臺北高等行政法院判決
98年度訴字第1278號98年11月5日辯論終結原 告 統一綜合證券股份有限公司代 表 人 甲○○（董事長）訴訟代理人 袁金蘭 會計師（兼送達代收人）
林瑞彬 律師被 告 財政部臺北市國稅局代 表 人 乙○○（局長）住同上訴訟代理人 丙○○上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國98年4 月29日台財訴字第09800145670 號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告民國（下同）89年度營利事業所得稅結算申報，列報停徵之證券、期貨交易損失新台幣（下同）224,621,528 元，被告初查以原告㈠列報職工福利28,286,633元，應稅業務職工福利可列支限額為10,102,705元，將超限之職工福利18,183,927元（誤植，正確應為18 ,183,928 元）歸屬出售有價證券免稅業務部分之費用，轉至有價證券出售收入項下認列。㈡計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元。㈢發行認購權證權利金收入429, 595,720元，非屬證券交易所得，轉列應稅收入391,333,950 元（認購權證發行價款429,595,720 元－發行認購權證費用38,261,770元），併同其餘調整，核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,424元，應補稅額139,126,037 元；89年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，列報期初餘額497, 278,411元及分配股利總額所含之可扣抵稅額401,742,842 元，分別核定為473,399,971 元及385,835,805 元，應補稅額15,907,037元。原告對㈠89年度營利事業所得稅：出售有價證券應分攤職工福利18,183,928元、出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元、否准認購權證避險部位損失33 2,909,775元列為發行認購權證權利金收入之減項等部分，及㈡89年度股東可扣抵稅額帳戶：超額分配可扣抵稅額15,907,037元部分不服，申經復查結果，89年度營利事業所得稅部分未獲變更；89年度股東可扣抵稅額帳戶部分，追認分配股利總額所含之可扣抵稅額26,333元，追減超額分配可扣抵稅額26,333元。原告仍表不服，經提起訴願遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟。
二、原告訴稱：⑴被告否准原告將認購權證避險部位損失計332,909,775 元列為應稅權利金收入之減項：
原告於系爭年度所申報之證券交易所得，係包括發行認購權證權利金收入總額429,595,720 元減除相關費用38,261,770元後（發行權證間接歸屬營業費用1,123,313 元加上發行權證直接歸屬營業費用37,138,454元）之餘額391,333,950 元，經被告核定非屬證券交易所得而為應稅收入，卻未同時將原告發行認購權證損益中之避險部位損失332,909,775 元一併列為應稅收入之減項。原告於89年度營利事業所得稅結算申報簽證會計師查核報告書中已明白揭露：「該公司目前對於發行認購權證所收取之價款是否屬於證券交易所得或權利金收入尚有異議，且目前對其課稅之處理有修法之擬議，因此發行認購權證所產生之損益、買回認購權證處分損益，則暫依所得稅法第4 條之1 之規定，以視同證券交易所得停止課徵所得稅方式辦理，俟相關法令修正後，或該公司行政救濟判決確定後，再自行補正之。」，由此可知，因原告系爭年度申報時關於認購權證損益之課稅處理並不明確，故簽證會計師係採將發行認購權證損益（包括權利金收入、避險部位損益及相關營業費用）全數依所得稅法第4 條之1 規定辦理申報。被告僅將原告之權利金收入429,595,720 元及89年度發行認購權證發行費用38,261,770元調整為應稅項目，卻未將原告發行認購權證損益中之避險部位損失332,909,775元（分別包括認購權證避險損益205,674,075 元、以及權證再買回損失127,235,700 元），依照收入成本配合原則一併轉列為應稅收入之減項，顯有下列諸多與法理不合之處，茲析述如下：
①避險交易並非證券交易損失，被告之核定忽略認購權證交
易之經濟實質及量能課稅原則，並就原告權利義務相關聯事項割裂為不同認定，顯違反司法院釋字第420 號解釋之實質課稅原則及釋字第385 號解釋之權利義務不得割裂適用之原則。司法院釋字第420 號解釋之「實質課稅原則」，近年來常為稅捐稽徵機關及行政法院於稅務行政救濟案件中所引用，以防納稅義務人利用法律條文之解釋空間，而任意規避其依法應履行之納稅義務。所謂「實質課稅原則」，即課稅與否之認定，如發生形式上存在之事實與事實上存在之事實不同時，租稅之課徵基礎應基於事實上存在之事實，以免納稅義務人濫用私法上之法律形成自由規避租稅。故「實質課稅原則」亦可解為，既租稅之課徵基礎應基於事實上存在之事實，於發生形式上存在之事實與事實上存在之事實不同時，稅捐稽徵機關自不應侷限於形式上存在之事實去判斷納稅義務人是否有納稅義務，而應先行查明事實上存在之事實為何，再決定是否納稅義務人確實有應課予納稅義務之情事。因此，如在必須經由兩個法律上之行為才可被認定屬一個經濟上之行為時，自應將該兩個法律行為結合觀察，才可能獲得稅捐課徵之正確性。揆諸本件原告於發行認購權證後依法進行避險交易而所為之標的股票買賣，其與原告僅單純為賺取證券交易之價差而所為之有價證券買賣，其交易目的、持有期間、是否得自由買賣、有無特殊限制....等，均有所不同，故避險交易顯非一個「獨立經濟目的之行為」，而係附屬於為賺取認購權證之權利金或為符合認購權證發行之事前承諾而必須進行之措施。被告枉顧認購權證依法所必須進行之避險交易之實質，僅一再拘泥於該避險措施之形式為證券交易，顯違反釋字第420 號解釋所表彰之「實質課稅原則」。再者，被告就同一認購權證交易有關聯之權利義務相關事項為不同認定，於原告發行認購權證時，認為其取得之權利金為營利事業所得稅之課稅範圍（即應稅收入），但自其發行後之標的股票買賣，均為證券交易所得，故其損失不得於應稅權利金項下扣除以併計損益課稅，原告一個完整之交易行為，被告卻予以割裂適用，顯然違反司法院釋字第385 號解釋「然課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所訂之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用」之意涵。
②被告認定認購權證避險損失究屬應稅或免稅項下損失之方
式顯與其他成本費用項目不一致，且所得稅應對「所得」課稅，如被告未將發行認購權證之相關成本費用自認購權證收入中扣除，而就收入毛額課稅，顯不符實質課稅原則：
1.被告認定各項成本或費用應歸屬於應稅或免稅收入項下減除，均應以該成本費用項目係為何項業務而發生，亦即該成本費用係與何項收入之產生具有直接關係而定。營利事業所有成本費用項目各應歸屬於應稅亦或免稅收入項下減除均係依該等認定方式為之，而不以發生該成本費用本身之行為外觀作為判斷，如此方符合一般公認會計原則之收入與成本配合原則，並達到量能課稅之目的。對於權證發行人從事避險而產生損失，當然亦應以與其他成本費用項目相同之認定方式，以辨認其究屬應稅或免稅收入項下之成本費用。避險操作既為證券主管機關強制以法令要求權證發行人所從事之行為，當然應屬發行權證所收取權利金收入項下得減除之成本，而不應以避險操作行為本身是否為買賣有價證券作為判斷準據，被告對於權證發行人從事避險行為所發生之損失，與其他成本費用項目歸屬予應免稅項下之判斷方式顯不一致，使原告應稅權利金收入直接且大部分之成本（避險產生之損失）未於權利金收入項下減除，實有矛盾及違誤。
2.依所得稅法第24條第1 項規定，營利事業所得稅係針對所得額課稅而非收入課稅其義甚明，而也唯有針對所得額課稅方能真正達到量能課稅之目的。雖目前證券交易所得停徵，同法第4 條之1 之規定明確區分應課稅部分之所得，亦為前述「成本收入配合原則」之體現。原告發行認購權證之收入係屬應稅收入業已由財政部發布函令規定，則依所得稅法第4 條之1 意旨及精神，應准營利事業將產生該發行認購權證收入之相關成本費用於發行收入項下減除，以發行淨所得課徵營利事業所得稅。原告為發行認購權證而依循證交所強制規定進行避險交易而買賣有價證券之損益，與原告以獲利為目的之有價證券投資行為完全不同，前者須受諸多限制而非得自行買賣，然被告之核定顯違反所得稅法第24條及量能課稅原則，亦幾等於將認購權證權利金所得稅之課徵方式扭曲為以交易毛額課稅之方式（即縱使原告因避險操作而使其權利金收入全數賠光仍要就權利金收入之大多數金額繳納所得稅），則原告本年度發行認購權證實際獲利
58 ,424,175 元，惟被告之復查決定否准減除避險損失
33 2,909,775元，致權證淨利為391,333,950 元，租稅負擔為97,833,488元，為權證實質所得之167.45% 之租稅負擔，顯嚴重違反比例原則，被告此等破壞所得稅制度及精神之核定方式，顯不當加重原告之所得稅負。
③所得稅法第4 條之1 後段須在符合收入成本配合原則之要
件下才可適用。所得稅法第4 條之1 後段「證券交易損失亦不得自所得額中減除」，係基於同條前段「自中華民國79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所得稅」之規定而存在，故該條規定顯屬「收入成本配合原則」概念之具體化。換言之，就法律形式上為「證券交易損失」要適用所得稅法第4 條之1 後段，自必須在不予認列損失將能達到「收入成本配合原則」之功能，才可能符合該條之立法目的。揆諸前述，系爭避險措施所造成之具有「證券交易」外觀之損失，非常明確的可以認定係原告為獲取「應稅」之「認購權證發行權利金」所不可或缺之成本，甚至不能認為該避險措施為一具有獨立經濟目的之行為，因此「收入成本配合原則」如不能在此處適用，絕對與租稅公平原則及所得稅法第4 條之1 之目的解釋不符，造成錯誤適用所得稅法第4條 之1 之結果。
④所得稅法第24條之2 已於96年7 月11日公布施行，明定權
證發行人避險損失得於權利金收入項下減除以計算損益課稅，顯見財政部亦認其86年12月11日台財稅第0000 00000號函不符收入成本配合原則，方增訂該法條，足證權證發行權利金收入與避險損益間有收入成本配合原則之適用，原核定顯有應適用而未適用所得稅法第24條收入成本配合原則之違誤：
1.86年5 月31日財政部證券暨期貨管理委員會（現行政院金融監督管理委員會證券期貨局）核准國內券商發行認購（售）權證，財政部為因應此一金融商品出現，即分別於同年7 月31日發布台財稅第000000000 號「認購權證及其標的股票之交易所得停徵所得稅」及12月1 日台財稅第000000000 號函「認購權證發行人取得發行價款何時認列損益釋疑」解釋函令。惟稽徵實務適用該兩函釋，核定發行權證之券商所得稅結果，其因發行權證交易須負擔之實質稅負竟逾其實質所得，是以權證課稅爭議聲浪不斷。財政部及立法院亦知該等稅負違反收入成本費用配合原則，因此前揭所得稅法就認購權證課稅事宜修法，顯為確認本項課稅有所得稅法第24條第1 項之收入成本配合原則之適用，非給予租稅減免之創設性立法。經主管機關數次研擬所得稅法修正案後，行政院在96年提案增訂所得稅法第24條之2 第1 項本文規定承認應作為費用扣除：「經目的事業主管機關核准發行認購（售）權證者，發行人發行認購（售）權證，於該權證發行日至到期日期間，基於風險管理而買賣經目的事業主管機關核可之有價證券及衍生性金融商品之交易所得或損失，應併計發行認購（售）權證之損益課稅，不適用第4 條之1 及第4 條之2 規定。」明確表達修法前不讓權證交易之相關避險損失及相關成本費用併計權證發行損益課稅之函釋係錯誤見解。並於96年6 月15日經立法院通過並於7 月11日施行。
2.蓋基於租稅公平正義的基本要求，若仍維持一種已變更的法律，尤其是確認錯誤而變更之法律，是不符合司法正義原則。由此出發則應慎重考量於未確定之案件上，對於明顯係因行政機關就過去因其錯誤援引或解讀法律所滋生爭議而為之，顯非給予納稅義務人租稅優惠之，即使法未明文得追溯，只要法未明文禁止或標明係適用於何年月起之事件，則基於正義之本質，折衝於法之安定性考量，則應讓尚未確定之案件，得以援引。即使無法直接適用，亦應得以法理方式引用；且租稅法定主義賦予給立法者租稅立法形成自由，但並非絕對之自由，則當租稅立法是驟然改變稅捐課徵之情形，形成有利納稅義務人之結果時，即要非創設一個新的租稅優惠規定，而是立法機關為求杜絕爭議，以立法之方式矯正之前行政機關對於法律之錯誤解釋。於本件中即為立法者要求稅務機關對於營利事業發行認購權證相關避險損失併計發行損益課稅之行為正確認定，係屬依實質課稅原則對同一營利行為正確計算淨所得額之立法矯正作為，即此之認定絕非屬廣義行政行為（包括行政機關解釋法律及立法機關制定法律）之裁量自由範疇，因此所得稅法增訂之第24條之2 係確認性之立法，而非創設新租稅規定，故中央法規標準法第13條所規定之法律不溯及既往原則，於本件中應無適用。又依本條立法體系位於所得稅法第24條客觀淨額所得原則之後，顯係補充上述原則之立法，故權證發行者相關之避險交易損失實應優先適用所得稅法第24條規定，而排除所得稅法第4 條之1規定之適用，乃係符合稅法精神的當然解釋之論據獲得立法確認。故雖然立法院在增修上述條文時，並未規定得追溯既往，但該立法原則所表彰之淨額所得課稅之法理，仍應有其適用。
⑤退萬步言之，縱認上述之避險部位損失因其具備證券交易
損失之外觀形式而不得作為應稅權利金收入之減項，被告依85年函釋之方式將原告所列直接歸屬與間接分攤至發行認購權證業務之營業費用，依照收入成本配合原則，應列為應稅權利金收入之減項：
承上所述，由於原告系爭年度申報時關於認購權證損益之課稅處理並不明確，故簽證會計師係採將發行認購權證損益全數依所得稅法第4 條之1 之規定辦理申報，而將原告與發行認購權證有關之直接歸屬與間接分攤之營業費用均併入自營部門之營業費用申報；惟因原告之認購權證業務均係由獨立之金融商品部門處理，故與此業務相關之營業費用均可清楚計算（詳參調整後部門別營業費用分攤表）。故若依原核定，發行認購權證之權利金收入應作為應稅收入，則依85年函釋得分攤至應稅收入項下之營業費用即應依收入成本配合原則轉為應稅權利金收入之減項方為合理，否則不啻為認定原告於發行認購權證以賺取權利金收入之行為中，除發行認購權證之直接發行費用外完全無任何相對應之成本。原告既為綜合證券商，於申報營利事業所得稅時自得依前85年函釋：「依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得向下減除。為其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。」。原告已依員工人數分攤行政部門費用，建議金融商品部門相關費用為一致之處理亦以員工人數為分攤基礎，將直接歸屬及間接分攤至發行認購權證業務之營業費用清楚列示，得自應稅收入項下減除。然被告於復查決定逕以自創公式以自營部門應免稅收入比，另行核算原告得分攤至發行認購權證業務之營業費用177,803 元，顯非合理，自應於法無據。
⑵核定原告之利息支出應另分攤至證券交易所得項下：
有關證券交易所得計算應歸屬之利息支出分攤原則，亦見諸於財政部85年8 月9 日台財稅第000000000 號函釋，故該85年函釋若以層次區分，「將可明確歸屬之利息支出個別歸屬認列」為第一層判斷之層次，接下來在第二層次，方就無法明確歸屬之利息支出，尋找一個進一步判定是否應加以分攤之規範或標準；而在此階段中，「比較利息收支金額大小」係判斷「是否應進一步就不可明確歸屬利息支出加以分攤」之標準。也就是說，「利息收入與支出兩者大小之比較」與「利息支出是否屬可明確歸屬」本屬不同之兩事，豈有將該二件混淆，逕認應相比較之利息收支亦應以不可明確歸屬者為限。更有甚者，被告於決定是否應就不可明確歸屬利息支出加以分攤時，既認定用以相比較之利息收入與利息支出亦應以不可歸屬者為限，而被告於實際核定時，竟將「非營業」之利息收支視同於「無法明確歸屬」之利息收支並錯誤的以此相互比較，則「非營業」之利息收入與支出又與「不可明確歸屬」者何干，被告把全然不同之二事，混同為一，實為錯謬之核定。故被告該等認定並無任何邏輯可言，已與財政部85年函釋明文相違，析述如下：
①利息支出是否可歸屬於某項利息收入與該利息支出是否置
於營業內或營業外並無關聯，被告未本於職權調查某項利息支出是否可歸屬於某項利息收入且未提出任何區分標準與理由，逕認營業內利息收支均為可明確歸屬者，餘皆為無法明確歸屬，此二分法顯與事實情況不合且有違85年函釋及行政程序法第36條之職權調查原則：
1.被告認定利息支出「歸屬」之定義，顯然以納稅義務人之利息支出與利息收入是否同屬一部門抑或是否同屬「營業內」之收支項目而定，而與「歸屬」之意義截然不同。舉凡某項收入之產生，必有一項或多項成本之投入，若某項成本投入可以明確辨認專屬用於產生某項收入，則為財政部85年函釋所稱該支出得「明確歸屬」之意義；意即某項成本投入的用途，係專屬用於產生某項收入。本件中利息收入與支出，本是資金運用所發生之收入與成本，某筆資金之利息支出是否可明確歸屬用於產生某筆利息收入，也當是以該筆資金投入是否專屬用於產生某筆利息收入而定。而系爭85年函釋之意旨，如被告所言係欲對應稅部分所得及免稅部分所得進行正確之區分，以避免使免稅部分之成本費用被列於應稅收入項下減除，而造成租稅不公之結果，亦即應稅部分之成本費用應列於應稅收入項下減除，以正確計算應稅所得額；而免稅部分之成本費用應列於免稅收入項下減除，以正確計算免稅所得額，故所謂「歸屬」係指將成本費用應列於應稅部份與免稅部分進行辨認歸類。而在所有證券商及本件原告之全部利息收入皆為應稅，而在稅法上完全沒有所謂免稅之利息收入下，將利息收入區分何部分屬應稅、何部分屬免稅即無實益，所以利息收入也根本沒有在應免稅業務下歸屬的問題。
