最 高 行 政 法 院 判 決
102年度判字第387號上 訴 人 新北市政府稅捐稽徵處代 表 人 黃育民訴訟代理人 彭玉美
黃雪珍被 上訴 人 財團法人佛教慈濟綜合醫院代 表 人 釋證嚴訴訟代理人 聶齊桓 律師上列當事人間房屋稅事件，上訴人對於中華民國101年12月20日臺北高等行政法院100年度訴更一字第6號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決廢棄。
被上訴人在第一審之訴駁回。
第一審及上訴審訴訟費用均由被上訴人負擔。
理 由
一、被上訴人所有坐落臺北縣○○市（現改制為新北市○○區○○○路○○號房屋（下稱系爭房屋），經臺北縣政府（現改制為新北市政府）於民國94年4月1日核發使用執照（94店使字第113號），被上訴人於94年4月25日向臺北縣政府稅捐稽徵處（即改制前之上訴人，下稱北縣府稅稽處）申報新建房屋設籍並申請按房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅，經北縣府稅稽處於95年5月2日以北稅新二字第09400007360號函覆被上訴人，略以系爭房屋核與房屋稅條例第15條第1項第2款「業經立案之私立慈善救濟事業」之規定不符，應自94年6月起按非住家非營業用稅率2％課房屋稅等語。嗣北縣府稅稽處所屬新店分處（下稱新店稅稽分處）於95年清查系爭房屋使用情形時，查獲系爭房屋地下1層部分面積1,4
77.1平方公尺供餐廳、商店使用及地上1層部分面積294.8平方公尺，供靜思書軒等營業使用，乃分別依房屋稅條例第5條規定，就供營業使用之面積按營業用稅率3％課徵房屋稅，其餘面積作醫院使用部分，則仍按非住家非營業稅率計課，核定96年度房屋稅計新臺幣（下同）23,827,831元（含營業使用部分382,119元、非住家非營業之醫院使用部分23,445,712元）。被上訴人不服，申請復查結果，未獲准變更，提起訴願，亦遭決定駁回，被上訴人就上訴人核定系爭房屋供醫院使用部分課徵房屋稅部分仍不服，遂向原審法院提起行政訴訟。經原審法院於97年9月17日以97年度訴字第907號判決「訴願決定及原處分（含復查決定）關於課徵96年度房屋稅額超過382,119元部分均撤銷。」上訴人不服，提起上訴，經本院以99年度判字第1360號判決：「97年度訴字第907號判決廢棄，發回臺北高等行政法院。」復經原審法院以100年度訴更一字第6號判決（下稱原判決）：「訴願決定、復查決定及原處分關於課徵96年度房屋稅逾新臺幣3,106,663元部分均撤銷。」上訴人不服，遂提起本件上訴。
二、被上訴人起訴主張：（一）被上訴人之請求依據係房屋稅條例第15條第1項第2款：「業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」核先敘明。依財政部64年12月19日台財稅字第38987號（下稱財政部64年12月19日函釋）及64年11月4日台財稅第37824號（下稱財政部64年11月4日函釋）函釋之內容可知，「教會附設醫院」仍可被認定為「業經立案」之「私立慈善救濟事業」，是以被上訴人雖未向內政部社會司立案，惟因同係具有宗教慈善性質之醫院，就醫院之診療室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應得比照援用上開函釋，同樣認屬直接供醫院使用之房屋，以符課稅公平。關於慈善救濟事業中央主管機關，究何所指，內政部先以100年7月19日內授中社字第1000015998號函，否認伊是慈善救濟事業之中央主管機關，而認應由被上訴人之醫療事業主管機關行政院衛生署認定，並於該函以檢附方式引用衛生署96年12月5日以衛署醫字第0960053851號函釋（下稱衛生署96年12月5日函釋），認定慈濟醫院是慈善救濟事業，作為回覆。其後，經行政院邀集相關部會（署）研商，決議有關醫療財團法人得否認屬慈善救濟事業，應由內政部主政，該部遂於實際審查被上訴人之慈善救濟執行報告後，以100年11月24日內授中社字第10007010432號函（下稱100年11月24日函釋），實質認定慈濟醫院是慈善救濟事業。