最 高 行 政 法 院 判 決
107年度判字第627號上 訴 人 屏東縣政府財稅局代 表 人 程俊訴訟代理人 簡凱倫 律師
蔡易廷 律師被 上訴 人 吳麗珠
林信賓上列當事人間土地增值稅事件，上訴人對於中華民國106年8月15日高雄高等行政法院106年度訴字第120號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決廢棄。
被上訴人在第一審之訴駁回。
第一審及上訴審訴訟費用均由被上訴人負擔。
理 由
一、被上訴人吳麗珠及林信賓於民國101年10月2日向上訴人所屬東港分局（下稱東港分局）申報移轉被上訴人吳麗珠原所有坐落屏東縣○○鎮○○段○○○○○段000000000號土地及被上訴人林信賓原所有坐落同段986、994地號土地（下稱系爭土地），並申請依土地稅法第39條之2第4項規定課徵土地增值稅，惟因未檢附89年1月28日以前屏東縣政府核發之「陸上漁塭養殖登記證」或「屏東縣大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明核發辦法」（現名稱更為「屏東縣大鵬灣風景特定區土地89年作農業使用審查作業要點」）核發之從來作農業使用證明，經東港分局分別以101年10月9日屏稅東分壹字第1010521235、1010521237號函告知補正，被上訴人未於期限內補正，東港分局遂以101年10月31日屏稅東分壹字第1010522786、1010522787號函（下稱101年課稅處分）按一般用地稅率課徵土地增值稅，○○段985地號，核定新臺幣（下同）1,582,051元（訴願決定誤載為1,852,051元）；○○段987地號，核定1,858,344元；○○段986地號，核定419,241元；○○段994地號，核定2,154,218元，被上訴人於101年11月5日繳清稅款，且未申請復查而確定在案。
嗣被上訴人於105年10月19日檢附屏東縣政府105年10月7日屏府農企字第10523647300號函〔即依屏東縣大鵬灣風景特定區土地89年作農業使用審查作業要點核發之作農業使用（養殖使用）證明，下稱屏東縣政府105年10月7日函〕，申請依土地稅法第39條之2第4項規定課徵土地增值稅，退還溢繳之土地增值稅，東港分局以105年10月31日屏稅東分壹字第1050507149號函（下稱原處分）否准所請。被上訴人不服，循序提起行政訴訟，經原審判決將訴願決定及原處分撤銷；暨上訴人應依被上訴人吳麗珠之申請，就其所有坐落○○段
985、987地號土地，作成將其溢繳土地增值稅3,440,395元及自101年11月5日起至填發收入退還書或國庫支票之日止，依各年度1月1日郵政儲金1年期定期儲金固定利率，按日加計利息，退還被上訴人吳麗珠之行政處分；暨上訴人應依被上訴人林信賓之申請，就其所有坐落○○段986、994地號土地，作成將其溢繳土地增值稅2,573,459元及自101年11月5日起至填發收入退還書或國庫支票之日止，依各年度1月1日郵政儲金1年期定期儲金固定利率，按日加計利息，退還被上訴人林信賓之行政處分。上訴人不服，提起本件上訴。
二、被上訴人起訴主張：參照依「屏東縣大鵬灣風景特定區土地89年作農業使用審查作業要點」所核發之屏東縣政府105年10月7日函可知，土地稅法於89年1月28日修正公布生效時，系爭土地即已為農業使用（養殖使用）之農業用地，嗣後系爭土地移轉，土地增值稅自應按土地稅法第39條之2第4項課徵。又土地稅法施行細則第58條第1項規定須於申請時提出農業使用證明書者，係針對土地稅法第39條之2第1項之規定，本件被上訴人申請退稅之依據為土地稅法第39條之2第4項規定，僅須符合移轉時之農地係作農業使用之事實即可，自無同法施行細則第58條第1項之適用，上訴人要求被上訴人移轉時亦須提出農業使用證明書，顯係混淆兩者之規定，且增加法律所無之限制。又財政部89年11月8日台財稅字第0890457297號函釋（下稱財政部89年11月8日函釋）所揭，足見上訴人應本於職權審查移轉土地是否供農業使用，而非以土地移轉人是否取得農業使用證明，作為核定課稅之標準。