最 高 行 政 法 院 判 決
107年度判字第342號上 訴 人 經唐實業股份有限公司代 表 人 劉圳田訴訟代理人 陳鴻飛 律師被 上訴 人 財政部中區國稅局代 表 人 蔡碧珍上列當事人間退還稅款事件，上訴人對於中華民國106年9月14日臺中高等行政法院105年度訴更四字第11號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文上訴駁回。
上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、上訴人於民國82年12月9日辦竣公司設立登記，經營不動產投資興建及租售業，其申報之留抵營業稅額，累積至89年9月止為新臺幣（下同）69,502,204元，嗣上訴人經經濟部以91年5月7日經（091）商字第09101706530號函命令解散，復以91年8月27日經商字第09102184830號函予以廢止公司登記，其後經被上訴人調整上訴人截至92年10月底止之累積留抵稅額為53,205,614元，又因臺灣臺中地方法院民事執行處（下稱臺中地院）強制執行拍賣上訴人之存貨及固定資產，經依其拍定價額730,440,000元，核定應補繳營業稅34,782,857元，上訴人申請將其留抵稅額扣抵上開應補繳營業稅34,782,857元及營利事業所得稅29,967元暨地方稅（地價稅與房屋稅）欠稅款345,087元，結存累積留抵稅額18,047,703元。上訴人隨於97年12月16日向被上訴人所屬臺中分局申請退還留抵營業稅額，而依被上訴人函示於98年1月22日向臺中市政府申辦營利事業歇業登記，並據臺中市政府以98年1月23日府經商字第0980601408號函予以核准在案。然被上訴人所屬臺中分局經審核上訴人上開退還留抵營業稅額申請案件結果，以上訴人無法提供86年至89年度憑證及齊全帳證資料為由，以99年12月28日中區國稅中市三字第0990058809號函（下稱原處分）否准所請。上訴人循經訴願程序未獲變更，提起行政訴訟，前經原審法院100年度訴字第201號判決駁回，惟經本院以101年度判字第895號判決予以廢棄發回；原審法院再以101年度訴更一字第44號更為判決「撤銷原處分及訴願決定，命被告（即被上訴人，下同）另為適法處分」之判決，仍經本院以102年度判字第642號判決廢棄發回。復經原審法院以102年度訴更二字第22號判決「訴願決定及原處分均撤銷；被告就原告（即上訴人，下同）申請退還累積留抵稅額案件，應作成准予發還17,252,903元之處分；原告其餘之訴駁回」之判決。上訴人及被上訴人均不服，分別提起上訴，經本院以104年度判字第357號判決廢棄發回。上訴人於原審法院更審104年12月23日言詞辯論時減縮回復為最初之聲明「被告應依原告申請，作成發還原告18,047,703元處分」，並經原審法院更審准許其聲明之減縮與變更，嗣原審法院以104年度訴更三字第18號為「訴願決定及原處分逾794,800元部分均撤銷；被告就原告申請退還累積留抵稅額案件，應作成准予發還17,252,903元之處分；原告其餘之訴駁回」之判決（下稱原審更三判決）。被上訴人不服，提起上訴，經本院以105年度判字第307號判決（下稱本院第4次廢棄判決）將原審更三判決關於不利於被上訴人部分廢棄發回。嗣經原判決駁回上訴人之訴，遂提起本件上訴。
二、上訴人起訴主張：（一）被上訴人負有將留抵稅額返還上訴人之義務：1、上訴人於86至89年間均依加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）第35條規定，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額，均經主管稽徵機關認可而累積可扣抵稅額，被上訴人既仍持有上訴人當年之查核報告書，即不能謂無憑證可查明。2、被上訴人於100年3月已表明上訴人截至92年10月底止累積留抵稅額為53,205,614元，並認定上訴人90年、91年經臺中地院拍賣存貨及固定資產730,440,000元，補徵營業稅34,782,857元、抵徵營利事業所得稅29,967元及地方稅345,087元後，累積留抵稅額結存18,047,703元，且上訴人已經解散，被上訴人依營業稅法第39條規定，即負有將留抵稅額返還上訴人之義務。上開結存留抵稅額乃被上訴人將靖晟營造股份有限公司（下稱靖晟公司）及勛晟股份有限公司（下稱勛晟公司）銷貨退回部分之稅額扣除後之數額，被上訴人不得重複扣除。3、營業稅法之留抵稅額本質上並非溢繳之營業稅，而是因為營業稅法第39條第2項規定而不予發還，因此人民依營業稅法第39條第1項請求發還留抵稅款，本質上為人民財產，稅捐機關應即時發還，不應怠惰遲延或以任何理由塘塞，本件應有稅捐稽徵法第28條第2項之適用。（二）上訴人已於88、89年依規定申報營業稅，並檢附經會計師簽證之退抵稅款、其他有關文件據以申報銷售額、應納或溢付營業稅額與統一發票明細表等，被上訴人亦查核後才通知上訴人領回。又參證人劉竹筠前於100年11月3日原審法院行準備程序時之證述可知，營業稅已於88、89年至遲於91年度就勾稽查核無誤。另依營業稅法第42條之1第1項規定，主管稽徵機關收到營業稅申報書後，應於第35條規定申報期限屆滿之次日起6個月內，核定其銷售額、應納或溢付營業稅額。從而，上訴人之88、89年度營業稅早已經確定，被上訴人無權亦無從要求重新查核認定營業稅。（三）本件留抵稅額之部分，上訴人已盡舉證責任：1、依營業稅法第39條第1項第1至3款之規定，主管稽徵機關應查明營業人申報溢付稅額有無適用零稅率之貨物或勞務、所取得之資產是否屬於固定資產性質、有無合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記之事實等而後退還，並非將以前已經確定之營業稅再重新查核。又於公司因合併、轉讓、解散或廢止而向主管稽徵機關申請營業註銷登記之情況，依證人劉竹筠之證述內容，主管稽徵機關查核無誤，無待申請即應主動退稅。另上訴人與勛晟公司並非關係企業，上訴人無法取得相關發票憑證及資料；被上訴人既然能取得勛晟公司開立發票金額多寡，故應由被上訴人舉證。2、參酌本院101年度判字第895號判決發回意旨，可知應退稅額之多寡由上訴人舉證，被上訴人有查明之義務，特別是退稅金額之事實。是本件留抵稅額18,047,703元為訴訟時兩造所不爭執，上訴人已盡舉證責任。（四）營業稅每2個月申報一次，稅捐稽徵機關於申報時即已經作成退稅或溢付稅款之決定，若申報營業人應納營業稅，就直接繳納稅款，如溢付稅款就作為留抵稅款，此觀營業稅法第35條、第15條規定即明。至於銷售人即使未能取得全部貨款，亦應繳納營業稅。上訴人未曾有漏開發票、或跳開發票，此為被上訴人所肯認，可見上訴人並未逃漏營業稅。（五）上訴人未拒絕提供協力義務：1、被上訴人於103年8月28日準備程序略稱：該33張發票資料係靖晟、勛晟公司89年3、4月申報營業稅時提出，其銷貨退回對象為上訴人，上訴人即應申報銷貨退回及折讓，但上訴人未申報此部分云云，上訴人遂要求被上訴人提供上訴人各期申報營業稅留抵稅額之餘額，即便被上訴人不願意提供，此不得認為上訴人拒絕提供協力義務。2、依統一發票使用辦法第20條第2項之規定，銷貨退回證明聯是由買受人開立，不是由銷貨人開立，實務上運作亦是如此；同條第1項第1款更明定開立統一發票之銷售額已申報者，應取得買受人出具之銷貨退回、進貨退出或折讓證明單，則上訴人自已出具銷貨退回、進貨退出或折讓證明單，出賣人才能申報扣減銷項稅額，上訴人亦扣減進項稅額。
