最 高 行 政 法 院 判 決
103年度判字第445號上訴人（原審原告） 金大昌鐵工廠股份有限公司代 表 人 陳厚德訴訟代理人 陳慧玲 會計師上訴人（原審被告） 財政部中區國稅局代 表 人 阮清華訴訟代理人 林郁慧上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國103年3月20日臺中高等行政法院102年度訴更一字第6號判決對其不利部分，各自提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決關於「撤銷訴願決定及原處分未認列上訴人金大昌鐵工廠股份有限公司民國89年度營利事業所得稅結算申報『臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施』工程損失新臺幣伍仟陸佰肆拾肆萬柒仟參佰零玖元（未稅金額，應列為營業收入之減項）」部分及該部分訴訟費用之諭知均廢棄。
前項廢棄部分上訴人金大昌鐵工廠股份有限公司在第一審之訴駁回。
上訴人金大昌鐵工廠股份有限公司之上訴駁回。
第一項廢棄部分第一審及上訴審訴訟費用均由上訴人金大昌鐵工廠股份有限公司負擔。
其餘上訴部分上訴審訴訟費用均由上訴人金大昌鐵工廠股份有限公司負擔。
理 由
一、事實概要：㈠緣上訴人金大昌鐵工廠股份有限公司（下稱上訴人金大昌公
司）民國89年度營利事業所得稅結算申報，原列報營業收入淨額新臺幣（下同）137,376,282元、營業淨利3,659,723元、不計入所得額之股利淨額459元、利息收入207,375元、其他收入402,921元、非營業損失及費用2,614,383元、利息支出1,516,879元、其他損失1,097,504元，全年所得額1,655,636元。經上訴人財政部中區國稅局（下稱上訴人國稅局）書面審查除利息收入核定為207,486元外，其餘皆按申報數核定，核定營業淨利3,659,724元，全年所得額1,655,748元。
㈡嗣法務部調查局北部地區機動工作組（下稱調查局北機組）
通報其無進貨事實取具不實之統一發票銷售額合計15,061,401元，作為進項憑證，虛報營業成本，經通知提示帳證文據供核，惟上訴人金大昌公司迄未能提示，上訴人國稅局乃按鋼材二次加工業同業利潤標準（行業標準代號：2715-11，淨利率8％）重行核定（下稱第2次核定）營業淨利10,990,102元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額11,600,509元，應補稅額2,486,095元。
㈢嗣復經通報上訴人金大昌公司92年度期末在建工程「臺中港
西一號碼頭儲槽工程及附屬設施」153,333,333元，實際完工日期為89年6月5日，但卻帳列預收貨款，經函請上訴人金大昌公司提示該工程所得額帳簿文據供核，惟迄未提示，乃再重行核定（下稱第3次核定）營業收入淨額290,709,615元，並按鋼材二次加工業同業利潤標準（行業標準代號：2715-11，淨利率8％）核定營業淨利23,256,769元，加計非營業收入總額610,407元，核定全年所得額23,867,176元，應補稅額3,066,667元，並按所漏稅額1,242,327元處以0.8倍之罰鍰993,800元（計至百元止）。上訴人金大昌公司就第2次、第3次核定全年所得額及罰鍰處分不服，申請復查，獲追認第2次核定營業損失及費用1,588,113元，其餘復查駁回。
上訴人金大昌公司仍表不服，就全年所得額－營業收入、其他損失及罰鍰，提起訴願。經訴願決定關於全年所得額－其他損失部分不受理，其餘訴願駁回。
㈣上訴人金大昌公司不服，循序提起行政訴訟。經原審法院以
101年度訴字第124號判決駁回，上訴人不服，提起上訴，經本院以102年度判字第12號判決（下稱本院發回判決）廢棄原判決，發回原審法院更為審理。案經原審法院審理結果，以102年度訴更一字第6號判決（下稱原判決）以「訴願決定及原處分關於未認列原告（即上訴人金大昌公司，下同）民國89年度營利事業所得稅結算申報『臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施』之工程損失新臺幣伍仟陸佰肆拾肆萬柒仟參佰零玖元（未稅金額）部分（即應列為營業收入之減項部分）、重複認列上開工程收入新臺幣參佰柒拾萬貳仟捌佰陸拾捌元部分及原告民國89年度營利事業所得稅之漏稅罰新臺幣玖拾玖萬參仟捌佰元部分，均撤銷。原告其餘之訴駁回。
」雙方上訴人均不服，遂提起本件上訴。
二、上訴人金大昌公司起訴主張：㈠全年所得額－營業收入部分：
⒈上訴人國稅局認定之完工日期違反法令規定，且與事實不符：
⑴本件系爭工程依營利事業所得稅查核準則（下稱查核準
則）分類及完工認定之適用，辦公室增建工程，佔0.68％，屬建築物工程，應以使用執照為準；儲槽工程佔99.32％非屬建築物工程，應以委建人驗收日期為準。由於上訴人金大昌公司與宏恕倉儲裝卸股份有限公司（下稱宏恕公司）間的本案長期工程糾紛，最後係訴諸民事訴訟，且宏恕公司事後係委請他人接續施工，故上訴人金大昌公司與宏恕公司間並未對本案長期工程另行清點，兩造間權利義務的決算，係於93年度經臺灣高等法院93年度重上字第107號判決（下稱93年度民事判決）為最後確定。本系爭工程於86年簽約，與委建人之民事糾紛起因於委建人催告承建人（即上訴人金大昌公司）盡速完工，而承建人函告委建人積欠工程款，由此可知委建人認定承建人未依約將系爭工程完工。
⑵93年度民事判決於93年6月15日言詞辦論終結，依該判
決書所載可得：①委建人宏恕公司認定承建人未完成本系爭工程，故本系爭工程「未有驗收紀錄」。②委建人堅稱截至91年2月15日前，本系爭工程仍未完工。（判決書引述：委建人91年2月15日答辯狀之內容）⑶依查核準則第24條第3項（已於103年4月9日修正為第24
條第4項，下同）對於完工之認定，無委建人驗收日期時，如何認定實際完工日期，查核準則並無規範，然似應推論無委建人之驗收記錄，即不得視為完工。綜上所述，觀系爭工程中「儲槽工程」占比99.32％，為該工程之主要項目，很明顯的應適用查核準則所稱之「非建築物工程」之規定來認定實際完工日期，然本系爭工程因工程糾紛致「未有委建人之驗收紀錄」，依查核準則第24條第3項對於完工認定之推論，未有委建人之驗收紀錄時，即不得為完工之認定。本系爭工程承建人與委建人之工程糾紛起於89年度而於93年法院判決後，雙方對於系爭工程之權利義務方經確定，故上訴人金大昌公司以93年為完工年度並無違誤。
⒉上訴人國稅局以最不利上訴人金大昌公司之訴願決定，無
端加重上訴人金大昌公司之課稅責任，嚴重違反誠實信用原則及課稅精神：
