臺北高等行政法院判決
95年度訴字第00199號原 告 大眾電腦股份有限公司代 表 人 甲○○（董事長）訴訟代理人 陳建宏（會計師）被 告 財政部臺北市國稅局代 表 人 許虞哲（局長）訴訟代理人 乙○○上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國94年11月16日台財訴字第09400366390號訴願決定（案號：第00000000號），提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實
一、事實概要：原告係從事電腦零組件、系統等產銷業務，於民國（下同）85年度營利事業所得稅結算申報時，申報第2 次增資擴展免徵營利事業所得稅（免稅期間：81年6 月23日－85年6 月22日）暨投資創立之科學園區事業免稅所得（免稅期間：84年1 月1 日－88年12月31日），其以免稅所得獨立計算之方式，分別計算：㈠享受免稅生產設備比例：第2 次增資擴展為10.02 ﹪、科學園區事業為53.81 ﹪；㈡委託加工比例：第2 次增資擴展為1.29﹪、科學園區事業為 1.03﹪；㈢新增免稅產品營業收入淨額：第2 次增資擴展為16,792,188,563元、科學園區事業為1,022,640,940 元，申報第 2次增資擴展免徵營利事業所得額34,389,197元、科學園區事業免稅所得額74,308,136元，合計申報合於獎勵類目及標準免稅所得108,697,333 元。被告原查以其無法獨立計算有關應享免稅生產設備比例、委託加工比例、免稅產品銷貨收入從申報認定，以不能獨立計算方式，分別核算：㈠核定新增免稅銷貨收入總金額：第2 次增資擴展為1,660,872,047 元〔計算式：免稅產品銷貨收入16,792,188,563元×（1 －委託加工比例1.29﹪）×享受免稅生產設備比例10.02﹪=1,660,872,047元〕、科學園區事業為544,615,174 元 〔計算式：免稅產品銷貨收入1,022,640,940 元×（1 －委託加工比例1.03﹪）×享受免稅生產設備比例53,81 ﹪=544,615,174元〕；㈡新增免稅所得額：第2 次增資擴展為37,074,020元〔計算式：全年所得額1,306,860,064 元×（核定新增免稅銷貨收入總金額1,660,872 ÷全年銷貨收入總額27,749,094,782）×免稅期間比例（173 ÷365）=37,074,020 元〕 、科學園區事業為25,648,974元〔計算式：全年所得額1,306,860,064 元×（定新增免稅銷貨收入總金額544,615,174 ÷全年銷貨收入總額27,749,094,782）=25,648,974 元〕，核定本期合於獎勵類目及標準免稅所得為62,722,994元（計算式：37,074,020元＋25,648,974元=62,722,994 元）。；另原告列報研究發展支出357,820,765 元，可抵減稅額53,673,115元。被告初查以其中研究發展單位專業研究人員之薪資，原列報185,364,027 元，經剔除非專職研發人員薪資102,564,292 元，核定82,799,735元；另生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用，原列報26,769,068元，原核以其屬研發單位委外認證費、測試報告等，與規定不符，乃予全數剔除，核定原告85年度研究與發展支出228,487,405 元，可抵減稅額34,273,111元。原告對上開初核決定有關「合於獎勵類目及標準免稅所得額」及「適用促進產業升級條例第 6條規定研究與發展支出抵減稅額」部分不服，申請復查，經被告以94年3 月7 日財北國稅法字第0940234742號復查決定書（下稱原處分）駁回。原告仍有未服，提起訴願，遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：
（一）原告聲明：
１、訴願決定及原處分均撤銷。
２、訴訟費用由被告負擔。
（二）被告聲明：
１、駁回原告之訴。
２、訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：
（一）原告主張之理由：
１、合於獎勵類目及標準免稅所得部分：
（1）、5年免稅採用獨立計算，完全符合財政部之規定：
①、按「一、修正『88年12月31日修正前促進產業升級條
例第8 條之1 免徵營利事業所得稅之計算公式』及『原獎勵投資條例第6 條免徵營利事業所得稅計算公式』。二、本令發布日前未核課確定之案件，有其適用，已核課確定之案件，不予變更。」乃財政部91年 5月20日台財稅字第0910451619號函所明釋。由於本件乃尚未核課確定之案件，故可適用上述函釋修正後之「促進產業升級條例第8 條之1 免徵營利事業所得稅之計算公式」（下稱修正後計算公式），其理至明。
②、上述「修正後計算公式」規定：「貳、重要科技事業
屬製造業者5 年免稅所得之計算：一、獨立計算：（一）屬新投資創立或增資擴展之重要科技事業，經核准免徵營利事業所得稅者，其投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）如其帳冊簿據設置完備，且其銷貨額、銷貨成本及毛利獨立計算，並嚴格合理分攤管理費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益者，其新投資創立或增資擴展新增之免稅所得可依其記載情形核實認定。」
③、原告85年度申報適用免徵營利事業所得稅之所得包括
2 部分：81年度第2 次增資擴展，新增設備產製電腦主機系統及電腦電路板，經財政部81年12月23日台財稅第000000000 號函核准，自81年6 月23日至85年
6 月22日起，連續4 年免徵營利事業所得稅。原告另於82年間按「科學工業園區設置管理條例」之規定，投資創立新竹科學工業園區分公司（下稱原告分公司），並經科學工業園區管理局84年6 月13 日 園商字第08175 號函核准自84年1 月1 日起至88 年12 月31日止連續5 年免徵營利事業所得稅。該竹科分公司係從事積體電路IC之測試業務，其業務除符合免稅規定之產品外，其製程、屬性及生產使用之機器設備均與原告原於園區外所從事生產之電腦主機系統及電腦電路板不同。而截至原告申報85年度營利事業所得稅為止，該原告分公司多次增加生產設備，並分別經園區管理局83年10月20日（83）園經字第14641 號函、85年7 月24日（85）園經字第12316 號函及86年5 月14日（86）園經字第08598 號函核定完成。
④、此外，原告於園區內、外事業除分別設有專屬登載帳
務之會計人員外，且有完備獨立之帳冊簿據，故其銷售額、銷貨成本及毛利均能獨立計算，且能嚴格合理分攤管理費用及與該次增資擴展案新增之免稅所得有關之非營業損益，相對產生之免稅所得當可符合獨立計算之要件，符合前揭函釋及「修正後計算公式」所稱之「整廠」之觀念，故原告依其記載情形予以獨立計算免稅所得，自屬有據。
（2）、科學園區內外生產之產品及所使用之製程、機器設備
均不同，獨立計算不僅能充分允當表達園區內外實際之產銷實況，忠實反映出各廠機器設備對營收之貢獻度，更並有利於經營管理績效之評估：
①、依原告於園區內外所從事生產符合免稅規定之產品，
於園區外為電腦主機系統及電腦電路板，園區內則係從事積體電路IC之測試業務，兩者產品之間，屬性不同，製程迥異，所使用之製造設備亦無法相容共通。
鑑於上述之產品、製程及設備特性，原告依園區內外之銷貨額、銷貨成本及銷貨毛利，分別設置帳冊獨立計算，並在嚴格合理分攤各自之管理費用後，個別計算出園區內外工廠之免稅產品所得。故原告於營利事業所得稅結算申報時，已將園區內外之申報全年所得額個別分開列示，園區外按其免稅產品收入淨額佔該全部營業收入淨額之比例，計算出園區外申報全年所得額中屬於免稅所得額之部分，園區內則按其免稅產品之銷貨額、營業成本及營業費用等，計算出園區內屬於免稅所得額之部分。經此方式計算，當能允當表達園區內外實際之產銷實況，且忠實反映出各廠機器設備對營收之貢獻度，同時亦有利於經營管理績效之評估。
②、另本院89年度訴字第22號判決就有關經營運輸業之股
份有限公司，其所購置之長合輪等27艘船舶，分批經財政部核准4 年免徵營利事業所得稅，亦作出「有關本件免稅船舶免稅所得之計算，應以同一批次核准之全部免稅船舶盈虧合併計算，始為正確」之判決，而未分批次獨立計算各船舶之盈虧，進而發單補徵營利事業所得稅之行政行為有所違誤之觀點來看，原告將本件系爭之免稅所得，以獨立計算方式區別分屬園區內外各自產生之部分，完全符合經主管機關核准並完成之投資計畫設備清單金額，以分別計算之免稅生產設備比例為基礎，獨立計算園區內外之免稅所得額，亦符合前揭判決見解。
（3）、被告強調「整廠」之機器設備、廠房及工程需屬經核
准並完成投資計畫全新設備清單內所載者，方准予獨立計算免稅所得云云，顯不合理且不恰當：
①、被告對於園區內外免稅所得之計算式中，係以園區內
外申報免稅產品營業收入淨額分別佔全公司申報營業收入淨額之比例，得出各自之免稅所得。惟此作法之採行，係將園區內外之產品，當作單一性質之產品，一律在全公司申報營業收入淨額之相同基礎上，計算各產品於全公司申報全年所得額之貢獻率，此法既不正確，亦不合理。因原告既已能將生產不同屬性產品之園區內外各自之銷貨額、銷貨成本及銷貨毛利分別列帳統計，並在獨立計算全年所得額之前提下，得出園區內外產品之貢獻率，如此作法已能表達園區內外公司之實際經營情況，原處分為何反要將計算之基礎擴及到全公司之營業收入淨額，導致園區內外產品在計算全年免稅所得額時之嚴重扭曲，此與收入成本配合原則並不相符。
②、「所謂『銷貨額』、『銷貨成本』可獨立計算者，係
指當年度計算免稅所得時，其整廠之機器及設備等，屬經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者，且其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後於核定之免稅期間內所生產（提供）而言，而其帳冊簿據與非屬投資計畫之產品（勞務）完全分開設立記載，其相關銷貨成本可個別單獨認定。」為「修正後計算公式」貳、重要科技事業屬製造業者5 年免稅所得之計算中一、獨立計算所規定。故被告認為重要科技事業享受 5年免稅之所得，應以重要科技事業依據規定向主管機關申請核准之設備計畫內所購置之新增生產設備，所新增之所得方屬免稅範圍，其中業者原已存在之設備或嗣後陸續購入之應稅設備如免稅設備共同生產免稅產品，則無免稅之適用。換言之，如採用「整廠」觀念獨立計算免稅所得者，其整廠之機器、設備及工程均須與原報經核准投資計畫完成證明內之設備清單完全相符始有適用。如公司於辦理計畫完成後，有再行購入機器設備或重大改良（超過稅法規定費用化標準而須列為資本支出）之情事者，被告即會因整廠之設備已與核准投資計畫內之設備清單不符，即據以認定該整廠所產生之收入無從辨識究屬原經核准完成投資計畫內之設備所提供，抑或屬新購或改良後設備所產生而否准獨立計算之採用。惟依企業永續經營之基本假設下，各公司均係尋求不斷成長茁壯，以製造業者而言，為求提升產能，擴大市場佔有率，擴廠、擴建生產線及更新機器設備等投資，均為企業發展所必需。故若依被告見解，欲求5 年免稅所得均採獨立計算者，必須在投資建廠完成時，全部機器設備均經核准並完成，且5 年之中不再購置任何機器設備，方得適用，此將導致增資擴展業者無法獨立計算免稅所得額，增加稅負，對於響應政府政擴大國內投資的廠商而言，反成租稅上之懲罰，同時嚴重扭曲促進產業升級條例之立法原意，對於國內廠商日漸低迷之投資意願，無異是雪上加霜。被告嚴重限縮適用「獨立計算」之解釋，除不符商業常情外，更使該獨立計算之相關規定形同具文。
