最 高 行 政 法 院 判 決
102年度判字第112號上 訴 人 中國石油化學工業開發股份有限公司代 表 人 沈慶京訴訟代理人 蔡朝安 律師
李益甄 律師被 上訴 人 財政部臺北國稅局代 表 人 何瑞芳上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國101年11月14日臺北高等行政法院101年度訴字第1104號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、上訴人民國96年度營利事業所得稅結算申報，原依財政部66年3月9日台財稅字第31580號函釋（下稱財政部66年函釋）意旨，於計算前5年核定虧損本年度扣除額時，先行將91年度所獲配不計入所得額課稅之投資收益自該獲配年度之核定虧損中抵減，再計算該年度損益及稅額計算表第55欄「前5年核定虧損本年度扣除額」可申報數額，並經被上訴人核定確定在案。嗣上訴人於99年8月13日向被上訴人繕具申請書，以財政部66年函釋違反租稅法律主義及平等原則等由，申請依稅捐稽徵法第28條第2項規定退還溢繳之營利事業所得稅，案經被上訴人以101年2月22日財北國稅審一字第1010201484號函復否准其申請。上訴人不服，經提起訴願遭駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、上訴人起訴主張：㈠財政部66年函釋本由財政部所發布，而所得稅法令彙編亦係
由其所屬稅制委員會所編選，而本院援引財政部66年函釋針對個案所為之裁判，亦非判例或決議，尚無拘束本院之效力。
㈡稽徵機關既已核定各期之虧損額，依行為時所得稅法第39條
規定，即應全額核認可用以扣除往後年度之盈餘，稅捐稽徵機關當不得更行主張各期虧損另應減除依所得稅法第42條規定不計入所得額之投資收益後，其餘額始可用以扣除往後年度虧損，財政部66年函釋在無法律規定，亦無法律具體授權之基礎下，增加法律所無之限制，影響納稅義務人行使盈虧互抵之租稅權利，自與憲法第19條租稅法律主義有違。
㈢依所得稅法第42條第1項規定，營利事業取自國內其他營利
事業之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額，惟依財政部66年函釋，營利事業前5年之各期虧損尚須扣除營利事業取自國內其他營利事業之股利淨額或盈餘淨額後，其餘額方可作為虧損適用盈虧互抵之規定，則其有將投資收益重新計入所得額之現象，顯與所得稅法第42條第1項規定有違，是財政部66年函釋顯然未符法律優越原則，應屬無效。
㈣所得稅法自87年採行兩稅合一制後，投資事業取自國內其他
營利事業之股利淨額或盈餘淨額（投資收益）已非投資事業之所得，投資事業取得投資收益僅為輸送被投資事業盈餘予最末端自然人股東之導管，投資事業本身並不因此投資收益而產生營利事業所得稅之租稅負擔，僅產生股東可扣抵稅額之立帳與記載義務，不因此影響投資事業自身任何之營利事業所得稅負擔，財政部66年函釋在法制背景轉換下已失合法性基礎。
㈤財政部66年函釋將投資收益列為虧損扣除額之減項，導致投
資事業後續盈餘年度盈虧互抵之數額減少，在相當投資收益數額之範圍內，等同於增加營利事業後續盈餘年度之課稅所得額及營所稅稅負，其法律效果等於直接對投資收益課稅。
又針對投資收益課稅之效果，僅於投資事業先前年度產生虧損、後續年度獲有盈餘時始為產生，如投資事業經盈虧狀態非為此狀況，則對投資事業所取得之投資收益即不產生課稅效果，可見財政部66年函釋在適用上，將因投資事業各年度之盈虧狀態不同，而對投資事業取得之投資收益產生課稅與否之差別待遇。
㈥依舉輕以明重之法理，既然免稅所得毋庸抵減當年度核定虧
損，財政部66年函釋更無理由要求營利事業將投資收益自核定虧損中減除。又縱認投資收益屬免稅所得，然證券交易所得、土地交易所得及投資收益免稅依據之法令雖各有不同，但同為免稅所得，觀諸財政部74年7月6日台財稅字第18503號及76年9月22日台財稅字第7585901號函釋及系爭66年函釋之內容，營利事業當年度虧損不須扣除證券交易所得及土地交易所得此二種免稅所得，卻唯獨須扣除投資收益此一不計入所得額之所得，其為不同之課稅待遇卻無合理正當之理由，顯有違租稅公平原則。
㈦自上訴人90、91年度營利事業所得稅結算申報核定通知書觀
