最 高 行 政 法 院 判 決
105年度判字第661號上 訴 人 中國鋼鐵股份有限公司代 表 人 翁朝棟訴訟代理人 林瑞彬律師
李育昇律師被 上訴 人 財政部高雄國稅局代 表 人 洪吉山訴訟代理人 張宇凡上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國105年2月3日高雄高等行政法院104年度訴字第256號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、上訴人之代表人原為宋志育，民國105年10月26日改由翁朝棟擔任；被上訴人之代表人原為吳英世，105年6月4日改由洪吉山擔任。茲各據新任代表人分別具狀承受訴訟，均核無不合，應予准許。
二、緣上訴人99年度營利事業所得稅結算申報與其子公司中龍鋼鐵股份有限公司（下稱中龍公司）採連結稅制合併申報，並列報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額新臺幣（下同）9,665,865,465元（包括上訴人前10年虧損99年度扣除額5,853,996,616元及中龍公司前10年虧損99年度扣除額3,811,868,849元），案經被上訴人審查結果，將其申報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額調減8,492,836,215元（合併營業虧損核定9,652,252,257元，併免稅所得及投資收益8,479,223,007元），核定為1,173,029,250元。上訴人不服，遂循序提起行政訴訟，經原判決駁回後，復行上訴。
三、上訴人於原審起訴主張：㈠虧損扣抵乃追求稅務之公平，屬納稅義務人之權利，而非國家給予之恩惠，不得以任何方式剝奪。財政部及被上訴人誤解所得稅制之基本原理，任意以行政函令創設投資收益可以用來調減虧損扣抵數，甚至可調減因連結稅制而合併申報之他公司之虧損扣抵，違反量能課稅及租稅法律主義。㈡所得稅法第39條並未要求以往年度之虧損須扣除當年度取得之投資收益，財政部66年3月9日台財稅第31580號函釋（下稱財政部66年函釋），自行加入「虧損扣抵數應先行減除投資收益」之要件，顯違租稅法定主義。且其將投資收益自核定虧損中先行抵減，將致被投資公司分配之稅後盈餘，於投資公司身上透過虧損扣抵先行抵減投資收益方式，將造成重複課稅，違反兩稅合一之立法目的；並與財政部74年7月6日台財稅第18503號函及76年9月22日台財稅第0000000號函，對於停徵之證券交易所得及出售土地之免稅所得，不必於扣除核定虧損前先行減除之規定，相互矛盾。被上訴人援引財政部66年函釋作成原處分，於法有違。㈢上訴人98年度投資收益及免稅所得大於虧損，故僅能認定上訴人98年度可供以後年度扣抵之虧損金額為0元，不能因此認上訴人有應課稅之所得額，可去侵蝕適用連結稅制之子公司之個別虧損，原處分顯錯誤適用法令，扭曲連結稅制之立法意旨。至「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅申報處理原則」（下稱合併申報處理原則）第5點第2款係規定「各公司應各自計算當年度營業之所得額或虧損額後」，再「將各公司計算出之所得額或虧損額相互抵銷」，並未規定得逕以母公司之投資收益去抵減子公司之虧損。該原則第6點亦明文揭示各公司應先分別計算各公司之課稅所得額後，再予以合併結算所得額，原處分顯違反上開合併申報處理原則之規定。㈣我國連結稅制係採「所得的連結」，與美國稅制採「合併的連結」概念迥異，被上訴人將不同法制誤為相同而予比附援引，其立論顯屬錯誤。另依被上訴人本件稅額之計算方式，上訴人98年度原為免稅之投資收益將侵蝕中龍公司之虧損，反導致較高之營利事業所得稅額，設若上訴人未採取連結稅制，應繳納之營所稅額將較低。連結稅制之精神，非在於增加納稅義務人之稅賦負擔，而係從經濟實質之角度避免公司因分設子公司而增加租稅負擔，原處分顯違租稅中立原則及財政部99年7月16日台財稅字第09900181190號函（下稱財政部99年函），亦與企業併購法設計連結稅制之立法目的背道而馳。㈤財政部104年10月8日台財稅字第10400650430號函之說明四援引該部66年函釋，顯於法無明文下，自行創設合併申報公司虧損年度投資收益之抵減方式，不僅違反租稅法律主義，且與我國連結稅制所謂「所得的連結」申報概念不符，更使上訴人合併申報結果較之單獨計算稅額更為不利，有違司法院釋字第696號解釋意旨。反觀財政部99年函就「合併辦理所得稅結算申報之母子公司短漏報所得情節輕微適用盈虧互抵相關課稅規定」之核釋，亦屬母子公司合併辦理所得稅結算申報適用盈虧互抵課稅規定，其所揭櫫之課稅所得額認定計算方式，係以個別公司為衡量基礎，此項原則適足為本件爭議解釋及認定之依據等語，求為「撤銷訴願決定及原處分（含復查決定）」之判決。
