最 高 行 政 法 院 判 決
107年度判字第699號上 訴 人 新賀斯國際有限公司代 表 人 晶昌股份有限公司指定代表人 林嘉鴻訴訟代理人 張鴻欣 律師
任孝祥 律師被 上訴 人 經濟部代 表 人 沈榮津上列當事人間產業創新條例事件，上訴人對於中華民國106年7月6日臺北高等行政法院105年度訴字第1924號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決駁回上訴人請求撤銷訴願決定及原處分關於「評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效之研究發展計畫」暨該訴訟費用部分均廢棄，發回臺北高等行政法院。
其餘上訴駁回。
駁回部分上訴審訴訟費用由上訴人負擔。
理 由
一、本件被上訴人代表人由李世光變更為沈榮津，茲由新任代表人具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、上訴人於民國104年5月28日具「製造業及其相關技術服務業從事研究發展活動認定意見申請書」（下稱申請書），向被上訴人所屬工業局（下稱工業局）申請認定103年度研究發展活動符合中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法（下稱投資抵減辦法）第2條、第3條及第4條規定。工業局104年6月2日工化字第00000000000號函以上訴人所營事業屬日常用品批發業等，移請被上訴人所屬商業司（下稱商業司）審查是否符合投資抵減辦法第4條資格規定，商業司於105年1月6日邀集學者專家為是否符合投資抵減辦法第2條及第3條之認定，被上訴人據以105年2月26日經商字第00000000000號函（下稱原處分）通知財政部臺北國稅局（下稱臺北國稅局），副知上訴人略以：按投資抵減辦法第12條第2項規定，中央目的事業主管機關應將中小企業研究發展活動審查結果送交中小企業所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額；檢送被上訴人出具上訴人103年度研究發展活動認定意見書及上訴人所提103年度公司研究發展支出適用投資抵減稅額明細表，認本件Effects of Fish Oil and Selenium YeastProvided by（New Health Products Co., Ltd.）on theElimination of Breast Cancer Stem Cells（下稱序號1）、完整營養配方Nutrawell對於腫瘤生長、惡病質及免疫功能之研究（下稱序號2）2項研究發展計畫，符合投資抵減辦法第2條及第3條規定；評估營養處方積極介入對乳癌及淋巴癌患者之輔助治療成效之研究發展計畫（下稱序號3），不符合一定創新之規定。上訴人不服，提起訴願，遭決定駁回後，提起行政訴訟，經臺北高等行政法院（下稱原審）判決駁回。上訴人仍不服，遂提起本件上訴。聲明請求原判決廢棄；原處分及訴願決定均撤銷。【上訴人另對於原判決關於請求被上訴人應將本案轉交公平交易委員會（下稱公平會）或衛生福利部（下稱衛福部）上訴部分，由本院另行裁定】
三、上訴人起訴主張略以：㈠上訴人主要經營項目為營養保健食品銷售，佔全年營收9成以上，上訴人一直致力從事在癌症及特有疾病的特殊營養配方研究活動。序號3之研究成果論文除了在臺灣營養醫學推廣協會於西元2012年所舉辦的營養醫學專業論壇研討會上發表外，業由前弘光科技大學的陳伯中教授、夏滉副教授及郭志宏教授於西元2013年聯合發表刊登於著名國際期刊「Nutrients」上。論文發表內容也分別於西元2015年收藏在國際出版商Ivyspring發行的國際醫藥科學期刊「International journal of medical sciences」，及世界上科學研究出版的最大在線收藏ScienceDirect中。研究成果於國際期刊之刊登，足以證明了上訴人所提出之計畫極具高度創新性，應符合產業創新條例暨相關抵減稅額之辦法。㈡被上訴人承認其審查小組在審查營養醫學高度創新研發活動時，超過一半以上的成員並非營養醫學相關領域之專家，另外具有醫學背景之成員有2位，但此也意謂著該7人審查小組有5人不具有醫學背景。本計畫序號3完全係屬營養醫學領域範圍之研究，而採多數決合議制之研究發展審查會議，竟有超過一半的委員非營養醫學相關領域之專家，如何出具6份針對「研究之醫療及營養醫學成效」之專業審查意見，商業司所出具之意見書並非專業性意見，不足以採用。本案相關原審105年度訴字第1629號判決要旨亦採相同見解而撤銷原處分。