臺北高等行政法院判決
98年度訴字第1014號99年11月4日辯論終結原 告 宏達國際電子股份有限公司代 表 人 王雪紅（董事長）訴訟代理人 高文宏 會計師複代理人 李益甄 律師(兼送達代收人)訴訟代理人 許祺昌 會計師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 陳文宗（局長）訴訟代理人 張佩君
許義財上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國98年3 月23日台財訴字第09800048410 號訴願決定（案號：第00000000號 ），提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文訴願決定及原處分（即復查決定不利於原告部分）關於否准免稅所得額認列部分均撤銷。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔三分之二；其餘由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告係經營電腦製造業，民國（下同）90年度經核准2 次增資擴展，分別選定自90年4 月26日及91年1 月1 日起連續5年內，就其新增所得免徵營利事業所得稅。91年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）1,043,186,724 元、研究與發展支出494,991,247 元及可抵減稅額182,353,714 元，經被告分別核定為495,594,560 元、418,946,396 及157,466,198 元，應補稅額125,911,018 元。原告不服，主張有關免稅所得部分: ⑴財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號令發布計算要點（二）第3 點規定，未選定免稅計算公式者，以其附件所列公式計算免稅所得，與獎勵辦法及免稅所得計算要點之規定顯有牴觸。⑵模具設備依據免稅所得計算要點，並未界定為機器設備之範圍，原核定引用營業稅法之解釋令，是否有違信賴保護原則？⑶原核定於計算第3 次增資研發支出比率時，其中基準年度（89年度）研發支出金額未以核定數為基礎計算。⑷免稅產品Smart phone 之銷貨收入淨額990,614,180 元，依第2 次增資及第3 次增資之核准設備清單比率分攤依據為何？請重行查核云云，有關研究與發展支出及可抵減稅額部分；⑴委外認證及測試研發樣品通訊功能、輻射、高空壓力及耐熱度等費用，係為研發樣品達到可使用狀態之必要過程及費用，應重分類至「供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」項下。⑵計算研發支出可抵減稅額時，其中前2 年平均數254,728,166 元，係依89年度申報研發支出245,489,298 元及90年度核定研發支出263,967,033 元平均計算而得，應以89年度核定研發支出227,304,516 元為基礎重行計算云云，向被告申請復查。經被告審查後，略以有關免稅所得部分: 經就原告提示之設備清單、經濟部工業局核准函、新興重要策略性產業完成證明、會計師補充說明函及財政部臺北市國稅局書函等資料查核，⑴系爭模具既已列入其財產目錄並提列折舊，係屬資本設備，依前揭規定，原查認屬機器設備之範圍並列入機器設備比分母中，應無不合。⑵原核定於計算第3 次增資研發支出比率時，其中基準年度（89年度）研發支出金額，應以核定數227,304,516 元列入研發支出分子之減項，重行核算研究與發展支出比率為45.74 ﹪。⑶Smart phone 之銷貨收入淨額990,614,180 元，係經第2 次增資及第3 次增資分別核准生產之免稅產品，因原告無法合理區分第2 次增資及第3 次增資之銷貨量，分別依其核准設備清單比率分別計算銷貨收入166,230,712 元及824,383,468 元並無不合。⑷原核定第3次增資部分，原告選定以研究與發展支出比率為要件，申請免徵營利事業所得稅，惟未依前揭計算要點規定，選定免稅計算公式，原查以其附件所列公式計算並無不合，重行核定免稅所得534,632,447 元（如計算表）。有關研究與發展支出及可抵減稅額部分: 經就原告提示之帳證及相關資料查核，⑴專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用列報34,175,886元，係屬委外測試之費用，其受託測試單位未符合首揭審查要點規定，復查時雖主張轉列至「供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」項下，惟亦非屬該項適用範圍，原查否准認列並無不合。⑵其89年度核定研究與發展支出227,304,516元未申請復查確定在案，90年度核定研究與發展支出263,967,033 元尚在行政救濟中，重行核算可抵減稅額159,322,56
1 元。綜上，原核定研究與發展支出418,946,396 元並無不合，應予維持；惟原核定可抵減稅額157,466,198 元予以追認1,856,363 元，變更核定159,322,561 元。乃以97年9 月30日北區國稅法一字第0970008083號復查決定書（下稱原處分）決定追認免稅所得39,037,887元及研究與發展支出可抵減稅額1,856,363 元，其餘復查駁回。原告仍表不服，提起訴願，遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟。
二、本件原告主張：㈠免稅所得部分
⒈系爭模具非屬生產用機器設備，不應計入第2 次增資所適用生產用機器設備比率之分母：
⑴依財政部97年10月9 日台財稅字第09704027220 號函釋
，系爭模具係由原告提供零件供應商使用，非屬在廠內之生產設備，應無須計入第2 次增資所適用全部機器設備比率之分母：
①按「稅法之解釋，亦應本於租稅法律主義之精神，依
各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」為司法院釋字第496 號解釋所明揭。次按「為鼓勵對經濟發展具重大效益、風險性高且亟需扶植之新興重要策略性產業之創立或擴充，營利事業或個人原始認股或應募屬該新興重要策略性產業之公司發行之記名股票，持有時間達三年以上者，得依下列規定自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額或綜合所得稅額：……」、「公司符合前條新興重要策略性產業適用範圍者，於其股東開始繳納股票價款之當日起二年內得經其股東會同意選擇適用免徵營利事業所得稅並放棄適用前條股東投資抵減之規定，擇定後不得變更。前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理︰……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續五年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」行為時促進產業升級條例第8 條第1項、第9 條第1 項及第2 項分別定有明文，為規範新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，行政院並訂定「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」（下稱獎勵辦法）以資適用。
②再按前開獎勵辦法第17條第1 項授權財政部訂定「新
興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點」（下稱免稅所得計算要點），其中第7 點第1款明定公司以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築( 物) 方式適用新興重要策略性產業者，得採全部機器設備比方式計算免稅所得。惟遍觀促進產業升級條例乃至前開計算公式規定，均未就何謂「機器、設備」為定義，是於審查應列入計算公式之機器設備時，自應就前開法規之立法目的詳加考察，以符合獎勵新興重要策略性產業之立法意旨。
③又按手機整機組裝廠商自行購置模具供生產其手機機
殼廠商使用，適用5 年免徵營利事業所得稅計算疑義，財政部賦稅署前與經濟部工業局召開「研商模具及研究發展設備適用新興重要策略性產業5 年免徵營利事業所得稅計算相關疑義」會議，並於97年10月9 日台財稅字第09704027220 號函做成以下釋示：「鑑於本案之目的事業主管機關認為全新設備清單註記模具具有『定期汰舊』特性實有困難，且手機整機組裝廠商自行購置模具供生產其手機機殼廠商使用，該模具非屬在廠內之生產設備，應歸列為非生產所使用，爰依前開會議記錄六（一）第1 點但書，該模具不計入免稅所得計算公式機器設備比率之分母及分子。」④經查，就傳統製造業而言，模具通常用於同一商品之