2.營利事業所得稅有關應如何將利息支出歸屬或分攤至應免稅業務收入項下，雖各函釋規範之具體情況不盡相同，惟其所謂「歸屬」之意義應均相同，應皆係指其歸屬於應稅部分或免稅部分，而非營業內部分與營業外部分，因此，被告之核定直接認定營業內之利息支出即等同可明確歸屬之利息支出，而營業外之利息支出即為不可明確歸屬之利息支出，顯然誤解「歸屬」之定義並與財政部85年函釋規定不合。申言之，原告帳載利息收支所區分之「營業與非營業利息收支」係依該利息收支發生之部門別而區分，而所謂「可直接歸屬及不可直接歸屬」依前述則是指某項利息支出是否得直接認定屬於某項應稅或免稅收入之資金成本，相較兩者之概念，並非同義，亦即營業內之利息收支，不一定等同於可直接歸屬於應稅或免稅之收支，此係由於公司之資金運用及調度，通常係以全公司整體為之，即就全公司剩餘資金或總資金缺口進行運用及調度，而不會由各部門自行調度，方能較有效率並降低成本，因此在以全公司為整體運用調度資金之情形下，發生營業內利息支出之該筆資金，未必係投入而用以產生營業內之利息收入，而部分之營業外利息支出往往也是為某些營業收入而發生，只是分類上未將其列為營業內而已。被告之核定係以原告之非營業收入與非營業支出相比較後，以其非營業利息支出大於非營業利息收入之差額計算原告應分攤利息支出數，無異認定營業內利息支出等同於可直接歸屬之利息支出，而認定非營業利息支出等同於不可直接歸屬之利息支出，此認定顯與原告資金調度使用之事實不符並顯然有邏輯上之謬誤。蓋營業內或營業外之利息支出，僅代表其是否因原告等證券商例行業務行為所產生且便於財務報表之閱讀，並不表示該等利息支出可被明確歸屬辨認專為產生某項收入而發生；且營利事業為求資金效用極大化及成本極小化，通常係以公司整體角度來運用調度資金－即將例行營業活動與非例行活動之資金混同調度運用，此本為企業經營之常態，如何能謂報表分類上「營業內之利息收支」即為「可明確歸屬之利息收支」，而「營業外收支」即為「不可明確歸屬者」，且如依被告對證券商利息支出核定之邏輯，即認定「營業內」即等於「可明確歸屬」之方式為正確，則營利事業出售有價證券所應分攤除利息支出外之費用，是否亦應以「營業外」之項目為限，則原告之「營業費用」既全屬「營業內之費用」，自當全為「可明確歸屬之費用」，則85年函釋又何須規定出售有價證券須就「營業內費用」（即薪資、租金等各項營業費用）進行分攤，由此可知，被告逕以「營業內」及「營業外」利息收支，認定為「可明確歸屬」及「不可明確歸屬」之利息收支，而未如同營業費用一般，查明其歸屬及分攤之狀況後加以認定，其違誤情形至灼。
②被告所稱利息收入支出之歸屬標準，顯係將非屬稅法規定
之證券商財報編製準則中「業務分類」概念，任意套用並曲解為稅法上「歸屬」之定義，顯錯誤適用現行法規範，並為便宜行政而任意類比適用之舉：
1.原告係屬證券業，其財務報表乃依據「證券商財務報告編製準則」所編製；該編製準則第17條為規範證券業應列入營業內與營業外收支的項目；綜觀該條規定之意涵，營業內外收支乃是以證券業「部門業務範圍」為基準，其所列示屬於營業內範圍之收支項目，均為證券業正常部門業務範圍內所產生者，非個別部門業務範圍者則屬於營業外範圍；例如前揭編製準則第17條第1 項第9款有關利息收入之規定『利息收入：辦理融資融券業務、買賣債券、及其他「與營業有關」之利息收入』，因此若非證券各部門營業所產生之利息收入，例如銀行存款或交割結算基金所產生之利息收入，則屬於營業外收入之範圍。由此可知，原告營業內外之區分，乃是以營業範圍為規範基準，而非以支出是否可明確歸屬收入為劃分依據，即絕無屬營業內之利息收入屬可明確歸屬；非營業內之利息收入即屬不可明確歸屬之觀念。既稅法基於實質課稅原則而要求利息支出須直接歸屬或適切的分攤至應免稅收入，以正確計算應免稅所得並據以課稅，而前揭財政部85年函釋係具體對綜合證券商之情形所為之規定，其意旨本在觀察綜合證券商資金運用之狀態，而由其依據實際資金運用狀態就每一利息支出（即資金之成本）加以歸屬及分攤，因此由前述可知本件利息支出之直接歸屬，應指利息支出如何直接歸屬或分攤至應稅及免稅收入下減除，與利息支出或利息收入係分類於何部門無涉。被告以營業內與營業外之區分解釋85年函釋「明確歸屬」之涵義，其誤解顯而易見，又何能以該錯誤之理解對原告之應納稅捐正確核課，且按被告向來對營利事業之核定方式，均認定利息收支必需能逐筆歸屬配對方符合明確歸屬之定義，則原告在資金運用為全公司整體調度之前提下，本件原告所有的利息支出皆為無法逐筆歸屬認定，是以全部利息支出皆為無法直接歸屬；再則，公司資金調度皆以全公司整體而為考慮及調度操作，以致除極少數特定情形（例如專案借款情況）外，並非一筆資金專用以從事某項活動或產生某項收入，反而是一筆資金同時對多項收入或活動均有貢獻，而並無法單獨歸屬至各利息支出之用途；惟針對少數可明確辨認資金用途之利息支出，仍應先予以歸屬認定，因其非屬不可明確歸屬之支出，則不予併入利息收入比較，以避免違背租稅公平原則，故可明確歸屬於應稅及免稅業務之利息支出均應予以扣除不納入比較。
2.至於本件原告之利息支出因皆為公司整體資金調度所生，而並無單為免稅證券交易業務而發生借款或調度資金之行為，因此就直接歸屬之定義及原告利息收支發生之實質，歸結原告之利息收入與利息支出全數皆為不可直接歸屬者，而全部利息收入亦大於全部之利息支出，依財政部85年函釋之規定，原告無須分攤利息支出至證券交易所得項下。前揭編製準則第17條之規定僅係指導證券商應如何對於損益表之收入費用科目進行分類，以利相關機構及投資大眾閱讀並了解其財務報表，但該分類規定並非稅務機關所訂定，亦非規範證券商成本費用科目應如何於應稅與免稅下進行歸屬及分攤之法令，被告借用此等法令之概念是否得當即大有爭議，故被告之實務作法顯已連續多年將所有券商之利息支出進行不合法之分攤，降低利息費用可被抵減之金額，高列券商之所得使其溢繳稅款；被告於實質上係錯誤適用與稅法無關之財務報表規範，將非屬稅法規定之證券商財報編製準則中「業務分類」概念任意套用並曲解為稅法上之「歸屬」定義，顯為便宜行政而任意類比適用之舉，自屬錯誤適用85年函釋，並有不應適用前揭編製準則而誤用之違法。
③被告主張將應稅之利息收入區分為可直接歸屬及不可直接
歸屬，顯違反85年函釋及所得稅法第4 條之1 ，自無可採：
1.前揭85年函釋中未明文定義利息收入，蓋我國係採用成文法制度之國家，自應以法律命令之明文規定作為遵循之依據，而財政部發布解釋函令之目的本即為了解釋稅法上定義模糊不清之處，而予以詳細說明解釋以使納稅義務人有明文得以遵循，其目的絕非要另行創造另外之模糊規定，再產生其他「待解釋」之法律問題，故納稅義務人理應無須再對稅法解釋函令之文義解釋另為文字推敲，並自行以自身之邏輯再予判斷財政部解釋函令之背後意旨；故既然85年函釋已明定：「利息支出部分....：無法可明確歸屬者..」，已為相當明確之法令解釋，該函釋僅將無法可明確歸屬者限於利息支出部分，即再無要求納稅義務人對此明文解釋再另行揣測推敲其背後意旨，而知悉無法可明確歸屬者竟擴大適用於利息收入部分之理。遍查行為時法令，即便是現行法令皆未有明文要求納稅義務人對於「利息收入」應歸屬與否加以區分，被告自無區分之必要，謹先敘明。
2.詳言之，細究財政部85年函釋之真正意旨，其係因所得稅法第4 條之1 之規定，而特別針對綜合證券商暨票券金融公司發布利息支出應如何歸屬及分攤計算至應稅及免稅收入項下之準則，然究其上開函釋僅規定利息支出須區分可否明確歸屬，並未有利息收入亦應區分為可明確歸屬及不可明確歸屬兩部分之規定，依所得稅法第24條第1 項所規定之成本收益配合原則，係指計算所得額時，相關成本應配合歸屬至其產生之某項收入項下，由此可知，所謂應如何「歸屬」之判斷，應僅適用於成本損費，而無適用於收入之理，是財政部85年函釋中僅利息支出有分攤問題，而利息收入無分攤問題加以印證。而利息收入均屬應稅，依稅法及85年函釋規定本無分攤問題，因此並無區分可或不可直接歸屬之必要，唯有利息支出方有得否直接歸屬及分攤問題，且85年函釋對利息支出之分攤之所以不以同函釋對其他成本費用之分攤方式，其意義在於當利息收入大於利息支出之情況下，納稅義務人有淨利息所得既需負擔所得稅，而利息支出於扣除可個別辨認歸屬於免稅業務之部分後，仍小於利息收入，則可推論原告賺取免稅證券交易所得係以自有資金為獲取利息收入之基礎，而即無須再將利息支出分攤至證券交易所得項下。因此，該函釋之「利息收入大於利息支出」應係就全部之利息收入與全部之利息支出（扣除可明確歸屬與應免稅業務之利息支出後）加以比較，才符合財政部為前開函釋之目的。換言之，原告所有利息收入既均屬應稅收入，若還要先減除可明確歸屬者，再予以比較實有失衡平（且利息收入本身本來即無歸屬與否問題），且依該函釋之字面及文義解釋，僅指明「利息支出無法明確歸屬者」，故既依財政部85年函釋係為填補「如何分攤不可直接歸屬之利息支出」之此一法律漏洞而為規定，自應本於稅法規定，僅就利息支出加以區分得否直接歸屬，不應自行擴張解釋全係應稅之利息收入亦要比照辦理，否則將衍生出利息收入全為可歸屬於應稅，而與利息支出有歸屬於應免稅不同，無法以同一基準判別其歸屬性之荒謬結果，此將違反所得稅法第4 條之1 及85年函釋之明文規定。
3.如上所陳，既然營業內外之區別無法等同於利息支出可否明確歸屬應稅或免稅收入之區別，被告若要指出某項利息支出可明確歸屬某項利息收入，必須進行實質調查，並提出區分之標準與理由。最高行政法院95年判字第
445 號判決認定該案被告應就原告綜合證券商資金之使用狀況盡職權調查之責，並發回鈞院審理，95年度訴更一字第44號係鈞院以最高行政法院廢棄理由為判決基礎之判決。上述二判決文中明確指出「按所得稅法第24條之成本收益配合原則，係指計算所得額時，相關成本應配合歸屬至其產生之某筆收入項下，所謂應如何歸屬之判斷，應僅適用於成本損費，而無適用於收入之道理，是以財政部85年度函釋所稱之利息收支差額，應指『無法明確歸屬之利息支出』大於『所有應合併課稅利息收入』之部分」。嗣後，被告雖針對鈞院95年度訴更一字第44號判決提起上訴，惟亦遭最高行政法院裁定駁回。
依上開判決對於證券商應如何適用財政部85年函釋以確定是否應分攤利息支出之見解，原告應稅之利息收入大於無法明確歸屬之利息支出，符合財政部85年函釋所稱之「利息收入大於利息支出，則全部利息支出得在課稅所得項下減除」之情況，被告自無自行擴張解釋利息收入亦應區分為可直接歸屬以及不可歸屬之餘地。是以被告未就事實加以調查，並依據調查結果提出區分某項利息支出是否可直接歸屬某項利息收入之理由，逕認原告營業內利息收支均為可明確歸屬者，餘皆為無法明確歸屬者，顯然與事實情況不合，並明顯違反行政程序法第36條所揭示之「職權調查」原則。故被告在沒有任何法令依據下，不應主張利息收入須區分為「可明確歸屬」與「不可明確歸屬」，混淆85年函釋依照層次區分之論理適用基礎；更不得將「無法直接歸屬」外延至「非營業」，逕以非營業利息收入與非營業利息支出相比較，此等主張揭係錯誤解釋85年函釋之明文意旨，自外於文義解釋之方式逕為對被告有利之認定，顯係無任何法令依據而自創公式。
⑶核定原告應多分攤職工福利18,183,928元至免稅之證券交易所得項下：
原告為一綜合證券商，乃從事證券之承銷、經紀及自營之業務，所謂「承銷」業務係以契約方式代銷或包銷發行公司所發行之尚未進入證券市場買賣的有價證券；「經紀」業務係經營有價證券買賣之居間委託；「自營」業務即有價證券專為自己買賣，不得代客買賣，且證券買賣的盈虧須自行負擔，「自營」部門或屬以買賣有價證券，產生免稅之證券交易所得為主要業務，然其他二部門則顯不屬之。而原告已將直接歸屬或間接分攤之營業費用正確歸類，於申報職工福利時已將直接可歸屬於自營部門及以合理方式分攤至自營部門負擔之職工福利，調整至證券交易所得項下（詳原告89年度申報時之營業費用分攤表），調整前、後所申報之職工福利金額均未逾營利事業所得稅查核準則第81條所規定之限額，因此被告之核定顯有違誤，析述如下：
①原核定有應適用而未適用財政部85年8 月9 日台財稅第000000000 號函釋之違法：
1.依所得稅法第4 條之1 之規定，為正確計算停徵之證券交易所得及應稅所得，應依相關規定歸屬並分攤各項營業費用至應稅及免稅業務下，否則將造成免稅所得相關之成本費用於應稅所得下減除，或是應稅所得應減除之成本費用移由免稅業務負擔而不得減除之不公平狀況，不論何種情況皆無法正確核計營利事業之稅負，與所得稅法第4 條之1 及量能課稅原則有違。而財政部83年2月8 日台財稅第000000000 號函規定，以買賣有價證券為專業之營利事業其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，餘應依收入比例分攤至有價證券出售收入項下。然而並非所有費用之發生均與收入之多寡呈正比之關係，尤其對於同時兼負證券或票券市場承銷、經紀及自營角色之金融業者，更係如此，其雖多有鉅額之證券收入，但因其行業特性，若逕依收入比例分攤應稅及免稅業務之成本費用，將使其應免稅所得計算產生偏誤，且與經濟實情顯相去甚遠。為求能合理計算應免稅收入項下之費用，財政部特別針對綜合證券商暨票券金融公司發布85年函釋，明訂「綜合證券商暨票券金融公司」於證券交易所得停止課徵所得稅期間從事有價證券買賣，其營業費用及利息支出之分攤原則，該85年函釋規定對於可明確屬於應稅或免稅所得之費用得依個別歸屬情況認列，而對於無法明確歸屬之費用，得依費用之性質以合理之分攤基礎分攤至應稅及免稅所得項下。此函釋係基於所得稅法第4 條之1 之規定而由財政部所作出之解釋，自應適用於綜合證券商尚未確定之案件。前揭85年函釋係針對以有價證券買賣為專業之綜合證券商及票券金融公司，應如何計算有價證券出售部分應分攤之營業費用及利息支出，自有價證券出售收入項下減除，以認定證券交易之所得所為之補充核釋，立意在避免財政部83年函釋未慮及綜合證券商及票券金融公司基於行業特性，如適用與一般營利事業相同之分攤計算公式將致偏誤所因此而為之特別規定，以平該等業者之疵議，是以該等函釋適用對象僅係以有價證券買賣為專業之綜合證券商及票券金融公司，且顯係分立而不得混同。
2.原告係屬證券交易法第15條規定之綜合證券商，於申報營利事業所得稅時自得依前開函令辦理，就不可明確歸屬之營業費用以合理而有系統之方式分攤至出售有價證券項下。而財政部85年函釋既已賦予綜合證券商得以合理有系統之基礎及方式分攤營業費用至應免稅業務下之權利，自是肯認此種方式方能切近實情的衡量應稅業務及免稅業務之所得；惟被告並未對原告所提出之職工福利費用之真正可明確歸屬於應稅及免稅部門之計算方式提出質疑，即逕行否定原告依法申報之費用數，卻另以一未見諸法令規定之核定方式「分別就應稅及免稅業務收入計算職工福利限額」核定原告，顯失公平，由於該等限額之計算均係以收入金額為基礎，而營利事業本可以少數資金透過多次反覆買賣有價證券之行為而形成大額之買賣有價證券收入，但應稅業務之收入卻無法以此方式達成，據此，買賣有價證券之免稅收入與應稅業務收入相互間之比重，其失衡之情形在證券業甚為明顯，原因為券商之自營部門必須自行進行有價證券投資，是以，被告分別就應稅及免稅業務設算職工福利限額之做法，其核定結果將使原告依前述財政部85年函釋以合理分攤基礎分攤營業費用之結果完全失去意義，其經濟實質無異於以83年函釋之收入比例分攤綜合證券商之營業費用，等於不准原告就職工福利適用財政部85年函釋，被告顯有應適用而未適用財政部85年函釋及稅捐稽徵法第1 條之1 不當之情形，復查及訴願決定卻仍強稱適用，其違誤至灼。
②被告之核定分別就原告應稅及免稅業務計算限額，顯違反行政程序法第6 條暨第8 條及所得稅法第81條之規定：
「凡在中華民國境內經營之營利事業，應依本法規定，課徵營利事業所得稅。」所得稅法第3 條第1 項訂有明文。
又「行政行為，非有正常理由，不得為差別待遇。」、「行政行為，應以誠實信用之方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。」行政程序法第6 條及第8 條亦定有明文。
被告核定原告申報營利事業所得稅時，認為應分別設算應稅及免稅部門之職工福利限額，並將超過應稅部門可列支限額部分之職工福利移由免稅部門核認。惟依據前揭查核準則第81條之明文，並未指出職工福利限額之計算須先區分應稅及免稅收入，再將應稅收入計算限額與申報數比較。詳言之，職工福利係按前揭查核準則第81條第2 款第1目至第3 目之規定，依其性質各自計算出各目可認列之職工福利上限，再將各目之上限金額相加，以其總額為該營利事業當年度職工福利之最高限額，只要營利事業申報之職工福利在不大於總限額情況下，則可一律核實認列，此一解讀及稽徵方式並非原告所空言，蓋觀諸主管機關所印製之申報書格式中之「所得稅法規定有列支限額之項目標準計算表」之表格格式即可證明，並透過歷年來稽徵機關對各營利事業職工福利費用之核定方式，廣為納稅義務人所知，因此被告未考量前揭職工福利之實務計算方式，逕針對證券業自創依應稅部門營業收入計算其職工福利總限額之方式，顯無任何法律依據；且若原告擬在「所得稅法規定有列支限額之項目標準計算表」中依應免稅比例就職工福利欄位進行申報，該等欄位亦無法供原告依被告核定方式進行填寫。而至於應如何將職工福利分攤至應稅及免稅業務項下，財政部85年函釋已明示而為規範，營利事業僅需依該函釋規定進行分攤即可合理的讓應稅及免稅業務負擔其應有之職工福利，是以，依稅法規定及主管機關所設計之申報書格式根本沒有使納稅義務人分別就應稅及免稅業務計算職工福利限額之可能存在，鈞院89年訴字第3297號及第3163號亦同此見解。此外，被告對其他非屬金融業之營利事業關於職工福利均採總費用及總限額之比較方法，而卻惟獨要求從事證券商業務之原告於申報該項費用時，應區分應稅、免稅業務，再以應稅及免稅業務收入分別核計限額並辨別超限與否，此一要求不僅與前揭查核準則第81條計算限額之規定明顯不同，更違反了被告於稽徵上的一致性及公平性，顯與憲法第7 條與行政程序法第6條所揭櫫之平等原則有違。
