臺中高等行政法院判決
99年度訴字第355號100年3月3日辯論終結原 告 寶成工業股份有限公司代 表 人 蔡其建訴訟代理人 陳建宏 會計師訴訟代理人 林瑞彬 律師被 告 財政部臺灣省中區國稅局代 表 人 鄭義和訴訟代理人 曾秀玉
李玉蘭上列當事人間因營業稅改採直接扣抵法申報並退還溢繳稅款事件，原告不服財政部中華民國99年7月28日台財訴字第09900235890號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下︰
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：緣原告於民國（下同）96年4月2日向被告申請依兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定採用直接扣抵法申報，並退回其原依比例扣抵法計算調整補繳94年度應納稅額新臺幣（下同）85,202,896元，及改用直接扣抵法重新計算得退稅金額24,988,140元，合計應退稅金額為110,191,036元，案經被告以96年4月24日中區國稅彰縣三字第0960010363號函，否准其申請。原告不服，提起訴願，經財政部97年1月4日台財訴字第09600295870號訴願決定，將原處分撤銷，囑由被告另為處分。案經被告重行審酌結果，以98年7月8日中區國稅彰縣三字第0980018280號函，仍否准其申請。原告不服，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：㈠原告94年度帳簿記載完備，且能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途，依法符合直接扣抵法之適用要件：
1.按「營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額」、「進項稅額，指營業人購買貨物或勞務時，依規定支付之營業稅額」分別為加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第15條第1項及第3項所明定。營業人若兼營營業稅法第8條第1項免稅之貨物或勞務，為免雙重租稅優惠，免稅之貨物及勞務既無進項稅額，當不得扣抵銷項稅額；惟針對部分兼營營業人，因帳載無法明確區分所購貨物及勞務用途，為求稽徵便利，遂按比例計算不得扣抵銷項稅額之進項稅額，此即兼營營業人營業稅額計算辦法第7條「比例扣抵法」所由設。然就兼營營業人中帳簿記載完整，能明確區分所購貨物及勞務之實際用途者，本可直接計算進項稅額不得扣抵銷項稅額之金額，即採「直接扣抵法」，可達成量能課稅及實質課稅之租稅公平原則，自無採行對人民權利限制較大之比例扣抵法，俾符憲法第23條揭示之比例原則。
2.國家機關行為不得與其所欲達成之目的無合理關連性，違反不當聯結禁止原則。查修正前營業稅額計算辦法第8條之1規定要求適用直接扣抵法須先向稽徵機關申請核准，准予適用直接扣抵法之目的僅是為能於明確歸屬應稅收入及免稅收入相關之進項稅額時，僅就免稅收入有關之進項稅額不准扣抵，以符實質課稅原則，不准適用者即在於不能明確歸屬應稅收入、免稅收入之進項稅額者，應依比例扣抵法計算不得扣抵之進項稅額，在事實不明時能有遵循依據。是以適用直接扣抵法乙事與有無事先向稽徵機關申請，並無事物本質上之合理關連，舊辦法將該行政管制手段與直接扣抵之准否相連結，違反不當聯結禁止原則、平等原則。故舊法時代應先經申請始准適用直接扣抵法之規定應解為程序要件規定，即對於5年內退稅期間已在新法時代者，本於程序從新法理，准予不經向稽徵機關申請，即得適用直接扣抵法。原告為上市公司，為享譽國際之製鞋廠，94年度不僅無積欠任何已確定之營業稅及罰鍰，且內部控制制度健全，帳簿記載完備，亦能明確區分所購貨物及勞務之實際用途，實質上完全符合直接扣抵法之要件，自得依此計算不得扣抵之進項稅額。
㈡原告94年度營業稅申報案屬未確定案件：
1.依稅捐稽徵法第34條第3項第1款規定「第一項所稱確定，係指左列各種情形：經稅捐稽徵核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者。」準此，所稱「確定」，係指經稽徵機關核定之案件納稅義務人未依法提出復查者。查原告於原申報94年度最後一期營業稅時，係採比例扣抵法計算不得扣抵進項稅額，惟被告所屬彰化分局分別以95年6月7日中區國稅彰縣三字第0950017906號函及95年11月20日中區國稅彰縣三字第0950034037號函認定原告94年5月至95年1月及93年1月至94年4月間向國外公司收取管理服務費銷售額不適用零稅率，原告亦於95年7月10日、12月18日提起行政救濟，於98年1月19日及2月20日獲被告認准適用零稅率，並於98年3月3日同意原告退稅在案。
2.按兼營營業人營業稅額計算辦法第3條規定：「本辦法所稱當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例，係指各該期間免稅銷售淨額及依第四章第二節規定計算稅額部分之銷售淨額，佔全部銷售淨額之比例。但土地及各級政府發行之債券及依法應課徵證券交易稅之證券之銷售額不列入計算。前項銷售淨額，係指銷售總額扣減銷貨退回或折讓後之餘額」，進項稅額全年不得扣抵比例之計算會因計算式中任何一個構成項目之不確定而造成迥異之計算結果（亦即任何一個構成項目均會影響不得扣抵比率之計算）。本件原告於95年12月18日所提起之管理服務費銷售額行政救濟案件，被告於98年2月20日同意原告將其等銷售額申報為零稅率銷售額後，是項結果已造成原告短報其他影響不得扣抵比例之銷售額計8,740,753元，即造成94年度零稅率銷售額由原申報金額10,839,292,313元，大幅增10,848,033,066元，致不得扣抵比例由原申報之26.3597％減少為26.3449％，故不得扣抵比例確因零稅率銷售額之變動而降低，足證二者間存有密不可分且互為連動之關聯。此亦為財政部97年1月4日台財訴字第09600295850號訴願決定所肯定，而認原告所提零稅率復查案已影響94年度營業稅申報案之確定，爰將被告96年4月24日否准原告申請之處分撤銷。