3、本院101年度判字第895號判決中具體指出：⑴進項稅額表徵之憑證，是由虛設行號或非實際交易對象開立者，或⑵對已開立進項憑證之前手，沒有繳納銷項稅額之情形。本件自起訴至今日已歷經5年，至今被上訴人未曾提出：⑴進項稅額表徵之憑證，是由虛設行號或非實際交易對象開立者，或⑵對已開立進項憑證之前手，沒有繳納銷項稅額之情形。又被上訴人空言上訴人應盡協力義務，業經本院101年度判字第895號判決駁斥。且於101年度訴更一字第44號102年1月30日準備程序自認：「被上訴人沒有發現上訴人有漏開發票或跳開發票、漏銷的問題，但強烈懷疑有虛進的問題。」等語，被上訴人並無具體事證足以證明有虛增進項「憑證」。
（六）上訴人早已停止營業，為被上訴人所知悉與主張，亦為上訴人所不否認，因上訴人之資產已經遭拍賣，僅餘退稅完成即可終結，因此於申請退還留抵稅款，僅能依被上訴人提供文件與數額，甚至程序亦須依被上訴人要求，否則難以進行，此由營利事業所得稅29,967元、及地方稅（地價稅與房屋稅）345,087元自累積留抵稅額中扣抵一節即可得知，依營業稅法第39條累積留抵稅額僅可供留抵營業稅，不得扣抵營利事業所得稅與地方稅。惟被上訴人卻要求自累積留抵稅額扣抵營利事業所得稅29,967元、及地方稅（地價稅與房屋稅）345,087元。再者，依上訴人計算並舉證之留抵稅額應為34,344,293元（按：69,502,204－34,782,857－29,967－345,087＝34,344,293），但上訴人非不得僅一部請求或減縮請求金額，僅請求返還18,047,703元。（七）被上訴人所稱關於靖晟公司或勛晟公司之「銷貨退回」情事、折讓等情事，均為臨訟杜撰：1、依統一發票使用辦法第20條規定，銷貨退回必須由買受人即上訴人出具「銷貨退回、進貨退出或折讓證明單」，而上訴人不曾出具被上訴人所稱關於靖晟公司或勛晟公司之「銷貨退回、進貨退出或折讓證明單」，被上訴人亦不曾舉證證明。再就上述兩公司是否辦理過被上訴人所稱之「銷貨退回」，經查詢該兩公司後，該兩公司表示早於上訴人公司結束營業，未辦理過被上訴人所稱之「銷貨退回」情事。因此被上訴人所稱關於靖晟公司或勛晟公司之「銷貨退回」情事，為被上訴人所捏造之事實。2、106年2月14日被上訴人提出補充答辯狀之附件一上載第四欄上訴人於95年12月尚有18,047,703元之留抵稅額。此為被上訴人就上訴人營業稅查詢資料之明細，第4、5、6欄上載減少金額即為營利事業所得稅（11,400＋18,567＝29,967）與地方稅（345,087），除此之外別無其他應納之營業稅或其他稅負。被上訴人亦自認：「移撥資料，原告92年10月留抵稅額53,205,614元，經減除90年、91年經臺中地院拍賣存貨及固定資產之補徵營業稅34,782,857元、抵徵營利事業所得稅29,967元及地方稅345,087元後，原告95年12月累積留抵稅額結存為18,047,703元。」被上訴人所謂折讓乃虛構，臨訟杜撰。（八）營業稅法第39條中並無所謂「關係人」交易不得退還留抵稅款之規定：1、勛晟公司與靖晟公司於88年、89年或之前與上訴人交易（工程施作）時，若有依法申報與繳納，則上訴人即合乎營業稅法第39條關於留抵稅額之規定。即使上訴人積欠勛晟公司或靖晟公司或其他公司工程款或貨款，亦不能改變該營業稅為買受人繳納之事實與法律規定（營業稅法第15條第3項參照），至於貨款催討則為民事訴訟之問題，與退稅無關。2、勛晟公司與靖晟公司亦並非上訴人股東，不論其代表人是何人，倘若有依法申報並繳納營業稅，被上訴人即有退還稅款之義務，惟被上訴人自起訴至本件更四審，均以非稅務、非稅法、非法律概念混淆營業稅法第39條規定拒絕退還留抵稅額，實難以想像國家稅捐機關之可信賴性。（九）證人朱國安對於靖晟公司是否有辦理銷貨折讓退回，表示不知情，其只是人頭而已。又證人佟振孝表示系爭工程施工一直到88、89年還有在做，並參酌其證述之意旨，被上訴人擅自減扣上訴人之留抵稅額，卻空言指訴外人靖晟公司、勛晟公司辦理銷貨退回。另證人佟振孝於89年中離開時業已完成結構體玻璃帷幕已經完成2、30樓、機電已經進貨、電梯、風管、洗窗機等都已經進來在現場（參證人供述全篇意旨）。其他非關證人親身見聞而屬證人臆測之詞無法作為證據。然而被上訴人所指靖晟公司、勛晟公司辦理銷貨退回之資料已經銷毀，當庭表示會補充銷毀之證據，迄今亦未曾見，事實上辦理銷貨退回之權利人為上訴人，亦僅有上訴人可以辦理，由證人之證述可見靖晟公司、勛晟公司未曾有辦理銷貨退回之情事，當然就無法提供申辦之證據與銷毀之證據等語，聲明求為判決：原處分及訴願決定除確定部分外均撤銷；被上訴人就上訴人申請退還累積留抵稅額案件，應作成准予發還17,252,903元之處分（按：上訴人原主張18,047,703元，扣除原審法院104年度訴更三字第18號判決駁回而上訴人未上訴確定之金額794,800元後，為17,252,903元）。
三、被上訴人則以：（一）營業稅法第39條第1項第3款規定之所謂「查明營業人留抵稅額正確數額」係實質審查：1、在「課稅公平原則」下，原則上稽徵機關應對每一營業人從事符合課稅構成要件之行為，作一調查、舉證行政行為，即應盡「核實查明義務」。2、營業稅法第39條第1項第3款即明文要求稽徵機關負有「查明」義務，此「查明」義務，係要求稽徵機關履行原應履行之「核實查明」（實質審查義務），以達「課稅公平原則」之目的。又同一條文內賦予營業人「申請退稅之權利」，同時課予稽徵機關「實質審查義務」，此舉無異為營業人「申請退稅權利之限制」，惟囿於課稅資料存於營業人管領力所及範圍，稽徵機關履行實質審查義務時，營業人有其應盡之協力義務（保存憑證義務、配合調查提供義務等），倘營業人不願配合盡其協力義務，則營業人此舉將成為行使退稅權利之限制，始可避免弊端產生及達到課稅公平原則之目的。3、倘若如上訴人所稱：留抵稅額「與公司帳冊毫無關連」、「並無被上訴人所指需提供帳冊，再重為查核之餘地」之論述合理，此舉無疑將各種會計憑證保存義務之規定形同具文，且無「重為查核之餘地」，最後將導致稅制及財政之全面崩壞。