最 高 行 政 法 院 判 決
106年度判字第618號上 訴 人 萬海航運股份有限公司代 表 人 士林紙業股份有限公司（指派自然人:陳柏廷）訴訟代理人 陳長文 律師
陳東良 律師彭運鵾 會計師被 上訴 人 財政部臺北國稅局代 表 人 許慈美上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國105年12月21日臺北高等行政法院105年度訴字第1248號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、上訴人民國99年度營利事業所得稅結算申報，列報前10年核定虧損本年度扣除額新臺幣（下同）29億7,725萬7,469元，經被上訴人核定為9,829萬7,608元，應補稅額4億9,055萬6,793元。上訴人不服，申請復查，經被上訴人105年2月18日財北國稅法一字第1050005905號復查決定駁回，提起訴願，仍遭駁回，乃提起行政訴訟，經原審判決駁回。上訴人仍不服，遂提起本件上訴，並聲明：原判決廢棄，訴願決定、復查決定及原處分均撤銷。
二、上訴人起訴主張略以：㈠被上訴人核減上訴人99年度營利事業所得稅核定通知書第55
欄「前10年核定虧損本年度扣除額」部分金額28億7,895萬9,861元（2,977,257,469－98,297,608），係源於上訴人申報並經核定之97年度營利事業所得稅核定通知書第57欄「合於獎勵規定之免稅所得」金額。然所得稅法第39條可供盈虧互抵之金額，係指核定通知書「課稅所得額（虧損）」之金額，該條並未規定應先扣除前年度之免稅所得，此由營利事業所得結算申報核定通知書「損益及課稅所得」項目及其編排之邏輯順序可證，而在未有其他稅法規定可調整之前提下，行政機關並無權任意對該金額加以調整增加或減少，此為租稅法定主義之當然解釋。
㈡核定通知書「損益及課稅所得」之計算項目，除「合於獎勵
規定之免稅所得」項目外，尚包含停徵之證券交易所得及免徵之土地交易所得。而對於同屬免稅之該兩類所得，財政部74年7月6日台財稅第18503號函（下稱「74年7月6日函釋」）及76年9月22日台財稅第0000000號函（下稱「76年9月22日函釋」）分別明示免自核定之虧損額中扣除，惟就「合於獎勵規定之免稅所得」，原處分卻認為應自核定之虧損額中扣除，於法理上或邏輯解釋上均為矛盾，法令適用有誤。又原處分以證券交易所得及土地交易所得同為免稅，得於計算盈虧互抵時免自核定虧損額中減除，係分別因已就提高之證券交易稅中徵收替代，因而非真正免稅；土地已課徵土地增值稅，因而避免土地利得重複課稅，故而得自核定虧損中扣除為由；惟何以所得基本稅額條例仍規定，營利事業關於證券交易所得仍應計入營利事業之基本所得額，再依法課徵？營利事業免稅之土地交易所得何以分配予股東個人時，仍要再課一次股東個人綜合所得稅？是決定理由對同屬免稅所得之證券交易所得及土地交易所得，免自核定虧損額中減除之說明，顯然無法成立。另原處分認投資國外收益為「真正免稅」而與證券交易所得及土地交易所得「非真正免稅」不同，則當更不得於計算盈虧互抵時先為扣減以降低得為盈虧互抵之金額，蓋此係99年5月12日廢止前（下同）促進產業升級條例第70條之1之特別規定，自不得以普通法地位之所得稅法加以限制，否則即令普通法優先於特別法而適用，違反中央法規標準法之規定，益證原處分錯誤適用法令。
㈢訴願決定未具體說明土地交易所得及證券交易所得之「所得
性質」與「合於獎勵規定之免稅所得」不同處為何？「立法目的」不同處又為何？為何「合於獎勵規定之免稅所得」之課稅處理與財政部74年7月6日函釋及76年9月22日函釋分別就證券交易所得及土地交易所得之解釋邏輯不一致？亦未說明營利事業免稅之土地交易所得何以分配予股東個人時，要再課一次股東個人綜合所得稅？何以所得基本稅額條例規定，營利事業必須將證券交易所得併入營利事業之基本所得額計算課稅？顯然有違訴願法第89條規定訴願決定應記載理由之違法。
㈣「合於獎勵規定之免稅所得」要享受免徵所得稅之優惠，則
