最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第1656號上 訴 人 新竹市稅務局代 表 人 甲○○訴訟代理人 丁○○
戊○○被 上訴 人 科學工業園區管理局代 表 人 丙○○訴訟代理人 己○○上列當事人間印花稅事件，上訴人對於中華民國99年9月9日臺北高等行政法院99年度訴更二字第34號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決廢棄。
被上訴人在第一審之訴駁回。
第一審及上訴審訴訟費用均由被上訴人負擔。
理 由
一、被上訴人因於民國（下同）92年5月14日與臺灣糖業股份有限公司（下稱臺糖公司）、苗栗農田水利會以協議價購方式購買土地作為園區竹南二期擴建用地，並訂立土地買賣所有權移轉契約書，乃以系爭土地買賣所有權移轉契約書符合印花稅法第6條第1款規定，於92年5月23日向新竹市稅捐稽徵處（下稱竹市稅稽處）申請免納印花稅。竹市稅稽處於92年6月5日以新市稅財一字第0920017417號函（下稱竹市稅稽處92年6月5日函）准予所請，嗣參照財政部92年10月31日台財稅字第0920453904號函釋意旨，認被上訴人購買土地之資金經查明係編列於作業基金項下，其所書立之不動產買賣所有權移轉契據，自應按印花稅法第7條第4款規定貼用印花稅票，乃於92年11月21日以新市稅消字第0920255277號函（下稱竹市稅稽處92年11月21日函），請被上訴人於92年11月28日前至其消費稅課開立印花稅大額繳款書，被上訴人嗣於92年12月5日完納系爭稅款新臺幣（下同）591,937元在案。迨93年9月7日，被上訴人依行為時（下同）稅捐稽徵法第28條規定，向竹市稅稽處申請退還前已繳之印花稅，經竹市稅稽處於93年9月17日以新市稅消字第0930027385號函（下稱原處分）否准所請。被上訴人不服，循序提起行政爭訟，經原審法院前以94年度訴字第840號判決駁回。被上訴人不服，提起上訴，經本院96年度判字第1527號判決廢棄該原審判決，發回原審法院。經原審法院96年度訴更一字第153號判決撤銷訴願決定及原處分，並命竹市稅稽處對於被上訴人93年9月7日之退稅申請案，應作成准予退還被上訴人印花稅款591,937元之行政處分。竹市稅稽處不服，提起上訴（訴訟程序進行中，竹市稅稽處改制為新竹市稅務局，下稱上訴人），經本院99年度判字第204號判決廢棄此原審判決，發回原審法院。經原審法院99年度訴更二字第34號判決（下稱原判決）撤銷訴願決定及原處分，並命上訴人對於被上訴人93年9月7日之退稅申請案，應作成准予退還被上訴人印花稅款591,937元之行政處分。上訴人不服，提起本件上訴，求為判決廢棄原判決，並駁回被上訴人在第一審之訴。
二、被上訴人起訴主張略以：
(一)、按印花稅法第6條第1款規定，凡屬各級政府機關書立印花
稅法第5條所列課徵範圍之憑證，皆得免徵印花稅。此為租稅體制上「對納稅主體」免稅之立法，其免稅要件之構成在於書立憑證之一方為各級政府機關，即得免稅。此亦係政府不對自己課稅之法理所當然。
(二)、印花稅法第6條第1款規定內容之「目的性限縮」範圍，應
以其基金實際用途是否為營利性質來決定。若非營利性質，即無排除在印花稅法第6條第1款規定範圍之法理正當性。以「資金來源在年度決算是否解繳國庫」，當成政府機關應否繳納印花稅之差別處遇標準，實屬不當。
(三)、被上訴人之預算依預算法第4條第2類第(四)項編制作業基
金，並非用於營業。科學園區作業基金依中央政府特種基金管理準則第4條、第9條、第15條規定，並非不經立法院監督，而應列入預決算案，經立法院三讀會議決議，和其他公務預算列為預算案受立法監督。
(四)、設置科學工業園區之目的，係為引進高級技術工業及科學
技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業之發展，此參諸科學工業園區設置管理條例第1條規定甚明。又被上訴人購置系爭土地後，雖以出租方式提供園區事業使用，究其實質係以私法之形式，踐行引進高級技術工業及科學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業發展之公共行政目的，尚非單純之私經濟行為，亦非屬在市場上從事「購入原、物料並投入人力，生產產品或勞務而為行銷」之持續性交易活動（即營利行為），自不具營利性質。況被上訴人為科學工業園區唯一之地主，並無任何私人可以提供科學園區土地出租及相關公共設施服務，與民間不具實質之競爭性及排他性，亦不會因其交易憑證為印花稅之稅捐客體，卻因主體為政府機關，即可享有免納印花稅進而因成本減少，造成免稅之政府機關在市場上享有優勢地位的情形。
