臺北高等行政法院判決
97年度訴字第1764號原 告 聯發科技股份有限公司代 表 人 甲○○訴訟代理人 李念祖 律師
乙○○ 律師（兼送達代收人）彭運鵾 會計師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 陳文宗（局長）住同上訴訟代理人 丙○○
丁○○上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國97年6月17日台財訴字第09700154900號訴願決定、97年5月6日台財訴字第09700099050號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下：
主 文訴願決定及原處分（即復查決定）關於原告列報第2 次5 年免稅所得額不利於原告部分，均撤銷。
訴訟費用由被告負擔。
事 實
一、事實概要：緣原告民國（下同）91年度營利事業所得稅結算申報，原列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）10,677,538,167元、研究與發展支出1,359,708,165元及可抵減稅額534,302,161元。92年度營利事業所得稅結算申報，原列報免稅所得15,441,883,318元、研究與發展支出2,301,178,300元及可抵減稅額923,466,391元。經被告初查91年度分別核定7,267,980,930 元、975,051,422 元及406,403,382 元，應補稅額899,276,149 元；92年度分別核定11,577,528,282元、1,246,658,877 元及474,730,007 元，應補稅額823,269,018 元。原告不服，申經復查決定追認91年度免稅所得1,312,083,983 元，92年度追認免稅所得464,021,028 元，其餘復查駁回。原告仍表不服，提起訴願仍遭決定駁回，遂向本院提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：㈠原告聲明求為判決：
⒈訴願決定及原處分（即復查決定）關於原列報第2次5年免稅所得額不利於原告之部分均予撤銷。
⒉訴訟費用由被告負擔。
㈡被告聲明求為判決：
⒈請求判決駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：原告主張依90年12月增修之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」第5條第3項之規定，請求被告作成准予原告於91年度就第2次5年免稅及92年度就第2次5年免稅產品營業收入自行銷售經核准投資完成之設計所產製產品之所得，認列免稅所得範圍，是否有理由？㈠原告主張之理由：
⒈程序部分：
⑴按「對於同一被告之數宗訴訟，除定有專屬管轄者外，
得向就其中一訴訟有管轄權之法院合併提起之。但不得行同種訴訟程序者，不在此限。」民事訴訟法第248條定有明文。而行政訴訟程序依行政訴訟法第115條規定亦準用上開民事訴訟法第248條之規定。是為求訴訟程序經濟之理由，倘對於同一被告有數個訴之請求，在同一訴訟程序中，並由同一法院管轄時，原告可以將數個訴之請求合併提起，高雄高等行政法院93年度訴字第80
9 號、94年度訴字第363 號、92年度訴字第1157號、及台北高等行政法院89年度訴字第1833號分別著有判決（原證1 號）。
⑵查被告就原告91年度及92年度營利事業所得稅申報，雖
分別作成2則核定處分，經原告提起復查申請而不服被告所為復查決定，嗣向訴願機關提起訴願，並經訴願機關分別作成97年5月6日台財訴字第09700099050號及97年6月17日台財訴字第09700154900號訴願決定；惟因二案所涉基礎事實，均係關於第2次5年免稅所得所為之核定及處分之爭議，且均係由被告機關對同一處分相對人即原告所為核定處分，自構成原告對同一被告有數個訴之請求，而得於同一訴訟程序中由同一法院管轄之情形，則原告就2案合併提起，請求撤銷原訴願決定及原復查決定，應為法所許。
⒉實體部分：
⑴被告否准原告依獎勵辦法規定給予免稅待遇之認定，有下列違法不當之處，應予撤銷：
①原告於91年9月2日取得財政部核准自91年1月1日起適
用之第2次5年免稅核准函，應適用核准當時之90年12月版獎勵辦法，原核定處分與原復查決定顯違反行政機關依法行政之原則：依促進產業升級條例申請5年免稅之流程觀之，申請人必須先向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函，於獲核准函後方可進行投資，且此投資計畫原則上需於核准函發文次日起3年內完成，並於投資計畫完成後向科學工業園區管理局申請核發新興重要策略性產業完成證明，以及於投資計畫完成之次日起1年內檢附相關文件向財政部申請核准5年免徵營利事業所得稅。本投資計畫原告於90年8月向工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函，並於90年9月28日經工業局發文核准符合新興重要策略性產業核准函（原證2號）、於投資計畫完成後於91年7月12日經科學工業園區管理局核發完成證明（原證3號），並於同年9月2日經財政部核准其自開始提供勞務之日91年1月1日起連續5年免徵營利事業所得稅之免稅核准函（即第2次5年免稅核准函請參原證4號）。
②換言之，原告90年增資擴展高階積體電路設計之投資
計畫，係自投資計畫完成後91年1月1日起始有相關收入之產生，此時方有適用5年免稅之意義，自應適用當時之90年12版獎勵辦法，始符合財政部92年5月9日台財稅字第0920452718號函釋「90年12月31日以前經核准適用新興重要策略性產業之公司，選擇適用五年免徵營利事業所得稅者，準用本部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布之『新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點』規定，計算免稅所得額。」之本旨。是以，被告逕以原告應依90年2月版獎勵辦法規定辦理，且認90年2版月獎勵辦法並無90年12月版獎勵辦法第5條第3項之規定為由，即認原告就此類投資計畫產品之自行銷售所產製產品之所得不得享有免稅優惠，無異加諸法律所無之限制條件，剝奪原告依法原應享有之權益，違反行政機關依法行政之原則。
③原告自91年1月1日起始適用第2次5年免稅，而系爭獎
勵辦法於90年12月變更，應構成中央法規標準法第18條所定處理程序終結前據以准許之法規有變更之情形，並有「從新從優原則」之適用：
按中央法規標準法第18條「各機關受理人民聲請許
可案件適用法規時，除依其性質適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」換言之，中央法規標準法針對人民申請許可案件之相關法規，採取所謂「從新從優原則」，只要是在程序未終結前，法規發生任何變動，而新法規未有不利於當事人之規定，原則上均應適用新法。按90年12月版獎勵辦法於91年1月1日開始實施，而財政部係於91年9月2日發文原告免徵營利事業所得稅核准函，則依據中央法規標準法第18條規定，財政部應係依據90年12月版獎勵辦法核發原告之免稅核准函。又按行政程序法第9條規定，行政機關就該管行政程序，應於當事人有利及不利之情形一律注意，且依中央法規標準法第18條之規定適用新法規，亦為行政機關之職責所在，故財政部未依90年12月版獎勵辦法核發原告免稅核准函，已屬適用法規未洽，而被告如因而認定原告計算免稅收入時不得適用90年12月版獎勵辦法第5條第3項之規定，則此項見解亦與中央法規標準法第18條規定有所牴觸。是以，被告未依財政部核發原告5年免稅核准函時其獎勵辦法業已修訂，自應依中央法規標準法第18條之規定，准予原告適用修正後90年12月版獎勵辦法計算免稅所得。
又原訴願機關雖援引行政法院72年判字第1651號判
例：「中央法規標準法第18條所稱『處理程序』，係指主管機關處理人民聲請許可案件之程度而言，並不包括行政救濟程序在內。故主管機關受理人民聲請許可案件，其處理程序終結後，在行政救濟程序進行中法規有變更者，仍應適用實體從舊程序從新之原則處理」，以被告依獎勵辦法之規定計算原告新增投資計算之產品收入淨額，於法並無不合為由，維持原核定處分，並駁回原告之訴願申請云云。惟由原告前揭申請免稅之流程觀之，自原告取得經濟部核發符合新興重要策略性產業核准函，至財政部核發免稅核准函之日止，均屬主管機關針對原告申請增資擴展從事高階積體電路設計案之處理程序，核非屬任何行政救濟程序甚明，自無原訴願機關所援引行政法院判例之適用。