必須全年所得額高於免稅所得，惟上訴人97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第53欄「全年所得額（虧損）」為虧損1億3,928萬2,725元，故「合於獎勵規定之免稅所得」於該年度未獲實質免稅之優惠，當無被上訴人及財政部所謂造成取得「合於獎勵規定之免稅所得」年度得享免徵所得稅之優惠，若得再列為99年度虧損扣除金額，將有雙重獲益之情形。
㈤全年所得額係應稅所得及免稅所得之合計，而免稅所得既非
所得稅課徵對象，自始即應排除於所得計算之外。本件若將「合於獎勵規定之免稅所得」額自始排除於所得計算之外，則97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第53欄「全年所得額（虧損）」金額為負35億8,453萬3,305元，即為上訴人97年度之得扣抵虧損額（即第59欄金額），而得於以後年度全數扣抵。倘依被上訴人及財政部之見解，於列報本件第55欄「前10年核定虧損本年度扣除額」時，必須將上訴人投資國外關係企業取得投資收益免稅部分（即28億7,895萬9,861元，下稱「系爭免稅所得」）自上訴人97年度核定虧損中減除，即為7億557萬3,444元（3,584,533,305－2,878,959,861），方得列報於本件申報年度第55欄中，將造成系爭免稅所得之有無，影響可供盈虧互抵之金額不同，錯誤解釋稅法灼明。再者，依被上訴人及財政部之見解，將造成相同免稅所得，但在不同公司分別於虧損年度匯回該合於獎勵規定而免稅之外國投資收益免稅所得，或於獲利年度方匯回者，卻有不同稅負效果，亦實質違反平等原則，並違反租稅中立性。
㈥本院100年度判字第936號判決之見解並未否認計算「正確之
全年所得」時，係將應稅所得及免稅所得全數列入計算（即第53欄金額），但在計算課稅所得額時，必須將依法屬免稅之所得先行扣除後，才是所得稅法所規定之課稅所得，即國稅局核定納稅義務人應課稅之稅基（當金額為負時，自然就應稱為「核定虧損數」）（即第59欄金額），可見財政部顯然同意所得稅法第39條所稱之「核定虧損數」，事實上所指的即是結算申報書第59欄；且該判決之爭點為「在處理虧損年度倘有『投資收益』時，於計算『可用於依所得稅法第39條之規定抵減未來年度純益額之核定虧損數額』時，應否將該等收益納入計算該虧損年度營業虧損之問題」，而非本案爭點「免稅所得自申報虧損數扣除」。實則上訴人於計算97年度（即虧損年度）可用於依所得稅法第39條規定抵減未來年度純益額之核定虧損數額時，即已將97年度「投資收益」1億6,439萬4,754元認定為「經會計師查核減除不可扣除數」而排除於該虧損數額外，而以97年度之核定虧損額扣抵99年度之純益額時，並未將該筆投資收益計入扣抵之數額中，顯見訴願決定理由中引用之判決，其事實與本件完全不同。㈦縱原處分據以調減上訴人系爭虧損金額所適用之財政部80年
9月17日台財稅第000000000號函（下稱「80年9月17日函釋」）本身未違法，惟該函釋所涉事實（即「核定全年所得額，既未發生虧損」）與本件之事實（不論第53欄「全年所得額」金額為負1億3,928萬2,725元或第59欄「課稅所得額」金額為負35億8,453萬3,305元，均已發生虧損）亦不相同，被上訴人有不應適用法令而適用之錯誤。況財政部80年9月17日函釋之真意若是「免稅所得額大於核定全年所得額，該免稅所得即不得用以供盈虧互抵」，則顯以行政函釋變更法律規定之稅基，有違租稅法定主義。原處分及訴願決定認應先將系爭免稅所得自虧損年度之虧損額扣除，其餘額方得作為日後盈虧互抵之金額，形同將法律規定（即促進產業升級條例第70條之1第1項規定）之免稅所得，變更為應稅所得，實質變更法律之規定，顯屬違法之處分等語，並聲明：原處分、復查決定及訴願決定均撤銷。
三、被上訴人答辯略以：㈠所得稅法第39條所稱之「虧損」，依同法第24條第1項規定
，應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算，即係指營業之虧損。而「收入總額」應包括免稅收入及應稅收入在內。又促進產業升級條例第70條之1規定，在符合相關要件之投資國外關係企業取得投資收益之所得，免徵營利事業所得稅，故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上各期核定虧損數，即未包含上開投資國外關係企業取得投資收益免稅部分（即該投資收益免稅部分不計入課稅所得額以計算所得稅額），是核定通知書上所列課稅所得額之核定數，並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條但書規定時，不能徒以之前年度核定通知書所載核定結果為據，仍應考量該投資收益免稅部分之影響數，類此案例，有本院100年度判字第936號判決可參。是系爭免稅所得仍屬上訴人97年度之獲利，為正確計算其以往年度虧損，應將系爭免稅所得併入計算，以避免可扣除虧損金額有虛增之情事，始得正確適用所得稅法第39條之規定。
