最 高 行 政 法 院 判 決
101年度判字第14號上 訴 人 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 吳自心
送達代收人：陳奕璋被 上訴 人 華儲股份有限公司代 表 人 劉乃珩訴訟代理人 袁金蘭 會計師
林瑞彬 律師上列當事人間所得稅法事件，上訴人對於中華民國98年12月31日臺北高等行政法院98年度訴更一字第147號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決廢棄，發回臺北高等行政法院。
理 由
一、上訴人財政部臺灣省北區國稅局代表人自民國（下同）99年7月23日起變更為吳自心；另被上訴人華儲股份有限公司代表人自100年1月4日起變更為劉乃珩，業據兩造分別具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許，合先敘明。
二、緣被上訴人民國（下同）91年度股東可扣抵稅額帳戶（以下簡稱ICA）變動明細申報表，原列報期初餘額新臺幣（下同）144,776,976元及期末餘額負207,384,336元，經上訴人分別核定期初餘額144,776,976元及期末餘額41,163,244元。
嗣被上訴人於94年7月申請更正列報期初餘額170,879,564元及期末餘額負195,955,304元，上訴人乃依其90年度經核定之期末餘額170,879,561元，核定91年度期初餘額170,879,561元，減除申請更正89年度營利事業所得稅結算申報經調查核定減少之稅額235,215,368元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營利事業所得稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額2,459,851元，重行核定期末餘額負183,741,007元，並以91年更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368元，實際上係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，不符所得稅法第100條之1第1項「立法意旨」，形同政府以稅收補貼被上訴人之情形，即超額分配可扣抵稅額183,741,007元，發單補徵應納稅額183,741,007元。被上訴人不服，申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭決定駁回，遂提起行政訴訟，經原審97年12月18日97年度訴字第955號判決被上訴人之訴駁回，被上訴人不服，提起上訴，經本院98年10月22日98年度判字第1265號判決廢棄，發回原審更為審理，嗣經該院98年12月31日98年度訴更一字第147號判決「訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷」，上訴人不服，提起上訴。
三、被上訴人起訴主張：㈠先位聲明：⒈本案被上訴人退稅款之產生既非因行政救濟確定而產生，自無所得稅法第100條之1第1項適用，上訴人援引該條文對被上訴人補徵稅款顯擴張對法律之解釋，自行創設法律所無之構成要件，增加法律所無之限制，顯違反租稅法定主義，訴願及復查決定完全未提出任何原處分為適法之理由及法令依據。⒉本案中上訴人對被上訴人補徵系爭稅款時相關核定文書及行政救濟各階段文書，均可見上訴人自始從不認定該補稅係對本案調整其原退稅方式或金額，此可由上訴人從未依行政程序法第117條對原全額退稅處分為撤銷之意思表示得證，據此，上訴人對被上訴人所作之補稅處分，顯係在無法源依據下之補稅行為，既非撤銷過往之違法行政處分，自亦無行政程序法第127條所定之返還請求權問題。⒊本案被上訴人並未有符合所得稅法第114條之2第1項之任何一項法定超額分配情形，至為明確，此亦經上訴人於原核定之調整理由及依據說明書中所承認，故上訴人責令被上訴人應為其股東補繳稅款，顯無任何法令依據，原處分任意創造補繳稅款之原因，顯有違反租稅法定主義之違法。⒋本案中原補稅處分並未有任何符合行政程序法第97條規定之事由，上訴人僅指出本案有國家補貼營利事業之不公情事等理由，而完全未於原補稅處分中援引行政程序法第117條規定而表示該次行政處分係對原違法全額退稅之行政處分進行部分撤銷，是以本案之原補稅處分絕非對於所謂原違法退稅處分所為之部分撤銷。⒌被上訴人係於91年12月16日收到上訴人之退稅款，當時被上訴人之ICA餘額已因系爭退稅而成為負數，直至91年底被上訴人之ICA餘額仍為負數，故當被上訴人依據所得稅法第71條於92年5月31日前（92年5月30日)申報91年度營利事業所得稅及ICA帳戶變動明細申報表時，亦係以一呈現負數之ICA餘額向上訴人進行申報，故上訴人最遲已於92年5月30日當時知悉此一負數餘額之事實，然92年5月份距離上訴人於95年6月1日補徵183,741,007元稅款之時點已顯逾3年，本案必定無法符合行政程序法第121條之年限規定，上訴人顯已罹於時效而自不得將3年前之原違法處分撤銷。此外，若仍認本案上訴人係於知悉有撤銷原因之2年內以補稅處分完成對原違法退稅處分之撤銷，上訴人尚必須考量本案是否具有不得撤銷之原因，如上訴人就此未能證明，即顯非屬以補稅處分完成對原違法退稅處分之撤銷。⒍財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋對於所得稅法之解釋屬對法令之當然解釋，且與現行法令並未有牴觸或不一致之處，顯見該函釋之免列並非其有任何錯誤或不當情事，另依據司法院釋字第287號解釋之意旨，財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋既未有違法之情形，其適用上自不應受其他後釋之影響，而否准於本案援引適用財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋，即便財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋未編入90年版及94年版之「所得稅法令彙編」中，在其未被廢止，亦未與其他法令或後釋牴觸下，仍須受實體從舊原則及本院判決意旨之拘束。⒎本案被上訴人先申報納稅而嗣後申請退稅，純係因被上訴人之5年免稅核准落後於申報時點所致，該5年免稅是否能被核准以及何時可取得核准，均非被上訴人所得控制或預測，此與一般營利事業申報繳納營利事業所得稅金額與嗣後稅務機關核定金額有所差異，本屬相同，均係兩稅合一制度下無可避免並經常發生之時間性差異。而此等差異，本無須特別處理，因隨著時間經過，該等時間性差異便會漸漸消除，整體而言股東可獲抵稅之金額與營利事業階段所繳納之所得稅必定會相同，此亦兩稅合一設計之精神，上訴人實無須特別強令被上訴人額外繳納該等股東可扣抵稅額負數之稅款。⒏上訴人確定退稅金額之核定通知乃是在91年12月16日，在被上訴人90及91年股利發放基準日之後。是以，財政部在90年底核准免稅時，被上訴人無法確定可以免稅之金額，也完全未告知被上訴人必須預留多少稅額不得分配，卻在被上訴人分別於90年及91年分配股利後，並於上訴人全數核退後，方才認定被上訴人有「超額分配」情事，此一做法實際等於要求被上訴人在未確定未來可實際收取之退稅金額時應預估可能之退稅金額來計算可分配予股東之可扣抵稅額，並承擔「預估錯誤」所招致之「超額分配」風險。㈡備位聲明：⒈本案被上訴人在完全無可歸責於己之事由下，若因上訴人於法律外自創之處理方式卻不許該補繳稅款可以抵減未來之稅額，將虛增並扭曲了被上訴人之營利事業所得稅負並使其資產平白短少，此一明顯違法處分已侵害納稅義務人之權益。