另經濟部中小企業處（下稱中小企業處）在本案研發活動認定是否符合投資抵減辦法，為必要不可缺席的地位，然中小企業處並未派員出席該研發活動審查會議，其會議之正當性令人質疑。㈢投資抵減辦法第12條第1項規定，投資抵減是否適用獎勵，由中央「目的事業」主管機關認定。有關目的事業主管機關為何，依法務部公開解釋係指須視該非公務機關目的事業據以成立之專業法規之管轄權規定而定。此外，行政院101年10月22日院臺法揆字第0000000000號函（下稱101年10月22日函）及行政院102年8月23日院臺法字第0000000000號函（下稱102年8月23日函）公告「個人資料保護法非公務機關之中央目的事業主管機關」其中認定上訴人所從事多層次傳銷之中央目的事業主管機關為公平會，食品批發業之中央目的事業主管機關為衛福部，然而被上訴人否定法務部在法律上之專業，可見被上訴人對於本案有逾越權責逕自作成行政處分之違法狀況。另上訴人所得稅申報時，依中華民國稅務行業標準分類，因主要銷售方式採多層次傳銷，故行業別為多層次傳銷；又上訴人主營業項目係銷售營養食品，屬食品業，其事業成立之專業法規為食品衛生管理法，且上訴人所銷售產品之製造、加工、調配、包裝、運送、貯存、販賣、輸入、輸出，平日皆是受國內衛生主管機關稽查管理，明顯應由衛福部為主管相關業務。然被上訴人卻以「日常用品批發業」角度來認定需要有「高度之創新」之研究發展活動，違背產業創新條例獎勵研究發展投資抵減之精神。㈣原處分僅以不含附件方式之副本通知上訴人已出具意見書給臺北國稅局，未向上訴人提出書面說明，審查結束也未給予審查結果書表及為何不符合高度創新之理由，亦未為救濟期間及途徑之告知，有違法律明確性原則等語，聲明請求判決訴願決定及原處分均撤銷；被上訴人應將本案轉交衛福部或公平會另為適法之處分。
四、被上訴人答辯略以：㈠按行為時（即107年10月3日修正前）投資抵減辦法第12條第2項規定，核定投資抵減稅額屬稅捐稽徵機關權責，惟申請案之研究發展活動是否具一定之創新符合投資抵減之適用，須賴中央目的事業主管機關依產品或服務之生產程序、服務流程等態樣為認定，爰規定中央目的事業主管機關於認定完成後將認定結果送交稅捐稽徵機關，而非函復申請人。上訴人103年度研究發展活動適用投資抵減申請案，被上訴人本於目的事業主管機關之權責為是否具一定創新性之認定後，即依行為時投資抵減辦法第12條第2項規定，原處分將認定結果送臺北國稅局核定投資抵減稅額，該條文並未規定應將認定結果函復上訴人，被上訴人之相關程序及作為均依法辦理，並無不當。至被上訴人以函副本送上訴人，非屬被上訴人之法定義務，乃被上訴人基於為民服務之考量，以副本使上訴人知悉申請案之進度。司法實務上針對目的事業主管機關就研究發展活動是否具高度創新性之認定，性質上是否屬行政處分一節，有認為非行政處分者；有未表明見解者；亦有認屬行政處分者。被上訴人認定上訴人103年研究發展活動適用投資抵減申請案，相關程序均依行為時投資抵減辦法第12條規定辦理。㈡被上訴人為辦理上訴人申請103年度適用投資抵減之研究發展活動時，即邀相關領域之學者專家組成審查小組進行審查。本案審查小組成員7人，實際出席6人，除1位為被上訴人簡任以上公務人員外，餘5位為相關專長之學者專家，其中有2位學者專家係具醫學背景，故審查小組具相關專業背景。另依104年1月9日行政院審查「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」（草案）會議紀錄，其會議結論二(七)已確認行為時投資抵減辦法第12條所定中央目的事業主管機關，非以投資抵減申請案內容之專業性為認定。被上訴人於召開審查上訴人103年度申請案時，即邀請工業局（政策主管機關）、中小企業處（法令主管機關）及衛福部（業務相關機關）委員共3位提供審查意見，故105年1月6日召開審查會議時，應到委員10位、未出席委員3位、實際出席及參與之委員共計7位；其中更有2位學者專家係具醫學背景，不生被上訴人之認定不具專業之問題。又依投資抵減辦法第2條及第3條規定，本案審查小組涵蓋營養學、醫學、零售業、產業及經濟研究等領域之學者專家，俾就本案之創新性為全面性審查，而非單就營養醫學方面為認定。㈢按中小企業發展條例第35條第1項及投資抵減辦法第2條、第3條規定，被上訴人審查上訴人申請適用投資抵減辦法之投資抵減案，應衡酌申請之研究發展活動是否具備商品、技術、專門知識、勞務或服務流程之創新水準，倘公司之研究發展活動僅為現有商品、服務、技術或專門知識之改良、變更或補強，或現有商品外觀或式樣之改進或改良等情形，依投資抵減辦法第3條第2項規定，應認定其不具一定創新程度。