（二）房屋稅條例第15條第1項第2款係規定「業經立案」，並非規定為「業經『向內政部』立案」，內政部組織法或房屋稅條例均查無「慈善救濟事業」「應向內政部立案或原則上應向內政部立案」或「內政部係慈善救濟事業中央主管機關」之法律規定。故「應向內政部立案」或「原則上應向內政部立案」或「內政部係慈善救濟事業中央主管機關」之解釋，是增加法律所無的限制，違反司法院釋字第530號及第478號解釋意旨。內政部前曾以100年5月23日內授中社字第1000700490號函釋（下稱內政部100年5月23日函釋），明白表示，其並非慈善救濟事業主管機關，而是慈善救濟事業範疇內之社會福利事業的主管機關，亦即衛生署才是慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關，而被上訴人已向慈善救濟事業範疇內「醫療財團法人」之主管機關衛生署立案，自已符合房屋稅條例第15條第1項第2款之「業經立案」之要件。（三）依論理言，「教會」是宗教團體，並不符合房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」之要件，惟因「教會所附設之醫院」係從事於「慈善救濟事業」，是以，因為醫院不是教會，所以不適用房屋稅條例第15條第1項第3款，而應該歸類在房屋稅條例第15條第1項第2款「慈善救濟事業」。再者，被上訴人「財團法人佛教慈濟綜合醫院」與教會附設醫院同為「宗教醫院」，同具宗教性質，而且佛教慈濟醫院章程第3條規定係以「佛教慈濟精神辦理醫療服務不以營利為宗旨」、「照顧低收入民眾，以服務社會為目的」而具備慈善救濟本質，即「宗教團體」與「教會」所附設的醫院，在「醫療慈善法人」之本質上及在「醫療慈善救濟工作」上並無不同，何況慈濟醫院所做的「醫療慈善救濟工作」有過之而無不及，基於課稅公平原則，不容差別待遇。（四）參酌「95-98年慈濟醫院與教會醫院之醫務損益與慈善救濟支出比較表」可知，慈濟醫院於97年始有結餘，分別於97年及98年之醫療慈善救濟提撥比率為23.41％及86.76％；反觀同樣有結餘之「天主教聖保祿修女會醫院」97年提撥11.32％，98年提撥
11.71％；「屏東基督教醫院」97年提撥14.11％，98年提撥
20.92％，固均較醫療法第46條之提撥標準之10％為高，但提撥之金額與比例均遠低於被上訴人，被上訴人提撥之比例是上開醫院比例的數倍，前開醫院均是以醫療及慈善救濟事業為主要目的事業，則對被上訴人亦應作相同之認定。又依衛生署網站上公開之各財團法人醫院財務報告及卷附95年至98年之「教會醫院慈善救濟支出明細表」顯示，被上訴人所支出的「醫療社會服務費用」比「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」為多，各該教會醫院支出「醫療社會服務費用」最高者為彰化基督教醫院於98年度係占慈濟醫院的38.77％，最低者高雄基督教信義醫院於97年度係占慈濟醫院的
0.24％，自應認定慈善救濟事業係被上訴人的主要目的事業。再據，財政部98年4月9日台財稅字第09804526600號函釋（下稱財政部98年4月9日函釋）於98年間認定了13家「財團法人教會醫院」為「慈善救濟事業」，而前開13家「財團法人教會醫院」合計投入「社會醫療救濟支出」428,926,000元，而被上訴人98年投入「社會醫療救濟支出」即高達223,671,941元，遠逾前開各家「財團法人教會醫院」投入之金額，有各該「醫療財團法人」98年財報附卷可證，在98年排名第一，約占前開13家總額的百分之52，基於前開事證，顯足認定被上訴人係以慈善救濟事業為其主要目的事業。（五）上訴人援引財政部85年7月5日台財稅字第851116753號函釋（下稱財政部85年7月5日函釋），主張被上訴人須將全部收益直接用於各該目的事業者，始得免徵房屋稅云云。惟前開財政部85年7月5日函釋，祇是財政部檢送內政部研商財團法人老人扶、療養機構免徵房屋稅及地價稅之會議紀錄。而內政部前開會議紀錄亦非函釋，無法規命令之效力。且無論是衛生署或財政部，均未以全部收益用於目的事業之標準，適用於具宗教慈善救濟性質之醫療財團法人。另「慈善救濟事業」是房屋稅條例第15條第1項第2款之法律名詞，是否為「慈善救濟事業」，應探究其文義解釋之定義內涵，超出此範圍之標準或解釋，均屬「增加法律所無之限制」。此「將全部收益直接用於各該目的事業」之見解，業已違反司法院釋字第530號及第478號解釋，而「增加法律所無之限制」等語，為此，訴請將訴願決定、復查決定、原處分關於課徵96年房屋稅逾3,106,663元部分均撤銷。
