最 高 行 政 法 院 判 決
100年度判字第834號上 訴 人 統一綜合證券股份有限公司代 表 人 鄧阿華訴訟代理人 袁金蘭
林瑞彬 律師被 上訴 人 財政部臺北市國稅局代 表 人 陳金鑑上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國98年11月24日臺北高等行政法院98年度訴字第1278號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決關於可扣抵稅額（除復查決定追減部分外）及該訴訟費用部分均廢棄。
廢棄部分訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）均撤銷。
其餘上訴駁回。
廢棄部分第一審及上訴審訴訟費用均由被上訴人負擔，駁回部分上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、本件上訴人89年度營利事業所得稅結算申報，列報停徵之證券、期貨交易損失新臺幣（下同）224,621,528元，被上訴人初查：（一）將超限之職工福利18,183,927元歸屬出售有價證券免稅業務部分之費用，轉至有價證券出售收入項下認列。（二）計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元。（三）發行認購權證權利金收入429,595,720元非屬證券交易所得，轉列應稅收入391,333,950元，併同其餘調整，核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,424元，應補稅額139,126,037元。另89年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，列報期初餘額497,278,411元及分配股利總額所含之可扣抵稅額401,742,842元，分別核定為473,399,971元及385,835,805元，應補稅額15,907,037元。上訴人不服，申經復查結果，89年度營利事業所得稅部分未獲變更；89年度股東可扣抵稅額帳戶部分，追認分配股利總額所含之可扣抵稅額26,333元，追減超額分配可扣抵稅額26,333元。上訴人仍不服，循序提起行政訴訟，經原審判決駁回，乃提起本件上訴。
二、上訴人起訴主張：（一）職工福利部分：上訴人係屬證券交易法第15條規定之綜合證券商，於申報營利事業所得稅時自得依財政部85年8月9日臺財稅第000000000號函（下稱財政部85年函釋），就不可明確歸屬之營業費用以合理而有系統之方式分攤至出售有價證券項下。然被上訴人卻另以未見諸法令規定之方式，分別就應稅及免稅業務收入計算職工福利限額，其核定使上訴人依財政部85年函釋以合理分攤基礎分攤營業費用之結果完全失去意義，其經濟實質無異於以財政部83年2月8日臺財稅第000000000號函（下稱財政部83年2月函釋）之收入比例分攤綜合證券商之營業費用，等同否准就職工福利適用財政部85年函釋，顯然適用法規錯誤，而有違經驗法則、論理法則及實質課稅原則。又被上訴人唯獨要求從事證券商業務之上訴人，以應稅及免稅業務收入分別核計限額，不僅與行為時營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第81條規定不同，更與平等原則有違。再職工福利之限額為必須以法律明定之事項，被上訴人自訂分項限額違反司法院釋字第420號解釋及中央法規標準法第5條規定。（二）利息支出部分：上訴人之利息支出皆為公司整體資金調度所生，並無單為免稅證券交易業務而發生借款或調度資金之行為，因此上訴人之利息收入與利息支出全數皆為不可直接歸屬者，且全部利息收入亦大於全部之利息支出，依財政部85年函釋，上訴人無須分攤利息支出至證券交易所得項下。又利息支出是否可歸屬某項利息收入，與該利息支出是否置於營業內或營業外無關聯，被上訴人未本於職權調查某項利息支出是否可歸屬於某項利息收入，且未提出任何區分標準與理由，逕認營業內利息收支均為可明確歸屬，餘皆為無法明確歸屬，此二分法顯與事實情況不合，且無法令依據，並有違財政部85年函釋、所得稅法第4條之1及行政程序法第36條之職權調查原則。