查上訴人103年度申請適用投資抵減辦法之投資抵減規定之3筆研發計畫，經被上訴人認定結果為序號1具一定程度的可行性及商業性，其技術層次及創新性，故符合一定創新性；序號2為研究營養補充品Nutrawell改善癌症治療引起之不良反應，以增加病者之生活品質，故符合一定創新性；序號3之營養配方不脫離已知活性之「現有原料」範疇，且研究所需之專門技術在相關領域相當常見，無法認定為有一定創新。縱使上訴人一再強調序號3之研究在醫療上的成效，仍與投資抵減辦法第2條及第3條所定要件不合。㈣上訴人聲明要求將本案移由衛福部或公平會管轄，違反行政程序法規定，蓋多層次傳銷管理法之主管機關公平會曾以101年6月18日公競字第0000000000號函（下稱101年6月18日函）復針對上訴人（即多層次傳銷事業）所提研究發展活動適用投資抵減申請案，仍應由各該目的事業主管機關負責，明白表達其非研究發展活動適用投資抵減之目的事業主管機關。又按健康食品管理法第2條、第3條第1項及第5條規定，倘上訴人產品屬健康食品者，主管機關即為衛福部。惟查上訴人並未提出核有健康食品許可證之相關資料，且行政院衛生署（現衛福部）101年9月21日署授食字第0000000000號函（下稱101年9月21日函）以「食品試食臨床研究之審查及促進產業創新活動並非本署業務執掌」為由，函復表示其無法認定上訴人之研究發展活動適用投資抵減申請案。因衛福部、公平會均曾表達非上訴人之主管機關之意見，上訴人申請投資抵減之研究計畫與食品有關，被上訴人基於食品什貨批發、零售業之主管權責依法受理本計畫，並無逾越職權問題。末按行政程序法第11條第1項及第17條第1項規定，行政機關之管轄權不得隨意設定或變更；同一事件應僅一個行政機關管轄，若數行政機關間有管轄競合或管轄爭議時，應依行政程序法第13條由各該機關協議，或依第14條上級機關決定之。有關本案之目的事業主管機關，業經被上訴人與相關機關協議後定之，符合行政程序法規定。㈤上訴人援引行政院101年10月22日函及行政院102年8月23日函公告認定上訴人所從事多層次傳銷，其中央目的事業主管機關應為公平會云云：惟查，上開公告係個人資料保護法（下稱個資法）有關非公務機關之中央目的事業主管機關之認定，從而與本計畫二者依據之法律不同，尚難比附援引。且法務部為個資法之法規主管機關，其針對個資法非公務機關之目的事業主管機關所為解釋，對中小企業發展條例及投資抵減辦法而言，自非屬有權解釋，上訴人錯誤援引法務部有關個資法之解釋，作為本計畫目的事業主管機關之適用，顯有不當。而行政院核定之「服務產業主管機關、法令依據及其許可別」表，乃基於產業輔導之目的而為主管機關之核定，自應優先於上開個資法之公告而為適用。㈥投資抵減辦法係參考公司研究發展支出適用投資抵減辦法而訂定，申請人對於目的事業主管機關之認定意見如有不服，本得依稅捐稽徵法之規定，申請復查、提出訴願及提起行政訴訟，以保障權益。上訴人於105年10月11日向臺北國稅局提起訴願，復因不服訴願決定提起行政訴訟，經臺灣臺北地方法院106年度簡字第41號裁定於原判決終結前，其停止訴訟程序等語，資為抗辯。並聲明請求判決駁回上訴人在原審之訴。
五、原判決駁回上訴人在原審之訴，係略以：㈠依行為時中小企業發展條例第35條第5項及投資抵減辦法第12條規定，稅捐稽徵機關審認中小企業研究發展支出可否適用投資抵減稅額，應先由中央目的事業主管機關依其專業作成申請人當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定為審查認定，並將審查認定結果送交該中小企業之公司登記地所在之稅捐稽徵機關核定相關投資抵減稅額。足證稅捐稽徵機關所作成核定投資抵減稅額，屬多階段行政處分，係由稅捐稽徵機關與中央目的事業主管機關本於各自職權先後參與，稅捐稽徵機關尊重其前階段行政行為即係中央目的事業主管機關之審定結果，而作成核定研究發展活動（及支出）是否符合研究發展之創新活動，可抵減稅額等，確實對外發生法律上之規制作用，使人民公法上權利義務關係發生變動，因此前開條文中央目的事業主管機關之前階段行政行為（即依投資抵減辦法第12條規定審定行為），依本院98年度判字第646號判決意旨，應可視為獨立之行政處分。上訴人對原處分提起行政救濟，並無不合。