之，被上訴人未對上訴人可使用虧損扣除額之核定項目作成處分，是對被上訴人所為90、91年度營利事業所得稅核定處分，上訴人自無聲明不服或請求更正之必要。而上訴人於97年5月間就96年度營利事業所得稅結算申報時，因財政部66年函釋之適用，致可使用之90、91年度虧損扣除額須先減除各年度之投資收益，減少上訴人96年度得使用之虧損扣除額。上訴人申報96年度營利事業所得稅時雖錯誤適用財政部66年函釋，然上訴人於99年8月13日已申請更正，並請求退還96年度溢使用抵減稅額及溢繳稅捐，自符合稅捐稽徵法第28條第1項所定5年內申請之要件等語，求為判決撤銷訴願決定及原處分。被上訴人應依上訴人99年8月13日之申請，作成核准退還（回溯調整）上訴人96年度溢使用抵減稅額4,114萬3,982元之處分，並退還上訴人溢繳之稅捐1億3,307萬2,156元。
三、被上訴人則以：㈠上訴人對自行申報應受拘束之內容及營利事業所得稅結算申
報核定通知書請求更正，自屬對原核課處分之課稅事實爭執，與稅捐稽徵法第28條所稱適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，實屬有別。
㈡於適用所得稅法第39條規定時，為正確客觀衡量營利事業之
納稅能力，自應以實際營業上之盈虧判斷，不能徒以核定通知書所載之核定結果為據。從而，上訴人91年度另有不計入所得額課稅之投資收益，亦屬其營利事業之所得，於計算虧損年度之實際營業虧損時，自應將投資收益計入判斷，始符所得稅法第39條所稱「營業之虧損」之意義，而非以核定虧損全數核認。
㈢所得稅法第42條始終建立在避免營利事業轉投資收益重複課
稅之意旨上，故於兩稅合一制實施後，財政部66年函釋仍有其適用。又財政部66年函釋是建立於所得稅法第39條所稱之「虧損」係指營業之虧損，該函釋並非指應將投資收益加入當年度純益額，自無違所得稅法第42條第1項投資收益不計入所得額課稅之規定。
㈣土地交易所得及證券交易所得均係政府基於政策考量而立法
規定為非課稅所得對象，而本件投資收益則係依據所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之所得，其目的係為避免重複課稅，三者據以免納所得稅之法令規定均不相同，並各有其立法目的，自難相互比附援用。
㈤上訴人91年度營利事業所得稅申報時已將投資收益從虧損數
扣除，則本件至97年5月31日已告確定，上訴人於99年8月13日方申請更正，已逾稅捐稽徵法第28條規定之5年期間等語，資為抗辯，求為判決駁回上訴人之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：兩造之爭點：財政部66年函釋將轉投資收益計入虧損之減項，是否增加法律所無之限制，而違反租稅法律主義？與所得稅法第42條第1項之規定是否牴觸及違反平等原則？被上訴人否准上訴人依稅捐稽徵法第28條規定，申請96年度營利事業所得稅重核退稅，有無違誤？㈠參行為時所得稅法第24條第1項、第39條及第42條第1項規定
。準此，所得稅法第39條所稱之「虧損」，依同法第24條第1項規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；因同法第42條第1項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之核定數（虧或盈），並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條但書規定時，自不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據。是以，財政部66年函釋：「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年﹝78年12月30日修正為5年﹞各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」係財政部本於主管機關地位就適用所得稅法第39條所為釋示，其為闡明法規之原意，核與所得稅法第39條立法意旨相符，並未逾越法律規定。上訴人主張財政部66年函釋有違反租稅法律主義及平等原則，即非可採。
㈡稅捐稽徵法第28條第1項及第2項所謂「計算錯誤」係指數字
上之計算錯誤，而所稱「適用法令錯誤」，係指本於確定之事實所為法令適用，有應適用未適用、不應適用誤為適用或適用不當之情形，如適用法令未與行為時所應適用之法令相牴觸，殊難謂係行為時適用法令錯誤。至事實認定之爭執或法律上見解之歧異，尚不得謂適用法規顯有錯誤。經查，財政部66年函釋，乃係主管機關依職權就所得稅法第39條立法意旨所為之必要釋示，該函釋於行為時既屬有效之解釋函令，且上訴人於辦理96年度營利事業所得稅結算申報時，亦自行依該函釋意旨於計算前5年核定虧損本年度扣除額時，先行將91年度所獲配不計入所得額課稅之投資收益自該獲配年度之核定虧損中抵減，並經被上訴人核定確定在案，並無不合。上訴人主張財政部66年函釋違法，申請更正並退還96年度溢繳之營利事業所得稅，核係法律上見解之歧異，核與稅捐稽徵法第28條規定所稱「適用法令錯誤」不符，被上訴人否准上訴人之申請，並無違誤。
