最 高 行 政 法 院 判 決
104年度判字第582號上 訴 人 保力達開發股份有限公司代 表 人 呂百倉訴訟代理人 張靜如律師被 上訴 人 財政部北區國稅局代 表 人 李慶華
送達代收人 王玉嫻上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國104年5月7日臺北高等行政法院104年度訴字第17號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、緣上訴人101年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額新臺幣（下同）7,871,680元（其中1,581,675元屬民國94年度、6,290,005元屬95年度）及課稅所得額0元。經被上訴人核定虧損扣除額7,871,680元（3,746,078元屬96年度、4,125,602元屬97年度），課稅所得0元及應補稅額0元。上訴人不服，申請復查，未獲變更（核定虧損扣除額不變，惟更正96年度虧損扣除額為3,974,693元、97年度虧損扣除額為3,896,987元），遂循序提起行政訴訟，經原判決駁回後，復行上訴。
二、上訴人於原審起訴主張：㈠上訴人與美達開發股份有限公司（下稱美達公司）自92年度起截至98年度止虧損數額分別計有43,351,824元及2,530,324元，2公司於96年3月5日合併，美達公司於合併後消滅，上訴人則為存續公司，概括承受美達公司之權利義務，且不得就其中一部分權利或義務予以排除，亦無須另為承受或移轉行為。㈡企業併購法第38條之立法目的在於消弭企業併購過程中可能衍生之租稅障礙，以達該法所欲達成組織調整，發揮企業經營效率之目的。惟該法第38條未與所得稅法第39條第1項規定於98年修正時將得扣抵之年限由原定5年放寬為10年時，同步為放寬之修正，致被上訴人據以認定企業進行併購者僅能依企業併購法第38條規定扣抵虧損5年，未進行企業併購者，得依所得稅法第39條第1項規定扣抵虧損年限為10年，已產生企業併購法第38條所不欲見之租稅障礙，更悖離該法鼓勵企業為提升經營效率進行併購之立法目的，且與平等原則有違，故本件應有98年修正所得稅法第39條第1項規定之適用。㈢上訴人於96年間與美達公司合併，所得稅法第39條第1項係於98年間修正，上訴人無法預見修正後之所得稅法會放寬虧損扣抵年限。被上訴人援引企業併購法第38條規定計算虧損扣抵年限5年，較之所得稅法第39條規定之10年，上訴人減損12,787,095元之扣抵額等語，求為「訴願決定及101年度營利事業所得稅核定處分（含復查決定）關於否准盈虧互抵94年度虧損1,581,675元及95年度虧損6,290,005元部分應撤銷」之判決。
三、被上訴人則以：㈠企業併購法第38條之立法目的，係為消弭併購之租稅障礙，與考量公司之盈餘係由各股東依其持有股份比例承受等情況，非額外給予法令所無之租稅優惠。依租稅法定主義，該法條尚未修正前，稽徵機關自應依現行規定辦理。又參本院104年度裁字第282號及103年度判字第703號裁判意旨，企業併購法為特別法，應優先於普通法而適用，且企業於合併時本會衡量各種稅額及成本效益，被上訴人僅能依現行法令處理。㈡上訴人與美達公司以96年3月5日為合併基準日，上訴人為存續公司，其將美達公司於合併前經稽徵機關核定尚未扣除之各期虧損，按該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之94年度虧損數1,581,675元、95年度虧損數6,290,005元，自本年純益額中扣除。原核定以企業合併繼受參與合併公司之盈虧互抵期限以5年為限，94年度及95年度虧損數已逾上開盈虧互抵期限，乃否准自本年純益額中扣除，而以上訴人與美達公司合併當年度（96年）虧損分別為7,292,360元、117,026元，股權比例為87.46％、12.54％，又因於3月5日合併，故虧損扣除金額為7,078,420元；其中3,332,342元已核定自100年度純益額中減除，所餘3,746,078元則自本年純益額中扣除。97年度虧損扣除金額核定5,297,746元，虧損額4,125,602元自本年純益額中扣除，原核定虧損扣除額為7,871,680元，並無不合。㈢因存續公司合併當期核定全年虧損，非屬企業併購法第38條第1項規定範圍，無需依該規定按原股東持有合併後存續公司股權比例計算，應適用所得稅法第39條扣抵年限10年之規定。復查決定乃重行核定96年合併當年度虧損扣除金額為7,307,035元，其中3,332,342元業經核定自100年度純益額中減除（此部分經復查、訴願及原審另案103年度訴字第1465號判決維持在案），餘額3,974,693元自本年純益額中扣除。97年度虧損扣除金額核定5,297,746元，虧損數3,896,987元自本年純益額中扣除。從而，被上訴人核定虧損扣除額為7,871,680元並無不合等語，資為抗辯。