(五)、綜上，被上訴人系爭買賣土地之行為並無營利性質，科學
工業園區管理局作業基金其資金來源之一為國庫溢注撥款。若對作業基金課稅，究其課稅的客體來源亦是來自國庫，與印花稅法第6條第1款之立法目的不合，僅徒增租稅稽徵行政成本而已，被上訴人為政府機關，是本件開立使用交易憑證，自符合印花稅法第6條第1款之免稅規定等情，爰求為判決撤銷訴願決定及原處分，並命上訴人對於被上訴人93年9月7日之退稅申請案，應作成准予退還被上訴人印花稅款591,937元之行政處分。
三、上訴人答辯略以：
(一)、審計部抽查部分非營業循環基金辦理工程所簽訂之合約書
正本及退還保證金所開立之收據，未依印花稅法第7條規定貼用印花稅票，遂以81年7月22日台審部叁字第811770號函請財政部轉知所屬機關注意辦理。行政院並以81年8月4日臺(81)忠授六字第08766號函指示財政部應依審計部前揭81年7月22日函文辦理，爰財政部以92年10月31日台財稅字第0920453904號函釋重申行政院81年8月4日函文規定，而被上訴人為行政院所屬機關，自應依行政院前揭函示規定辦理。
(二)、如本院96年度判字第1527號判決理由所訴，印花稅法第6
條第1款規定存有法律漏洞，財政部亦觀察到此點，認政府機關若從事營利行為，其性質與一般營業人無異，基於租稅公平原則，則其所書立之憑證，自不應適用免稅規定，遂以45年台財稅發字第6191號令釋示印花稅法第12條第1款（即現行法第6條第1款）規定，將所有政府投資之公營事業以及政府機關所屬商業性機構排除於免稅之外。次按科學工業園區設置管理條例第6條及第6條之1第1項規定，科學工業園區管理局作業基金僅以歲入、歲出之一部分編入總預算，其基金在結算前不須解繳國庫，且於年度決算如有賸餘時，均得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理。又立法院僅能就已編入總預算部分之作業基金予以審查，未列入部分即無從監督控管。被上訴人購買系爭土地之資金係編列在附屬單位預算內之作業基金，則該作業基金運用既已獨立於單位預算而自行計算盈虧，自與政府所投資公營事業或政府機關所屬商業性機構或社會大眾之性質無異，為維護租稅公平與正義，自不得依印花稅法第6條第1款規定免納印花稅。
(三)、依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第4
條規定，作業基金之來源係來自政府循預算程序之撥款、科學工業園區管理費收入、廠房、住宅、宿舍、土地租金及出售廠房之收入、作業服務收入、公共設施建設費收入及作業基金之孳息收入等；從被上訴人現金流量表「業務活動」、「投資活動」、「融資活動」等項目，可知皆與營利事項有關，是系爭作業基金確具營利性質。
(四)、綜上，被上訴人雖為隸屬行政院國家科學委員會之行政機
關，所書立應負納稅義務之各種憑證，原可依印花稅法第6條第1款規定免納印花稅，惟被上訴人因購買園區竹南二期擴建用地之經費係由未解庫之「作業基金附屬單位預算」項下支付，該基金因其收支僅部分編入總預算，其基金在結算前不須解繳國庫，且於年度決算如有賸餘時，均得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理，易言之，其作業基金有賸餘時，可循環使用，又不必受民意機關監督、管控及刪除，與一般營業人無異，其所書立之憑證自應按財政部92年10月31日台財稅字第0920453904號函釋規定依印花稅法第7條規定貼繳印花稅，上訴人否准退還其已納之印花稅，於法有據。另與本案相同案情之臺南科學工業園區開發籌備處購置南科工業園區用地印花稅行政救濟案，業經本院96年度判字第666號判決上訴駁回確定在案等語，爰求為判決駁回被上訴人在第一審之訴。
四、原判決撤銷訴願決定及原處分，並命上訴人對於被上訴人93年9月7日之退稅申請案，應作成准予退還被上訴人印花稅款591,937元之行政處分，係以：
(一)、印花稅為交易稅之一種，其稅捐客體、主體，依印花稅法
