臺中高等行政法院判決
102年度訴更一字第6號
103年3月6日辯論終結原 告 金大昌鐵工廠股份有限公司代 表 人 陳厚德訴訟代理人 陳慧玲 會計師被 告 財政部中區國稅局代 表 人 阮清華訴訟代理人 蘇秀珍
李玲珊林郁慧上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國101年2月16日臺財訴字第10000501750號訴願決定，提起行政訴訟，前經本院於101年8月23日以101年度訴字第124號判決駁回原告之訴，原告不服，提起上訴，經最高行政法院於102年1月17日以102年度判字第12號判決廢棄發回本院更為審理，本院判決如下︰
主 文訴願決定及原處分關於未認列原告民國89年度營利事業所得稅結算申報「臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施」之工程損失新臺幣伍仟陸佰肆拾肆萬柒仟參佰零玖元（未稅金額）部分（即應列為營業收入之減項部分）、重複認列上開工程收入新臺幣參佰柒拾萬貳仟捌佰陸拾捌元部分及原告民國89年度營利事業所得稅之漏稅罰新臺幣玖拾玖萬參仟捌佰元部分，均撤銷。
原告其餘之訴駁回。
本審及發回前上訴審訴訟費用由被告負擔二分之一，其餘由原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：本件原告起訴時，被告之代表人為鄭義和，嗣於訴訟中變為阮清華，茲據新任代表人具狀聲明承受訴訟，經核無不合，應予准許。
二、事實概要：原告民國（下同）89年度營利事業所得稅結算申報，原列報營業收入淨額新臺幣（下同）137,376,282元、營業淨利3,659,723元、不計入所得額之股利淨額459元、利息收入207,375元、其他收入402,921元、非營業損失及費用2,614,383元、利息支出1,516,879元、其他損失1,097,504元，全年所得額1,655,636元。經被告書面審查除利息收入核定為207,486元外，其餘皆按申報數核定，核定營業淨利3,659,724元，全年所得額1,655,748元。嗣法務部調查局北部地區機動工作組通報其無進貨事實取具不實之統一發票銷售額合計15,061,401元，作為進項憑證，虛報營業成本，經通知提示帳證文據供核，惟原告迄未能提示，被告乃按鋼材二次加工業同業利潤標準（行業標準代號：2715-11，淨利率8％）重行核定（下稱第2次核定）營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額11,600,509元，應補稅額2,486,095元。嗣復經通報原告92年度期末在建工程「臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施」（下稱系爭工程）153,333,333元，實際完工日期為89年度6月5日，原告卻帳列預收貨款，經函請原告提示該工程所得額帳簿文據供核，惟原告未提示，乃再重行核定（下稱第3次核定）營業收入淨額290,709,615元，並按鋼材二次加工業同業利潤標準（行業標準代號：2715-11，淨利率8％）核定營業淨利23,256,769元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額23,867,176元，應補稅額3,066,667元，並按所漏稅額1,242,327元處以0.8倍之罰鍰993,800元（計至百元止）。原告就第2次、第3次核定全年所得額及罰鍰處分不服，申請復查，主張：原告89年度原列報非營業損失及費用2,614,383元應准予認列，其第2次核定無進貨事實取具不實統一發票，應俟營業稅行政救濟確定後再行審理，及第3次核定承作系爭工程列入89年度營業收入，而因該工程委任人從未辦理驗收，依臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載，該營業收入應列入93年度收入云云。案經被告審查認為：（一）第2次核定：1.營業淨利：本件無進貨事實取具不實統一發票同一漏稅事實營業稅行政救濟，業經臺中高等行政法院99年12月21日以99年度訴字第308號判決駁回，原告未提起上訴而告確定，營利事業所得稅依營業稅確定之事實，復查時原告提示日記簿、總分類帳、存貨簿、銷貨發票及傳票暨憑證等，惟未提示各類成本明細帳及相關補助帳簿，其成本仍然無法勾稽查核，乃就其營業收入淨額137,376,282元，按該業同業利潤標準毛利率21％核定營業毛利28,849,019元，減除營業費用及損失13,807,712元（含由非營業損失及費用轉入之呆帳損失801,508元），核算營業淨利15,041,307元，因已逾所得稅法第83條規定計算之營業淨利10,990,102元，遂依查核準則第6條規定按同業利潤標準核定其營業淨利10,990,102元。2.非營業損失及費用：原告原列報非營業損失及費用2,614,383元，原經被告書面審查按申報數核定，惟第2次核定時因原告未提示帳證，乃經全數剔除，復查經查核如下：⑴利息支出1,516,879元：係原告向臺北銀行豐原分行辦理票據貼現融資支應營業所需，原告復查時已提示該分行利息收據，借款人為原告，89年度合計利息支出1,516,879元應予追認。⑵報廢固定資產損失71,234元：報廢已達耐用年限之斷路器、電腦及冰箱等26項資產，經查核財產目錄及報廢清單，係報廢前之帳面價值作為報廢損失71,234元應予追認。⑶呆帳損失801,508元：係原告銷貨所產生應收帳款及應收票據備抵呆帳提列數，視其性質予以轉正至營業費用及損失。⑷地下油槽管線配管損失224,762元：88年間銷貨訴外人瑞泰加油站有限公司214,286元及嘉和加油站股份有限公司10,476元之地下油槽管線配管工程，89年度遭退回，因未提示無法修復再出售或報廢損失等核備文件供核，該損失不予認列。綜上，被告第2次核定按該業同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額11,600,509元，惟前揭既經追認非營業損失及費用1,588,113元（利息支出1,516,879元及報廢固定資產損失71,234元），原核定全年所得額11,600,509元應予追減1,588,113元，變更核定為10,012,396元。（二）第3次核定：被告第3次核定以原告未提示帳簿文據供核，按營業收入淨額290,709,615元依同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利23,256,769元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額23,867,176元。經查系爭工程（總工程款160,000,000元，含稅）從未辦理驗收，實際完成交由委建人受領之日期無法查考，依旨揭查核準則規定，及依臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載，應以89年6月5日取得使用執照為實際完工日期。是被告將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入核無不合，又被告分別於95年1月10日及100年2月9日以中區國稅一字第0950002326號及中區國稅法字第1000000650號函請原告提供該工程所得額帳簿文據資料供核，逾期未提示，應依該工程收入153,333,333元按該業同業利潤標準淨利率8％核算漏報營業淨利12,266,667元，加計第2次核定營業淨利10,990,102元。本次核定營業淨利23,256,769元，原核定營業淨利23,256,769元並無不合；惟第2次核定全年所得額既經追減1,588,113元，原第3次核定全年所得額23,867,176元，予以變更核定22,279,063元。被告遂作成100年8月30日中區國稅法字第1000040622號復查決定（下稱原處分），追認第2次核定營業損失及費用1,588,113元，其餘復查駁回。原告仍表不服，就全年所得額：營業收入、其他損失及罰鍰部分，提起訴願，原告除執前詞外，並主張：系爭工程依法取得使用執照者僅「辦公室建工程」，該工程款1,100,000元，僅占總工程款161000,000元之0.68％，而被告遽以其微小之工程取得使用執照為本系爭工程之實際完工日期，實有違背重大性原則，再者誠如被告訴願答辯書所言，各細分工程相互牽連係屬同一承攬工程，在全部工程完成前無法單獨運作使用。然該辦公室建工程係於89年6月5日取得使用執照，此時尚有其他工程於89年8月11日止尚未完工，有委建人宏恕倉儲裝卸股份有限公司（下稱宏恕公司）89年7月26日及89年8月11日存證信函可證，被告於全部工程尚未全部完工前即以推定本系爭工程之實際完工日期為89年6月5日與事實不符，另被告既於89年度全數認列該工程收入153,333,333元，惟並未同時減計其86至90年度累積已認列之營業收入云云，惟經訴願決定關於全年所得額：其他損失部分不受理，其餘訴願駁回。原告再不服，遂提起本件行政訴訟。案經本院於101年8月23日以101年度訴字第124號判決駁回原告之訴，原告不服，提起上訴，經最高行政法院於102年1月17日以102年度判字第12號判決廢棄原判決，發回本院更為審理。
三、本件原告主張：
（一）全年所得額：營業收入部分：⒈被告認定之完工日期違反法令規定，且與事實不符：
⑴按「前兩項所稱完工，係指實際完工而言，實際完工日
期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。」為營利事業所得稅查核準則第24條第3項所明定。
⑵本件系爭工程依營利事業所得稅查核準則分類及完工認
定之適用，辦公室建工程，佔0.68％，屬建築物工程，應以使用執照為準；儲槽工程佔99.32％非屬建築物工程，應以委建人驗收日期為準。
⑶按原告與委建人宏恕公司於86年8月29日簽訂之工程合
約書中報價單所示項目中，除「辦公室建工程」及「臨時工廠」屬建物工程外，其餘多為非屬建物工程。因距時已久，已無法確認何者先施工，又何者先完工。本案長期工程，宏恕公司以原告之多項工程不符要求為由，不予驗收，此有宏恕公司發文可證。所以最終並未交由宏恕公司受領。然宏恕公司事後有委請他人接續施工，此有宏恕公司代墊工程款6,324,002元可證。由於原告與宏恕公司間的本案長期工程糾紛，最後係訴諸民事訴訟，且承上所述，宏恕公司事後係委請他人接續施工，故原告與宏恕公司間並未對本案長期工程另行清點，兩造間權利義務的決算，係於93年度經民事判決為最後確定。本系爭工程於86年簽約，與委建人之民事糾紛起因於委建人催告承建人（即原告）盡速完工，而承建人函告委建人積欠工程款，由此可知委建人認定承建人未依約將系爭工程完工。
⑷民事訴訟於93年6月15日言詞辦論終結，依臺灣高等法
院93年度重上字第107號判決書所載可得：①委建人宏恕公司認定承建人未完成本系爭工程，故本系爭工程「未有驗收紀錄」。②委建人堅稱截至91年2月15日前，本系爭工程仍未完工。（判決書引述：委建人91年2月15日答辯狀之內容）⑸依查核準則第24條第3項對於完工之認定，無委建人驗
收日期時，如何認定實際完工日期，查核準則並無規範，然似應推論無委建人之驗收記錄，即不得視為完工。
⑹綜上所述，觀系爭工程中「儲槽工程」占比99.32％，
