最 高 行 政 法 院 判 決
106年度判字第698號上 訴 人代 表 人 松井正樹訴訟代理人 張芷 會計師被 上訴 人 財政部南區國稅局代 表 人 盧貞秀上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國106年5月10日高雄高等行政法院104年度訴字第330號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、上訴人民國99年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）972,352,072元，經被上訴人初查依其申報資料核定。嗣經通報更正調整其機器設備技術比，重行核定免稅所得為618,702,133元。上訴人不服，申請復查未獲變更，提起訴願亦遭駁回，提起行政訴訟經原判決駁回，遂提起本件上訴。
二、上訴人起訴主張：（一）上訴人分別依行為時：1、「製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法」增資擴展生產「其他電子零組件（偏光片）」之投資計畫，經經濟部以93年9月17日工電經加三資字第09300074840號函核發完成證明暨併案選定自95年1月1日起連續5年免徵營利事業所得稅（下稱第1次增資計畫）；2、「製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法」增資擴展生產「其他電子零組件（偏光片）」之投資計畫，經南部科學工業園區管理局以94年5月23日南商字第0940011060號函核發完成證明暨併案選定自96年1月1日起連續5年免徵營利事業所得稅（下稱第2次增資計畫）；3、「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」增資擴展生產「平面顯示裝置用偏光膜」之投資計畫，經南部科學工業園區管理局以95年5月26日南商字第0950011956號函核發完成證明，且經財政部以95年10月4日台財稅字第09500487340號函核准自97年1月1日起連續5年免徵營利事業所得稅（下稱第3次增資計畫）；4、「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」增資擴展生產「平面顯示裝置用彩色濾光膜」之投資計畫，經新竹科學工業園區管理局以95年2月7日園商字第0950003140號函核發完成證明，經財政部以95年10月4日台財稅字第09500478180號函核准自97年1月1日起連續5年免徵營利事業所得稅（下稱第4次增資計畫）等4件投資計畫所申請適用之免稅獎勵。（二）被上訴人認本件無財政部93年9月3日台財稅第00000000000號函釋（下稱財政部93年函釋）之適用，顯有違誤：1、上訴人免稅產品分屬南部科學工業園區與新竹科學工業園區二個不同主管機關監管之廠房各自獨立生產，無互相流用，與財政部93年函釋所述相合，惟被上訴人誤認為須自始即採用獨立計算為前提而逕為否准適用，難謂適法。2、財政部93年函釋係依財政部稅務預先核釋作業要點所申請，依財政部93年函釋主旨觀之，係就公司免稅期間如有增設設備擴展生產不同種類免稅產品，必須採用「機器設備比」或「增加銷量比」計算時，應如何適用之規範說明；至於是否僅針對一開始免稅所得計算就須以獨立計算為前提則未提及，然被上訴人以「又函釋說明㈤規定，於計算投資計畫產品之機器設備比時，分母部分可免將非屬生產液晶之機器及設備納入，係針對投資計畫產品原適用獨立計算免稅所得額，如於免稅期間僅因增購設備，致不符合獨立計算有關整廠之機器設備均屬免稅設備之要件，而須採全部機器設備比計算免稅所得額時，特別規定。」等語，執財政部93年函釋作為原適用獨立計算免稅所得之特別規定，進而再以「本件系爭免稅產品，自免稅期間開始，並非採用獨立計算免稅所得額，而採全部機器設備比計算免稅所得額，自無該函釋之適用。」為由否准適用，顯創設法律所無之規定，違反租稅法律主義。3、財政部93年函釋所指原投資計畫包含之ITO導電玻璃及彩色濾光膜產品，與免稅期間因不同投資計畫單純增購設備生產液晶產品，經比較行為時行政院主計處所公布之「中華民國行業標準分類」90年1月第7次修訂版本、95年5月第7次與第8次修訂對照表，足證財政部93年函釋所適用之產品ITO導電玻璃、彩色濾光膜產品及液晶（LC）等免稅產品，皆為相同產品，係原新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱新興重要策略性產業免稅所得計算要點）以外，就免稅期間如有增資生產相同中類投資計畫產品，因屬單純增購設備或汰舊換新，且能明確與其他投資計畫產品獨立生產者，機器設備分母得不合併納入「完成證明所載以外機器設備」之特別規定，故本件不同投資計畫之偏光膜及彩色濾光膜產品，雖同歸屬「中華民國行業標準分類」中類26：電子零組件製造業之項目，惟應按不同免稅產品分開計算其機器設備比，於法有合。4、綜上，本件系爭二種免稅產品係採不同製程，也無不同產品有共同機器設備互相流用之情，自應將偏光膜產品及彩色濾光膜產品，予以分開計算其應有之免稅設備比、委外加工比及免稅所得，方符實質課稅原則。惟被上訴人逕就上訴人臺南廠及新竹廠各自獨立生產不同免稅產品之機器設備，全部合併計入機器設備比之分母，而免稅收入比和委外加工比，卻又按偏光膜產品及彩色濾光膜不同產品別予以區分之，難謂有合。