3.依兼營營業人營業稅額計算辦法第4條及第8條之2分別規定「兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如下：應納或溢付稅額＝銷項稅額－(進項稅額－依本法第19條第1項規定不得扣抵之進項稅額)(1－當期不得扣抵比例)」、「採用直接扣抵法之兼營營業人，應依下列規定計算營業稅額．．．兼營營業人當期應納或溢付營業稅額之計算公式如下：應納或溢付稅額＝銷項稅額－（進項稅額－依本法第19條第1項規定不得扣抵之進項稅額－專供經營免稅營業用貨物或勞務之進項稅額－共同使用貨物或勞務之進項稅額當期不得扣抵比例）」，即不論採比例扣抵法抑或直接扣抵法，於計算每年度最後一期營業稅時，銷售額是否屬零稅率，不僅影響前述進項稅額不得扣抵比例之計算，亦影響銷項稅額之認定。於銷售額所應適用之稅率未確定前，根本無法計算、調整當期營業稅額，且對專供或共同使用應免稅之進項稅額有所更動，當會造成採取直接扣抵法之應納稅額有所變動，更遑論兼營營業人得以清楚比較比例扣抵法或直接扣抵法何者對其較為有利。
4.原告94年1月至94年12月管理服務費銷售額共計183,555,827元，每期原按月申報為非經海關出口之零稅率銷售額，然被告於95年11月查定此管理服務費銷售額係屬應稅銷售額，並否准適用外銷零稅率銷售額，原告為免觸法遭受罰鍰之不利益，遂依被告指示，於95年11月28日先將管理服務費銷售額更正申報為應稅銷售額，並按修正營業稅法實施注意事項第3點規定重新計算銷售額為174,815,073元（即183,555,8271.05），同時補繳營業稅額8,740,753元（即183,555,8271.050.05）。惟原告對管理服務費銷售額係屬應稅銷售額之處分實難甘服，已於95年12月28日針對93年1月至94年4月管理服務費提起行政救濟，並於98年2月20日獲被告認定准予適用零稅率。易言之，原告原申報管理服務費銷售額為零稅率銷售額183,555,827元，因被告來函調查而更正申報為應稅銷售額174,815,073元，經提起行政救濟後，復更正為零稅率銷售額173,555,827元，業已造成原告短報其他影響不得扣抵比例之銷售額計8,740,753元。
5.按修正營業稅法實施注意事項第3點一般規定㈠「營業人銷售應稅貨物或勞務之定價應內含營業稅」，併參本件相關之管理服務合約書第1條約定所述明「淨發票價格係不含其他應付銷售稅」可知，管理服務費銷售額即內含銷售稅額，而由被告98年2月20日中區國稅法一字第0980010611號復查決定亦可知被告早已核定減少原告零稅率銷售額658,710,168元、增加應稅銷售額627,343,018元（即658,710,1681.05），故相對核定減少可退稅限額31,367,150元（即627,343,018元0.05、其中屬93年度為22,626,397元、94年1月至4月為8,740,753元），可證應稅銷售額與零稅率銷售額並非同額一增一減。基此，應稅銷售額與零稅銷售額雖同為不得扣抵比例之分母項目，惟其並非同額一增一減，致不得扣抵比例確會因此而發生變動，實已影響本件兼營營業人營業稅額計算方法（比例扣抵法或直接扣抵法）之確定性。
6.按財政部97年4月3日台財稅字第09600533230號函明示：「兼營營業人原採比例扣抵法報繳營業稅，未依規定辦理年度調整，或未將股利收入彙總加入當年度最後一期之免稅銷售額計算調整稅額，於本部95年12月21日發布修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』後，經稽徵機關查獲或營業人自行發現漏報以前年度股利收入，營業人均可主張適用旨揭修正辦法第8條之1、第8條之2及第8條之3規定計算調整稅額。本案兼營營業人除股利收入外，如短報或漏報其他影響不得扣抵比例之銷售額，且於95年12月21日後經稽徵機關查獲或營業人自行發現短報或漏報以前年度銷售額者，亦同。」據此，兼營營業人如短報或漏報任何足以影響不得扣抵比例之銷售額，且自行發現或經稽徵機關查獲者，可適用修正後計算辦法第8條之1規定計算、調整稅額。本件94年度管理服務費銷售額既屬影響不得扣抵比例計算之銷售額，且經原告提起行政救濟後，業已造成原告短報銷售額，自可改採直接扣抵法計算調整稅額。又依前揭財政部函釋意旨認銷售額之變動與不得扣抵比例之計算、適用二者相關聯，實質上核屬同一爭點，惟訴願決定卻認原告所提之零稅率復查案與本件扣抵法之改用毫無關聯，屬不同爭點，立場顯然自相矛盾，且未顧慮到前述計算兼營營業人營業稅額之規定。
7.訴願決定謂「被告就前開核定調增銷項稅額之處分(93年1月至94年4月部分)，事後已辦理註銷．．．是被告所為核定調增銷項稅額之處分既經註銷，即回復至原告原申報之零稅率銷售額，自難謂有影響其不得扣抵比例之情事」云云，按經撤銷之行政處分係指該處分溯及的失其法規制作用(不具存續力、構成要件效力、確認力及執行力)，無法形成任何法律關係，惟處分事實上既曾存在，對於現存法律關係自仍具一定影響力，被告所為補徵並予罰鍰之處分，的確影響原告不得扣抵比例之計算及扣抵法之選擇，財政部95年度新函令規定凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用，即指事實上的時點究否確定，就被告曾為處分之案件部分，應認為98年2月20日被告就零稅率復查案件做出復查決定前，原告94年度營業稅申報案仍屬未確定案件，訴願決定全然無視該處分存在的事實，顯未符實情。綜此，原告就非經海關出口銷售額之管理服務費銷售額向被告提出不服，目的無非係為能正確核計不得扣抵比例，本件系爭不得扣抵比例之計算與前述零稅率行政救濟案件相互關聯，無法割裂觀之，依法律行為一部分無效者，全部皆無效之法理，及行政程序法第112條之反面解釋，一部分若屬未核課確定，其全部自當同屬未核課確定案件，原告既已就零稅率銷售額之部分依法提起復查，應認94年度營業稅之申報案件皆未確定。