四、被上訴人則以：㈠上訴人及中龍公司既自行選擇自98年度起以連結稅制合併申報營利事業所得稅，則自98年度起有關合併結算申報營業虧損之扣除，自應遵照合併申報處理原則第5點、第6點規定辦理，即應將所得額、虧損額相互抵銷後合併計算營業虧損。上訴人及中龍公司98年度結算申報虧損各5,853,996,616元、3,811,868,849元，經被上訴人合併計算核定虧損為9,652,252,257元，減除該年度上訴人及中龍公司合併計算非屬獲配合併申報公司間之投資收益8,364,332,598元及營運總部免稅所得114,890,409元，核定1,173,029,250元為合併營業虧損，並無不合。㈡依所得稅法第4條第1項第16款規定，土地交易所得免納所得稅；另證券交易所得依同法第4條之1亦停止課徵所得稅，均係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象。本件將投資收益及營運總部免稅所得自核定虧損扣除，作為上訴人實際虧損額，除反映上訴人實際營業之盈虧外，亦避免上訴人重複享受租稅優惠。上開項目據以免納所得稅之法令規定不同，並各有其立法目的，自難援引土地交易所得或證券交易所得免稅之規定，免自核定虧損中扣除。㈢財政部66年函釋業經財政部賦稅署以104年3月25日臺稅所得字第10304049180號函，確認與所得稅法第42條避免投資收益重複課稅之目的無違。合併申報虧損年度之投資收益，應抵減該年度合併之虧損後，其餘額再依所得稅法第39條第1項但書規定扣除，且抵銷之虧損不得再適用該但書虧損扣除規定，以避免虛增合併申報納稅主體之可扣除虧損金額。另財政部93年7月5日台財稅字第0930453061號函（下稱財政部93年函）規定，採連結稅制辦理合併申報之營利事業，依規定扣除前10年核定合併營業虧損時，合併申報各公司之投資收益屬於獲配自合併申報公司間之投資收益部分，得免依財政部66年函釋先行抵減各該年度之核定合併營業虧損，此與美國連結稅制消除合併申報公司間相關收入之原則，尚屬一致。㈣合併申報處理原則係經企業併購法授權訂定，其第5點、第6點已就合併申報營業虧損之扣除暨課稅所得額及應納稅額之計算，明定合併申報前（本件即97年度以前）各公司之個別營業虧損及投資收益，由各公司分別計算可供以後年度扣除之虧損額，並分別自各公司當年度所得額中扣除；自合併申報年度起（即98年度以後），各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互抵銷，合併計算。被上訴人將上訴人98年度非屬獲配合併申報公司間之投資收益8,364,332,598元，營運總部免稅所得114,890,409元，與98年度核定合併結算申報虧損9,652,252,257元相互抵銷後，核定前10年合併營業虧損本年度扣除額為1,173,029,250元，並無不合。又財務會計準則公報第8號第8條亦規定企業應慎重選用會計原則各期一致使用，且企業併購法就符合得採合併報繳營利事業所得稅條件之企業，並非強制規定必須採連結稅制申報，上訴人自行選擇以連結稅制方式合併申報營利事業所得稅，卻於被上訴人依其選定方式計算課稅所得後，反稱被上訴人違反租稅中立原則及企業併購法、連結稅制設計之初衷，顯無足採等語，資為抗辯。
