臺北高等行政法院判決
94年度訴字第01918 號原 告 台灣莫仕股份有限公司代 表 人 甲○○○董事長）訴訟代理人 馮博生律師
林鈺珊律師複 代理 人 林慧蓉律師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 凌忠嫄（局長）訴訟代理人 乙○○上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國94年4 月22日台財訴字第09300580070 號訴願決定（案號：第00000000 號），提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實
一、事實概要：原告民國（下同）87年度營利事業所得稅結算申報，列報營業成本新臺幣（下同）3,494,954,433 元、營業費用及損失總額274,028,392 元、研究與發展支出67,316,
011 元及可抵減稅額10,097,402元。被告初查以其研究發展成果經美商摩勒克斯公司申請專利，非原告本身所享有為由，剔除相關研發之營業成本39,046,808元（含薪資支出30,958,308 元、伙食費595,800 元、研究費4,918,569 元及其他費用2,574,131 元）及營業費用28,269,203元（含薪資支出25,555,258元、伙食費706,271 元、研究費408,102 元及其他費用1,599,572 元），分別核定營業成本為3,455,907,
625 元、營業費用及損失總額245,759,189 元、研究與發展支出及可抵減稅額均為0 元，應補稅額26,926,404元。原告不服，申請復查，經被告以93年7 月9 日北區國稅法一第0000000000號復查決定書（下稱原處分）駁回復查，原告猶有未服，提起訴願亦遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：
（一）原告聲明：
１、訴願決定及原處分均撤銷。
２、訴訟費用由被告負擔。
（二）被告聲明：
１、駁回原告之訴。
２、訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：
（一）原告主張之理由：
１、原告已依法提出相關證明文件，以茲證明原告當年度列報遭被告剔除之與研究與發展支出相關之營業成本39,046,808元、營業費用28,269,203元，確為原告當年度研發支出之營業成本與費用：
（1）原告就所從事之研究與發展業依行為時公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法（下稱行為時投資抵減辦法）第9 條第1 項第1 款第1 目及第5 目及行為時公司研究發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點（下稱行為時審查要點），於研究與發展支出部分所要求應檢附之證明文件，即公司之組織系統圖及研究人員名冊、研究計畫及紀錄或研究計畫及報告，均已提出完整相關證明資料，被告所辯原告未提出完整資料云云，係強加法無明文之要求，於法不符：
①原告已於辦理87年度營利事業所得稅結算申報及後續之
復查及訴願等階段，依法備齊相關證明資料供被告及訴願機關參酌審理（諸如主要研發專案之研究計畫、研究報告、研究部門組織圖、研究人員薪資明細、工作職掌及學、經歷等）。
②原告嗣於行政訴訟程序中再次分別呈送所有該年度研發
專案之研究計畫、研究報告、研究部門組織圖、研究人員薪資明細、工作職掌及學、經歷予被告（95年5 月15日面呈，其中包括89個新產品計劃開發專案）。
③依原告之內部流程，凡屬年度研究專案者均應先製作「
Product Development Request 」（以下稱PDR ），內容載明該研究專案之預定時程、目前業界狀況、該研究專案之需求、成本效益分析等資訊，此屬原告研究專案之「研究計畫」，該「PDR 」即「研究計畫」經原告公司之主管委員會（PDR committee ）審核通過後始得開始進行該項研究專案；待研究專案完成後，必須製作「ENGINEERING CHANGE NOTIFICATION 」（下稱ECN ），詳為記載研究專案之成果，及相關規範、圖面等報告，而屬原告研究專案之「研究報告」，並對內對外公告之。是縱因時間相隔，且原告採全面電腦化，為節省電腦儲存空間，而未能提供完整之中間「研究記錄」，惟衡諸經驗法則，研究成果必係源自研究過程，不可能無中生有；原告既已提出研究專案始末之完整「研究計畫」及「研究報告」，二者一致且得相互勾稽，即足以證明該研究專案為真實。況依行為時投資抵減辦法及行為時審查要點規定之應檢附證明文件為「研究計畫及紀錄『或』研究計畫及報告」，亦即檢附「研究計畫」外，得就「研究紀錄」與「研究報告」二者有一即為已足，蓋衡諸該規定僅要求「或」即二者擇一即可者，乃在考量本於研究計畫而進行之研發工作，如已產生成果，則因研究報告已涵蓋成果產生前之各過程及結論，故即足證明確有研發工作之投入，亦即研究報告已涵蓋研發紀錄之功能，自無庸蛇足再提出研發紀錄；然於未產生成果或無研究報告者，則需以研發紀錄證明確有研發工作之投入，是二者僅需擇一為已足。原告既已提出研究計畫及報告，依該等規定所示，即無必要再提出紀錄，蓋報告已涵蓋了研發紀錄之功能，詎被告一再要求原告需另提出「研究紀錄」、甚而自創之「研發人員工作日誌」供核，實已逾越該規定之要求，被告否准本項投資抵減之申報，確屬於法無據。詳言之，PDR 即研究計畫及
ECN 即研究報告，其表格及附件實已足證明原告研發工作之開始、進行與完成，且係運用於原告之產品生產及製造：
A.ECN （T0000-0000及T0000-0000）表格及其部分附件，乃為研究專案之成果及相關規範、圖面，據此可證原告就PDR MXT 2264所提出之研究專案確實有完成之事實，且於該等研究完成後，原告亦就該等研究結果進行上市時間、製程FMEA、品管計畫、測量方法及原料等之因應規劃，並有其工程圖面以運用於原告之產品生產、製造上。又原告所提出之研究計畫中有ECN 者，其必有記載所擬研發之產品名稱、開發類別、客戶要求之開發時程、產量及營收之預測、專案計畫之背景、理由及規格之
PDR 研究計畫，且已有研發之成果，據此，已足證原告之研發工作的開始及確實進行之事實，且該等研發結果亦確實用於原告之生產、製造。簡言之，研究計畫既已產生研發成果並得以運用，即足證明研發事實，且PDR與ECN 前後一貫並得相互勾稽，實已無如被告所稱，再提供研發過程紀錄或報告、研發人員工作日誌等中間過程文件之必要，被告所要求，非惟法律所未明文要求（蓋行為時投資抵減辦法所要求檢附之文件為研究計畫及紀錄或報告，而不及於被告所另行要求之研發過程紀錄、研發人員工作日誌等），於舉證上亦無必要甚明。
B.又原告所提之「新產品計畫開發專案清單⑴及⑵」二表所示，其中有56項計畫均有ECN ，則至少就該56項計畫所進行對研發工作所生之研發成本及費用，應足認係屬原告所支出，而得予抵減及認列。
C.至就研究計畫無ECN 而僅有PDR 者，亦非表示原告並未進行研發工作，而僅係該等研究計畫或因無具體成果無法達到成果發表的階段，或嗣因無法達成提案目的、成本不符效益、客戶需求改變等而經決定放棄，如PDRNUM
BER ：MXT2213 計畫，於87年9 月14日經核准，於同年11月9 日經主管核准不再進行，惟不論如何，該計畫已至少行近2 個月之時間，其確已支出相關之研發成本及費用無疑。
④依原告所提87年度PDR 專利一覽表所示，原告已申請專
利之開發專案中，其中MXT 第2210及2271號所申請之專利，係以原告名義為專利申請人之專利證書（證書號第164786號），據原告所提證書號新型第164786號（申請案號00000000）專利證書所示，可證原告確有研發事實及取得專利情事：
A.按每項PDR 通常係針對某項產品而作成，故一項研究計畫可能衍生出數項之專利，其中，MXT2210 專案所衍生之專利為3 件，MXT2271 專案所衍生之專利則為4 件，其中並有可能係利用相關技術於不同計畫上。研究計畫通常係由研發團隊中之一人（通常為較資淺或職位較低之人）為負責工程師，但所產生之發明或改良可能為研發團隊中之成員任一人或數人所作成，非必然為該負責工程師，故專利申請上所載之發明人並不當然與研究計畫負責工程師為同一人，本件專利創作人為林政德而與研究計畫負責工程師分別為王惠芬及沈健詩不同乙情，乃屬合理。
B.按PDR 之目的之一，在於使所擬進行之研發工作納入原告公司之審核及評估流程系統，原告雖要求研究專案之研究計畫需事先提出，但偶亦有因爭取商機，致未及時提出，而於事後補行提出，以完成相關流程之情事，本件專利申請時點在研究計畫之提出時點之後或相當接近，應屬此等情形，按該等專利之取得已足證確有研發之事實及成果，自不應僅因研究計畫之提出時點之後或相當接近，而影響或否定該等專利為該2 項研究計畫所涵蓋之事實。
C.又該第164786號專利名稱為「連接器料帶式外殼」，其特徵在於利用該專利之結構，可將連鍍裁切後之料帶式外殼予以彎折成型，使耗用廢料減少，可達到較低的成本，且避免電鍍之變形，減少組裝之困難，提高成品的良率。而上開二研究計畫乃為USB 連接器之外殼設計、研發，亦需利用該等專利，此觀諸被告96年2 月12日行政訴訟補充答辯狀所提附件3F第8 頁右上角之圖及附件3H倒數第2 頁之左上角圖、第4 頁之左下角圖乃與該專利之第3 實施例及第2 實施例係屬相同即得證之。是以，於該2 項研究計畫中亦運用、衍生該第164786號專利之「連接器料帶式外殼」專利，以達較低成本等效益，被告非屬原告產業之從業者，而無從查知其關連性，復未詳察其中之原委，逕以名稱之不同而稱難以證明研究內容與專利申請內容相同云云，實屬無稽。
D.實則，由上開被告所提供之附件3E至H 所附之文件（如附件3E即提及係為蘋果電腦公司之產品需求而進行，同時亦提供相關之工程圖等）可知，該等研究計畫均係為原告產銷產品所為，尚非如工研院等之研究單位，係以純研究為導向，而不必然產出產品。
⑤被告又稱原告部分研究專案屬「舊產品之改良」，而非
屬「新產品之研發」云云，要屬似是而非之詞，委無足採：
A.姑不論「舊產品之改良」與「新產品之研發」乃一體之兩面，按經濟部智慧財產局公告之專利審查基準亦明文肯認下列情形均得申請取得新型專利，例如：「某一技術領域之既有技術、知識被轉用至其他技術領域」、「係指將他新型之構成要件之一部分，以其他已知之構件來置換之新型而言」、「構成要件形狀、排列變更之新型，係指將他新型之構成要件的構造，在形狀、排列上予以變更所成之新型而言。」等足見舊產品之改良乃亦為新產品產生之方式之一，即新產品之研發並不當然排除舊產品之改良，且舊產品之改良依法亦可取得專利。
B.若按被告之論點，前揭新型專利應全屬「舊產品之改良」，根本無從為研發支出抵減之申請，且按行為時審查要點係明文規定「研究新產品如經向我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權者，應提示相關證明文件」，即得為研發支出抵減之申報，則以「舊產品改良」為新產品之新型專利依法自得抵減。是以「舊產品改良」成新產品者，亦屬「新產品之研發」，迨屬無疑。
C.又如被告所認不屬新產品之研發者，究為哪些研究專案，及其究係如何不符新產品之研發定義，未見被告詳加說明，其如未能具體指出，則當不得逕自認定不符新產品之研發定義。
⑥甚者，原告雇用名單所列之研發人員且設有研發部門皆
為事實，倘依被告主張原告提出之上開共計89件研究專案皆無從證明屬原告所為者，則原告雇用該等研發人員豈非係尸位素餐，是被告之主張顯與常理有悖。