③、再者，原告分公司整廠之投資計畫於82年7 月2 日即
報經核准完成後，已依相關法令規定擇定延遲自84年
1 月1 日起開始適用免稅。該分公司為提高產品品質及生產效能，亦於計畫完成後陸續不斷投資增購新機器設備，此乃所有廠商為求生存所必然而無法避免之投資行為，亦完全符合促進產業升級條例鼓勵公司在台進行增添機器設備之投資行為，如依被告之見解，將迫使廠商不敢貿然購置新機器設備，設備效率降低後亦不輕易進行改良，對國內產業之升級實無任何助益，故被告所持見解顯有違誤。況原告於85年度結算申報計算免稅所得時，已分別按該兩次增資擴展投資計畫期間，經主管機關核准並完成，得享受免稅之生產設備，佔85年底園區內、外公司之帳列機器設備總金額，分別計算其免稅生產設備比例為53.81%及10.02%，即是將計畫完成後新增設備所產生之所得，排除於免稅所得之計算範圍內，符合計算公式之規定，並未有任何高估免稅所得之情事，足以允當表達園區內、外獨立計算免稅所得基礎之合理性。同時被告於新增免稅銷貨收入金額計算上，既已同意園區內、外之免稅產品銷貨收入及免稅生產設備百分比，可採園區內、外獨立計算，則在新增免稅所得額上，亦應同意採用原告經會計師查核簽證之帳載園區內、外全年所得額來分別計算，惟被告卻以園區內、外之新增免稅銷貨收入金額佔全公司之營業收入淨額做為計算基礎，原處分不僅自相矛盾，亦有違反行政程序法第6 條「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇」之虞。
（4）、被告就復查決定書中有關獨立計算免稅所得之系爭部分亦有下列違誤之處：
①、復查決定書理由認：依原告提示組織圖及部門損益表
，原告並未嚴格合理分攤管理費用及增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益，包括研發部門相關開發費用、行政管理部門之費用及行政管理中心之非營業損益（含利息收入、利息支出、匯兌損益等），故與獨立計算規定不符云云。惟查，按原告於申報時，除已將管理費用及與增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益，加以分攤歸屬，然所謂「嚴格合理」分攤，其認定標準究係為何？見仁見智，被告認為原告上述費用未分攤，即不符「嚴格合理」之定義，惟此部分實非無討論之處。又非營業損益項目於免稅所得之計算公式內，係列為減除項目，故不論分攤與否，均須排除在外，完全不影響免稅所得之計算，被告若以此與免稅所得計算無關之理由，逕自否准原告園區內外之原告分公司採獨立計算方式計算之免稅所得，不僅影響原告稅負甚鉅，更同時亦有違反比例原則之法律精神。
②、另復查決定書理由壹、四、（三）所稱，原告分公司
帳載代工收入會計科目為借機、IC測試及封裝、PACK
AGE 等，皆列入免稅收入，與經核准之免稅項目，包括：研究、開發、生產、製造、銷售下列產品：高功能個人電腦之晶片組積體電路、積體電路記憶卡、薄型精密封裝、多媒體視訊電話工作站、文件影像流程處理系統，以及積體電路測試軟體開發及服務不符，無產品免稅之適用，此係原處分之誤解；依原告代工收入之性質，包括代廠商將其所提供之記憶IC進行封裝及測試之加工，不僅與原告經新竹科學園區管理局所核准之免稅項目，包括薄型精密封裝、積體電路測試軟體開發及服務等相符合，行政院日後於90年12月27日台90經字第071943號令發布之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」中，亦將原告於園區內事業所從事製造之產品，列入上述獎勵辦法中應給予租稅獎勵之項目獎勵辦法第5 條第 2款「精密電子元件工業」第（25）目「半導體裝置」之第3 及第4 點），故IC之封裝、測試項目，不僅於原告行為時自屬獎勵範圍之項目，即使截至目前為止，亦同。另PACKAGE 部分與封裝係屬相同，僅中、英文名稱上的差異，至於借機係原告運用剩餘產能，包括機器及人員等，接受其他訂單已滿載，而產能不足之IC封裝、測試同業訂單，進行代工，其產品內容與原告自行向客戶接單，完全相同，綜上，原告帳載代工之收入，與園區管理局所核准之免稅項目並無不符。
２、研究發展支出抵減稅額部分－研究發展單位專業研究人員薪資部分：
（1）、原告申報研究發展支出中，包括研究發展單位專業人員
之薪資185,364,027 元，被告以部分列報人員非專業研發人員為由，調減研發抵減支出102,564,292 元。
（2）、按政府為積極推動企業從事研究發展，以利技術水準之
提升及產業之升級，爰訂定促進產業升級條例第6 條，規定企業投資於研究與發展用途之支出，得以其金額5%至20% 限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得於以後4 年度抵減之。又依據同條例第6 條第3 項訂定之「投資抵減辦法」作為企業界投資研究發展適用投資抵減之遵循。
（3）、次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究
新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之左列費用: 一、研究發展單位專業研究人員之薪資。二、生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用。三、供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。四、專供研究發展單位研究用儀器設備或研究用應用軟體之購置成本。五、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金。六、專為研究發展購買之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折費用。但按產品生產或銷售數量、金額支付一定比例之價款或定期支付一定金額之價款不包括在內。七、委託國內大專院校或研究機構研究或聘請國內大專院校教授或研究機構研究人員之費用。八、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出」及「公司依本辦法規定投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額：一、研究發展支出（一）公司之組織系統圖及研究人員名冊。（二）當年度購置專供研究與發展用之儀器設備或研究用之應用軟體清單。（三）研究發展單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。（四）購置專利權、專用技術、著作權之契約或證明文件及其攤折計算表。（五）研究計畫及記錄或報告。（六）其他有關證明文件。」分別為行為時「投資抵減辦法」第2 條及第9 條所規定。
另「公司依88年12月31日修正前促進產業升級條例第 6條第1 項第3 款及公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法規定，適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件，如附表」及「項目一、研究發展單位專業研究人員之薪資，應檢附證明文件：一、公司之組織系統圖、研究單位配置平面圖及研究人員名冊（應註明姓名、部門別、學經歷、職稱、職掌、擔任工作細項、在職期間、全年薪資總額），年度研究計畫及報告或研究計畫及紀錄等相關資料。二、薪資支出明細表內容包含薪金、俸給、工資、獎金、按期定額給付之交通費及膳宿費、加班費、各種補助費及其他給與．．．等項目。三、其他有關證明文件，如各種檢定考試及格證書、工作經歷等。」分別為財政部於
89 年4月21日台財稅第000000000 號函發布之「公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點」（下稱審查要點）及其附表中項目一、研究發展單位專業研究人員之薪資應檢附之證明文件所規範。
（4）、原告本期投入研究發展費用之支出，對生產製程之改善
，技術層次的提升，行銷市場的拓展均有實質效益，於申報營利事業所得稅時，已依「投資抵減辦法」第9 條規定，檢附公司組織系統圖、研發人員名冊、研究計畫及紀錄等資料，可供被告於審查原告研究發展單位專業人員薪資之參酌，而所列報之研究人員大都具備電子、電機、資訊及機械等學識背景，於各項專案研究中，足以適才適所，發揮整體研發效能。
（5）、原告各項研究專案，均書立研究計畫並做成紀錄，實際
參與研究人員，並記載於研究計畫或紀錄中，有資料可稽，而被告剔除不得歸屬研發投抵之人員中，經查研究計畫或紀錄，均有其實際參與研發之記錄，故其屬專職研發人員，實為不爭之事實，被告不應僅侷限於研究人員之職稱或學歷，即作為認定標準，逕行剔除調整原告之研究發展人員薪資，自有不當。
３、研究發展支出適用投資抵減－生產單位改進生產技術或提
供勞務技術之費用：原告85年度原申請適用研發投資抵減之安規、檢測費用中，其中屬於年費、證書費及至證照費等部分之金額共計657,425 元，原告不予爭執，其餘26,111,643元部分，按原告研發部門之產品開發流程、新產品開發辦法及設計審查與驗證辦法等規定得知，研發部門之工作內容包括於新產品「試產」階段前之「規格訂定」、「設計階段」、「工程樣品」、「工程驗證階段（EV
T 、EMI/安規）」、「工程試作樣品」及「設計驗證階段（Compatibility ＆Reliability）」 等項目。詳言之，即當原告新開發之產品進行至「工程樣品」階段時，仍需經過「工程驗證階段（EVT 、EMI/安規）」之檢測，如能通過，始能進入至「工程試作樣品」階段，如未能通過，則需再次回到「工程樣品」階段，重行進行工程樣品之修正；當新開發產品進行至「工程試作樣品」階段時，亦需通過「設計驗證階段（Compatibility ＆Reliability ）」之階段後，方得進行「試產」階段，此過程原告均有工作報告可稽。故本件系爭試產前之安規、認證及測試均尚屬研發過程之一環，直到「試產」及「量產」階段後，方由工廠部門所負責。因此，原告本期申報研究發展支出中，改進生產技術之費用，包括安規、認證及測試等，依原告之產品開發流程，確屬研發過程所必需，而產品在到達「試產」階段前，所做之產品安規、認證及測試後，本非保證一定能夠通過，需再經研發部門人員修改設計或規格，否則貿然進行生產部門之「試產」，將有可能因無法達到規定標準，而造成產品規格、安全上之瑕疵，甚至退貨之風險。原告本期將安規、認證及測試等費用申報列為研究發展支出投資抵減項目，實無任何違誤，完全符合相關法令規定。