（三）認購權證出售損益部分：上訴人為發行認購權證依規定進行避險交易而買賣有價證券之損益，與上訴人以獲利為目的之有價證券投資行為不同，是系爭避險措施所造成具有「證券交易」外觀之損失，應認係上訴人為獲取「應稅」之「認購權證發行權利金」所不可或缺之成本，不能認該避險措施為一具有獨立經濟目的之行為，即非所得稅法第4條之1之證券交易損失。次因上訴人系爭年度申報時關於認購權證損益之課稅處理並不明確，故簽證會計師係採將發行認購權證損益（包括權利金收入、避險部位損益及相關營業費用）全數依所得稅法第4條之1規定辦理申報。
惟被上訴人僅將上訴人之權利金收入429,595,720元及89年度之認購權證發行費用38,261,770元調整為應稅項目，卻未將上訴人發行認購權證損益中之避險部位損失332,909,775元，依收入成本配合原則一併轉列為應稅收入之減項，而就收入毛額課稅，顯有違反司法院釋字第420號解釋之實質課稅原則及釋字第385號解釋之權利義務不得割裂適用之原則，並造成錯誤適用所得稅法第4條之1之結果及顯有應適用而未適用所得稅法第24條收入成本配合原則之違誤。況所得稅法第24條之2已於96年7月11日增訂公布，明定權證發行人避險損失得於權利金收入項下減除以計算損益課稅，顯見財政部亦認其86年12月1日臺財稅第000000000號函（下稱財政部86年12月函釋）不符收入成本配合原則。又所得稅法增訂第24條之2係確認性立法，故雖未規定得追溯既往，本件仍應有其適用。另上訴人為綜合證券商，已依財政部85年函釋將直接歸屬及間接分攤至發行認購權證業務之營業費用清楚列示，然被上訴人逕按自創公式以自營部門應免稅收入比，另行核算上訴人得分攤至發行認購權證業務之營業費用177,803元，顯非合理，且於法無據。（四）股東可扣抵稅額帳戶部分：股東可扣抵稅額係營利事業已繳納予國家，因而可予以營利事業股東之可扣抵稅額，故只須稅款已繳納即應得計入，與上訴人是否經和解程序而放棄抵用全然無涉。蓋上訴人申報年度計入股東可扣抵稅額帳戶抵扣之扣繳稅額係合法取具扣繳憑單，無虛偽不實情事。嗣被上訴人與上訴人就88、89年度前手息扣繳稅款成立之和解，乃行政機關與納稅義務人間依法成立之行政契約，被上訴人就已和解之同一爭議追溯調整上訴人之股東可扣抵稅額帳戶，並核認有超額分配情事，顯違反該已成立之契約及行政程序法之規定等語，求為判決訴願決定及原處分（含復查決定）不利上訴人部分均撤銷。
三、被上訴人則以：（一）職工福利部分：上訴人係綜合證券商，其經紀、承銷、自營等各部門之組織架構及業務明確，各該部門因經營部門業務發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列。又行為時查核準則第81條規定職工福利之列支係按營業收入總額提撥，配合綜合證券商之經紀、承銷、自營等各部門營業收入總額提撥之職工福利，亦應歸屬於各業務部門。故被上訴人依行為時查核準則第81條、財政部83年11月23日臺財稅第000000000號函釋（下稱財政部83年11月函釋）及財政部85年函釋規定，先將應明確歸屬者個別認列，再核算上訴人非屬出售有價證券應稅業務部分職工福利可列支之限額為7,740,751元，再將超過應稅業務部門可列支之職工福利限額20,545,882元，歸屬為出售有價證券應稅業務部分之費用，轉至出售有價證券收入項下認列，以正確計算上訴人免稅所得，並無不合。（二）利息支出部分：上訴人89年度於「營業收入」項下列報之「利息收入」有融資融券業務之利息收入、債券業務利息收入；「非營業收入」項下亦另列報有存放銀行活期、定期存款之利息收入229,959,146元。另營業成本項下列報融券利息支出，依行為時證券商辦理有價證券買賣融資融券管理辦法第21條第1項規定，融券保證金係供營業特定用途，應屬明確歸屬（經紀應稅收入）利息支出。再非營業支出項下列報利息支出611,444,696元係向金融機構借款及發行商業本票之利息支出，係屬於非因主要營業活動發生之財務支出，因此部分之借款資金用途無法明確劃分，故列入利息收支分攤計算。