（2）原告就生產單位改進生產技術或提供勞務之費用，業提出「改進『前』、『後』之成本差異分析」之證明文件，被告強令原告提出之資料，係曲解、違反行為時審查要點明文之要求，於法不符。被告就此辯稱「原告僅提示改進生產技術『前』、『後』之各項單位成本及單位售價86年度與87年度比較表，仍未能提示改進『前』、『後』之各項成本及單位售價明細分析、改進『前』、『後』產能差異分析、改進『前』、『後』產品品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績效等資料供核」云云，惟依行為時審查要點，就「生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用」之認定原則，係明定「公司生產單位改進生產技術或提供勞務技術如有具體成果，其屬降低成本者，應提出改進『前』、『後』之成本差異分析，屬增加產能者，應提出改進『前』、『後』之產能差異分析，屬提高產品品質者，應提出改進『前』、『後』產品品質差異分析」。按原告87年度生產單位改進生產技術係屬降低成本者，依行為時審查要點僅需提出「應提出改進『前』、『後』之成本差異分析」即足，而原告並已確實提出，且該成本差異分析表即已詳載「單位成本」及「單位售價」等具體績效，是被告曲解前揭審查要點之規定，強令原告提出「改進『前』、『後』之產能差異分析」、「改進『前』、『後』產品品質差異分析」，要無足採。
（3）原告就供研究發展單位研究用之消耗性器材、原材料及樣品之費用，業提出「研究發展單位研究用消耗器材、原材料及樣品領料紀錄」之證明文件，被告強令原告提出之資料，係昧於原告已提出之資料，於法不符：
①按行為時投資抵減辦法第9 條第1 款第2 目規定之應檢
附證明文件為「研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之完整進領料紀錄」，依原告所提出之研究發展單位研究用消耗器材、原材料及樣品領料紀錄即得清楚勾稽原告之進料及研發部門之領用紀錄，自已符合行為時抵減辦法第9 條第1 款第2 目之規定，亦得證明確屬供研究發展單位研究用者：
A.該紀錄第1 欄係原告會計科目代號：所顯示之會計科目均為「研發費用」；
B.第2 欄係原告部門代號：所顯示之部門代號均為研發部門之代號；
C.第4 欄係進料時請款發票之代碼（此欄空白者為國外進料）；
D.第6 欄係承認此筆進料費用之過帳日期；
E.第10欄此筆進料之台幣換算金額；
F.第11欄則詳細品名。②從而，該紀錄已得供被告勾稽原告確有是項研發費用之
事實，依最高行政法院（89年7 月1 日改制前為行政法院）52年判字第139 號判例及77年度判字第756 號判決，被告亦應准予申報，乃被告昧於上情，又另指稱原告未能提示相勾稽之完整資料，不僅與前開行為時投資抵減辦法第9 條第1 款第2 目之規定不符，更與最高行政法院判例判決揭示之意旨顯屬相悖。
（4）原告就專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用軟體之購置成本之費用，業提出「研究發展單位研究用儀器設備清單」之證明文件，被告強令原告提出之資料，係自行創設行為時投資抵減辦法及行為時審查要點所無之要求，於法不符：
按行為時投資抵減辦法第9 條第3 款所定應檢附文件僅為「當年度購置專供研究與發展用之儀器設備或研究用之應用軟體清單」，行為時審查要點則規定應檢附「購買專供研究發展用之儀器設備清單（詳明設備名稱、型號、金額、取得日期、功能、計畫名稱、保管使用人姓名、配置位置等）及軟體清單」，原告則已據此檢附「研究發展單位研究用儀器設備清單」，被告即應准予申報。被告所稱原告應提供之「確屬該年度研究計畫所必須購置之儀器設備或研究用應用軟體之證明資料」實未見於行為時投資抵減辦法及行為時審查要點，被告實又於該法令規定外另行創設其他條件，否准原告申報抵減，洵屬無據。
（5）又稅法上除法律有特別規定外，有關證據方法並不採列舉主義。亦即，為認定基礎的事實關係，凡屬適當的、符合個別案件狀態目的之證據，均應加以考慮，此有最高行政法院52年判字第139 號判例謂「關於證明此項損失之方法，法律並無規定，臺灣省政府財政廳…命令指示，如已向縣市政府報備有案而能提示確實證明文據，亦得准予列為當其費用或損失。此項指示，當屬關於此項損失之舉證方法之一種例示。」暨最高行政法院77年度判字第756 號判決亦同斯旨。從而，原告既已提示相關文件證明各該研發專案等支出為真，益徵被告應准原告本件研發支出之抵減。
（6）按「行政機關就任何符合租稅義務構成要件或租稅義務減免要件之事實，皆應依法確實加以查核，並依實際上或實質的內容來認列，不得僅憑片面或臆測之詞，而為租稅核課之處分」，此為核實課稅原則之主要內涵。按被告就原告87年度之系爭研發支出未依原告所提相關事證核實認列並適用相關投資抵減規定，即已違反核實課稅原則。
（7）末按，被告稱原告於復查時未證明有改進生產技術計畫之事實，且未提示完整相關之個研發專案詳細資料供核云云。惟：
①「禁反言」原則（promissory estoppels），乃自羅馬
法以來之法律原理原則，其內涵略為「係指不得主張與自己行為相矛盾權利之原則。」近來學說更以之為「誠實信用原則」之一環。按行政程序法第8 條明定「行政行為，應以誠實信用之方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。」，從而，被告之行政行為自應受「禁反言」原則（promissory estoppels）之拘束。
②按被告於原核定處分時即已承認原告之研發費用等乃屬
確實支出，僅以專利申請權人為他公司否准原告認列及抵減，已如上述，是被告於原告後續之救濟程序依法不得反為原告更不利之主張，甚否認原告確有該等費用之支出，致牴觸其前所為「原告之研發費用等乃屬確實支出」之認定，否則即與前揭誠信原則及禁反言原則兩相悖反，委無足採。
２、原告將研發成果由美商摩勒克斯公司（MOLEX INC.）向經濟部智慧財產局申請取得專利權，其研發之營業成本與費用支出仍得適用行為時投資抵減辦法認列投資抵減之支出；原告嗣取得系爭專利權而與美商摩勒克斯公司共有，益徵原告實為專利權人之一，對於該專利權自得依法主張、使用及行使權利，此不影響原告得適用投資抵減：
（1）被告係認本件應適用財政部93年10月26日台財稅字第0930453944號函頒之公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點（下稱現行審查要點）第7 點所明定之「公司依本辦法規定投資於研究與發展之支出，應符合於下列情形之一：（一）公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用。（二）公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或合理之報酬。」而認原告既以美商摩勒克斯公司名義向經濟部智慧財產局申請取得專利權，則該等研發係為美商摩勒克斯公司所做，且美商摩勒克斯公司取得專利權申請權並未取得合理之權利金或報酬，則研發支出即應為美商摩勒克斯公司所負擔，而非原告，故認原告不得適用行為時投資抵減辦法而認列投資抵減之支出。
（2）惟現行審查要點於本件無適用餘地，原告是否得適用行為時投資抵減辦法而認列投資抵減之支出，依行為時促進產業升級條例第6 條第1 項第3 款及行為時投資抵減辦法規定，僅需檢附有關證明文件，以證明確有研究發展支出為已足；如前所述，原告已確實提供有關證明文件，則本件原告即得適用行為時投資抵減辦法而認列投資抵減之支出。至就研發成果究係以何人名義而為專利權之申請，應與是否得適用行為時投資抵減辦法認列投資抵減之支出無涉：
①按研究發展支出應否准予認列投資抵減，應以企業是否
有實際投入研究開發之事實加以認定，不以因研究發展有無取得研發成果為必要，此觀諸行為時審查要點附表所定認定原則壹、二、所定「公司從事研究與發展需研提具體研究計畫、稅捐稽徵機關於查核時，應就公司檢附之證明文件，核實認定是否屬研究與發展之範圍，尚不以有無研究發展成果為認定之依據。」即知。又該審查要點實已具體闡明行為時促進產業升級條例第6 條有關研發支出得以抵減稅額規定之目的乃在於鼓勵企業投入研發，故不以有研發成果為必要。是以，企業研發支出之抵減稅額既不以研發成果之有無為認定之標準，則舉輕以明重，自更不宜以研發成果（如專利權之取得）需以原告為申請人為必要。
②原告並無將技術讓渡致喪失形式上使用權及所有權之情
事：眾所周知，「專利申請」與「取得專利權」係為二事，縱該技術專利係以美商摩勒克斯公司之名義申請，亦無礙於原告為專利權人之事實，原告確為該專利權所有人之一，是原告於形式上及實質上均為該技術專利之所有權人，當然依法具有使用權，乃為真實。是被告所稱「惟該技術之專利已讓渡其他公司，由他公司名義申請專利權，致使該公司已喪失形式上之使用權及所有權」云云，乃屬被告自身之錯誤認知及臆測，與事實明顯不符，至為明確。
③本件所涉專利，於申請時，為避免於專利權受不法之侵
害時，不利於國際爭訟之進行，及如以原告名義申請專利權，往往於其他國家主張國際優先權時，遭遇困難而導致不必要之時間及金錢之浪費，故乃自87年起，由美國莫仕公司於臺灣地區提出申請，俾利於其他國家主張優先權，此係礙於當時我國尚未加入WTO ，亦非屬巴黎公約之會員國，致無法享有國際優先權之利益：
按「基於專利權之保護係採『專利屬地主義』，因此欲取得某國家之專利保護，即必須依該國家之專利法規定提出專利之申請，惟國與國之間距離遙遠，且所需之專利申請文件又非同一而可全然援用，倘專利申請人於甲國提出專利申請後，在其對該發明、新型或新式樣於乙國提出專利申請之前，有第三人針對相同之發明、新型或新式樣於乙國提出專利申請，基於「先申請主義」之原則，該專利申請人即無法在乙國對其發明、新型或新式樣取得專利權之保護，此等情形對專利申請人殊屬不公；另一方面，基於專利新穎性之要求，專利申請人雖於甲國提出專利申請，然對同一發明、新型或新式樣於其他欲尋求專利保護之國家提出專利申請前，即不能參與公開之展覽，否則即會破壞其發明、新型或新式樣之新穎性，如此，亦將有礙專利技術之早日公開、流通，基此之故，『保護工業財產權巴黎公約（Paris Convention for the Protection of Industrial Property）』為保障發明人或創作人之權益，乃制訂「國際優先權」之制度，亦即只要發明人或創作人於一國提出專利之申請後，於一定期間內再到其他國家申請專利時，可以主張以其第一次提出專利申請之日期，做為在其他國家專利申請之優先權日，如此，專利申請人即可對該國之專利申請享有較早之申請日，而不致為其他申請人所占先，並且，專利申請人之發明、新型或新式樣其專利要件之判斷並以該優先權日作為基準時點。」此有陳智超著「專利法理論與實務」第149 頁可參，我國專利法第
27、28條之規定，即屬此制度之相關規定。由於WTO 會員均應遵守巴黎公約及與貿易有關智慧財產權協定（WTO/TRIPs ）承認優先權制度。因此，WTO 會員彼此間皆應享有優先權。然我國係遲至91年1 月1 日始加入WTO，且即便於加入後，其他會員會應依照TRIPs 規定，受理我國申請案主張之優先權，但當我國業者在其他國家申請專利並主張優先權時，卻常受到拒絕，此所以原告使其員工將專利申請權轉讓予美商摩勒克斯公司，由美商摩勒克斯公司在我國提出申請後，而可順利於向其他國家申請專利時，主張優先權，以保障專利申請之權利。
④原告就本件研究開發成果之使用，並不受美商摩勒克斯
公司為專利申請權人或專利權人之影響，易言之，美商摩勒克斯公司於受讓專利申請權後，原告乃屬得使用該等研究開發成果之權利人，嗣後該等事實則經由美商摩勒克斯公司轉讓專利權予原告加以確認：
A.按美商摩勒克斯公司就本件所涉之台灣專利，僅係形式上以其為申請人，原告仍為實質上之權利人而得於台灣地區行使專利權人之一切權利。美商摩勒克斯公司係原告之持股近百分之百母公司，此有原告公司登記資料可稽，且原告乃美商摩勒克斯公司集團中於台灣地區之唯一子公司，原告除對該等研發成果有權繼續使用於本身產品之生產、製造及銷售，且以之為基礎從事更進一步之技術研究開發外，並因之享有使用登記於美商摩勒克斯公司名下其他專利及技術以及美商摩勒克斯公司所轄其他子公司所有之專利及技術之權利，而無庸另行支付權利金，亦即乃係採取權利互易或交互授權之方式取得合理之對價或報酬，故非如同被告及訴願機關所認定乃係單純地將專利權「無償」登記於美商摩勒克斯公司名下而未取得任何權利金或報酬。
