最 高 行 政 法 院 判 決
98年度判字第1265號上 訴 人 華儲股份有限公司代 表 人 甲○○訴訟代理人 袁金蘭
林瑞彬 律師被 上訴 人 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 乙○○
送達代收人 丙○○上列當事人間所得稅法事件，上訴人對於中華民國97年12月18日臺北高等行政法院97年度訴字第955號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決廢棄，發回臺北高等行政法院。
理 由
一、上訴人91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，原列報期初餘額新臺幣（下同）144,776,976元及期末餘額負207,384,336元，經被上訴人分別核定期初餘額144,776,976元及期末餘額41,163,244元。嗣上訴人於民國94年7月申請更正列報期初餘額170,879,564元及期末餘額負195,955,304元，被上訴人乃依其90年度經核定之期末餘額170,879,561元，核定91年度期初餘額170,879,561元，減除申請更正89年度營利事業所得稅（以下簡稱營所稅）結算申報經調查核定減少之稅額235,215,368元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營所稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營所稅額2,459,851元，重行核定期末餘額負183,741,007元，並以91年更正退還89年度營所稅235,215,368元，實際上係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，不符所得稅法第100條之1第1項立法意旨，形同政府以稅收補貼上訴人之情形，即超額分配可扣抵稅額183,741,007元，發單補徵應納稅額183,741,007元。上訴人不服，申請復查，經被上訴人復查決定駁回（下稱原處分），提起訴願遭決定駁回後，提起行政訴訟，經原審以97年度訴字第955號判決（下稱原判決）駁回。上訴人仍不服，遂提起本件上訴。
二、上訴人起訴主張：本案退稅非因行政救濟案件確定後所造成，非所得稅法第100條之1第1項所規定要件之涵攝範圍，被上訴人強稱適用並據以向上訴人補徵稅捐，顯增加法律所無之限制，顯有不當解釋法規並違反租稅法律主義之違法。因營所稅申報與核定本具有時間性差異，故股東可扣抵稅額帳戶之申報與核定數本因時間性而於某一時點有所差異，該等差異將隨時間經過自動消除，今上訴人是否能取得被上訴人對其5年免稅之核准，以及核准函之核發時間均非上訴人所能控制，被上訴人核定方式不僅無法因上訴人補繳該稅款而使上訴人之股東可扣抵稅額回復正確狀態，且在被上訴人未明確承諾給予補繳稅款可扣抵以後年度營所稅之下（即備位聲明情況），將使上訴人所取得之5年免稅失去實益，虛增並扭曲上訴人之稅負，形成營利事業階段之重複課稅而與兩稅合一立法意旨有違。被上訴人等於就上訴人申報繳納89年度營所稅之後所發生之事件，回溯調整上訴人之股東可扣抵稅額帳戶，若如此做法為適法，則營利事業於依所得稅法第66條之6計算可扣抵比率時將必須「預估」未來所可能發生之一切變動，顯與該條文有違，且亦違反司法院釋字第151號解釋及本院60年判字第417號判例意旨；況財政部89年7月1日台財稅第000000000號函釋（下稱財政部89年7月1日函釋）已明訂所得稅法第100條之1第1項僅限於稽徵機關依同法第100條第3項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用，更足見被上訴人對上訴人核定之違法。退萬步言，縱認本案有所得稅法第100條之1第1項規定之適用，則被上訴人亦應明確同意上訴人所補繳之稅款可扣抵未來應納之營所稅額，否則其核定即與該條文規定意旨有違且侵害上訴人之權益，亦違反行政程序法有利不利應一律注意之原則，遑論在「信賴保護」原則下，上訴人並無「信賴不值得保護」之情形。另所得稅法第100條之1對於退稅時應以股東可扣抵稅額帳戶餘額為限之規定，乃為被上訴人處理退稅時應注意之責任，超過股東可扣抵稅額帳戶餘額部分本應由被上訴人依法准予留抵未來應納稅額，並非法定之應經申請方得享有事項。被上訴人不得任意撤銷原處分並以新處分代之，否則應補償上訴人因而所遭受財產上之損失（即准許上訴人補繳之稅款得扣抵以後年度應納稅額）等語，為此，訴請先位聲明將訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。備位聲明：維持原處分、復查及訴願決定。被上訴人應作成「上訴人應補繳股東可扣抵稅款183,741,007元，上訴人於補繳前開稅額同時核發同意該補繳稅款可扣抵未來上訴人應納營所稅之許可證明。」