大量且連續多年生產，從而具有長期經濟利益，是其支出須予資本化並分年提列折舊；惟查，原告購置模具之用途，乃供手持式電子產品（如手機）機殼等零組件成型之用，因原告所需零組件係向外部供應商購入，非原告內部自行生產，而系爭模具之開發成本較高，上游機殼供應商擔憂投入成本無法回收，多不願意承擔模具開發成本，且原告致力於自有品牌之開發，為維護品牌形象並維護產品品質，乃自行購入模具後，將其安置於零件供應商之生產場所供其使用，原告與零件供應商並訂有模具保管書。由此可知，系爭模具係原告為維護產品品質，所提供原料供應商生產主要零組件，而與增資擴展增加產能無關，是應非前開計算公式所定「機器設備」之範疇，被告將其列入計算全部機器設備比率之分母，顯與系爭模具實際用途不符。
⑤次查，系爭模具既由原告提供手機機殼廠商使用，自
非在廠內之生產設備，而應歸列為非生產所使用，揆諸前開財政部97年10月9 日台財稅字第09704027220號函所示，應得免計入免稅所得計算公式機器設備比率之分母。
⑵被告如主張系爭模具不計入第2 次增資所適用生產用機
器設備比率分母之同時，投資計畫產品收入淨額應按利潤貢獻度拆算，應由其負舉證責任：
①按「課稅構成要件合致，國家對人民發生稅捐債權之
事實，應由稽徵機關負證明責任，此一證明責任除稅捐主體及客體之歸屬外，稽徵機關對於稅基大小之計算，亦應負證明之責。」為最高行政法院98年度判字第46號判決所揭櫫。
②次按「至免稅所得計算公式免稅收入比率之分子『投
資計畫產品（勞務）收入淨額』應否按比率拆算乙節，本案獎勵項目為個人無線通訊產品，尚無與非投資計畫產品併裝出售問題，……，其中手機板電路設計、手機組裝整合及測試，依前開經濟部工業局意見，為主要附加價值所在，其餘部分對前開整體利潤是否仍有貢獻？其附加價值如何？應否按其利潤貢獻度拆算『投資計畫產品（勞務）收入淨額』？宜由各地區國稅局衡酌個案實情核實認定。」固為財政部97年10月9 日台財稅字第09704027220 號函說明四、後段所定，惟前開函文亦於說明一、載明「依據經濟部工業局97年8 月22日工電第00000000000 號函及本部賦稅署96年3 月14日『研商模具及研究發展設備適用新興重要策略性產業5 年免徵營利事業所得稅計算相關疑義』會議記錄……辦理」，而經濟部工業局97年8 月22日函文及財政部賦稅署與經濟部工業局96年3 月14日會議記錄均未認為主張模具不應計入機器設備比率之分母，同時亦須按利潤貢獻度拆算免稅產品收入淨額。
③查訴願決定以原告未提示按利潤貢獻度拆算之手機機
殼收入及扣除機殼收入後重新計算之免稅所得等資料供核，而否准原告之請求。然依前開經濟部工業局97年8 月22日函文及財政部賦稅署與經濟部工業局96年
3 月14日會議記錄，均未認為主張模具不應計入機器設備比率之分母，同時亦須按利潤貢獻度拆算免稅產品收入淨額，財政部97年10月9 日台財稅字第09704027220 號函說明四、後段規定，似另行附加限制，而有損於納稅義務人之權利，於本件應無依此拆算免稅產品收入淨額之必要。
④再查，縱認前開財政部97年10月9 日台財稅字第0970
4027220 號函說明四、後段規定於本件得適用之，其適用之前提，亦應以經被告「衡酌個案實情核實認定」其餘部分對前開整體利潤之貢獻及其附加價值如何，應否按其利潤貢獻度拆算『投資計畫產品（勞務）收入淨額後，說明為何認定手機機殼具有何種利潤貢獻度，而非一律應予拆算。據此，揆諸前開最高行政法院98年度判字第46號判決，投資計畫產品收入淨額之拆算既涉及稅基大小，自應由被告負舉證責任。⑤末查，就本件按其利潤貢獻度拆算『投資計畫產品（
勞務）收入淨額乙節，原告已向經濟部工業局函詢），如該局有進一步回覆，亦將提供卓參。
⒉原告第3 次增資係以研究與發展支出為要件，被告逕依財
政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號函附件公式計算其免稅所得，顯與法律保留原則有違，應回歸行為時獎勵辦法第17條第2 項、第3 項規定計算研發支出比率：
⑴財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號函附件公
式顯與行為時獎勵辦法第17條第2 項、第3 項規定有違：
①按行為時獎勵辦法第17條第1 項規定，選擇適用促進
產業升級條例第9 條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之，財政部並據此訂定前開免稅所得計算要點，其性質為對免稅所得計算等細節性、技術性事項之補充，除經此明確授權而訂定之計算要點外，應不得另以職權發布解釋函令限制人民依法享有之權利，此觀司法院釋字第505 號解釋：「財政部64年3 月5 日台財稅第31613 號函謂：
生產事業依獎勵投資條例第6 條第2 項規定申請獎勵，應在擴展之新增設備開始作業或提供勞務以前，辦妥增資變更登記申請手續云云，核與前開施行細則之規定不合，係以職權發布解釋性行政規則對人民依法律享有之權利增加限制之要件，與憲法第23條法律保留原則牴觸，應不予適用。」甚明。
②次按「擇定適用第2 條第2 款、第3 款或第3 條第2
款、第3 款規定，並經取得完成證明之公司，選擇適用五年免稅者，其適用免稅年度之研究與發展支出應占同年度該公司營業收入淨額百分之2 ；未達百分之
2 者，其免稅所得應按前項規定計算之金額，乘以實際研究與發展支出比率除以百分之2 計算之。」、「九十年十二月三十一日以前，已以研究與發展支出金額或比率申請經核准適用免徵營利事業所得稅者，其免稅所得計算方式得依前項規定辦理。」分別為行為時獎勵辦法第17條第2 項、第3 項所明定，而其後所訂定之免稅所得計算要點第8 點所定，公司以研究與發展支出比率或金額方式適用新興重要策略性產業者，其免稅所得額計算公式，研究與發展支出比率之計算為當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率除以
2 ％，與前開獎勵辦法規定之計算方式並無二致，是財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號令固稱：「90年12月31日以前以研究與發展支出金額或比率方式適用新興重要策略性產業之公司，選擇適用5 年免徵營利事業所得稅者，應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於本令發布日起3 個月內，選擇準用『新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點』第8 點規定計算免稅所得額，或依本令附件所列公式計算免稅所得額，但一經選定，於該次投資計畫免稅期間內不得變更；公司逾期未選定者，稅捐稽徵機關應依本令附件所列公式核定其免稅所得額。」云云，惟前開函令乃由財政部職權發布而無明確授權依據，且所定之研究與發展支出比率，其計算方式亦與行為時獎勵辦法第17條第2 項、前開免稅所得計算要點第8 點所定不符，揆諸前開釋字第505 號解釋，因已造成對人民減免稅捐權利之限制，於本件應無適用之餘地。
③查原告第3 次增資係選定以研究與發展支出為要件計
算免稅所得，惟復查決定遽以原告未於財政部92年5月9 日台財稅字第0920452718號令發布日起3 個月內選擇計算公式，逕依該解釋函令附件所列計算公式計算原告之免稅所得，使第3 次增資之研發支出比率由100%降為45.74%，已生以解釋函令限制人民依法所享有免稅所得額之效果，於本件應無適用之餘地。
⑵財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號令所定3
個月選定期間之限制，係以行政命令增訂法律所無之時效期間，揆諸司法院釋字第474 號解釋所示，顯與法律保留原則有違：
①按「有關人民自由權利之限制應以法律定之，並不得