上訴人國稅局為便利審查致未善盡事實查核之責任，引用與本案課稅無關且與事實、法規不符之民事判決所推論之完工日期作為課稅之依據，認定本系爭工程完工日期應為89年度，遽以核減上訴人金大昌公司93年度所申報認列之工程收入153,333,333元，並調增該等工程收入於89年度；惟卻漏未一併減除屬於同一交易或事項相關之損失計59,269,675元（各項賠償金及違約金計54,269,675元加計被沒收之履約保證金5,000,000元），訴願決定將屬於同一交易或事件相關之收支分別認列於不同年度，係不當排擠所得稅法第24條第1項之淨額原則的適用範圍，違反收支配合原則造成不符合實質課稅原則之課徵結果。其無端加重上訴人金大昌公司之課稅責任，嚴重違反誠實信用之課稅精神。
㈡全年所得額－其他損失部分：
⒈上訴人金大昌公司93年度所申報之其他損失高達54,269,6
75元，亦經上訴人國稅局所核定，故該其他損失與本系爭工程收入係屬同一交易，為上訴人國稅局所確知，然其於核定同步加減計89年度及93年度所得時卻未主動同步加減計與本系爭工程有關之89年度及93年度之其他損失，其屬上訴人國稅局應注意之事由而未能注意者不能謂其無過失，承上開所述本系爭工程有關之賠償及違約損失應有依行政程序法第128條規定之適用，方屬公允。再者上訴人金大昌公司於復查申請時對於課稅所得一項即有提出疑義，理應包括上開其他損失在內，上訴人國稅局不應僅以「未經復查程序」為由，而置有利於上訴人金大昌公司之證據於不顧。
2.屬同一案之系爭工程收入及其他損失，上訴人金大昌公司均申報帳列於93年度，惟上訴人國稅局將系爭工程收入轉列於89年度時，未將系爭其他損失由93年度轉認列到89年度；若將系爭其他損失轉列到89年度，則89及93年度之稅捐差異為（減少）3,358,361元。
㈢本系爭工程於其他年度已依法計算繳納之營利事業所得稅尚
未同步扣除本系爭工程於86至88年度依完工百分比法計算繳納之營利事業所得稅，上訴人國稅局於核定補徵89年度所得稅時，並未同步扣除或早於89年度補徵稅額繳納期間屆滿前退還溢繳之稅額，其行政作為顯不合理，且損害上訴人金大昌公司權利甚明。
㈣本系爭長期工程合約之工程收入153,333,333元，然實際產
生之賠償及違約損失高達54,269,675元，已經超過依同業利潤標準8％所計算之同業利潤12,266,667元甚多，本系爭工程所產生之損失已經危及上訴人金大昌公司繼續經營的能力。然今訴願機關僅以「……其他損失……其程序顯有未合，本部分訴願應不予受理」將本應屬於上訴人國稅局之責任，歸咎上訴人金大昌公司未提出復查申請，而未主動同步加減計與本系爭工程有關之89年度及93年度之其他損失，使得已經呈現巨額虧損之長期工程，卻仍需繳納於不合理基礎下所計算出來之營利事業所得稅與罰緩，訴願機關之訴願決定嚴重影響量能課稅原則，且與實現稅捐的公平與正義有違。
㈤參93年度民事判決，系爭其他損失之發生，主要係因系爭工
程延遲完工所致，工程延遲完工天數（逾期天數）之計算為：應完工日87年10月16日到實際完工日89年6月5日，逾期天數共598天，故其於89年度已發生，即應於發生年度（即89年度）認列。上訴人國稅局主張系爭其他損失未實現，實有誤認，委不足採。若上訴人國稅局主張系爭工程完工日期，應依據93年度民事判決所判定之事實發生日，即89年6月5日，於89年度認列系爭工程收入；則系爭其他損失（罰款及損害賠償等）亦應依據上開民事判決，所判定之罰款及損害賠償事實發生日，即89年6月5日，於89年度認列系爭其他損失，而非以該民事判決年度為93年度，而將系爭其他損失認列於93年度。因上開事實（完工、罰款及賠償等）均係經事後民事判決所判定，事實之認定應有一致之標準，才不致前後矛盾。
㈥本案工程延誤所產生之應付罰款及被沒收之履約保證金等損
失，係帳列申報且經上訴人國稅局定性為「非營業其他損失」（而非營業收入之減項），並核定為非營業損失項下之「其他損失」，足見上訴人國稅局對於本業別（行業代號：2715-11）之上開損失，均定性為「非營業其他損失」；又財政部所頒定「各年度營利事業各業所得額標準及同業利潤標準之淨利率」，係參考各業申報之平均毛利率、費用率、淨利率等所編訂，故財政部所參考統計計算同業淨利率之基礎資料，並未減除因工程延誤產生之罰款及被沒收之保證金等損失金額。退步言，若將上開本業別之罰款等損失金額併入減計，則本業別之同業淨利率將更低。今若將本案其他損失59,269,675元，由業外損失轉列為營業收入之減項，其所推計之所得額，不但與上訴人金大昌公司之實際所得不相當，亦與上訴人國稅局核課所得之實務通常作法不符，故以營業收入淨額96,886,024元乘以同業淨利率8％，得出之推計所得即不具合理性，該不合理之推計即有違司法院釋字第218號之解釋意旨。蓋財政部對於同業利潤標準之訂定乃源自於同業統計之資料，因此藉以推計所得時，對會計方法及科目之認定自應本諸一般公認之會計原則及實務通常之作法，也只有當與推計基礎之統計資料有相同會計處理方法時，所推計之所得方具合理性及正當性。故本案長期工程因工程延誤所產生之應付罰款及被沒收之履約保證金等金額計59,269,675元，應帳列非營業損失項下之其他損失，89年度依法推計之所得額（即153,333,333×8％－59,269,675＝-47,003,008元），方具合理性及正當性。
㈦依查核準則第24條第3項規定，其中「完工」乃指一定工作
之完成，而達可交付之程度，其時點原則上應依契約雙方當事人之真意定之。按「實質完工說」，工作須完成至已能使用之程度，亦即使委建人已能接管工作物並能依據預期之目的而使用時，始達完工之程度。本件長期工程截至93年7月1日民事判決前仍尚未「實際完工」，即自始未經委建人宏恕公司驗收合格及受領，是雙方權利義務尚未決算確認，則課稅要件即未成就。上訴人金大昌公司與宏恕公司對於本長期工程之權利義務於93年7月1日方經民事判決確定，雙方即應依該判決內容對本長期工程進行決算。即上訴人金大昌公司必須以其對宏恕公司的應收工程款54,269,675元，抵償應付宏恕公司的延遲完工罰款、履約保證金、違約金及損害賠償（該賠償包含宏恕公司委請他人接續施工之代墊款6,324,002元）等。是上訴人金大昌公司以93年為本長期工程之完工年度認列營業收入，並認列本長期工程之賠償損失等並無違誤。
㈧按核課稅捐首重量能且公平原則，今系爭工程已明顯產生工
程賠償等損失54,269,675元，卻仍需繳納鉅額稅捐，明顯是核課稅捐的過程產生錯誤。對於已呈現鉅額損失之本案長期工程，以上訴人國稅局或本院之主張，所得額仍高達12,266,667元【161,000,000÷（1.05×8％）】或7,750,882元【（161,000,000－59,269,675）÷1.05×8％）】，而應課稅額則超過300萬元或近200萬元，顯然違反量能之課稅原則。
㈨今對於系爭長期工程之實際完工日期雙方各有爭執，惟經上