即被上訴人係將上訴人可直接歸屬至各營業部門之融資融券利息收入、債券利息收入及融券利息支出予以排除，並將無法明確歸屬於各部門之銀行存款利息收入229,959,146元列為不可明確歸屬之利息支出611,444,696元（銀行借款及商業本票利息支出）減項，按無法明確歸屬利息收支差額381,485,550元（611,444,696元-229,959,146元），依上訴人不爭之動用資金比率14.76%計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元，自有所據，亦無違反比例原則。（三）認購權證出售損益部分：證券商發行權證，依主管機關前財政部證券暨期貨管理委員會（下稱證期會）86年5月31日發布之「發行人申請發行認購（售）權證處理要點」，及88年8月6日「臺灣證券交易所股份有限公司認購（售）權證上市審查準則」，固依規定應進行避險交易，惟其避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用。又系爭認購權證及標的股票交易，形式上及實質上均符合「證券交易」定義，自有所得稅法第4條之1之適用，亦無違反同法第24條第1項實質課稅原則。又本件事實發生於所得稅法第24條之2規定生效前，自無該規定之適用。
再上訴人另創金融商品部門（依其業務性質應歸自營部門），再依人員工作比重計算分攤金融商品部門應稅收入（權證發行權利金收入）應分攤之營業費用37,138,454元作為認購權證權利金收入之必要成本費用，核與財政部83年2月函釋規定採收入比分攤原則未合，惟被上訴人初查已核准依上訴人之計算方式分攤營業費用37,138,454元及認購權證發行費用1,123,316元，合計38,261,770元為認購權證權利金收入之減項，顯已有利於上訴人。（四）股東可扣抵稅額帳戶部分：上訴人因88年度債券前手息扣繳稅款爭議與被上訴人協談，同意調減扣繳稅額23,878,440元，本件既因系爭88年度扣繳稅款實際抵繳88年度應納稅額之數額已變動，從而被上訴人以上訴人88年度經核定扣繳稅款為44,124,177元，進而更正88年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表扣繳稅額為44,124,177元及期末餘額為473,399,971元，並依同法第66條之2第2項規定，核定本件89年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為473,399,971元，據以計算分配日股東可扣抵稅額帳戶餘額580,703,915元，核定稅額扣抵比率29.99%，上訴人分配股利總額所含之可扣抵稅額正確應為385,862,138元，與上訴人分配股利實際所含之可扣抵稅額401,742,842元之差額，被上訴人核定補徵上訴人超額分配可扣抵稅額15,880,704元並無不合等語，資為抗辯，求為判決駁回上訴人在原審之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：（一）關於認購權證出售損益部分：證券商發行權證，固依規定應進行避險交易，惟避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用。因此，財政部86年12月函釋以證券商發行權證收取之發行價款為權利金收入，屬「應稅所得」，應依行為時所得稅法第24條規定課徵稅款。而系爭認購權證業經財政部核定為其他有價證券。再依財政部86年7月31日臺財稅第000000000號函釋意旨，發行後買賣認購權證及避險而買賣標的股票所生之損失，依所得稅法第4條之1規定，停止課徵證券交易所得稅，則依損益配合原則，證券交易損失自亦不得從所得額中減除。且所得稅法第4條之1證券交易免稅所得並無排除收入成本配合原則之適用，亦經司法院釋字第493號解釋在案，並財政部86年12月函釋已指明系爭交易所得或損失，應依所得稅法第4條之1規定辦理。則證券商於發行時，即得自行斟酌其可能發生之損失成本費用，再行決定該權利金之金額，不得僅因其係依於發行認購權證時之約定應買進或賣出股票，即謂該種證券交易，係與一般消費者所為證券交易有所不同，否則有違租稅法律主義及租稅公平原則。