第6條第1款規定，凡屬各級政府機關書立印花稅法第5條所列課徵範圍之憑證，皆得免徵印花稅，並未就各級政府機關書立憑證內容或締結買賣契約之資金來源為任何限制，是原則上，祇要該當於上開條文規定，即應予以免徵印花稅。且印花稅法第6條第1款規定之意旨，乃係因政府機關係代表國家執行各項公共任務，倘其所立之憑證亦需貼用印花，僅為虛列國家預算來支應，一出一進之間，並未增加國庫收入，反而徒增作業程序、虛耗行政資源及人力。職是之故，遂針對政府機關進行公權力行為規定不予課徵印花稅，但其並未進一步就所謂「政府機關公權力行為」為定性規定，亦未以各政府機關所書立之憑證內容是否該當於相關「公目的」性質為審斷標準，故上訴人以被上訴人資金來源或其基金名稱、所編列預算種類及運作方式等，來決定印花稅法第6條第1款規定內容之「目的性限縮」範圍，已逾該條立法意旨，本有可議。
(二)、科學工業園區設置管理條例第1條明定，我國設置科學工
業園區之目的，旨在引進高級技術工業及科學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業之發展，乃係屬「公目的」性質；且不管係土地出租對象、租金價格之訂定及審查機制暨管理園區等事項，皆須符合相關法律規定（如科學工業園區設置管理條例第3條第2項、第4條、第10條第4項、第12條第3項及同法施行細則第11條、第17條、第22條等），自不能與一般民間私經濟行為相提併論。
(三)、被上訴人非營利事業，基本上並無資金進出之形式（亦無
營業成本費用與收入配合原則之問題），縱因身為政府機關，享有免納印花稅之待遇，亦不因而產生所謂成本減少之情形；且其將園區內土地以素地或興建廠房方式出租提供予廠商使用，係受有科學工業園區設置管理條例第3條第2項、第4條、第10條第4項、第12條第3項等及相關施行細則暨園區事業投資計畫管理辦法等之限制，雖形式上採取「出租並收取租金」之方式，然從購置系爭土地費用係列報在作業基金附屬單位決算（非營業部分）總說明第6項其他(三)補辦預算項下之「固定資產之建設改良及擴充」項下觀之，其取得土地後部分係作為用地，部分廠房及土地則依上開法規予以出租，惟收益皆係歸屬國庫（依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第11條「本基金結束時，應予結算，其餘存權益應解繳國庫」規定，其資金來源之基金結束時亦同），自與一般民間土地租賃情形不同，上訴人竟將設立目的、性質等截然不同屬性之政府機關（即被上訴人）與一般私經濟體放置在同一平台（私經濟市場）評斷，非惟無據，尤凸顯其立基上之謬誤，所稱殊無足取。
(四)、被上訴人為科學工業園區唯一之地主，除外並無任何私人
可以提供科學園區土地出租及相關公共設施服務，與民間自不具實質之競爭性及排他性，縱其作業基金現金流量決算表、基金收支保管及運用、預算等項，容或與一般營利事業營運作業方式雷同，亦無變更其設置及管理等特殊性之可能，上訴人徒擷取其形式，而將其實質棄之不談，殊與實質課稅原則相悖，委無可採。況被上訴人購置系爭土地後，雖以出租方式提供予園區事業使用，惟究其實質乃係以私法之形式，踐行引進高級技術工業及科學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業發展之公共行政目的，尚非單純之私經濟行為，亦非屬在市場上從事「購入原、物料並投入人力，生產產品或勞務而為行銷」之持續性交易活動（即營利行為），自不具營利性質。
(五)、依科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第4
條及第5條規定可知，系爭作業基金之用途，均僅限制於充實科學工業園區之各項軟、硬體設施之興建、維護及必要管理支出，尚無供作私人營利之用。參以同辦法第11條規定，系爭作業基金於結束時，既應予結算，並將其餘存權益解繳國庫，足見其實際用途確係為遂行設置科學工業園區以引進高級技術工業及科學技術人才，並促進高級技術工業發展之公共行政任務而使用，尚非營利性質甚明。
(六)、綜上，印花稅法第6條第1款規定，既祇針對稅捐主體本身
之屬性為規範，並未針對稅捐主體締約而使用憑證之資金來源為規範。則本件被上訴人身為政府機關，其向臺糖公司、苗栗農田水利會購買系爭土地作為園區擴建用地，既不具營利性質，渠等所訂立之不動產買賣契約書，依印花稅法第6條第1款規定，自應免納印花稅。是被上訴人以上訴人適用法令錯誤，依稅捐稽徵法第28條規定，申請上訴人退還其已繳納之印花稅款591,937元，即屬有據等詞，為其判斷之基礎。
五、本院核原判決固非無見，惟查：
