最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第1170號上訴人（原審原告）
維州生物科技股份有限公司代 表 人 柯光達訴訟代理人 顧立雄 律師上訴人（原審被告）
財政部臺北市國稅局代 表 人 陳金鑑上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國99年9月9日臺北高等行政法院99年度訴字第778號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決關於投資抵減撤銷訴願決定及原處分(復查決定)暨該訴訟費用部分均廢棄。
上開廢棄部分上訴人維州生物科技股份有限公司在第一審之訴駁回。
上訴人維州生物科技股份有限公司之上訴駁回。
廢棄部分第一審及上訴審訴訟費用由上訴人維州生物科技股份有限公司負擔。
駁回部分上訴審訴訟費用由上訴人維州生物科技股份有限公司負擔。
理 由
一、上訴人維州生物科技股份有限公司（下稱維州公司）96年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）28,514,225元、研究與發展支出709,134元、可抵減稅額212,740元及本年度抵減稅額457,309元，經上訴人財政部臺北市國稅局（下稱北市國稅局）核定免稅所得23,248,479元，並核定研究與發展支出、可抵減稅額及本年度抵減稅額均為0元，應補稅額1,773,745元。維州公司不服，申請復查獲追認免稅所得136,218元，其餘復查駁回，維州公司仍表不服，提起訴願遭決定駁回，遂就免稅所得及研究發展支出投資抵減部分提起本件行政訴訟，經原審判決：訴願決定及原處分（復查決定）關於投資抵減部分撤銷。原告（即維州公司）其餘之訴駁回。兩造當事人均不服，提起本件上訴。
二、維州公司起訴主張：(一)免稅所得部分：無論促進產業升級條例(下稱促產條例)或製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法(下稱獎勵辦法)皆僅針對申請資格條件加以規定，既無任何對投資計畫之收入做出限制條件，亦無對其銷售對象做出規定，而製造業及其相關技術服務業5年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第3點則係對適用免徵營利事業所得稅之範圍說明訂定，維州公司依投資計畫所購置之全新機器、設備或技術之產出所得應予免徵營利事業所得稅。又維州公司係於92年間因增資擴展經營第1至第4期臨床試驗、生體相等性試驗、生體可用率試驗、藥物動力學及藥效學試驗之投資計畫，向主管機關申請核准5年免徵營利事業所得稅，而維州公司就吉富貿易有限公司(下稱吉富公司)等事業所提供之相關生物試驗服務，亦是基於該項增資擴展經營投資計畫中所發展出來之服務業務，應認列為免稅所得。北市國稅局以上訴人維州公司對吉富公司等事業提供服務而得之收入，並非對製造業提供之服務，故認定無免稅規定之適用，實無法律之依據，亦有違信賴保護原則。(二)研究與發展支出投資抵減部分：維州公司就政府補助款之使用，係按照該經費預算分配表上之會計科目列帳，其補助款認列方式，也已由該補助案之計畫管理單位財團法人資訊工業策進會(下稱資策會)同意，並無問題。而就補助計畫中關於技術引進及委託研究費部分之支出，因認為並非維州公司本身內部就發展所作之支出而予以資產化(即歸入無形資產)，則就該費用相同性質之政府補助款736,931元部分，自應與申請抵減所得稅之研發支出無關，無須列為所申報之研發支出之減項。北市國稅局對維州公司此部分無形資產減項之認列作法未取消，卻又直接於研發費用之減項中，再次扣除該筆輔助款，顯有重複扣除之情形等語，求為判決撤銷訴願決定及原處分關於免稅所得及投資抵減部分之規制性決定。
三、北市國稅局則以：(一)免稅所得部分：依92年2月6日增定之促產條例第9條之2立法意旨及獎勵辦法第2條規定可知，符合獎勵辦法所稱製造業或「對」製造業提供研究發展、設計、檢驗等服務之公司，新投資創立或增資擴展經核准者，方有連續5年免徵營利事業所得稅之適用。故免稅所得計算要點所規範者，應以符合促產條例第9條之2及獎勵辦法第2條規定之公司為前提。維州公司96年度列報投資計畫之勞務收入淨額90,752,696元，其中16,248,089元(原查誤植為16,759,374元)係對吉富公司、國立臺灣大學醫學院、行政院原子能委員會核能研究所及財團法人生物技術開發中心等非屬獎勵辦法所稱之製造業提供服務之收入，自無免徵營利事業所得稅之適用。