四、原判決係以：㈠為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，並考量企業永續經營及課稅能力的正確衡量，98年1月21日修正所得稅法時，將該法第39條「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」規定中之「前5年」放寬為「前10年」，列為該條第1項。而有關公司之併購應優先適用特別法地位之企業併購法，該法未規定者，始適用其他法律之規定。又該法第38條規定「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。」其立法理由謂：「公司併購前之虧損如一概不准扣除，將造成併購之租稅障礙，如完全許其扣除而不予限制，則又難以防杜專以享受虧損扣除而進行之併購。為配合公司藉併購提升經營績效之趨勢，與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受，及基於公司併購適用虧損扣除之計算原則宜採一致性規範，爰參照金融機構合併法第17條第2項、促進產業升級條例部分條文修正草案第15條第4項規定，於本條明定公司合併、公司與外國公司合併及公司分割得適用虧損扣除之規定。」。準此，公司合併後，存續公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，各該參與合併之公司於合併前經稽徵機關核定尚未扣除之虧損，僅限於前5年內之各期虧損得從當年度純益額中扣除，此乃特別針對企業併購之所得稅規定，應優先適用，而非適用或準用修正前或修正後所得稅法第39條之規定。㈡上訴人與美達公司以96年3月5日為合併基準日，上訴人為存續公司，其將各該參與合併之公司於合併前經稽徵機關核定尚未扣除之各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之94年度虧損數1,581,675元及95年度虧損數6,290,005元，自本年純益額中扣除。惟揆諸上揭說明，有關公司併購，企業併購法係居於優先適用之特別法地位，該法未規定者，始適用其他法律之規定。是對於公司合併之情形，存續公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，各該參與合併之公司於合併前經稽徵機關核定尚未扣除之虧損，應優先適用企業併購法第38條第1項之規定，僅限於前5年內之各期虧損得從當年度純益額中扣除。被上訴人以上訴人列報屬94年度虧損金額1,581,675元及95年度虧損金額6,290,005元，已逾盈虧互抵期限，否准自本（101）年度純益額中扣除，核無違誤。至財政部賦稅署103年5月2日臺稅所得字第10304014460號函（下稱財政部103年5月2日函）意旨，係准存續公司於合併當年度之虧損，仍可適用所得稅法於10年內准予扣抵，上訴人與美達公司於96年合併，並為存續公司，則96年度合併之虧損得於106年以前主張自純益額中扣抵。系爭101年度營利事業所得稅適用企業併購法第38條第1項規定5年扣抵之結果，僅96年度至100年度之虧損，得扣抵101年度之盈餘，原核定否准94年度及95年度虧損數之扣抵，並無不合。
又被上訴人於復查程序中依財政部103年5月2日函意旨，重行核定上訴人合併當年度（96年度）虧損扣除金額為7,307,035元，減除自100年純益額中扣抵之3,332,342元（此部分業經本院104年度裁字第282號裁定維持而確定），餘虧損數3,974,693元自101年度純益額中扣除；又97年度虧損扣除金額核定5,297,746元，虧損數3,896,987元自本年純益額中扣除，則被上訴人核定本年度虧損扣除額為7,871,680元，否准上訴人列報屬94年度虧損1,581,675元及95年度虧損6,290,005元，並無不合。㈢上訴人雖提出企業併購法修正草案及總說明，主張企業併購法第38條未與所得稅法第39條同步修正而產生之歧異，經濟部業於102年11月25日提出企業併購法修正草案，其中第43條之規定即係配合所得稅法第39條而修正；於該法修正前是否進行企業併購，會導致虧損扣抵年限不一，此乃立法疏失，然依企業併購法第38條第1項之立法意旨，仍應適用修正後所得稅法第39條之規定云云。然如前所述，有關公司併購，企業併購法係居於優先適用之特別法地位，而企業併購法第38條之立法目的，係為消弭併購之租稅障礙所施行之租稅措施，與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受等情況，故准予一定期間之公司併購前之虧損扣除，是基於租稅法定主義，尚不得額外給予法令所無之租稅優惠。至企業併購法修正草案，仍於立法院審議中，尚未完成立法程序，自非現行可適用之法律。是企業併購法第38條第1項既明定合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除，則於該法條修正前，被上訴人依現行規定辦理，並無不合，上訴人主張要非可採，其聲請裁定停止訴訟程序並聲請大法官解釋，核無必要。㈣綜上，被上訴人依企業併購法第38條第1項規定，否准上訴人列報屬94年度虧損1,581,675元及95年度虧損6,290,005元，並無違誤。復查及訴願決定遞予維持，亦無不合。上訴人訴請撤銷訴願決定及101年度營利事業所得稅核定處分（含復查決定）關於否准盈虧互抵屬94年度虧損1,581,675元及95年度虧損6,290,005元部分為無理由等詞，資為論據，駁回上訴人在原審之訴。