(一)、按行為時稅捐稽徵法第28條規定：「納稅義務人對於因適
用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。」次按印花稅法第1條規定：「本法規定之各種憑證，在中華民國領域內書立者，均應依本法納印花稅。」同法第5條第5款規定：「印花稅以左列憑證為課徵範圍：……五、典賣、讓受及分割不動產契據：指設定典權及買賣、交換、贈與、分割不動產所立向主管機關申請物權登記之契據。」同法第6條第1款規定：「左列各種憑證免納印花稅：一、各級政府機關及鄉（鎮、市、區）公所所立或使用在一般應負納稅義務之各種憑證。」同法第7條第4款規定：「印花稅稅率或稅額如左：……四、典賣、讓受及分割不動產契據：每件按金額千分之一，由立約或立據人貼印花稅票。」再按預算法第4條第1項第2款第4目規定：
「稱基金者，謂已定用途而已收入或尚未收入之現金或其他財產。基金分左列二類︰……二、特種基金︰歲入之供特殊用途者，為特種基金，其種類如左︰……(四)凡經付出仍可收回，而非用於營業者，為作業基金。」同法第18條第2款規定：「左列預算為單位預算：……二、在特種基金，應於總預算中編列全部歲入、歲出之基金之預算。」同法第19條第1項規定：「特種基金，應以歲入、歲出之一部編入總預算者，其預算均為附屬單位預算。」復按中央政府特種基金管理準則第4條規定：「每一特種基金為一獨立計算債權、債務、損益或餘絀之會計個體，均應分別處理，除符合預算法第18條第2款規定者外，均應編製附屬單位預算。」同準則第10條第3款第1目規定：「各特種基金盈（賸）餘分配及虧損（短絀）填補之原則如下：……三、營業及信託基金以外特種基金之賸餘分配及短絀填補之項目如下：（一）賸餘分配：1.填補歷年短絀。
2.提列公積。3.撥充基金或解繳國庫。4.其他依法律應行分配之事項。5.未分配賸餘。」同準則第19條規定：「特種基金裁撤後，其餘存權益應歸屬中央政府。」同準則第20條規定：「地方政府所管特種基金，準用本準則之規定。」且按科學工業園區設置管理條例第5條規定：「為執行園區管理業務，辦理園區管理工作，並提供園區事業各項服務，由國科會於各園區設置園區管理局（以下簡稱管理局）。」同條例第6條規定：「管理局掌理園區內下列事項：……。」同條例第6條之1規定：「（第1項）管理局為辦理前條所列職掌應收取之服務收入及租金收入等，應設置作業基金，為下列各款之應用：一、科學工業園區之開發、擴充、改良、維護及管理等事項。二、科學工業園區各項作業服務事項。三、其他有關事項。（第2項）前項作業基金之收支、保管及運用辦法，由行政院定之。」又按科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第3條規定：「本基金為預算法第4條第1項第2款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以行政院國家科學委員會為主管機關，並以科學工業園區管理局為管理機關。」同辦法第4條規定：「本基金之來源如下：一、由政府循預算程序之撥款。二、科學工業園區管理費收入。三、科學工業園區廠房、住宅、宿舍、土地租金及出售廠房之收入。
四、科學工業園區作業服務收入。五、科學工業園區公共設施建設費收入。六、本基金之孳息收入。七、其他有關收入。」同辦法第5條規定：「本基金之用途如下：一、科學工業園區擴建及新建之投資支出。二、科學工業園區作業服務支出。三、科學工業園區與其週邊公共設施及維護區內安全、環境衛生之支出。四、依科學工業園區設置管理條例第17條規定徵購廠房及其有關建築物之支出。五、管理及總務支出。六、其他有關支出。」同辦法第6條規定：「本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依國庫法及其相關法令規定辦理。」同辦法第7條規定：「本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。」同辦法第10條規定：「本基金年度決算如有賸餘，得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理。」同辦法第11條規定：「本基金結束時，應予結算，其餘存權益應解繳國庫。」另按財政部79年9月3日台財稅字第790096495號函示：「行政院國家科學委員會所屬之科學工業園區管理局及管理局所設置之作業單位，其銷售貨物或勞務之收入，凡列入『科學工業園區管理局作業基金附屬單位預算』者，應依法課徵營業稅。