㈢依所得稅法第42條之沿革，於採行現制「兩稅合一」之前，
曾有2次修正；52年修正之規定意旨，即在避免營利事業所得稅重複課徵，然該項轉投資收益亦當分擔有關之各項費用，而於免計入所得額項下減除，不得列為營利事業應稅收入之費用，故嗣後方於69年修正為投資收益80％免計入所得額，其餘投資收益20％則計入所得額課稅，係為「分擔費用計算簡便計」，相對轉投資有關之各項費用，則悉數准予列支。故所得稅法第42條始終建立在避免營利事業轉投資收益重複課稅之意旨上，上訴人主張兩稅合一制實施後，財政部66年函釋應不予適用，容有誤會。
㈣財政部66年函釋並非指應將投資收益加入當年度純益額，故
未違反同法第42條第1項投資收益不計入所得額課稅之立法設計。準此，上訴人91年度不計入所得額課稅之投資收益，於各該當年度已依所得稅法第42條第1項規定，未計入當年度所得額課稅，即已獲實質免稅之優惠，亦符合所得稅法第42條避免重複課稅之目的。倘於96年度計算前5年核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，如此則有違課稅公平原則。是以，上訴人此部分之主張，亦非可採。
㈤土地交易所得係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅
，以及證券交易所得係依同法第4條之1停止課徵所得稅，均係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象。而本件投資收益則係依據同法第42條規定不計入所得額課稅之所得，其目的係為避免重複課稅，三者據以免納所得稅之法令規定均不相同，並各有其立法目的，是尚難比附援用有關土地交易所得及證券交易所得之函釋。上訴人關於此部分之主張，自無可取。
㈥綜上所述，上訴人所訴各節均不可採，上訴人依稅捐稽徵法
第28條第2項規定向被上訴人申請更正96年度營利事業所得稅核定內容，並退還溢繳之營利事業所得稅，被上訴人以上訴人96年度營利事業所得稅結算申報，已先行將91年度所獲配不計入所得額課稅之投資收益自該獲配年度之核定虧損中抵減，再計算該年度損益及稅額計算表第55欄「前5年核定虧損本年度扣除額」可申報數額，此申報內容與財政部66年函釋尚無不符，並經被上訴人核定確定在案，乃以原處分否准上訴人之申請，於法並無違誤，訴願決定予以維持，亦無不合，上訴人仍執前詞，訴請撤銷，為無理由，其同時請求被上訴人應依上訴人99年8月13日之申請，作成核准退還（回溯調整）上訴人96年度溢使用抵減稅額4,114萬3,982元之處分，並退還上訴人溢繳之稅捐1億3,307萬2,156元，亦為無理由，均應予駁回。
五、上訴人上訴意旨除復執與原審起訴相同之主張外，另略以：㈠原判決認定所得稅法第39條所稱之「虧損」係指「營業之虧
損」，而非「稅法上之虧損」，其解釋顯有違反所得稅法第39條之法文規定，而有判決適用所得稅法第39條不當之違背法令，且此適用結果造成上訴人可用之各期虧損不當減少，亦屬增加法律所無之限制，而與租稅法律主義有違。
⒈行為時所得稅法第39條第1項所稱「得自本年純益額中扣
除之虧損」，法文既明定為「經該管稽徵機關核定之前五年內各期虧損」，其數額自屬依稅法規定計算所得者，而非指財務報告所載之營業上虧損數額，其理甚明。
⒉原判決未見於此，逕以所得稅法第39條所定虧損為營業上
虧損，並進而認定財政部66年函釋合法，其判決顯有不當適用所得稅法第39條規定之違背法令。
⒊財政部66年函釋，係將投資收益先行抵減「各該期之核定
虧損」，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除，此顯然與所得稅法第39條，對於經核定之虧損應可「全額」用於扣除當年度純益額之法文不符，是財政部66年函釋顯在無法律規定亦未有法律明確授權之情形下，逕以函釋增加法律所無之限制，影響納稅義務人行使盈虧互抵之租稅權利，與憲法第19條所昭示之租稅法律主義有違。
㈡我國自87年兩稅合一制實施後，投資收益於稅法上已根本非
屬營利事業之「所得」範疇，而非先將投資收益規定為營利事業所得之一部，再予免稅以避免重複課稅，是原判決認定財政部66年函釋將「不計入所得額之投資收益」於適用虧損扣除時加回，未違反所得稅法第42條之修法意旨，其適用法律顯然不當。
⒈在兩稅合一制施行後，投資收益已非投資事業之所得，投
資事業取得投資收益僅為輸送被投資事業盈餘予最末端自然人股東之導管，投資事業本身不因有投資收益而產生營利事業所得稅之租稅負擔，僅產生股東可扣抵稅額之立帳與記載義務而已。
⒉判決未察所得稅法第42條第1項修法前後意旨之不同，逕