三、上訴人則以：（一）依房屋稅條例第15條第1項第2款之規定及財政部64年11月4日函釋、64年12月19日函釋之內容可知，慈善救濟事業供辦理事業使用之自有房屋，始得享有免徵房屋稅者，須具備四項要件：1.必需經慈善救濟事業主管機關立案者；2.完成財團法人之登記者；3.不以營利為目的；
4.直接供辦理事業所使用之自有房屋，四者要件缺一不可，合先敘明。（二）被上訴人係依醫療法第5條第2項及第1條規定，以醫療財團法人，並非以從事慈善救濟事業為目的而設立，與內政部辦理宗教團體興辦公益慈善及社會教化事業獎勵要點規定有間，是被上訴人雖係有慈善救濟支出之事業，然並非「慈善救濟事業」，且其既非慈濟基金會附設醫院，與該慈濟基金會分屬不同財團法人，自無財政部64年11月4日及64年12月19日函釋之適用。又參照所得稅法之規定，醫療收入係屬銷售貨物或勞務之收入，有對價關係，應課徵所得稅，與慈善救濟事業係無償的、並無對價關係迥異，故被上訴人雖主張所得虧損，惟係與其成本費用有關，非作慈善事業虧損，實質上尚難謂係以從事慈善救濟為主要目的之事業。至財政部98年4月9日函釋，係就原屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本件被上訴人原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別。（三）被上訴人雖主張，內政部認被上訴人是否屬慈善救濟事業，須由醫療財團法人主管機關—行政院衛生署予以認定，惟衛生署職掌範圍僅醫療、衛生等相關業務，尚未及於慈善救濟業務，縱依被上訴人之自身章程係向行政院衛生署備查，惟該署亦僅係醫療院所業務上之主管機關，非為私立慈善救濟事業之主管機關，是其主張，顯非可採。（四）依財政部85年7月5日函釋規定可知，得認可屬於慈善救濟事業者，需其收費非以營利為目的，且不違反相關從事社會福利之目的，並將全部收益直接用於各該目的事業者，始得認屬慈善救濟事業。是以，房屋稅條例第15條第1項第2款乃是基於辦理社會福利慈善救助事業者，其全部營收及資本孳息全供作辦理社會福利慈善救助事項用途，始有房屋稅免稅予以獎勵之必要，惟被上訴人乃係根據健保局之收費標準，向就醫民眾收取自費額，並依健保局的標準向健保局請款，與一般診所收費標準無異，是被上訴人僅依醫療法第46條規定提撥年度醫療收益結餘之10％辦理醫療救濟、社區醫療服務事項，核與房屋稅條例第15條第1項第2款規定之立法精神及上開財政部函釋有違。（五）再觀之，被上訴人捐助章程第4條關於業務範圍之規定可知，其業務事項共計有13項，列明與社會福利事項有關者，僅第10項、第12項之「辦理義診暨弱勢族群及低收入戶之照護」及「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」，而第12項「辦理老人及身心障礙者等社會福利服務事項」則是依照醫療財團法人捐助章程參考範定，是以，無從依前開之捐助章程即得推論被上訴人之主要目的事業為慈善救濟事業。（六）依財政部100年7月6日台財稅字第10004717670號函釋（下稱財政部100年7月6日函釋）可知，慈善救濟事業之認定，應以主要成立目的，及核心業務係為從事社會福利或社會援助為主，縱有部分收益用於慈善救濟事業之支出亦難認定其為慈善救濟事業。本案依被上訴人96年收支餘絀表以觀，其慈善救濟支出非其主要核心業務，自不符房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅規定等語，資為抗辯，求為判決駁回被上訴人之訴。