本件原告於91年1月1日獲准免徵營利事業所得稅時
，90年12月版獎勵辦法已經開始實施，則依據中央法規標準法第18條之規定，財政部自應依新法90年12月版獎勵辦法之規定，核發原告免稅核准函。原訴願決定援引行政院72年判字第1651號判例，遽謂本案依實體從舊程序從新之原則，應適用舊獎勵辦法云云，自屬誤解，要無足採。
④90年12版獎勵辦法第5條第3項增訂目的，係明確定義
免稅收入範圍，非增加90年2月版獎勵辦法項目，而原核定處分與原復查決定否准原告依獎勵辦法規定給予免稅待遇，有適用法規不當之違法：
按財政部制訂之計算要點，係以90年12月版獎勵辦
法為依據，且依90年12月版獎勵辦法增訂第5條第3項之說明：「鑑於高階積體電路設計業除從事高階積體電路設計外，多數業者亦將所設計之成品委外製造，產製屬自有品牌之積體電路產品，惟財政部計算該等業者之五年免稅，未將上述產製之產品部分亦予以納入，滋生相當之爭議，爰增訂第3項，以符合業者之需求。」由此可知，被告在計算原告高階積體電路設計5年免稅收入時，應將原告委外製造之成品銷貨收入納入，如此始符合法規規定。
90年12月版獎勵辦法增訂目的，係有鑑於過往財政部未將此類產品納入免稅範圍，產生徵納雙方爭議，必需循行政救濟途徑解決，故法規增訂之目的並非有意賦予新申請者較原申請者更為有利之條件，而係將原來90年2月版獎勵辦法此項目投資計畫免稅之範圍予以闡明，以杜爭議。
且參照行為時90年2月版獎勵辦法對積體電路製程
之獎勵，依該產品垂直分工之型態分為4項獎勵，包含列於技術服務業之「高階積體電路設計」，以及列於製造業之半導體裝置項下「積體電路製造」、「積體電路封裝」與「積體電路測試」。其中高階積體電路設計之免稅範圍理應包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品。故依上開90年12月版獎勵辦法之增訂說明可知90年2月版獎勵辦法實施時，即應將原告委外製造之成品銷貨收入納入免稅產品之範圍，而此亦為90年2月版獎勵辦法本欲提供予原告免徵營利事業所得稅之優惠，然被告卻以90年2月版獎勵辦法並無90年12月版獎勵辦法第5條第3項之規定，即斷章取義認為原告免稅收入範圍不包含自行銷售經核准之投資計畫完成之設計所產製產品。按「行政行為應受法律及一般法律原則之拘束」為行政程序法第4條所明定，被告適用法規顯然已與90年12月版獎勵辦法之增訂說明相牴觸，顯有未洽，從而原核定處分及原復查決定，均非適法甚明。
⑵綜上所述，可知：
①原告90年增資擴展高階積體電路設計之投資計畫，係
自投資計畫完成後91年1月1日起始有相關收入之產生，加以原告於91年9月2日取得財政部核准自91年1月1日起適用5年免稅之核准函，因此當然應適用財政部前揭函核准開始適用5年免稅當時之90年12月版獎勵辦法。
②觀諸財政部制訂之計算要點，係當時適用之90年2月
版獎勵辦法為依據，且依90年12月版獎勵辦法增訂第5條第3項之說明，亦可知其修法理由係認為被告機關在計算如原告等高階積體電路設計製造業者之5年免稅收入時，本即應將業者之委外製造之成品銷貨收入納入，如此始符合最初法規之意旨，而為杜爭議起見，爰修法藉臻明確，並非如被告所稱係增加90年2 月版獎勵辦法中所未規範之項目。準此，本件即使認定原告應適用90年2月版獎勵辦法項目，被告機關亦應准許將其自行銷售經核准投資計畫完成設計所產製之產品所得列入免稅範圍，並依法應作成如前揭訴之聲明第2項之處分，始符法制，允無疑義。
⒊原告91年度營利事業所得稅結算申報，其中屬第2次5年免
稅，產品收入淨額部分原列報8,539,537,358元，經被告按75%核算減為6,404,653,018元（即減少免稅所得額2,134,884,340元），惟原告認為應就全額認列為免稅所得額，因此就91年度營利事業所得稅結算申報就第2次5年免稅部分應准予認列免稅所得額2,134,884,340元。另原告92年度營利事業所得稅結算申報，其中第2次5年免稅所得額部分原列報25,662,062,048元，經被告按76.47%核算調減為19,623,778,848元（即減少免稅所得額6,038,283,200元），惟原告認為應就全額認列為免稅所得額，因此就92年度營利事業所得稅結算申報就第2次5年免稅部分應准予追加認列免稅所得額6,038,283,200元。
⒋此外，原告係於86年間完成公司設立登記，並自87年起至
92年間，根據行為時之科學工業園區設置管理條例以及行為時之促進產業升級條例等，分別就5個年度之增資擴展計畫，申請適用免徵營利事業所得稅並獲核准。而本案所關涉者，為原告於90年度經經濟部工業局核准之增資擴展，並經財政部於91年9月2日核准自91年1月l日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅乙案(亦即「第2次5年免稅」)。為明晰計，原告謹檢附「歷次免稅案時間表」(附表1)以及「第2次5年免稅申請時序表」(附表2)，供鈞院參酌。
⒌另原告謹此檢附被告為91年度營利事業所得稅結算申報核
定通知書以及92年度營利事業所得稅結算申報核定通知書（合稱「原處分」請參附件6及附件7），並於上述第1項訴之聲明中，一併請求鈞院判決撤銷原處分關於第2次5年免稅所得不利於原告之部分。
㈡被告主張之理由：
⒈按「科學工業得自其產品開始銷售或勞務開始提供之日起
2年內，自行選定4年內之任何一會計年度之首日開始，連續免徵營利事業所得稅5年。科學工業增資擴展供生產或提供勞務設備者，得就左列獎勵擇一適用。但擇定後不得變更：一、自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起2年內，得自行選定4年內之任何一會計年度之首日開始，連續4年內，就其新增所得，免徵營利事業所得稅。」「公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」分別為行為時科學工業園區設置管理條例第15條第1項、第2項第1款及促進產業升級條例第9條第1項、第2項第2款所明定。⒉次按「第2條及第3條投資計畫生產之產品或提供之技術服
務，其範圍如下……八、技術服務業……（三）高階積體電路設計。」為行政院90年2月20日台經字第010445號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（以下簡稱舊獎勵辦法）第5條第1項第8款第3目前段所規定。又「第2條及第3條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下……八、技術服務業……（三）高階積體電路設計……第1項第8款第3目，選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。」「技術服務業依第7點增加銷貨量方式及第8點公式計算新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額者，得以投資計畫完成之日起投資計畫勞務（產品）收入減基準年度投資計畫勞務（產品）收入為準。技術服務業以符合投資計畫勞務（產品），產銷非屬投資計畫之最終勞務（產品），其符合投資計畫勞務（產品）收入之計算如下：投資計畫勞務（產品）收入＝含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）收入淨額×｛財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率÷〔財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率＋含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）同業別或相近業別買賣業之同業利潤標準之淨利率〕｝依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第5條第3項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前項計算公式。」，分別為行政院