㈡依促進產業升級條例第70條之1規定，營運總部投資國外關
係企業取得之投資收益及處分利益，免徵營利事業所得稅，其目的係鞏固企業在臺之經營及海外（包含大陸地區）投資之資金回流，所訂定符合要件部分給予免徵營利事業所得稅，而不計入該年度課稅所得額計算之租稅優惠。是於營利事業所得稅之計算，投資國外關係企業之「投資收益及處分利益」如為所得，則不予計入課稅所得額；如係損失仍應自所得額中減除，並於適用所得稅法第39條規定之「盈虧互抵」時併入各該期核定虧損中。另土地及證券交易所得均屬財產交易所得之一種，因土地交易所得已課徵土地增值稅，為免重複課稅，乃於所得稅法第4條第1項第16款規定，個人及營利事業出售土地之交易所得，免納所得稅，如因土地交易而有損失，亦不計入所得額；證券交易所得自79年1月1日起停徵，故證券交易損失亦不得自所得額中減除。又公司組織之營利事業於適用所得稅法第39條規定之「盈虧互抵」時，各該虧損年度土地及證券交易所得雖免予先抵減各該期之核定虧損，惟其交易損失亦不得併入各該期核定虧損中，以達到衡平原則。足見，土地交易所得係依據所得稅法第4條第1項第16款免納所得稅，證券交易所得係依同法第4條之1停止課徵所得稅，而本件免稅所得係依促進產業升級條例第70條之1規定免徵營利事業所得稅，三者之法令依據均不相同，上訴人比附援引關於土地交易所得及證券交易所得等函釋，主張免自核定虧損額中減除，洵非可採。
㈢所得稅法第39條之規定，「以往年度虧損」原則上不得列入
本年度計算，惟對公司組織之營利事業，會計帳冊簿完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，予其以往年度虧損扣除之優待。上訴人系爭虧損調整金額，係源自97年度免徵營利事業所得稅之免稅所得，於計算其以往年度虧損，若未將系爭免稅所得併入計算，將造成該免稅所得除有於所得年度免除課徵所得稅之租稅優惠，如該年度為虧損，尚可藉由所得稅法第39條盈虧互抵之機制，將該優惠遞延至以後年度，造成同樣適用促進產業升級條例第70條之1規定之營利事業，因是否符合所得稅法第39條盈虧互抵規定之要件，而產生不同租稅優惠效果之不合理現象，難謂非雙重受惠。又投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益，如係損失，則自所得額中減除（合併所得額），於適用所得稅法第39條規定之「盈虧互抵」時，並併入各該期核定虧損中；而系爭免稅所得（因免徵營利事業所得稅，免計入課稅所得額），如未予併入該期核定虧損，將造成於適用所得稅法第39條「盈虧互抵」規定時，如有損失時，始併入各該期核定虧損；如有所得，則不予併入，有違租稅公平原則。
㈣參照司法院釋字第706號解釋理由書，上訴人97年度（收益
實現年度）取得投資國外關係企業之投資收益依權責基礎及所得稅法第24條規定，屬97年度營利事業所得額，是依促進產業升級條例第70條之1規定，係免徵97年度營利事業所得稅（有別於同條例第6條「自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額」之規定），自不得利用所得稅法第39條盈虧互抵之機制，將免稅所得之租稅優惠遞延至以後年度。上訴人主張既為「免稅所得」，自始「應排除所得計算之外」，當年度除免稅所得外之虧損，得全部於以後年度扣除，顯無法律依據，任意擴充前揭促進產業升級條例第70條之1之獎勵範圍，亦與所得稅法第39條「盈」「虧」互抵之規定有違。況依促進產業升級條例第70條之1規定，「投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益」如為損失，亦未如上訴人所稱「應得排除所得計算之外」之理。