㈢原告94年度營業稅申報案得適用95年12月21日修正公布之營
業稅額計算辦法第8條之1規定，不須經稽徵機關核准，即可適用直接扣抵法計算不得扣抵進項稅額：
1.按財政部99年3月29日台財稅第00000000000號函（下稱99年度函令）指出「本部95年12月21日台財稅字第09504563401號函規定本部95年12月21日令修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1、第8條之2及第8條之3，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用，所稱『各年度案件』，指95年12月21日以前申報之營業稅案件。兼營營業人於本令發布日以前採比例扣抵法申報且尚未核課確定之案件，准依前揭辦法修正條文規定改採直接扣抵法計算調整稅額。」準此，兼營營業人得依95年12月21日台財稅字第09504563401號函規定改採直接扣抵法計算並調整稅額之要件有二，⒈系爭年度屬95年12月21日以前申報之營業稅案件；⒉於99年度函令發布日前係屬未核課確定之案件。原告原申報94度最後一期營業稅時，係採比例扣抵法計算進項稅額不得扣抵金額，嗣因管理服務費銷售額是否適用零稅率爭議提出復查，則94年度案件自屬未確定案件，與該函之要件完全相符，自可適用95年12月21日修正公布之計算辦法第8條之1規定，改採直接扣抵法計算調整稅額。
2.按最高行政法院56年判字第244號判例「關於原告51年度營利事業所得稅事件，在實體上固應適用舊所得稅法，但其稽徵程序係開始於現行所得稅法公布施行以後，程序上自應適用現行所得稅法之規定。」此即學理上所稱「程序從新原則」。按直接扣抵法得否採用之實體要件，在於兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途，亦即能明確區分進項稅額所對應之應稅銷售額及免稅銷售額者，在直接扣抵法之計算上即為已足，至於是否事先向稽徵機關申請適用直接扣抵法，僅為程序要件，並非稅捐實體要件。且從稅捐稽徵與行政救濟之程序而言，對於事實之認定皆要求適用職權調查原則，縱營業人未先申請適用直接扣抵法，亦不排除於稅捐稽徵及行政救濟的過程中提出直接扣抵法之主張，並提示相關證據以盡協力義務後，若可發現實質之真實，被告實無堅強理由要求原告須先經申請直接扣抵法始可適用之理。
㈣原處分及訴願決定擅認原告94年度營業稅申報案未於稽徵機
關收件之次日起30日內申請更正、退稅或表示不服，致該申報案已確定，實有悖行政程序法第92條第1項行政處分暨課稅處分法定構成要件之規定，並牴觸法律保留原則及平等原則，致原處分及訴願決定違法：
1.查原處分及訴願決定分別謂：「貴公司於96年4月2日始以提出復查申請在案屬未確定案件為由，申請退還改採直接扣抵法申報溢繳之稅額，未於申報當年度最後一期或於95年8月18日補申報股利收入後30日內申請更正退稅或表示不服，已逾財政部97年1月30日台財稅字第09704507990號函釋規定之30日期間」、「於營業稅案件，並無營業人申報營業稅後應由稅捐稽徵機關核定並製發『核定稅額通知書』之稽徵程序。當營業人申報繳納當期營業稅後，就其所申報之課稅事實部分，如未於稽徵機關收件之次日起30日內申請更正、退稅或表示不服者，該一課稅事實即告確定」云云。惟按「本法所稱行政處分，係指行政機關就公法上具體事件所為之決定或其他公權力措施而對外直接發生法律效果之單方行政行為」行政程序法第92條第1項定有明文。次按「課稅處分」係指稅捐稽徵機關對於稅捐債務人核定其稅捐債務之稅捐行政處分，自應符合行政處分要件。再按稅捐稽徵法第34條規定「第一項所稱確定，係指左列各種情形：經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者。」故課稅處分之確定須以經稅捐稽徵機關之「核定」為前提。原告雖於94年度最後一期依比例扣抵法計算補報繳稅額，惟被告對原告所提出之補報繳申報僅係單純受理，其後並未做成任何決定、核定或核課，自不符合上開課稅行政處分之構成要件。於無課稅行政處分存在之情形，實難想像如何產生所謂「核課確定」之效果。況財政部95年度新函令及99年度函令皆指出未經「核課」確定之案件得適用新公布修正之營業稅額計算辦法第8條之1規定，即認對於營業稅之申報，稽徵機關亦須另有一「核課」處分行為，始得確認申報之案件確定與否。
2.次按營業稅法第35條規定營業稅之申報係採自動報繳制，原則上固依據納稅義務人之申報繳納，惟其在性質上僅為協力義務，並非國家高權行為，納稅義務人申報時自然難免有誤寫、誤算或有對應適用法規認識不足，國家既將課徵業務委由人民自動報繳，自不能將之與稽徵機關核課行為之確定效果等同視之，增加人民於承擔國家業務時，須另負擔申報錯誤即難以申請更正退稅之不利益，實非可與一般發單核課案件相均衡，亦與營利事業所得稅申報均可更正退稅之情形失其均衡。
3.按「書面之行政處分自送達相對人及已知之利害關係人起；書面以外之行政處分自以其他適當方法通知或使其知悉時起，依送達、通知或使知悉之內容對其發生效力」為行政程序法第110條第1項所明定。據此，若書面之行政處分未送達，本不發生處分之外部效力，行政處分自無法產生確定之效果。原處分及訴願決定既認營業稅無核定通知書，則當無課稅處分之送達，而無法發生課稅處分之外部效力，當無從起算法定之救濟期間，除非課稅處分之「核課確定」與其他行政處分之確定有法律明文之不同，否則實難從法律之論理法則中得出「一經申報繳稅，如未於30日內不服，即屬核課確定」之結論。