又系爭避險損失縱會計上可認屬本件權證權利金收入之成本，亦因所得稅法第4條之1之明文規定，而不得自所得額中減除。再本件被上訴人係依法律明文規定而為，非割裂適用不同之法律。至所得稅法第24條之2固已於96年7月11日增訂公布，惟此規定係在本件被上訴人裁處後所增訂之法律，自無從適用。（二）關於職工福利部分：綜合證券商之經紀、承銷、自營各部門之組織架構及業務並非不能區隔，故各部門經營業務支付之職工福利費用，自應依其業務對象歸屬各業務部門項下之營業費用（屬可明確歸屬之費用，應個別歸屬認列），並分別依行為時查核準則第81條規定標準限額列報。如准由非所屬部門之管理部門列支，並依業務部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，將造成自營部門免稅項目之相關成本費用歸由應稅項目吸收不僅有失職工福利限額列支之立法原意，並造成侵蝕稅源及課稅不公平之不合理現象。是被上訴人以應稅業務收入計算應稅職工福利限額，並就申報超限金額轉列免稅部分之證券交易收入項下減除，核無不合。（三）利息支出部分：依行為時所得稅法第24條第1項規定之收入成本配合原則，綜合證券商之各項利息收入及利息支出，應按其實際發生是否屬主要營業活動而分類至營業收入及營業成本項下，又營業收入係因營業成本之投入而得，應分別歸屬於各業別（主要營業活動），僅於單純財務調度活動之利息收入及利息支出始屬非營業收入及費用，始有列入比較、分攤之必要。被上訴人將上訴人融資融券利息收入列為可明確歸屬之利息收入，並將融券利息支出列為可直接歸屬之利息支出，係遵循行為時證券商財務報告編製準則第3條第1項及第17條對收入及費用之規範，亦即以發生收入及費用是否與營業行為有關，作為區分「可明確歸屬」或「無法明確歸屬」之標準，並無不合。又財政部在票券業者陳情之下，固針對「綜合證券商暨票券金融公司」作成財政部85年函釋揭示攤提公式，惟財政部85年函釋係補充財政部83年2月及83年11月函釋，二者互為依存同時適用，並無何者對業者有利之問題。無法明確歸屬之利息支出本可逕依收入比或動用資金比分攤。至營利事業之利息收入如非來自借款資金，則其利息收入與利息支出並不相關，亦無利息支出應扣除利息收入，再以淨額分攤問題。（四）可扣抵稅額部分：我國訴訟實務，就租稅行政救濟係採爭點主義，故上訴人雖就88年度債券前手息扣繳稅款與被上訴人達成和解，亦僅能認兩造就債券前手息之爭點達成和解，尚難認兩造就債券前手息以外之其他爭議，亦達成和解。本爭點係關於扣繳稅款實際抵繳應納稅額之爭議，此因和解調整之扣繳稅款，縱於以後年度補繳百分之四十稅款，仍無法改變系爭年度超額分配稅款之事實，否則即違反租稅明確、安定性原則等語，判決駁回上訴人在原審之訴。
五、本院查：
（一）認購權證部分：經查：系爭認購權證業經財政部於86年5月23日以（86）臺財證㈤第03037號公告，核定為其他有價證券。而所得稅法第4條之1關於證券交易免稅之所得並無排除收入成本配合原則之適用，亦經司法院釋字第493號解釋在案，故被上訴人將系爭認購權證權利金收入與避險交易所生之證券交易損益，個別認定成本費用及其損益，自屬於法有據。另證券商發行權證，固應依規定進行避險交易，惟其避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用，況證券商可能因避險交易行為而造成損失，為證券商於發行該認購權證所知悉，且財政部86年12月函釋（按，此函釋已經財政部98年11月30日臺財稅字第09804580080號令，以現行所得稅法第24條之2已另有規定為由，不再援用）亦已指明系爭交易所得或損失，應依所得稅法第4條之1規定辦理。則證券商於發行時，即得自行斟酌其可能發生之損失成本費用，再行決定該權利金之金額，以作為發行最符合其經濟效益之商品，自不得僅因其係依於發行認購權證時之約定應買進或賣出股票，即謂該種證券交易，係出於強制而與一般消費者所為證券交易有所不同，否則即有違租稅法律主義及租稅公平原則。暨本件因屬96年7月11日增訂公布所得稅法第24條之2規定前之事件，故無該規定之適用等節，均已經原判決論述在案，核無不合。又96年7月11日增訂公布之所得稅法第24條之2規定，並無應溯及適用之條款，且自其內容亦無從推論財政部86年12月函釋係屬錯誤。是上訴意旨以原判決錯誤解釋所得稅法第4條之1規定，並援引司法院釋字第390號解釋之量能課稅原則、第420號解釋之實質課稅原則及所得稅法第24條規定之收入成本配合原則，指摘原判決違法云云，核屬其一己主觀見解，並無可採。