訴人國稅局依經濟解釋，予以調整系爭長期工程收入認列收入之年度，但未同步調整同一案的其他損失，始產生上訴人金大昌公司於89年度有短報所得額，而應補繳稅額之情事；上開上訴人國稅局對系爭所得額之調整，僅係法律見解不同，並非上訴人金大昌公司對所得額有漏報或短報情形，亦無逃漏稅之故意過失，尚難構成逃漏稅，故實務上通常亦少對此類案件亦予以處罰。惟上訴人國稅局逕以上訴人違反所得稅法第110條第1項規定，以漏報89年度所得額為由，裁處罰鍰，實有論事用法之違誤。上訴人金大昌公司對於本系爭工程完工年度之認定及其他損失應認列之年度均有所依據，上訴人國稅局適用錯誤之證據認定89年為完工年度並裁處罰鍰，於法未合。
㈩綜上所述，原處分認事用法，均有所違誤等語，求為判決撤
銷訴願決定及原處分（即復查決定）不利上訴人金大昌公司部分。
三、上訴人國稅局則以：㈠全年所得額部分：
⒈因本件系爭工程從未辦理驗收，實際完成交由委建人受領
之日期無法查考；惟依上訴人金大昌公司與委建人宏恕公司就系爭工程實際完工日期之民事訴訟，上訴人金大昌公司主張應以委建人呈報給臺中港務局之「公民營公司與臺中港務局合作興建工程進度週報表」是於89年3月23日完工，而委建人主張應為取得使用執照89年6月5日，嗣經93年度民事判決依兩造對於系爭工程目的觀之，應以取得使用執照，符合形式上可使用之客觀狀態來認定完工日期方為適當，判決系爭工程實際完工日期為取得使用執照之89年6月5日。上訴人金大昌公司於該民事訴訟均自承系爭工程完工日期為89年度，嗣於本案辯稱非於89年度完工，其又未能舉證以實其說，上訴人金大昌公司所訴，委不足採。是將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入並無不合，另上訴人金大昌公司90至93年度已認列系爭工程收入已更正調減，至86至88年度是否已更正調減，未見卷附資料，惟其他年度收入縱有未更正減除係另案更正事件，與本案課稅所得額之核定無涉。
⒉上訴人金大昌公司主張委建人積欠工程款54,269,675元及
其被沒收之履約保證金5,000,000元，合計59,269,675元，用以抵銷上訴人金大昌公司應負擔該工程各項賠償金及違約金尚有不足，是該被抵銷之59,269,675元，應認列其他損失乙節。經查上訴人金大昌公司與系爭工程委建人就該工程款於民事訴訟時，其雖主張超出承攬契約施作項目，該部分委建人積欠工程款54,269,675元，惟經93年度民事判決以，上訴人金大昌公司僅提出片面製作之成本估價明細單，並不能證明其確有該等超出工程圖說施作之事實，且原工程契約第3條規定，全部工程總價161,000,000元，除委建人同意工程變更追加外，該總價不得因任何原因增加。可見超出系爭工程契約之施作，勢須以雙方合意為前提，該委建人除否認有超出工程圖說施作之情形，亦抗辯未曾同意追加工程項目，且上訴人金大昌公司工程逾期累積高額罰款，即令其主張之工程款與之相抵充，仍不足給付罰款，上訴人金大昌公司復未能就有利事實提出證據以實其說，實難認其確有施作超出契約所約定之承攬範圍，判決上訴駁回。該案經判決未有超出承攬契約施作項目，自無上訴人金大昌公司主張抵銷其應負擔該工程各項賠償金及違約金，可列其他損失之情形。又本件於上訴人國稅局作成初查決定後，上訴人金大昌公司就利息支出、報廢固定資產損失、呆帳損失及地下油槽管線配管損失等部分申請復查，並未對抵銷工程款之各項賠償金及違約金表明不服之意，有上訴人金大昌公司之復查申請書在卷可按，上訴人金大昌公司上開認列其他損失之爭點未經復查程序，而逕為行政爭訟，自非法所許，上訴人金大昌公司所訴，核不足採。
㈡罰鍰部分：
系爭工程依旨揭查核準則規定，及依93年度民事判決書所載，以辦公室增建工程取得使用執照89年6月5日為實際完工日期，應將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入，上訴人金大昌公司卻帳列預收貨款，縱非故意，亦難謂無過失。上訴人金大昌公司至查獲日前已就該工程累積完工比例
59.49％列報營業收入，應按未認列部分計算該工程漏報所得額4,969,226元【153,333,333×8％×（1－59.49％）】，加計漏報利息收入111元，核算漏報所得額4,969,337元及漏稅額1,242,327元（4,969,337元×25％－已扣繳稅額8元），上訴人金大昌公司於裁罰處分前已書面承認違章事實並承諾繳清罰鍰，第3次核定按所漏稅額1,242,327元處0.8倍罰鍰993,800元並無違誤，復查決定及訴願決定予以維持並無不合等語，資為抗辯，求為判決駁回上訴人金大昌公司之訴。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：㈠有關系爭工程實際完工日期部分：
⒈系爭工程為臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施，其具
體工程項目包括儲槽建造及配管工程、機電工程、土木工程。其中儲槽建造及配管工程，尚包括3,000、3,200、1,500立方公尺不鏽鋼儲槽、1,500立方公尺碳鋼儲槽、儲槽基座防蝕工程、管路工程、管線防蝕包覆工程；機電工程包括電氣及給排水工程、發電機更新工程、灌充站自動灌充設備工程、避雷針及相關設備工程；土木工程包括3,000立方公尺儲槽基礎新建工程、1,500立方公尺儲槽基礎新建工程、辦公室增建工程、管架新建工程、污水貯存池新建工程、灌裝站新建工程、電動大門增建工程、圍牆、擋油堤、越堤梯、地坪及道路排水工程、管溝及連接槽工程、監工房及假設工程、3,000立方公尺儲槽基礎打樁工程等，此有訴外人臺中港務局與宏恕公司所簽訂之承租土地暨地上設施合作興建儲槽契約、第一期擴建工程設備清冊及上訴人金大昌公司與宏恕公司所簽訂之工程合約在卷可資比對。
⒉嗣因系爭工程發生糾紛，上訴人金大昌公司對宏恕公司提
起給付報酬（工程款）之民事訴訟，上訴人金大昌公司主張業已完成工程項目，惟宏恕公司拒絕給付，而宏恕公司則在該案中主張該報酬請求權已罹於時效，且工程遲延完工，導致該公司無法如期依約履行與臺中港務局所約定之工程期限，而發生損害等語，最終該案經法院判決上訴人金大昌公司敗訴確定，亦有93年度民事判決附卷可稽，並經調卷查證屬實。雖上訴人金大昌公司主張系爭工程並未實際完工，宏恕公司亦未驗收及受領系爭工程設施，經原審法院通知宏恕公司之代表人陳文正及會計人員楊麗芬到庭作證，或表示時隔已久，不復記憶，且無相關資料留存，無法證實，或表示並非當時之承辦人員，當時之承辦人員業已離職，無從查證等語。惟查，在上訴人金大昌公司與宏恕公司所進行之前揭民事訴訟案件當中，上訴人金大昌公司明確主張系爭工程業已完工，僅延遲工期68日或142日，而宏恕公司則主張延遲706日，亦不爭執業已完工，有上開民事判決書第5頁、第8頁之記載內容可資參照。⒊另參照興建系爭工程當時所製作之公民營公司與臺中港務
