最 高 行 政 法 院 判 決
107年度判字第269號上 訴 人 財政部臺北國稅局代 表 人 許慈美訴訟代理人 陳季季被 上訴 人 復盛應用科技股份有限公司代 表 人 李亮箴訴訟代理人 陳志愷 會計師上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國106年3月2日臺北高等行政法院105年度訴字第1022號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決廢棄。
被上訴人在第一審之訴駁回。
第一審及上訴審訴訟費用均由被上訴人負擔。
理 由
一、被上訴人100年度營利事業所得稅結算申報，列報各項耗竭及攤提新臺幣（下同）177,770,233元、前10年核定虧損本年度扣除額（下稱「虧損扣除額」）98,908,624元，經上訴人分別核定為11,326,522元及0元，應補稅額45,109,897元。被上訴人不服，申請復查未獲變更，遂提起訴願，經財政部105年5月4日台財法字第10513918490號（案號：第00000000號）決定訴願駁回，提起行政訴訟經原判決為「訴願決定、原處分（即復查決定）均撤銷」之判決。上訴人不服，提起本件上訴。
二、被上訴人起訴主張：
（一）有關商譽攤提數遭剔除，顯屬違法：1、我國企業併購法對於商譽攤銷係採「無限制承認類型」制度，而非「限制承認類型」。在行為時企業併購法僅於第42條中發現有不合交易常規之安排規避或減少納稅義務情形，報經賦稅主管機關（即財政部）核准後，方可進行調整。惟上訴人未執行此一法定程序，逕以其對適用法律位階較低之會計研究發展基金會（下稱會研會）101年2月9日（101）基秘字第24號函釋（下稱101年2月9日第24號函）之見解，認定本件合併交易係屬股權架構之調整，而剔除系爭商譽攤提數；係增加法律所無之限制，有違租稅法律主義及正當法律程序。2、縱本件採「限制承認類型」制度，惟上訴人未就本件所牽連之橡樹資本管理有限公司Oaktree Capita
l Management,LLC（下稱橡樹公司）加入後，原經營團隊對復盛股份有限公司（下稱新復盛公司）已不具「控制能力」之核心事實有所探究，致錯誤援引101年2月9日第24號函之帳面價值會計處理，亦有違誤。
（二）復盛股份有限公司（下稱舊復盛公司）因公司股東結構及董監事結構所產生之結構性變化而不再具有對復盛集團之控制能力：1、由荷商公司於2007年所制定公司章程第10.2條有關該公司任何董事會決議需經全體董事無異議之情況下方能通過之規範，以及其法人證明文件所顯示之4席董事中由原經營團隊與橡樹公司所派代表各占1席（另2席為外部董事）之情形，可明荷商公司指派代表擔任新復盛公司董事等經營決策之重大決議，需同時取得原經營團隊及橡樹公司之同意，以及橡樹公司具有能影響公司重大議決事項之權限致原經營團隊之影響力已受橡樹公司所牽制之事實。2、承前，原經營團隊於新復盛公司派任之董事與監察人均未能超過半數，當已不具對新復盛公司及被上訴人財務、營運及人事方針之控制力，致被上訴人之股東控制力於案關合併交易後發生實質改變。3、舊復盛公司於合併前，財務體質健全、營運狀態良好，因看好橡樹公司對於國際投資管理之長才故選擇其所提出之併購方案，與其共同投資設立荷商公司，以在台100％成立新復盛公司而執行對舊復盛公司之股權公開收購作業並進行現金合併交易。4、橡樹公司除能發揮對新復盛公司經營決策之影響力而制衡原經營團隊之經營權限外，如同持有多數股權之股東（majority shareholders）般擁有於未經舊復盛公司經營團隊同意下，能與第三人協議以相同價格出售其持股並行使股份之「強賣權」（Drag-along right）；使舊復盛公司經營團隊將被迫出賣其持股，達到整體控制力股權出售效果而有退出新復盛公司及被上訴人經營之虞。又參103年11月19日華爾街日報報導，橡樹公司已聘請投資銀行瑞士聯合銀行（UB SAG）協助其出售持股並企圖啟動此一「強賣權」，致使原經營團隊為避免面臨被迫出賣持股而需退出經營之困境，不得不聘請律師後續就橡樹公司出售持股程序召開協商會議以進行防禦，益證原經營團隊於與本件牽連之合併交易後已未具有對復盛集團控制能力之事實。