最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第1051號上 訴 人 南山人壽保險股份有限公司代 表 人 謝仕榮訴訟代理人 袁金蘭 會計師
林瑞彬 律師被 上訴 人 財政部臺北市國稅局代 表 人 陳金鑑 局長上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國98年12月17日臺北高等行政法院98年度訴字第1118號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決關於91年度股東可扣抵稅額帳戶部分暨該訴訟費用部分均廢棄。
廢棄部分訴願決定及原處分（復查決定）關於91年度股東可扣抵稅額帳戶部分均撤銷。
其餘上訴駁回。
廢棄部分第一審及上訴審訴訟費用均由被上訴人負擔，駁回部分上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、被上訴人之代表人原為凌忠嫄，於上訴審程序中變更為陳金鑑，業據被上訴人新任代表人具狀聲明承受訴訟，核無不合，先予敘明。
二、本件上訴人91年度（採12月制；民國91年12月1日至92年11月30日）營利事業所得稅結算申報，原列報（1）利息收入新臺幣（下同）32,006,279,272元，經被上訴人初查以債券溢價攤銷數472,000,827元不得自利息收入項下減除，及漏報中國農民銀行證券部利息收入35,500元，乃加回並核定利息收入為32,478,315,599元，補徵稅額17,088,292元。（2）90年度未分配盈餘申報，列報項次5「其他」0元、當年度應納之營利事業所得稅1,253,193,474元及未分配盈餘1,748,960,741元，被上訴人初查從其申報數核定，嗣查得上訴人90年度營利事業所得稅結算申報，逕將債券利息溢價攤銷金額324,301,572元自利息收入減除，乃於項次5「其他」加回，變更核定項次5「其他」324,301,572元、當年度應納之營利事業所得稅1,334,268,867元及未分配盈餘1,978,721,511元，補徵稅額22,976,077元。（3）91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，上訴人自行列報期初餘額2,115,826,995元、分配股利總額所含之可扣抵稅額1,260,600,000元及超額分配可扣抵稅額0元，被上訴人初查從其申報數核定，嗣因其90年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額變更核定為2,032,056,072元，被上訴人乃重行核定91年度股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額為2,032,056,072元、期末餘額為2,398,000,055元及超額分配可扣抵稅額為49,800,000元，應補稅額49,800,000元。上訴人不服，申請復查，經被上訴人以97年12月30日財北國稅法一字第0970243373號復查決定（下稱原處分）（1）91年度營利事業所得稅部分：追減農民銀行利息收入35,500元，變更核定利息收入為32,478,280,099元。（2）91年度股東可扣抵稅額帳戶部分：追認期初餘額9,557元，變更核定為2,032,065,629元，其餘復查駁回。（3）90年度未分配盈部分：復查駁回。上訴人仍表不服，循序提起行政訴訟，經原審判決駁回，乃提起本件上訴。
三、上訴人起訴主張：
（一）91年度營利事業所得稅部分：所得稅法第62條所指「原利率」，應指「殖利率」而非「票面利率」。因此上訴人以溢價買入債券，並按債券到期日每期調整債券溢價攤銷，以市場利率認列利息收入，方屬符合所得稅法第62條精神之作法，惟被上訴人竟認定不得將折溢價攤銷用以調整利息收入，顯係誤解所得稅法第62條之意旨，且違反所得稅法第22條所規定之權責發生制。又財政部75年7月16日台財稅第0000000號函釋（下稱75年函釋）之重點在於釐清利息收入之計算參數中之「持有期間」，而非在討論利息收入之其他參數「債券價值」或「債券利率」，被上訴人於75年函釋公布十餘年後，忽開始依75年函釋之部分文字逕為引用，而未慮及75年函釋規範目的及對象，顯有違誤。因此，被上訴人以財政部75年函釋為依據，堅持上訴人應以「票面利息」列報利息收入，實乃違反實質課稅之原則，原處分顯有違誤。
（二）90年度未分配盈餘部分：計算未分配盈餘之稅基數額時，基於「量能課稅原則」，自應以「財務會計」為基礎，計算出營利事業實際之未分配盈餘。95年5月30日公布施行之修正後所得稅法第66條之9，明定未分配盈餘稅應以「依商業會計法規定處理之稅後純益」為基礎，亦即以財務會計基礎計算之未分配盈餘為核算應納未分配盈餘稅之始點。是以，上訴人逐年分攤購入票面利率高於市場利率之債券所額外付出之成本（即債券溢價），該債券溢價攤銷數即為上訴人已支付之成本，依據商業會計法所計算之盈餘絕對不包括此一溢價攤銷數，故上訴人於股東會可決議分配之股利金額實不包含此一攤銷數，非屬「可分配而未分配之盈餘」，自不應課徵未分配盈餘稅。被上訴人率爾將該財稅差異數否准認列為未分配盈餘之減項，使未分配盈餘稅之稅基與納稅義務人之實際可分配盈餘能力不相符，顯忽略兩稅合一制度下，未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅之立法原意。
（三）91年度股東可扣抵稅額帳戶部分：
（１）87年度前手息扣繳稅款被上訴人全數未准許計入部分：