㈡上訴人於商業司申請登記之所營事業，其中與食品相關之業務項目有「食品什貨、飲料零售業」及「食品什貨批發業」，再參照行政院94年12月22日院臺經字第0000000000號函核定之「服務產業主管機關、法令依據及其許可別」，被上訴人復為食品什貨批發、零售業之主管機關，故就中小企業產業推動及輔導之目的而言，屬中小企業發展條例所定之目的事業主管機關；又依中小企業發展條例第3條及第35條等規定可知，被上訴人不但是上訴人（依中小企業發展條例）之中央主管機關，復為上訴人所營事業（食品銷售相關之業務）之中央目的事業主管機關，依法自應審核上訴人申請研究發展支出抵減該年度應納營利事業所得稅額等事項。㈢按健康食品管理法第2條、第3條第1項及第5條規定，倘上訴人為生產健康食品並申請發給許可證時，主管機關固為衛福部。然查本件申請登記之所營事業為「食品什貨、飲料零售業及批發業」，及多層次傳銷業，並非前揭健康食品之製造業，且查，上訴人本件申請亦未提出健康食品許可證之相關資料供審核，另參諸前行政院衛生署（現衛福部）101年9月21日函略以「食品試食臨床研究之審查及促進產業創新活動並非本署業務執掌」，表示其無法認定上訴人之研究發展活動適用投資抵減申請案。再按多層次傳銷管理法第1條、第2條、第6條第1項及第7條第1項規定，可知多層次傳銷管理法之立法目的，在於多層次傳銷行為之管理規範；且多層次傳銷管理法之主管機關公平會於101年6月18日函復針對上訴人（即多層次傳銷事業）所提研究發展活動適用投資抵減申請案，仍應由各該目的事業主管機關負責，即明確表明公平會並非研究發展活動適用投資抵減之目的事業主管機關。因此，依中小企業發展條例第3條及第35條等法律規定可知，被上訴人對上訴人申請研究發展支出抵減該年度應納營利事業所得稅額之申請案，為審核之中央目的事業主管機關。而上訴人起訴聲明，乃對原處分（包含對其有利之序號1、序號2部分）全部不服，且主張原處分（及訴願決定）因『管轄錯誤』應予撤銷，並聲明被上訴人應將本件申請案轉交衛福部或公平會另為適法之處分云云，均為無理由，應予駁回。㈣按中小企業發展條例及投資抵減辦法等規定並未有被上訴人應組成審查小組，審查上訴人申請103年度研究發展支出抵減該年度應納營利事業所得稅額案。更未規定原處分應由審查小組決定。再者，被上訴人為審慎處分本件上訴人申請案，乃參照產業發展條例等規定訂立之「經濟部認定商業服務業從事研究發展活動作業要點」（下稱經濟部認定研發活動作業要點）等內部規定，就上訴人103年度研究發展活動支出適用投資抵減之申請案，組成包含6位專家在內之委員，嗣於105年1月6日出席上訴人申請案投資抵減審查會議進行實體審查，嗣再於同年2月26日為本件原處分。該審查會議被上訴人除邀請6位相關專長之學者專家（其中有2位學者專家係具醫學背景，另有食品科學、著名零售業之經理人、生物化學專家，符合上訴人申請之新藥研發--乳癌、營養劑補充品），另邀請被上訴人所屬工業局（政策主管機關）、中小企業處（中小企業法之法令主管機關）及衛福部（業務相關機關）等3位委員提供審查意見；而105年1月6日召開審查會議時，應到委員10位、未出席委員3位、實際出席及參與表決委員共計7位，並作出審查意見，被上訴人始依上開審查意見為原處分。原處分依據之審查會議成員除針對上訴人為中小企業主要經營銷售業，同時本件申請研究抵減之產品為營養食品等，分別洽請各相關領域之專家及主管部門組成審查小組，該小組自針對上訴人公司及申請案具投資抵減之專業審查能力。㈤本件審查小組之決議乃專家諮詢，僅供被上訴人為原處分之重要參考依據；並非如環境影響評估委員會採合議制之獨立機關，行政主管機關對該委員會決議僅能為相同見解，不能另為考量，完全不同。因此，審查小組之研究發展計畫審查結果部分，嚴格言僅屬被上訴人為原處分前內部建議或諮詢資料，尚非對外發生效力之行政處分，因此上訴人之訴（聲明第1項部分）為無理由。縱認105年1月6日被上訴人審查本案投資抵減審查會議亦屬專家委員，委員之選任業已兼顧特殊專業，代表多元及專業，且能兼顧食品銷售業、多層次傳銷、醫學、食品科學、營養學，及被上訴人為主管機關之中小企業等部門之多元意見，及上訴人申請投資抵減之具體個案。綜上，上訴人之訴並無理由，被上訴人為上訴人申請投資抵減審查案之主管機關及所為原處分，並無違法，訴願決定予以維持，核無不合等詞，為其判斷之基礎。
六、上訴意旨略謂：㈠依本院91年判字第2319號判例意旨，被上訴人審查小組之審查結果乃多階段行政處分，本案與原審105年度訴字第1629號判決情形相仿，當事人完全相同，僅申請投資抵減之年度有別（本案是103年度，後者是99、100年度）兩案均屬稅捐稽徵機關尊重前階段行政行為，而作成否准投資抵減申請之多階段行政處分。而被上訴人之審查結果，依本院98年度判字第646號判決見解，可視為獨立之行政處分，應許上訴人對原處分提起行政救濟，惟原判決理由五
