最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第2129號上 訴 人 聯發科技股份有限公司代 表 人 蔡明介訴訟代理人 李念祖 律師
牛豫燕 律師 （兼送達代收人）吳雅筠 律師被 上訴 人 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 吳自心上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國100年5月26日臺北高等行政法院100年度訴字第99號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、緣上訴人係經營積體電路研究、開發製造業者，自民國91至94年度經核准4次增資擴展（下稱新興第2次、第3次、第4次、第5次5年免稅），符合行為時促進產業升級條例（下稱促產條例）第9條規定，分別選定自91至94年各年度1月1日起，連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅，以研發支出為要件之公式計算免稅所得。上訴人95年度營利事業所得稅結算申報，原列報合於獎勵規定之免稅所得新臺幣（下同）23,092,696,464元。經被上訴以其新增投資計畫之產品收入淨額列報52,670,803,250元（收入比99.49%），其中新興第2次5年免稅產品之收入淨額12,417,209,002元部分；因該次增資擴展投資計畫係以符合90年2月2日公布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（下稱獎勵辦法）第5條第1項第8款第3目之規定，其免稅範圍並不包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，乃依新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱免稅所得計算要點）第12點第2項規定，按
76.47%〔IC設計淨利率26%÷（IC設計淨利率26%＋IC買賣淨利率8%）〕核算新興第2次5年免稅之新增投資計畫之產品收入淨額為9,495,512,774元；又以其中2,861,145,864元核屬應稅產品予以調減，核算年度新增投資計畫之產品收入淨額46,887,961,158元〔52,670,803,250－（12,417,209,002－9,495,512,774）－2,861,145,864〕及收入比率88.57%（46,887,964,158÷全部產品收入淨額52,941,604,720），核定免稅所得20,558,047,299元，補徵營利事業所得稅316,831,146元。上訴人不服，迭經復查、訴願，均未獲變更，循序提起行政訴訟，復經原審判決駁回，遂提起本件上訴。
二、上訴人起訴主張略以：㈠、上訴人於88年度經新竹科學園區管理局（下稱科管局）核准第1次增資擴展。於90年8月向經濟部工業局（下稱工業局）申請並於同年9月28日獲該局核發「符合新興重要策略性產業」核准函，嗣於91年7月12日獲科管局核發完成證明，之後於91年7月24日向財政部提出申請自91年1月1日起5年免徵營利事業所得稅，而財政部於同年9月2日核發5年免稅核准函，准上訴人自91年1月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅（即本案之「第2次5年免稅」）。而獎勵辦法雖於90年12月27日修正（下稱90年12月修正之獎勵辦法）。惟該申請案之性質係屬一多階段行政處分，是於財政部最終核發免稅核准函前，處理程序尚未終結，依中央法規標準法第18條所定從新從優原則，財政部即應以90年12月修正之獎勵辦法為據，核定系爭免稅範圍；該部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函及工業局91年9月20日工策組字第091000323502號函認應以工業局核發核准函時之法令為據，並無可採。㈡、又參照促產條例第9條第2項關於5年免稅規定之立法目的，應認90年2月訂定之獎勵辦法業已將高階積體電路設計業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，納入免稅所得範圍。㈢、再根據促產條例第4條第2項及同條例施行細則第19條等規定，核定系爭5年免稅申請案之免稅核准及其免稅所得範圍之主管機關為財政部，並非工業局；訴願決定指稱上訴人之系爭投資計畫申請案業經工業局於90年9月28日核定其「免稅範圍」適用修正前獎勵辦法所列技術服務業之高階積體電路設計，顯有混淆「新興重要策略性產業適用範圍」（按屬工業局核定職權）與「免稅所得範圍」（按屬財政部核定職權）之違法。㈣、免稅所得計算要點第12點第2項所規定之計算方式，係適用於計算「技術服務業以經工業局核准之投資計畫之勞務或產品，產銷非屬經核准之投資計畫內之最終勞務或產品」之免稅所得，並非適用於「技術服務業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，被上訴人錯誤引用該規定按產品收入淨額
76.47%核定上訴人免稅額為20,558,047,299元；且免稅所得計算要點對於「技術服務業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」既未明定計算免稅公式，自應全額納入免稅產品收入之範圍等語，爰求為判決訴願決定及原處分（含復查決定及原核定通知）不利於上訴人之部分，均予撤銷。