（二）「留抵稅額」是否為未結會計事項，分述如下：1、營業人於註銷登記後申請退還留抵稅額時，稽徵機關依營業稅法第39條規定，需查明營業人留抵之溢付稅額數額始得退還，且囿於課稅資料存於營業人管領力所及範圍，營業人具協力義務，是主管稽徵機關為查明營業人留抵稅額之正確數額，得依稅捐稽徵法第30條規定，課以上訴人協力義務提供相關帳冊資料。2、上訴人就其退稅請求權之成立，繫諸進項稅額得否合法扣抵銷項稅額，及是否合法作為留抵稅額之事實認定，為其權利發生之要件事實，上訴人應負有舉證之責。又依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法（下稱帳簿憑證辦法）第26條及第27條規定，上訴人申請退還溢付之營業稅額，自屬會計未結事項，相關之帳簿及憑證自應妥善完整保存以供查核。3、上訴人88年及89年所涉交易，屬尚未完工之在建工程部分交易，為未結會計事項，依商業會計法第38條但書規定，自無保存會計憑證5年或會計帳簿等10年之問題，是上訴人提出本件申請時，自有提出相關會計帳簿供被上訴人查核之協力義務。又營業稅之課稅，有關銷售額計算基礎之銷項收入，依行政訴訟法第136條規定，固應由稅捐稽徵機關負舉證責任，惟營業稅進項稅額，因在計算營業人實際應納稅額時，列為計算之減項，屬於權利發生後之消滅事由，則有關營業稅進項稅額存在之事實，不論從證據掌控或利益歸屬之觀點，均應由主張扣抵之申報扣抵營業人（即本件上訴人）負擔舉證責任。（三）被上訴人並非無窮盡要求上訴人應盡其協力義務，只是針對下列上游廠商之進項憑證予以釐清，實質審查進項稅額是否有跳開發票、虛報進項、違反常規交易或稅捐規避等情形：1、上訴人於92年10月底留抵稅額53,205,614元，係基於進項稅額大於銷項稅額扣減後所產生，而累積留抵稅額大多產生於88及89年度，主要進貨廠商靖晟公司與勛晟公司、業豐營造有限公司及靖銓工程顧問有限公司（下稱靖銓公司）等4家公司，又靖晟公司、勛晟公司及靖銓公司等3家公司之代表人為上訴人直接或間接股東，該等4家公司2年內開立予上訴人之發票金額高達1,007,869,483元，稅額高達50,393,474元。其稅籍狀態分別為停業、廢止或撤銷登記，且88、89年度公司相互間交易金額占全年開立發票金額比率有高達99％之情形，故所開立進、銷項憑證是否確實，實有查核之必要。2、靖晟公司與勛晟公司於88年至89年間分別為上訴人第一及第二大進項來源營業人，共占上訴人申報進貨及費用額之比例為88年89％，89年98％。而靖晟公司於88年至89年間雖繳納營業稅額12,984,750元，於90年3至4月卻申報銷貨退回及折讓銷售額240,185,354元，稅額12,009,270元，且當期退稅額11,735,342元；勛晟公司於88至89年間雖繳納營業稅額4,428,879元，於90年3月至4月卻申報銷貨退回及折讓銷售額84,598,781元，稅額4,229,939元，且當期退稅額1,986,903元。上訴人並未申報相對應之進貨退出及折讓，以致其進項稅額未相對折減16,239,209元（12,009,270元＋4,229,939元），致虛增進項稅額情事，上訴人報繳營業稅及累積留抵稅額確有不實。3、上訴人之上游廠商勛晟公司88、89年度營利事業所得稅結算申報書之資產負債表列報存貨金額分別為35,197,995元及0元，89年度營利事業所得稅結算申報書僅列報營業收入19,037,089元、全年所得額虧損4,754,158元等情形，以88年底存貨35,197,995元及89年間進貨18,420,731元，合計53,618,726元，倘勛晟公司將存貨均全部銷往上訴人，89年銷貨金額為100,494,782元，進項稅額達4,785,466元，以近成本價2倍之價格銷貨給上訴人，顯有違一般經驗常規價格；再者，上訴人當時主要建物為現今亞緻飯店（「ONE」）大樓，其原由上訴人興建之未完工程，嗣經世華國際租賃股份有限公司得標後重新發包與麗明營造股份有限公司繼續完成大樓工程（45層辦公大樓），並於93年底取得使用執照，依臺中市政府建造執照及使用執照所載，工程造價為479,684,785元，又該工程營建迄89年間因財務問題而停工，是時除結構體外，所有管線均未安裝，外牆帷幕安裝至15樓左右；然勛晟公司係87年12月18日設立，主要營業項目為「管道工程、冷凍、通風、空調系統裝修工程」，即俗稱「風管」，應於大樓主體結構完成後始進入施工，依上揭監造人之說明，該大樓工程既然管道均未安裝，則上訴人取得之進貨憑證是否確為其所必要之進貨，為何於88、89年度開立統一發票金額合計136,411,355元予上訴人，用途為何？勛晟公司之88、89年度進項發票金額已達工程造價三分之一強，亟待上訴人提出合理說明及具體事證來佐證。4、按臺中市政府建造執照勘驗紀錄，迄88年12月1日即無上訴人工程進度之後續記載，資料顯示已停工，90年3月5日亦經被上訴人發現擅自歇業他遷不明，然而，為何88年12月以後仍陸續增加留抵稅額，依88年12月累積留抵稅額47,818,359元，至92年10月累積留抵稅額53,205,614元，增加5,387,255元留抵稅額，為何已停工還要陸續進貨，是否為虛增進項即存有疑義。5、被上訴人所屬臺中分局函請上訴人提示相關帳冊及憑證等資料供核，因上訴人無法提供完整資料供核，以致無法查明累積留抵稅額正確數。又89年1月1日記載借：進項稅額（以往年度進項稅額調整）15,648,411元，貸：「股東往來」15,648,411元，亦即不明原因逕行調增「進項稅額」金額，涉有虛增進項稅額，導致虛增累積留抵稅額15,648,411元之情事；89年8月30日「股東往來」餘額119,372,975元，逕轉列為「其他負債」122,290,624元，導致「股東往來」異常餘額為負2,917,649元，乃為降低「股東往來」巨額之異常情事。再查88及89年度日記帳及總分類帳，未記載對靖晟公司及勛晟公司之進貨退出及折讓銷售額324,784,135元，因帳冊資料攸關系爭留抵稅額正確性，是上訴人有帳簿記載不詳實及迴避查核之情事。6、上訴人於99年6月30日具文主張截至95年12月31日尚有累積留抵稅額34,719,347元，申請轉正為34,719,347元，被上訴人所屬臺中分局以99年8月17日中區國稅中市三字第0990021122號函請提供相關據以轉正累積留抵稅額之帳簿憑證資料，上訴人旋於99年8月19日具文撤回該申請案，涉有迴避查核之情事。嗣上訴人又空言主張是被上訴人自行調整為53,205,614元，不得再重複扣除其累積留抵稅額等語。惟其差額16,296,590元攸關上訴人留抵稅額事實認定，囿於課稅資料存於營業人管領力所及範圍，營業人自應盡協力義務以利查核。