為該工程之主要項目，很明顯的應適用查核準則所稱之「非建築物工程」之規定來認定實際完工日期，然本系爭工程因工程糾紛致「未有委建人之驗收紀錄」，依查核準則第24條第3項對於完工認定之推論，未有委建人之驗收紀錄時，即不得為完工之認定。本系爭工程承建人與委建人之工程糾紛起於89年度而於93年法院判決後，雙方對於系爭工程之權利義務方經確定，故原告以93年為完工年度並無違誤。
⒉被告以最不利原告之訴願決定，無端加重原告之課稅責任，嚴重違反誠實信用原則及課稅精神：
⑴本系爭工程主要為「非建築物工程」，應適用查核準則
有關「非建築物工程」之完工日期以委建人受領或驗收紀錄為準之規定。再者「凡應歸屬於本年度之收入或收益，除會計基礎經核准採用現金收付制者外應於年度決算時，就估計數字，以『應收收益』科目列帳。但決算時，因特殊情形，無法確知之收入或收益，得於確知之年度以過期帳收入處理。」為查核準則第27條所明定。
⑵查本系爭工程於89至92年度決算時，均未取具查核準則
所規定之「委建人受領或驗收紀錄」且該工程糾紛尚在民事訴訟中，至判決確定前無法確知該系爭工程之權利義務，故參照上開查核準則之相關規定，原告於93年度民事判決確定時即認列全部工程收入153,333,333元及經法院判決之各項賠償金和違約金計54,269,675元並無違誤。
⑶再者被告認定完工日期為89年6月5日，其所引用之證據
為臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載之內容，然該判決書中亦有提及「委建人堅稱截至91年2月15日前，本系爭工程仍未完工。（委建人91年2月15日答辯狀之內容）」，可見本系爭工程於91年2月15日前仍未完工，然訴願機關卻作成完工日期為89年6月5日與事實互有矛盾之訴願決定，且該訴願決定對其等有矛盾之完工日期認定亦仍未查明並敘明其理由，自有判決不備理由之違失。
⑷按所得稅法第24條第1項「營利事業所得之計算，以其
本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。」查被告為便利審查致未善盡事實查核之責任，引用與本案課稅無關且與事實、法規不符之民事判決所推論之完工日期作為課稅之依據，認定本系爭工程完工日期應為89年度，遽以核減原告93年度所申報認列之工程收入153,333,333元，並調增該等工程收入於89年度；惟卻漏未一併減除屬於同一交易或事項相關之損失計59,269,675元（各項賠償金及違約金計54,269,675元加計被沒收之履約保證金500萬元），訴願決定將屬於同一交易或事件相關之收支分別認列於不同年度，係不當排擠所得稅法第24條第1項之淨額原則的適用範圍，違反收支配合原則造成不符合實質課稅原則之課徵結果。其無端加重原告之課稅責任，嚴重違反誠實信用之課稅精神。
⒊依據收入成本費用與損失配合原則，本案長期工程以全部
完工法認列153,333,333元之營業收入，應與可明確歸屬同一案之罰款等其他損失59,269,675元，認列於同一年度，方能正確計算損益。
（二）全年所得額：其他損失部分：⒈被告以「系爭抵銷工程款之各項賠償金及違約金既未經復
查程序，一併提起訴願，自非法之允許……」為由，拒絕將當事人有利及不利之情形，一律注意，除了違反行政程序法第8條及第9條所定之「誠實信用原則」與「有利不利一律注意原則」外，也違反行政程序法第128條之規定。
原告93年度所申報之其他損失高達54,269,675元，亦經被告所核定，故該其他損失與本系爭工程收入係屬同一交易，為被告所確知，然被告核定同步加減計89年度及93年度所得時卻未主動同步加減計與本系爭工程有關之89年度及93年度之其他損失，其屬被告應注意之事由而未能注意者不能謂其無過失，承上開所述本系爭工程有關之賠償及違約損失應有依行政程序法第128條規定之適用，方屬公允，再者原告於復查申請時對於課稅所得一項即有提出疑義，理應包括上開其他損失在內，被告不應僅以「未經復查程序」為由，而置有利於原告之證據於不顧。
⒉屬同一案之系爭工程收入及其他損失，原告均申報帳列於
93年度，惟被告將系爭工程收入轉列於89年度時，未將系爭其他損失由93年度轉認列到89年度；若將系爭其他損失轉列到89年度，則89及93年度之稅捐差異為（減少）3,358,361元。
（三）本系爭工程於其他年度已依法計算繳納之營利事業所得稅尚未同步扣除本系爭工程於86至88年度依完工百分比法計算繳納之營利所得稅，被告於核定補徵89年度所得稅時，並未同步扣除或早於89年度補徵稅額繳納期間屆滿前退還溢繳之稅額，其行政作為顯不合理，且損害原告權利甚明。
（四）祈本於量能課稅的原則，以實現稅捐的公平與正義量能課稅原則是一般承認作為課稅的基礎原則，尤其對於以財政收入為目的之稅法規定，量能課稅原則可作為基本的衡量標準。量能課稅要求按照納稅人的經濟上負擔能力課稅，也可稱為負擔公平原則。稅法經由對於所得、財產及消費進行課稅，即是量能課稅原則的具體表現。有關所得稅的課稅法規之解釋適用，如能儘量取向於量能課稅原則，則應可實現稅捐的公平與正義，而可避免偏袒國庫或納稅人一方。要之，量能課稅原則乃是憲法平等原則在稅法上的體現，並可作為檢驗稅法有無實現平等原則的衡量標準。本系爭長期工程合約之工程收入153,333,333元，然實際產生之賠償及違約損失高達54,269,675元，已經超過依同業利潤標準8％所計算之同業利潤12,266,667元甚多，本系爭工程所產生之損失已經危及原告繼續經營的能力。然今訴願機關僅以「……其他損失……其程序顯有未合，本部分訴願應不予受理」將本應屬於被告之責任，歸咎原告未提出復查申請，而未主動同步加減計與本系爭工程有關之89年度及93年度之其他損失，使得已經呈現巨額虧損之長期工程，卻仍需繳納於不合理基礎下所計算出來之營利事業所得稅與罰緩，訴願機關之訴願決定嚴重影響量能課稅原則，且與實現稅捐的公平與正義有違。
（五）被告主張系爭其他損失之爭點未經復查程序，應不予受理，且該系爭其他損失原帳列於93年度，然其93年度營利事業所得稅係經書面審查核定，非經調帳查核，自難以認定該系爭其他損失係合法列帳云云。然查：
⒈系爭其他損失已於復查程序提及。依收支配合原則，收入
認列之年度，其同案之相關成本、費用、損失亦應於同一年度認列，為兩造所不爭之事實。本案復查程序中，已對系爭工程應認列之完工年度提起復查（詳95年4月18日復查理由書第壹點，第4行起：「一、貴局依臺灣高等法院民事判決書，認定該案完工日期為89年6月5日，實屬誤認理由如下……」。系爭其他損失與工程收入屬同一案，被告於裁決系爭工程完工年度為89年時，即應將屬同一案之系爭工程收入及其他損失一併裁決在同一年度，方屬適當。退步言，復查時原告主張系爭工程收入屬於93年度，且系爭其他損失亦帳列93年度，故無須於本案復查程序中提起。被告宜就復查所提起之系爭工程可能涉及哪些年度及會計科目，予以審查，方屬適當。以本系爭長期工程而言，其涉及年度為86至93年度、涉及之會計科目為同一案之營業收入、營業成本、營業費用及其他損失，惟被告未全面考量上開涉及之年度及會計科目，致本系爭工程於90至93年度已認列之工程利益（工程收入減除工程成本），既經被告主動辦理退稅，而86至88年度已認列之工程利益，卻漏未於89年度減除或另案辦理更正退稅（此為被告所不爭，且已於本案101年5月29日準備程序庭中承諾將另案或於本案減除上開已認列之金額）；惟獨帳列於93年度之系爭其他損失，漏未主動歸屬於89年度，認列系爭同一工程案收支在同一年度之其他損失。承前項所述，86至88及90至93年度中屬系爭工程已認列之工程利益，既經被告，或主動辦理退稅，或主動承諾應退稅或減除所得額，惟獨系爭其他損失，為被告所爭執，其主張原告未經復查程序，而不予受理。然其對同一事件卻有不同主張，似有矛盾之虞。故被告主張系爭其他損失未於復查中提起，自有未妥。
⒉按行政行政程序法第8條，行政行為，應以誠實信用之方
法為之，並應保護人民正當合理之信賴。行政行政程序法第9條，行政機關就該管行政程序，應於當事人有利及不利之情形，一律注意。被告判定系爭工程完工年度之依據，為臺灣高等法院民事判決93年度重字第107號，而系爭其他損失，亦係依據上開民事判決，被告未依行政程序法第8條及第9條所定之「誠實信用原則」、「有利不利一律注意原則」，主動將系爭其他損失由93年度轉列於89年度，實有欠妥。
⒊原告93年度營利事業所得稅申報係採查帳申報，被告亦依
所得稅法第80條、81條規定審核，並已依其審核結果填具核定通知書送達納稅義務人，然被告對於上開核定數額若有疑義，其於核課期間內仍得調帳查核，否則該年度所得額即告確定。足見被告以未經調帳查核為由，質疑原告93年度帳列其他損失數額之合法性，實非可採。況該系爭其他損失金額，可明確計算。
（六）被告主張系爭其他損失所依據之臺灣高等法院民事判決93年度重字第107號，有些金額之計算無法查核，難以據此認定云云。然查：
⒈系爭其他損失之發生，主要係因系爭工程延遲完工所致，產生之罰款及損害賠償等。
⒉93年度帳列其他損失54,269,675元，說明如下：臺灣高等
法院民事判決93年度重字第107號，係原告對委建人請求給付報酬事件提起上訴，案經判決原告敗訴，即委建人積欠原告工程款54,269,675元，經抵銷原告應賠償委建人罰款、損害賠償金等計103,908,592元，已無任何金額可為請求。依據上開判決結果，委建人無須給付原告任何金額，原告之損失為以積欠工程款抵銷對委建人之罰款及賠償計54,269,675元。
（七）被告主張系爭其他損失係屬於未實現之損失，必須於確定實現時才能認列，故系爭其他損失應於93年度判決確定時方能認列云云。然查：本系爭其他損失之事實發生確實在89年度。參臺灣高等法院民事判決93年度重字第107號，系爭其他損失之發生，主要係因系爭工程延遲完工所致，工程延遲完工天數（逾期天數）之計算為：應完工日87年10月16日到實際完工日89年6月15日（按應為89年6月5日，以下同），逾期天數共598天，故其於89年度已發生，即應於發生年度（即89年度）認列。被告主張系爭其他損失未實現，實有誤認，委不足採。若被告主張系爭工程完工日期，應依據臺灣高等法院民事判決93年度重字第107號所判定之事實發生日，即89年6月15日，於89年度認列系爭工程收入；則系爭其他損失（罰款及損害賠償等）亦應依據上開民事判決，所判定之罰款及損害賠償事實發生日，即89年6月15日，於89年度認列系爭其他損失，而非以民事判決年度為93年度，而將系爭其他損失認列於93年度。因上開事實（完工、罰款及賠償等）均係經事後民事判決所判定，事實之認定應有一致之標準，才不致前後矛盾。
（八）被告主張擬將系爭工程於86至88年度認列之系爭工程利益，另案或於本案（89年度課稅所得額中扣除），惟86至88年度之資料恐已遭銷毀，故請原告提供86至88年度申報之資料云云。然查：上開資料已於101年6月11日下午2時左右送達被告。惟蘇秀珍審座表示系爭工程於86至88年度認列之系爭工程利益，應依據本案行政法院判決確定後，持本案判決書另案申請更正86至88年度課稅所得額，並辦理退稅。惟與本案有關，於90至93年度已認列之工程利益，均係由被告主動更正，故本案86至88年度已認列之系爭工程利益，誠請被告能比照辦理。
（九）本案長期工程因工程延誤所產生之應付罰款及被沒收之履約保證金等金額計59,269,675元，應帳列非營業損失項下之其他損失，其理由如下：