局合作興建工程進度週報表所載，工程進行至88年12月27日至89年1月2日當週，累積進度已達87％，迄至89年3月20日至89年3月22日該週，累積進度已完成100％，其間工程項目分別為：進度完成87％時的施工概況為槽體側板、銲接、面銲、剷磨、噴砂、噴漆、C區泵浦按裝、輸送管路挖方、配管、試壓、回填、牆堤、排水溝挖方、配筋、組模、RC澆灌；進度完成95.5％時的施工概況為消防管、運送管、氮氣管等配管、銲裝、外牆空心磚堆砌、外牆水泥粉刷、溝堤組模、配筋、RC澆灌等工程；進度完成96％時的施工概況為消防管、輸送管、氮氣管等配管、銲接、油漆、外牆水泥粉刷、溝堤組模、配筋、RC澆灌；進度完成97％時的施工概況為槽體基座粉刷；進度完成99.5％時施工概況為槽體消防配件及輸油管線安裝、擋油堤及越堤梯水泥粉刷、越堤梯欄杆及消防管等油漆、美化工程植栽，最後為輸油管路及消防管路等油漆、環境清理等，此有該經宏恕公司簽章確認之興建工程進度週報表在卷足憑，顯見系爭工程後段之工程項目為儲槽工程，主要為配管、焊接、油漆及美化環境等收尾工程。因此，系爭工程應已實際完工，上訴人金大昌公司主張系爭工程並未實際完工云云，應與事實不符。雖上訴人金大昌公司復提出宏恕公司分別於89年5月10日及同年6月28日請其進行改善工程之函文，暨宏恕公司另外委請其他廠商接續施工代墊明細表為證，主張上訴人金大昌公司確實未完成系爭工程云云。然查，該等令上訴人金大昌公司改善之項目均僅是工程缺失或瑕疵補正之問題，容與工程未依進度完工有別，是上訴人金大昌公司此部分主張，要難為有利上訴人金大昌公司事實之認定。
⒋又系爭工程損益之認列，依查核準則第24條第1項但書之
規定，應採取全部完工法，蓋因上訴人金大昌公司承包宏恕公司之系爭工程，其工期雖在1年以上，惟上訴人金大昌公司無法提出「可供勾稽、足以證明」該工程成本費用之帳簿文據供上訴人國稅局查核，致各期應收工程價款無法估計，為兩造所不爭之事實，故符合該查核準則第24條第1項但書第3款所定「歸屬於合約成本無法辨認」之要件，應採取全部完工法，於完工年度再行計算損益。而系爭工程既已實際完工，縱未經宏恕公司驗收或受領，然依前揭查核準則第24條第3項規定，實際完工日期之認定，如無法查考工程實際完成交由委建人受領之日期，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。承前所述，系爭工程後段之工程項目為儲槽工程，亦為最後完成之工程，雖系爭工程包含有建築物與非建築物之施作（工程項目詳前所述），然該最後完成之工程既為儲槽之建築物工程，依照上開說明，即應以主管機關核發使用執照日期為準。又依前臺中縣政府所核發之系爭工程儲槽、圍牆及擋油堤雜項使用執照所示，其核准時間為89年6月5日，復參酌前揭興建系爭工程當時所製作之公民營公司與臺中港務局合作興建工程進度週報表所載，工程進行至至89年3月20日至89年3月22日該週，累積進度已完成100％，與上開核發使用執照之時間89年6月5日相當接近，經加計申請使用執照之作業時間，上訴人國稅局認定系爭工程之實際完工日期為89年6月5日，即與事實相符。另外，上開上訴人金大昌公司對訴外人宏恕公司提起給付報酬（工程款）之民事訴訟案件當中，承審法院亦認定系爭工程之實際完工日期即為取得上開雜項使用執照之89年6月5日（參見該判決書第9頁），更可印證系爭工程實際完工日期即為89年6月5日無訛。因此，上訴人金大昌公司主張「辦公室建築物僅占極少之施工比例，以其取得使用執照之時點認定整個工程完工，明顯錯誤。」云云，即有誤解，委非可採。從而，上訴人國稅局依查核準則第24條第3項之規定，認定系爭工程完工日期為89年度，並將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入並無不合。㈡有關上訴人金大昌公司之系爭工程報酬損失是否已經復查程序部分：
本院62年判字第96號判例所表彰之「爭點主義」，其所謂之「爭點」範圍，乃是垂直概念，應擴及與下位事實爭點連帶之上端判斷事項。亦即，本件營業收入如何計算之爭議，將對後續之營業淨利計算及稅率適用、稅額計算等均造成連帶影響，此等受連帶影響之事項，均在爭點範圍內。準此說明，本件上訴人國稅局主張上訴人金大昌公司就利息支出、報廢固定資產損失、呆帳損失及地下油槽管線配管損失等部分申請復查，並未對抵銷工程款之各項賠償金及違約金表明不服之意，是上訴人金大昌公司上開認列其他損失之爭點未經復查程序，而逕為行政爭訟，自非法所許云云，即有誤解，並非可採，原審法院自應就該其他損失部分為實體審理，允無疑義。
㈢有關上訴人金大昌公司之全年所得額－其他損失部分：
⒈系爭工程損失，在性質上應屬「工程延誤或其他原因所產
生之應付賠償款或罰鍰」，依財務會計準則公報第11號「長期工程合約之會計處理準則」第17點所示，即應列為當年度之工程損失，而與該工程損益之計算具有絕對關連性；且基於「收入成本費用及損失配合原則」，上開損失之時間歸屬，應與工程收益之認列年度相同。而系爭工程完工日期既為89年度，應將該工程收入153,333,333元列入89年度營業收入，已如前述，則本件系爭工程損失59,269,675元（未稅金額為56,447,309元），依「收入成本費用及損失配合原則」，亦應同時列入89年度，不應有異。亦即，上訴人金大昌公司因系爭工程實際取得之含稅營業收入，僅有101,730,325元（161,000,000-59,269,675=101,730,325），扣除5％營業稅後，其實際取得之營業收入淨額僅96,886,024元。準此說明，上訴人國稅局認定系爭工程之營業損失59,269,675元為「業外損失」，與營業收入之計算無關，不應計入本年度之損益內云云，即有誤解，應非可採。
⒉上開事實，除前揭爭執事項外，已為上訴人金大昌公司所
不爭執，復有前開證據可為佐證。另依上開營業收入認定結果，上訴人金大昌公司因系爭工程實際取得之含稅營業收入，僅有101,730,325元（161,000,000-59,269,675=101,730,325），扣除5％營業稅後，其實際取得之營業收入淨額僅96,886,024元，且上訴人金大昌公司迄今並未再舉證證明，其事後已取得之收入仍遭追回求償而短少，應將其短少之金額再自收入淨額中扣除等情。因此，原處分所認定上訴人金大昌公司89年度之營業收入290,709,615元，即應再減除系爭工程營業損失56,447,309元（未含稅），始為適法。
⒊針對上訴人金大昌公司所主張系爭工程損失103,908,592
元，其中超過59,269,675元部分，本院發回判決廢棄理由之法律上判斷，為其廢棄前審判決之基礎，依行政訴訟法第260條第3項規定，原審法院自應受其拘束。況且，上訴人金大昌公司亦未就上開超過59,269,675元部分因實際支出而造成之工程損失舉證以實其說，自亦無法採認。
㈣有關上訴人金大昌公司之營業收入部分：