（三）被上訴人應將偏光膜產品及彩色濾光膜產品，予以分開計算其應有之免稅設備比、委外加工比及免稅所得，方符實質課稅原則：1、本件偏光膜產品及彩色濾光膜產品既分屬不同廠房各自獨立生產，自無不同產品有共同使用機器設備之情，又上訴人對不同免稅產品之收入及相關成本已單獨分開設置帳載紀錄以計算其損益，採直接分開銷售方式，若採被上訴人按機器設備合併計算之方式核定，會造成不同廠別隨時可互為使用設備狀態，此與現況及實情有悖。故被上訴人自應將偏光膜產品及彩色濾光膜產品，予以分開計算其應有之免稅設備比、委外加工比及免稅所得，方符實質課稅原則。2、惟訴願決定未審究上訴人新竹分公司之工廠係僅能生產彩色濾光膜產品，與偏光膜產品無涉；上訴人對二項不同免稅產品之銷貨收入、銷貨成本及毛利均可獨立計算，且分別向被上訴人及財政部北區國稅局申報各期營業稅銷售與稅額之事實等情，肯認被上訴人對上訴人二項不同種類免稅產品核認可分開計算其各自應有之免稅所得收入比及委外加工比，卻又將臺南廠及新竹廠之機器設備合併計入機器設備比之分母之作法，顯有違財政部93年函釋、實質課稅之精神。（四）被上訴人採機器設備比合併計算，而免稅收入比分開計算混合方式為之，已造成上訴人應受免稅獎勵優惠之損害：1、按「公司適用免徵營利事業所得稅之範圍，以投資計畫完成證明所載生產之產品或提供之勞務為限。」且「免稅收入比」之公式，係指「投資計畫之產品收入淨額」佔「全部產品收入淨額」之比率，則「投資計畫之產品收入淨額」，應以主管機關核發之完成證明所載投資計畫生產之產品或提供之勞務為限，因此，若公司同時有受獎勵之不同免稅產品（如產品Ａ及產品Ｂ）及非受獎勵之免稅產品（如產品Ｃ），則計算「免稅收入比」時，關於分子之「投資計畫之產品（勞務）收入淨額」應以經核准並完成投資計畫機器設備所生產之免稅產品合計數計算之，即（免稅產品Ａ+免稅產品Ｂ）；至分母應為全部產品之收入淨額（免稅產品Ａ+免稅產品Ｂ+非免稅產品Ｃ），方符合新興重要策略性產業免稅所得計算要點。又依新興重要策略性產業免稅所得計算要點採全部機器設備比公式計算機器設備比例時，有關分母採「完成證明所載機器設備」+「完成證明所載以外之機器設備」認定，其用意係為區分「符合投資計畫之產品收入淨額」中，係由經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額所產生之新增符合投資計畫之產品銷貨收入淨額，據以計算收入比，故鑒於不同中類產品之機器設備倘混同計算，反而扭曲正確計算免稅所得。惟被上訴人雖將本件免稅所得計算依新興重要策略性產業免稅所得計算要點有關「機器設備比」之規定，將臺南廠及新竹廠之機器設備合併納入機器設備比之分母予以計算機器設備比率，惟有關免稅收入比例（投資計畫之產品收入淨額÷全部產品收入淨額）之分子（即「投資計畫之產品收入淨額」），卻未一致將臺南廠及新竹廠之不同增資計畫產品收入予以合併計算，顯已虛減本件免稅所得且有計算方式不一致之情。2、依財政部91年3月26日台財稅字第0910451622號函之意旨，被上訴人認本件免稅所計算需依新興重要策略性產業免稅所得計算要點有關「機器設備比」之規定，應將臺南廠及新竹廠之機器設備合併納入機器設備比之分母予以計算機器設備比率，惟有關免稅收入比例（投資計畫之產品收入淨額÷全部產品收入淨額）之分子（即「投資計畫之產品收入淨額」），卻未一致將臺南廠及新竹廠之不同增資計畫產品收入予以合併計算之違誤，經參上訴人所提供財政部中區國稅局100年4月11日中區國稅法字第1000020199號復查決定書之復查決定理由之意旨，可證倘有不同投資計畫於同一年度適用免稅獎勵時，為正確計算免稅所得時，應依財政部91年3月26日台財稅字第0910451622號函釋規定，除將機器設備比分母予以合併計算外，其「免稅收入比」之分子亦應合併計算。惟被上訴人雖將不同投資計畫免稅產品之收入納入「免稅收入比」之分母，卻未見將該等金額一致納入「免稅收入比」之分子，其認事用法已有違誤。3、依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點之規定，係規範投資計畫產品核准免稅期間內或核准免稅期間內其他適用相同要件之投資計畫免稅所得計算公式，一經選擇就（1）按全部機器設備比公式或（2）按增加銷貨量公式擇一採用，則該免稅期間內所採用之計算公式均須一致，不得變更，是因上述二種計算方式之適用要件不同，為避免投資計畫產品在核准免稅期間有前後年度計算方式不同，或不同投資計畫相同產品在免稅期間內因混用不同計算方式，造成免稅所得計算過於繁雜，以茲簡化。惟訴願決定理由卻謂「依促進產業升級條例第9條及第9條之2規定，係就投資計畫所新增之所得，免徵營利事業所得稅，另依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點規定：『……核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業者……，其免稅所得額計算方式，均須一致。……』是計算各次新增之所得時，應分次計算各次增資擴展投資計畫之產品收入比之分子，以免重複計算免稅所得。」等語遞予維持，顯有違誤。