(二)研究與發展支出及可抵減稅額部分：維州公司96年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展支出709,134元及可抵減稅額212,740元，雖主張「臨床試驗資訊系統」係用以改進提供勞務技術，進而改善現有產品之生產程序及系統，惟未提示前開相關資料供核，即核不足採。又維州公司委託精業公司開發客製化應用程式，該應用程式非屬抵減辦法所稱專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之範疇，且精業公司非屬研究機構，維州公司委託精業公司開發應用程式之支出復未經專案認定屬研究與發展之支出，依抵減辦法規定，該項支出不得列報為研究與發展之支出。況本案補助款與研究發展支出屬同一專案，雖以不同會計科目列示，依抵減辦法第7條規定，仍應全數自研究發展支出下減除。至資策會之查核報告目的為檢驗是否符合計畫合約內容及本件資策承辦人員簽章認可之當期費用計算清表以及相關之規定，非針對維州公司研究發展支出及補助款帳列方式查核，其查核亦與維州公司結算申報列報研究發展支出無關。維州公司主張依該申報研究發展支出性質，應僅扣除相應之補助項目，容有誤解。系爭政府補助款維州公司自行沖減無形資產乙節，與本件爭點無涉，並無礙於本件之核定等語，資為抗辯，求為判決駁回維州公司之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：
(一)免稅所得部分：對特定產業為稅捐優惠之法規範，基本上都有「透過稅捐優惠手段促進產業發展」之功能性目標。而作為本件免稅依據之法規範為行為時促產條例第9條之2第1項第2款規定所稱之「相關技術服務」，依獎勵辦法第2條第1項規定，係限制在「對製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨潔能源工程、資源回收、污染防治、工業用水再利用、溫室氣體排放量減量、智慧財產技術等服務之公司」。其背後之規範意旨係：「上開法規範乃是為促成製造業之發展，才兼及優惠製造業之支援產業」，因此若製造業支援產業之實際支援對象非受獎勵之製造業，因該支援而創造之所得即無給予免稅優惠之理由。吉富公司、國立臺灣大學醫學院、行政院原子能委員會核能研究所與財團法人生物技術開發中心等4個組織，並非上開法規範所預計給予免稅優惠之製造業，因此不在獎勵範圍，北市國稅局不將維州公司此等服務所對應之收入計入免稅計算公式中，即無違誤。維州公司雖稱「國立臺灣大學醫學院、行政院原子能委員會核能研究所及財團法人生物技術開發中心，實質上均有從事製造生產活動，並領有工廠登記證，應屬製造業」，惟縱上揭3組織即使實際有從事製造活動之客觀事實，但因為其等組織具有公部門及公益色彩，其本身沒有製造業免稅優惠之適用（獎勵辦法第2條第1項之規定內容，將「製造業」定義為「從事物品製造或加工」之「公司」，明文排斥了政府設立之組織，即使該等組織有生產能力及事實，亦不認有獎勵必要），對其提供服務之相關產業所創造之營業收入，亦不在上開法規範之免稅範圍內，從而維州公司之主張於法無據。
(二)研究發展支出投資抵減部分：依維州公司提出之「經濟部技術處『示範性資訊應用開發計畫』專案契約書」所示，其與經濟部間簽立之補助契約對補助款之補助項目，有分項列明（分別為「人事費」、「設備使用費」及「技術引進費及委託研究費」，其中「技術引進費及委託研究費」之支出不可申報研發投資抵減），並列明補助最高上限金額。此外該補助計畫為跨期計畫，預計從94年起實施，至95年6月完成，以3個月為1期，進一步劃分為每個週期應投入之補助款金額。惟維州公司未能如期執行，而拖至96年間才完成該計畫，因此才會在96年度還有此項計畫之費用支出。維州公司主張其申報上開研發費用支出是屬人事費及設備使用費之支出，而自政府取得之補助款則是用於挹注「程式開發費」之支出，性質上屬上述「技術引進及委託研究費」之補助；且謂「當期人事費及設備使用費之支出沒有自政府取得任何補助」等語，並提出相關會計單據為證。此時北市國稅局本應檢證維州公司取得政府補助款之總額是否依上揭補助契約之約定，分別用在可研發投資抵減與不可研發投資扺減之費用支出項目，不同項目有無違約超額使用補助款，即可確知維州公司主張之正確與否。北市國稅局僅以其當年度受政府補助金額為736,931元，超過維州公司實際支出之研發支出709,134元，而在沒有經過實質審查之情況下，全數否准維州公司認列扺減稅額，卻忽略調查上開補助款之補助對象是否如維州公司所言，是補助不在研發投資扺減範圍之購入程式費用，與其申報之實際研發支出費用無關，即嫌率斷，而有重要事實未予合法調查之違法，且因此等事實之認定涉及研究發展行為之專業性及合理性，法院缺乏此等專業人才，故應撤銷原處分、復查決定及訴願決定此部分之決定，發回北市國稅局依前開法律見解重為適法之處理。