經查，上訴人金大昌公司在經上訴人國稅局查獲系爭工程收入153,333,333元應列入89年度營業收入之前，業已依完工比例法申報工程淨利，有上訴人金大昌公司89年度工程淨利累計表、商品進銷存表等件在卷足憑，並為兩造所不爭執。
顯見，本件上訴人國稅局依上訴人金大昌公司89年度營利事業所得稅結算申報之營業收入137,376,282元，另加計系爭工程之營業收入153,333,333元，乃以第3次核定營業收入淨額290,709,615元，顯然已重複計算當年度已依完工比例法計算申報之工程淨利3,702,868元無訛，上訴人國稅局此部分核定亦有認定事實錯誤之違誤。
㈤有關罰鍰部分：
經查，上訴人金大昌公司之89年度營利事業所得稅結算申報，其有關系爭工程之工程損益之計算方法及實際完工日期，查核準則第24條第1項至第3項已明定其要件。上訴人金大昌公司於辦理89年度營利事業所得稅申報時，對應如何申報，理應參照上開法令規定辦理；若對法律之適用及解釋產生疑義時，上訴人金大昌公司非不可向相關專業機構及人員查詢，於獲得正確及充分之資訊後申報。且依上訴人金大昌公司在上開與訴外人宏恕公司所進行之前揭給付報酬（工程款）之民事訴訟案件當中，亦明確主張系爭工程業已完工，僅延遲工期68日或142日，並不爭執已於89年度完工，有上開民事判決書第5頁、第8頁之記載內容可資參照。又93年度民事判決最終亦認定系爭工程之實際完工日期，應以前臺中縣政府所核發之系爭工程儲槽、圍牆及擋油堤雜項使用執照核准時間為89年6月5日為準。顯見，上訴人金大昌公司應在申報時即已知悉該項營業收入，然其竟帳列預收貨款，主張尚未完工，縱認其主觀上無違反上開所得稅法第110條第1項規定之故意，亦難謂無過失責任。又上開工程之損益計算方法及實際完工日期，既有客觀且明確之標準，自不得擅以法律見解歧異而主張免責，是上訴人金大昌公司主張兩造間存有法律見解歧異，並不得據為認定漏稅故意或過失之基礎云云，即非可採。惟原處分所認定上訴人金大昌公司89年度之營業收入290,709,615元，未依「收入成本費用及損失配合原則」，減除系爭工程營業損失56,447,309元（未含稅），且重複計算當年度已依完工比例法計算申報之工程淨利3,702,868元，有所違誤，俱如前述，自已影響裁罰基礎漏稅額之計算，是原處分關於裁罰部分，亦有違誤，仍難以維持。
㈥綜上所述，原處分既有上開上訴人金大昌公司89年度之營業
收入290,709,615元，未依「收入成本費用及損失配合原則」，減除系爭工程營業損失56,447,309元（未含稅），且重複計算上訴人金大昌公司當年度已依完工比例法計算申報之工程淨利3,702,868元，均有違誤；又該本稅之核定既有違誤，則基於該漏稅額計算之裁罰，自當受到相對影響，茲因稅捐稽徵機關行使其裁罰權係單一而完整之職權，法院無從代為行使，是原處分關於未認列上訴人金大昌公司89年度營利事業所得稅結算申報系爭工程之工程損失56,447,309元（未稅金額）應列為營業收入之減項部分、重複認列上開工程收入3,702,868元部分及對上訴人金大昌公司裁罰993,800元部分，均難以維持。從而，上訴人國稅局就上開未予認列、重複認列及罰鍰部分，上訴人金大昌公司訴請撤銷此部分之訴願決定及原處分，為有理由，應予准許，並由上訴人國稅局重行調查核算暨依其職權重為裁量應處罰鍰之數額。至其餘部分，原處分認事用法尚無違誤，訴願決定予以維持，並無不合，上訴人金大昌公司徒執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
五、上訴人金大昌公司上訴意旨略以：㈠原判決將系爭長期工程因工程延誤所產生之應付罰款及被沒
收之履約保證金等損失計59,269,675元，轉列系爭長期工程收入之減項，有判決不備理由及不適用法規之違法：
⒈原判決理由未說明該推計課稅之重要估計基礎－「同業利
潤標準」，因其對「應付罰款及被沒收之履約保證金等損失」定性之改變（由營業外損失變成營業損失，再變成系爭工程收入之減項），其「同業利潤標準」之標準值是否須要一併調整，或是該標準值無須調整之理由，該判決容有不備理由之違法而當然違背法令。
⒉本案89年度全部所得額，係依查核準則第6條第2項規定，
就全年度營業收入淨額按同業利潤標準（其標準值制訂並未扣除罰款及被沒收之履約保證金等損失）核定所得額。故系爭長期工程之應付罰款及被沒收之履約保證金等損失，依上開準則之規定及損失之定性，即應帳列非營業損失項下之其他損失，方能推計與納稅義務人實際所得相當之課稅所得。
㈡系爭長期工程損失之性質在稅務之稽徵實務上係定性為非營業損失：
⒈上訴人國稅局亦如此認定，此有上訴人國稅局核發給上訴
人金大昌公司93年度之營利事業所得稅核定通知書（附件3）可證。上訴人國稅局於原審法院之更審準備程序庭亦持相同見解。
⒉上訴人國稅局一向將應付罰款及被沒收之履約保證金等損
失核認為非營業損失，此有本院發回判決第27頁(B)段可參。
㈢查財政部令頒之同業利潤標準，係根據各該業正常營運資料
訂定，不包括營業外損益，故並不特別考量違約罰款及被沒收之履約保證金損失等特殊狀況。本案既以系爭長期工程收入153,333,333元（未稅）按同業利潤標準之淨利率8％推算營業淨利12,266,667元。此推算而得之營業淨利並未扣除罰款及被沒收之履約保證金等損失，故推算而得之營業淨利必須再扣除該等損失59,269,675元（含稅），方為課稅所得額-47,003,008元。而原審法院係將長期工程收入153,333,333元（未稅）先行減除罰款及被沒收之履約保證金等損失56,447,310元（未稅，實應為含稅金額），得出收入淨額96,886,023元（未稅）後，再按同業利潤標準之淨利率計算營業淨利7,750,882元，加減計非營業損益0元，得出課稅所得額7,750,882元。以原判決上開計算課稅所得額之觀點，除工程案之損失（因係作為收入之減項）超過工程收入外，都會產生課稅所得，而必須繳稅。然實際上若工程損失超過工程利益（即工程收入減除工程成本費用），則該工程將呈現虧損而不具納稅能力。故原判決將系爭長期工程損失列為系爭長期工程收入之減項，有違查核準則第6條第2項有非營業損失應核實減除之規定，且其推計課稅之過程違背估計基礎與實際統計基礎應一致之論理及經驗法則，而有違行政訴訟法第189條之規定。
㈣原判決列為系爭長期工程收入減項之系爭損失，扣除營業稅5％（即2,822,366元）之判決違背法令：
依據統一發票使用辦法第4條規定，取得該系爭賠償收入之委建人宏恕公司無須開立銷售發票予上訴人金大昌公司，故上訴人並無可扣抵營業稅之進項稅額2,822,366元（即59,269,675×5％＝2,822,366）。因此該工程罰款及被沒收之履約保證金等損失59,269,675元（含稅）無須減除進項稅額2,822,366元。原判決將系爭長期工程收入減項之系爭損失扣除營業稅5％（即2,822,366元）之判決，有判決不適用法規或適用不當之違法。