⒉稅務機關於執行所得稅法第100條之1第1項後段之留抵規定時，實務上確實係以依法發給留抵證明書之行政方式為之，故同意留抵與發給留抵證明本為一事，亦有法源基礎。⒊本案縱如上訴人之認定，應適用所得稅法第100條之1第1項之規定，然被上訴人於91年度獲得退稅時，遍查法令並無發現任何違法或不應予全數核退之處，因而信賴原處分之全額退稅之處分，且被上訴人並無行政程序法第119條所列之信賴不值得保護之情形，是依照行政程序法第117條，上訴人不應以後處分之核定形同撤銷部分前處分之決定方式，核定被上訴人應補繳稅款。⒋被上訴人股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之產生實乃僅肇因於上訴人未遵行其所認定本案應依據之法律（所得稅法第100條之1第1項）辦理，就超過股東可扣抵稅額帳戶餘額部分溢退稅款，未能正確適用其自己認定應適用之法律，而仍堅持對被上訴人補徵稅款，已不當增加被上訴人之納稅義務，惟如上訴人該等要求被上訴人補繳之核定，係為矯正其原溢退稅款之錯誤，以正確適用所得稅法第100條之1第1項之規定，則上訴人當應依同條文規定，在被上訴人退還上訴人溢退之稅款後，准許被上訴人該等補繳回之稅款得留抵未來應納稅額，方符合該條文之明文規定以及避免扭曲營利事業稅負之立法意旨等語，求為判決「先位聲明：訴願決定及原處分（含復查決定）有關被上訴人91年度應補繳股東可扣抵稅額183,741,007元之核定均撤銷；備位聲明：維持原處分及訴願決定，惟上訴人應作成被上訴人應補繳股東可扣抵稅額183,741,007元，惟上訴人於補徵前開稅額同時同意該補繳稅款可扣抵未來被上訴人應納營利事業所得稅額，並依兩稅合一所得稅稽徵作業手冊規定核發同意留抵之許可證明之行政處分」。
四、上訴人則以：㈠上訴人於91年11月26日送達89年度營利事業所得稅核定退稅通知書時並未覺查被上訴人已將可扣抵稅額先行分配予股東扣抵綜合所得稅，否則當無該核定退稅之舉，原處分於被上訴人已先行將未實際繳納之稅款分配予股東抵扣綜合所得稅下而無端受益，乃係被上訴人提供不正確資料所致，案經被上訴人94年7月間向上訴人申請更正91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表時方查得被上訴人有不符所得稅法第100條之1第1項「立法意旨」，而形同政府以稅收補貼被上訴人之情，遂予補稅183,741,007元，故以94年7月間查覺至95年5月間作成原處分觀之，並無縱若依本院判決撤銷理由認上訴人有違法行政處分之虞而更有逾2年除斥期間情事。㈡財政部89年7月1日台財稅第000000000號函釋並未編入90年版及94年版之「所得稅法令彙編」，本即不再援引適用，惟本院判決率以被上訴人於90年12月4日獲財政部准許自89年度起連續5年內免徵營利事業所得稅，被上訴人於此時即發生向上訴人請求作成退還其原繳之89年度營利事業所得稅之行政處分之權利等情，然查請求權之效力，當以其行使時方得以成就，故當依「實體從舊」之法律原則，以被上訴人行使更正請求時（即91年1月31日）為行為時得適用之有關法令為據方符；再者，本院判決亦明知該財政部89年7月1日台財稅第000000000號函釋因其解釋內容不正確而廢止之，即無強加以稅捐稽徵法第1條之1但書規定之反面解釋，於本件形同政府以其他稅收以補貼被上訴人於未實際繳納稅款下，任其將非屬應可扣抵之稅額提供予股東扣抵綜合所得稅，已顯然違背兩稅合一之立法意旨所造成之公平不備情形之外，逕論以有利納稅義務人為判決而縱容益增租稅之不公平現象，當非明斷；況上訴人核定被上訴人補徵91年度股東可扣抵稅額183,741,007元，僅係將被上訴人因更正後並未實際繳納稅款卻將之分配予股東之可扣抵稅額為之追繳，非屬所得稅法第100條第3項明定之應退稅款，自無所得稅法第100條之1規定營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額之適用，又有關「留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅」係以稽徵機關將應退稅額保留未予退還為前提，本件退稅已經全數退還被上訴人，是上訴人發單補徵系爭稅額縱認係基於違法行政處分撤銷後，依行政程序法第127條規定之返還請求權，亦無不當，與就所得稅法第100條之1第1項後段所規定之「就未退還部分係留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅」並不具對待給付關係。㈢本件被上訴人申請退稅年度之股東可扣抵稅額帳戶餘額產生負數之原因，並非單純由於申請退還已取具89年度5年免稅核准函繳納之89年度營所稅自繳稅額，尚包含退稅當年度被上訴人於股東會決議盈餘分配予股東所帶出之可扣抵稅額。被上訴人所訴顯係誤解，本件仍應續予維持等語，資為抗辯，求為判決駁回被上訴人之訴。
五、原審係以：本件被上訴人是於90年12月4日獲財政部准許自89年度起連續5年免徵營利事業所得稅，被上訴人截至91年12月31日止帳列股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之原因，係取得5年免稅之核准函於91年初申請更正退還89年度已繳納之稅款，91年底經核准及退還已繳納稅款235,215,368元，並非稽徵機關依所得稅法第100條第3項規定退還經復查、訴願決定或行政訴訟之應退還稅款之情形，且本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形，應無所得稅法第100條第3項規定之適用。故上訴人依據所得稅法第100條之1及第66條之1等規定，發單補徵被上訴人應納稅額183,741,007元，即有違誤等語，因將訴願決定及原處分（含復查決定）均予撤銷。
六、上訴意旨略以：㈠被上訴人於91年6月3日分派盈餘時點已無ICA餘額可資帶出卻仍以虛繳稅額為計算帶出錯誤之可扣抵稅額，已然發生超額分配稅額之情，此一事實之調查攸關判決可得心證之關鍵，為重要之審查事項，原判決未究明，被上訴人違反所得稅法第114條之2規定之超額分配情事早已揭明於被上訴人答辯書之事實所陳，即有判決不依事實、判決違反經驗法則或論理法則及判決不備理由之違法，應予廢棄。㈡原判決未依職權調查事實真正而僅以所得稅法第100條之1規定作為上訴人核定89年度營利事業所得稅更正退稅處分之不合，作為本件91年度被上訴人因未依前揭案情所陳更正其90年度及91年度ICA為正確，致其自行盈餘分配時有超額分配稅額，嗣經上訴人查得而予以補徵處分驟認係違法之判決依據，然則，一為退稅處分之所得稅法第100條之1規定；一為超額分配予以補徵處分之所得稅法第114條之2規定，原判決未就本件盡職權調查事實並可適用所得稅法第114條之2規定為論駁上訴人予以補徵之處分係具合法要件，顯有法律涵攝錯誤、適用法令不當及判決不依法令之違法，應予廢棄。㈢原判決依所得稅法第100條之1第1項規定為判決理由，卻又以爭執在於該條文立法意旨有無適用之爭點，然若被上訴人誠實為更正ICA餘額及申報內容，即不生上訴人核退89年度營所稅時有無適用所得稅法第100條之1第1項之情形，該事實未經原審調查究明，又有判決理由之矛盾，並有違司法院釋字第216號解釋，應予廢棄。