援引前開條文於52年及69年之修正意旨，即認定財政部66年函釋於87年改採兩稅合一制後仍有適用，自有違背論理法則與適用行為時所得稅法第42條第1項不當之違背法令。
⒊財政部66年函釋適用之實質結果，將導致先前年度之「投
資收益」於嗣後適用虧損扣除之年度，發生實質上之課稅效果，與所得稅法第42條法文「不計入所得額課稅」之規定顯然不符，足證財政部66年函釋顯然違反法律優位原則。原判決卻認此明顯不符合所得稅法第42條第1項之函釋，於87年以後仍有適用，亦有判決適用所得稅法第42條第1項不當之違背法令。
⒋原判決認定於96年度計算前5年核定虧損可扣除金額時，
未將該投資收益加回，將導致虛增虧損金額，並造成投資收益於取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，其對於所得稅法第42條第1項之解釋有倒果為因之嫌，且亦違反所得稅法之體系解釋。
㈢對於上訴人於原審指摘投資收益、土地交易所得與證券交易
所得有何正當理由可為不同課稅待遇乙節，原判決僅以投資收益、土地交易所得與證券交易所得據以免稅之法條不同，即遽認其立法目的不同不得比附援引，其認定顯未說明其各自之立法目的為何，更未附具理由說明何以前者須適用虧損扣除時須先加回，後二者卻無須加回計算，顯有判決不備理由之違背法令。
㈣綜上所述，被上訴人依財政部66年函釋核認上訴人請求退還
稅款無據，實有違誤，原判決不察，未就其函釋不予適用，亦有判決適用法規不當及判決理由不備之違背法令等語。
六、本院按：㈠本案上訴爭點之確認：
⒈按上訴人就其96年度營利事業所得稅額之計算，有關前5
年核定虧損額之認定，在申報時依前開財政部66年函釋所揭示之法律見解，將91年度「從轉投資而得收益、依所得稅法第42條第1項規定不計入（營利事業）所得額課稅」之所得金額，加入核定虧損額中（因此造成可供扣抵之虧損額減少，當期課稅所得金額因此增加）。但事後認為財政部上開66年度函釋與所得稅法之規範有衝突，違反稅捐法律原則或法律優先原則，因此於99年間依稅捐稽徵法第28條第2項之規定，請求退還溢繳之稅款，而經被上訴人予以否准，上訴人提起課予義務之訴，仍遭駁回，因此提起本件上訴。
⒉因為上訴人96年度營利事業所得稅之報繳期間為97年5月
間，且該報繳案上開爭點部分未經復查而告確定，上訴人又於99年間請求退稅，期間未超過5年，無論依稅捐稽徵法第28條第1項或第2項之規定，申請退稅行為尚能通過程序法之門檻審查標準，法院必須進入實體審查，爰在此先予述明。
⒊而本案之實體爭點，即在於：適用所得稅法第39條第1項
規定，將一定期間範圍內之各期虧損（流量之概念，而非累積之存量概念）加總，扣抵當期課稅盈餘時，該等各期虧損之量化，應否將當期「依所得稅法第42條第1項規定、不計入所得額課稅」之轉投資收益所得金額計入。爰將徵納雙方之主張分述如下：
⑴被上訴人主張：依上開財政部66年函釋意旨（即「……
公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年﹝78年12月30日修正為5年，98年1月21日再修正為10年，而本案應適用之年度為5年﹞各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除……」）應予計入（以上法律見解為原判決所支持）。
⑵上訴人基於以下理由，主張上開函釋揭示之見解，明顯
與現行所得稅法制之基本建制原則有衝突，並造成上訴人當期稅額之增加，而應拒絕適用，並認「轉投資收益所得（盈餘），對前期虧損之量化金額，不應產生任何影響」：
①所得稅法第39條所稱之「虧損」，是指「稅上虧損」，而非指「營業虧損」，因為：
A.從文義為解釋，法條用語既為「……該管稽徵機關核定之……各期虧損，自本年純益額中扣除」，則其所指之虧損自屬經稅捐機關核定之稅上虧損，而不是指財務會計意義下之「營業虧損」。
B.依規範價值為解釋，如果所得稅法第39條所稱「虧損」，是指「營業虧損」，那為何同屬計算營業整體盈虧之「證券交易所得」及「土地交易所得」卻不計入。財政部上開66年函釋之適用，將造成現行法律所未規定稅負之課徵，違反稅捐法律原則。
②另外從所得稅法第42條之規範本旨立論，該條文雖於
86年間曾經修正，但新舊條文前後規範之精神一致，即為避免重複課稅，且依現行所得稅法第42條之規範意旨，將轉投資收益所得直接規範為「不屬營利事業之所得」（直接歸屬於股東），自不生扣抵虧損之問題。原判決未注意新舊法規定內容之變更，而謂財政部上開66年度函釋意旨之合法性，不因所得稅法第42條於87年間之修正而受影響，其法律見解明顯錯誤。
③原判決謂：「虧損不扣除轉投資收益，將導致虛增虧