㈤查核準則第103條有關其他損失認列之法規範，僅對證明待
證事實之證據方法有所限制，並無限制「時間歸屬」之規範意旨。退步言，查核準則第64條凡應歸屬於本年度之費用或損失，年度決算時，應就估計數字列帳。系爭長期工程於89年度與委建人發生工程糾紛，故而系爭工程損失於89年度確定發生與實現，且該損失可合理估計，依據前開準則自得估計入帳，而「得不」依查核準則第64條但書規定「列為過期帳費用」，以與當年度認列之系爭長期工程收入相配合，裨達正確計算損益之精神。
㈥退步言，若89年度估計之應計損失與93年度民事判決確定之
損失相距甚大時，為使收入與成本費損相配合以達正確計算損益與真實反應納稅能力時，得不於確知之年度以過期帳費用或損失處理，而於89年度更正應計損失，以符合量能課稅之精神等語。
六、上訴人國稅局上訴意旨略以：㈠依所得稅法第22條第1項規定，公司組織之會計基礎，應採
用權責發生制，所謂權責發生制，依商業會計法第10條第2項規定，係指收益於確定應收時，費用於確定應付時，即行入帳。查上訴人金大昌公司因系爭工程於89年度完工後仍有未收帳款54,269,675元及為取回原交付履約保證金16,100,000元定期存單，曾提供5,000,000元定期存單為代替作為履約保證金，亦因上訴人金大昌公司違約而遭沒收，核其性質應屬查核準則第103條第2款第3目所稱違約金及沒收保證金，因與系爭工程有絕對關聯性。惟系爭費用於89年度時尚未確定實現，須俟93年度經臺灣高等法院判決確定，方可核實認列。是上訴人國稅局依查核準則第63條第1項規定，認定系爭費用不應歸屬89年度，而於確定實現年度已依上訴人金大昌公司自行列報93年度營利事業所得稅結算申報其他損失54,269,675元核定並已確定在案。原判決雖引用查核準則第2條第2項規定，認營利事業之會計事項，應參照商業會計法及財務會計準則公報等據實記載，且依「收入成本費用及損失配合原則」，該費用之時間歸屬與工程損益之認列年度不應有異云云，惟卻忽視前揭查核準則第2條第2項後段另規定營利事業於辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其帳載事項仍應依所得稅法及查核準則等規定自行調整。是原判決顯然違背所得稅法第22條第1項、商業會計法第10條第2項，以及查核準則第2條第2項後段、第63條第1項及第103條第2款第3目之規定，自有行政訴訟法第243條第1項之判決不適用法規或適用不當之違背法令。
㈡上訴人金大昌公司「並非未收到54,269,675元之工程款」，
只是將該工程款「另用於抵銷其他欠款」；另上訴人金大昌公司為取回原交付履約保證金16,100,000元定期存單，曾提供5,000,000元定期存單為代替作為履約保證金，亦因上訴人金大昌公司違約而遭沒收，核其性質應屬查核準則第103條第2款第3目所稱違約金及沒收保證金。依財務會計準則公報第1號第92、93、95點及第32號第15點規定，收益與費損項目原則上不應相互抵銷，且費損項目應依功能分別表達，當已認列收入之相關應收款項，其回收變成不確定時，宜就無法收回之金額認列為費用，而不宜調整已認列為收入之金額。又查核準則第27條亦規定凡應歸屬於本年度之收入，除會計基礎經核准採用現金收付制外，應於年度決算時，就估計數字，以「應收收益」科目列帳。準此，系爭工程之全部應收工程款為161,000,000元（含稅金額），上訴人金大昌公司雖主張迄89年度仍未收款54,269,675元，但實質上應收帳款54,269,675元已實現，只是挪用於賠償宏恕公司，惟此仍不應影響全部完工法之營業收入之認列，且因未收款或沒收履約保證金均非銷貨退回或折讓款性質，實不應逕自列為營業收入之減項。是原判決認系爭56,447,309元（未稅金額）應列為營業收入之減項部分，顯然違背查核準則第27條及財務會計準則公報第1號第92、93、95點及第32號第15點規定規定，自有行政訴訟法第243條第1項之判決不適用法規或適用不當之違背法令。
㈢有關「營業損失56,447,309元（未含稅）」僅是全部損費之
一部，對整體營業損費總額之判斷不具指標意義，即不符合核實認列所要求之「可勾稽」標準，又上訴人金大昌公司亦拒絕提示帳證文據以供上訴人國稅局核認成本費用，故依前揭論述，仍應捨棄該部分之營業損費，依所得稅法第83條及同法施行細則第81條第1項規定，按全額營業收入153,333,333元以同業利潤標準淨利率8％核定營業淨利，此作法亦為稅捐實務之經驗法則，故原判決認事用法違背上述論理及經驗法則，顯已違反行政訴訟法第189條第1項之規定。
㈣另按查核準則第6條第2項規定可知，依同業利潤標準核定其
所得額者，僅「非營業收益或損失」，可依法合併計課或核實減除。本案因上訴人金大昌公司拒絕提示帳證文據以供上訴人國稅局核認成本費用，致按同業利潤標準核定其所得額，系爭上訴人金大昌公司主張未收工程款54,269,675元抵銷賠償金部分及保證金5,000,000元被沒收部分，既經原判決認定為營業損失，依上述查核準則第6條第2項規定，不可依法按同業利潤標準核定其所得額時，核實減除。故原判決將系爭工程收入153,333,333元，扣除工程損失59,269,675元（未稅金額為56,447,309元）及5％營業稅後，認定實際取得之營業收入淨額為96,886,024元，顯已違反查核準則第6條第2項之規定。
㈤本案上訴人金大昌公司「並非工程報酬短少收取54,269,675
元」，只是將該「工程款」另用於抵銷「宏恕公司之損害賠償及違約金等債務」，故更與實情接近之事實為：上訴人金大昌公司有收取54,269,675元工程款。但原判決主文「訴願決定及原處分關於未認列原告民國89年度營利事業所得稅結算申報『臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施』之工程損失新臺幣56,447,309元（未稅金額）部分（即應列為營業收入之減項部分）……撤銷」，顯然判決主文與理由矛盾，違反行政訴訟法第243條第2項第6款之規定。
㈥原審判決基於「收入成本費用及損失配合原則」，認系爭56
,447,309元（未稅金額）應列為營業收入之減項，惟查「收入成本費用及損失配合原則」係建立於公司應採權責發生制之會計基礎上，是系爭費損項目本應與收入分開列示，不因嗣後發生工程款另用於抵銷損害賠償及違約金等債務而得改以收付淨額認列收入。又本件係因成本費用帳證不可查，乃依同業利潤標準推計營業淨利，營業收入之認列不應因本件係依同業利潤標準所為之推計課稅，而僅單就營業收入科目改採現金收付制，自有行政訴訟法第243條第1項之判決不適用法規或適用不當之違背法令等語。
七、本院按：㈠本案實體爭議曾因上訴人金大昌公司對事實審法院判決（臺
