依司法院大法官審理案件法第7條第1項第1款之規定，聲請大法官會議統一解釋，不宜在統一解釋前，貿然將「業經立案之私立慈善救濟事業」加上法律所無之限制即須向內政部登記才算是該款所稱之「業經立案之慈善救濟事業」，遽認原告不合於「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件，依司法院釋字530號、第478號解釋意旨，被告機關增加法律所無之限制而剝奪原告房屋稅之優免，係屬違憲。
（六）依醫療法第46條規定，立法者已將醫療財團法人定位為具有慈善救濟性質之財團法人，且以法律規定要求有結餘時，必須提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上「辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」等慈善救濟事業，並由中央主管機關即行政院衛生署直接監督管理醫療財團法人有關「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」之慈善救濟事業，且擇優獎勵。醫療法係特別法，自醫療法制定頒布後，在立法上、執法上，醫療財團法人踐行其慈善救濟本質時，顯非交由內政部立案監督管理。又依醫療法第38條第2項規定即在使醫療財團法人雖係在行政院衛生署立案，仍得享有房屋稅之減免，否則有何必要在房屋稅條例第15條第1項第2款規定外，再增訂醫療法第38條第2項之規定？再者，醫療財團法人依法無從經內政部立案許可而得從事慈善救濟與醫療事業，倘將房屋稅條例第15條第1項第2款之「立案」解釋為必須向內政部立案，則所有醫療財團法人都無法符合房屋稅條例第15條第1項第2款之免徵要件，前開醫療法第38條第2項之規定將形同具文，豈是立法本意？又醫療財團法人之成立，依醫療法第5條及第11條之規定，必須經行政院衛生署許可設立，並「向法院登記」，再報衛生署備查，亦即向衛生署立案，向法院登記，是在醫療法施行後，已無從向內政部立案成立醫療財團法人來從事慈善救濟與醫療業務。醫療財團法人向行政院衛生署立案後，亦無從重複向內政部為立案。原告即係向衛生署立案，經衛生署許可設立，向法院為財團法人登記後，報衛生署備查，合於房屋稅條例第15條第1項第2款之規定。
（七）花蓮縣稅捐稽徵處函詢內政部，慈濟醫院是否為立案之慈善救濟事業，經內政部以96年10月2日內授中社字第0960015743號函覆稱：「．．．查財團法人佛教慈濟綜合醫院為醫事財團法人，非本部主管範疇，請逕向行政院衛生署洽詢。」是內政部已明白表示慈濟醫院是否符合「立案之私立慈善救濟事業」要由其主管機關衛生署來認定，並非內政部之權責範圍，即立案係向衛生署立案。被告援引內政部97年8月19日內授中社字第0970013498號函覆稱：
「查全國性及省級財團法人社會福利慈善事業基金會，主管機關為本部」，而認慈善救濟事業之主管機關為內政部云云。惟查：財政部函詢內政部，慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，以及財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，經內政部以96年12月17日內授中社字第0960018943號函覆稱：「．．．說明：．．．有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定，惟查配合民國六十九年社會救助法公布而廢止之社會救濟法將救濟設施分為．．．施醫所及其他以救濟為目的之設施；另查社會救助法第2條規定，社會救助分為生活扶助、醫療補助、急難救助及災害救助等項。．．．至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第五條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，並參考本部上開相關規定。」內政部重申是否慈善救濟事業，要由醫療財團法人之主管機關衛生署來認定，亦足證內政部依法自認係社會福利事業主管機關，而非慈善救濟事業主管機關，被告機關所辯內政部係慈善救濟事業之主管機關云云，毫無法律依據。而行政院衛生署於96年12月5日以衛署醫字第0960053851號函覆稱：「主旨：有關財團法人慈濟綜合醫院及其各分院是否屬慈善救濟事業乙案，復如說明段，請查照。說明：．．．查醫療法第46條規定略以．．．爰財團法人醫療機構其公益性質，並非以營利為其目的，故其性質核與私立醫療機構有別，合先敘明。復查 貴部六十四年十一月四日台財稅字第三七八二四號及同年十二月十九日台財稅字第三八九八七號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人醫院依據上開醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業。綜上，財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」是立案機關行政院衛生署已行使職權明白認定原告係慈善救濟事業。
（八）目前將「業經立案之私立慈善救濟事業」解釋為「須向內政部立案」之所有的稅捐機關見解或判決，完全未討論或考慮到有關醫療法第46條、第38條第2項、第5條及第11條規定之爭點；復未討論到「增加法律所無之限制」而剝奪房屋稅之優免，係屬違憲之爭點；也未討論到有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，內政部相關法規並未加以範定之爭點。抑有進者，慈濟志業體之醫療志業為推行慈善救濟理念，乃結合志工體系，以從事醫療之慈善救濟，而前開見解與判決所涉之醫院均無如原告般有志工體系及從事慈善救濟事業之實績。是故上開見解自不容持以拘束本件之事實認定與法律適用。基於租稅公平性，何以實際未從事慈善救濟事業之若干學校附設醫院，徒以其係學校附設醫院即能依房屋稅條例第15條第1項第1款而免徵房屋稅？被告機關援引財政部64年11月4日台財稅第37824號函：「要旨：教會附設醫院辦公房屋免稅（私立慈善救濟事業房屋）．．．全文內容：臺灣基督教○○會附設○○紀念醫院，如查明完成財團法人登記，辦理具有成績並持有主管機關證明者，准依照房屋稅條例第十五條第一項第二款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」及同年12月19日台財稅字第38987號函：「要旨：教會醫院之診療室病房值夜宿舍免徵房屋稅（私立慈善救濟事業房屋）全文內容：臺灣基督教○○會附設○○紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部六十四年十一月四日台財稅第三七八二四號函示免徵房屋稅。」認為：1.教會附設醫院係符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」的免徵要件；2.