４、投資抵減年序部分－當年度投資抵減強制優先抵用之適法性：
（1）財政部88年9 月23日台財稅第000000000 號函顯有逾越母法授權範圍之嫌：
①、被告於核定企業適用促進產業升級條例之 投資抵減年度
順序時，係依照財政部88年9 月23日台財稅第000000000號函釋規定，優先以當年度所取得投資抵減金額， 抵減當年度應納營利事業所得稅額， 然上述函釋乃係依據當時促進產業升級條例第6 條第3 項規定 「第1 項各款投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率， 由行政院定之」而來；惟觀諸該條文意旨， 投資抵減之年序問題並不屬於適用範圍、施行期限及抵減率三者之一， 財政部亦非是該條文所授權制定相關細節規定之行政機關， 故財政部88年9 月23日台財稅第000000000 號函釋顯然已逾越母法所授權範圍。此外， 基於公司能完整運用促進產業升級條例所給予之租稅優惠， 理當優先抵用過去年度所產生之投資抵減，嗣後， 再依序抵用較後年度新產生之投資抵減，方為事理之平， 且亦符合行為時促進產業升級條例第6 條規定之立法意旨。由此得知 ，財政部88年9 月23日台財稅字第881945800 號函不當限制當年度投資抵減必須優先抵減當年度應納稅額， 勢將產生企業可能超過 5 年期限而無法充分享受租稅利益之不合理現象， 此舉不僅嚴重侵害納稅義務人較前年度所取得尚未使用投資抵減之抵稅權利， 同時逾越母法之授權範圍，強加法律所無之限制， 顯然違背「租稅法律主義」之精神。為此立法院於92年間即明定以此為修法目的， 重新修正促進產業升級條例本條之法律規定， 以矯正該函釋之弊病，相對即宣告該函令之違反性。
②、又依據司法院釋字 367 號解釋「若法律僅概括授權行政
機關訂定施行細則者， 該管行政機關於符合立法意旨且未逾越母法規定之限度內， 自亦得就執行法律有關之細節性、技術性之事項以施行細則定之， 惟其內容不能牴觸母法或對人民之自由權利增加法律所無之限制， 行政機關在施行細則之外， 為執行法律依職權發布之命令，尤應遵守上述原則」之意旨，故財政部88年 9 月23日台財稅000000000 號函不僅未獲法律授權， 其對投資抵減年序之規定更增加法律所無之限制， 侵犯適用促進產業升級條例第6 條之企業對留抵稅額之自由支配權利， 其規定內容更非執行法律所必須之事項， 且有違背促進產業升級條例立法授與適用該條例之企業租稅優惠之 意旨，被告依此函令核定原告當年度之投資抵減年度順序 ，實有逾越法令之虞。
（2）抵減年度順序對於未核課確定者，基於「 從新從輕原則」，理應採現行法律規定：按 「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時， 除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者， 適用新法規。」及「為促進產業升級需要， 公司得在下列用途項下支出金額5%至20% 限度內，自當年度起 5 年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。」 分別為現行中央法規標準法第18條及促進產業升級條例第6 條第 1 項所明文規定。本件係尚未核課確定之案件， 按上述現行促進產業升級條例第6 條第1 項規定， 當年度產生之投資抵減當可自該年度起 5 年內抵減各年度應納營利事業所得稅額即可， 並無限制當年度之投資抵減優先抵減當年度應納稅額， 然被告卻仍以財政部88年9 月23日台財稅第000000000 號函之規定，核定原告85年度所產生之投資抵減必須優先抵減當年度之營利事業所得稅， 否准原告原申報所採用以前年度投資抵減先抵用 當年度應納稅額之先進先出法方式，影響原告租稅權益甚鉅 ，該行政處分亦有違行政程序法第 4 條「行政行為應受法律及一般法律原則之拘束」。
５、綜上所述，原告本年度科學園區內免徵營利事業所得稅之產品所得額，已依其產品屬性及銷貨額、銷貨成本等分別列帳之基礎，當能適用獨立計算之規定，而研究發展投資抵減之認定，被告所剔除之研發人員薪資，實有參與研發之事實，相關檢測費用亦屬研發工作不可或缺的一環，足證原處分、復查決定與訴願決定違法之處甚明，另被告依據財政部88年9 月23日台財稅第000000000 號函之規定率斷決定原告投資抵減年度之順序，亦有違立法意旨及法律授權之範圍。
（二）被告主張之理由：
１、合於獎勵類目及標準免稅所得部分：
（1）按「合於前條規定之重要科技事業及重要投資事業， 於其股東開始繳納股票價款之當日起 2 年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅 或前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。 前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理： 一、屬新投資創立之事業，自其產品開始銷售之日或開始提供勞務之日起，連續5年內免徵營利事業所得稅。二、屬增資擴展之事業， 自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續 5 年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。 但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。第2項免徵營利事業所得稅， 得由該事業在其產品開始銷售之日或勞務開始提供之日起， 2 年內自行選定延遲開始免稅之期間；其延遲期間最長不得超過4 年， 延遲後免稅期間之始日，應為一會計年度之首日。」 為行為時促進產業升級條例第8 條之1 所明定。次按 「修正『88年12月31日修正前促進產業升級條例第8 條之 1 免徵營利事業所得稅之計算公式』及 『原獎勵投資條例第六條免徵營利事業所得稅計算公式』。 本函發布日前未核課確定之案件，有其適用，已核課確定之案件，不予變更 。
」、「修正『88年12月31日修正前促進產業升級條例第8條之1 免徵營利事業所得稅之計算公式』註一之一 （二）及 『原獎勵投資條例第6 條免稅所得計算公式』註一
（三）部分。」亦經財政部91年5 月20日台財稅第0000000000號函及92年6 月6 日以台財稅第0000000000號函釋在案。又 「貳、重要科技事業屬製造業者5 年免稅所得之計算：一、獨立計算部分 （一）屬新投資創立或增資擴展之重要科技事業， 經核准免徵營利事業所得稅者，其投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務 ）如其帳冊簿據設置完備，且其銷貨額、銷貨成本及毛利獨立計算 ，並嚴格合理分攤管理費用及 與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益者， 其新投資創立或增資擴展新增之免稅所得可依其記載情形核實認定。（二）所謂「銷貨額」「銷貨成本」可獨立計算者， 係指當年度計算免稅所得時， 其整廠之機器及設備等屬經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者，且其產品（勞務 ）全部屬投資計畫完成後於核定之免稅期間內所生產（提供）而言， 而其帳冊簿據與非屬投資計畫之產品（勞務）完全分開設立記載， 其相關銷貨成本可個別單獨認定， 惟新投資創立或同一次增資擴展投資計畫之廠房，其數量不只乙廠時， 應將該新投資創立或該次增資擴展之所得合併計算。」 復為財政部91年5 月20日台財稅第0000000000號函發布之「修正後計算公式」 貳、重要科技事業屬製造業者5 年免稅所得之計算： 一、獨立計算部分所規定。
（2）原告85年度營利事業所得稅結算申報， 申報第2 次增資擴展免徵營利事業所得稅暨投資創立之 科學園區事業免稅所得，原告以獨立計算方式，分別計算： ㈠享受免稅生產設備比例：第2 次增資擴展為10.02 ﹪、 科學園區事業為53.81 ﹪；㈡委託加工比例： 第2 次增資擴展為
1.29﹪、科學園區事業為1.03﹪； ㈢新增免稅產品營業收入淨額：第2 次增資擴展為16,792,188,563元 、科學園區事業為1,022,640,940 元 ，申報第2 次增資擴展免徵營利事業所得額34,389,197元、 科學園區事業免稅所得額74,308,136元， 合計申報合於獎勵類目及標準免稅所得108,697,333 元。 被告原查以其無法獨立計算，有關享受免稅生產設備比例、委託加工比例、 免稅產品銷貨收入從申報認定，依不能獨立計算方式， 分別核算：
㈠核定新增免稅銷貨收入總金額：第2 次增資擴展為1,660,872,047 元〔計算式：免稅產品銷貨收入16,792,188,563元×（1 －委託加工比例1.29﹪）× 享受免稅生產設備比例10.02 ﹪=1,660,872,047元〕、 科學園區事業為544,615,174 元〔計算式：免稅產品銷貨收入1,022,640,940 元×（1 －委託加工比例1.03﹪）×享受免稅生產設備比例53,81 ﹪=544,615,174元〕； ㈡新增免稅所得額：第2 次增資擴展為37,074,020元 〔計算式：全年所得額1,306,860,064 元×（核定新增免稅銷貨收入總金額1,660,872 ÷全年銷貨收入總額 27,749,094,782）×免稅期間比例（173 ÷365）=37,074,020 元〕、科學園區事業為25,648,974元 〔計算式：全年所得額1,306,860,064 元×（核定新增免稅銷貨收入總金額544,615,1
74 ÷全年銷貨收入總額27,749,094,782）= 25,648,974元〕，核定本期合於獎勵類目及標準免稅所得為62,722,994元（計算式：37,074,020元＋25,648,974元=62,722,
994 元）。
（3）依原告提示組織圖及部門損益表， 原告並未嚴格合理分攤管理費用及增資擴展新增之免稅所得 有關之非營業損益：①其研發部門並不對外營業， 且其研究報告包括有文件管理、檔案管理、庫存管理、 採購維護開發等，係有關全公司之制度，相關開發費用皆應予分攤。 ②行政管理部門之費用亦應予分攤。 ③行政管理中心之非營業損益（含利息收入、利息支出、匯兌損益等 ）未按各部門別之收入分攤。④計算系爭免稅所得額時， 依所得稅法第24條規定：「營利事業所得之計算， 以其本年度收入總額減除各項成本費用、 損失及稅捐後之純益額為所得額。」有關系爭免稅收入之各項成本費用均需減除 ，而有關研發部門、行政管理部門、 行政管理中心所發生之費用所產生之效益及於系爭免稅收入。 故系爭免稅收入亦應合理分攤有關研發部門、行政管理部門、 行政管理中心所發生之費用，是原告訴稱有關研發部門、 行政管理部門、行政管理中心所發生之費用， 與系爭免稅所得額無關，被告以未分攤該部分費用， 否准被告採用獨立計算，有違反比例原則之法律精神云云， 不足採信。