四、原審為不利於上訴人部分之判決，係以：（一）由房屋稅條例第15條第1項第2款規定，可知經立案之私立慈善救濟事業，其直接供辦理事業所使用之自有房屋，免徵房屋稅者，須具備三項要件：1.必須經慈善救濟事業主管機關立案者；2.不以營利為目的；3.完成財團法人登記者；如三者缺一，即不得享有免徵房屋稅之優惠，合先敘明。（二）被上訴人係非營利之公益財團法人，前經目的事業主管機關衛生署以76年7月4日函許可准予設立，並經花蓮地院同意財團法人設立登記之聲請，予以核發法人登記證書在案。第以上開法人登記證書之「目的」一欄可知，被上訴人係屬不以營利為目的，且經完成財團法人登記，而從事於慈善救濟與醫療業務之法人組織，自該當於房屋稅條例第15條第1項第2款所定「不以營利為目的」及「完成財團法人登記」之要件，堪以確定。（三）本案被上訴人已該當於房屋稅條例第15條第1項第2款所指「業經立案」之要件，在未經主管機關衛生署予以撤銷之前，自得依醫療法第38條第2項適用上開規定，另就其所有使用之系爭房屋，是否應予免徵房屋稅，悉應依其本質及是否從事慈善救濟工作為實質認定，認定如下：1.內政部業以96年10月2日內授中社字第0860015743號函及同年12月17日內授中社字第0960018943號函（下稱內政部96年12月17日函釋），明白表示，就辦理慈善救濟事業之財團法人醫療機構乙事，其並非立案主管機關，是以，被上訴人自無再向內政部為重複立案之必要；且被上訴人之立案機關衛生署，亦以96年12月5日函釋，依職權認定被上訴人等宗教團體興辦之醫院係屬慈善救濟事業，則在上開認定經有權機關予以撤銷之前，各機關均應予以尊重，自包括上訴人在內無疑。
2.惟按財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上固屬公益法人，然所謂慈善救濟僅係「公益」類型之一，故已完成財團法人之登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業；而醫療法第46條之規定，並不得作為醫療財團法人即當然為慈善救濟事業之依據。職此，衛生署上開函文之判斷理由，尚難認已依法為適當之判斷，亦即，本件尚難僅據該函文作為認定被上訴人確係房屋稅條例第15條第1項第2款所指「慈善救濟事業」之依據；但亦難以此即推認被上訴人非屬慈善救濟事業。3.房屋稅條例第15條第1項第2款對於業經立案之私立慈善救濟事業雖有免徵房屋稅之規定，惟所謂「慈善救濟事業」究係為何，則未予定義。是以上開規定所指「慈善救濟事業」，於以醫療財團法人為房屋稅課稅對象時，究應如何認定，除應斟酌內政部96年12月17日函釋、100年5月23日函釋及衛生署96年12月5日函釋、98年7月27日衛生署醫字第0980020289號函意旨，就被上訴人是否實際從事「醫療救濟、社區醫療服務及與社會福利事業」有關之相關慈善救濟業務為觀察外，並應就實務業務運作上之事實，即醫療財團法人依法向其權責機關衛生署申報之財務報表（即收支餘絀表）關於「醫療收益」等項，是否確有「慈善救濟事業」支出、費用等事實為整體考量，方符「實質課稅原則」本旨。（四）本件依「實質課稅原則」，就系爭96年度被上訴人向衛生署所申報之財務報表即收支餘絀表，分析說明被上訴人確具「慈善救濟事業」本質，而該當於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之免徵房屋稅要件：1.就系爭96年度言，自醫療財團法人向主管機關衛生署所申報之財務報表（即收支餘絀表）觀之，被上訴人與前經財政部核准房屋稅免稅之宗教團體附設醫院（即訴外人財團法人台東基督教醫院等），在「課徵租稅構成要件」認定上，依上訴人之主張－「依財政部85年7月5日函釋意旨，應將『全部收益』直接用於目的事業，方得認屬『慈善救濟事業』」，有差別處遇之情形，爰分述如下：⑴就醫療財團法人而言，同受醫療法規範，其規範事務之實證特徵之一，係每年度依法應向主管機關衛生署申報財務報表（即收支餘絀表），本件被上訴人與其他經財政部核准房屋稅免稅之宗教團體附設醫院（即基督教、天主教等醫療財團法人）皆同受該規範規制，是本件自應審酌所謂醫療財團法人投入醫療服務支出占本年（期）稅後餘絀比率，是否符合「平等原則」所要求相同之事物為相同之處理之適用甚明。⑵本件被上訴人依衛生署網站公告之財務報表，將訴外人財團法人天主教若瑟醫院等13家醫療財團法人及被上訴人（即共計14家醫療財團法人）之收支餘絀表，製作95年度起至99年度之「教會醫院慈善救濟支出明細表」如原判決附表1所示、「教會醫院之醫療社會服務費用占醫務成本及醫務收入之比例表」如原判決附表2所示。由上開附表，可知被上訴人所支出之「醫療社會服務費用」金額較「教會附設醫院」或「財團法人教會醫院」（現均為醫療財團法人）為多，且各該（天主教或基督教）教會醫院支出「醫療社會服務費用」最高者為彰化基督教醫院，其在98年度之該項支出係占慈濟醫院之38.77％，最低者為高雄基督教信義醫院，其在97年度之該項支出係占慈濟醫院之