教會附設醫院之辦公房屋、診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等「屬直接供醫院使用之房屋」，符合房屋稅條例第15條第1項第2款「直接供辦理事業使用之房屋」的免徵要件，然卻就原告之房屋從嚴解釋，實有失賦稅公平，教會附設醫院之診療室、病房、值夜宿舍均被認為是慈善救濟事業之房屋而得免徵房屋稅，同是醫院之原告房屋亦應作相同解釋。被告機關辯稱：原告雖由慈濟基金會捐助，然二者分屬單獨成立之財團法人，亦非慈濟基金會之附屬醫院，本件原告係衛生署核准設立，非目的事業主管機關內政部核准有案之私立慈善救濟事業云云，惟查，內政部因其有社會司，負責社會福利事項，而自認係社會福利事業之主管機關；又因其有民政司，管理宗教團體，而自認係宗教團體之主管機關。但內政部並未自認係慈善救濟事業之主管機關，財團法人醫院是否業經立案之私立慈善救濟事業，自己無權認定，應由衛生署認定，而衛生署已認定原告是經其立案之私立慈善救濟事業，已詳如前述。財政部認為基督教附設醫院符合「業經立案之私立慈善救濟事業」之要件，有房屋稅條例第15條第1項第2款規定之適用。惟基督教會是宗教團體，係向內政部民政司登記成立之宗教財團法人，性質上不是慈善救濟事業，亦非向掌管社會福利事業之社會司登記，而被告機關徒以該醫院是基督教會所附設，並非另一獨立法人，而基督教會向內政部登記，從而認為其所附設之醫院是向內政部立案之慈善救濟事業云云，實則基督教會既是向主管宗教團體之內政部民政司登記而非向社會司登記，毫無可能導出所附設之醫院為慈善救濟事業或社會福利事業之結論。醫療財團法人亦非不得從事慈善救濟事業，一旦從事慈善救濟事業，即應由醫療財團法人之主管機關加以管理，依前開內政部96年10月2日內授中社字第0860015743 號函，衛生署並無被告機關所指逾越職掌作出解釋之問題。此亦所以醫療法第46條規定辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務之慈善救濟事項績效卓著者，係由中央主管機關衛生署獎勵之，而未規定由內政部獎勵之，是與宗教團體從事社會福利或慈善救濟，由內政部獎勵之，自屬不同。慈濟基金會是向內政部社會司登記，是社會福利事業之財團法人，與向民政司登記之基督教會是宗教法人不同。豈有未另行登記成立法人的附設醫院（基督教會經民政司登記為宗教團體所附設之醫院）被告認定是業經立案的慈善救濟事業，而經慈濟基金會（內政部社會司登記成立之具慈善救濟性質之社會福利法人）捐助登記成立另一法人且有醫療法第38條第2項、第46條為依據的原告醫院，反而認定是未經立案？被告機關辯稱免費醫療是最原始之慈善救濟云云，而認原告不是慈善救濟事業。惟查：前開基督教會附設醫院也一樣是依法收費，與原告並無不同，被告機關將「慈善救濟」與「免費醫療」劃上等號，顯與財政部上開函釋就同樣有收費之基督教附設醫院所作之免徵房屋稅函釋牴觸，況且有收入不等於以營利為目的，有收入未必即非慈善救濟事業，例如喜憨兒的麵包工作坊，他們本身的販售麵包行為也有營業收入，但仍是屬於幫助喜憨兒習得一技之長、自力更生的慈善救濟事業。不能以原告必須依健保局的標準收費及請款，即謂原告與一般診所無異，或原告並非慈善救濟事業，而全然無視原告建立志工體系，辦理志工早會，引進慈濟人文，來培育醫生與醫護人員的慈善救濟襟懷，促成人醫會的建立，積極推動國際賑災的醫護工作；原告更不遺餘力，發揚醫療的慈濟精神，來感動人群，方能帶動捐髓風氣，進而建立起國際骨髓資料庫；也因原告配合證嚴法師推動醫療的慈濟人文，乃能促成群眾拋棄入土為安的觀念、甚至風水考量，而願意作大體捐贈，目前大體捐贈數量之多，已聞名國際。凡此種種，均非不具慈善救濟理念的醫院或一般診所能夠望其項背。何況同樣有收費而免徵房屋稅之醫院有：國立臺灣大學醫學院附設醫院、中山醫學大學附設醫院、高雄醫學院附設中和紀念醫院、中國醫藥大學附設醫院、臺北醫學大學附設醫院等，原告同係醫院卻不能免徵，在法律解釋上、課稅徵收上均顯失公平。
（九）被告機關援引財政部85年7月5日台財稅第000000000號函檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄載稱：「主旨：檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業」，而率認係「須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認屬慈善救濟事業，顯已違反比例原則」云云。惟查：
1、財政部僅是發函檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄，並非解釋函令，無法規命令之效力。況內政部係社會福利事業之主管機關，而非慈善救濟事業之主管機關，且由該會議紀錄之文義，係就財團法人老人福利機構而非就慈善救濟事業作出決議，與原告無關，是否為慈善救濟事業，係主管機關或法院事實認定之問題。前開衛生署於96年12月5日以衛署醫字第0960053851號函明白認定原告係慈善救濟事業。上開財政部函檢附會議紀錄「將全部收益直接用於各該目的事業」之見解，並非房屋稅條例15條第1項第2款之要件，亦非醫療法第38條第2項之要件，其見解於法洵屬無據。況且就財團法人醫院而言，財政部係直接認定基督教附設醫院就是慈善救濟事業，並未要求基督教附設醫院必須「將全部收益直接用於各該目的事業者」，始得認屬慈善救濟事業，原告同係醫院，殊無作不同解釋之理由。財政部前開64年11月4日及12月19日二則函釋認為基督教附設醫院得免徵房屋稅，且不要求基督教附設醫院係要符合老人福利法，顯然財政部並未認為慈善救濟事業必須符合社會福利事業之相關法規，亦無法律依據要求慈善救濟事業必須符合社會福利事業之相關法規。內政部係社會福利事業之主管機關，既非慈善救濟事業之主管機關，又非醫療財團法人之主管機關，內政部規範社會福利事業之相關法規，殊無應適用於醫療財團法人之法理，否則造成體制紊亂，事權不分。
2、醫療財團法人與財團法人老人福利機構在性質與功能上俱不相同，設立所依據之法規亦不相同。依老人福利法第3條之規定，老人福利機構之主管機關為內政部，醫療財團法人並非老人福利機構，且主管機關是衛生署，並非內政部。慈善救濟並不祇是也不等於老人福利。縱使認為上開會議紀錄應適用於財團法人醫院，上開會議紀錄所稱：「將全部收益直接用於各該目的事業者」，應非指醫療財團法人僅能辦理老人福利事業，才算是慈善救濟事業，自非將全部收益用於老人福利才算是慈善救濟事業，而是祇要將全部收益「直接用於各該目的事業」就算是慈善救濟事業。退萬步言，原告之等級是教學醫院及醫學中心，每年五月前必須向衛生署呈報會計師簽證之財務報表。縱依上開決議之標準，原告之收益亦確實全部直接用於目的事業，此有經會計師簽證之全部慈濟醫院收支餘絀表所列項目可證，完全符合被告機關所援引前開決議之要件。
（十）被告機關引用醫療法第1條，辯稱衛生署職掌範圍僅醫療與衛生等相關業務，該法亦無賦予該機關對慈善救濟事務認定之權限云云。惟查：