(五)3.⑴，竟稱被上訴人之審查結果，非對外發生效力之行政處分，因此上訴人訴之聲明第1項部分為無理由云云，顯然對行政程序法第92條行政處分之定義，與本院判例之見解有悖，有適用法則不當之違誤。㈡依行為時投資抵減辦法第12條第2項規定之立法理由可知，有關公司是否具備研究發展能力及研發活動是否具高度之創新，中央目的事業主管機關大多係透過「籌組學者專家審查小組方式」，就申請人所檢附之研究計畫等相關證明文件辦理實質審查予以認定。被上訴人研發活動審查小組之意見，實乃被上訴人作成原處分之主要依據。原審竟認定該審查小組僅是內部建議或諮詢資料，尚非對外發生效力之行政處分，原判決認事用法自有違誤。㈢當事人充分而完整之閱卷權，為合法踐行言詞辯論程序及合法判決之前提要件，惟上訴人於原審向被上訴人借調卷宗時，卷宗自始即分為可閱覽卷宗及不可閱覽卷宗，不許上訴人閱覽後者，故上訴人之閱卷權自始即只有一半，未受到充分而完整地保障。商業司審查會議之出席名冊為不可閱覽卷宗之卷內文書資料，惟原審逕將該資料援為原判決之主要依據，違反行政訴訟法第96條及司法院所訂辦理行政訴訟事件應行注意事項第24點、第25點、第29點及第33點規定，有判決不適用法則或適用法則不當之違法。又原判決將該資料列為兩造不爭執事項，惟上訴人既未曾閱覽該資料，無法對之表示意見，原審如何認定上訴人對該資料不爭執，有判決理由矛盾之違誤。㈣被上訴人為執行投資抵減辦法第12條，訂有經濟部認定研發活動作業要點之行政規則，其中第7點規定，審查小組置委員7人，由商業司專門委員以上人員1人，及相關專長之學者專家6人組成。該規定既明訂審查小組僅需1人之官方代表，其他6人需為相關專長之學者專家，則被上訴人邀請其所屬工業局、中小企業處、衛福部代表參與審查，是否適法，原審並未究明。又105年1月6日審查會議召開時，實際出席及參與表決的7位委員中，是否仍有6位是民間相關專長之學者專家，而符合前揭作業要點第7點之規定，原審亦未究明，有調查義務未盡之瑕疵。而原判決既認定6位學者專家中，只有2位具有醫學領域之背景，則原審究如何認定該審查小組之組織適法，顯係漏未斟酌經濟部認定研發活動作業要點第7點之規定，顯有判決不適用法則或適用法則不當之違誤。㈤原審105年度訴字第1629號判決（為兩造101年度投資抵減案之行政訴訟）已揭明，本案之研發計畫，與食品之營養處方有關，和批發及零售業無關。且上訴人於99及100年度就本計畫中序號3之研究成果論文申請投資抵減時，零售業領域之審查委員已自承該研究中涉及醫療行為部分，非其專業能力所得界定。原審明知被上訴人審查小組中的10位委員中，有4位為官方代表（分別是被上訴人所屬商業司、工業局、中小企業處、衛福部代表），6位是民間人士（分別是公司副總裁、零售業經理、商業連鎖領域研究員、營養學系教授、食品科學專家、醫師，其中只有2位有醫學背景），且該2位具有醫學背景之委員於105年1月6日審查會議時有無出席均未可知，原判決逕認審查小組組織適法，顯違反經濟部認定研發活動作業要點第7點規定，有判決不適用法則或適用法則錯誤之違法。㈥本計畫序號3之研究成果論文，是跨年度的研究，上訴人在103、104年度均有就該研究案申請投資抵減。而商業司於審查103年度申請案時，認為該研究不符合一定創新性之要件，卻在審查104年度申請案時，認為該研究符合一定創新性之要件，准予認定該項之研發支出金額，足證商業司於103年度認定該研究不符合一定創新性，實有違誤。另查被上訴人自承其為審慎處理本件申請案，乃參照經濟部認定研發活動作業要點之作業模式，邀請相關領域之學者專家、部會代表共10人，組成審查小組，足見被上訴人亦認為審查本件投資抵減案，有組成審查小組之必要。縱使認本件不能直接適用經濟部認定研發活動作業要點，至少應類推適用等語，並聲明請求原判決廢棄；原處分及訴願決定均撤銷。
七、本院查：
甲、發回部分（即訴願決定及原處分關於序號3部分）：
(一)按中小企業發展條例第3條規定：「（第1項）本條例所稱主管機關：在中央為經濟部；在直轄市為直轄市政府；在縣(市)為縣(市)政府。（第2項）本條例所定事項，涉及目的事業主管機關職掌者，由主管機關會同目的事業主管機關辦理。（第3項）各級政府為本條例之施行，應設置或指定機構輔導之。」第35條規定：「（第1項）為促進中小企業研發創新，中小企業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限；一經擇定，不得變更：於支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。