0.24％；又財政部以98年4月9日函認財團法人天主教若瑟醫院等13家醫療財團法人係屬「慈善救濟事業」，然查該13家醫療財團法人投入「社會醫療救濟支出」之金額共計428,926,000元，而被上訴人在98年度所投入之「社會醫療救濟支出」金額即高達223,671,941元，遠逾各（天主教或基督教）教會醫院所投入之金額，業據被上訴人陳述甚詳，並有上開各該醫療財團法人98年度向衛生署申報之財務報表（即收支餘絀表）在卷可佐，自堪認「慈善救濟事業」係屬被上訴人之主要目的事業之一。⑶本件依95年度起至99年度（包括系爭96年度當期在內）之「教會醫院慈善救濟支出明細表」（原判決附表1）、「教會醫院之醫療社會服務費用占醫務成本及醫務收入之比例表」（原判決附表2）顯示，該等醫療財團法人均係依法向衛生署申報收支餘絀表，惟前經財政部核定為慈善救濟事業之教會醫院（即基督教、天主教等醫療財團法人），縱有該當於「課徵租稅構成要件」情形，卻因經核定係屬「慈善救濟事業」之宗教醫院，而有房屋稅豁免之優惠，除顯違行政程序法第6條「禁止差別待遇」之規定外，更與「平等原則」相悖。⑷被上訴人歷年之醫療慈善救濟支出，依其所提「被上訴人91－98年慈善救濟支出明細表」一覽表，其金額分別為91年48,030,089元、92年58,403,555元、93年79,004,372元、94年113,834,666元、95年161,368,507元、96年192,700,396元、97年198,129,165元、98年225,135,021元；參照系爭96年度各醫療財團法人向主管機關衛生署所申報之財務報表（即收支餘絀表）顯示，被上訴人在本期（即96年）之「醫療社會服務費用」金額為192,307,357元，已高達99.7％，幾占96年度慈善救濟支出（192,700,396元）全部之比例。⑸被上訴人91年度迄至98年度累積「課稅所得額」金額為（負數）－2,989,463,366元，業經被上訴人提出財政部臺灣省北區國稅局之核定通知書影本在卷可稽。被上訴人自承其歷年來「非醫務利益」之所以會有結餘，實係因慈濟基金會（請注意：「慈濟基金會」與「財團法人佛教慈濟綜合醫院」《即被上訴人》為2截然不同之獨立人格）歷年來皆以「專款專用」之方式補助被上訴人建院及擴建資金之需所致。經查自91年度至98年度止，慈濟基金會補助被上訴人之捐贈款項即高達130億餘元，是上訴人有無將慈濟基金會「專款專用」之補助款，「誤認」係被上訴人歷年來之「收入結餘」，即有探討之餘地。故上訴人謂被上訴人歷年來決算後之餘絀及所增加之淨值係「全部」可供投入慈善救濟工作云云，顯忽略會計科目中「專款專用」之性質及實務狀況，有違一般會計原理原則。是上訴人主張依財政部85年7月5日函釋意旨，被上訴人應將「全部收益」直接用於目的事業，方得認屬「慈善救濟事業」，其「全部收益」之立論，既昧於會計實務現況，自「平等原則」乃植基於相同之事物為相同之處理觀之，上訴人非但未審酌醫療財團法人規範事務之實證特徵，亦未考量系爭個案是否有其特殊性，無視於被上訴人與其他醫療財團法人相異之處，即逕予等觀處理，已與「平等原則」之「『相同事情』為相同處理；不同事情不同處理」精神相悖離，所為核定，自屬於法未合。⑹至上訴人所稱財政部98年4月9日函係就原屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者所為釋示，核與本件被上訴人原即屬獨立之醫療財團法人之事實有別，故本件與有無違反行政程序法第6條規定無涉一節。