逾越必要之程度，應依法律規定之事項不得以命令定之，憲法第23條、中央法規標準法第5 條、第6 條均有明定。若以法律授權限制人民自由權利者，須法有明示其授權之目的、範圍及內容並符合具體明確之要件，主管機關根據授權訂定施行細則，自應遵守上述原則，不得逾越母法規定之限度或增加法律所無之限制……。時效制度不僅與人民權利義務有重大關係，且其目的在於尊重既存之事實狀態，及維持法律秩序之安定，與公益有關，須逕由法律明定，自不得授權行政機關衡情以命令訂定或由行政機關依職權以命令訂之。……」業經司法院釋字第474 號解釋在案。次按「財政部86年函釋作成時施行之關稅法第5 條之1第3 項第1 款規定……未就得減免關稅之貨物，於進口報關時未依上開條文第3 項第1 款申請繳納保證金而繳稅之情形，納稅義務人得申請退還其已繳納之關稅之期限有所規定，亦未授權行政機關得以行政命令就此種公法上退稅請求權之時效為如何之限制，則財政部86年函釋無異規定納稅義務人對於得減免關稅之貨物，申請退還其已繳納之關稅，須於貨物進口放行前或於放行之翌日起4 個月內為之，逾期即喪失其請求權。惟按人民有依法律納稅之義務，憲法第19 條定有明文。進口貨物依法既屬得免關稅之貨物，除『法律』另有規定外，進口人並無納稅之義務。揆諸上開司法院釋字第474 號解釋之意旨，財政部86年函釋即與中央法規標準法第5 條、第6 條規定有所牴觸，而不應予以適用。」迭為最高行政法院96年度判字第
538 號、第677 號、第690 號等判決揭示纂詳，準此，時效期間須由法律明定，於稅捐相關之時效規定，主管稽徵機關自不得逕依職權以行政命令訂定之，否則即有悖於憲法第19條所示之租稅法律主義及法律保留原則。
②查訴願決定以財政部92年5 月9 日台財稅字第092045
2718號令規定公司未於該令發布起3 個月內選定計算公式者，稅捐稽徵機關應依該令附件所定公式核定其免稅所得額，係財政部本於主管機關權責所為細節性、技術性事項之必要補充規定，並無原告所稱增加法律所無之限制云云。惟查，前開函令乃由財政部職權發布而無明確授權依據，且所定研究與發展支出比率之計算方式亦與行為時獎勵辦法第17條第2 項、前開免稅所得計算要點第8 點所定不符，已生以命令增訂時效規定之限制，而非僅為技術性、細節性事項之補充規定，揆諸前開釋字第474 號解釋，實有違法律保留原則，應不予適用。
③次查，前開函令適用於本件之結果，已使原告喪失依
行為時獎勵辦法第17條第2 款規定計算原告研發支出比率之效果，造成對原告減免稅捐權利之限制，依最高行政法院96年度判字第538 號、第677 號、第690號等判決所示意旨，即與憲法第19條所定之租稅法律主義不符，應回歸行為時獎勵辦法第17條第2 項、前開免稅所得計算要點第8 點規定，重新計算研究與發展支出比率。
⒊被告將分別依第2 次增資及第3 次增資核准設備清單比率
分攤，有悖於新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第15點第2項第1款規定：
⑴按「公司依第七點以增加銷貨量方式或第八點之公式規
定計算免稅所得額者，其新增投資計畫之產品( 勞務)收入淨額依下列規定計算：（一）符合本條例第八條、第九條、第九條之二之規定，經核准之投資計畫適用股東投資抵減或五年免徵營利事業所得稅之獎勵者，應分別按各該次核准之投資計畫，由距離申報年度最近一次之投資計畫，向前逐次計算各新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入），不得合併一次計算。」為前開免稅所得計算要點第15點第2 項第1 款定有明文。⑵經查，訴願決定以原告91年度之免稅產品 Smart phone
既經第2 次增資及第3 次增資分別生產，惟未合理區分銷貨量云云，而認被告依核准設備清單比率分別計算銷貨收入166,230,712 元及824,383,468 元並無不妥。惟原告所以將免稅產品Smart phone 之銷貨收入淨額990,614,180 元均全數歸屬於第3 次增資，乃依前開免稅所得計算要點第15點第2 項第1 款規定，由最近一次投資計畫，向前逐次計算各新增投資計畫之產品銷貨量，自屬於法有據。
⑶次查，原告之第2 次增資及第3 次增資均於90年間辦理
，前開免稅所得計算要點第15點規定對於同一年度增資
2 次且生產同一免稅產品之情形，並無須區分銷貨量之規定，被告逕依法無明文之「核准設備清單比率」分攤Smart phone 銷貨收入至第2 次增資及第3 次增資，亦與前開免稅所得計算要點第15點規定規定不合，遑論其妥適性。
㈡研究與發展支出適用投資抵減稅額部分
⒈公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要
點「壹、研究與發展支出」認定原則第5 點規定，顯屬增加法令所無之限制：
⑴按前開釋字第505 號解釋明揭，財政部所發布之解釋函
令如對納稅義務人之權利增加限制之要件，則屬與憲法第19條之租稅法律主義及憲法第23條之法律保留原則有違。
⑵次按「公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額
百分之三十五限度內，自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；公司當年度研究發展支出超過前二年度研發經費平均數，或當年度人才培訓支出超過前二年度人才培訓經費平均數者，超過部分得按百分之五十抵減之。」「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。二、生產單位為改進下列生產技術或提供勞務技術之費用。三、具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。四、專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本。五、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金。六、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。八、經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。」為為行為時促進產業升級條例第6 條第2 項、「公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法」（下稱投資抵減辦法）第
2 條第1 項所明定，揆諸前開規定可知，如列報時非將其列為第7 款、第8 款及第9 款規定之研發支出，自無須受第7 款、第8 款及第9 款規定對於研究機構之限制。
⑶再按財政部93年10月26日所發布之「公司研究與發展及
人才培訓支出適用投資抵減辦法審查要點」（下稱93年審查要點）於「壹、研究與發展支出」認定原則第五點規定：「……公司委託他人進行本項測試者，受託測試單位應符合本辦法第二條第一項第七款、第八款或第九款規定。」，然公司於研究新產品或新技術階段中，為符合國外相關單位之認證要求，本得自行依其產品需求選定合適之認證及測試單位，因此所支出之費用，自得核實認定適用投資抵減，是前開投資抵減辦法第2 條規定，均未對於受託測試單位之資格設有明文限制。
⑷經查，原告91年度因委外認證及測試研發樣品通訊功能
、輻射、高空壓力及耐熱度所支出之費用共計34,175,886元，係研發產品達可使用狀態所必須，此有測試費用明細及認證測試證書（容後補陳）可稽，足堪認定；原告於申報營利事業所得稅時原列報為前開投資抵減辦法第2 條第6 款「專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用」，於復查時改列為第2 條第3 款「供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」，均非列為第7 款、第8款及第9 款規定之研發支出，本無受其對於研究機構限制之必要。詎料，被告竟以93年審查要點對於研究機構之限制，應適用於本件，顯係增加法令所無之限制，於本件應不予適用。
⒉再者，被告否准原告委外測試費用之認列，與信賴保護原則及稅捐稽徵法第1條之1規定亦有未合：
⑴首按「信賴保護原則攸關憲法上人民權利之保障，公權
力行使涉及人民信賴利益而有保護之必要者，不限於授益行政處分之撤銷或廢止（行政程序法第119 條、第120條及第126 條參照），即行政法規之廢止或變更亦有其適用。行政法規公布施行後，制定或發布法規之機關依法定程序予以修改或廢止時，應兼顧規範對象信賴利益之保護。」亦為司法院釋字第525 號解釋所明揭，尤以課稅係關係納稅義務人財產權至為重大，是行政規則之變更如影響納稅義務人依法所能享有之免稅權益，即應考量是否有信賴保護原則之適用。
⑵次按「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據
以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」為稅捐稽徵法第1 條之1所明定。前開條文於85年7 月30日所增訂，其立法理由明示：「（三）為杜絕爭論，使企業投資者的租稅負擔確定，有必要修改稅捐稽徵法，增訂『解釋函令不利益不溯及既往』條款，應自公佈日後生效；……。」，前開條文即按該意旨增訂通過，由是可知，於解釋函令有增訂或變更之情形，若該函釋變動納稅義務人之納稅義務，應自公布日後始生效力，否則，將導致納稅義務人之納稅義務長期處於不確定狀態，與法治國家所應遵循之法安定性原則相悖。