損金額，並造成投資收益於取得年度與虧損扣除年度雙方獲益」云云，是以「所得稅法第39條第1項所稱之虧損，是指財務會計營業虧損」之法律見解為前提，但這個前提本身即是錯誤的，故原判決此等法律見解顯然是倒果為因，明顯錯誤。
㈡本院之判斷：
⒈實則前開爭點之法律判斷，基本上要依序從以下二個角度切入，爰說明如下：
⑴第一個部分為：「在適用所得稅法第39條第1項規定，
以一定範圍之前期虧損彌補本期盈餘時，有關前期虧損之量化認定，稅捐機關將轉投資收益計入（因此使虧損減少），卻沒將免稅之證券交易所得或分離課稅之土地交易所得計入」，此等法律適用從什麼樣的規範觀點，可以認為符合所得稅法制之規範本旨。
⑵第二個部分則是，有關前述第一部分之規範正當性觀點
（即「於確認轉投資收益，適用所得稅法第39條第1項之盈虧互抵時，轉投資所得應列為當期虧損之減項」），是否會因現行所得稅法第42條第1項（86年12月30日修正公布）對有關轉投資收益課稅規範方式有所改變，而變成不合理或不具正當性。
⒉針對上述第一部分之判斷，本院認為：「在86年12月30日
現行所得稅法第42條修正公布前，有關所得稅法第39條第1項之適用，在計算前期虧損金額時，不計入免稅之證券交易所得及分離課稅之土地交易所得，而計入轉投資收益所得（因而減少虧損金額）」之處理方式，符合所得稅法制之規範建制，因為：
⑴依現行所得稅法之基本建制原則，基於「量能課徵」之
目標，原則上將同一稅捐主體之全部所得均納入規範，並以「綜合計算」方式為稅基量化，且適用通用稅率。只在立法政策另有考量時，才將特定種類之稅捐客體以免稅或分離課稅之方式，排除在綜合課徵之範圍（排除之立法方式包括直接在所得稅法中規範，或者在所得稅法中規定為免稅，但在其他稅法為規範，例如土地交易所得即在所得稅法中規定免稅，另在土地稅法中課徵土地增值稅）。
⑵而所得稅法第39條所規範之盈虧互抵，在現行法制下被
視為對營利事業之優惠，使營利事業打破週期計算稅額之限制，能在不同稅捐週期內之盈虧得以互補（但此等互補仍有限制，首先是互補方式限制在「後期盈餘扣抵前期虧損，使後期稅額減少」，不許可反向之「前期盈餘扣抵後虧損，並退還前期已納之稅款」。另一限制則為「虧損限定為當期流量，不採累積存量觀點之增減量概念，且有期間限制」），此等優惠當然必須針對「所得稅法中加總計算並適用通用稅率之綜合所得」才有意義，因此上述分離課稅之土地交易所得及免稅之證券交易所得，自然會排除在計算範圍內，此乃法理上之當然，甚至在上訴人所未提及之短期票券利息所得（分離課稅）亦然（財政部72年2月7日台財稅字第30908號函參照）。
⑶至於轉投資收益所得部分，其在所得種類之歸屬上仍被
劃歸為「營利所得」，而屬綜合計算並適用通用稅率之所得。不過其因為在前階段被投資公司分配營利所得前，已經被課過一次營利事業所得稅，因此有「重複課徵」之問題產生，而有制定所得稅法第42條規定之規範需求，而所得稅法第42條之規定內容，雖然歷經多次變化（44年12月23日所得稅法第38條第2項規定「前項收益，如係公司組織投資於其他事業之營利所得時，得僅以其50％數額，計入所得額課稅」，52年1月29日變更為所得稅法第42條，規定「公司組織之營利事業。投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者。其投資收益免予計入所得額課稅」，69年12月30日修正為「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益之80％，免予計入所得額課稅」，86年12月30日修正之現行規定，其第1項為「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額」），規範外觀也有「免稅」或「部分免稅」或「不計入所得額課稅」，但論之實質，以上歷次規定內容之真正規範本旨都是在「認知該等所得種類屬性應歸入『綜合計算並適用通用稅率』之一般所得」基礎下，達成「避免重複課稅」之目的。與「基於立法政策考量，針對特定種類稅捐客體之特殊性，自始將之自合併計算範圍中抽離，單獨給予免稅或單一特別稅率」之情形有別，因此在計算前後盈虧互抵時，仍應計入虧損之減項。
⑷舉例言之，在69年12月30日修正所得稅法第42條第1項
及舊法期間營利事業所得稅率為25％之規範架構下：①A營利事業在T1期，有轉投資收益75元（因為其下之
費用已在一般應稅所得項申報，因此轉投資收益75元即可與轉投資營利所得劃上等號），一般所得項下為虧損-50元（計算過程中，費用部分包括轉投資收益項下之費用），適用上開法規範，其當期課稅所為虧損(75×20％)+(-50)=-35元。故立法技術上，A需繳納營利事業所得稅額為0元，但其實際上取得之「應合併計算且適用單一稅率」之應稅所得則為25元。
②A營利事業在T2期，轉投資收益為0元，一般所得項下