③職工福利之限額為必須以法律明定之事項，被告自訂分項
限額實違反司法院釋字第420 號解釋及中央法規標準法第
5 條：
1.依中央法規標準法第5 條之規定，關於人民之權利義務事項應以法律定之，而「租稅法定主義」是「法律保留」在稅法上的具體原則，依憲法第19條「租稅法定主義」的規定，舉凡應以法律明訂或法律未予規定之租稅項目，不得比照或類推適用其他法令之規定，或者另以命令做不同之規定，或甚至增列法律所無之限制，否則即屬違反租稅法定主義。「實質課稅原則」則是租稅法解釋原則的體現，即有關租稅構成要件事實之判斷及認定，應以其實質上經濟事實關係及所產生之實質經濟利益為準，而非以形式外觀為準，否則勢將造成鼓勵投機或規避稅法之適用，無以實現租稅公平之基本理念及要求，此即為「實質課稅原則」的具體內涵。再者，「實質課稅原則」引用的要件之一，則是要有「法律形成可能性」的「濫用」，如果沒有濫用法律形成可能性之情形時，行政機關就不可以恣意的就引用實質課稅原則來加以課稅，更不得據此來創設法律所未規定之限制。故司法院釋字第420 號解釋固然肯定實質課稅原則在稅法上之適用，但亦闡明實質課稅原則在適用上仍應嚴守租稅法律主義，亦即實質課稅原則之適用不得逾越法律規定，更不得增加法律所無之限制，否則即屬違法。
2.本件爭點所在之「費用限額」概念，係因針對營利事業經營業務所需之費用（如本案之職工福利）於實質上（財務帳證上）已確實發生，但如無限制認列，恐有稅源侵蝕之情形，而不得不在收入成本配合原則創設例外立法設定限額，故任何設立費用限額均絕無可能是實質課稅原則之體現（因設定費用限額即不可能符合有所得始應課稅之精神），而係必以法律規定之範疇，行政機關並無逾越法律規定範圍而自訂規範之餘地。換言之，如立法者認為所得稅法第4 條之1 及前揭查核準則第81條訂定後職工福利之限額應予限縮，自應立法明定之；財政部對此亦未推動修法，被告逕為與法律文意所無法獲得之解釋，顯破壞法律制度甚鉅。綜前說明，既於遍查關於職工福利之限額相關計算規定，即無論是營利事業所得稅查核準則第80條、財政部83年函釋及財政部85年函釋均未有就應稅及免稅業務須分別計算限額並分別比較規定之情況下，被告之核定顯有違反司法院釋字第42
0 號解釋及中央法規標準法第5 條「人民權利義務應以法律定之」之規定。
④被告之核定，顯有適用司法院釋字第218 號解釋錯誤之違法：
被告就本件所採核定方式，係屬一種推計課稅方式，惟推計課稅應有法律依據，其結果亦應能切合實際，以符合經驗法則。雖本件之職工福利之分攤係屬成本費用之分攤，但成本費用係計算所得額之一要件，其計算及分攤必然將影響納稅義務人之所得額，且其所採用之核定方式（無法逐筆明確歸屬之費用方法有分攤問題，故分攤方式當然為一推計課稅方式）。惟如上所述，推計課稅應符合下列二原則：
1.推計課稅應有法律根據：推計課稅固為國家課徵稅收時可採取之方法，但依司法院釋字第218 號解釋所揭櫫之原則，表明推計課稅應有法律依據，該解釋開宗明義揭示憲法第19條「人民依法律納稅之義務」之旨，並於理由書以解釋所得稅法第71條第1 項前段、第76條第1項 、第80條第1 項及第83條第1 項有推計課稅之法律依據，並載明或授權以推計核定所得額之方法，而認為聲請案件之推計課稅方法不違背憲法第19條之旨，並否認劉鐵錚大法官於不同意見書中主張之推計課稅與租稅法律主義有別之說法。司法院釋字第493 號解釋理由書亦明示：「營利事業成本費用及損失等計算涉及人民之租稅負擔，為貫徹憲法第19條之意旨，仍應由法律明確主管機明定為宜。」被告以推計課稅方式核定本案顯無法律之依據，故被告之核定明顯違法。
2.推計課稅結果應能切合實際，以符合經驗法則：依司法院釋字第218 號解釋：「..依推計核定方法，估計納稅義務人之所得額時，仍應本經驗法則，力求客觀、合理，使與納稅義務人之實際所得額相當，以維租稅公平原則。」。原告採用此推計課稅方式當然須恪遵司法院釋字218 號解釋之原則，即需依法律規定為之，並力求客觀合理以與實際所得相當。原告為一綜合證券商，包含證券之自營、承銷及經紀部門，就職工福利之性質而言，依證券商各部門之業務性質及經驗法則，承銷部門及經紀部門均係為客戶提供服務，自營業務主係自行操作買賣有價證券，因此承銷及經紀部門之員工人數較自營部門為多，該二部門所產生之職工福利亦必定超過自營部門。亦即員工人數較多之部門其應歸屬之職工福利費用亦應較多，是以被告應以員工人數作為區分依據實屬合理；然被告之核定情形，造成自營部門應負擔職工福利遠超過其依前述85年函釋實際歸屬及分攤之職工福利，絕不可能與事實情況相近，顯已將部分應稅業務項下之費用移轉至免稅業務項下，與所得稅法第4 條之1 意旨及所得稅法第24條之收入成本配合原則不符。
是故，被告之核定顯然不察事實及合理性，適用法規錯誤而致計算分攤結果嚴重背離各部門之業務情形，顯違背經驗法則、論理法則以及實質課稅原則，原告業於訴願理由書中詳述原核定之以上誤謬，惟訴願決定卻對此等違法及顯然不合理之經濟結果未予糾正，亦顯失率斷。
⑷綜上所述，原告89年營利事業所得稅申報，其「99停徵之證
券、期貨交易所得損失」應變更為-305,715,455元（原申報數-224,621,528元- 債券前手息依比例和解調減22,669,752元- 發行認購權證淨損益58,424,175元調整為應稅所得），是以「59課稅所得額」、「60應納稅額」及「65應補繳稅額」應分別變更為1,950,897,373 元、487,714,343 元及37,275,795元」。
⑸股東可扣抵稅額帳戶超額分配15,880,704元部分：
①股東可扣抵稅額係營利事業已繳納予國家，因而可帶予營
利事業股東之稅額，故只要稅款已繳納即應得予計入，與原告是否經由和解程序而放棄抵用全然無涉，否則將形成有繳稅但無法計入股東可扣抵稅額之情事，與此一制度設計之基本概念不符：
1.所得稅法第66條之1 及其立法理由為：「凡依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，..。」、「實施兩稅合一後，營利事業得分配其所繳納之營利事業所得稅予其股東或社員，..」。是以，所謂股東可扣抵稅額即為「營利事業已繳納，可分配予股東或社員之營利事業所得稅額」，原則上無論是現金繳納之稅款，暫繳或扣繳時繳納予國家之稅款，皆屬營利事業繳納予國家之稅款，皆應可計入股東可扣抵稅額帳戶中。即便營利事業因故放棄其已扣繳稅款用以抵繳其應納營利事業所得稅之權利，然國家之前確實已收到扣繳稅款，亦即營利事業已繳納扣繳稅款予國家乃為不爭之事實，依此條規定及兩稅合一下股東可扣抵稅額制度之精神，自應予以計入股東可扣抵稅額帳戶中，否則，即會形成營利事業有繳稅，營利事業之股東確無法使用該等稅款抵減個人綜合所得稅，造成重複課稅之結果，完全違背兩稅合一制度下，營利事業藉由股東可扣抵稅額分配予股東以避免股利所得遭重複課稅之基本精神，合先敘明。
2.被告雖然主張依所得稅法第66條之3 規定，扣繳稅款應以「實際抵繳」應納稅額之數額計入股東可扣抵稅額帳戶，在一般情況下，扣繳稅款金額會等於實際抵繳金額，所以兩者會相等，然而本件原告因放棄實際抵繳稅款之權利而使實際抵繳數低於扣繳稅款金額，但不代表國家可因此在實收扣繳稅款後，卻不給營利事業之股東抵稅權，此等作法明顯不符兩稅合一之基本精神。又稽徵機關如將本件爭議，透由追溯調整納稅義務人以往各該年度之股東可扣抵稅額帳戶加以平衡，卻未慮及此等扣繳稅款乃係國家早已收現之稅捐收入，即便營利事業將之計入股東可扣抵稅額帳戶甚或加以分配，皆屬營利事業於繳稅後方分配稅款之情形，並無所謂超額分配，然而被告卻強徵所謂「超額」分配之稅額，明顯屬誤認事實而作出錯誤之行政處分。況依據最高行政法院91年度判字第1482號判決對於前手息之判決：「本於租稅法律主義之精神，扣繳稅款既為公法上明定納稅義務人之租稅抵稅權，除法律別有規定外，自不得以實質課稅為由，否准納稅義務人抵繳應納稅額。」，依判決意旨，認為納稅義務人得就前手持有債券期間產生之扣繳稅款據以抵繳其全部應納稅額，並非只有部分可以抵減，但原告等諸多金融業者為避免資金積壓於應退稅款，且尊重稅務機關要求一致性處理之政策，方同意以和解放棄部分稅款之方式解決前手息爭議。而被告後續與納稅義務人協談時，雙方同意以各業別之資金成本，分別以前手息扣繳稅款之80% 、65% 、及60% 據以抵減其應納稅額，其餘20% 、35% 、及40% 納稅義務人放棄抵減應納稅額，被告亦同意就債券前手息相關議題不再追究，足證原告於分配年度所計入之扣繳稅款並無違反法令而須剔除之理。另判決理由中亦陳明，扣繳稅款本為原告得以享有之抵稅權利，不容否認，同理，股東可扣抵稅額應為營利事業股東可享有之抵稅權利，亦不得由被告自創規範而否准營利事業分配予股東，然被告卻在法無明文下，自行認定部分已扣繳稅款之抵稅權利應予保留而不准分配股東可扣抵稅額予股東，自亦與租稅法律主義不符。
②遍查我國所得稅法第3 章第5 節股東可扣抵稅額帳戶與財
政部之函令之規定，皆無明文規定納稅義務人與稅捐稽徵機關進行協議和解時，導致變更之應納稅額，應於何時計入或減除股東可扣抵稅額帳戶餘額。惟就租稅安定性而言，除有虛偽不實之事項外，應以核定通知書送達日為計入或減除時點，方為正辦：
1.本爭議起於債券前手息扣繳稅款於抵繳應納稅額時，若稅捐稽徵機關與納稅義務人以協議和解之方式，決定其得以抵繳之扣繳稅額，則納稅義務人同意放棄之扣繳稅額，應於何時自股東可扣抵稅額帳戶餘額減除，目前所得稅法並無明文規定，且財政部亦未有明確函釋處理此種情形，先予敘明。
2.前段納稅義務人同意放棄扣繳稅額，可能有下列二種情況，即㈠致使納稅義務人當年度之營利事業所得稅以扣繳稅款抵繳應納稅額之金額減少，而核定須補稅；㈡如當年暫繳稅款加扣繳稅款之金額高於該年度應納稅額超過和解放棄之稅額時，則無須補稅。而所得稅法第66條之3 及第66條之4 之規定意旨，係因稽徵機關核定納稅義務人各該年度之應納稅額皆晚於納稅義務人次年度之盈餘分配基準日，且一般而言多有2 年以上之時間差異（例如本件89年案件於94年才核定），惟就營利事業而言，該股東可扣抵稅額僅係導管，最終均將分配至個人投資人作為個人綜合所得稅之扣抵項目，是以如要求納稅義務人回溯調整各該應納稅額所屬年度，除非稽徵機關能於申報日起半年內核定前一年營利事業所得稅，尚有機會於開立股利憑單前更正調整，否則勢將影響已分配予其股東之可扣抵稅額，如其股東為個人，其須辦理更正綜合所得稅結算申報，如其股東為營利事業，其須更正其股東可扣抵稅額帳戶，並重新計算得分配予其股東之可扣抵稅額，影響層面過大並耗費稽徵成本，因此所得稅法明文規定於核定增加稅額或核定減少稅額之實際繳納稅款之日或退還稅款之日再予計入股東可扣抵稅額帳戶或自股東可扣抵稅額帳戶減除即可，無須回溯調整，是以如屬扣繳稅款之調整，除其調整之扣繳稅款為虛偽不實之事項外，應比照前項說明之處理，以使股東可扣抵稅額帳戶之計入時點與現行規定之法理一致，同時亦方能維護租稅之安定性。
③原告申報年度所計入股東可扣抵稅額帳戶抵扣之扣繳稅額
係合法取具扣繳憑單，無虛偽不實之情事，且法院並未否認該稅款抵扣之事實：
債券前手息之爭議至前述最高行政法院91年度判字第1482號判決撤銷原處分後，其他審級機關亦陸續撤銷原處分，依判決意旨，認為納稅義務人得就前手持有債券期間產生之扣繳稅款據以抵繳其應納稅額，並非只有部分可以抵減、部分不准抵減，係稽徵機關後續與納稅義務人協談時，雙方同意以各業別之資金成本，達成和解協議（原告所屬之證券業係以60% 達成和解），稽徵機關亦同意就債券前手息相關議題不再追究，足證原告於分配年度所計入之扣繳稅款並無違反法令而有剔除之理，又稽徵機關如以該和解之爭點，透由調整納稅義務人各該年度之股東可扣抵稅額帳戶，強徵所謂「超額」分配之稅額，亦有違當時和解之原意。
④被告與原告就88、89年度前手息扣繳稅款所成立之和解，
乃行政機關與納稅義務人間依法成立之行政契約，被告就已和解之同一爭議追溯調整原告之股東可扣抵稅額帳戶，並核定89年度股東可扣抵稅額帳戶因此有超額分配情事而需補繳稅款，顯違反該已成立之契約及行政程序法之規定：
1.如前所述，原告88、89年度之前手息扣繳稅款法律爭議，業經原告與被告以簽訂書面同意書之方式成立和解，該等和解核屬依行政程序法第135 條及136 條由行政機關與人民締結之行政契約，自有拘束雙方之效力，謹先敘明。原告與被告就各年度債券前手息扣繳稅款爭議所成立之和解協議書中，已明訂此爭議之解決方式為6 成准許原告做為扣繳稅款抵稅、4 成由原告放棄扣抵，並未約定被告得就同一爭議事件回溯調整原告之股東可扣抵稅額帳戶；況被告與原告成立該等和解協議時點，已晚於原申報年度數年，稅務機關於成立和解時應當已慮及是否須針對原告之股東可扣抵稅額帳戶進行調整，其如認原告原申報年度之股東可扣抵稅額帳戶有須追溯調整、並核算是否有超額分配稅款並補稅之必要，則就同一爭議事件對所得稅之整體影響，稅務機關自應自行完整評估，並於成立和解之當時加以提出且載明於和解協議中，既當時被告與原告成立之和解內容，關於解決此爭議之方式並未包含股東可扣抵稅額帳戶之調整，顯見被告與原告成立和解當時之本意，並不認為應當就此爭議調整原告之股東可扣抵稅額帳戶。更有甚者，如稅務機關於當時提出尚須就金融業者之股東可扣抵稅額帳戶追溯調整、並核算是否有超額分配金額而予補稅，其與業者間之和解協議亦恐有根本無法成立之困難。雙方所成立之和解既有書面為憑，被告當無逾越已合法成立而具效力之行政契約明文之餘地。
2.原告為避免繼續就債券前手息扣繳稅款爭議提起行政爭訟浪費行政資源，已透過和解方式讓步自88年度起各年度40% 前手息扣繳稅款之扣抵權利，被告竟另調整核定原告股東可扣抵稅額帳戶餘額，並據以核定原告89年度盈餘分配基準日股東可扣抵稅額比率之分子應扣除88及89年度和解放棄之前手息扣繳稅款，進而核定原告89年度有超額分配可扣抵稅額為15,880,704元之情形發生而要求原告補繳稅款。被告此種就和解爭議之同一事項另創其他課稅義務，超出原告同意和解之範圍，使和解行為成為本件之爭訟原因，且此核定方式絕無法律依據，在無法律依據亦未有雙方合意下貿然增加原告租稅負擔，顯有失公允。另依行政程序法第145 條：「行政契約當事人之一方為人民者，其締約後，因締約機關所屬公法人之其他機關於契約關係外行使公權力，致相對人履行契約義務時，顯增費用或受其他不可預期之損失者，相對人得向締約機關請求補償其損失。」之規定，原告亦有權請求補償其額外租稅負擔之損失；此外，行政程序法第146 條明定「行政契約當事人之一方為人民者，行政機關為防止或除去對公益之之重大危害，得於必要範圍內調整契約內容或終止契約。前項之調整或終止，非補償相對人因此所受之財產上之損失，不得為之。」。被告未依與原告成立之行政契約為之，顯非為防止或除去對公益之重大危害，且並未補償原告因此所受財產上之損失，故被告自行調整行政契約而不依行政契約約定之和解結果處理，追溯調整原告以前各年度債券前手息扣繳稅款計入股東可扣抵稅額帳戶金額並核定原告有超額分配股東可扣抵稅額情事且要求補繳稅款，實已違反行政程序法第3 章有關行政契約相關規定至灼。
⑤原告與被告就債券前手息扣繳稅款成立之和解，實僅係造
成之股東可扣抵稅額計入時點之差異，被告因而核定納稅義務人有超額分配情事，將使業者與被告成立和解後反而造成業者之股東可扣抵稅額帳戶及其租稅負擔變動不休，被告之作法實有再為審議之必要：
1.原告就債券前手息扣繳稅款爭議與被告成立和解，而造成之股東可扣抵稅額帳戶計入項目時點之變動，實僅係時間性差異而已，只要最後計入之總數未有虛增，原告之股東所將收到並進行抵用之可扣抵稅額總數將無不同，僅係早收到與晚收到之時間性問題，茲舉例說明：蓋假設Y1年度產生債券前手息扣繳稅款100 元，若依與被告和解結果，原告於當年度僅能計入扣繳稅款之60% ，另40% 稅款須補繳之，於補繳年度Y3准允計入股東可扣抵稅額帳戶；然原告因於Y1年度尚未與被告達成協議，故以全額稅款計入，但補繳稅款於Y3年度自行不予計入，則縱使於Y2年度分配可扣抵稅額予股東，此兩種計入方式殊途同歸，對於股東可扣抵稅額餘額並無重大影響，故自不應以該等和解造成之扣繳稅額變動核定原告有超額分配情事；如若被告堅持既有之核定方式，將造成僅因計入年度之時間性差異，而使得納稅義務人於Y2年度產生超額分配之結果，但事實上，若以Y3之時點觀之，則將毫無超額分配之問題產生。故被告自不應以該等和解造成之扣繳稅額變動核定原告有超額分配情事。
2.原告89年度債券前手息相關扣繳稅款案，該年度申報雖將債券前手息扣繳稅款全數計為原告之扣繳稅款並據以納入股東可扣抵稅額帳戶之申報，惟原告嗣後與被告達成和解，相關之前手息扣繳稅款部分，原告不再將其計入補繳年度之股東可扣抵稅額中，是以原告之申報方式與被告之核定方式相較之下（被告之核定是於原申報年度先准原告計入前手息扣繳稅款之6 成，另外4 成則於原告補繳年度方予以計入），整體而言實如前所述，計入股東可扣抵稅額帳戶之總金額相同（皆為全部之前手息扣繳稅款），原告並未有多計入以致虛增股東可扣抵稅額帳戶金額之情況，差別僅係在原告之股東可扣抵稅額帳戶計入時點較早，股東即便先於前期享受到可扣抵稅額略增之好處，然於後期補繳稅款年度時即無法計入，此時又遭到可扣抵稅額略降之壞處，兩者自相抵消而無差別。因此縱依被告之認定方式，和解僅係造成計入股東可扣抵稅額帳戶時點之差異而已。因此原告有關債券前手息之相關扣繳稅款已全數計入各該年度之股東可扣抵稅額帳戶中，只要後續因和解而補繳稅款部分不再重複計入，即不應再認定原告超額分配股東可扣抵稅額而須再令其補繳稅款。故被告因核定納稅義務人有超額分配情事，將使股東可扣抵稅額帳戶及其租稅負擔變動不休，似有再為審議之必要。
⑥依兩稅合一制度意旨，股東本可享受股利分配日前被投資
公司實際已繳納之營利事業所得稅，作為扣抵其綜合所得稅款；若僅因被告核准計入該筆前手息扣繳稅款時間上的落差，導致原本應屬股利分配日之股東所享有的扣抵稅款卻為股利分配日（數年）後之股東所享有，對於分配日前之股東顯不公平：