1、並無法律定義何謂「慈善救濟事業」，復無法律規定限制「慈善救濟事業」之主管機關為何。依醫療法第46條規定，立法者已將醫療財團法人定位為具有慈善救濟性質之財團法人，與我國傳統觀念相合，且以法律規定要求有結餘時，必須提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上「辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」等慈善救濟事業，並由中央主管機關即行政院衛生署直接監督管理醫療財團法人有關「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」之慈善救濟事業，且擇優獎勵。醫療法係特別法，自醫療法制定頒布後，在立法上、執法上，醫療財團法人踐行其慈善救濟本質時，顯非交由內政部立案監督管理。被告機關誤認只有社會福利才是慈善救濟，將範圍較小的社會福利事業，與慈善救濟事業劃上等號，而將從事慈善救濟卻不屬社會福利之財團法人醫院，硬指為不是慈善救濟事業，若謂只要是醫療財團法人就不是慈善救濟事業，則醫療法第38條第2項規定豈非形同具文，當非立法本意。
2、觀被告機關全部辯解，非但否認衛生署所為認定慈濟醫院是慈善救濟事業之函示，抑且漠視內政部不認為自己是慈善救濟事業之主管機關的函示，擅自認為社會福利事業主管機關之內政部為慈善救濟事業之主管機關，而違背司法院釋字第530、478號解釋，卻無一主張或辯解能解決其就房屋稅條例第15條第1項第2款所為「應向內政部社會司立案」之解釋，係「增加法律所無之限制」，係屬違憲之事實，所為答辯為無理由。
3、截至97年12月31日止，原告已先後就慈濟臺北分院94及95年度房屋稅、慈濟潭子分院96年度房屋稅、慈濟關山分院91至96年度房屋稅、慈濟臺北分院96年度房屋稅、慈濟花蓮本院與玉里分院91至96年度房屋稅、慈濟大林分院91至96年度房屋稅、慈濟關山分院97年度房屋稅、慈濟花蓮本院與玉里分院97年度房屋稅、慈濟大林分院97年度房屋稅、慈濟潭子分院97年度房屋稅、慈濟臺北分院97年度醫院附屬醫生值班室房屋稅、慈濟臺北分院97年度房屋稅，分別提起行政訴訟，共計獲得十二件房屋稅案件之勝訴判決。由於內政部自認係社會福利事業主管機關，並非慈善救濟事業主管機關，且並無法律規定內政部係慈善救濟事業主管機關，自不容稅捐機關代替立法院的立法，片面指定內政部擔任慈善救濟事業之主管機關，而違憲增加法律所無之限制。故前開各判決均認定原告係慈善救濟事業，及原告向衛生署立案係符合房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅之要件，而不以向社會福利事業主管機關內政部立案為免徵要件等情，並聲明求為判決：訴願決定、復查決定（98年11月9日中縣稅法字第09836915332號）及原處分（原核定處分）關於課徵原告98年度房屋稅超過新臺幣2,991元部分均撤銷。
四、被告則以：
（一）按「房屋稅之徵收，依本條例之規定；本條例未規定者，依其他有關法律之規定。」「房屋稅依房屋現值，按下列稅率課徵之：．．．非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值百分之三，最高不得超過百分之五。其為私人醫院、診所．．．等非營業用者，最低不得少於其房屋現值百分之一點五，最高不得超過百分之二點五。」「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」「業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅。」「本自治條例房屋稅條例第六條規定制定之。」「房屋稅依房屋現值按下列稅率課之：營業用房屋按其現值課徵百分之三。．．．私立醫院、診所．．．等非營業用房屋，按其現值課徵百分之二。」分別為房屋稅條例第1條、第5條第1項第2款、第6條、第15條第1項第2款及臺中縣房屋稅徵收率自治條例第1條、第2條所明定。次按「臺灣基督教○○會附設○○紀念醫院，如查明完成財團法人登記，准依照房屋稅條例第十五條第一項第二款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部六十四年十一月四日台財稅第三七八二四號函示免徵房屋稅。」「主旨：檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」分別為財政部64年11月4日台財稅第37824號函、64年12月19日台財稅第38987號函及85年7月5日台財稅第000000000號函釋在案。
（二）原告所有坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋，係依據臺中縣政府核發（94）府工建使字第3505號使用執照所載設立房屋稅籍（稅籍編號：00000000000），核定為總層數地上l層、地下1層，構造別為鋼筋混凝土造，98年房屋現值為367萬4,500元，課稅總面積1,620.8平方公尺，現作醫院使用，按非住家非營業用稅率課徵98年房屋稅計73,490元。另坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋，係依據臺中縣政府核發（90）府工建使字第2203號使用執照所載設立房屋稅籍（稅籍編號：00000000000），核定為總層數地上6層、地下1層，構造別為鋼骨造，98年房屋現值為1億2,606萬9,500元，課稅總面積3萬577.1平方公尺，其中24平方公尺現作藥局使用，改按營業用稅率課徵，其餘面積3萬553.1平方公尺供醫院使用，按非住家非營業用稅率課徵，經核課其98年房屋稅計252萬2,387元，並無違誤。
（三）查被告之徵銷明細檔及系爭房屋稅籍紀錄表，系爭房屋分別於95年11月5日及同年12月1日興建完成，被告於96年起即對原告核課房屋稅，是其主張被告撤銷原核准免徵房屋稅之授益行政處分，有違信賴保護原則等情事乙節，並非事實，核無可採。又據原告提示之法人登記證明書所載，其為經行政院衛生署許可設立之醫療財團法人，另依該法人登記證明書及「財團法人佛教慈濟綜合醫院捐助章程」第5條所載，原告係由慈濟基金會捐助成立，該基金會雖為內政部核准立案之私立慈善救濟事業，惟原告並非該基金會之附設醫院，兩者分屬單獨成立之財團法人，其為盈虧各自分離之獨立會計帳戶，亦為分別自其盈餘中撥充社會慈善救濟事業，是其主張與慈濟基金會合作從事慈善醫療救助事業、及董事為慈濟基金會董事長云云，尚無法佐證慈濟基金會所從事慈善事業即原告所為，應由原告提示其獨自撥充慈善事業部分。