⑶依學說見解，前開條文但書係以案件是否確定為準，惟
對有利與不利之情形特予區分。如屬有利於納稅義務人，則只要未確定，一律適用新的釋示，反之，凡不利於納稅義務人，則仍適用舊釋示，此亦為近來實務見解所明揭，此觀最高行政法院97年度判字第520 號判決意旨：「『財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。』稅捐稽徵法第1 條之1定有明文。依此規定，財政部新發佈之解釋函，如不利於納稅義務人，則對尚未核課確定之案件，自無適用之餘地。」甚明，又該判決內揭示：「財政部於93年10月26日修訂審查要點增訂『公司所研發之產品、技術應專供公司自行使用』及『公司研發之產品或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。』，故財政部93年之函釋不利於上訴人，依上開規定，財政部93年函釋尚難遽適用於本案。原判決未審酌稅捐稽徵法第1 條之1 規定，遽予適用財政部93年發佈之審查要點，容有適用法規不當之違誤。」等語。
⑷復按「研究新產品階段中為符合國外相關單位之認證要
求所支出之測試費用，得核實認定適用投資抵減；……。」為行為時投資抵減辦法審查要點「壹、研究與發展支出」認定原則第五點所明定，並未限定受託測試單位之範圍，財政部於93年審查要點「壹、研究與發展支出」認定原則第5 點始增訂：「……公司委託他人進行本項測試者，受託測試單位應符合本辦法第二條第一項第七款、第八款或第九款規定。」云云，其內容是否在解釋促進產業升級條例第6 條第2 項規定或屬財政部職權發布之命令已有疑義，且前開93年審查要點規定亦非納稅義務人於事前所得預見，是依法律不溯及既往之法理，系爭93年審查要點規定亦不得溯及適用於以前年度之案件。
⑸查訴願決定否准原告委外測試費用之認列，其理由不外
以測試單位未符合93年審查要點中，關於受託測試單位限制之規定。惟查，本件91年度營業事業所得稅係於92年5 月間申報，於申報時投資抵減辦法審查要點根本未有對於受託測試單位之限制，原告亦信賴前開規定而為申報，其後審查要點之修正實非原告當時所得預見；詎料，復查決定竟以93年增訂之規定應溯及適用於本件，否准原告委外測試費用之認列，致使原告喪失此部分費用依法所得享有投資抵減之優惠，顯與前所揭示之信賴保護原則有違。
⑹次查，訴願決定另以93年審查要點係財政部基於職權就
行政法規所為釋示，自法規生效日有其適用，本件尚未核課確定自可適用云云。然93年審查要點明定「93年10月00日生效」，未有任何得適用於未確定案件之明文，且其所增訂對於受託測試單位之限制，顯屬對原告不利，揆諸前開最高行政法院97年度判字第520 號判決所示，自不得溯及適用於本件，否則即與稅捐稽徵法第1 條之1 規定相悖。
㈢綜上所述，被告對於系爭模具是否應計入第2 次增資所適用
生產用機器設備比率之分母、第3 次增資所應適用研究與發展比率之公式、Smart phone 銷貨收入之歸屬等免稅所得之計算，及對於委外測試費用是否得以認列為研發支出之認定，均有認事用法之違誤。為此，原告依據行政訴訟法第4 條第1 項規定，提起本件撤銷訴訟，並聲明求為判決：訴願決定及原處分（即復查決定）不利原告部分均撤銷。訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：㈠免稅所得部分：
⒈按「前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦
理……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5 年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」為促進產業升級條例第9 條第2 項第2 款所明定。次按「90年12月31日以前以研究與發展支出金額或比率方式適用新興重要策略性產業之公司……應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於本令發布日起3 個月內，選擇準用『新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點』第8 點規定計算免稅所得額，或依本令附件所列公式計算免稅所得額……公司逾期未選定者，稅捐稽徵機關應依本令附件所列公式核定其免稅所得額。」為財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號令發布新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第3 點所規定。又「經核准獎勵免稅之生產事業，於核准免稅期間內，另行購置或租借生產設備，該項生產設備如非屬增加產量之生產設備，生產事業應取具事業主管機關證明。」「模具係使用於工廠產製產品時成型之用，乃現今大部分製品製造過程必須之製造方法，係生產事業生產產品之重要機器設備之一部分，因此模具可認屬機器設備之範圍。」為財政部64年1 月13日台財稅第30768 號函及76年5 月5 日台財稅第0000000 號函所明釋。
⒉系爭模具係由原告購置模具供生產其手機機殼廠商使用，
如該模具非屬在廠內之生產設備，依財政部97年10月9日台財稅字第09704027220 號函說明三，固可歸類為非生產所使用，該模具不計入免稅所得計算公式機器設備比率之「分母」及「分子」，惟該函說明四亦指明，其中手機版電路設計、手機組裝整合及測試，為主要附加價值所在，應否按其利潤貢獻度拆算「投資計畫之產品（勞務）收入淨額」，宜由被告衡酌個案實情核實認定在案。本件於訴願階段經被告發函通知原告於98年2 月6 日補提示按利潤貢獻度拆算之手機機殼收入及扣除機殼收入後重新計算之免稅所得等相關帳簿文據供核，原告迄未提示，致無從就免稅所得事項重行進行審酌。
⒊財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號令發布計算
要點（二）第3 點規定，公司未於該令發布起3 個月選定計算公式者，稅捐稽徵機關應依該令附件所列公式核定其免稅所得，係財政部基於中央財稅主管機關職權，就執行促進產業升級條例第8 條及其相關獎勵辦法規定之公司選擇適用免徵營利事業所得稅者，所為細節性、技術性事項之必要補充規定，並無原告所稱增加法律所無之限制，與法律保留原則牴觸之情事。
⒋原告本期Smart phone 之銷貨收入淨額990,614,180 元，
既係經第2 次增資及第3 次增資分別核准生產之免稅產品，惟未能合理區分2 增及3 增之銷貨量，被告分別依其核准設備清單比率分別計算銷貨收入166,230,712 元及824,383,468 元，應無不妥。
㈡研究與發展支出及可抵減稅額部分：
⒈按「為促進產業升級，健全經濟發展，特制定本條例。本
條例所稱產業，指農業、工業及服務業等各行業。」「公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35﹪限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；公司當年度研究發展支出超過前2 年度研發經費平均數，或當年度人才培訓支出超過前2 年度人才培訓經費平均數者，超過部分得按50﹪抵減當年度應納營利事業所得稅額。」為行為時促進產業升級條例第1 條及第6條第2 項前段所明定。次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。……四、專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本。……六、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。八、經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。……前項第7 款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」「公司投資於第2 條所稱研究與發展之支出，在同一課稅年度內支出總金額達新臺幣150 萬元或達營業收入淨額2%以上者，得按25% 抵減當年度應納營利事業所得稅額；支出總金額超過前2 年度研發經費平均數者，超過部分得按50﹪抵減當年度應納營利事業所得稅額。」「公司投資於第2 條所稱研究與發展之支出，在同一課稅年度內得按30% 抵減當年度應納營利事業所得稅額；支出總金額超過前2 年度研發經費平均數者，超過部分得按50﹪抵減當年度應納營利事業所得稅額。」