㈤財政部80年9月17日函釋，乃財政部基於中央財稅主管機關
職權為闡明所得稅法第39條原意所為之釋示，其為闡明法規之原意，核與所得稅法第39條立法意旨相符，並未逾越法律規定，核與租稅法律主義無違。該函釋就營利事業合於獎勵投資條例規定之免稅所得因自全年所得額排除，致使課稅所得額之核定數為負數（減少）所為之釋示，其中課稅所得額非屬實際營業盈虧之部分，於適用所得稅法第39條第1項但書規定時，自不能以該年度之核定通知書所載之核定課稅所得額為據。上訴人將免稅所得自第53欄全年所得額（為虧損）排除，致虧損同額增加，其中系爭免稅所得既未發生虧損，應無所得稅法第39條規定之適用等語，並聲明：上訴人在第一審之訴駁回。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：㈠所得稅法第39條關於盈虧互抵規定之適用，既須以往年度有
營業之虧損為必要，其所稱之營業「虧損」，依同法第24條第1項前段規定，應以營利事業以往年度各期之全部損益（全部所得）判斷之，即依同法施行細則第31條規定之計算公式，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算，方符合該法條「有虧損才可以扣抵」之立法精神及課稅公平原則；所稱「該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損」係指稽徵機關核定之全年所得（虧損）額，且經財政部80年9月17日函釋有案。又上開函釋乃財政部本於稅捐主管機關職權就所得稅法第39條之適用所為釋示，並未牴觸該法條之立法本旨，所屬稽徵機關自得予援用。
㈡揆之促進產業升級條例第70條之1第1項第3款及同條例施行
細則第17條第1項後段立法意旨，係為鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局，對於在國內設立營運總部，其投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益而給予租稅優惠，惟該投資收益及處分利益仍屬於營利事業之收益，故於計算營利事業以往年度營業之虧或盈時，應將上開收益計入判斷，始符合「營業之虧損」之意義。是關於促進產業升級條例第70條之1第1項第3款規定之免徵營利事業所得稅所得，係於計算課稅所得額時，將該所得自全年所得額中減除，非謂該「免徵營利事業所得稅」之所得，自始即排除於所得計算之外，而以其餘虧損扣抵以後年度盈餘。此觀營利事業所得稅之核定通知書，「第53欄」全年所得額減除「第55欄」前10年核定虧損本年度扣除額等，為「第59欄」課稅所得額；其中「第55欄」前10年核定虧損本年度扣除額與「第53欄」全年所得額，性質皆為「經核定之所得額」（即收入減成本費用、損失），相減後，始得出課稅所得額，以符所得稅法第24條及第39條規定益明。故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上全年所得額，始屬營利事業當年度之實際盈（虧）數；至作為「第53欄」全年所得額減項之「第57欄」有關合於獎勵規定之免稅所得，僅係於計算課稅所得額時，將該所得自全年所得額中減除（惟於計算營利事業當年度實際所得盈虧時，其性質仍屬獲利面之所得，而非所得之減項）。故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上之課稅所得額，即未包含上開投資國外關係企業當期取得投資收益免稅部分，所列課稅所得額之核定數（虧或盈），並非實際營業上之盈虧，於適用所得稅法第39條第1項但書規定時，於營利事業之前年度有投資國外關係企業取得投資收益免稅部分，自不能徒以其之前年度之核定通知書所載之課稅所得額核定數為據，而應將該部分免稅收益併回其所得計算，始得正確反映營利事業之前年度之實際盈虧。
㈢上訴人99年度營利事業所得稅結算申報之「全年所得額」金