（四）按財政部98年6月3日台財稅字第09800222060號函釋意旨略以：「．．．本部九十八年四月九日台財稅字第○九八○四五二六六○○號函釋財團法人臺灣基督教長老教會新樓醫院等15家原屬宗教團體法人附設醫院，於改隸行政院衛生署主管前即免徵房屋稅，其改隸為該署主管之醫療財團法人係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，所屬之財團法人公益性亦未嘗稍異，自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，且其所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與內政部規定有不一致情形，為免因政府管理權責之劃分，致使該等醫院權益受損，准依房屋稅條例第十五條第一項第二款免徵房屋稅。旨揭醫院如經向主管機關行政院衛生署洽詢與上開情形相同者，得比照上開本部函釋辦理。」本件原告所有之系爭房屋與前揭財政部函釋免徵房屋稅之情形亦不相符，原處分依法核無違誤。
（五）另查房屋稅條例第15條第1項第2款立法沿革，經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的之財團法人免徵房屋稅，始修訂於56年3月28日，須辦理具有成績者，其供辦公使用房屋始有免稅適用，嗣於59年6月26日再將直接供辦理事業所使用之房屋全部納入免稅範圍，而當時之社會救濟法令有「社會救濟法」（69年5月30日廢止），依該同法第6條所定救濟設施雖包括「施醫所」，惟該同法第14條所列救濟方法中，涉及醫療部分為「免費醫療」，是最原始之「慈善救濟」性質，就醫療部分應是給予受救濟人免費醫療，又查財政部85年7月5日台財稅第000000000號函釋，慈善救濟機構須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認定屬慈善救濟事業，綜上，符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定，應依其立法目的及精神，將全部收益直接用於各該目的事業中。經查內政部97年8月19日內授中社字第0970013498號函復花蓮縣稅捐處略以：「．．
．查全國性及省級財團法人社會福利慈善事業基金會，主管機關為本部，本部並訂定『內政部審查內政業務財團法人基金會設立許可及監督要點』據以輔導：在縣市設立者，其主管機關為縣市政府。」是內政部對其所核准設立之慈善救濟事業訂定監督要點，以輔導其從事慈善事業；另查行政院衛生署組織法第1條：「行政院衛生署（以下簡稱本署）掌理全國衛生行政事務。」又遍查該法亦無發現有賦予該等機關對慈善救濟事業認定之業務權限或主管權責之規定，因此原告是否依其法人登記證書目的欄所載「不以營利為宗旨」，及捐助章程第3條、第16條分別規定：「．．．提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾」、「決算後若有結餘提存充實本院基金百分之五十餘得撥充社會慈善救濟事業」等關於從事慈善事業部分，無受主管機關行政院衛生署監督，且其未提出相關費用以外之盈虧分配等帳據資料，以資證明其符合前揭規定以慈善救濟為目的，將全部收益直接用於所從事之慈善救濟事業之內容。因查其主管機關行政院衛生署並無相關慈善救濟事業認定及對其監督權責之相關規定，又其未提示相關資料證明其符合財政部85年7月5日台財稅第000000000號函釋，慈善救濟機構須將全部收益直接用於目的事業，得認定屬慈善救濟事業之規定，是其不符房屋稅條例第15條第1項第2款規定之免稅要件，爰無免稅規定之適用。又原告以行政院衛生署92年4月4日衛署醫字第0920202773號函佐證其為慈善救濟事業，查該函係財政部以92年3月21日台財稅字第0920451438號函請行政院衛生署提供「財團法人醫院房屋稅徵免事宜」之意見溝通，惟該意見迄未經財政部採納並作成函釋，自不得以為系爭房屋免徵房屋稅之依據。雖財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函對於原屬宗教團體法人附設醫院，經依醫療法規定改設為醫療財團法人後，仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准按房0屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，惟其適用對象則以所列舉之財團法人臺灣基督教長老教會新樓醫院、財團法人臺灣基督長老教會、馬偕紀念社會事業基金會．．．等15家醫院為限（其中並無原告）。類此宗教財團法人附設醫療機構於改隸衛生署前即核准免徵房屋稅，其改隸係因政府法令與管理權責之劃分，改隸後之公益性及慈善救濟工作亦未減少，不應因管理權責劃分，致使其權益平白受到減損，故財政部同意適用上開免稅規定。參照最高行政法院94年度判字第01986號判決內容，租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，非以其外觀之法律行為或形式上之登記事項，實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，依據民法所為之法人登記，於依民法所定之要件齊備時，即得聲請登記，登記機關亦僅就是否合於民法所規定之要件為形式上之審查，房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅者，須具備所屬要件。本件原告雖主張其為慈善救濟事業，應有房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅規定之適用，但原告僅提出法人登記證書影本及其自身章程所載，尚難謂其合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅所定之要件。若原告應予免徵房屋稅則其他相同之醫院，如財團法人長庚紀念醫院、國泰醫療財團法人國泰綜合醫院及財團法人彰濱秀傳紀念醫院等醫院均課徵房屋稅在案，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以實質上經濟事實為準，而非以形式外觀為之。因原告為虧損狀態，尚未提供提撥年度醫療收入結餘百分之十以上，辦理救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項，其未能真正從事救濟工作，與前揭醫療財團法人相同，應予課徵房屋稅等語，資為抗辯，並聲明求為判決駁回原告之訴。
五、兩造之爭點：系爭房屋供醫院使用部分是否符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅之要件？
六、經查：