1.上訴人87年度之營利事業所得稅及股東可扣抵稅額帳戶遭被上訴人多次核定，是以，上訴人於申報89年度股東可扣抵稅額時，已考慮到被上訴人於90年8月2日對上訴人87年營利事業所得稅案之核定書中將「本年度應退稅額」由826,996,545元調整為749,389,911元，其間之差額77,606,634元，屬於經調查核定減少之退稅額，亦即屬於股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表中(二)(4)B .之欄位，依法自得將其差額77,606,634元計入股東可扣抵稅額帳戶中；另上訴人於申報90年度股東可扣抵稅額時，被上訴人亦已於91年5月1日再更正核定將「本年度尚未抵繳之扣繳稅款」調增19,111,934元，亦即已實際抵繳稅款數被調減19,111,934元，而當實際繳稅數被調整時自應予以配合將股東可扣抵稅額同額調低，方符合所得稅法第66條之3之正確計入規定，故上訴人分別於知悉核定情形之89年度及90年度將77,606,634元及19,111,934元自股東可扣抵稅額帳戶中分別計入及減除，此等情事自屬合法而有其依據；在被上訴人於96年度製發91年度股東可扣抵稅額核定通知書而認定本件有超額分配情事前，上訴人實無法預知此等依被上訴人核定數及稅法規定計入股東可扣抵稅額帳戶日後會因被上訴人變更核定而形成超額分配。蓋股東可扣抵稅額帳戶有前後年度銜接問題，縱使被上訴人就系爭稅額之調整於法有據，亦應將股東可扣抵稅額調整於核定剔除年度（亦即於核定處分時之96年度），而非追溯調整在以往稅款所屬年度，俾使納稅義務人對於租稅負擔之調整有可預期性，否則形同使納稅義務人一直處於股東可扣抵稅額餘額無法確認之情形，而使得租稅負擔未定，在考量租稅安定性之下，被上訴人應採不溯及既往之原則方能減少訟源並兼顧徵納雙方和解之美意。故被上訴人不應將此追溯調整上訴人91年度之股東可扣抵稅額帳戶而認定上訴人有超額分配情事，而應當於96年度調整核定時直接調整核定當年度之帳戶餘額即可。
2.股東可扣抵稅額係營利事業已繳納予國家，因而可帶予營利事業股東之稅額，故只要稅款已繳納即應得予計入，與上訴人是否經由和解程序而放棄抵用全無涉，否則將形成有繳稅但無法計入股東可扣抵稅額之情事，與此一制度設計之基本概念不符，是以上訴人87年度前手息扣繳稅額58,494,700元既已繳納予國庫，自應可被核定加回股東可扣抵稅額帳戶中。
3.被上訴人雖然主張依所得稅法第66條之3規定，扣繳稅款應以「實際抵繳」應納稅額之數額計入股東可扣抵稅額帳戶，在一般情況下，扣繳稅款金額會等於實際抵繳金額，然而本件上訴人因放棄實際抵繳稅款之權利而使實際抵繳數低於扣繳稅款金額，但不代表國家可因此在實收扣繳稅款後，卻不給營利事業之股東抵稅權，此等作法明顯不符兩稅之一之基本精神，是以，上訴人主張87年度債券前手息扣繳稅額58,494,700元應先行予計入股東可扣抵稅額帳戶中。
（２）89年度前手息扣繳稅款和解數遭被上訴人否准計入部分：
1.被上訴人命補繳超額分配稅款使國庫產生不當得利，且此種就在和解爭議事項外另創其他課稅義務，已超出上訴人同意和解之範圍：造成上訴人股東可扣抵稅額申報數與核定數差異之原因，部分係因上訴人89年度債券前手息扣繳稅款與被上訴人達成和解自願調減20％之扣繳權利，但被上訴人卻亦調減20％之股東可扣抵稅額加項25,266,666元所致；按和解係當事人約定互相讓步，以終止爭執或防止爭執之契約，上訴人為避免行政爭訟浪費行政資源，已讓步20％可能抵扣之扣繳稅款之權利，國庫因超額分配而蒙受之稅收損失業已透過上訴人補繳營利事業所得稅（和解放棄部分之20％利息扣繳稅款）而獲得彌平，被上訴人再令上訴人補繳超額分配稅款，不啻令國庫有不當得利之嫌。
2.本件主要爭點在於上訴人與被上訴人就87、89年度債券前手息爭議以協談方式和解後，上訴人同意放棄兩年度之扣繳稅額共37,365,606元（11,698,940元＋25,266,666元），是以被上訴人95年1月核定減少上訴人89年度可計入股東可扣抵稅額帳戶之扣繳稅額25,266,666元，並否准上訴人將87年度之前手息扣繳稅款數77,606,634元認列為「繳納核定補徵之稅額」，及在90年股東可扣抵稅額帳戶期初餘額數調減102,873,300元（77,606,634元＋25,266,666元），並自股東可扣抵稅額帳戶中同步減少上訴人87年度應退稅額19,111,934元，以使得股東可扣抵稅額帳戶被核定減少之金額等於前手息扣繳稅款之淨額全數58,494,700元，亦即無論是20％之和解撤回數11,698,940元或80％之仍予追認數46,795,760元皆被否准計入股東可扣抵稅額帳戶中，然上訴人僅係依和解內容同意不將扣繳稅款實際抵用，並未同意放棄其計入股東可扣抵稅額帳戶之權利。惟被上訴人卻進一步追溯調整90年初股東可扣抵稅額帳戶餘額，然如前所述，在考量租稅安定性之下，被上訴人應採不溯及既往之原則方能減少訟源並兼顧徵納雙方和解之美意。