三、被上訴人則以：㈠、系爭新興第2次5年免稅投資計畫案，係經經濟部工業局90年9月28日工（90）電字第09000322410號函核發符合新興重要策略性產業核准函，並經科管局91年7月12日園商字第0910017104號函核發新興重要策略性產業完成證明，是該申請案之處理程序業於90年12月修正之獎勵辦法發布前即已終結，故其免稅範圍自應適用申請時有效之法規即修正前獎勵辦法；而修正前獎勵辦法並無修正後獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用。㈡、系爭申請案本質上為一多階段行政處分；經濟部工業局核定上訴人系爭「免稅範圍」之參與行為，上訴人如未再以通常之救濟途徑，向該局申請變更，該核定「免稅範圍」之行政處分，財政部自無可能擴充或變更等語，資為抗辯，並求為判決駁回上訴人之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，略以：㈠、按促產條例第8條及第9條有關「租稅減免」之規定，係經濟部為達成「促進產業升級，健全經濟發展」之經濟政策目的，以「稅式支出」之方式「補助」新興重要策略性產業。而「租稅減免」係「量能課稅」及「租稅公平」之例外，必須依據中央主管機關所根據之國家政策經立法明定之範圍始得為之。查系爭上訴人申請核發符合「新興重要策略性產業」之第2次5年免稅申請案，其性質本屬一多階段行政處分，而經濟部工業局核定上訴人系爭「免稅範圍」之參與行為，核屬行政處分，上訴人如未再以通常之救濟途徑，向工業局申請變更，該核定「免稅範圍」之行政處分，財政部自無可能擴充或變更該處分；且系爭申請案業經主管機關經濟部工業局於90年9月28日核發「符合新興重要策略性產業」核准函。參酌行政程序法第51條、促產條例及獎勵辦法第6條、第8條、第9條規定，公司組織申請適用新興重要策略性產業免稅規定之案件，處理期間可長達7年；而經濟部為因應各時期推動之經濟政策，相關法令規定將因經濟部更替所欲扶植產業之「免稅範圍」迭有變更。倘依上訴人主張，系爭處理程序包括財政部之處理程序，且財政部得逕自變更經濟部工業局已確定之行政處分，則對於稅捐機關而言，其所受理之免稅案將因法規迭有變更，致經濟部工業局核定之「免稅範圍長期處於不確定狀態定性無以維持。而對於納稅義務人而言，為適用較有利之法規，亦將產生規避租稅之誘因，造成於相同期間取得經濟部工業局核准免稅範圍之核准函，因後續申請時點不同而適用不同「免稅範圍」之情形，有違租稅公平原則。是系爭申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函之處理程序於90年12月修正之獎勵辦法發布前即已終結，自應適用申請時有效之法規，而無中央法規標準法第18條規定之適用；而修正之獎勵辦法既未規定溯及既往，是系爭免稅產品之範圍，亦無修正之獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」之適用。㈡、又修正前獎勵辦法第5條第1項第8款技術服務業，包括具備網際網路功能之軟體或內容、網際網路服務、高階積體電路設計等12目，其免稅範圍應以提供技術服務所產生之收入為限。嗣經濟部基於國家政策或經濟發展於修正之獎勵辦法第5條增訂第3項，以高階積體電路設計而言，即將免稅範圍由原研發設計階段，擴大至修正之新獎勵辦法的全程免稅；倘認獎勵辦法修正增訂之目的並非賦予新申請者較原申請者更多之優惠，而只是將修正前獎勵辦法所定此項投資計畫之免稅範圍予以闡明，則同屬技術服務業之其他11項業別，亦應併同適用「全程免稅」之規定，既然獎勵辦法所定適用5年免稅之所有技術服務業均應適用「全程免稅」之規定，免稅所得計算要點即無訂定第12點計算公式之必要，是上訴人此部分主張，顯無可取。從而，原處分依免稅所得計算要點第12點第2項規定，按76.47%計算其新增投資計畫免稅產品銷售額，核定上訴人95年度合於獎勵規定之免稅所得20,558,047,299元，補徵營利事業所得稅316,831,146元，尚無不合。因將訴願決定及原處分均予維持，駁回上訴人之訴。
五、本院查：
㈠、按「（第1項）為促進產業升級，健全經濟發展，特制定本條例。（第2項）本條例所稱產業，指農業、工業及服務業等各行業。」、「（第1項）本條例所稱工業主管機關︰在中央為經濟部工業局；在直轄市為直轄市政府建設局；在縣(市)為縣(市)政府。（第2項）本條例所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關會同相關主管機關辦理。」、「（第1項）為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟需扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，營利事業或個人原始認股或應募屬該新興重要策略性產業之公司發行之記名股票，持有時間達3年以上者，得依下列規定抵減其當年度應納之營利事業所得稅額或綜合所得稅額…（第3項）第1項新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表定之，並每2年檢討1次，做必要調整及修正。」、「（第1項）公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。（第2項）前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理︰…二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」行為時促產條例第1條、第4條、第8條第1項、第3項、第9條第1項、第2項定有明文。是公司符合促產條例第8條新興重要策略性產業者，得依同條例第9條第1項規定，於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內經其股東會同意，選擇適用免徵營利事業所得稅，並放棄適用股東投資抵減之規定；擇定後且不得變更。又「（第1項）本條例第9條第1項所稱擇定，指公司經股東常會或股東臨時會議決通過，同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用股東投資抵減後，檢附其經中央目的事業主管機關核發新興重要策略性產業之核准函、股東會會議紀錄及股東開始繳納股票價款之相關證明文件，送中央目的事業主管機關備查。