說明：……二、該管理局之收入，如係列入『科學工業園區管理局單位預算』內，收入全數解繳公庫者，准予免徵營業稅，至於列入『科學工業園區管理局作業基金附屬單位預算』者，其收入依照（70年10月29日訂定發布之）科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法第9條（現行辦法第10條）之規定，該基金年度決算後如有賸餘，除報經核准循預算程序撥充為科學工業園區開發擴充、改良及各項作業設施計畫所需資金或列為未分配賸餘處理部分外，應解繳國庫。故其基金之收入並未全數解繳公庫，應依主旨之規定課稅。三、至管理局所設置之儲運中心，係屬科學工業園區設置管理條例所稱之『園區事業』，其銷售勞務與園區內之其他園區事業、免稅出口區內之外銷事業及海關管理之保稅工廠，准依（78年5月24日修正公布之）科學工業園區設置管理條例第17條（現行條例第20條）第3項及（76年10月16日修正發布之）同條例施行細則第27條第2項（現行細則第17條第4項）暨本部78年10月21日台財稅第000000000號函之規定適用零稅率。」審計部81年7月22日台審部字第811770號函示：「本部派員抽查部分非營業循環基金辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，未依印花稅法第7條規定貼用印花稅票，請查照轉知所屬非營業循環基金管理機關注意依上述規定辦理。」行政院81年8月4日台(81)忠授六字第8766號函示：「各機關所屬非營業循環基金辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，應依印花稅法第7條規定貼用印花稅票……。」財政部92年10月31日台財稅字第0920453904號函示：「主旨：關於行政院國家科學委員會所屬南部科學工業園區管理局所書立之印花稅應稅憑證，其屬科學工業園區管理局作業基金附屬單位預算辦理者，仍應依規定貼用印花稅票……。說明：……二、南部科學工業園區管理局為隸屬行政院國家科學委員會之行政機關，編列單位預算，所書立應負納稅義務之各種憑證，可依印花稅法第6條第1款規定免納印花稅。惟依據行政院81年8月4日台(81)忠授六字第8766號函規定……經查預算法民國87年10月29日修正前原條文第4條第2款第4目規定之『非營業循環基金』與現行預算法第4條第1項第2款第4目規定之『作業基金』，同指『凡經付出仍可收回，而非用於營業者』。故現行各機關所屬作業基金之性質與上開函釋規定之非營業循環基金相同，其有辦理工程所簽訂之合約書正本及退還保證金所開立之收據，仍應依規定貼用印花稅票。至如有書立其他印花稅應稅憑證，亦應援例辦理，俾資一致。……」財政部97年4月8日台財稅字第09704519090號函示：「編列作業基金預算之政府機關所書立或使用屬印花稅課稅範圍之憑證，依行政院81年8月4日台(81)忠授六字第8766號函及本部92年10月31日台財稅字第0920453904號函核釋之原則，應貼用印花稅票。……」上揭函令係闡釋行政機關之作業基金（前為非營業循環基金）既編列附屬單位預算，則運用該作業基金（前為非營業循環基金）辦理工程等事項所簽訂之合約書正本、退還保證金所開立之收據及其他印花稅應稅憑證，已非印花稅法第6條第1款規定之「各級行政機關所立或使用在一般應負納稅義務之各種憑證」，應依印花稅法第7條規定貼用印花稅票，核與印花稅法立法意旨無違，未逾越法律規定，且係闡明法規之原意，應自法規生效之日起有其適用。
(二)、觀諸原處分卷附之被上訴人93年9月7日園秘字第09300249
45號函，足見被上訴人係以上訴人適用法令錯誤為由，依稅捐稽徵法第28條規定申請退還系爭稅款。
(三)、又觀諸印花稅法第5條第2款但書規定：「印花稅以左列憑
證為課徵範圍：……二、銀錢收據：……但兼具營業發票性質之銀錢收據及兼具銀錢收據性質之營業發票不包括在內。」暨財政部75年11月4日台財稅字第7577148號函示：