7、嗣經靖晟公司及勛晟公司所轄被上訴人所屬民權稽徵所再行查證，靖晟公司於90年3月至4月退稅額11,735,342元，已於90年6月5日抵繳89年5月至6月、7月至8月、11月至12月、90年1月至2月之營業稅、滯納金、滯納利息各7,486,735元、3,916,239元、160,006元、172,362元，合計11,735,342元（含抵繳營業稅9,859,709元、滯納金1,463,209元、滯納利息412,424元）；勛晟公司於90年3月至4月退稅額1,986,903元，已於90年6月5日抵繳89年7月至8月、9月至10月、11月至12月之營業稅、滯納金、滯納利息各1,950,585元、8,386元、27,932元，合計1,986,903元（含抵繳營業稅1,677,240元、滯納金249,139元、滯納利息60,524元）。8、被上訴人認為上訴人「有虛進發票並無實際交易存在事實」，惟囿於該證據存於上訴人管領力所及範圍，上訴人雖曾提示日記帳、分類帳及存貨帳，然而並未提出相關傳票、簽收單、契約、資金流程等憑證供核，只有「帳簿金額數字」並無法得知進貨來源及交易狀況，上訴人不願盡其協力義務，應有行政訴訟法135條第1項規定，認為被上訴人於該證據之主張為真實。（四）稅法上不當得利返還請求權之金額，乃稅捐義務人已繳納之金額，與依法律上發生稅捐債務關係之請求權所應給付金額間之差額，在公法上並無金錢債務應由債務人加計利息之一般法律原則存在，因此必須法律有明文規定，始得加計利息。又依營業稅法第39條規定，溢付營業稅留抵稅額原則上應留供抵繳將來發生之營業稅，並不得退還，僅具特殊情形始可查明後發還，故而稽徵機關持有留抵稅額係有法律上依據，並非無法律上原因，其退還之原因事實基礎，明顯與稅捐稽徵法第28條第2項規定之情形迥異，亦無從類推適用，否則即與租稅法律主義有違（本院92年度判字第1661號、93年度判字第1308號判決、95年度裁字第1640號裁定、100年度判字第1340號判決、98年3月份第1次庭長法官聯席會議決議意旨參照）。（五）本院第4次廢棄判決理由之說明：1、上訴人漏未申報靖晟公司及勛晟公司90年3至4月之進貨退出及折讓之營業稅額16,239,209元（12,009,270元＋4,229,939元）部分：（1）靖晟公司於88年至89年間雖繳納營業稅額12,984,750元，於90年3月至4月卻申報銷貨退回及折讓銷售額240,185,354元，稅額12,009,270元，且當期退稅額11,735,342元；勛晟公司於88至89年間雖繳納營業稅額4,428,879元，於90年3月至4月卻申報銷貨退回及折讓銷售額84,598,781元，稅額4,229,939元，且當期退稅額1,986,903元。又上訴人自89年9月至10月即無申報銷售額、應納或溢付稅額等資料，靖晟公司及勛晟公司於90年3月至4月所申報銷貨退回及折讓銷售額324,784,135元，稅額16,239,209元，退稅額13,722,245元，上訴人未申報相對應之進貨退出及折讓，導致進項金額未相對折減，致有虛增進項稅額之情事。（2）依靖晟公司及勛晟公司營利事業所得稅課稅資料歸戶清單，細項資料顯示該二公司確於90年3月至4月當期申報銷貨退回，且銷貨退回之對象均為上訴人，其中屬靖晟公司銷貨退回資料，計有發票89年3-4月11張、5-6月11張及7-8月11張，合計33張，金額240,185,354元，稅額12,009,270元；屬勛晟公司銷貨退回資料，計有發票89年3-4月7張、5-6月4張及7-8月7張，合計18張，金額84,598,781元，稅額4,229,939元。銷貨人應取得由買受人出具之銷貨退回、進貨退出或折讓證明單，始得申報扣減進項稅額，惟上訴人未申報相對應之進貨退出及折讓，以致其進項稅額未相對折減16,239,209元（12,009,270元＋4,229,939元），致虛增進項稅額情事。2、上訴人訴稱其營業稅留抵稅額，被上訴人已就其未申報之進貨退出及折讓調減留抵稅額16,296,590元（69,502,204元－53,205,614元）部分：
（1）上訴人於99年6月30日具文主張截至95年12月31日，尚有累積留抵稅額34,719,347元，申請轉正為34,719,347元。
依本件累積留抵稅額彙整表及營利事業所得稅申報累積留抵稅額資料，88年度申報47,818,359元；89年度申報69,502,204元；90年至92年度未申報；93年至95年度均申報34,719,347元；96年改申報18,422,757元，經核89年至93年間差額34,782,857元（69,502,204元－34,719,347元）；95年至96年間差額16,296,590元（34,719,347元－18,422,757元），該等差異金額大且不明原因。又按臺中市政府建造執照勘驗紀錄，迄88年12月1日即無上訴人工程進度之後續記載，資料顯示已停工，90年3月5日亦經被上訴人發現擅自歇業他遷不明，然而，為何88年12月以後仍陸續增加留抵稅額，依88年12月累積留抵稅額47,818,359元，至92年10月累積留抵稅額53,205,614元，增加5,387,255元留抵稅額，為何已停工還要陸續進貨，是否為虛增進項即存有疑義。被上訴人所屬臺中分局乃以99年8月17日中區國稅中市三字第0990021122號函請提供相關據以轉正累積留抵稅額之帳簿憑證資料，上訴人旋於99年8月19日具文撤回該申請案，有迴避查核之情事。（2）嗣上訴人又主張是被上訴人自行調整為53,205,614元，不得再重複扣除其累積留抵稅額等語，實無所據。惟前揭差額34,782,857元及16,296,590元，攸關上訴人留抵稅額事實認定，且其中差額16,296,590元，依本院第4次廢棄判決意旨，上訴人應盡協力義務以利查核。惟上訴人迄未提示完整內容之相關帳簿憑證。被上訴人所屬臺中分局否准其退還溢付營業稅之申請，洵無不合。3、有關差額16,296,590元（69,502,204元－53,205,614元）部分：（1）上訴人91年度以前之營業稅資料，原屬臺中市政府地方稅務局（原臺中市稅捐稽徵處，下稱地方稅務局）受理及保管，於92年起營業稅改由被上訴人自徵，依留抵稅額資料線上查詢作業畫面，地方稅務局92年10月轉入被上訴人資料，上訴人留抵稅額為53,205,614元，並非上訴人所主張89年8月自行申報留抵稅額69,502,204元，經被上訴人逕行將累積留抵稅額由69,502,204元調整為53,205,614元，致產生差額16,296,590元（69,502,204元－53,205,614元）。（2）被上訴人所屬臺中分局是依地方稅務局移撥資料，上訴人92年10月留抵稅額53,205,614元，經減除90年、91年經臺中地院拍賣存貨及固定資產之補徵營業稅34,782,857元、抵徵營利事業所得稅29,967元及地方稅345,087元後，上訴人95年12月累積留抵稅額結存為18,047,703元（53,205,614元－34,782,857元－29,967元－345,087元）。