（五）本件系爭免稅所得計算對於不同投資計畫之產品是否應分開計算之爭執事項，與財政部96年1月26日台財訴字第09500632250號訴願決定書案情有相同之爭執，且經行政訴訟結果係按各自使用機器設備明確區分，分別納入各該類產品免稅機器設備比分母，據以重新計算免稅所得，應有本件系爭免稅所得案情之適用：1、經查財政部96年1月26日台財訴字第09500632250號訴願決定書之內容，係為訴願人90年度營利事業所得稅事件，有關合於免稅獎勵規定之免稅所得，分別係源自新增投資及增資擴展之二件不同投資計畫所受獎勵之不同免稅產品─背光板模組產品及投影機與液晶顯示器等系統產品二項，因該案訴願人對不同投資計畫產品於生產過程中所使用之生產設備及委外加工程度不同，且採分開銷售方式，無不同產品有共用機器設備互相流用之情，為正確歸屬各免稅產品之免稅所得，爰按全部機器設備比觀念，將背光板模組產品及投影機與液晶顯示器等系統產品分開計算其應有之免稅設備比及委外加工比暨免稅所得，案經原處分機關認定（1）背光板模組產品及投影機與液晶顯示器等系統產品二項產品，應合併計算其免稅生產設備比及委外加工比，並將（2）係屬科學工業園區區外之分公司使用之非免稅機器設備，納入計算免稅所得之機器設備比例，重新計算免稅所得，致核定合於獎勵規定之免稅所得為589,614,890元。2、又前開案件訴願人因已分別就前開二項不同投資計畫之二項免稅產品收入及相關成本，單獨分開設置帳載紀錄以計算其損益，又二項免稅產品，分屬不同樓層及事業部生產，且分採分開銷售方式，亦無有共同機器設備互相流用之情，係符合獨立計算之認定，惟前經財政部訴願決定核認因訴願人免稅所得有按製造成本比例分攤之情形，無法獨立計算銷貨收入及成本，自無從按免稅產品個別計算免稅所得之適用，予以駁回在案。3、該案訴願人不服訴願決定，繼提起行政訴訟，最後經臺北高等行政法院審理期間，承審法官要求兩造應試行和解，且兩造雙方就系爭前開二類免稅產品之計算方式，同意按各自使用機器設備明確區分，並分別納入各該類產品免稅設比例分母，經重新計算免稅所得為700,062,394元，益證不同投資計畫之不同免稅產品銷貨收入、銷貨成本及毛利，均可獨立計算，且二項免稅產品確實為獨立生產之事實，則於計算免稅所得時，係應按免稅產品別分開計算其應有之免稅設備比及委外加工比暨免稅所得，上訴人自得援引作為本件系爭免稅所得計算審理之參採等語，聲明求為判決：訴願決定及原處分（即復查決定）均撤銷。
三、被上訴人則以：（一）上訴人增資計畫申請之免稅產品為偏光膜（片）及彩色濾光膜，依中華民國行業標準分類同屬中類產品；另各次增資擴展計畫，申請合於獎勵規定之免稅所得自始非採用獨立計算免稅所得額，而係選用全部機器設備比計算免稅所得額。（二）新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點及製造業及其相關技術服務業五年免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點（下稱製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點）第6點規定，免稅所得額之計算公式一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器設備方式適用前揭獎勵者，各次以資本額及購置全新機器設備方式適用新興重要策略性產業投資計畫之投資計畫，其免稅所得額計算方式，均須一致。（三）依新興重要策略性產業免稅所得計算要點規定，選擇採全部機器設備比方式計算免稅所得額，其分母之計算除「完成證明所載機器設備」外，尚包括「完成證明所載以外之機器設備」。又依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第13點第6款第4目及製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第10點第5款第4目規定，公司之機器設備所生產之產品，與符合投資計畫產品分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，始得免予納入「完成證明所載以外之機器設備」內，此因公司生產分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同之產品者，因其所使用之機器設備明顯不同，故例外規定該生產非屬投資計畫產品之機器設備金額，得免予納入全部機器設備比計算免稅所得額，有關免於納入全部機器設備比之分母數額之規定，乃正常原則之例外，本不宜任意擴張適用範圍，且其要件係採二分法，僅限於產品（勞務）係分屬中類以上（含中類）之不同者，該非生產（提供）符合投資計畫產品（勞務）之機器設備金額始不納入分母計算，屬同中類產品者，其「完成證明所載以外之機器設備」仍應納入分母計算，並無解釋空間，更無類推適用之餘地。本件偏光膜及彩色濾光膜為中華民國行業標準分類之同中類產品，並無中類以上之不同產品，是臺南廠及新竹廠之機器設備自應計入機器設備比之分母，與二廠機器設備有無流用無涉。（四）財政部93年函釋說明（二）公司本次增資所生產之液晶（LC）產品，相關生產設備係安置於新廠房，有獨立之機房、實驗室、R&D辦公室、品管生產部辦公室、管理部辦公室、生產及品管區、生產區及保稅倉庫等，而銷貨成本中之製造費用亦與之前投資生產之導電玻璃ITO及即將生產之彩色濾光膜等製造費用完全區分，原則上可適用新興重要策略性產業免稅所得計算要點第4點、第5點規定，獨立計算液晶（LC）產品之免稅所得。