㈣原判決未慮及財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋早已因未編入90年版「所得稅法令彙編」，自91年1月1日起不再援引適用，逕認財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋於本件91年度因超額分配追補稅額仍得適用，有違反行為時法令已無財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋之不當，況被上訴人實際申請更正ICA餘額之時點乃為94年5月及同年7月，更是早已無財政部89年7月1日台財稅第00000000號函釋可資援引。原判決未就前揭情形查明事實及本件追補超額分配稅額適用之法律為所得稅法第114條之2規定，即有牴觸大法官解釋，在法律上實具有原則上之重要性，法律涵攝錯誤、怠於行使規範審查權限之法規適用不當違法，應予廢棄。㈤被上訴人既已於91年5月及6月間盈餘分派時發生超額分配稅額之情，自與上訴人89年營所稅於91年12月16日送達退稅核定通知書之事，已不生關係，所重要者僅為上訴人係於94年間查得被上訴人於91年間有超額分配稅額而依所得稅法第100條之1第1項「立法意旨」及同法第114條之2規定責令被上訴人補繳超額分配稅額，並未逾稅捐稽徵法核課期間之規定，本無不合。再者，被上訴人既有行政程序法第119條規定之信賴不值得保護之情，則上訴人縱若依本院審認有違法之行政處分之虞，亦得依行政程序法第116條規定為行政處分轉換，轉換為相同實質及程序要件且無但書不得轉換情形之所得稅法第114條之2規定而適用上訴人超額分配應予以追繳稅額之處分，自屬有合。既原判決依職權調查證據及事實，不受當事人主張拘束，即應通盤調查本件事實原委，對當事人有利及不利事項均為注意，原判決未慮及此，有判決認定事實不合、解釋錯誤及怠於行使規範審查之權限之違法，應予廢棄。㈥上訴人核定被上訴人補徵91年度股東可扣抵稅額183,741,007元，僅係將被上訴人因89年度營所稅更正後並未實際繳納稅款卻未併同更正ICA紀錄又申報以為正確，卻將之分配予股東之可扣抵稅額為之追繳，非屬所得稅法第100條第3項明定之應退稅款，自無所得稅法第100條之1規定營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額之適用。原判決疏慮及此，有判決不依事實、涵攝錯誤及判決不依法律情形之違法，應予廢棄。㈦財政部90年4月2日台財稅第0000000000號函㈡２自財政部100年6月9日台財稅字第10000061340號函發布日停止適用，應依財政部100年6月9日台財稅字第10000061340號函釋辦理，亦即營利事業如有所得稅法第114條之2第1項各款規定超額分配股東或社員可扣抵稅額之情形，且已補繳該超額分配之可扣抵稅額者，有關ICA應辦理之規範。本件被上訴人因違反所得稅法第114條之2相關規定，並未繳該超額分配之可扣抵稅額，自應無財政部100年6月9日台財稅字第10000061340號函釋適用；又被上訴人因違反所得稅法第114條之2相關規定，本應依財政部100年6月9日台財稅字第10000061340號函釋補繳該超額分配之可扣抵稅額情事本與被上訴人備位之訴並無對待給付關係，亦不相涉等語。
七、本院查：
（一）按「稽徵機關已依所得稅法第80條第2項核定各該業所得額標準者，納稅義務人申報之所得額，如在上項標準以上，依同條第3項規定，即以其原申報額為準，旨在簡化稽徵手續，期使徵納兩便，並非謂納稅義務人申報額在標準以上者，即不負誠實申報之義務。．．．。」「憲法第19條規定人民有依法律納稅之義務，固係指人民有依據法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅義務之意，然課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用。．．．。」司法院釋字第247號、第385號解釋在案。又「稅捐稽徵機關依稅捐稽徵法第30條之規定，為調查課稅資料，得向有關機關、團體或個人進行調查，且受調查者不得拒絕。於稽徵程序中，本得依職權調查原則進行，應運用一切闡明事實所必要以及可獲致之資料，以認定真正之事實課徵租稅。惟稅捐稽徵機關所須處理之案件多而繁雜，且有關課稅要件事實，類皆發生於納稅義務人所得支配之範圍，其中得減免事項，納稅義務人知之最詳，若有租稅減免或其他優惠情形，仍須由稅捐稽徵機關不待申請一一依職權為之查核，將倍增稽徵成本。因此，依憲法第19條『人民有依法律納稅之義務』規定意旨，納稅義務人依個別稅捐法規之規定，負有稽徵程序之申報協力義務，實係貫徹公平及合法課稅所必要。」「關於人民自由權利之事項，除以法律規定外，法律亦得以具體明確之規定授權主管機關以命令為必要之規範。命令是否符合法律授權之意旨，則不應拘泥於法條所用之文字，而應以法律本身之立法目的及其整體規定之關聯意義為綜合判斷。又有關稅法之規定，主管機關得本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則，為必要之釋示，迭經本院釋字第420號及第438號等解釋闡示在案。」分經司法院釋字第537號、第506號解釋理由書闡釋甚明。準此，納稅義務人於稅捐稽徵程序，不僅負有申報協力義務，且應善盡「誠實申報」之作為義務。而適用課人民以繳納租稅之法律時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用；另審查主管機關基於法定職權發布之命令是否符合租稅法律規範之意旨，應以各該法律本身之立法目的及其整體規定之關聯意義，並衡酌租稅經濟上之功能及實現課稅之公平原則為綜合判斷。
（二）次按：
１、所得稅法第一章「總則」第3條之1（86年12月30日增訂）規定：「營利事業繳納屬八十七年度或以後年度之營利事業所得稅，除本法另有規定外，得於盈餘分配時，由其股東或社員將獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵。」其立法理由載明：「揭示兩稅合一制度之基本規定；並明定營利事業繳納之營利事業所得稅，得由股東、社員、合夥人或資本主依規定扣抵其應納之綜合所得稅額。至營利事業取自轉投資事業之投資收益，則依修正條文第42條規定辦理。」第二章「綜合所得稅」第14條第1項第一類（86年12月30日修正）規定：「個人之綜合所得總額，以其全年下列各類所得合併計算之：第一類：營利所得：公司股東所獲分配之股利總額、合作社社員所獲分配之盈餘總額、獨資資本主每年自其獨資經營事業所得之盈餘總額及個人一時貿易之盈餘皆屬之。公司股東所獲分配之股利總額或合作社社員所獲分配之盈餘總額，應按股利憑單所載股利淨額或盈餘淨額與可扣抵稅額之合計數計算之；合夥人應分配之盈餘總額或獨資資本主經營獨資事業所得之盈餘總額，應按核定之營利事業所得額計算之。」本條立法理由記載：「兩稅合一制下，營利事業所繳納之營利事業所得稅，得扣抵公司股東、合作社社員、合夥人或獨資資本主應納之綜合所得稅，股東、合作社社員、合夥人或獨資資本主獲配之股利或盈餘，係包含營利事業已繳納之營利事業所得稅額之總額，爰修正第1項第一類營利所得之定義，明定營利所得為股利總額、盈餘總額；並明定股利總額、盈餘總額之計算方式。」第三章「營利事業所得稅」第三節「營利事業所得額」第42條第1項（86年12月30日修正）規定：「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第六十六條之三規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」立法理由載明：「在兩稅合一之設算扣抵制下，營利事業取自轉投資事業之投資收益，不計入投資事業之所得額課稅，無論營利事業轉投資層次之多寡，該投資收益僅在最終被投資事業階段課徵一次營利事業所得稅，由於營利事業之轉投資收益不計入所得額課稅，自應計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，嗣盈餘分配予個人股東時，由個人股東併計其綜合所得總額課稅並予以扣抵，而非用以扣抵投資事業當年度所得稅結算申報應納稅額。」