最 高 行 政 法 院 判 決
109年度判字第459號上 訴 人 新竹縣政府稅務局（原名新竹縣政府稅捐稽徵局）代 表 人 彭惠珠訴訟代理人 程嘉惠被 上訴 人 黃柏嵩訴訟代理人 彭亭燕 律師上列當事人間土地增值稅事件，上訴人對於中華民國107年9月20日臺北高等行政法院107年度訴字第539號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文原判決廢棄，發回臺北高等行政法院。
理 由
一、被上訴人於民國99年5月5日申報移轉訴外人即被上訴人父親黃燦富贈與之新竹縣○○鄉○○段○○○○號土地（權利範圍6分之1，下稱系爭土地），並檢附新竹縣寶山鄉公所（下稱寶山鄉公所）99年4月13日寶農字第0993000657號農業用地作農業使用證明書，向上訴人申請依土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅，經審查資料尚無不符，原核准不課徵土地增值稅在案。嗣後寶山鄉公所於106年1月3日以寶農字第1053003748號函，撤銷系爭土地之農業用地作農業使用證明書，是上訴人於106年2月16日以新縣稅東字第1060037273號函（下稱原處分）對被上訴人補徵土地增值稅計新臺幣（下同）4,021,043元。被上訴人復於106年4月5日（上訴人收文日）以塗銷登記為由向上訴人申請更正核定土地增值稅，然未檢附向地政機關辦理塗銷登記之土地登記謄本，上訴人以106年4月28日新縣稅東字第1060039001號函否准其申請。被上訴人並於106年4月17日向上訴人申請展延繳納期間，經上訴人檢送核定展延繳納期間之土地增值稅繳款書，准予展延繳納期間自106年5月8日起至106年6月6日止。被上訴人不服，循序提起行政訴訟，並聲明：訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。經原審判決撤銷訴願決定及原處分（含復查決定）。上訴人不服，乃提起本件上訴。
二、被上訴人起訴主張及上訴人於原審之答辯均引用原判決所載。
三、原審以：（一）依稅捐稽徵法第12條之1及其立法理由，以及納稅者權利保護法第7條等關於實質課稅之規定，關於農業用地是否確供作農業使用之認定，仍應本諸實質課稅原則核實認定。茍就整體觀察，依社會一般通念，可認符合農業使用，縱全部農地中有極小面積比例係供地主祖先墳墓使用，要不得以此否定其為農業使用，否則有違比例原則及實質課稅公平原則。本件核准發給農業用地作農業使用證明書及撤銷農業用地作農業使用證明書，實際承辦人均係寶山鄉公所寶山村幹事張秋露，其到庭證述核發與撤銷農業用地作農業使用證明書相關勘查過程。其中原審受命法官曾詢問張秋露：系爭土地有7公頃之多，5座墳墓面積加起來大約不超過20坪，這樣會影響林木存在的農業使用嗎？張秋露對此證稱：因行為時農業用地作農業使用認定及核發證明辦法第8條第1款有規定，如編定前已存在的墳墓，檢具證明才可以認定作農業使用等語。足見，系爭土地地目為林，使用類別為林業用地，現況為雜木林，如無所爭議之墳墓存在，則系爭土地全部均符合農業用地作農業使用，此所以寶山鄉公所99年4月間，因現場勘查時未發現上開墳墓，而准予發給農業用地作農業使用證明書之理由所在。嗣於105年間，雖因檢舉再度勘查時發現墳墓，然由證人所述，該墳墓係分散四處，且藏在草堆雜木中，經通知當事人現場導引方才找到。又農地總面積高達71,097.87平方公尺，墳墓共5座，其中未編定者有4座，每座大約3、4坪左右，未編定之4座面積約16坪（約53平方公尺），亦即違法墳墓面積占土地總面積比例僅千分之0.7，其餘千分之999部分，均為雜木林，符合農地農用。復所爭議墳墓，均為土地所有權人祖先之墳墓，其中並有因交通部高速公路局施工始為遷建，遷建時間更早於85年及89年、90年間，類此情形，如仍謂非屬農地農用，實違反比例原則及社會一般通念。是土地是否符合農地農用，應為實質審查，不受鄉公所是否撤銷農業用地作農業使用證明書之拘束，方符司法院釋字第420號解釋之課稅公平原則。準此，系爭土地符合農地農用，上訴人僅以形式上寶山鄉公所撤銷農業用地作農業使用證明書為由，對被上訴人補徵土地增值稅，即有未合。（二）至於本件是否已逾5年之核課期間？及系爭土地持分業經贈與人黃燦富訴請撤銷贈與，並經法院判決被上訴人應將所有權移轉登記予黃燦富，是否可免徵土地增值稅等情，均已不影響本件之結果等詞，為其論據，因將訴願決定及原處分（含復查決定）均予撤銷。
