最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第1210號上 訴 人 臺灣觀光學院（原名私立精鍾商業專科學校）代 表 人 柴松林
送達代收人 邱淑娟訴訟代理人 許伯彥被 上訴 人 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 吳自心
送達代收人 蔡素珠
樓上列當事人間機關團體作業組織所得稅事件，上訴人對於中華民國99年5月20日臺北高等行政法院98年度訴字第661號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決關於駁回上訴人之訴及該訴訟費用部分均廢棄，發回臺北高等行政法院。
理 由
一、本件上訴人83年度機關或團體及其作業組織所得稅結算申報，列報本期餘絀數新臺幣（下同）56,363,491元、課稅所得額0元，原經被上訴人核定餘絀數56,550,675元、課稅所得額0元。嗣經教育部委託會計師專案查核，通報被上訴人重行查核結果，以上訴人不符免稅要件，乃就查得資料重行核定本期餘絀數為64,584,077元，課稅所得額為64,584,077元，應補稅額16,136,019元。上訴人不服，申請復查結果，獲准追認董事會支出91,842元與教學及訓練支出907,600元，合計999,442元，變更核定課稅所得額為63,584,635元。上訴人猶不服，循序提起行政訴訟，經原審法院92年度訴字第2400號判決（下稱原審前判決），將訴願決定及原處分（復查決定）均撤銷。經被上訴人重核復查決定准予追減課稅所得額1,155,592元，變更核定課稅所得額為63,428,485元。
上訴人仍不服，循序提起行政訴訟，經原審判決訴願決定及重核復查決定（即課稅所得額）確定為59,664,095元，並駁回上訴人其餘之訴。上訴人就遭駁回部分提起本件上訴（原判決不利於被上訴人部分，被上訴人並未上訴，已告確定）。
二、上訴人起訴主張：（一）被上訴人未能提出任何具體事證，僅依據教育部委託資誠會計師事務所對上訴人82年至87年度專案查核之查核報告（下稱專案查核報告），認定上訴人不符合行為時「教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適用標準」（下稱免稅適用標準）第2條第1項第7款及第9款規定，重新核定餘絀、課稅所得額及補徵所得稅。然專案查核報告對資金流向並無肯定查核結果，另經統計全份報告計有百來處「疑似」事實之敘述。且上訴人違反行為時免稅適用標準第2條第1項第7款「與其捐贈人、董監事間無業務上或財務上不正常關係。」部分，於另案之原審法院92年度訴字第2328號事件經訊問相關證人，已就被上訴人指摘之事實完全釐清。另有關上訴人教職薪資流入董事帳戶及報支董事之個人費用部分，被上訴人已於答辯狀說明「未查得款項資金流程」。至另案之原審法院91年度訴字第388號判決及臺灣花蓮地方法院89年度訴字第202號刑事判決，與上訴人是否違反所得稅法之免稅規定無涉。（二）又本件經原審前判決撤銷復查決定後，被上訴人重核復查決定已排除行為時免稅適用標準第2條第1項第7款規定，改為同條項第9款，其改變處分理由作成後續之新處分即重核復查決定，其實體已然變更，自屬新處分。另有關薪資及其他費用，上訴人於85年1月16日提出申報，被上訴人至97年1月22日始重新核定不符合行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定，已逾越稅捐稽徵法第21條規定之核課期間。另被上訴人如認上訴人會計紀錄不完備，應先通知上訴人限期改進，本件處分未先履行通知改進程序，違反財政部83年6月22日臺財稅第000000000號函（下稱財政部83年6月22日函釋）。另依財政部83年6月1日臺財稅第000000000號函（下稱財政部83年6月1日函釋）意旨，短、漏報收入低於全年收入比例百分之十以下，得視為情節輕微，符合行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定。本件被上訴人認為上訴人不符或未取具合法憑證金額比率僅佔申報收入總額之百分之二點０四，自應據以認符合行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定等語，求為判決訴願決定及原處分不利於上訴人部分均撤銷。
三、被上訴人則以：（一）本件教育部基於教育行政主管機關之立場，委請資誠會計師事務所會計師實際查核結果，以上訴人有會計制度、校地購置、財務運作、內稽制度、收費及教師進修等各項違失，不符免稅適用標準規定，遂將相關查核資料通報被上訴人課稅。該專案查核報告係受教育部委託，其查核效力及於委託人，又被上訴人迄未接獲教育部對查核報告有不相同之意見書，且上訴人迄無法提示資金往來屬業務所需之證明文件，被上訴人據以作為稅捐稽徵之依據，洵無違誤。（二）本件經教育部通報被上訴人重行核定本期餘絀數及課稅所得額均為64,584,077元，嗣經被上訴人就上訴人補提示資料查核，並參酌上訴人84年度、86年度及87年度行政訴訟撤銷重核案件，採一致性原則作法，就重核復查決定之課稅所得額63,428,485元，擬再准予追減3,764,390元（⒈講師徐照櫻等15人薪資3,045,328元＋⒉補助宋秋儀助教（董事藍秀茵之女）帶職進修薪資417,066元及學雜費171,996元計589,062元＋⒊支付董事個人訴訟律師費130,000元）。