實施兩稅合一制後，個人股東獲配之股利是否含可扣抵稅額及其金額之大小，完全視營利事業階段納稅之多寡而定，故營利事業實際繳納之87年度或以後年度結算申報應納稅額（包括暫繳稅款、扣繳稅款抵繳部分及結算申報後自行繳納數；至投資抵減稅額因實際未繳納，不得計入）、核定補繳稅款及就每一年度未分配盈餘依規定稅率加徵之稅款，應分別於年度決算日或繳納日，計入股東可扣抵稅額帳戶。原告債券前手息扣繳稅款之全數，實質上本為原告於股利分配日前兌領債券利息時實際已被扣繳之稅款，扣繳憑單亦係書明係為原告之扣繳稅款，本應歸屬盈餘分配日之股東享有；然依被告目前之更正核定，僅因原告與被告就88至89年前手息扣繳稅款爭議成立和解，即將該等扣繳稅款之4 成部分於股利分配日之數年後始計入原告之股東可扣抵稅額帳戶，使原告原本應由股利分配日時之股東所享有之稅款，卻由股利分配日後（且往往是數年之後）之股東所獲得，前後股東若有所不同，則顯對前股東造成不公平，此外，亦完全偏離兩稅合一制度之本旨。
⑦鈞院96年度訴字第3828號及96年度訴字第3896號判決對類
似案件之判決，均已撤銷被告對業者核定超額分配之原處分：
鈞院對其他金融同業因債券前手息扣繳稅款爭議與被告和解，卻於嗣後遭核定有超額分配股東可扣抵稅額情事並遭補稅之案件，已有明確撤銷被告原處分之判決。依據鈞院96年度訴字第3828號判決及96年度訴字第3896號判決意旨，其認為被告（即本件被告）身為稅務案件之專業主管機關，於前手息協議和解之際，並未就前手息協議和解之後相牽連之超額分配列入考量，卻於事後再堅持以其主觀見解強徵超額分配之稅款，被告疏未於和解時注意之股東可扣抵稅額超額分配問題，以致衍生訟源，難謂無可歸責之事由，其基於高權地位卻於事後責令非直接獲利之原告補繳稅款，難未符合公平原則；此外，被告之處理方式，顯使其先前與業者所為之和解，並未能達到實質終止營利事業所得稅之結算申報之紛爭，就前手息扣繳稅款和解後，被告竟又向原告徵納股東可扣抵稅額之超額分配稅款，實已違反當初和解之初衷，並造成營利事業放棄債券前手息扣繳稅款之雙重損失，顯有違反行政和解應有之精神及誠信原則；此外，該等判決並認在此等前手息爭議案件中，原告營利事業並未有虛列股東可扣抵稅額帳戶問題、亦不生超額分配股東可扣抵稅額問題，原處分於法難謂有據；該二判決並認被告之做法顯然浪費社會資源、違反實質課稅原則。本件與上開二判決之案情相同，均為金融業者與被告就債券前手息扣繳稅款爭議和解後，被告卻於嗣後再就前手息扣繳稅款調整業者之股東可扣抵稅額帳戶並核定有超額分配情事應補繳稅款，本件應依被告當初與原告成立和解、化解糾紛之美意，採取不違法共利之態度，使前後行政作為一致，並依上開二判決意旨，撤銷此部分之原處分，方為適法。又鈞院98年度訴字第911 號判決意旨於前揭二判決意旨相類，可資參考。
⑧被告就已和解之前手息扣繳稅額而相對調整原告股東可扣
抵稅額帳戶並核定超分配須補稅，原告實未違反爭點主義；另訴願決定所援引之鈞院97年度訴字第71號判決，其案情顯與本件不同：
訴願決定援引改制前行政法院62年判字第96號判例，然究該判例所稱「課稅處分對應於各個課稅基礎，具有可分性」之真意，係針對原料耗用與折舊之課稅基礎部分具有可分性，因原料耗用之主體為存貨，折舊之課稅主體為固定資產，兩者既非相關，如原先僅就原料耗用申請復查，嗣後對於復查理由中未提起之折舊一併提起訴願，自非法之所許。又改制前行政法院75年判字第2063號判例謂：「稅捐稽徵機關在第一次復查決定作成以前，納稅義務人補提理由，凡與其原來敘明之理由有所關連，復足以影響應納稅額之核計者，稅捐稽徵機關均應自實體上予以受理審查，併為復查決定。」。揆諸上述判例可知，若納稅義務人於復查階段針對某爭點提出復查理由，即可於後續救濟程序中續行主張，而復查階段未提起者即非屬後續訴訟之爭點。本件中股東可扣抵稅額之調整係與債券前手息扣繳稅額相關，「否准原告全部之債券前手息扣繳稅額」以及「就全數否准之債券前手息扣繳稅額相對調整股東可扣抵稅額」，該二項目係直接相關且密不可分，二者實有所緊密關連，復足以影響盈餘分配之稅額扣抵比率計算，因此原告前就債券前手息扣繳稅款與被告達成和解，依前揭75年判字第2063號判例，爭點之範圍包括相關連之項目，自然與股東可扣抵稅額帳戶就債券前手息部分之調整相互關連，既債券前手息扣繳稅款已達成和解，且未言明股東可扣抵稅額帳戶原告有任何同意相對調整之意思表示，被告自不能違反前已成立之行政契約及行政程序法，進行系爭股東可扣抵稅額帳戶之調整，進而核定原告超額分配股東可扣抵稅額之事宜，被告對爭點主義之認定顯有錯誤。
⑨訴願決定所援引之鈞院97年度訴字第71號判決，其案情顯與本件不同：
鈞院97年訴字第71號判決係因該案原告89年度之債券前手息扣繳稅款行政救濟之提起已逾法定期限，債券前手息扣繳稅款全數遭否准實已告確定，被告最後仍與其就89年度前手息扣繳稅款和解已係對原告最為有利，故該判決遂認定原告實無理由再就被告針對該已和解稅款部分追溯調整其股東可扣抵稅額帳戶加以爭取，方判決原告之訴駁回。
而本件中，被告係針對原告89年度債券前手息扣繳稅款與其達成和解後，追溯調減原告89年度股東可扣抵稅額帳戶之期初餘額，並核定原告89年度因而超額分配股東可扣抵稅額帳戶而須補繳稅款，則原告就89年之債券前手息扣繳稅款爭議，並未有如上述鈞院97年訴字第71號判決中之原告，發生提起行政救濟逾法定期限而致全部債券前手息扣繳稅款被否准已告確定之情事，是以，該判決之案情與本件顯不相同，自不應引用參考。
⑹綜上，原告主張原告89年營利事業所得稅申報，其中「停徵
之證券、期貨交易所得損失」部分，被告否准原告將認購權證避險部位損失計332,909,775 元列為應稅權利金收入之減項，並核定原告之利息支出應另分攤至證券交易所得項下及原告應多分攤職工福利18,183,928元至免稅之證券交易所得項下，於法顯有違誤；又89年度股東可扣抵稅額帳戶部分，被告就已和解之同一爭議追溯調整原告之股東可扣抵稅額帳戶，核定89年度股東可扣抵稅額帳戶因此有超額分配情事，於法不合。本件原處分、訴願決定顯有違誤等情。因而聲明：「訴願決定及原處分（含復查決定）不利原告部分均撤銷，訴訟費用由被告負擔」。
三、被告抗辯：⑴89年度營利事業所得稅- 停徵之證券、期貨交易所得（損失）部分：
①「自中華民國79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所
得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。」、「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為行為時所得稅法第4 條之1 及第24條第1 項所明定。再者，「職工福利：
一、職工福利金之提撥，....。二、合於前款規定者，其福利金提撥標準及費用認列規定如下：㈠....。㈢每月營業收入總額內提撥0.05% 至0.15% 。」為行為時營利事業所得稅查核準則第81條第2 款第3 目所規定。又「以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」、「綜合證券商及票券金融公司部分之分攤原則補充核釋如下：㈠綜合證券商1 、營業費用部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。
惟其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。2 、利息支出部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，如利息收入大於利息支出，則全部利息支出得在課稅所得項下減除；如利息收入小於利息支出，其利息收支差額應以購買有價證券平均動用資金，占全體可運用資金比例作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之利息，不得在課稅所得項下減除。所稱全體可運用資金，包括自有資金及借入資金；所稱自有資金，係指淨值總額減除固定資產淨額及存出保證金後之餘額；所稱比例計算，採月平均餘額計算之。」、「有關認購（售）權證及其標的股票交易之相關稅捐之核課，應依下列規定辦理：㈠本部86年5 月23日（86）台財證㈤第0303
7 號公告，已依證券交易法第6 條規定，核定認購（售）權證為其他有價證券，則發行後買賣該認購（售）權證，應依證券交易稅條例第2 條第2 款規定，按買賣經政府核准之其他有價證券，依每次交易成交價格課徵千分之1 證券交易稅，並依現行所得稅法第4 條之1 規定，停止課徵證券交易所得稅。㈡認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，按約定行使價格向發行人購入（售出）標的股票者，係屬發行人（持有人）出賣標的股票之行為，應就所出售之標的股票，依證券交易稅條例第2 條規定，按履約價格課徵千分之3 證券交易稅。㈢至認購（售）權證持有人如於某一時間或特定到期日，以現金方式結算者，係屬認購（售）權證之標的股票之交易，應對認購（售）權證之發行人（持有人）依標的股票之履約價格按千分之3 稅率課徵證券交易稅，及對認購（售）權證持有人（發行人）依標的股票之市場價格按千分之3 稅率課徵證券交易稅，並依前開所得稅法規定停止課徵所得稅。」、「認購（售）權證發行人於發行時所取得之發行價款，係屬權利金收入，依現行所得稅法第22條有關公司組織之會計基礎應採權責發生制之規定，應於發行期間內分期計算損益或於履約時認列損益。認購（售）權證發行人於發行後，因投資人行使權利而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應於履約時認列損益，並依所得稅法第4條之1 規定辦理。」分別經財政部83年2 月8 日台財稅第000000000 號、85年8 月9 日台財稅第000000000 號、86年7 月31日台財稅第000000000 號及86年12月1 日台財稅第000000000 號函釋在案。
②原告89年度列報停徵之證券、期貨交易損失224,621,528
元（詳原處分卷第226 頁第99欄），被告初查以㈠原告列報職工福利28,286,633元（詳原處分卷第226 頁第28欄），應稅業務職工福利可列支限額為10,102,705元，將超限之職工福利18,183,927元（誤植，正確應為18,183,928元）歸屬出售有價證券免稅業務部分之費用，轉至有價證券出售收入項下認列（計算式詳原處分卷第524 頁）。㈡計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元（詳原處分卷第523 頁）。㈢列報營業收入477,680,155,588 元（包括認購權證發行利益546,863,213 元）（詳原處分卷第15頁），營業成本474,043,440,870 元（包括認購權證發行費用602,032 元）（詳原處分卷第14頁），並將認購權證發行利益546,863,213 元及認購權證發行費用602,03
2 元併同認購權證有關損益、再買回認購權證處分損益列報於證券、期貨交易所得（損失）項下（詳原處分卷第4頁以下至第3 頁），原告89年度到期發行認購權證所收取之價款係屬權利金收入，轉列應稅收入391,333,950 元（詳原處分卷第341 頁）（認購權證發行價款429,595,720元－發行認購權證費用38,261,770元），併同其餘調整，核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,424 元（詳原處分卷第312 頁）（申報數－224,621,528 元－發行認購權證之權利金收入轉列應稅391,333,950 元－應多分攤職工福利18,183,927元- 應分攤利息支出56,307,267元－前手息調整22,669,752元）。申經被告復查決定以：㈠出售有價證券應分攤職工福利部分：查綜合證券商與一般投資公司之經營方式不同，其經紀（經紀部門受託買賣及辦理融資、融券業務收取手續費收入）、承銷（承銷部門承銷證券取得承銷業務收入、如證券之報酬、代銷證券手續費收入、承銷作業處理費收入、承銷輔導費收入及其他收入）、自營（自營部門出售營業證券所獲得之利益）等各部門之組織架構及業務明確，各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下之營業費用認列，僅管理部門（無營業收入）之損失費用因無法明確歸屬，始可按其費用性質，分別依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎。營利事業所得稅查核準則第81條規定職工福利之列支係按營業收入總額提撥，配合綜合證券商之經紀、承銷、自營等各部門營業收入總額提撥之職工福利，亦應歸屬於各業務部門，惟職工福利列支有限額之規定，與其他營業費用有別，為正確計算免稅所得，被告初查將原告89年度列報職工福利，扣除屬應稅業務可列支之最高限額後，將餘額認屬免稅業務可列支之金額，由有價證券出售收入項下認列，以正確計算其「免稅所得」自無不合。惟1.原告自營部門列報之債券利息收入14,204,939元，核屬應稅收入，被告初查未併入應稅收入計算；2.承銷部門出售國內證券收入1,620,509,790 元為免稅收入，被告初查誤將其併入應稅收入計算；3.漏未扣除自營部門已列報之職工福利138,14
4 元；4.短期票券利息收入23,988,570元及租賃收入7,680,082 元應併入應稅收入計算，經被告重行核算應稅業務職工福利可列支限額為7,740,751 元【（原核定6,735,136,760 元＋14,204,939元－1,620,509,790 元＋23,988,570元＋7,680,082 元）×0.15% 】，應歸屬出售有價證券免稅業務部分之職工福利為20,545,882元（28,286,633元－7,740,751 元），扣除自營部門已列報職工福利138,14
4 元，其餘職工福利20,407,738元轉至有價證券出售收入項下認列（計算式詳原處分卷第524 頁）。㈡出售有價證券收入應分攤利息支出部分：查原告未列報出售有價證券收入應分攤利息支出，列報營業收入- 利息收入項下之融資融券業務利息收入1,745,863,122 元（詳原處分卷第15頁），係可明確歸屬經紀部門之營業收入；列報營業收入- 利息收入項下之債券業務利息收入14,204,939元（詳原處分卷第15頁）係可明確歸屬自營部門之營業收入，其餘係存放銀行活期、定期存款利息收入229, 959,146元（詳原處分卷第7 頁）為無法明確歸屬；列報營業成本- 利息支出項下之融券業務利息支出44,188,858元（詳原處分卷第14頁）係可明確歸屬經紀部門之營業成本，其餘銀行借款及發行商業本票利息支出611,444,696 元（詳原處分卷第5 頁）為無法明確歸屬，經被告重行核算無法明確歸屬利息收支差額為381,485,550 元（611,444,696 元－229,959,146 元），按動用資金比率14. 76% 計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元（計算式詳原處分卷第523 頁）。㈢避險股票操作損失及再買回操作損失應屬證券交易性質：查證券商發行認購權證，主管機關固規定證券商應進行避險交易，且該避險交易之特性，在於股價上漲時買進標的股票以履行權證持有人履約要求、股價下跌時賣出標的股票以防權證持有人棄權時發生巨額跌價損失，惟依上開事實可知，證券商對標的股票漲即買、跌即賣之避險交易行為，為其履約之準備，而其避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用，況且所得稅法第4 條之1 所稱之證券交易，倘符合證券交易之形式外觀即屬之，並不問買賣雙方對該證券交易之動機及內在主觀意思為何，所得稅法第4 條之1 已明文規定證券交易所得停止課徵所得稅，原核定認屬證券交易損失，不得自應稅權利金收入項下減除並無不合，惟被告初查誤將原告金融商品部門，依人員工作比重計算分攤金融商品部門應稅收入應分攤之營業費用37,138,454元（詳原處分卷第330 頁以下至第329 頁）（88年度為13,415,397元；89年度為23,723,057元）及認購權證發行費用1,123,316 元（詳原處分卷第339 頁）（88年度為521,284 元；89年度為602,032 元）做為認購權證權利金收入之必要成本費用，核與首揭規定不合，重行核算認購權證權利金收入為429,595,720 元，認購權證發行費用602,032 元（詳原處分卷第3 頁）。又原告自營部門申報收入471,374,614,548 元（詳原處分卷第274 頁），其中自行申報認購權證發行利益546,863,213 元，變更為核定認購權證權利金收入429,595,720 元，核算自營部門收入為471,257,347,055 元包括應稅收入443,800,659 元（債券利息收入14,204,939元及認購權證權利金收入429,595,720 元）及免稅收入470,813,546,396 元（出售國內證券收入470,699,136,373 元及債券出售利益114,410,023 元），重行按自營部門應稅收入占自營部門總收入之比率，計算自營部門應稅收入應分攤營業費用為177,803 元（188,803,576 元×0.00000000）（計算式詳原處分卷第522 頁），應同額追認停徵之證券、期貨交易所得。㈣綜上，重行核定停徵之證券、期貨交易損失752,822,170 元（申報數－224,621,528 元－認購權證權利金收入轉列應稅429,595,720 元＋認購權證發行費用602,032 元－重行核算應多分攤職工福利20,407,738元－應分攤利息支出56,307,267元＋自營部門應稅收入應分攤營業費用177,803 元－前手息調整22,669,752元），較原核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,424 元為高，基於行政救濟不利益變更禁止原則，原核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,424 元應予維持等由，駁回其復查之申請。