90 年12月27日台經字第071943號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（以下簡稱新獎勵辦法）第5條第1項第8款第3目、第3項前段及新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第12點所規定。
⒊原告係經營積體電路製造業，86年度經科學工業園區管理
局核准新投資創立（以下簡稱第1次5年免稅），選定自87年1月1日起連續5年免徵營利事業所得稅，88及89 年度又經該局核准第1次及第2次增資擴展（以下分別簡稱第1次4年免稅及第2次4年免稅），分別自89年1月1日及90年1月1日起連續4年內就其新增所得免徵營利事業所得稅，90及91年度經經濟部工業局核准增資擴展（以下分別稱第2次5年免稅、第3次5年免稅），分別自91年1月1日及92年1月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅。
⑴原告91年度列報免稅所得10,677,538,167元（詳卷第11
頁），其中1.原告第1次5年免稅、第1次4年免稅、第2次4年免稅及第2次5年免稅分別列報（新增）免稅產品銷貨收入淨額293,585,230元、12,675,219,968元、8,004,806,367元及8,539,537,358元，合計29,513,148,923元（詳卷第157頁），並就前3次（新增）免稅產品銷貨收入淨額20,973,611,565元按75﹪〔IC設計淨利率24﹪÷（IC設計淨利率24﹪＋IC買賣淨利率8﹪）〕計算（新增）免稅產品銷貨收入淨額15,730,208,674元，被告初查以原告係於86年5月28日自聯華電子股份有限公司（以下簡稱聯電公司）之IC設計部門分割成立，於成立當年度即以原產品繼續生產並銷售，第1次5年免稅應屬增資擴展而非新投資創立，按增資擴展免稅所得計算公式減除主要生產設備開始作業之前一年度（86年）免稅產品銷貨量計算第1次5年免稅新增免稅產品銷貨收入9,553,977元，核算第1次5年免稅、第1次4年免稅及第2次4年免稅新增免稅產品銷貨收入淨額合計15,516,960,234元〔20,689,280,312×75﹪（正確為20,689,580,312元×75﹪＝15,517,185,234）〕。
⑵另第2次5年免稅原告按100﹪列報為新增投資計畫之產
品收入淨額8,539,537,358元，惟查該次增資擴展投資計畫係經核准符合舊獎勵辦法第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定，其免稅範圍並不包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，乃按75﹪核算第2次5年免稅新增投資計畫產品收入淨額為6,404,653,018元（8,539,537,358×75﹪）；核定全部新增投資計畫產品收入淨額合計21,921,613,252元（正確為21,921,838,252元）。2.委外加工比率列報0.01﹪（委託設計勞務成本111,111元÷設計勞務總成本1,487,729,288元），被告初查以設計勞務總成本中之研究設計費325,526,554元係量產技術授權支出及消耗材料18,375,000元係已投入量產之光罩，合計343,901,554元屬製造費用，與設計勞務無關，應自設計勞務總成本中減除，又由前期轉入之專用技術授權費12,399,948元，與設計勞務有關，應計入設計勞務總成本中，核算設計勞務總成本1,156,227,682元；另研究費中修繕維護費10,454,158元、訓練費11,275,745元、專用技術授權費194,532,921元、技術服務費45,808,790元、專利申請及律師服務費13,932,750元、電腦使用費2,462,067元及顧問費7,986,759元合計286,453,190元屬委託設計勞務成本，核算委外加工比率24.7748﹪（286,453,190÷1,156,227,682），核定免稅所得7,267,980,930元（詳卷第403頁）。
⑶原告主張人民聲請許可之案件，如在處理程序終結前，
據以准許之法規有變更者，應適用新法規，新獎勵辦法增訂第5條第3項之目的，在釐清舊獎勵辦法就「技術服務業自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」免稅範圍之爭議，並非增訂賦予新申請者較原申請者更為有利之條件，被告以舊獎勵辦法並無第5條第3項之規定，即認其不得享有全程免稅優惠，與新獎勵辦法增訂說明相牴觸；又其第2次5年免稅案雖於90年9月28日取得經濟部工業局之免稅核准函，惟於91年9月2日始取得財政部之免稅核准函，而新獎勵辦法係於91年1月1日開始實施，依中央法規標準法之規定，自應適用新獎勵辦法；又委外加工比之分母應僅包含研發人員薪資、津貼、獎金、健保費及保險費、委託設計勞務成本、實驗研究服務費、勞務費等相關費用，分子則包含委託設計勞務成本、實驗研究服務費與勞務費等與設計勞務有關之費用，其餘研發人員辦公場所租金、文具用品、儀器設備折舊費用及為取得工業、產業標準而支付之專利授權費等均與設計勞務無關，請重新核定云云，申經被告復查決定以，經就原告提示之科學工業園區管理局核准函、經濟部工業局核准函、新興重要策略性產業完成證明等資料查核，1.原告第1次5年免稅係屬「新投資創立」之公司，有臺北高等行政法院94年度訴字第00576號判決（88年度相同案情）可稽，其91年度列報免稅產品銷貨收入293,585,230元應予全數核認，免再減除86年度免稅產品銷貨量，重行核算應予追認第1次5年免稅產品銷貨收入淨額213,023,439元〔（293,585,230－9,553,977 ）×75﹪〕〕。
⑷另第2次5年免稅投資計畫係經經濟部90年9月28日核准
符合舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，被告初查依首揭要點第12點第2項規定，按75﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額並無不合，重新核算新增投資計畫之產品收入淨額合計22,134,861,691元（21,921,838,252＋213,023,439）；2.原核定委外加工比（分母）設計勞務總成本1,156,227,682元中，專利授權費206,011,153元，屬壟斷性及工業標準矽智產，為智慧財產授權之支出，核與設計勞務無關；又研究費中租金支出、折舊、攤提、電腦使用費、消耗材料、專利申請服務費及學術研究費等合計368,704,505元均與設計勞務無關，應自設計勞務總成本中減除，核算設計勞務總成本581,512,024元；原核定委外加工比（分子）委託設計勞務成本286,453,190元中，專用技術授權費178,946,597元、專利申請服務188,135元、訓練費11,275,745元、電腦使用費2,462,067元、顧問費1,189,439元、修繕維護費9,234,757元及技術服務費74,000元，合計216,370,740元經核與委託設計勞務無關，應自委託設計勞務成本中減除，核算委託設計勞務成本70,082,450元及委外加工比率12.05﹪（詳卷第404頁至第407頁）；重行核定免稅所得8,580,064,913元（詳卷第403頁及第501頁），原核定免稅所得7,267,980,930元經復查決定予以追認1,312,083,983元。原告仍表不服提起訴願，經財政部訴願決定駁回。
⑸原告92年度列報免稅所得15,441,883,318元，被告初查
以1.新增投資計畫之產品收入淨額列報36,179,109,292元，其中第2次5年免稅及第3次5年免稅產品之營業收入淨額分別為25,662,062,048元及4,941,695,409元，原告按100﹪列報為新增投資計畫之產品收入淨額，惟查該2次增資擴展投資計畫係經核准符合舊獎勵辦法第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定，其免稅範圍並不包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，乃依前揭要點第12點第2項規定，按