為盈餘50元，並許可二期盈虧互抵，因為T1期並無虧損而有盈餘25元，故其當期課稅仍應認為50元，而非15元。
③當然在上述案例中，或許A營利事業在T1期實質上負
擔25元之稅款（X(1-25％)=75，X=100，100×25％=25）但其實際之稅前盈餘只有50元（25元盈餘加上被投資公司為100元獲利繳納之25元），應繳納之稅款應該只有12.5元，嚴格說來，A營利事業在T1期似乎多繳了12.5元之稅款。不過在69年12月30日修正所得稅法第42條第1項有效施行期間，立法者顯然是考量，在現行法制並不許可「前期盈餘扣抵後虧損，並退還前期已納之稅款」之反向盈虧互抵制度情況下，以上不符常態安排之超額稅額負擔即使存在，也只是制度設計上無法銷除且影響輕微，而必須被忽略（或容忍）的「殘差」，以維護所得稅法制中有關「全部原則稅基綜合計算，並適用通用稅率」之基本建置原則。
⑸以上說明正是為了澄清及回應上訴意旨提出之重要論點
，即「所得稅法第39條所稱之『虧損』，是指『稅上虧損』」，其實更精確的說明應該是「所得稅法第39條所稱之『虧損』，是指『營利事業所有應合併計算、且應適用通用稅率之各式種類所得項下虧損』」，而轉投資收益項之盈虧包涵其中，原判決用「營業虧損」來說明，恐怕是不夠精確之說法。
⒊不過以上第一部分爭點之法律觀點（轉投資收益所得本質
上屬營利所得，所歸屬之稅捐客體種類，仍然必須適用所得稅法制之基本建制原則，即「綜合計算並按通用稅率計算稅額」），在現行所得稅法第42條第1項之規定內容修正為「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額」後，是否仍然合理並符合法制規劃，即有再行之討論空間，而上訴意旨如從規範價值的觀點，可為以下之闡明及發揮：
⑴現行所得稅法第42條之規定乃是配合「二稅合一」法制
所為之規定，而在「二稅合一」法制下，立法者「期待」，就營利事業賺得、而歸股東享有之企業獲利（所得），只課一次個人所得稅，而不重複課徵企業所得稅。此等「立法」期待在立法技術上之落實，現行所得稅法之規範為：
①先對營利事業課徵營利事業所得稅，但所課得之稅款
則計入「股東可扣抵稅額」之帳戶中。因此適用二稅合一制度之營利事業在概念上即有二個帳戶（可比喻為桶子），一為「實帳戶」，內裝營利事業之稅後實質盈餘，一為「虛帳戶」，內裝營利事業已繳納之營利事業所得稅稅款金額。
②而營利事業在分配稅後盈餘時，概念上要將二個帳戶
裏面之金額在同一時點一起分配，二者都是受配股東之營利所得（只是其中有真實之盈餘，也有虛擬之可扣抵稅額），並且二者併計為受配股東取自營利事業之營利所得，再與個人其他種類之所得中併計其所得總額及淨額，而算得應納稅額，再從應納稅額中扣除可扣抵稅額後，而繳納其餘額。個人在納稅時扣除之可扣抵稅額，概念已等同於「營利事業先暫代受配股東繳納，故股東納稅時即可將該筆稅款扣除」（如果股東當期無應稅所得稅，還可向國家申請取回該筆營利事業之暫繳稅款）。
⑵前已言之，營利事業在分配盈餘時，其「實帳戶」與「
虛帳戶」必須一起分配，但二者分配之比例應如何計算，現行所得稅法制亦有其設計，並規定於所得稅法第66條之6中，其規定內容及規範意義可分析如下：
①上開「實帳戶」與「虛帳戶」內裝之金額，在裝入之
始即會有一個對應之比例關係存在，例如在舊法營利事業所得稅之稅率為25％之情形下，實帳戶裝入一筆稅後盈餘75元，虛帳戶應該裝入25元，二者之比例為1比0.33，因為100元稅前盈餘繳納25元稅款，該25元為可扣抵稅額，餘款75元為稅後盈餘，二者間之比例為3:1，即等於上述之1:0.33。
②因此每一筆投入實帳戶之稅後盈餘，都會有一定比例
之對應可扣抵稅額投入。如果投入時能對投入標的做標示，予以特定化，則在取出稅後盈餘時，即可對取出之盈餘予以特定（已做標示），同時輕易一併取出對應比例之可扣抵稅額。
③然而困難出在：
A.以上之實帳戶與虛帳戶是採取累積之存量概念，而且實帳戶之盈餘在將來因為後期虧損必須還回營利事業彌補虧損（此處所稱之「取回」，在概念上與分配盈餘予股東之「取出」並不相同），其金額會變動，虛帳戶之金額則一旦投入即行固定。
B.另外如果營利事業之所得享有免稅待遇者，投入實帳戶時即無對應之可扣抵稅額投入虛帳戶。
④因此二者間「一筆對一筆」之對應比例關係即會被「
模糊化」，致使在取出實帳戶之稅後盈餘時，虛帳戶得一併取出對應比例之金額為何，即有由實證法予以規範之必要。
⑤現行所得稅法第66條之6對提出虛帳戶比例之規範方
式，是採取二層式之管制。首先從存量之觀點，按二帳戶累積之實際餘額比例決定虛帳戶之對應分配金額（第1項規定），再從流量之觀點（即將每筆投入實帳戶及虛帳戶之金額用「標示」方式予以「特定化」），視分配予股東者來自何筆稅後盈餘款項，按其當初虛、實帳戶之投入比例，為其可扣抵稅額分配之上限。
