最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第1564號上 訴 人 聯發科技股份有限公司代 表 人 蔡明介訴訟代理人 李念祖 律師
牛豫燕 律師（兼送達代收人）彭運鵾會計師被 上訴 人 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 吳自心上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國98年12月10日臺北高等行政法院98年度訴更一字第111號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、被上訴人財政部臺灣省北區國稅局代表人自民國（下同）99年7月23日起變更為吳自心，業據其提出財政部臺灣省北區國稅局99年7月23日北區國稅人字第0990025025號函及行政院99年7月22日院授人力字第099063590號令，並具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許，合先敍明。
二、緣上訴人91年度營利事業所得稅結算申報，原列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）10,677,538,167元、研究與發展支出1,359,708,165元及可抵減稅額534,302,161元；92年度營利事業所得稅結算申報，原列報免稅所得15,441,883,318元、研究與發展支出2,301,178,300元及可抵減稅額923,466,391元。經被上訴人初查91年度分別核定7,267,980,930元、975,051,422元及406,403,382元，應補稅額899,276,149元；92年度分別核定11,577,528,282元、1,246,658,877元及474,730,007元，應補稅額823,269,018元。上訴人不服，申經復查決定追認91年度免稅所得1,312,083,983元；92年度追認免稅所得464,021,028元，其餘復查駁回。上訴人不服，提起訴願，遭決定駁回後，復就91年度及92年度原列報90年度獲准增資擴展自91年1月1日起5年內免稅之所得（因上訴人多次增資，本件相關之增資案為第2次於5年內免稅之增資，故於本件以「第2次5年免稅所得」稱之）不利於上訴人部分不服，提起行政訴訟。案經原審法院以97年度訴字第1764號判決：「訴願決定及原處分（即復查決定）關於原告列報第2次5年免稅所得額不利於原告部分，均撤銷。」被上訴人不服，提起上訴，經本院以98年度判字第954號判決廢棄原判決，將本件發回原審法院更行審理，經原審法院更審判決駁回後，提起上訴。
三、上訴人起訴主張：㈠本院判決指稱「財政部似應依循該經工業局核准之5年免稅範圍」云云，顯係混淆「新興重要策略性產業適用範圍」（按屬工業局核定職權）與「免稅所得範圍」（按屬財政部核定職權）所致。乃促進產業升級條例施行細則第19條以及新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第17條第1項等既已明訂財政部為核定「免稅所得範圍」之主管機關，從而財政部確實為系爭第2次5年免稅申請案之「免稅所得範圍」核定機關，允無疑義。㈡公司須係於向財政部提出核發五年免徵營利事業所得稅核准函之申請時，始發生擇定適用免徵營利事業所得稅之法律效果，而上訴人於向經濟部工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函以及投資計畫完成後向新竹科學園區管理局申請完成證明之前階段申請流程時，既尚未（亦無須）擇定是否適用免徵營利事業所得稅，則工業局之審查核定範圍自不可能包含「免徵營利事業所得稅之免稅範圍」，從而工業局所核發上訴人之「符合新興重要策略性產業」核准函，當然亦無可能發生核定計算「免稅所得範圍」之效果，此觀工業局核准函「說明」欄第六點，益證工業局於核定上訴人之系爭投資計畫屬於新興重要策略性產業適用範圍時，上訴人尚未擇定就系爭投資計畫適用免徵營利事業所得稅，因此工業局所核發上訴人之「符合新興重要策略性產業」核准函，當然並無涉及認定上訴人投資計畫產品之免稅所得範圍，理殊淺顯自明。㈢本件財政部於作成91年9月2日核准上訴人自同年1月1日起5年免徵營利事業所得稅之免稅核准函時，90年12月27日修正發布之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（下稱「新獎勵辦法」）已經開始實施，則依據中央法規標準法第18條之規定，財政部自應依新獎勵辦法之規定，核發上訴人免稅核准函。況上訴人之投資計畫，係自91年1月1日起始有相關收入之產生，此時方有適用5年免稅之實益，自應適用當時之新獎勵辦法。此外，上訴人之第2次5年免稅申請案應構成中央法規標準法第18條所定處理程序終結前據以准許之法規有變更之情形，並有「從新從優原則」之適用，在財政部最終於91年9月2日核發免稅核准函之前，仍屬處於行政機關受理人民申請案之處理階段，並未進入任何行政訴訟程序，原訴願決定援引本院72年判字第1651號針對進入行政訴訟案件之判例，遽謂本案依實體從舊程序從新之原則，應適用舊獎勵辦法云云，自屬誤解，要無足採。㈣上訴人就本件第2次5年免稅申請，係於91年7月24日向財政部提出，此由財政部91年9月2日台財稅字第0910455539號函，明揭係依據上訴人91年7月24日聯發財字第91050號函辦理即明，而於上訴人提出本件申請案時，新獎勵辦法已自91年1月1日起開始實施，則財政部自應適用上訴人提出申請時有效之新獎勵辦法，據以核准，而被上訴人就免稅範圍之核定，自亦應以新獎勵辦法為據。