第五節「股東可扣抵稅額帳戶」第66條之1（86年12月30日增訂）第1項規定：「凡依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自八十七年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，以供稽徵機關查核。新設立之營利事業，應自設立之日起設置並記載。」本條立法理由記載：「實施兩稅合一後，營利事業得分配其所繳納之營利事業所得稅予其股東或社員，而股東可扣抵稅額帳戶之設置與記錄，攸關營利事業分配股東等股利或盈餘所含可扣抵稅額之正確性，爰於第1項作原則性規定，以資規範。」第66條之2（86年12月30日增訂）規定：「（第1項）營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶之起訖期間，應為每年一月一日起至十二月三十一日止。．．．。（第2項）營利事業自八十七年度起設置之當年度股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額為零；新設立營利事業於設立時，亦同。其以後年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額，應等於其上年度期末餘額。」其立法理由載稱：「股東可扣抵稅額，主要係分配予個人股東扣抵其應納綜合所得稅，爰配合個人綜合所得稅課稅年度，明定營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶起訖時間，原則上採曆年制。．．．。配合兩稅合一制自87年1月1日起實施，營利事業自87年度起設置之股東可扣抵稅額帳戶，其期初餘額當然為零，並按年度期末餘額結轉為該帳戶之次年度期初餘額。」第66條之3（86年12月30日增訂）規定：「（第1項）營利事業下列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：繳納屬八十七年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額。．．．其他經財政部核定之項目及金額。（第2項）營利事業有前項各款情形者，其計入當年度股東可扣抵稅額帳戶之日期如下：前項第一款規定之情形，以現金繳納者為繳納稅款日；以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者為年度決算日。．．．前項第六款規定之情形，由財政部以命令定之。（第3項）營利事業之下列各款金額，不得計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：．．．繳納之滯報金、怠報金、滯納金、罰鍰及加計之利息。」本條立法理由詳載：「實施兩稅合一制後，個人股東獲配之股利是否含可扣抵稅額及其金額之大小，完全視營利事業階段納稅之多寡而定，故營利事業實際繳納之87年度或以後年度結算申報應納稅額（包括暫繳稅款、扣繳稅款及結算申報自行繳納稅款；至投資抵減稅額因實際未繳納，不得計入）核定補繳稅款及就每一年度未分配盈餘依規定扣繳率加徵之稅款，應分別於繳納日或年度結算日，計入股東可扣抵稅額帳戶，其中以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者，由於僅抵繳稅額為其實際之稅負，超過部分將獲退稅，故僅得就已抵繳應納稅額部分之稅額於年度結算日計入股東可扣抵稅額帳戶，至結算申報自行繳納稅額、核定補繳稅額及未分配盈餘加徵之稅額，則應於繳納稅款日計入股東可扣抵稅額帳戶，爰於第1項第1款明定。」．．．．．．違反稅法規定之處罰，如滯報金、滯納金、罰鍰，以及依稅法規定加計之利息，非屬營利事業所得稅性質，均不得計入股東可扣抵稅額帳戶餘額，爰於第3項明定。」第66條之4（86年12月30日增訂）規定：「（第1項）營利事業下列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除︰分配屬八十七年度或以後年度股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額。八十七年度或以後年度結算申報應納中華民國營利事業所得稅，經稽徵機關調查核定減少之稅額。依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積、公積金、公益金或特別盈餘公積所含之當年度已納營利事業所得稅額。依公司章程規定，分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額。其他經財政部核定之項目及金額。（第2項）營利事業有前項各款情形者，其自當年度股東可扣抵稅額帳戶減除之日期如下︰前項第一款規定之情形，為分配日。前項第二款規定之情形，為核定退稅通知書送達日。前項第三款規定之情形，為提列日。前項第四款規定之情形，為分派日。前項第五款規定之情形，由財政部以命令定之。」其立法理由為：「明定股東可扣抵稅額帳戶之減除項目及時點。實施兩稅合一制後，營利事業階段繳納之所得稅得併其股利分配予股東，故營利事業分配股利或盈餘之可扣抵稅額，應於分配日自股東可扣抵稅額帳戶減除，爰於第1項第1款明定。營利事業依本法規定，經稽徵機關調查核定結算申報應納所得稅減少之稅額，係營利事業原繳納稅款之減少，應於核定通知書送達日，自股東可扣抵稅額帳戶減除，爰於第1項第2款明定。．．．配合第1項各款發生時點，於第2項明定應自股東可扣抵稅額帳戶減除之日期。」第66條之5第1項（86年12月30日增訂）規定：「營利事業依第三條之一規定，得分配予股東或社員之可扣抵稅額，以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。」立法理由記載：「實施兩稅合一制後，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額，係可分配予其股東扣抵應納綜合所得稅之金額，爰於第1項明定。」第66條之6（86年12月30日增訂）規定：「（第1項）營利事業分配屬八十七年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，按各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額計算其可扣抵之稅額，併同股利或盈餘分配；其計算公式如下：．．．。（第2項）營利事業依前項規定計算之稅額扣抵比率，超過稅額扣抵比率上限者，以稅額扣抵比率上限為準，計算股東或社員可扣抵之稅額。稅額扣抵比率上限如下：．．．。（第3項）第一項所稱營利事業帳載累積未分配盈餘，指營利事業依商業會計法規定處理之八十七年度或以後年度之累積未分配盈餘。（第4項）．．．。」本條立法理由載稱：「我國實施兩稅合一係採設算扣抵制。爰於第1項明定分配股利或盈餘之稅額扣抵比率，並據以計算各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額之可扣抵稅額。為貫徹於設算扣抵制下，營利事業分配盈餘之可扣抵稅額以該盈餘實際所含之所得稅為準之精神，並兼顧對未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅之規定，於第二項明定營利事業分配盈餘之稅額扣抵比率，不得超過稅額扣抵比率上限，並明定該上限之計算公式。第3項明定營利事業計算稅額扣抵比率所適用之累積未分配盈餘，以實施兩稅合一制後所產生之盈餘為限。」第66條之9第1項（86年12月30日增訂）規定：「自八十七年度起，營利事業當年度之盈餘未作分配者，應就該未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅，不適用第七十六條之一規定。」其立法理由載明：「由於現行營利事業所得稅之法定最高稅率僅百分之二十五，而綜合所得稅之法定最高稅率則為百分之四十，為避免營利事業藉保留盈餘規避股東或社員之稅負，並基於實施兩稅合一制度後之稅收損失，不應由股東以外之納稅義務人負擔，爰於第一項明定未分配盈餘加徵百分之十營利事業所得稅，但加徵後該盈餘即不再適用第七十六條之一有關累積未分配盈餘強制歸戶課稅之規定。」