四、本院按：
（一）土地稅法第39條之2第1項規定：「作農業使用之農業用地，移轉與自然人時，得申請不課徵土地增值稅。」農業發展條例第37條規定與此完全相同。農業發展條例第39條規定：「（第1項）依前2條規定申請不課徵土地增值稅或免徵遺產稅、贈與稅、田賦者，應檢具農業用地作農業使用證明書，向該管稅捐稽徵機關辦理。（第2項）農業用地作農業使用之認定標準，前項之農業用地作農業使用證明書之申請、核發程序及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關會商有關機關定之。」土地稅法施行細則第58條規定：「（第1項）依本法第39條之2第1項申請不課徵土地增值稅者，應檢附直轄市、縣（市）農業主管機關核發之農業用地作農業使用證明文件，送主管稽徵機關辦理。（第2項）直轄市、縣（市）農業主管機關辦理前項所定作農業使用證明文件之核發事項，得委任或委辦區、鄉（鎮、市、區）公所辦理。」準此，申請不課徵土地增值稅，應檢具農業主管機關核發之農業用地作農業使用證明書，向該管稅捐稽徵機關辦理。法律規定農業用地作農業使用證明書提出，是立法者所定必備的證明方法，同時亦是申請獲准之要件，而農業用地作農業使用證明書對於待證事實之實質證據力如何，稅捐稽徵機關仍有就稅法相關規定為審酌之權限，非謂只要一經提出農業用地作農業使用證明書，稽徵機關即受該證明書之拘束。又土地法第40條規定，地籍整理以縣市○區○區○○段，段再分宗，依宗編號，此即為宗地，而此之「宗」，即一般所稱「筆」，可知土地係以「宗」為最小計算單位，而土地增值稅土地之核算亦以宗地（筆）為單位，舉凡核課、徵免均按宗為認定標準，其所以如此，除「宗地」係土地最小之計算單位外，同時亦為管理之行政手段所必須，是農地之核准免稅，係以宗為單位，即依每宗為徵免之標準。是以，移轉之農業用地，有無作農業使用，而得依上開規定申請不課徵土地增值稅，原則上應依整筆農業用地之使用狀態而為認定依據。農業發展條例第39條第2項規定授權訂定之行為時（即102年7月23日修正發布前）農業用地作農業使用認定及核發證明辦法第8條第1款規定：「農業用地部分面積有下列情形之一，且不影響供農業使用者，得認定為作農業使用：一、於土地使用編定前已存在有墳墓，經檢具證明文件者。」農業用地部分面積如於土地使用編定前已存在有墳墓，且不影響供農業使用者，得認定為作農業使用。
（二）稅捐稽徵法第21條規定：「（第1項）稅捐之核課期間，依左列規定：一、依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期間內申報，且無故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者，其核課期間為5年。……三、未於規定期間內申報，或故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者，其核課期間為7年。（第2項）在前項核課期間內，經另發現應徵之稅捐者，仍應依法補徵或並予處罰；在核課期間內未經發現者，以後不得再補稅處罰。」第22條第1款、第2款規定：「前條第1項核課期間之起算，依左列規定：一、依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期間內申報者，自申報日起算。二、依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，未在規定期間內申報繳納者，自規定申報期間屆滿之翌日起算。」