㈤財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函及工業局91年9月20日工策組字第091000323502號函之主張，顯然將導致就相同之事物本質，為差別之待遇，並導致被上訴人對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，課以不同之租稅，顯違反憲法第7條及行政程序法第6條所揭示之平等原則及本院82年度判字第2410號判決揭示實質課稅公平原則之意旨。㈥賦稅署函以為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，建請工業局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將免稅範圍明確載於公文書中。而工業局函則明揭有關符合新獎勵辦法第5條第1項第8款第3目高階機體電路設計及第6目產品工程服務之投資計畫申請完成證明者，應載明其免稅範圍。前揭函釋增加新舊獎勵辦法第7條、第10條應備具文件規定所無之限制，除未說明其作成該等函釋之法律依據及理由而與依法行政原則有違外，亦違反促進產業升級條例施行細則第19條及新獎勵辦法第17條第1項明訂財政部為核定「免稅所得範圍」主管機關之規定。故財政部賦稅署函及工業局函自無得作為被上訴人核定本件營利事業所得稅額及法院作成裁判之依據。㈦縱依行政院90年2月20日台經字第010445號令發布之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（下稱舊獎勵辦法」），財政部及被上訴人本即應將上訴人委外製造之成品銷貨收入納入免稅產品之範圍，而此亦為促進產業升級條例第9條及舊獎勵辦法所明文規定欲提供予上訴人免徵營利事業所得稅之優惠，然被上訴人卻僅憑財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函及工業局91年9月20日工策組字第091000323502號函，指稱舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5條第3項之規定，即斷章取義認為上訴人免稅收入範圍不包含自行銷售經核准之投資計畫完成之設計所產製產品，此舉無疑係對於積體電路業者（如本件上訴人）依據促進產業升級條例所得享有之免稅優惠予以限縮，未經法律授權而以行政函令進行目的性限縮，限制人民之免稅權利，當然違反憲法第19條租稅法律主義之規定，因此原處分違法不當，當然應予撤銷等語，求為判決撤銷訴願決定及原處分（即原復查決定）關於上訴人列報第2次5年免稅所得額不利於上訴人之部分。
四、被上訴人則以：㈠上訴人系爭第2次5年免稅案經經濟部以90年9月28日工電字第09000322410號函核發符合新興重要性產業核准函，並經新竹科學園區管理局以91年7月12日園商字第0910017104號函核發新興重要性產業完成證明，依經濟部函與科學工業園區管理局函所載及該函所附新興重要性產業完成證明之符合法令欄項以觀，均載明上訴人系爭第2次5年免稅案之免稅範圍係適用舊獎勵辦法，並非新獎勵辦法已明。依促進產業升級條例施行細則第19條規定，財政部於受理上訴人5年免徵營利事業所得稅申請案時，依上訴人檢附之文件所載法令依據（即舊獎勵辦法）據以核發免稅核准函，而被上訴人遵照上級機關（即財政部）核發之核准函及上開證明文件所載免稅範圍據以核算上訴人91及92年度免稅所得額並無不合。㈡按類此案件既經財政部賦稅署以91年9月10日台稅一發字第0910454198號函及經濟部工業局以91年9月20日工策組字第09100323502號函相互表示意見略以，公司之投資計畫如係依據舊獎勵辦法申請核發核准函，則於90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令；而於91年1月1日以後取得核准函者，因廠商於取得核准函之前，據以准許之法規有所變更，則應有適用中央法規標準法第18條所示「從新從優」行政法理之空間，即應可適用新獎勵辦法，而目前實務作業上，被上訴人接獲經濟部所核發之新興重要性產業核准函均已依上開函意旨載明投資計畫免稅範圍，依本院判決意旨，本件上訴人係於90年12月31日以前（即90年9月28日）取得「符合新興重要策略性產業核准函」，則無論其何時取得「新興重要策略性產業完成證明」及「5年免徵營利事業所得稅核准函」，均應適用行為時據以核准之法令即舊獎勵辦法，而無適用中央法規標準法第18條及新獎勵辦法之餘地，自亦無新獎勵辦法第5條第3項「其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」規定之適用等語，資為抗辯，求為判決駁回上訴人在原審之訴。
五、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：㈠上訴人系爭第2次5年免稅案經經濟部以90年9月28日工電字第09000322410號函核發符合新興重要性產業核准函，並經新竹科學園區管理局以91年7月12日園商字第0910017104號函核發新興重要性產業完成證明；依上開經濟部函及新竹科學園區管理局函所載暨該函所附新興重要性產業完成證明之符合法令欄項均載明上訴人系爭第2次5年免稅案之免稅範圍係適用90年2月20日發布之舊獎勵辦法，並非90年12月27日發布之新獎勵辦法至為明確，自無新獎勵辦法第5條第3項「其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」規定之適用。