76.47﹪〔IC設計淨利率26﹪÷（IC設計淨利率26﹪＋IC買賣淨利率8﹪）〕核算第2次5年免稅及第3次5年免稅之新增投資計畫之產品收入淨額分別為19,623,778,848元及3,778,914,479元（即第2次5年免稅25,662,062,048元×76.47﹪、第3次5年免稅4,941,695,409元×76.47﹪），調減新增投資計畫之產品收入淨額7,201,064,130元（分別調減6,038,283,200元及1,162,780,930元），核定新增投資計畫之產品收入淨額28,978,045,162元。2.委外加工比率原列報0﹪，嗣自行更正調整為3﹪（委託設計勞務成本37,827,100元÷設計勞務總成本1,260,848,520元），被告初查以其中退休金15,726,555元未實際提撥、技術權利金301,665,351元（依所編製之技術權利金清冊實際發生金額為277,291,203元）係量產技術授權支出及為取得工業、產業標準而支付之授權金等、捐贈大學校務款16,000,000元、專利及律師服務費27,449,734元、支付國內外旅費30,041,528元及軟體攤銷費138,301,710元等均與設計勞務無關，合計529,184,878元應自設計勞務總成本中減除；又其中實驗研究服務費中材料重分類及產業驗證標準合計10,563,073元屬委外性質，應計入委託設計勞務成本，核算委外加工比率
6.61﹪〔（37,827,100＋10,563,073）÷（1,260,848,520－529,184,878）〕，核定免稅所得11,577,528,282元。
⑹原告主張人民聲請許可之案件，如在處理程序終結前，
據以准許之法規有變更者，應適用新法規，其第2次5年免稅案，向主管機關申請核備5年免徵營利事業所得稅時，獎勵辦法業已修訂，被告自應依中央法規標準法之規定，准其適用修正後獎勵辦法及其計算要點計算免稅所得；又第3次5年免稅案，係於91年度提出申請並獲核准，自應適用修正後獎勵辦法，請重新核定云云，申經被告復查決定以，經就原告提示之經濟部工業局核准函及新興重要策略性產業完成證明查核，其第2次5年免稅投資計畫係經經濟部90年9月28日核准符合舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，被告初查依首揭要點第12點第2項規定，按76.47﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額並無不合；另第3次5年免稅計畫原經經濟部91年3月11日核准符合舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，嗣經經濟部96年3月2日更正核准符合新獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，依首揭新獎勵辦法第5條第3項規定，其新增投資計畫之產品收入淨額不適用前揭要點第12點第2項規定按76.47﹪計算，應改按4,941,695,409元全額核認，計調增新增投資計畫產品收入淨額1,162,780,930元，重行核算新增投資計畫產品收入淨額30,140,826,092元及免稅所得12,041,549,310元（詳卷第464頁），原核定免稅所得11,577,528,282元經復查決定予以追認464,021,028元。原告仍表不服提起訴願，經財政部訴願決定駁回。
⒋經查中央法規標準法第18條明定「各機關受理人民聲請許
可案件適用法規時，除依其性質應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。」，舊獎勵辦法及新獎勵辦法分別於90年2月20日及90年12月27日發布，是於90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令，無新獎勵辦法之適用，此有財政部賦稅署91年9月10日發文（就經濟部工業局研提意見之答復）予經濟部工業局函可稽（詳91年度卷第484頁）。本件原告第2次5年免稅投資計畫係經經濟部工業局90年9月28日核准符合90年2月20日行政院發布之舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計（詳91年度卷第544頁），於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函時，新獎勵辦法尚未發布，即據以准許之法規並未有變更情事，應遵循行為時據以准許之法令，適用舊獎勵辦法之規定。然舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用（詳91年度卷第477頁至第478頁及第483頁至第484頁），原告雖於91年7月12日及同年9月2日始分別經科學工業園區管理局核發完成證明及經財政部核備5年免徵營利事業所得稅（詳91年度卷第537頁至第541頁），惟查經濟部工業局核發其符合新興重要策略性產業核准函之日期為90年9月28日，且經核准符合之法令係90年2月20日行政院發布之舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，自無新獎勵辦法規定之適用。舊獎勵辦法既無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，被告依首揭要點第12點第2項規定，91及92年度分別按75﹪及76.47﹪計算其第2次5年免稅新增投資計畫之產品收入淨額並無不合。
⒌按「本條例所稱工業主管機關：在中央為經濟部工業局。
」「為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟需扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，營利事業或個人原始認股或應募屬該新興重要策略性產業之公司發行之記名股票，持有時間達3年以上者，得依下列規定自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額或綜合所得稅額……第一項新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表定之，並每2年檢討一次，做必要調整及修正。」「公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起2年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」為促進產業升級條例第4條第1項前段、第8條第1項前段、第3項及第9條第1項、第2項第2款所明定。次按「本條例第8條第3項所定新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，其實施辦法由中央目的事業主管機關擬訂，送由行政院經濟建設委員會召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表審議後核提意見，報請行政院定之。
」「本條例第9條第1項所稱擇定，指公司經股東常會或股東臨時會議決通過，同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用投東投資抵減後，檢附其經中央目的事業主管機關核發新興重要策略性產業之核准函、股東會會議紀錄及股東開始繳納股票價款之相關證明文件，送中央目的事業主管機關備查。中央目的事業主管機關核發備查函時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「經依本條例第9條第1項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起1年內，檢齊下列文件，向財政部申請5年免徵營利事業所得稅：一、符合新興重要策略性產業之核准函影本。二、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本。三、中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本。但屬全數以未分配盈餘轉增資擴充者免附。」為促進產業升級條例施行細則第15條、第18條及第19條所規定。又「本辦法依促進產業升級條例第8條第3項規定訂定之。」「公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，新投資創立者應於工廠設立許可函或公司設立執照核發之次日起6個月內；增資擴充者應於增資變更核准之公司執照或新設工廠之工廠設立許可函核發之次日起6個月內；或於本辦法發布日起6個月內，向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函。……經濟部工業局於核發第1項核准函時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「公司依前條規定申請核發符合新興重要策略性產業核准函時，應檢具下列文件……投資計畫書7份……前項投資計畫書格式，由經濟部工業局定之。」「經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，未能於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函之次日起3年內完成投資計畫，或投資計畫產品或技術服務項目變更者，應於期限屆滿前向經濟部工業局申請展延或變更。」為行為時新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第1條、第6條第1項、第3項、第7條第1項第4款前段、第2項及第9條第1項前段所規定。