（一）按「房屋稅之徵收，依本條例之規定；本條例未規定者，依其他有關法律之規定。」「房屋稅依房屋現值，按下列稅率課徵之：．．．非住家用房屋，其為營業用者，最低不得少於其房屋現值百分之三，最高不得超過百分之五。其為私人醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用者，最低不得少於其房屋現值百分之一點五，最高不得超過百分之二點五。」「直轄市及縣（市）政府得視地方實際情形，在前條規定稅率範圍內，分別規定房屋稅徵收率，提經當地民意機關通過，報請或層轉財政部備案。」「私有房屋有下列情形之一者。免徵房屋稅：．．．業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」房屋稅條例第1條、第5條第1項第2款、第6條、第15條第1項第2款分別定有明文。次按臺中縣房屋稅徵收率自治條例第1條、第2條依序規定「本自治條例依房屋稅條例第6條規定制定之。」「房屋稅依房屋現值按下列稅率課徵之：營業用房屋按其現值課徵百分之三。．．．私立醫院、診所、自由職業事務所及人民團體等非營業用房屋，按其現值課徵百分之二。」又「臺灣基督教○○會附設○○紀念醫院，如查明完成財團法人登記，准依照房屋稅條例第十五條第一項第二款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」「臺灣基督教會附設紀念醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」「各類建築物地下室，僅為利用原有空間設置機器房、抽水機、停放車輛等使用而未收取費用或未出租或由所有權人按月分擔水電、清潔、維護費而非營業者，均應予免徵房屋稅。各類建築物地下室如有供營業、辦公或住家使用者，應按實際使用面積分別依有關稅率課徵房屋稅。各類建築物地下室供停車使用，而有按車收費或出租供停車使用者，應按非住家非營業用稅率課徵房屋稅。各類建築物地下室其使用執照如為停車場，而不作停車使用者，應按地上建築物使用執照所載用途或都市計畫分區使用範圍分別計課房屋稅。」「主旨：檢送研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅會議紀錄。決議：財團法人老人福利機構依老人福利法因提供設施或服務而酌收之必要費用，經目的事業主管機關出具證明，其收費非以營利為目的且不違反老人福利之目的，將全部收益直接用於各該目的事業者，得認屬慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之房屋得依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。」分經財政部64年11月4日台財稅第37824號、64年12月19日台財稅第38987號、66年2月26日台財稅第31250號、85年7月5日台財稅第000000000號函釋在案。
（二）本件原告所有坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋，係依據臺中縣政府核發（94）府工建使字第3505號使用執照所載設立房屋稅籍（稅籍編號：00000000000），核定為總層數地上l層、地下1層、構造別為鋼筋混凝土造，98年房屋現值為367萬4,500元，課稅總面積1,620.8平方公尺，現作醫院使用，按非住家非營業用稅率課徵98年房屋稅計7萬3,490元。另坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋，係依據臺中縣政府核發（90）府工建使字第2203號使用執照所載設立房屋稅籍（稅籍編號：00000000000），核定為總層數地上6層、地下1層、構造別為鋼骨造，98年房屋現值為1億2,606萬9,500元，課稅總面積3萬577.1平方公尺，其中24平方公尺現作藥局使用，改按營業用稅率課徵，其餘面積3萬553.1平方公尺供醫院使用，按非住家非營業用稅率課徵，經核課其98年房屋稅計252萬2,387元，原告不服，申請復查，未獲變更；提起訴願主張：「按原告捐助章程第3條規定：『本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾，以服務社會為目的。』自始揭櫫慈善救濟之設立宗旨。再由臺灣花蓮地方法院核發之原告法人登記證書之目的欄亦載明：『本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務，不以營利為目的，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾就醫，以服務社會為目的。』故原告係不以營利為目的之私立慈善救濟事業。凡此種種，均足表徵原告立案宗旨即係慈善救濟事業，與房屋稅條例第15條第1項第2款相合」等語。訴願決定以：參照最高行政法院94年度判字第01986號判決內容，按租稅法所重視者，為足以表徵納稅能力之實質經濟事實，而非其外觀之法律行為或形式上之登記事項，對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，故有關課徵租稅構成要件事實之判斷及認定，自應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則將造成鼓勵投機及規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求。第按依據房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅者，須具備下列要件：㈠業經立案之私立慈善救濟事業，㈡不以營利為目的，㈢完成財團法人之登記者，㈣直接供辦理事業所使用之自有房屋。四者缺一，即不得享有免徵房屋稅之優待。查本件原告雖主張其為慈善救濟事業，應有房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅規定之適用，惟查本件原告僅提出法人登記證書影本及其自身章程所載，尚難謂其合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅所定之要件。
第查依據民法所為之法人登記，於依民法所定之要件齊備時，即得聲請登記，登記機關亦僅就是否合於民法所規定之要件為形式上之審查，與房屋稅條例明定合於免稅條件之財團法人，需為業經立案之私立慈善救濟事業，二者之目的、要件並非相同，是本件被告機關以原告不合於免稅要件，乃依房屋稅條例規定，依查得資料，核定其房屋現值，課徵98年房屋稅，係依據法律規定之要件所為之認定，並無增加法律所無之限制，原告訴願理由所稱，依法核無可採。另依據財政部98年6月3日台財稅字第09800222060號函釋意旨略以：「．．．本部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋財團法人臺灣基督教長老教會新樓醫院等15家原屬宗教團體法人附設醫院，於改隸行政院衛生署主管前即免徵房屋稅，其改隸為該署主管之醫療財團法人係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，所屬之財團法人公益性亦未嘗稍異，自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，且其所收取之費用及其收益之運用有關規範，並未與內政部規定有不一致情形，為免因政府管理權責之劃分，致使該等醫院權益受損，准依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅。旨揭醫院如經向主管機關行政院衛生署洽詢與上開情形相同者，得比照上開本部函釋辦理。」本件原告所有之系爭房屋與前揭財政部函釋免徵房屋稅之情形亦不相符等情，認被告機關所為處分（含復查決定及原核定處分）並無不合，予以維持，駁回原告訴願。揆諸首揭規定及財政部函釋，雖非無見。