（第2項）中央目的事業主管機關核發備查函時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」、「經依本條例第9條第1項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起1年內，檢齊下列文件，向財政部申請5年免徵營利事業所得稅：符合新興重要策略性產業之核准函影本。符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本。中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本。」行為時促產條例施行細則第18條、第19條著有規定。是公司欲適用促產條例第9條第1項之租稅優惠，應先向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業之核准函，並於取得核准函後，再憑以申請免徵營利事業所得稅。
㈡、次按行政院依上揭促產條例第8條第3項授權，於90年2月20日訂定之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（自89年1月1日起施行）第5條第1項第8款第3目、第6條第1項、第3項規定：「第2條及第3條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：一、…八、技術服務業：…㈢、高階積體電路設計：DRAM…。」、「（第1項）公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵…增資擴充者應於增資變更核准之公司執照或新設工廠之工廠設立許可函核發之次日起6個月內；或於本辦法發布日起6個月內，向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函。…（第3項）經濟部工業局於核發第1項核准函時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」嗣並於90年12月27日修正發布該辦法（自91年1月1日施行），修正後該辦法第5條第1項第8款第3目、第3項前段、第17條則規定：「第2條及第3條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：一、…八、技術服務業：…㈢高階積體電路設計：DRAM…。…（第3項）第1項第8款第3目，選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，第1項第8款第6目屬本辦法產品之研發、設計服務業務者亦同。」、「選擇適用本條例第9條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之。」而增訂獎勵辦法第5條第1項第8款第3目免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得；對於已依修正前獎勵辦法取得新興重要策略性產業核准函者，自無適用。而為計算符合促產條例第8條及其相關獎勵辦法規定之公司之免稅所得額，財政部據上開辦法授權於92年5月9日訂定免稅所得計算要點（自91年1月1日施行），依該要點第2點第2款、第3點、第12點第2項、第3項規定：「二、本要點所用名詞定義如下：
…(二)免稅所得額：指符合新興重要策略性產業範圍，經核准並完成投資計畫且依本要點計算之所得額。」、「公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，其免徵營利事業所得稅之範圍，以新興重要策略性產業投資計畫完成證明所載生產之產品或提供之勞務產生之所得為限。」、「（第2項）技術服務業以符合投資計畫勞務（產品），產銷非屬投資計畫之最終勞務（產品），其符合投資計畫勞務（產品）收入之計算如下：投資計畫勞務（產品）收入＝含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）收入淨額×｛財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率÷〔財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率＋含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）同業別或相近業別買賣業之同業利潤標準之淨利率〕｝。（第3項）依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第5條第3項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前項計算公式。」是欲享有促產條例第8條、第9條規定公司之租稅優惠，皆應取得工業局核發符合新興重要策略性產業之核准函。而工業局核發核准函與否，乃係依處分當時之獎勵辦法規定之適用範圍為判斷標準；惟經該局認符合處分當時獎勵辦法規定之新興重要策略性產業範圍者，始得享有免稅之優惠。至取得符合新興重要策略性產業核准函之公司，於其投資計畫完成之次日起1年內，向財政部為免徵營利事業所得稅之申請，乃在取得稅捐稽徵主管機關據經濟部工業局核准函而為之免稅許可，無關免稅範圍之認定；此參上揭免稅所得計算要點第2點第2款明定免稅所得之計算，係以經核准符合新興重要策略性產業範圍為要件益明。上訴人無視基於國民經濟考量之系爭租稅優惠獎勵（參憲法第145條第3項規定），係犧牲平等課稅原則，對法令無明文規定者，不存在文義以外之解釋空間；且公司得依促產條例第9條規定享有免徵營利事業所得稅之範圍，係以符合核發核准函當時獎勵辦法規定之新興重要策略性產業範圍為據，而90年12月修正之獎勵辦法第17條第1項係規定由財政部頒訂免稅所得之計算方法，無涉促產條例中央主管機關經濟部工業局依法判定免稅產業範圍之職掌事項，猶主張參照促產條例第9條第2項之立法目的，應認90年2月訂定之獎勵辦法業已將高階積體電路設計業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，納入免稅所得範圍；且公司享有新興重要策略性產業5年免稅優惠之免稅範圍，應由財政部核定云云，洵無可採。