⒍公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，需先向經濟部
工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函，並於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起3年內完成投資計畫，再於完成後申請核發完成證明（原告係向投資計畫執行地點所在地科學工業園區管理局申請），經取得前揭符合新興重要策略性產業核准函及完成證明後，擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起1年內，依前揭施行細則第19條所規定，檢齊符合新興重要策略性產業之核准函影本、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本及中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本向財政部申請5年免徵營利事業所得稅。其申請適用新興重要策略性產業獎勵之准駁機關為經濟部工業局，經濟部工業局依據公司之產業別及投資計畫等，審核其符合要件、符合法令及適用範圍等，核准其免稅產品及免稅適用範圍，即公司申請適用何項租稅獎勵辦法之中央目的事業主管機關為經濟部工業局，其投資計畫產品或技術服務項目如有變更，亦應向經濟部工業局申請展延或變更，由投資計畫之審查至完成證明之核發機關均非財政部，財政部僅依據經濟部工業局核發之核准函及完成證明所載適用之獎勵辦法、符合法令及適用範圍核准5年免徵營利事業所得稅之優惠，並無核准、擴充或變更核准函之權限。本件核准原告適用符合新興重要策略性產業核准函之機關既為經濟部工業局，財政部及被告並非准駁之權責機關，原告主張依中央法規標準法第18條適用新法規，事涉經濟部工業局核准其符合新興重要策略性產業核准函之變更，應向權責單位經濟部工業局申請，財政部及被告並無准駁之權限。
⒎舊獎勵辦法及新獎勵辦法分別於90年2月20日及90年12月
27日發布，新獎勵辦法第5條除增訂第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用外，有關投資計畫生產之產品或提供之技術服務範圍亦有增訂或變更，並增修部分條文，舊獎勵辦法及新獎勵辦法適用之行業範圍及部分條文規定既有不同，且經濟部工業局係依公司申請及所提示投資計畫書等文件審核適用何項獎勵辦法，本件原告第2次5年免稅投資計畫既經經濟部工業局90年9月28日核准符合舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計（詳91年度卷第544頁），是否符合適用新獎勵辦法，其中央目的事業主管機關既為經濟部工業局，即應向經濟部工業局申請，財政部及被告並無准駁之權限。
⒏又縱使財政部或被告有核准適用新法規之權限，惟依改制
前行政法院72年判字第1651號判例「中央法規標準法第18條所稱『處理程序』，係指主管機關處理人民聲請許可案件之程序而言，並不包括行政救濟程序在內。故主管機關受理人民聲請許可案件，其處理程序終結後，在行政救濟程序進行中法規有變更者，仍適用實體從舊程序從新之原則處理。」本件有關免稅所得之計算爭執，係屬實體爭議，並非程序爭議，仍適用實體從舊，亦無適用新獎勵辦法計算之規定。
⒐相關新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計
算要點僅有1個，相關免稅所得之計算，應視其經核准之獎勵辦法適用相關之計算方式。本件原告第2次5年免稅依經濟部工業局核發之符合新興重要策略性產業核准函及完成證明載明其經核准符合之法令係90年2月20日行政院發布之舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5條第3項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用（詳91年度卷第477頁至第478頁及第483頁至第484頁），被告就經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函及完成證明所載適用之法令及免稅適用範圍，依前揭計算要點第12點第2項規定，91及92年度分別按75 ﹪及
76.47﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額，並據以計算免稅所得並無不合。
⒑另按：
⑴「本條例第8條第3項所定新興重要策略性產業之適用範
圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，其實施辦法由中央目的事業主管機關擬訂，送由行政院經濟建設委員會召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表審議後核提意見，報請行政院定之。」「本條例第9條第1項所稱擇定，指公司經股東常會或股東臨時會議決通過，同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用投東投資抵減後，檢附其經中央目的事業主管機關核發新興重要策略性產業之核准函、股東會會議紀錄及股東開始繳納股票價款之相關證明文件，送中央目的事業主管機關備查。中央目的事業主管機關核發備查函時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「經依本條例第9條第1項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起1年內，檢齊下列文件，向財政部申請5年免徵營利事業所得稅：一、符合新興重要策略性產業之核准函影本。二、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本。三、中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本。但屬全數以未分配盈餘轉增資擴充者免附。」「公司未能於前條規定期限內檢齊文件者，得於期限屆滿前敘明理由提出申請，並聲明補送。但應於期限屆滿之次日起90日內補送齊全。公司逾前條之申請期限或前項補送文件之期限者，財政部仍得依其申請於本條例第9條規定之獎勵期間內，就賸餘之期間核定適用本條例之獎勵。但賸餘期間不足1個月之畸零日數，不予獎勵。前項賸餘期間，自文件檢齊之當日起算。」「公司依本條例第9條第3項選定延遲開始免稅之期間，應於其投資計畫完成之日起2年內，依下列規定向財政部申請核定，逾期不予受理，經核定後，不得再行變更：一、與申請適用免徵營利事業所得稅同時申請者，於同一申請書內敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。二、於核准免徵營利事業所得稅後始行申請者，應另備申請書，敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。」為促進產業升級條例施行細則第15條、第18條、第19條、第20條及第21條所規定。
⑵又「本辦法依促進產業升級條例第8條第3項規定訂定之
