最 高 行 政 法 院 判 決
99年度判字第918號上訴人（原審原告） 宏達國際電子股份有限公司代 表 人 甲○○訴訟代理人 乙○○ ○○ （兼送達代收人）
高文宏許祺昌上訴人（原審被告） 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 吳自心上列當事人間營利事業所得稅事件，兩造對於中華民國98年12月10日臺北高等行政法院97年度訴字第2501號判決，各自提起上訴，本院判決如下：
主 文兩造上訴均駁回。
上訴審訴訟費用由兩造各自負擔。
理 由
一、緣上訴人宏達國際電子股份有限公司（下稱宏達公司）經營電腦製造業務，民國89年度（下稱1增）、90年度第1次增資（下稱2增）及90年度第2次增資（下稱3增）分別經核准增資擴展，選定於如附表所示免稅期間及免稅計算公式，就其新增所得免徵營利事業所得稅。92年度原列報免稅所得1,291,120,885元，研究與發展支出823,960,097元，可抵減稅額323,217,370元。上訴人財政部臺灣省北區國稅局（下稱北區國稅局）初查，以經上訴人宏達公司未能提供各次新增符合投資計畫產品銷貨量及計算明細供核，核定免稅所得0元；嗣依據上訴人宏達公司之申請，以：⑴3增係以研發支出為要件核准免稅，上訴人宏達公司逾期未選定免稅計算公式，應依財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第15點第2項第1款及92年5月9日台財稅字第0920452718號令發布計算要點㈡第3點規定附件所列公式計算免稅所得。⑵財產目錄之模具設備核屬生產用機器設備之範圍，1增及2增之模具設備金額分別為109,677,002元及75,196,359元，應計入免稅產品機器設備比率分母，核算機器設備比率分別為42.04%及11.85%。⑶免稅產品Smar
t phone之銷貨收入淨額3,340,037,875元，依2增及3增核准設備清單比率分別計算銷貨收入560,477,413元及2,779,560,462元等理由，更正核定免稅所得為759,943,483元。對於研究與發展支出抵減稅額部分，初查則以其中研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資44,545,466元、專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本8,795,989元、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用63,967,768元，與行為時公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法（下稱研發抵減辦法）不合，否准認列。上訴人宏達公司不服，申經復查，上訴人北區國稅局就上訴人宏達公司提示之設備清單、經濟部工業局核准函、重要科技事業完成證明、新興重要策略性產業完成證明、會計師補充說明函及財政部臺北市國稅局書函等資料查核以：⑴上訴人宏達公司主張部分模具係其提供機殼供應商使用，不應列入機器設備比之分母項下，上訴人北區國稅局以系爭模具既已列入其財產目錄並提列折舊，係屬資本設備，原查認屬機器設備之範圍並列入機器設備比分母中，應無不合。⑵原核定於計算2增機器設備比率時，誤將3增因出售報廢之核准免稅設備16,759,496元自2增機器設備比分子及分母中減除，准予加回，重行核算2增機器設備比率為13.98%。⑶原核定於計算3增研發支出比率時，其中基準年度（89年度）研發支出金額，應以核定數227,304,516元，列入研發支出分子之減項，經重行核算研發支出比率為
67.83%。⑷Smart phone之銷貨收入淨額3,340,037,875元，係經2增及3增分別核准生產之免稅產品，因上訴人宏達公司無法合理區分2增及3增之銷貨量，分別依其核准設備清單比率分別計算銷貨收入560,477,413元及2,779,560,462元並無不合。⑸原核定3增部分，上訴人宏達公司選定以研發支出比率為要件，申請免徵營利事業所得稅，惟未依免稅所得計算要點㈡規定，選定免稅計算公式，原查以其附件所列公式計算免稅所得並無不合。另原核定全年所得額2,311,663,527元，因追認其他損失10,668,019元，致變更核定2,300,995,508元，並重行核算免稅所得800,387,152元（如計算表），原核定免稅所得0元，應予追認800,387,152元，其餘復查申請駁回。嗣上訴人宏達公司就免稅所得及研究與發展支出抵減稅額關於研發薪資、委外認證及測試所支出費用部分，仍表不服，循序提起行政訴訟，經原審法院判決撤銷訴願決定及原處分（即復查決定不利於上訴人宏達公司部分）關於否准免稅所得額認列部分，並駁回上訴人宏達公司其餘之訴後，兩造均不服，遂提起上訴。
二、上訴人宏達公司於原審起訴主張：㈠免稅所得部分：⒈依財政部97年10月9日台財稅字第09704027220號函（下稱97年10月9日函），系爭模具既經認定為非生產用機器設備，自無須計入2增及3增資所適用生產用機器設備比率之分母，並非以按手機機殼之利潤貢獻度拆算「投資計畫產品收入淨額」為適用之前提；於計算機器設備比率時，其分母中「經核准並完成投資計畫全新設備清單以外之機器及設備總金額」，本應排除與生產無關之機器設備，與是否取得目的事業主管機關之核准或列入財產目錄提列折舊無涉，上訴人北區國稅局如主張同時應按手機機殼貢獻度拆算免稅產品收入淨額，應由其負舉證責任。⒉經濟部工業局97年8月22日工電第00000000000號函及財政部賦稅署96年3月14日『研商模具及研究發展設備適用新興重要策略性產業5年免徵營利事業所得稅計算相關疑義』會議記錄均未認為主張模具不應計入機器設備比率之分母，同時亦須按利潤貢獻度拆算免稅產品收入淨額。97年10月9日函說明四、後段規定，似另行附加限制，而有損於納稅義務人之權利，於本件應無依此拆算免稅產品收入淨額之必要。⒊上訴人北區國稅局所舉之財政部61年8月25日台財稅字第37229號函函釋，主張模具如不欲計入機器設備比率之分母，應「取得目的事業主管機關證明」，則屬增加法律所無之限制，且與97年10月9日函有違，此亦為本院98年度判字第662號判決及臺北高等行政法院96年度訴字第1670號判決所肯認；另上訴人宏達公司依經濟部工業局94年12月13日工電字第09400714100號函復（下稱94年12月13日函）與產製無關之模具，係供舊產品維修用，而與本件系爭模具無關。⒋上訴人北區國稅局將分別依2增及3增核准設備清單比率分攤，有悖於免稅所得計算要點第15點第2項第1款規定；又免稅所得計算要點第20點係指不同計畫分別適用促進產業升級條例第8條、第9條及第9條之2之情形，本件上訴人宏達公司並無其規定之情形，上訴人北區國稅局據以分攤Smart phone銷貨收入，顯有認事用法之違誤。⒌上訴人宏達公司3增所適用之研究與發展支出比率，上訴人北區國稅局依財政部92年5月9日台財稅字第0920452718號函（下稱92年5月9日函），以上訴人宏達公司未於該函發布後3個月內選定公式，逕依該函附件公式計算其免稅所得，揆諸司法院釋字第474號解釋及本院96年3月份庭長法官聯席會議㈠決議所示意旨，顯與法律保留原則有違。㈡研究與發展支出適用投資抵減稅額部分：⒈本件周永明等116人確屬配置於研究發展單位之專業研究人員，其薪資應得核實認列，因上訴人宏達公司所申報周永明等116位研發人員之薪資，均為實際參與各研發專案之人員，其研發成果亦已申請專利或有研發紀錄供核；原查僅以工作執掌說明即認前揭人員非屬專門從事研究發展工作之全職人員，其認事用法顯有率斷。⒉上訴人北區國稅局以公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點（下稱研發抵減辦法審查要點）「壹、研究與發展支出」認定原則第五點規定，作為否准本件委外測試費用認列之依據，惟93年10月26日始增訂之審查要點規定顯屬增加法令所無之限制，且其對於受託測試單位新增之限制，非純屬解釋性之行政規則，上訴人北區國稅局執此規定作為否准本件委外測試費用之依據，已與近來本院97年度判字第520號及98年度判字第1169號判決意旨不符等語，為此請求判決撤銷訴願決定及原處分（含復查決定）不利上訴人宏達公司部分。