B.原告既係美商摩勒克斯公司之子公司，且原告本於國際爭訟、國際優先權利益等權宜考量，而同意由美商摩勒克斯公司為專利申請權人，則美商摩勒克斯公司當無以該等專利權向原告請求排除侵害之權利甚明，且美商摩勒克斯公司與原告雖係二獨立之法人，但如美商摩勒克斯公司向原告請求排除侵害，無異對自己請求排除侵害，顯有礙其股東權益，自非美商摩勒克斯公司所樂見。就此等情事，目前原告雖並未查得相關之書面契約或其他文件，惟此等關係乃屬集團公司間之合理安排，實亦無行諸文字之必要；甚者，美商摩勒克斯公司就該等現屬原告共有之專利，支付全部應向中華民國政府繳交之申請專利申請費、證書費及年費等，以維護該等專利於台灣地區之有效性，使原告得持續合法有效利用該等專利權，自亦屬對價之一。綜上所述，關於本件專利申請之安排，其對價乃有：a 、原告得無償使用美商摩勒克斯公司及其子公司名下之全球專利及技術及b.專利申請及維持費用均由美商摩勒克斯公司負擔，以撙節支出。⑤美商摩勒克斯公司自原告員工取得專利申請權，乃本於
美商摩勒克斯公司與原告間之關係，尚非因原告員工係為美國莫仕公司而進行研發工作：按行為時專利法第7條第1 項規定：「受雇人於職務上所完成之發明、新型或新式樣，其專利申請權及專利權屬於雇用人，雇用人應支付受雇人適當之報酬。但契約另有訂定者，從其約定。」本件所涉之專利申請權，原即為原告之員工本於研究開發專案而產生，故其專利申請權及專利權屬於雇用人即原告，為專利法所明定，美商摩勒克斯公司自原告員工取得專利申請權，乃本於美商摩勒克斯公司與原告間前述之權宜安排，即因考量國際爭訟佈局及國際優先權申請之便利，並非如被告所稱該等員工係為美商摩勒克斯公司而為此等研究開發。故不得僅以該等員工轉讓專利申請權予美商摩勒克斯公司，即認該等人員係為美商摩勒克斯公司從事研發工作，而由原告負擔相關成本。
⑥甚且，進一步檢視原告所提示之87年度PDR 專利一覽表
所載專利發明人均為原告所列報之研究人員，並經主管機關經濟部智慧財產局審查無誤，凡此足徵該研究專案確屬原告所為無疑。且被告復肯認原告之研究專案分為兩類型：一為研發成果未申請專利者；另一為研發結果與美國母公司為專利共有人者，是縱依被告之論點（即專利申請權人為他公司、或與他公司共有專利權即否准認列抵減），則被告至多僅能就後者（原告與美國母公司共有專利權之研發成果之研發支出）否准抵減，至於前者（即研發成果未申請專利者）之研發支出即應准予抵減。是被告對於原告之研發支出一律否准抵減，於法顯有不符。
⑦原告嗣取得系爭專利權而與美商摩勒克斯公司共有，益
徵原告實為專利權人之一，對於該專利權自得依法主張、使用及行使權利，原告之得適用投資抵減，應不受其影響：
A.按專利權之共有為一種準共有，此時除專利法另有規定或無體財產權之特殊性質所許可外，可準用民法有關共有之規定，其利用不需占有，故數個共有人可同時對其權利客體為全部利用，亦即理論上共有人在實施專利權時，可全面的自由實施（楊崇森著「專利法理論與實用」第299 頁參照），當亦屬專供公司自行使用之態樣之一，據此，本件由87年研發成果而產生之專利權，原告亦可全面的實施，自未排除其本身之權利，而仍符合投資抵減之鼓勵研究發展精神。又，專利權依法具有相當之存續期間，以新型專利而言，乃為10年，姑不論原告於本件專利權因美商摩勒克斯公司之讓與而成為共有前是否亦屬專供原告自行使用，至少於讓與後於該等專利存續期間內，原告亦享有共有人之專供自行使用之權利，則就為此等專利所支付之研究發展費用，亦應至少按使用期間比例認定其可資抵減之額度，始符合投資抵減之精神及要件。
B.於92年間，美商摩勒克斯公司將該等專利權以轉讓2 分之1 之方式使專利權為美商摩勒克斯公司及原告所共有，雖於讓與合約上記載基於受讓人給付（美金）1 元及其他合法有價值之對價予讓與人等語，惟自該等數額及用語即明顯可知，此等對價僅具象徵性意義，並非實際上原告確需給付相當之對價，始得取得該等專利權之讓與，事實上，美商摩勒克斯公司亦同意原告無庸實際支付任何對價，該等專利權之讓與乃為原告就專利享有所有權之確認。
C.甚者，綜觀行為時促進產業升級條例等規定均未禁止專利權為共有者，不得列報抵減等情，且被告復未指出有何法令規定賦予其剔除成本費用認列及抵減支出之權，是原告既為專利權之共有人，確有相關研究發展支出之實，依法自得准予認列成本費用及適用抵減。
⑧美商摩勒克斯公司副法務長Robert J. Zeitler 代表美
商摩勒克斯公司業出具一信函以資證明上開事實，簡言之：
A.本件於台灣專利申請時，確係為使該等專利案得享有國際公約之便利（按即較易主張優先權），且基於莫仕集團智慧財產權集中管理之考量，而以集團母公司美商摩勒克斯公司之名義申請。而事實上，由於美商摩勒克斯公司自申請時起即已經並將持續支付該等台灣專利之申請費、證書費、年費以及所有與該等台灣專利異議之相關答辯費用，此等費用之支付就該等轉讓而言，實亦屬合理且具價值之對價，更係為維護原告之利益而為。
B.又嗣後美商摩勒克斯公司將本件專利權轉讓50﹪予原告時，實際上原告並未支付任何對價，被告所示之讓與契約書（Assignment）上所載之價金，僅具象徵性及形式上之意義，尚非原告確需支付任何款項，美商摩勒克斯公司就該等轉讓並未收取亦未要求任何對價之實際支付。
C.再者，有關本件台灣專利之申請及轉讓等安排固查無任何書面約定，惟據美商摩勒克斯公司所確認，美商摩勒克斯公司縱為專利之申請權人，於其受讓專利申請權後，原告仍屬得使用該等研究開發成果之權利人，此一事實於本件台灣專利轉讓50﹪予原告之前或之後均無二致，且原告為本件台灣專利之唯一權利行使人，自始即無受美商摩勒克斯公司追訴之虞，美商摩勒克斯公司亦無追訴之意。
⑨現行審查要點第7 點所增訂之「公司依本辦法規定投資
於研究與發展之支出，應符合於下列情形之一：（一）公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用。（二）公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或合理之報酬。」限制，其產生之差異已明顯超出容許之合理範圍，對人民增加法律所無之義務，顯然較不利於納稅義務人，因此不得適用中央法規標準法18條之本文適用新法規，而應依該條但書「適用舊法規」之規定，亦即現行審查要點（含該審查要點第7 點），即不應於適用於系爭投資抵減案件中：
A.按財政部於行為時審查要點中，僅就投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件等項目為程序上之規定，並無增加母法促進產業升級條例所定實質（體）要件外之其他限制。更無公司研究發展成果，僅應專供研發者自行使用之意旨。最高行政法院邇來更就研究發展支出適用促進產業升級條例規定抵減稅額乙事，作成多則判決。其中最高行政法院94年11月30日94年度判字1872號判決所認：「前述投資抵減辦法第2 條即審查要點認定原則1 及4 規定，並無『研發成果非歸上訴人享有』即屬不得列報投資抵減之研究發展支出之明文…原審判決未說明其所稱『研發成果非歸上訴人享有』之意涵…即逕以『研發成果非歸上訴人享有』等語，認本件之研究發展支出不符投資抵減要件，實有判決不備理由之違法」，即揭諸相同之意旨。由此可知，於行為時審查要點中，並無研究成果應專供該公司使用之要件限制。另除上開94年度判字第01872 號判決外，復有95年度判字第2086號判決及96年度判字第629 號判決可稽，該二最新判決之基礎事實乃涉及86及87年度之研究發展支出，而依法均係適用行為時審查要點，即與本件應適用之認定原則乃完全相同。上開判決皆以前揭行為時審查要點「…並無研發成果非歸上訴人享有，即屬不得列報投資抵減之研究發展支出之明文」而認定原判決「…未說明其所稱研發成果非歸上訴人之意涵，即逕以研發成果非歸上訴人享有等語，認本件之研究發展支出不符合投資抵減要件」云云，要屬判決不備理由，而予廢棄，而未適用被告所一再引據之現行審查要點第7 條，足見其亦未認該現行審查要點有任何適用餘地。
B.抑有進者，依據財政部93年10月27日發布之「新修正之『公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點』，業於93年10月26日發布生效」之新聞稿所載，92年9月29日行政院舉行財經協調會談第4次會議，該會議結論認為財政部應重新檢討投資抵減辦法及審查要點，而將該審查要點更名為「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」，並配合財政部92年10月1 日台財稅字0000000000號函規定，明定自93年
1 月1 日起以專利權等作價做為資本或出資額，如非專供研發使用者，無投資抵減之適用。因此，本於該財經協調會談之會議結論，並經經濟部工業局及其他相關部會之共同協商、交換意見，始有現行審查要點第7 點所定上述限制之增訂。
C.由此可知，現行審查要點第7點之新增，乃為行政機關為落實國家財經政策轉變所為之相關法規修正；財政部為配合該財經協調會之結論，明顯已對行為時審查要點增設實體性要件，而新增對納稅義務人投資抵減之實體限制，此情形顯非為司法院釋字287 號解釋所稱「僅係闡明法規原意」之情況。
D.甚者，現行審查要點第7 點所定「公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用」、「公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬」等要件，相較於行為時審查要點之規定，明顯已增列實體要件之限制，此外，現行審查要點第7 點之規定更係增加母法促進產業升級條例第6 條及投資抵減辦法等相關規定所無之額外實體限制，而係創設法律所未規定之新的義務，顯然對當事人較為不利，而依中央法規標準法第18條但書「適用舊法規」之規定，自不應適用新修訂之現行審查要點。
E.況，姑不論該新增之現行審查要點顯然不利於原告，而應適用舊法規之規定；依據前述財政部發布之新聞稿，審查要點之修正乃配合配合財政部92年10月1 日台財稅字0000000000號函，亦已明定自93年1 月1 日起以專利權等作價做為資本或出資額，如非專供研發使用者，無投資抵減之適用。該修正所本據之政策函令既已明白表示「自93年月1 日起」專利權非專供研發使用者，方無投資抵減之適用，則於新修正現行審查要點之解釋適用上，於法應無溯及既往之效力。被告無視於該審查要點立法背景與修正依據，逕將不利於人民之新增要件限制適用於93年以前申請之案件，於法殊有重大違誤。
３、原告投入系爭研究與發展工作，支出相關之營業成本39,046,808 元及營業費用28,269,203元，不得因被告否准其適用投資抵減，即否准認列原告當年度之營業成本及費用：
（1）投資抵減與成本費用認列乃屬二事，後者係採核實認定原則；原告投入系爭研究與發展工作所支出相關之營業成本39,046,808元及營業費用28,269,203元，不得僅因被告否准其適用投資抵減，即不得認列原告當年度之營業成本及費用：
①按行為時所得稅法第24條第1 項係規定：「營利事業所
得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」又行為時營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）第62條及第86條前段分別規定：「經營本業及附屬業務以外之費用及損失，不得列為費用或損失。」及「研究發展費：營利事業為研究新產品、改進生產技術、改進勞務提供技術及改善製程而支付之研究發展實驗費用…。」②按本件原告申報之87年度與相關研發有關之營業成本及