五、上訴人以原判決違背法令，主張意旨略以：㈠依中央法規標準法第16條規定，於同位階之情形，適用新法優於舊法之原則，法律無特別規定時，並適用特別法優於普通法之原則。至舊法是否全部或僅部分由新法取代，則依解釋定之。若依「後法優於前法」「特別法優於普通法」法則仍無法解決其矛盾時，則相互矛盾之規定彼此相互廢棄，均屬無效，因而產生需要填補之法律漏洞。企業併購法第38條乃91年2月6日經總統公布，而所得稅法第39條則於98年1月21日修正公布，已產生新普通法與舊特別法如何競合之問題，原判決未闡釋其應如何適用，自有判決不備理由之情形。㈡企業併購法既為利於企業以併購進行組織調整，發揮企業經營效率而制定，於所得稅法第39條已將虧損扣抵年限延至10年，而該法第38條仍維持虧損扣抵年限為5年之情況下，是否仍為消彌租稅障礙而利於企業以併購進行組織調整，即非無疑。原判決先稱企業併購法乃為利於企業以併購進行組織調整，發揮企業經營效率而制定，卻又認該法第38條仍為消彌租稅障礙所施行之租稅措施，其理由顯有矛盾。㈢企業併購法第38條未能與所得稅法第39條同步修正，致生企業虧損互抵年限不一之情形，而此立法疏漏可透過該條之立法意旨予以填補，然被上訴人執意適用企業併購法第38條第1項，顯悖平等原則而有違憲之虞，請依司法院大法官審理案件法第5條第2項規定，裁定停止訴訟程序，聲請大法官解釋等語。
六、本院查：㈠按「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組
織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前5年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」78年12月30日修正公布之所得稅法第39條定有明文。而為提高企業競爭能力及促進稅制公平合理，並考量企業永續經營及課稅能力的正確衡量，98年1月21日修正所得稅法時，即參照其他國家做法，將上開得扣除「前5年」虧損規定，放寬為「前10年」列為該條之第1項，另增訂第2項規定。次按為利於企業以併購進行組織調整，發揮企業經營效率，乃於91年2月6日制定企業併購法，該法第2條第1項規定：「公司之併購，依本法之規定；本法未規定者，依公司法、證券交易法、促進產業升級條例、公平交易法、勞動基準法、外國人投資條例及其他法律之規定。」，足見有關公司之併購，企業併購法係居於優先適用之特別法地位，於該法未規定者，始適用其他法律之規定。又「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前經該管稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起5年內從當年度純益額中扣除。」，亦為行為時企業併購法第38條第1項所明定（該條項於104年7月8日修正為「公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱之藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，得將各該參與合併之公司於合併前，依所得稅法第39條規定得扣除各期虧損，按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起10年內從當年度純益額中扣除。」且條次變更為第43條，並自公布後6個月施行，即於000年0月0日生效）。
㈡經查，上訴人與美達公司以96年3月5日為合併基準日，上訴
人為存續公司，於辦理101年度營利事業所得稅結算申報時，列報前10年核定虧損本年度扣除額7,871,680元（94年度1,581,675元、95年度6,290,005元）。被上訴人原核定以企業合併繼受參與合併公司之盈虧互抵期限以5年為限，94年度及95年度虧損數已逾上開盈虧互抵期限，乃否准自本年純益額中扣除，而以上訴人與美達公司96年度合併時之股權比例，核定虧損扣除額7,871,680元（96年度3,746,078元、97年度4,125,602元）。嗣於復查程序中，依財政部103年5月2日函意旨，認上訴人合併當期核定全年虧損，非屬行為時企業併購法第38條第1項規定範圍，無需依該規定按原股東持有合併後存續公司股權比例計算，而依所得稅法第39條扣抵年限10年之規定，以復查決定重行核定96年合併當年度虧損扣除金額為7,307,035元，其中3,332,342元業經核定自100年度純益額中減除確定，餘額3,974,693元自本年純益額中扣除；97年度虧損扣除金額核定5,297,746元，虧損數3,896,987元自本年純益額中扣除等情，乃原判決所認定之事實，核與卷證資料相符，依前開規定及說明，並無不合。