又「屏東縣大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明核發辦法」係於100年8月30日制定，係為配合89年1月28日土地稅法修正施行後，考量大鵬灣風景特定區土地環境特殊，有許多非屬都市計畫農業區、保護區土地及非都市土地作為養殖使用，需申請從來作農業使用證明，屏東縣政府特訂定該辦法，使以符合土地稅法第39條之2第4項之規定，是上訴人知悉大鵬灣風景特定區之土地歷來均作為農業使用，自應依職權實質審查系爭土地是否確係農用，不得僅以被上訴人未檢附從來作農業使用證明，據以駁回被上訴人退稅之申請。上訴人係認定事實錯誤進而適用法令錯誤，致被上訴人溢繳稅款，應依稅捐稽徵法第28條第2項，返還溢繳之稅額等語，求為訴願決定及原處分均撤銷；暨上訴人應分別依被上訴人吳麗珠、林信賓之申請，分別作成退還渠溢繳之土地增值稅3,440,395元、2,573,459元及利息之行政處分。
三、上訴人則以：依據土地稅法第10條第1項第1款、屏東縣陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則第3條第1項第2款及第4條前段規定，凡經營養殖漁業，皆應依法取得「陸上魚塭養殖漁業登記證」，若未依法申請核准而作養殖使用，即屬違法使用，而系爭土地於89年1月28日當時作養殖漁塭使用，且未核准領有陸上魚塭養殖登記證，應認違法供農業使用，不符合土地稅法第39條之2第4項移轉時作農業使用之農業用地規定，難謂合法作農業使用。且屏東縣政府考量大鵬灣風景特定區環境特殊，許多非屬都市計畫農業區土地及非都市土地，違法作養殖使用，特訂定「屏東縣政府大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明核發辦法」，供無法取得「陸上魚塭養殖漁業登記證」之土地亦可適用土地稅法第39條之2第4項規定，被上訴人移轉當時無法提供「陸上漁塭養殖登記證」，尚可向屏東縣政府申請從來作農業使用證明，並提供憑核即可適用土地稅法第39條之2第4項規定，惟被上訴人仍未提出申請，東港分局即以其前次移轉現值為原地價按一般用地稅率課徵土地增值稅，並無「稅捐稽徵機關適用法令錯誤」而致溢繳稅款。則被上訴人未申請系爭土地之合法養殖證明文件，亦未於期限內提供憑核，上訴人按一般用地稅率課徵土地增值稅，並否准所請，於法有據等語，資為抗辯，求為判決駁回被上訴人在原審之訴。
四、原審判決撤銷訴願決定及原處分，並判命上訴人應分別依被上訴人吳麗珠、林信賓之申請，作成退還渠溢繳之土地增值稅及利息之行政處分，係以：（一）系爭土地之原使用分區為「一般農業區」，使用地類別為「農牧用地」。嗣於90年11月2日經編定為大鵬灣風景特定區，土地使用分區為遊憩區。嗣被上訴人於101年10月2日向東港分局申報移轉系爭土地，並申請依土地稅法第39條之2第4項規定課徵土地增值稅；上訴人以被上訴人未能檢具「陸上漁塭養殖登記證」或依「屏東縣大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明核發辦法」核發之作農業使用證明，認定系爭土地不符合土地稅法第39條之2第4項「作農業使用」之要件，故按一般用地稅率課徵土地增值稅，被上訴人並已繳清稅款。又嗣依「屏東縣大鵬灣風景特定區土地89年作農業使用審查作業要點」核發之屏東縣政府105年10月7日函後，被上訴人於105年10月19日向上訴人申請退還溢繳之稅款。基於上述客觀事實基礎下，系爭土地確屬於89年1月28日土地稅法修正公布生效時，為「作農業使用（養殖使用）之農業用地」，則依本院105年7月份第1次庭長法官聯席會議決議，稅捐稽徵法第28條第2項所稱之適用法令錯誤，法律文義包含因事實認定錯誤所致適用法令錯誤，則上訴人適用法令核定系爭土地之土地增值稅時，係對系爭土地是否屬「作農業用地使用（養殖使用）之農業用地」事實認定錯誤，其法令適用自必違誤。