（3）嗣查靖晟公司及勛晟公司於90年3月至4月所申報銷貨退回及折讓銷售額324,784,135元，稅額16,239,209元，，惟上訴人未依統一發票使用辦法第20條之規定申報相對應之進貨退出及折讓，以致其進項稅額未相對折減，有虛增進項稅額之情事。（4）依本件累積留抵稅額彙整表及上訴人營利事業所得稅申報之各年度12月31日資產負債表所載留抵稅額資料，88年度申報47,818,359元；於88年921地震後工程無法施工，89年度卻申報69,502,204元；90年至92年度未申報；93年至95年度均申報34,719,347元；96年又改申報為18,422,757元，惟88年至89年間差額21,683,845元（69,502,204元－47,818,359元）；89年至93年間差額34,782,857元（69,502,204元－34,719,347元）；95年至96年間差額16,296,590元（34,719,347元－18,422,757元）原因不明，又上訴人於99年6月30日具文主張截至95年12月31日尚有累積留抵稅額34,719,347元，申請轉正為34,719,347元，經被上訴人所屬臺中分局函請提供相關據以轉正累積留抵稅額之帳簿憑證資料，上訴人旋於99年8月19日具文撤回該申請案，有迴避查核之情事。（六）本件依上訴人之進貨廠商靖晟公司之登記負責人朱國安於原審法院106年5月16日準備程序庭證稱其是人頭負責人；勛晟公司之登記負責人佟振孝於原審法院106年6月20日準備程序庭證詞略以，「其只是人頭……原告業主是葉臣楝，靖晟公司及勛晟公司之實際負責人是葉俶宜，他們是兄弟，這個案子有向銀行做聯貸，如前說明，實際上開立發票與真正進貨、銷貨是不相等的，有時為了要向銀行辦貸款、撥款，就先開立發票給原告，實際工地沒有進那麼多的貨，舉例說明，本來開立10億元的發票，實際真正進貨可能5億元、8億元」等語，依上開證人證詞，足證上訴人涉有取得不實統一發票，虛增進項稅額之情事，導致虛增累積留抵稅額等語，資為抗辯。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：（一）本件上訴人於原審之訴訟標的原為請求退還留抵稅額18,047,703元，其計算基礎為：92年10月之累積留抵稅額53,205,614元－
90、91年拍賣存貨、固定資產營業稅34,782,857元－營利事業所得稅29,967元－地方稅（房屋稅及地價稅）345,087元＝18,047,703元。經原審更三判決，駁回其中794,800元，另17,252,903元予以撤銷，上訴人對此並未上訴，而被上訴人雖上訴，然此對被上訴人並非不利，故被上訴人之上訴僅為17,252,903元不利之部分，並未包含794,800元有利之部分，故794,800元已屬確定，而原判決更為審理之範圍僅為上訴人請求退還留抵稅額17,252,903元部分。（二）本件關於營業稅留抵稅額調整數16,296,590元（69,502,204元－53,205,614元），是否包括靖晟公司及勛晟公司90年3月至4月之進貨退出及折讓之營業稅額16,239,209元之部分：1、上訴人主張因其營業稅申報僅至89年8月份，累積留抵稅額為69,502,204元，嗣向被上訴人查詢累積之留抵稅額為何，經被上訴人查詢結果為：截至92年10月之累積留抵稅額為53,205,614元，減除90、91年拍賣存貨、固定資產營業稅34,782,857元、營利事業所得稅29,967元、地方稅345,087元，淨額18,047,703元。上訴人遂於97年12月16日向被上訴人請求退還18,047,703元之留抵稅額。上訴人與被上訴人各自主張之差額為16,296,590元（69,502,204－53,205,614＝16,296,590）。2、被上訴人僅提供「留抵稅額資料線上查詢作業」、上訴人申報書查詢作業，仍未說明上訴人之申報書89年8月底之留抵稅額69,502,204元與被上訴人之「留抵稅額資料線上查詢作業」92年10月之留抵稅額53,205,614元差異16,296,590元之原因。又「留抵稅額資料線上查詢作業」之資料，係由臺中市稅捐稽徵處（現已改制為臺中市政府地方稅務局）轉檔給被上訴人（91年開始營業稅由國稅局辦理），只有被上訴人才會清楚其內部之資料為何會與上訴人之申報書不一致，舉證責任在被上訴人，上訴人無法了解被上訴人內部資料之變動，故依舉證責任分配之原則，法院可依其它佐證資料予以合理推論後，若有不利益應由被上訴人承受。
3、依統一發票使用辦法第20條之規定，上訴人90年5月時已無營業狀態，亦未申報「進貨退出或折讓」，上訴人亦主張未出具退出及折讓證明單給靖晟公司與勛晟公司，被上訴人如何同意靖晟公司與勛晟公司辦理銷貨退回及折讓，雖有疑慮，然依被上訴人所提出之銷貨退回之電子明細，以及證人劉竹筠之供詞證稱進項、銷項都要建檔，且電腦檔都要永久保存，足以推論被上訴人於90年5月時有辦理靖晟公司與勛晟公司銷貨退回及折讓情事，並自行據以調整扣減上訴人之留抵稅額16,239,209元，將上訴人之營業稅留抵稅額由原來（89年8月止）之69,502,204元，自行調整為53,205,614元（至92年10月止），故營業稅留抵稅額調整數16,296,590元，已包含靖晟公司與勛晟公司銷貨退回及折讓之稅額16,239,209元，應屬符合論理法則與經驗法則，且與原審法院102年度訴更二字第22號判決所為認定一致。4、有關上訴人漏未申報靖晟公司及勛晟公司90年3月至4月之進貨退出及折讓之營業稅額16,239,209元（12,009,270元＋4,229,939元）乙節，亦經靖晟公司及勛晟公司所轄被上訴人所屬民權稽徵所再行查證，靖晟公司於90年3月至4月退稅額11,735,342元，已於90年6月5日抵繳89年5月至6月、7月至8月、11月至12月、90年1月至2月之營業稅、滯納金、滯納利息各7,486,735元、3,916,239元、160,006元、172,362元，合計11,735,342元（含抵繳營業稅9,859,709元、滯納金1,463,209元、滯納利息412,424元）；勛晟公司於90年3月至4月退稅額1,986,903元，已於90年6月5日抵繳89年7月至8月、9月至10月、11月至12月之營業稅、滯納金、滯納利息各1,950,585元、8,386元、27,932元，合計1,986,903元（含抵繳營業稅1,677,240元、滯納金249,139元、滯納利息60,524元）。（三）上訴人營業稅申報僅申報至89年8月，以後並未申報營業稅，故靖晟公司與勛晟公司於90年5月辦理銷貨退回及折讓時，上訴人未予以相對應申報進貨退出及折讓，更不可能在88及89年帳冊即記載90年3月發生之進貨退出及折讓之交易，乃屬當然之結果；且依被上訴人所提供之營業稅留抵稅額調整數明細，被上訴人已將上訴人申報留抵數69,502,204元調整為53,205,614元，而其中已扣除靖晟公司與勛晟公司之銷貨退回及折讓之稅額16,239,209元，詳如前述，故本院第4次廢棄判決對於此部分之質疑可能係對營業稅申報程序及交易事實入帳之誤解。