5、綜上，與本件牽連之股權投資與合併架構，既非舊復盛公司之原經營團隊所提出，致其於該項併購交易後已喪失經營決策之主導性而不具有對新復盛公司及被上訴人控制能力之事實。舊復盛公司當無101年2月9日第24號函所謂「在經濟實質上並未消滅」之情事，而不適用相同控制下組織重組之帳面價值法會計處理。則本件商譽認定縱採「限制承認類型」制度，惟新復盛公司依財務會計準則公報第25號（下稱第25號公報）第2段之規定採購買法之會計處理，將其股權收購成本超過所取得各項可辨認淨資產公平價值之差額認列為商譽，於法仍屬有據。
（三）不論本件並無101年2月9日第24號函之適用，惟有關訴願決定理由未究明該函屬會計準則釋示見解改變，仍不影響本件合併商譽已依交易行為當時釋示見解下之會計準則所為會計處理之情形。若認本件被上訴人分割受讓之系爭商譽應受新復盛公司之合併商譽於97年度核定所為事實認定之影響，因該案目前仍在行政救濟繫屬中而尚未確定，則基於稅捐案件處理之一致性，實應停止本件之訴訟程序，待該案件確定後再為本件之判決。又依本院105年度判字第412號判決之意旨，就被上訴人99年度營利事業所得稅上訴案件所為廢棄原審判決之法律上判斷，本件合併收購成本具有商譽取得之客觀存在事實而應予以審認。
（四）新復盛公司依第25號公報第2段所規定「控制能力」取得應適用公平價值之購買法會計處理之規定，仍會有商譽產生之客觀存在事實：1、按企業併購之「公平價值法」（即購買法）會計處理，依第25號公報第2段之意旨，係適用於收購公司控制能力取得之情形，而收購公司是否為既有營運公司均在所不問，故倘被收購公司具控制力之原經營股東於收購公司未保有控制力，其經濟實質將形成不具控制能力之非聯屬公司關係，致被收購公司因該非聯屬之收購公司對其併購控制能力取得而消滅，收購公司當可將收購成本超過所取得被收購公司可辨認淨資產公平價值之差額認列商譽。2、至於所稱「控制能力」，依據財務會計準則公報第7號「合併財務報表」（下稱第7號公報）第16段之說明，非以持有超過半數有表決權股份為唯一準據，而仍應考量是否有權任免董事會超過半數之主要成員，或有權主導董事會超過半數之投票權，進而可操控公司之財務、營運及人事方針等情況以為判斷。3、舊復盛公司為一股票上市公司，其原經營股東持有該公司46.8％之股權，雖未超過半數，然因其他投資人難以凝聚超過該股權比例之表決權與之抗衡，故具有對舊復盛公司之控制能力。而在新投資方橡樹公司加入後，舊復盛公司之經營股東雖間接持有新復盛公司51.8％股權，惟其餘48.2％股權則全數由橡樹公司持有，且原經營股東超出橡樹公司之股權比例微小，不足以於新復盛公司之4席董事中多占有一席董事，致原經營股東已不再保有控制能力，故新復盛公司與舊復盛公司並不構成具有控制能力之「聯屬公司」關係，使舊復盛公司因非聯屬之新復盛公司對其併購控制能力之取得而消滅。4、姑不論上訴人所為之商譽調整，依本院105年度判字第412號判決之意旨，新復盛公司就其與舊復盛公司之非聯屬公司間併購交易而涉及控制能力之取得情形，依第25號公報第2段之規定，既應適用公平價值之購買法會計處理，當有收購成本分攤所產生可由被上訴人分割受讓之商譽而應予以審認之事實。
（五）新復盛公司97年度合併原復盛公司之收購成本26,889,227仟元，扣除各項已入帳之淨資產公平價值15,612,501仟元及未入帳之可辨認無形資產公平價值3,636,000仟元，產生7,640,726仟元之商譽。新復盛公司於99年11月1日將該商譽以其運動器材事業部門之現金產生單位使用價值之比例分割予被上訴人，並由被上訴人以發行股份為對價取得，金額計2,496,655仟元，故於系爭年度依企業併購法第35條規定之費用攤折數為166,443,711元（2,496,655仟元÷15年），依本院104年度判字第211號判決之法律上判斷，自應予認定。