經查上訴人顯然忽略「租稅法定原則」在「課徵租稅構成要件」事實認定上，係受「平等原則」之羈束；且經財政部核准房屋稅免稅之宗教團體附設醫院（即基督教、天主教等醫療財團法人）並非依醫療法第38條第2項規定免稅，而係早經核定免徵房屋稅，為因應醫療法規定改設為醫療財團法人之事實，財政部再次以98年4月9日函肯認渠等仍享有免徵房屋稅之優惠而已，自難以此逕謂本件尚無違反行政程序法第6條規定之情形，上訴人所稱委無可採。2.上訴人以財政部85年7月5日函釋業就「慈善救濟事業」為明確定義，逕謂醫療財團法人之「全部收益」應「百分之百」用於慈善救濟事業，方該當於房屋稅條例第15條第1項第2款之免稅要件，因認被上訴人當年度結餘款（即扣除相關醫務成本、折舊等後之當期稅後餘絀），該「全部收益」必須「百分之百」用於慈善救濟事業，始為適法，顯誤解醫療財團法人享有稅賦減免之立法原由，復忽略醫療財團法人之主要目的事業係以「提供醫療服務」為先，更有稅捐稽徵規範評價上之錯謬，違反稅捐稽徵原則。且前開財政部85年7月5日函釋，係針對「財團法人老人扶、療養機構」免徵房屋稅及地價稅事宜為闡釋，該財團法人與本件之「醫療財團法人」之法人屬性截然不同，業務內容亦相去甚遠，要無相提併論之餘地等詞，為其判斷之基礎。
五、本院按：
(一)房屋稅條例第15條第1項第2款：「私有房屋有下列情形之一者，免徵房屋稅：……二、業經立案之私立慈善救濟事業，不以營利為目的，完成財團法人登記者，其直接供辦理事業所使用之自有房屋。」本款所規定房屋稅之免徵，應具備：
（1）須為經立案之私立慈善救濟事業。（2）已完成財團法人登記。（3）不以營利為目的。（4）直接供辦理事業所使用之自有房屋等4要件。本條既規定「慈善救濟事業」，自係指以從事慈善救濟為主要目的之事業。而財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上雖屬公益法人，惟因所謂慈善救濟僅是「公益」類型之一，故已完成財團法人登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業。又醫療法第1條及第5條第2項分別規定：「為促進醫療事業之健全發展，合理分布醫療資源，提高醫療品質，保障病人權益，增進國民健康，特制定本法。……」「本法所稱醫療財團法人，係指以從事醫療事業辦理醫療機構為目的，由捐助人捐助一定財產，經中央主管機關許可並向法院登記之財團法人。」可知醫療法並非為慈善救濟之目的而訂立，而醫療財團法人亦非以從事慈善救濟事業為目的而設立。至同法第46條雖規定：「醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項；辦理績效卓著者，由中央主管機關獎勵之。」惟本條係因財團法人醫院與一般醫院之收費標準均相同，但依土地稅減免規則第8條第1項第5款規定，經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院，其本身所有之事業用地可享受免徵地價稅之緣由，以提高財團法人醫療機構公益績效之目的而訂立。此規定既係醫療財團法人之法定義務，自不能以其履行法定義務，而逕認其「慈善救濟事業」。換言之，規範提撥下限為收入「結餘百分之十」以辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項之醫療法第46條規定，不得作為醫療財團法人即為慈善救濟事業之依據。況依土地稅減免規則第8條第1項第5款之免徵地價稅規定，係將「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」與「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之社會救濟慈善事業」分別列舉，益見所謂「經事業主管機關核准設立且辦妥財團法人登記之私立醫院」，於稅法上並非即當然為「經立案之私立慈善救濟事業」。