係說明公司於適用5年免徵營利事業所得稅時，是否得獨立計算免稅所得，惟上訴人於免稅期間開始即自行選用全部機器設備比計算免稅所得；又函釋說明（五）規定，於計算投資計畫產品之機器設備比時，分母部分可免將非屬生產液晶之機器及設備納入，係針對投資計畫產品原適用獨立計算免稅所得額，如於免稅期間僅因增購設備，致不符合獨立計算有關整廠之機器設備均屬免稅設備之要件，而須採全部機器設備比計算免稅所得額時，特別規定，如符合於免稅期間僅單純增購設備生產該免稅產品，且新增設備放置於該免稅產品新建廠房，其不同免稅產品係由不同廠房生產，亦無將個別外售之產品組成另一產品進行銷售，或將可個別外售之產品銷售予同一買受人，且屬免稅比例低或應稅產品之售價顯較僅對外單獨銷售之價格低者之情形，則分母可免將非屬生產新增免稅產品之機器設備納入「完成證明所載以外之機器設備」；本件系爭免稅產品，自免稅期間開始，並非採用獨立計算免稅所得額，而採全部機器設備比計算免稅所得額，自無該函釋之適用。又因應稅務核課案件之大量性行政性質，核課案件乃產生稽徵便利性（或實用性）原則與租稅簡化之要求，某種程度即在犧牲個案中量能課稅之正義（具體案件之妥當性），裨使適時課稅具有實際上之可行性。新興重要策略性產業免稅所得計算要點規定選擇採全部機器設備比計算免稅所得，該比率之分子與分母之金額應如何計算已詳為規定，該規定亦有簡化稽徵程序，減輕稽徵成本之作用，並斟酌投資人之權益，及兼顧租稅公平原則，此有本院98年度判字第248號及99年度判字第1140號判決可資參照。（五）依促進產業升級條例第9條及第9條之2規定，係就投資計畫所新增之所得，免徵營利事業所得稅，另依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點規定：「……核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業者，各次以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業投資計畫之投資計畫，其免稅所得額計算方式，均須一致。」是計算各次新增之所得時，應分次計算各次增資擴展投資計畫之產品收入比之分子，以免重複計算免稅所得。（六）稅法上選擇權之行使本即為確定納稅義務之方法，選擇權一經行使，除稅法另有規定外，即不容其恣意變更，否則將破壞租稅之安定性。依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點第1項暨製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第6點第1項規定，得擇一公式計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更，上訴人自免稅期間開始，已自行擇定採用全部機器設備比公式計算免稅所得，自應受因此選擇而致之有利與不利結果，如允許上訴人事後經評估並非最有利之方法，再選擇更正計算公式，勢必形成稅捐之操縱，而與租稅正義相違。又上訴人提供財政部96年1月26日台財訴字第09500632250號訴願決定書，經財政部訴願駁回，法院之和解，屬個案拘束，且與本件案情不盡相同，尚難援引適用等語，資為抗辯。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：（一）依行為時促進產業升級條例第9條、第9條之2之立法理由，係藉由租稅減免方式，以促成產業升級之目的。此種以租稅減免以達成一定經濟目的之立法方式，未嚴格遵守稅法上所要求之量能課稅原則及平等原則，在經濟上不無扭曲競爭秩序之副作用，也造成營利事業所得稅稅基一定程度之侵蝕，參以財務會計盈餘之計算，目的在揭露營利事業經營狀態（營業所得），並無免稅所得與應稅所得之概念，一般會計原則也就對源自同一投入成本、費用之免稅及應稅收入，其成本、費用應如何分攤，並無規定。如所得稅法及其他租稅法令對特殊項目的認定與納入或排除稅基，有別於一般公認會計原則，就必須以經特別規定調整後之所得淨額，計算應納稅額。故財政部分別制定新興重要策略性產業免稅所得計算要點及製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點。上開二要點規定就新增所得免稅之產業，所投入之成本費用可直接合理明確歸屬於應稅收入、免稅收入者，原則上適用一般會計原則，各於其項下減除，此即所謂「獨立計算免稅所得」（新興重要策略性產業免稅所得計算要點第4點、第5點；製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第4點、第5點參照）；惟如免稅及應稅收入源自同一投入成本、費用，難以區隔時，應如何為成本費用之分攤，以計算免稅所得，一般會計原則即有所窮。上開二要點乃制定有各類公式，以適用於各種產業升級模式，其中以資本額及購置設備為免稅要件之產業，其設算公式有二種：(1)採全部機器設備比公式計算；(2)採增加銷貨量公式計算﹔並均明揭產業一經選定設算公式，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用促進產業升級條例第9條、第9條之2之投資計畫，其免稅所得計算方式，均須一致（新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點；製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第6點參照）。