「本辦法修正條文自發布日施行。但中華民國91年3 月27日修正發布之第5 條……自中華民國91年2 月1 日施行。」為行為時投資抵減辦法第2 條第1 項第1 款、第4 款、第6 款至第8款、第2 條第2 項、第5 條第1 項前段（分別為89年10月25日及91年3 月27日修正）及第11條第2 項所規定。又「專門從事研究發展工作之全職人員，係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，包括研究發展單位之主管及該單位內直接參與研發專案進行之各階主管在內。」「限於專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本，並依年度研究計畫及各項研究紀錄或報告查核確屬該年度研究計畫所必需購置之儀器設備。」「所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」「適用投資抵減之費用以中央目的事業主管機關及財政部專案核准之範圍為限，超越原專案核准之範圍所支付之費用，無本款之適用。」為審查要點附表項目壹、一、認定原則二前段、壹、四、認定原則一、壹、七、認定原則一及壹、八、認定原則一所規定。
⒉原告91年度列報研究與發展支出494,991,247 元及可抵減
稅額182,353,714 元，原查以⑴研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資列報227,408,415 元，其中方淑茹君等127 人非屬專門從事研究發展工作之全職人員，渠等薪資20,600,965元否准認列。⑵專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本列報93,024,267元，其中21,268,000元係屬生產設備之模具，非屬專供研究發展單位研究用全新儀器設備否准認列。⑶專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用列報34,175,886元，係屬委外測試之費用，非屬本項適用範圍，且受託測試單位亦未符合前揭審查要點規定否准認列，核定研究與發展支出418,946,396 元及可抵減稅額157,318,690 元。復查決定以其89年度核定研究與發展支出227,304,516 元未申請復查確定在案，90年度核定研究與發展支出263,967,033 元尚在行政救濟中，重行核算可抵減稅額159,322,561 元。
⒊答辯理由：
⑴本件原告91年度營利事業所得稅結算申報，原於「專為
研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用」項下，列報委外認證及測試研發樣品通訊功能、輻射、高空壓力及耐熱度等費用34,175,886元，被告初查以系爭費用非屬本項可適用抵減範圍，不予認列，復查決定遞予維持，經核並無不合。
⑵原告訴稱研究與發展投資抵減辦法審查要點原無對於受
託測試單位之限制，原告申報91年度營利事投資抵減，本即符合研究與發展投資抵減辦法第2 條第1 項、第2項等相關法定要件，被告復查決定援引93年審查要點附表項目壹、認定原則三：「研究新產品或新技術事實之認定：（一）……（五）研究新產品或新技術階段中為符合國外相關單位之認證需求所支出之測試費用，得核實認定適用投資抵減……公司委託他人進行本項測試者，受託測試單位應符合本辦法第2 條第1 項第7 款、第
8 款及第9 款規定。」有違信賴保護等情，按審查要點之訂定乃行政院為期使各地稅捐稽徵機關查核人員等，在研究與發展支出之認定標準能趨一致，要求財政部統一規範，以供徵納雙方遂循之依據，該統一規範乃財政部就行政法規所為之解釋，應以法條固有效力為其範圍，自法律生效日有其適用。查89年1 月1 日行政院發布施行之投資抵減辦法第2 條第1 項已就研究與發展之支出予以規定，財政部93年審查要點，係財政部基於職權就行政法規所為釋示，係以法規固有效力為其範圍，自法規生效日（88年12月31日修正之促進產業升級條例第
6 條、89年1 月1 日施行之投資抵減辦法第2 條）有其適用，該審查要點發布時，本件尚未核課確定，對本件自可適用，是原告主張本件係於93年10月26日前所發生之測試費用，並無受託測試單位須符合研發抵減辦法第
2 條第1 項第7 款、第8 款、第9 款之規定，復查決定有違信賴保護乙節，顯有誤解。
㈢綜上論述，原處分及訴願決定並無違誤等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴、訴訟費用由原告負擔。
四、兩造之爭點：㈠免稅所得部分：
⒈本件2 增之免稅所得計算公式係適用免稅所得計算要點第
7 點第1 項所規定之「增加銷貨量方式」計算式，系爭模具應否計入該公式所使用之「機器設備比率」之分母項下「基準年度起取得機器、設備、新建主體建築（物）以外之機器、設備、主體建築（物）等（土地除外）總金額」之中？⒉原告3 增所適用之研究與發展支出比率，係被告依財政部
92年5 月9 日台財稅字第0920452718號函規定，以原告未於該函發布後3 個月內選定公式，逕依該函附件公式計算免稅所得，是否合法？⒊原告2 、3 增免稅產品Smart phone 銷貨收入淨額，被告
分別依第2 次增資及第3 次增資核准設備清單比率分攤，是否合法？㈡研究與發展支出及可抵減稅額部分：
原告91年度因委外認證及測試研發樣品通訊功能、輻射、高空壓力及耐熱度所支出之費用共計34,175,886元，是否符合促進產業升級條例第6 條第2 項及相關子法規定，得予扣抵減免營利事業所得稅？
五、本院判斷如下:㈠免稅所得部分：
⒈按「前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦
理：一、……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5 年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」為促進產業升級條例第9 條第2 項第2 款所明定。本件原告係經營電腦製造業，90年度經核准2 次增資擴展，分別選定自90年4 月26日及91年
1 月1 日起連續5 年內，就其新增所得免徵營利事業所得稅，此有各該次增資所取得之重要事業科技完成證明、新興重要策略性產業完成證明附於原處分卷第頁可憑。
⒉關於本件2 增之免稅所得計算公式係適用免稅所得計算要
點第7 點第1 項所規定之「增加銷貨量方式」計算式，系爭模具應否計入該公式所使用之「機器設備比率」之分母項下「基準年度起取得機器、設備、新建主體建築（物）以外之機器、設備、主體建築（物）等（土地除外）總金額」之中？之爭點:
⑴按財政部92年5月9日台財稅字第0920452717號令發布免
稅所得計算要點第7點第1項：「公司以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業者，得就下列公式，擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業者，各次以資本額及購置全新機器、設備、新建主體建築（物）方式適用新興重要策略性產業投資計畫之投資計畫，其免稅所得額計算方式，均須一致。……（二）採增加銷貨量方式計算：『免稅所得額＝【全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）】×新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額/ 全部產品（勞務）收入淨額×機器設備比率×｛１－委外加工比率｝。…(2）機器設備比率＝完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）總金額/ 完成證明所載全新機器、設備、新建主體建築（物）總金額＋基準年度起取得機器、設備、新建主體建築（物）以外之機器、設備、主體建築（物）等（土地除外）總金額＋租（借）機器、設備、主體建築（物）等（土地除外）出租（借）人之取得成本。』……」，核此函釋所頒布之計算公式，乃稅捐主管機關財政部基於職權，為利其下級稅捐稽徵機關辦理營利事業依促進產業升級條例抵減稅額事宜所訂定，其內容顯示免稅所得所由產生之理由，合於實務，於法無違，自得援用，合先指明。該免稅所得計算要點，主要規範如何計算符合投資計畫所生產之產品銷貨（勞務）所得，俾以免除其稅賦負擔。而所謂「免稅所得」即「免稅期間」以「免稅設備」、「自行生產」、「免稅產品」並「銷售」所產生之所得之謂（即以免稅產品銷貨收入淨額減除免稅產品銷貨成本費用及相關非營業損益後所產生之所得）。前揭促進產業升級條例所設計之免稅優惠，係在鼓勵企業研究發展以提升其產能，健全經濟發展，故免稅之對象限於以增資擴展企業能力所獲得之收入。是以，對於企業年度所得之稅賦徵免，應先予區分為免稅所得及應稅所得兩部分。而對於不能獨立計算免稅所得者（可以獨立計算者規定於前揭計算要點之第5 條），唯有按比例計算。本件原告選擇採增加銷貨量方式之公式計算免稅所得，即需自「全年所得」乘「收入比」，計算出免稅收入；然此免稅收入究竟係由多少經核准之免稅設備生產製造，因為無法明確區分，故須再乘以「機器設備比」予以計算。機器設備比公式，分子為「經核准並完成投資計畫全新設備清單總金額」，分母為「核准設備（Ａ）+ 經核准以外設備（Ｂ）+ 租借設備（Ｃ）」。又「經核准獎勵免稅之生產事業，於核准免稅期間內，另行購置或租借生產設備，該項生產設備如非屬增加產量之生產設備，生產事業應取具事業主管機關證明。」及「模具係使用於工廠產製產品時成型之用，乃現今大部分製品製造過程必須之製造方法，係生產事業生產產品之重要機器設備之一部分，因此模具可認屬機器設備之範圍。」分別經財政部64年1 月13日台財稅第30768 號函及76年5 月5日台財稅第0000000 號函釋在案。