(二)各機關依其職掌就有關法規為釋示之行政命令，法官於審判案件時，固可予以引用，但仍得依據法律，表示適當之不同見解，並不受其拘束(司法院釋字第216號解釋參照)。醫療財團法人是否屬於房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，係法律適用之問題，法官並不受行政機關解釋之拘束。行政院衛生署96年12月5日函釋：「主旨：有關財團法人慈濟綜合醫院及其各分院是否屬慈善救濟事業乙案，復如說明段，請查照。說明：……二、查醫療法第46條規定略以：『醫療財團法人應提撥年度醫療收入結餘之百分之十以上，辦理研究發展、人才培訓、健康教育，百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。』爰財團法人醫療機構具公益性質，並非以營利為其目的，故其性質核與私立醫療機構有別，合先敘明。三、復查貴部64年11月4日台財稅字第37824號及同年12月19日台財稅字第38987號函，已釋示宗教團體興辦之醫院屬慈善救濟事業，得免徵房屋稅；又在現今醫療體系中，醫療財團法人醫院依據上開醫療法規定，仍具『救濟』之性質，即其仍持續提供醫療救濟服務，爰應可認屬廣義之『慈善』事業。綜上，財團法人慈濟綜合醫院及其各分院應可認屬慈善救濟事業。」其以醫療法第46條作為認醫療財團法人慈善救濟事業之依據，與上述（一）本院之見解牴觸。又財政部64年11月4日函釋及同年12月19日函釋固分別謂：「臺灣基督教××會附設××紀念醫院，如查明完成財團法人登記，辦理具有成績並持有主管機關證明者，准依照房屋稅條例第15條第1項第2款之規定，免徵其供辦公使用房屋之房屋稅。」「臺灣基督教××會附設××紀念醫院之診寮室、病房、值夜醫護人員宿舍等，應屬直接供醫院使用之房屋，准照本部64年11月4日台財稅第37824號函示免徵房屋稅。」惟該等函文均係針對有為財團法人登記之教會所附設之醫院為釋示，即其係認教會屬經立案之慈善救濟事業，進而認所附設之醫院合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之要件，核與被上訴人係經醫療財團法人許可之事實有別。且財政部亦曾以71年12月8日台財稅第38854號函釋：「醫事財團法人所有之房屋，除符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之慈善救濟事業，不以營利為目的，其直接供辦理事業所使用者可免徵房屋稅外，其餘尚無特別減免規定。所謂免徵醫事財團法人自有供事業用房舍房屋稅乙節，因乏法令依據，歉難照准。」等語，即未肯認醫事財團法人即當然屬經立案之慈善救濟事業。是上開衛生署96年12月5日函釋逕援引財政部64年11月4日函釋、同年12月19日函釋及醫療法第46條規定，而未慮及房屋稅條例第15條第1項第2款所規定「慈善救濟事業」之意涵及財政部其他函釋，遽謂被上訴人可認屬慈善救濟事業，自難予適用。原判決初謂衛生署以96年12月5日函釋，依職權認定被上訴人等宗教團體興辦之醫院係屬慈善救濟事業，則在上開認定經有權機關予以撤銷之前，各機關包括上訴人在內，均應予以尊重。後又謂按財團法人係由捐助財產所組成，從事公益事業之法人，性質上固屬公益法人，然所謂慈善救濟僅係「公益」類型之一，已完成財團法人之登記者，並非即當然係從事慈善救濟事業；而醫療法第46條之規定，並不得作為醫療財團法人即當然為慈善救濟事業之依據，衛生署上開函文之判斷理由，尚難認已依法為適當之判斷等語，兩者矛盾，原判決理由已有矛盾。
(三)房屋稅條例第15條第1項第2款所稱之「慈善救濟事業」，係指以從事慈善救濟為主要目的之事業，已如上述。是以被上訴人是否屬「慈善救濟事業」，應自其實質上是否以從事慈善救濟為主要目的事業一節予以判斷。依原判決附表2所確定之事實，被上訴人之醫療社會服務費用占醫務成本之比例分別為「95年度1.63％、96年度1.88％、97年度1.86％、98年度1.93％及99年度2.34％」，另醫療社會服務費用占醫務收入之比例則分別為「95年度1.63％、96年度1.63％、97年度1.52％、98年度1.65％及99年度2.02％」，被上訴人關係慈善救濟性質之醫療社會服務部分係占極微小之比例。是以縱被上訴人有為慈善救濟之事實，亦不得謂其係以慈善救濟為主要目的之事業。至被上訴人主張之內政部100年11月24日函，主要在說明被上訴人之醫療救濟支出已超過醫療法第46條規定之比例，暨認定被上訴人91年至99年執行報告內容符合醫療法及其施行細則、兒童及少年福利法、社會救助法等等法規所規定之慈善救濟事項。