（六）有關虧損扣除額遭剔除部分：被上訴人於系爭年度所申報之以前年度虧損扣除額，係源自於新復盛公司98年度申報之虧損數按企業併購法第38條第3項規定之股權分割比例及股東持股比例計算而得，而新復盛公司98年度之虧損，雖受該公司97年度合併所生商譽於98年度攤提數遭財政部臺北國稅局剔除之影響，惟法院仍應就所審理之本事件斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，依論理及經驗法則判斷新復盛公司合併舊復盛公司是否確有商譽產生進而影響申報虧損之事實，而不能逕援引該他案已作成之核課處分即為相同之認定等語，聲明求為判決：訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。
三、上訴人則以：
（一）本件僅為舊復盛公司移轉其全部資產及負債予該公司新設立之公司（即新復盛公司），形式上雖符合企業併購法第4條之收購行為，惟實質上僅屬股權結構之調整或重組，與企業併購法制定目的不符，應無行為時同法第35條攤銷商譽成本規定適用。又企業併購法未規範公司因併購而產生商譽之課稅方式，是有關其課稅方式理應依稅法相關規定辦理，主張應依企業併購法對於商譽攤銷係採「無限制承認類型」制度乙節，容有誤解。新復盛公司在財務會計處理上並無商譽產生情形，在稅務申報上自無攤計之可能，上訴人乃否准被上訴人商譽之認定。
（二）新復盛公司係舊復盛公司經營團隊與橡樹公司為取得舊復盛公司全部股權所成立之公司，新復盛公司無實質營運，於取得舊復盛公司全數股權後，再與其合併，以新復盛公司為存續公司，此種併購交易之行為態樣與101年2月9日第24號函之個案具有相同性，且於行為時財務會計處理上並無相同行為態樣之併購交易解釋函可援引適用。又經濟實質乃財務會計處理首要原則，亦為編製財務報表首等考量，而財務會計準則公報第1號公報之發布日期在新復盛公司97年度吸收合併舊復盛公司之前，新復盛公司自應以為遵循。另企業合併採購買法時，應依經濟實質個案判斷何方為收購者，會研會早在91年2月22日（91）基秘字第28號函及93年9月10日（93）基秘字第220號函有所解釋，顯見縱然採購買法之企業合併，於財務會計處理早非單以法律形式為斷，更應衡酌經濟實質。
（三）就舊復盛公司於併購前後之分析：1、就主要營業項目、經營管理階層、股東結構等部分，舊復盛公司經營團隊於併購前後仍對公司保有控制力，又新復盛公司於併購前無實質營運且無任何員工，依經濟實質觀之，該併購交易對舊復盛公司而言，只是重新調整股權架構，其自始未消滅，故本併購案之實質收購之存續公司應為舊復盛公司，而實質被收購之消滅公司為新復盛公司，其淨資產之會計處理，自非採用公平價值法。2、被上訴人主張橡樹公司實際參與及影響經營決策，僅係收購計劃案之往來資料內容及雙方併購決策做成前討論過程文件，與併購後橡樹公司是否實際參與經營或取得新復盛公司控制能力係屬二事。又契約中有關強賣權之約定，意在保障投資人，使投資人於一定條件下，得行使強賣權，於其將股份售予第3人時，併要求原股東一併出賣股份，亦難僅因契約中有強賣權之約定，即謂原經營股東持股縱超過50％對公司仍屬無控制能力。且經營者以追求公司利潤及永續發展為目標，然橡樹公司在最初契約中即約定上述售股機制，顯見橡樹公司原意即在出售股票獲利，而非參與新復盛公司之經營。
3、本件合併後舊復盛公司經營團隊間接持有新復盛公司
51.8％股權，另48.2％股權為橡樹公司持有，且原經營團隊所持有51.8％股份有獨立之投票權與處分權，合併後原經營團隊被留用，執行長將直接向董事會報告，並依董事會決議管理公司之事務，又新復盛公司董事監察人席次合計6席，董事4席中2席包括董事李後藤及董事李亮箴屬原經營團隊，監察人2席中為原經營團隊，另經理人係原經營團隊李亮箴擔任。是本件合併案，舊復盛公司經營團隊持有新復盛公司超過50％股權、仍占新復盛公司一半之董監事席次、董事長及執行管理階層之經理均由舊復盛公司之經營團隊續任、合併後新復盛公司之營運及業務經營方向等舊經營團隊仍保有主導之能力，而堪認舊復盛公司實質上並未消滅，新復盛公司非實質收購公司，取得舊復盛公司之可辨認資產與承擔之負債，其會計處理即無第25號公報購買法之適用，而應依其所吸收合併之舊復盛公司原財務報表帳列相關科目之帳面金額為入帳基礎。