於支出金額百分之10限度內，抵減自當年度起3年內各年度應納營利事業所得稅額。（第2項）供研究發展、實驗或品質檢驗用之儀器設備，其耐用年數在2年以上者，准按所得稅法固定資產耐用年數表所載年數，縮短2分之1計算折舊；縮短後餘數不滿1年者，不予計算。（第3項）第1項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由行政院定之。」再按投資抵減辦法第1條規定：「本辦法依中小企業發展條例第35條第3項規定訂定之。」第2條規定:「本辦法所稱研究發展，指中小企業自行以科學方法或技術手段從事具備一定創新程度之產品、技術、勞務、服務流程或創作之創新活動。」第3條規定：「（第1項）前條所定研究發展，限於中小企業研究發展單位所從事之下列活動態樣：為開發或設計新產品、新服務或新創作之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。（第2項）前項所定活動態樣，不含為改進現有產品或服務之生產程序、服務流程或系統及現有原料、材料或零組件所從事之研究發展活動。」第4條規定：「依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之中小企業，應符合下列資格條件：依法辦理公司登記並合於中小企業認定標準2條所定基準之事業。最近3年未違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大。」行為時即107年10月3日修正前第12條規定：「（第1項）中小企業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條、第3條及第4條規定，始得適用投資抵減之獎勵：中小企業之組織系統圖及研究人員名冊。研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。研究計畫、紀錄或報告。其他有關證明文件。（第2項）中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後7個月內，將審查結果送交中小企業之公司登記所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間2個月，並敘明事由事先通知中小企業之公司登記所在地稅捐稽徵機關。（第3項）中小企業當年度之研究發展支出，依第7條規定提出專案認定申請者，應與第1項之申請認定併案提出，中央目的事業主管機關應依前項規定期限審查。」準此可知，稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，係先由中央目的事業主管機關依其專業而作成申請人當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條、第3條及第4條規定之認定，嗣由稅捐稽徵機關依此認定，而對納稅義務人所申請研究發展支出抵減當年度應納營利事業所得稅額予以核定。稅捐稽徵機關所作成核定投資抵減稅額，係由稅捐稽徵機關與中央目的事業主管機關此等2個機關本於各自職權之行政行為之審定結果，而作成核定研究發展支出可抵減稅額，致對外發生法律上之規制作用，使人民公法上權利義務關係受到確認或發生變動。而不同行政機關將各自行為對外表現，並已通知當事人，該行政行為產生外部效力，自具有行政處分性質。復觀諸卷附原處分已副知上訴人，且原處分說明二載明：「按『中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法』第12條第2項規定，各中央目的事業主管機關應將公司研發活動審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，爰公司之研究發展支出得否抵減稅額應依稅捐稽徵機關核定稅額為準」等語（參見原審卷第122頁），亦足認前揭二程序先後由不同行政機關作成決定，稅捐稽徵機關尊重其前階段申請認定程序，是原判決肯認原處分認定上訴人關於103年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條及第3條規定，應係行政處分之結論，於法並無違誤。