惟醫療救濟支出達醫療法第46條規定之比例，並非當然即得認屬慈善救濟事業。至被上訴人支出內容合於相關扶助之法令規定，亦僅得證明被上訴人有為該執行報告所載慈善救濟之行為，亦無從據之而得認被上訴人係以慈善救濟為主要目的之事業。另被上訴人主張之內政部101年1月4日內授中社字第1000701331號函，則除重申上述內政部100年11月24日函釋之意旨外，僅係表明慈善救濟事業之立案不限向內政部為之者，無從據此函而為有利於被上訴人之認定。被上訴人據該等函文主張其已經內政部認屬慈善救濟事業云云，尚難採信。上訴人認系爭房屋不得依房屋稅條例第15條第1項第2款免徵房屋稅，並無不合。
(四)財政部98年4月9日函釋：「……又案經行政院衛生署前揭函略以：『……本署現管具教會背景之各醫療財團法人，多陸續由其他部會主管改隸本署主管。所有宗教財團法人附設醫療機構於改隸本署前即免徵房屋稅。前開改隸本署主管醫療機構，係因政府法令與管理權責之劃分所致，其事業之主體並無不同，其所屬財團法人之公益性亦未嘗稍異，其自改隸迄今所從事之公益慈善救濟工作亦未減少，政府自不應因管理權責劃分，而致使其權益平白受到減損……』本部同意上開內政部及行政院衛生署意見。三、本案之適用對象為……旨揭醫院嗣後其慈善救濟本質有變更者，請該署函知該醫院所在地地方稽徵機關，俾依法課徵房屋稅。」此函釋係就原屬慈善救濟事業之宗教財團法人附設醫院，嗣依醫療法規定改設為醫療財團法人者，所為釋示。惟被上訴人係經衛生署於76年7月4日許可設立之醫療財團法人，且經花蓮地院核發法人登記證書在案，為原判決依法所認定之事實。是以被上訴人之為醫療財團法人，與上述財政部98年4月9日函釋所釋示之事實有別。況上述財政部函釋尚於主旨載明：「……仍從事慈善救濟工作，且其慈善救濟本質於改設後並未變更者，准依房屋稅條例第15條第1項第2款規定免徵房屋稅。……」等語，即認仍須就該醫療財團法人事實上是否具慈善救濟本質及是否從事慈善救濟工作為實質審查，尚非因該函釋即當然得認該醫療財團法人合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之免徵房屋稅要件。又支出之「金額」係關係各團體之規模，故是否屬慈善救濟事業係應自該事業之整體收支情形為判斷，而非就各事業間關於慈善救濟之支出「金額多寡」予以比較判斷。原判決援引上述財政部98年4月9日函釋及平等原則，以經財政部98年4月9日函釋認屬慈善救濟事業之其他教會醫院，其等投入之醫療社會服務費用金額較之被上訴人為低，而謂被上訴人屬以慈善救濟為主要目的之事業，被上訴人屬慈善救濟事業，適用法規不當。
(五)綜上所述，原判決認定被上訴人合於房屋稅條例第15條第1項第2款規定之免徵房屋稅要件，並據以撤銷系爭課徵房屋稅處分逾3,106,663元部分及訴願決定，有判決理由矛盾及適用法規不當之違背法令事由。上訴意旨指摘原判決違法，求予廢棄，為有理由，原判決應予廢棄。又因依原判決確定之事實，已得認被上訴人非屬經立案之慈善救濟事業，是被上訴人以其符合房屋稅條例第15條第1項第2款之免徵房屋稅要件而提起之撤銷訴訟，即無理由，應予駁回。至財政部、衛生署及內政部於101年11月28日發布之「具宗教性質之醫療財團法人符合房屋稅條例第15條第1項第2款規定之私立慈善救濟事業認定基準」，業已明定自102年期（課稅所屬期間101年7月1日至102年6月30日）起之房屋稅案件開始適用。且財政部101年11月29日台財稅字第10104653880號函復表明其屬「就法規條文未規定事項所作之補充規定」，非屬稅捐稽徵法第1條之1第1項規定之解釋函令，無從適用於本案，附此敘明。
六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主文。中 華 民 國 102 年 6 月 27 日
最高行政法院第五庭
審判長法官 林 茂 權
法官 楊 惠 欽法官 姜 素 娥法官 蕭 惠 芳法官 吳 東 都以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 102 年 6 月 27 日
書記官 莊 子 誼