⒈按推計課稅的指導原則，應依據司法院釋字第218號解釋
理由書：「依推計核定之方法，估計納稅義務人之所得額時，仍應本經驗法則，力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得額相當，以維租稅公平原則。」辦理。亦即，推計課稅的目標，在於課稅基礎之認定，應具有最大可能的蓋然性的正確性結果。此種推計課稅應儘可能接近真實（實額課稅）。推計課稅的結果必須整體具有說服力、經濟上可能，且具有合理性。推計課稅並不得違反論理法則與一般經驗法則，要保障推計課稅的合理性，首應確保具體的推計方法的合理性，亦即必須該案中所採用的推計方法本身合理，而且推計基礎資料的選擇合理才行。由於一般同業淨利標準，可認為是主管機關依據「類型化觀察法」，本於經驗法則所認定之淨利標準，應可普遍的適用於所有通案情形。同業淨利標準係以同業比率為觀察及估計之標準，因此以同業比率作為估計基礎時，同業間之會計處理原則應為重要參考依據，稽徵機關於推計所得額時認定之會計方法如均悖離同業間之習慣作法，而為主觀之認定，即為欠缺估計之合理性使基礎不具正當性，已屬恣意之行政行為。而同業間之會計處理原則通說仍應以一般公認會計原則為基礎，惟對會計原則並未為明確規範者，就應探求實務通常之作法為準，以求與估計一致之基礎，而非僅就會計原理之爭，否則縱為理論所支持者，如與實際統計之基礎不一致，其推計之結果亦屬不合理。
⒉同業利潤標準中營業淨利率之制定，並不包含非營業收益
或損失，有國稅局新聞稿可證：「89年度營利事業各業所得額暨同業利潤標準於研擬時，曾針對各行業營運情形做實地了解，並廣徵各工商業同業公會意見及參考各業申報之平均毛利率、費用率、淨利率等，依照不同行業別進行考量後才擬訂。」⒊本案損失之性質在稅務上係定性為營業外損失，此有財政部解釋令及國稅局新聞稿可參照：
⑴財政部67年11月2日臺財稅第37326號函「漁船在他國領
海內違法作業所付罰款得列為營業外損失我國漁船在烏拉圭領海內違法作業，被烏國海軍處罰集體罰款美金○○元，由各作業漁船及代理商分擔繳納之款項，可憑烏國海軍收據影本經貴局（編者註：現為行政院農業委員會漁業署）證明分擔罰款金額，作為各該船主及代理商當年度營業外損失列支。」⑵國稅局新聞稿：「……承包工程之營造業，應依工程合
約所載每期應收價款時開立發票報繳營業稅，遇有工程延誤扣款或賠償款時，仍不能從應收工程款減除而免開發票，否則被查獲將被補稅並處罰鍰。」即不得將罰款直接從工程款扣抵，否則漏報營業收入，將被補稅並處罰。
⒋本案經就營業收入淨額按同業利潤標準8％核定其所得額，
今有非營業損失，應依法即應核實減除。此有查核準則及解釋令可證：
⑴依據營利事業所得稅查核準則第6條第2項規定：「營利
事業未提示有關各種證明所得額之帳簿文據，經就營業收入淨額按同業利潤標準核定其所得額者，如有非營業收益或損失，應依法合併計課或核實減除。」⑵財政部79年1月11日臺財稅第000000000號解釋令：「本
部頒訂之各年度營利事業各業所得額標準及同業利潤標準之純利率（編者註：現為淨利率），係就當年度各業營業淨利編訂，至如有非營業損益，應依規定合併計課或核實減除。」⒌本案工程總價未含稅為153,333,333元，工程所需之成本
費用，原告已全部投入施作並完工（惟委建人堅稱本案未全部完工並堅持不驗收，致原告因工程糾紛且未取具工程驗收證明而無法認列收入）。89年度因未提示帳簿文據供核，致上開營業收入所對應之成本費用無法勾稽，而遭被告以同業利潤標準8％之淨利率推計所得額為12,266,667元，若以上開推計之營利淨利估算，本案所投入之成本費用應為141,066,666元（即153,333,333－12,266,667＝141,066,666元），推計營業淨利12,266,667元扣除營業外其他損失59,269,675元，所得額為-47,003,008元（本工程已呈現虧損）。然若以96,886,024元（即將營業外損失59,269,675元轉列為營業收入減項（161,000,000－59,269,675）÷1.05＝96,886,024元），為營業收入淨額，乘上同業淨利率8％，則推計之所得額為7,750,882元。惟上開營業收入淨額（即96,886,024元）之推算並未考量本案實際總工程款未含稅為153,333,333元，原告應投入與其收入相對之成本費用方能完成該工程之施作，雖原告未提供帳證供查核，然依上開同業淨利率反推計算其成本費用應為141,066,666元，但若以營業收入淨額96,886,024元，推估之成本費用則僅為89,135,142元【96,886,024×（1－8％）＝89,135,142元】其間成本費用差異51,931,524元，該成本差異5千餘萬，足以使本案工程無法完工，故若將業外其他損失轉至營業收入減項，其推計所得額的結果，將與納稅義務人之實際成本及所得額更不相當，亦與量能課稅有違（本案已呈現虧損卻仍須課稅）。
⒍綜上所述，本案工程延誤所產生之應付罰款及被沒收之履
約保證金等損失，係帳列申報且經被告機關定性為「非營業其他損失」（而非營業收入之減項），並核定為非營業損失項下之「其他損失」，足見被告對於本業別（行業代號：2715-11）之上開損失，均定性為「非營業其他損失」；又財政部所頒定「各年度營利事業各業所得額標準及同業利潤標準之淨利率」，係參考各業申報之平均毛利率、費用率、淨利率等所編訂，而本業別（行業代號：2715-11）因工程延誤產生之罰款及被沒收之保證金等損失，均是申報帳列且被告機關也將此定性為非營業損失項下之「其他損失」已如前述，故財政部所參考統計計算同業淨利率之基礎資料，並未減除因工程延誤產生之罰款及被沒收之保證金等損失金額，退步言，若將上開本業別之罰款等損失金額併入減計，則本業別（行業代號：2715-11）之同業淨利率將更低。今若將本案其他損失59,269,675元，由業外損失轉列為營業收入之減項，其所推計之所得額，不但與原告之實際所得不相當，亦與被告核課所得之實務通常作法不符，故以營業收入淨額96,886,024元乘以同業淨利率8％，得出之推計所得即不具合理性，該不合理之推計即有違司法院釋字第218號之解釋意旨（即「……推計核定方法估計所得額時，應力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得相當，以維租稅公平原則。」）。蓋財政部對於同業利潤標準之訂定乃源自於同業統計之資料，因此藉以推計所得時，對會計方法及科目之認定自應本諸一般公認之會計原則及實務通常之作法，也只有當與推計基礎之統計資料有相同會計處理方法時，所推計之所得方具合理性及正當性。故本案長期工程因工程延誤所產生之應付罰款及被沒收之履約保證金等金額計59,269,675元，應帳列非營業損失項下之其他損失，89年度依法推計之所得額（即153,333,333×8％－59,269,675＝-47,003,008元），方具合理性及正當性。
（十）按「前兩項所稱完工，係指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準……」為營利事業所得稅查核準則第24條第3項所明定。其中「完工」乃指一定工作之完成，而達可交付之程度，其時點原則上應依契約雙方當事人之真意定之。按「實質完工說」，工作須完成至已能使用之程度，亦即使委建人已能接管工作物並能依據預期之目的而使用時，始達完工之程度（此得由前揭查核準則「交由委建人受領」、「委建人驗收」得知，且臺灣板橋地方法院92年度訴字第1664號判決、臺灣臺北地方法院88年度訴字第3067號判決亦持相同見解）。
⒈查原告與委建人宏恕公司之工程合約書之付款辦法強調「
經檢驗合格移交甲方使用後付清尾款」、第11條工程品質「乙方（上訴人）應保證施工品質符合港務局驗收核准使用之標準有關本工程所有檢驗事項為本合約之一部份由乙方負責完成。為達以上目的乙方已詳閱相關圖說，認為無誤始簽本合約，乙方保證不得要求追加任何他項工程。」及第23條「所有工程完工後之檢測及合格使用均由乙方負責完成。若本工程經港務局或相關政府單位檢驗不合格者，應由乙方負責修復（包括重建），若乙方在規定期間內無法修復或不為修復時，甲方（委建人）得自行或另覓他人為之。甲方因此所受損害或增加之支出或罰款，應由乙方負責賠償。本工程有關之各項測試及檢驗之方應委請合格之機構為之，費用包含於工程款內，不得另行計費。」益證本案長期工程完工之認定，必須符合「經檢驗合格並移交甲方使用」，今本案長期工程因有糾紛而遲未全部完工亦未經委建人檢驗合格及受領，依合約意旨及營利事業所得稅查核準則第24條第3項之規定，即不能為實際完工之認定。本長期工程最終係由委建人宏恕公司委請他人接續施工原告並未實際全部完工並經受領，已如前述，故於稅法上不得視為實際完工。
⒉最高行政法院判決書第21頁第11行起：「本院則認：查核
準則第24條第3項之規定，工程之完工是指『實際完工』而言，最直接明確之標準是『工程成果交由委建人』受領，但如果該直接明確之標準，受限於時空環境以致無法查考時，改為較間接之標準決定……而以該最後完工之工作物為建築物或非建築物，來定其『完工認定標準』。」其言明前提必須「實際完工』，才有後續的完工日期判斷，今本長期工程案並非『工程成果交由委建人」受領日期不可考，而是自始未交由委建人受領（此有準備程序筆錄第4頁「證人：我記不起來，如果都有完工的話，應該就不會有訴訟的問題」及「證人：如果沒有完成一定會請人家作，但是我真的忘掉了，如果沒有作完工程根本就沒有辦法營運，一定有人接手作完，只是我記不起來了」及另委請他人施工文件可證）。故本件事實經調查後，「實際完工」的前提並不存在，自不適用前揭查核準則第24條第3項之規定及最高行政法院以「實際完工」為前提的「完工認定標準」之法律見解。
⒊綜上所述，本件長期工程截至93年7月1日民事判決前仍尚
未「實際完工」，即自始未經委建人宏恕公司驗收合格及受領，是雙方權利義務尚未決算確認，則課稅要件即未成就。原告與宏恕公司對於本長期工程之權利義務於93年7月1日方經民事判決確定，雙方即應依該判決內容對本長期工程進行決算。即原告必須以其對宏恕公司的應收工程款54,269,675元，抵償應付宏恕公司的延遲完工罰款、履約保證金、違約金及損害賠償（該賠償包含宏恕公司委請他人接續施工之代墊款6,324,002元）等。是原告以93年為本長期工程之完工年度認列營業收入，並認列本長期工程之賠償損失等並無違誤。
（十一）按核課稅捐首重量能且公平原則，以營利事業所得稅而言，有賺錢才課稅，以達量能的目的，又公平則有賴依法課稅之實行。今系爭工程已明顯產生工程賠償等損失54,269,675元，卻仍需繳納鉅額稅捐，明顯是核課稅捐的過程產生錯誤。對於已呈現鉅額損失之本案長期工程，以被告或最高行政法院之主張，所得額仍高達12,266,667元【161,000,000÷（1.05×8％）】或7,750,882元【（161,000,000－59,269,675）÷1.05×8％）】，而應課稅額則超過300萬元或近200萬元，顯然違反量能之課稅原則。尚祈承審法院體察原告已因本長期工程案呈現鉅額損失，其經濟上負擔能力顯有困難；於本案之判決，除遵循依法行政原則外，亦能本於比例與量能原則，倘有多種同樣能達成稅收目的方法時，優先選擇對人民權益損害最少的方式為之。
（十二）按「違反行政法上義務之行為非出於故意或過失者，不予處罰。」行政罰法第7條第1項有明文。最高行政法院98年8月份第2次庭長法官聯席會議決議理由四亦指明：