。」「第2條及第3條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下……八、技術服務業……（三）高階積體電路設計。」「公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，新投資創立者應於工廠設立許可函或公司設立執照核發之次日起6 個月內；增資擴充者應於增資變更核准之公司執照或新設工廠之工廠設立許可函核發之次日起6個月內；或於本辦法發布日起6個月內，向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函。……經濟部工業局於核發第1項核准函時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「公司依前條規定申請核發符合新興重要策略性產業核准函時，應檢具下列文件：一、入區投資核准函影本（計畫執行地點位於科學工業園區或加工出口區以外者免附）。二、公司執照影本；其屬增資擴充者，為增資前、後公司執照影本。三、……投資計畫書7份……前項投資計畫書格式，由經濟部工業局定之。」「經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，應於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起3年內完成投資計畫，並於完成後檢具相關文件，依下列規定申請核發完成證明：一、投資計畫之執行地點位於科學工業園區內之公司，向科學工業園區管理局為之。……前項完成證明之格式，由經濟部工業局定之。公司申請核發完成證明時，應於完成證明申請書中自行填入適用第2條或第3條相關款次之規定，經擇定後不得變更。第1項主管機關於核發完成證明時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，未能於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函之次日起3年內完成投資計畫，或投資計畫產品或技術服務項目變更者，應於期限屆滿前向經濟部工業局申請展延或變更。」為行政院90年2月20日台經字第010445號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（以下簡稱舊獎勵辦法）第1條、第5條第1項第8款第3目、第6條第1項、第7條第1項第4款前段、第2項、第8條及第9條第1項前段所規定。
⑶再按「第2條及第3條投資計畫生產之產品或提供之技術
服務，其範圍如下……八、技術服務業……（三）高階積體電路設計：DRAM (設計以製程0.21微米以下技術)、S-RAM或FLASH MEMORY (設計以製程0.25微米以下技術)、MaskRom (設計以製程0.35微米以下技術)、Chipset (Pentium等級以上)、ASIC (10萬Gate count以上)、DSP、MCU(8bit以上)、類比IC、RFIC、MRAM、
LCD controller IC、LCD driver IC、FRAM、CPU、SOC、EDA產品、IP服務或IP；且公司至少要有10人以上專職大專相關科系畢業或具3年以上專業經驗之人力。……第1項第8款第3目，選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。」「技術服務業依第7點增加銷貨量方式及第8點公式計算新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額者，得以投資計畫完成之日起投資計畫產品）收入減基準年度投資計畫勞務（產品）收入為準。技術服務業以符合投資計畫勞務（產品），產銷非屬投資計畫之最終勞務（產品），其符合投資計畫勞務（產品）收入之計算如下：投資計畫勞務（產品）收入＝含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）收入淨額×｛財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率÷〔財政部備查當年度投資計畫勞務（產品）之同業利潤標準之淨利率＋含投資計畫勞務（產品）之最終勞務（產品）同業別或相近業別買賣業之同業利潤標準之淨利率〕｝依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第5條第3項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前項計算公式。」為行政院90年12月27日台經字第071943號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（以下簡稱新獎勵辦法）第5條第1項第8款第3目、第3項前段及新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第12點所規定。而「國家對人民稅捐之課徵或減免，係依據法律所定要件或經法律具體明確授權行政機關發布之命令，且有正當理由而為合理之差別規定者，與租稅法定主義、平等原則即無違背。」為司法院大法官議決釋字第565號所明釋。
⒒查本件原告所爭執之事項（詳原告97年7月4日起訴狀第4
頁）係其第2次5年免稅案究應適用行政院90年2月20日發布之「舊獎勵辦法」或同年12月27日發布之「新獎勵辦法」第5條規定之免稅範圍？（註：「新獎勵辦法」第5條增訂第3項規定「第1項第8款第3目，選擇適用5年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，第1項第8款第6目屬本辦法產品之研發、設計服務業務者亦同。」）。
⒓觀諸前述規定，經濟部、科學工業園區管理局（國家科學
委員會所屬單位）及財政部受理免稅申請案之審定內容及權限各有所別，謹分述如下：
⑴經濟部：就申請人提示之投資計畫書及相關證明文件，
審定申請人之資格要件及投資計畫生產之產品或提供之技術服務免稅範圍（首揭新舊獎勵辦法第2條、第3條、第5條、第6條、第7條及第9條參照）。此有經濟部工業局90年9月28日工（90）電字第09000322410號函內文所載略以「主旨：貴公司增資擴充從事高階積體電路設計－SOC之投資計畫，申請核發符合新興重要策略性產業核准函一案……二、貴公司前述投資計畫……經核符合90年2月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定，準依同辦法第7條規定核發符合新興重要策略性產業核准函……四、本投資計畫須於本核准函發文次日起3年內完成，未能於3年內完成或投資計劃產品變更者，應於期限屆滿前向經濟部工業局申請展延或變更。……俟投資計畫完成後，檢附本函影本、機器、設備清單6份及新興重要策略性產業完成證明申請書（格式如附表），向科學工業園區管理局申請核發新興重要策略性產業完成證明。五、有關說明二中，貴公司投資計畫書主張符合第3條第3款之規定一節，以完成證明申請書中，貴公司自行勾選適用之條款為準。」可資參酌（詳原告98年1月23日行政訴訟辯論意旨狀原證2號所附核准函）。
⑵科學工業園區管理局：就申請人提示之符合新興重要策
略性產業核准函相關證明文件，審定其增資行為及購置全新機器、設備有無於核准期限內完成（首揭新舊獎勵辦法第8條參照）。此有科學工業園區管理局91年7月12日園商字第0910017104號函內文所載略以「貴公司增資擴充從事高階積體電路設計－SOC之投資計畫，依據90年2月20日發布之舊獎勵辦法第8條規定，申請核發完成證明乙案，經查符合規定，准予證明……二、貴公司如選擇適用免徵營利事業所得稅者，應依據促進產業升級條例第19條、第20條及第21條規定辦理（註：向財政部申請適用免徵營利事業所得稅之程序規定）。……本完成證明僅就貴公司之增資行為及購置全新機器、設備部分，予以核定。」可資參酌（詳原告98年1月23日行政訴訟辯論意旨狀原證3號所附完成證明函）。
⑶財政部：就申請人提示之符合新興重要策略性產業之核
准函、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單及中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函等影本，審定其得否免徵營利事業所得稅及獎勵期間、賸餘期間、延遲開始免稅之期間（首揭條例施行細則第19條、第20條及第21條參照）。