易言之，適用促進產業升級條例上開規定而得就新增所得免稅之產業，在免稅所得無從獨立計算，難以確認之情況下，賦予產業得就設算公式為選擇，成為確定其租稅義務之方法，選擇權一經行使，免稅期間形成之租稅義務狀態，非具法定要件，不能恣意更改（本院106年度判字第144號判決意旨）。（二）所謂「免稅所得」乃生產事業於「免稅期間」以「免稅設備」「自行」生產「免稅產品」並「銷售」所產生之所得，即以免稅產品銷貨收入淨額減除免稅產品銷貨成本費用及與免稅業務無關之非營業損益後，所產生之所得；惟對於無法在生產過程中針對「個別」產品所需之各種直接材料、直接人工及製造費用予以明確歸屬並獨立記帳之生產事業，因無法獨立計算免稅所得，則須自「全年所得」中區分「免稅」所得與「應稅」所得兩部分。又在無法獨立計算下，因免稅產品可能同時由免稅設備及應稅設備生產，或以免稅設備同時生產免稅產品及應稅產品，致難以分辨所銷售之免稅產品係以應稅或免稅設備生產，故免稅所得之計算應以「全年所得」按收入比、設備比及自製比計算，以合理區分。而無法獨立計算免稅所得之生產事業在免徵營利事業所得稅期間內，其免稅產品收入既係由免稅設備及應稅設備（成本）所產生，故於計算增資「受獎勵」之免稅產品收入時，自應按受獎勵設備成本（即投資計畫完成證明所載機器設備）占全部應稅及免稅設備成本比例分攤計算。另依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第13點第9款第4目規定，公司之機器、設備所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免予計入「完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）金額以外之機器及設備、主體建築（物）」內。乃係因生產分屬中華民國行業標準分類中類以內之免稅及應稅機器設備（成本）均可能生產免稅產品（收入），故應將各該免稅及應稅設備均納入設備比之分母，方屬合理，而中類以上之不同之產品，因其所使用之機器設備明顯不同，始得例外排除，該生產非屬投資計畫產品之機器設備金額得免予納入全部機器設備比率計算免稅所得，且其業已將中類以上不同之機器設備排除於分母之外，已對納稅義務人有利。故新興重要策略性產業免稅所得計算要點第13點第9款第4目及製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第10點第5款第4目等規定，核與行為時促進產業升級條例第9條、第9條之2規範意旨無違，自得適用。（三）依財政部93年函釋係依據財政部稅務預先核釋作業要點所申請，而該預先核釋案件係以：「3.適用疑義：（1）採用整廠獨立計算免稅所得者，於免稅所得期間內如因事實需要進行設備增添或汰舊換新，是否仍可適用獨立計算免稅所得之規定，以符合獎勵設備更新達成產業升級之政策意旨。（2）如前項（1）不可再適用獨立計算免稅所得時：（Ａ）其改以機器設備比例公式計算免稅所得，是否不應包括現有非生產液晶產品而不可流用之設備在內，以免不當稀釋免稅效果。（Ｂ）如改以增加銷貨量方式計算免稅所得時，液晶產品與ITO導電玻璃產品是否應認屬『不同類產品』，抑或屬『同類產品規格顯然不同』，將影響本案免稅所得之實質適用效果。」之適用疑義所為之申請案件，其係就原符合整廠獨立計算免稅所得者〔適用疑義（1）〕，因進行設備增添或汰舊換新，致不符合適用獨立計算免稅所得〔不符合適用疑義（1）〕，而需改採全部機器設備（技術）比或增加銷貨量公式計算免稅所得時，其新增設備於計算機器設備（技術）比是否得免將非屬生產之機器設備計入分母，及同類產品規格顯然不同時應否進行換算銷售量所為之申請。而依財政部93年函釋之意旨，係以增資案之設備置於獨立廠房，且生產、銷貨成本得以完全區分，而符合較嚴格之獨立計算免稅所得要件（整廠之機器設備均屬免稅設備，且僅生產免稅產品）者，僅因嗣後增購設備或汰舊換新致不符合獨立計算要件，而需改採比例計算時，為緩解比例計算上之不利，例外允許其新增生產之機器設備可明確區分而無相互流用時，可免將非屬本次增資案之其他機器設備併入計算機器設備（技術）比，或免就增資前後同類產品規格顯然不同時之個別產品，進行銷售量之換算。惟就本已因無法獨立計算認定而需採用較不嚴謹之比例認定，即採全部機器設備（技術）比或增加銷貨量方式公式者，除如前述，新增機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務）與原投資計畫產品（勞務）有明顯不同（中類以上不同），始得例外排除，免將非屬投資計畫產品之機器設備金額納入全部機器設備比率計算免稅所得外，並無明定符合新增設備置於獨立廠區生產、相關原料設備未流用、分設帳證記錄等要件，即可認新增、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務）符合獨立計算之規定。