㈢上訴意旨指摘原判決違背法令，惟查：
⑴觀之行為時企業併購法第38條第1項規定及其「公司併購前
之虧損如一概不准扣除，將造成併購之租稅障礙，如完全許其扣除而不予限制，則又難以防杜專以享受虧損扣除而進行之併購。為配合公司藉併購提升經營績效之趨勢，與考量公司之盈虧係由各股東依其持有股份比例承受，及基於公司併購適用虧損扣除之計算原則宜採一致性規範，爰參照金融機構合併法第17條第2項、促進產業升級條例部分條文修正草案第15條第4項規定，於本條明定公司合併、公司與外國公司合併及公司分割得適用虧損扣除之規定。」立法理由可知，上開規定係特別針對企業併購之所得稅而為之特別規定，依同法第2條第1項規定，自應優先適用，此乃特別法優於普通法之原則。該規定既明定公司合併時，存續公司於辦理營利事業所得稅結算申報時，各該參與合併之公司於合併前經稽徵機關核定尚未扣除之虧損，僅限於前5年內之各期虧損始得從當年度純益額中扣除，被上訴人依此規定否准上訴人將94年度及95年度之虧損數自本年度純益額中扣除，自屬有據，原判決業已詳述上情。而「後（新）法優於前（舊）法」之原則乃同一法律因修正而產生之比較原則，如98年與78年修正公布之所得稅法第39條之比較屬此情形；企業併購法第38條第1項既屬所得稅法第39條之特別法，即應適用「特別法優於普通法」之原則，縱屬78年施行之所得稅法第39條已於98年1月21日修正，91年2月6日公布之企業併購法第38條第1項亦屬特別法，仍應優先適用，彼此間並無互相矛盾。因而並無上訴人所稱需要填補之法律漏洞及新普通法與舊特別法競合之問題，上訴人據以指摘原判決未闡釋其應如何適用而有判決理由不備之情事，自非可採。
⑵企業併購法之立法目的為「利於企業以併購進行組織調整，
發揮企業經營效率」，而公司合併後有關損益扣抵之核准年限與公司未合併時其損益扣抵之核准年限為何，乃屬租稅措施之立法考量，相關法律既分別明文規定，被上訴人依法適用並無違背租稅法定主義，原判決據予維持，並無違誤，上訴人指摘其理由顯有矛盾，亦無足取。
⑶上訴人又主張行為時企業併購法第38條未能與所得稅法第39
條同步修正，致生企業虧損互抵年限不一之情形，而此立法疏漏可透過該條之立法意旨予以填補，然被上訴人執意適用該企業併購法第38條第1項，顯悖平等原則而有違憲之虞等語。惟依98年所得稅法第39條之修正理由、行為時企業併購法第38條第1項之立法理由與104年7月8日修正該企業併購法第38條第1項（條文改列為第43條）「配合所得稅法第39條之修正，將公司組織之營利事業虧損互抵適用年限由5年延長為10年，爰修正第1項，延長各參與合併公司於合併前依法尚未扣除之各期虧損，得由合併後存續或新設公司計算虧損繼受扣除之年限規定。」之修正理由及該修正規定未溯及既往適用，並自公布後6個月生效等情可知，98年修正所得稅法第39條時，未將行為時企業併購法第38條第1項規定同步修正，並非立法疏漏所致，而係屬稅捐稽徵之立法考量，否則104年7月8日修正企業併購法時，理應有溯及適用之規定；況企業合併與否，或合併後由何公司存續或消滅及其合併基準點均由合併雙方決定。上訴人既依當時法令選擇合併及其合併基準日，自應依當時有效之法律為規範，上訴人據以主張被上訴人執意適用行為時企業併購法第38條第1項，顯悖平等原則而有違憲之虞，為無理由，從而其聲請本院裁定停止訴訟並聲請大法官解釋，即無必要，併予敍明。
㈣綜上所述，原判決認事用法並無違誤，並已明確論述其事實
認定之依據及得心證之理由，對上訴人在原審之主張如何不足採之論證取捨等事項，亦均有詳為論斷，其所適用之法規與該案應適用之法規並無違背，與解釋、判例亦無牴觸，並無所謂判決違背法令之情形。上訴人對於業經原判決詳予論述不採之事項再予爭執，核屬法律見解歧異，要難謂為原判決有違背法令之情形。上訴論旨，仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。
七、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 104 年 10 月 8 日
最高行政法院第三庭
審判長法官 藍 獻 林
法官 廖 宏 明法官 林 文 舟法官 胡 國 棟法官 姜 素 娥以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 104 年 10 月 8 日
書記官 賀 瑞 鸞