可知核課期間應以核課權成立之日起算，依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期間內申報者，核課期間自申報日起算；依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，未在規定期間內申報繳納者，自規定申報期間屆滿之翌日起算。如已逾核課期間，依稅捐稽徵法第21條第2項規定，則不得再補稅處罰。如上所述，稅捐稽徵機關對於農業用地作農業使用證明書就待證事實實質證據力如何，具有為審酌之權限，尚不受該證明書之拘束，則稅捐稽徵機關並非俟農業主管機關撤銷原核發農業用地作農業使用證明書，始得據以補徵土地增值稅，其核課權之行使，完全與農業主管機關何時通知稅捐稽徵機關撤銷原核發農業用地作農業使用證明書之時點無關。故補徵土地增值稅之核課期間仍應依稅捐稽徵法第21條第1項規定，及其起算點依第22條規定為之。財政部101年5月15日台財稅字第10104003150號函釋略以：「農業用地經核准依土地稅法第39條之2第1項規定不課徵土地增值稅辦竣移轉登記後，稅捐稽徵機關既需俟農業主管機關撤銷原核發系爭土地之農業用地作農業使用證明書，始得據以更正原核定不課徵土地增值稅之處分，其補徵土地增值稅之核課期間自農業主管機關通知稅捐稽徵機關更正之收件日起算。」牴觸稅捐稽徵法第22條第1款之規範意旨，已創設或變更上開法條之效力，並對於人民之權利增加法律所無之限制，自屬違法。
（三）經查，系爭土地上有5座墳墓，其中1座存於新竹縣政府編定（73年10月15日）前，其餘4座存於編定後，墳墓以外為雜木林等情，為原審確定之事實。被上訴人於訴願書及原審起訴狀，雖陳稱略以：系爭土地上墳墓已存在多年，被上訴人從未隱蔽，寶山鄉公所承辦人為審查系爭土地是否農用到現場勘查時一定會看到墳墓，被上訴人並無故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐等語，惟系爭土地上是否有墳墓存在及其存在時點，屬當事人所掌握之證據資料，核發農業用地作農業使用證明書之鄉公所承辦人員並未直接參與當事人之生活活動，其能掌握之資料自不若當事人。而系爭土地整體作農業使用之狀態，係為獲准核發農業用地作農業使用證明書之重要事項，被上訴人或其父黃燦富未據實以告有土地使用編定後之墳墓存在，取得農業用地作農業使用證明書，被上訴人進而持以申請不課徵土地增值稅，上訴人認被上訴人有以不正當方法為之。究上訴人有無以不正當方法漏稅之情，此與本件核課期間應否適用稅捐稽徵法第21條第1項第3款規定7年，密切相關。
被上訴人已於99年5月5日申報移轉受贈系爭土地，則核課期間於申報日起，已開始起算，上訴人於106年2月16日以原處分對被上訴人補徵土地增值稅，已逾5年但未尚未逾7年。如已逾核課期間，即不得再為補稅。如仍在核課期間內，上訴人查明系爭土地上有4座於新竹縣政府編定後才存在之不合法墳墓，且系爭土地之農業用地作農業使用證明書業經主管機關撤銷，溯及既往失其效力，則原審就上開應依職權調查之事實，未依職權調查及審究，亦未釐清何以無土地稅法第39條之2第1項規定法定必備之農業用地作農業使用證明書，卻尚得享有不課徵土地增值稅，及未自土地增值稅之核課原則上係以整筆農業用地之使用狀態暨其上墳墓應於土地使用編定前即存在為認定依據而論斷，遽以違法之墳墓面積占土地總面積比例並援引比例原則，逕認符合農地農用而為被上訴人有利之判決，有判決適用法規不當、不適用法規及理由不備之違法。
（四）綜上所述，原判決既有如上所述適用法規不當、不適用法規及理由不備之違法，並與判決結論有影響，故上訴意旨求為廢棄，即有理由。惟因本件事證尚有由原審法院再為調查審認之必要，本院並無從自為判決，爰將原判決廢棄，發回原審法院另為適法之裁判。
五、據上論結，本件上訴為有理由，依行政訴訟法第256條第1項、第260條第1項，判決如主文。
中 華 民 國 109 年 9 月 3 日
最高行政法院第二庭
審判長法官 吳 東 都
法官 陳 秀 媖法官 王 俊 雄法官 林 妙 黛法官 胡 方 新以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 109 年 9 月 3 日
書記官 張 玉 純