中高等行政法院101年度訴字第124號判決）提起上訴，而為本院所審理，並作成102年度判字第12號判決，表明相關法律見解，將案件發回原審法院更為審理。本院發回判決已將案件實體爭點依規範架構及對應之法律見解詳予說明，並作成附表呈現訴訟二造主張之對照差異。原判決則係依本院發回判決指示之法律見解，針對上訴人金大昌公司89年度營利事業所得稅之計算，將原處分（含訴願決定）以下部分之規制性決定撤銷，發回上訴人國稅局重為處分。
⒈否准認列工程損失56,447,309元未稅金額部分（應列為營業收入之減項金額）。
⒉重複認列工程收入3,702,868元部分（此部分徵納雙方均無異議，亦不在上訴範圍內）。
⒊裁罰部分（不在上訴範圍內）。
㈡徵納雙方對原判決均表不服，而分別提起上訴，以下即依本院發回判決架構之規範體系說明二造各自上訴意旨。
⒈有關上訴人金大昌公司從事「臺中港西一號碼頭儲槽工程
及附屬設施」工程所生所得之實現年度應否為89年度，此點兩造並無爭議，均認應依「一次完工法」，於89年度認列該工程所生之所得。
⒉但因上開工程而生所得之量化爭議部分，兩造上訴意旨可分述如下：
⑴有關「上訴人金大昌公司因上開工程對宏恕公司提起民
事訴訟，請求宏恕公司給付積欠之工程報酬54,269,675元，以及上訴人金大昌公司付給宏恕公司、後經宏恕公司做為懲罰性違約金而予沒收之5,000,000元」部分，原判決依本院發回判決所表示之法律見解，該二筆金額之合計數59,269,675元，扣除內含之稅款（5％營業稅款）之餘額56,447,309元應計入上開工程營業收入之減項（即以上訴人國稅局認定之153,333,333元為基礎，至少應再扣除56,447,309元）。
⑵徵納雙方就原判決之判斷結論及其理由形成同表不服，各自提起上訴，分別為以下之主張。
①上訴人金大昌公司部分：
A.該筆款項應以59,269,675元數額計算，而非以56,447,309元計算，因為依統一發票使用辦法第4條第29款之規定，取得該上開賠償收入之營業人無須開立銷售發票予上訴人金大昌公司，故上訴人金大昌公司並無進項稅額可供扣抵。
B.又該筆59,269,675元款項，應歸屬於「非營業損失」科目中，依查核準則第6條第2項之規定，應在依同業利潤標準推計後，另外核實認列。而其不能納入推計範圍之理由在於「因違約而被沒收之履約保證金及抵銷」乃是常態營業活動之例外，故在設定不同行業之「同業利潤標準」，此等變態因素並沒有被考量進去。如以「計入收入減項，再按減少之收入金額予以推計」之方式處理，明顯違背估計基礎與實際統計基礎應一致之論理及經驗法則。
②上訴人國稅局部分：
A.該筆款項應列為查核準則第103條第2款第3目所稱之「其他損失」，且與系爭工程間具有絕對關連性。
B.但此筆損失是等到93年間才因民事判決確定而發生，應歸屬於上訴人金大昌公司93年度之費用。
C.至於以上之歸屬如與「收入成本費用配合」原則有衝突，是因稅捐法制有特別規定所致，而這些例外排除法規範分別為查核準則第2條第2項後段、第63條第1項、所得稅法第22條第1項、商業會計法第10條第2項等。
D.該筆款項不應計入收入減項之理由則為：「依財務會計原則，收入與損費原則上不應相互抵銷」，故依會計原則言之，應按上訴人金大昌公司帳上得收取之金額153,333,333元認列已實現之營業收入。
E.又因為上開「含稅59,269,675元、不含稅56,447,309元」之「其他損失」，雖然與前述營業收入之取得具有絕對關連性，但僅是全部損費之一部，對整體營業損費總額之判斷不具指標意義，即不符合核實認列所要求之「可勾稽」標準。因此在上訴人國稅局按營業收入，依同業利潤標準推計所得時，完全不需加以考量。事實上依查核準則第6條第2項之規定為推計時，只有「非營業收益及損失」可以在推計之外，另行核實計算，而「其他損失」不包括在內。
F.營業收入之認列不應因本件係依同業利潤標準所為之推計課稅，而僅單就營業收入科目改採現金收付制。
㈢實則二造在上訴意旨所提之各項主張，在本院發回判決中大
部分均已表明相關法律意見，本院爰再進一步說明判斷相關爭點之法理基礎，並回應二造之上訴主張如下。
⒈所得稅法制基本法理之再次說明：
⑴按在所得稅法制中，基於「量能原則」理想之貫徹，乃
是以「淨額原則」為其核心價值，而「淨額原則」之進一步落實則為「收入成本費用配合原則」，因為離開了此一原則，「所得量化之操作結論」即無法如實反應在「量能」基礎下，納稅義務人之實際稅負能力。
⑵因此在所得稅法制下相關實證法之詮釋及操作，莫不取
向於「收入成本費用配合原則」，如果實證法詮釋及操作之結果與「收入成本費用配合原則」有背，必然另有堅實之規範價值考量（主要為稽徵經濟原則之實踐）。
而且二個對立規範價值之權衡及取捨，必須「符合比例原則」之要求。
⑶當然基於所得稅法之複雜性，量能原則之實踐需要有納
稅義務人之配合，因此在稅捐稽徵法律關係之領域，實證法課予所得稅納稅義務人（特別是營利事業所得稅之納稅義務人）「設籍」、「設帳」與「取得、交付及保存、提示憑證」之協力義務。若納稅義務人違反此等協力義務在先，致使核實課稅之目標無法達成時，自然必須退而求其次，容許以推計方式來課稅，而因推計所形成之所得稅基，當然會與核實課徵之結果有出入，而與量能課徵之理想有距離。然而此等距離也應在實證法許可之界限內，儘量縮小，依司法院釋字第218號解釋意旨所立之標準，即「依推計核定方法估計所得額時，應力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得相當，以維租稅公平原則。」而實踐此項標準首要工作，即是「賴以為推計基礎之間接事實本身必須有一定程度之真實性」，所以所得稅法第83條第3項明定，要依「查得資料」或「同業利潤標準」為推計，而不是依「帳載記錄」做為推計之基礎事實。
⒉在上開法理基礎下，兩造上訴有無理由之判斷，可分述如下：
⑴針對上訴人金大昌公司因從事「臺中港西一號碼頭儲槽
工程及附屬設施」工程而於89年間所實現之全部所得，其稅基量化過程，是否應基於「收入成本費用配合原則」，將其「因上開工程對宏恕公司提起民事訴訟，請求宏恕公司給付積欠之工程報酬54,269,675元，以及上訴人金大昌公司付給宏恕公司、後經宏恕公司做為懲罰性違約金而予沒收之5,000,000元」部分連結，作為計算所得之減項（至於減除之方法為何，在此階段尚未處理）。此部分爭點僅上訴人國稅局有爭執。而其爭執意旨，簡言之，即是主張「前開損失尚未實現，依查核準則第63條第1項之規定不得認列」，換言之，其認「查核準則第63條第1項規定是『收入成本費用配合原則』之例外規定」（至於上訴意旨引用之查核準則第2條第2項後段、所得稅法第22條第1項、商業會計法第10條第2項等規定，規定內容外觀上均與收入成本費用配合原則無直接關連性），此等法律主張經本院評議結果認為有理由，爰說明如下：
①按「收入成本費用配合原則」在所得稅法制上，針對