額為61億4,535萬487元，扣除「停徵之證券、期貨交易所得（損失）」金額為負8,322萬3,470元及「前10年核定虧損本年度扣除額」金額為29億7,725萬7,469元後，「課稅所得額」金額為32億5,131萬6,488元〔計算式：6,145,350,487－(-83,223,470)－2,977,257,469〕。其中列報前10年核定虧損本年度扣除額29億7,725萬7,469元（97年度虧損35億8,453萬3,305元－97年度投資收益1億6,439萬4,754元－98年度已扣除虧損4億4,288萬1,082元），經被上訴人依財政部80年9月17日函釋，計算上訴人97年度准予扣除之虧損扣除額金額為5億4,117萬8,690元（97年度核定虧損35億8,453萬3,305元－97年度投資收益1億6,439萬4,754元－企業營運總部免稅所得額28億7,895萬9,861元），減除98年度已扣除虧損4億4,288萬1,082元，核定前10年核定虧損本年度扣除額9,829萬7,608元(541,178,690元－442,881,082元)，揆之上開規定及說明，自無不合。
㈣依所得稅法第39條之立法意旨，所能盈虧互抵者，係指核定
之營業虧損，上訴人適用促進產業升級條例第70條之1獎勵規定之系爭免稅所得，既屬其97年度之收益，於計算上訴人97年度營業之盈虧數時，自應將該所得納入計算。又依所得稅法第4條第1項第16款、第4條之1及同法施行細則第8條之4規定可知，土地交易所得免納所得稅，如其交易有損失，亦不得扣除；證券交易所得停止課徵所得稅，其損失亦不得自所得額中減除，惟上訴人因投資國外關係企業取得之上開收益，依促進產業升級條例第70條之1規定免徵營利事業所得稅，且依營利事業所得稅查核準則第99條規定，其已實現之投資損失仍應予認列，足見系爭免稅所得，與免納所得稅之土地交易所得或停止課徵所得稅之證券交易所得，雖均屬營利事業所得稅全年所得額項下應減除之免稅所得，惟適用之法令依據、立法目的及稅捐優惠效果，並不相同，非屬同一事物本質，此對照企業營運總部免稅所得與土地交易所得、證券交易所得，在營利事業所得稅申報書及核定通知書所列載之項次及內容均有所不同〔分別為「第57項：合於獎勵規定之免稅所得」、「第99項：停徵之證券、期貨交易所得（損失）」、「第101項：免徵所得稅之出售土地增益（損失）」〕，益徵明瞭；財政部依所得稅法第4條第1項第16款、第4條之1及同法施行細則第8條之4之規定，認土地交易損益及證券交易損益均不列入所得課稅或列為損失減除，基於稽徵作業之便利，乃以76年9月22日函釋及74年7月6日函釋有關土地交易損益及停徵證券交易損益均不列入盈虧互抵範圍，與所得稅法第39條規定尚無牴觸。至上訴人系爭免稅所得於97年度是否獲實質免稅之優惠，與其之前年度虧損之計算無關，是上訴人主張其因97年度全年所得額為負1億3,928萬2,725元係屬虧損，致未享受系爭免稅所得免徵所得稅之租稅優惠云云，無足為其有利之認定。
㈤綜上，原處分適法有據，訴願決定遞予維持，亦無不合，乃判決駁回上訴人在第一審之訴。
五、上訴意旨略謂：㈠所得稅法第39條可供盈虧互抵之金額係指虧損年度核定通知
書上第59欄課稅所得額（虧損）之金額，此有財政部74年7月6日函釋、76年9月22日函釋可證，原審誤以為係同法第24條第1項，即核定通知書第53欄之全年所得額，邏輯顯有錯誤，判決違反租稅法律主義及論理法則，自屬違背法令。
㈡營利事業當年度申報所得稅計算「盈虧」之唯一標準，就是
依稅法規定，同為免稅所得，即不得認系爭免稅所得為「獲利面所得」。而證券交易所得及土地交易所得為「非獲利面所得」，依財政部74年7月6日函釋、76年9月22日函釋，免自核定之虧損扣除，惟同屬免稅之系爭免稅所得，卻須自核定之虧損額中扣除，原判決選擇性適用稅法規定，有違法律及公平課稅之憲法原則，判決違背法令。
㈢所得稅法第39條第1項「核定前10年之各期虧損」金額，該
各期虧損之金額係指結算申報書「第59欄課稅所得額」，若財政部80年9月17日函釋「甲電信公司75年度之核定全年所得額，既未發生虧損，應無所得稅法第39條規定之適用。」中「核定之所得額」係指結算申報書第53欄，則財政部以行政函釋實際變更營利事業所得稅規定之「稅基」，違反租稅法定之憲法原則，原判決未予指摘，顯然違法。
㈣租稅法定主義所涵攝者，不僅行政機關應依法課稅，亦包含