（四）新復盛公司98年度營利事業所得稅結算申報，既經上訴人核定並無虧損，則系爭虧損扣除額係源自於新復盛公司該年度申報之虧損數之計算即失所附麗，上訴人否准認列，並無不合。至新復盛公司之商譽爭議，嗣後如該案之行政救濟結果，有變更原核定事項致影響本件被上訴人虧損扣除額之計算者，可再循更正程序辦理，並不影響其權益，主張停止本件行政訴訟程序進行乙節，核無足採。
（五）會研會與財政部所發布之解釋函令，應無稅捐稽徵法第1條之1第3項之適用：1、依財務會計準則公報第1號公報第18段之意旨，財務會計之目的為忠實表達財務報表，其商業會計事項之處理僅係依法據實記載，並無有利及不利人民之考量，與稅務會計依所得稅法規定計算課徵所得稅之目的並不相同，無法一體適用。2、會研會第24號函，係源自臺灣證券交易所股份有限公司發函詢問，所詢問之事例交易行為（先購後併）皆於96年度完成，經該會解釋該合併存續公司之會計處理，並無第25號公報之適用，顯見會研會亦肯認該函釋僅係進一步闡明第25號公報之原意及適用範圍，應自該號公報85年3月7日發布（94年12月22日及95年11月30日修訂）起有其適用。3、適用稅捐稽徵法第1條之1第3項的前提，必須是前後2個解釋函令不一致，後解釋函令變更已發布函令之法令見解，如不利於納稅義務人者，自發布日起或財政部指定之將來一定期日起，發生效力；而依會研會103年9月25日(103)基秘字第214號函，可知該會所發布之解釋函係個案闡明性質，且第24號函發布前並無發布相同事例之交易類型，自無法適用。
（六）縱本件不能援引101年2月9日第24號函，其適用行為時會研會第326號函結果，在財務會計上仍不會產生商譽之無形資產：1、按行為時第25號公報第2段規定之意旨及第4段有關「企業合併：係指一個公司取得一個以上公司之控制能力而合併為一個經濟個體」之定義規定，應視收購者為對被收購者取得控制之個體而定，故採用購買法時必須先辨認收購者。又依行為時第326號函解釋內容二之意旨，可知該函釋意旨亦係闡明企業併購之會計處理應以經濟實質決定何者為收購公司，若屬經濟實質收購公司本身產生之無形資產，則無法認列。2、查新復盛公司原名勇德公司，於96年5月8日設立，資本額1,000,000元，唯一股東為荷商公司，96年7月24日辦理增資21,875,482,460元，用以公開收購舊復盛公司股權（於96年8月31日簽訂合併契約，以97年1月1日為合併基準日，合併後於97年2月間即辦理更名為「復盛股份有限公司」，即新復盛公司）。而前開增資21,875,482,460元中約113億元係由舊復盛公司董事長李後藤君等33人（以下稱舊復盛公司經營團隊）透過輾轉於國外成立多層次母子孫公司方式匯款至荷商公司，用於收購舊復盛公司流通在外股份，並於97年1月1日吸收合併舊復盛公司。就其持股變化、員工人數、營業收入等部份以觀，顯見新復盛公司實質上為舊復盛公司之延續，故應視舊復盛公司並未消滅，即可認定舊復盛公司為本交易之實質收購者。3、本件併購後舊復盛公司經營股東仍間接持有被上訴人51.8％股權，另48.2％股權為橡樹公司持有，新復盛公司董事會雙方雖各占一半之席次，惟股東橡樹公司並未超過半數成員，新復盛公司復未提出其他足以證明舊復盛公司經營股東對其控制權確已實質移轉之證明資料，依第7號公報第16段及會研會第28號函及第220號函釋規定，本合併案形式被收購之舊復盛公司對新復盛公司仍具有控制能力，爰舊復盛公司應為經濟實質之收購公司，故不得將本身未入帳之商譽評估入帳。
（七）本件合併案僅為舊復盛公司移轉其全部資產及負債予新設立之公司（即新復盛公司），雖法律形式被收購之消滅公司為舊復盛公司，惟以經濟實質而言，舊復盛公司只是重新調整股權架構，實質收購公司為舊復盛公司，則新復盛公司應採帳面價值法，自不應將舊復盛公司本身未入帳之系爭商譽及商標權評估入帳，新復盛公司既然在財務會計上不會產生系爭無形資產，爰稅上自無計算攤折之可能，上訴人乃否准認列，惟無論組織調整或一般合併均屬市場合併樣態，上訴人並非以新復盛公司有企業併購法第42條第1項第1款及第2款不當規避稅負情形，進行稅務帳外調整，自無該法條所定，就其所得額及應納稅額調整報經賦稅主管機關（財政部）核准之適用等語，資為抗辯。