（三）惟查：
１、按「憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，固係指人民有依據法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅義務之意，然課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用。」司法院釋字第385號解釋在案。而依首揭房屋稅條例第15條第1項第2款規定，私有房屋免徵房屋稅必須具備：㈠業經立案之私立慈善救濟事業；㈡不以營利為目的；㈢完成財團法人登記；㈣直接供辦理事業所使用。
２、次按，民法總則第二節「法人」，首於本節第一款「通則」規定：「法人非依本法或其他法律之規定，不得成立」（第25條）、「法人非經向主管機關登記，不得成立」（第30條-本條立法理由載明：謹按法人之集合，不問其為社團，為財團，法人之目的，亦不問其為公益，為營利，非經向主管官署登記後，不得成立。此兼採準則、許可兩主義之結果也）、「『受設立許可之法人』，其業務屬於主管機關監督，主管機關得檢查其財產狀況及其有無違反許可條件與其他法律之規定」（第32條-本條立法理由記載：謹按受設立許可之法人者，即本法第46條規定以公益為目的之社團，及第59條規定之財團是也。夫法人之設立，既須先經主管官署之許可，則其所經營之業務，自應屬於主管官署之監督。而其監督之結果，得隨時檢查法人之財團狀況，及有無違反許可條件，與其他法律之規定，又屬當然之事，此本條所由設也）。次於本節第二款「社團」（本款立法理由載稱：謹按社團者，是「由人之結合體而成立之社員團體」也。從其目的得分為非經濟的社團及經濟的社團。非經濟的社團，應於民法中規定，至經濟的社團，規定於特別法中為宜，故本款專規定非經濟的社團）規定：「以營利為目的之社團，其取得法人資格，依特別法之規定」（第45條-本條立法理由載明：謹按社團法人之以營利為目的者，種類甚多，其設立及其他事件，應規定於特別法中。例如公司之設立，應依公司法之規定是也）、「以公益為目的之社團，於登記前，應得主管機關之許可」（第46條-本條立法理由載稱：謹按凡以公益為目的之社團，如政治、宗教、學術、技藝、社交以及其他非經濟上目的之社團皆是。此種社團，不許濫行設立，以免妨害社會，故須經主管官署之許可，始得成立）、「設立社團者，應訂定章程，其應記載之事項如下：目的。名稱。董事之人數、任期及任免。設有監察人者，其人數、任期及任免。總會召集之條件、程序及其決議證明之方法。社員之出資。社員資格之取得與喪失。訂定章程之年、月、日」（第47條）。續於本節第三款「財團」（本款立法理由記載：謹按財團者，因為特定與繼續之目的，所使用財產之集合而成之法人是也。其目的有公益目的（如學校病院等），以私益目的（如親屬救助等）之二種。本款為關於財團法人之設立、組織及變更、解散等之規定）規定：「財團於登記前，應得主管機關之許可」（第59條-本條立法理由記載：查民律草案第143條理由謂為有特定與繼續之目的所使用而集合之財團，欲使成為法人，須經主管官署之許可，為防止其濫設起見也）、「（第1項）設立財團者，應訂立捐助章程。但以遺囑捐助者，不在此限。（第2項）捐助章程，應訂明法人目的及所捐財產。（第3項）以遺囑捐助設立財團法人者，如無遺囑執行人時，法院得依主管機關、檢察官或利害關係人之聲請，指定遺囑執行人」（第60條-本條立法理由載稱：謹按設立財團，須有捐助行為，捐助行為者，因特定與繼續之目的，不求報償而處置其財產，因之設定財團，蓋一方法律行為也，財產不因捐助行為，即無由成立。故設立財團，應使其訂立捐助章程，是屬當然之事。惟以遺囑捐助者，即不必訂立章程，此本條第一項所由設也）。又民法總則施行法第10條第1項規定：「依民法總則規定法人之登記，其主管機關為該法人事務所所在地之法院。」非訟事件法第82條規定：「（第1項）法人登記事件，由法人事務所所在地之法院管轄。（第2項）前項登記事務，由地方法院登記處辦理之。」司法院20年院字第443號及25年院字第1407號亦分別闡釋：「㈢『許可法人設立之主管官署』。『即管理法人目的之事業之官署』。『應依法人之目的事業而認定之』。其許可權。是否專屬於中央官署。抑受中央主管官署之指揮監督。執行法令之地方官署亦有許可之權。如法令無明文規定者。應以法人目的事業之性質定之。至『法人經主管官署許可後。法院於登記時。仍有審查關於登記事項及程序之權』。」「㈠監督慈善團體法施行規則第三條所稱之主管官署，乃許可設立之官署，即民法第四十六條、第五十九條所定登記前應得許可之主管官署，非法人登記之主管官署(參閱民法總則施行法第十條)。慈善團體得許可設立之主管官署設立許可後，未依法定程式向主管官署登記，雖在該規則施行前成立，依民法第三十條規定，不得成立為法人，自不能認為有法人資格」等語甚明。準此可知，法人非依民法或其他法律之規定，不得成立。而法人，原為一種「集合體」，其中以「人之集合」為成立基礎之法人，為「社團」；以「財產之集合」為成立基礎之法人，為「財團」。申言之，「社團」為人之結合，故必有社員，其組織必有社員總會，其目的有為謀各社員經濟上之目的者，如公司、合作社等是，有為謀各社員非經濟上之利益者，如工會、農會、律師公會等是；「財團」則為財產之集合，以財產之捐助為其成立基礎，捐助者並非財團之構成分子，故財團無社員，從而亦無社員總會之組織，捐助之財產，有為公共目的者，如學校、病院等，有為私益目的者，如親屬救濟等，但決非如社團為謀社員之利益，因其根本無社員之故。而不論係「社團法人」或「財團法人」，均應向主管機關亦即該「社團」或「財團」法人事務所所在地之法院（地方法院登記處）登記，始得成立。又以營利為目的之社團，其取得法人之資格，依特別法之規定（如公司法第6條：「公司非在中央主管機關登記後，不得成立」）；至以公益為目的之「社團」及「財團」，於登記前，應得主管機關「即管理法人目的之事業之官署（機關）」之許可，並受該許可設立之官署（機關）之監督。前揭房屋稅條例第15條第1項第2款所稱「慈善救濟事業」，係屬以公益為目的之事業，於向地方法院登記處登記前，許可該財團法人設立之主管行政機關為何，應依該慈善救濟之「目的事業」而認定之。