三、上訴人北區國稅局答辯意旨略謂：㈠免稅所得：⒈依行為時促進產業升級條例第8條之1第2項第2款及第9條第2項第2款規定、免稅所得計算公式及相關法令規範觀之，所謂「免稅所得」係於「免稅期間」以「核准免稅設備」「自行生產」「核准免稅產品」並「銷售」所產生之所得之謂，換言之，公司要享有5年免稅投資計畫者，係利用經核准之機器設備自行施作而達成免稅產品之生產所增加之所得始准予免稅，又上訴人宏達公司不符合獨立計算要件，即上訴人宏達公司無法明確區分何項設備屬生產免稅產品及何項設備屬生產非免稅產品，且上訴人宏達公司選擇採增加銷貨量方式之公式計算免稅所得，即需自「全年所得」乘「收入比」，計算出免稅收入，然此免稅收入究竟係由多少經核准之免稅設備生產製造，因為無法明確區分，故須再乘以「機器設備比」予以計算。⒉機器設備比公式，分子為「經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額」（下稱核准設備），分母為「核准設備+經核准以外設備」而上訴人宏達公司分母部分除須取得主管機關之證明外，經核准以外設備原則上係指基準年度起取得之原有機器設備，即包含生產工廠自基準年度起取得之全部機器設備在內，又「機器設備比」是考量機器設備之利用，至於該機器設備是由上訴人宏達公司於生產工廠內直接使用或提供外包廠商使用，非「機器設備比」所規範之範疇，且依免稅所得計算公式及相關法令規定觀之，並無機器設備一定要在廠區內使用之限制。模具應否納入機器設備比分母「經核准以外設備」部分，首應審究者即模具是否為「機器設備」？次應查明者為本件模具是否參與產製免稅產品？再查明者為是否符合特別規定或取得目的事業主管機關證明？本件上訴人宏達公司因委託加工特定產品之需要，將模具交由外包廠商使用，藉此提供符合上訴人宏達公司所需規格之材料或指定需求之產品，該模具成本屬生產成本其理至明，縱非屬增加產量之生產設備，然其增加生產成本，與其免稅係依原有機器、設備（成本）之產量予以免稅者即生影響，上訴人北區國稅局於計算免稅所得將模具設備予以列入機器設備比分母計算，並無違誤。⒊又本件系爭模具設備，上訴人宏達公司已取得94年12月13日函，模具、治具等設備於92年度參與產製產品設備之取得成本為111,029,151元，非參與產製產品設備之取得成本為90,538,214元之證明，上訴人北區國稅局於計算免稅所得時將參與產製產品之模具計入1增及2增機器設備比分母計算，即無不合。⒋97年10月9日函係針對手機整機組裝廠商，因目的事業主管機關認為全新設備清單註記模具具有『定期汰舊』特性實有困難，則該模具不計入機器設備比率之分母及分子，惟須按其利潤貢獻度拆算收入比率之分子，惟本件上訴人宏達公司系爭模具既經取得經濟部工業局證明係參與產製產品設備已如前述，況模具是否參與產製產品是事實認定問題，在94年12月13日函並非當然錯誤（即確有違法之情形）下，該行政處分已確定，為維持法律秩序之安定，即不受後釋示之影響。準此，本件即無97年10月9日函之適用。⒌本件上訴人宏達公司既選擇免徵營利事業所得稅，即應依92年5月9日函選擇免稅所得之計算公式，上訴人宏達公司對於自身之權益怠於行使，稅捐稽徵機關為執行稽徵業務需要，自得以計算公式中擇一規定，據以核定其免稅所得，況該公式何者對納稅義務人有利，須視個案而定，是上訴人宏達公司稱上訴人北區國稅局以行政命令增訂公司3個月內未選定計算公式即失權利之時效規定，已影響上訴人宏達公司所得享有之免稅權利，顯有誤解。上訴人宏達公司3增之免稅所得，自行選定延遲開始免稅期間91年1月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅，經查上訴人宏達公司91年度營利事業所得稅結算申報，誤以資本額及購置設備為要件，採增加銷貨量方式計算，原查以3增係以研發支出為要件核准免稅，上訴人宏達公司因逾期未選定免稅計算公式，上訴人北區國稅局遂依免稅計算要點附件所列公式計算免稅所得，嗣上訴人宏達公司92年度營利事業所得稅結算申報，仍續誤以資本額及購置設備為要件，採增加銷貨量方式計算，是92年度既仍未選定免稅計算公式，又核准免稅期間內，其免稅所得額計算方式，均須一致，準此，依免稅所得計算要點規定，原核定並無不合。⒍上訴人宏達公司92年度之免稅產品Smart phone之銷貨收入淨額3,340,037,875元，既經2增及3增分別核准生產之免稅產品，因上訴人宏達公司未能合理區分2增及3增之銷貨量，上訴人北區國稅局依其核准設備清單分別為119,168,226元及590,987,757元，分別計算銷貨收入560,477,413元及2,779,560,462元並無不妥，上訴人宏達公司主張依計算要點第15點第2項第1款規定，Smart phone之收入全部由3增產出之貢獻，顯然與事理有違及誤解該款規定。⒎所得免稅要點第20點規定所指分別適用本條例第8條、第9條、第9條之2股東投資抵減或5年免徵營利事業所得稅之獎勵者，係指同一課稅年度內有多次經核准之投資計畫，且均生產同類產品，並採全部機器設備比方式計算、採增加銷貨量方式計算或採研發比方式計算，即有「以該類產品各次投資計畫皆按第7點或全部按第8點計算之免稅所得額二者較高者為限」之情形，並未限縮需同時適用第9條及第9條之2規定，上訴人宏達公司所稱僅適用第9條規定不適用免稅所得計算要點第20點之要件，顯係誤解。㈡研究與發展支出適用投資抵減稅額部分：⒈依促進產業升級條例第1條第1項、第6條第2項、研發抵減辦法第2條第1項第1款、第4款、第6款至第8款及第2項規定可知，為鼓勵企業對生產技術之基礎研究與發展，以突破我國產業再邁向現代化技術密集產業之瓶頸，方予訂定促進產業升級條例，以促使國內產業從事開發新產品或新技術或對現有產品生產技術作重大突破所從事之研究工作，故促進產業升級條例就研究發展所重視者係其研究發展之過程，不在於有無成果，而就其研究發展過程須有相關之事證以資佐證，故依研發抵減辦法規定，應由上訴人宏達公司提示各項研究計畫、研究紀錄或報告，以憑認定工作人員是否實際擔任研發工作及確有從事研發之事實，始准予抵減稅額。上訴人北區國稅局以上訴人宏達公司所提供研發人員名冊所載工作部門及工作內容等資料審核，以系爭周永明等116人係負責協助掌控產品專案計畫進行、產品安全檢測及認證、文件管制、安規認證、解決軟體客服問題及保固維修、協助處理廠商及聯絡事宜、試產物料準備、歸檔及資料整理等，核非屬專門從事研究發展工作之全職人員，否准認列渠等薪資45,389,280元適用抵減範圍，惟較原核定誤植之44,545,466元為高，基於行政救濟不得為更不利於上訴人宏達公司之決定之法理，仍維持原核定44,545,466元，經核並無不合。
⒉上訴人宏達公司主張周永明等116人，均為實際參與各研發專案之人員，其研發成果已申請專利或有研發紀錄乙節，經查上訴人宏達公司僅提示專利證明書6份及電路板制作規格檢查表13頁，並未有完整、具體之研發計畫，無法證明其係自行研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術或改善製程，亦無法確認所提示之專利證明書及電路板制作規格檢查表係92年度已量產之產品或研發之新產品。次查，上訴人宏達公司迄未提示任何相關之作業日誌或工時紀錄及實際參與研發工作（如各成員於各研發階段之工作報告暨實施方法等詳實記載之紀錄）等具體事證查核，且依渠等人員之工作內容，自難信渠等為研究發展單位專業研究人員。⒊依審查要點附表項目壹、三、認定原則一前段及壹、六、認定原則一規定，上訴人宏達公司92年度委外認證及測試研發樣品所支出之費用原列報於「專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用」項下，列報委外認證及測試研發樣品通訊功能、輻射、高空壓力及耐熱度等費用63,967,768元，上訴人北區國稅局初查以其係屬委外測試之費用，其測試單位未符合首揭研發抵減辦法審查要點附表項目壹、認定原則三、（五）規定否准認列，復查時又主張轉列至「具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」項下，依前揭規定，仍無本款之適用。