最 高 行 政 法 院 判 決112年度上字第489號上 訴 人 佳和桂科技股份有限公司代 表 人 魏士益訴訟代理人 翁林瑋 律師
王佩絹 律師何婉菁 律師被 上訴 人 財政部北區國稅局代 表 人 李雅晶訴訟代理人 張佩君輔助參加人 經濟部產業發展署(原經濟部工業局)代 表 人 邱求慧上列當事人間營利事業所得稅事件，上訴人對於中華民國112年6月1日臺北高等行政法院111年度訴字第115號判決，提起上訴，本院判決如下：
主 文
一、上訴駁回。
二、上訴審訴訟費用由上訴人負擔。理 由
一、上訴人代表人由魏芳桂變更為魏士益；被上訴人代表人由蔡碧珍變更為李怡慧，再變更為李雅晶；輔助參加人代表人由連錦漳、楊志清變更為邱求慧，茲分據新任代表人具狀聲明承受訴訟，核無不合。
二、上訴人係經營其他化學原材料製造業，為辦理107年度營利事業所得稅結算申報（列報研究發展支出新臺幣［下同］19,815,241元及該年度抵減稅額2,972,286元），於民國108年5月21日依據行為時（下同）公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法（於107年4月23日修正發布名稱，原名稱：公司研究發展支出適用投資抵減辦法，下稱投資抵減辦法）第14條之規定，向中央目的主管機關即輔助參加人提報4項研發計畫，輔助參加人於108年10月31日召集專家學者召開「107年度研發活動創新認定生技醫藥領域第1次審查會議」後，另以108年12月27日工策字第10801355200號函延長審查期間2個月，嗣檢送109年1月14日工化字第10801365950號函（即第一次審認或系爭認定處分）及研究發展活動認定意見書予被上訴人，經被上訴人參酌後，認定「4項研發計畫不具高度之創新」，核定上訴人研究發展支出及該年度抵繳稅額均為0元。上訴人不服，申請復查，經被上訴人函請輔助參加人再行審認，輔助參加人以110年3月29日工化字第11000257820號函（即第二次審認）回復，認定上訴人107年度研究發展活動申請之計畫重點摘要書內未見其製程創新性之描述內容，不符合高度創新研發活動之範疇，被上訴人遂以輔助參加人再行審認仍未符合投資抵減辦法，駁回上訴人之復查申請。上訴人仍不服，提起訴願，被上訴人復再行將上訴人之訴願理由書及補充理由書送請輔助參加人審認，經輔助參加人以110年10月21日工化字第11001054250號函（即第三次審認）再行審認仍未符合投資抵減辦法第2條所稱「具有高度之創新」，財政部乃駁回其訴願。上訴人仍不服，提起行政訴訟，並聲明：訴願決定及原處分（即復查決定）均撤銷。案經臺北高等行政法院（下稱原審）111年度訴字第115號判決（下稱原判決）駁回後，上訴人遂提起本件上訴，並聲明：原判決廢棄；訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。
三、上訴人起訴主張、被上訴人在原審答辯與輔助參加人之陳述均引用原判決之記載。
四、原審斟酌全辯論意旨及調查證據之結果，以：㈠輔助參加人認定上訴人「不符合高度創新」時，即應將其「
研究發展活動認定意見書」送達予上訴人，俾利上訴人對輔助參加人之行政處分，向經濟部提起訴願，並向行政法院（以輔助參加人為被告）提起「應作成符合高度創新之行政處分」之課予義務訴訟，上訴人再持輔助參加人所作成「符合高度創新（之審查意見或行政處分）」，向被上訴人申請投資抵減稅額。又上訴人研發活動「是否符合高度創新」之判斷具有高度專業性，對之有爭執時，只能向經濟部提起訴願，被上訴人、財政部（訴願單位）並無專業能力審定，亦無法於行政訴訟中由行政法院代替輔助參加人來認定「上訴人已符合高度創新」。
㈡稅捐減免係屬稅捐債權消滅事由，應由主張有此積極事實之
納稅義務人負其舉證責任。又稅捐優惠隱藏有「補貼」意義，係犧牲稅捐之公平性與中立性，因此，以租稅優惠為手段獎勵產業投資於研究發展，須作嚴格之解釋，故投資抵減辦法第2條第1項所稱「研究發展」應限制在「具有高度前瞻性、風險性、開創性之營業活動」範圍內，俾免企業藉口研究發展換取優惠，損及國家財政。由於專利之取得，並非判定研發活動是否具高度創新之唯一標準，而上訴人研發成果，與上訴人所獲得「我國及美國專利」間之關連性，仍須藉助輔助參加人之專業判斷，原審無從憑卷內證據自行認定「上訴人申請已符合高度創新」，因此，在本件稅捐減免之訴訟程序中，縱原審認定輔助參加人製作之「上訴人不符合高度創新審查意見書」之程序違法，仍無法得到「上訴人108年5月21日申請已符合高度創新」之結論。在上訴人未能提出輔助參加人所出具之「符合高度創新（之審查意見或行政處分）」且無證據可證明「上訴人已符合高度創新」之情形下，原處分否准上訴人列報研究發展支出19,815,241元及該年度抵減稅額2,972,286元，核定上訴人研究發展支出及該年度抵繳稅額均為0元，即無違誤。