3.上訴人自87年度起設置當年度股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額為零，且以後年度股東可扣抵稅額帳戶申報之期初餘額等於其上年度期末餘額。被上訴人於96年始核定上訴人91年股東可扣抵稅額帳戶，溯及調整扣繳稅款項目，造成上訴人90年期末與91年期初申報之股東可扣抵稅額帳戶與被上訴人之核定數不同。惟行為時被上訴人既尚未核定89年度至91年度之股東可扣抵稅額帳戶變動表，上訴人91年度申報之期初餘額與90年度之期末餘額相同，因此上訴人絕無違反所得稅法第66條之2之規定，而有「虛增」股東可扣抵稅額帳戶之情形。故上訴人將100％債券前手息扣繳稅款抵扣營利事業所得稅並計入股東可扣抵稅額帳戶，其合法性及正當性自不應該因為嗣後上訴人與被上訴人訂定和解契約而產生影響。換言之，被上訴人不得因嗣後已與上訴人達成和解，而率認上訴人於89年度將100％債券前手息之扣繳稅款計入股東可扣抵稅額帳戶有使該帳戶「虛增」之情事，否則即與租稅法律主義相違。又上訴人於行為時申報89年度營利事業所得稅時已依法取具扣繳憑單，上訴人依扣繳憑單上之數額抵繳其營利事業所得稅，並於行為時之年度決算日列入股東可扣抵稅額帳戶，不僅客觀上並無任何虛增或虛報之結果，主觀上亦無故意或過失而虛偽增加股東可扣抵稅額帳戶，是以上訴人並無違反所得稅法第66條之3或第66條之4規定，當無虛增股東可扣抵稅額帳戶金額之情形存在。
（四）綜上，上訴人主張債券溢價攤銷屬利息收入之減項，故91年度營利事業所得稅結算申報列報利息收入32,006,279,272元，90年度未分配盈餘申報列報項次5「其他」0元，於法並無不合，另91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表列報期初餘額2,115,826,995元、超額分配可扣抵稅額0元，並無超額分配情事，原處分認定顯有違誤等情，求為判決訴願決定及原處分（含復查決定）不利上訴人部分均撤銷。
四、被上訴人則以：
（一）91年度營利事業所得稅部分：
（１）系爭溢價債券，係上訴人長期投資之證券，自係以長期持有為目的，則其市價變動之損益自不可能在短期內實現，其損益即難以短期浮動之市場價格予以正確評估，亦即短期證券市價之漲跌仍可能在往後年度降價或回升，故證券長期投資未實現之跌價損失，應列在資產負債表股東權益項下之減項，因與損益表無關，而不得列在當年度（期）盈餘項下，又長期債券投資於滿期時所支付之利息，係按票面之固定利率為之，上訴人於購入之初即已知悉，且投資損益之風險，亦於擇定投資項目時即衡量在先，自無於購入債券之後，反而以短期證券視之，單獨將「債券利息收入」於各年度與市價比較評量，預作損益評估之理。是上訴人稱所得稅法第62條規定之原利率應指債券成交時之殖利率云云，尚難採憑。
（２）上訴人既係採長期債券投資，其在第1年支付現金買進債券之同時，即將債券帳列資產項下長期投資科目，當無於購入後之第2年度以後帳列其他科目及另有相對應之成本產生之可能，其利息收入雖係因一定之約定利率所產生，惟因並未再行支付現金，自無在債券持有期間內有所謂與成本配合之問題，且因長期投資未實現跌價損失並不放入當期盈餘，於損益表並無影響，故無將債券割裂後單獨將債券利息收入部分計算損益之理；又就營利事業採權責發生基礎而言，收益係營業活動之結果，費用則為營業活動所耗用之成本（付出的代價），上訴人所稱之系爭差額乃與投資市場利率比較後之金額，究其本質係屬利息收入之一部分，即仍係屬收益，並非為獲致系爭利息收入所耗用之成本，自非權責發生基礎所遵循之收益原則及配合原則範疇。況投資債券盈虧係以買入債券當時與嗣後出售債券時之市場利率利差為斷，與票面利率並無關連，故上訴人主張應予扣除系爭溢價差額云云，非但乏其依據，復違會計原理原則，從而被上訴人否准上訴人將系爭公司債溢價攤銷數472,000,827元由利息收入減除，並無不妥。
（３）所得稅法第24條之1於96年7月13日修正生效後，營利事業持有債券之利息收入，始應按溢折價攤銷計算。增訂所得稅法第24條之1規定，並無追溯適用之條款。目前證券交易所得停徵，長期債券投資溢價部分於出售或到期時認列之證券交易損失，雖無法自課稅所得中減除，惟長期債券投資折價部分於出售或到期時認列之證券交易利益，亦免計入課稅所得，此為證券交易所得停徵前提下之公平原則，若因溢價攤銷依前揭規定處理將造成營利事業稅負增加，即謂違反量能課稅原則，顯屬誤解。
（二）90年度未分配盈餘部分：上訴人90年度未分配盈餘申報，列報90年度列報未分配盈餘1,748,960,741元，原查以其90年度營利事業所得稅結算申報係經會計師查核簽證申報之案件，其將債券利息溢價攤銷324,301,572元自利息收入項下減除與規定不合，乃於「項次5」加計324,301,572元，併同其餘調整，核定未分配盈餘1,978,721,511元。蓋上訴人原列報利息收入減除系爭債券利息溢價數攤銷324,301,572元既經被上訴人依前揭財政部75年函釋意旨轉列利息收入，惟會計師辦理所得稅簽證申報時未依所得稅法相關規定予以調整，如稽徵機關於核定其未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅之基礎上因無從查核調整，致與其餘經會計師簽證且確實依所得稅法規定調整長期債券投資溢價攤銷者有所不同，自有違行政平等原則。是長期債券投資溢價攤銷數，會計師於辦理所得稅簽證申報時未依所得稅法相關規定調整，經被上訴人依規定調整利息收入後，將長期債券投資溢價攤銷數額列為未分配盈餘加項之「項次5」，並非新增未分配盈餘之加計項目，而僅在使計算未分配盈餘所憑之課稅所得額數額與法相符並維護租稅公平。
（三）91年度股東可扣抵稅額帳戶部分：