其中補助宋秋儀部分，因宋秋儀帶職帶薪赴美留學2年，與上訴人教師研究、進修辦法第4條所規定不符；雖上訴人於91年向宋秋儀催討相關費用3,896,417元，並向其提出民事訴訟，惟此乃事後之民事催討行為。是上訴人83年度教育文化公益慈善機關或團體及其作業組織結算申報，仍列報補助宋秋儀帶職帶薪進修薪資417,066元及學雜費171,996元，應認上訴人與其捐贈人及董事間，有業務上及財務上不正常關係。且經主管機關教育部查核上訴人之會計制度、校地購置、財務運作、內稽制度、收費及教師進修等節有違法情事屬實，亦有原審法院91年度訴字第388號判決及臺灣花蓮地方法院89年度訴字第202號刑事判決可資參照，上訴人自不符行為時免稅適用標準第2條第1項第7款及第9款規定，不得免納所得稅。另上訴人所涉情節與財政部83年6月1日函釋內容不同，自不得援引適用等語，資為抗辯，求為判決：重核復查決定課稅所得額63,428,485元准予追減3,764,390元，變更核定為59,664,095元。其餘部分上訴人之訴駁回。
四、原審判決訴願決定及重核復查決定（即課稅所得額）確定為59,664,095元，並駁回上訴人其餘之訴，係以：（一）有關未獲重核復查決定追認部分：⒈講師徐照櫻等15人薪資部分：被上訴人於訴訟中以答辯狀自認其就此部分所為認定有所違誤，應准予追認。⒉補助助教宋秋儀帶職進修薪資417,066元及學雜費171,996元部分，經被上訴人以考量上訴人已支付該等費用共589,062元，且於91年度向宋秋儀追討及提出民事訴訟，並被上訴人對上訴人84年度、85年度及86年度相關費用並未剔除，為求稽徵行政一致性原則，准予追認。⒊支付訴訟律師費130,000元，經被上訴人審查後，認確屬上訴人校務相關衍生費用，同意予以追認。⒋支付董事出差費62,602元董事誤餐費20,818元部分：雖經上訴人提出支出傳票、機票存根、旅行業代收轉付收據等為證，然縱屬真實，亦僅能證明有乘搭飛機之事實，尚乏載明出差事由、地點及出差內容之報告，無以證明與上訴人之校務有關，難准認列。又董事誤餐費固據上訴人提出收據為證，惟無其他事證足資證明與上訴人校務有關，被上訴人主張無以審認，並無不合。⒌教室租金2,400,000元及清潔費630,000元合計3,030,000元部分：⑴有關租金部分，上訴人並不爭執該租金係81、82年度之租金，依權責發生制應屬上期費用，被上訴人否准認列，並無不合。且租賃標的及租金均為租賃契約之主要要素，實無先行租用2年，嗣始約定租金之可能，難認有何特殊情事得於83年度認列。⑵另清潔費部分，依上訴人與屋主宋秋儀間之協議書第3條約定，此部分費用應待宋秋儀報支，惟上訴人始終未能提出核銷證明以供審酌，難信有此筆支出。上述1至3項部分，業經被上訴人於訴訟中自認應予追減，並以訴之聲明變更課稅所得額為59,664,095元，被上訴人自應受其拘束。（二）又被上訴人係以上訴人與其董事間有不當財務往來，及以不實憑證列支及資金回流董事帳戶，認與免稅要件不符，核定課稅所得額為64,584,077元，有被上訴人89年5月17日核定通知書可憑，是被上訴人已於核課期間內行使核課權。爾後之復查決定及重核復查決定，乃因上訴人提出行政救濟而作成，縱其法律依據由免稅適用標準第2條第1項第7款變更為第9款，惟其事實及法律俱為課稅當時已存在之事實及有效之法律，不影響系爭課稅處分之同一性，應屬事實暨法律理由之追補，應許被上訴人於重核復查決定中加以主張。至財政部83年6月1日函釋應以短漏稅額比例極低且其憑證無欠缺，始有適用。本件既有未取具合法憑證及會計紀錄不全情事，自無該函釋之適用等語，為其論據。
五、本院經核原判決駁回上訴人在原審之訴部分，固非無見。惟查：
（一）按「左列各種所得，免納所得稅：……十三、教育、文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得。」「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」行為時所得稅法第4條第13款及稅捐稽徵法第1條之1分別定有明文。又「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合左列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得免納所得稅。……七、與其捐贈人及董監事間無財務上不正常關係者。……九、其財務收支取具合法之憑證，有完備之會計紀錄，並經主管稽徵機關查核屬實者。」則為行為時免稅適用標準第2條第1項第7款、第9款所明定。另「財團法人等機關團體年度結算申報短漏報收入不超過新台幣10萬元或短漏報收入占核定全年收入之比例不超過百分之十，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，符合『教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適用標準』第2條第1項第9款規定。」「