㈢輔助參加人所為3次審認均只通知被上訴人，並未副知上訴人
，是以，關於上訴人108年5月21日申請事項，輔助參加人尚未作出否准之決定，只是將審查結果通知被上訴人以為稅捐參考，故上訴人尚無從對108年5月21日申請（尚未作成）之結果，向經濟部提出訴願。又上訴人是對原處分提起訴願，並非就輔助參加人尚未作成之「上訴人108年5月21日申請不符高度創新」行政處分向經濟部提起訴願，是以，訴願決定稱上訴人與輔助參加人間就該研究發展活動所生認定歧異事項，上訴人應向輔助參加人申請以求解決，非訴願審理範疇，並無違誤。另輔助參加人109年1月14日工化字第10801365951號函未告知「上訴人108年5月21日申請不符合高度創新」之審查意見書內容，亦未載明救濟期間，上訴人可得依行政訴訟法第5條第1項規定提起行政救濟，併此敘明，因之以原判決駁回上訴人在原審之訴。
五、本院按：㈠產業創新條例第10條規定：「(第1項)為促進產業創新，最近
3年內無違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律且情節重大情事之公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更，並以不超過其當年度應納營利事業所得稅額百分之30為限：一、於支出金額百分之15限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。二、於支出金額百分之10限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。(第2項)前項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。」依產業創新條例第10條第2項規定授權訂定之投資抵減辦法第2條規定：「(第1項)本辦法所稱研究發展，指公司或有限合夥事業以科學方法或技術手段自行從事產品、技術、勞務、服務流程或創作之創新活動。(第2項)公司或有限合夥事業適用投資抵減應具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。」第12條規定：「前條所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指抵減稅捐稽徵機關核定之當年度營利事業課稅所得額依規定稅率計得之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定之上1年度未分配盈餘按百分之10計得之應加徵稅額。」第14條第1項及第2項規定：「(第1項)公司或有限合夥事業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請就其資格條件及當年度研究發展活動是否符合第2條至第4條規定提供審查意見：一、公司或有限合夥事業之組織系統圖及研究人員名冊。二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。四、研究計畫、紀錄或報告。五、其他有關證明文件。(第2項)中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後7個月內，將前項審查意見函送公司或有限合夥事業所在地稅捐稽徵機關供辦理核定投資抵減稅額。但不符第3條規定者，僅函送資格條件審查意見。中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間2個月，並敘明事由事先通知公司或有限合夥事業所在地稅捐稽徵機關。」㈡由上開規定可知，稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額，係先由