(三)從而，本件原處分有關免稅所得部分之決定（復查決定追認136,218元部分外）並無違法，復查決定、訴願決定遞予以維持，核皆無不合，維州公司訴請撤銷，為無理由，應予駁回。至於原處分有關研發投資抵減稅額部分之決定尚有違誤，復查決定、訴願決定未予糾正，亦均有未合，爰將原處分（復查決定）及訴願決定此部分之決定撤銷，發回北市國稅局依上開所示法律見解重為適法之處分。
五、本院查：
(一)免稅所得部分：
1.按行為時(下同)促產條例第9條之2第1項第2款規定：「為健全經濟發展，並鼓勵製造業及其相關技術服務之投資，該等公司自91年1月1日起至92年12月31日止，新投資創立或增資擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：一、……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」次按獎勵辦法第2條第1項規定：「本條例第9條之2第1項所稱製造業，指從事物品製造或加工之公司。所稱製造業相關之技術服務業，指對製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨潔能源工程、資源回收、污染防治、工業用水再利用、溫室氣體排放量減量、智慧財產技術等服務之公司。……。」查92年2月6日增定促產條例第9條之2之立法意旨：「製造業係我國傳統產業之主要命脈之一，對地方產業發展有重要貢獻，為鼓勵業者投資，爰給予創立投資或擴充之業者得享自91年1月1日起至92年12月31日間免稅之優惠，以達成全面獎勵之目的。」足見促產條例第9條之2第1項所稱製造業，係指從事物品製造或加工之公司；所稱製造業相關之技術服務業，係指「對」製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨潔能源工程、資源回收等服務之公司，獎勵辦法第2條規定甚明。必須符合獎勵辦法所稱製造業或「對」製造業提供研究發展、設計、檢驗等服務之公司，新投資創立或增資擴展經核准者，方有連續5年免徵營利事業所得稅之適用。又免稅所得計算要點所規範者，亦以符合促產條例第9條之2及獎勵辦法第2條規定之公司為前提，此觀免稅所得計算要點第1點規定：「符合促產條例第9條之2暨獎勵辦法規定之公司，依本要點規定計算免稅所得額。」及第2點規定：「……（二）免稅所得額：指符合獎勵辦法，經核准並完成投資計畫且依本要點計算之所得額」甚明。
2.原判決已敘明：吉富公司、國立臺灣大學醫學院、行政院原子能委員會核能研究所與財團法人生物技術開發中心等4個組織，並非上開法規範所預計給予免稅優惠之製造業，因此不在獎勵範圍，北市國稅局不將維州公司此等服務所對應之收入計入免稅計算公式中，即無違誤等語。此部分經核於法並無不合。維州公司上訴意旨復稱：促產條例第9條之2、獎勵辦法第2條及免稅所得計算要點第3點規定，係就申請資格加以定義，並未對投資計畫之收入做出限制條件，亦無對銷售對象做出規定，原判決未慮及此，認製造業之支援產業應以製造業為支援對象，故就維州公司對非製造業之吉富公司等公司機構提供勞務之對價所得，認無免稅優惠之適用，其適用法規顯有違誤云云，即無可採。是此部分原判決並無違誤，維州公司上訴意旨求予廢棄，為無理由，應予駁回。
(二)研究與發展支出投資抵減稅額部分：
1.按促產條例第6條規定：「為促進產業升級需要，……公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35％限度內，自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；……前2項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50％為限。……。第1項及第2項投資抵減之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之。