系爭土地於89年1月28日土地稅法第39條之2修正公布生效前，仍作農業使用，符合該條第4項規定計算漲價總數額，被上訴人依稅捐稽徵法第28條第2項規定請求退還溢繳之稅款，自屬有據。（二）另依財政部89年11月8日函釋意旨，當事人檢附直轄市、縣（市）農業主管機關核發之作農業使用證明文件，非作為上訴人認定系爭土地使用事實之唯一依據。又系爭土地屬大鵬灣風景特定區之土地，業經屏東縣政府以獎勵大鵬灣風景特定區土地開發並配合土地稅法第39條之2第4項規定，制定「屏東縣大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明核發辦法」俾以保障此等土地於土地稅法89年1月28日修正施行前原得享有得免徵土地增值稅之利益，則縱被上訴人於系爭土地之土地增值稅申報時未提供證明，上訴人亦非無從依職權查知系爭土地核屬作農業使用之農業用地之事實；且被上訴人亦已於土地增值稅申報書勾選「本筆土地於89年1月28日土地稅法修正公布生效時，為作農業使用之農業用地」，上訴人自應予審酌。況納稅義務人雖負有申報義務，但稅捐債務非基於申報行為而告確定，須待稅捐稽徵機關就申報內容依職權調查事實、適用法令始作成核課處分以確認稅額，是縱被上訴人就土地增值稅之稅捐債務未負協力義務，尚不影響上訴人應職權查知確認核定稅額之責等語，為其論據。
五、本院查：
（一）按土地稅法第10條第1項第1款規定：「本法所稱農業用地，指非都市土地或都市土地農業區、保護區範圍內土地，『依法』供下列使用者︰一、供農作、森林、養殖、畜牧及保育使用者。」土地稅法第39條之2第1項（農業發展條例第39條第1項規定亦同）、第4項規定：「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」「作農業使用之農業用地，於本法中華民國89年1月6日修正施行後第一次移轉，或依第1項規定取得不課徵土地增值稅之土地後再移轉，依法應課徵土地增值稅時，以該修正施行日當期之公告土地現值為原地價，計算漲價總數額，課徵土地增值稅。」土地稅法於89年1月6日修正施行前，第39條之2係規定：「農業用地在依法作農業使用時，移轉與自行耕作之農民繼續耕作者，免徵土地增值稅。」惟修正施行後，則係就「作農業使用之農業用地」改採「得申請不課徵土地增值稅」之立法政策。是上述土地稅法第39條之2第4項所規範於土地稅法89年1月6日修正施行後第1次移轉或依同條第1項規定取得不課徵土地增值稅之土地後再移轉，以土地稅法89年1月6日修正施行日即89年1月28日當期之公告土地現值為原地價，作為核算漲價總數額之基準之「作農業使用之農業用地」，自係指於89年1月6日修正之土地稅法於施行日即89年1月28日屬「作農業使用之農業用地」，俾以保障此等土地於土地稅法89年1月28日修正施行前原得享有得免徵土地增值稅之利益。
是以，如土地稅法於施行日即89年1月28日時，未作農業使用之農業用地，尚無以上開89年1月28日當期之公告土地現值為原地價規定之適用。又基於土地使用有效管制目的，解釋「作農業使用之農業用地」之要件時，應以「合法」供農業使用為限。倘不符合使用管制規定之土地使用情形，既屬違規使用，即不應享有租稅優惠，否則有違鼓勵並落實農地農用之立法目的。司法院釋字第566號解釋理由書亦闡釋：「所稱『農業用地』，依同條例（按：農業發展條例）第3條第10款規定，指『供農作、森林、養殖、畜牧及與農業經營不可分離之農舍、畜禽舍、倉儲設備、曬場、集貨場、農路、灌溉、排水及其他農用之土地』，立法者並未限定該土地須為經依法編定為一定農牧、農業用途或田、旱地目，始為農業用地，惟基於法律適用之整體性，該土地仍須以合法供農用者為限，而不包括非法使用在內。」綦詳。準此，土地稅法第39條之2第4項之適用，須以土地符合農業用地之「合法使用」為前提，且須從89年1月6日土地稅法修正施行以前即已存在，於89年1月6日修正之土地稅法於施行日即89年1月28日屬作農業使用之農業用地；倘土地雖作農業使用，但因未符合相關農管法令致為違法使用時，仍與該條項規定不符。