營業費用，確屬實際發生投入研發之成本費用，此亦經訴願決定肯認而謂「…訴願人之研發成果，既取得專利權，則其屬研究發展支出範疇無誤…」。甚且，該等為投入研發而支出之營業成本及營業費用，對於維持原告於所營連接品設計、製造或銷售之本業相關產品市場之競爭優勢、創新產品及改善產品品質等，確實產生顯著效益，實屬原告本業支出，即與上開所得稅法第24條第
1 項所定之「成本費用」及行為時查核準則第62條「經營本業之費用」、同法第86條所定之「研究發展費用」之要件完全相符，依法應准予認列，當無疑義。
（2）被告雖肯認原告87年度有上開因投入研發而支出之系爭營業成本及費用，竟又以原告87年度之研發支出不得適用相關投資抵減規定為由，因而亦否准認列系爭營業成本及費用，實有違反租稅法上之「核實課稅原則」，於法無據並有雙重處罰之嫌：
①按被告既亦認原告87年度支出之系爭營業成本及費用乃
係研發支出，惟竟未依上開所得稅法第24條規定及行為時查核準則第62條及第86條之規定予以認列，實已違反核實課稅原則。
②再者，姑不論原告87年度之研發支出實已符合相關投資
抵減之規定，已如前述，原告87年度之研發支出，得否適用相關投資抵減之規定與系爭營業成本及費用是否符合前述行為時所得稅法第24條第1 項及查核準則第62條及第86條等規定而應予認列之問題，實屬二事，認定上亦無因果關係之關連性。蓋研發費用得否抵減稅額與研發相關之營業成本費用是否屬於本業之成本費用，二者認定依據及要件本即不同。於後者，稅捐機關本於核實課稅原則，除能證明原告所列系爭營業成本及費用均屬不實，或有證據證明該等費用非屬原告之本業支出外，顯無不准認列之法律上理由。換言之，本件被告對某公司與研發有關之營業成本及費用得否認列為業內成本費用，顯係認應完全決諸於該公司當年度之研發費用得否抵減稅額之認定上，若後者答案為否定，即推論出前者亦應否定，此等推論，顯有重大謬誤且於法無據。甚者，如依被告之見解，凡不得享有投資抵減者，縱令實際上有研發支出，亦不得認列，實無異對同一情況逕為施以雙重處罰，顯有違租稅公平原則甚明。蓋所得稅之應稅額係以收入扣除成本費用，如否准認列費用實無異不當膨脹應稅稅額，其結果原告不惟無法主張研發投資抵減，甚而對於實際已有支出之研發費用及成本因無法認列，反而應繳納超過原應繳納之稅額，其實質等同於雙重處罰，其間之不合理及不公平性，自難令原告甘服。
（3）尤有進者，被告竟以系爭研發成果非由原告獨享，故以系爭營業成本及費用違反收入與成本費用配合原則為由而否准認列，亦屬無稽：
①被告原核定否准本件研發支出相關之營業成本及營業費用，無非以：
A.本年度開發專案中，部分研發成果係以美商摩勒克斯公司名義向經濟部智慧財產局申請專利，研發成果非屬原告本身享有，專利權人雖登記為原告與美商摩勒克斯公司，惟其研發成果及利益，既非屬原告本身所獨享，亦未取得合理之權利金或報酬；
B.美商摩勒克斯公司因擁有該研發成果而產生收益，惟相對之成本費用卻全數由原告所負擔，有違收入與成本費用配合原則；
C.其餘未申請專利部分之研發成果，是否為原告所獨享，未能提示專供自己使用之相關證明資料供核。
②然收入與成本費用配合原則，即係會計學上所謂之「配
合原則」，其意義乃在於當某一項收益已經在某一會計期間認列時，所有與該收益之產生有關的支出均應在同一期間轉為費用，以便與收益配合並正確計算損益。準此，配合原則乃係要求與收益有關之費用應與該等收益於同一會計期間認列計算，惟並非指費用必須產生收益始得認列。此由本院90年度訴字第33號行政判決理由：
「…原告本年度申報研究費4,260,000 元，被告以原告委託工研究進行『塑膠材料連續可變斷面押出技術研究』，預定於89年度完成，基於收入成本配合原則，轉列遞延費用，核定本年度研究發展費為零元，固非無見。惟查…依商業會計法第50條第2 項規定『…其發生之研究發展費用，應作為當期費用。』…是本件被告既准列為研究發展費用，則將之列為遞延費用，即有未合，訴願決定予以維持，亦有未洽，應由本院將此部分撤銷，由被告另為適法之處分。」即知，蓋上開判決理由亦認為研究發展費用應列為當期費用認列，縱使當期尚未產生收入者亦同。本件被告亦肯認原告系爭營業成本及費用應屬於研究發展支出範疇無誤，原告亦將之列為當期費用，自應依法准予認列，惟其竟錯誤援用收入與成本費用配合原則而將上開成本費用均予否准認列，依上開判決見解，自有未洽而應予撤銷。依財團法人中華民國會計研究發展基金會出版之財務會計準則公報第32號「收入認列之會計處理準則」明載「…10. 同一交易或事項相關之收入及費用宜同時認列，以符合收入及費用配合原則。」，即該公報要求與收入有關之費用應與該等收入於同一會計期間認列計算。
③退步言之，縱令所謂收入與成本費用配合原則，係指有
費用支出即應有收入產生，則系爭營業成本及費用於原告亦已產生收益。蓋原告並非如同被告及訴願機關所認定乃係單純地將專利權「無償」登記於美商摩勒克斯公司名下而未取得任何權利金或報酬，而係得以繼續使用該等研發成果於本身產品之生產、製造及銷售，且以之為基礎從事更進一步之技術研究開發，並因之享有使用登記於美商摩勒克斯公司名下其他專利權以及美商摩勒克斯公司所轄其他子公司所有之專利權之權利，故於原告本身亦已產生收益，被告即應認列系爭營業成本及費用。
④姑不論原告89年度、90年度、91年度及92年度研究與發
展支出之成本費用均經被告核定准予認列，按我國憲法第19條明文揭示稅捐法定主義之意旨，謂「人民有依法律納稅之義務」，司法院釋字第217 號解釋復謂「憲法第19條規定人民有依法律納稅義務，係指人民僅依法律所定之納稅主體、稅目、稅率、納稅方法及納稅期間等項而負納稅之義務」。從而，被告既肯認原告列報之研究專案確全數為原告所進行，且凡有取得專利者，原告確為專利所有權人之一等情，再綜觀所得稅法及其他法規，均無專利權屬共有者不得認列成本費用之規定（其中被告主張原告「未取得合理之權利金或報酬」云云，此為現行審查要點之規定，不僅依法不得溯及既往，更與本件成本費用之認列全無所涉，併此說明），乃被告以專利申請人為美國母公司為由，率為臆測「美國莫仕公司因擁有該研發成果而產生收益」云云（依此邏輯，原告為專利權共有人之一，自亦因擁有該研發成果而產生收益，猶顯被告否准認列本件成本費用確不合法），否准原告認列成本費用，是被告所稱核與憲法第19條及司法院釋字第217 號解釋意旨完全悖反，殊無足採。
⑤又「按具備稅法所規定之一定要件，稅捐稽徵機關始對
之有課稅處分之權能，主張稅法所規定之法律效果者，應就該規定之要件，負舉證責任。從而稅捐稽徵機關課徵所得稅，自應就納稅義務人取得所得之事實，依職權予以調查。」最高行政法院75年判字第681 號判決著有明文。從而，原告業提出原告人員進行所列研究專案之報告清單、產品開發請求單（即研究計畫）及工程移轉單（即研究成果）等資料供核，被告亦肯認該等研發專案確為原告人員所辦理，本即應依法准予原告認列成本費用，乃被告自行臆測，空言指稱「美商摩勒克斯公司因擁有該研發成果而產生收益」，及「其餘未申請專利部分之研發成果，是否為原告所獨享，其未能提示專供自己使用之相關證明資料供核」云云，又未提出任何美國莫仕公司因擁有該研發成果產生收益，抑或原告就未申請專利部分之研發成果，非專供自己使用之任何證明，以實其說，依前揭最高行政法院判決，被告未盡其舉證責任甚明，其主張要無足採。
⑥末者，原告本以連接器之製造、加工及銷售為業，本件
所列研發專案亦均與連接器相關，益徵本件相關營業成本費用確屬本業及附屬事業之費用，為常態事實，自得按行為時查核準則相關規定列為原告之費用，迨屬無疑；倘被告另有主張，而認相關研發專案非供原告自己所用之變態事實，則被告自應就此變態事實盡其舉證責任。從而，原告既確有本件相關成本費用之支出，被告自始至終亦未否認其真實性，即應依法准予認列。
（二）被告主張之理由：
１、本件原告87年度列報之研發專案中，部分研發成果有取得專利權，其中除專利證書164786號之專利申請人為原告外，餘15張專利證書之專利申請人及原專利權人均為美商摩勒克斯公司，嗣於92年7 月間再將專利權2 分之1 讓與原告。
２、原告將研發成果登記與美商摩勒克斯公司共有，系爭研究與發展支出是否適用投資抵減之規定部分，說明如下：
（1）原核定情形：原告87年度列報研究與發展支出67,316,
011 元及可抵減稅額10,097,402元，被告以其研究發展成果向經濟部智慧財產局申請專利係用美商摩勒克斯公司名義申請，研究發展成果非屬原告本身享有，否准適用投資抵減。
（2）按「為促進產業升級，健全經濟發展，特訂定本條例。」為行為時促進產業升級條例第1條第1項所明定。次按「本辦法依促進產業升級條例第6條第3項規定訂定之。
」「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之左列費用：一、研究發展單位專業研究人員之薪資。二、生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用。三、供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。四、專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用應用軟體之購置成本。…」為行為時投資抵減辦法第1條及第2條第1款至第4款所規定。又「一、研究與發展支出係指公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之費用。二、公司從事研究與發展需研提具體研究計畫，稅捐稽徵機關於查核時，應就公司檢附之證明文件，核實認定是否屬研究與發展之範圍，尚不以有無研發成果為認定之依據。三、研究新產品事實之認定：㈠如該項產品向我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權，應將申請結果提示稅捐稽徵機關，作為認定之依據。㈡研究新產品因故未向我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權，或其研究計畫因故無法完成者，應說明研究發展過程及其具體成果或研究發展過程及放棄繼續研究之具體原因，並提供相關詳細證明資料以供查核…四、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程活動包含：㈠提高原有機器設備效能。㈡製造或自行設計生產機器設備。㈢改善儀器之性能。㈣改善現有產品的生產程序或系統。㈤設計新產品的生產程序或系統。㈥發展新原料或組件。㈦提高能源使用效率及廢熱之再使用。㈧公害防治或處理技術之設計。」「一、研究發展單位係指專門從事研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程之單位而言，其名稱、組織層級及數量不限，查核時應就公司申報所檢附之證明文件，查明是否屬研究與發展之範圍，作為認定之依據。二、專業研究人員係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員。」「
一、公司生產單位適用本款之支出，以從事本審查要點項目壹、認定原則四所規定活動之支出為限。二、公司生產單位改進生產技術或提供勞務技術如有具體成果，其屬降低成本者，應提出改進『前』、『後』之成本差異分析，屬增加產能者，應提出改進『前』、『後』產能差異分析，屬提高產品品質者，應提出改進『前』、『後』產品品質差異分析。公司申請適用本款之費用，應予併入相關製造成本內，並計算其產品每單位成本、售價及差異分析。」「供研究發展單位研究用之消耗性器材、原材料及樣品等3 項，應按其逐次購買、進料或領用之時序逐筆詳實記載，並保存相關憑證，且能與研究計畫及紀錄或研究計畫及報告相勾稽。」「僅限於專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用應用軟體之購置成本，並依年度研究計畫及各項研究紀錄或報告查核確屬該年度研究計畫所必需購置之儀器設備或研究用應用軟體。」為行為時審查要點附表項目壹、認定原則及