「……納稅義務人縱有應補徵稅額，但除稽徵機關舉證證明納稅義務人有故意或過失漏報或短報所得額之情形外，並不當然發生漏稅情事，即無漏稅額可言，其理甚明……」營利事業所得稅查核準則第24條第3項對於承造非屬建築物工程未取具委建人驗收證明者，其實際完工日期如何認定，未有規定。今兩造對於系爭長期工程之實際完工日期各有爭執，惟經被告依經濟解釋，予以調整系爭長期工程收入認列收入之年度，但未同步調整同一案的其他損失，始產生原告於89年度有短報所得額，而應補繳稅額之情事；上開被告對系爭所得額之調整，僅係法律見解不同，並非原告對所得額有漏報或短報情形，亦無逃漏稅之故意過失，尚難構成逃漏稅，故實務上通常亦少對此類案件亦予以處罰。惟被上訴人逕以上訴人違反所得稅法第110條第1項規定，以漏報89年度所得額為由，裁處罰鍰，實有論事用法之違誤。原告對於本系爭工程完工年度之認定及其他損失應認列之年度均有所依據，被告適用錯誤之證據認定89年為完工年度並裁處罰鍰，於法未合。
（十三）綜上所述，原處分認事用法，均有所違誤。為此，原告依據行政訴訟法第4條第1項提起撤銷訴訟，並聲明求為判決：
⒈訴願決定及原處分（即復查決定）不利原告部分均撤銷。
⒉本審及發回前上訴審之訴訟費用均由被告負擔。
四、被告則以：
（一）全年所得額部分：⒈原告係經營鋼材二次加工業，89年度營利事業所得稅結算
申報，列報營業收入淨額137,376,282元、營業淨利3,659,723元、不計入所得額之股利淨額459元、利息收入207,375元、其他收入402,921元、利息支出1,516,879元、其他損失1,097,504元，全年所得額1,655,636元，原經被告書面審查除利息收入核定207,486元外，餘皆按申報數核定，嗣經法務部調查局北部地區機動工作組通報其無進貨事實取具訴外人上淳實業有限公司及霆泰企業有限公司開立不實之統一發票銷售額合計15,061,401元，被告函請原告於94年12月1日提示帳簿文據供核未提示，乃按鋼鐵煉製業（行業標準代號：2715-11）同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，第2次核定全年所得額11,600,509元，應補稅額2,486,095元。復又經被告所屬大智稽徵所通報原告92年度期末在建工程：臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施153,333,333元，實際完工日期為89年度6月5日，原告卻帳列預收貨款，乃再於95年1月10日函請原告提示該工程所得額帳簿文據供核而未提示，而第3次核定營業收入淨額290,709,615元，營業淨利23,256,769元，全年所得額23,867,176元，應補稅額3,066,667元。原告主張其89年度原列報非營業損失及費用2,614,383元應准予認列，其第2次核定無進貨事實取具不實統一發票，應俟營業稅行政救濟確定後再行審理，及第3次核定承作系爭工程列入89年度營業收入，而因該工程委任人從未辦理驗收，依臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載，該營業收入應列入93年度收入云云。申經被告機關復查定以：
⑴第2次核定：
①營業淨利：本件無進貨事實取具不實統一發票同一漏
稅事實營業稅行政救濟，經大院99年12月21日以99年度訴字第308號判決駁回，原告未提起上訴而告確定，營利事業所得稅依營業稅確定之事實，復查時原告提示日記簿、總分類帳、存貨簿、銷貨發票及傳票暨憑證等，惟未提示各類成本明細帳及相關補助帳簿，其成本仍然無法勾稽查核，就其營業收入淨額137,376,282元，按該業同業利潤標準毛利率21％核定營業毛利28,849,019元，減除營業費用及損失13,807,712元（含由非營業損失及費用轉入之呆帳損失801,508元），核算營業淨利15,041,307元，因已逾所得稅法第83條規定核定之營業淨利10,990,102元，依查核準則第6條規定按同業利潤標準核定其營業淨利10,990,102元，原查第2次核定營業淨利10,990,102元並無不合，應予維持。
②非營業損失及費用：原告原列報非營業損失及費用2,
614,383元，原經書面審查按申報數核定，第2次核定時因原告未提示帳證經原查全數剔除，復查經查核如下：A.利息支出1,516,879元：係原告向臺北銀行豐原分行辦理票據貼現融資支應營業所需，原告復查時已提示該分行利息收據，借款人為原告，89年度合計利息支出1,516,879元應予追認。B.報廢固定資產損失71,234元：報廢已達耐用年限之斷路器、電腦及冰箱等26項資產，經查核財產目錄及報廢清單，係報廢前之帳面價值作為報廢損失71,234元應予追認。C.呆帳損失801,508元：係原告銷貨所產生應收帳款及應收票據備抵呆帳提列數，視其性質予以轉正至營業費用及損失。D.地下油槽管線配管損失224,762元：88年間銷貨訴外人瑞泰加油站有限公司214,286元及嘉和加油站股份有限公司10,47 6元之地下油槽管線配管工程，89年度遭退回，因未提示無法修復再出售或報廢損失等核備文件供核，該損失不予認列。
③綜上，原查第2次核定按該業同業利潤標準淨利率8％
核定營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額11,600,509元，惟既經追認非營業損失及費用1,588,113元（利息支出516,879元及報廢固定資產損失71,234元），原核定全年所得額11,600,509元應予追減1,588,113元，變更核定10,
01 2,396元。⑵第3次核定：原查第3次核定以原告未提示帳簿文據供核
，按營業收入淨額290,709,615元依同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利23,256,769元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額23,867,176元。經查系爭工程總工程款161,000,000元從未辦理驗收，實際完成交由委建人受領之日期無法查考，依旨揭查核準則規定，及依臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載，應以89年6月5日取得使用執照為實際完工日期。是原查將該工程收入153,333,333元（161,000,000÷1.05）列入89年度營業收入核無不合，又被告分別於95年1月10日及100年2月9日以中區國稅一字第0950002326號及中區國稅法字第1000000650號函請原告提供該工程所得額帳簿文據資料供核，逾期未提示，應依該工程收入153,333,333元按該業同業利潤標準淨利率8％核算漏報營業淨利12,266,667元，加計第2次核定營業淨利10,990,102元，本次核定營業淨利23,256,769元，原核定營業淨利23,256,769元並無不合，予以維持；惟第2次核定全年所得額既經追減1,588,113元，原第3次核定全年所得額23,867,176元，予以變更核定22,279,063元。原告仍不服，提起訴願，遞遭財政部訴願決定駁回，遂提起本行政訴訟。
⒉查依營利事業所得稅查核準則第24條第3項規定，所稱完
工係指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。因本件系爭工程從未辦理驗收，實際完成交由委建人受領之日期無法查考；惟依原告與委建人宏恕公司就系爭工程實際完工日期之民事訴訟，原告主張應以委建人呈報給臺中港務局之「公民營公司與臺中港務局合作興建工程進度週報表」是於89年3月23日完工，而委建人主張應為取得使用執照89年6月5日，嗣經臺灣高等法院判決依兩造對於系爭工程目的觀之，應以取得使用執照，符合形式上可使用之客觀狀態來認定完工日期方為適當，判決系爭工程實際完工日期為取得使用執照之89年6月5日。
原告於該民事訴訟均自承系爭工程完工日期為89年度，嗣於本案辯稱非於89年度完工，其又未能舉證以實其說，原告所訴，委不足採。是將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入並無不合，另原告90至93年度已認列系爭工程收入已更正調減，至86至88年度是否已更正調減，未見卷附資料，惟其他年度收入縱有未更正減除係另案更正事件，與本案課稅所得額之核定無涉。
⒊原告主張委建人積欠工程款54,269,675元及其被沒收之履
約保證金5,000,000元，合計59,269,675元，用以抵銷原告應負擔該工程各項賠償金及違約金尚有不足，是該被抵銷之59,269,675元，應認列其他損失乙節，經查原告與系爭工程委建人就該工程款於民事訴訟時，原告雖主張超出承攬契約施作項目，該部分委建人積欠工程款54,269,675元，惟經臺灣高等法院民事判決以，原告僅提出片面製作之成本估價明細單，並不能證明原告確有該等超出工程圖說施作之事實，且原工程契約第3條規定，全部工程總價161,000,000元，除委建人同意工程變更追加外，該總價不得因任何原因增加。可見超出系爭工程契約之施作，勢須以雙方合意為前提，該委建人除否認有超出工程圖說施作之情形，亦抗辯未曾同意追加工程項目，且原告工程逾期累積高額罰款，即令原告主張之工程款與之相抵充，仍不足給付罰款，原告復未能就有利事實提出證據以實其說，實難認原告確有施作超出契約所約定之承攬範圍，判決上訴駁回。該案經判決未有超出承攬契約施作項目，自無原告主張抵銷其應負擔該工程各項賠償金及違約金，可列其他損失之情形。又本件於被告作成初查決定後，原告就利息支出、報廢固定資產損失、呆帳損失及地下油槽管線配管損失等部分申請復查，並未對抵銷工程款之各項賠償金及違約金表明不服之意，有原告之復查申請書在卷可按，原告上開認列其他損失之爭點未經復查程序，而逕為行政爭訟，自非法所許，原告所訴，核不足採。
（二）罰鍰部分：系爭工程依旨揭查核準則規定，及依臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載，以辦公室建工程取得使用執照89年6月5日為實際完工日期，應將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入，原告卻帳列預收貨款，縱非故意，亦難謂無過失。原告至查獲日前已就該工程累積完工比例59.49％列報營業收入，應按未認列部分計算該工程漏報所得額4,969,226元【153,333,333×8％×（1－59.49％）】，加計漏報利息收入111元，核算漏報所得額4,969,337元及漏稅額1,242,327元（4,969,337元×25％－已扣繳稅額8元），原告於裁罰處分前已書面承認違章事實並承諾繳清罰鍰，第3次核定按所漏稅額1,242,327元處0.8倍罰鍰993,800元並無違誤，復查決定及訴願決定予以維持並無不合。
（三）綜上所述，原告主張無理由等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。