……」次按公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法(下稱投資抵減辦法)第2條規定：「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、……六、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。……九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。前項第7款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」第5條第1項規定：「公司投資於第2條所稱研究與發展之支出，在同一課稅年度內得按30％抵減當年度應納營利事業所得稅額；……。」第7條規定：「公司適用投資抵減稅額之研究與發展及人才培訓之支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。」及第8條規定：「公司依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依下列規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。稅捐稽徵機關於核定其抵減稅額時，如對公司申報之支出內容或相關事項有疑義，可洽各中央目的事業主管機關協助認定:一、研究與發展支出: (六)研究計畫及紀錄或報告。……」再依財政部93年10月26日臺財稅字第09304539440號修正發布前揭投資抵減辦法審查要點附表項目壹、二、應檢附之證明文件規定，生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用，應檢附生產單位改進技術或提供勞務技術之計畫及報告，以及改進「前」、「後」之生產程序對照、設計圖對照及各項成本及單位售價明細分析、改進「前」、「後」產能差異分析或改進「前」、「後」產品品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績效等相關資料。是申請研究與發展支出及可抵減稅額，須先檢附上開相關資料供核，除須符合上開研發要件外，如其同一研發案件之費用係由政府補助，則在補助款範圍內，亦應予扣除。
2.維州公司主張與資策會簽訂之「示範性資訊應用開發計畫」專案契約書，該計畫經費內容有人事費、設備使用費、技術引進及委託研究費等3項，其中技術引進及委託研究費，因未申報研發支出，該部分補助款不應列為研發支出之減項云云。惟查維州公司上開投資抵減之政府補助款係針對計畫專案為之，該專案計畫總經費(含營業稅)預計34,356,000元，其中資策會代經濟部撥給維州公司之補助專款上限為10,000,000元，足見補助金額係以計畫總經費之比例提供，並非就補助款會計科目逐項計算補助金額，且維州公司96年度僅有一研究計畫，該補助款係就同一專案之補助，維州公司當年度已領取政府補助金額為736,931元，超過實際支出之研發支出709,134元，為原審確定之事實，則依前開說明，原處分扣除維州公司同一計畫之政府補助款736,931元，自無不合。原審未先調查論斷維州公司是否已依規定檢附相關資料供核，以判定其是否符合研發之要件，已有未洽，其復認北市國稅局全數否准維州公司認列扺減稅額，忽略調查上開補助款之補助對象是否如維州公司所言，係補助不在研發投資扺減範圍之購入程式費用，與其申報之實際研發支出費用無關，即嫌率斷，而撤銷原處分、復查決定及訴願決定，適用法規即有違誤。北市國稅局上訴求予廢棄，為有理由，此部分原判決應予廢棄。又維州公司雖未檢附相關資料供核，以判定其是否符合研發之要件，然其領取政府補助金額為736,931元，超過實際支出之研發支出709,134元，既為原審確定之事實，則依投資抵減辦法第7條規定，即應予扣除，是原處分即無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合，維州公司起訴，請求撤銷此部分之訴願決定及原處分，為無理由，爰改判駁回維州公司在原審此部分之訴。
六、據上論結，本件上訴人北市國稅局之上訴為有理由，上訴人維州公司之上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 7 月 7 日
最高行政法院第三庭
審判長法官 黃 璽 君
法官 楊 惠 欽法官 吳 東 都法官 陳 金 圍法官 蕭 惠 芳以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 100 年 7 月 7 日
書記官 彭 秀 玲