（四）上訴人進貨時貸記「股東往來」達11億元，無法查明進貨交易之真實性，且89年1月1日記載借：進項稅額（以往年度進項稅額調整）15,648,411元，貸：「股東往來」15,648,411元，亦即不明原因逕行調增「進項稅額」金額，涉有虛增進項稅額，導致虛增累積留抵稅額15,648,411元之情事部分：1、上訴人之主要進貨廠商為靖晟公司及勛晟公司，靖晟公司之負責人為朱國安，勛晟公司之負責人為佟振孝，靖晟公司主要承包土木、結構體工程，而勛晟公司則承包機電工程，然該2人均為掛名負責人，實際負責人為葉俶宜，而葉俶宜為上訴人總經理葉臣棟之弟，佟振孝實際負責上訴人的機電工程，兩造對此亦未否認或爭執。依財務會計準則公報第6號「關係人交易之揭露」第2點對於關係人之定義，其第7小點，指出「公司之董事長、總經理之二親等以內親屬」，通常為企業之關係人，但能證明不具有控制能力或重大影響力者，不在此限。故在無反證情形下，上訴人與靖晟公司與勛晟公司應屬財務會計上之關係人。2、本件係屬營業稅退還稅款案件，在營業稅法上並無關係人交易之相關規定，亦即並非關係人交易即屬非常規交易，應視其交易之實質而論。參酌勛晟公司名義負責人佟振孝於106年6月20日準備程序筆錄中之證稱，上訴人與靖晟公司、勛晟公司間應有承攬工程之事實，但為了向銀行取得貸款，有虛列工程細項與金額而虛開發票之情形。3、從上訴人帳載紀錄進貨時，借：進貨及進項稅額，貸：股東往來，（其〔股東往來〕科目金額高達11億元以上），89年1月1日記載借：進項稅額（以往年度進項稅額調整）15,648,411元，貸：「股東往來」15,648,411元；又將89年8月30日「股東往來」餘額119,372,975元，逕轉列為「其他負債」122,290,624元，導致「股東往來」異常餘額為負2,917,649元，上述異常交易，需要「進貨明細帳」、「施工日報表」由被上訴人審查認定真實交易為何。惟上訴人僅能提供日記帳、總分類帳、存貨帳以供查核，而核其內容未載明進貨明細品名、交易對象、單價、數量等資料，進、銷項金額僅記載總金額，以致無法勾稽查核上訴人所取得進項是否有交易事實及實際付款。4、營業稅法第39條第1項第3款規定，所謂「查明營業人留抵稅額正確數額」係指實質審查，且同一法文內賦予營業人「申請退稅之權利」，同時課予稽徵機關「實質審查義務」，此乃為營業人「申請退稅權利之限制」，此觀法文「應由主管稽徵機關查明後退還之」自明；惟囿於課稅資料存於營業人管領力所及範圍，稽徵機關履行實質審查義務時，營業人有其應盡之協力義務（如保存憑證義務、配合調查提供義務等），故依本院105年度判字第307號判決之意旨，已指明上訴人有提出應存之相關帳簿憑證（例如：日記簿、總分類帳、明細分類帳、在建工程明細帳、施工日報表、其他必要之補助帳簿、契約書、進貨單、收據、簽收單、匯款紀綠等），方足以正確計算其銷售額及所得額，並供稽徵機關查核，此始可避免弊端產生及達到課稅公平原則之目的。5、上訴人依營業稅法第39條規定申請退還溢付稅額，係屬租稅免除或減輕事實，應由上訴人負舉證責任。本件上訴人申請退還17,252,903元留抵稅額，因存在上訴人有虛列進貨項目或金額之情形已如前述，有待上訴人舉有利證據證明推翻，然上訴人並無足夠資料區分真實與虛列進貨金額與項目，此不利益應由上訴人負擔。又依帳簿憑證辦法第26條及第27條等規定，上訴人申請退還溢付之營業稅額，自屬會計未結事項，相關之帳簿及憑證自應妥善完整保存以供查核。是稅捐稽徵機關事後審查進項、銷項憑證是否合法有據，或數據計算是否正確等，因此留抵稅額從會計的觀點，乃屬未結會計事項，如果要申請退還留抵稅額，就要核實查明有無待繳之營業稅，因此營業人結束營業申請退還溢付稅額時，仍應提示相關帳簿憑證，供稽徵機關覈實查明後退還。
6、上訴人88年12月31日之資產負債表所載留抵稅額為47,818,359元，89年12月31日之資產負債表上所載留抵稅額為69,502,204元，增加之留抵稅額為21,683,845元，然由臺中市政府工務局建造執照之記載，上訴人於88年12月1日以後已無工程進度之記載，張秀龍建築師事務所亦說明89年間上訴人及靖晟公司因財務問題，大樓正式停工，然上訴人之申報書查詢從89年1月1日至89年8月31日卻有進貨466,665,269元，進項稅額為23,333,263元，其最大承攬供應商為靖晟公司與勛晟公司進項金額合計為456,553,548元，進項稅額高達22,827,677元，上訴人既於88年12月1日以後未施工，89年已停工，故上開進項稅額即為虛進，是上訴人留抵稅額彙整表上之89年8月或89年12月所載留抵稅額69,502,204元之記載可見為不實。7、況靖晟公司於90年3月至4月申報銷貨退回及折讓銷售額240,185,354元，稅額為12,009,270元，當期退稅額11,735,354元，勛晟公司亦於90年3月至4月間申報銷貨退回及折讓銷售額84,598,781元，稅額4,229,939元，當期退稅1,986,903元。此部分上訴人亦漏未申報靖晟公司及勛晟公司90年3月至4月之進貨退出及折讓之營業稅額16,239,209元（12,009,270元＋4,229,939元）。從而上訴人於88年12月之留抵稅額為47,818,359元，縱於89年8月或89年12月之留抵稅額為69,502,204元，然扣掉靖晟公司及勛晟公司之虛進稅額22,827,677元，再扣除上訴人漏未申報靖晟公司及勛晟公司進貨退出及折讓之營業稅額16,239,209元（12,009,270元＋4,229,939元），再減去90、91年拍賣存貨及固定資產之營業稅34,782,857元、營利事業所得稅29,967元，地方稅345,087元，已成負數（計算式69,502,204－22,827,677－16,239,209－34,782,857－29,967－345,087＝－4,722,593），即上訴人已無留抵稅額可申請退回等語，因將原決定及原處分均予維持，駁回上訴人之訴。