五、原判決係以：㈠基於量能課徵之目標，所得稅法原則上均將同一稅捐主體之全部所得納入規範，並以綜合計算方式為稅基量化，僅於立法政策另有考量時，才將特定種類之稅捐客體如土地交易所得、證券交易所得以免稅或分離課稅之方式，排除在綜合課徵之範圍。而該法第39條所規範之盈虧互抵，在現行法制下被視為對營利事業之優惠，使營利事業打破週期計算稅額之限制，能將不同稅捐週期內之盈虧得以互補。外國法例有將以往年度虧損後轉或前轉等方法，惟前轉使以往年度稅負不確定，且退稅手續繁瑣，我國則採後轉辦法並針對以藍色申報制度、帳證齊全且申報正確者，予以優待。而此等優惠須針對「所得稅法中加總計算並適用通用稅率之綜合所得」才有意義，故分離課稅之土地交易所得及免稅之證券交易所得，自會排除在計算範圍內。至轉投資收益所得在所得種類之歸屬上仍被歸為「營利所得」，而屬綜合計算並適用通用稅率之所得。惟因其在前階段被投資公司分配營利所得前，已課過營利事業所得稅，為免重複課徵，因而有制定所得稅法第42條規定之規範需求，而歷經多次修正，該條規範本旨仍在於「認知該等所得種類屬性應歸入『綜合計算並適用通用稅率』之一般所得」基礎下，達成「避免重複課稅」之目的，與「基於立法政策考量，針對特定種類稅捐客體之特殊性，自始將之自合併計算範圍中抽離，單獨給予免稅或單一特別稅率」之情形有別，故於計算前後盈虧互抵時，仍應計入虧損之減項。是以，依所得稅法第24條第1項規定，同法第39條所稱之「虧損」應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；因同法第42條第1項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之核定數（虧或盈），並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條第1項但書規定時，自不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據。而所得稅法第42條始終建立在避免公司轉投資收益重複課稅之意旨上，故該投資收益部分雖免予計入所得額課稅，惟仍屬營利事業之所得，於計算年度營業之虧損時，應將此收益計入判斷，始符「營業之虧損」之意義。財政部66年函釋符合所得稅法第39條所稱之「虧損」之意義，與該條規定無違，且該函非將投資收益加入當年度純益額，並無重複課稅之虞，亦無違同法第42條投資收益不計入所得額課稅之立法設計。況依該法第42條規定而獲實質免稅優惠之投資收益，因未計入當年度所得課稅，如於嗣後年度計算前10年核定虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，致有違租稅公平原則。又土地交易所得及證券交易所得係政府基於政策考量而立法規定為非課稅所得對象，而投資收益則係因被投資公司已繳納營利事業所得稅，如再由投資公司將投資收益作為課稅所得合計，將產生重複課稅之情形，彼等間所得性質不同，尚無比附援引之餘地。㈡上訴人與中龍公司於98年度選擇採連結稅制合併辦理營利事業所得稅結算申報，列報前10年（即98年度）合併營業虧損本年度扣除額為9,665,865,465元，經核定為9,652,252,257元，惟上訴人營運總部有免稅所得114,890,409元及投資收益8,364,332,598元，仍屬營利事業所得，依財政部66年函釋規定，應將之先行抵減核定虧損，為免虛增營業虧損金額，被上訴人遂將99年度可扣除虧損調減8,492,836,215元，則可扣除虧損應為1,173,029,250元（即98年度合併課稅所得額-9,652,252,257元＋營運總部免稅所得114,890,409元＋投資收益8,364,332,598元），並無違誤。㈢採用所得稅連結申報，必須先算出個別納稅主體之所得額後，併計數個納稅主體彼此間之盈餘與虧損後，才得出此連結集團應負擔之總稅捐，故性質上屬於跨稅捐主體，准許其就彼此間所得之盈虧併計之稅捐優惠措施。本件自合併申報即98年度起，既將上訴人與中龍公司視為單一經濟個體，並就此單一經濟個體內各公司當年度營業之所得額或虧損額相互抵銷合併計算，而其經合併計算後仍為虧損者（即合併營業虧損），得依法自合併營業虧損發生年度起5年內，從單一經濟個體當年度合併結算申報所得額中扣除，則合併申報後欲適用所得稅法第39條計算此單一經濟個體營業上之虧損時，自應將該合併申報之單一經濟個體內所有投資收益合併計算，並計入此單一經濟個體之所得，以判斷此單一經濟個體實際營業上虧損，尚無得於併計數個納稅主體彼此間盈餘與虧損後，又重新回頭各別審認數個納稅主體之營業上虧損，做為計算合併營業虧損之基礎。況所得稅法第39條所稱之虧損扣抵係指實際營業上之虧損，而非帳面核定之虧損，若以各公司之投資收益分別抵減各公司虧損，再以各公司抵減後之虧損額合計數，自以後年度合併結算申報所得額中扣除，則依所設上限計算出之營業上虧損即非真實之營業虧損，亦會虛增合併虧損金額。