況查，上訴人不僅自始即採全部機器設備比計算免稅所得額，且其「全部機器設備」之內涵，係採取各次增資計畫全部機器設備取得成本加總之概念，並未依產品別，或以某些廠會計獨立為由，將各次增資計畫之機器取得成本為區隔，上訴人既於其歷次增資計畫，除明確選擇以全部機器設備比之方式計算免稅所得外，並就機器設備比中何謂新增設備（分子），何謂所有設備（分母）之義涵為明確表示，此種以選擇權行使為租稅義務確定之方法，一經行使，不能任意更改，且均需一致採用，自無混用解釋空間，亦與機器設備是否可流用無涉。（四）按新興重要策略性產業免稅所得計算要點及製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點二要點，就採全部機器設備比公式計算免稅所得者，其計算式如下：免稅所得＝〔全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益（損失）〕ｘ〔投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額〕ｘ機器設備比率ｘ（1－委外加工比率）﹔「機器設備比率」＝完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）金額÷〔完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）金額＋完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）以外之機器、設備、主體建築（物）（土地除外）金額＋租（借）機器、設備、主體建築（物）（土地除外）出租（借）人之取得成本〕﹔「委外加工比率」＝投資計畫之產品（勞務）委託加工成本÷投資計畫之產品（勞務）製造成本。產業增資計畫之產品除非分屬中華民國行業標準分類之中類以上不同者，產品所對應之機器設備成本得分開計算外，應相互計入機器設備成本（新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點、第13點第9款第4目；製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第6點、第10點第5款第4目參照）。核其免稅所得之計算原理，無非以一般營利事業所得稅之全部應稅所得額為基數，再依投資產品與所有產品收入比、新增設備與全部設備成本比及委外加工比，作為免稅所得占全部所得之比例，成為一般會計收入與成本費用配合原則之補充，無違憲之虞，具有稅法規範效力。納稅產業及稽徵機關均應遵守，自無再持其他主觀認定「合理」之分攤基準而為稅務上所得計算之餘地。而產業如有多次增資擴展投資計畫，其免稅所得即必須依各該分次增資計畫計算後再加總，以正確計算每一次增資計畫所產生之免稅所得，避免重複評價免稅所得。是以，產業如不能獨立計算免稅所得，而選定以全部機器設備比率公式設算，並就全部機器設備比中何謂新增設備（分子），何為所有設備（分母）之內涵，於免稅年度始期據以申報免稅所得時確定，即無於後續免稅年度申報所得稅時，另就全部機器設備比之分子或分母設定不同內涵，再計算免稅所得之餘地。蓋此不僅違背新興重要策略性產業免稅所得計算要點之規定，且無異於透過納稅產業逐年自行變更之主觀解釋，而得「調整」租稅義務之內容，於法定免稅獎勵之外，另行創設租稅優惠，除進一步強化其產品相較於非受獎勵產業間之競爭優勢外，也形成同為獎勵產業間之租稅上之不平等，自非法之所許。（五）依促進產業升級條例第9條及第9條之2第1項第2款等規定、新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點及製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第6點等規定可知，免稅所得之計算係依各次投資計畫所「新增」之所得為準，故「分次」增資擴展投資計畫之產品之產品收入比之分子亦應「分次」計算，如此才可正確計算每一次增資計畫所產生之免稅所得，以免重複計算免稅所得，況免稅收入比之計算是以該次新增收入占「全部」免稅收入（分母）之比例，如同機器設備比，亦以該次新增之機器設備佔全部機器設備（分母）之比例計算之，尚非如上訴人所述，應將相同中類免稅產品均一致計入免稅收入比之分子（如此即失去分次之意義）等語，因將原決定及原處分均予維持，駁回上訴人之訴。
五、上訴意旨略謂：（一）上訴人審酌本件受獎勵規定之不同種類投資計畫免稅產品（偏光膜產品與彩色濾光膜產品），係源於不同廠房所分別增資擴建生產之投資計畫產品，該二項不同種類之投資計畫產品之機器設備既無可能亦絕無互相流用之情，故依財政部93年函釋之意旨，應將其分別位於臺南廠及新竹廠各自獨立生產暨不同投資計畫之二項免稅產品，予以分開計算其應有之免稅設備比及委外加工比；惟原判決逕臆測認定財政部93年函釋之意旨，係為原適用獨立計算免稅所得之特別規定，擅自創設「原符合適用獨立計算免稅所得」之限制，進而認定本件上訴人無財政部93年函釋之適用，倘確如原判決所言，就「機器設備分比母」之內涵認定尚無任何討論餘地，則何以有財政部93年函釋之發佈？正因新興重要策略性產業免稅所得計算要點就第13點「機器設備比例之計算」仍有不盡完備之處，方有財政部93年函釋補充釋示之必要，則財政部93年函釋之存在，即表示「機器設備比分母」之內涵認定尚有討論空間，並非如原判決所稱須受限於新興重要策略性產業免稅所得計算要點之僵化規定，則原判決顯與改制前行政法院61年判字第70號判例之意旨相悖，有不適用法規、適用法規不當之違法。（二）上訴人主張有關投資計畫產品收入比及機器設備比例應一致採合併計算之方式，上訴人於原審程序中已提供相關事證，且援引財政部中區國稅局100年4月11日中區國稅法字第1000020199號復查決定、本院99年度判字第1140號判決等見解可參，惟原判決未說明不採上訴人所引事證之理由，顯有不依證據、不備理由之違法等語。