故依促進產業升級條例施行細則第19條規定，財政部於受理上訴人5年免徵營利事業所得稅申請案時，依上訴人檢附之文件所載法令依據（舊獎勵辦法）據以核發免稅核准函，而被上訴人遵照財政部核發之核准函及上開證明文件所載免稅範圍，依據舊獎勵辦法（並無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得），依計算要點第12點第2項規定，按75％計算其新增投資計畫之產品收入淨額，以核算上訴人91及92年度免稅所得額，並無不合。㈡本件上訴人申請核發符合「新興重要策略性產業」之申請案，係由經濟部工業局受理並審定；投資計畫完成後申請核發完成證明之申請案係由新竹科學園區管理局受理並審定；享受適用5年免稅之申請案係由財政部受理並審定，以上係各自獨立之申請案，各機關受理申請事項各別，審定權限範圍自屬各別。次按本件上訴人於89年7月1日受讓系爭被動元件廠，至90年6月6日申報完成證明及享受免稅獎勵，並無法規變更之情事。且申請是否符合「重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準」之核發，與申報完成證明及享受免稅，係各自獨立之申請案件。前者被上訴人於88年12月9日核發符合規定，該項申請許可案件之處理程序即已終結。本件自應適用申請時有效之法規，核與中央法規標準法第18條及稅捐稽徵法第1之1條之規定無涉，亦無適用不真正溯及既往原則之可言。至本件上訴人新投資創立生產高階積體電路設計之投資計畫申請核發符合新興重要策略性產業案，業經經濟部工業局於90年9月28日核准其「免稅範圍」適用舊獎勵辦法所列技術服務業之高階積體電路設計，則該申請許可案件之處理程序於新獎勵辦法發布前即已終結，本件應適用申請時有效之法規，並無中央法規標準法第18條規定之適用。再查，舊、新獎勵辦法均於第2條、第3條分別區分規定新興重要策略性產業屬「製造業」及新興重要策略性產業屬「技術服務業」者之要件，再於第5條規定第2條製造業所生產之產品範圍及第3條技術服務業所提供之技術服務範圍，亦即該2種產業其得免稅之範圍分別在產品、技術服務之領域內，並無重疊部分。是依舊獎勵辦法所申請獲准之投資計畫，其免稅範圍即應依舊獎勵辦法之規定自明。固然嗣後新獎勵辦法增加第5條第3項之規定為「第1項第8款第3目（即高階積體電路設計），選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，將原不屬於積體電路業所得免稅範圍之產品所得亦併予納入，此屬獎勵辦法所為之放寬規定，故積體電路業者有無此新增規定之適用，端視其獲准投資計畫所適用之法規為舊法或新法。是以，財政部雖為稅捐優惠之權責機關，惟其所為核准免稅之範圍亦不得逸出舊獎勵辦法之範圍等語，因將訴願決定及原處分（即原復查決定）關於上訴人列報第2次5年免稅所得額不利於上訴人之部分均予維持，駁回上訴人之訴。
六、上訴意旨略以：㈠本件原審判決無視促進產業升級條例業已明文規定審查核發免稅核准之主管機關為財政部，並非經濟部工業局，而新獎勵辦法中更以明揭免稅所得計算方式應由財政部依職權訂定，此外，原審一方面肯認「本件上訴人申請核發符合新興重要策略性產業之申請案，係由經濟部工業局受理並審定；投資計畫完成後申請核發完成證明之申請案係由新竹科學園區管理局受理並審定；享受適用5年免稅之申請案係由財政部受理並審定，以上係各自獨立之申請案，各機關受理申請事項各別，審定權限範圍自屬各別。」從而促進產業升級條例施行細則第19條以及新獎勵辦法第17條第1項等既已明訂財政部為核定「免稅所得範圍」之主管機關，原審依法應予以適用並據以認定財政部為系爭第2次5年免稅申請案之免稅所得範圍核定機關，詎原審不知何故，竟捨上開法律之明文規定不予適用，反憑空創設所謂「財政部於核定免稅範圍時，必須限於工業局核准函所載之免稅範圍」之說法，令人莫名所以，足證原審判決不僅於法無據，更有不適用應適用法規之違法。㈡公司向財政部申請5年免稅時所檢附之經濟部工業局核准函或新竹科學園區管理局完成證明等文件，並無任何關於免稅所得範圍之記載，事實上促進產業升級條例施行細則第19條亦未規定財政部必須根據公司檢附文件所記載之法令依據，核發免稅核准函，乃原審一方面承認財政部為享受適用免稅之申請案之受理及審定機關，並有獨立審定權限範圍，另一方面卻又指稱「財政部於受理上訴人系爭第2次5年免徵營利事業所得稅申請案時，依上訴人檢附之文件．．．所載法令依據．．．據以核發免稅核准函．．．並無不合」云云，顯見原審判決除有不適用法規之違法外，抑更有判決理由前後矛盾之違法。㈢原審判決指稱本件上訴人申請核發新興重要策略性產業案，業經經濟部工業局於90年9月28日核准其免稅範圍適用舊獎勵辦法云云，不僅未於判決書中交代其認定之法律依據何在，抑更完全忽視促進產業升級條例第8條及第9條所定符合「新興重要策略性產業適用範圍」之公司所得適用之租稅獎勵項目暨其擇定適用及申請要件，顯見原審判決之認定，構成不適用應適用法規之判決違背法令。㈣原審判決中，僅完全重複抄襲被上訴人之說辭，泛稱類此5年免稅案件，被上訴人於稽徵實務上，如受理90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均依行為時據以准許之法令規定作成行政處分，依行政程序法第6條規定意旨，本件自不得為差別待遇云云，然就上訴人所提之主張，置若罔聞，又未於原審判決中交代其不採納之理由，自屬未於判決書理由項下記載關於攻擊或防禦方法之意見，判決心證顯偏袒被上訴人，構成判決理由不備之當然違背法令。㈤原審徒以新獎勵辦法第3條係將原不屬於積體電路業所得免稅範圍之產品並予納入，為放寬規定云云，而對於上訴人重要主張及意見，置若罔聞，不僅未予深究辨明而為正確之適用，抑更未見其於原審判決中交代其不採納上訴人主張之理由何在，原審判決為判決不備理由，當然違背法令。㈥原審對免稅所得計算要點第12點第2項之明文規定內容，置若罔聞，仍於原審判決中指稱被上訴人「依計算要點第12點第2項規定，按75％計算其新增投資計畫之產品收入淨額，核定其免稅所得，於法即無不合」云云，但卻無隻字片語交代為何適用於計算「技術服務業以經工業局核准之投資計畫之勞務或產品，產銷非經核准之投資計畫內之最終勞務或產品免稅所得」之計算要點第12點第2項規定，卻可逕自挪移適用於計算本件「技術服務業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，顯屬適用法規錯誤，構成適用不應適用法規之違法。