（4）所謂「銷貨額」、「銷貨成本」可獨立計算者， 係指計算免稅所得時，其整廠之機器、設備及工程等， 屬經核准並投資計畫設備清單內所載者， 且其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後於提供免稅期間內所生產 （提供）者。 惟原告申請獨立計算者僅新竹科學工業園區分公司，其符合行為時促進產業升級條例第8 條之1之設備比率為53.81 ﹪， 該分公司整廠之機器及設備等顯非屬經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者， 其創造收入者究屬增資擴展之設備清單內之設備所提供 抑或屬新購設備者，無法辨識。 故本期產品並非全屬提供免稅期間所生產者，與前揭獨立計算之規定不符。
（5）另有關原告新竹科學工業園區分公司經核准免稅項目 為：①研究、開發、生產、製造、銷售下列產品： 高功能個人電腦之晶片組積體電路、積體電路記憶卡、 薄型精密封裝、多媒體視訊電話工作站、 文件影像流程處理系統。②積體電路測試軟體開發及服務。 經查其帳載代工收入會計科目為借機、IC測試及封裝、 PACKAGE 等等，皆列入免稅收入， 核與科學園區管理局83年10月20日（83）園經字第14641 號函准予享受免稅產品項目不符 。
（6）又重要科技事業之增資擴展， 應自新增獨立生產設備開始作業或開始提供勞務之日起， 連續5 年內就其新增所得免徵營利事業所得稅； 再依行為時重要科技事業適用範圍標準第3 條規定， 適用重要科技事業之製造業，應於取得工廠設立登記許可或工廠變更登記核准函後 6 個月內，檢附投資計畫書、機器設備清單等證明文件， 向經濟部工業局申請核發重要科技事業之證明。 易言之，重要科技事業享受5 年免稅之所得， 應以重要科技事業依據規定向主管機關申請核准之設備計畫內所購置之 新增生產設備，所新增之所得方屬免稅之範圍， 其中業者原已存在之設備或嗣後陸續購入非經核准之設備 （即應稅設備），如與經核准之設備（即免稅設備） 共同生產同種類之免稅產品，尚無前揭免稅之適用， 是以財政部91年5 月20日台財稅第0000000000號函發布之 「修正後計算公式」，即係依此立法意旨而訂定， 如公司之整廠設備均屬免稅之投資計畫所購置者， 因無前述混同原有或嗣後再購入之非免稅設備共同生產免稅產品之情形 ，自得依帳載情形獨立計算， 但公司之整廠設備如非全屬免稅設備者，則自應按部頒相關計算公式之規定， 分別計算免稅所得及應稅所得。 財政部91年5 月20日台財稅第0000000000號函發布之 「修正後計算公式」既已規定適用獨立計算者， 其整廠之機器及設備應符合經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者為限； 且本件被告依卷附資料查明原告新竹科學工業園區分公司之 整廠設備中， 屬投資計畫設備清單之設備占整廠之設備比率僅
53.81%， 顯不符前揭整廠之機器及設備應符合經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者為限之規定， 從而被告未准其適用獨立計算方式計算免稅所得， 於法有據。
２、研究與發展支出抵減稅額部分：
（1）按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額5%至20﹪限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4 年度內抵減之 …
三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出…」為行為時促進產業升級條例第6 條第1 項所明定。次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術，改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。二、生產單位為改進下列生產技術或提供勞務技術之費用：（一）提高原有機器設備效能。（二）製造或自行設計生產機器設備。（三）改善儀器之性能。（四）改善現有產品的生產程序或系統。（五）設計新產品的生產程序或系統。（六）發展新原料或組件。（七）提高能源使用效率及廢熱之再利用。（八）公害防治或處理技術之設計。」及「公司依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依下列規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額…一、研究與發展支出：（一）公司之組織系統圖及研究人員名冊…
（六）研究計畫及紀錄或報告。（七）其他有關證明文件。」為行為時投資抵減辦法第2 條第1 款及第8 條第
1 項第1 款所規定。又「公司依88年12月31日修正前促進產業升級條例第6 條第1 項第3 款及公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法（以下稱抵減辦法）規定，適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附之文件（如附表）亦為財政部89年4 月21日台財稅第0000000000號函頒之「審查要點」第1 點及附表項目壹所規定。
（2）原告本期原申報適用促進產業升級條例，列報研究與發展支出357,820,765 元（分別為：1.研究發展單位專業研究人員之薪資185,364,027 元；2.生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用26,769,068元；3.供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用134,174,970 元；4.專供研究發展單位研究用儀器設備或工具性及專業性應用軟體之購置成本10,134,612元；5.專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金1,057,488 元；6.委託國內大專院校或研究機構研究或聘請大專院校教授或研究機構研究人員之費用320,600元） ，可抵減稅額53,673,115元。被告初查以其中：1.研究發展單位專業研究人員之薪資185,364,027 元，其中102,564,29
2 元非屬研究發展單位專業研究人員之薪資，否准抵減；2.生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用26,769,068元，核非屬研發費用性質，否准抵減。核定本期研究與發展支出228,487,405 元，可抵減稅額34,273,111元。
（3）經查，本件初查時原告未提示系爭研究發展支出有關研究發展計畫、研究發展單位專業研究人員簽章之研究過程紀錄、暨研究報告等資料。被告審酌其主要營業項目為電腦系統、資料通訊系統、電腦零組件、電子元件、組件、積體電路及設計儀器之製造等業務，屬科技產業，其有從事研究發展之事實，尚可採據，遂依原告所提示研究發展組織圖、各部分代號職掌、研發人員名冊及職掌表等資料查核：有關研究發展單位專業研究人員之薪資，依據原告所提示85年度研發人員任職名冊及工作職掌表，其中工作職掌分別為工程技術支援、產品測試包裝、設計協調、設計協助、安規申請、工程管理、產品保證、行政庶務、工程支援、工程服務、工程設計管理、零件承認、零件搜集、專案管理產品企劃協調、資料中心倉管、資料整理、文件收集、資料收集、相容性認證、生產測試、Sample備料插件、整體系統規劃、專案規劃、分析上線聯絡、上線協助、訂單輸入及套裝表修改、PC轉檔、請購彙總及採購待辦彙總、系統規劃開發協調、文件製作、現場管理、計劃聯絡人等人員，非屬首揭投資抵減辦法第2 條第1 項第1 款所稱之研究發展單位專業研究人員，該部分薪資合計102,564,292 元，被告否准抵減，尚無違誤。
（4）次查系爭生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用26,769,068元，原告僅提示該部分費用帳頁，依據該部分費用帳頁摘要記載，分別為會員年費、廠撿費、驗證費、安規費、認證費、測試費、證書年費等，非屬首揭投資抵減辦法第2條第1項第2 款所稱生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用。
（5）再查當事人主張事實，需負舉證責任，倘其所提出之證據，不足為主張事實之證明，自不能認其之事實為真實，最高行政法院（89年7月1日改制前為行政法院）36年度判字第16號判例可資參照。原告申請復查時，未依稅捐稽徵法第35條第1 項規定，連同證明文件申請復查。
被告為慎重計，以93年8 月18日財北國稅審一字第0930231047號函，請原告簽證會計師依首揭財政部89年4 月21日台財稅第0000000000號函發布之「審查要點」規定，提示系爭項目研究發展計畫之具體內容（含執行期間、經費需求、研發計畫之細部工作步驟及研發過程報告、計畫主持人及各計畫成員於研發計畫之各工作步驟中擔任之工作內容、各成員於各研發階段之工作報告及實施方法、設備需求及測試等項目）及紀錄或報告等有關證明文據供核，惟原告逾期仍未提示。而據原告於初查時所提示研究發展組織圖、各部分代號職掌、研發人員名冊及職掌表等資料，其內容並未載有研發過程報告、各計畫成員於研發計畫之各工作步驟中擔任之工作內容、各成員於各研發階段之工作報告及實施方法等具有具體內容之研究發展紀錄或報告，亦未有參與研究人員完整之工時紀錄，尚難核認該等研發人員有實際並專門從事研究發展工作之事實，是原告所訴各節核無足採。原處分核定原告本期適用促進產業升級條例第6 條規定之研究與發展支出可抵減稅額34,273,111元，尚無違誤。
（6）再者「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額5%至20﹪限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4 年度內抵減之…」為行為時促進產業升級條例第6 條第1 項所明定，是當年度研究與發展支出可抵減稅額，先抵減當年度應納營利事業所得稅額，乃法所規定。惟當年度不足抵減時，在以後4 年度內抵減有無年序之限制，法無明文。是財政部88年9 月23日台財稅第000000000 號函規定「當年度抵減金額未達應納營利事業所得稅額50% 者，可就以前4 個年度內之未抵減餘額抵減之，不受抵減年序限制。」係就以後4 年度內抵減有無年序之限制，法無明文規定部分，作對納稅義務人有利之解釋，並無逾越母法。原告迄未對復查決定指摘部分提出相關帳證資料供核而仍執前詞爭執，所訴難謂有理由。
理 由
一、本件被告之代表人於訴訟進行中由張盛和變更為許虞哲，茲由被告現任代表人具狀聲明承受訴訟，經核尚無不合，應予准許。