4.依中央法規標準法第5條規定揭示法律保留原則，財政部97年1月30日台財稅字第09704507990號函釋及訴願決定無端以「稽徵機關收件之次日」做為營業稅核課確定之起算日，並擅定期間為30日，嚴重限縮納稅義務人爭執、更正稅額之權利，在法無明文或授權規定下，增加法律所無之限制，侵害人民權利義務，有違法律保留原則。另依行政程序法第6條規定：「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇」，營業稅及營利事業所得稅之申報原則係採納稅義務人自動報繳制，就稽徵機關之稽徵程序及納稅義務人所應負之協力義務本質上皆無不同，惟97年函釋及訴願決定卻僅以營業稅法未有如所得稅法第80條第1項之規定，即逕認營業稅之申報自稽徵機關收件之次日起30日確定，對於本質上相同事件，無正當理由，恣意為不合理之差別待遇，已牴觸平等原則。
㈤原處分及訴願決定對於核課確定之見解將造成顯不公平之現象，嚴重違背租稅公平原則：
按涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。各該法律規定之內容且應符合租稅公平原則（司法院釋字第496及607號參照）。若依被告對於核課確定案件所持之見解，一旦納稅人於申報繳納時有短、漏報營業稅額或其他違章情形而遭稅捐稽徵機關發文補稅或處以罰鍰，因遭處分之納稅人提起行政救濟而成為未確定案件；反之，納稅人誠實申報繳納或溢報溢繳營業稅額，因納稅人並未收受任何處分而無從提起行政救濟，將成為已經核課確定之案件，其不公平處顯而易見。本件原告為響應政府所推動「企業營運總部行動方案-運用全球資源，進行國際營運布局」之政策，將經營決策、研發設計、市場行銷、與後勤支援等核心活動留在臺灣，並申請適用促進產業升級條例第70條之1規定之營運總部，且獲經濟部工業局核發符合營運總部營運範圍證明函在案，於系爭年度投資國外關係企業所取得之股利收入計3,510,777,505元，依法得予免徵營利事業所得稅，惟應否列入兼營營業人營業稅額計算辦法之當期免稅銷售額項下，徵納雙方一直存有不同之見解。然觀諸在臺設立營運總部之234家跨國企業，均未耳聞有因取得國外免稅股利收入而自行申報當期免稅銷售額，直到財政部於94年10月14日發布新聞稿，作出「年度中若有取得被投資公司發放之國內外現金股利及股票股利，均應列報為免稅銷售額．．．以免受罰」之聲明後，原告基於誠實納稅之一貫態度而補報補繳80,815,312元之稅款，此乃依財政部新聞稿所作之誠實申報，何能期待原告會在自動補報補繳後30日內再提起復查。
㈥綜上，因原告曾於95年7月10日及12月18日就94年度年度營
業稅申報案中之管理服務費銷售額是否適用零稅率一案提起行政救濟，基於該管理服務費銷售額是否屬零稅率銷售額與進項稅額不可扣抵比例及營業稅之計算、調整密切關涉，難以割裂以觀，應認94年度營業稅申報案整體皆未確定。另原告93年度帳簿記載完整，且能明確區分所購買貨物、勞務之實際用途，自可依95年12月21日公布修正之計算辦法第8條之1規定，不須經由稽徵機關核准，改依直接扣抵法計算不得扣抵進項稅額，並申請退稅。又財政部既已發布99年度函示明訂舉凡所有符合「於95年12月21日以前申報營業稅之案件，且於99年度函令發布日前係屬未核課確定之案件」要件之營業稅案件均得改採直接扣抵法計算調整稅額，而本案在95年函令發布前即處於未確定案件，本案形式上及實質上均符合99年度函令之要件。但原處分及訴願決定，無端擅認93年度營業稅申報案未於被告收件後30日提出不服，且原告僅對管理服務費銷售額部分提起行政救濟，依爭點主義，93年度營業稅申報案業已確定云云，不僅忽略原告不服管理服務費銷售額之目的，無視零稅率銷售額與不可扣抵比例及稅額計算之連動關係，更違反行政處分之法定構成要件之規定，牴觸法律保留原則及平等原則，原處分及訴願決定自屬違法等情，並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分。
三、被告則以：㈠本件原告係兼營應稅及免稅貨物之營業人，其申報94年度最
後一期營業稅時，係採比例扣抵法自行計算當年度進項稅額不得扣抵比率，並調整補繳應納稅額4,387,584元，其後又因短漏報銷售額而分別於95年8月更正申報各該期申報書，惟仍依比例扣抵法計算調整補繳稅額為80,815,312元。嗣被告所屬彰化縣分局查獲，原告分別於93年1月至94年4月及94年5月至95年1月間取得國外公司支付分攤之管理費收入，無營業稅法第7條第2款零稅率之適用，惟原告誤以零稅率報繳營業稅，乃分別核定調增銷項稅額31,367,150元及12,982,247元，並同額調減應退稅額。原告不服，分別於95年12月18日及同年7月10日向被告申請復查在案。嗣原告於96年4月2日具文向被告所屬彰化縣分局主張其94年度營業稅屬未核課確定案件，得依財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函釋，追溯適用95年12月21日修正發布之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1、第8條之2及第8條之3規定，改按直接扣抵法扣抵進項稅額，申請退還原繳納之營業稅款85,202,896元，及重新改按直接扣抵法計算調整稅額結果應再退還之稅額24,988,140元，合計申請退還稅額共計110,191,036元，案經被告所屬彰化縣分局以96年4月24日中區國稅彰縣三字第0960010363號函復略以，原告94年度採比例扣抵法計算不得扣抵比例調整稅額結果為補繳稅額4,387,584元，嗣又於95年8月更正申報94年度兼營營業人營業稅以比例扣抵法計算並自行補繳營業稅額80,815,312元，案經被告所屬彰化縣分局分別於94年1月16日及95年8月18日受理並核定，且原告未於期限內依法申請復查，故本案已屬確定等由，否准其申請。原告不服，提起訴願，經財政部97年1月4日台財訴字第09600295870號訴願決定略以，本件原告94年5月至95年1月間之營業稅申報，經查獲有漏報營業稅之情事，並經被告機關所屬彰化縣分局核定開徵補稅，原告亦於復查期限內之95年7月10日申請復查在案。次參據司法院釋字第397號解釋謂，不得扣抵比例之計算，在租稅實務上既有多種不同方法，為使租稅益臻公平合理，主管機關仍宜檢討改進等語，則財政部既以95年12月21日台財稅字第0954563400號令公布修正「兼營營業人營業稅額計算辦法」部分條文，並以同日台財稅字第0954563401號函表示，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用，則原告申請其94年度兼營營業人之營業稅進項稅額改按直接扣抵法扣抵應納稅額，是否可採，容有由被告重行斟酌之必要等由，將原處分（96年4月24日中區國稅彰縣三字第0960010363號函）撤銷，囑由被告另為處分。