（１）個人股東獲配之股利，是否含有股東可扣抵稅額及金額之大小，完全視營利事業階段納稅多寡而定，為兩稅合一制立法基本原則，所得稅法第66條之3第1項第1款規定，營利事業繳納屬87年度以後結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶（下稱ICA），復依同法施行細則第48條之2規定，所稱繳納營利事業所得稅結算申報應納稅額，包括營利事業以其1.已繳納之暫繳稅款「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額；2.扣繳稅款「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額；3.結算申報自行繳納之稅額，三項金額之總和。其中扣繳稅款既係以「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額之金額，不問扣繳稅款有無變動或其變動原因為何，只問扣繳稅款「實際」抵繳之金額為已足，以正確計算股東可扣抵稅額帳戶餘額。本件系爭87年度前手息扣繳稅款58,494,700元部分，上訴人87年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細表，申報實際繳納結算申報應納稅額553,964,326元、暫繳及扣繳稅額合計數1,380,960,871元及期末餘額783,186,907元，原查依申報數認定。嗣因債券前手息爭議，雖原應將系爭前手息扣繳稅款全數予以剔除，惟剔除後經重行核算暫繳及扣繳稅額合計數為1,303,354,237元（1,380,960,871元－77,606,634元），仍高於87年度結算申報實際應納稅額553,964,326元，故實際抵繳應納稅額數並未變動，故ICA可扣抵稅額不受系爭前手息扣繳稅款變動之影響。惟上訴人誤將原核定前手息調整減少之退稅款77,606,634元，計入89年度股東可扣抵稅額帳戶，復於前手息申請更正為58,494,700元後，誤將87年度前手息扣繳稅款之差額19,111,934元，再列為90年度股東可扣抵稅額帳戶之減除項目，合計多計入58,494,700元（77,606,634元－19,111,934元），被上訴人分別予以調整，剔除89年度ICA加項77,606,634元及90年度ICA減項19,111,934元，並無不合。
（２）本件系爭89年度債券前手息扣繳稅款25,266,666元，經上訴人與被上訴人協議和解放棄抵繳實際應納稅額，又因上訴人89年度應納稅額核定減少6,392,557元（應納稅額核定數2,049,947,084元－申報數2,056,339,641元），故被上訴人核定上訴人89年度應補稅額18,874,109元（25,266,666元－6,392,557元），而上訴人亦於95年3月23日（94會計年度）悉數繳納系爭應補稅額，並將上開補繳稅款18,874,109元，計入其94年度ICA帳戶中申報，以增加其股東之抵稅權。上訴人主張其雖經和解同意不將扣繳稅款抵繳實際應納稅額，但並未同意放棄其計入ICA帳戶之權利。本件若就其主張將導致和解放棄抵稅之扣繳稅款不但未自ICA帳戶減除，而因和解而補繳之稅款卻又能計入ICA帳戶中，上訴人不但取得系爭89年度債券前手息經稽徵機關同意抵減當年度營利事業所得稅之扣繳稅款，又增加往後分配盈餘予股東之抵稅權，實與和解相互讓步之精神相違。故被上訴人將系爭前手息扣繳稅款自ICA帳戶中減除並無不合。又系爭前手息扣繳稅款所屬年度分別為87年度及89年度，分別經和解放棄抵繳上開年度實際應納稅額，均為上訴人所不爭，是依所得稅法第66條之3第2項第1款規定，有關扣繳稅款實際抵繳應納稅額之計入時點為「年度決算日」，系爭扣繳稅款自應於所屬年度決算之ICA帳戶中減除，被上訴人依上述法條規定核定，並未違反租稅法定主義等語，資為抗辯，聲明求為判決駁回上訴人之訴。
五、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：兩造之爭執並非針對數據，而是針對處理方式，實質之爭議為（1）91年度營利事業所得稅部分，債券溢價攤銷數淨額是否得自利息收入項下減除；90年度未分配盈餘部分，該債券溢價攤銷是否應列為未分配盈餘加項。（2）91年度股東可扣抵稅額帳戶部分，上訴人申報前手息扣繳稅款、自行調整扣除前手息扣繳稅款、前手息扣繳稅款和解部分，被上訴人全數否准計入股東可扣抵稅額帳戶，是否於法有據。
（一）91年度營利事業所得稅部分：
（１）所得稅法第62條雖係有關資產估價之規範，但其長期投資（尤其是債券部分）利息應列為收回年度之收益部分，則可作為其他與長期投資有關之課稅所得額計算之參考。而該條文中所稱之「長期投資」，除債券外，尚包括存款及放款。至於「原利率」則指債權人與債務人約定之利率，就存款及放款而言，係指一般之存放款利率；就債券而言則為「票面利率」（即債券發行時在發行條件上載明之利率，代表債券持有人可以自發行機構領到之利息），故其每期利息收入，仍應按票面利率計算申報利息收入，否則債券利息將因市場利率經常性變動而難以計算，同樣的，存款及放款之利息收入亦無從確定。又本條文僅在於營利事業因持有債券，責由其檢視區分其債券有無利息，即有無票載利率而異其估價方式而已，係為防杜納稅人藉無利息債券而高估其現價，故於第1項後段明定按當地銀錢業定期1年存款之平均利率計算，凡此均與殖利率無涉。
（２）故有關具有長期投資性質之公司債券利息，其計算方式即得參考上開說明辦理。從而，債券利息收入所指之利率，自應指「票面利率」，而非上訴人所稱「市場利率」或「殖利率」。又債券持有目的因人而異，債券持有期間之長短，完全取決於投資人本身之意圖及能力。再者，一般公債、公司債、金融債券等因載有約定之利率，債券持有人對於此項約定利息按權利存續期間之日數，取得其法定孳息，其約定之利率，不因債券讓售而有所變動。此項利息未獲支付前，如將債券讓售，依民法第295條第2項規定，推定其隨同原本移轉於受讓人，債券原持有人因而經由買賣價金取得是項利息收益。因此，債券之買賣，其買賣價格中實已包括兩部分，一為取得債券所支付之對價，另一為未屆付息日該債券法定利息請求權之讓與對價。又購入債券之價格，依所得稅法第45條規定為其所購入債券成本，係基於當時之預期利率（即殖利率）所決定，其實質意義具有一為取得有價證券所支付之對價（成本），另一為該債券所代表之資金借貸關係而可於未來取得利息所得。而債券之本質為債權，兼具證券交易法規定之有價證券性質，營利事業買賣債券產生之收益或損失可能為利息收入及有價證券所得或損失，依所得稅法第4條之1規定證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除，惟債券之利息所得並無免稅規定。由於買賣債券之交易所得停止課徵所得稅，若債券持有期間所獲得之「利息所得」與債券處分時之「證券交易所得」未明確劃分，將造成課稅計算上之爭議。因此，投資人溢價購入債券，其溢價部分為購入債券之成本，不應於債券持有期間每年自利息收入減除。