３、再按，人民團體法規定：「人民團體之組織與活動，依本法之規定；其他法律有特別規定者，適用其規定」（第1條）、「本法所稱主管機關：在中央及省為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。但其目的事業應受各該事業主管機關之指導、監督」（第3條）、「人民團體分為下列三種：職業團體。社會團體。政治團體」（第3條）、「人民團體章程應載明下列事項：名稱。宗旨。經織區域。會址。任務。組織。會員入會、出會與除名。會員之權利與義務。會員代表及理事、監事之名額、職權、任期及選任與解任。會議。、經費及會計。章程修改之程序。其他依法令規定應載明之事項」（第12條）、「社會團體係以推展文化、學術、醫療、衛生、宗教、慈善、體育、聯誼、社會服務或其他以公益為目的，由個人或團體組成之團體」（第39條）、「社會團體會員（會員代表）不能親自出席會員（會員代表）大會時，得以書面委託其他會（會員代表）代理，每一會員（會員代表）以代理一人為限」（第42條）。依據上開規定，人民團體章程應載明「會員入會、出會與除名」及「會員之權利義務」，其中「社會團體」並有會員（會員代表）大會之規定，是民法規定之「財團」，並非人民團體法規範之對象甚明。另平均地權條例第35條之1及其施行細則第50條（第1項）規定：「私人捐贈供興辦『社會福利事業』使用之土地，免徵土地增值稅。但以符合下列各款規定者為限：受贈人為財團法人。」「本條例第三十五條之一『所稱社會福利事業』，『指依法經社會福利事業主管機關許可設立，以興辦社會福利服務及社會救助為主要目的之事業』。」兒童及少年福利法規定：「（第1項）本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。（第2項）前項主管機關在中央應設兒童及少年局；在直轄市及縣（巿）政府應設兒童及少年福利專責單位」（第6條）、「下列事項，由中央主管機關掌理（本院按：即內政部）。『但涉及各中央目的事業主管機關職掌，依法應由各中央目的事業主管機關掌理者，從其規定』．．．」（第7條）、「（第1項）本法所定事項，主管機關及各目的事業主管機關應就其權責範圍，針對兒童及少年之需要，尊重多元文化差異，主動規劃所需福利，對涉及相關機關之兒童及少年福利業務，應全力配合之。（第2項）『主管機關（本院按：即內政部）』及『各目的事業主管機關』權責劃分如下：主管機關：主管兒童及少年福利法規、政策、福利工作、福利事業、專業人員訓練、兒童及少年保護、親職教育、福利機構設置等相關事宜。衛生主管機關：主管婦幼衛生、優生保健、發展遲緩兒童早期醫療、兒童及少年心理保健、醫療、復健及健康保險等相關事宜。．．．」（第9條）。老人福利法第3條規定：「（第1項）本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。（第2項）『本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理』。（第3項）前二項『主管機關』及『各目的事業主管機關』權責劃分如下：主管機關：主管老人權益保障之規劃、推動及監督等事項。衛生主管機關：主管老人預防保健、心理衛生、醫療、復健與連續性照護之規劃、推動及監督等事項。」身心障礙者權益保障法第2條規定：「（第1項）本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。（第2項）本法所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關辦理。（第3項）前二項主管機關及各目的事業主管機關權責劃分如下：主管機關：身心障礙者人格維護、經濟安全、照顧支持與獨立生活機會等相關權益之規劃、推動及監督等事項。衛生主管機關：身心障礙者之鑑定、保健醫療、醫療復健與輔具研發等相關權益之規劃、推動及監督等事項。」又內政部掌理全國內務行政事務，設有「社會司」，掌理關於社會福利之規劃、推行、指導及監督事項，為內政部組織法第1條、第4條、第13條所明定。是知，內政部雖屬全國有關社會福利之中央主管機關，惟相關法律所定社會福利事項，涉及各目的事業主管機關職掌者（如衛生主管機關、教育主管機關、勞工主管機關、交通主管機關等），則由各目的事業主管機關辦理。
４、末按，行政院衛生署組織法第1條、第4條、第6條規定，行政院衛生署掌理全國衛生行政事務，該屬設「醫事處」，掌理關於醫事團體目的事業之監督、輔導事項，及醫事機構設置許可之調解事項，與關於各類醫事業務之管理、輔導及獎懲事項。「醫療法」規定：「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。『本法未規定者，適用其他法律規定』」（本法第1條）、「本法所稱醫療機構，係指供醫師執行醫療業務之機構」（第2條）、「（第1項）本法所稱醫療法人，包括醫療財團法人及醫療社團法人。（第2項）本法所稱『醫療財團法人』，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。（第3項）本法所稱『醫療社團法人』，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，經中央主管機關許可登記之社團法人」（第5條）、「本法所稱主管機關：在中央為『行政院衛生署』；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府」（第11條）、「（第1項）醫療財團法人之設立、組織及管理，依本法之規定；『本法未規定者，依民法之規定』。（第2項）醫療社團法人，非依本法規定，不得設立；其組織、管理、與董事間之權利義務、破產、解散及清算，本法未規定者，準用民法之規定」（第30條）、「（第1項）私人及團體對於醫療財團法人之捐贈，得依有關稅法之規定減免稅賦。（第2項）『醫療財團法人』所得稅、土地稅及房屋稅之減免，依有關稅法之規定辦理。（第3項）．．．」（第38條）、「（第1項）醫療財團法人之設立，應檢具捐助章程、設立計畫書及相關文件，申請中央主管機關許可。（第2項）前項醫療財團法人經許可後，捐助人或遺囑執行人應於三十日內依捐助章程遴聘董事，成立董事會，並將董事名冊於董事會成立之日起三十日內，報請中央主管機關核定，並於核定後三十日內向該管地方法院辦理法人登記。（第3項）捐助人或遺囑執行人，應於醫療財團法人完成法人登記之日起三個月內，將所捐助之全部財產移歸法人所有，並報請中央主管機關備查。（第4項）捐助人或遺囑執行人未於期限內將捐助財產移歸法人所有，經限期令其完成，逾期仍未完成者，中央主管機關得廢止其許可」（第42條）、「醫療財團法人應提撥『年度醫療收入結餘』之百分之十以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之」（第46條）。綜合前揭民法總則及司法院解釋、內政部主管之相關福利法規、醫療法等關於法人之規定整體觀察，以公共目的（公益目的）-即以從事醫療事業慈善救濟公益目的成立之醫療財團法人，於向法院登記前，許可該財團法人設立（立案）並監督其業務之目的事業主管機關為行政院衛生署無疑。該醫療財團法人所得稅、土地稅及房屋稅之減免，分別依所得稅法、土地稅法暨房屋稅法之規定。內政部96年10月2日內授中社字第0960015743號函復花蓮縣稅捐稽徵處亦稱：「主旨：貴處函請本部查告財團法人佛教慈濟綜合醫院，為醫事財團法人，不以營利為目的，是否符合立案之私立慈善事業，復如說明，請查照。說明：．．．查財團法人佛教慈濟綜合醫院為醫事財團法人，非本部主管範疇，請逕向行政院衛生署洽詢」等語（見原證37）。