壹、一、認定原則一、二前段、二、認定原則一、二及
三、認定原則二前段、四、認定原則一所規定。
（3）又原告於原查、復查及訴願階段並未提示完整足以認定有研發事實之資料供核，嗣就原告於行政訴訟階段中（95年5 月15日）補提示之新產品計劃開發專案清單、新產品研究成果報告清單、產品開發需求單及工程變更通知單等資料查核，原告87年度開發專案計MXT2131 等89筆，經查：
①研究發展單位專業研究人員之薪資列報57,815,637元，
其中產品研發部人員薪資列報39,446,094元，其僅提示產品開發需求單及工程變更通知單等資料，仍未能提示具體研究計畫、研發過程紀錄或報告、研發人員工作日誌等資料供核，難以證明渠等有投入研究發展工作之事實，被告否准認列並無不合。模具研發處人員薪資列報18,369,543元（邱華光等13人），其僅提示其中李時愷及康張仁宏2 人之研究計畫，且依李時愷之研究計畫內容，研究時間為87年1 月至87年4 月，屬86年度之研究計畫（原告係採用特殊會計年度，87年度會計期間係自87年7 月1 日起至88年6 月30日止）；又依所提示研究計畫及圖表等資料查核，無法研判該圖表與研究計畫內容有關，其未能提示該研究人員於研究期間之研發過程紀錄或報告、研發人員工作日誌等資料供核，難以證明渠等有投入研究發展工作之事實；另原告列報之模具研發處人員，係辦理改進生產技術之研發工作，其亦未能提示改進「前」、「後」之各項成本及單位售價明細分析、改進「前」、「後」產能差異分析、改進「前」、「後」產品品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績效等資料供核，被告否准認列並無不合。
②生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用列報1,78
6,655 元，原告僅提示改進生產技術「前」、「後」之各項單位成本及單位售價86年度與87年度比較表，仍未能提示改進「前」、「後」之各項成本及單位售價明細分析、改進「前」、「後」產能差異分析、改進「前」、「後」產品品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績效等資料供核，被告否准認列並無不合。至於原告指稱其87年度生產單位改進生產技術係屬降低成本者，依行為時審查要點僅需提示改進「前」「後」之成本差異分析乙節。按原告並未提示成本及售價明細差異分析，如表列產品料號000000000 ，單位成本由86年度24.6元降低為14.5元，單位售價由23.16 元降低為14.73 元，原成本與售價因何項生產技術之改進而降低，所投入改進之成本與其所創造之收益為何？86年度及87年度單位成本及售價計算依據為何？就其所提示資料，僅有成本及售價金額，非屬差異分析，核與行為時審查要點附表項目壹、二、認定原則二「公司申請適用本款之費用，應予併入相關製造成本內，並計算其產品每單位成本、售價及差異分析。」之規定未合。
③供研究發展單位研究用之消耗性器材、原材料及樣品之
費用列報5,326,671 元，其僅提示研究發展單位研究用消耗器材、原材料及樣品領料紀錄表，未能提示與研究計畫及紀錄或研究計畫及報告相勾稽之完整進、領料紀錄，被告原查否准認列並無不合。
④專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用應用軟體之
購置成本列報2,387,048元，其僅提示研究發展單位研究用儀器設備清單表，未能提示確屬該年度研究計畫所必需購置之儀器設備或研究用應用軟體之證明資料，被告原查否准認列並無不合。
（4）按89筆開發專案中，部分係屬舊有產品之改良（如MXT2
140 、MXT2141 、MXT2213 …等），核非屬新產品之研發。又原告訴稱行為時審查要點明文規定「研究新產品如經向我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權者，應提示相關證明文件」，即得為研發支出抵減之申報，則以「舊產品改良」成新產品者，亦屬「新產品之研發」乙節。按促進產業升級條例旨在促進產業升級，研究發展投資抵減獎勵範圍僅限於研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程，舊有產品之改良並非屬獎勵範圍，本件原告依據客戶所要求之規格、圖面、樣品，進行測試製模，或就其現有產品應客戶要求之規格進行修正補強或自行修正，再交由客戶確認後量產，係量產前之準備工作，屬例行性開發市場業務，並無具體性及通盤性之研究計畫及目標，尚非屬研究發展之範圍。
（5）又上述研發成果中部分有申請專利：原告87年度列報89筆研發專案，其中6 筆研發成果有申請專利，並取得16張專利證書，惟除專利證書164786號之專利申請人為原告外，其餘15張專利證書之專利申請人均為美商摩勒克斯公司，被告否准認列理由：
①專利申請人為原告：該164786號專利成果原告列報係屬
MXT 2210及MXT 2271開發專案所產生，專利申請日為87年9 月21日，專利發明人為林政德，惟A.MXT2271 之Product Development Request （原告所稱之研究計畫）提出日期為87年12月28日，係在專利申請之後始提出，研究人員為沈健詩（Sam Shin），亦非發明人林政德；
B.MXT 2210之Product Development Request 提出日期為87年8 月24日，與專利申請日僅隔20餘天，研發人員為王惠芬，亦非專利發明人林政德，且就該案之Produc
t Development Request 及Engineering Change（原告所稱之研發成果）查核，難以證明該案研究內容與專利申請內容相同，亦無法證明林政德有投入該案研發之事實，被告原核定否准適用投資抵減並無不合。原告雖稱研究計畫通常係由研發團隊中之1 人為負責工程師，但所產生之發明或改良可能為研發團隊中之成員任1 人或數人所做成，非必然為該工程師，專利發明人不當然為研究計畫工程師，研究計畫雖要求需事先提出，但偶因爭取商機致未及時提出，而於事後補行提出；另該164786號專利名稱為「連接器料帶式外殼」，上開二研究計畫乃為連接器之外殼設計、研發，需利用該等專利，以達較低成本等效益，被告未詳查其中原委，逕以名稱不同而稱難以證明研究內容與專利申請內容相同，實屬無稽云云，惟如原告所言，更顯出研究人員之研究報告或紀錄之重要性，經由研發過程報告或紀錄，始得以研判各研究人員是否實際投入研發專案之進行，本件原告未能提示林政德有投入該案研發之事實證明資料，難以證明林政德實際投入該研發專案之進行。又研究開發新產品應具有創新性、風險性及前瞻性，通常會先經由市場調查，並經審慎評估後始投入研究開發，於進行研究開發前即需擬訂具體周詳之研究計畫，敘明研究目的、研究時程、研發成員、預期目標、效益評估、所需經費及儀器設備等，經上級核准後始進行研發，於新產品尚未開發前，如何先行爭取客戶？是原告所述因爭取商機致未及時提出，而於事後補行提出，核不足採。另依MXT2210之Product Development Request 內容查核，原告就係現有產品依蘋果電腦公司所要求之規格、圖面進行修正，再交由客戶確認後量產，係量產前之準備工作，屬例行性開發市場業務，並無具體性及通盤性之研究計畫及目標，亦非屬研究發展之範圍。
②專利申請人為美商摩勒克斯公司：依行為時專利法第7
條第1項 前段規定：「受雇人於職務上完成之發明、新型或新式樣，其專利申請權及專利權屬於雇用人…。」本件依經濟部智慧財產局95年6 月19日函、專利權讓與登記申請書及讓渡書之記載，原告87年度開發專案中，部分成果係發明人直接將專利申請權讓渡予美商摩勒克斯公司，該公司再於92年7 月間讓與2 分之1 專利權予原告，並由原告分別支付美金1 元及其他合法有價值之對價予美商摩勒克斯公司，由此可見該等研究發展係發明人為美商摩勒克斯公司所做，並非為原告所為，且原告取得2 分之1 專利所有權，係於被告核定其88年度營利事業所得稅（核定日期90年11月23日）及87年度進行查核之後始辦理轉讓（美商摩勒克斯公司於92年7 、8月間轉讓2 分之1 專利權予原告），如准原告適用投資抵減自不合理；另縱使如原告所言，該等研究發展係發明人為原告所做，原告再將專利申請權讓予美商摩勒克斯公司，惟其未取得合理之權利金或報酬，美商摩勒克斯公司因取得專利權而享有使用及租、售專利權之利益，相關研發支出卻全部由原告負擔及享受投資抵減，亦不合理，且與政府獎勵企業自行研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之費用得以抵減稅額之原意不合，亦不符財政部93年10月26日修正發布之現行審查要點第7 點規定：「公司依本辦法規定投資於研究與發展之支出，應符合於下列情形之一：（一）公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用。（二）公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或合理之報酬。」之意旨。又行為時促進產業升級條例第1 條規定，已闡明其立法宗旨，乃在於促進「本國」產業升級，健全「本國」經濟發展，系爭專利權申請人既非原告，研究發展成果亦非其所獨享，原告母公司及其他第三國子公司均可使用，若同意其鉅額研究發展支出據以適用投資抵減稅額，豈非促進「他國」產業升級？健全「他國」經濟發展？恐有踰越母法授權之意，亦不符租稅獎勵之原立法精神，雖原告主張本件專利申請之安排，對價為其有權無償使用母公司或其他子公司名下之全球專利及技術，且專利申請費及維持費用由美商摩勒克斯公司負擔，惟母、子公司係獨立之法人主體，自負盈虧，此已逾越母、子公司會計獨立之分際（使用他人之專利權所應負擔費用與其提供專利權予他人使用應收之價金應明確區分，二者間之對價亦應相當）；又專利申請費、證書費及專利年費係專利申請人所應負擔之例行性規費，本件專利申請人既係為美商摩勒克斯公司，由其負擔前述費用自屬合理，難謂為其取得專利權之合理代價。
（6）原告所稱為避免專利權受不法之侵害時，不利於國際爭訟之進行，及如以原告名義申請專利權，往往於其他國家主張國際優先權時，遭遇困難而導致不必要之時間及金錢之浪費，乃以美商摩勒克斯公司名義申請專利權乙節。按本件專利申請人及專利權人員均為美商摩勒克斯公司（原告係於92年7 月間始取得2 分之1 專利權），美商摩勒克斯公司因擁有該專利權而享有使用、出租及讓售之利益，其他第三國子公司亦可使用該專利權，若同意其鉅額研究發展支出據以適用投資抵減稅額，豈非促進「他國」產業升級？健全「他國」經濟發展？恐有踰越母法授權之意，亦不符租稅獎勵之原立法精神，被告乃否准其適用投資抵減，與其是否因主張國際優先權而以美商摩勒克斯公司為專利申請人係屬二事。
（7）原告訴稱被告所言「未取得合理權利金或報酬」係現行審查要點之規定，依法不得溯及既往乙節。按審查要點之修訂，係財政部本於中央稅捐主管機關職權，為執行促進產業升級條例之投資抵減辦法之必要，就適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件而為細節性、技術性之補充性規定以臻完善，俾為所屬機關執行職權之依據，故基於公司投入研究與發展支出所創造之成果，如由他人製造或使用，且未收取任何合理之權利金或技術報酬等收入，造成研發費用、成本由研發公司負擔，而其研發成果卻由他人享有，兩者間之支出與成果並未配合，致違反收入與成本、費用配合原則，現行審查要點第7 點係依此一理由配合增訂「公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用」及「公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。」，以資更為明確，並未創設新的權利、義務，基本法源精神並未改變。