⑵本爭點即在於原告主張系爭模具為原告所有交付上游機
殼供應商生產手機機殼之用，乃因系爭模具之開發成本較高，上游機殼供應商不願負擔，原告為維護品牌形象品質，乃自行購入模具安置於零件供應商之生產場所供其使用，有模具保管書可證，依財政部97年10月9 日台財稅字第09704027220 號函釋意旨：「鑑於本案之目的事業主管機關認為全新設備清單註記模具具有『定期汰舊』特性實有困難，且手機整機組裝廠商自行購置模具供生產其手機機殼廠商使用，該模具非屬在廠內之生產設備，應歸列為非生產所使用，爰依前開會議記錄六（一）第1 點但書，該模具不計入免稅所得計算公式機器設備比率之分母及分子。」，則系爭模具自無須計入第
1 次增資及第2 次增資所適用生產用機器設備比率之分母之中；又被告如主張同時應按手機機殼貢獻度拆算免稅產品收入淨額，應由其負舉證責任云云。
⑶承前所述，前揭計算要點為計算免稅收入由核准之免稅
設備所產製之金額若干，係以「機器設備比」之概念予以區分；機器設備比之公式，分子為核准設備，分母為「核准設備+經核准以外設備+租借設備」，其邏輯在於核准設備占所有產製設備之利用率。故納入比例計算之金額，不論分子或分母，均應與產製有關，如與產製無關之倉庫設備、行銷設備等，即不應予以列入，始符該計算式之精神。故本件所爭執之模具，雖原告主張係其提供上游機殼供應商用於製造機殼之用，惟原告既係手機製造廠商，凡屬手機製造流程所必需之機器設備均應納入前揭計算式之用，至於模具設備係自行使用或交予外包廠商代工使用，均非所問，方符前揭計算式為精確計算免稅設備所產出之免稅收入金額之意旨。本件原告因委託加工特定產品之需要，將模具交由外包廠商使用，藉此提供符合原告所需規格之材料或指定需求之產品，該模具成本屬生產成本其理至明，縱非屬增加產量之生產設備，然其增加生產成本，與其免稅係依原有機器、設備（成本）之產量予以免稅者即生影響，被告於計算免稅所得將模具設備予以列入機器設備比分母計算，並無違誤。
⑷況按「公司為供舊產品維修用之模具、檢具、夾具及治
具，如經目的事業主管機關於免稅期間內逐年出具清單（內容包括模具、檢具、夾具及治具之名稱、數量、購置成本、用途《敘明所生產之產品及是否供當年度所生產免稅產品之用》），證明上開模具、檢具、夾具及治具確與產製符合經核准並完成之當年度生產之重要投資事業屬於製造行銷中心事業投資計畫產品無關者，同意比照本部91年5 月20日台財稅字第0910451619號令所發布88年12月31日修正前促進產業升級條例第8 條之1 免稅所得計算公式註9 （四）後段有關得排除已達耐用年限因而出售、報廢之機器、設備、廠房及工程等，以實際參與產製之機器、設備、廠房及工程等占全部之比例，調整向公司所在地稅捐稽徵機關申請核備日或投資計畫完成日之前一年度投資計畫產品銷售量之規定。」為財政部91年6 月18日台財稅字第0910453513號函所明釋，核其意旨也是排除與產製無關之機器設備納入計算公式之內；又有關計算公式之各項要素均影響於免稅所得計算之結果，免稅所得既獲得免稅優惠，則與免稅所得金額多寡相關之事項包括前開計算式之各項要素，原則上納稅義務人均負有舉證責任，上開函釋指出由目的事業主管機關出具清單證明與產製無關者，即得排除計入計算式之內，無非指明納稅義務人之證據方法，並非對於人民之權利增加法律所無之限制，於法並無違誤，自得予以適用。
⑸固然，財政部97年10月9 日台財稅字第09704027220 號
函說明載明：「三、鑑於本案之目的事業主管機關認為全新設備清單註記模具具有『定期汰舊』特性實有困難，且手機整機組裝廠商自行購置模具供生產其手機機殼廠商使用，該模具非屬在廠內之生產設備，應歸列為非生產所使用，爰依前開會議紀錄六（一）第1 點但書，該模具不計入免稅所得計算公式機器設備比率之分母及分子。四、另經濟部工業局認定本案獎勵項目『個人無線通訊產品』所欲獎勵之核心價值為『手機板電路設計能力、手機組裝整合及測試之製程』。依此，我國手機整機組裝廠商購進或委外製造手機零組件之一- 手機殼，非屬前開受獎勵之核心價值，其自行購置模具供生產手機殼廠商使用，尚無須計入免稅所得計算公式委外加工比率之分子。至免稅所得計算公式免稅收入比率之分子『投資計畫之產品（勞務）收入淨額』應否按比率拆算乙節……復考量手機零組件（包含半製品）、手機板電路設計、手機組裝整合及測試等各項流程之成本對於手機整機組裝廠商整體利潤貢獻度（即附加價值）不同，其中手機板電路設計、手機組裝整合及測試……為主要附加價值所在，其餘部分……應否按其利潤貢獻度拆算『投資計畫之產品（勞務）收入淨額』？宜由各地區國稅局衡酌個案實情核實認定。」，惟前已說明為精確析算新增設備對於免稅所得之貢獻程度，乃有機器設備比之設計，而其計算式之意旨在於反應新增設備占全部與產製相關之機器設備之比例，故凡與產製相關之機器設備均應納入分母之列，不因其是在廠區內或廠區外使用而有差別。上開函釋指機殼模具係供上游機殼供應商使用，即毋庸列入機器設備比之分母，與免稅所得計算要點之精神不符，自無以徒憑上開針對通案所為之會議結論即遽予推翻。
⑹綜上，被告將系爭模具認屬機器設備，而將系爭模具金
額111,763,358 元加入第2 次增資所適用全部機器設備比率之分母計算，與系爭模具之實際用途、機器設備之定義及促進產業升級之立法目的均無不合。
⒊關於原告3 增所適用之研究與發展支出比率，係被告依財
政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號函規定，以原告未於該函發布後3 個月內選定公式，逕依該函附件公式計算免稅所得，是否合法之爭點:
⑴按促進產業升級條例第8 條第3 項將新興重要策略性產
業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，明定由行政院訂定之。行政院據此訂定新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法，是該辦法應具有授權命令之性質。90年12月27日該辦法增修，於第17條第1 項、第2 項、第3 項分別規定：
「選擇適用本條例第9 條免徵營利事業所得稅之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之」、「擇定適用第2條 第2 款、第3 款或第3 條第2 款、第3 款規定，並經取得完成證明之公司，選擇適用5 年免稅者，其適用免稅年度之研究與發展支出應占同年度該公司營業收入淨額百分之2 ；未達百分之2 者，其免稅所得應按前項規定計算之金額，乘以實際研究與發展支出比率除以百分之2 計算之。」、「90年12月31日以前，已以研究與發展支出金額或比率申請經核准適用免徵營利事業所得稅者，其免稅所得計算方式得依前項規定辦理。」。財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452717號令亦發布免稅所得計算要點，第8 點第1 項規定：「公司以研究與發展支出比率或金額方式適用新興重要策略性產業者，其免稅所得額計算公式如下：免稅所得額＝【全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）】×新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額全部產品（勞務）收入淨額×研究與發展支出比率×【１－委外加工比率】……(2）研究與發展支出比率＝當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率2 ％……」。