⒋93年10月26日增訂之審查要點係財政部本於中央稅捐主管機關職權，為執行促進產業升級條例第2條第1項及研發抵減辦法之必要，就適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件等細節性、技術性事項而訂立之行政規則，並未逾越法令之規範意旨及限度，亦未增加法律所無之限制或負擔，且亦非於法律規定之外，另行創設新的權利、義務，因此，行政機關辦理相關案件時，自可援用研發抵減辦法及審查要點之規定。93年研發抵減辦法審查要點有關受託測試單位應符合本辦法第2條第1項第7款、第8款或第9款規定部分，僅係就研發抵減辦法之規定予以闡明揭示，況無論財政部89年4月21日訂定或93年10月26日修正後之研發抵減辦法審查要點規定，其附表均僅規定適用投資抵減之各項支出內容、認列原則或應檢附之證明文件，並未牴觸研發抵減辦法第2條第1項第7款及第8款規定，是縱無93年研發抵減辦法審查要點之適用，依研發抵減辦法第2條規定，受託測試單位本不得逾越研發抵減辦法之限度，上訴人宏達公司指摘上訴人北區國稅局引用93年10月26日修正發布之研發抵減辦法審查要點，係增加納稅義務人法律所無之限制，並違反租稅法律原則與信賴保護原則乙節，顯係誤解等語。
四、原判決撤銷訴願決定及原處分（即復查決定）關於否准免稅所得額認列部分，並駁回上訴人宏達公司其餘之訴，其理由略以：㈠免稅所得部分：⒈財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布免稅所得計算要點第7點第1項及其頒布之計算公式，乃稅捐主管機關財政部基於職權，為利其下級稅捐稽徵機關辦理營利事業依促進產業升級條例抵減稅額事宜所訂定，其內容顯示免稅所得所由產生之理由，合於實務，於法無違，自得援用。本件上訴人宏達公司選擇採增加銷貨量方式之公式計算免稅所得，即需自「全年所得」乘「收入比」，計算出免稅收入；然此免稅收入究竟係由多少經核准之免稅設備生產製造，因為無法明確區分，故須再乘以「機器設備比」予以計算。⒉免稅所得計算要點為計算免稅收入由核准之免稅設備所產製之金額若干，係以「機器設備比」之概念予以區分；機器設備比之公式，分子為核准設備，分母為「核准設備+經核准以外設備+租借設備」，其邏輯在於核准設備占所有產製設備之利用率。故納入比例計算之金額，不論分子或分母，均應與產製有關，如與產製無關之倉庫設備、行銷設備等，即不應予以列入，始符該計算式之精神。故本件所爭執之模具，雖上訴人宏達公司主張係其提供上游機殼供應商用於製造機殼之用，惟上訴人宏達公司既係手機製造廠商，凡屬手機製造流程所必需之機器設備均應納入計算式之用，至於模具設備係自行使用或交予外包廠商代工使用，均非所問，方符精確計算免稅設備所產出之免稅收入金額之意旨。本件上訴人宏達公司因委託加工特定產品之需要，將模具交由外包廠商使用，藉此提供符合上訴人宏達公司所需規格之材料或指定需求之產品，該模具成本屬生產成本其理至明，縱非屬增加產量之生產設備，然其增加生產成本，與其免稅係依原有機器、設備（成本）之產量予以免稅者即生影響，上訴人北區國稅局於計算免稅所得將模具設備予以列入機器設備比分母計算，並無違誤。⒊財政部91年6月18日台財稅字第0910453513號函之意旨也是排除與產製無關之機器設備納入計算公式之內；又有關計算公式之各項要素均影響於免稅所得計算之結果，免稅所得既獲得免稅優惠，則與免稅所得金額多寡相關之事項包括計算式之各項要素，原則上納稅義務人均負有舉證責任，上開函釋指出由目的事業主管機關出具清單證明與產製無關者，即得排除計入計算式之內，無非指明納稅義務人之證據方法，並非對於人民之權利增加法律所無之限制，於法並無違誤，自得予以適用；上訴人宏達公司取得94年12月13日函，模具、治具等設備於92年度參與產製產品設備之取得成本為111,029,151元，非參與產製產品設備之取得成本為90,538,214元之證明，上訴人北區國稅局於計算免稅所得時將參與產製產品之模具計入1增及2增機器設備比分母計算，即無不合；工業局依據上訴人宏達公司提示之模具清單與上訴人宏達公司經核准增資擴展生產之產品核對證實，系爭模具為參與產製產品設備，並以附件表列「未參與產製產品設備之取得成本」，及「參與產製產品設備之取得成本」，即已將參與之成本獨立載明為111,029,151元，上訴人北區國稅局依此證據方法所得之數據予以計算，並無違誤。⒋97年10月9日函已說明為精確析算新增設備對於免稅所得之貢獻程度，乃有機器設備比之設計，而其計算式之意旨在於反應新增設備占全部與產製相關之機器設備之比例，故凡與產製相關之機器設備均應納入分母之列，不因其是在廠區內或廠區外使用而有差別。上開函釋指機殼模具係供上游機殼供應商使用，即毋庸列入機器設備比之分母，與免稅所得計算要點之精神不符。且本件系爭模具既已經工業局個案審認其應歸屬參與產製之設備，自無以徒憑針對通案所為之會議結論即遽予推翻。⒌上訴人宏達公司主張系爭模具係上訴人宏達公司提供供應商生產主要零組件，其地位與原料無異，而與增資擴展增加產能無關及租（借）機器設備，需將出租（借）人之取得成本，列為承租人機器設備比分母C，依法律體系解釋，其相對於出借人於機器設備比分母B部分應不包括租（借）機器設備予他人部分以免重複，否則承租人與出租人雙方均同時適用免稅獎勵，則需同時計入雙方機器設備比分母之不合理情事乙節。查上訴人北區國稅局已指明模具外包商製造之零組件及外殼，一般僅係代工性質，不致為促進產業升級條例所欲獎勵之範圍。又縱有上訴人宏達公司所指同時適用免稅獎勵之情形，同一模具同時列為出借廠商機器設備比之分母Ｂ項，及外包廠商機器設備比之分母Ｃ項，其意旨均在反應各該廠商之新增設備，相對於全部用為產製過程之機器設備之比例，精確計算新增設備之貢獻度，並無不當。⒍上訴人宏達公司3增擇定適用90年2月20日新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（下稱獎勵辦法）第2條第3款規定，惟依當時獎勵辦法並未規定免稅所得之計算方式，迄90年12月27日始增修獎勵辦法，並有第17條第1項、第2項及第3項等規定，第18條並規定自91年1月1日起施行。而財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令亦發布免稅所得計算要點，第8點第1項規定之研究與發展支出比率之計算為當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率除以2％，與獎勵辦法90年12月27日增修之第17條第2項規定之意旨相同，該要點之適法性自無疑議。惟92年5月9日函關於研究支出比率之計算則有所不同，另立不同於獎勵辦法所規定研發支出比之計算方式，且規定適用之企業應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於該令發布日起3個月內，選擇所欲適用之研發支出比，逾期即喪失以有利之計算式核算稅額之機會，顯然違反法律保留原則，故92年5月9日函有關於本件之研發支出比之計算式違反具有授權命令性質之90年12月27日獎勵辦法第17條第2項、第3項規定；及其計算式之選擇期限，涉及人民權利之行使，應由法律，或基於法律授權始得以法規命令加以規範，乃財政部未經授權逕以92年5月9日函規定納稅義務人行使研發支出比計算式之選擇期限，違反法律保留原則。⒎依免稅所得計算要點之第7點第1項第2款、第8點第1項、第15點第2項第1款、第20點規定，係就同一課稅年度有不同計畫採不同獎勵方式、要件、計算方式時，規定應如何合理計算其免稅所得額，上訴人宏達公司92年度Sm