（二）又當時之臺灣省政府依漁業法第69條授權，於83年7月9日發布「臺灣省陸上魚塭養殖漁業登記管理規則」（90年9月1日廢止），其第4條規定：「養殖漁業者應取得陸上魚塭養殖漁業登記證（以下簡稱養殖漁業登記證）始得經營。」該管理規則並規範魚塭養殖漁業登記證之效期最長不得超過5年，且於效期屆滿前如需繼續經營，應於期滿前3個月內申請核發新證（第7條、第8條參照），而相類似規定，亦可見諸於農委會89年12月30日發布之「陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」第6條及第7條（於97年5月21日廢止），以及91年12月30日發布「屏東縣陸上魚塭養殖漁業登記及管理規則」第3條第1項第2款、第4條前段及第5條等規定。可知依89年1月28日當時法規狀態，系爭土地於101年10月申報移轉時，土地所有人或養殖業者均應取得89年1月28日當時魚塭養殖漁業登記證始得將系爭土地作魚塭使用。蓋基於水土資源管理，防止地層下陷，對於經營陸上魚塭養殖漁業之土地使用予以管制，養殖漁業者對於土地之利用，負有遵守國家課予人民之公法上義務，應於向主管機關申准取得魚塭養殖漁業登記證後，始得合法經營陸上魚塭養殖漁業；如其土地供作魚塭養殖漁業使用，不符合相關管制規定，無法申准核發魚塭養殖漁業登記證者，其土地利用於實質上亦非合法供農業使用。復依101年4月12日修正發布之「屏東縣大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明核發辦法」（嗣於105年8月15日修正為「屏東縣大鵬灣風景特定區土地89年作農業使用審查作業要點」）第4條規定：「申請土地如有地上物，應檢附農業設施容許使用同意書及建築執照。」足知，依該辦法申請從來作農業使用證明，如係土地上有魚塭養殖之設施，自應檢附魚塭養殖漁業登記證或所謂魚塭容許使用同意書等文件，始合於申請從來作農業使用證明之要件。故如土地於89年1月28日當時作養殖漁塭使用，而未核准領有陸上魚塭養殖登記證，應認違法供農業使用，不符合土地稅法第39條之2第4項移轉時作農業使用之農業用地規定。
（三）再按「納稅義務人因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款者，稅捐稽徵機關應自知有錯誤原因之日起2年內查明退還，其退還之稅款不以5年內溢繳者為限。」稅捐稽徵法第28條第2項定有明文。法條既已明定「稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤，致溢繳稅款」之要件，即須課稅處分具適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關錯誤之情事。又因稅捐債務係於稅捐要件合致時即已發生，故不論該稅捐債務係由納稅義務人自行報繳或由稅捐稽徵機關作成核課處分者，其認定事實及適用法令之基準時點原則上均應為稅捐要件合致時即所謂「行為時」。是依稅捐稽徵法第28條第2項主張稅捐稽徵機關適用法令錯誤之退稅請求，原則上亦應以行為時作為認定事實及法令適用之基準時點。土地增值稅是因土地移轉而課徵之稅捐（土地稅法第28條前段、第39條之2第1項、第4項規定參照），故應認於「土地移轉時」即為土地增值稅之稅捐要件合致時作為認定事實及法令適用之基準時點。