三、被上訴人則以：依所得稅法第100條之1第1項立法意旨可知，股東可扣抵稅額帳戶不論是分配時或退稅時，皆應以該帳戶餘額為最低分配或核退數額。依兩稅合一的基本立法精神，營利事業得分配其所繳納之營所稅予其股東或社員，抵繳其股東或社員之個人綜合所得稅，必須是實質上營利事業已繳納營所稅予政府，始得分配抵繳股東或社員之個人綜合所得稅。上訴人於90年12月4日已知悉其獲准自89年度起連續5年免徵營所稅，又明知已將89年度所自繳之營所稅已分配予股東，卻仍向被上訴人申請更正退還全額89年度營所稅稅額248,547,580元，而未依規定更正並正確計算股東可扣抵稅額，復於91年6月3日分配90年度盈餘，又貸出股東可扣抵稅額103,279,512元，嗣經被上訴人核定其申請退還89年度營所稅，退稅金額為235,215,368元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致上訴人股東可扣抵帳戶餘額為負183,741,007元，上訴人實質上並未繳納營所稅，卻超額分配股東可扣抵稅額183,741,007元予股東扣抵個人綜合所得稅，從而被上訴人核定補徵其超額分配稅額183,741,007元，並無不妥。另上訴人申請退稅年度之股東可扣抵稅額帳戶餘額產生負數之原因，並非單純由於申請退還已取具89年度5年免稅核准函繳納之89年度營所稅自繳稅額，尚包含退稅當年度上訴人於股東會決議盈餘分配予股東所帶出之可扣抵稅額，上訴人主張被上訴人應核發同意該補繳稅款可扣抵未來上訴人應納營利事業所得額之許可證明乙節，顯屬無據等語，資為抗辯，求為判決駁回上訴人之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據結果，以：甲、先位之訴部分：(一)所得稅法第100條之1第1項規定，稽徵機關就經行政爭訟確定而退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額，考其立法理由乃：「營利事業所得稅係落後徵收，稽徵機關對於營利事業所得稅結算申報案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業申請行政救濟案件之核定，更是落後多年，稽徵機關依同法第100條第3項規定，對於營利事業行政救濟案件核定退稅時，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於退稅額時，表示營利事業已將行政救濟繳納之1/2所得稅額部分或全部分配於股東或社員扣抵，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配於股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。但為避免扭曲營利事業之稅負，爰於但書明定，其未退還部分，營利事業可留抵以後年度應納之營利事業所得稅，藉其以後年度應納稅額及可扣抵稅額之減少，調整營利事業與其股東間之稅負。」按納稅義務人適用租稅優惠規定時，常須申請核准（如促進產業升級條例規定），其申請時日與獲准時日暨適用租稅優惠之始點，未必一致；對於納稅義務人繳納當年度營所稅額，並將該稅額列入股東可扣抵稅額帳戶，分配予股東後始獲當年度免稅通知，而應退稅之情形，實亦與所得稅法第100條之1第1項所欲規範因不可歸責於徵納雙方之時間差因素，致應退還之稅額有部分或全部已經營利事業分配予其股東或社員，若予退還，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，是認於此情形，雖非屬該條所規定之行政爭訟程序確定後之退稅，然此退稅既會產生與該條所欲規範情形之相同情事，在該法立法目的範圍，自應為相同處理，而應類推適用該規定。(二)上訴人因向財政部申請從89年度起適用5年免納營所稅，其免稅之核准落後申請時日，致於退稅時，亦有與上述因行政爭訟程序之延宕而所退稅額乃已經營利事業分配予股東扣抵之情形，是認應類推適用所得稅法第110條之1（按應為第100條之1）第1項規定，於退稅時僅得以該帳戶餘額為核退數額。而其因全額退稅致上訴人股東可扣抵稅額帳戶於系爭年度之期末餘額為負183,741,007元即係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，而補徵該等稅額，實乃撤銷原核定退稅235,215,368元處分中就該183,741,007元部分之處分，並請求上訴人返還因該被撤銷部分所受領之給付，此參被上訴人訴訟代理人於言詞辯論期日所述：「當初被上訴人機關核退時有疏失，所以才會全部退稅，事後請上訴人補繳。」可明。依行政程序法第117條、第118條及第127條前段規定，尚無不合，並非回溯調整上訴人之股東可扣抵稅額帳戶。(三)財政部89年7月1日函釋係針對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第100條第3項規定適用而為，與本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形有別。乙、備位之訴部分：被上訴人因上訴人取得免稅核准而退還其已繳之89年度營所稅部分，應類推適用所得稅法第100條之1第1項規定；而就未退還部分係留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅，乃類推適用該規定之當然結果，並無何應另行發給可扣抵未來應納營所稅之許可證明規定，上訴人亦未提出此部分之法令依據。況有關「留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅」係以稽徵機關將應退稅額保留未予退還為前提，本件退稅已經全數退還上訴人，而上訴人迄言詞辯論終結前，並未將系爭補徵之稅額繳還被上訴人，被上訴人發單補徵系爭稅額復係基於違法行政處分撤銷後，依行政程序法第127條規定之返還請求權，與就所得稅法第100條之1第1項後段所規定之「就未退還部分係留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅」並不具對待給付關係等由，而駁回上訴人在原審之訴。