③有關出售有價證券收入分攤職工福利部分：
1.營利事業所得之計算，係以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅損後之純益額為所得額，為行為時所得稅法第24條第1 項所明定。依所得稅法第4 條之1前段規定，自79年1 月1 日起，證券交易所得停止課徵所得稅，則其相關成本費用，按諸收入與成本費用配合之上揭法律規定意旨及公平原則，自亦不得歸由其他應稅之收入項下減除，此乃司法院釋字第493 號解釋在案。原告係經營證券業務之綜合證券商，以有價證券買賣為專業，是其證券交易所得之計算，自應計入營業費用及利息支出，因是項費用及支出為應稅收入及免稅收入所共同發生，於計算綜合證券商之成本費用時，即應詳為區分，以正確計算其「免稅所得」之數額，以防免稅收入之相成本費用歸由應稅收入吸收，致營利事業將雙重獲益，不僅有失立法原意，並造成侵蝕稅源及課稅不公平之不合理現象。
2.原告係依證券交易法第44條規定，經許可經營同法第15條第1 款至第3 款3 種證券業務之綜合證券商，其經紀（經紀部門受委託買賣及辦理證券業務收取手續費收入）、承銷（承銷部門承銷證券取得承銷業務收入）及自營（自營部門出售營業證券所獲得之利益）等各部門之組織架構及業務均甚為明確，各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下核實認列，僅管理部門（無營業收入）之損失費用因無法明確歸屬，始可按其費用性質，分別依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎。但前揭查核準則第81條規定之職工福利科目，與其他營業費用不同，係屬有限額規定之科目，且職工福利依前揭查核準則第81條規定係配合營業收入提撥。而綜合證券商之經紀、承銷及自營等各部門經營業務之營業收入歸屬於各業務部門項下之營業費用，乃屬可明確歸屬之費用，自應個別歸屬認列，並依前揭查核準則第81條規定限額列報，方屬適法。
3.原告89年度列報營業費用項下之職工福利28,286,633元（詳原處分卷第226 頁第28欄），觀其限額計算方式（詳原處分卷第214 頁）：按營業收入總額提撥限額部分716,520,233 元，因帳列金額具有合法憑證者為28,286,633元而列報該數，惟前揭查核準則第81條第3 款規定職工福利係按營業收入提撥，自與各該營業收入性質配合，則與有價證券之出售無關者，該部分始得自應稅收入項下減除，其餘與有價證券出售有關者，該部分則應明確歸屬免稅收入。從而被告依前揭查核準則第81條、財政部83年11月函釋及財政部85年函釋規定，先將應明確歸屬者個別認列，遂核算原告非屬出售有價證券應稅業務部分職工福利可列支之限額為7,740,751 元（詳原處分卷第524 頁），讓原告享有此部分之職工福利限額後，再將超過應稅業務部門可列支之職工福利限額20,545,882元（列報職工福利28,286,633元－應稅限額7,740,751 元）（詳原處分卷第524 頁），歸屬為出售有價證券應稅業務部分之費用，轉至出售有價證券收入項下認列，以正確計算原告免稅所得，於法並無不合。原告主張前揭查核準則第81條規定職工福利列支，不應區分為應稅業務及免稅業務乙節，要無可取。
④有關出售有價證券收入分攤利息支出部分：
1.證券交易所得停止課徵期間，為避免從事有價證券交易相對之營業費用及利息支出（資金使用成本），於計算課稅所得時列為應稅收入之減項，造成重複減免之不合理現象，基於成本費用配合原則，凡與證券交易收入有關之成本費用與應稅收入之成本費用無法明確歸屬劃分者，應予合理計算其應分攤部分，列為證券交易收入之減項。準此，財政部就營利事業於證券交易所得停止課徵所得稅期間，從事有價證券買賣而有證券交易收入，其有關營業費用與利息支出之分攤原則，發布前揭83年
2 月8 日函釋規定以買賣有價證券為專業之營利事業，其營業費用及利息支出除可合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算出售有價證券收入應分攤之費用及利息，亦即利息支出除可合理明確歸屬者外，全部納入分攤範圍按「收入比例」計算分攤金額，並無與利息收入比較大小或減除利息收入之規定。惟依「收入比例」分攤原則，對於綜合證券商將產生最不利之結果，故另發布前揭85年8 月9 日函釋，針對無法明確歸屬之利息支出部分，特別規定綜合證券商得以購買有價證券平均動用資金占全部可運用資金之比例為分攤基礎，使得購買有價證券應分攤利息支出之計算式更臻合理，合先說明。
2.依前揭85年8 月9 日函釋意旨之分攤基礎，分母既為全體可運用資金，因此綜合證券商發生之利息支出若不可明確歸屬者，理應全部納入分攤範圍；惟因考量其可運用資金或有資金回存情事，乃予減除資金回存產生之利息收入，已對原告作有利之考量，如以「所有應合併課稅利息收入」作為減除金額，則與該函釋意旨及分攤公式之內含有所違背。又「所有應合併課稅利息收入」包含可直接歸屬之利息收入及無法明確歸屬之利息收入，其與「無法明確歸屬之利息支出」之組成因素不同，二者並無比較性。經檢視原告列報營業收入－融資融券業務利息收入1,745,863,122 元及債券利息收入14,204,939元（詳原處分卷第15頁），係可明確歸屬經紀、債券營業活動產生之利息收入，與購買有價證券無關，如准予減除，其比較基礎明顯不一致，實有違背法理，不僅曲解前揭85年函釋之立法考量，將導致利息費用全數歸由應稅項目吸收，營利事業將雙重獲利，並造成侵蝕稅源及課稅不公平之不合理現象。故被告將可直接歸屬至各營業部門之融資融券利息收入、債券利息收入及融券利息支出予以排除，並將無法明確歸屬於各部門之銀行存款利息收入229,959,146 元（詳原處分卷第7 頁）列為不可明確歸屬之利息支出611,444,696 元（詳原處分卷第5 頁）（銀行借款及商業本票利息支出）減項，核無不合，亦無違反比例原則。
3.「營業收入指本期內因經常營業活動而銷售商品或提供勞務等所獲得之收入....」、「營業成本指本期內因銷售商品或提供勞務等而應負擔之成本；....」、「營業外收入及費用指本期內非因經常營業活動所發生之收入及費用，包括利息收入、利息費用、投資損益、兌換損益及處分投資損益等。」為行為時商業會計處理準則第31條、第32條及第34條第1 項所明定。會計科目分類，營業收入係指由於主要業務活動，所獲得之收益而言，此類收益之發生，多由成本之投下，所反映之新價值，可用以測定一企業之經營成果，究竟何種收入應列為營業收入，須視企業所經營之主要業務性質，為鑑別決定之依據；營業成本係指企業從事主要經營活動而生之費用。準此，營業收入既係因營業成本之投入而得，二者應屬可明確歸屬且可相互配合，此亦與所得稅法第24條第1 項規定意涵之收入成本配合原則同。而綜合證券商之各項利息收入及利息支出，仍應按其實際發生是否屬主要營業活動而分類至營業收入及營業成本項下，僅於單純財務調度活動之利息收入及利息支出始屬非營業收入及費用。又營業收入既係因營業成本之投入而得，應分別歸屬於各業別（主要營業活動），甚至可歸屬至應稅及免稅收入，無須列入比較、分攤，換言之，只有單純屬財務調度之非營業之利息收入與利息支出始有列入比較、分攤之範圍，方符營業事實及法令規定。
4.「證券商辦理有價證券買賣融資融券，對所留存之客戶融券賣出價款及融券保證金，除作下列之運用外，不得移作他用：一、作為其辦理融資業務之資金來源。二、作為向證券金融事業轉融通證券之擔保。三、銀行存款。」為行為時證券商辦理有價證券買賣融資融券管理辦法第21條第1 項所明定。又「證券商依證券交易法第45條規定兼營同法第15條規定業務2 種以上者，其會計事務應依其業務種類分別辦理。」、「損益表之科目結構及其帳項內涵如左：一、收入：..㈩利息收入：辦理融資融券業務、買賣債券及其他與營業有關之利息收入。..營業外收入：凡營業外收入及不屬於以上各類之收入屬之。二、費用：..營業外支出：凡非因營業關係所發生之財務支出，....等屬之。」為行為時證券商財務報告編製準則第3條 第1 項及第17條所規定。另依證券交易法第44條第1 項規定，經主管機關許可，經營同法第15條第1 款至第3 款所定3 種證券業務之綜合證券商，其經紀、承銷及自營等各部門經營業務支付之營業費用，應依前揭編製準則第3 條第1 項及第17條規定，正確分類會計科目，按其業務種類分別辦理會計事務，即不論利息收入及利息支出，均可按業務分別予以歸屬分類於各該業務部門營業收入及營業成本項下，即屬可明確歸屬，應個別歸屬認列。且證券商對於所留存之客戶融券賣出價款及融券保證金，以辦理前揭證券商辦理有價證券買賣融資融券管理辦法第21條第1 項規定項目為限，不得移作他用。故被告將原告融資融券利息收入列為可明確歸屬之利息收入，並將融券利息支出列為可直接歸屬之利息支出，係遵循前揭「證券商財務報告編製準則」對收入及費用之規範，亦即以發生收入及費用是否與營業行為有關，作為區分「可明確歸屬」或「無法明確歸屬」之標準，核無不合。
5.前揭83年2 月8 日函釋之合憲性業經司法院釋字第493號解釋確認，嗣財政部在票券業者陳情之下，固針對「綜合證券商暨票券金融公司」作成前揭85年8 月9 日函釋揭示攤提公式，惟無論前揭財政部83年函釋或85年函釋，其內容均以「費用」在事實認定上無法明確歸屬為前提，前揭財政部85年函釋係補充83年函釋，二者互為依存同時適用，並無何者對業者有利之問題（最高行政法97年度判字第132 號判決意旨參照）。而原告為證券交易法第15條規定經營3 種證券業務之綜合證券商，本應依前揭編製準則第3 條第1 項規定，將會計事務依其業務種類分別辦理，且應據前揭行為時商會計處理準則規定，將營業活動發生之會計事項，正確分類營業收入、營業成本與非營業收入及費用。又財政部84年2 月18日台財稅第000000000 號函釋（94年版所得稅法令彙編第403 頁），對於借款需作補償性存款或借款資金未全部動用而暫存銀行等，亦認為此部分資金用途明確，該部分之借款利息准個別歸屬認定，已無須依比例攤計，至營利事業之利息收入如非來自借款資金，則其利息收入與利息支出並不相關，亦無利息支出應扣除利息收入，再以淨額分攤問題。準此，無法明確歸屬之利息支出本可逕依收入比（財政部83年函釋及財政部84年函釋）或動用資金比（財政部85年函釋）分攤，本無以淨額分攤問題，益證前揭財政部85年函釋係考量逐筆舉證資金用途之繁複，為符合租稅經濟原則之設計，則得減除利息收入自應以財務調度之非營業利息收入為限，並非泛指所有本質上係利息收入即屬之。倘將營業收入性質之融資融券利息收入列入計算淨額，無異核認同額之利息支出係明確歸屬該營業收入，不但違反舉證責任分配，且無法明確歸屬之利息支出又透過分攤結果，再次核認部分利息支出歸屬於該營業收入，形成融資及轉融券利息收入重複計算、享受利息支出成本費用扣除，亦有違租稅公平原則。準此，原告自應依其業務種類分別辦理會計事務，即對於收入何者應稅、何者免稅應依相關規定詳實記載，對於成本、損費之歸屬亦應依相關規定明確劃分記載，系爭利息支出與利息收入之相關資金可否明確因果對應歸屬，係原告經營業務之所及，此為其申報營利事業所得稅得否直接歸屬應稅或免稅而為稅捐減項之問題，其存在有利於原告，自應由原告負舉證責任始符合證據法則，原告未盡舉證責任而徒言主張，尚非可採。
6.原告89年度於「營業收入」項下列報之「利息收入」有融資融券業務之利息收入1,745,863,122 元、債券業務利息收入14,204,939元（見原處分卷第15頁），因原告係綜合證券商，該項收入列入「營業收入」科目，亦證其性質主要為營業活動產生；「非營業收入」項下（見原處分卷第8 頁）列報之「利息收入」229,959,146 元（見原處分卷第7 頁），係存放銀行活期、定期存款之利息收入，該項收入列入「非營業收入」科目，亦證其非因主要營業活動所生之財務收入；營業成本項下列報融券利息支出44,188,858元（見原處分卷第14頁），依行為時證券商辦理有價證券買賣融資融券管理辦理第21條第1 項規定，融券保證金係供營業特定用途，應屬明確歸屬（經紀應稅收入）利息支出，原告列入「營業成本」科目，亦證其性質係因主要經營業活動所發生；非營業支出項下（見原處分卷第6 頁）列報利息支出611,444,696 元（見原處分卷第5 頁）係向金融機構借款及發行商業本票之利息支出，係屬於非因主要營業活動所發生之財務支出，因此部分之借款資金用途無法明確劃分，故列入利息收支分攤計算。另短期票券利息收入，依行為時所得稅法第24條第2 項規定不計入營利事業所得額課稅，自不得併入利息收支比較。是以，被告按無法明確歸屬利息收支差額381,485,550 元（611,444,69
6 元-229,959,146元），依原告不爭之動用資金比率14.76%計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元，自有所據。
⑤主張避險損失應認定為發行認購權證權利金收入之成本部分：
1.證券商發行權證，依主管機關前財政部證券暨期貨管理委員會86年5 月31日發布之「發行人申請發行認購（售）權證處理要點」第8 點第11款規定與第11點規定〔註：89年11月3 日證期會另發布「發行人申請發行認購（售）權證處理準則」取代之，惟必須避險之基本精神一致〕，及88年8 月6 日「台灣證券交易所股份有限公司認購（售）權證上市審查準則」第6 條第7 款、第8 條第11款規定（註：93年6 月I4日修正條文第8 條第1 項第5 款、第I0條第6 款第8 目規定同此精神），固規定證券商應進行避險交易，且該避險交易之特性，在於股價上漲時買進標的股票以履行權證持有人履約要求、股價下跌時賣出標的股票以防權證持有人棄權時發生巨額跌價損失，惟依上開事實可知，券商對標的股票漲即買、跌即賣之避險交易行為，為其履約之準備，而其避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用。
2.個別之收入有其對應之成本費用，所產生個別之損益，不能成為他項收入之成本費用。「營利事業所得之計算，以其本年度收入『總額』減除『各項』成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」，其計算方式，當收入不只一項時，係以各項收入總額，分別認定各項收入之成本後減除各項費用，為其營業淨利或淨損，再加非營業收益、減非營業損失後為所得額，於所得稅法施行細則第31條規定至明。準此，稅法上營利事業之各項收入均有其對應之成本，不同的收入類別分別對應不同類別之成本，倘涉及免稅收入類別時，其成本之對應歸屬尤其重要，為避免免稅項目侵蝕應稅部分之成本費用，所得稅法第4 條之1 明定，證券交易所得停徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除；乃因其收入不課稅，所對應之成本費用亦不准自應稅項下認定，導致損失亦不得自所得額中減除。當營利事業之收入不只一項時，其個別之收入減其成本費用產生個別損益；而該個別收入所生之損益並不能再成為他項收入之成本費用。倘將避險部位證券交易損失認定為認購權證之成本費用減除，即准許免稅之證券交易損失，侵蝕了應稅的認購權證所得；反之，當證券交易產生利益而非損失時，證券交易所得無從認列為認購權證收入之成本費用，故稅法有關應稅與免稅之規範，向來不針對內在決策之不同及有無絕對自由而為不同之對待，納稅人及稅務機關均應依法律明文規定決定是否課稅，方符合租稅公平原則。本案系爭認購權證及標的股票交易，形式上及實質上均符合「證券交易」定義，自有所得稅法第4 條之1 之適用，亦無違反同法第24條第1 項實質課稅原則，被告原核定並無違誤。
3.所得稅法有關免稅所得並無排除收入成本配合原則之適用，其適用之結果導致免稅與應稅之成本費用應個別歸屬認定。司法院釋字第493 號解釋，針對所得稅法第4條之1 證券交易所得停止課徵所得稅及同法第42條公司組織之營利事業，投資於國內其他營利事業所獲配股利不計入所得課稅；其相關之成本費用，按諸收入成本費用配合之法律規定意旨及公平原則，自亦不得歸由其他應稅之收入項下減除；並以前揭財政部83年2 月8 日函釋關於應稅收入應分攤相關成本費用，除可合理明確歸屬者得個別歸屬外，採以收入比例為分攤基準之計算方式，符合上開法條規定意旨，與憲法尚無牴觸。該解釋已明確揭櫫所得稅法第4 條之1 證券交易所得停止課徵所得稅，不僅未排除第24條第1 項收入成本配合原則之適用，且因適用之結果須對應稅與免稅之成本費用個別歸屬認定分攤，方符合法律規定及公平原則。是被告將系爭認購權證權利金收入與避險交易所生之證券交易所得，個別認定成本費用及其損益，自屬於法有據。
4.所得稅法第3 章規範營利事業所得稅之計算及其課稅規定，惟當某些收入因無成本費用發生或成本費用相對微小時，形同對毛收入課稅，乃屬當然。財政部逐年頒定之各業別同業利潤標準比例各有不同，如：一般買賣及製造業之同業毛利率約1 成多至3 成；而工商服務業之職業介紹、人力仲介、代辦法律公證及市場徵信服務業則高達8 成多；娛樂業中之舞廳、夜總會更高達9 成；即係依各業別之成本費用發生情形，依實質課稅之精神而採不同之所得認定標準。又就某營利事業所獲得之各項收入而言，亦因性質之不同，致成本費用比例亦有差距，如：受捐贈收入、補償費收入、利息收入....及本件權證之權利金收入等，因其收入性質無成本費用，或因金額微小，成為收入與所得金額相近之計算認定，亦係依所得稅法第24條實質課稅原則計算之結果；自無違反實質課稅原則。