七、本院查：
（一）按「憲法第十九條規定人民有依法律納稅之義務，固係指人民有依據法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅義務之意，然課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用。」「憲法第十九條規定『人民有依法律納稅之義務』，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。稅法之解釋，應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」分經司法院釋字第385號、第496號解釋在案。又「憲法第19條規定，人民有依法律納稅之義務，係指人民僅依法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及租稅減免等項目而負繳納義務或享受減免繳納之優惠，舉凡應以法律明定之租稅項目，自不得以命令作不同之規定，否則即屬違反租稅法律主義．．．有關人民自由權利之限制應以法律定之且不得逾越必要之程度，憲法第23條定有明文。但法律之內容不能鉅細靡遺，立法機關自得授權行政機關發布命令為補充規定。如法律之授權涉及限制人民自由權利者，其授權之目的、範圍及內容符合具體明確之條件時，亦為憲法之所許。」司法院釋字第367號解釋理由闡釋甚明。
（二）次按中央法規標準法第18條規定：「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」查其立法意旨，係以各機關受理人民申請許可案件時，如在處理程序終結前，據以准許或不准許之實體法規有所變更時，應依一般原則適用新頒布之法規繼續處理；惟當事人既在舊法有效期間提出申請，只因審查費時，或因機關未能及時迅速處理，致當事人之權利蒙受損失，亦失公允，爰制定之。而前開所稱「處理程序」，「係指主管機關處理人民聲請許可案件之程序而言，並不包括行政救濟之程序在內。故主管機關受理人民聲請許可案件，其處理程序終結後，在行政救濟程序進行中法規有變更者，仍應適用實體從舊程序從新之原則處理」，本院72年判字第1651號著有判例可稽。準此，各機關受理人民申請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者適用新法規；易言之，在新法規公（發）布施行前，如已有准駁之決定，則其處理程序已告終結，縱嗣後法規有變更，亦不能從實體上依新法重為准駁之決定。
（三）末按：
１、所得稅法第3條第1項、第24條第1項（95年5月30日修正前條文）規定：「凡在中華民國境內經營之營利事業，應依本法規定，課徵營利事業所得稅。」「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」
２、促進產業升級條例（業於99年5月12日總統華總一義字第09900112321號令公布廢止）第1條至第4條依序規定：「（第1項）為促進產業升級，健全經濟發展，特制定本條例。（第2項）本條例所稱產業，指農業、工業及服務業等各行業。」「促進產業升級，依本條例之規定；本條例未規定者，適用其他有關法律之規定。但其他法律規定較本條例更有利者，適用最有利之法律。」「本條例所稱公司，指依公司法設立之公司。」92年2月6日修正前同條例第8條、第9條規定：「（第1項）為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟需扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，營利事業或個人原始認股或應募屬該新興重要策略性產業之公司發行之記名股票，持有時間達三年以上者，得依下列規定抵減其當年度應納之營利事業所得稅額或綜合所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之︰營利事業以其取得該股票之價款百分之二十限度內，抵減應納之營利事業所得稅額。個人以其取得該股票之價款百分之十限度內，抵減應納之綜合所得稅額；其每一年度之抵減金額，以不超過該個人當年度應納綜合所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。（第2項）前項第二款之抵減率，自八十九年一月一日起每隔二年降低一個百分點。（第3項）第一項新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表定之，並每二年檢討一次，做必要調整及修正。」「（第1項）公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起二年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。（第2項）前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理︰屬新投資創立者，自其產品開始銷售之日或開始提供勞務之日起，連續五年內免徵營利事業所得稅。屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續五年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。（第3項）第二項免徵營利事業所得稅，得由該公司在其產品開始銷售之日或勞務開始提供之日起，二年內自行選定延遲開始免稅之期間；其延遲期間自產品開始銷售之日或勞務開始提供之日起最長不得超過四年，延遲後免稅期間之始日，應為一會計年度之首日。（第4項）公司以未分配盈餘轉增資，其增資計畫符合第八條規定之適用範圍者，準用第二項及第三項之規定。」又依促進產業升級條例第8條第3項授權，經行政院90年2月20日（90）台經字第010445號令訂定發布之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（即前開舊獎勵辦法-下同）第2條、第3條規定：「新興重要策略性產業屬製造業者，應符合下列要件之一：．．．公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內，研究與發展支出達新臺幣二千萬元。」「新興重要策略性產業屬技術服務業者，應符合下列要件之一：．．．公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內，研究與發展支出達新臺幣一千五百萬元。」第5條第1項第8款第3目規定：「第二條及第三條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下．．．技術服務業：．．．㈢高階積體電路設計：DRAM (128M以上)、GDRAM（8M以上）、同步SRAM（16M以上）、100uA StandBy SRAM（2M以上）、Flash memory（16M以上）、Mask ROM（32M以上）、Chipset（Pentium等級以上）、ASIC（10萬Gate count以上）、DSP、MCU（8bit以上）、類比IC、MRAM、LCD driver
IC、CPU、SOC、EDA產品或IP。」第6條至第10條依序規定：「（第1項）公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，新投資創立者應於工廠設立許可函或公司設立執照核發之次日起六個月內；增資擴充者應於增資變更核准之公司執照或新設工廠之工廠設立許可函核發之次日起六個月內；或於本辦法發布日起六個月內，『向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函』。（第2項）前項所稱增資變更核准之公司執照，於分次增資時，以第一次增資變更核准之公司執照為準。（第3項）經濟部工業局於核發第一項核准函時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「（第1項）公司依前條規定申請核發符合新興重要策略性產業核准函時，應檢具下列文件：．．．投資計畫書七份．．．。（第2項）前項投資計畫書格式，由經濟部工業局定之。」「（第1項）經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，應於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起三年內『完成投資計畫』，並於完成後檢具相關文件，依下列規定『申請核發完成證明』：投資計畫之執行地點位於科學工業園區內之公司，向科學工業園區管理局為之。．．．（第4項）第一項主管機關於核發完成證明時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「（第1項）經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，未能於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函之次日起三年內完成投資計畫，或投資計畫產品或技術服務項目變更者，應於期限屆滿前，向經濟部工業局申請展延或變更。但全程計畫完成期限不得超過四年。（第2項）經濟部工業局於核定計畫展延或產品變更時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「公司依第八條規定申請核發完成證明時，應檢附下列文件：．．．符合新興重要策略性產業核准函影本。．．．。」第13條、第17條第1項、第18條分別規定：「第五條之適用範圍有刪除或修正時，公司仍得自刪除或修正生效之日起六個月內，向經濟部工業局申請適用本辦法。」「本辦法自中華民國八十九年一月一日施行。」另90年12月27日行政院（90）台經字第071943號令修正發布之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（即前開新獎勵辦法-下同）第5條第1項第8款第3目及第3項規定：「（第1項）第二條及第三條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：．．．技術服務業：．．．㈢高階積體電路設計：．．．。㈣．．．㈥產品工程服務：．．．（第3項）第一項第八款第三目，選擇適用五年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，第一項第八款第六目屬本辦法產品之研發、設計服務業務者亦同。」第13條、第17條、第18條分別規定：「第五條之適用範圍有刪除或修正時，公司仍得自刪除或修正生效之日起六個月內，向經濟部工業局申請適用本辦法。」「選擇適用本條例第九條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之。」「本辦法自中華民國九十一年一月一日施行。」亦即新獎勵辦法於第5條增列前開第3項免稅範圍之獎勵規定；並授權財政部訂定選擇適用促進產業升級條例第9條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法（按前開獎勵辦法業於100年3月11日經行政院以院台經字第1000008165號令發布廢止）。