⑥其實從所得稅法第66條之6之規範設計本身即可知悉以下數項重要法律觀點：
A.即使排除營利事業之股利分配行為，虛、實帳戶間之總金額比例仍會不斷變動，因為虛帳戶之金額一旦流入，即不會再流出。但實帳戶之金額則不然，仍有因為彌補將來虧損而流出之可能，而此等彌補將來虧損之流出，自將使實、虛帳戶金額間比例變高，結果將導致虛帳戶中之「可扣抵稅額」無法隨稅後盈餘之分配而全額分配予受配盈餘之股東，致使「二稅合一」之目標無法完全落實。
B.不過有時營利事業也會有些免稅所得（例如證券交易所得）進入實帳戶中，此等免稅盈餘沒有帶入可扣抵稅額至虛帳戶中，因此可以提高實帳戶內之絕對金額，進而降低實、虛帳戶金額間比例，並因適用所得稅法第66條之6第1項規定之結果，使「可扣抵稅額」又可全額分配予受配股利之股東（分配此等免稅盈餘時，因為其無已繳稅額存在，自無所得稅法第66條之6第2項分配上限規定之適用）。
C.不管如何，只要實帳戶金額與虛帳戶金額之比例高於上開二項管制之上限（即實帳戶之絕對金額較少，而虛帳戶之絕對金額較多），虛帳戶就一定有部分金額無法分配出去，從而「二稅合一」之規範目標即無法完全達成。因此從現行實證法之實際規定內容，只能謂「二稅合一」是立法政策之「期待」，但並沒有「確保」其必然實現之對應規範設計。
⑶對營利事業而言，總期待所得稅法制上各實證法條文有
關營利事業所得稅「計算、徵納及扣抵事項」之解釋，能確保「流量」意義下，特定一筆稅後盈餘與其對應繳納之所得稅稅額，能儘可能如實反應在實、虛帳戶金額分配予股東之比例關係上（這樣才能最大限度確保二稅合一精神之實現），在這個規範價值基礎下，現行所得稅法第42條對轉投資之處理，是將被投資公司繳納之稅額當成可扣抵稅額，並置入虛帳戶中，如果該筆對應之轉投資稅後盈餘，在產生當下之稅捐週期即因抵充虧損而無法進入實帳戶中，而且以後再也不可能進入，這樣的法律解釋結論，等於就是讓「因被投資繳納營利事業所得稅，產生之可扣抵稅額」，從流入虛帳戶之始，即永遠無法分配予受配股利之股東，嚴重背離「現行所得稅法第42條所定、配合『二稅合一』制度、針對避免轉投資收益重複課稅」所為之規範設計。此即上訴意旨中所稱「轉投資收益所得直接歸屬股東，而不屬營利事業所得」等論述之法理基礎。
⑷被上訴人卻是按照上開方式計算上訴人96年度可扣抵之
前期虧損金額（即將轉投資收益與當期綜合課徵營利事業所得稅之其他損益合併計算當然盈虧，致使上訴人當期虧損金額減少，連帶影響後期盈虧互抵所得主張之金額），而在此基礎下認定上訴人96年度營利事業所得稅之應納稅額。上訴意旨因此認為前開法律適用明顯違法，而請求退還因此而溢繳之稅款。
⒋前開上訴意旨之具體主張如果透過以上之實質法理論點予
以闡明後，本案上訴爭點之爭議即會集中到，稅捐機關對所得稅法第39條所稱「虧損」之解釋，是否會造成「二稅合一」規範目標之落空，以致違反所得稅法制之規範體系。然而基於現行稅捐稽徵實務及司法實務之法律見解，此等上訴理由並不成立，爰說明如下：
⑴前已言之，依現行所得稅法制之設計，「二稅合一」目
標之達成僅是立法者立法方向之「期待」，而沒有在實證法真正完全落實，這可由以下規範現狀得知：
①從上述所得稅法第66條之6規定內容觀之，已明顯可
見現行法制不保證已繳之稅款一定可以分配予受配股利之股東扣抵。
②現行所得稅法對某些分離課稅之所得稅稅款並未納入
可扣抵稅額之範圍內，例如營利事業因土地交易所繳納之土地增值稅。
③現行所得稅法也針對某些稅捐主體取得之股利所得，排除「二稅合一」，例如所得稅法第73條之2所定：
「非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業，其獲配股利總額或盈餘總額所含之稅額，不適用第3條之1規定。但獲配股利總額或盈餘總額所含稅額，其屬依第66條之9規定，加徵10％營利事業所得稅部分實際繳納之稅額，得抵繳該股利淨額或盈餘淨額之應扣繳稅額」，即為其例。
⑵而司法實務見解更是在很多其他案例中，認為「二稅合
一」原則之適用，會因為現行實證法之特別規定而被排除，最明顯之例子即是「適用現行所得稅法第42條時，有關轉投資收益項下應否認列費用」之爭議，現行司法實務見解一向認為，基於收入成本費用配合原則，轉投資收益項下仍然必須認列費用，即使認列結果導致「扣抵稅額與其實際轉投資收益所得」間之比例，超過所得稅法第66條第2項所定之分配比例上限亦然，此等法律見解之採行，顯然是認為「二稅合一」之目標在此需做退讓。
⑶又本案中上訴人有所得稅法第39條「盈虧互抵」規定之