２、所得稅法第四章「稽徵程序」第二節「結算申報」第71條（98年4月22日修正前條文）規定：「（第1項）納稅義務
人應於每年五月一日起至五月三十一日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但短期票券利息所得之扣繳稅款及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。（第2項）中華民國境內居住之個人全年綜合所得總額不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數者，得免辦結算申報。但申請退還扣繳稅款及可扣抵稅額者，仍應辦理申報。（第3項）前二項所稱可扣抵稅額，係指股利憑單所載之可扣抵稅額及獨資資本主、合夥組織合夥人所經營事業繳納之營利事業所得稅額。」本條86年12月30日修正理由記載：「配合兩稅合一制度，明定綜合所得稅納稅義務人計算應納結算自繳稅額時，可以減除可扣抵稅額；並配合修正條文第42條第1項，有關營利事業獲配股利淨額或盈餘淨額不計入營利事業所得稅，其所含之可扣抵稅額不得扣抵其應納營利事業所得稅額之規定，於但書明定營利事業於計算應納結算稅額時，不得申報減除該項可扣抵稅額，爰修正第1項予以明定。綜合所得稅納稅義務人申請退還可扣抵稅額者，仍應辦理所得稅結算申報，爰修正第2項予以明定。增列第3項，明定第1項、第2項所稱可扣抵稅額之定義。」第三節規定「調查」（第80條至第86條）。第四節「扣繳」第88條第1項第1款（95年5月30日修正前條文）規定：「納稅義務人有下列各類所得者，應由扣繳義務人於給付時，依規定之扣繳率或扣繳辦法，扣取稅款，並依第九十二條規定繳納之︰公司分配予非中華民國境內居住之個人及在中華民國境內無固定營業場所之營利事業之股利淨額；合作社、合夥組織或獨資組織分配予非中華民國境內居住之社員、合夥人或獨資資本主之盈餘淨額。」其86年12月30日修正立法理由記載：「在兩稅合一制下，非中華民國境內居住之個人及在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，因不在兩稅合一之實施範圍，其取得之股利淨額或盈餘淨額仍應維持就源扣繳規定。『至中華民國境內居住之個人取得之股利總額或盈餘總額所含之稅額直接自其股東可扣抵稅額帳戶餘額分配予股東』；而在中華民國境內有固定營業場所之營利事業取得之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，故均已無須辦理扣繳，爰修正第一項第一款規定。」第五節「自繳」第98條規定：「（第1項）依本法規定由納稅義務人自行繳納之稅款及扣繳義務人扣繳之稅款，應由繳款人填用繳款書繳納之。（第2項）依本法規定由稽徵機關填發繳款書通知繳納之稅款，納稅義務人應於繳款書送達後十日內繳納之。」本條立法理由為：「所得稅之稽徵採『申報自繳制』，由納稅義務人自填繳款書繳納之，由稽徵機關填發繳款書通知繳納者，有10日之期間，以免臨時籌措不及，延誤繳納。」第99條規定：「納稅義務人於繳納暫繳稅款時，得憑扣繳憑單抵繳，如不足額另以現金補足，如超過暫繳稅款數額時，其超過之數留抵本年度結算稅額。」第100條（98年4月22日修正前條文）規定：「（第1項）納稅義務人每年結算申報所得額經核定後，稽徵機關應就納稅義務人全年應納稅額，減除暫繳稅額、未抵繳之扣繳稅額、可扣抵稅額及申報自行繳納稅額後之餘額，填發繳款書，通知納稅義務人繳納。但短期票券利息所得之扣繳稅款及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。（第2項）納稅義務人結算申報，經核定有溢繳稅款者，稽徵機關應填發收入退還書或國庫支票，退還溢繳稅款。（第3項）其後經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者，稽徵機關應填發繳款書，或收入退還書或國庫支票，送達納稅義務人，分別退補；應補稅之納稅義務人，應於繳款書送達後十日內繳納之。（第4項）前第二、三兩項應退之稅款，稽徵機關於核定後，應儘速填發收入退還書或國庫支票送達納稅義務人，至遲不得超過十日，收入退還書之退稅期間以收入退還書送達之日起三個月內為有效期間，逾期不退。（第5項）納稅義務人依第一百零二條之二規定申報之未分配盈餘，經稽徵機關核定補稅或退稅者，準用第一項至第四項之規定。」其立法理由記載：「明訂所得稅退補之程序，並設定退補期限，以避免長久稽延，影響納稅義務人之權益，或納稅義務人拖延不領，有礙稅收決算」、86年12月30日修正立法理由：「參照修正條文第71條第1項規定，修正第1項，明定稽徵機關核定綜合所得稅納稅義務人之補、退稅款時，可減除可扣抵稅額；並增訂第1項但書，明定短期票券利息所得之扣繳稅款及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額不得減除之規定。納稅義務人申報未分配盈餘核定有應補或應退稅款者，明定其處理。爰增訂第5項，規定有關程序均準用結算申報案件辦理，以利適用。」第100條之1規定：「（第1項）稽徵機關依第一百條第三項規定退還營利事業八十七年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。（第2項）依本法規定應補或應退之稅款在一定金額以下之小額稅款，財政部得視實際需要，報請行政院核定免徵或免退該項稅款。」其立法理由載明：「增訂第1項。營利事業所得稅係落後徵收，稽徵機關對於營利事業所得稅結算申報案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業申請行政救濟案件之核定，更是落後多年，稽徵機關依同法第100條第3項規定，對營利事業行政救濟案件核定退稅時，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於應退稅款，表示營利事業已將行政救濟繳納之二分之一所得額部分或全部分配予股東或社員扣抵，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配於股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。但為避免扭曲營利事業之稅負，爰於但書明定，其未退還部分，營利事業可留抵以後年度應納之營利事業所得稅，藉其以後年度應納稅額及可分配予股東或社員之可扣抵稅額之減少，調整營利事業與其股東間之稅負。原第1項移列第2項，並作文字修正。」第六節「盈餘申報」第102條之1（86年12月30日增訂）規定：「（第1項）依第六十六條之一規定，應設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業，應於每年一月底前，將上一年內分配予股東之股利或社員之盈餘，填具股利憑單、全年股利分配彙總資料，一併彙報該管稽徵機關查核；並應於二月十日前將股利憑單填發納稅義務人。