六、本院按：
（一）「（第1項）公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。（第2項）前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理︰……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。
但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。……」「（第1項）為健全經濟發展並鼓勵製造業及其相關技術服務業之投資，該等公司自91年1月1日起至92年12月31日止，新投資創立或增資擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。……（第4項）第1項公司免稅之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院定之。」為行為時促進產業升級條例第9條第1項、第2項第2款及第9條之2第1項第2款、第4項所明定。次按「1.……符合促進產業升級條例（以下簡稱本條例）第8條及前項獎勵辦法規定之公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，依本要點規定計算免稅所得額。……7.（以資本額及購置設備為要件之計算公式）（第1項）公司以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業者，就下列公式擇一計算免稅所得，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業或本條例第9條之2獎勵者，各次以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業或本條例第9條之2之投資計畫，其免稅所得計算方式，均須一致。（1）採全部機器設備技術比公式計算：免稅所得＝〔全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益（損失）〕ｘ〔投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額〕ｘ機器設備比率ｘ（1－委外加工比率）①機器設備比率＝完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）金額÷〔完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）金額＋完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）以外之機器、設備、主體建築（物）（土地除外）金額＋租（借）機器、設備、主體建築（物）（土地除外）出租（借）人之取得成本〕②委外加工比率＝投資計畫之產品（勞務）委託加工成本÷投資計畫之產品（勞務）製造成本。
……（第4項）第1項公式有關機器設備比率應依第13點規定辦理；委外加工比率，應依第14點規定辦理。13.（機器設備比率之計算）公司依第7點規定計算各機器設備技術比率時，按下列規定辦理：（1）『完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）金額』，指載於目的事業主管機關核發之完成證明及全新機器、設備、新建主體建築（物）清單中之機器、設備及主體建築（物）之金額。……（9）……④公司之機器、設備所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免計入『完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）金額以外之機器及設備、主體建築（物）』內。稅捐稽徵機關對上開機器、設備所生產（提供）之產品（勞務）分類有疑義者，得洽各中央目的事業主管機關認定之。」為新興重要策略性產業免稅所得計算要點第1點第2項、第7點第1項第1款、第4項及第13點第1款、第9款第4目所規定。復按「1.符合促進產業升級條例（以下簡稱本條例）第9條之2暨製造業及其相關技術服務業新增投資5年免徵營利事業所得稅獎勵辦法（以下簡稱獎勵辦法）規定之公司，依本要點規定計算免稅所得額。」「10.公司依第6點規定計算各機器設備技術比率時，按下列規定辦理：……（5）公司擇採全部機器設備技術比公式計算免稅所得額者，其完成證明所載全新機器、設備、技術以外之機器、設備、技術等金額，除依第1款至第4款規定辦理外，尚須按下列規定辦理：……④公司之機器、設備、技術所生產（提供）之產品（勞務），與符合投資計畫產品（勞務）分屬中華民國行業標準分類有中類以上之不同者，得免予納入『完成證明所載全新機器、設備、技術總金額以外之機器及設備、技術』內。稅捐稽徵機關對上開機器、設備、技術所生產(提供)之產品(勞務)分類有疑義者，得洽各中央目的事業主管機關認定之。」為製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第1點、第10點第5款第4目所明定。