art phone之免稅所得計算，按該Smart phone分屬2增、3增之免稅產品，而各次增資之免稅所得計算公式分別為採增加貨量方式及研發支出比之方式計算，上訴人北區國稅局認應依免稅所得計算要點予以計算，並無違誤，惟上訴人宏達公司既有指摘，且未經分算結果，究不能以計算式繁雜為由，遽予推測利與不利。是本件上訴人北區國稅局既有未依免稅所得計算要點第20點計算各次增資產品之免稅所得，此部分應由上訴人北區國稅局重為核算，上訴人宏達公司於上訴人北區國稅局重為核算之調查過程中，應盡其協力義務提出92年度分屬2增、3增之Smart phone銷貨量。㈡研究與發展支出適用投資抵減稅額部分：⒈周永明等116人係負責協助掌控產品專案計畫進行、產品安全檢測及認證、文件管制、安規認證、解決軟體客服問題及保固維修、協助處理廠商及聯絡事宜、試產物料準備、歸檔及資料整理等，上訴人北區國稅局審認非屬專門從事研究發展工作之全職人員，乃否准認列渠等薪資適用抵減範圍。經查該周永明等116人之工作項目乃上訴人宏達公司自行呈報，上訴人宏達公司並未主張其中有無錯誤，上訴人北區國稅局據以審核其工作性質，確非屬從事研發工作之全職人員無誤，則上訴人北區國稅局予以否准，自屬有據。又經核上訴人宏達公司起訴後檢附專利證明書6份及電路板制作規格檢查表13頁，僅能證明獲得專利及其規格內容，也無以證明該116人實際全職從事研發工作。上訴人北區國稅局指明上訴人宏達公司應提出完整、具體之研發計畫，以證明其係自行研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術或改善製程；及應提出如各成員於各研發階段之工作報告暨實施方法等詳實記載之紀錄等具體事證，無非曉諭其盡舉證責任以獲致確信，於法並無違誤。⒉上訴人北區國稅局以上訴人宏達公司92年度委外認證及測試研發樣品所支出之費用原列報於研發抵減辦法第2條第1項第6款「專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用」項下，復查時又主張轉列至第3款「具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」項下，依研發抵減辦法第2條第1項之規定，前者依文義解釋係購買或使用第三者之專利權、著作權或專用技術，供上訴人宏達公司研究發展之用，後者係指購買或自行產製之消耗性器材、原材料及樣品三項供研究之用，而上訴人宏達公司係委託他人測試所支出之費用，性質顯不相同，自不符合各該規定。又抗辯主張第1款至第6款所規定之研發支出費用，包括研發人員薪資、消耗性器材、購置設備、專利權、專用技術及建物折舊觀之，皆是公司投入研發工作所直接產生之費用，至第7款至第9款為前述各款之補充條款，鑑於公司本身能力或其他成本考量，有委託他人研究時，始有適用之可能等語，核與法條文義相符，應可成立。是上訴人宏達公司主張之委外測試費用，經上訴人北區國稅局按研發抵減辦法第2條第1項各款逐一審視結果，均有未合，乃予以否准扣抵，並無違誤。⒊審查要點係屬行政規則，為財政部為利於稽徵機關執行研發及人才培訓支出扣抵稅額之事務，所為細節性之作業規範，其內容自不得逾越母法或具有授權命令性質之子法規定。審查要點初於89年頒定時，固未明文限制認證機構，惟研發抵減辦法當時明文規定前開9款得予扣抵之費用，上訴人宏達公司主張之測試認證費用，其性質最相近於第7款「委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用」（第8款、第9款均必須為目的事業主管機關或財政部專案認定之委託費用），惟研發抵減辦法於同條第2項已限縮規定「前項第7款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構」，亦即未經政府核准登記有案之私人機構所為之認證費用即排除在外，故依行為時之研發抵減辦法及審查要點，上訴人宏達公司此筆測試認證費用均係委託私人機構（見原證5、6所列載），自不在於研發抵減辦法第2條第1項第7款之範圍內等語。
五、上訴人北區國稅局不服原判決，其上訴意旨略以：㈠原判決認92年5月9日函關於研究支出比率之計算則有所不同，另立不同於獎勵辦法所規定研發支出比之計算方式，且規定適用之企業應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於該令發布日起3個月內，選擇所欲適用之研發支出比，逾期即喪失以有利之計算式核算稅額之機會，顯然違反法律保留原則，然依此見解，則財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令亦有相同規定「前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之，未選擇適用之公式者，稅捐稽徵機關自得以全部機器設備比方式計算方式為核定其免稅所得額。」亦應屬違反法律保留原則，惟原判決卻認92年5月9日台財稅字第0920452717號令之適法性無疑議，可見有「判決理由矛盾」之違背法令情事，且原判決以「逾期選擇即喪失以有利之計算式核算稅額之機會，顯然違反法律保留原則。」有「解釋錯誤」之違背法令情事。㈡原判決未審酌納稅義務人應自行申報，並提示各種證明免稅所得計算之相關資料，以便稽徵機關查核之規定及納稅義務人舉證責任，有「判決不適用法律」、「判決不依法律」及「判決理由矛盾」之違背法令情事等語，為此請求判決廢棄原判決關於撤銷上訴人北區國稅局否准免稅所得額認列部分。
六、上訴人宏達公司不服原判決，其上訴意旨略以：㈠就本件免稅所得之計算，除上訴人宏達公司3增所適用之研究與發展支出比率應如何計算乙節，業經原判決肯認上訴人宏達公司之主張外，就系爭模具是否應計入1增及2增所適用生產用機器設備比率之分母、Smart phone銷貨收入之歸屬等部分仍有未經原判決採納之處，致影響上訴人宏達公司免稅所得之金額，是對於前開二主張遭原判決否准部分，上訴人宏達公司仍有訴之利益。㈡系爭模具是否應計入1增及2增所適用生產用機器設備比率之分母乙節，97年10月9日函已明揭因系爭模具具有「定期汰舊」之特性，目的事業主管機關認為由其於全新機器設備清單註記（亦即於個案中予以核准）顯有困難，方作成此一通案解釋使該模具得歸列為非生產使用，而得免列入機器設備比率之分母，原判決未見於此，即以前開解釋未符合立法意旨，且上訴人宏達公司未取得工業局核准，而否准系爭模具免列入機器設備比率分母，顯有判決不適用法規及適用法規不當之違背法令。㈢97年10月9日函係針對手機整機組裝廠商自行購置模具供生產其手機機殼廠商使用所為通案性核釋，較財政部91年6月18日台財稅字第0910453513號函釋有利於上訴人宏達公司，依稅捐稽徵法第1條之1規定，上訴人宏達公司自得於本件行政訴訟中主張予以適用，原判決未見於此，亦有判決不適用法規之違背法令。㈣原判決未依上訴人宏達公司所請函詢經濟部工業局系爭模具應否列入機器設備比分母，逕以上訴人宏達公司未能舉出有力事證而否准其主張，顯未遵守行政訴訟法第125條第1項及第133條前段所定調查證據之義務，亦有判決不適用法規之違背法令。㈤上訴人宏達公司於申請自動化設備投抵及新興重要策略性產業五年免稅時，即未將系爭模具計入「完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築(物)總金額」，原判決逕認其應計入機器設備比率之分母，顯有適用法規不當之違背法令。㈥原判決以上訴人宏達公司92年度Smart phone分屬2增、3增之免稅產品，其免稅所得計算公式係適用不同計算方式，而認其銷貨收入應依免稅所得計算要點第20點規定分攤，並否准上訴人宏達公司適用免稅所得計算要點第15點規定，實有判決適用法規不當及判決不備理由之違背法令。㈦原判決以依研發人員名冊所載之工作部門及工作內容，作為認定周永明等116人非屬專門從事研究發展工作全職人員之論據，並以上訴人所舉研發紀錄及專利申請文件亦不足為證，惟前開證明文件是否已足證明周永明等116人為全職研發人員，非稽徵機關所能自行判斷，原判決於未洽中央目的事業主管機關認定之情形下，仍自行斷定上訴人未盡舉證之責，亦有判決不適用法規之判決違背法令。㈧原判決以本件測試認證費用，其性質最相近於研發抵減辦法第2條第1項第7款所定「委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用」，其研究機構未符合研發抵減辦法同條第2項規定，自應否准認列，並認本件與解釋函令之效力、信賴保護原則之適用及租稅法律主義、法律保留原則所為之各項主張無涉云云，然其見解顯忽略89年審查要點並未將委託測試認證歸列於第2條第1項第7款之支出，且未以解釋函令之變更適用信賴保護原則，而有判決適用法規不當及不適用法規之違背法令等語，為此請求判決廢棄原判決不利於上訴人宏達公司部分，廢棄部分訴願決定及原處分（含復查決定）不利上訴人部分均撤銷。