營利事業而言，其實證法依據為所得稅法第24條第1項規定。而查核準則第63條第1項之規定內容（即「未實現之費用及損失，除第50條之存貨跌價損失，第71條第8款之職工退休金準備、職工退休基金或勞工退休準備金，第94條之備抵呆帳，及其他法律另有規定或經財政部專案核准者外，不予認定」），能否排除所得稅法第24條第1項所定「收入成本費用配合原則」在個案中之適用，在本院發回判決並未表示法律見解（因為爭訟至該階段為止，徵納雙方從來沒有引用該條規定為法律主張）。
②現因案件爭議內容之判斷邏輯經釐清後，前開法律見
解之爭議才得以浮現。而上訴人國稅局欲引用該法規範來排除「收入成本費用配合原則」在本案中之適用，理論上，應循以下之「認事用法」流程來論證其主張之合法性。
A.首先其需澄清查核準則第63條之規範意旨，依前所述，「收入成本費用配合原則」是「量能課稅原則」規範價值之具體化，是所得稅法制中所應踐行之最核心價值。如果認查核準則第63條之規定是基於「稽徵經濟原則」之考量，而對「量能原則」之實踐進行退讓，則需說明查核準則第63條有關「稽徵經濟原則」之具體考量內容為何。
B.而在上述解釋所得稅法制所應依循之基本法理架構下，上訴人國稅局有必要對查核準則第63條第1項所稱之「未實現費用及損失」進行定義。其過去主張「因為還沒有實際支出費用及給付損害（賠償），依查核準則第103條不得認列」之意見，完全不能適用在查核準則第63條第1項所稱「未實現」之定義，因為在權責發生制底下，收入、成本及費用之認列，向來是採取「應計制」，不以實際為現金之支付為其認列標準。所以前開查核準則第63條第1項所稱之「未實現費用及損失」，應該另有定義，而此項定義當然要從上述「量能課稅原則」與「稽徵經濟原則」規範價值之權衡中定出，比較適用之參考標準為「發生與否尚不確定」之「或有負債及費用」標準。而此事上訴人國稅局應本諸職權作成詮釋。
C.而在確認了「未實現費損」之規範定義後，下一步則是認定事實及法律涵攝。而本案此部分之事實認定及法律涵攝並未完全釐清。因為稅捐機關在適用上述查核準則第63條第1項及同準則第64條（即「凡應歸屬於本年度之費用或損失，除會計基礎經核准採用現金收付制者外，應於年度決算時，就估列數字以『應付費用』科目列帳，但年度決算時，因特殊情形無法確知之費用或損失，得於確知之年度以過期帳費用或損失處理」），向來認為「該二條文規定之費損時間歸屬，完全要以費損之客觀性質決定，徵納雙方均無選擇權，也不需考量納稅義務人事前如何申報，所以本案上開違約金之發生或履約保證金之沒收，在89年間客觀上是否已可合理估計認列，是否可涵攝至上開「未實現費損」之規範定義內，即屬有待調查及認定之待證事實。③上訴人國稅局雖然沒有嚴格遵守上開認事用法流程作
成判斷，不過經本院評議結果認「違約所生之損害賠償責任」屬「未實現損失」，要等判決確定後之93年間方得認列，故上訴人國稅局此部分上訴為有理由。
在此應附帶說明者為：
A.又依行政法院及稅務稽徵實務見解，向來認為「未實現損費若依法不得認列，即使事後該損費已實現，仍依嚴格遵守稅法之規定形式，不得依『量能課稅原則』，給予回溯至『與收入配合稅捐週期』實現的法律效果」。
B.因此即使法理上認為：查核準則第63條第1項規定是「量能課稅原則」（「淨額原則」及「收入成本費用配合原則」為其具體化之下位原則）中之例外，在例外情形於事後經排除（例如損費事後經確認）以後，仍堅持該例外規定之適用結果，將造成「法律形式壓過規範價值」之不合理現象存在。而在為所得稅法制中相關實證法之解釋時，應將「量能原則」及「淨額原則」做為解釋基準，不宜置此規範價值及規範體系於不顧，孤立而機械式地解釋查核準則第63條第1項之規定內容。但目前司法及稅捐稽徵實務之權威見解，仍從法律安定性之法律觀點出發，採前述見解，故無從為有利於上訴人金大昌公司之判斷。
⑵針對上開工程損費金額之量化，到底應以原判決認定之
56,447,309元為準，抑或應以上訴人金大昌公司主張之59,269,675元為準之爭點部分，由於本院針對前開爭點，經評議後已認「該筆金額不應依法認列為89年度之營業損失」，則該損失金額即無再予「量化」之必要，上訴人金大昌公司此部分上訴意旨自非可採。同時本院在此也附帶指明：
①營業稅是法定間接稅，其法律上之納稅義務人與實質
上之稅捐負擔人並不相同，故銷售人繳納之營業稅款，實際上來自進貨人之給付。
②在此上述法律觀點上，即使上訴人金大昌公司得主張
該筆損費，但其金額究竟應為含稅之59,269,675元，抑或不含稅之56,447,309元，仍應視「前開經抵銷之營業收入59,269,675元所對應之銷項統一發票是否已開立，並實際報繳對應之營業稅款予稅捐機關」。必須有此事實，上訴人金大昌公司才有立場主張「因為主張抵銷之債務人，不須就抵銷金額開立銷項統一發票，所以其無進項憑證可供扣抵已代繳之銷項稅項」。
⑶針對上開工程損費之性質歸屬，是原判決所認定「與89
年度工程營業收入取得直接連結之營業損費」，抑或上訴人金大昌公司主張「與營業收入取得無直關連性之非營業損費」，由於本案因適用查核準則第63條第1項之規定，已排除「收入成本費用原則」之適用，此項爭點即無再討論之實益。
⑷有關「上開工程89年度營業收入及部分損費固定，但全
部損費金額，因上訴人金大昌公司未履行協力義務，以致無法核實認定，而需引用所得稅法第83條第3項規定依營業收入推計營業所得」之給定事實基礎下，為推計所立基之營業收入金額，應否「自定作人約定不含稅給付金額153,333,333元中，再扣除上訴人實際上沒有取得之56,447,309元（不含稅）收入金額」，雖為本案最後一項爭點，且此爭點原判決之法律判斷，兩造上訴人均表不服，不過在排除了「收入成本費用配合原則」就前開損費之適用後，以上爭點亦無再行討論之必要，爰在此併予敘明。
㈣總結以上所述，本案上訴人國稅局之上訴為有理由，應由本
院依原審確定之事實，將原判決有關「撤銷訴願決定及原處分未認列上訴人金大昌鐵工廠股份有限公司民國89年度營利事業所得稅結算申報『臺中港西一號碼頭儲槽工程及附屬設施』工程損失56,447,309元（未稅金額，認應列為營業收入之減項）」部分廢棄，並駁回上訴人金大昌公司此部分在第一審之訴。至於上訴人金大昌公司之上訴為無理由，則應予以駁回。
八、據上論結，本件金大昌公司上訴部分為無理由，國稅局上訴部分為有理由。依行政訴訟法第255條第1項、第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 103 年 8 月 21 日
最高行政法院第五庭
審判長法官 黃 合 文
法官 江 幸 垠法官 鄭 忠 仁法官 林 惠 瑜法官 帥 嘉 寶以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 103 年 8 月 21 日
書記官 葛 雅 慎