但營利事業有解散或合併時，應隨時就已分配之股利或盈餘填具股利憑單，並於十日內向該管稽徵機關辦理申報。（第2項）前項規定之營利事業應於辦理結算申報時，依規定格式填列上一年內股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料，併同結算申報書申報該管稽徵機關查核。但營利事業遇有解散者，應於清算完結日辦理申報；其為合併者，除屬第六十六條之三第一項第五款情形外，應於合併生效日辦理申報。（第3項）前項所稱股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料，係指股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額明細、減少金額明細及其餘額。」本條立法理由明載：「配合兩稅合一制之實施，於第1項明定股利憑單及全年股利分配資料申報規定。股東可扣抵稅額帳戶變動明細，主要係有關營利事業繳稅、退稅、分配股利之可扣抵稅額等資料，為簡政便民，爰於第2項明定，除解散或合併之情形外，應於營利事業所得稅結算申報時，將該變動明細資料併同申報。第3項規範股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料之內容。」
３、所得稅法第五章「獎懲」第114條之1（86年12月30日增訂）規定：「營利事業依規定應設置股東可扣抵稅額帳戶而不設置，或不依規定記載者，處三千元以上七千五百元以下罰鍰，並應通知限於一個月內依規定設置或記載；期滿仍未依照規定設置或記載者，處七千五百元以上一萬五千元以下罰鍰，並再通知於一個月內依規定設置或記載；期滿仍未依照規定設置或記載者，得按月連續處罰，至依規定設置或記載時為止。」其立法理由為：「參照稅捐稽徵法第45條規定，增訂營利事業未依規定設置股東可扣抵稅額帳戶及記載之處罰。」第114條之2（98年5月27日修正前條文）規定：「（第1項）營利事業有下列各款規定情形之一者，應就其超額分配之可扣抵稅額，責令營利事業限期補繳，並按超額分配之金額，處一倍之罰鍰︰違反第六十六條之二第二項、第六十六條之三或第六十六條之四規定，虛增股東可扣抵稅額帳戶金額，或短計第六十六條之六規定之帳載累積未分配盈餘帳戶金額，致分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過其應分配之可扣抵稅額者。違反第六十六條之五第一項規定，分配予股東或社員之可扣抵稅額，超過股利或盈餘之分配日其股東可扣抵稅額帳戶餘額者。違反第六十六條之六規定，分配股利淨額所適用之稅額扣抵比率，超過規定比率，致所分配之可扣抵稅額，超過依規定計算之金額者。（第2項）營利事業違反第六十六條之七規定，分配可扣抵稅額予其股東或社員，扣抵其應納所得稅額者，應就分配之可扣抵稅額，責令營利事業限期補繳，並按分配之金額處一倍之罰鍰。（第3項）前二項規定之營利事業有歇業、倒閉或他遷不明之情形者，稽徵機關應就該營利事業超額分配或不應分配予股東或社員扣抵之可扣抵稅額，向股東或社員追繳。」本條86年12月30日增訂立法理由載稱：「第1項明定營利事業虛增股東可扣抵稅額帳戶金額或短計營利事業帳載累積未分配盈餘；分配之可扣抵稅額，超過股利或盈餘分配日之股東可扣抵稅額帳戶餘額；分配股利或盈餘所適用之扣抵比例超過規定比例，致分配與股東或社員之可扣抵稅額，超過其應分配之可扣抵稅額時，該營利事業應負補繳稅額及繳納罰鍰義務之規定。第2項明定不得分配可扣抵稅額之營利事業，違反規定之處罰。超額分配或不應分配而分配可扣抵稅額之營利事業，如因歇業、倒閉或他遷不明而未依規定補繳稅額時，稽徵機關應向申報扣抵之股東或社員追繳其超額扣抵部分，爰於第3項規定。」第114條之3（86年12月30日增訂）規定：「（第1項）營利事業未依第一百零二條之一第一項規定之期限，按實填報或填發股利憑單者，除限期責令補報或填發外，應按股利憑單所載可扣抵稅額之總額處百分之二十罰鍰，但最高不得超過三萬元，最低不得少於一千五百元；逾期自動申報或填發者，減半處罰。（第2項）經稽徵機關限期責令補報或填發股利憑單，營利事業未依限按實補報或填發者，應按可扣抵稅額之總額處三倍以下之罰鍰，但最高不得超過六萬元，最低不得少於三千元。（第3項）營利事業違反第一百零二條之一第二項規定，未依限申報或未據實申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料者，處七千五百元罰鍰，並通知限期補報；屆期不補報者，得按月連續處罰至依規定補報為止。」其立法理由載明：「參照第114條第2款規定，增訂第1項營利事業違反填報或填發股利憑單義務之罰則。參照第111條第2項規定，於第2項增訂營利事業違反申報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料義務之罰則。」
４、稅捐稽徵法第39條規定：「（第1項）納稅義務人應納稅捐，於繳納期間屆滿三十日後仍未繳納者，由稅捐稽徵機關移送法院強制執行。但納稅義務人已依第三十五條規定申請復查者，暫緩移送法院強制執行。（第2項）前項暫緩執行之案件，除有下列情形之一者外，稽徵機關應移送法院強制執行：納稅義務人對復查決定之應納稅額繳納半數，並依法提起訴願者。納稅義務人依前款規定繳納半數稅額確有困難，經稽徵機關核准，提供相當擔保者。」
５、財政部89年7月1日台財稅第000000000號函釋：「主旨：87年度或以後年度營利事業所得稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第100條第3項規定之適用。說明：所得稅法第100條之1第1項有關稽徵機關退還營利事業87年度或以後之所得稅款時，應就退稅時營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還之規定，僅限於稽徵機關依同法第100條第3項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用。至於稽徵機關原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數）」（按本函業經財政部以90年11月30日台財稅第0000000000號函自91年1月1日起不再援引適用）。
６、行政程序法第117條至第119條依序規定：「違法行政處分於法定救濟期間經過後，原處分機關得依職權為全部或一部之撤銷；其上級機關，亦得為之。但有下列各款情形之一者，不得撤銷︰撤銷對公益有重大危害者。受益人無第一百十九條所列信賴不值得保護之情形，而信賴授予利益之行政處分，其信賴利益顯然大於撤銷所欲維護之公益者。」「違法行政處分經撤銷後，溯及既往失其效力。但為維護公益或為避免受益人財產上之損失，為撤銷之機關得另定失其效力之日期。」「受益人有下列各款情形之一者，其信賴不值得保護︰以詐欺、脅迫或賄賂方法，使行政機關作成行政處分者。對重要事項提供不正確資料或為不完全陳述，致使行政機關依該資料或陳述而作成行政處分者。明知行政處分違法或因重大過失而不知者。」第121條第1項規定：「第一百十七條之撤銷權，應自原處分機關或其上級機關知有撤銷原因時起二年內為之。」第127條規定：「（第1項）授予利益之行政處分，其內容係提供一次或連續之金錢或可分物之給付者，經撤銷、廢止或條件成就而有溯及既往失效之情形時，受益人應返還因該處分所受領之給付。其行政處分經確認無效者，亦同。（第2項）前項返還範圍準用民法有關不當得利之規定。」
７、綜合上開規定及所得稅法立法理由整體觀察可知：