二、原告主張：（一）合於獎勵類目及標準免稅所得部分：１、原告81年度第2 次增資擴展，新增設備產製電腦主機系統及電腦電路板，經財政部81年12月23日台財稅第000000000 號函核准，自81年6 月23日至85年6 月22日起，連續4 年免徵營利事業所得稅。另於82年間投資創立原告分公司，並經科學工業園區管理局84年6 月13日園商字第08175 號函核准自84年1 月1 日起至88年12月31日止連續5 年免徵營利事業所得稅。此外，原告於園區內、外事業除分別設有專屬登載帳務之會計人員外，且有完備獨立之帳冊簿據，故其銷售額、銷貨成本及毛利均能獨立計算，且能嚴格合理分攤管理費用及與該次增資擴展案新增之免稅所得有關之非營業損益，相對產生之免稅所得當可符合獨立計算之要件，符合「修正後計算公式」所稱之「整廠」之觀念，故原告依其記載情形予以獨立計算免稅所得，自屬有據。２、科學園區內外生產之產品及所使用之製程、機器設備均不同，獨立計算不僅充分能允當表達園區內外實際之產銷實況，忠實反映出各廠機器設備對營收之貢獻度，更並有利於經營管理績效之評估。３、被告於新增免稅銷貨收入金額計算上，既已同意園區內之免稅產品銷貨收入及免稅生產設備百分比，可單就園區內之範圍獨立計算，則在新增免稅所得額上，亦應同意採用原告經會計師查核簽證之帳載園區內所得額來計算，惟卻以園區內之新增免稅銷貨收入金額佔全公司之營業收入淨額做為計算基礎，嚴重限縮「修正後計算公式」中獨立計算之適用，原處分不僅自相矛盾，亦有違行政程序法第6 條不得為差別待遇原則。（二）研究發展支出抵減稅額部分－研究發展單位專業研究人員薪資部分：原告本期投入研究發展費用之支出，對生產製程之改善，技術層次的提升，行銷市場的拓展均有實質效益，於申報營利事業所得稅時，已依「投資抵減辦法」第9 條規定，檢附公司組織系統圖、研發人員名冊、研究計畫及紀錄等資料，供被告於審查原告研究發展單位專業人員薪資之參酌。且原告各項研究專案，均書立研究計畫並做成紀錄，實際參與研究人員，並記載於研究計畫或紀錄中，被告逕行剔除調整原告之研究發展人員薪資，自有未洽。（三）研究發展支出適用投資抵減－生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用：除屬於年費、證書費及至證照費等部分之金額共計657,425 元，原告不予爭執外，其餘26,111, 643 元部分，係原告本期申報研究發展支出中，改進生產技術之費用，包括安規、認證及測試等，依原告之產品開發流程，確屬研發過程所必需，而產品在到達「試產」階段前，所做之產品安規、認證及測試後，本非保證一定能夠通過，需再經研發部門人員修改設計或規格，否則貿然進行生產部門之「試產」，將有可能因無法達到規定標準，而造成產品規格、安全上之瑕疵，甚至退貨之風險。故原告本期將安規、認證及測試等費用申報列為研究發展支出投資抵減項目，實無任何違誤。（四）投資抵減年序部分－當年度投資抵減強制優先抵用之適法性：財政部88年9 月23日台財稅第000000000 號函釋係依據當時促進產業升級條例第6 條第3項規定「第1 項各款投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率，由行政院定之」而來；投資抵減之年序問題並不屬於適用範圍、施行期限及抵減率三者之一，財政部亦非該條文所授權制定相關細節規定之行政機關，故上開函釋顯然已逾越母法所授權範圍，其不當限制當年度投資抵減必須優先抵減當年度應納稅額，勢將產生企業可能超過5 年期限而無法充分享受租稅利益之不合理現象，顯然違背「租稅法律主義」精神，且有違行政程序法第4 條「行政行為應受法律及一般法律原則之拘束」。為此，依行政訴訟法第4 條第1 項規定提起本件訴訟，求為判決如聲明所示。
二、被告則以：（一）合於獎勵類目及標準免稅所得部分：依財政部91年5 月20日臺財稅第0000000000號函釋之免稅所得計算公式可知，所稱「銷貨額」與「銷貨成本」可獨立計算之條件為整廠之機器設備均屬免稅設備，且僅生產免稅產品，二者條件須同時符合。惟查系爭原告原告分公司86年度屬經核准並完成投資計畫設備清單內所載之享受免稅生產設備佔整廠之機器、設備等者之比例為53.81%，故非「整廠」之機器、設備、廠房及工程等皆屬經核准並完成投資計畫設備清單內所載，本期產品亦非全屬提供免稅期間所生產者，與獨立計算之規定不符。依原告提示組織圖及部門損益表，原告並未嚴格合理分攤管理費用及增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益。而有關研發部門、行政管理部門、行政管理中心所發生之費用所產生之效益及於系爭免稅收入，故系爭免稅收入亦應合理分攤有關研發部門、行政管理部門、行政管理中心所發生之費用。又原告申請獨立計算者僅新竹科學工業園區分公司，其符合促進產業升級條例第8 條之1 之設備比率為53.81%，該分公司整廠之機器及設備等顯非屬經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者，其創造收入者究屬增資擴展之設備清單內之設備所提供抑或屬新購設備者，無法辨識。故本期產品並非全屬提供免稅期間所生產者，與獨立計算之規定不符。另原告帳載代工收入會計科目為借機、IC測試及封裝、PACKAGE 等等，皆列入免稅收入，核與科學園區管理局83年10月20日（83）園經字第14641 號函准予享受免稅產品項目不符。再者，重要科技事業享受5 年免稅之所得，應以重要科技事業依據規定向主管機關申請核准之設備計畫內所購置之新增生產設備，所新增之所得方屬免稅之範圍，其中業者原已存在之設備或嗣後陸續購入非經核准之設備（即應稅設備），如與經核准之設備（即免稅設備）共同生產同種類之免稅產品，尚無前揭免稅之適用，被告分公司之整廠設備中，屬投資計畫設備清單之設備占整廠之設備比率僅62.03%，顯不符前揭整廠之機器及設備等應符合經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者為限之規定。（二）關於研究與發展支出抵減稅額部分，１、原告主要營業項目屬科技產業，初查時原告未提示系爭研究發展支出有關研究發展計畫、研究發展單位專業研究人員簽章之研究過程紀錄、暨研究報告等資料。有關研究發展單位專業研究人員之薪資，依據原告所提示85年度研發人員任職名冊及工作職掌表，其工作職掌分別為工程技術支援等人員，非屬投資抵減辦法第2 條第1 項第1 款所稱之研究發展單位專業研究人員，該部分薪資合計102,564,292 元，被告否准抵減，尚無違誤。２、系爭生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用26,769,068元，原告所提示之相關費用帳頁摘要所載之會員年費、廠撿費、驗證費、安規費、認證費、測試費、證書年費等，非屬投資抵減辦法第2 條第1 項第2 款所稱生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用。３、原告申請復查時，未依稅捐稽徵法第35條第1 項規定，連同證明文件申請復查。被告為慎重計，以93年8 月18日財北國稅審一字第0930231047號函，請原告簽證會計師提示系爭項目研究發展計畫之具體內容及紀錄或報告等有關證明文據供核，惟原告逾期仍未提示。據原處分卷附原告於初查時所提示研究發展組織圖等上開資料，其內容並未載有研發過程報告、各計畫成員於研發計畫之各工作步驟中擔任之工作內容、各成員於各研發階段之工作報告及實施方法等具有具體內容之研究發展紀錄或報告，亦未有參與研究人員完整之工時紀錄，尚難核認該等研發人員有實際並專門從事研究發展工作之事實。是被告原核定，核定原告本期適用促進產業升級條例第6 條規定，研究與發展支出可抵減稅額34,273,111元，尚無違誤。
４、依行為時促進產業升級條例第6 條第1 項規定，當年度研究與發展支出可抵減稅額，先抵減當年度應納營利事業所得稅額，乃法所明定。惟當年度不足抵減時，在以後4 年度內抵減有無年序之限制，法無明文。財政部台財稅字第881945800 號函規定「當年度抵減金額未達應納營利事業所得稅額50% 者，可就以前4 個年度內之未抵減餘額抵減之，不受抵減年序限制。」係就以後4 年度內抵減有無年序之限制，法無明文規定部分，作對納稅義務人有利之解釋，並無逾越母法等語，資為抗辯。
三、上開事實概要欄所述之事實，為兩造所不爭執，並有原處分書、財政部91年5 月20日臺財稅字第0910451619號函、臺財稅字第881945800 號函、85年度營利事業所得稅結算申報書、申報核定通知書、損益及稅額計算表、資產負債表、營業成本明細表、其他費用及製造費用明細表、總分支機構銷售明細表、所得稅法規定有列支限額之項目標準計算表、各類給付/ 收益扣繳稅款與申報金額調節表、財產目錄、促進產業升級條例減免稅額通報單、投資人明細及分配盈餘表、營利事業得稅結算申報調查項目調整數額報告表、85年度研究與發展人才培訓建立國際品牌形象支出適用投資抵減申報明細表、85年度組織系統圖、民營製造業及技術服務業購置設備或技術投資抵減證明申請書、85年度購置自動化生產設備申請投資抵減明細表、85年度購置自動化生產設備投資抵減明細表、研發人員任職名冊及工作職掌、薪資會計科目明細帳、研究發展單位儀器設備購置成本表、書面審核報告書、重核報告書、覆核報告書、營利事業所得稅書面審核報告書等件附原處分卷可稽，堪信為真實。
四、兩造爭執之點，茲分合於獎勵類目及標準免稅所得、研究與發展支出抵減稅額等部分，論述如下：
（一）合於獎勵類目及標準免稅所得部分：