３、被告否准系爭研究與發展支出適用相關投資抵減規定，其相關之營業成本及費用是否亦得否准認列部分，說明如下：
（1）原核定情形：原告87年度列報營業成本3,494,954,433元及營業費用274,028,392 元，被告原查以其研發成果讓渡交由美商摩勒克斯公司向本國申請專利權，核與適用投資抵減規定不合，相關研發之營業成本39,046,808元（含薪資支出30,958,308元、伙食費595,800 元、研究費4,918,569 元及其他費用2,574,131 元），營業費用28,269,203元（含薪資支出25,555,258元、伙食費706,271 元、研究費408,102 元及其他費用1,599,572 元）否准認列，核定營業成本3,455,907,625 元及營業費用245,759,189 元。
（2）按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為行為時所得稅法第24條第1 項所明定。次按「經營本業及附屬業務以外之費用及損失，不得列為費用或損失。」「研究發展費：營利事業為研究新產品、改進生產技術、改進勞務提供技術及改善製程而支付之研究發展實驗費用…。」為行為時查核準則第62條及第86條前段所明定。
（3）按系爭營業成本及營業費用之發生，係因上述研究發展專案所產生，有關研究發展費用之認列，乃國家本於鼓勵研究發展，促進產業升級之宗旨，而准予以費用核實認列，更應著重於其費用之發生與營業之關連性，本件原告87年度開發專案中，部分研發成果係以美商摩勒克斯公司名義向經濟部智慧財產局申請專利，該等研究發展既係發明人為美商摩勒克斯公司所做，研發成果非屬原告本身所有，相關研發支出即應由美商摩勒克斯公司負擔，相關營業成本及營業費用，即非屬原告經營本業及附屬業務之費用及損失，由原告負擔自不合理；另原告係美國莫仕公司之子公司，並非分公司或分支機構，為獨立之法人主體，會計獨立，該研究發展既係為美商摩勒克斯公司所做，相關研發支出即應由美商摩勒克斯公司所負擔，即非屬原告經營本業及附屬業務之費用及損失；且營利事業之收入，必須計算其純益之所得額而課徵所得稅者，始有減除其成本、費用、損失及稅捐之可言，此即收入與成本費用必須配合之原則，該研發支出既非其所應負擔，非屬原告經營本業及附屬業務之費用及損失，既無相應之收入，相關成本費用卻主張全數認列，有違收入與成本費用配合原則；又縱該等研究發展係由發明人基於職務上為原告所研究開發，惟其研發成果及利益，非屬原告本身所獨享，亦未取得合理之權利金或報酬，且美商摩勒克斯公司因擁有該專利權而享有使用、出租及讓售之利益，惟相對之成本費用卻全數由原告所負擔，有違收入與成本費用配合原則；至於其餘未申請專利部分之研究發展，係由同一研發團隊所為，是否係為原告所做及獨享，其未能提示專供自己製造、銷售、使用及因該等研發結果而獲得之相關收入等證明資料供核，原核定相關研發之營業成本39,048,808元及營業費用28,269,203元並無不合。
（4）原告雖主張PDR （研究計畫）及ECN （研究報告）表格及其附件，已足證原告研發工作之開始、進行與完成，且係運用於原告之產品生產及製造。其中有56個計畫均有ECN ，至少有相關產生之研究成本及費用得以認列，又部分有PDR （研究計畫），而無ECN （研究報告）者，亦非表示其未進行研發工作，而僅係該等研究計畫因無具體成果無法達到成果發表之階段，或嗣因無法達成提案目的、成本不符效益、客戶需求改變等而決定放棄，亦確已支出相關之研發成本及費用乙節。惟其所提示之ECN 及其附件，係一制式表格，其中僅少數有載明預定完成時間，實際完成情形如何未明，並無其他具體佐證資料，且大多數ECN 並無該項表格，亦難以證明確有供其自己生產製造、銷售及使用。至於研發進行後決定放棄部分，相關之成本費用明細及憑證為何？是否符合行為時查核準則86條之規定，屬其為研究新產品、改進生產技術、改進勞務提供技術及改善製程而支付之研究發展實驗費用，原告僅提示PDR ，並無相關之研發過程紀錄或報告、相關之成本費用明細及憑證，被告無從審酌。
４、原告訴稱本件營利事業所得稅被告已於89年7 月27日為核課確定，復於未發現任何新事實及新證據情形下，於92年
7 月26日另為更正核定通知書，否准本件研發投資抵減、營業成本及營業費用並補徵稅款，與誠信原則及信賴保護原則有違乙節。按「納稅義務人依所得稅法規定辦理結算申報而經該管稅捐稽徵機關調查核定之案件，如經過法定期間而納稅義務人未申請復查或行政爭訟，其查定處分，固具有形式上之確定力，惟稽徵機關如發見原處分確有錯誤短徵，為維持課稅公平之原則，基於公益上之理由，要非不可自行變更原查定處分，而補徵其應繳之稅額。」最高行政法院58年度判字第31號著有判例。本件於原查階段原告並未提示專利證書及專利申請資料，且第1 次核定係屬未列選案件暫依書面審查核定，嗣經發現原告列報之研發成果向經濟部智慧財產局申請專利係由美商摩勒克斯公司向本國申請專利權，核與行為時促進產業升級條例規定不合，且相關研發支出（研發之營業成本39,046,808元及營業費用28,269,203元）即應為美商摩勒克斯公司所負擔，核非屬其本業及附屬業務之支出，否准認列，基於維持課稅公平原則，被告於核課期間內重行核定研究與發展支出及可抵減稅額均為0 元，並第2 次核定補徵稅額26,926,404元並無不合。
５、原告訴稱最高行政法院就研究發展支出適用促進產業升級條例規定抵減稅額判決（94年度判字第01872 號、95年度判字第2086號及96年度判字第629 號）謂行為時審查要點「…並無研發成果非歸上訴人享有，即屬不得列報投資抵減之研究發展支出之明文」而認定原判決「…未說明其所稱研發成果非歸上訴人之意涵，即逕以研發成果非歸上訴人享有等語，認本件之研究發展支出不符合投資抵減要件」云云，要屬判決不備理由，而予廢棄，而未適用被告所一再引據之現行審查要點第7 點，足見最高行政法院亦認該審查要點無適用之餘地乙節。按原告所引「94年度判字第01872 號、95年度判字第2086號及96年度判字第629 號判決」內容類似，前2 案上訴人為台灣通用器材有限公司，上訴人係為美國母公司代工生產製造，該案係上訴人與他公司合作開發，研發成果之專利申請人及專利權人均為上訴人，與本件專利申請人為美商摩勒克斯公司之情形並不相同，且該案並未論及有關現行審查要點第7 點之適用問題，原告自行推論最高行政法院亦認該審查要點無適用之餘地，似有誤解。
６、本件相同案情業經本院94年度訴字第01838 號（有關營業成本及營業費用）及94年度1890號（有關研究發展支出）判決原告之訴駁回在案，可資參照。
理 由
一、本件訴訟進行中被告代表人由許虞哲變更為凌忠嫄，茲據被告現任代表人依法具狀向本院聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、原告起訴主張：本件原告就所從事之研究與發展，業依行為時投資抵減辦法第9 條第1 項第1 款第1 目及第5 目及行為時審查要點，就研究與發展支出部分所要求提出應檢附之證明文件，即公司之組織系統圖及研究人員名冊、研究計畫及紀錄或研究計畫及報告，而依行為時投資抵減辦法及行為時審查要點規定之應檢附證明文件為「研究計畫及紀錄或研究計畫及報告」，原告已提出研究專案始末之完整研究計畫及研究報告，二者一致且得相互勾稽，足證該研究專案為真實，即無再提出紀錄之必要；況依原告87年度專利申請，其中
MXT 第2210及2271號所申請之專利，係以原告名義為專利申請人，可證原告確有研發事實及取得專利情事。再者舊產品之改良乃亦為新產品產生之方式之一，以舊產品改良為新產品之新型專利依法自得抵減。原告87年度生產單位改進生產技術係屬降低成本者，依行為時審查要點僅需提出「改進前、後之成本差異分析」即足，另原告就供研究發展單位研究用之消耗性器材、原材料及樣品之費用，亦已提出「研究發展單位研究用消耗器材、原材料及樣品領料紀錄」之證明文件，就專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用軟體之購置成本之費用，業提出「研究發展單位研究用儀器設備清單」之證明文件，上開資料已得供被告勾稽原告確有是項研發費用之事實，被告自應准系爭研發支出之抵減，原處分違反核實課稅原則。又按研究發展支出應否准予認列投資抵減，應以企業是否有實際投入研究開發之事實加以認定，不以因研究發展有無取得研發成果為必要，原告將研發成果由美商摩勒克斯公司向經濟部智慧財產局申請取得專利權，其對價有原告得無償使用美商摩勒克斯公司及其子公司名下之全球專利及技術及及專利申請及維持費用均由美商摩勒克斯公司負擔，非將專利權無償登記於美商摩勒克斯公司名下而未取得任何權利金或報酬，其研發之營業成本與費用支出仍得適用行為時投資抵減辦法認列投資抵減之支出；且原告嗣後取得系爭專利權而與美商摩勒克斯公司共有，益徵原告實為專利權人之一，對於該專利權自得依法主張、使用及行使權利，不影響原告得適用投資抵減。至於現行審查要點第7 點所增訂之「公司依本辦法規定投資於研究與發展之支出，應符合於下列情形之一：（一）公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用。（二）公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或合理之報酬。」限制，乃對人民增加法律所無之義務，顯然較不利於納稅義務人，不得適用於本件投資抵減之審查。投資抵減與成本費用認列乃屬二事，後者係採核實認定原則；原告投入系爭研究與發展工作所支出相關之營業成本39,046,808元及營業費用28,269,
203 元，均屬投入研發而實際發生之支出，且與原告所營連接品設計、製造或銷售之本業相關，依法自應准予認列。不得僅因被告否准其適用投資抵減，即不得認列原告當年度之營業成本及費用，原處分否准認列系爭營業成本及費用，有違核實課稅原則，於法無據，為此，依行政訴訟法第4 條第
1 項規定，提起本件行政訴訟，求為判決如訴之聲明所示云云。
三、被告則以：㈠本件原告迄至訴願階段均未提示完整資料供核，嗣於行政訴訟階段中補提新產品計劃開發專案清單、新產品研究成果報告清單、產品開發需求單及工程變更通知單等資料，經被告查核後認原告87年度開發專案計MXT2131 等89筆，與相關規定並不相符，否准認列並無不合。而89筆開發專案中，部分係屬舊有產品之改良（如MXT2140 、MXT2141、MXT2213 …等），核非屬新產品之研發。又上述研發成果中部分有申請專利：①專利申請人為原告部分：該164786號專利成果原告列報係屬MXT 2210及MXT 2271開發專案所產生，專利申請日為87年9 月21日，專利發明人為林政德，惟就該案原告所提之ECN 、PDR 查核，難以證明該案研究內容與專利申請內容相同，亦無法證明林政德有投入該案研發之事實；②專利申請人為美商摩勒克斯公司部分，該等研究發展係發明人為美商摩勒克斯公司所做，並非為原告所為，且原告取得2 分之1 專利所有權，係於被告核定其88年度營利事業所得稅（核定日期90年11月23日）及87年度進行查核之後始辦理轉讓（美商摩勒克斯公司於92年7 、8 月間轉讓2 分之1 專利權予原告），如准原告適用投資抵減自不合理。另現行審查要點第7 點增訂「公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用」及「公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。」，以資更為明確，並未創設新的權利、義務，基本法源精神並未改變，故未有溯及既往之問題。㈡又原告87年度開發專案中，部分研發成果係以美商摩勒克斯公司名義向經濟部智慧財產局申請專利，該等研究發展既係發明人為美商摩勒克斯公司所做，研發成果非屬原告本身所有，相關研發支出即應由美商摩勒克斯公司負擔，相關營業成本及營業費用，即非屬原告經營本業及附屬業務之費用及損失。又縱該等研究發展係由發明人基於職務上為原告所研究開發，惟其研發成果及利益，非屬原告本身所獨享，亦未取得合理之權利金或報酬，且美商摩勒克斯公司因擁有該專利權而享有使用、出租及讓售之利益，惟相對之成本費用卻全數由原告所負擔，有違收入與成本費用配合原則等語，資為抗辯。