３、促進產業升級條例施行細則（業於100年3月11日經行政院院台經字第1000008165號令發布廢止）第16條、第17條、第18條、第19條（91年6月12日修正條文）分別規定：「（第1項）適用本條例第八條股東投資抵減之公司，應於股東繳納股票價款之當日起滿三年後，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請准予『核發投資抵減稅額證明書』。（第2項）前項公司經稅捐稽徵機關准予核發投資抵減稅額證明書後，對於原始認股或應募股東繼續持有記名股票三年以上者，應發給投資抵減稅額證明書。（第3項）股東於申辦稅捐抵減之年度，辦理所得稅申報時，應檢附前項證明書向管轄稽徵機關辦理稅捐抵減。（第4項）投資抵減稅額證明書之格式，由財政部定之。」「（第1項）本條例第九條第一項所稱股東會同意，指召集股東常會或股東臨時會，經其代表已發行股份總數過半數股東出席及出席股東之表決權過半數之同意；所稱免徵營利事業所得稅，指在計算課稅所得額時，應將該項所得自全年所得額中減除之。（第2項）本條例第九條第二項第一款所稱產品開始銷售之日或開始提供勞務之日及第二款所稱新增設備開始作業或開始提供勞務之日，指公司投資計畫完成之日期。」「（第1項）本條例第九條第一項所稱擇定，指公司經股東常會或股東臨時會議決通過，同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用股東投資抵減後，『檢附其經中央目的事業主管機關核發新興重要策略性產業之核准函』、股東會會議紀錄及股東開始繳納股票價款之相關證明文件，送中央目的事業主管機關備查。（第3項）中央目的事業主管機關『核發備查函時』，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「經依本條例第九條第一項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起一年內，檢齊下列文件，向財政部申請五年免徵營利事業所得稅：符合新興重要策略性產業之核准函影本。『符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明』及全新設備清單影本。『中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本』。但屬全數以未分配盈餘轉增資擴充者免附。」
４、92年5月9日財政部台財稅字第0920452717號令訂定發布之「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」（下稱計算要點）第1點至第3點依次規定：「符合促進產業升級條例（以下簡稱本條例）第八條及其相關獎勵辦法規定之公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，依本要點規定計算免稅所得額。」「本要點所用名詞定義如下：㈠課稅所得額：指自全年所得額中減除依法免稅之所得額後之應課稅所得額。㈡免稅所得額：指符合新興重要策略性產業範圍，經核准並完成投資計畫且依本要點計算之所得額。」「公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，其免徵營利事業所得稅之範圍，以新興重要策略性產業投資計畫完成證明所載生產之產品或提供之勞務為限。」第12點、第23點分別規定：「（第1項）．．．。（第2項）技術服務業以符合投資計畫勞務（產品），產銷非屬投資計畫之最終勞務（產品），其符合投資計畫勞務（產品）收入之計算如下：投資計畫勞務（產品）收入＝含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）收入淨額×｛財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率÷〔財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率＋含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）同業別或相近業別買賣業之同業利潤標準之淨利率〕｝。（第3項）依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第五條第三項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前項計算公式。」「本要點自中華民國九十一年一月一日施行。」前開計算要點第12點規定，乃係就技術服務業以符合投資計畫勞務（產品），產銷非屬投資計畫之最終勞務（產品），計算其符合投資計畫勞務（產品）收入之公式；惟如依上開新獎勵辦法第5條第3項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前開計算公式，此由該計算要點第12點第2項、第3項規定之文義觀之甚明。