５、本件原告捐助章程訂定：「第一條：本醫院定名為財團法人佛教慈濟綜合醫院（以下簡稱本院）。第二條：本院設於花蓮市○○路○段○○○號。第三條：本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾，以服務社會為目的。第四條：．．．。第五條：本院由財團法人臺灣省私立佛教慈濟慈善事業基金會一次捐助新臺幣壹億元創辦之，並得繼續由財團法人臺灣省私立佛教慈濟慈善事業基金會及其他個人或團體隨時捐助之。第六條：．．．第十六條：決算後若有結餘提存充實本院基金百分之五十餘得撥充社會慈善救濟事業。第十七條：本院存立時期為永久性，如因故解散時其剩餘財產應歸屬本院所在地之地方自治團體或政府主管機關指定之慈善公益團體。．．．」等情，有捐助章程在卷（本院卷第96至98頁）可稽。依據上開捐助章程訂定財團法人之名稱、目的、財團法人解散時剩餘財產之歸屬等觀之，顯見該捐助人係以從事醫療慈濟救濟公益服務事業辦理醫療機構，不以營利為目的，而成立醫療財團法人甚明，揆諸前述說明，許可其財團法人設立（立案）及許可設立登記後監督其業務之目的事業主管機關為行政院衛生署亦明。查原告早經目的事業主管機關衛生署73年12月27日衛署醫字第501843號函（原證34）許可設立（立案）、並於74年2月6日向原告事務所所在地之臺灣花蓮地方法院登記處辦理設立登記，經該院審查關於登記事項無誤予以登記後發給法人登記證書（本院卷第99頁），該地方法院登記處核發之上開法人登記證書目的欄也載明：「本院以佛教慈濟精神辦理醫療服務，不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾就醫，以服務社會為目的」等語。且經行政院衛生署於76年7月4日以衛署醫字第675199號函（本院卷第94、95頁）復原告稱：「主旨：所請證明貴院係不以營利為目的之財團法人乙案，復請查照。說明：．．．查貴院係本署於73年12月27日以衛署醫字第501843號函許可設立之財團法人，以佛教慈濟精神辦理醫療服務，不以營利為宗旨，提高地區醫療水準，培養優秀醫事人才及照顧低收入民眾就醫，以服務社會為目的。」嗣內政部96年12月17日內授中社字第0960018943號函復財政部詢問前開相關事項時謂：「主旨：貴部函詢有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準，以及財團法人醫院是否屬慈善救濟事業等疑義案，復如說明，請查照。說明：復貴部96年11月15日台財稅字第09604546970號函。有關慈善救濟事業之型態、範圍及其設立之法令依據與認定標準乙節，經查本部相關法規並未加以範定．．．。至財團法人醫院是否屬於慈善救濟事業乙節，查醫療法第5條規定，醫療財團法人係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。是以，財團法人醫院是否屬慈善救濟事業，宜向其主管機關行政院衛生署洽詢，．．．」（見原證38）等語。行政院衛生署96年12月5日衛署醫字第0960053851號函復財政部所詢事項亦稱：「主旨：有關財團法人慈濟綜合醫院及其各分院是否屬慈善救濟事業乙案，復如說明段，請查照。說明：復貴部96年11月20日台財稅字第09604558620號函。查醫療法第46條規定略以：『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。』爰財團法人醫療機構具公益性質，並非以營利為其目的，故其性質核與私立醫療機構有別，合先敘明。復查貴部64年11月4日台財稅字第37824號及同年12月19日台財稅字第38987號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人醫院依據上開醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業。綜上，財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業」等語（原證39）明確。足證原告確已符合前揭房屋稅條例第15條第1項第2款所定「業經立案之私立慈善救濟事業」、「不以營利為目的」及「完成財團法人登記」之要件。被告機關答辯意旨以原告與慈濟基金會分屬單獨成立之財團法人，原告尚無法證明慈濟基金會所從事慈善事業即為原告所為；從事醫療慈善救濟應給與受救濟人免費醫療；行政院衛生署組織法並未賦予衛生署對慈善救濟事業認定之業務或主管權責之規定；原告未能證明將全部收益直接用於所從事之慈善救濟事業；原告為虧損狀態未能提撥年度結餘百分之十以上真正從事救濟工作（本院按：醫療法第46條規定「醫療財團法人應提撥年度醫療收入『結餘』之．．．」，顯見有結餘，始有提撥義務）等，主張原告非慈善救濟事業，不符房屋稅條例第15條第1項第2款所定免徵房屋稅之要件云云，核非可採；至最高行政法院94年度判字第1986號判決，並非判例，且其案情與本件情節不同，尚難援引適用。又系爭房屋均屬原告所有，除系爭坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋其中24平方公尺為藥局營業使用外，其餘房屋原告均直接供辦理事業使用（即供醫院使用）之事實，亦有房屋稅籍紀錄表附卷（原處分卷第189至192頁）可憑，復為兩造所不爭，同堪認為實在。
６、綜上所述，原告係屬業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，並完成財團法人登記，且系爭房屋，均屬原告所有，除系爭坐落臺中縣○○鄉○○村○○路○段○○號房屋其中24平方公尺為藥局營業使用（此部分被告機關按營業用稅率課徵房屋稅2,991元，原告並未提起行政爭訟）外，其餘房屋，均供醫院使用，亦即原告直接供辦理事業所使用，依首揭房屋稅條例第15條第1項第2款規定，應免徵房屋稅，被告機關原處分（原核定處分）就系爭原告直接供辦理事業所使用之自有房屋，予以課徵系爭房屋稅，於法自有未合，被告復查決定與財政部訴願決定未予糾正，遞予維持，皆有違誤，原告訴訟論旨據此指摘此部分訴願決定、復查決定及原處分（原核定處分）違法，均求予撤銷，為有理由，應予准許，爰判決如主文所示，以符法制。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘主張、陳述及所提之證據，經審酌後，認均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併予敘明。
八、據上論結，本件原告之訴為有理由，依行政訴訟法第98條第1項前段、第218條、民事訴訟法第385條第1項前段，判決如
主文。中 華 民 國 99 年 9 月 21 日
臺中高等行政法院第二庭
審判長法 官 胡 國 棟
法 官 許 武 峰法 官 林 秋 華以上正本證明與原本無異。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須依對造人數附具繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 99 年 9 月 29 日
書記官 廖 倩 慧