（四）經查，系爭土地原使用分區為一般農業區，使用地類別為農牧用地，嗣於90年11月2日經編定為大鵬灣風景特定區，土地使用分區為遊憩區，系爭土地於101年10月申報移轉時，並申請依土地稅法第39條之2第4項課徵土地增值稅，但未取得之前屏東縣政府核發之魚塭養殖漁業登記證，亦未依當時即101年4月12日修正發布之「屏東縣大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明核發辦法」取得從來作農業使用證明，經東港分局按一般用地稅率課徵土地增值稅一節，為原審依法所確定之事實。上訴人於89年1月28日土地稅法修正施行時，既未取得魚塭養殖漁業登記證，亦未取得屏東縣大鵬灣風景特定區土地從來作農業使用證明，縱使系爭土地曾作魚塭使用，仍屬違法為魚塭使用，其土地利用於實質上並非合法供農業使用，自與土地稅法第39條之2第4項規定不符。東港分局以101年10月9日屏稅東分壹字第1010521235、1010521237號函告知補正，被上訴人未於期限內補正，則系爭土地於101年10月申報移轉時，上訴人按一般用地稅率課徵土地增值稅之處分，該稅捐要件合致時點，系爭土地並無因符合「於89年1月6日修正之土地稅法於施行日即89年1月28日屬作農業使用之農業用地」要件，卻予以按一般稅率課徵土地增值稅之適用法令錯誤或認定事實錯誤導致適用法令錯誤情事。縱被上訴人嗣後於105年依「屏東縣大鵬灣風景特定區土地89年作農業使用審查作業要點」取得屏東縣政府105年10月7日函〔即作農業使用（養殖使用）證明〕，並不影響已具形式存續力之101年課稅處分，於稅捐要件合致時為未合法供作農業使用（養殖使用）的事實，故不構成稅捐稽徵法第28條第2項所稱之適用法令錯誤或其他可歸責於政府機關之錯誤。況屏東縣政府105年10月7日函〔即作農業使用（養殖使用）證明〕係於105年10月7日核發，縱嗣後補辦魚塭養殖漁業登記證或取得魚塭容許使用同意書而容許作農業使用，亦僅得就其於補辦容許作農業使用後之移轉時，申請適用土地稅法第39條之2第4項規定。原處分否准被上訴人申請退稅，依上開規定及說明，於法洵屬有據。又財政部89年11月8日函釋係指土地是否確實作農業使用規定，主管稽徵機關具有調查審酌之權限。本件上訴人以被上訴人就系爭土地於101年申報移轉當時，因未取得魚塭養殖證明或從來作農業使用之證明，而未有合法作農業（養殖）使用之事實，認與土地稅法第39條之2第4項規定不符，已如前述，並非未予調查審酌土地是否合法作農業使用。是被上訴人執財政部89年11月8日函釋，主張：上訴人未實質調查，徒以被上訴人未具備陸上魚塭養殖漁業登記證認定不符土地稅法第39條之2第4項規定，致錯誤認定事實導致適用法令錯誤云云，顯屬誤解，並無足取。原判決未就土地稅法第39條之2第4項規定關於「於89年1月6日修正之土地稅法於施行日即89年1月28日屬作農業使用之農業用地」要件，須以合法供農業使用（養殖使用）之立法意旨予以考量，及未就稅捐稽徵法第28條第2項規定其認定事實及適用法令之基準時點原則上應為稅捐要件合致時之規範目的予以論斷，遽以被上訴人101年10月2日向東港分局申報移轉系爭土地時未檢具作農業使用之相關證明，縱未負協力義務，上訴人應職權查知其符合土地稅法第39條之2第4項規定，逕認被上訴人嗣於105年10月7日被上訴人取得屏東縣政府105年10月7日函〔即作農業使用（養殖使用）證明〕，系爭土地確屬於89年1月28日土地稅法修正公布生效時，為「作農業使用（養殖使用）之農業用地」，被上訴人於105年10月19日申請退還溢繳土地增值稅，並無不合，其適用法規即有不當，並有判決不備理由之違法，且與判決結論有影響，是上訴論旨指摘原判決違背法令，求予廢棄，為有理由。因本件事實已臻明確，且上訴人於原審已主張被上訴人對系爭土地未合法作農業使用，本院自為判決並不會對兩造造成突襲，故由本院依行政訴訟法第259條第1款規定，廢棄原判決，並駁回被上訴人在第一審之訴。
六、據上論結，本件上訴為有理由。依行政訴訟法第256條第1項、第259條第1款、第98條第1項前段、第104條、民事訴訟法第85條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 107 年 10 月 31 日
最高行政法院第二庭
審判長法官 吳 東 都
法官 陳 秀 媖法官 程 怡 怡法官 張 國 勳法官 胡 方 新以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 107 年 10 月 31 日
書記官 張 玉 純