（四）綜合上開規定可知，促進產業升級條例，係為促進產業升級，健全經濟發展而設；為落實前揭立法目的，該條例規定對於依公司法設立之公司的相關租稅優惠措施。而為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟需扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，該條例特於第8條設有公司股東投資抵減之規定，至上開新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限等則授權由行政院召集產業界、政府機關、學術界及研究機構代表定之；又公司符合前開第8條新興重要策略性產業適用範圍者，得依同條例第9條第1項於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內經其股東會同意，選擇適用免徵營利事業所得稅，並放棄適用股東投資抵減之規定，惟擇定後不得變更，是股東投資抵減或公司免徵營利事業所得稅之免稅範圍，其法源依據為促進產業升級條例及上開第8條第3項授權訂定之前舉「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」規定甚明。而促進產業升級條例既屬公司股東投資抵減或公司免徵營利事業所得稅之法源依據，該促進產業升級條例之主管機關為經濟部工業局，則公司欲適用前開第8條規定之租稅優惠獎勵，自應向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業之核准函，倘經濟部工業局已依公司申請為准許之決定，該申請租稅優惠獎勵之處理程序，已告終結，其租稅優惠範圍，應以經濟部工業局據以准許核發符合新興重要策略性產業決定時之法規為準；又公司依促進產業升級條例第9條第1項規定選擇適用免徵營利事業所得稅，係於公司依同條例第8條規定申請並取得經濟部工業局核發新興重要策略性產業之核准函後為之，若公司未依限選擇適用免徵營利事業所得稅者，當然適用股東投資抵減之規定，故縱其後據以准許之法規有變更，仍應適用經濟部工業局據以准許核發符合新興重要策略性產業決定時之法規。此由經濟部工業局於核發公司申請適用新興重要性策略性產業獎勵之核准函時，應副知受理核發完成證明機關及財政部賦稅署與公司所在地之稅捐稽徵機關；且公司依促進產業升級條例第9條第1項規定選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用股東投資抵減後，應檢附經濟部工業局核發之前開核准函、股東會會議紀錄等相關證明文件送中央目的事業主管機關-即經濟部工業局備查，經濟部工業局核發備查函時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關；公司並應於其投資計畫完成之次日起檢齊：符合新興重要策略性產業之核准函影本、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本、中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本等3種文件，向財政部申請5年免徵營利事業所得稅等情，益明促進產業升級條例第8條、第9條第1項之租稅減免獎勵，於促進產業升級條例主管機關-即經濟部工業局核發公司申請適用新興重要策略性產業租稅減免獎勵之核准函時，已經確定，其租稅優惠範圍，應以經濟部工業局憑以准許核發符合新興重要策略性產業決定時之法規為據。至公司於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函後取得投資計畫之完成證明，係在證明公司已按經濟部工業局核准函所載之獎勵內容完成投資計畫，並據以持向財政部申請免徵營利事業所得稅，揆諸上開說明，公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，倘經濟部工業局已依公司申請為准許之決定，該申請租稅優惠之處理程序，已告終結，其租稅優惠範圍，應以經濟部工業局據以准許核發符合新興重要策略性產業決定時之法規為準，是縱經濟部工業局核發上開核准函後迄財政部准予免徵營利事業所得稅期間據以免稅之相關法規有變更，仍應適用實體從舊程序從新之原則處理。惟依前開舊、新獎勵辦法第13條規定，該獎勵辦法第5條之適用範圍有刪除或修正時，公司得自刪除或修正生效之日起6個月內，向經濟部工業局申請適用刪除或修正後之規定。另前揭「計算要點」第1點已明定「符合促進產業升級條例第8條及其相關獎勵辦法規定之公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，依本要點規定計算免稅所得額」，是知該計算要點，乃主管機關為便利徵納雙方徵繳作業，彙整促進產業升級條例及其相關獎勵辦法及所得稅法相關規定所為之釋示（司法院釋字第496號解釋參照），雖係依據上開新獎勵辦法第17條而為訂定，然該計算要點並非公司適用新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅之法規依據亦明。財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函，略以：「主旨：有關91年1月1日以後取得完成證明之投資計畫，其選擇適用5年免稅者，得否適用90年12月27日發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』乙案，復請查照。說明：復貴局（按，為經濟部工業局）91年5月10日工策字第0000000000-0號函。貴局所研提意見，本署意見如次：㈠有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均經遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節，本署敬表同意。