（３）財政部75年函釋更具體闡明債券買賣區分成利息收入及債券交易損益，利息收入係按債券持有期間，依債券之面值及利率計算利息收入；債券交易損益係依售價減除其購進該債券之價格，如為兩付息日間購入債券並於取息前出售者，則以售價減除其購進該債券之價格及依上述計算之利息收入後之餘額，視為其證券交易損益。又債權於到期收回時，其超過現價之利息部分，應列為收回年度之收益等。準此可知，長期投資之存款、債券等其損益計算時點係在債券收回或出售時，在本件有溢價購入之情形，因溢價為債券購進價格之一部分，屬債券成本，則營利事業即應按債券之面值及票面利率計算利息收入，並以原始價作為出售債券之成本，亦即債券持有期間並不認列溢、折價攤銷，應將購進成本與面值之差額於出售時認列為證券交易損益，而不調整持有期間之利息收入。故而，上訴人主張債券溢價攤銷應作為利息收入之減項云云，即不足採。
（４）財務會計與稅務會計之計算依據與基礎原即有異，關於租稅之課徵，應以租稅法之有關規定為準據，此觀查核準則第2條第1項及第2項後段規定自明。又企業雖可自由選擇會計原則及採行的方法，惟必須注意前後年度應一致採用相同的方法，俾能符合一般公認會計原則中一致性的要求。系爭溢價攤銷為債券購進價格之一部分，乃屬債券成本，於計算證券交易所得時，自出售債券收入項下減除，已為前開論述綦詳，目前證券交易所得停徵，長期債券投資溢價部分於出售或到期時認列之證券交易損失，雖無法自課稅所得中減除，惟長期債券投資折價部分於出售或到期時認列之證券交易利益，亦免計入課稅所得，已符合公平原則。
（５）又成本收益配合原則，係指當某項收益已經在某一會計期間認列時，所有與該收益之產生有關的成本均應在同一會計期間轉為費用，以便與收益配合而正確的計算損益。本件上訴人係採長期債券投資，其在第一年支付現金買進債券之同時，即將債券帳列資產項下長期投資科目，當無於購入後之第二年度以後帳列其他科目及另有相對應之成本產生之可能，其利息收入雖係因一定之約定利率所產生，惟因並未再行支付現金，自無在債券持有期間內有所謂與成本配合之問題，且因長期投資未實現跌價損失並不放入當期盈餘，於損益表並無影響，故無將債券割裂後單獨將債券利息收入部分計算損益之理。又本件債券溢價差額究其本質應係利息收入之一部分，仍屬收益，並非為獲致系爭利息收入所耗用之成本，自非權責發生基礎所遵循之成本收益配合原則範疇，參以投資債券之盈虧，係以買入債券當時與事後出售債券時之市場利率利差為斷，亦與票面利率毫無關聯。因此，上訴人主張在系爭債券持有期間內仍有與成本配合之問題等情，均非可採。被上訴人就債券溢價攤銷數淨額472,000,827元，否准自利息收入項下減除，於法有據。
（二）90年度未分配盈餘部分：
（１）依行為時所得稅法第66條之9第1項、第2項及第4項規定可知，應為未分配盈餘加項之「課稅所得額」係以「經稽徵機關核定之課稅所得額」，而非以納稅義務人之申報額為計算基準，經會計師查核簽證申報之案件，其「課稅所得額」縱係以納稅義務人申報數為準，然於計算未分配盈餘時，仍係以經稽徵機關核定認定之課稅額為未分配盈餘之加項，而非以納稅義務人申報之課稅所得額，逕為未分配盈餘之加項計算甚明。
（２）本項爭議是上訴人以債券利息溢價攤銷減除之金額，則被上訴人依財政部75年函釋意旨，將之轉列為利息收入，並核認為90年度課稅所得額，即無不合。又依所得稅第66條之9第2項規定，經稽徵機關核定之課稅所得額屬未分配盈餘之加計項目，上訴人既未將長期債券溢價攤銷324,301,572元，列為未分配盈餘加項，被上訴人自項次5「其他」項下加回90年度未分配盈餘中，尚無不合。至所得稅法第66條之9第2項雖於95年5月30日修正改採財務會計觀念，然本件為90年度未分配盈餘事件，並無上開新修正規定之適用。
（三）91年度股東可扣抵稅額帳戶部分：
（１）有關前手息扣繳稅款之爭議，因後手仍尚難提供前手企業之利息所得資料與稽徵機關，憑以區分屬於前手息之扣繳稅款及歸課前手利息所得之事實，為免案件曠日費時，徵納雙方乃透過同業公會之協商，締結和解契約，以代替行政處分。惟我國訴訟實務，就租稅行政救濟之訴訟標的係採爭點主義，課稅處分對應於各個課稅基礎，具有可分性。縱令上訴人就89年度債券前手息扣繳稅款與被上訴人達成和解，依上述課稅處分之爭點主義訴訟標的理論，僅能認定兩造就債券前手息之爭點達成和解，尚難認兩造就債券前手息以外之其他爭議，亦達成和解。
（２）所得稅法第66條之3第1項既已明定應以扣繳稅款「實際抵繳」應納稅額之數額，計入股東可扣抵稅額帳戶，因此「扣繳稅款」、「實際抵繳應納稅額數」及「股東可扣抵稅額帳戶計入項目」本係相互連動，此為「兩稅合一」設計之基本原理，換言之，「扣繳稅款」如有異動，不僅會影響營利事業所得稅，同時將牽動影響股東可扣抵稅額之計算，本件簽證會計師既為財、稅會計領域內之專業人員，自當知之甚詳，故上訴人主張放棄前手息扣繳稅款其影響效果，基於誠信原則應僅侷限營利事業所得稅，不包括股東可扣抵稅額帳戶之計算云云，自無可採。