（二）職工福利部分：
１、按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」「工廠礦場及其他企業組織提撥職工福利金，依左列之規定：……二、每月營業收入總額內提撥百分之○‧○五至百分之○‧一五。」行為時所得稅法第24條第1項及職工福利金條例第2條第1項第2款分別定有明文，另行為時查核準則第81條第2款第3目規定：「職工福利：……二、合於前款規定者，其福利金提撥標準及費用認列規定如下：……（三）每月營業收入總額內提撥百分之○‧○五至○‧一五。」觀上述職工福利金條例及查核準則規定之內容，足知，查核準則就營利事業所得稅關於職工福利費用之列報為限額之規範，僅是重申職工福利金條例規定之意旨，且如上述之職工福利提撥之限額規定，係以事業之營業收入金額作為限額之計算基礎。則基於行為時所得稅法第24條第1項關於收入與成本費用配合原則之規定，並參諸司法院釋字第493號解釋，則營利事業若其營業收入來源有應稅或非應稅之別，則其提撥之職工福利，自應按其屬應稅或免稅營業收入各別核算規定之限額。
２、經查：（1）本件原判決已就上訴人列報之職工福利，何以應按個別歸屬原則，分別依應稅及非應稅部分之列支限額分別予以核認，暨被上訴人將超過應稅業務部分可列支之職工福利限額，移由免稅部門核認，係採對業者最有利計算方式等情，依調查證據之辯論結果，詳述其得心證理由及法律上意見在案。而上訴人係就其營業收入金額，依行為時查核準則第81條第2款第3目所規定得提列之職工福利限額，列報本年度之職工福利，亦有上訴人本年度營利事業所得稅結算申報書附原處分卷可按。且職工福利之列支，依上述職工福利金條例，有其限額之規定，並應稅及免稅部分之分攤係依據行為時所得稅法第24條第1項揭櫫之收入與成本費用配合原則，亦已如上述。則被上訴人按其限額及分別應稅或免稅項下各別認列，即非無法律依據。是原判決認被上訴人之核算方式屬對上訴人有利，予以維持，即無不合。至行為時查核準則第81條規定之限額，既僅是重申職工福利金條例第2條之規範內容，雖原判決未敘明職工福利金條例之法律依據，然其援引行為時查核準則第81條規定所論斷之結論，則無不合，仍應維持。故上訴意旨援用司法院釋字第420號解釋及中央法規標準法第5條規定，指摘原判決違法云云，尚無可採。（2）又財政部85年函釋雖謂：「……以有價證券買賣為專業之營利事業，其屬綜合證券商及票券金融公司部分之分攤原則補充核釋如下：(一)綜合證券商：1、營業費用部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。惟其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。……。」惟依上開所述，稅法上關於職工福利之列支有其限額，故綜合證券商之營業費用中無法明確歸屬者，依上述財政部85年函釋固得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，以計算有價證券出售部分即免稅部分應分攤之費用，然依此方式計算結果，其中關於應稅部分得列支之職工福利自仍不得超過上述行為時查核準則第81條規定之限額，否則即與此等限額之規定及收入與成本費用配合原則有違。故原判決維持被上訴人按上訴人應稅收入之金額核算其得列報之職工福利金額，並認此為對上訴人有利之計算方式，自無違誤。上訴意旨再執財政部85年函釋及誠信原則指摘原判決違法云云，並無可採。（3）另職工福利於營利事業所得稅之結算申報有其限額乃基於上述查核準則之明文規定，至營利事業因有應稅及免稅之收入致職工福利之限額應如何計算一節，核屬上述所得稅法及查核準則規定應如何適用之問題，核與上訴意旨所稱之「推計課稅」無涉。再本件所以按上訴人之應稅及免稅部分分別核定職工福利之限額，乃因上訴人之營業收入項下有應稅及免稅之別，而基於行為時所得稅法第24條第1項規定所必須之處理。