㈣依合併申報處理原則第5點、第6點規定可知，合併申報前之營業虧損係隸屬於個別租稅主體，自應由個別公司之次年度所得額中扣除，至於合併申報後，因併計數個納稅主體，彼此間所得與虧損互抵後方為合併主體之課稅所得或虧損，且依此計算後仍為虧損者，方屬合併營業虧損，而得於合併申報後自次年度於合併納稅主體所產生之所得額中扣抵，則適用所得稅法第39條第1項但書規定之虧損扣除時，自係指「合併計算」後有營業上之虧損而言。上訴人主張「各公司應各自計算當年度營業之所得額或虧損額後」，再「將各公司計算出之所得額或虧損額相互抵銷」乙節，則因上訴人就「各公司應各自計算當年度營業之所得額或虧損額」之計算設有上限，故無法反應合併主體真實營業上虧損，無從依此認定營業上之虧損扣除額。況合併申報係於單一營利事業所得稅申報書第59欄位即開始連結，投資收益之加回係於第59欄位（課稅所得額）合併申報之所得或虧損核定後，為反應實際營業上虧損，以第59欄位為基準所為調整，自與上訴人所稱「於單一公司階段先加回，確定單一公司的虧損金額後，始有連結作用發生」云云，不相符合。又連結稅制著重經濟實質而不拘泥於法律形式，理論基礎在於租稅中立性，不應因同一企業主體設立不同子公司架構而有差異的租稅待遇，故允許併計數個納稅主體彼此間盈餘與虧損互抵後方為課稅所得或虧損，減少租稅負擔，上訴人採行連結稅制申報，其所得可當期扣抵子公司之虧損，並未增加其負擔，無違租稅中立。另法律並未強制營利事業須採取合併申報，則其合併申報與單獨申報間所生之稅負差異，核與司法院釋字第696號解釋之情形不同，自難相提併論。㈤財政部99年函釋乃鑒於公司併購形成完全控股關係時，通常於業務上係整體經營，實質上為同一公司，所以企業併購法及金融控股公司法對於因併購而形成高度持股（達90％以上）之集團公司，可由母公司合併申報集團營利事業所得稅，個別公司之賺賠是採損益連結制，盈虧可互抵，所得稅負相對較輕，並可降低徵納雙方行政成本。惟公司採用連結稅制適用盈虧互抵仍需符合所得稅法規定之要件，且實務上一旦合併申報的母子公司出現短漏報情形，即不得享有盈虧互抵優惠，需各就其課稅所得申報繳稅，如該子公司數目眾多且互有盈虧時，反較未申請連結稅制更不利。為解決此一現象，財政部遂發布上開函釋從寬解釋，明確規定有關短漏報情節輕微可適用所得稅法第39條以前年度虧損扣除規定之比例標準時，其申報扣除年度應以個別公司短漏報課稅所得額占該公司全年所得額之比例，其虧損年度應以個別公司短漏之所得額占該公司全年核定可供以後年度扣除之虧損金額比例判定，該函與本件係計算合併申報可扣抵虧損數額之計算無關。㈥綜上，被上訴人將上訴人申報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額調減8,492,836,215元，核定其得扣除之營業虧損為1,173,029,250元，並無違誤。訴願決定予以維持，亦無不合等詞，資為論據，駁回上訴人在原審之訴。
六、上訴人以原判決違背法令，主張意旨略以：㈠所得稅法第39條並無「以往年度虧損扣除當年度取得之投資收益」之明文，財政部逕發布66年函釋規定須將以往年度虧損扣除當年度取得之投資收益，顯增加該條之限制，有違租稅法律主義。縱認此項「投資收益應於核定虧損前先行減除」屬法律漏洞，而欲透過司法判決補充，惟依司法院釋字第210號、第622號、第657號等解釋意旨，人民依稅法所得行使之虧損扣抵權利，不得透過解釋函令加以目的性限縮或類推適用，此為司法權對於稅法法律漏洞補充及解釋之合法性界限。原判決就本件連結稅制合併申報案，逕行援用財政部66年函釋，然就此法律漏洞何以得由司法權加以補充之類推適用作法，如何合於租稅法律主義或授權明確性原則，其正當性依據為何等均未表明，且未曾從稅制連結申報制度目的出發，思考其為財政部66年函釋之類推適用，究否合於母子公司稅制連結申報之政策目的，故其就財政部66年函釋違反租稅法律之事實，顯難提出合理化或正當化之依據。㈡兩稅合一制度施行後，改採獨立課稅制，投資收益不再列入稅基範圍內，當無再繼續賦予全部或部分免計入所得之租稅優惠措施必要。原判決誤認投資收益於兩稅合一制度施行後仍屬於一般所得範圍，並據此認其仍有租稅優惠之色彩，而認為於計算虧損扣除額時，倘未自可扣除虧損金額中加回將致企業雙重獲利云云，顯違反論理法則。所得稅法對於營利事業投資收益之租稅定性已改變，倘仍援用財政部66年函釋將不具營利事業所得性質之投資收益用以抵減各期核定虧損，將反致侵蝕營利事業原得合法享有之虧損扣抵權利，有違兩稅合一制度目的。