（３）所得稅法第66條之3及第66條之4所稱之核定增減應納稅額，其計入及減除時點，同法條已分別規定為實際繳納日及核定通知書送達日，上開法條所規範之「核定增減應納稅額」係指因稽徵機關對收入及費用之核定調整，課稅所得額與申報所得額產生差異，致補徵稅額或減少退稅額。本件之爭點係扣繳稅款實際抵繳應納稅額之爭議，與上開規範內容自屬不同，要無適用之餘地；且有關扣繳稅款實際抵繳應納稅額之計入時點，所得稅法第66條之3第2項第1款已明文規定為年度決算日，被上訴人據以核定，符合租稅法定主義，並無回溯調整情事，上訴人主張法無明文規範而應類推適用所得稅法第66條之3及第66條之4規定，委無足採。又所得稅法第66條之3及第66條之4規定之各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中計入或減除，所稱「當年度」，依同法第66條之2第1項規定，係指營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶之起訖期間，為每年1月1日起至12月31日，換言之，營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶依法應恪遵會計期間原則，不同時間點、不同會計事項，依發生時序入帳，以正確紀錄可分配予股東之可扣抵稅額，並詳實紀錄期間內股東可扣抵稅額帳戶之計入或減除項目。因此系爭和解調整之扣繳稅款，縱如上訴人主張於以後年度補繳40％稅款後，股東可扣抵稅額帳戶餘額將與被上訴人核定相同，仍無法改變系爭年度超額分配稅款之事實，否則現存超額分配之事實，繫於將來補繳稅款之有無，顯違租稅明確、安定性原則等語，而因將訴願決定及原處分均予維持，駁回上訴人之訴。
六、本院按：
（一）關於91年度營利事業所得稅－利息收入（即該年度之債券折溢價攤銷數額，得否列為利息收入之加減項）部分：
1.按稅務會計與財務會計之計算依據與基礎原即有異，租稅之課徵，自應以租稅法之有關規定為準據，合先敘明。次按「長期投資之存款、放款或債券，按其攤還期限計算現價為估價標準。現價之計算，其債權有利息者，按原利率計算，無利息者，按當地銀錢業定期一年存款之平均利率計算之。前項債權於到期收回時，其超過現價之利息部分，應列為收回年度之收益。」「營利事業之會計事項，應參照商業會計法及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、本準則暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法、本準則暨有關法令之規定未符者，均應於申報書內自行調整之。」及「營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則、本準則及有關法令之規定未符者，應於申報書內自行調整之。」分別為所得稅法第62條、87年3月31日修正發布、93年1月2日修正發布及94年12月30日修正發布之查核準則第2條第2項所明定。再按「營利事業或個人買賣國內發行之公債、公司債及金融債券，買受人若為營利事業，可由該事業按債券持有期間，依債券之面值及利率計算『利息收入』，如其係於兩付息日間購入債券並於取息前出售者，則以售價減除其購進該債券之價格及依上述計算之利息收入後之餘額作為其證券交易損益。買受人若為個人，因個人一般多未設帳，應一律以其兌領之利息金額併入其當期綜合所得稅課徵。」亦經財政部75年函釋在案，經核上開函釋，係財政部基於職權所為釋示，未逾越法律規定，自可適用。
2.營利事業為債券之投資，該債券於評價上係屬營利事業之資產，至營利事業因長期投資而購入債券者，關於該債券之成本，參諸所得稅法第62條規定，自係指債券之原始取得成本，故不論營利事業就該債券是高於或低於票面價格取得，均不影響其原始取得成本金額之認定。是以，長期投資之債券有利息者，按原票面利率計算利息收入，列報為當期收入，債券溢折價部分，列為收回年度之損益。又債券因屬證券交易法所稱有價證券，是其買賣有所得稅法第4條之1停徵證券交易所得稅規定之適用，故營利事業為債券之買賣，若賣出時（含持有至到期日）之價格低於原始取得成本者，固有損失，惟因其屬證券交易損失，自不得於當年度營利事業所得稅結算申報時予以列報減除；若尚未賣出，則營利事業為該債券投資之損益因尚未實現，自亦不得於持有期間之年度營利事業所得稅結算中予以列報。另財務會計準則公報第21號第26條及第26號第22條雖有關於長期投資之公司債，應按溢折價攤銷作為利息收入之調整；惟此乃基於財務會計之穩健原則，為允當表達營利事業財務情形所為之規範。而稅務會計與財務會計因規範依據及目的有所不同，本即會有所差異，關於債券之溢折價，前開所述乃基於其為資產之本質，依相關法律規定所為之當然解釋，是於本件91年度營利事業所得稅結算申報當時之稅法並無明文其溢折價得為攤銷之情況下，營利事業之財務報表雖依前述準則公報規定為攤銷，然於本件91年度營利事業所得稅結算申報時，此即屬應依查核準則第2條第2項規定為調整之事項。