四、經查，本件⑴原告辦理87年度營利事業所得稅結算申報，列報營業成本3,494,954,433 元、營業費用及損失總額274,028,392 元、課稅所得額644,759,015 元、依促進產業升級條例第6 條規定適用投資抵減之研究與發展支出67,316,011元、可抵減稅額10,097,402元。⑵被告初查否准原告認列其申報適用投資抵減之研究與發展支出67,316,011元及可抵減稅額10,097,402元，並剔除與上開研究與發展支出相關之營業成本39,046,808元及營業費用28,269,203元，否准原告認列，並核定研究與發展支出可抵減稅額為0 元、課稅所得額712,075,026 元、應補稅額26,926,404元。⑶原告將投入系爭研究與發展工作之成果，由「美商摩勒克斯公司於87年、88年間取得專利權並辦理專利權人註冊登記完畢（專利權證書號碼、專利申請號碼除專利權證書第164786號部分外，如原證30所示。），嗣92年7 月、8 月間將上開專利權移轉與原告共有，並辦畢登記由經濟部智慧財產局核發專利證書在案等情，為兩造所不爭執，且有原告87年度營利事業所得稅結算申報書、營利事業所得稅查核簽證申報查核報告書、被告一般案件重點查核報告書、復查案件審查報告書等件附原處分卷、經濟部智慧財產局函、87年度專利一覽表、專利權讓與登記申請書等件附本院卷（三）可稽，洵堪認定。
五、至於兩造爭執：原告當年度列報遭被告剔除之與研究與發展支出相關之營業成本39,046,808元、營業費用28,269,203元，是否確為原告當年度研發支出之營業成本與費用？原告將研發成果由美商摩勒克斯公司向經濟部智慧財產局申請取得專利權，其研發之營業成本與費用支出得否認列投資抵減之支出？原告92年間取得系爭專利權而與美商摩勒克斯公司共有，結論有無不同？原告就上開研究與發展工作之成果支出相關之營業成本39,046,808元及營業費用28,269,203元，得否認列原告當年度之營業成本及費用等項，本院判斷如下：
（一）關於原告列報研究與發展支出67,316,011元及可抵減稅額10,097,402元是否符合投資抵減要件部分：
１、按促進產業升級條例之立法目的，旨在促進我國產業升級，以健全經濟發展（行為時促進產業升級條例第1 條第1項規定參照），依促進產業升級條例有關研究發展投資抵減規定制定之精神，在鼓勵國內企業對生產技術之進階研究與發展，以達產業升級並期對現有產品及生產技術作重大突破以觀，業者得適用該條例抵減者，應以為產業升級所為研究與發展產生之支出為限，自不待言。次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品、改進生產技術，改進提供勞務技術及改善製程所支出之左列費用：一、研究發展單位專業研究人員之薪資。二、生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用。三、供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。四、專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用應用軟體之購置成本。五、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金。
六、專為研究發展購買之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折費用。但按產品生產或銷售數量、金額支付一定比例之價款或定期支付一定金額之價款不包括在內。七、委託國內大專院校或研究機構研究或聘請國內大專院校教授或研究機構研究人員之費用。八、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」、「公司依本辦法規定投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依左列規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。一、研究與發展支出：（一）公司之組織系統圖及研究人員名冊。
（二）當年度購置專供研究與發展用之儀器設備或研究用之應用軟體清單。（三）研究發展單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。（四）購置專利權、專用技術、著作權之契約或證明文件及其攤折計算表。（五）研究計畫及記錄或報告。（六）其他有關證明文件。」為行為時適用投資抵減辦法第2 條、第9 條所明定，從而，公司依上開辦法規定投資於研究與發展之支出，於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，應提出之證明文件，固包括該辦法第9 條第1 項第1 款至5 款所示之證明文件，惟不以此為限，務求所提資料可得證明申報之支出確係投資於促進產業升級之研究與發展為已足，是公司所提之資料名稱上縱與前開辦法第9 條第1 項第1 款至5 款相符，惟如其實質內容如不足證明前揭事項，自仍有提出其他有關證明文件以資證明之必要，故該條項乃有第6 款「其他有關證明文件」概括規定之訂定。
２、又按「一、研究與發展支出係指公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之費用。
二、公司從事研究與發展需研提具體研究計畫，稅捐稽徵機關於查核時，應就公司檢附之證明文件，核實認定是否屬研究與發展之範圍，尚不以有無研發成果為認定之依據。三、研究新產品事實之認定：㈠如該項產品向我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權，應將申請結果提示稅捐稽徵機關，作為認定之依據。㈡研究新產品因故未向我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權，或其研究計畫因故無法完成者，應說明研究發展過程及其具體成果或研究發展過程及放棄繼續研究之具體原因，並提供相關詳細證明資料以供查核…四、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程活動包含：㈠提高原有機器設備效能。㈡製造或自行設計生產機器設備。㈢改善儀器之性能。㈣改善現有產品的生產程序或系統。㈤設計新產品的生產程序或系統。㈥發展新原料或組件。㈦提高能源使用效率及廢熱之再使用。㈧公害防治或處理技術之設計。」、「一、研究發展單位係指專門從事研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程之單位而言，其名稱、組織層級及數量不限，查核時應就公司申報所檢附之證明文件，查明是否屬研究與發展之範圍，作為認定之依據。二、專業研究人員係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員。」、「一、公司生產單位適用本款之支出，以從事本審查要點項目壹、認定原則四所規定活動之支出為限。二、公司生產單位改進生產技術或提供勞務技術如有具體成果，其屬降低成本者，應提出改進前、後之成本差異分析，屬增加產能者，應提出改進前、後產能差異分析，屬提高產品品質者，應提出改進前、後產品品質差異分析。公司申請適用本款之費用，應予併入相關製造成本內，並計算其產品每單位成本、售價及差異分析。
」、「供研究發展單位研究用之消耗性器材、原材料及樣品等3 項，應按其逐次購買、進料或領用之時序逐筆詳實記載，並保存相關憑證，且能與研究計畫及紀錄或研究計畫及報告相勾稽。」、「僅限於專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用應用軟體之購置成本，並依年度研究計畫及各項研究紀錄或報告查核確屬該年度研究計畫所必需購置之儀器設備或研究用應用軟體。」為行為時審查要點附表項目壹、認定原則及壹、一、認定原則一、二前段、
二、認定原則一、二及三、認定原則二前段、四、認定原則一所規定（本院卷㈡第11頁至第14頁參照），而上開審查要點係財政部基於職權，就公司依88年12月31日修正前促進產業升級條例第6 條第1 項第3 款及公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法規定，所屬關於投資抵減之支出進行查核作業所為之釋示，未逾越法律規定，被告自得援用。
３、而查：
⑴、原告就其列報研究發展單位專業研究人員薪資57,815,637
元，其中關於①產品研發部人員薪資列報之39,446,094元部分，僅提示產品開發需求單及工程變更通知單等資料，仍未能提示具體研究計畫、研發過程紀錄或報告、研發人員工作日誌等資料供核，自難證明渠等確有投入研究發展工作之事實。②模具研發處人員薪資列報之18,369,543元（邱華光等13人）部分，僅提示其中李時愷及康張仁宏2人之研究計畫，而依李時愷之研究計畫內容，研究時間為87年1 月至87年4 月，屬86年度之研究計畫（原告會計年度採7 月制，87年度會計期間係自87年7 月1 起至88年6月30日止，營利事業所得稅查核簽證申報查核報告書附原處分卷第38頁參照）；又依原告所提示研究計畫及圖表等資料，尚無法研判該圖表與研究計畫內容有關，其未能提示該研究人員於研究期間之研發過程紀錄或報告、研發人員工作日誌等資料供核，自難證明渠等有投入研究發展工作之事實；另原告列報之模具研發處人員，係辦理改進生產技術之研發工作，其亦未能提示改進前、後之各項成本及單位售價明細分析、改進前、後產能差異分析、改進前、後產品品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績效等資料，是被告否准認列並無不合。原告就此主張伊已依行為時投資抵減辦法及審查要點提出研究計劃及研究報告，即無須再提出研究紀錄，被告即應准予抵減云云，揆諸前揭理由欄四（一）1 之說明，自無可取。
⑵、又關於生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用列報
1,786,655 元，原告僅提示改進生產技術前、後之各項單位成本及單位售價86年度與87年度比較表，未提示改進前、後之各項成本及單位售價明細分析、產能差異分析、產品品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績效等資料供核，被告否准認列亦無不合。至於原告雖稱其87年度生產單位改進生產技術係屬降低成本者，依行為時審查要點僅需提示改進前後之成本差異分析云云，惟產品價格波動原因甚夥，而原告僅提出成本價及售價之前後比較表（本院卷⑷第170 、171 頁參照），而未羅列明細分析其前後產生差異之所在，尚難核認不同年度成本價及售價波動，確係由原告當年度生產單位改進生產技術或提供勞務技術所致。況如上開比較表所列產品料號000000
000 ，單位成本由86年度24.6元降低為14.5元，單位售價由23.16 元降低為14.73 元，原成本與售價因何項生產技術之改進而降低，所投入改進之成本與其所創造之收益為何，86年度及87年度單位成本及售價計算依據為何，皆有未明，核與行為時審查要點附表項目壹、二、認定原則二「公司申請適用本款之費用，應予併入相關製造成本內，並計算其產品每單位成本、售價及差異分析。」之規定亦有未合，是原處分否准認列並無不合。
⑶、關於供研究發展單位研究用之消耗性器材、原材料及樣品