嗣被告所屬彰化縣分局重行審酌結果，以98年7月8日中區國稅彰縣三字第0980018280號函復原告略以：「按『稅捐事件之行政救濟，我實務上係採爭點主義，即行政救濟僅就納稅義務人爭執範圍審查，未爭執部分即告確定』．．．原告於96年4月2日始以提出復查申請在案屬未確定案件為由，申請退還改採直接扣抵法申報溢繳之稅額，未於申報當年度最後一期或於95年8月18日補申報股利收入後30日內申請更正退稅或表示不服，已逾財政部97年1月30日台財稅字第09704507990號函釋規定之30日期間，且未於該復查案中主張或有所爭執，此一課稅事實已告確定」等語，否准其申請。原告不服提起訴願，經財政部持與被告相同論見予以駁回。
㈡依行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定
：「兼營營業人最近3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但核准後3年內不得申請變更。」可知兼營免稅項目之營業人，得依該規定向稅捐稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，否則即應依比例扣抵法計算。又95年12月21日修正發布之（現行）同辦法第8條之1第1項雖規定：「兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但採用後3年內不得變更。」即無須申請，只要能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，並依財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函釋規定凡屬未核課確定之各年度案件均有其適用。惟查營業稅法並無如所得稅法第80條第1項：「稽徵機關接到結算申報書後，應派員調查，核定其所得額及應納稅額。」第81條第1項：「該管稽徵機關應依其查核結果填具核定稅額通知書，連同各計算項目之核定數額送達納稅義務人。」之規定，故於營業稅案件，並無營業人申報營業稅後應由稅捐稽徵機關核定並掣發「核定稅額通知書」之稽徵程序。當營業人申報繳納當期營業稅後，就其所申報之課稅事實部分，如未於稽徵機關收件之次日起30日內，申請更正、退稅或表示不服者，該一課稅事實即告確定。本件原告係兼營應稅及免稅貨物之營業人，其94年度最後一期營業稅已於95年1月16日採比例扣抵法調整稅額申報，嗣於95年8月18日補申報股利收入，及95年11月28日更正94年1至4月各月原申報零稅率銷售額為應稅銷售額及銷項稅額，原告均未於稽徵機關收件之次日起30日內申請更正、退稅或表示不服，依稅捐稽徵法第34條第3項規定，該部分已先確定。原告雖嗣於95年12月18日及同年7月10日就其93年1月至94年4月及94年5月至95年1月管理服務費收入經被告所屬彰化縣分局核定屬應稅銷售額申請復查，惟其申請復查時，並未就適用比例扣抵法有所爭執，參以現行稅捐法制對於稅捐爭訟案件採爭點主義，該未爭執部分即告確定，原告訴稱其既已就管理服務費收入申請復查，該年度即屬尚未核課確定之案件，自可適用前揭修正後兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定改採直接扣抵法重新計算稅額，而申請退還營業稅額云云，尚不足採；另本件原處分與行為時「兼營營業人營業稅額計算辦法」規定相符，亦無適用法令錯誤或計算錯誤之情形，從而被告所屬彰化縣分局函復否准其申請，經核並無不合。
㈢至原告訴稱依「修正營業稅法實施注意事項」第3點一般規
定㈠之規定及買賣雙方之約定可知，管理服務費銷售額即內含銷售稅額，此亦可由被告98年2月20日中區國稅法一字第0980010611號復查決定書得知被告已核定減少原告零稅率銷售額658,710,168元，增加應稅銷售額627,343,018元（即658,710,1681.05），故相對核定減少銷售額31,367,150元（即627,343,018元0.05，其中屬93年度為22,626,397元，94年1至4月為8,740,753元），足證應稅銷售額與零稅率銷售額並非同額一增一減，致不得扣抵比例將會因此而發生變動，故已影響兼營營業人營業稅額計算方法之確定性乙節，按「修正營業稅法實施注意事項」第3點一般規定㈠固規定：「營業人銷售應稅貨物或勞務之定價應內含營業稅」，本件原告既自行申報適用零稅率，可知其管理服務費收入之稅額為零元，依前開注意事項規定，其管理服務費之銷售額與定價並無二致。且依據營業稅法第16條規定，銷售額應不含本次銷售之營業稅額，準此，應稅銷售額與零稅率銷售額同為不得扣抵比例之分母項目，其同額一增一減，尚不致造成不得扣抵比例之變動。被告所屬彰化縣分局未經查明逕行核減原告零稅率銷售額658,710,168，增加應稅銷售額627,343,018元（即658,710,1681.05），核定調增銷項稅額31,367,150元，核屬另案妥適與否之問題，對於系爭已核課確定之營業稅課稅事實，並不生影響；況被告就前開核定調增銷項稅額之處分（93年1月至94年4月部分），事後已辦理註銷，有被告98年2月20日中區國稅法一字第0980010611號復查決定書可稽，是被告所屬彰化縣分局所為核定調增銷項稅額之處分既經註銷，即回復至原告原申報之零稅率銷售額，自難謂有影響其不得扣抵之比例之情事。綜上，本案被告否准其營業稅申報改採直接扣抵法計算得扣抵之進項稅額及退還溢繳稅款申請，尚無違誤，原告所訴尚無足採。