此有財政部91年9月2日台財稅字第0910455539號函內文所載略以「聯發科技股份有限公司申請免徵營利事業所得稅5年乙案……二、該公司增資擴展……從事高階積體電路設計－SOC之投資計畫，並選定適用促進產業升級條例第9條暨90年2月20日行政院令修正發布之「舊獎勵辦法」第3條第3款之規定，經核與上開辦法第第5條第1項第8款第3目應准自其開始提供勞務之日91年1月1日起連續5年內就其新增所得免徵營利事業所得稅。」可資參酌（詳原告98年1月23日行政訴訟辯論意旨狀原證4號所附核備函）。
⑷綜上，投資計畫生產之產品或提供之技術服務免稅範圍
之許可機關為經濟部工業局，財政部僅依中央目的事業主關機關備查函所載申請人選定免稅方式、經濟部核准函所載免稅範圍、符合法令及指示事項，與科學工業園區管理局完成證明所載之證明及指示事項、申請人選定適用之條款（本件原告選定適用90年2月20日行政院令修正發布之「舊獎勵辦法」第3條第3款及第5條第1項第8款第3目之規定；詳98年1月23日行政訴訟辯論意旨狀原證3號所附完成證明申請書），據以核准原告所請免徵營利事業所得稅5年之優惠，並無擴充或變更之權限。此參酌首揭促進產業升級條例施行細則18及新舊獎勵辦法第6條、第7條規定中央目的事業主管機關備查函、經濟部工業局核准函及科管局完成證明均應副知財政部乙節自明。
⒔依原告98年1月23日行政訴訟辯論意旨狀原證號7所附最高
行政法院93年度判字第1183號判決所載主文，係判決上訴駁回，且該判決意旨載明「申請是否符合『重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準』之核發，與申報完成證明及享受免稅，係各自獨立之聲請案件。前者被上訴人於88年12月9日核發符合規定，該項聲請許可案件之處理程序即已終結。本件自應適用申請時有效之法規，核與中央法規標準法第18條及稅捐稽徵法第1之1條之規定無涉，亦無適用不真正溯及既往原則之可言。」（詳原告98年1月23日行政訴訟辯論意旨狀原證7號所附判決第7頁），是本件原告之資格要件及投資計畫生產之產品或提供之技術服務適用免稅範圍，既經經濟部審認符合資格及核定適用免稅範圍為高階積體電路設計－SOC，並掣發核准函在案，則該項聲請許可案件之處理程序即已終結，與申報完成證明及享受免稅之申請案無涉，核無中央法規標準法第18條規定之適用甚明，原告主張容有誤解。
⒕類此案件，被告於稽徵實務作業上，如受理91年12月31日
以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均依行為時據以准許之法令規定作成行政處分，此有財政部賦稅署91年9月10日台稅一發字第0910454198號函說明二、（一）意旨（詳附件）可資參照。依首揭行政程序法第條規定，基於行政處分一致性原則，本件自不得為差別待遇。又租稅優惠係量能課稅及租稅公平之例外，必須法令有明文且有正當理由，與租稅法定主義及平等原則無違背，始得據以適用，此有首揭大法官解釋意旨可資參照。本件得否適用90年12月27日新獎勵辦法規定尚無法令明文，仍應以行為時據以准許之法令（即90年2月20日舊獎勵辦法）規定作成行政處分。另依首揭免稅所得計算公式依首揭新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第12點規定，新舊獎勵辦法之免稅所得計算公式以該點後段規定「依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第5條第3項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前項計算公式。」為區分標準，即90年2月20日舊獎勵辦法依該點所列計算公式核算其免稅所得，90年12月27日新獎勵辦法則依該點後段規定「全數」列為免稅所得。倘原告對投資計畫生產之產品或提供之技術服務適用免稅範圍適用免稅範圍之處分不服，自應向許可機關即經濟部工業局申請更正或提起行政救濟。
理 由
一、按「對於同一被告之數宗訴訟，除定有專屬管轄者外，得向就其中一訴訟有管轄權之法院合併提起之。但不得行同種訴訟程序者，不在此限。」民事訴訟法第248條定有明文。而行政訴訟程序依行政訴訟法第115條規定亦準用上開民事訴訟法第248條之規定。查被告就原告91年度及92年度營利事業所得稅申報，雖經被告分別作成2則核定處分，並經原告分別提起復查申請，因不服被告所為之復查決定，嗣均提起訴願，並經訴願機關分別作成97年5 月6 日台財訴字第09700099050 號及97年6 月17日台財訴字第09700154900 號訴願決定。惟查二案所涉基礎事實，均屬關於第2 次5 年免稅所得所為之核定處分爭議，且均係由被告機關對同一處分相對人即原告所為之核定處分。本件核屬同一原告對同一被告有數個訴之請求，基於訴訟程序經濟之考量，並避免裁判歧異情形發生，原告請求在同一訴訟程序中，就2 案合併起訴，尚無不合，應予准許；又，原告起訴所爭執之項目僅就關於其91年度就第2 次5 年免稅及92年度就第2 次5 年免稅產品營業收入，是否包括「自行銷售經核准投資完成之設計所產製產品之所得」，其餘不再爭執，均合先敘明。
二、按中央法規標準法第18條規定：「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」足知中央法規標準法對於人民申請許可案件相關「法規之適用」，係採所謂「從新從優」原則，即凡人民申請案件，「於處理程序終結前」，法規發生變動者，即應適用新法規為原則，例外如因舊法規有利人民，且新法規無廢除或禁止所聲請之事項者，始適用舊法規。此項「從新從優」原則，亦為最高行政法院92年度判字第1309號判決意旨所揭明：「行政法上有關新舊法之適用，僅中央法規標準法第18條規定之『人民聲請許可案件』適用『從新從優』原則。」據此，機關受理人民聲請許可案件，在處理程序終結前，據以准許法規變更之情形，自應優先適用新法規。
三、查原告91年度營利事業所得稅結算申報，原列報免稅所得為10,677,538,167元及可抵減稅額534,302,161元。92年度營利事業所得稅結算申報，原列報免稅所得15,441,883,318元及可抵減稅額923,466,391元。經被告初查91年度分別核定7,267,980,930元及406,403,382元，應補稅額899,276,149元；92年度分別核定11,577,528,282元及474,730,007元，應補稅額823,269,018元。原告不服，申經復查決定追認91年度免稅所得1,312,083,983元，92年度追認免稅所得464,021,028元，其餘復查駁回。原告仍表不服，提起訴願仍遭決定駁回，遂向本院提起本件行政訴訟。兩造主張之事實、理由及陳述，有如上述整理，雙方主要爭執在：原告主張依90年12月增修之「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」第5條第3項之規定，請求被告作成准予原告於91年度就第2次5年免稅及92年度就第2次5年免稅產品營業收入自行銷售經核准投資完成之設計所產製產品之所得，認列免稅所得範圍，是否有理由？
四、經查：㈠按「第2 條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務
，其範圍如下．．．技術服務業．．．㈢高階積體電路設計。」為行政院90年2 月20日台經字第010445號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（下稱舊獎勵辦法）第5 條第1 項第8 款第3 目前段所規定。
又「第2 條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下．．．技術服務業．．．㈢高階積體電路設計．．．」「第1 項第8 款第3 目，選擇適用5 年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。」為行政院90年12月27日台經字第071943號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（下稱新獎勵辦法）第5 條第1 項第8 款第3 目、第3 項前段所規定。對照新舊獎勵辦法第5 條第1項第8 款第3 目等之規定，可知新獎勵辦法增訂第5 條第3項前段規定，即技術服務業之高階積體電路設計業者，如選擇適用5 年免稅者，其免稅範圍包括「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」。此項增訂規定為舊獎勵辦法第5 條所未明定，對身為技術服務業之高階積體電路設計業之原告而言，此項新增訂規定自屬有利規定。