七、本院查：㈠88年12月31日以前有效之促進產業升級條例第8條之1第1項
前段、第2項第2款：「合於前條規定之重要科技事業及重要投資事業…得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅…前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理…。二、屬增資擴展之事業，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」；及89年1月1日起迄今有效之同條例第9條第1項前段、第2項第2款：「公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者…得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅…前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理…。二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」次按財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布免稅所得計算要點第7點第1項：「公司以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業者，得就下列公式，擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業者，各次以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業投資計畫之投資計畫，其免稅所得額計算方式，均須一致。……（二）採增加銷貨量方式計算：『免稅所得額＝【全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）】×新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額/全部產品（勞務）收入淨額×機器設備比率×｛１－委外加工比率｝。…(2）機器設備比率＝完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）總金額/完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）總金額＋基準年度起取得機器、設備、新建主體建築（物）以外之機器、設備、主體建築（物）等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、主體建築（物）等（土地除外）出租（借）人之取得成本。』……」，核此函釋所頒布之計算公式，乃稅捐主管機關財政部基於職權，為利其下級稅捐稽徵機關辦理營利事業依促進產業升級條例抵減稅額事宜所訂定，其內容顯示免稅所得所由產生之理由，合於實務，於法無違，自得援用，合先指明。該免稅所得計算要點，主要規範如何計算符合投資計畫所生產之產品銷貨（勞務）所得，俾以免除其稅賦負擔。而所謂「免稅所得」即「免稅期間」以「免稅設備」、「自行生產」、「免稅產品」並「銷售」所產生之所得之謂（即以免稅產品銷貨收入淨額減除免稅產品銷貨成本費用及相關非營業損益後所產生之所得）。前揭促進產業升級條例所設計之免稅優惠，係在鼓勵企業研究發展以提升其產能，健全經濟發展，故免稅之對象限於以增資擴展企業能力所獲得之收入。是以，對於企業年度所得之稅賦徵免，應先予區分為免稅所得及應稅所得兩部分。而對於不能獨立計算免稅所得者（可以獨立計算者規定於前揭計算要點之第5條），唯有按比例計算。本件上訴人宏達公司選擇採增加銷貨量方式之公式計算免稅所得，即需自「全年所得」乘「收入比」，計算出免稅收入；然此免稅收入究竟係由多少經核准之免稅設備生產製造，因為無法明確區分，故須再乘以「機器設備比」予以計算。機器設備比公式，分子為「經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額」，分母為「核准設備（Ａ）+經核准以外設備（Ｂ）+租借設備（Ｃ）」。復按「公司為供舊產品維修用之模具、檢具、夾具及治具，如經目的事業主管機關於免稅期間內逐年出具清單（內容包括模具、檢具、夾具及治具之名稱、數量、購置成本、用途《敘明所生產之產品及是否供當年度所生產免稅產品之用》），證明上開模具、檢具、夾具及治具確與產製符合經核准並完成之當年度生產之重要投資事業屬於製造行銷中心事業投資計畫產品無關者，同意比照本部91年5月20日台財稅字第0910451619號令所發布88年12月31日修正前促進產業升級條例第8條之1免稅所得計算公式註9（四）後段有關得排除已達耐用年限因而出售、報廢之機器、設備、廠房及工程等，以實際參與產製之機器、設備、廠房及工程等占全部之比例，調整向公司所在地稅捐稽徵機關申請核備日或投資計畫完成日之前一年度投資計畫產品銷售量之規定。」為財政部91年6月18日台財稅字第0910453513號函所明釋，核其意旨也是排除與產製無關之機器設備納入計算公式之內；又有關計算公式之各項要素均影響於免稅所得計算之結果，免稅所得既獲得免稅優惠，則與免稅所得金額多寡相關之事項包括前開計算式之各項要素，原則上納稅義務人均負有舉證責任，上開函釋指出由目的事業主管機關出具清單證明與產製無關者，即得排除計入計算式之內，無非指明納稅義務人之證據方法，並非對於人民之權利增加法律所無之限制，於法並無違誤，自得予以適用。固然，財政部97年10月9日台財稅字第09704027220號函說明載明：「三、鑑於本案之目的事業主管機關認為全新設備清單註記模具具有『定期汰舊』特性實有困難，且手機整機組裝廠商自行購置模具供生產其手機機殼廠商使用，該模具非屬在廠內之生產設備，應歸列為非生產所使用，爰依前開會議紀錄六（一）第1點但書，該模具不計入免稅所得計算公式機器設備比率之分母及分子。四、另經濟部工業局認定本案獎勵項目『個人無線通訊產品』所欲獎勵之核心價值為『手機板電路設計能力、手機組裝整合及測試之製程』。依此，我國手機整機組裝廠商購進或委外製造手機零組件之一-手機殼，非屬前開受獎勵之核心價值，其自行購置模具供生產手機殼廠商使用，尚無須計入免稅所得計算公式委外加工比率之分子。至免稅所得計算公式免稅收入比率之分子『投資計畫之產品（勞務）收入淨額』應否按比率拆算乙節……復考量手機零組件（包含半製品）、手機板電路設計、手機組裝整合及測試等各項流程之成本對於手機整機組裝廠商整體利潤貢獻度（即附加價值）不同，其中手機板電路設計、手機組裝整合及測試……為主要附加價值所在，其餘部分……應否按其利潤貢獻度拆算『投資計畫之產品（勞務）收入淨額』？宜由各地區國稅局衡酌個案實情核實認定。」，惟前已說明為精確析算新增設備對於免稅所得之貢獻程度，乃有機器設備比之設計，而其計算式之意旨在於反應新增設備占全部與產製相關之機器設備之比例，故凡與產製相關之機器設備均應納入分母之列，不因其是在廠區內或廠區外使用而有差別。上開函釋指機殼模具係供上游機殼供應商使用，即毋庸列入機器設備比之分母，與免稅所得計算要點之精神不符。且本件系爭模具既已經工業局個案審認其應歸屬參與產製之設備，自無以徒憑上開針對通案所為之會議結論即遽予推翻。
㈡促進產業升級條例第8條第3項將新興重要策略性產業之適用