（二）原判決已敘明：按財政部93年函釋係依據財政部稅務預先核釋作業要點所申請，而該預先核釋係以：「3.適用疑義：（1）採用整廠獨立計算免稅所得者，於免稅所得期間內如因事實需要進行設備增添或汰舊換新，是否仍可適用獨立計算免稅所得之規定，以符合獎勵設備更新達成產業升級之政策意旨。（2）如前項（1）不可再適用獨立計算免稅所得時：（Ａ）其改以機器設備比例公式計算免稅所得，是否不應包括現有非生產液晶產品而不可流用之設備在內，以免不當稀釋免稅效果。（Ｂ）如改以增加銷貨量方式計算免稅所得時，液晶產品與ITO導電玻璃產品是否應認屬『不同類產品』，抑或屬『同類產品規格顯然不同』，將影響本案免稅所得之實質適用效果。」之適用疑義所為之申請案件，其係就原符合整廠獨立計算免稅所得者，因進行設備增添或汰舊換新，致不符合適用獨立計算免稅所得，而需改採全部機器設備（技術）比，其新增設備於計算機器設備（技術）比是否得免將非屬生產之機器設備計入分母。本件上訴人既於其歷次增資計畫，除明確選擇以全部機器設備比之方式計算免稅所得外，並就機器設備比中何謂新增設備（分子），何謂所有設備（分母）之義涵為明確表示，此種以選擇權行使為租稅義務確定之方法，一經行使，不能任意更改，且均需一致採用，自無混用解釋空間，亦與機器設備是否可流用無涉，是上訴人主張本件應有財政部93年函釋之適用，自無可採等語。業已就本件應無財政部93年函釋之適用，說明其認定之依據及理由，經核其認事用法尚無違誤。
（三）上訴意旨雖主張：本件受獎勵規定之不同種類投資計畫免稅產品（偏光膜產品與彩色濾光膜產品），係源於不同廠房所分別增資擴建生產之投資計畫產品，該二項不同種類之投資計畫產品之機器設備既無可能亦絕無互相流用之情，故依財政部93年函釋之意旨，應將其分別位於臺南廠及新竹廠各自獨立生產暨不同投資計畫之二項免稅產品，予以分開計算其應有之免稅設備比及委外加工比，惟原判決逕行臆測認定財政部93年函釋之意旨，係為原適用獨立計算免稅所得之特別規定，擅自創設「原符合適用獨立計算免稅所得」之限制，進而認定本件上訴人無財政部93年函釋之適用，有不適用法規之違法云云。惟查上訴人原不符合增資案之設備置於獨立廠房，且生產、銷貨成本得以完全區分，而不符合較嚴格之整廠獨立計算免稅所得之要件（整廠之機器設備均屬免稅設備，且僅生產免稅產品），依財政部93年函釋之意旨，惟一得例外排除，免將非屬投資計畫產品之機器設備金額納入全部機器設備比率計算免稅所得者，僅有新增機器、設備、技術所生產之產品與原投資計畫產品有明顯不同（中類以上不同）之情形，本件上訴人所生產之產品均屬同中類之產品，並無上開排除計入之情形，自無財政部93年函釋之適用，並非符合新增設備置於獨立廠區生產、相關原料機器設備未流用、分設帳證記錄等要件，即可認新增機器設備、技術所生產之產品符合獨立計算之規定，上訴意旨顯有誤會，自無足採。
（四）上訴意旨另主張：有關投資計畫產品收入比及機器設備比例應一致採合併計算之方式，上訴人於原審程序中已提供相關事證，且援引財政部中區國稅局100年4月11日中區國稅法字第1000020199號復查決定、本院99年度判字第1140號判決等見解，惟原判決未說明不採上訴人所引事證之理由，顯有不備理由之違法云云。惟查本件免稅所得之計算，被上訴人業已依新興重要策略性產業免稅所得計算要點第7點、第13點第9款第4目；製造業及其相關技術服務業免稅所得計算要點第6點、第10點第5款第4目所列之計算公式予以核算，計算公式中即有〔投資計畫之產品收入淨額÷全部產品收入淨額〕一項；原判決亦已敘明：免稅所得之計算係依各次投資計畫所「新增」之所得為準，故「分次」增資擴展投資計畫之產品收入比之分子亦應「分次」計算，如此才可正確計算每一次增資計畫所產生之免稅所得，以免重複計算免稅所得，況免稅收入比之計算是以該次新增收入占「全部」免稅收入（分母）之比例，如同機器設備比，亦以該次新增之機器設備佔全部機器設備（分母）之比例計算之，尚非如上訴人所述，應將相同中類免稅產品均一致計入免稅收入比之分子，如此即失去分次之意義，上訴人之主張，容有誤解等語。至於上訴意旨所引財政部中區國稅局100年4月11日中區國稅法字第1000020199號復查決定及本院99年度判字第1140號判決之見解，與上開論述及原判決之見解並無衝突，上訴意旨核無足採。
（五）綜上所述，原判決業已說明其認定事實之依據及得心證之理由，其認事用法，經核並無違誤。上訴論旨，仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，難認有理由，應予駁回。
七、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 106 年 12 月 14 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 林 茂 權
法官 劉 介 中法官 林 文 舟法官 帥 嘉 寶法官 林 樹 埔以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 106 年 12 月 14 日
書記官 伍 榮 陞