㈡又按促進產業升級條例第6 條第4 項規定：「第一項及第二
項投資抵減之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之。」同條例第4 條第1 項規定：「本條例所稱工業主管機關︰在中央為經濟部工業局；在直轄市為直轄市政府建設局；在縣（市）為縣（市）政府。」同條第2項規定：「本條例所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關會同相關主管機關辦理。」再按，依同條例第71條規定訂定之同條例施行細則第19條規定：「經依本條例第9 條第1 項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起1 年內，檢齊下列文件，向財政部申請5 年免徵營利事業所得稅：符合新興重要策略性產業之核准函影本。符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本。中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本。．．．」據上，可知原告欲享受符合促進產業升級條例第2 次5 年免稅之獎勵優惠，其申請流程必須經歷：⒈先向經濟部工業局（下稱工業局）申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函（第1 階段），⒉取得經工業局核發「符合新興重要策略性產業」核准函後，再向科學工業園區管理局（下稱科管局）申請核發「新興重要策略性產業完成證明」（第2 階段），⒊原告取得上開工業局核准函及科管局完成證明後，最後始得據以向財政部申請本件第2 次5 年免稅之核准（第3 階段）。此項申請流程，循序漸進，缺一不可。從而可知，依促進產業升級條例施行細則第19條之規定，本件原告系爭第2 次5 年免稅之獎勵優惠之申請程序，整體而言，實包括上述3 機關處理之程序在內，乃3 個機關處理程序之總合，並不能割裂，否則即未符法規而無由准許5 年免稅優惠之獎勵。故而本件原告系爭第
2 次5 年免稅優惠獎勵之申請程序，於財政部完成最終審核程序前，均屬「行政機關受理人民申請案件，處理程序終結前」之範疇，洵堪認定。被告主張原告系爭第2 次5 年免稅申請，係以工業局核准時所適用之法規為據，本件工業局核准原告系爭第2 次5 年免稅函已載明適用舊法規，自無適用新法規可言等語。被告實忽略系爭第2 次5 年免稅申請案與一般人民申請案之申請程序有別，亦未考量中央法規標準法第18條之「從新從優原則」及「法律優位原則」，難謂可採。所謂「法與時轉則治，治與事宜則有功」，乃我國著名法家之思想，值為吾人現今依法行政之參考。
㈢次查，原告系爭第2 次5 年免稅申請案，係於90年8 月間向
工業局提出核發「符合新興重要策略性產業」核准函之申請，而工業局係於舊獎勵辦法時期即90年9 月28日，核發「符合新興重要策略性產業」核准函，該函說明欄固記載：「．．．核符90年2 月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3 條第3 款及第5 條第1 項第8 款第3 目之規定（即舊獎勵辦法）．．．
。」有該核准函附訴願2 卷第86頁（即訴證3 ）足稽，但於財政部受理原告91年7 月24日（90）聯發財字第91050 號函所提第2 次5 年免稅申請案時，上開新法規業已明文規定其免稅範圍，包括「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」在內。此項增訂規定既為舊獎勵辦法第5 條所未明定，乃新法規，為法規變更，依上揭規定與說明，系爭第2 次5 年免稅優惠申請案實仍處於向財政部申請核准之階段，符合上開所謂「處理程序終結前」之要件，且其事務之性質亦無適用行為時法規（即舊獎勵辦法）之情事，自有中央法規標準法第18條規定之適用，即於本件原告申請案處理程序終結前，據以准許之法規已有變更，而應適用新法規（即新獎勵辦法90年12月27日發布並自91年1 月1 日施行）。然財政部91年9 月2 日核發之核准函說明欄卻記載：「．．．並選定適用促進產業升級條例第9 條暨90年2月20日行政院令核定發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3 條第3 款之規定．．．。」有該核准函附訴願2 卷第91-92 頁足證。是知，財政部未注意依行政程序法第36條規定，應依職權調查證據，對當事人有利及不利事項一律注意之要求，且受限於上述工業局核准函內容法規之記載，未慮及中央法規標準法第18條之規定而未適用新獎勵辦法，容有未洽。
五、再查，被告固提出工業局曾就有關「91年1 月1 日以後取得完成證明之投資計畫，其選擇適用5 年免稅者，得否適用90年12月27日發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』適用疑義行文財政部賦稅署表示意見，經財政部賦稅署以91年9 月10日台稅一發字第0910454198號函回覆，其說明㈠載明：「有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地．．．。」表明以行為時（即申請時）之日期，資為應適用新舊獎勵辦法之時點，但未其據說明何以不能適用新獎勵辦法之法令依據及理由，無法理解其法理基礎為何，有該覆函附本院卷言詞辯論筆錄之後足佐；況所謂函釋者，係指闡明法規原意之公函而言，固應自法規生效之日起有其適用（司法院釋字第287 號、第493 號解釋參照），惟函釋如有語意未明或需要進一步說明者，主其事者，非不得重為核定（最高行政法院92年5 月份庭長法官聯席會議決議參考）。被告所引財政部賦稅署之覆函，並未有闡明法規之內容，且未慮及新舊法規變動之比較考量，自難謂客觀可採。
六、末查，被告雖復主張「核准機關不是被告機關，原告須檢附經濟部工業局核准函，如經濟部工業局准變更，我們就會改」等語（見本院98年1 月13日準備程序筆錄）。然查，原告系爭第2 次5 年免稅（免徵營利事業所得稅）之申請，依促進產業升級條例及其施行細則之規定可分成3 階段，各階段均有其獨立權責之主管機關，各機關本應各自依法審查其所受理之申請案，如適逢法令變更時，本應尋找有關法律變更時應如何適用法令之法規，以為正確適用，始符法制。其不為此圖，忽略既有之法令規定，自有脫離依法行政之精神，仍有未合。是被告上開主張亦難以採取。
七、綜上，原告系爭第2 次5 年免稅申請案，雖經工業局於舊獎勵辦法時期即90年9 月28日核發「符合新興重要策略性產業」核准函，然於財政部受理原告91年7 月24日系爭第2 次5年免稅申請案時，新獎勵辦法業已明文規定其免稅範圍，包括「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」在內，此項增訂規定既為舊獎勵辦法第5 條所未明定，自屬法規變更，而原告系爭第2 次5 年免稅優惠申請案實仍處於未經財政部核准之申請程序中，符合上開所謂「處理程序終結前」之要件，自有中央法規標準法第18條規定之適用，即據以准許之法規已有變更，而應適用新法規（即新獎勵辦法90年12月27日發布並自91年1 月1 日施行）核准原告之第2 次5 年免稅申請案。惟財政部91年9 月2 日核發之核准函卻仍記載適用舊獎勵辦法，未慮及新舊獎勵辦法變更情形，被告據以否准原告系爭第2 次5 年免稅所得額不利原告部分之列報，縱已經復查決定追認部分免稅所得，仍有違誤，訴願決定未予糾正，均有未合，復為原告所爭執，自應由本院就此違失均予以撤銷，發回被告機關更為適法之處分，以符法制，並昭折服。
八、本件判決基礎已經明確，兩造其餘主張或陳述，與判決結果無影響，不再一一論述。
據上論結，本件原告之訴為有理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 98 年 2 月 19 日
臺北高等行政法院第六庭
審判長法 官 闕 銘 富
法 官 林 育 如法 官 陳 鴻 斌上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 98 年 2 月 19 日
書記官 陳 清 容