範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，明定由行政院訂定之。行政院據此訂定新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法，是該辦法應具有授權命令之性質。90年12月27日該辦法增修，於第17條第1項、第2項、第3項分別規定：「選擇適用本條例第9條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之」、「擇定適用第2條第2款、第3款或第3條第2款、第3款規定，並經取得完成證明之公司，選擇適用5年免稅者，其適用免稅年度之研究與發展支出應占同年度該公司營業收入淨額百分之2；未達百分之2者，其免稅所得應按前項規定計算之金額，乘以實際研究與發展支出比率除以百分之2計算之。」、「90年12月31日以前，已以研究與發展支出金額或比率申請經核准適用免徵營利事業所得稅者，其免稅所得計算方式得依前項規定辦理。」。財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令亦發布免稅所得計算要點，第8點第1項規定：「公司以研究與發展支出比率或金額方式適用新興重要策略性產業者，其免稅所得額計算公式如下：免稅所得額＝【全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）】×新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額全部產品（勞務）收入淨額×研究與發展支出比率×【１－委外加工比率】……(2）研究與發展支出比率＝當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率2％……」。惟同日財政部也以台財稅字第0920452718號令釋「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點㈡」，其第3點：「90年12月31日以前以研究與發展支出金額或比率方式適用新興重要策略性產業之公司，選擇適用5年免徵營利事業所得稅者，應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於本令發布日起3個月內，選擇準用『新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點』第8點規定計算免稅所得額，或依本令附件所列公式計算免稅所得額，但一經選定，於該次投資計畫免稅期間內不得變更；公司逾期未選定者，稅捐稽徵機關應依本令附件所列公式核定其免稅所得額。附件：…(2）研究與發展支出比率＝（當年度研究與發展支出－基準年度研究發展支出）當年度研究與發展支出…」。再按司法院釋字第474號解釋揭示「有關人民自由權利之限制應以法律定之，並不得逾越必要之程度，應依法律規定之事項不得以命令定之，憲法第23條、中央法規標準法第5條、第6條均有明定。若以法律授權限制人民自由權利者，須法有明示其授權之目的、範圍及內容並符合具體明確之要件，主管機關根據授權訂定施行細則，自應遵守上述原則，不得逾越母法規定之限度或增加法律所無之限制……。」。
㈢免稅所得無論採增加銷貨量方式或研發支出比率方式計算，
各該計算方式均有一重要分子即「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額」，此觀免稅所得計算要點之第7點第1項第2款及第8點第1項均規定：「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額＝【投資計畫完成之日起投資計畫產品（勞務）銷貨量－基準年度投資計畫產品（勞務）銷貨量】×投資計畫之產品（勞務）收入淨額投資計畫之產品（勞務）銷貨量」及前揭同條項（款）所列「免稅所得額計算方式」（增加銷貨量方式及研發支出比率方式）自明。另同要點第15點第2項第1款規定：「公司依第7點以增加銷貨量方式或第8點之公式規定計算免稅所得額者，其新增投資計畫之產品(勞務)收入淨額依下列規定計算：(一)符合本條例第8條、第9條、第9條之2之規定，經核准之投資計畫適用股東投資抵減或5年免徵營利事業所得稅之獎勵者，應分別按各該次核准之投資計畫，由距離申報年度最近一次之投資計畫，向前逐次計算各新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入），不得合併一次計算。」，此係就前揭「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額」之計算式所為之說明；第20點第1項規定：「同一課稅年度內有多次經核准之投資計畫，且均生產（提供）同類產品（勞務），並分別適用本條例第8條、第9條、第9條之2股東投資抵減或五年免徵營利事業所得稅之獎勵者，除須依第15點第2項第1款之規定計算各次新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入）外，其各次投資計畫之免稅所得額之合計數，並應以該類產品各次投資計畫皆按第7點或全部按第8點計算之免稅所得額二者較高者為限，再按各投資計畫之實收資本額比例，分別計算各次投資計畫之免稅所得額。」，則係就同一課稅年度有不同計畫採不同獎勵方式、要件、計算方式時，規定應如何合理計算其免稅所得額。
㈣促進產業升級條例第1條第1項：「為促進產業升級，健全經
濟發展，特制定本條例。」；第6條第2項前段：「公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35%限度內，自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。」。次按行政院基於促進產業升級條例第6條第4項之授權訂立「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」（研發抵減辦法）第2條第1項規定：「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。二、生產單位為改進下列生產技術或提供勞務技術之費用：（一）提高原有機器設備效能。（二）製造或自行設計生產機器設備。（三）改善儀器之性能。（四）改善現有產品之生產程序或系統。
（五）設計新產品之生產程序或系統。（六）發展新原料或組件。（七）提高能源使用效率或廢熱之再利用。（八）公害防治或處理技術之設計。三、具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。四、專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本。五、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金。六、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。八、經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」、第2條第2項規定：「前項第7款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」；第8條第1項第1款規定：「司依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依下列規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。稅捐稽徵機關於核定其抵減稅額時，如對公司申報之支出內容或相關事項有疑義，可洽各中央目的事業主管機關協助認定：一、研究與發展支出：（一）公司之組織系統圖及研究人員名冊。（二）研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之完整進、領料紀錄。（三）當年度購置專供研究與發展用儀器設備之清單。（四）研究發展單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。