5.「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之」，迭經司法院釋字第420 號解釋在案，又「對實質上相同經濟活動所產生之相同經濟利益，應課以相同之租稅，始符合租稅法律主義所要求之公平及實質課稅原則，實質課稅原則為租稅法律主義之內涵及當然歸趨。」，有改制前行政法院82年判字第2410號判決可資著參，公平原則乃現代國家憲法上之重要原則，即凡基於相同之事物本質，即不得為差別之待遇，行政程序法第6 條規定「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇」至明。準此，實質課稅與租稅公平原則均應秉持租稅法律主義之精神而為之，是原告指摘被告有違租稅法定主義、實質課稅與租稅公平原則之適用乙節，核不足採。
6.認購權證及標的股票交易，形式上及實質上均符合「證券交易」定義，有所得稅法第4 條之1 之適用，亦無違反同法第24條第1 項實質課稅原則，被告核定並無違誤，縱使97年7 月11日增訂公布所得稅法第24條之2 規定，認購（售）權證相關損益計算不適用所得稅法第4 條之1 規定，惟該條文並未訂立特定施行日期或授權以命令規定施行日期，依中央法規標準法規定應自公布或發布日起算至第3 日發生效力，而本件事實發生於上開法條生效日之前，自無所得稅法第24條之2 規定之適用，故仍需受所得稅法第4 條之1 規定之拘束，被告依行為時所得稅法之規定核課並無不合。
7.原告為避險目的買賣標的證券之損失205,674,075 元及認購權證再買回損失127,235,700 元合計332,909,775元（詳原處分卷第331 頁）均屬證券交易損失性質，自應依所得稅法第4 條之1 相關規定辦理。另依證券交易法第44條第1 項規定，經主管機關許可，經營同法第15條第1 款至第3 款所定3 種證券業務之綜合證券商，應依前揭編製準則第3 條第1 項、第17條及第20條規定，編製經紀、承銷及自營等業務種類別損益表，從而，因經紀、承銷及自營各部門之組織架構及業務均甚為明確，各該部門因經營部門業務所發生之相關費用，自應個別歸屬於各該部門收支損益項下核實認列，僅管理部門（無營業收入）之損失費用因無法明確歸屬，始可按其費用性質，分別依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎。本件原告另創金融商品部門（依其業務性質應歸自營部門），再依人員工作比重（詳原處分卷第337 頁）計算分攤金融商品部門應稅收入（權證發行權利金收入）應分攤之營業費用37,138,454元（詳處分卷第339 頁以下至第337 頁）做為認購權證權利金收入之必要成本費用，核與財政部83年2 月
8 日函釋規定採收入比分攤原則未合，惟被告初查已核准依原告之計算方式分攤營業費用37,138,454元及認購權證發行費用1,123,316 元，合計38,261,770元做為認購權證權利金收入之減項，顯然已有利於原告，併予陳明。
8.原告相同案情91及92年度營利事業所得稅案件，業經鈞院96年度訴字第3080號及第3093號判決駁回原告之訴。
又原告所提建弘證券股份有限公司89年度訴字第3297號有關交際費撤銷判決，經被告重核維持原核定後，原告循序提起行政救濟，業經鈞院93年度訴字第2364號判決，駁回原告之訴，及建弘證券股份有限公司89年度訴字第3163號判決，業經最高行政法院以97年度判字第1113號判決廢棄原判決，並逕為判決被告勝訴，併請參採。
⑵89年度股東可扣抵稅額帳戶：
①「營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額
帳戶餘額︰一、繳納屬87年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、....」、「營利事業有前項各款情形者，其計入當年度股東可扣抵稅額帳戶之日期如左：一、前項第1 款規定之情形，....以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者為年度決算日。」、「營利事業分配屬87年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，按各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額計算其可扣抵之稅額，併同股利或盈餘分配。其計算公式如下：稅額扣抵比率＝股東可扣抵稅額帳戶餘額÷累積未分配盈餘帳戶餘額股東（或社員）可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額×稅額扣抵比率」為所得稅法第66條之3 第1 項第1 款前段、第2 項第
1 款及第66條之6 第1 項所明定。又「本法第66條之3 第
1 項第1 款所稱繳納中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額，係指營利事業以其已繳納之暫繳稅款與扣繳稅款實際抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額之金額及其結算申報自行繳納之稅額之總和。....」、「本法第66條之3 第2 項第1 款所稱年度決算日，係指依本法第23條規定認定之會計年度末日。」為所得稅法施行細則第48條之2 第1 項及第48條之5 第2 項所規定。
②原告89年度股東可扣抵稅額帳戶列報期初餘額497,278,41
1 元（詳原處分卷第285 頁）、分配股利1,286,636,007元，分配日（89年8 月2 日）稅額扣抵比率31.22%（604,582,355 元÷1,936, 257,091元）及分配股利總額所含之可扣抵稅額401,742,842 元（依所得稅法66條之6 第4 項規定，稅額扣抵比率以四捨五入計算至小數點以下第4 位止；原告計算式1,286,636,007 元×31.224281%）（詳原處分卷第286 頁），被告初查以其88年度業經被告核定期末餘額為473,399,971 元（詳原處分卷第355 頁），並依所得稅法第66條之2 第2 項規定股東可扣抵稅額帳戶期初餘額，應等於上年度期末餘額，乃核定89年度期初餘額473,399,971 元，並按分配日股東可扣抵稅額帳戶餘額580,703,915 元（申報數604,582,355 元－申報期初餘額497,278,411 元＋核定期初餘額473,399,971 元），核定稅額扣抵比率29.99%（580,703,915 元÷1,936,257,091 元）、分配股利總額所含之可扣抵稅額385,835,805 元（誤植，正確應為385,862,138 元＝1,286,636,007 元×29.99%）及超額分配可扣抵稅額15,907,037元(401,742,842元－385,835,805 元) 。申經被告復查決定以：所得稅法第66條之3 第1 項及同法施行細則第48條之2 規定，係以扣繳稅款實際抵繳應納稅額之數額，計入股東可扣抵稅額帳戶，因此「扣繳稅款」、「實際抵繳應納稅額數」及「股東可扣抵稅額帳戶計入項目」本係相互連動，此為稅法「兩稅合一」設計之基本原理，換言之，「扣繳稅款」如有異動，影響「實際抵繳應納稅額數」時，同時必將牽動影響股東可扣抵稅額之計算。如前述，系爭前手息扣繳稅款，既經原告同意調減，自不屬於原告所有，當不應計入股東可扣抵稅額帳戶；本件既因系爭88年度扣繳稅款實際抵繳88年度應納稅額之數額業已變動，為原告所不爭，有88年度營利事業稅結算申報核定通知書可稽，又依上開法條第
2 項第1 款規定，以暫繳稅款或扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者，其計入股東可扣抵稅額帳戶之日期為「年度決算日」，是原核定自88年度股東可扣抵稅額帳戶中，剔除系爭前手息扣繳稅款23,878,440元（申報扣繳稅款266,344,769 元－核定金額242,466,329 元）結轉至89年度期初餘額，並據以核定89年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為473,399,971 元及分配日稅額扣抵比率29.99%並無不合，惟原核定分配股利總額所含之可扣抵稅額少計26,333元，原核定分配股利總額所含之可扣抵稅額385,835,805 元及超額分配可扣抵稅額15,907,037元應予分別追認及追減26,333元，變更核定為385,862,138 元及15,880,704元。
③本件爭執之重點在於：原告因88年度債券前手息扣繳稅款
爭議與被告協談，同意調減扣繳稅額23,878,440元，被告依所得稅法第66條之3 第2 項第1 款規定，於該扣繳稅款所屬年度決算日（即88年12月31日）之股東可扣抵稅額帳戶中減除，核定88年度期末餘額及89年度期初餘額為473,399,971 元，是否適法，被告以此計算原告89年度分配日股東可扣抵稅額帳戶餘額，進而核定89年度分配股利總額所含之可扣抵稅額385,862,138 元，並以原告分配股利總額實際所含之可扣抵稅額401,742,842 元，核定補徵原告超額分配可扣抵稅額15,880,704元，是否適法。蓋自87年度起實施兩稅合一制度後，股東獲配之股利是否含可扣抵稅額及其金額之大小，完全視營利事業階段納稅之多寡而定，為兩稅合一制立法基本原則（94年版所得稅法令彙編第511 頁參照）。故所得稅法第66條之3 第1 項第1 款規定，營利事業繳納屬87年度以後結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶，復依同法施行細則第48條之2 規定，所稱繳納營利事業所得稅結算申報應納稅額，包括營利事業以其1.已繳納之暫繳稅款「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額；2.扣繳稅款「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額；3.結算申報自行繳納之稅額，三項金額之總和。其中扣繳稅款既係以「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額之金額，不問扣繳稅款有無變動或其變動原因為何，只問扣繳稅款「實際」抵繳之金額為已足，以正確計算股東可扣抵稅額帳戶餘額。又依所得稅法第66條之3 第2 項第1 款規定，以扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者，其計入股東可扣抵稅額帳戶之日期為年度決算日。原告88年度營利事業所得稅申報案，原告申報尚未抵減之扣繳稅款68,002,617元（詳原處分卷第362-1 頁第63欄），被告將原告取得債券前手息扣繳稅款59,696,099元（詳原處分卷第
359 頁）全數否准認列，核定尚未抵減之扣繳稅款8,306,
518 元（詳原處分卷第362-1 頁第63欄），原告不服，申請復查，嗣因88年度前手息扣繳稅款與被告和解，申經被告復查決定追認尚未抵減之扣繳稅款35,817,659元（詳原處分卷第359 頁），被告重行核定尚未抵減之扣繳稅款為44,124,177元（詳原處分卷第360 頁），本件股東可扣抵稅額帳戶因協談後扣繳稅額與暫繳稅額合計數242,466,32
9 元（暫繳稅款198,342,152 元【詳原處分卷第362-1 頁第62欄】＋扣繳稅款44,124,177元）小於88年度營利事業所得稅應納稅額317,330,766 元（結算應納322,888,058元－投抵稅額5,557,292 元），故以協談後扣繳稅額與暫繳稅額合計數242,466,329 元計入股東可扣抵稅額帳戶第11欄，從而被告以原告88年度經核定扣繳稅款為44,124,177元（詳原處分卷第360 頁），進而更正88年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表扣繳稅額為44,124,177元（詳原處分卷第479 頁）及期末餘額為473,399,971 元（詳原處分卷第479 頁），並依同法第66條之2 第2 項規定，核定本件89年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為473,399,97
1 元（詳原處分卷第379 頁第01欄），據以計算分配日股東可扣抵稅額帳戶餘額580,703,915 元（申報數604,582,
355 元－申報期初餘額497,278,411 元＋核定期初餘額473,399,971 元），核定稅額扣抵比率29.99%（580,703,91
5 元÷1,936,257,091 元），原告分配股利總額所含之可扣抵稅額正確應為385,862,138 元（1,286,636,007 元×
29.99%），與原告分配股利實際所含之可扣抵稅額401,742,842 元之差額，被告核定補徵原告超額分配可扣抵稅額15,880,704元並無不合。
④稅捐之核定與徵收，在稅捐法定主義課稅合法性之要求下
，應依據租稅法規為之，租稅法規屬於強制性規定，當稅捐核課要件具備時，稽徵機關對於核課並無裁量權，然就稅基、計算稅額之相關事實究竟為何，乃先決問題，稽徵機關固應依職權逕行調查，惟有時因調查所費不貲，或窮盡調查能事仍無法查明事實，基於行政經濟原則，為除去事實關係之不確定性，實務上，係以協談方式取得徵納雙方「事實認知之合意」，合意之標的僅係案件之事實，非等同於稅捐債務契約。有關前手息扣繳稅款之爭議，因後手仍尚難提供前手企業之利息所得資料與稽徵機關，憑以區分屬於前手息之扣繳稅款及歸課前手利息所得之事實，為免案件曠日費時，徵納雙方爰透過與銀行、證券商業同業公會等之協商，於93年1 月14日訂定各業別前手息退（抵）稅比率俾資遵行（詳原處分卷第566 頁以下至第564頁），被告據此與原告進行前手息扣繳稅款爭議之協談，與原告確定88年度扣繳稅款得抵繳應納稅額金額之事實，基於事實之唯一性，原告「自始」即不具有系爭前手息扣繳稅款23,878,440元元之抵稅權，原告主觀認為其已依法取具扣繳憑單，而具有系爭前手息扣繳稅款，逕為登載於股東可扣抵稅額帳戶，主張行為時即有系爭扣繳稅款，已繳納予國家，顯與前開合意之事實未合，應無足採。
⑤所得稅法第66條之3 及第66條之4 規定所稱之核定增減應
納稅額，其計入及減除時點，同法條已分別規定為實際繳納日及核定通知書送達日，上開法條所規範之「核定增減應納稅額」係指因稽徵機關對收入及費用之核定調整，課稅所得額與申報所得額產生差異，致補徵稅額或減少退稅額，而本件之爭點係扣繳稅款實際抵繳應納稅額之爭議，與上開規範內容自屬不同，要無適用餘地自明，且有關扣繳稅款實際抵繳應納稅額之計入時點，所得稅法第66條之
3 第2 項第1 款已明文規定為年度決算日，被告據以核定，符合租稅法定主義，並無回溯調整情事，原告主張法無明文規範而應類推適用所得稅法第66條之3 及第66條之4規定，委無足採。
⑥所得稅法第66條之3 及第66條之4 規定之各款金額，應自
當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中計入或減除，所稱「當年度」，依同法第66條之2 第1 項規定，係指營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶之起訖期間，為每年1 月1 日起至12月31日，換言之，營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶依法應恪遵會計期間原則，不同時間點、不同會計事項，依發生時序入帳，以正確紀錄可分配予股東之可扣抵稅額，並詳實紀錄期間內股東可扣抵稅額帳戶之計入或減除項目。因此系爭和解調整之扣繳稅款，縱如原告主張於以後年度補繳40% 稅款後，股東可扣抵稅額帳戶餘額將與被告核定相同，仍無法改變系爭年度超額分配稅款之事實，否則現存超額分配之事實，繫於將來補繳稅款之有無，實已違反租稅明確、安定性原則。又原告援引最高行政法院91年度判字第1482號判決，鈞院96年度訴字第3828號及第3896號判決係屬個案判決，並非判例，無比附援引之必要，且鈞院98年訴字第911 號判決所涉扣繳稅款課稅基礎並不相同，故有不同認定基礎，併予陳明。
⑶綜上，被告以原告89年度列報停徵之證券、期貨交易損失22
4,621,528 元，惟超過應稅業務部門可列支之職工福利限額，應轉至出售有價證券收入項下認列，且計算出售有價證券收入應分攤利息支出，並避險損失非屬發行認購權證權利金收入之成本，而否准其列為應稅權利金收入之減項，因而核定本件停徵之證券、期貨交易損失為713,116,424 元；又89年度股東可扣抵稅額帳戶部分，原告因債券前手息扣繳稅款爭議與被告協談，同意調減扣繳稅額23,878,440元，被告依法於該扣繳稅款所屬年度決算日（即88年12月31日）之股東可扣抵稅額帳戶中減除，核定補徵原告超額分配可扣抵稅額，於法並無違誤等語，資為抗辯，而聲明：「原告之訴駁回，訴訟費用由原告負擔」。
四、得心證之理由：⑴本件爭議稅額數據之計算：
①89年度營利事業所得稅- 項次99停徵之證券、期貨交易所得（損失）部分【復查決定及訴願決定均維持原核定】：
1.原核定：本件原告89年度營利事業所得稅結算申報，列報停徵之證券、期貨交易損失224,621,528 元（參原處分卷p.22
6 項次99），被告初查以（參原處分卷p.312 ）：
A.原告列報職工福利28,286,633元（參原處分卷p.226項次28），應稅業務職工福利可列支限額為10,102,705元（計算參原處分卷p.343 、524 ），將超限之職工福利18,183,928元（即列報職工福利28,286,633元－應稅業務職工福利可列支限額10,102,705元＝18,183,928元）歸屬出售有價證券免稅業務部分之費用，轉至有價證券出售收入項下認列。
B.計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元（參原處分卷p.523 、15、7 、14、5 。又原處分卷
p.523 其中動用資金比率14.76%之計算參原處分卷p.