3.系爭溢價債券係以長期持有為目的之投資證券，其損益難以短期浮動之市場價格正確評估，故未實現之跌價損失，與損益表無關，不得列在當年度（期）盈餘項下，應在資產負債表股東權益項下列為減項，且依所得稅法第62條有關長期股權投資之估價，亦無「成本與時價」孰低法規定之適用。長期債券投資於滿期時支付之利息，係按票面之固定利率計算，故無法於購入債券後，單獨將「債券利息收入」於各年度與市價比較評量，預作損益評估。又上訴人在第1年支付現金買進系爭溢價債券時，將該債券帳列「資產項下」長期投資科目，並無再改列其他科目或有其他相對應成本產生，其利息收入則係因約定利率產生，未因此另行支付現金，故在債券持有期間並無所謂與成本配合之問題，且因證券長期投資「未實現跌價損失」，不列入當期盈餘，對損益表並無影響，故無將債券割裂後單獨將債券利息收入部分計算損益之理。至於因債券之溢價購入，或將形成營利事業終局利益低於按債券面額依約定利率計算之利息金額，而此差額，縱營利事業於購入時在整體評價上係以利息收入之層面予以考量，然尚不得因此影響該行為於稅法上之評價。參以投資債券之盈虧，係以買入債券當時與事後出售債券時之市場利率利差為斷，亦與票面利率毫無關連。
4.所得稅法第62條固係規定於所得稅法第3章「營利事業所得稅」第4節「資產估價」，然上訴人所言應予扣除系爭債券溢價攤銷後之金額一節，非但乏其依據，復違會計原理原則，從而被上訴人將系爭債券利息收入加回原減除之債券溢價攤銷數，即無不合。
5.上訴人主張本件可適用96年7月11日總統令增訂公布之所得稅法第24條之1規定，暨97年2月21日財政部令增訂所得稅法施行細則第31條之1規定乙節。查上開法規並未特定有施行日期，依中央法規標準法第13條規定，應自公布或發布之日起算至第3日起發生效力。準此，本件並無上開法規之適用，亦不生上訴人所訴法令溯及適用之問題。至於財政部研擬所得稅法施行細則草案第31條之4規定：「營利事業於本法第24條之1修正施行前取得之公債、公司債及金融債券，於修正施行後繼續持有者，其自中華民國96年7月13日起之利息收入，應依本法第24條之1規定計算。」業於97年2月21日發布時刪除，惟該草案條文是否增訂，對上開所得稅法第24條之1及其施行細則第31條之1規定之施行及規範並無影響。是原判決援引所得稅法施行細則草案第31條之4規定條文所為之論述，雖有未洽，仍不影響本件上訴人在原審此部分之訴仍應受判決駁回之結果。
6.又96年7月11日公布增訂所得稅法第24條之1規定，立法文字與財政部75年函釋雖雷同。然查該條之立法意旨「．．
．二、營利事業依第21條規定應設帳記載，其持有之債券如於二付息日間進行交易，有關債券之實際持有期間、利息所得及扣繳稅額等，均可依帳載紀錄核實計算及認定，爰於第1項明定營利事業買賣公債、公司債及金融債券之利息收入，應按債券持有期間，依債券之面值及利率計算利息收入，並於第2項規定該利息收入已依規定之扣繳率計算之扣繳稅額，得自結算申報應納稅額中減除。三、第3項明定營利事業於二付息日間買賣第1項債券，應以售價減除購進價格及依同項規定計算之利息收入後之餘額為證券交易所得或損失。」揭示依債券之面值及利率計算利息收入，依帳載紀錄核實計算及認定，與財政部75年函釋規定利息收入之計算實有不同。參諸為計算營利事業持有債券之實質利息收入，並縮小債券利息收入依商業會計法及財務會計準則公報計算「財務會計所得」與依所得稅法規定計算「課稅所得」間之差異，所得稅法於同時增訂之第14條之1立法說明第4點已指出，計算債券利息之利率應將發行時影響利息給付之各項約定條款及發行價格等因素調整併計該「票面利率」等情，自足認為財稅主管機關之財政部對於修法前、後有關債券利息收入應否考量溢、折價攤銷之立場係有不同。而所得稅法第24條之1規定復係於00年0月00日生效，別無追溯適用之條款，是尚無以96年7月11日公布增訂所得稅法第24條之1規定，逆推財政部75年函釋承認溢價攤銷應作為利息收入之減項；倘財政部75年函釋自始即為「按有效利率折算現值」及「有效利率」，則增訂所得稅法第24條之1及其施行細則第31條之1規定，豈非形同具文。而修法前後對系爭溢價攤銷為不同之處理方式，乃係立法政策之考量，尚無將修法前之案件適用修法後規定之餘地，否則即違反法律不溯及既往原則，有違租稅公平。
7.從而，本件上訴意旨指摘原判決適用財政部75年函釋及所得稅法第62條規定，有不適用法規、適用法規不當及不備理由之違誤，又所得稅法第24條之1文字與財政部75年函釋完全一致，效力自應連續且相同，完全無須制定溯及條款，且所得稅法施行細則第31條之1明定應採有效利率法，僅為解釋性質，並無法規不溯既往或實體從舊程序從新等原則之適用等云，核屬其法律見解之歧異，要難謂原判決有違背法令之情形。
（二）關於90年度未分配盈餘加徵營利事業所得稅部分：
1.按「（第1項）自87年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅，不適用第76條之1規定。（第2項）前項所稱未分配盈餘，係指經稽徵機關核定之課稅所得額，加計同年度依本法或其他法律規定減免所得稅之所得額、不計入所得課稅之所得額、已依第39條規定扣除之虧損及減除左列各款後之餘額︰．．．。（第4項）第2項未分配盈餘之計算，如於申報時尚未經稽徵機關核定者，得以申報數計算之。其後經核定調整時，稽徵機關應依第100條規定辦理。」「（第1項）納稅義務人每年結算申報所得額經核定後，稽徵機關應就納稅義務人全年應納稅額，減除暫繳稅額、未抵繳之扣繳稅額、可扣抵稅額及申報自行繳納稅額後之餘額，填發繳款書，通知納稅義務人繳納。．．．（第3項）其後經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者，稽徵機關應填發繳款書，或收入退還書或國庫支票，送達納稅義務人，分別退補；．．．（第5項）納稅義務人依第102條之2規定申報之未分配盈餘，經稽徵機關核定補稅或退稅者，準用第1項至第4項之規定。」行為時所得稅法第66條之9及第100條分別定有明文。