㈢所得稅法第39條所規範營利事業之盈虧互抵，係本於量能課稅原則而對企業採取之租稅處遇措施，與租稅優惠實無關涉，原判決錯誤解讀原基於量能課稅原則及實質課稅原則而對於營利事業所得計算週期所為之合理調整措施，及將所得稅法第39條第1項但書規定誤以為係對特定業者之租稅優惠措施，顯將迥異之概念混為一談，其認事用法顯有違誤。㈣母子公司稅制連結申報，僅為稅務申報上之連結，在主體上仍各自獨立，與母子公司透過合併而成為單一經濟個體系屬二事。原判決認母子公司連結稅制申報制度應視為單一經濟個體，卻又不許母子公司將所發生之關係人交易減除，在論理上顯相矛盾。另依據被上訴人之計算方式，上訴人及中龍公司稅制連結申報之結果，反造成中龍公司於個別申報情形下原得享有之虧損抵減權利因此遭受侵蝕，顯更不利於上訴人及中龍公司。原判決卻認同該計算方式，顯未就連結稅制「避免增加租稅負擔」之立法目的作考量，原判決顯有違反租稅公平之違法等語。
七、本院查：㈠按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成
本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。……」「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。」所得稅法第24條第1項、第39條第1項、第42條第1項分別定有明文。次按「公司進行合併、分割或依第27條至第29條規定收購，而持有其子公司股份或出資額達已發行股份總數或資本總額90％者，得自其持有期間在一個課稅年度內滿12個月之年度起，選擇以該公司為納稅義務人，依所得稅法相關規定合併辦理營利事業所得稅結算申報及未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅申報；……。
依前項規定選擇合併申報營利事業所得稅者，其合於規定之各本國子公司，應全部納入合併申報；其選擇合併申報，無須事先申請核准，一經選擇，除因正當理由，於會計年度終了前2個月內，報經賦稅主管機關核准者外，不得變更。依前項規定經核准變更採分別申報者，自變更之年度起連續5年，不得再選擇合併申報；……。依第1項規定合併申報營利事業所得稅者，其合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算、合併申報未分配盈餘及應加徵稅額之計算、營業虧損之扣除、投資抵減獎勵之適用、國外稅額之扣抵、股東可扣抵稅額帳戶之處理、暫繳申報及其他應遵行事項之辦法，由賦稅主管機關定之。」亦為企業併購法第40條所明定。又「公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前3年（現為10年）各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。」「營利事業依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定合併辦理營利事業所得稅結算申報者，依規定扣除前5年（現為10年）核定合併營業虧損時，合併申報呈虧損之年度，合併申報各公司之投資收益合計數中，屬於獲配自合併申報公司間之投資收益部分，得免依本部66年3月9日台財稅第31580號函規定，先行抵減各該年度之核定合併營業虧損。」亦經財政部66年函釋及93年函釋示在案。另合併申報處理原則第5點、第6點亦規定「營業虧損之扣除規定：㈠合併申報前，各公司經稽徵機關核定尚未扣除之前5年內各期營業之虧損（下稱個別營業虧損），得依所得稅法第39條但書規定，自各該公司當年度所得額中扣除。㈡自合併申報年度起，各公司當年度營業之所得額或虧損額，應相互抵銷，合併計算。其經合併計算抵銷之虧損額，不得再適用所得稅法第39條但書規定；其經合併計算後仍為虧損者（下稱合併營業虧損），得依所得稅法第39條但書規定，自合併營業虧損發生年度起5年內，從當年度合併結算申報所得額中扣除。……」「合併結算申報課稅所得額及應納稅額之計算規定：㈠各公司依所得稅法第24條規定計算之所得額，扣除依法律規定減免所得稅之所得額及合於所得稅法第39條但書規定之個別營業虧損後之餘額，為各公司課稅所得額。㈡各公司課稅所得額之合計數，為合併結算申報所得額。㈢合併結算申報所得額，扣除合於所得稅法第39條但書規定之合併營業虧損後之餘額，為合併結算申報課稅所得額。㈣合併結算申報課稅所得額，依規定稅率計算之應納稅額，為合併結算申報應納稅額。」㈡經查，上訴人選擇自98年度起與中龍公司採連結稅制合併申