適用，若一般營利事業無此規定之適用，而處於與上訴人相同之狀態，其稅後轉投資收益仍然會因為與當期其他綜合計算所得相扣抵後，而無「與被投資公司已繳稅額對應」之等額稅後盈餘進入上開實帳戶內，這樣的結果比上訴人更為不利（其虧損不可在將來扣抵），卻認為是法律適用之當然結果，並無救濟機會。而適用所得稅法第39條規定只能讓上訴人取得盈虧互抵之法律利益，不能因此在「二稅合一」之適用上，讓其所受之法律處遇，比其他不適用所得稅法第39條規定者更為優越，此已超出所得稅法第39條之適用邊界。
⒌事實上類似本案事實特徵之案件，本院已有先例（100年
度判字第936號判決）認稅捐機關之作業合法，茲將該先例之法律見解摘錄如下（但其中有關「營業虧損」之論述，可能不夠精準，其理由已如前述）：
⑴所得稅法第39條所稱之「虧損」，依同法第24條第1項
規定，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；因同法第42條第1項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之核定數（虧或盈），並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條但書規定時，自不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據。
⑵前開財政部66年函釋是建立於所得稅法第39條所稱之「
虧損」係指「營業之虧損」（此部分論述不夠精準）所為之函釋，自無違反前開法律規定。
⑶前開財政部66年函釋，指明「應將各該期依同法第42條
規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除」，非指應將投資收益加入當年度純益額，故並無違同法第42條投資收益不計入所得額課稅之立法設計。
⑷財政部66年函釋，係財政部本於主管機關地位就適用所
得稅法第39條所為釋示，其為闡明法規之原意，核與所得稅法第39條立法意旨相符，並未逾越法律規定，法院自得予以援用。
⑸因依行為時所得稅法第42條第1項規定而獲實質免稅之
優惠，未計入當年度所得課稅，如於嗣後年度計算前5年核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，即有違課稅公平原則。財政部66年函釋，以應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除，核與前開法條立法本旨及精神相符，且與租稅公平原則無違。
⑹土地交易所得係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所
得稅，以及證券交易所得係依同法第4條之1停止課徵所得稅，均係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象，而系爭投資收益則係依據所得稅法第42條規定不計入所得額課稅之所得，其目的係因被投資公司已繳納營利所得稅，如再由投資公司將投資收益作為課稅所得合計，將產生重複課稅之情形，故投資收益為避免重複課稅而不計入課稅所得，與土地交易所得及證券交易所得係基於政策考量而免稅，二者所得性質不同，尚無比附援引之餘地。
⒍以上之法理論述也可清楚說明上訴意旨有關「現行所得稅
法第42條之規範意旨，是將轉投資收益直接歸屬於股東，而不屬營利事業所得」等主張之錯誤所在，實則當轉投資收益及其對應之可扣抵稅額，在留存於營利事業之內部（實、虛）帳戶中時，其不屬於任何特定股東所有（根本無從特定，實帳戶之轉投資收益甚至還有可能彌補將來年度之虧損），只有從「二稅合一」之實踐觀點，才能有效解釋現行所得稅法第42條規定之真正規範功能。
⒎是以綜合以上各項理由及本院先例所持之法律見解，被上
訴人在本案中對所得稅法第39條所稱「虧損」之解釋與其法律適用，上訴人以被上訴人前期虧損金額之核定違法為由，請求退稅，自屬無據，應予駁回。
㈢總結以上所述，本件原判決認事用法，雖其理由部分尚有不
夠精準之處（主要在所得稅法第42條所稱「虧損」之解釋上），但總體結論並無違誤，上訴論旨指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。
七、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 102 年 3 月 14 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 黃 合 文
法官 鄭 忠 仁法官 劉 介 中法官 林 惠 瑜法官 帥 嘉 寶以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 102 年 3 月 15 日
書記官 葛 雅 慎