㈣原告94年5月至95年1月營業稅申報適用零稅率銷售額合計8,
101,423,278元，得退稅限額406,269,949元，應退營業稅額288,513,844元，其中申報非經海關銷售額-收取國外公司支付分攤之管理服務費收入計272,627,185元，被告所屬彰化縣分局於95年3月15日以中區國稅彰縣三字第0950007859號函，請原告提示有關非經海關銷售額屬管理服務費收入之內容、提供勞務方式、金額、計算明細表及適用零稅率相關證明文件備查，原告分別於95年3月31日、5月30日函送服務報酬協議、經濟部工業局申經核准符合企業營運總部函．．．等文件及陳請儘速辦理退稅，嗣經被告機關查獲上揭管理服務費收入無營業稅法第7條第2款零稅率之適用，於同年6月7日以中區國稅彰縣三字第0950017906號函復原告上揭管理服務費收入應按徵收率5％課徵營業稅，其應補稅款並自各期申報應退稅金額中減除。原告乃就申報上揭管理服務費收入不適用零稅率，於同年7月10日依稅捐稽徵法第35條規定申請復查。依營業稅法第35條第1項規定，營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。是營業稅係採自動報繳制，亦即由納稅義務人自行報繳，並非由稽徵機關所核定，至於自動報繳補繳營業稅案件，依其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。又財政部97年1月30日台財稅第00000000000號函釋意旨，自動補報補繳營業稅案件，如自稽徵機關收件之次日起逾30日未申請更正、退稅或表示不服者，即為確定案件。另相同案情最高行政法院99年判字第165號判決亦肯認前揭財政部函釋見解等語，資為抗辯，並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、兩造之爭點：本件是否屬未核課確定之案件，而得適用95年12月21日新修正之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定，不經稽徵機關之核准即改採直接扣抵法計算調整稅額？
五、經查：㈠按「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請
之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」、「納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。」、「第1項所稱確定，係指左列各種情形：經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查者。」分別為行為時稅捐稽徵法第1條之1、第28條、第34條第3項第1款所明定。次按「營業人因兼營第8條第1項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」為營業稅法第19條第3項所明定。復按「本辦法所稱當期或當年度進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例（下稱不得扣抵比例），係指各該期間免稅銷售淨額及依第4章第2節規定計算稅額部分之銷售淨額，占全部銷售淨額之比例。」、「兼營營業人於報繳當年度最後一期營業稅時，應按當年度不得扣抵比例調整稅額後，併同最後一期營業稅額辦理申報繳納，其計算公式如下：調整稅額＝當年度已扣抵之進項稅額－（當年度進項稅額－當年度依本法第19條第1項規定不得扣抵之進項稅額）（１－當年度不得扣抵比例）」、「兼營營業人最近3年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但核准後3年內不得申請變更。」及「兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。但採用後3年內不得變更。」分別為行為時兼營營業人營業稅額計算辦法第3條第1項、第7條第1項、第8條之1第1項及95年12月21日修正同辦法第8條之1第1項所規定。又「本部95年12月21日令公布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1、第8條之2及第8條之3，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用，請加強輔導業者依上開辦法辦理。」、「兼營營業人於旨揭修正辦法發布日前，就以前年度取得之股利收入申請自動補報補繳營業稅案件，如自稽徵機關收件之次日起未逾30日，申請更正、退稅或表示不服，且無稅捐稽徵法第34條第3項規定之情形者，可適用該修正辦法第8條之1規定。」、「兼營營業人原採比例扣抵法報繳營業稅，未依規定辦理年度調整，或未將股利收入彙總加入當年度最後一期之免稅銷售額計算調整稅額，於95年12月21日發布修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』後，經稽徵機關查獲或營業人自行發現漏報以前年度股利收入，營業人均可主張適用修正辦法第8條之1、第8條之2及第8條之3規定計算調整稅額。兼營營業人除股利收入外，如短報或漏報其他影響不得扣抵比例之銷售額，且於95年12月21日後經稽徵機關查獲或營業人自行發現短報或漏報以前年度銷售額者，亦同。」及「本部95年12月21日台財稅字第09504563401號函規定本部95年12月21日令修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8條之1、第8條之2及第8條之3，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用，所稱『各年度案件』，指95年12月21日以前申報之營業稅案件。二、兼營營業人於本令發布日以前採比例扣抵法申報且尚未核課確定之案件，准依前揭辦法修正條文規定改採直接扣抵法計算調整稅額。」經財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函、97年1月30日台財稅字第09704507990號函、97年4月3日台財稅字第09600533230號函及99年3月29日台財稅字第09904501540號函釋在案。