(二)次按行政訴訟法第189條規定，行政法院為裁判時，除別有規定外，應斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，依論理法則及經驗法則判斷事實之真偽；依此判斷而得心證之理由，應記明於判決。據此，構成行政法院判斷事實真偽之證據評價基礎，乃全辯論意旨及調查證據之結果。基於行政訴訟之職權調查原則（行政訴訟法第125條第1項及第133條），法院必須充分調查為裁判基礎之事證以形成心證，法院在對全辯論意旨及調查證據之結果為評價時，應遵守兩項要求，一是「訴訟資料之完整性」，二是「訴訟資料之正確掌握」。前者乃所有與待證事實有關之訴訟資料，無論有利或不利於訴訟當事人之任何一造，都必須用於心證之形成而不能有所選擇，亦即法院負有審酌與待證事實有關之訴訟資料之義務，如未審酌亦未說明理由，即有不適用行政訴訟法第125條第1項、第133條之應依職權調查規定，及判決不備理由之違背法令。
(三)原判決以被上訴人為本件申請案之原處分機關，業已說明其認定依據及理由，核無不合。次以，上訴人聲明撤銷訴願決定及原處分，對於原處分之管轄機關是否正確、該行政處分是否適法、有無理由等均予質疑。原判決認原處分由被上訴人為中央目的事業主管機關予以處分，並無管轄錯誤之情，固屬正確。惟上訴人於原審時即一再對於被上訴人組成之審查小組成員是否具備專家背景及審查會議之正當性暨商業司所出具意見書之專業性等予以質疑，是可知上訴人除認原處分管轄機關有誤外，對於原處分是否適法亦予指摘，上訴人既對於被上訴人所為原處分不服，則原處分關於序號3部分，因認定結果為不符合投資抵減辦法第2、3條規定，不利於上訴人。原處分即係被上訴人之審查結果，被上訴人參酌其組成之審查小組所為之審查意見，構成原處分之理由。原判決除就原處分關於管轄機關為被上訴人有無違誤之認定外，自應就該處分是否適法亦應予審查，善盡職權調查義務，並斟酌全辯論意旨而為裁判。乃原判決論述上訴人指稱被上訴人不具專業性，組成之審查小組亦不具備專業性，無從審查本件投資抵減云云，原無庸審究之論述，即於法不合。
(四)又查被上訴人為審慎處理上訴人申請案，參照產業發展條例等規定訂立之經濟部認定研發活動作業要點等內部規定（參見原審卷第297～298頁），就上訴人103年度研究發展活動支出適用投資抵減之申請案，組成包括6位專家在內之委員，嗣於105年1月6日出席上訴人申請案投資抵減審查會議進行實體審查，再於105年2月26日為本件原處分，為原判決認定之事實。原判決以中小企業發展條例及投資抵減辦法等規定，並未有被上訴人應組成審查小組，審查上訴人申請103年度研究發展支出抵減該年度應納營利事業所得稅額案，更未規定本件被上訴人原處分應由審查小組決定，因此被上訴人陳稱本件審查小組乃屬專家諮詢意見性質，最終仍由被上訴人綜合專家諮詢意見為原處分等語可採等情，參諸前揭中小企業發展條例及投資抵減辦法相關規定以觀，並無違誤。是被上訴人組成審查小組，非屬委員會獨立行使職權，其出具之審查意見，僅係被上訴人原處分參詢之資料，自無尊重其判斷餘地之問題。茲以該審查結果，即為原處分關於序號3否准理由之一部分，原審應就關於此部分構成原處分依據之審查意見予以判斷其認定事實及適用法律是否正確，且應踐行證據之調查及斟酌全辯論意旨以形成心證，並於判決理由中，就事實認定之結果，敘明得心證之理由。乃原判決未盡其職權調查義務，並判斷其適用法律及涵攝是否正確，而以審查小組之審查結果（即會議結論）部分，僅係被上訴人原處分前內部建議或諮詢資料，尚非對外發生效力之行政處分，因認上訴人聲明撤銷訴願決定及原處分無理由，並遽而為原處分並無違法之結論；復另以法院對獨立專家委員會之決議原則上予以尊重，僅行政機關判斷有咨意濫用及其他違法情事時，得予撤銷或變更，論述前開專家委員會乃基於事務之實質特殊情形及功能最適性組成，故具不可替代性，且該專家委員會不受行政機關指示拘束，具有特殊專業或民主正當性，代表多元及專業之專家組成委員會，目的在兼顧各方面立場及觀點均衡，及具體審議個案之實質特殊情形考量；並論述縱認105年1月6日，被上訴人審查本案投資抵減審查會議，亦屬專家委員，本案投資抵減審查委員會之選任已兼顧特殊專業，代表多元及專業，且能兼顧食品銷售業、多層次傳銷、醫學、食品科學、營養學，及被上訴人為主管機關之中小企業等部門之多元意見，及上訴人申請投資抵減之具體個案，因此上訴人主張應由具醫學等背景多數人審查，本件投抵審查委員多不具專業能力云云，亦屬誤解專家委員會性質，且誤認事實等情為本件裁判之理由（參見原判決第
29、30頁），核有判決適用法規不當、判決不備理由及判決理由矛盾之違誤。