四、原審為上訴人敗訴之判決，係以：
（一）就101年2月9日第24號函適用，所衍生之相關爭議：1、101年2月9日第24號函釋乃依實質課稅原則，將來函所詢問事例解釋為公司併購不得認列為商譽之情形，限縮前揭財務會計準則公報第25號「企業合併－購買法之會計處理準則」第17段規定之適用範圍，對納稅義務人不利，惟會研會發布之財務會計準則公報及其解釋，依營利事業所得稅查核準則第2條第2項規定，既係商業會計與稅務行政之法源，則有關行政法的一般原理原則，包括信賴保護原則（行政程序法第8條參照）以及其所衍生之不利於人民之法規或行政解釋函不溯及既往原則（稅捐稽徵法第1條之1參照），對其亦有適用，故101年2月9日第24號函應自101年2月9日發布時起發生效力，於本件當無適用。2、當法規的構成要件事實與會研會之函所敘述之事實相當時，參酌營利事業所得稅查核準則第2條第2項之規定，應當優先適用者為法規，而非法位階較低之就財務會計準則公報所為之函釋。又以企業併購而言，公司如果藉由形式之安排收購其他公司之股權，使具有母子公司關係後，再予吸收合併，實質上被收購的公司並未消滅，原經營股東只是於重新調整股權架構後繼續對收購公司擁有控制能力者，其縱有商譽亦不會移轉至收購公司，該形式上存續之收購公司即應依其所吸收合併之公司原財務報表帳列相關科目之帳面金額為入帳基礎，則稽徵機關為正確計算該收購公司之所得額及應納稅額，自得報經賦稅主管機關核准後，依查得資料，調整其稅務申報；惟本件上訴人並未完成經財政部核准之程序（本件於訴願程序終結前並未補正），於法當屬無據。
（二）就25號公報企業合併（因購買法而衍生商譽）之爭議：1、本件情節是被收購公司（舊復盛公司）之經營團隊將被留用，而股東結構舊復盛公司經營團隊持有舊復盛公司股權46.8％，其餘53.2％為一般投資大眾持有；併購後舊復盛公司經營團隊間接持有新復盛公司股權51.8％，其餘48.2％為橡樹公司持有。足見舊復盛公司直接或間接持有新復盛公司有表決權之股份超過50％者，即對新復盛公司有控制能力，除非有證據顯示「舊復盛公司之持股未具有控制能力」；而此事實之證明，始足以呈現「本件舊復盛公司具控制力之原經營股東於橡樹公司加入後，對新復盛公司未保有控制力，而形成不具控制能力之非聯屬公司關係，則新復盛公司依第25號公報第2段所規定之控制能力，取得應適用公平價值之購買法會計處理之規定，則有商譽產生之可能」始得對被上訴人為有利之認定。2、就此商譽之提列為稅捐減項，舉證責任應歸於被上訴人，而被上訴人之舉證到程度為何，依第7號公報第16段之意旨，被上訴人對於「依法令或契約約定，無法操控公司之財務、營運及人事方針」、「無權任免董事會超過半數之主要成員」、「無權主導董事會超過半數之投票權」等部分，倘經舉證證明者，就足以認定舊復盛公司之持股亦無控制能力。（1）按強賣權，係買方強制他人一起賣的權利，這樣約定的用意，是買方（橡樹公司）不會因為部分股東（原舊復盛公司之持股者）不肯出售股權，而無法或難以將自己的股份賣出，因為有些買家只想100％收購，不想買進一家無法或難以控制或操縱之公司，故橡樹公司若行使強賣權，舊復盛公司原經營團隊即無「操控新復盛公司之財務、營運及人事方針」可言。又參103年11月19日華爾街日報，橡樹公司已聘請投資銀行瑞士聯合銀行（UBSAG）協助其出售持股並企圖啟動此一「強賣權」，致舊復盛公司原經營團隊聘請律師後續就橡樹公司出售持股程序召開協商會議以進行防禦，足見此一客觀事實（依契約約定，無法操控新復盛公司）是存在的。（2）荷商公司（新復盛公司之100％持股者）於2007年所制定公司章程第10.2條有關該公司任何董事會決議需經全體董事無異議之情況下方能通過。這樣的背景下，呈現之結果是其法人證明文件所顯示之4席董事中，由舊復盛公司原經營團隊與橡樹公司所派代表各占1席（另2席為外部董事）之情形；故荷商公司指派代表擔任新復盛公司董事等經營決策之重大決議，需同時取得「舊復盛公司原經營團隊」及「橡樹公司」之同意，原經營團隊已無權任免新復盛公司董事會超過半數之成員，或主導該董事會超過半數投票權之情形。