之費用列報5,326,671 元及專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用應用軟體之購置成本列報2,387,048 元，原告僅提研究發展單位研究用消耗器材、原材料及樣品領料紀錄表及研究發展單位研究用儀器設備清單表，而未提出與研究計畫及紀錄或研究計畫及報告可得勾稽其因果之完整進料、領料紀錄，亦未提出確屬該年度研究計畫所必需購置之儀器設備或研究用應用軟體之證明資料，是原處分否准認列，揆諸前揭理由欄四（一）１之說明，亦無不合。原告主張伊已檢附研究發展單位研究用儀器設備清單即應准予申報云云，洵屬無據。
４、又行為時促進產業升級條例有關研究發展投資抵減之立法目的，旨在鼓勵企業對生產技術之「基礎」研究發展，以突破我國產業在邁向現代化技術密集產業之瓶頸，若係對現有產品或技術之經常性改良、變更或補強等一般性、經常性之工作，自非屬該條例所定研究發展獎勵範疇。而查，原告所稱89筆開發專案中，部分係屬舊有產品之改良（如MXT2140 、MXT2141 、MXT2213 …等，本院卷⑷第179頁以下參照），屬原告依據客戶所要求之規格、圖面、樣品，進行測試製模，或就其現有產品應客戶要求之規格進行修正補強或自行修正，再交由客戶確認後量產，係量產前之準備工作，屬例行性開發市場業務，並無具體性及通盤性之研究計畫及目標，非屬新產品之研發，原告主張依行為時審查要點規定研究新產品如經向我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構申請專利或其他智慧財產權者，提示相關證明文件，即得為研發支出抵減之申報，以舊產品改良成新產品者，亦屬新產品之研發云云，要無可取。
５、關於原告所稱研發成果中業經申請專利部分：
⑴、專利申請人為原告部分：就此，原告主張上開研發成果（
專利權證書第164786號）屬MXT2210 及MXT2271 開發專案所產生云云；惟查，本件專利權申請日為87年9 月21日，專利發明人為林政德，惟A.MXT2271 之PDR 提出日期為87年12月28日，係在專利申請之後始提出，研究人員為沈健詩（Sam Shin）非林政德；B.MXT2210 之PDR 提出日期為87年8 月24日，與專利申請日僅隔20餘天，研發人員為王惠芬，亦非林政德，且依該案之ECN 、PDR 核對專利申請內容，亦難認屬相同，故尚難證明林政德確有投入該案研發之事實，原處分核定否准適用投資抵減並無不合。至於原告雖稱研究計畫通常係由研發團隊中之1 人為負責工程師，但所產生之發明或改良可能為研發團隊中之成員做成，故專利發明人不當然為研究計畫工程師，而該164786號專利名稱為「連接器料帶式外殼」，上開二研究計畫乃為連接器之外殼設計、研發，需利用該等專利，以達較低成本等效益云云，惟原告未能提示林政德有投入該案研發之證明資料，已如前述，其空言林政德投入該研發專案之進行產生研發成果得享投資抵減優惠云云，自無足取。況研究開發新產品具風險性，衡諸常情業者多經市場調查及審慎評估後始投入研究開發，於進行研究開發前即需擬訂具體周詳之研究計畫，敘明研究目的、研究時程、研發成員、預期目標、效益評估、所需經費及儀器設備等，於新產品尚未開發前，無以憑據何得先行爭取客戶，是原告所述因爭取商機致未及時提出，而於事後補行提出，核不足採。另依MXT 2210之Product Development Request 內容查核，原告就係現有產品依蘋果電腦公司所要求之規格、圖面進行修正，再交由客戶確認後量產，係量產前之準備工作，屬例行性開發市場業務，並無具體性及通盤性之研究計畫及目標，亦非屬研究發展之範圍。
⑵、專利申請人為美商摩勒克斯公司部分：經查，本件原告所
稱當年度投入系爭研究與發展工作之成果，除專利權證書第164786號部分外，均係由美商摩勒克斯公司於87年、88年間申請取得專利權，並辦理專利權人註冊登記完畢一節，已如前述，而參諸行為時專利法第7 條第1 項前段規定：「受雇人於職務上完成之發明、新型或新式樣，其專利申請權及專利權屬於雇用人…」，是原告所稱參與系爭研究與發展工作人員，是否受雇於原告即非無疑。又縱前揭人員確原告之受雇人，惟渠等所為之研究與發展成果既歸屬訴外人美商摩勒克斯公司所有，非為原告對生產技術基礎作研究發展，以突破我國產業在邁向現代化技術密集產業之瓶頸（促進產業升級條例第1 條立法意旨參照），核與促進產業升級條例第6 條第2 項係以租稅抵減之租稅優惠方式，鼓勵企業自行研究新產品、改進生產技術，改進提供勞務技術及改善製程，以促進本國產業升級、健全本國經濟發展之立法原意不符，原處分否准認列，並無不合。至於美商摩勒克斯公司固於92年7 月、8 月間將上開專利權移轉與原告共有並辦畢登記，惟此屬美商摩勒克斯公司92年間所為財產權之處分行為，核與原告87年度投資抵減之核認無涉，自無從倒果為因認上開發明人之研究發展係為促進原告產業升級而為，原告就此之主張自無可採。
⑶、原告另稱：伊將研發成果由美商摩勒克斯公司向經濟部智
慧財產局申請取得專利權，其對價為原告得無償使用美商摩勒克斯公司及其子公司名下之全球專利及技術及及專利申請及維持費用均由美商摩勒克斯公司負擔，非將專利權無償登記於美商摩勒克斯公司名下而未取得任何權利金或報酬，其研發之營業成本與費用支出仍得適用行為時投資抵減辦法認列投資抵減之支出云云，惟查母、子公司係獨立之法人主體，營業自負盈虧，原告就其主張伊將研發成果由美商摩勒克斯公司向經濟部智慧財產局申請取得專利權之對價為無償使用該公司或所轄子公司名下之專利權一事，並未舉證以實其說，又專利申請費、證書費及專利年費係專利申請（權）人所應負擔之費用，本件專利申請人原為美商摩勒克斯公司，負擔前述費用乃事理之然，自難謂此為其取得專利權之合理代價，又促進產業升級條例有關研究發展投資抵減規定之制定，旨在鼓勵國內企業對生產技術之進階研究與發展，以達產業升級及對現有產品及生產技術作重大之突破，已如前述，而本件研發成果自始由美商摩勒克斯公司申請取得專利權部分，其就產品及生產技術作縱有突破，亦非為我國產業升級而為，本即不得享投資抵減之優惠，核與現行審查要點之修正與否無涉。
又原告以研發成果申請取得之專利權，於其他國家主張國際優先權時是否困難，僅涉原告財產權之維護，非促進產業升級條例立法獎勵業者投資研究發展考量範圍，是原告主張伊為免專利權於其他國家主張國際優先權時遭遇困難始由美商摩勒克斯公司以其名義申請專利權、現行審查要點之「未取得合理權利金或報酬」之規定，依法不得溯及既往適用於本件云云，均無可採。
（二）關於原告列報之營業成本及費用部分：
１、按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為行為時所得稅法第24條第1 項所明定。次按「經營本業及附屬業務以外之費用及損失，不得列為費用或損失。」、「研究發展費：營利事業為研究新產品、改進生產技術、改進勞務提供技術及改善製程而支付之研究發展實驗費用…。」為行為時查核準則第62條及第86條前段所明定。
２、另按行政法院於撤銷訴訟，職權調查證據有其限度，不免有事實要件不明之情形，故當事人仍有客觀之舉證責任，民事訴訟法第277 條規定「當事人主張有利於己之事實者，就其事實有舉證之責任。」於上述範圍仍為撤銷訴訟所準用（行政訴訟法第136 條規定參照）。另就課稅處分之要件事實而言，基於依法行政原則，為權利發生事實者，如所得稅有關所得額計算基礎之收入，依上開規定，固應由稅捐稽徵機關負舉證責任；惟關於成本、費用等，因在計算納稅義務人實際應納稅額時，列為計算之減項，屬於權利發生後之消滅事由，故有關成本、費用發生存在之事實，不論從上述證據掌控或利益歸屬之觀點，均應由主張減除之納稅義務人負擔證明責任。
３、本件系爭營業成本及營業費用之發生係因上述研究發展專案所產生，而有關研究發展費用之認列，乃國家本於鼓勵研究發展促進產業升級之宗旨為之，故其費用之發生自應與營業具關連性；惟查，本件原告87年度開發專案中，部分研發成果係以美商摩勒克斯公司名義向經濟部智慧財產局申請專利，該等研究發展既係發明人為美商摩勒克斯公司所做，研發成果非屬原告本身所有，則被告辯稱相關研發支出應由美商摩勒克斯公司負擔，系爭營業成本及費用非屬原告經營本業及附屬業務之費用及損失等語，自屬有據。另營利事業之收入，必須計算其純益之所得額而課徵所得稅者，始有減除其成本、費用、損失及稅捐之可言，本件系爭研發支出既非屬原告經營本業及附屬業務之費用及損失，無相應之收入，則原處分否准相關成本費用之認列，合於收入與成本費用配合原則，自無違誤。又原告所稱之研究發展係由同一研發團隊所為，而渠等研發成果由美商摩勒克斯公司取得並申請專利權，已如前述，是該研發團隊其餘未申請專利部分之研發是否為原告為之，即有不明，而原告就此未能提出專供自己製造、銷售、使用及因該等研發結果而獲得之相關收入等證明資料供核，是原處分剔除相關研發之營業成本39,046,808元及營業費用28,269,203元，於法並無不合。況該等研究發展係由發明人為原告所研究開發縱屬實情，惟其研發成果及利益，非專供原告本身使用，亦未取得合理之權利金或報酬，未能達促進產業升級之目的，相對之成本費用卻全數由原告所負擔，亦違收入與成本費用配合原則。原告就此之主張並無可採。
４、另原告雖主張PDR 及ECN 表格及其附件，足證原告研發工作之開始、進行與完成，且係運用於原告之產品生產及製造，其中有56個計畫均有ECN ，至少有相關產生之研究成本及費用得以認列，又部分有PDR ，而無ECN 者，亦非表示其未進行研發工作，而僅係該等研究計畫因無具體成果無法達到成果發表之階段，或嗣因無法達成提案目的、成本不符效益、客戶需求改變等而決定放棄，亦確已支出相關之研發成本及費用云云。惟其所提示之ECN 及其附件係一制式表格，其中僅少數有載明預定完成時間，且無其他具體佐證資料，實際完成情形未明；又原告所提ECN 大多數並無該項表格，亦不足證明確有供其自己生產製造、銷售及使用；至於研發進行後決定放棄部分，相關之成本費用明細及憑證為何，是否屬研究新產品、改進生產技術、改進勞務提供技術及改善製程而支付之研究發展實驗費用，原告僅提示PDR 而無相關之研發過程紀錄或報告、相關之成本費用明細及憑證供被告勾稽審認，則原處分否准原告所稱為系爭研究發展支出之營業成本及費用，揆諸首揭說明，自無違誤。至於營業成本及費用之認列，與有無該項支出分屬二事，原告稱被告不否認原告有此支出，即應准予認列，否則即違反禁反言、誠信原則云云，應屬誤會，併此敘明。
（三）末查，原告所舉最高行政法院94年度判字第1872號、95年度判字第2086號、96年度判字第629 號判決判決之原因基礎事實與本件有別，無從比附援引；另上開判決固有認原判決就該案之研究發展支出不符合投資抵減要件未說明理由，惟並未判認現行審查要點第7 點於該案無適用之餘地，是原告就此之主張，不足執為對原告有利之認定。
六、綜上所述，本件原處分否准原告認列其申報適用投資抵減之研究與發展支出67,316,011元及可抵減稅額10,097,402元，並剔除與上開研究與發展支出相關之營業成本39,046,808元及營業費用28,269,203元，核定研究與發展支出可抵減稅額為0 元、課稅所得額為712,075,026 元、應補稅額為26,926,404元，其認事用法並無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷訴願決定及原處分，為無理由，應予駁回。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊、防禦方法，經核與判決之結果不生影響，無庸逐一論述，併予敘明。
八、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第3 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 96 年 7 月 4 日
第一庭審 判 長 法 官 王立杰
法 官 林惠瑜法 官 周玫芳上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 96 年 7 月 12 日
書記官 何閣梅