五、上訴意旨略謂：（一）依被上訴人發給上訴人之〔申報書（按年度）查詢作業表〕，上訴人89年9月留抵稅額為69,502,204元，且上訴人自89年9月即已停止營業，故本件留抵稅額之計算基礎應為69,502,204元，非53,205,614元。上訴人業於原審程序中，請求被上訴人舉證「為何於92年12月31日被上訴人將留抵稅額變更為53,205,164元」、「為何95年將上訴人之留抵稅額變更為18,422,757元」、「為何於上訴人申請退還稅款時，又認上訴人之累積留抵稅額為18,047,703元」等情，又原判決認90年3月至4月間勛晟公司有申請折讓退回，惟上訴人否認之，亦請被上訴人舉證。此事關留抵稅額應以69,502,204元或以53,205,614元為計算基礎，兩者相差1仟6百餘萬元，餘額當然不同。又本件並未發生折讓退回之情事，惟原判決逕認是上訴人漏未申報，已有不當；再者，靖晟公司於90年3月至4月退稅額11,735,342元，依營業稅法第39條第2項規定必須留抵不能退稅，既然得退稅顯與上訴人無涉，況靖晟公司退稅與上訴人有何關係？原判決認計算基礎為53,205,614元，未說明不採納應為69,502,204元之理由，顯有不備理由之違法。（二）依統一發票使用辦法第20條規定，開立發票後，發生銷貨退回、或折讓等情事，應取得買受人出具之銷貨退回、進貨退出或折讓證明單。原判決既認為上訴人90年5月時已無營業狀態，未申報此項進貨退出或折讓，亦未出具退出及折讓證明書給靖晟公司與勛晟公司等情。既然上訴人未曾辦理靖晟公司與勛晟公司銷貨退回及折讓情事，則被上訴人「無法律依據可調整上訴人留抵稅額」，上訴人92年10月留抵稅額應為69,502,204元，原判決逕認在上訴人未申報折讓退回之情形下，被上訴人可將上訴人之營業稅留底稅額調整為53,205,614元（因認有系爭銷貨退回及折讓情事而減列16,296,590元），認靖晟公司與勛晟公司有權辦理銷貨退回等情，顯有理由矛盾、不備理由等違法。（三）被上訴人自承「留抵稅額資料線上查詢作業」之資料，係由臺中市稅捐稽徵處（現已改制為臺中市政府地方稅務局）轉檔給被上訴人，別無其他內部資料可查，故被上訴人才會清楚其內部之資料為何會與上訴人之申報書不一致，則此舉證責任在被上訴人，本件事實不明之不利益應由被上訴人承受，原判決仍將此不利益歸於上訴人，顯有認定事實不依證據之違法。（四）凡營業（買受人）有交易即有繳納營業稅之義務，縱買受人是向銀行、親友或股東借款以支付貨款，亦不能免於繳納營業稅義務，又即使公司未還股東債務，亦非不需繳納營業稅。原判決謂：「進、銷項金額僅記載總金額，以致無法勾稽查核原告所取得進項是否有交易事實及實際付款」原判決憑何法律依據，認為若未付款即無營業稅法第39條第1項第3款之適用而不得退還溢付稅款，亦未載明判決理由。（五）依營業稅法第35條第1項、第39條第2項前段、第42條之1第1項等規定，可知稅捐稽徵機關於收到每二個月營業稅申報書時，即已實質審查稅額。上訴人申請退還稅款至今，從未接獲被上訴人通知無留抵稅額，反告知上訴人89年9月止有留抵稅額69,502,204元，足以證明此留抵稅額業經實質審查確定其「溢付」性質。此早於十餘年前所溢付之稅款豈可再重新審查交易，原判決自為猜測，並無法律依據。又溢付稅款本質上並非稅款，而係人民之財產，營業稅第39條第2項規定：「應由營業人留抵應納營業稅」，不予退還，顯然違憲。今人民之財產被稅捐機關扣留十餘年，非但經多次判決上訴人勝訴仍拒不返還，現再以似是而非之論點，判決上訴人敗訴，與搶奪人民財產何異等語。
六、本院按：（一）營業稅法第1條規定：「在中華民國境內銷售貨物或勞務及進口貨物，均應依本法規定課徵加值型或非加值型之營業稅。」、第3條第1項、第2項規定：「（第1項）將貨物之所有權移轉與他人，以取得代價者，為銷售貨物。（第2項）提供勞務予他人，或提供貨物與他人使用、收益，以取得代價者，為銷售勞務。但執行業務者提供其專業性勞務及個人受僱提供勞務，不包括在內。」第15條規定：
「（第1項）營業人當期銷項稅額，扣減進項稅額後之餘額，為當期應納或溢付營業稅額。（第2項）營業人因銷貨退回或折讓而退還買受人之營業稅額，應於發生銷貨退回或折讓之當期銷項稅額中扣減之。營業人因進貨退出或折讓而收回之營業稅額，應於發生進貨退出或折讓之當期進項稅額中扣減之。（第3項）進項稅額，指營業人購買貨物或勞務時，依規定支付之營業稅額。」第19條第1項第1款規定：「營業人左列進項稅額，不得扣抵銷項稅額：一、購進之貨物或勞務未依規定取得並保存第33條所列之憑證者。」第30條規定：「（第1項）營業人依第28條及第28條之1申請稅籍登記之事項有變更，或營業人合併、轉讓、解散或廢止時，均應於事實發生之日起15日內填具申請書，向主管稽徵機關申請變更或註銷稅籍登記。（第2項）前項營業人申請變更登記或註銷登記，應於繳清稅款或提供擔保後為之。但因合併、增加資本、營業地址或營業種類變更而申請變更登記者，不在此限。」第32條第1項及第2項規定：「（第1項）營業人銷售貨物或勞務，應依本法營業人開立銷售憑證時限表規定之時限，開立統一發票交付買受人。但營業性質特殊之營業人及小規模營業人，得掣發普通收據，免用統一發票。（第2項）營業人對於應稅貨物或勞務之定價，應內含營業稅。」第33條規定：「營業人以進項稅額扣抵銷項稅額者，應具有載明其名稱、地址及統一編號之左列憑證：一、購買貨物或勞務時，所取得載有營業稅額之統一發票。二、有第3條第3項第1款規定視為銷售貨物，或同條第4項準用該條款規定視為銷售勞務者，所自行開立載有營業稅額之統一發票。
三、其他經財政部核定載有營業稅額之憑證。」第35條規定：「（第1項）營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每2月為1期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。（第2項）營業人銷售貨物或勞務，依第7條規定適用零稅率者，得申請以每月為1期，於次月15日前依前項規定向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。但同一年度內不得變更。（第3項）前2項營業人，使用統一發票者，並應檢附統一發票明細表。」第39條規定：「（第1項）營業人申報之左列溢付稅額，應由主管稽徵機關查明後退還之：一、因銷售第7條規定適用零稅率貨物或勞務而溢付之營業稅。二、因取得固定資產而溢付之營業稅。三、因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅。（第2項）前項以外之溢付稅額，應由營業人留抵應納營業稅。但情形特殊者，得報經財政部核准退還之。」又商業會計法第38條規定：「（第1項）各項會計憑證，除應永久保存或有關未結會計事項者外，應於年度決算程序辦理終了後，至少保存5年。（第2項）各項會計帳簿及財務報表，應於年度決算程序辦理終了後，至少保存10年。但有關未結會計事項者，不在此限。」又統一發票使用辦法第20條規定：「（第1項）營業人銷售貨物或勞務，於開立統一發票後，發生銷貨退回、掉換貨物或折讓等情事，應於事實發生時，分別依左列各款規定辦理；其為掉換貨物者，應按掉換貨物之金額，另行開立統一發票交付買受人。一、買受人為營業人者：㈠開立統一發票之銷售額尚未申報者，應收回原開立統一發票收執聯及扣抵聯，黏貼於原統一發票存根聯上，並註明『作廢』字樣。