312 ，即購買有價證券平均動用資金6,004,648,167元/ 〈自有資金14,150,771,843元＋借入資金26,528,094,618元〉）。
C.列報營業收入477,680,155,588 元（包括認購權證發行利益546,863,213 元）（參原處分卷p.226 項次01、p. 15 ），營業成本474,043,440,870 元（包括認購權證發行費用602,032 元）（參原處分卷p.226 項次05、p.14），並將認購權證發行利益546,863,213元及認購權證發行費用602,032 元併同認購權證有關損益、再買回認購權證處分損益列報於證券、期貨交易所得（損失）項下（參原處分卷p.4-3 ），原告89年度到期發行認購權證所收取之價款係屬權利金收入，轉列應稅收入391,333,950 元【參原處分卷p.341、340 、339 】【認購權證發行價款429,595,720 元（參原處分卷p.280 ）－發行認購權證費用38,261,770元（即原處分卷p.339 ，發行認購權證費用1,123,
316 元＋營業費用37,138,454元）】。
D.從而，本件併同其餘調整，核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,42 4元（申報數-224,621,528元－發行認購權證之權利金收入轉列應稅391,333,950 元－應多分攤職工福利18,183,927元- 應分攤利息支出56,307,267元－前手息調整22,669,752元【參原處分卷
p. 310、308 】）。
2.復查決定：
A.出售有價證券應分攤職工福利部分：為正確計算免稅所得，原查將原告89年度列報職工福利，扣除屬應稅業務可列支之最高限額後，將餘額認屬免稅業務可列支之金額，由有價證券出售收入項下認列，以正確計算其「免稅所得」，自無不合。惟：
a.原告自營部門列報之債券利息收入14,204,939元（參原處分卷p.15、522 、524 ），核屬應稅收入，原查未併入應稅收入計算；
b.承銷部門出售國內證券收入1,620,509,790 元為免稅收入（參原處分卷p.3 、p.524 ），原查誤將其併入應稅收入計算；
c.漏未扣除自營部門已列報之職工福利138,144 元（參原處分卷p.329 、524 ）；
d.短期票券利息收入23,988,570元（參原處分卷p.7項次38查核說明㈠）及租賃收入7,680,082 元（參原處分卷p.226 、7 ）應併入應稅收入計算（參原處分卷p.524 ）。
從而，復查重行核算應稅業務職工福利可列支限額為7,740,751 元（參原處分卷p.524 ）【（原核定6,735,136,760 元＋14,204,939元－1,620,509,790 元＋23,988,570元＋7,680,082 元）×0.15% 】，應歸屬出售有價證券免稅業務部分之職工福利為20,545,882元（28,286 ,633 元－7,740,751 元），扣除自營部門已列報職工福利138,144 元，其餘職工福利20,407,738元轉至有價證券出售收入項下認列。
B.出售有價證券收入應分攤利息支出部分：原告未列報出售有價證券收入應分攤利息支出，列報營業收入- 利息收入項下之融資融券業務利息收入1,745,863,122 元（原處分卷p.15），係可明確歸屬經紀部門之營業收入；列報營業收入- 利息收入項下之債券業務利息收入14,204,939元（原處分卷p.15）係可明確歸屬自營部門之營業收入，其餘係存放銀行活期、定期存款利息收入229,959,146 元（原處分卷p.
7 ）為無法明確歸屬；列報營業成本- 利息支出項下之融券業務利息支出44,188,858元（原處分卷p.14）係可明確歸屬經紀部門之營業成本，其餘銀行借款及發行商業本票利息支出611,444,696 元（原處分卷p.
5 ）為無法明確歸屬，重行核算無法明確歸屬利息收支差額為381,485,550 元（銀行借款及發行商業本票利息支出611,444,69 6元－存放銀行活期、定期存款利息收入229,959,146 元），按動用資金比率14.76%（計算詳參原處分卷p.312 ）計算出售有價證券收入應分攤利息支出56,307,267元（參原處分卷p.523 、
335 ）。
C.避險股票操作損失及再買回操作損失應屬證券交易性質：
原核定誤將原告金融商品部門，依人員工作比重計算分攤金融商品部門應稅收入應分攤之營業費用37,138,454元（88年度為13, 415,397 元；89年度為23,723,057元）（參原處分卷p.329-330 ）及認購權證發行費用1,12 3,316元（88年度為521,284 元；89年度為602,032 元）（參原處分卷p.339 ）做為認購權證權利金收入之必要成本費用，核與規定不合，重行核算認購權證權利金收入為429,595,720 元，認購權證發行費用602,032 元。又原告自營部門申報收入471,257,347,055 元包括應稅收入443,800,659 元（債券利息收入14,204,939元及認購權證權利金收入429,595,
720 元）及免稅收入470, 813,546,396元（出售國內證券收入470,699,136,373 元及債券出售利益114,410,023 元），重行按自營部門應稅收入占自營部門總收入之比率，計算自營部門應稅收入應分攤營業費用為177,803 元（188,803,576 元×0.00000000）（計算詳參原處分卷p.522 ），應同額追認停徵之證券、期貨交易所得。
D.綜上，重行核定停徵之證券、期貨交易損失752,822,
170 元（申報數－224,621,528 元－認購權證權利金收入轉列應稅429, 595,720元＋認購權證發行費用602,032 元－重行核算應多分攤職工福利20,407,738元－應分攤利息支出56,307,267元＋自營部門應稅收入應分攤營業費用177,803 元－前手息調整22,669,752元），較原核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,
424 元為高，基於行政救濟不利益變更禁止原則，原核定停徵之證券、期貨交易損失713,116,424 元並無不合等由，駁回其復查之申請。
②89年度股東可扣抵稅額（復查決定「追認分配股利總額所
含之可扣抵稅額26,333元，追減超額分配可扣抵稅額26,333元」，訴願決定予以維持）：
1.原核定：本件原告89年度股東可扣抵稅額帳戶列報期初餘額497,278,411 元（原處分卷p.285 代號01）、分配股利1,286,636,007 元，分配日（89年8 月2 日）稅額扣抵比率
31.22%（申報截至分配日止股東可扣抵稅額帳戶餘額604,582,35 5元÷截至分配日止87年度以後之帳載累積未分配盈餘1, 936,257,091元）及分配股利總額所含之可扣抵稅額401,742,842 元（原處分卷p.286 、285 ），被告初查以其88年度業經核定期末餘額為473,399,971元（原處分卷p.355 、371 ），乃核定89年度期初餘額473,399,971 元，並按分配日股東可扣抵稅額帳戶餘額580,703,915 元（申報數604,582,355 元－申報期初餘額497,278,411 元＋核定期初餘額473,399,971 元），核定稅額扣抵比率29.99%（580,703,915 元÷1,936,257,091 元）、分配股利總額所含之可扣抵稅額385,835,
805 元（誤植，正確應為385,86 2,138元＝1,286,636,
007 元×29.99%）及超額分配可扣抵稅額15, 907,037元(401,742,842元－385,835,805 元) （參原處分卷p.
371 ）。
2.復查決定（追認分配股利總額所含之可扣抵稅額26,333元，追減超額分配可扣抵稅額26,333元）：
原核定自88年度股東可扣抵稅額帳戶中，剔除系爭前手息扣繳稅款23,87 8,440 元（參原處分卷p.359 、371，即59,696,099元×40% ）（申報扣繳稅款266,344,76
9 元－核定金額242,466,329 元）結轉至89年度期初餘額，並據以核定89年度股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為473,399,971 元及分配日稅額扣抵比率29.99%並無不合，惟原核定分配股利總額所含之可扣抵稅額少計26,333元（即正確為38 5, 862,138 元－原核定385,835,805元＝26,333），原核定分配股利總額所含之可扣抵稅額385,835,805 元及超額分配可扣抵稅額15, 907,037 元應予分別追認及追減26,333元，復查決定變更核定為385,862,138 元及15,880,704元。
⑵本件兩造爭點為：
①89年度營利事業所得稅：系爭認購權證避險部位之出售損
失，可否作為發行認購權證必要之成本費用？得否自權利金收入應稅項下扣除？直接歸屬與間接分攤至發行認購權證業務之營業費用應否列為應稅權利金收入之減項？系爭職工福利限額之計算，係以營利事業整體為單位或應將營利事業區分為應稅、免稅單位分別計算所得及限額？被告減除原列報系爭應分攤之職工福利費及否准避險部位損失、直接歸屬與間接分攤至發行認購權證業務之營業費用列為權利金收入之減項，有無違誤？是否違反所得稅法第24條第1 項、量能課稅原則及實質課稅原則？②89年度股東可扣抵稅額：原告因88年度債券前手息扣繳稅
款爭議與被告協談，同意調減扣繳稅額23,878,440元，被告依所得稅法第66條之3 第2 項第1 款規定，於該扣繳稅款所屬年度決算日（即88年12月31日）之股東可扣抵稅額帳戶中減除，核定88年度期末餘額及89年度期初餘額為473,399,971 元，是否適法，被告以此計算原告89年度分配日股東可扣抵稅額帳戶餘額，進而核定89年度分配股利總額所含之可扣抵稅額385,862,138 元，並以原告分配股利總額實際所含之可扣抵稅額401,742,842 元，核定補徵原告超額分配可扣抵稅額15,880,704元，是否適法。
⑶關於認購權證出售損益部分：
①證券商發行權證，依主管機關前財政部證期會86年5 月31
日發布之「發行人申請發行認購（售）權證處理要點」第
8 點第11款規定與第11點規定（89年11月3 日證期會另發布「發行人申請發行認購（售）權證處理準則」取代之，惟必須避險之基本精神一致），及88年8 月6 日「台灣證券交易所股份有限公司認購（售）權證上市審查準則」第
6 條第7 款、第8 條第11款規定（註：93年6 月I4日修正條文第8 條第1 項第5 款、第10條第6 款第8 目規定同此精神），固規定證券商應進行避險交易，且該避險交易之特性，在於股價上漲時買進標的股票以履行權證持有人履約要求、股價下跌時賣出標的股票以防權證持有人棄權時發生巨額跌價損失，惟依上開事實可知，券商對標的股票漲即買、跌即賣之避險交易行為，為其履約之準備，而其避險交易可能產生損失，亦可能產生利益，難認為發行權證之成本或費用。因此，財政部86年12月1 日臺財稅第000000000 號函，以證券商發行權證收取之發行價款為權利金收入，屬「應稅所得」，應依行為時所得稅法第24條規定課徵稅款；至於系爭認購權證業經財政部於86年5 月23日以（86）臺財證（5 ）第03037 號公告，依證券交易法第6 條規定，核定為其他有價證券，再依財政部86年7 月3I日臺財稅策000000000 號函釋意旨，發行後買賣該認購權證，及避險而買賣標的股票所生之損失，依行為時所得稅法第4 條之1 規定，停止課徵證券交易所得稅，則依損益配合原則，證券交易損失自亦不得從所得額中減除。又行為時所得稅法第4 條之1 證券交易免稅所得並無排除收入成本配合原則之適用，業經司法院釋字第493 號解釋在案，上開財政部86年12月1 日臺財稅第000000000 號函釋符合所得稅法第4 條之1 規定意旨，且未違反收入成本費用配合原則，自應予以適用。故被告將系爭認購權證權利金收入與避險交易所生之證券交易所得，個別認定成本費用及其損益，自屬於法有據。
②按個別之收入有其對應之成本費用，所產生個別之損益，
不能成為他項收入之成本費用，此觀所得稅法施行細則第31條規定自明，故所得稅法第4 條之1 之規定，係因證券交易之收入不課稅，所對應之成本費用亦不准自應稅項下認定，導致損失亦不得自所得額中減除，若採原告主張將避險證券交易損失認定為認購權證之成本減除，則將侵蝕應稅之權利金所得。再證券商於發行認購權證時，因前開法規規定證券商須強制為避險交易，而該避險交易復基於保護投資者及維持金融秩序，證券商須於股價上漲時買進標的股票、股價下跌時賣出標的股票，證券商可能因避險交易行為而造成損失，復為證券商於發行該認購權證所知悉；財政部上開86年12月11日臺財稅第000000000 號函亦已指明認購權證發行人於發行後，因投資人行使權利，而售出或購入標的股票產生之證券交易所得或損失，應依所得稅法第4 條之1 規定辦理，則證券商自得於發行時，自行斟酌其可能發生之損失成本費用，且依其從事證券業之專業知識，亦可知悉所得稅法第4 條之1 規定，其為避險之證券交易所得因免稅，其因避險之證券交易損失亦不得自所得額中減除，自應充分衡量其發行該認購權證之利潤後，再行決定該權利金之金額，以作為發行最符合其經濟效益之商品，自不得僅因其依照於發行認購權證時約定應買進或賣出股票時之證券交易，即謂該種證券交易，係出於強制而與一般消費者為證券交易有所不同，因而於稅收上異其計算，否則則有違反租稅法律主義及租稅公平原則。再者所得稅法第4 條之1 所稱之證券交易，倘符合證券交易之形式外觀即屬之，並不問買賣雙方對該證券交易其動機及內在主觀意思為何，否則自有違證券交易之安定性及國家稅收之一致性，況原告所為之避險交易表面觀之似有虧損，惟迄履約期間屆至亦非必然為虧損，且為避險交易亦為防止發行該認購權證者之證券商之經營風險，非全然對證券商為不利。故原告此部分之主張，亦非可採。
③再按，會計學上「收入成本配合原則」，與稅法上成本費
用之得否列報並非完全相同：所謂「收入成本配合原則」於會計學上係指「某項收益已經在某一會計期間認列時，所有與該收益之產生有關的成本均應在同一會計期間轉為費用，以便與收益配合而正確的計算損益」（商業會計法第60條參照）。上開會計學上之「收入成本配合原則」於稅法之適用上，尚須考量租稅政策與目的，於辦理所得稅結算申報或核課所得稅時，其依商業會計法記載之會計事項，如與所得稅法等有關租稅法規規定未符者，均應於申報書內自行調整之，此觀諸所得稅法第36條（捐贈）、第
37 條 （交際費）、第43條之1 （不合營業常規之調整）、第49條（壞帳）、第51條之1 （折舊）等規定均設有限制即可知，二者範圍並非完全相同。即便認為原告所謂「標的股票買賣」避險手段，構成經營認購權證之一部分，因避險交易所生之成本得以明確計算，進而肯認「標的股票買賣」所生之損失，係屬經營認購權證之成本、費用，然此所謂之「成本、費用」充其量亦僅為「會計學」概念下之成本、費用而已，與原告是否得將之列為認購權證課稅所得項下之營業成本，不能相提並論。原告逕將「會計學上」收入、成本配合原則下之成本、費用，視為「所得稅法上」得列報之成本、費用，忽略立法者對於個別成本、費用所為之目的及政策考量，自有未洽。又收入成本配合原則並非不允許例外之定律，立法者基於整體租稅正義、課稅公平的考量，對於何項收入為應稅收入，何項支出或損失得列報為成本、費用、或於何限度內得列報為成本、費用，應有形成的自由。若法律定有明文不得列報，即屬收入成本配合原則之例外，依法決定得否列報成本費用，不生違反收支成本配合原則問題。此外，成本費用准否列報，並非以具備原因事實為已足，原因事實僅是列報成本費用之前提門檻，尚須依據法律對於具備原因事實關係之成本費用再為准駁。如法律已有明文排除之規範者，法律之規定更應優先於原因事實關係而被遵守，租稅法定原則始可確立而貫徹。所得稅法第4 條之1 已明文規定證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中扣除，如獨對權證發行者之特別待遇，即有違反平等原則。
④再者，就營利事業體所獲得之各項收入而言，因性質之不
同，可能產生成本費用比例差距情形，例如受捐贈收入、補償費收入、利息收入及認購權證之權利金收入等，其收入性質本無成本費用，或費用金額相對微小，形成收入與所得金額相近或對毛收入課稅之結果，此係依所得稅法第24條實質課稅原則計算所得之結果，難謂違反實質課稅之公平原則。且各種收入可否扣除成本費用及何種支出始得作為成本費用自收入項下減除，於稅法上各有規定，縱系爭避險損失可認為本件權利金收入之成本，亦因所得稅法第4 條之1 規定而不得自所得額中減除，尚難以稅法承認於收入內扣除成本費用，即當然於本件可將原告避險措施所造成證券交易之損失作為成本費用予以扣除，此係依法律明文規定而為，並非割裂適用不同之法律。又本件爭執純係系爭認購權證避險部位之出售損失，究竟應作應稅項目之減項（即證券商發行權證收取之權利金之成本），抑或是作為免稅項目之減項（即售出或購入標的股票產生之成本）等有關成本歸屬與取捨之問題，亦非割裂法律適用之情形。雖證券主管機關財政部證期會曾發布上開「發行人申請發行認購（售）權證處理要點」「臺灣證券交易所股份有限公司認購（售）權證上市審查準則」等規定，要求權證發行人應就權證之標的證券建立避險部位，然此避險交易係基於保護投資者及維持金融秩序所必要，並非源自稅捐稽徵之考量。因此，關於「出售避險部位標的的證券收入」及「出售避險部位標的證券成本」2 科目損益應如何申報，自當另依有關之所得稅法第4 條之1 規定辦理。
⑤稅捐稽徵法第1 條之1 規定：「財政部依本法或稅法所發
布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」同法第48條之3 規定：「納稅義務人違反本法或稅法之規定，適用裁處時之法律。但裁處前之法律有利於納稅義務人者，適用最有利於納稅義務人之法律。」固然，所得稅法已於96年7 月11日增訂公布第24條之2 ，明定「經目的事業主管機關核准發行認購（售）權證者，發行人發行認購（售）權證，於該權證發行日至到期日期間，基於風險管理而買賣經目的事業主管機關核可之有價證券及衍生性金融商品之交易所得或損失，應併計發行認購（售）權證之損益課稅，不適用第4 條之1 及第4 條之2 規定。但基於風險管理而買賣經目的事業主管機關核可之認購（售）權證與標的有價證券之交易損失及買賣依期貨交易稅條例課徵期貨交易稅之期貨之交易損失，超過發行認購（售）權證權利金收入減除各項相關發行成本與費用後之餘額部分，不得減除。經目的事業主管機關核可經營之衍生性金融商品交易，其交易損益，應於交易完成結算後，併入交易完成年度之營利事業所得額課稅，不適用第4 條之1 及第4條之2 規定。」但查，上開條文係在本件被告裁處後所增訂之法律，自無上開從新從輕規定之適用。系爭認購權證所及之標的股票交易，形式上及實質上均符合「證券交易」定義，原處分以原告因避險措施之證券交易之損失，應屬所得稅法第4 條之1 所規定之適用範圍，不得於收入內認列為成本費用，而應轉列為證券交易所得之出售避險證券損失，核無違誤（最高行政法院95年度判字第2206號及96年度判字第186 號判決意旨，亦採相同見解）。
⑷關於證券交易免稅所得（分攤職工福利金）部分：
①按「職工福利：1 、職工福利金之提撥，以已依職工福利