㈡本件原告係兼營應稅及免稅貨物之營業人，其申報94年度最
後一期營業稅時，係採比例扣抵法自行計算當年度進項稅額不得扣抵比率，並調整補繳應納稅額4,387,584元，其後又因短漏報銷售額而分別於95年8月更正申報各該期申報書，惟仍依比例扣抵法計算調整補繳稅額為80,815,312元。嗣被告查獲，原告分別於93年1月至94年4月及94年5月至95年1月間取得國外公司支付分攤之管理費收入，無營業稅法第7條第2款零稅率之適用，惟原告誤以零稅率報繳營業稅，乃分別核定調增銷項稅額31,367,150元及12,982,247元，並同額調減應退稅額。原告不服，分別於95年12月18日及同年7月10日向被告申請復查在案。嗣原告於96年4月2日具文向被告主張其94年度營業稅屬未核課確定案件，得依財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函釋，追溯適用95年12月21日修正發布之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1、第8條之2及第8條之3規定，改按直接扣抵法扣抵進項稅額，申請退還原繳納之營業稅款85,202,896元，及重新改按直接扣抵法計算調整稅額結果應再退還之稅額24,988,140元，合計申請退還稅額共計110,191,036元，案經被告以96年4月24日中區國稅彰縣三字第0960010363號函復略以，原告94年度採比例扣抵法計算不得扣抵比例調整稅額結果為補繳稅額4,387,584元，嗣又於95年8月更正申報94年度兼營營業人營業稅以比例扣抵法計算並自行補繳營業稅額80,815,312元，案經被告分別於94年1月16日及95年8月18日受理並核定，且原告未於期限內依法申請復查，故本案已屬確定等由，否准其申請。原告不服，提起訴願，經財政部97年1月4日台財訴字第09600295870號訴願決定略以，本件原告94年5月至95年1月間之營業稅申報，經查獲有漏報營業稅之情事，並經被告核定開徵補稅，原告亦於復查期限內之95年7月10日申請復查在案。次參據司法院釋字第397號解釋謂，不得扣抵比例之計算，在租稅實務上既有多種不同方法，為使租稅益臻公平合理，主管機關仍宜檢討改進等語，則本部既以95年12月21日台財稅字第0954563400號令公布修正「兼營營業人營業稅額計算辦法」部分條文，並以同日台財稅字第0954563401號函表示，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用，則原告申請其94年度兼營營業人之營業稅進項稅額改按直接扣抵法扣抵應納稅額，是否可採，容有由被告重行斟酌之必要等由，將被告96年4月24日中區國稅彰縣三字第0960010363號函撤銷，囑由被告另為處分。嗣被告重行審酌結果，以98年7月8日中區國稅彰縣三字第0980018280號函復原告略以：「按『稅捐事件之行政救濟，我實務上係採爭點主義，即行政救濟僅就納稅義務人爭執範圍審查，未爭執部分即告確定』．．．貴公司於96年4月2日始以提出復查申請在案屬未確定案件為由，申請退還改採直接扣抵法申報溢繳之稅額，未於申報當年度最後一期或於95年8月18日補申報股利收入後30日內申請更正退稅或表示不服，已逾財政部97年1月30日台財稅字第09704507990號函釋規定之30日期間，且未於該復查案中主張或有所爭執，此一課稅事實已告確定」等語，否准其申請。原告不服，提起訴願，訴願決定機關財政部予以維持，揆諸首揭規定，並無不合。
㈢原告主張其94年度營業稅申報案屬未確定案件，且帳簿記載
完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途，依法符合直接扣抵法之適用要件，依財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函及99年3月29日台財稅字第09904501540號函釋應可適用95年12月21日修正公布之營業稅額計算辦法第8條之1規定，改採直接扣抵法計算調整稅額云云，惟查：
⒈兼營營業人營業稅額計算辦法係財政部依營業稅法第19條第
3項規定授權所訂定，該辦法第8條之1係95年12月21日修正發布且自發布日施行，可知該辦法第8條之1應從95年12月21日起始有其適用。而行為時（95年12月21日修正前）兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1規定，兼營營業人得採用直接扣抵法之要件為(1)帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途。(2)向稽徵機關申請採用直接扣抵法計算應納稅額，經核准者。從而兼營免稅項目之營業人，得依該規定向稅捐稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，否則即應適用比例扣抵法計算。又95年12月21日修正發布之（現行）兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項前段規定：「兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1項勞務之應納稅額。」即無需申請，只要能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用直接扣抵法，並依財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函釋規定凡屬未核課確定之各年度案件均有其適用。