１、按「合於前條規定之重要科技事業及重要投資事業，於其股東開始繳納股票價款之當日起2 年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅或前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理：一、屬新投資創立之事業，自其產品開始銷售之日或開始提供勞務之日起，連續5 年內免徵營利事業所得稅。二、屬增資擴展之事業，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續五年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。第二項免徵營利事業所得稅，得由該事業在其產品開始銷售之日或勞務開始提供之日起，二年內自行選定延遲開始免稅之期間；其延遲期間最長不得超過四年，延遲後免稅期間之始日，應為一會計年度之首日。」為行為時促進產業升級條例第8 條之 1所明定。次按「修正『88年12月31日修正前促進產業升級條例第8 條之1 免徵營利事業所得稅之計算公式』及『原獎勵投資條例第六條免徵營利事業所得稅計算公式』。本函發布日前未核課確定之案件，有其適用，已核課確定之案件，不予變更。」、「修正『88年12月31日修正前促進產業升級條例第8 條之1 免徵營利事業所得稅之計算公式』註一之一（二）及『原獎勵投資條例第6 條免稅所得計算公式』註一（三）部分。」亦分別經財政部91年5 月20日臺財稅第0000000000號函及92年6 月6 日以臺財稅第0000000000號函釋在案。又「…貳、重要科技事業屬製造業者5 年免稅所得之計算：一、獨立計算部分（一）屬新投資創立或增資擴展之重要科技事業，經核准免徵營利事業所得稅者，其投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務）如其帳冊簿據設置完備，且其銷貨額、銷貨成本及毛利獨立計算，並嚴格合理分攤管理費用及與該新投資創立或增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益者，其新投資創立或增資擴展新增之免稅所得可依其記載情形核實認定。（二）所謂『銷貨額』『銷貨成本』可獨立計算者，係指當年度計算免稅所得時，其整廠之機器及設備等屬經核准並完成投資計畫全新設備清單內所載者，且其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後於核定之免稅期間內所生產（提供）而言，而其帳冊簿據與非屬投資計劃之產品（勞務）完全分開設立記載，其相關銷貨成本可個別單獨認定，惟新投資創立或同一次增資擴展投資計劃之廠房，其數量不只乙廠時，應將該新投資創立或該次增資擴展之所得合併計算。」復有上開91 年5月20日臺財稅第0000000000號函發布之「修正促進產業升級條例第8 條之1 免稅所得計算公式」（貳、重要科技事業屬製造業者5 年免稅所得之計算：一、獨立計算說明）可資參照。上開有關營利事業所得稅免稅計算公式及說明之函釋，係中央財稅主管機關財政部基於職權，依上開規定之立法意旨所作成之解釋，既未於法律規定之外另行創設新的權利義務，增加人民之負擔，亦未牴觸憲法及法律，自應於所解釋法律生效之日起，適用於與此有關之未確定案件。
２、依照上開說明，合於獎勵類目及標準之生產事業，經增資擴展供生產或提供營運之設備者，得選擇自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5 年內就其「新增所得」，免徵營利事業所得稅，固為行為時促進產業升級條例第8 條第1 項所明定。惟重要科技事業增資擴展，經核准免徵營利事業所得稅，其投資計畫完成後投資計畫之產品（勞務），如其帳冊簿據設置完備，且其銷貨額、銷貨成本及毛利獨立計算，並嚴格合理分攤管理費用及與該增資擴展新增之免稅所得有關之非營業損益，其增資擴展新增之免稅所得，可依其記載情形核實認定，否則，應按新增合於獎勵免稅產品銷貨收入金額與全部產品銷貨收入淨額之比例核定之。易言之，重要科技事業享受免稅之所得，應以重要科技事業依據規定向主管機關申請核准之設備計畫內所購置之新增生產設備生產之所得，方屬免稅之範圍，其中業者原已存在之設備或嗣後陸續購入非經核准之設備（即應稅設備），如與經核准之設備（即免稅設備）共同生產同種類之免稅產品，則無前揭免稅之適用。本件原告為享有該稅捐優惠待遇之廠商，其轄下有2 個工廠享有上開稅捐優惠，⑴舊廠（位於新竹科學工業園區外，下稱舊廠），免稅期間為81年6 月23日至85年6 月22日；⑵新廠（位於新竹科學工業園區內，下稱新廠），免稅期間為
84 年1月1 日至88年12月31日。原則上，使用上開享有稅捐優惠之免稅設備生產之產品出售後，屬原告所創造出來之所得，在原告選擇之優惠年度，為免稅所得。惟本件爭訟之年度為85年，當年度僅剩享有增資擴廠設備所生所得免稅之優惠，而當年度復有設備汰舊換新之情事發生，並非整廠之機器、設備、廠房及工程等均屬經核准並完成投資計畫設備清單內所載，又其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後於核定之免稅期間內所生產（提供），故有「免稅設備與非免稅設備創造營收應如何分攤計算」之問題。因此，就此所應探究者，乃原告出售生產產品所生之全部所得中，應歸屬於免稅所得之金額，可否「獨立計算」﹖而查：
⑴本件原告85年度營利事業所得稅結算申報，原列報合於獎
勵類目及標準免稅所得108,697,333 元〔㈠享受免稅生產設備比例：第2 次增資擴展為10.02 ﹪、科學園區事業為
53.81 ﹪；㈡委託加工比例：第2 次增資擴展為1.29﹪、科學園區事業為1.03﹪；㈢新增免稅產品營業收入淨額：
第2 次增資擴展為16,792,188,563元、科學園區事業為1,022,640,940 元，申報第2 次增資擴展免徵營利事業所得額34,389,197元、科學園區事業免稅所得額74,308,136元〕。然依首揭財政部91年5 月20日臺財稅第0000000000號函釋之免稅所得計算公式可知，所稱「銷貨額」與「銷貨成本」可獨立計算之條件為「『整廠』之機器、設備、廠房及工程等屬經核准並完成投資計畫設備清單內所載」、「其產品（勞務）全部屬投資計畫完成後於核定之免稅期間內所生產（提供）者，而其帳冊簿據與非屬投資計畫之產品（勞務）完全分開設立記載，其相關銷貨成本可個別單獨認定」等，亦即整廠之機器設備均屬免稅設備，且僅生產免稅產品，此二條件須同時符合，缺一不可。本件原告在設廠之初，全部設備均屬上開享有稅捐優惠之免稅設備，嗣因設備汰舊換新之故，工廠內陸續有非免稅設備投入生產中，至85年間，原告經核准並完成投資計畫設備清單內所載之享受免稅生產設備佔整廠之機器、設備等之比例為53.81%（原告委任會計師查核報告第50頁參照），顯見其機器、設備等並非全屬經核准並完成投資計畫設備清單內所載，不符合「整廠」之要件甚明。
⑵所謂「獨立計算」係指在現實操作上可直接計算出收入所
對應之成本費用，反之，如需動用分攤公式計算，自不能稱之為「獨立計算」，此從上開91年5 月20日臺財稅第0000000000號函發布之「修正促進產業升級條例第8 條之 1免稅所得計算公式」貳、二有關不能獨立計算之說明，係以公式計算取代可獨立計算之核實認定定義即明。而查，本件原告主張之「可獨立計算」，實際上是指「舊廠與新廠獲致的所得」可以各自計算而言；至於就同一工廠（無論是舊廠或新廠皆同）生產產品所生之獲利本身則無法「獨立計算」 (被告所稱之無法獨立計算即指此而言)。 又原告舊廠與新廠之帳證原則上雖可獨立區分，然舊、新廠各自創造出之營業所得，則如不採用分攤公式計算，則無法獨立個別計算出各自之免稅所得數額。而新廠因設備汰舊換新之故，陸續有非免稅設備投入生產與免稅設備共同運作，該廠之機器設備既非全屬享有免稅優惠者，因此欲將產品之全額成本分別歸屬在原物料、人工及「免稅設備」及「非免稅設備」項下，即有困難；另該等產品出售時，顧客所支付之價格中，免稅設備及非免稅設備創造出來之價值各如何，非惟定義困難亦不易計算；且上開產品出售以後，在計算其為原告所賺得之營業淨利，尚須扣除原告公司分攤在該項產品下之管銷費用。因此，從「銷貨額」「銷貨成本」之角度觀察，本年度之產品因非全屬提供免稅期間所生產者，即屬無法獨立計算。從而，原告訴稱「原告於園區內、外事業除分別設有專屬登載帳務之會計人員外，且有完備獨立之帳冊簿據，故其銷售額、銷貨成本及毛利均能獨立計算，且能嚴格合理分攤管理費用及與該次增資擴展案新增之免稅所得有關之非營業損益，相對產生之免稅所得當可符合獨立計算之要件，符合前揭函釋及『修正後計算公式』所稱之『整廠』之觀念，故原告依其記載情形予以獨立計算免稅所得，自屬有據。」云云，即與上開有關獨立計算之解釋不符，核無可採。
⑶ 再按營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項
成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。為行為時所得稅法第24條第1 項所規定。準此可知，營利事業之收入，以須計算其純益之所得額而課徵所得稅者，始有減除其成本費用、損失及稅捐之可言。苟營利事業之收入免徵所得稅，則與該收入有關之各項成本費用、損失及稅捐本無計算減除之問題，自不得併入其他收入之各項成本費用、損失及稅捐總額中。其併入不分者，應計算其分攤部分予以轉出。經查，依原告所提示組織圖觀之，原告之研發部門並不對外營業，但其研究範圍涵蓋全公司，相關開發費用並未嚴格合理分攤，自難謂已符合前開函釋所稱之獨立計算要件。
⑷按科學工業園區設置管理條例第3 條規定：「（第1 項）
本條例所稱科學工業，指經核准在園區內成立從事高級技術工業產品之開發製造或研究發展之事業。（第2 項）前項科學工業應為依公司法組織之股份有限公司或其分公司，或經認許相當於我國股份有限公司組織之外國公司之分公司，其投資計畫須能配合我國工業之發展、使用或能培養較多之本國科學技術人員，且投入研發經費佔營業額一定比例以上，並具有相當之研究實驗儀器設備，而不造致公害，並合於下列條件之一者為限：一、具有產製成品之各項設計能力及有產品之整體發展計畫者。二、產品已經初期研究發展，正在成長中者。三、產品具有發展及創新之潛力者。四、設有研究發展部門，從事高級創新研究及發展工作者。五、生產或研究開發過程中可引進與培養高級科學技術人員，並需要較多研究發展費用者。六、對我國經濟建設或國防有重大助益者。」本件原告之新廠係經核准投資創立之園區事業，符合科學工業園區設置管理條例第3 條所稱科學工業規定，其經核准免稅項目包括：⑴研究、開發、生產、製造、銷售下列產品：高功能個人電腦之晶片組積體電路、積體電路記憶卡、薄型精密封裝、多媒體視訊電話工作站、文件影像流程處理系統；⑵積體電路測試軟體開發及服務等 (卷附第195 頁科學工業園區管理局83年10月20日 (83) 園經字第14641號函參照)。另參酌上開科學工業園區設置管理條例之立法目的，在為引進高級技術工業及科學技術人才，以激勵國內工業技術之研究創新，並促進高級技術工業之發展（同條例第1 條規定參照），著重於高技術產業之研究與開發，故本件原告上述研究、開發、生產、製造、銷售經核准免稅項目，亦應本此意旨作範圍之界定，亦即原告所生產、製造、銷售之產品，應以自行研究、開發者為限，始得享有免稅之優惠。原告自承其帳載收入會計科目借機、IC測試、封裝、PACKAGE 等，皆列入免稅收入，核與上開經免稅產品項目不符，參酌前開說明，自難享有免稅之優惠。
３、原告本年度申報免稅所得計算既有如上所述無法獨立計算之情事，則被告乃依上開91年5 月20日臺財稅第0000000000號函發布之「修正促進產業升級條例第8 條之1 免稅所得計算公式」貳、二有關不能獨立計算之公式，分別核算：㈠核定新增免稅銷貨收入總金額：第2 次增資擴展為1,660,872, 047元〔計算式：免稅產品銷貨收入16,792,188,563元×（1 －委託加工比例1.29﹪）×享受免稅生產設備比例10.02 ﹪=1,660,872,047元〕、科學園區事業為544,615, 174元〔計算式：免稅產品銷貨收入1,022,640,94
0 元×（1 －委託加工比例1.03﹪）×享受免稅生產設備比例53,81 ﹪=544,615,174元〕；㈡新增免稅所得額：第
2 次增資擴展為37,074,020元〔計算式：全年所得額1,306, 860,064元×（核定新增免稅銷貨收入總金額1,660,87