五、本院按，「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額……」「應收帳款及應收票據債權之估價，應以其扣除預計備抵呆帳後之數額為標準。前項備抵呆帳，應就應收帳款與應收票據餘額1％限度內，酌量估列。」「稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。」「本法第83條所稱之帳簿文據，其關係所得額之一部或關係課稅年度中某一期間之所得額，而納稅義務人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查得資料或同業利潤標準，核定其所得額。」分別為行為時所得稅法第24條第1項、第49條第1項、第2項前段、第83條第1項、同法施行細則第81條所明定。次按「營利事業承包工程之工期在1年以上，有關工程損益之計算，應採完工比例法。但有左列情形之一，致工程損益確無法估計者，得採全部完工法，於完工年度再行計算損益：一、各期應收工程價款無法估計。二、履行合約所須投入成本與期末完工程度均無法估計。三、歸屬於合約之成本無法辨認。……前兩項所稱完工，係指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準……」「凡應歸屬於本年度之費用或損失，除會計基礎經核准採用現金收付制者外，應於年度決算時，就估列數字以『應付費用』科目列帳，但年度決算時，因特殊情形無法確知之費用或損失，得於確知之年度以過期帳費用或損失處理。」「利息：
……二、非營業所必需之借款利息，不予認定。……十九、利息支出之原始憑證如下：（一）支付金融業之利息，為金融業之結算單或證明書。」復為行為時營利事業所得稅查核準則第24 條第1項、第3項、第64條、第97條第2款及第19款第1目所規定。
六、上揭事實概要欄所載之事實，除後列之爭點事項外，其餘兩造所不爭執，並有原處分書、被告95年7月10日中區國稅法一字第0950031638號函、100年2月9日中區國稅法字第1000000650號函、100年2月11日中區國稅法字第1000000847號函、100年3月11日中區國稅法字第1000000935號函、100年3月11日中區國稅法字第1000000936號函、94年11月9日94年度財營業字第58094100576號處分書、95年3月3日95年度財營所字第1Z000000000號處分書、95年7月10日95年度財營業更字第58094100576號處分書、復查案件移案清單、89年9、10月營業稅選案查核報告表、被告所屬大智稽徵所95年1月4日中區國稅大智一字第0950000345號函、95年2月6日中區國稅大智一字第0950001764號函、95年4月27日中區國稅大智一字第0950008415號函、100年9月2日中區國稅大智一字第1000018902號函、原告89年度營利事業所得稅核定稅額繳款書、89年度營利事業所得稅復查決定應補稅額更正註銷單、88年度、89年度、93年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、89年度、90年度營利事業所得稅結算申報更正核定通知書、93年度營利事業所得結算暨92年度未分配盈餘申報書、89年度營利事業所得結算暨88年度未分配盈餘申報書、92年度完工比例法計算表、87年度長期工程完工比例法（工程成本比例）工程收入及成本計算表：淨額法、89年9月份會計憑證、89年9、10月份統一發票影本、88年度長期工程完工比例法（工程成本比例）工程收入及成本計算表：總額法、95年3月3日申請書、說明書、支票登記簿、支票送款簿存根影本、按臺灣高等法院93年度重字第107號民事判決資料製作長期工程罰款及損害賠償金額計算明細表、借款利息收據、臺中港西一號碼頭儲槽興建工程契約書、分類帳、報廢清單、財產目錄、轉帳傳票、資產負債表、日記簿、原料存貨明細表、訴外人宏恕公司89年5月10日宏恕（總）字第890510號函、89年6月28日宏恕（總）字第890628號函、委請他人接續施工代墊款明細表、訴外人臺北富邦銀行股份有限公司中港分行100年4月26日中港商金字第1000000001號商業金融函、訴外人瑞泰加油站有限公司89年2月10日營業人銷貨退出或折讓證明單、訴外人嘉和加油站股份有限公司89年1月15日營業人銷貨退出或折讓證明單等件附卷可稽，為可確認之事實。
七、本件被告以原處分認定：第2次核定按該業同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額11,600,509元，惟應追認非營業損失及費用1,588,113元（利息支出1,516,879元及報廢固定資產損失71,234元），故原核定全年所得額11,600,509元應予追減1,588,113元，變更核定為10,012,396元；另第3次核定依系爭工程收入153,333,333元按該業同業利潤標準淨利率8％核算漏報營業淨利12,266, 667元，加計前揭第2次核定營業淨利10,990,102元，乃核定營業淨利23,256,769元，惟第2次核定全年所得額既經追減1,588,113元，原第3次核定全年所得額23,867,176元，亦應予以變更核定為22,279,063元，故其中除第2次核定之營業損失及費用1,588,113元應予追認外，其餘則復查駁回，原告不服，提起訴願，案經訴願決定關於全年所得額之其他損失部分不受理，其餘訴願駁回。其主要之論據無非為：「壹、全年所得額－營業收入部分：……四、第查：依查核準則第24條第1項規定，營利事業承包工程之工期在一年以上，有關工程損益之計算，原則應採完工比例法。但例外於各期應收工程價款無法估計、履行合約所須投入成本與期末完工程度均無法估計或歸屬於合約之成本無法辨認等情形之一，致工程損益確無法估計者，得採全部完工法，於完工年度再行計算損益。本件訴願人承包宏恕倉儲股份有限公司『臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施』，其工期雖在一年以上，惟訴願人未提示該工程所得額帳簿文據供核，致各期應收工程價款無法估計，原處分機關遂採全部完工法，於完工年度再行計算損益。又該工程雖細分工程項目包括辦公室建工程、管架新建工程、污水池新建工程、3,000M儲槽基礎、排液口、PVC管埋設、消防設備、電氣及排水工程等工程，惟各細分工程相互牽連係屬同一承攬工程，在全部工程完成前無法單獨運作使用，是其實際完工交由委建人受領日期應僅有一日期。且依查核準則第24條第3項規定，所稱完工係指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。因本件系爭工程從未辦理驗收，實際完成交由委建人受領之日期無法查考；惟依訴願人與委建人宏恕倉儲裝卸股份有限公司就系爭工程實際完工日期之民事訴訟，依臺灣高等法院93年度重上字第107號判決略以，訴願人主張應以委建人呈報給臺中港務局之『公民營公司與臺中港務局合作興建工程進度週報表』是於89年3月23日完工，而委建人主張應為取得使用執照89年6月5日，嗣經依兩造對於系爭工程目的觀之，應以取得使用執照，符合形式上可使用之客觀狀態來認定完工日期方為適當，遂判決系爭工程實際完工日期，為取得使用執照之89年6月5日。是原處分機關將系爭工程收入153,333,333元列入89年度營業收入，經核並無不合。本部分原處分應予維持。另訴願人90至93年度已認列之系爭工程收入業更正調減，至86至88年度是否已更正調減，原處分機關已於100年11月11日以中區國稅法字第1000047135號函請原查查明辦理；惟其他年度收入縱有未更正減除係另案更正事件，併予指明。貳、全年所得額－其他損失部分：……四、第查：本件訴願人原僅就利息支出、報廢固定資產損失、呆帳損失及地下油槽管線配管損失等部分，提示證據表示不服，申請復查，並未就抵銷工程款之各項賠償金及違約金為不服之表示，有訴願人復查申請書附原處分卷可稽，則系爭抵銷工程款之各項賠償金及違約金既未經復查程序，一併提起訴願，自非法之所許，揆諸前揭改制前行政法院判例意旨，其程序顯有未合，本部分訴願應不予受理。參、罰鍰部分：……四、第查：系爭工程依首揭規定及臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載，以辦公室建工程取得使用執照之89年6月5日為實際完工日期，業如前述，是該工程收入153,333,333元即應列入89年度營業收入，本件訴願人卻帳列預收貨款，縱非故意，亦難謂無過失。另訴願人至查獲日前，已自行就該工程累積完工比例分年列報營業收入，原處分機關遂僅按未認列部分裁處罰鍰，是經計算該工程漏報之所得額為4,969,226元，加計漏報利息收入111元，核算漏報所得額4,969,337元及漏稅額1,242,327元，並按所漏稅額1,242,327元處以0.8倍之罰鍰993,800元（計至百元止），經核並無違誤。……」固非無見。
惟查：
（一）有關系爭工程實際完工日期部分：⒈按「（第1項）營利事業承包工程之工期在1年以上，有關
工程損益之計算，應採完工比例法。但有左列情形之一，致工程損益確無法估計者，得採全部完工法，於完工年度再行計算損益：一、各期應收工程價款無法估計。二、履行合約所須投入成本與期末完工程度均無法估計。三、歸屬於合約之成本無法辨認。（第2項）營利事業承包工程採全部完工法計算工程損益，其承包工程之工期有跨年度者，其管理費用應於費用發生之年度列報，不得遞延。（第3項）前兩項所稱完工，係指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。」營利事業所得稅查核準則第24條第1項至第3項定有明文。
⒉本件最高行政法院102年度判字第12號判決將本院前審判
決廢棄發回更審，其指摘略以：「……⑴上開工程損益之認列，依查核準則第24條第1項但書之規定，應採取全部完工法，因為上訴人無法提出『可供勾稽、足以證明』該工程成本費用之帳簿文據供稅捐機關查核，符合查核準則第24條第1項但書第3款所定『歸屬於合約成本無法辨認』之要件，此點亦為訴訟兩造所不爭執。⑵但採取全部完工法，其收入認列之時間歸屬是否為89年度之稅捐週期，本院基於以下之理由，認為仍處於『事證不明』之狀態，而有發回事實審法院再為調查之必要，爰說明如下：①對此爭點，上訴意旨延續原審中之主張，一再強調：『該工程中需要取得使用執照者僅有辦公室建物，而該建物僅是全部工程中之一小部分（占工程報酬之比例僅有0.68％），不能據為認定整個工程完工之憑據，事實上本件工程最主要之施作工作物是儲槽（35.6 5％）及管路（11.18％），這些部分在取得辦公室使用執照時，都還沒有施作完成』等論點，而指摘原判決此部分完工事實之認定（以辦公室建築物使用執照之發給日期為準），有違經驗法則。②本院則認：依查核準則第24條第3項之規定，工程之完工是指『實際完工』而言，最直接明確之標準是『工程成果交由委建人受領』，但如果該直接明確之標準，受限於時空環境以致無法查考時，改為較間接之標準決定，如果工程屬於建築物之建造者，以主管機關核發使用執照日期為準，如屬非建築物工程者，則以委建人驗收日期為準。如果一個工程內容同時包含建築物與非建築物之施作，又無法以上開直接明確之標準來決定完工時點時，其間接決定標準，即不能機械式地任選其一，或者二者併用，而應由工序的角度，視何項工作物是最後完成者，而以該最後完工之工作物為建築物或非建築物，來定其『完工認定標準』。③就本案而言，由於上訴人與宏恕公司在前開民事訴訟中，對工程完工時間在89年間完成一事，均不爭執（只不過對『當年度何一具體日期為完工日期』有所爭執），而在該民事訴訟案件中，上訴人又是以原告之身分，起訴請求宏恕公司給付施作工程之積欠工程款54,269,675元（還包括其他金錢請求，但因與完工時點之判斷無涉，在此不再細論）。依常情推測，該工程應屬施作完成，只不過委建業主不滿意施工之成果，拒不接收而已，雙方才會對『剩餘工程款應否給付』一事發生爭執，而進行民事爭訟。又該工程之施工工序，也可能是以辦公室建築物是最後完成之部分，所以『該建築物是否完成』才會成為民事訴訟程序中，判斷完工與否之爭訟焦點。而上訴意旨堅稱：『辦公室建築物僅占極少之施工比例，以其取得使用執照之時點認定整個工程完工，明顯錯誤』云云，其論點未必具有說服力。④不過有關上開工程之工序，是否以辦公室建築物之完成為其最後施工項目，還有為何上訴人與宏恕公司在民事訴訟中，對工程整體已完竣一事沒有爭議，而進入積欠工程款應否給付之後續爭議階段﹖是否雙方都認為其他部分皆已完工，以致在民事爭訟勿庸再為爭議﹖以上種種事實疑義均可經由傳訊相關人證查明，既然上訴人對『工程是否完工』等情一再強烈爭執，此部分之調查又非特別困難，而原審法院未予調查即有『未依職權調查證據』之違法。」⒊經查，系爭工程為臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施