應依法免稅。系爭免稅所得為促進產業升級條例明文規定應予免稅待遇，自不得僅因行政機關一己之見而任意使依法享有之優惠無法獲得保障，致立法目的不達而有違租稅法定主義。原審未見及此，僅以土地交易所得及證券交易所得免稅之法律性質及立法目的與系爭免稅所得不同，即否定系爭免稅所得亦不應於計算盈虧互抵金額時扣除之主張，忘卻就法律性質及立法目的，系爭免稅所得更不得於計算盈虧時被扣除，方得實現租稅優惠之本旨。從而，上訴人97年度免稅所得於97年度未獲實質免稅之優惠，原判決有應適用促進產業升級條例第70條之1，以達成該條立法目的卻未適用之判決違背法律。
㈤依原判決見解，將造成相同免稅所得是否取得實質免稅優惠
，須視當年之全年所得為盈餘或虧損而有不同，違反租稅中立性、公平原則及促進產業升級條例第70條之1之立法意旨，益證原判決適用法令錯誤。又被上訴人應是誤將系爭免稅所得等同所得稅法第42條股利收入，而否准系爭免稅所得為盈虧互抵之扣除額，原判決未調查免稅所得與股利收入之法律規定與立法目的不同，已有違法。況所得稅法第42條之股利收入不得列為盈虧互抵之扣除額之見解，學者及實務均認為違反憲法公平課稅原則，原判決未加區辨，判決違法。
六、本院經核原判決並無違誤。茲就上訴理由再予補充論述如下：
㈠按行為時（下同）所得稅法第3條第1項、第2項規定：「（
第1項）凡在中華民國境內經營之營利事業，應依本法規定，課徵營利事業所得稅。（第2項）營利事業之總機構在中華民國境內者，應就其中華民國境內外全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅。……」第39條第1項規定：「以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。」可知，於中華民國境內經營之營利事業，應就其中華民國境內及境外之全部營利事業所得，合併課徵營利事業所得稅，且所得稅法原則上不許可營利事業將以往年度之虧損扣抵本年度之所得，惟鑑於虧損以年度為期限，計算營利事業之所得，常使變動性大之所得，負荷過重，為促進稅制之公平合理，乃採取外國法例中之後轉辦法，並為建立藍色申報制度，乃於前揭所得稅法第39條第1項但書規定「帳冊齊全，申報正確」者，容許以前10年度之虧損來扣抵當年度之純益額。是原判決以前揭所得稅法第39條第1項但書關於盈虧互抵規定之適用，既須以往年度有營業之虧損為必要，其所稱之營業「虧損」，依同法第24條第1項前段「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額」之規定，自應以營利事業以往年度各期依法應計入之全部實際損益（全部所得或虧損）綜合判斷之，即依同法施行細則第31條規定之計算公式，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐計算，方符合該法條「有虧損才可以扣抵」之立法精神及課稅公平原則；又其所稱「該管稽徵機關核定之前10年內各期虧損」，係指稽徵機關核定之全年所得（虧損）額，且經財政部80年9月17日函釋：「○○電信公司75年度之核定全年所得額，既未發生虧損，應無所得稅法第39條規定之適用。」有案，乃財政部本於稅捐主管機關職權就所得稅法第39條之適用所為釋示，並未牴觸該條之立法本旨，所屬稽徵機關自得予援用等情，核無違誤。上訴人主張所得稅法第39條可供盈虧互抵之金額，係指虧損年度核定通知書上第59欄課稅所得額（虧損）之金額，原審誤以為係同法第24條第1項，即核定通知書第53欄之全年所得額，邏輯顯有錯誤，判決違反租稅法律主義及論理法則，又財政部80年9月17日函釋之真意若是「免稅所得額大於核定所得額，該免稅所得即不得用以供盈虧互抵」，則顯係以行政函釋變更法律規定之稅基，有違租稅法定主義云云，乃其歧異之法律上見解，洵非可採。
㈡次按現行所得稅法之基本建制原則，基於「量能課稅」之目