故舊復盛公司原經營團隊於新復盛公司派任之董事與監察人均未能超過半數，這也是此一客觀存在的事實。足見「舊復盛公司原經營團隊」及「橡樹公司」雖均具有影響新復盛公司議決之可能，而卻又彼此牽制；但證據上已足以顯示舊復盛公司原經營團隊「無權任免新復盛公司董事會超過半數之主要成員」、「無權主導新復盛公司董事會超過半數之投票權」之事實。（3）綜上，本件舊復盛公司具控制力之原經營股東於橡樹公司加入後，對新復盛公司未保有控制力，而形成不具控制能力之非聯屬公司關係；參酌新復盛公司依第25號公報第2段所規定控制能力之判準，應得適用公平價值之購買法會計處理之規定，則有系爭商譽產生可能，足堪認定，原處分（即復查決定）有所違誤，訴願決定遞予維持，亦屬未洽，被上訴人聲明求為判決「訴願決定、原處分（即復查決定）均撤銷」，為有理由等詞，為其判斷之基礎。
五、上訴意旨略謂：
（一）依企業併購法第1條之意旨，係為便利企業藉併購行為進行產業調整與企業轉型，並可藉此取得技術、市○○○○道或品牌，以發揮企業經營效率，惟本件僅為舊復盛公司移轉其全部資產及負債予該公司新設立之公司（即新復盛公司），形式上雖符合企業併購法第4條之收購行為，惟實質上僅屬股權結構之調整或重組，與企業併購法制定目的不符。又本件所爭執者，實係新復盛公司形式上雖為吸收合併舊復盛公司，經濟實質上僅係股東結構之調整，既非認定收購成本、合併價值或商譽計算有何非常規交易之安排，亦非認定股權之收購相關主體間有何名不符實或虛偽安排，並無涉及不同主體之調整情事，非企業併購法第42條第1項規範之範疇，則原判決顯有與事實不符、理由矛盾、不當適用行為時企業併購法第42條之違法。
（二）依公司法第129條、第172條、第179條第1項、第192條、第199條、第369條之2等規定，核與財務會計準則公報第7號「合併財務報表」第16段關於控制能力規定法理相同。
本件舊復盛公司經營經營股東於合併後持有新復盛公司有表決權之股份51.8％，較橡樹公司48.2％高且超過半數，舊復盛公司對新復盛公司董事人員及人數顯然擁有決定權，並可操控新復盛公司財務、營運及人事方針，堪認原經營股東對新復盛公司具有控制能力。又新復盛公司董事4席中2席為原經營團隊，經理人亦為原經營團隊擔任，顯見舊復盛公司之經營股東於合併後仍對新復盛公司具有控制能力。另觀新復盛公司以荷商公司於2007年所制定公司章程第10.2條之規定，該章程受拘束者為荷商公司本身，故持有股權之多寡即具備主導權。且縱使橡樹公司行使強賣權，原經營股東亦可選擇優先承購，尚無橡樹公司行使強賣權，即足以致使原經營團隊喪失持股情事，是難僅因契約中有強賣權之規定，即謂原經營股東持股超過50％對公司仍屬無控制能力。惟原判決認定舊復盛公司並無控制能力，顯有與事實不符、理由矛盾、不當解釋法令及適用法令不當之違法。
（三）依本院96年度判字第1369號判決之意旨，所得稅法第43條之1「報經財政部核准」之程序規定，目的在透過上級機關之程序介入，促使行政機關能做成內容正確之決定，故「報經財政部核准」之程序欠缺時，若於復查程序中已獲得補正，因於本條規定之目的無礙，且可避免程序之浪費，其補正應屬合法。退步言，本件縱有企業併購法第42條第1項第2款規定之適用，業已於重核復查程序中依法報經財政部核准，其程序自無欠缺，則原判決顯有理由矛盾、不當適用行為時企業併購法第42條第1項第2款之違法。
（四）新復盛公司97年度營利事業所得稅行政訴訟案，業經原審法院105年度訴字第937號判決為不利於被上訴人之判決；本件分割受讓之系爭商譽，應以新復盛公司之合併商譽於97年度營利事業所得稅案件核定所為事實認定影響，作為系爭商譽是否存在之依據。另虧損扣除額98,908,624元部分，係源自於新復盛公司98年度申報之虧損數案股權分割比例計算而得，該申報案件遭上訴人剔除與本件源自同一原因事實之商譽攤提數而核定無虧損在案，惟新復盛公司98年度營利事業所得稅行政訴訟，尚於原審法院審理中而尚未確定，本件應有行政訴訟法第177條裁定停止訴訟之必要等語。