」，其具體工程項目包括儲槽建造及配管工程、機電工程、土木工程。其中儲槽建造及配管工程，尚包括3,000、3,200、1,500立方公尺不鏽鋼儲槽、1,500立方公尺碳鋼儲槽、儲槽基座防蝕工程、管路工程、管線防蝕包覆工程；機電工程包括電氣及給排水工程、發電機更新工程、灌充站自動灌充設備工程、避雷針及相關設備工程；土木工程包括3,000立方公尺儲槽基礎新建工程、1,500立方公尺儲槽基礎新建工程、辦公室增建工程、管架新建工程、污水貯存池新建工程、灌裝站新建工程、電動大門增建工程、圍牆、擋油堤、越堤梯、地坪及道路排水工程、管溝及連接槽工程、監工房及假設工程、3,000立方公尺儲槽基礎打樁工程等，此有訴外人臺中港務局與宏恕公司所簽訂之承租土地暨地上設施合作興建儲槽契約、第一期擴建工程設備清冊及原告與宏恕公司所簽訂之工程合約在卷可資比對。嗣因系爭工程發生糾紛，原告對宏恕公司提起給付報酬（工程款）之民事訴訟，原告主張業已完成工程項目，惟宏恕公司拒絕給付，而宏恕公司則在該案中主張該報酬請求權已罹於時效，且工程遲延完工，導致該公司無法如期依約履行與臺中港務局所約定之工程期限，而發生損害等語，最終該案經法院判決原告敗訴確定，亦有臺灣高等法院93年度重訴字第107號判決書附卷可稽，並經本院調卷查證屬實。雖原告主張系爭工程並未實際完工，宏恕公司亦未驗收及受領系爭工程設施（參見原告補充理由二狀），經本院通知宏恕公司之代表人陳文正及會計人員楊麗芬到庭作證，或表示時隔已久，不復記憶，且無相關資料留存，無法證實，或表示並非當時之承辦人員，當時之承辦人員業已離職，無從查證等語。惟查，在原告與宏恕公司所進行之前揭民事訴訟案件當中，原告明確主張系爭工程業已完工，僅延遲工期68日或142日，而宏恕公司則主張延遲706日，亦不爭執業已完工，有上開民事判決書第5頁、第8頁之記載內容可資參照。另參照興建系爭工程當時所製作之公民營公司與臺中港務局合作興建工程進度週報表所載，工程進行至88年12月27日至89年1月2日當週，累積進度已達87％，迄至89年3月20日至89年3月22日該週，累積進度已完成100％，其間工程項目分別為：進度完成87％時的施工概況為槽體側板、銲接、面銲、剷磨、噴砂、噴漆、C區泵浦按裝、輸送管路挖方、配管、試壓、回填、牆堤、排水溝挖方、配筋、組模、RC澆灌；進度完成95.5％時的施工概況為消防管、運送管、氮氣管等配管、銲裝、外牆空心磚堆砌、外牆水泥粉刷、溝堤組模、配筋、RC澆灌等工程；進度完成96％時的施工概況為消防管、輸送管、氮氣管等配管、銲接、油漆、外牆水泥粉刷、溝堤組模、配筋、RC澆灌；進度完成97％時的施工概況為槽體基座粉刷；進度完成99.5％時施工概況為槽體消防配件及輸油管線按裝、檔油堤及越堤梯水泥粉刷、越堤梯欄杆及消防管等油漆、美化工程植栽，最後為輸油管路及消防管路等油漆、環境清理等，此有該經宏恕公司簽章確認之興建工程進度週報表在卷足憑，顯見系爭工程後段之工程項目為儲槽工程，主要為配管、焊接、油漆及美化環境等收尾工程。因此，系爭工程應已實際完工，原告主張系爭工程並未實際完工云云，應與事實不符。雖原告復提出宏恕公司分別於89年5月10日及同年6月28日請原告進行改善工程之函文，暨宏恕公司另外委請其他廠商接續施工代墊明細表為證（參見本院卷第148頁至第152頁），主張原告確實未完成系爭工程云云。然查，該等令原告改善之項目均僅是工程缺失或瑕疵補正之問題，容與工程未依進度完工有別，是原告此部分主張，要難為有利原告事實之認定。
⒋又系爭工程損益之認列，依營利事業所得稅查核準則第24
條第1項但書之規定，應採取全部完工法，蓋因原告承包宏恕公司之系爭工程，其工期雖在1年以上，惟原告無法提出「可供勾稽、足以證明」該工程成本費用之帳簿文據供被告查核，致各期應收工程價款無法估計，為兩造所不爭之事實，故符合該查核準則第24條第1項但書第3款所定「歸屬於合約成本無法辨認」之要件，應採取全部完工法，於完工年度再行計算損益。而系爭工程既已實際完工，縱未經宏恕公司驗收或受領，然依前揭營利事業所得稅查核準則第24條第3項規定，實際完工日期之認定，如無法查考工程實際完成交由委建人受領之日期，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。承前所述，系爭工程後段之工程項目為儲槽工程，亦為最後完成之工程，雖系爭工程包含有建築物與非建築物之施作（工程項目詳前所述），然該最後完成之工程既為儲槽之建築物工程，依照上開說明，即應以主管機關核發使用執照日期為準。又依前臺中縣政府所核發之系爭工程儲槽、圍牆及擋油堤雜項使用執照所示，其核准時間為89年6月5日，復參酌前揭興建系爭工程當時所製作之公民營公司與臺中港務局合作興建工程進度週報表所載，工程進行至至89年3月20日至89年3月22日該週，累積進度已完成100％，與上開核發使用執照之時間89年6月5日相當接近，經加計申請使用執照之作業時間，被告認定系爭工程之實際完工日期為89年6月5日，即與事實相符。另外，上開原告對訴外人宏恕公司提起給付報酬（工程款）之民事訴訟案件當中，承審法院亦認定系爭工程之實際完工日期即為取得上開雜項使用執照之89年6月5日（參見該判決書第9頁），更可印證系爭工程實際完工日期即為89年6月5日無訛。因此，原告主張「辦公室建築物僅占極少之施工比例，以其取得使用執照之時點認定整個工程完工，明顯錯誤。」云云，即有誤解，委非可採。從而，被告依營利事業所得稅查核準則第24條第3項之規定，認定系爭工程完工日期為89年度，並將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入並無不合。
（二）有關原告之系爭工程報酬損失是否已經復查程序部分：⒈按行政訴訟法第260條規定：「除別有規定外，經廢棄原
判決者，最高行政法院應將該事件發回原高等行政法院或發交其他高等行政法院。前項發回或發交判決，就高等行政法院應調查之事項，應詳予指示。受發回或發交之高等行政法院，應以最高行政法院所為廢棄理由之法律上判斷為其判決基礎。」關於此，本件最高行政法院102年度判字第12號判決將本院前審判決廢棄發回更審，理由略以：
「……依稅務行政爭訟所採取之爭點主義，與計算該工程營業收入淨額及對應淨利有關之一切爭議，均應在納入訴訟爭議範圍內，而為法院之審理對象，其理由則可說明如下：①稅捐為法定之債，於稅捐構成要件被滿足時，稅捐債權即行發生，而稅捐構成要件又可解析為『稅捐主體』、『稅捐客體』、『稅捐客體之歸屬』、『稅基量化』以及『稅率』數項構成要件要素。但在判斷過程中，有其一定之順序。即是：A.先確認稅捐主體。B.再確認應歸屬於該主體之稅捐客體。C.然後開始對每一個稅捐客體進行『時間』、『空間』及『種類』與『關連性』之歸屬判斷，進而為單一稅捐客體之稅基量化，其中所得稅法上之『收入成本費用配合原則』即是『關連性歸屬』之具體判準。
D.又當稅捐客體為複數時，各別客觀之量化結果即需加總，形成稅基總量。而不同稅捐法制在稅率安排上，會視稅基總量之不同，有單一、複式或累進稅率之差異。E.在稅基總量乘以應適用之稅率後，單一之稅額才形成。②而以上之判斷流程，可以比擬為金字塔狀之正三角形，在最下層者為『獨立之多數稅捐客體及其各別之稅基量化』，上一層則為『稅基總量』，再上一層為『稅率』，最頂端則為『稅額』。其中下層之爭議，當然會一併連動影響所有上層議題之法律適用（越上層之爭議越易趨向於法律適用之層次）。③至於稅捐法制上之所以採取爭點主義，主要是基於稅法之複雜性，為減輕法院審理成本而為之制度安排，其功能僅在用以限制事實認定之範圍，而不及法律之職權適用。任何一個在判斷順位上處於下端之事實爭議（例如本案中營業收入之金額），也會連帶影響上端之法律判斷（先是營業成本損費之計算，而形成營業淨利，如果營業成本損費無法核實認定，即會導出同業利潤標準推計之必要，營業淨利確定後，才能繼續確認所得量化金額，接下來才是稅基量化之加總及對應稅率，最後是稅額）。因此所謂『爭點』，其範圍是垂直的，會擴及與下位事實爭點連帶之上端判斷事項（例如本案中營業收入如何計算之爭議，將對後續之營業淨利計算等稅基量化爭議，並對稅率、稅額造成連帶影響，此等受連帶影響之事項，均在爭點範圍內）。④在本案中，依後附附表所示，稅捐機關既然在復查決定對上開工程在當年度實現之營業淨利為推計，則與該推計有關之稅基計算爭議均應納入本案爭點範圍，從而原判決引用爭點主義為其立論基礎，而謂：『上訴人主張，其因上開工程對宏恕公司提起民事訴訟，請求宏恕公司給付積欠之工程報酬54,269,675元，以及上訴人付給宏恕公司、後經宏恕公司做為懲罰性違約金而予沒收之5,000,000元部分，經前開民事判決駁回其請求，而轉列其他損失之部分，因為其未提出復查，故不得於本案中再予爭執』一節，其法律見解即非有據。」等語，以上廢棄理由之法律上判斷，為其廢棄前審判決之基礎，依前揭行政訴訟法第260條第3項規定，本院自應受其拘束。⒉基於上開法律上之判斷，最高行政法院62年度判字第96號
判例：「……申請復查，為提起訴願以前必先踐行之程序，若不經過復查而逕為行政爭訟，即非法之所許。本件原告56年度營利事業所得稅結算申報，經被告官署調查核定後，僅以原料耗用部分申請復查，對於折舊部分並無異議，是其就折舊部分，一併提起訴願，自非法之所許。」所表彰之「爭點主義」，其所謂之「爭點」範圍，乃是垂直概念，應擴及與下位事實爭點連帶之上端判斷事項。亦即，本件營業收入如何計算之爭議，將對後續之營業淨利計算及稅率適用、稅額計算等均造成連帶影響，此等受連帶影響之事項，均在爭點範圍內。準此說明，本件被告主張原告就利息支出、報廢固定資產損失、呆帳損失及地下油槽管線配管損失等部分申請復查，並未對抵銷工程款之各項賠償金及違約金表明不服之意，是原告上開認列其他損失之爭點未經復查程序，而逕為行政爭訟，自非法所許云云，即有誤解，並非可採，本院自應就該其他損失部分為實體審理，允無疑義。
（三）有關原告之全年所得額－其他損失部分：⒈按營利事業所得稅查核準則第2條第2項前段規定：「營利