五、本院按：
(一)原判決認本案上訴人因經財政部核准自89年度起連續5年免徵營所稅，而發生被上訴人應退上訴人原繳之89年度營所稅稅款之類型，應類推適用所得稅法第101條第1項規定，於退稅時僅得以股東可扣抵稅額帳戶餘額為核退數額，被上訴人以退稅中183,741,007元是分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，而補徵該稅額，是依行政程序法第117條、第118條及第127條規定，撤銷原核定退稅235,215,368元處分中就該183,741,007元部分之違法處分，並請求上訴人返還因該被撤銷部分所受領之給付。惟依行政程序法第121條第1項規定，同法第117條撤銷權之行使，應自知有撤銷原因時2年內為之。依原判決認定之事實，被上訴人於91年11月26日送達核定退稅通知書，而原處分係於95年5月間作成，相距已近3年半，原審法院未就被上訴人於何時知悉有撤銷原因，其行使撤銷權是否已逾2年除斥期間，依職權查明或闡明兩造就此重要爭點為攻擊防禦，逕認被上訴人得部分撤銷原核定退稅處分，不適用行政訴訟法第125條規定不當。
(二)所得稅法第100條之1規定：「稽徵機關依第100條第3項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」財政部89年7月1日台財稅第000000000號函釋：「主旨：87年度或以後年度營利事業所得稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第100條第3項規定之適用。說明：所得稅法第100條之1第1項有關稽徵機關退還營利事業87年度或以後之所得稅款時，應就退稅時營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還之規定，僅限於稽徵機關依同法第100條第3項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用。至於稽徵機關原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數。）」已明言所得稅法第100條之1第1項僅限於稽徵機關依同法第100條第3項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用，而且承認因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數之情形。原判決僅取該函釋「說明」欄之後段，認該函釋係針對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第100條第3項規定適用而為，與本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形有別，尚有未合。何況對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅，其原因有可能係可歸責納稅義務人，此種情形既已無所得稅法第100條第3項規定之適用，舉輕以明重，在如本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形，更應無所得稅法第100條第3項規定之適用。依兩造於原審提出之書狀中主張，上訴人係於90年12月4日獲財政部准許自89年度起連續5年免徵營所稅，惟於原審準備程序中，上訴人陳述其於91年1月31日始獲得自89年度起連續5年免徵營所稅核准函，致上訴人究係於何時獲財政部准許自89年度起連續5年免徵營所稅之事實不明。苟上訴人確係於90年12月4日獲財政部准許自89年度起連續5年免徵營所稅，上訴人於此時即發生向被上訴人請求作成退還其原繳之89年度營所稅之行政處分之權利，其退還稅款範圍，屬於實體事項，依「實體從舊」之法律適用原則，應依當時之法令規定決定之。財政部89年7月1日函釋雖未編入財政部稅制委員會編印之90年版之「所得稅法令彙編」，亦是自91年1月1日起不再援引適用(見財政部90年11月30日台財稅第0000000000號函)，其在90年間尚屬有效之函釋，於本案仍可適用。即使該函釋未編入上開90年版之「所得稅法令彙編」，係因其解釋內容不正確而廢止之，依稅捐稽徵法第1條之1但書規定之反面解釋，亦應適用有利於上訴人之該函釋於本案。
(三)原判決以上訴人在言詞辯論終結前，未將系爭補徵之稅款繳還被上訴人，作為駁回上訴人之備位之訴之重要理由。然上訴人在言詞辯論終結前，是否完全未繳納系爭補徵稅款，兩造於原審均未就此有所陳述主張，原審法院亦未就此事實為調查，其逕認上訴人未將系爭補徵之稅款繳還被上訴人，認定事實未憑證據，違反證據法則。
(四)綜上所述，原判決有適用法規及不適用法規不當和違反證據法則之違背法令事由，其或為上訴意旨所指摘，或為本院依職權調查所得，是上訴人求予廢棄，為有理由。因原判決違背法令影響事實之確定及判決結果，自應由本院將原判決廢棄，發回原審法院更為審理。
六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。
中 華 民 國 98 年 10 月 22 日
最高行政法院第五庭
審判長法官 黃 璽 君
法官 楊 惠 欽法官 劉 介 中法官 吳 東 都法官 陳 金 圍以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 98 年 10 月 26 日
書記官 郭 育 玎