2.依行為時所得稅法第66條之9規定，有關未分配盈餘之計算，如於申報時尚未經稽徵機關核定者，得以申報數計算之，其後經核定調整時，稽徵機關應依同法第100條規定辦理。查上訴人90年度營利事業所得稅結算申報，逕將債券利息溢價攤銷金額324,301,572元自利息收入減除，經被上訴人依上開規定核定調整90年度利息收入（所生當年度營利事業所得稅行政救濟，已經本院99年度判字第245號判決上訴人敗訴確定）及90年度未分配盈餘申報項次5「其他」自無不合。又長期債券溢價攤銷並非計算未分配盈餘得減除之項目，則被上訴人將之增列，亦無不合。上訴人主張被上訴人自其債券利息收入項下剔除債券溢價攤銷數額，虛增上訴人收入及所得數額，並據之虛增上訴人90年度未分配盈餘云云，自難憑採。
（三）關於91年度股東可扣抵稅額帳戶部分：
1.原判決就兩造所為上訴人91年度股東可扣抵稅額帳戶因系爭87年度及89年度前手息繳納稅款達成行政上和解，是否產生變動之爭執，認被上訴人以系爭前手息扣繳稅款所屬年度分別為87年度及89年度，經和解而由上訴人放棄抵繳上開年度實際應納稅額，依上揭所得稅法第66條之3第2項第1款規定，有關扣繳稅款實際抵繳應納稅額之計入時點為「年度決算日」，系爭扣繳稅款自應於所屬年度決算之股東可扣抵稅額帳戶中減除，被上訴人依上述規定追溯調整，即⑴87年度前手息扣繳稅款58,494,700部分：原依上訴人申報實際繳納結算申報應納稅額000000000元、暫繳及扣繳稅額合計1,380,960,871元及期末餘額783,186,907元核定，因前手息爭議，原應將此部分扣繳稅款全數剔除，惟剔除後之暫繳及扣繳稅額合計為1,303,354,237元，仍高於上開實際繳納結算申報應納稅額，亦即此部分前手息扣繳稅款之變動，尚不影響原依申報數之核定結果。嗣被上訴人於89年度核定上訴人87年度營利事業所得稅，剔除該前手息扣繳稅款77,606,634元，亦未影響87年度可扣抵稅額帳戶之餘額，惟上訴人卻將該剔除之扣繳稅款計入
89 年度可扣抵稅額帳戶，復於90年度協談時，將同意調減之87年度前手息扣繳稅款19,111,934元，再列為90年度股東可扣抵稅額帳戶之減除項目，被上訴人初查分別予以調整，除89年度剔除誤列之77,606,634元外，另將90年度誤予扣減之19,111,934元調整加回，核定調減可扣抵稅額帳戶餘額58,494,700元。⑵89年度前手息扣繳稅款25,266,666元部分：因行政和解乃自89年度股東可扣抵稅額帳戶中剔除該25,266,666元，並逐年結轉至91年度期初餘額而為核定，並無違法，維持被上訴人所為關於上訴人91年度股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額數為2,032,056,072元、期末餘額為2,398,000,055元及超額分配可扣抵稅額為49,800,000元，應補稅額49,800,000元之核定及補稅處分暨該部分訴願決定，原非無據。
2. 然按稅捐稽徵法第1條之1規定：「財政部依本法或稅法所
發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」查，財政部賦稅署針對營利事業之債券前手息扣繳稅款，於查核時與稽徵機關協議和解，放棄部分扣繳稅款之抵稅權利，其放棄之扣繳稅款應如何計入股東可扣抵稅額帳戶之疑義，已作成99年2月1日台稅一字第09804163110號函釋略以：「…營利事業因債券前手息所含扣繳稅款，如因法令爭訟與稽徵機關協談捨棄扣抵權利，其自股東可扣抵稅額帳戶餘額減除之時點，尚不宜回溯至原結算申報年度，而宜依下列原則辦理：（一）結算申報應納稅額大於扣繳稅款及暫繳稅款有應自行補繳稅額時：1.經協談捨棄扣繳稅款，致核定減少可抵繳營利事業所得稅結算申報應納稅額之扣繳稅額，而有應補繳營利事業所得稅者，宜俟協談成立確定核減之日自股東可扣抵稅額帳戶中減除；俟營利事業實際繳納該核定補徵之營利事業所得稅時，再計入股東可扣抵稅額帳戶，已核實反映股東可扣抵稅額帳戶餘額。…（二）結算申報應納稅額小於扣繳稅款及暫繳稅款有應退稅額時：…2.經協談放棄扣繳稅款，致核定減少可抵繳營利事業所得稅結算申報應納稅額之扣繳稅額，且僅減少應退營利事業所得稅之金額者，則尚不影響股東可扣抵稅額帳戶餘額。」則本件核定上訴人91年度股東可扣抵稅額帳戶之處分，即有參酌前開主管機關函令意旨，重行審酌之餘地。原判決未及審酌前開法令規定，將訴願決定及原處分均予維持，而駁回上訴人在原審之訴，自有適用法規不當之違法。上訴意旨求予廢棄此部分之處分，尚非無理由。應由本院本於原審確定之事實，將原判決廢棄，並撤銷訴願決定及原處分，由被上訴人另為適法之處分。
（四）綜上所述，原判決駁回上訴人關於91年度股東可扣抵稅額帳戶部分之上訴，既有違誤，應由本院將該部分廢棄。又該部分事證已明確，爰由本院自為判決，併將該部分之訴願決定及原處分撤銷，由被上訴人另為適法之處分。至原判決將91年度營利事業所得稅結算申報及90年度未分配盈餘申報部分之訴願決定及原處分均予維持，而駁回上訴人在原審此部分之訴，核無違誤。上訴論旨，指摘原判決此部分違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。
七、據上論結，本件上訴為一部有理由，一部無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 6 月 23 日
最高行政法院第七庭
審判長法官 蔡 進 田
法官 劉 介 中法官 陳 鴻 斌法官 帥 嘉 寶法官 江 幸 垠以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 100 年 6 月 24 日
書記官 邱 彰 德