惟同日財政部也以台財稅字第0920452718號令釋「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點㈡」，其第3 點：「90年12月31日以前以研究與發展支出金額或比率方式適用新興重要策略性產業之公司，選擇適用五年免徵營利事業所得稅者，應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於本令發布日起3 個月內，選擇準用『新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點』第8 點規定計算免稅所得額，或依本令附件所列公式計算免稅所得額，但一經選定，於該次投資計畫免稅期間內不得變更；公司逾期未選定者，稅捐稽徵機關應依本令附件所列公式核定其免稅所得額。附件：…(2）研究與發展支出比率＝（當年度研究與發展支出－基準年度研究發展支出）當年度研究與發展支出…」。再按司法院釋字第474 號解釋揭示「有關人民自由權利之限制應以法律定之，並不得逾越必要之程度，應依法律規定之事項不得以命令定之，憲法第23條、中央法規標準法第5 條、第6 條均有明定。若以法律授權限制人民自由權利者，須法有明示其授權之目的、範圍及內容並符合具體明確之要件，主管機關根據授權訂定施行細則，自應遵守上述原則，不得逾越母法規定之限度或增加法律所無之限制……。」。
⑵查原告3 增擇定適用90年2 月20日新興重要策略性產業
屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第2 條第3 款規定，惟依當時辦法並未規定免稅所得之計算方式，迄90年12月27日始增修該辦法，並有前揭第17條第1 項、第
2 項、第3 項等規定，第18條並規定自91年1 月1 日起施行。嗣後，財政部於92年5 月9 日同一天先後以台財稅字第0920452717號令亦發布免稅所得計算要點，以台財稅字第0920452718號令釋「新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點㈡」如前述。本件被告以原告屬90年12月31日以前以研究與發展支出金額或比率方式適用新興重要策略性產業之公司，惟自其選擇免稅之第1 個年度即91年度即未依前開計算要點㈡規定，於3 個月內選擇何一研發支出比之計算公式，被告依92年5 月9 日台財稅字第0920452718號令釋計算要點㈡之附件予以計算，固非無據。
⑶惟查，有關新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務
業部分獎勵辦法之沿革已如前述，本件3 增選擇自91年起免稅。而財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452717號令亦發布免稅所得計算要點，第8 點第1 項規定之研究與發展支出比率之計算為當年度研究與發展支出占營業收入淨額比率除以2 ％，與前開獎勵辦法90年12月27日增修之第17條第2 項規定之意旨相同，該要點之適法性自無疑議。惟同日財政部台財稅字第0920452718號令關於研究支出比率之計算則有所不同。另立不同於獎勵辦法所規定研發支出比之計算方式，且規定適用之企業應於開始適用免稅年度之營利事業所得稅結算申報時或於該令發布日起3 個月內，選擇所欲適用之研發支出比，逾期即喪失以有利之計算式核算稅額之機會，顯然違反法律保留原則，故92年5 月9 日函有關於本件之研發支出比之計算式違反具有授權命令性質之90年12月27日獎勵辦法第17條第2 項、第3 項規定；及其計算式之選擇期限，涉及人民權利之行使，應由法律，或基於法律授權始得以法規命令加以規範，乃財政部未經授權逕以92年5 月9 日函規定納稅義務人行使研發支出比計算式之選擇期限，違反法律保留原則，本院自得拒絕適用。⒋有關原告2 、3 增免稅產品Smart phone 銷貨收入淨額，
被告分別依第2 次增資及第3 次增資核准設備清單比率分攤，是否合法之爭點:
⑴按原告2 、3 增免稅產品之免稅所得，分別採增加貨量
方式及研發支出比之方式計算，各該計算方式均有一重要之因子即「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額」，此參見免稅所得計算要點之第7 點第1 項第2 款及第
8 點第1 項均有「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額＝【投資計畫完成之日起投資計畫產品（勞務）銷貨量－基準年度投資計畫產品（勞務）銷貨量】×投資計畫之產品（勞務）收入淨額投資計畫之產品（勞務）銷貨量」及前揭同條項所規定之「所稅所得額」之計算式可知。另同要點第15點第2 項第1 款規定：「符合本條例第8 條、第9 條、第9 條之2 之規定，經核准之投資計畫適用股東投資抵減或五年免徵營利事業所得稅之獎勵者，應分別按各該次核准之投資計畫，由距離申報年度最近一次之投資計畫，向前逐次計算各新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入）」，此係就前揭「新增投資計畫之產品（勞務）收入淨額」之計算式所為之說明；另第20點規定：「同一課稅年度內有多次經核准之投資計畫，且均生產（提供）同類產品（勞務），並分別適用本條例第8 條、第9 條、第9 條之2 股東投資抵減或五年免徵營利事業所得稅之獎勵者，除須依第15點第2 項第1 款之規定計算各次新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入）外，其各次投資計畫之免稅所得額之合計數，並應以該類產品各次投資計畫皆按第7 點或全部按第8 點計算之免稅所得額二者較高者為限，再按各投資計畫之實收資本額比例，分別計算各次投資計畫之免稅所得額。」，則係就同一課稅年度有不同計畫採不同獎勵方式、要件、計算方式時，規定應如何合理計算其免稅所得額，故條文乃規定「除須依第15點第2項第1 款之規定計算各次新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入）外」之規定，尚需踐行「各次投資計畫之免稅所得額之合計數，並應以該類產品各次投資計畫皆按第7 點或全部按第8 點計算之免稅所得額二者較高者為限，再按各投資計畫之實收資本額比例，分別計算各次投資計畫之免稅所得額。」。
⑵經查，本爭點係原告91年度Smart phone 之免稅所得計
算，按該Smart phone 分屬2 增、3 增之免稅產品，而各次增資之免稅所得計算公式分別為採增加貨量方式及研發支出比之方式計算，準據上開說明，被告認應依免稅所得計算要點予以計算，並無違誤；原告指應適用前揭第15點第2 項第1 款之規定辦理，悉數歸入3 增之免稅所得，顯屬誤解，並不成立。
⑶惟查前揭第20點明文規定「除須依第15點第2 項第1 款
之規定計算各次新增投資計畫之產品（勞務）銷貨量（收入）外」之規定，尚需踐行「各次投資計畫之免稅所得額之合計數，並應以該類產品各次投資計畫皆按第7點或全部按第8 點計算之免稅所得額二者較高者為限，再按各投資計畫之實收資本額比例，分別計算各次投資計畫之免稅所得額」，本件原告本期Smart phone 之銷貨收入淨額990,614,180 元，係經第2 次增資及第3 次增資分別核准生產之免稅產品，乃被告因原告未能合理區分2 增及3 增之銷貨量，遂依其核准設備清單比率分別計算銷貨收入各為166,230,712 元及824,383,468 元，固以核准設備金額為依據，非全然無據，惟與前揭第20點規定要求應按各種公式予以計算後加以比較，再按各次投資之實收資本額之比例予以分算，仍有不同。被告就此計算方式未作合理說明，惟原告既有指摘，且未經分算結果，究不能遽予推測計算。是本件被告既有未依免稅所得計算要點第20點計算各次增資產品之免稅所得，此部分應由被告重為核算，原告於被告重為核算之調查過程中，應盡其協力義務提出91年度分屬2 增、3增之Smart phone 銷貨量，併予指明。
㈡研究與發展支出及可抵減稅額部分：
⒈按「為促進產業升級，健全經濟發展，特制定本條例。本