2 ÷全年銷貨收入總額27,749,094,782）×免稅期間比例（173 ÷365）=37,074,020元〕、科學園區事業為25,648, 974 元〔計算式：全年所得額1,306,860,064 元×（核定新增免稅銷貨收入總金544,615,174 ÷全年銷貨收入總額27,749,094,782）=25,648,974 元〕，核定本期合於獎勵類目及標準免稅所得為62,722,994元（計算式：37,074, 020 元＋25,648,974元=62,722,994 元），於法即無不合。
（二）研究與發展支出抵減稅額部分：
１、按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：…三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出。…」為行為時（即84年1 月27日修正後）促進產業升級條例第6 條第1 項所明定。另行為時公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法（下稱投資抵減辦法）第1 條規定：「本辦法依促進產業升級條例第六條第三項規定訂定之。」第2 條規定「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之左列費用：一、研究發展單位專業研究人員之薪資。二、生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用。三、供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。四、專供研究發展單位研究用儀器設備或工具性及專業性應用軟體之購置成本。五、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金。六、專為研究發展購買之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折費用。但按產品生產銷售數量、金額支付一定比例之價款或定期支付一定金額之價款不包括在內。七、委託國內大專院校或研究機構研究或聘請國內大專院校教授或研究機構研究人員之費用。八、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」第9 條第1項 第1 款規定「公司依本辦法規定投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定格式填報，並依左列規定檢附有關證明文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。一、研究與發展支出：（一）公司之組織系統圖及研究人員名冊。（二）當年度購置專供研究與發展用之儀器設備或工具性及專業性應用軟體清單。
（三）研究發展單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。（四）購置專利權、專用技術、著作權之契約或證明文件及其攤折計算表。（五）研究計畫及記錄或報告。（六）其他有關證明文件。」政府為獎勵研究與發展、建立國際品牌形象有關之研究發展、防治污染、生產自動化等功能性投資及建立重要科技事業之租稅工具，並兼具調節產業結構之作用，特於促進產業升級條例第 2章明定減免租稅之規定。為求發揮上開功能，及防止減免租稅之浮濫，特於該條例第6 條第3 項明定得減免租稅之特定產業，其適用範圍及施行期間，授權行政院定之。行政院據此訂頒上開投資抵減辦法，其第2 條第1 款規定「研究發展單位專業研究人員」之薪資，始可減免租稅，係屬於適用範圍之規定，即在首揭促進產業升級條例第6 條第3 項授權訂定之範圍，無違憲法第19條租稅法律主義之意旨。另「公司依八十八年十二月三十一日修正前促進產業升級條例第六條第一項第三款及公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法規定，適用投資抵減之支出內容、認列原則及應檢附文件，如附表。」「附表：壹、研究與發展支出認定原則…一、研究發展單位專業研究人員之薪資認定原則：（一）研究發展單位係指專門從事研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程之單位而言，其名稱、組織層級及數量不限，查核時應就公司申報所檢附之證明文件，查明是否屬研究與發展之範圍，作為認定之依據。（二）專業研究人員係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，包括研究發展單位之主管及該單位內直接參與研發專案進行之各階主管在內。但研究發展單位之其他行政、助理、市場調查、統計及管制等人員及其主管，則非屬專業研究人員之範圍。應檢附之證明文件：公司之組織系統圖、研究單位配置平面圖及研究人員名冊（應註明姓名、部門別、學經歷、職稱、執掌、擔任工作細項、在職期間、全年薪資總額），年度研究計畫及報告或研究計畫及紀錄等相關資料。…二、生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用認定原則：…應檢附之證明文件：（一）生產單位改進技術或提供勞務技術之計畫及報告。… 七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員之費用認定原則：（一）所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。（二）公司委託國內大專校院或研究機構或聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員從事研究，該校院、機構或個人將其受託研究項目複委託非本款規定之校院、機構或個人進行研究者，該公司給付該研究項目之款項，無本款之適用。…應檢附之證明文件：（一）委託國內大專校院或研究機構研究之支付憑證、委託合約及研究機構經政府核准登記之相關證明文件。（二）聘請國內大專校院教授或研究機構研究人員從事研究之聘書或受聘人員之證明。（三）參加各級政府機關之專案計畫書或合約、研究報告或紀錄、支付憑證及共同研發合約。（四）配合各級政府機關研究發展計畫合約、研究報告或紀錄。八、經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院教授或研究機構研究人員之費用認定原則…九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出認定原則：（一）本審查要點規範之事項，如涉及大陸地區，應依臺灣地區與大陸地區人民關係條例及相關法令規定，報經主管機關核准。（二）本款認定之支出，以中央目的事業主管機關及財政部專案核准範圍為限。（三）申請適用本款之費用，於費用發生當年度即提出申請，嗣經核准者，准自費用發生年度起適用；如逾費用發生年度始提出申請，嗣經核准者，准自申請之年度起適用。（四）國內同業間共同研究係為避免同一項目之重複研究，委託其中某一公司，採共同分攤成本方式進行者，該委託公司所支付之費用及成本，如未列入受託事業研究發展費用適用投資抵減者，則委託公司所支付之研究費用如符合下列規定，准予適用投資抵減之獎勵：…應檢附之證明文件：（一）中央目的事業主管機關及財政部核准函、合約、計畫及相關證明文件。（二）國內同業間共同研究之研究計畫及報告或研究計畫及紀錄、共同研究合約、分攤成本計算表及我國經濟部智慧財產局或外國類似之政府機構之證明文件。（三）使用他人專利權、專用技術、著作權或其他智慧財產權之合約、付款憑證等相關證明文件。（四）其他相關證明文件。…」亦經財政部89年4 月21日臺研究發展財稅第0000000000號發布「公司研究與發展人才培訓及建立國際品牌形象支出適用投資抵減辦法審查要點」（以下稱審查要點；本函雖在系爭核課年度後才發布，但發布日前未核課確定之案件，仍有本審查要點規定之適用，參照該函說明二；93年10月26日配合前開辦法重新訂定更名為公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點。）第1 點及附表規定甚明。上開審查要點係主管稅捐稽徵事務之財政部，於法定權限範圍內，就投資抵減事項，本於職權所為細節性、技術性、解釋性之統一行政規則，並未逾越促進產業升級條例等相關法規之規範意旨，亦未增加法律所無之限制或負擔。因此，行政機關辦理相關案件時，自可援用上開投資抵減辦法及審查要點之規定。
２、原告85年度營利事業結算申報，原列報適用促進產業升級條例第6 條規定之研究與發展支出357,820,765 元，可抵減稅額53,673,115元。被告初查，以其中研究發展單位專業研究人員之薪資，原列報185,364,027 元中，經剔除非專職研發人員薪資102,564,292 元，核定82,799,735元；另原告原列報之生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用26,769,068元，經核係以其屬研發單位委外認證費、測試報告等與規定不符，予以剔除外，其餘有關⑴研究發展單位專業研究人員之薪資82,799,735元；⑵、供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用134,174,
190 元；⑶、專供研究發展單位研究用儀器設備等費用10,134, 612 ；⑷、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金1,057,488 元；⑸、委託國內大專院校等研究之費用320,600 元，均依原告之申報核認，已如前述。因此，就本件研究與發展支出抵減稅額部分之爭執，分研究發展單位專業研究人員之薪資、生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用等項說明如下：
⑴研究發展單位專業研究人員之薪資部分：
①按投資抵減辦法第2 條第1 款所稱「研究發展單位」，係
指專門從事研究新產品、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程之單位而言，其名稱、組織層級及數量不限；另同款所稱「專業研究人員」，係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，包括研究發展單位之主管及該單位內直接參與研發專案進行之各階主管在內，分別經上開審查要點闡釋明確。經查，本件原告85年度營利事業結算申報，原列報適用促進產業升級條例第 6條規定之研究與發展支出357,820,765 元，可抵減稅額53,673,115元，雖未依上開審查要點壹、一、應檢附之證明文件規定，提示系爭研究發展支出有關研究發展計畫、研究發展單位專業研究人員簽章之研究過程紀錄、暨研究報告等資料，惟因原告之主要營業項目為電腦系統、資料通訊系統、電腦零組件、電子元件、組件、積體電路及設計儀器之製造等業務，屬科技產業，有從事研究發展之必要，被告遂依原告所提示研究發展組織圖、各部分代號職掌、研發人員名冊及職掌表等資料查核。
②次查，依原告所提示研究人員名冊所載之工作內容，其中