「小規模營業人開立載有品名、數量及價款等項，具有營業發票性質之收據，依照印花稅法第5條第2款但書規定，應免貼用印花稅票。」財政部84年11月29日台財稅字第841660668號函示：「計程車駕駛人向乘客收取車費所開立之收據，係兼具營業發票性質，依印花稅法第5條第2款但書規定，毋須貼用印花稅票。」財政部86年9月12日台財稅字第861915311號函示：「銀行業、保險業及信託投資業者因經營非專屬本業部分之銷售收入，依本部86年7月1日修正施行之統一發票使用辦法第4條第22款、第23款及第24款之規定，均得免用或免開統一發票，其等因免開立統一發票而基於業務需要另立之收據，既係用以取代原開立之統一發票，應屬兼具營業發票性質之銀錢收據，依據印花稅法第5條第2款但書規定，免繳納印花稅。」等，可見各種憑證應納或免納印花稅，並非以是否具有營業性質為判準。
(四)、再觀諸上揭預算法、中央政府特種基金管理準則、科學工
業園區設置管理條例、科學工業園區管理局作業基金收支保管及運用辦法等相關規定，可知被上訴人為隸屬行政院國家科學委員會之行政機關，為辦理園區內職掌事項，應設置經付出仍可收回，而非用於營業之作業基金，以行政院國家科學委員會為主管機關，被上訴人為管理機關；該作業基金為一獨立計算債權、債務、損益或餘絀之會計個體，均應分別處理，亦應編製附屬單位預算，以歲入、歲出之一部編入總預算；該作業基金之來源為政府撥款、管理費收入、租售收入、服務收入、建設費收入、孳息收入及其他有關收入，用途為科學工業園區之擴建及新建之投資支出、作業服務支出、科學工業園區與其週邊公共設施及維護區內安全、環境衛生之支出、依科學工業園區設置管理條例第17條規定徵購廠房及其有關建築物之支出、管理及總務支出及其他有關支出；該作業基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依國庫法及其相關法令規定辦理，且為應業務需要，得以該作業基金購買政府公債、國庫券或其他短期票券，而年度決算如有賸餘，其賸餘分配得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理，而依中央政府特種基金管理準則第10條第3款第1目之規定，其賸餘分配之項目尚有填補歷年短絀、提列公積、解繳國庫、其他依法律應行分配之事項；該作業基金結束時，應予結算，其餘存權益應解繳國庫。然印花稅為地方稅而非國稅，課徵印花稅係增加直轄市或縣（市）庫收入而非國庫收入，直轄市或縣（市）庫與國庫既不相同，且不相通，則被上訴人之作業基金雖於結束時，應予結算，其餘存權益應解繳國庫，惟既非解繳新竹市庫，是原判決所謂被上訴人於其作業基金結束前，運用其作業基金協議價購土地作為園區竹南二期擴建用地，與臺糖公司、苗栗農田水利會所簽訂之系爭土地買賣所有權移轉契約書，倘應依印花稅法第7條規定貼用印花稅票，僅係虛列國家預算支應，一出一進之間，並未增加國庫收入，反而徒增作業程序、虛耗行政資源及人力，而與印花稅法第6條第1款之立法意旨相悖乙節，尚有未洽。
(五)、被上訴人雖為隸屬行政院國家科學委員會之行政機關，惟
其向臺糖公司、苗栗農田水利會協議價購土地作為園區竹南二期擴建用地所應給付之買賣價金，係編列被上訴人之作業基金附屬單位預算項下，此為兩造所不爭執，復係原審確定之事實，則依上揭函令意旨，其作業基金之收入並未全數解繳國庫，更未解繳新竹市庫，渠等所簽訂之系爭土地買賣所有權移轉契約書已非印花稅法第6條第1款規定之「各級行政機關所立或使用在一般應負納稅義務之各種憑證」，應依印花稅法第7條第4款規定貼用印花稅票。上訴人以竹市稅稽處92年11月21日函請被上訴人開立印花稅大額繳款書，核無適用法令錯誤之情事，被上訴人完納系爭稅款後，以上訴人適用法令錯誤為由，依稅捐稽徵法第28條規定，向上訴人申請退還系爭稅款，上訴人以原處分否准所請，並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合。原判決認被上訴人以上訴人適用法令錯誤為由，依稅捐稽徵法第28條規定，向上訴人申請退還系爭稅款，於法有據，而判決撤銷訴願決定及原處分，並命上訴人對於本件退稅申請案，應作成准予退還被上訴人系爭稅款之行政處分，其適用法規尚有不當，且影響判決結果。上訴論旨指摘原判決違背法令，求予廢棄，為有理由，應由本院本於原審上開確定之事實，將原判決廢棄，並駁回被上訴人在第一審之訴。
六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 9 月 22 日
最高行政法院第二庭
審判長法官 劉 鑫 楨
法官 鄭 忠 仁法官 陳 秀 媖法官 姜 素 娥法官 吳 慧 娟以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 100 年 9 月 23 日
書記官 莊 俊 亨