事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。」另財務會計準則公報第12號「長期工程合約之會計處理準則」第17條規定：「工程延誤或其他原因所產生之應付賠償款或罰款應於當年度全額認列為損失。」因此，營利事業單位產生其財務報表時，亦應參酌財務會計準則公報之規定。
⒉本件被告就上開全年所得額－其他損失部分，固主張「財
務會計準則公報第11號第17點全文是『工程延誤或其他原因所產生之應付賠償款或罰鍰應於當年度全額認列為損失』，沒有最高行政法院判決書第27頁所記載（工程）二字。公報是說明要列為損失，因此，這要回歸到這個損失是屬於業內或業外，依照查核準則第2條規定，營利事業的會計事項應該要參照商業會計法及商業會計處理準則及財務會計準則公報據實記載，商業會計法第27條對會計科目有定義，第27條第7點是指營業外的收益與營業外的費損，第27條第8點是非常損益類的定義：『指性質特殊且非經常發生之項目。』按照會計準則來分，如果經常發生的就是業內，偶而發生、不常發生的就歸到業外。」等語。然關於此，本件最高行政法院102年度判字第12號判決將本院前審判決廢棄發回更審，理由略以：「原判決及被上訴人有關營業收入淨額之認定，與本院前開見解顯有出入，其等係認為『上開工程之營業收入淨額為153,333,333元，而59,269,675元損失則是『業外損失』，因此營業收入之計算無關，也不應計入本年度之損益內』云云，但查：（A）上開損失性質上屬『工程延誤或其他原因所產生之應付賠償款或罰鍰』，依財務會計準則公報第11號『長期工程合約之會計處理準則』第14點所示，應列為當年度（工程）損失，而與該工程損益之計算具有絕對關連性。
（B）此等損失即使在所得稅法制上，因為查核準則規定之會計科目有限，而被歸入查核準則第103條所稱『其他損失』科目，但是被歸入查核準則第62條至103條所規定費用科目之費用，並不表示其一定要被歸入『業外損失』，因為計算營利事業所得稅額時，有關『業內』及『業外』之區別，實與其費用科目無涉，而與『收入成本費用及損失配合原則』有關（因為『業內』與『業外』之區別實益，主要表現在『特定營業活動所獲取之收入』與『該收入有直接關係之成本費用』間，在計算損益時之連結意義）。只不過稽徵實務作業上，習慣用所得稅結算申報書中之欄位記載來認定『業內』及『業外』，又因為所得稅結算申報書第52欄之『其他損失』欄位置於『非營業損失』大項中，即認為其屬業外損益，此等『習焉不察』之謬誤在本案中特別有必要予以指明。（C）另外查核準則第103條有關其他損失認列之法規範，亦僅對證明待證事實之證據方法有所限制，但並無排斥『收入成本費用及損失配合原則』之適用，更無限制『時間歸屬』之規範意旨（即以民事判決作成於93年間，即認為93年度為該業外損失確定發生之時點）。（D）是以基於『收入成本費用及損失配合原則』，上開損失之時間歸屬，與工程損益之認列年度不應有異，原判決以上開損失列報為『其他損失』，即推論其屬『業外損失』，進而否認『收入成本費用及損失配合原則』在此之適用，而認上開損失之實現年度為93年度，應於93年度認列，此等法律論斷自非妥適，難以維持。
（E）再者依上所述，依同業利潤標準所為之推計課稅，其前提必須有可掌握之具體事實基礎（收入、成本或費用之現實取得或支出金額均無不可）。而且推計理由正是因為帳證無法核實勾稽，因此等事實基礎，當然不會建立在權責發生制之觀點下（帳證不可查時，權責制意義下之損益即無法形成），而接近現金收付制之觀點。因此當透過上開民事判決，確認上訴人從工程中僅收取101,730,325元，扣除營業稅款後，淨額僅有96,886,024元，則該96,886,024元即應是營業收入推計營業淨利之基礎，此等推計基礎與實情最為接近，而符合司法院釋字第218號之解釋意旨（即「……依……推計核定方法估計所得額時，應力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得相當，以維租稅公平原則。……」）。（F）至於實務上有關推計營業淨利後，再加計業外損益之案例，其所指之『業外損益』，均是營業活動本身欠缺因果關連性或過於間接之損益，如果該損益與營業活動關係密切時，首先即要按配合原則，將其納入營業損益之計算範圍內，再按現金收付制之精神決定推計之核實基礎，方屬對所得稅法第83條及所得稅法第81條之正確解釋。而本案前開59,269,675元之其他損失，從『收入成本費用損失配合』原則言之，不得定性為『業外損失』，故不得用上開實務作業方式，在計算系爭工程營業活動項下之應稅所得時，將59,269,675元之其他損失排除。」等語，以上廢棄理由之法律上判斷，為其廢棄前審判決之基礎，依前揭行政訴訟法第260條第3項規定，本院自應受其拘束。是基於上開法律上之判斷，系爭工程損失，在性質上應屬「工程延誤或其他原因所產生之應付賠償款或罰鍰」，依前揭財務會計準則公報第11號「長期工程合約之會計處理準則」第17點所示，即應列為當年度之工程損失，而與該工程損益之計算具有絕對關連性；且基於「收入成本費用及損失配合原則」，上開損失之時間歸屬，應與工程收益之認列年度相同。而系爭工程完工日期既為89年度，應將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入，已如前述，則本件系爭工程損失59,269,675元（未稅金額為56,447,309元），依「收入成本費用及損失配合原則」，亦應同時列入89年度，不應有異。亦即，原告因系爭工程實際取得之含稅營業收入，僅有101,730,325元（161,000,000-59,269,675=101,730,325），扣除5％營業稅後，其實際取得之營業收入淨額僅96,886,024元。準此說明，被告認定系爭工程之營業損失59,269,675元為「業外損失」，與營業收入之計算無關，不應計入本年度之損益內云云，即有誤解，應非可採。
⒊另本件原告經營鋼材2次加工業務，89年度營利事業所得
稅結算申報，列報營業收入淨額137,376,282元、營業淨利3,659,723元、不計入所得額之股利淨額459元、利息收入207,375元、其他收入402,921元、利息支出1,516,879元、其他損失1,097,504元，全年所得額1,655,636元，原經被告書面審查除利息收入核定為207,486元外，其餘皆按申報數核定，核定營業淨利3,659,724元，全年所得額1,655,748元；嗣調查局北部機動組通報原告無進貨事實取具上淳公司及霆泰公司開立不實之統一發票銷售額合計15,061,401元，作為進項憑證，虛報營業成本，經被告函請原告於94年12月1日提示帳簿文據供核，惟原告未提示，乃按同業利潤標準（行業標準代號：2715-11）淨利率8％核定營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，第2次核定全年所得額11,600,509元，應補稅額2,486,095元；復經通報原告92年度期末在建工程即系爭工程營業收入153,333,333元，實際完工日期為89年6月5日，原告卻帳列預收貨款，乃再於95年1月10日函請原告提示該工程所得額帳簿文據供核，惟原告未提示，爰第3次核定營業收入淨額290,709,615元，並按同業利潤標準（行業標準代號：2715-11）淨利率8％核定營業淨利23,256,769元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額23,867,176元，應補稅額3,066,667元。原告不服申請復查，經被告復查決定略以：（1）第2次核定：A.營業淨利：本件無進貨事實取具不實統一發票同一漏稅事實營業稅行政救濟，業經臺中高等行政法院99年12月21日以99年度訴字第308號判決駁回，原告未提起上訴而告確定，營利事業所得稅依營業稅確定之事實，復查時原告提示日記簿、總分類帳、存貨簿、銷貨發票及傳票暨憑證等，惟未提示各類成本明細帳及相關補助帳簿，其成本仍然無法勾稽查核，乃就其營業收入淨額137,376,282元，按該業同業利潤標準毛利率21％核定營業毛利28,849,019元，減除營業費用及損失13,807,712元（含由非營業損失及費用轉入之呆帳損失801,508元），核算營業淨利15,041,307元，因已逾所得稅法第83條規定計算之營業淨利10,990,102元，遂依查核準則第6條規定按同業利潤標準核定其營業淨利10,990,102元。B.非營業損失及費用：原告原列報非營業損失及費用2,614,383元，原經被告書面審查按申報數核定，惟第2次核定時因原告未提示帳證，乃經全數剔除，經查核結果：a.利息支出1,516,879元：係原告向臺北銀行豐原分行辦理票據貼現融資支應營業所需，原告復查時已提示該分行利息收據，借款人為原告，89年度合計利息支出1,516,879元應予追認。b.報廢固定資產損失71,234元：報廢已達耐用年限之斷路器、電腦及冰箱等26項資產，經查核財產目錄及報廢清單，係報廢前之帳面價值作為報廢損失71,234元應予追認。c.呆帳損失801,508元：係原告銷貨所產生應收帳款及應收票據備抵呆帳提列數，視其性質予以轉正至營業費用及損失。d.地下油槽管線配管損失224,762元：88年間銷貨瑞泰加油站有限公司214,286元及嘉和加油站股份有限公司10,476元之地下油槽管線配管工程，89年度遭退回，因未提示無法修復再出售或報廢損失等核備文件供核，該損失不予認列。綜上，被告第2次核定按該業同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額11,600,509元，惟前揭既經追認非營業損失及費用1,588,113元（利息支出1,516,879元及報廢固定資產損失71,234元），原核定全年所得額11,600,509元應予追減1,588,113元，變更核定為10,012,396元。（2）第3次核定：被告第3次核定以原告未提示帳簿文據供核，按營業收入淨額290,709,615元依同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利23,256,769元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額23,867,176元。查系爭「臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施工程」（總工程款161,000,000元，含稅）從未辦理驗收，實際完成交由委建人受領之日期無法查考，依查核準則規定，及依臺灣高等法院93年度重上字第107號判決書所載，應以89年6月5日取得使用執照為實際完工日期。是被告將該工程收入153,333,333元（161,000,000÷1.05）列入89年度營業收入核無不合，又被告亦分別於95年1月10日及100年2月9日以中區國稅一字第0950002326號及中區國稅法字第1000000650號函請原告提供該工程所得額帳簿文據資料供核，逾期未提示，應依該工程收入153,333,333元按該業同業利潤標準淨利率8％核算漏報營業淨利12,266,6 67元，加計第2次核定營業淨利10,990,102元，本次核定營業淨利23,256,769元，原核定營業淨利23,256,769元尚無不合；惟第2次核定全年所得額既經追減1,588,113元，原第3次核定全年所得額23,867,176元，予以變更核定為22,279,063元。上開事實，除前揭爭執事項外，已為原告所不爭執，復有前開證據可為佐證。另依上開營業收入認定結果，原告因系爭工程實際取得之含稅營業收入，僅有101,730,325元（161,000,000-59,269,675= 101,730,325），扣除5％營業稅後，其實際取得之營業收入淨額僅96,886,024元，且原告迄今並未再舉證證明，其事後已取得之收入仍遭追回求償而短少，應將其短少之金額再自收入淨額中扣除等情。因此，原處分所認定原告89年度之營業收入290,709,615元，即應再減除系爭工程營業損失56,447,309元（未含稅），始為適法。