工作職掌分別為工程技術支援、產品測試包裝、設計協調、設計協助、安規申請、工程管理、產品保證、行政庶務、工程支援、工程服務、工程設計管理、零件承認、零件搜集、專案管理產品企劃協調、資料中心倉管、資料整理、文件收集、資料收集、相容性認證、生產測試、Sample備料插件、整體系統規劃、專案規劃、分析上線聯絡、上線協助、訂單輸入及套裝表修改、請購彙總及採購待辦彙總、系統規劃開發協調、文件製作、現場管理、計劃聯絡人等人員，非屬首揭投資抵減辦法第2 條第1 項第1 款所稱之研究發展單位專業研究人員，亦與前揭財政部93年10月26日令發布之研發支出適用投資抵減辦法審查要點項目
壹、研究與發展支出一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資之認定原則所規範「配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員」之要件不符，自非屬專門從事研究發展工作全職人員。
③原告經被告發函令其補正相關資料後，雖於87年3 月11日
提出公司組織圖、研發人員任職名冊及工作職掌、會計科目明細帳等資料供被告勾稽、核對，然查其內容並未載有研發過程報告、各計畫成員於研發計畫之各工作步驟中擔任之工作內容、各成員於各研發階段之工作報告及實施方法等具有具體內容之研究發展記錄或報告，亦未有參與研究人員完整之工時紀錄，則原告既未依上開審查要點提示應檢附之證明文件，且未善盡其舉證責任，即難認原告就上開研究發展單位專業研究人員之薪資原列報而遭被告剔除之102,564,292 元部分 (明細如附原處分卷之85年營利事業所得稅書面審核報告書所附「研發單位專業研究人員之薪資」查核部分所附明細表)之 主張為可採。從而，原處分就否准此部分研究發展單位專業研究人員之薪資之抵減，其餘從其申報核准，自非無據。
⑵生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用部分：
①按投資抵減辦法第2 條第7 款所規定之「委託國內大專院
校或研究機構研究或聘請國內大專院校教授或研究機構研究人員之費用。」中所稱「研究機構」，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構，為上開審查要點第1 項第 7點所明訂。原告85年度營利事業結算申報，原列報適用促進產業升級條例第6 條規定之研究與發展支出費用中，有關生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用為26,769,086元部分，原告僅提示該部分費用帳頁，依據該部分費用帳頁摘要記載，分別為會員年費、廠檢費、驗證費、安規費、認證費、測試費、證書年費等。而依原告編製之安規測試明細表（卷附第172 頁至第175 頁參照）所示，原告委託單位屬國內公司者，如臺灣聯合標準股份有限公司、臺灣德國萊因技術監護顧問股份有限公司等，並非政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構，自與上開審查要點第
1 項第7 點及投資抵減辦法第2 條第1 項第7 款所規定之「國內大專校院或研究機構」不符；另其委託單位屬國外廠商者，亦非屬該投資抵減辦法第2 條第1 項第8 款規定報經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之「國外大專校院或研究機構」，亦為原告所不爭執。此外，原告所委託之上開單位，亦非投資抵減辦法第2 條第1 項第9 款所規定之其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出，則被告將之排除在研發支出適用投抵辦法規範之範疇，自無不合。
②次按申報生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用，
應檢附之證明文件為生產單位改進技術或提供勞務技術之計畫及報告等，為上開審查要點第1 項第2 點所明訂。本件原告固然於87年3 月11日提出會計科目明細帳資料，惟並未進一步提供上開產品安規、認證及測試之費用係於何研發階段所支出之證明，且未提供從事上開認證及測試之具體研究發展紀錄或報告，自難認係上開投資抵減辦法所稱之生產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用。故原告訴稱「原告本期申報研究發展支出中，改進生產技術之費用，包括安規、認證及測試等，依原告之產品開發流程，確屬研發過程所必需，而產品在到達『試產』階段前，所做之產品安規、認證及測試後，本非保證一定能夠通過，需再經研發部門人員修改設計或規格，否則貿然進行生產部門之『試產』，將有可能因無法達到規定標準，而造成產品規格、安全上之瑕疵，甚至退貨之風險。原告本期將安規、認證及測試等費用申報列為研究發展支出投資抵減項目，完全符合相關法令規定。」云云，即難憑採。從而，被告否准原告此部分申報費用26,769,086元之抵減，亦無不合。
３、末按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：…三、投資於研究與發展、人才培訓及建立國際品牌形象之支出。…」為行為時促進產業升級條例第6 條第
1 項所明定。依上開規定可知，在當年度應納營利事業所得稅額不足抵減時，雖可於以後4 年度內抵減，但抵減順序為何，上開法律並無規定，因此中央財稅主管機關財政部基於職權，依上開規定之立法意旨作成88年9 月23日臺財稅第000000000 號函釋：「…依促進產業升級條例第六條規定，公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報申請適用投資抵減時，應先就該年度內發生之投資抵減稅額，在不超過當年度應納營利事業所得稅額百分之五十限度內抵減之；當年度抵減金額未達應納營利事業所得稅額百分之五十者，可就以前四個年度內之未抵減餘額抵減之，不受抵減年序限制，其用前第四個年度之未抵減餘額抵減者，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之五十之限制；其用前三個年度內之未抵減餘額抵減者，應與當年度抵減金額合併計算，不得超過當年度應納營利事業所得稅額之百分之五十。至公司當年度抵減金額已達應納營利事業所得稅額之百分之五十者，仍可就前第四個年度之未抵減餘額抵減之，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之五十之限制。」既未於法律規定之外另行創設新的權利義務，增加人民之負擔，亦未牴觸憲法及法律，自可適用於與此有關之未確定案件。又依司法院釋字第287 號解釋，行政主管機關就行政法規所為之釋示，係闡明法規之原意，應自法規生效之日起有其適用。是原告主張：財政部88年 9月23日臺財稅字第881945800 號函顯有逾越母法授權範圍之嫌；抵減年度順序對於未核課確定者，基於「從新從輕原則」，應採現行法律規定，惟被告卻仍以財政部88年 9月23日臺財稅字第881945800 號函之規定，核定原告85年度所產生之投資抵減必須優先抵減當年度之營利事業所得稅，否准原告原申報所採用以前年度投資抵減先抵用當年度應納稅額之先進先出法方式，有違行政程序法第4 條規定云云，與前開說明不合，俱難憑採。
五、綜上所述，原處分以原告新廠之免稅設備非屬整廠，與獨立計算之規定不符，乃依不能獨立計算方式，核定本期合於獎勵類目及標準免稅所得為62,722,994元，研究發展單位專業研究人員之薪資82,799,735元、生產單位改進生產技術或提供勞務技術費用0 元，並核定原告85年度研究與發展支出228,487,405 元，可抵減稅額34,273,111元，其認事用法均無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷原處分及訴願決定，為無理由，應予駁回。
六、本件事證已臻明確，兩造其餘攻擊、防禦方法，經核與判決之結果不生影響，無庸逐一論述，併予敘明。
七、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第3 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 95 年 9 月 14 日
第一庭審判長法 官 王立杰
法 官 胡方新法 官 周玫芳上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 95 年 9 月 14 日
書記官 何閣梅附表
┌───┬──────────┬───────────┐│項 目│認 定 原 則│ 應檢附之證明文件 ││ │ │ │├───┼──────────┼───────────┤│壹、研│一、研究與發展支出係│一、研究計畫及紀錄或研││究與發│指公司為研究新產品、│究計畫及報告。 ││展支出│改進生產技術、改進提│二、．．． ││ │供勞務技術及改善製程│三、其他證明文件。 ││ │所支出之費用。．．．│ │├───┼──────────┼───────────┤│一、研│一、．．． │一、公司之組織系統圖、││究發展│二、專業研究人員係指│研究單位配置平面圖及研││單位專│配置於研究發展單位且│究人員名冊（應註明姓名││業研究│專門從事研究發展工作│、部門別、學經歷、職稱││人員之│之全職人員，包括研究│、職掌、擔任工作細項、││薪資。│發展單位之主管及該單│在職期間、全年薪資總額││ │位內直接參與研發專案│），年度研究計畫及報告││ │進行之各階主管在內。│或研究計畫及紀錄等相關││ │但研究發展單位之其他│資料。 ││ │行政、助理、市場調查│二、．．． ││ │、統計及管制等人員及│三、其他有關證明件，如││ │其主管，則非屬專業研│各種檢定考試及格證書、││ │究人員之範圍。 │工作經歷等。 ││ │三、專業研究人員之學│ ││ │歷僅供認定參考，另應│ ││ │考量其專業背景，故人│ ││ │員學歷與研究工作不相│ ││ │當時，公司應提示該人│ ││ │員之專業背景資料（如│ ││ │．．．），供稅捐稽徵│ ││ │機關查核。．．． │ │├───┼──────────┼───────────┤│二、生│一、公司生產單位改進│一、生產單位改進技術或││產單位│生產技術或提供勞務技│提供勞務技術之計畫及報││改進生│術如有具體成果，其屬│告。 ││產技術│降低成本者，應提出改│二、改進「前」、「後」││或提供│進「前」、「後」之成│之各項成本及單位售價明││勞務技│本差異分析，屬增加產│細分析、改進「前」、「││術之費│能者，應提出改進「前│後」產能差異分析或改進││用。 │」、「後」產能差異分│「前」、「後」產品品質││ │析，屬提高產品品質者│差異分析、單位成本、單││ │，應提出改進「前」、│位售價、全年銷售量及具││ │「後產品品質差異分析│體績效等相關資料。．．││ │。．．． │． │└───┴──────────┴───────────┘