(五)再者，被上訴人表明本件係參照產業發展條例等規定訂立之經濟部認定研發活動作業要點等內部規定，就上訴人本件申請案組成專家委員小組進行審查；復稱因為是行政規則，所以依循等情（參見原審卷第279頁），則依行政自我拘束原則，自應遵循該內部規定予以審查。參查經濟部認定研發活動作業要點第7點規定：「（第1項）本部於受理申請後，應依研究發展活動性質組成審查小組，召開會議進行審查。（第2項）前項審查小組置委員7人，由商業司專門委員以上人員1人及相關專家之學者專家6人組成，並由商業司專門委員以上人員擔任召集人。」第8點第1項規定：「商業司各業務科應就申請公司所提研究發展活動之內容，於審查會議召開前，就其是否合於本辦法第2條及第3條之規定，提出初審意見，供審查小組參考。」第9點規定：「審查會議應有委員2分之1以上出席，出席之委員過半數同意行之。」是被上訴人於本件申請案，是否有依循上揭規定處理，與原處分關於序號3之認定是否適法有關。復按行政訴訟法第96條第1項規定：「當事人得向行政法院書記官聲請閱覽、抄錄、影印或攝影卷內文書，或預納費用請求付與繕本、影本或節本。」查上訴人於原審即一再主張其未能閱覽本件相關專家委員資料書證，則除該專家委員個人姓名為隱蔽外，因各該被上訴人所指定之專家委員，既參與該審查會議予以決定，故就其等所任相關業務，是否與本件申請涉案事項相關，攸關原處分程序有無違反前揭內部規定，進而影響原處分之適法性等情，亦有給予上訴人辨識並予以辯論之必要。惟原審未就此何以必須遮蔽之正當理由予以指明，未給予上訴人閱覽此部分卷證並辯論之機會，即逕以本件事證已明，被上訴人已依原審指示將涉及個人隱私之資料隱去交上訴人，且不會影響上訴人攻擊防禦為理由，遽予駁回上訴人此部分所請，亦有未洽，核有判決適用法規不當及判決不備理由之違誤。
(六)綜上，原判決駁回訴願決定及原處分關於序號3部分，有適用法規不當、判決不備理由及判決理由矛盾之違背法令事由。上訴意旨指摘原判決此部分違背法令，求予廢棄，為有理由。因本件事證尚有未明，有由原審再為調查之必要，爰將原判決此部分廢棄，發回原審詳為調查審認，更為適法之裁判。
(七)復按行政訴訟法第125條第2項及第3項規定：「（第2項）審判長應注意使當事人得為事實上及法律上適當完全之辯論。（第3項）審判長應向當事人發問或告知，令其陳述事實、聲明證據，或為其他必要之聲明及陳述；其所聲明或陳述有不明瞭或不完足者，應令其敘明或補充之。」又按行政訴訟法第4條第1項規定：「人民因中央或地方機關之違法行政處分，認為損害其權利或法律上之利益，經依訴願法提起訴願而不服其決定，或提起訴願逾3個月不為決定，或延長訴願決定期間逾2個月不為決定者，得向行政法院提起撤銷訴訟。」此為撤銷訴訟。同法第5條第2項規定：「人民因中央或地方機關對其依法申請之案件，予以駁回，認為其權利或法律上利益受違法損害者，經依訴願程序後，得向行政法院提起請求該機關應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟。」此為請求應為行政處分之訴訟，亦即課予義務訴訟。此二種訴訟類型不同，當事人應循正確訴訟類型，始足達訴訟目的。上訴人對於本件申請，係請求被上訴人認定103年度研究發展活動是否符合前揭投資抵減辦法規定，目的乃為申請被上訴人作成准予認定之特定行為之行政處分，應提起課予義務訴訟，始足達到訴訟目的。惟上訴人原聲明僅對於該否准處分（指原處分關於序號3部分），為撤銷之聲明，原係認其申請認定，應由公平會或衛福部審查認定。然如上所述，此部分之權責機關為被上訴人，上訴人所為將本案轉交公平會或衛福部之請求遭駁回上訴部分，為本院另行裁定駁回，則原審審判長於本件發回後應行使闡明權，使當事人得有轉換為課予義務訴訟的正確訴之聲明及完整課予義務訴訟之機會，並使當事人為事實上及法律上適當完全之陳述及辯論，併此指明。
乙、駁回部分（即訴願決定及原處分關於序號1及序號2部分）：按提起撤銷訴訟或課予義務訴訟，須有權利或法律上之利益受損，始得提起。查被上訴人就原處分關於序號1及序號2部分，已核認符合投資抵減辦法第2、3條規定，是關於此部分並無權利保護之必要，原判決駁回理由固有未洽，惟其結論仍無不合。上訴人猶就此部分提起上訴，為無理由，應予駁回。
八、據上論結，本件上訴為一部有理由，一部無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第256條第1項、第260條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 11 月 26 日
最高行政法院第二庭
審判長法官 吳 東 都
法官 胡 方 新法官 程 怡 怡法官 張 國 勳法官 陳 秀 媖以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 107 年 11 月 27 日
書記官 陳 映 羽