六、本院按：
（一）「本法用詞定義如下：一、公司：指依公司法設立之股份有限公司。二、併購：指公司之合併、收購及分割。三、合併：指依本法或其他法律規定參與之公司全部消滅，由新成立之公司概括承受消滅公司之全部權利義務；或參與之其中一公司存續，由存續公司概括承受消滅公司之全部權利義務，並以存續或新設公司之股份、或其他公司之股份、現金或其他財產作為對價之行為。四、收購：指公司依本法、公司法、證券交易法、金融機構合併法或金融控股公司法規定取得他公司之股份、營業或財產，並以股份、現金或其他財產作為對價之行為。五、股份轉換：指公司經股東會決議，讓與全部已發行股份予他公司作為對價，以繳足公司股東承購他公司所發行之新股或發起設立所需之股款之行為。六、分割：指公司依本法或其他法律規定將其得獨立營運之一部或全部之營業讓與既存或新設之他公司，作為既存公司或新設公司發行新股予該公司或該公司股東對價之行為。七、母、子公司：直接或間接持有他公司已發行有表決權之股份總數或資本總額超過半數之公司，為母公司；被持有者，為子公司。八、外國公司：指以營利為目的，依照外國法律組織登記之公司。」「公司進行併購而產生之商譽，得於15年內平均攤銷。」「公司與其子公司相互間、公司或其子公司與國內、外其他個人、營利事業或教育、文化、公益、慈善機關或團體相互間有下列情形之一者，稽徵機關為正確計算相關納稅義務人之所得額及應納稅額，得報經賦稅主管機關核准，按交易常規或依查得資料予以調整：一、有關收入、成本、費用及損益之攤計，有以不合交易常規之安排，規避或減少納稅義務者。二、有藉由股權之收購、財產之轉移或其他虛偽之安排，不當為他人或自己規避或減少納稅義務者。」行為時企業併購法第4條、第35條、第42條第1項分別定有明文。又行為時營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第2條第1項、第2項規定：「營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、……本準則及有關法令規定未符者，應於申報書內自行調整之。」查核準則第96條第3款規定：「各項耗竭及攤折：……三、無形資產應以出價取得者為限，其計算攤折之標準如下：㈠營業權為10年。㈡著作權為15年。㈢商標權、專利權及其他特許權為取得後法定享有之年數。㈣商譽最低為5年。」財務會計準則公報第7號（下稱第7號公報）第16段規定：「（第1項）投資公司直接或間接持有被投資公司有表決權之股份超過50％者，即對被投資公司有控制能力，但有證據顯示其持股未具有控制能力者，不在此限。（第2項）投資公司直接或間接持有被投資公司有表決權之股份雖未超過50％，但若有下列情況之一者，仍視為對被投資公司有控制能力：(1)與其他投資人約定下，具超過半數之有表決權股份之能力。(2)依法令或約約定，可操控公司之財務、營運及人事方針。(3)有權任免董事會（或約當組織）超過半數之主要成員，且公司之控制操控於該董事會（或約當組織）。(4)有權主導董事會（或約當組織）超過半數之投票權，且公司之控制操控於該董事會（或約當組織）。(5)其他具有控制能力者。
」
（二）按「行為時（民國104年7月8日修正公布前，下同）企業併購法第42條第1項第2款係規範如有藉股權收購，財產移轉或其他虛偽安排，不當規避或減少納稅義務之情形，發生形式所得人與實質所得人之歧異，涉及所得主體之調整，故為本款規定調整時，乃為茲慎重，特別明定須為『報經賦稅主管機關核准』之程序。本件設題，依經濟觀察法，利用股權移轉而為併購之一連串法律形式的安排，合併後存續之新A公司僅為舊A公司股東結構之轉換，舊A公司實質上未消滅，並無併購之經濟實質，舊A公司內部產生之商譽不得認列為資產，新A公司應依舊A公司之資產負債按原有帳面金額衡量，當無商譽攤銷之問題。故新A公司並無行為時企業併購法第35條規定併購商譽攤銷而認列費用之適用。