（１）所得稅法自87年1月1日實施兩稅合一制後，營利事業繳納屬87年度或以後年度之營利事業所得稅，除本法另有規定外，得於盈餘分配時，由其股東或社員將獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵。而在兩稅合一之設算扣抵制下，營利事業取自轉投資事業之投資收益，不計入投資事業之所得額課稅，無論營利事業轉投資層次之多寡，該投資收益僅在最終被投資事業階段課徵一次營利事業所得稅，因營利事業之轉投資收益不計入所得額課稅，該投資收益自應計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，「嗣盈餘分配予『個人股東』時，由『個人股東併計其綜合所得總額課稅』，並予以扣抵。」
（２）公司股東之個人綜合所得總額，以其全年包含所獲分配股利總額等各類所得合併計算之；該公司股東個人所獲分配之股利，係包含營利事業已繳納之營利事業所得稅額之總額，是公司股東（個人）所獲分配之股利總額，應按股利憑單所載「股利淨額」與「可扣抵稅額」之合計數計算之。並於依所得稅法第71條規定辦理個人綜合所得稅結算申報時，按其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納，而所稱「可扣抵稅額」，係指上開「股利憑單」所載之可扣抵稅額。
（３）實施兩稅合一制後，除依所得稅法第66條之1第2項之營利事業或機關、團體免予設置股東可扣抵稅額帳戶者外，凡依所得稅法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，誠實、正確的記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，供稽徵機關查核；且應於每年1月底前，將上一年內分配予股東之股利或社員之盈餘，填具股利憑單、全年股利分配彙總資料，一併彙報該管稽徵機關查核，並應於2月10日前將股利憑單填發納稅義務人；復應在辦理結算申報時，依規定格式據實填列上一年內「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」，「『併同』結算申報書」申報該管稽徵機關查核，上開所稱「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」，係指股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、「當年度增加金額明細、減少金額明細及其餘額」而言。倘未依規定設置、記載；或未依規定期限按實填報或填發股利憑單；或未依限據實填報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料，除限期設置或記載股東可扣抵稅額帳戶；或限期責令補報或填發股利憑單；或限期補報股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料外，並應處以罰鍰。準此，應設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業，除負有應誠實、正確記載並保持足以核實計算該帳戶金額之憑證及紀錄外；於辦理營利事業所得稅結算申報時，並應依限、據實填列，申報上一年度包含「股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額」、「當年度『增加金額明細』、『減少金額明細』及其『餘額』」，供稽徵機關查核；申言之，股東可扣抵稅額帳戶變動明細，主要係「有關營利事業『繳稅』、『退稅』、『分配股利之可扣抵稅額』等資料」，營利事業依據所得稅法第71條規定辦理結算申報後，如更正該結算申報書內所載相關事項，且該更正事項影響「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」填列之股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額或減少金額明細及其餘額時，該相關之「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」自應一併據實更正，併同更正後之結算申報書申報該管稽徵機關查核。
（４）實施兩稅合一制後，「個人股東獲配之股利是否含可扣抵稅額及其金額之大小」，「完全視營利事業階段納稅之多寡而定」，故營利事業「實際繳納」之87年度或以後年度結算申報應納稅額（包括暫繳稅款、扣繳稅款及結算申報自行繳納稅款）核定補繳稅款及就每一年度未分配盈餘依規定扣繳率加徵之稅款，應分別於繳納日或年度結算日，計入股東可扣抵稅額帳戶，「其中以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者」，「由於『僅抵繳稅額為其實際之稅負』，『超過部分將獲退稅』，故僅得就已抵繳應納稅額部分之稅額於年度結算日計入股東可扣抵稅額帳戶，至結算申報自行繳納稅額、核定補繳稅額及未分配盈餘加徵之稅額，則應於繳納稅款日計入股東可扣抵稅額帳戶」。又實施兩稅合一制後，營利事業階段繳納之所得稅得併其股利分配予股東，故營利事業分配股利或盈餘之可扣抵稅額，應於分配日自股東可扣抵稅額帳戶減除；而營利事業依所得稅法規定，經稽徵機關調查核定結算申報應納所得稅減少之稅額，係營利事業原繳納稅款之減少，應於核定通知書送達日，自股東可扣抵稅額帳戶減除。再前揭所得稅法第3條之1「營利事業繳納屬87年度或以後年度之營利事業所得稅．．．，得於盈餘分配時，由其『股東』或社員將『獲配股利總額』或盈餘總額『所含之稅額』，『自當年度綜合所得稅結算申報應納稅額中扣抵』」，乃兩稅合一制度之基本規定，從而，營利事業個人股東可扣抵稅額帳戶，不論係營利事業分配予該股東之可扣抵稅額或稽徵機關依所得稅法第100條規定核定退稅時，皆應以該股東可扣抵稅額帳戶之餘額為分配或核退數額，乃屬當然。至納稅義務人依稅捐稽徵法第35條規定申請復查，並對復查決定之應納稅額繳納半數，依法提起訴願，暫緩移送強制執行，其爭訟之結果應予退稅者（按即所得稅法第100條第3項之情形），所得稅法第100條之1第1項規定「稽徵機關依第100條第3項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就『退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還』，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額」，其立法理由並載明：「營利事業所得稅係落後徵收，稽徵機關對於營利事業所得稅結算申報案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業申請行政救濟案件之核定，更是落後多年，稽徵機關依同法第100條第3項規定，對營利事業行政救濟案件核定退稅時，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於應退稅款，表示營利事業已將行政救濟繳納之二分之一所得額部分或全部分配予股東或社員扣抵，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配於股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。」僅在重申兩稅合一制下，稽徵機關對營利事業行政救濟案件核定退稅時應遵守之事項，避免因違法退稅形成政府以稅收補貼營利事業之現象甚明。