但原統一發票載有買受人之名稱及統一編號者，得以買受人出具之銷貨退回、進貨退出或折讓證明單代之。㈡開立統一發票之銷售額已申報者，應取得買受人出具之銷貨退回、進貨退出或折讓證明單。但以原統一發票載有買受人之名稱、統一編號者為限。二、買受人為非營業人者：㈠開立統一發票之銷售額尚未申報者，應收回原開立統一發票收執聯，黏貼於原統一發票存根聯上，並註明『作廢』字樣。㈡開立統一發票之銷售額已申報者，除應取得買受人出具之銷貨退回、進貨退出或折讓證明單外，並應收回原開立統一發票收執聯。如收執聯無法收回，得以收執聯影本替代。但雙方訂有買賣合約，且原開立統一發票載有買受人名稱及地址者，可免收回原開立統一發票收執聯。（第2項）前項銷貨退回、進貨退出或折讓證明單一式四聯，第1聯及第2聯由銷售貨物或勞務之營業人，作為申報扣減銷項稅額及記帳之憑證，第3聯及第4聯由買受人留存，作為申報扣減進項稅額及記帳之憑證。」（二）關於被上訴人將上訴人92年底之留抵稅額由69,502,204元減列為53,205,614元部分：原判決以上訴人於90年5月時已無營業狀態，亦未申報此項「進貨退出或折讓」，為兩造所不爭執，上訴人亦主張未出具退出及折讓證明單給靖晟公司與勛晟公司，然依被上訴人所提出之銷貨退回之電子明細，以及證人劉竹筠之供詞證稱進項、銷項都要建檔，且電腦檔都要永久保存，足以推論被上訴人於90年5月時有辦理靖晟公司與勛晟公司銷貨退回及折讓情事，並自行據以調整扣減上訴人之留抵稅額16,239,209元，將上訴人之營業稅留抵稅額由原來（89年8月止）之69,502,204元，自行調整為53,205,614元（至92年10月止），故營業稅留抵稅額調整數16,296,590元，已包含靖晟公司與勛晟公司銷貨退回及折讓之稅額16,239,209元，應屬符合論理法則與經驗法則等語，其認定靖晟公司與勛晟公司確有辦理銷貨退回及折讓，雖與統一發票使用辦法第20條，銷貨退回必須由買受人即本件上訴人出具銷貨退回、進貨退出或折讓證明單之規定不符；惟查本件上訴人營業稅只申報至89年8月，且依建造執照之記載，上訴人自88年12月1日以後已無工程進度，是上訴人自不可能於90年5月出具銷貨退回或折讓證明單予靖晟公司或勛晟公司，亦不可能在88及89年帳冊即記載90年5月發生之進貨退出及折讓之交易；況被上訴人請上訴人提供86年至89年帳簿憑證以供辦理退稅及註銷稅籍，惟上訴人以相關憑證已逾保存期限均已銷毀為由，致被上訴人無法勾稽查核上訴人所取得進銷項是否有交易事實，難認上訴人已善盡協力義務；且查上訴人曾於99年6月30日提出申請書，申請將上訴人95年底留抵稅額調整為34,719,347元，認被上訴人未經其同意逕將留抵稅額變更為18,422,757元，應予轉正，惟經被上訴人否准後，上訴人復於99年8月19日撤回更正之申請，是上訴人似已同意核減16,296,590元之留抵稅額，上訴意旨再予爭執該留抵稅額不應核減，主張原判決既認上訴人未申報此項進貨退出或折讓，亦未出具退出及折讓證明書給靖晟公司與勛晟公司，則被上訴人「無法律依據可調整上訴人留抵稅額」，上訴人92年10月留抵稅額應為69,502,204元，原判決逕認被上訴人可將上訴人之營業稅留抵稅額調整為53,205,614元（因認有系爭銷貨退回及折讓情事而減列16,296,590元），認靖晟公司與勛晟公司有權辦理銷貨退回等情，顯有理由矛盾、不備理由等違法云云，核無足採。（三）關於舉證責任，原判決已敘明：上訴人涉有虛增進項稅額，導致虛增留抵稅額之情事，惟上訴人僅能提供日記帳、總分類帳、存貨帳以供查核，而核其內容未載明進貨明細品名、交易對象、單價、數量等資料，進、銷項金額僅記載總金額，以致無法勾稽查核上訴人所取得進項是否有交易事實及實際付款，本件上訴人依營業稅法第39條規定申請退還溢付稅額，係屬租稅免除或減輕事實，如因納稅義務人協力不足或欠缺，致事實真偽不明時，因該事實之相關證據均在上訴人管領範圍內，自應由上訴人負舉證責任，然上訴人所提帳冊，並無足夠資料區分真實與虛列進貨金額與項目，此不利益自應由上訴人負擔，蓋上訴人就其退還留抵稅額請求權之成立，繫諸進項稅額得否合法扣抵銷項稅額，及是否合法作為留抵稅額之事實認定，為其權利發生之要件事實，亦係對其有利之事項，上訴人應負有舉證之責等語，經核尚無違舉證責任分配原則。上訴意旨主張留抵稅額之舉證責任在被上訴人，本件事實不明之不利益應由被上訴人承受，原判決仍將此不利益歸於上訴人，顯有認定事實不依證據之違法云云，核屬無據。（四）上訴意旨主張靖晟公司於90年3月至4月退稅額11,735,342元，勛晟公司於90年3月至4月退稅額1,986,903元，依營業稅法第39條第2項規定必須留抵不能退稅，既然得退稅顯與上訴人無涉，況靖晟公司退稅與上訴人有何關係？云云。惟經被上訴人所屬民權稽徵所再行查證，靖晟公司於90年3月至4月退稅額11,735,342元，已於90年6月5日抵繳89年5月至6月、7月至8月、11月至12月、90年1月至2月之營業稅、滯納金、滯納利息各7,486,735元、3,916,239元、160,006元、172,362元，合計11,735,342元（含抵繳營業稅9,859,709元、滯納金1,463,209元、滯納利息412,424元）；勛晟公司於90年3月至4月退稅額1,986,903元，已於90年6月5日抵繳89年7月至8月、9月至10月、11月至12月之營業稅、滯納金、滯納利息各1,950,585元、8,386元、27,932元，合計1,986,903元（含抵繳營業稅1,677,240元、滯納金249,139元、滯納利息60,524元），此有被上訴人於106年8月14日中區國稅法一字第1080009747號函所附相關資料12紙可參，足證上開靖晟公司及勛晟公司之退稅額並未退還予靖晟公司及勛晟公司，而係充當留抵稅額，留供抵繳該兩公司之89年或90年之營業稅、滯納金及滯納利息，無違營業稅法第39條第2項之規定，上訴意旨顯有誤會，不足憑採。（五）綜上所述，原判決業已說明其認定事實之依據及得心證之理由，其認事用法，經核並無違誤。上訴論旨，仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，難認有理由，應予駁回。
七、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 6 月 14 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 林 茂 權
法官 劉 介 中法官 林 文 舟法官 帥 嘉 寶法官 林 樹 埔以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 107 年 6 月 14 日
書記官 伍 榮 陞