次按，依營業稅法第35條規定營業人應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納稅額並繳納之，是營業稅之繳納一般係採報繳制，並無核定通知書，故營業人於申報繳稅後如未獲退、補稅款通知書，即屬核課確定，此與所得稅須經稽徵機關審查後核定其應納稅額及製發核定通知書之稽徵程序不同（最高行政法院91年度判字第85號判決、99年度判字第377號判決參照）。又查營業稅法並無如所得稅法第80條第1項：「稽徵機關接到結算申報書後，應派員調查，核定其所得額及應納稅額。」第81條第1項：「該管稽徵機關應依其查核結果填具核定稅額通知書，連同各計算項目之核定數額送達納稅義務人。」之規定，故於營業稅案件，並無營業人申報營業稅後應由稅捐稽徵機關核定並掣發「核定稅額通知書」之稽徵程序。當營業人申報繳納當期營業稅後，就其所申報之課稅事實部分，如未於稽徵機關收件之次日起30日內，申請更正、退稅或表示不服者，該一課稅事實即告確定。
⒉本件原告係兼營應稅及免稅貨物之營業人，其94年度最後一
期營業稅已於95年1月16日採比例扣抵法調整稅額申報，嗣於95年8月18日補申報股利收入，及95年11月28日更正94年1至4月各月原申報零稅率銷售額為應稅銷售額及銷項稅額，原告均未於稽徵機關收件之次日起30日內申請更正、退稅或表示不服，依稅捐稽徵法第34條第3項規定，該部分即已確定。原告雖嗣於95年12月18日及同年7月10日就其93年1月至94年4月及94年5月至95年1月管理服務費收入經被告核定屬應稅銷售額申請復查，惟其申請復查時，並未就適用比例扣抵法有所爭執，參以現行稅捐法制對於稅捐爭訟案件採爭點主義，該未爭執部分即告確定。是以，原告系爭94年度營業稅並非屬未核課確定之案件，已臻明確，不符合財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函及99年3月29日台財稅字第09904501540號函釋之意旨，自無該函釋之適用可言。
縱認原告94年度管理服務費收入得更正為零稅率銷售額，其結果亦非屬短報或漏報而不報繳之情形，尚不得依95年12月21日修正之兼營營業人營業稅額計算辦法第8條之1第1項規定而採用直接扣抵法。本件原處分與行為時「兼營營業人營業稅額計算辦法」規定相符，被告所為原處分及訴願決定並無牴觸法律保留原則及平等原則，本件亦無適用法令錯誤或計算錯誤之情形，原告主張原處分及訴願決定牴觸法律保留原則及平等原則，自屬違法云云，尚非可採。
㈣至原告主張依「修正營業稅法實施注意事項」第3點一般規
定㈠之規定及買賣雙方之約定可知，管理服務費銷售額即內含銷售稅額，此亦可由被告98年2月20日中區國稅法一字第0980010611號復查決定書得知被告已核定減少原告零稅率銷售額658,710,168元，增加應稅銷售額627,343,018元（即658,710,1681.05），故相對核定減少銷售額31,367,150元（即627,343,018元0.05，其中屬93年度為22,626,397元，94年1至4月為8,740,753元），足證應稅銷售額與零稅率銷售額並非同額一增一減，致不得扣抵比例將會因此而發生變動，故已影響兼營營業人營業稅額計算方法之確定性，且依財政部97年4月3日台財稅字第09600533230號函規定，原告自得改採直接扣抵法計算調整稅額乙節，經查，按「修正營業稅法實施注意事項」第3點一般規定㈠規定：「營業人銷售應稅貨物或勞務之定價應內含營業稅‧‧‧」，本件原告既自行申報適用零稅率，可知其管理服務費收入之稅額為零元，是依前開注意事項規定，其管理服務費之銷售額與定價並無二致。且依據營業稅法第16條規定，銷售額應不含本次銷售之營業稅額，準此，應稅銷售額與零稅率銷售額同為不得扣抵比例之分母項目，其同額一增一減，尚不致造成不得扣抵比例之變動。原告主張應稅銷售額與零稅率銷售額並非同額一增一減致不得扣抵比例確會因此而發生變動，實已影響本件兼營營業人營業稅額計算方法（比例扣抵法或直接扣抵法）之確定性，要非可採。被告所屬彰化縣分局未經查明逕行核減原告零稅率銷售額658,710,168元，增加應稅銷售額627,343,018元（即658,710,1681.05），核定調增銷項稅額31,367,150元，核屬另案妥適與否之問題，對於系爭已核課確定之營業稅課稅事實，並不生影響；況被告就前開核定調增銷項稅額之處分（93年1月至94年4月及94年5月至95年1月部分），事後已辦理註銷，亦有被告98年1月19日中區國稅法一字第0980010017號及98年2月20日中區國稅法一字第0980010611號復查決定書附原處分卷可稽（原處分卷第65至76頁），是被告所為核定調增銷項稅額之處分既經註銷，即回復至原告原申報之零稅率銷售額，自難謂有影響其不得扣抵之比例之情事，原告此部分之主張，亦非可取。
㈤綜上所述，原告上開均不足採。本件被告原處分否准原告營
業稅申報改採直接扣抵法計算得扣抵之進項稅額及退還溢繳稅款申請，核無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。原告起訴論旨請求撤銷，為無理由，應予駁回。又本件事證已臻明確，兩造其餘之主張及舉證，與本件判決之結果並無影響，爰不逐一論述，附此敘明。
六、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 3 月 10 日
臺中高等行政法院第二庭
審判長法 官 王 茂 修
法 官 劉 錫 賢法 官 林 秋 華以上正本證明與原本無異。
如不服本判決，應於判決送達後20日內向本院提出上訴書狀，其未表明上訴理由者，應於提起上訴後20日內向本院提出上訴理由書（須依對造人數附具繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
中 華 民 國 100 年 3 月 18 日
書記官 李 孟 純