報，其99年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額9,665,865,465元（包括上訴人前10年虧損99年度扣除額5,853,996,616元及中龍公司前10年虧損99年度扣除額3,811,868,849元），被上訴人核定9,652,252,257元，另上訴人98年度非獲配自中龍公司之投資收益8,364,332,598元、營運總部免稅所得114,890,409元，為原判決依法確定之事實。從而，被上訴人依所得稅法第24條、第39條、第42條與財政部66年、93年函釋及合併申報處理原則第5點、第6點等規定，將上訴人之投資收益8,364,332,598元、營運總部免稅所得計入盈虧將上訴人與中龍公司申報前10年核定合併營業虧損本年度扣除額調減8,492,836,215元，核定為1,173,029,250元，核屬有據，原判決予以維持，並詳述其認定依據及得心證理由，依上開規定，並無不合。㈢上訴人仍執詞指摘原判決違背法令，茲就上訴意旨補充論斷如下：
⑴所得稅法第39條所稱之「虧損」，依同法第24條第1項規定
，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算。所稱「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內；因同法第42條第1項規定投資收益不計入所得額課稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含當期投資收益免稅部分，故在核定通知書上所列之盈虧核定數，並非實際營業上之盈虧，故適用所得稅法第39條第1項但書規定時，即不能徒以之前年度之核定通知書所載之核定結果為據。本件上訴人於98年度有不計入所得課稅之投資收益8,364,332,598元、營運總部免稅所得114,890,409元，亦屬其營利事業之所得，於計算其該年度營業之虧損時，自應將此收益計入判斷，始符「營業之虧損」之意義。是以，財政部66年函釋是建立於所得稅法第39條所稱之「虧損」係指「營業之虧損」而為之函釋，自無違反前開法律規定。再者，該函釋指明「應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除」，非指應將投資收益加入當年度純益額，故並無違同法第42條投資收益不計入所得額課稅之立法設計。是以財政部66年函釋，係財政部本於主管機關地位就適用所得稅法第39條所為釋示，其為闡明法規之原意，核與所得稅法第39條立法意旨相符，並未逾越法律規定，原判決予以適用，自無上訴人所稱以司法權補充法律漏洞之問題。上訴意旨主張財政部66年函釋擅自加入「虧損扣抵數應先行減除投資收益」之要件，致上訴人依法可扣抵之虧損金額減少，在無法律基礎下增加納稅義務人之租稅負擔，對母法所得稅法第39條增訂不當之限制，有違憲法第19條所揭櫫之租稅法律主義；原判決未就其何得以司法權加以補充之類推適用作法，如何合於租稅法律主義或授權明確性原則，其正當性依據為何等均未表明，且未曾從稅制連結申報制度目的出發，思考其為財政部66年函釋之類推適用，究否合於母子公司稅制連結申報之政策目的，故其就財政部66年函釋違反租稅法律之事實，顯難提出合理化或正當化之依據云云。無非係其主觀上法律歧異見解，尚難以此認原判決有適用法規錯誤之違法。
⑵轉投資收益所得，在稅法上仍歸屬為「營利所得」，屬綜合
計算並適用通用稅率之所得，因其在前階段被投資公司分配營利所得前，已經課過營利事業所得稅，因此有「重複課徵」之問題產生，乃以所得稅法第42條規定其投資收益免予計入所得額課稅」。