二、財團法人等機關團體列報支出未取具合法憑證，經查尚無以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為符合教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適用標準第
2 條第1項第9款規定。三、前開機關團體之會計紀錄不完備者，應通知限期改進，其於期限內改進者，視為符合前揭規定；逾期仍未改進者，應依法課稅。」復分別經財政部83年6月1日函釋及83年6月22日函釋在案。查行為時所得稅法第4條第13款之免稅規定，乃基於教育、文化、公益、慈善機關或團體，不具營利性，故於符合免稅適用標準之規定者，乃認無再予課徵所得稅之必要。而行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定因屬帳證之技術性、細節性內容，易有瑕疵，而其瑕疵若於該團體符合免稅要件之實質無影響，或其情節輕微，本於比例原則，似無因此即遽免其租稅優惠之必要。而上述財政部函釋即係本此意旨，基於主管機關之地位，就行為時免稅適用標準第2條第1項第9款所定要件之內涵予以闡釋。其中財政部83年6月22日函釋，係就該款所稱「收支取具合法之憑證」及「有完備之會計紀錄」之意涵及稽徵細節為闡示，即須係以詐術或其他不正當方法為逃漏稅捐而取具之憑證，始非屬本款所稱之合法憑證，而會計紀錄部分亦須經限期改進而未改進者，始屬本款所稱之未有完備之會計紀錄。另財政部83年6月1日函釋則具有與稅捐稽徵法第48條之2規定相同之意旨，核此二函釋之內容均屬對納稅義務人有利，並其內容亦尚無顯然違背法律規定情事，於本件應得予以援用。
（二）經查：本件被上訴人係認上訴人有行為時免稅適用標準第2條第1項第7款及第9款規定事由，故不合行為時所得稅法第4條第13款之免稅要件，至重核復查決定未援引行為時免稅適用標準第2條第1項第7款規定，則屬漏列一節，已經財政部98年2月10日臺財訴字第09700464000號訴願決定書記載甚明，有該訴願決定書可按。故上訴意旨再以重核復查決定係將原行為時免稅適用標準第2條第1項第7款之依據變更為同條項第9款規定云云為爭執，進而為本件已逾核課期間之指摘，固無可採。惟上述訴願決定認被上訴人核定上訴人有違反行為時免稅適用標準第2條第1項第7款所規定「與董監事間有財務上不正當關係」之事由，係以上訴人有未依規定補助宋秋儀（董事藍秀茵之女）帶職進修薪資417,066元及學雜費171,996元一節，為其論據。
然此部分業經原判決依被上訴人所為應予認列之主張及聲明，為不利於被上訴人之判決，並確定在案，而上訴人本年度是否仍有違反行為時免稅適用標準第2條第1項第7款規定之事由，原判決則未認定而有未明？若上訴人本年度並無違反行為時免稅適用標準第2條第1項第7款規定之事由，則上訴人本年度是否有違反行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定情事，即關係上訴人本年度是否合於行為時所得稅法第4條第13款免稅要件之認定，而是否構成違反行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定，則涉及上述之財政部83年6月1日函釋及財政部83年6月22日函釋。惟原判決雖以上訴人本年度因有未取具合法憑證及會計紀錄不全情事，而認無財政部83年6月1日函釋之適用，然就財政部83年6月22日函釋與本件之關係則未說明。然如上所述，財政部83年6月22日函釋係針對行為時免稅適用標準第2條第1項第9款所稱之「合法憑證」及「完備會計紀錄」之意涵為釋示，且依上述本院說明，此函釋於本件應得援用，而本件事實若合於此函釋，即影響上訴人本年度有否違反行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定，進而關係應否免稅之認定，而與判決結論有影響。是原判決就上訴人本年度是否仍有違反行為時免稅適用標準第2條第1項第7款規定情事，未予論斷，復就上訴人於原審即執以爭議之財政部83年6月22日函釋，未說明理由即不予適用，並逕認上訴人不符行為時所得稅法第4條第13款免稅要件，即有判決不適用法規及理由不備之違法，並與判決結論有影響，故上訴論旨據以指摘原判決違背法令，求予廢棄，即有理由。惟因上訴人本年度是否仍有違反行為時免稅適用標準第2條第1項第7款規定之事由？若無違反此款規定情事，是否因合於財政部83年6月22日函釋或財政部83年6月1日函釋，而應認不違反行為時免稅適用標準第2條第1項第9款規定？此等事實均有未明，有由原審再為調查審認之必要，本院尚無從自為判決。故將原判決關於駁回上訴人在原審之訴部分廢棄，發回原審法院更為適法之裁判。
六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 7 月 14 日
最高行政法院第三庭
審判長法官 黃 璽 君
法官 楊 惠 欽法官 吳 東 都法官 陳 金 圍法官 蕭 惠 芳以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 100 年 7 月 14 日
書記官 張 雅 琴