㈡至於公司之投資計畫依據舊獎勵辦法申請，且於91年1月1日以後始取得新興重要策略性產業核准函之案件，其據以准許之法規已有所變更，應可適用新法規，其5年免稅範圍可包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得乙節，本署原則同意，惟仍宜請貴局於核發新興重要策略性產業核准函前，通知申請公司於限期內改按修正後獎勵辦法規定申請辦理完竣，方得適用，以免發生公司申請與核准項目不一致之情形。另為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，建請貴局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將上述免稅範圍明確載於公文書中」等語，其函復意旨符合前揭促進產業升級條例及其相關獎勵辦法規定，自得適用。
（五）本件上訴人系爭第2次5年免稅案經經濟部以「90年9月28日」工（90）電字第09000322410號函核發符合新興重要性產業核准函，並經新竹科學園區管理局以91年7月12日園商字第0910017104號函核發新興重要性產業完成證明；依上開經濟部函所載略以：「主旨：貴公司增資擴充從事高階積體電路設計－SOC之投資計畫，申請核發符合新興重要策略性產業核准函一案，復如說明，請查照。說明：．．．貴公司前述投資計畫．．．經核符合90年2月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定，准依同辦法第7條規定核發符合新興重要策略性產業核准函。．．．貴公司如欲適用促進產業升級條例第8條股東投資抵減獎勵，請依施行細則第16條規定辦理；欲適用促進產業升級條例第9條免徵營利事業所得稅優惠者，請依施行細則第17條及第18條規定辦理，未依限選擇者，視為適用第8條股東投資抵減。」新竹科學園區管理局函所載略以：「主旨：貴公司增資擴充從事高階積體電路設計－SOC之投資計畫，依據90年2月20日發布之新興重要策略性產業屬於製造及技術服務業部分獎勵辦法第8條規定，申請核發完成證明乙案，經查符合規定，准予證明．．．。說明：．．．貴公司如選擇適用免徵營利事業所得稅者，應依據促進產業升級條例施行細則第19條、第20條及第21條規定辦理。．．．本完成證明係僅就貴公司之增資行為及購置全新機器、設備部分，予以核定。」該函所附新興重要性產業完成證明之符合法令欄項並記明：「適用90年2月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定。」均載明上訴人系爭第2次5年免稅案之免稅範圍係適用90年2月20日發布之舊獎勵辦法，並非90年12月27日發布之新獎勵辦法；另財政部91年9月2日台財稅字第0910455539號函亦詳載：「主旨：．．．申請免徵營利事業所得稅5年乙案，請查照。說明：．．．該公司增資擴展．．．從事高階積體電路設計-SOC之投資計畫，並選定適用促進產業升級條例第9條暨90年2月20日行政院令核定發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3條第3款之規定，經核與上開辦法第5條第1項第8款第3目之規定相符，應准自其開始提供勞務之日91年1月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅．．．」等事實，業經原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果認定明確。原審因適用前揭促進產業升級條例、同條例施行細則及獎勵辦法之規定，以本件並無新獎勵辦法第5條第3項「其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」規定之適用，而認財政部於受理上訴人5年免徵營利事業所得稅申請案時，依上訴人檢附之文件（即上開規定之符合新興重要策略性產業之核准函影本、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本與中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本）所載法令依據（即90年2月20日發布之舊獎勵辦法）據以核發免稅核准函，被上訴人依據財政部核發之核准函及前述證明文件所載免稅範圍，按舊獎勵辦法（並無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得）暨計算要點第12點第2項規定，按75％計算其新增投資計畫之產品收入淨額，憑以核算上訴人91及92年度免稅所得額，並無不合，將訴願決定及原處分（復查決定）均予維持，並敘明本件並無中央法規標準法第18條規定之適用，徵諸上開規定及說明，核無違誤。上訴論旨，仍執前詞，以上訴人個人主觀之法律見解，指摘原判決不適用法規或適用法規錯誤，並就原審已斟酌判斷敘明其得心證之理由事項，指稱原判決有不備理由或理由前後矛盾之違背法令情事，求予廢棄，為無理由，應予駁回。又本件核屬上訴人個人主觀法律見解之歧異，已如上述，故無行言詞辯論之必要，上訴人聲請依行政訴訟法第253條第1項但書第1款規定，行言詞辯論，不予准許，附此敘明。
八、據上論結，本件上訴為無理由，依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 9 月 8 日
最高行政法院第五庭
審判長法官 藍 獻 林
法官 廖 宏 明法官 林 文 舟法官 胡 國 棟法官 林 玫 君以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 100 年 9 月 8 日
書記官 阮 思 瑩