中央目的事業主管機關依其專業而作成申請人當年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條至第4條規定之認定（審查意見），嗣由稅捐稽徵機關依此認定，而對納稅義務人所申請研究發展支出抵減當年度應納營利事業所得稅額予以核定。稅捐稽徵機關所作成核定投資抵減稅額，係由稅捐稽徵機關與中央目的事業主管機關此等2個機關本於各自職權之行政行為之審定結果，而作成核定研究發展支出可抵減稅額，致對外發生法律上之規制作用，使人民公法上權利義務關係受到確認或發生變動。而不同行政機關將各自行為對外表現，並已通知當事人，該行政行為產生外部效力，自具有行政處分性質。又觀諸投資抵減辦法之各項規定內容，投資計畫及營業活動項目是否符合高度之創新要件審查，始終是交由輔助參加人及相關經濟主管機關執行。僅有在「投資活動符合高度創新要件」之「給定」前提下，其免稅之法律效果應如何形成（即免稅所得應如何計算之議題），方依投資抵減辦法第11條、第12條規定為被上訴人計算依據，由此規範結構大體上即可明瞭稅捐稽徵機關與經濟活動主管機關間之分工，即投資活動是否符合高度之創新要件事實之審查，由公司或有限合夥事業向中央目的事業主管機關提出申請，由經濟活動主管機關負責審查，而投資免稅法律效果之形成量化，則由稅捐稽徵機關負責審查。前揭二程序先後由不同行政機關作成決定，稅捐稽徵機關尊重其前階段申請認定程序，是原判決肯認輔助參加人認定上訴人關於107年度研究發展活動是否符合投資抵減辦法第2條至第4條規定之審查意見（即系爭認定處分），應係行政處分，可單獨對之提起救濟之結論，於法並無違誤。上訴意旨主張本件為多階段行政處分，上訴人僅得就被上訴人所為之行政處分提起訴訟，依本院91年度判字第2319號判決意旨，原審審查範圍應包含各階段行政行為是否適法，迺原判決違法認定輔助參加人所為之審查意見為行政處分，上訴人應單獨對之提起行政救濟，有適用法律錯誤之違法云云，核屬主觀一己之見解，自無足採。
㈢至於多階段行政程序，稅捐稽徵機關應受前階段其他機關所
作基礎處分拘束，而上訴人可對該基礎處分獨立提起救濟之情形時，則在基礎處分除非具有無效之事由而無效外，具有存續力，於未經撤銷、廢止或未因其他事由而失其效力前，其效力繼續存在（行政程序法第110條第3項參照），被上訴人應以輔助參加人系爭認定處分作為原處分之基礎。本件經上訴人檢附相關文件資料向輔助參加人提出申請，前經輔助參加人以系爭認定處分作成其不符合投資抵減辦法應具高度創新要件之認定(審查意見)，並經輔助參加人以109年1月14日工化字第00000000000號函通知被上訴人及副知上訴人（原審卷第149頁），雖該函並未檢送審查意見，然輔助參加人之審查意見（即認定上訴人之投資活動不符合高度創新）已由被上訴人於原處分併同給上訴人知悉，足認輔助參加人已就該申請案是否符合投資抵減辦法第2條至第4條規定而為審查，其認定對外即直接發生法律效果，性質上應屬行政處分，且系爭認定處分並無行政程序法第111條各款所列之無效事由，是於系爭認定處分未經撤銷、廢止或未因其他事由而失其效力前，其效力繼續存在，被上訴人以系爭認定處分為原處分之基礎，亦即本件抵減稅額之申請未符合中央目的事業主管機關已認定其有高度創新之要件，被上訴人據此否准上訴人列報研究發展支出19,815,241元及該年度抵減稅額2,972,286元，核定上訴人研究發展支出及該年度抵繳稅額均為0元，自屬有據。本件上訴人既係針對原處分為訴訟客體提起本件訴訟，而非以有效之輔助參加人系爭認定處分為訴訟客體，則關於輔助參加人系爭認定處分之實質合法性，即非本件審理之範圍。原判決維持原處分，駁回上訴人之訴，理由雖有未洽，惟結論並無不合。是上訴人主張輔助參加人之審查程序違反投資抵減辦法第14條第2項、行政程序法第102條、經濟部認定商業服務業從事研究發展活動作業要點第7點、第9點及行政自我審查，惟原判決就上開爭點均未實質審理，亦未敘明理由，有判決不適用行政訴訟法第189條規定及不備理由之違法云云，乃系爭認定處分是否違法之問題，核與原處分之作成是否違法無涉，上訴意旨前開主張，自無足採。
㈣輔助參加人就上訴人之研究發展活動所提出之系爭認定處分
，性質上屬行政處分，業如前述。上訴人於對原處分提起復查時已於復查聲請書表示對系爭認定處分不服之意（原處分卷第203頁至第269頁），依訴願法第61條第1項規定，視為自始已就系爭認定處分向訴願管轄機關經濟部提起訴願，應由被上訴人將該事件移送於輔助參加人依訴願法第58條規定程序辦理，併予指明。原判決敘明輔助參加人系爭認定處分並未作成，上訴人可依行政訴訟法第5條第1項規定對之提起怠為處分之行政救濟等語，理由雖有未洽，惟駁回之結論，尚無不合，仍應予維持。
㈤綜上所述，上訴人之主張均無可採，原判決駁回上訴人在原
審之訴，結論核無違誤。上訴論旨，仍執前詞，指摘原判決違背法令，求予廢棄，為無理由，應予駁回。
六、據上論結，本件上訴為無理由。依行政訴訟法第255條第1項、第98條第1項前段，判決如主文。中 華 民 國 114 年 10 月 9 日
最高行政法院第四庭
審判長法官 王 碧 芳
法官 鍾 啟 煒法官 陳 文 燦法官 羅 月 君法官 王 俊 雄以 上 正 本 證 明 與 原 本 無 異中 華 民 國 114 年 10 月 9 日
書記官 張 玉 純