依該條規定之沿革，雖其規定內容歷經多次變化（44年12月23日所得稅法第38條第2項規定「前項收益，如係公司組織投資於其他事業之營利所得時，得僅以其50％數額，計入所得額課稅」，52年1月29日變更為所得稅法第42條，規定「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益免予計入所得額課稅」，69年12月30日修正為「公司組織之營利事業，投資於國內其他非受免徵營利事業所得稅待遇之股份有限公司組織者，其投資收益之80％，免予計入所得額課稅」，86年12月30日修正之現行規定，其第1項為「公司組織之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅，其可扣抵稅額，應依第66條之3規定，計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額」），法條文字雖有「免稅」或「部分免稅」或「不計入所得額課稅」等區別，但實質上規範本旨均為「認知該等所得種類屬性應歸入『綜合計算並適用通用稅率』之一般所得」基礎下，達成「避免重複課稅」之目的。與「基於立法政策考量，針對特定種類稅捐客體之特殊性，自始將之自合併計算範圍中抽離，單獨給予免稅或單一特別稅率」之情形有別，因此在計算前後盈虧互抵時，仍應計入虧損之減項。上訴人主張兩稅合一制實施後，投資收益不再列入稅基範圍內，當無再繼續賦予全部或部分免計入所得之租稅優惠措施必要。原判決誤認投資收益於兩稅合一制度施行後仍屬於一般所得範圍，並據此認其仍有租稅優惠之色彩，而認為於計算虧損扣除額時，倘未自可扣除虧損金額中加回將致企業雙重獲利云云，顯違反論理法則，且財政部66年函釋侵蝕營利事業原得合法享有之虧損扣抵權利，有違兩稅合一制度目的，亦非可採。
⑶依所得稅法第24條第1項之規定，營利事業所得之計算，以
其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。另商業會計法第58條第1項、商業會計處理準則第34條、第39條亦分別規定「商業在同一會計年度內所發生之全部收益，減除同期之成本、費用及損失後之差額為該期稅前純益或純損」「營業外收入及費用指本期內非因經常營業活動所發生之收入及費用，包括利息收入、利息費用、投資損益」「本期純利或純損指本期之盈餘或虧損」。準此，投資收益依所得稅法第42條第1項規定而獲實質免稅之優惠，未計入當年度所得課稅，如於嗣後年度計算虧損可扣除金額時，未將該投資收益加回，則可扣除虧損金額勢將虛增，並造成投資收益取得年度與虧損扣除年度雙重獲益之情形，即有違課稅公平原則。從而財政部66年函釋，以應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除，核與前開法條立法本旨及精神相符，且與租稅公平原則無違。上訴人主張所得稅法第39條所規範營利事業之盈虧互抵，係本於量能課稅原則而對企業採取之租稅處遇措施，與租稅優惠實無關涉，原判決錯誤解讀原基於量能課稅原則及實質課稅原則而對於營利事業所得計算週期所為之合理調整措施，及將所得稅法第39條第1項但書規定誤以為係對特定業者之租稅優惠措施，顯將迥異之概念混為一談，其認事用法顯有違誤乙節，顯屬誤會。
⑷合併申報處理原則第5點、第6點已分別就營業虧損之扣除、
合併結算申報課稅所得額及應納稅額等明定其計算方法，上訴人於原審審理時，亦陳明被上訴人之算法符合上開合併申報處理原則之規定。原判決援引上開規定論述被上訴人之處分何以未違法，並駁斥上訴人援引原審另案101年度訴字第64號判決所為主張如何不足採，並非將母子公司連結稅制申報制度視為單一經濟個體。上訴人執詞指摘原判決將將母子公司連結稅制申報制度視為單一經濟個體，卻又不許母子公司將所發生之關係人交易減除，在論理上顯相矛盾云云，亦非有理。至其他上訴理由無非係上訴人對於業經原判決詳予論述不採之事項再予爭執，核屬其主觀之歧異法律見解，並非有據，要難謂為原判決有違背法令之情形。
㈣綜上，原判決斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，將訴願決
定及原處分均予維持，駁回上訴人之訴，核無違誤。上訴論旨，仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。
八、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 105 年 12 月 15 日
最高行政法院第三庭
審判長法官 吳 東 都
法官 黃 淑 玲法官 鄭 小 康法官 林 文 舟法官 姜 素 娥以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 105 年 12 月 15 日
書記官 莊 俊 亨