金條例之規定，成立職工福利委員會者為限。2 、合於前款規定者，其福利金不得超過左列標準：㈠就創立時實收資本額或增資之資本額5 ﹪限度內酌量一次提撥，並分年攤列作為費用，每年列帳攤計之金額，至多以不超過20﹪為度。㈡每月營業收入總額內提撥0.05﹪至0.15﹪。……。」為行為時營利事業所得稅查核準則第81條所規定。又「核釋營利事業於證券交易所得停止課徵所得稅期間從事有價證券買賣，其營業費用及利息支出之分攤原則。說明：2 、非以有價證券買賣為專業之營利事業，其買賣有價證券部分，除可直接歸屬之費用及利息，應自有價證券出售收入項下減除外，不必分攤一般營業發生之費用及利息。3 、以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」「以買賣有價證券為專業之營利事業，因業務需要支付之交際費，其全年支付總額，以不超過左列標準為限：（1 ）買賣有價證券，依所得稅法第37條第1 項第1 款及第2 款規定辦理。（2）因有價證券所取得之股息、紅利及利息（包括短期票券之利息收入）等投資收益，准併入營業收入總額，依所得稅法第37條第1 項第4 款規定辦理，但投資收益80% （註：現行法係全額免計）免計入所得額部分，因實質免稅，則不應併計。」及「主旨：補充核釋『綜合證券商暨票券金融公司』於證券交易所得停止課徵所得稅期間從事有價證券買賣，其營業費用及利息支出之分攤原則。說明：二、以有價證券買賣為專業之營利事業，其屬兼含經營證券交易法第15條規定3 種證券業務之綜合證券商及依票券商管理辦法第7 條所稱票券金融公司部分之分攤原則補充核釋如下：（1 ）綜合證券商：⒈營業費用部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，得依費用性質，分別選擇依部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之費用，不得在課稅所得項下減除。惟其分攤方式經選定後，前後期應一致，不得變更。⒉利息支出部分：其可明確歸屬者，得依個別歸屬認列；無法明確歸屬者，如利息收入大於利息支出，則全部利息支出得在課稅所得項下減除；如利息收入小於利息支出，其利息收支差額應以購買有價證券平均動用資金，占全體可運用資金比例作為合理歸屬之分攤基礎，計算有價證券出售部分應分攤之利息，不得在課稅所得項下減除。所稱全體可運用資金，包括自有資金及借入資金；所稱自有資金，係指淨值總額減除固定資產淨額及存出保證金後之餘額；所稱比例計算，採月平均餘額計算之。……。」分別經財政部83年2 月8 日台財稅第000000000 號、83年11月23日台財稅第00000000
0 號（以下稱83年函釋）及85年8 月9 日台財稅第000000
000 號（以下稱85年函釋）函釋在案。上開有關交際費支出認列及營業費用之歸屬之函令，係中央財稅主管機關財政部基於職權，依上開規定之立法意旨所作成之解釋，因屬簡化採認程序，統一認列標準，避免浮濫列報及不當分攤，以維繫實質課稅及稅制公平所必要，且未逾越法律規定之範圍之目的，亦未增加人民之負擔，自應於所解釋法律生效之日起，適用於與此有關之未確定案件。
②營利事業其應稅部分之所得收入應與該部分之費用配合，
其免稅部分之所得收入亦應與該部分之費用配合，不容混淆或不相配合，以符合收入與費用配合原則及量能課稅原則。又業務上直接支付之交際應酬費用者，原則上係指營利事業與其業務有關而直接支付之交際應酬費用；而不計入應稅收入總額者，其業務上直接支付之交際應酬費用自不得自應稅收入總額減除之，以符合收入與費用配合原則，與所得稅法第24條及第37條所規定之立法意旨並無違背，亦非增加法律所無之限制，尚與憲法無牴觸。原告主張被告對於本件交際費之核定，已違反所得稅法第37條規定，並增加法律所無之限制云云，洵非可取。又綜合證券商與一般投資公司之經營方式不同，其經紀部門受託買賣及辦理融券業務收取手續費收入、承銷部門承銷證券取得承銷業務收入，如證券之報酬、代銷證券手續費收入、承銷作業處理費收入、承銷輔導費收入及其他收入、自營部門出售營業證券所獲得之利益等，各部門之組織架構及業務並非不能區隔，因而各該部門因經營業務所發生之相關費用，理應分別歸屬各該部門收支損益項下之營業費用認列，當無疑義。惟管理部門，因無營業收入，其相關費用及損益因無法明確歸屬，而按其費用性質，分別依該部門之薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎。準此，綜合證券商之經紀、承銷及自營等各部門經營業務所支付之職工福利費用，自應依其業務對象歸屬各業務部門項下之營業費用（屬可明確歸屬之費用，應個別歸屬認列），並分別依查核準則第81條規定標準限額列報。如准由非所屬部門之管理部門列支，並依業務部門薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為合理歸屬之分攤基礎，將造成自營部門免稅項目之相關成本費用歸由應稅項目吸收，綜合證券商將雙重獲益，不僅有失職工福利限額列支之立法原意，並造成侵蝕稅源及課稅不公平之不合理現象。是被告以應稅業務收入計算應稅職工福利限額，並就申報超限金額轉列免稅部分之證券交易收入項下減除，核無不合。
⑸有關出售有價證券收入分攤利息支出部分：
①證券交易所得停止課徵期間，為避免從事有價證券交易相
對之營業費用及利息支出（資金使用成本），於計算課稅所得時列為應稅收入之減項，造成重複減免之不合理現象，基於成本費用配合原則，凡與證券交易收入有關之成本費用與應稅收入之成本費用無法明確歸屬劃分者，應予合理計算其應分攤部分，列為證券交易收入之減項。準此，財政部就營利事業於證券交易所得停止課徵所得稅期間，從事有價證券買賣而有證券交易收入，其有關營業費用與利息支出之分攤原則，發布83年函釋規定以買賣有價證券為專業之營利事業，其營業費用及利息支出除可合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應按核定有價證券出售收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算出售有價證券收入應分攤之費用及利息，亦即利息支出除可合理明確歸屬者外，全部納入分攤範圍按「收入比例」計算分攤金額，並無與利息收入比較大小或減除利息收入之規定。惟按「收入比例」分攤原則，對於綜合證券商將產生最不利之結果，故另發布85年函釋，針對無法明確歸屬之利息支出部分，特別規定綜合證券商得以購買有價證券平均動用資金占全部可運用資金之比例為分攤基礎，使得購買有價證券應分攤利息支出之計算式更臻合理，合先說明。
②次查，依85年函釋意旨之分攤基礎，分母既為全體可運用
資金，因此綜合證券商發生之利息支出若不可明確歸屬者，理應全部納入分攤範圍；惟因考量其可運用資金或有資金回存情事，乃予減除資金回存產生之利息收入，已對原告作有利之考量，如以「所有應合併課稅利息收入」作為減除金額，則與該函釋意旨及分攤公式之內涵有所違背。
又「所有應合併課稅利息收入」包含可直接歸屬之利息收入及無法明確歸屬之利息收入，其與「無法明確歸屬之利息支出」之組成因素不同，二者並無比較性。經檢視原告列報利息收入中包含融資及轉融券利息收入直接歸屬於經紀、債券等營業活動產生之利息收入，與購買有價證券無關，如准予減除，其比較基礎明顯不一致，實有違背法理，不僅曲解85年函釋之立法考量，將導致利息費用全數歸由應稅項目吸收，營利事業將雙重獲利，並造成侵蝕稅源及課稅不公平之不合理現象。
③按「營業收入指本期內因經常營業活動而銷售商品或提供
勞務等所獲得之收入…」、「營業成本指本期內因銷售商品或提供勞務等而應負擔之成本；…」、「營業外收入及費用指本期內非因經常營業活動所發生之收入及費用，包括利息收入、利息費用、投資損益、兌換損益及處分投資損益等。」為商業會計處理準則第31條、第32條及第34條第1 項所明定。會計科目分類，營業收入係指由於主要業務活動，所獲得之收益而言，此類收益之發生，多由成本之投下，所反映之新價值，可用以測定一企業之經營成果，究竟何種收入應列為營業收入，須視企業所經營之主要業務性質，為鑑別決定之依據；營業成本係指企業從事主要經營活動而生之費用。準此，營業收入既係因營業成本之投入而得，二者應屬可明確歸屬且可相互配合，此亦與所得稅法第24條第1 項規定意涵之收入成本配合原則同。
而綜合證券商之各項利息收入及利息支出，仍應按其實際發生是否屬主要營業活動而分類至營業收入及營業成本項下，僅於單純財務調度活動之利息收入及利息支出始屬非營業收入及費用。又營業收入既係因營業成本之投入而得，應分別歸屬於各業別（主要營業活動），甚至可歸屬至應稅及免稅收入，無須列入比較、分攤，換言之，只有單純屬財務調度之非營業之利息收入與利息支出始有列入比較、分攤之必要。
④按「證券商辦理有價證券買賣融資融券，對所留存之客戶
融券賣出價款及融券保證金，除作下列之運用外，不得移作他用：一、作為其辦理融資業務之資金來源。二、作為向證券金融事業轉融通證券之擔保。三、銀行存款。」為行為時證券商辦理有價證券買賣融資融券管理辦法第21條第1 項所明定。次按「證券商依證券交易法第四十五條規定兼營同法第十五條規定業務二種以上者，其會計事務應依其業務種類分別辦理。」、「損益表之科目結構及其帳項內涵如左：一、收入：…（十）利息收入：辦理融資融券業務、買賣債券及其他與營業有關之利息收入。…（十三）營業外收入：凡營業外收入及不屬於以上各類之收入屬之。二、費用：…（十五）營業外支出：凡非因營業關係所發生之財務支出，…等屬之。」為行為時證券商財務報告編製準則（以下簡稱編制準則）第3 條第1 項及第17條所規定。又依證券交易法第44第1 項條規定，經主管機關許可，經營同法第15條第1 款至第3 款所定3 種證券業務之綜合證券商，其經紀、承銷及自營等各部門經營業務支付之營業費用，應依編製準則第3 條第1 項及第17條規定，正確分類會計科目，按其業務種類分別辦理會計事務，即不論利息收入及利息支出，均可按業務分別予以歸屬分類於各該業務部門營業收入及營業成本項下，即屬可明確歸屬，應個別歸屬認列。且證券商對於所留存之客戶融券賣出價款及融券保證金，以辦理前揭證券商辦理有價證券買賣融資融券管理辦法第21條第1 項規定項目為限，不得移作他用。故被告將原告融資融券利息收入及轉融券利息收入列為可明確歸屬之利息收入，並將融券利息支出列為可直接歸屬之利息支出，係遵循前揭編製準則對收入及費用之規範，亦即以發生收入及費用是否與營業行為有關，作為區分「可明確歸屬」或「無法明確歸屬」之標準，亦無不合。
⑤復按「以有價證券買賣為專業之營利事業，其營業費用及
借款利息，除可合理明確歸屬者得個別歸屬認列外，應按核定有價證券收入、投資收益、債券利息收入及其他營業收入比例，計算有價證券出售部分應分攤之費用及利息，自有價證券出售收入項下減除。」為經財政部83年函釋明揭，而此函釋之合憲性業經司法院釋字第493 號解釋確認，嗣財政部在票券業者陳情之下，固針對「綜合證券商暨票券金融公司」作成85年函釋揭示攤提公式，惟無論財政部83年函釋或85年函釋，其內容均以「費用」在事實認定上無法明確歸屬為前提，財政部85年函釋係補充83年函釋，二者互為依存同時適用，並無何者對業者有利之問題（最高行政法院97年度判字第132 號判決意旨參照）。而原告為證券交易法第15條規定經營3 種證券業務之綜合證券商，本應依編製準則第3 條第1 項規定，將會計事務依其業務種類分別辦理，且應據前揭行為時商業會計處理準則規定，將營業活動發生之會計事項，正確分類營業收入、營業成本與非營業收入及費用。又財政部84年函釋，對於借款需作補償性存款或借款資金未全部動用而暫存銀行等，亦認為此部分資金用途明確，該部分之借款利息准個別歸屬認定，已無須依比例攤計，至營利事業之利息收入如非來自借款資金，則其利息收入與利息支出並不相關，亦無利息支出應扣除利息收入，再以淨額分攤問題。準此，無法明確歸屬之利息支出本可逕依收入比（財政部83年11月函釋及財政部84年函釋）或動用資金比（財政部85年函釋）分攤，本無以淨額分攤問題，益證財政部85年函釋係考量逐筆舉證資金用途之繁複，為符合租稅經濟原則之設計，則得減除利息收入自應以財務調度之非營業利息收入為限，並非泛指所有本質上係利息收入即屬之。倘將營業收入性質之融資及轉融券利息收入列入計算淨額，無異核認同額之利息支出係明確歸屬該營業收入，不但違反舉證責任分配，且無法明確歸屬之利息支出又透過分攤結果，再次核認部分利息支出歸屬於該營業收入，形成融資及轉融券利息收入重複計算、享受利息支出成本費用扣除，亦有違租稅公平原則。準此，原告自應依其業務種類分別辦理會計事務，即對於收入何者應稅、何者免稅應依相關規定詳實記載，對於成本、損費之歸屬亦應依相關規定明確劃分記載，系爭利息支出與利息收入之相關資金可否明確因果對應歸屬，係原告經營業務之所及，此為其申報營利事業所得稅得否直接歸屬應稅或免稅而為稅捐減項之問題，其存在有利於原告，自應由原告負舉證責任始符合證據法則，原告未盡舉證責任而空言主張，尚非可採。
⑹關於89年度股東可扣抵稅額部分：
①按「營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅
額帳戶餘額︰一、繳納屬87年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額。......營利事業有前項各款情形者，其計入當年度股東可扣抵稅額帳戶之日期如左：一、前項第1 款規定之情形，以現金繳納者為繳納稅款日；以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者為年度決算日。.. .... 」及「營利事業分配屬87年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，占其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，按各股東或社員獲配股利淨額或盈餘淨額計算其可扣抵之稅額，併同股利或盈餘分配。其計算公式如下：稅額扣抵比率＝股東可扣抵稅額帳戶餘額／累積未分配盈餘帳戶餘額；股東（或社員）可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額×稅額扣抵比率」分別為所得稅法第66條之3 及第66條之6 第1 項所明定。被告就原告89年度股東可扣抵稅額之認定（如上開四之⑴之②所示），尚無不合。
②自87年度起實施兩稅合一制度後，股東獲配之股利是否含
可扣抵稅額及其金額之大小，完全視營利事業階段納稅之多寡而定，為兩稅合一制立法基本原則。故所得稅法第66條之3 第1 項第1 款規定，營利事業繳納屬87年度以後結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶，復依同法施行細則第48條之2 規定，所稱繳納營利事業所得稅結算申報應納稅額，包括營利事業以其：1.已繳納之暫繳稅款「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額；2.扣繳稅款「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額；3.結算申報自行繳納之稅額，三項金額之總和。其中扣繳稅款既係以「實際」抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額之金額，不問扣繳稅款有無變動或其變動原因為何，只問扣繳稅款「實際」抵繳之金額為已足，以正確計算股東可扣抵稅額帳戶餘額。又依所得稅法第66條之3 第2 項第1 款規定，以扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者，其計入股東可扣抵稅額帳戶之日期為年度決算日。有關前手息扣繳稅款之爭議，因後手仍尚難提供前手企業之利息所得資料與稽徵機關，憑以區分屬於前手息之扣繳稅款及歸課前手利息所得之事實，為免案件曠日費時，徵納雙方爰透過與銀行、證券商業同業公會等之協商，於93年1 月14日訂定各業別前手息退（抵）稅比率俾資遵行（詳原處分卷第566 頁以下至第564 頁），此行政機關對於行政處分所依據之事實或法律關係，經依職權調查仍不能確定者，為有效達成行政目的，並解決爭執，得與人民和解，締結行政契約，以代替行政處分，行政程序法第136 條有明文規定；其立法目的係為兼顧行政效能與人民權益，容許行政機關於不牴觸法規規定及已盡職權調查能事之前提下，與人民就尚不能確定之事項互相讓步而達成約定，並締結行政契約，以代替行政處分。我國訴訟實務，就租稅行政救濟之訴訟標的係採爭點主義，不採總額主義（最高行政法院62年判字第96號判例參照），課稅處分對應於各個課稅基礎，具有可分性。縱令原告就88年度債券前手息扣繳稅款與被告達成和解，依上述課稅處分之爭點主義訴訟標的理論，僅能認兩造就債券前手息之爭點達成和解，尚難認兩造就債券前手息以外之其他爭議，亦達成和解。是原告此部分之主張，尚非可採。
③所得稅法第66條之3 及第66條之4 規定所稱之核定增減應
納稅額，其計入及減除時點，同法條已分別規定為實際繳納日及核定通知書送達日，上開法條所規範之「核定增減應納稅額」係指因稽徵機關對收入及費用之核定調整，課稅所得額與申報所得額產生差異，致補徵稅額或減少退稅額，而本件之爭點係扣繳稅款實際抵繳應納稅額之爭議，與上開規範內容自屬不同，要無適用餘地自明，且有關扣繳稅款實際抵繳應納稅額之計入時點，所得稅法第66條之
3 第2 項第1 款已明文規定為年度決算日，被告據以核定，符合租稅法定主義，並無回溯調整情事，原告主張法無明文規範而應類推適用所得稅法第66條之3 及第66條之4規定，委無足採。而所得稅法第66條之3 及第66條之4 規定之各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中計入或減除，所稱「當年度」，依同法第66條之2 第1 項規定，係指營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶之起訖期間，為每年1 月1 日起至12月31日，換言之，營利事業記載股東可扣抵稅額帳戶依法應恪遵會計期間原則，不同時間點、不同會計事項，依發生時序入帳，以正確紀錄可分配予股東之可扣抵稅額，並詳實紀錄期間內股東可扣抵稅額帳戶之計入或減除項目。因此系爭和解調整之扣繳稅款，縱如原告主張於以後年度補繳40% 稅款後，股東可扣抵稅額帳戶餘額將與被告核定相同，仍無法改變系爭年度超額分配稅款之事實，否則現存超額分配之事實，繫於將來補繳稅款之有無，實已違反租稅明確、安定性原則。
⑺綜上所述，被告所為系爭處分，並無不法，訴願決定予以維
持，亦無不合。且所得稅法有關應稅與免稅之規範，向來不針對內在決策之不同及有無絕對自由而為不同之對待，是納稅義務人及稅捐稽徵機關均應依法律明文規定決定是否課稅，方符合租稅公平原則；況認購權證所及之標的股票交易，形式上及實質上均符合證券交易之定義，自有所得稅法第4條之1 之適用，亦無違反同法第24條第1 項實質課稅原則，被告核定應無違誤，縱使96年7 月11日增訂公布所得稅法第24條之2 規定，認購（售）權證相關損益計算不適用所得稅法第4 條之1 規定，惟該條文並未訂立特定施行日期或授權以命令規定施行日期，依中央法規標準法規定應自公布或發布日起算至第3 日發生效力，而本案事實發生於上開法條生效日之前，自無所得稅法第24條之2 規定之適用，故仍需受所得稅法第4 條之1 規定之拘束，原告不得任意曲解違背行為時所得稅法之明文規定。原告徒執前詞，訴請撤銷不利部分，為無理由，應予駁回。又本案事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
五、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 98 年 11 月 24 日
臺北高等行政法院第三庭
審判長法 官 楊莉莉
法 官 畢乃俊法 官 陳心弘上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 98 年 11 月 24 日
書記官 鄭聚恩