（５）財政部89年7月1日台財稅第000000000號函釋（按本函業經財政部以90年11月30日台財稅第0000000000號函自91年1月1日起不再援引適用）說明欄後段雖載有「至於稽徵機關原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數）」等語，惟適用該函釋時，仍應以該稽徵機關所為之退稅處分合法為前提。倘稽徵機關核定納稅義務人結算申報而有違法退稅情事，自應本諸職權予以追繳-亦即依職權將該退稅處分為全部或一部之撤銷，並準用民法關於不當得利之規定，請求返還，以符租稅法律主義及租稅之公平。
（三）末按「受發回或發交之高等行政法院，應以最高行政法院所為廢棄理由之法律上判斷為其判決基礎。」固為行政訴訟法第260條第3項所明定。惟關於本條項規定之適用，受發回或發交之高等行政法院應受拘束者，以最高行政法院所為廢棄理由之法律上意見為限；至最高行政法院所指示應調查之事項，僅屬應行調查之例示，並非限制高等行政法院調查事實或證據之職權，高等行政法院於所指示之外，仍應依一般規定為必要之調查-諸如行政訴訟法第125條規定：「行政法院應依職權調查事實關係，不受當事人主張之拘束」、「審判長應注意使當事人得為事實上及法律上適當完全之辯論」、「審判長應向當事人發問或告知，令其陳述事實、聲明證據，或為其他必要之聲明及陳述；其所聲明或陳述有不明瞭或不完足者，應令其敘明或補充之」；或第133條規定「行政法院於撤銷訴訟，應依職權調查證據」者是。
（四）本件被上訴人89年度營利事業所得稅係屬會計師簽證申報案件，原申報合於獎勵規定之免稅所得994,230,318元，因尚未取具核准函，結算申報自行繳納稅額248,460,743元（分別於90年3月30日繳納220,000,000元及90年5月31日繳納28,460,743元）。被上訴人90年1月1日股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為86,837元，90年3月5日召開股東會議決議分配89年度盈餘，並決定分配基準日為90年3月26日，90年4月27日實際分配股利帶出股東可扣抵稅額129,399,753元，因計算可分配之股東可扣抵稅額時誤將90年3月30日繳納之稅額220,000,000計入，致超額分配可扣抵稅額129,350,000元，90年度股東可扣抵稅額期末餘額核定為170,879,561元。被上訴人經財政部依據被上訴人90年10月18日2001PZ/FZ00574A號函申請免徵營利事業所得稅5年乙案，以90年12月4日台財稅字第0900457611號函核准被上訴人自89年度起連續5年免徵營利事業所得稅，被上訴人於同年月6日收受該核准免稅函之送達後，旋於91年1月31日向上訴人申請更正89年度營所稅，並申請退還已繳納之自繳稅款248,547,580元，復於91年6月3日分配90年度盈餘，帶出股東可扣抵稅額103,279,512元；被上訴人申請退還之89年度營所稅，上訴人核定退稅金額為235,215,368元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致被上訴人股東可扣抵帳戶餘額為負183,741,007元；被上訴人既於90年12月6日已知悉其獲准自89年度起連續5年免徵營利事業所得稅，又明知已將89年度所自繳之營所稅已分配予股東，卻仍向上訴人申請更正89年度營所稅，申請退還全額之稅額248,547,580元，且依據股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表註二：自繳稅額若有溢繳者，本欄項（繳納結算申報之自繳稅款）請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入，被上訴人91年1月31日向上訴人申請更正並退還89年度營利事業所得稅248,547,580元時，即應依上述規定，將溢繳之自繳稅款自期初股東可扣抵稅額帳戶中減除，惟被上訴人未依規定更正並正確計算股東可扣抵稅額，復於91年6月3日分配90年度盈餘，又帶出股東可扣抵稅額103,279,512元，嗣經上訴人核定其申請退還89年度營利事業所得稅，退稅金額為235,215,368元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致被上訴人股東可扣抵帳戶餘額為負183,741,007元，被上訴人實質上並未繳納營所稅，卻超額分配股東可扣抵稅額183,741,007元予股東扣抵個人綜合所得稅，上訴人乃依據所得稅法第101條之1第1項之「立法意旨」核定補徵其超額分配稅額183,741,007元等各情，迭據上訴人於原審陳明在卷。揆諸前揭所得稅法規定及說明，兩稅合一的基本立法精神，營利事業得分配其所繳納之營利事業所得稅予其股東或社員，抵繳其股東或社員之個人綜合所得稅，必須是實質上營利事業已繳納營利事業所得稅予政府，始得分配抵繳股東或社員之個人綜合所得稅；且應設置股東可扣抵稅額帳戶之營利事業於辦理營利事業所得稅結算申報時，應依規定格式據實填列上一年度內包含股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額、當年度增加金額明細、減少金額明細及其餘額之「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」，併同結算申報書申報該管稽徵機關查核，倘辦理結算申報後，該結算申報書內載事項應予更正，經營利事業向該管稽徵機關申請更正時，其相關連-即應併同結算申報書申報查核之「股東可扣抵稅額帳戶變動明細資料」亦應一併主動、據實更正，申報查核，始為適法。被上訴人91年1月31日向上訴人申請更正並退還89年度營利事業所得稅248,547,580元時，未依規定，將溢繳之自繳稅款自期初股東可扣抵稅額帳戶中減除，致上訴人91年12月16日送達核定其申請退還89年度營利事業所得稅通知書，退稅金額235,215,368元，被上訴人股東可扣抵帳戶餘額為負183,741,007元，上訴人認被上訴人實質上並未繳納營利事業所得稅，卻超額分配股東可扣抵稅額183,741,007元予股東扣抵個人綜合所得稅，於95年5月間以系爭處分發單補徵（補繳）該183,741,007元稅款，於法尚非無據。又上訴人於原審更審前、後一再主張其所為前揭退稅處分於法有違，系爭處分係依所得稅法第101條第1項規定之「立法意旨」發單補徵183,741,007元稅額，原審未依職權調查審認上訴人前揭退稅處分是否合法，而得適用上開財政部89年7月1日台財稅第000000000號函釋規定（倘違法退稅，自應依法追補，業如上述），已嫌違誤；且本院發回判決亦指明上訴人撤銷原核定退稅235,215,368元處分中就該183,741,007元之違法處分，其行使撤銷權是否已逾2年除斥期間（倘未逾2年除斥期間，其撤銷是否符合規定），原審更審時仍未予審究查明，同有未洽。上訴意旨執此指摘原審判決違背法令，求予廢棄，非無理由，應將原判決廢棄，發回原審法院查明前揭事項後，另為適法判決，以符法制，並昭折服。
八、據上論結，本件上訴為有理由，依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。
中 華 民 國 101 年 1 月 12 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 藍 獻 林
法官 陳 秀 媖法官 廖 宏 明法官 林 文 舟法官 胡 國 棟以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 101 年 1 月 12 日
書記官 阮 思 瑩