（五）購置或使用專利權、專用技術、著作權之契約或證明文件及其攤折或支付費用計算表。（六）研究計畫及紀錄或報告。（七）其他有關證明文件。」，另財政部為利於所轄稽徵機關執行前揭研發及培訓支出抵減稅額之審核業務，於89年訂定「公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點」（下稱投資抵減辦法審查要點，嗣後於93年10月26日修正，並更名為「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」），規範認定原則及應檢附之證明文件，核屬行政規則，於法尚無違誤，自得予以適用。又稅捐減免係屬稅捐債權之消滅事由，自應由主張有此積極事實之納稅義務人負其舉證責任。故而前開研發抵減辦法第8條第1項明文公司應檢附有關證明文件（第1款第7目及第2款第4目均概括規定「其他有關證明文件」），另行為時投資抵減辦法審查要點所附附表列示之「應檢附之證明文件」，也均以「相關證明文件」、「相關資料」、「其他證明文件」等文義，就證據方法為概括之規定，其意旨無非指明納稅義務人應盡其舉證責任，以證明其具有稅捐減免之事實。
㈤兩造之爭點為：㈠免稅所得部分：⒈本件1增、2增之免稅所
得計算公式係適用免稅所得計算要點第7點第1項所規定之「增加銷貨量方式」計算式，系爭模具應否計入該公式所使用之「機器設備比率」之分母項下「基準年度起取得機器、設備、新建主體建築（物）以外之機器、設備、主體建築（物）等（土地除外）總金額」之中？⒉上訴人宏達公司3增所適用之研究與發展支出比率，係上訴人北區國稅局依財政部92年5月9日台財稅字第0920452718號函規定，以上訴人宏達公司未於該函發布後3個月內選定公式，逕依該函附件公式計算免稅所得，是否合法？⒊上訴人北區國稅局2、3增免稅產品Smart phone銷貨收入淨額，分別依第2次增資及第3次增資核准設備清單比率分攤，是否合法？㈡研究與發展支出及可抵減稅額部分：上訴人宏達公司員工周永明等116位之薪資及上訴人宏達公司92年度因委外認證及測試研發樣品通訊功能、輻射、高空壓力及耐熱度所支出之費用共計63,967,768元，是否符合促進產業升級條例第6條第2項及相關子法規定，得予扣抵減免營利事業所得稅？原判決就上開爭點論明：㈠免稅所得部分：⒈財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布免稅所得計算要點第7點第1項及其頒布之計算公式，乃稅捐主管機關財政部基於職權，為利其下級稅捐稽徵機關辦理營利事業依促進產業升級條例抵減稅額事宜所訂定，其內容顯示免稅所得所由產生之理由，合於實務，於法無違，自得援用。本件上訴人宏達公司選擇採增加銷貨量方式之公式計算免稅所得，即需自「全年所得」乘「收入比」，計算出免稅收入；然此免稅收入究竟係由多少經核准之免稅設備生產製造，因為無法明確區分，故須再乘以「機器設備比」予以計算。⒉免稅所得計算要點為計算免稅收入由核准之免稅設備所產製之金額若干，係以「機器設備比」之概念予以區分；機器設備比之公式，分子為核准設備，分母為「核准設備+經核准以外設備+租借設備」，其邏輯在於核准設備占所有產製設備之利用率。故納入比例計算之金額，不論分子或分母，均應與產製有關，如與產製無關之倉庫設備、行銷設備等，即不應予以列入，始符該計算式之精神。故本件所爭執之模具，雖上訴人宏達公司主張係其提供上游機殼供應商用於製造機殼之用，惟上訴人宏達公司既係手機製造廠商，凡屬手機製造流程所必需之機器設備均應納入計算式之用，至於模具設備係自行使用或交予外包廠商代工使用，均非所問，方符精確計算免稅設備所產出之免稅收入金額之意旨。本件上訴人宏達公司因委託加工特定產品之需要，將模具交由外包廠商使用，藉此提供符合上訴人宏達公司所需規格之材料或指定需求之產品，該模具成本屬生產成本其理至明，縱非屬增加產量之生產設備，然其增加生產成本，與其免稅係依原有機器、設備（成本）之產量予以免稅者即生影響，上訴人北區國稅局於計算免稅所得將模具設備予以列入機器設備比分母計算，並無違誤。⒊財政部91年6月18日台財稅字第0910453513號函之意旨也是排除與產製無關之機器設備納入計算公式之內；又有關計算公式之各項要素均影響於免稅所得計算之結果，免稅所得既獲得免稅優惠，則與免稅所得金額多寡相關之事項包括計算式之各項要素，原則上納稅義務人均負有舉證責任，上開函釋指出由目的事業主管機關出具清單證明與產製無關者，即得排除計入計算式之內，無非指明納稅義務人之證據方法，並非對於人民之權利增加法律所無之限制，於法並無違誤，自得予以適用；上訴人宏達公司取得經濟部工業局94年12月13日工電字第09400714100號函，模具、治具等設備於92年度參與產製產品設備之取得成本為111,029,151元，非參與產製產品設備之取得成本為90,538,214元之證明，上訴人北區國稅局於計算免稅所得時將參與產製產品之模具計入1增及2增機器設備比分母計算，即無不合；工業局依據上訴人宏達公司提示之模具清單與上訴人宏達公司經核准增資擴展生產之產品核對證實，系爭模具為參與產製產品設備，並以附件表列「未參與產製產品設備之取得成本」，及「參與產製產品設備之取得成本」，即已將參與之成本獨立載明為111,029,151元，上訴人北區國稅局依此證據方法所得之數據予以計算，並無違誤。⒋97年10月9日函已說明為精確析算新增設備對於免稅所得之貢獻程度，乃有機器設備比之設計，而其計算式之意旨在於反應新增設備占全部與產製相關之機器設備之比例，故凡與產製相關之機器設備均應納入分母之列，不因其是在廠區內或廠區外使用而有差別。上開函釋指機殼模具係供上游機殼供應商使用，即毋庸列入機器設備比之分母，與免稅所得計算要點之精神不符。且本件系爭模具既已經工業局個案審認其應歸屬參與產製之設備，自無以徒憑針對通案所為之會議結論即遽予推翻。⒌上訴人宏達公司主張系爭模具係上訴人宏達公司提供供應商生產主要零組件，其地位與原料無異，而與增資擴展增加產能無關，及租（借）機器設備，需將出租（借）人之取得成本，列為承租人機器設備比分母C，依法律體系解釋，其相對於出借人於機器設備比分母B部分應不包括租（借）機器設備予他人部分，以免重複，否則承租人與出租人雙方均同時適用免稅獎勵，則需同時計入雙方機器設備比分母之不合理情事乙節。查上訴人北區國稅局已指明模具外包商製造之零組件及外殼，一般僅係代工性質，不致為促進產業升級條例所欲獎勵之範圍。又縱有上訴人宏達公司所指同時適用免稅獎勵之情形，同一模具同時列為出借廠商機器設備比之分母Ｂ項，及外包廠商機器設備比之分母Ｃ項，其意旨均在反應各該廠商之新增設備，相對於全部用為產製過程之機器設備之比例，精確計算新增設備之貢獻度，並無不當。⒍上訴人宏達公司3增擇定適用90年2月20日獎勵辦法第2條第3款規定，惟依當時獎勵辦法並未規定免稅所得之計算方式，迄90年12月27日始增修獎勵辦法，並有第17條第1項、第2項及第3項等規定，第18條並規定自91年1月1日起施行。而財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令亦發布免稅所得計算要點，第8點第1項規定之研究與發展支出比率之計算為當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率除以2％，與獎勵辦法90年12月27日增修之第17條第2項規定之意旨相同，該要點之適法性自無疑議。惟92年5月9日函關於研究支出比率之計算則有所不同，另立不同於獎勵辦法所規定研發支出比之計算方式，且規定適用之企業應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於該令發布日起3個月內，選擇所欲適用之研發支出比，逾期即喪失以有利之計算式核算稅額之機會，顯然違反法律保留原則，故92年5月9日函有關於本件之研發支出比之計算式違反具有授權命令性質之90年12月27日獎勵辦法第17條第2項、第3項規定；及其計算式之選擇期限，涉及人民權利之行使，應由法律，或基於法律授權始得以法規命令加以規範，乃財政部未經授權逕以92年5月9日函規定納稅義務人行使研發支出比計算式之選擇期限，違反法律保留原則。⒎按上訴人宏達公司