條例所稱產業，指農業、工業及服務業等各行業。」及「公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35﹪限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；公司當年度研究發展支出超過前2 年度研發經費平均數，或當年度人才培訓支出超過前2 年度人才培訓經費平均數者，超過部分得按50﹪抵減當年度應納營利事業所得稅額。」為行為時促進產業升級條例第1 條及第6 條第2 項前段所明定。次按「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。……。四、專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本。……。六、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。八、經中央目的事業主管機關及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。……。前項第7 款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」、「公司投資於第2 條所稱研究與發展之支出，在同一課稅年度內支出總金額達新臺幣15
0 萬元或達營業收入淨額2%以上者，得按25% 抵減當年度應納營利事業所得稅額；支出總金額超過前2 年度研發經費平均數者，超過部分得按50﹪抵減當年度應納營利事業所得稅額。」、「公司投資於第2 條所稱研究與發展之支出，在同一課稅年度內得按30% 抵減當年度應納營利事業所得稅額；支出總金額超過前2 年度研發經費平均數者，超過部分得按50﹪抵減當年度應納營利事業所得稅額。」及「本辦法修正條文自發布日施行。但中華民國91年3 月27日修正發布之第5 條……自中華民國91年2 月1 日施行。」為行為時投資抵減辦法第2 條第1 項第1 款、第4 款、第6 款至第8款 、第2 條第2 項、第5 條第1 項前段（分別為89年10月25日及91年3 月27日修正）及第11條第2項所規定。又「專門從事研究發展工作之全職人員，係指配置於研究發展單位且專門從事研究發展工作之全職人員，包括研究發展單位之主管及該單位內直接參與研發專案進行之各階主管在內。」、「限於專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本，並依年度研究計畫及各項研究紀錄或報告查核確屬該年度研究計畫所必需購置之儀器設備。」、「所稱研究機構，包括政府之研究機構、中央衛生主管機關核准之準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」及「適用投資抵減之費用以中央目的事業主管機關及財政部專案核准之範圍為限，超越原專案核准之範圍所支付之費用，無本款之適用。」為審查要點附表項目壹、一、認定原則二前段、壹、四、認定原則一、壹、七、認定原則一及壹、八、認定原則一所規定。
⒉本件原告91年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發
展支出494,991,247 元及可抵減稅額182,353,714 元，被告初查以⑴研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資列報227,408,415 元，其中方淑茹君等127 人非屬專門從事研究發展工作之全職人員，渠等薪資20,600,
965 元否准認列。⑵專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本列報93,024,267元，其中21,268,000元係屬生產設備之模具，非屬專供研究發展單位研究用全新儀器設備否准認列。⑶專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用列報34,175,886元，係屬委外測試之費用，非屬本項適用範圍，且受託測試單位亦未符合前揭審查要點規定否准認列，乃核定研究與發展支出418,946,396 元及可抵減稅額157,318,690 元。原告不服，申經被告復查決定略以，經就原告提示之帳證及相關資料查核，⑴專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用列報34,175,886元，係屬委外測試之費用，其受託測試單位未符合首揭審查要點規定，復查時雖主張轉列至「供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」項下，惟亦非屬該項適用範圍，原查否准認列並無不合。⑵其89年度核定研究與發展支出227,304,516 元未申請復查確定在案，90年度核定研究與發展支出263,967,033 元尚在行政救濟中，重行核算可抵減稅額159,322,561 元。綜上，原核定研究與發展支出418,946,396 元並無不合，應予維持；惟原核定可抵減稅額157,466,198 元應予追認1,856,363 元，變更核定159,322,561元。
⒊原告主張91年度因委外認證及測試研發樣品通訊功能、輻
射、高空壓力及耐熱度等費用34,175,886元，係為使研發產品達到可使用狀態所必須，請准核實認列，復查決定否准原告委外測試費用之認列，與信賴保護原則及稅捐稽徵法第1 條之1 規定亦有未合等語。
⒋惟查，本件原告91年度營利事業所得稅結算申報，原於「
專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用」項下，列報委外認證及測試研發樣品通訊功能、輻射、高空壓力及耐熱度等費用34,175,
886 元，嗣主張轉列至「供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」項下( 見本院卷2 第55頁筆錄) 。惟依研發抵減辦法第2 條第1 項之規定，前者依文義解釋係購買或使用第三者之專利權、著作權或專用技術，供原告研究發展之用，後者係指購買或自行產製之消耗性器材、原材料及樣品三項供研究之用，而原告係委託他人測試所支出之費用，性質顯不相同，自不符合各該規定。
被告否准認列，並無違誤。
⒌原告雖主張依行為時投資抵減辦法審查要點項目「壹、研
究與發展支出」之認定原則第5 點規定「研究新產品階段中為符合國外相關單位之認證要求所支出之測試費用，得核實認定適用投資抵減；……。」，並未限定受託測試單位之範圍，93年審查要點「壹、研究與發展支出」認定原則第五點始增訂：「……公司委託他人進行本項測試者，受託測試單位應符合本辦法第二條第一項第七款、第八款或第九款規定。」，其內容是否在解釋促進產業升級條例第6 條第2 項規定或屬財政部職權發布之命令已有疑義，且前開93年審查要點規定亦非納稅義務人於事前所得預見，是依法律不溯及既往之法理，系爭93年審查要點規定亦不得溯及適用於以前年度之案件云云。惟查，系爭委託他人測試所支出之費用與「供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用」性質顯不相同，被告否准認列，並無違誤，已如前述，是系爭費用之測試單位是否符合93年審查要點之限制，已毋須再予審核，故原告以解釋函令之效力、信賴保護原則之適用及租稅法律主義、法律保留原則所為之各項主張，均無論究之必要。
六、綜上，被告對於原告91年營利事業所得稅，關於免稅所得部分之計算，其中屬於3 增部分因逕依違反授權命令及法律保留原則之財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452718號函釋所規定研發支出比計算式核定免稅所得，及對於2 增、3 增免稅產品Smart phone 之免稅所得額之計算未依免稅所得計算要點第20點之規定，逐一計算，而有違誤( 但有關模具應否計入免稅所得計算公式所使用之「機器設備比率」之分母項下一節，原告之主張則屬無據) ；訴願決定就此部分，未予糾正，即有未合，原告就此指摘訴願決定及原處分關於此部分之認定違誤，自屬有據；至其餘研發支出及抵減部分，原處分及訴願決定均無不合。從而原告訴請撤銷訴願決定及原處分（即復查決定不利於原告部分），關於否准原告免稅所得額認列部分，為有理由，應予准許；其餘部分則無理由，應予駁回。本件應由被告依本院見解，重新核算，原告並應盡其協力義務提供資料以供被告審核各項計算式之因素，併此敘明。
七、本件事證已臻明確，兩造其餘主張陳述，於判決結果不生影響，無庸一一論列，併予敘明。
據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，爰依行政訴訟法第104 條、民事訴訟法第79條，判決如主文。
中 華 民 國 99 年 11 月 18 日
臺北高等行政法院第七庭
審判長法 官 帥 嘉 寶
法 官 陳 心 弘法 官 林 惠 瑜上為正本係照原本做成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書(須按他造人數附繕本)。
中 華 民 國 99 年 11 月 22 日
書記官 劉 道 文