的，原則上係將同一稅捐主體之全部所得均納入規範，並以「綜合計算」方式量化稅基，僅在立法政策另有考量時，始將特定種類之稅捐客體以免徵（納）、停徵或分離課稅等方式，排除於課稅範圍之外。而前揭所得稅法第39條第1項所規範之盈虧互抵，在現行法制下屬於對營利事業之優惠，使營利事業打破週期計算稅額之限制，得將其不同稅捐週期內之盈虧予以互抵，惟此一優惠自當以「所得稅法中加總計算之實際綜合所得」為前提，始能達其規範目的。又按「為鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局，在中華民國境內設立達一定規模且具重大經濟效益之營運總部，其下列所得，免徵營利事業所得稅：……三、投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益。」及「……所稱免徵營利事業所得稅，指在計算課稅所得額時，應將該項所得自全年所得額中減除之。」分別為促進產業升級條例第70條之1第1項第3款及同條例施行細則第17條第1項後段所明定。揆諸其立法意旨，係為鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局，對於在國內設立營運總部，其投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益所給予之租稅優惠，惟該投資收益及處分利益本質上仍屬於營利事業之收益，故於計算前揭所得稅法第39條第1項所稱營利事業以往年度「營業之虧損」時，自應將上開收益併入予以綜合計算營利事業之實際所得（或虧損），而非以排除適用租稅優惠所得後所計算之「課稅所得額」為準，始符合所得稅法之建制原則。是促進產業升級條例第70條之1第1項第3款所定「免徵營利事業所得稅」之所得，係於計算「課稅所得額」時，將該所得自「全年所得額」中減除，並非將該所得自始排除於綜合所得計算之外，而以其餘虧損扣抵以後年度盈餘。此觀營利事業所得稅之核定通知書，「第53欄」全年所得額減除「第55欄」前10年核定虧損本年度扣除額等，為「第59欄」課稅所得額；其中「第55欄」前10年核定虧損本年度扣除額與「第53欄」全年所得額，性質皆為「經核定之所得額」(即收入-成本費用、損失)，相減後，始得出課稅所得額，以符所得稅法第24條第1項及第39條第1項但書規定益明。故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上全年所得額，始屬營利事業當年度之實際盈（虧）數；至作為「第53欄」全年所得額減項之「第57欄」有關合於獎勵規定之免稅所得，僅係於計算課稅所得額時，將該所得自全年所得額中減除（惟於計算營利事業當年度實際所得盈虧時，其性質仍屬獲利面之所得，而非所得之減項）。故經稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書上之課稅所得額，即未包含上開投資國外關係企業當期取得投資收益及處分收益免稅部分，所列課稅所得額之核定數（虧或盈），並非實際上「營業之盈虧」，於適用所得稅法第39條第1項但書規定時，關於營利事業以往年度有投資國外關係企業取得投資收益及處分收益免稅部分，自不能徒以其以往年度核定通知書所載之課稅所得額核定數為據，而應將該租稅優惠部分免稅收益併入其所得綜合計算，始能正確反映營利事業以往年度之實際盈虧。
㈢原判決業已論明：上訴人99年度營利事業所得稅結算申報之
「全年所得額」金額為61億4,535萬487元，扣除「停徵之證券、期貨交易所得（損失）」金額為負8,322萬3,470元及「前10年核定虧損本年度扣除額」金額為29億7,725萬7,469元後，「課稅所得額」金額為32億5,131萬6,488元〔計算式：
6,145,350,487－(-83,223,470)－2,977,257,469〕，其中列報前10年核定虧損本年度扣除額29億7,725萬7,469元（97年度虧損35億8,453萬3,305元－97年度投資收益1億6,439萬4,754元－98年度已扣除虧損4億4,288萬1,082元），經被上訴人依財政部80年9月17日函釋，計算上訴人97年度准予扣除之虧損扣除額金額為5億4,117萬8,690元（97年度核定虧損35億8,453萬3,305元－97年度投資收益1億6,439萬4,754元－企業營運總部免稅所得額28億7,895萬9,861元），減除98年度已扣除虧損4億4,288萬1,082元，核定前10年核定虧損本年度扣除額9,829萬7,608元（541,178,690元－442,881,082元），於法自無不合，因將原處分予以維持，而駁回上訴人在第一審之訴等情，揆諸前揭規定及說明，核其認事用法，均無違誤。上訴人主張系爭免稅所得本非所得稅之課徵對象，應自始排除於所得計算之外，故上訴人97年度營利事業所得稅結算申報核定通知書第53欄「全年所得額（虧損）」金額為負35億8,453萬3,305元，該數額自得於以後年度全數申報扣抵，被上訴人誤用財政部80年9月17日函釋云云，殊無足採。