至其他行業所以未再分別應稅、免稅部分為限額之核算，乃基於其行業之本質無此區別之故。是本件如上述之核定自無上訴意旨所稱之違反平等原則情事。故上訴意旨援引推計課稅之理論，並執行政程序法第6條及司法院釋字第218號解釋，指摘原判決有適用法規不當及不適用法規之違法云云，亦無可採。
（三）利息支出部分：
１、按「主旨：補充核釋『綜合證券商暨票券金融公司』於證券交易所得停止課徵所得稅期間從事有價證券買賣，其營業費用及利息支出之分攤原則。說明︰二、以有價證券買賣為專業之營利事業，其屬綜合證券商及票券金融公司部分之分攤原則補充核釋如下：（一）綜合證券商：1.營業費用部分：
……2.利息支出部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，如利息收入大於利息支出，則全部利息支出得在課稅所得項下減除；如利息收入小於利息支出，其利息收支差額應以購買有價證券平均動用資金，占全體可運用資金比例作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之利息，不得在課稅所得項下減除。所稱全體可運用資金，包括自有資金及借入資金；所稱自有資金，係指淨值總額減除固定資產淨額及存出保證金後之餘額；所稱比例計算，採月平均餘額計算之。……」業經財政部85年函釋在案。查關於營利事業有應稅及免稅之營業收入者，財政部先係以財政部83年2月函釋為：「……三、以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」之釋示，嗣又為更符合綜合證券商之經營實質，乃針對綜合證券商另為上述之財政部85年函釋。而上述財政部83年2月函釋業經司法院釋字第493號解釋係屬合憲，而財政部85年函釋，係於財政部83年2月函釋已就無從個別歸屬之營業費用釋示應按應稅及免稅收入比例分攤之一般性標準外，另針對綜合證券商之特質為不同分攤標準之釋示，於本件自得予以援用。又本於收入與成本費用配合原則，不論何種分攤標準，應認均屬「可合理明確歸屬者得應個別歸屬認列」之例外，並因所謂綜合證券商，依證券交易法第15條及第16條規定，係指營業內容同時包含有價證券之承銷、自營（即有價證券之自行買賣）及經紀（即有價證券買賣之行紀、居間、代理）等部分，而此等營業又因綜合證券商係分部門為之，且行為時證券商財務報表編制準則第3條第1項復明定：「證券商依證券交易法第45條規定兼營同法第15條規定業務2種以上者，其會計事務應依其業務種類分別辦理。」故綜合證券商之營業收入及營業費用自均應依其發生內容分部門歸屬。尤其綜合證券商之利息收入雖均屬應稅收入，然因其項目尚包含可明確歸屬各特定部門或特定營業活動者（如本件之債券利息收入），若謂上述財政部85年函釋所稱應比較金額大小以判斷是否進行分攤之「利息收入」與「利息支出」，係指「全部之利息收入」及「無法明確歸屬之利息支出」，不僅因屬不同基礎之比較，並不適於作為比較基礎外，且亦有違財政部85年函釋意旨。故財政部85年函釋關於綜合證券商部分就利息支出釋示之分攤標準，自係指無法明確歸屬至各特定部門或特定營業活動部分之利息收入及利息支出。即無法明確歸屬至各特定部門或特定營業活動之利息收入若小於無法明確歸屬至各特定部門或特定營業活動之利息支出，即應依本函釋為分攤。尚非以該綜合證券商之全部利息收入作為與無法明確歸屬之利息支出金額大小之比較基準。
２、經查：本件被上訴人因認上訴人列報之融資融券業務利息收入1,745,863,122元及債券利息收入14,204,939元，係可明確歸屬經紀、債券營業活動產生之利息收入；另融券利息支出44,188,858元均係可明確歸屬經紀、債券營業活動產生之利息支出。另無法明確歸屬於各部門之銀行存款利息收入229,959,146元及利息支出611,444,696元，則按無法明確歸屬之利息收支差額，依上訴人之動用資金比例，計算免稅收入應分攤之利息支出56,307,267元等情，已經原判決認定甚明，則依上述說明，核與財政部85年函釋意旨無違。另行為時證券商財務報表編制準則既係規範證券商之財務報表編制，則原判決依此報表編制準則第17條規定，認上訴人列報之融資融券業務利息收入及債券利息收入屬可明確歸屬特定部門之收入，即無不合。至上訴意旨所引本院95年度判字第445號判決及本院95年度判字第1880號判決，僅屬個案見解，並非本院判例，且該案事實與本件未盡相同，並該判決見解與本院向來之多數判決見解有異，本件自不受其拘束。此外上訴意旨所稱各節，核屬其一己主觀論見，其據以指摘原判決違法云云，並無可採。