⒋另最高行政法院102年度判字第12號判決亦針對原告所主
張系爭工程損失103,908,592元，其中超過59,269,675元部分，表示其法律上判斷：「本院之法律見解為：上訴人在本案中不得主張：『上開營業收入淨額為153,333,333元，按同業毛利率23％計算，而得營業毛利35,266,667元，再減除因為該工程所產生之總損失103,908,592元（因為依前開民事判決所載，上訴人對宏恕公司應負擔之損害有：延遲完工罰款32,453,265元、履約保證金及違約金15,000,000元、各式損害賠償56,455,327元，合計103,908,592元），而認其在該工程虧損68,641,925元，且此等虧損亦可在計算上訴人當期營利事業所得稅之應稅所得稅基中扣除』等意見，而對其為『當期（89年度稅捐週期）無所得而有虧損』之核定，因為：A.推計課稅之正當性基礎正在於，原本應用以正確計算該工程營業活動損益之帳證，實際卻不完備以致無法核實勾稽，以致形成工程損益過程（由營業收入減營業成本減營業損費而得）之整體外觀無法清楚呈現，並因此產生：『依掌握之已知具體事實，按同業利潤標準之推計方式，推估應稅所得』之需求。B.若有部分營業損費僅僅在權責發生制之觀點下被認知，有無實際支出卻不清楚。或者雖可確定有實際支出，但其僅是全部損費之一部，對整體營業損費總額之判斷不具指標意義者，該營業損費即不符合核實認列所要求之『可勾稽』標準，而無法採取如上開毛利率推計法，推計營業收入淨額所對應之營業成本，再就營業損費核實認列。C.另外當確定支出或實現之損費，其因支出或實現獲取對待服務或填補損失，如果在性質上不是『營業活動進行中必然發生』者，並與營業收入之取得具有直接連動關係者（主要為工程報酬之短少收取），將之視為營業收入之減項，將更與實情接近，而符合推計課稅之精神。D.本案中上訴人主張前開103,908,592元損失中，超過59,269,675元部分到底有無實際支出，並無證據證明其事，而且該等損失都等到請求業主給付工程報酬時，才經業主主張，與收入多寡有直接之負向連動關係，依上開『推計方法合理性』之法理，應按其實際支付情形，列為現金收付制基礎下營業收入之減項，方與推計課稅之規範意旨相符。」等語明確。以上廢棄理由之法律上判斷，為其廢棄前審判決之基礎，依前揭行政訴訟法第260條第3項規定，本院自應受其拘束。況且，原告亦未就上開超過59,269,675元部分因實際支出而造成之工程損失舉證以實其說，自亦無法採認。
（四）有關原告之營業收入部分：⒈被告認定原告92年度期末在建工程即系爭工程之營業收入
153,333,333元，實際完工日期為89年度6月5日，原告卻帳列預收貨款，經函請原告提示該工程所得額帳簿文據供核，惟原告未提示，乃以第3次核定營業收入淨額290,709,615元，並按鋼材二次加工業同業利潤標準（行業標準代號：2715-11，淨利率8％）核定營業淨利23,256,769元。
⒉經查，原告在經被告查獲系爭工程收入153,333,333元應
列入89年度營業收入之前，被告業已依完工比例法申報工程淨利，有原告89年度工程淨利累計表、商品進銷存表等件在卷足憑（參見原處分卷第30頁、第31頁），並為兩造所不爭執。顯見，本件被告依原告89年度營利事業所得稅結算申報之營業收入137,376,282元，另加計系爭工程之營業收入153,333,333元，乃以第3次核定營業收入淨額290,709,615元，顯然已重複計算當年度已依完工比例法計算申報之工程淨利3,702,868元無訛，被告此部分核定亦有認定事實錯誤之違誤。
（五）有關罰鍰部分：⒈按「納稅義務人已依本法規定辦理結算、決算或清算申報
，而對依本法規定應申報課稅之所得額有漏報或短報情事者，處以所漏稅額2倍以下之罰鍰。」為所得稅法第110條第1項所明定。又行政罰法第7條第1項規定：「違反行政法上義務之行為非出於故意或過失者，不予處罰。」亦即，違反行政法上義務之行為，若係出於故意或過失，即應加以處罰。其中所謂「故意」，係指行為人對所有違反行政法上義務之客觀構成要件要素的認知，以及實現該構成要件之意志而言；至於「過失」，則是指行為人對於違反行政法上義務之構成要件事實之發生，雖非故意，但按其情節應注意、能注意而不注意，或雖預見其能發生而確信其不發生者而言。
⒉本件被告第3次核定原告承包訴外人宏恕公司之系爭工程
，實際完工日期為89年6月5日，應將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入，原告卻帳列預收貨款，涉嫌以負債科目之預收貨款匿列營業收入，違章事證明確；又原告原按完工比例法認列工程利益，至95年1月4日查獲日前，已就該工程累積完工比例59.49％部分自行列報營業收入，被告乃僅就其未認列部分裁處罰鍰，經計算該工程漏報所得額為4,969,226元【153,333,333×8％×（1-59.49％）】，加計漏報利息收入111元，核算漏報所得額4,969,337元及漏稅額1,242,327元（4,969,337元×25﹪－已扣繳稅額8元），且原告於裁罰處分前已書面承認違章事實並承諾繳清罰鍰，遂於第3次核定時按所漏稅額1,242,327元處以0.8倍之罰鍰計993,800元（計至百元止），並經原處分遞予維持。
⒊經查，原告之89年度營利事業所得稅結算申報，其有關系
爭工程之工程損益之計算方法及實際完工日期，營利事業所得稅查核準則第24條第1項至第3項已明定其要件。原告於辦理89年度營利事業所得稅申報時，對應如何申報，理應參照上開法令規定辦理；若對法律之適用及解釋產生疑義時，原告非不可向相關專業機構及人員查詢，於獲得正確及充分之資訊後申報。且依原告在上開與訴外人宏恕公司所進行之前揭給付報酬（工程款）之民事訴訟案件（臺灣高等法院93年度重上字第107號）當中，亦明確主張系爭工程業已完工，僅延遲工期68日或142日，並不爭執已於89年度完工，有上開民事判決書第5頁、第8頁之記載內容可資參照。又該民事判決最終亦認定系爭工程之實際完工日期，應以前臺中縣政府所核發之系爭工程儲槽、圍牆及擋油堤雜項使用執照核准時間為89年6月5日為準。顯見，原告應在申報時即已知悉該項營業收入，然其竟帳列預收貨款，主張尚未完工，縱認其主觀上無違反上開所得稅法第110條第1項規定之故意，亦難謂無過失責任。又上開工程之損益計算方法及實際完工日期，既有客觀且明確之標準，自不得擅以法律見解歧異而主張免責，是原告主張兩造間存有法律見解歧異，並不得據為認定漏稅故意或過失之基礎云云，即非可採。惟原處分所認定原告89年度之營業收入290,709,615元，未依「收入成本費用及損失配合原則」，減除系爭工程營業損失56,447,309元（未含稅），且重複計算當年度已依完工比例法計算申報之工程淨利3,702,868元，有所違誤，俱如前述，自已影響裁罰基礎漏稅額之計算，是原處分關於裁罰部分，亦有違誤，仍難以維持。
八、綜上所述，原處分既有上開原告89年度之營業收入290,709,615元，未依「收入成本費用及損失配合原則」，減除系爭工程營業損失56,447,309元（未含稅），且重複計算原告當年度已依完工比例法計算申報之工程淨利3,702,868元，均所違誤；又該本稅之核定既有違誤，則基於該漏稅額計算之裁罰，自當受到相對影響，茲因稅捐稽徵機關行使其裁罰權係單一而完整之職權，法院無從代為行使，是原處分關於未認列原告89年度營利事業所得稅結算申報系爭工程之工程損失56,447,309元（未稅金額）應列為營業收入之減項部分、重複認列上開工程收入3,702,868元部分及對原告裁罰993,800元部分，均難以維持。從而，被告就上開未於認列、重複認列及罰鍰部分，原告訴請撤銷此部分之訴願決定及原處分，為有理由，應予准許，並由被告重行調查核算暨依其職權重為裁量應處罰鍰之數額。至其餘部分，原處分認事用法尚無違誤，訴願決定予以維持，並無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
九、兩造其餘主張，均不影響本件判決之結果，無庸逐一論究，附此敘明。
據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，爰依行政訴訟法第104條、民事訴訟法第79條，判決如主文。
中 華 民 國 103 年 3 月 20 日
臺中高等行政法院第三庭
審判長法 官 林 秋 華
法 官 莊 金 昌法 官 劉 錫 賢以上正本證明與原本無異。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀，其未表明上訴理由者，應於提出上訴後20日內向本院補提理由書（均須按他造人數附繕本）；如於本判決宣示或公告後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須附繕本）。未表明上訴理由者，逕以裁定駁回。
上訴時應委任律師為訴訟代理人，並提出委任書，但符合下列情形者，得例外不委任律師為訴訟代理人：
┌─────────┬────────────────┐│得不委任律師為訴訟│ 所 需 要 件 ││代理人之情形 │ │├─────────┼────────────────┤│（一）符合右列情形│1.上訴人或其法定代理人具備律師資││ 之一者，得不│ 格或為教育部審定合格之大學或獨││ 委任律師為訴│ 立學院公法學教授、副教授者。 ││ 訟代理人 │2.稅務行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備會計師資格者。 ││ │3.專利行政事件，上訴人或其法定代││ │ 理人具備專利師資格或依法得為專││ │ 利代理人者。 │├─────────┼────────────────┤│（二）非律師具有右│1.上訴人之配偶、三親等內之血親、││ 列情形之一，│ 二親等內之姻親具備律師資格者。││ 經最高行政法│2.稅務行政事件，具備會計師資格者││ 院認為適當者│ 。 ││ ，亦得為上訴│3.專利行政事件，具備專利師資格或││ 審訴訟代理人│ 依法得為專利代理人者。 ││ │4.上訴人為公法人、中央或地方機關││ │ 、公法上之非法人團體時，其所屬││ │ 專任人員辦理法制、法務、訴願業││ │ 務或與訴訟事件相關業務者。 │├─────────┴────────────────┤│是否符合（一）、（二）之情形，而得為強制律師代理之例││外，上訴人應於提起上訴或委任時釋明之，並提出（二）所││示關係之釋明文書影本及委任書。 │└──────────────────────────┘中 華 民 國 103 年 3 月 20 日
書記官 杜 秀 君