㈣上訴人雖主張證券交易所得及土地交易所得，依財政部74年
7月6日函釋及76年9月22日函釋，免自核定之虧損額中扣除，惟同屬免稅之系爭免稅所得，卻須自核定之虧損額中扣除，原判決選擇性適用稅法規定，有違法律及公平課稅之憲法原則云云。惟按，依所得稅法第4條第1項第16款、第4條之1及同法施行細則第8條之4規定可知，土地交易所得免納所得稅，如其交易有損失，亦不得扣除，惟另依土地稅法課徵土地增值稅，亦即土地交易所得係採取「分離課稅」之立法方式；而證券交易所得停止課徵所得稅，其損失亦不得自所得額中減除。惟上訴人因投資國外關係企業取得之系爭免稅所得，除可依促進產業升級條例第70條之1規定免徵營利事業所得稅，且依營利事業所得稅查核準則第99條規定，其已實現之投資損失仍應予認列，足見系爭免稅所得，與分離課稅之土地交易所得或停止課徵所得稅之證券交易所得，雖均屬營利事業所得稅全年所得額項下應減除之免稅所得，惟適用之法令依據、立法目的及稅捐優惠效果，均屬有別，自非屬同一事物本質，此對照企業營運總部免稅所得與土地交易所得、證券交易所得，在營利事業所得稅申報書及核定通知書所列載之項次及內容均有所不同〔分別為「第57項：合於獎勵規定之免稅所得」、「第99項：停徵之證券、期貨交易所得（損失）」、「第101項：免徵所得稅之出售土地增益（損失）」〕，益徵明瞭，故分離課稅之土地交易所得及雖免稅但交易損失亦不得減除之證券交易所得，自當排除於綜合所得計算之範圍外。財政部依所得稅法第4條第1項第16款、第4條之1及同法施行細則第8條之4之規定，認土地交易損益及證券交易損益均不列入所得課稅或列為損失減除，基於稽徵作業之便利，乃以76年9月22日函釋及74年7月6日函釋有關土地交易損益及停徵證券交易損益均不列入盈虧互抵範圍，與所得稅法第39條第1項規定尚無牴觸。是上訴人主張上情，並以原判決僅以土地交易所得及證券交易所得免稅之法律性質及立法目的與系爭免稅所得不同，即否定其系爭免稅所得不應於計算盈虧互抵金額時扣除之主張，忘卻就法律性質及立法目的，系爭免稅所得更不得於計算盈虧時被扣除，方得實現租稅優惠之本旨云云，殊難憑採。
㈤又上訴人系爭免稅所得於97年度是否獲實質免稅之優惠，與
其以往年度虧損之計算有別，是上訴人主張依原判決見解，將造成相同免稅所得是否取得實質免稅優惠，須視當年之全年所得為盈、虧而有異，違反租稅中立性、公平原則及促進產業升級條例第70條之1之立法意旨，其因97年度全年所得額為負1億3,928萬2,725元係屬虧損，致未享受系爭免稅所得免徵所得稅之租稅優惠，益徵原判決有應適用促進產業升級條例第70條之1，以達成該條立法目的卻未適用之判決違背法律云云，容有誤會，亦不足採。至上訴人主張被上訴人應係誤將系爭免稅所得等同所得稅法第42條股利收入，而否准系爭免稅所得為盈虧互抵之扣除額云云，則與事實不符，是上訴人據以指摘原判決未調查系爭免稅所得與股利收入之法律規定與立法目的不同，而有違法，並以所得稅法第42條之股利收入不得列為盈虧互抵之扣除額之見解，學者及實務均認為違反憲法公平課稅原則為由，而指摘原判決未加區辨而違背法令云云，均不足採。
㈥綜上所述，原判決所適用之法規與該案應適用之法規並無違
背，與解釋、判例亦無牴觸，並無所謂判決不適用法規或適用不當或判決理由不備與矛盾等違背法令之情形。上訴論旨，仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，並撤銷訴願決定、復查決定及原處分，為無理由，應予駁回。
七、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 106 年 11 月 9 日
最高行政法院第一庭
審判長法官 劉 鑫 楨
法官 胡 方 新法官 陳 秀 媖法官 程 怡 怡法官 張 國 勳以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 106 年 11 月 15 日
書記官 張 玉 純