（四）可扣抵稅額部分：原判決維持被上訴人此部分之核定，固非無見。惟按「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」稅捐稽徵法第1條之1定有明文。而「……二、按股東可扣抵稅額帳戶係為核實反映營利事業階段繳納之營利事業所得稅之金額，以正確計算可併同股利分配予股東之可扣抵稅額而設置。鑑於可計入股東可扣抵稅額帳戶餘額者以營利事業實際繳納之應納稅額為限（包括以扣繳、暫繳稅款抵繳部分及現金繳納部分），營利事業因債券前手息所含之扣繳稅款，如因法令爭訟與稽徵機關協談放棄扣抵權利，其自股東可扣抵稅額帳戶餘額減除之時點，尚不宜回溯至原結算申報年度，而宜依下列原則辦理：(一)結算申報應納稅額大於扣繳稅款及暫繳稅款有應自行補繳稅額時：１、經協談放棄扣繳稅款，致核定減少可抵繳營利事業所得稅結算申報應納稅額之扣繳稅額，而有應補繳營利事業所得稅者，宜俟協談成立確定核減之日自股東可扣抵稅額帳戶中減除；俟營利事業實際繳納該核定補徵之營利事業所得稅時，再計入股東可扣抵稅額帳戶，以核實反映股東可扣抵稅額帳戶餘額。……」復經財政部賦稅署99年2月1日臺稅一發字第09804163110號函釋示在案。經查：本件被上訴人係因兩造於93年5月20日就上訴人87年、88年及89年度之前手息扣繳稅款成立和解，上訴人同意放棄部分之前手息扣繳稅款，被上訴人乃追溯調整上訴人88年度及89年股東可扣抵稅額帳戶期末餘額，致有本件股東可扣抵稅額15,907,037元之補徵等情，已經原判決依調查證據之辯論結果認定甚明。惟若依上述財政部賦稅署函釋，被上訴人就因前手息之協談而放棄之扣繳稅款，係應於協談成立確定核減之日自股東可扣抵稅額帳戶中減除，尚非如本件之追溯原關係年度追徵，即上述財政部賦稅署函釋係屬有利於上訴人之解釋函令，並其內容亦無顯然違法之處，則依稅捐稽徵法第1條之1規定，於本件自有其適用。
而本件適用此函釋結果，被上訴人核定上訴人89年度股東可扣抵稅額帳戶「期初餘額」473,399,971元即應予追認23,878,440元，變更核定為497,278,411元（同上訴人申報數），稅額扣抵比率應變更如申報為31.22%，而被上訴人認定之「分配股利總額所含可扣抵稅額」385,862,138元應予追認15,880,704元，即應變更核定為401,742,842元（同上訴人申報數），故上訴人89年度股東可扣抵稅額變動明細表經調整後已無超額分配一節，復據被上訴人具狀陳明在卷。上訴人本年度之股東可扣抵稅額部分之爭議，經適用上述財政部賦稅署函釋結果，既已無應補徵之股東可扣抵稅額，則原判決未及適用上述函釋，即有違法，雖上訴意旨就此部分未援引上述財政部賦稅署函釋為指摘，仍應認上訴人指摘原判決此部分違法，堪予採取。
（五）綜上所述，原判決將訴願決定及原處分關於認購權證、職工福利及利息支出部分均予維持，而駁回上訴人此部分之訴，核無不合。上訴論旨，就此部分仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。至關於可扣抵稅額部分，原判決駁回上訴人在原審此部分之訴，既有如上所述之違法，故上訴論旨就此部分求予廢棄，即有理由。並因此部分事實已經明確，本院即應對之自為判決，爰將原判決關於可扣抵稅額部分（除復查決定追減部分外）廢棄，並撤銷此部分之訴願決定及原處分（復查決定含原核定處分）。
六、據上論結，本件上訴為一部有理由、一部無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 5 月 26 日
最高行政法院第三庭
審判長法官 黃 璽 君
法官 楊 惠 欽法官 吳 東 都法官 陳 金 圍法官 蕭 惠 芳以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 100 年 5 月 26 日
書記官 張 雅 琴