㈢、復按中央法規標準法第18條規定：「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」考其立法意旨，係以各機關受理人民申請許可案件時，如在處理程序終結前，據以准許或不准許之實體法規有所變更時，應依一般原則適用新頒布之法規繼續處理；惟當事人既在舊法有效期間提出申請，只因審查費時，或因機關未能及時迅速處理，致當事人之權利蒙受損失，亦失公允，爰訂定上述從新從優原則。「所稱『處理程序』，係指主管機關處理人民聲請許可案件之程序而言，並不包括行政救濟之程序在內。故主管機關受理人民聲請許可案件，其處理程序終結後，在行政救濟程序進行中法規有變更者，仍應適用實體從舊程序從新之原則處理」且有本院72年判字第1651號判例可資參照。準此，各機關受理人民申請許可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者適用新法規；易言之，在新法規公（發）布施行前，如已有准駁之決定，則其處理程序已告終結，縱嗣後法規有變更，亦不能從實體上依新法重為准駁之決定。承前所述，公司依促產條例第9條第1項規定選擇適用免徵營利事業所得稅，係於公司依同條例第8條規定取得經濟部工業局核發新興重要策略性產業之核准函後為之，若公司未依限選擇適用免徵營利事業所得稅者，當然適用促產條例第8條有關股東投資抵減之規定，而該租稅優惠仍源自於經濟部工業局據當時獎勵辦法所核發之核准函，核與嗣後變更之獎勵辦法無涉；是有關促產條例第9條第1項所稱「公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍」係由經濟部工業局依核發核准函當時獎勵辦法規定而予確定，財政部並依該核准函確定之符合新興重要策略性產業範圍定其免稅範圍。故就符合上揭促產條例及獎勵辦法規定之新興重要策略性產業免稅範圍，其處理程序，乃於經濟部工業局作成核發核准函與否之決定後，而告終結。嗣後縱獎勵辦法修正新興重要策略性產業範圍，不論範圍係擴張或限縮，均不影響公司依修正前獎勵辦法所取得之新興重要策略性產業適用範圍；上述財政部賦稅署91年9月10日函及工業局91年9月20日函示：90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令意旨，指明依法行政原則，並無不合。上訴意旨指摘該等函文所示有違中央法規標準法第18條規定、依法行政、平等原則、實質課稅公平等原則云云，顯有誤解，要無可取。
㈣、本件系爭第2次5年免稅申請案，係於90年8月間向主管機關經濟部工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函，而工業局係於舊獎勵辦法時期即90年9月28日，核發「符合新興重要策略性產業」核准函，該函說明欄二並記載：「．．．核符90年2月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定…」等事實，業經原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果認定明確，並詳予敘明本件並無中央法規標準法第18條規定之適用；依90年2月20日發布之獎勵辦法第5條第1項第8目規定，得適用新興重要策略性產業範圍且以提供技術服務所產生之收入為限，並無修正之獎勵辦法第5條第3項「其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」規定之適用等情如上述。因而適用前揭促產條例、同條例施行細則及90年2月20日發布之獎勵辦法等規定，認財政部於受理上訴人5年免徵營利事業所得稅申請案時，依上訴人檢附之文件（即上開規定之符合新興重要策略性產業之核准函等）所載法令依據（即90年2月20日發布之獎勵辦法）據以核發免稅核准函；被上訴人依據財政部核發之免稅核准函及前述證明文件所載免稅範圍，依前揭免稅所得計算要點第12點第2項規定，按76.47%計算其新增投資計畫之產品收入淨額，憑以核算上訴人95年度免稅所得額如上述，並無不合；將訴願決定及原處分（復查決定）均予維持，揆諸上開規定及說明，核無違誤。上訴人主張原判決認定工業局核發新興重要策略性產業核准函，係屬核定免稅範圍之行政處分，財政部無權予以擴張或變更，有違促產條例第4條第2項、第8條、第9條及同條例施行細則第19條規定，構成不適用法規或適用法規錯誤之違法；又對上訴人有關修正前獎勵辦法業將高階積體電路設計業自行依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，納入免稅所得範圍，暨財政部賦稅署上述91年函違法等陳述，未置一詞，有理由不備之違法；復認定上訴人自行銷售其依經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得非免稅範圍，係屬免稅所得計算要點第12點第2項所稱之產銷非經核准之投資計畫內勞務或產品之所得範疇，有適用不應適用法規之違法云云，乃係以其個人主觀之法律見解，而為指摘，且就原審已斟酌判斷敘明其得心證之理由事項，指摘原判決有不備理由之違背法令情事，仍無可取。
㈤、綜上所述，原判決所適用之法規與該案應適用之法規並無違背，與解釋判例，亦無牴觸，並無違背法令之情事。上訴論旨，仍執前詞，求予廢棄，為無理由，應予駁回。
六、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 12 月 8 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 藍 獻 林
法官 廖 宏 明法官 林 文 舟法官 胡 國 棟法官 林 玫 君以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 100 年 12 月 9 日
書記官 吳 玫 瑩