因並未發生商譽的法律上歸屬名義人與經濟上實質享有人歧異而須為所得主體之調整，稽徵機關依實質課稅原則（司法院釋字第420號解釋、稅捐稽徵法第12條之1第2項規定參照；106年12月28日施行之納稅者權利保護法第7條規定亦同此旨），剔除新A公司之攤銷，係本於防杜租稅規避之結果，並非行為時企業併購法第42條第1項第2款規範之範疇，自無須『報經賦稅主管機關核准』程序之適用。」本院107年3月份第1次庭長法官聯席會議著有決議。按上開決議認須報經賦稅主管機關核准者，以兩個課稅主體間有股權之收購或財產之移轉而有實質合併為前提，若僅藉由形式之安排收購其他公司之股權，實質上被收購的公司並沒有消滅，原經營股東僅於重新調整股權架構後繼續對收購公司擁有控制能力者，其縱有商譽自不生商譽攤銷之問題，亦不生形式所得人與實質所得人歧異而涉及所得主體之調整問題，自無行為時企業併購法第42條第1項第2款「報經賦稅主管機關核准」規定之適用。
原判決認本件涉及兩個課稅主體間商譽攤銷之調整問題，而有行為時企業併購法第42條第1項第2款規定之適用，揆之上開本院決議及說明，即有違誤。上訴意旨主張本件僅為舊復盛公司移轉其全部資產及負債予新復盛公司，形式上雖符合企業併購法第4條之收購行為，惟實質上僅屬股權結構之調整或重組，與企業併購法制定目的不符，新復盛公司形式上雖為吸收合併舊復盛公司，經濟實質上僅係股東結構之調整，既非認定收購成本、合併價值或商譽計算有何非常規交易之安排，亦非認定股權之收購相關主體間有何名不符實或虛偽安排，並無涉及不同主體之調整情事，非企業併購法第42條第1項規範之範疇等語，尚非無據。上訴意旨主張原判決顯有理由矛盾、不當適用行為時企業併購法第42條第1項第2款之違法等語，自屬有據。
（三）被上訴人主張舊復盛公司之原經營股東並無權任免董事會超過半數成員，而對被上訴人不具有控制能力，本件應有第7號公報第16段第1項但書「但有證據顯示其持股未具有控制能力者，不在此限。」規定之適用云云。惟此實係對於第7號公報第16段第1項及第2項規定之誤解，該公報第16段第1項前段已明定：「投資公司直接或間接持有被投資公司有表決權之股份超過50％者，即對被投資公司有控制能力。」縱原經營股東並無權任免被上訴人董事會超過半數成員，亦非所問；被上訴人若欲推翻上開推定，自應提出足夠之證據以證明之，被上訴人雖提出新復盛公司以荷商公司於2007年所制定公司章程第10.2條之規定，惟該章程受拘束者為荷商公司本身，且縱使橡樹公司行使強賣權，原經營股東亦可選擇優先承購，尚無橡樹公司行使強賣權，即足以致使原經營團隊喪失持股情事，是難僅因契約中有強賣權之規定，即謂原經營股東持股超過50％對公司仍屬無控制能力，故持有股權之多寡即具備主導權。至於被上訴人所提97年至100年董事會議事錄，僅能證明橡樹公司之股東在會議中之發言及意見，受到相當之重視而未被忽略而已，此與橡樹公司對於被上訴人是否具有控制能力係屬兩事，被上訴人將其混為一談，亦非可取。上訴意旨主張原判決認定舊復盛公司並無控制能力，顯有與事實不符、理由矛盾、不當解釋法令及適用法令不當之違法等語，亦非無據。
（四）關於新復盛公司97年度營利事業所得稅行政訴訟事件，業經原審法院105年度訴字第937號為不利於被上訴人之判決，並經本院107年度判字第245號判決駁回上訴確定；又關於新復盛公司98年度營利事業所得稅行政訴訟事件，業經原審法院105年度訴字第936號為不利於被上訴人之判決，並經本院107年度判字第247號判決駁回上訴確定，是本件已無裁定停止訴訟程序之必要，併予敘明。
（五）綜上所述，原判決既有如上之違誤，上訴意旨指摘原判決違背法令，為有理由，應由本院本於原審確定之事實，將原判決廢棄，並駁回被上訴人在第一審之訴。
七、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 5 月 10 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 林 茂 權
法官 劉 介 中法官 林 文 舟法官 帥 嘉 寶法官 林 樹 埔以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 107 年 5 月 10 日
書記官 伍 榮 陞