2、3增免稅產品之免稅所得，分別採增加銷貨量方式及研發支出比之方式計算，各該計算方式均有一重要之因子即「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額」，此參見免稅所得計算要點之第7點第1項第2款及第8點第1項之計算式可知。另同要點第15點第2項第1款規定係就前揭「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額」之計算式所為之說明；第20點則係就同一課稅年度有不同計畫採不同獎勵方式、要件、計算方式時，規定應如何合理計算其免稅所得額。本爭點係上訴人宏達公司92年度Smart phone之免稅所得計算，按該Smart phone分屬2增、3增之免稅產品，而各次增資之免稅所得計算公式分別為採增加貨量方式及研發支出比之方式計算，準據上開說明，上訴人北區國稅局認應依免稅所得計算要點予以計算，並無違誤。惟查前揭第20點明文規定「除須依第15點第2項第1款之規定計算各次新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入）外」之規定，尚需踐行「各次投資計畫之免稅所得額之合計數，並應以該類產品各次投資計畫皆按第7點或全部按第8點計算之免稅所得額二者較高者為限，再按各投資計畫之實收資本額比例，分別計算各次投資計畫之免稅所得額」，乃上訴人北區國稅局因上訴人宏達公司未能合理區分2增及3增之銷貨量，遂依其核准設備清單分別為119,168,226元及590,987,757元，計算銷貨收入各為56 0,477,413元及2,779,560,462元，與前揭第20點規定要求應按各種公式予以計算後加以比較，再按各次投資之實收資本額之比例予以分算，仍有不同。上訴人北區國稅局雖抗辯第20點計算式非常繁複，依核准設備金額之比例予以分算不致於較不利於上訴人宏達公司云云，惟上訴人宏達公司既有指摘，且未經分算結果，究不能以計算式繁雜為由，遽予推測利與不利。是本件上訴人北區國稅局既有未依免稅所得計算要點第20點計算各次增資產品之免稅所得，此部分應由上訴人北區國稅局重為核算，上訴人宏達公司於上訴人北區國稅局重為核算之調查過程中，應盡其協力義務提出92年度分屬2增、3增之Smart phone銷貨量。㈡研究與發展支出適用投資抵減稅額部分：⒈周永明等116人係負責協助掌控產品專案計畫進行、產品安全檢測及認證、文件管制、安規認證、解決軟體客服問題及保固維修、協助處理廠商及聯絡事宜、試產物料準備、歸檔及資料整理等，上訴人北區國稅局審認非屬專門從事研究發展工作之全職人員，乃否准認列渠等薪資適用抵減範圍。經查該周永明等116人之工作項目乃上訴人宏達公司自行呈報，上訴人宏達公司並未主張其中有無錯誤，上訴人北區國稅局據以審核其工作性質，確非屬從事研發工作之全職人員無誤，則上訴人北區國稅局予以否准，自屬有據。又經核上訴人宏達公司起訴後檢附專利證明書6份及電路板制作規格檢查表13頁，僅能證明獲得專利及其規格內容，也無以證明該116人實際全職從事研發工作。上訴人北區國稅局指明上訴人宏達公司應提出完整、具體之研發計畫，以證明其係自行研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術或改善製程，及應提出如各成員於各研發階段之工作報告暨實施方法等詳實記載之紀錄等具體事證，無非曉諭其盡舉證責任以獲致確信，於法並無違誤。⒉上訴人北區國稅局以上訴人宏達公司92年度委外認證及測試研發樣品所支出之費用原列報於研發抵減辦法第2條第1項第6款「專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用」項下，復查時又主張轉列至第3款「具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」項下，依研發抵減辦法第2條第1項之規定，前者依文義解釋係購買或使用第三者之專利權、著作權或專用技術，供上訴人宏達公司研究發展之用，後者係指購買或自行產製之消耗性器材、原材料及樣品三項供研究之用，而上訴人宏達公司係委託他人測試所支出之費用，性質顯不相同，自不符合各該規定。⒊研發抵減辦法審查要點係屬行政規則，為財政部為利於稽徵機關執行研發及人才培訓支出扣抵稅額之事務，所為細節性之作業規範，其內容自不得逾越母法或具有授權命令性質之子法規定。研發抵減辦法審查要點初於89年頒定時，固未明文限制認證機構，惟研發抵減辦法當時明文規定9款得予扣抵之費用，上訴人宏達公司主張之測試認證費用，其性質最相近於第7款「委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用」（第8款、第9款均必須為目的事業主管機關或財政部專案認定之委託費用），當時研發抵減辦法於同條第2項已限縮規定「前項第7款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構」，亦即未經政府核准登記有案之私人機構所為之認證費用即排除在外，故依行為時之研發抵減辦法及研發抵減辦法審查要點，上訴人宏達公司此筆測試認證費用均係委託私人機構（見原證5、6所列載），自不在於研發抵減辦法第2條第1項第7款之範圍內等語，並就上訴人於原審各自之主張，何者可採，何者不足採，分別詳細敘述其判斷之理由。經核其認事用法均無違誤，亦無不適用法規之情形。而原判決既已撤銷訴願決定及原處分關於否准免稅所得額認列部分，有利於上訴人宏達公司，其上訴意旨猶對此有利判決之理由部分加以爭執，並作為上訴標的，尚難謂為適法。且本件行為時之研發抵減辦法第2條第2項已明文規定「前項第7款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構」，亦即未經政府核准登記有案之私人機構所為之認證費用應排除在研發抵減辦法第2條第1項可認列扣抵費用之外，而系爭測試認證費用既均係委託私人機構所產生，自不在研發抵減辦法第2條第1項第7款之適用範圍，足見原處分剔除系爭測試認證費用並非基於93年10月23日修正發布研發抵減辦法審查要點「壹、研究與發展支出」認定原則第5點增訂：「……公司委託他人進行本項測試者，受託測試單位應符合本辦法第2條第1項第7款、第8款或第9款規定」，自無違反信賴保護原則可言。又原判決理由僅係謂免稅所得計算要點第7點第1項第（二）款所規定之「增加銷貨量方式」計算式，乃稅捐主管機關財政部基於職權，為利其下級稅捐稽徵機關辦理營利事業依促進產業升級條例抵減稅額事宜所訂定，其內容顯示免稅所得所由產生之理由，合於實務，於法無違，自得援用等語，並未指明同點第2項規定「前項公式之選擇，公司應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時一併為之；未選擇適用之公式者，稅捐機徵機關得以全部機器設備比方式計算公式核定其免稅所得額」之適法性無疑議，前揭北區國稅局上訴意旨（一）所指原審「判決理由矛盾」云云，容屬誤解。其餘上訴理由，則各自仍執與起訴或答辯意旨略同且經原審不採之陳詞及歧異見解，就原審認定事實及適用法律之職權行使，指摘為不當，並就原審已論斷者，泛言其未論斷，均不足採。
㈥綜上所述，原審並無判決不適用法規、適用不當、不備理由
或理由矛盾之違法，兩造上訴論旨，仍各執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應均予駁回。
據上論結，本件上訴均為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 99 年 9 月 9 日
最高行政法院第七庭
審判長法官 廖 宏 明
法官 鄭 小 康法官 張 瓊 文法官 姜 素 娥法官 林 文 舟以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 99 年 9 月 10 日
書記官 邱 彰 德