臺北高等行政法院判決
98年度訴字第387號原 告 聯發科技股份有限公司代 表 人 甲○○(董事長)住訴訟代理人 李念祖律師
牛豫燕律師（兼送達代收人）彭運鵾會計師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 陳文宗（局長）訴訟代理人 乙○○
丙○○上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國97年12月23日台財訴字第09700543240 號訴願決定( 案號：第00000000號) ，提起行政訴訟。本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告民國( 下同)93 年度營利事業所得稅結算申報，原列報合於獎勵規定之免稅所得(以下簡稱免稅所得)新臺幣( 下同) 13,230,804,716元、研究與發展支出3,180,581,076 元及可抵減稅額1,224,201,891 元，經被告初查分別核定免稅所得10,207,051,831元、研究與發展支出2,139,214,115 元及可抵減稅額847,436,027 元，應補稅額344,098,054 元。原告不服，申請復查，經被告以97年9 月19日北區國稅法一字第0970008983號復查決定書( 下稱原處分) 駁回其復查之申請，未獲變更，原告對免稅所得乙項仍表不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟。
二、本件原告主張：㈠原告就系爭90年度經經濟部工業局核准增資擴展( 下稱第2
次5 年免稅) 案件，係於90年8 月向經濟部工業局申請並於同年9 月28日獲工業局核發「符合新興重要策略性產業」核准函，嗣於91年6 月24日獲新竹科學工業園區管理局核發完成證明，之後於91年7 月24日向財政部提出申請自91年1 月
1 日起5 年免徵營利事業所得稅，而財政部於同年9 月2 日發核准函，准許原告自91年1 月1 日起適用第2 次5 年免稅。於前述自90年8 月起至91年9 月止之申請期間，90年12月27日台經字第071943號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（下稱新獎勵辦法），系爭獎勵辦法既已於90年12月間變更，而新獎勵辦法更於91年1月1 日起即生效實施，因此於系爭第2 次5 年免稅申請案之過程中，應構成中央法規標準法第18條所定處理程序終結前據以准許之法規有變更之情形，並有「從新從優原則」之適用。
⒈中央法規標準法第18條明訂：「各機關受理人民聲請許可
案件適用法規時，除依其性質適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。但舊法規有利於當事人而新法規未廢除或禁止所聲請之事項者，適用舊法規。」換言之，中央法規標準法針對人民申請許可案件之相關法規，採取所謂「從新從優原則」，只要是在程序未終結前，法規發生任何變動，而新法規未有不利於當事人之規定，原則上均應適用新法。
⒉次查，「所謂多階段行政處分之作成，須二個以上機關本
於各自職權共同參與而言，此際具有行政處分性質者乃屬最後階段之行為，亦即直接對外生效之部分……在例外情形，如法規明定其他機關之參與行為為獨立之處分，或其參與行為（許可或同意），依法應單獨向相對人為之者，則亦視為行政處分。」（參見大法官吳庚所著「行政法之理論與實用」乙書）。此外，參酌鈞院91年度訴字第1138號判決意旨可知就人民申請案，倘為需經多數行政機關本於職權共同參與審核者，構成所謂多階段行政處分，並以屬最後階段且直接對外生效之部分為行政處分行為。
⒊原告就系爭第2 次5 年免稅，雖必須向經濟部工業局申請
核發符合新興重要策略性產業核准函，並於增資擴展計畫完工後向新竹科學工業園區管理局申請取得核發完成證明等兩階段申請，惟原告如欲享受促進產業升級條例所規定之5 年免徵營利事業所得稅之優惠，必須依促進產業升級條例施行細則第19條規定，檢具相關文件向財政部申請核准，並於取得財政部核發免稅核准函為止，始真正取得免稅資格。準此，揆諸前述見解，經濟部工業局、新竹工業科學園區管理局以及財政部等行政機關根據促進產業升級條例及其相關法令就原告所提出之第2 次5 年免稅申請案，所各自作成之核准函，係屬一多階段行政處分，而經濟部工業局於前階段所核發之符合新興策略性產業核准函，雖具有行政處分之性質，惟僅屬多階段行政處分之前階段行為，而第2 次5 年免稅申請案各階段之主管機關，於原告申請增資擴展從事高階積體電路設計案所為各階段之處分，應構成一個整體之處理程序，於財政部最終核發免稅核准函前，處理程序尚未終結，其間如據以適用之法規有變更者，依中央法規標準法第18條之規定，自應適用新法規。
⒋按新獎勵辦法於91年1 月1 日開始實施，而財政部係於91
年7 月24日收受原告提出之第2 次5 年免稅申請案，並於91年9 月2 日發文原告免徵營利事業所得稅核准函，則針對原告第2 次5 年免稅申請案，在財政部作成最終階段之核准之前，系爭獎勵辦法既已變更，財政部當然應依據中央法規標準法第18條規定，依職權根據新獎勵辦法核發原告免稅核准函。
⒌又按行政程序法第9 條規定，行政機關就該管行政程序，
應於當事人有利及不利之情形一律注意，且依中央法規標準法第18條之規定適用新法規，亦為行政機關之職責所在，故財政部未依新獎勵辦法核發原告免稅核准函，已屬適用法規未洽，而被告如因而認定原告計算免稅收入時不得適用新獎勵辦法第5 條第3 項之規定，則此項見解亦與中央法規標準法第18條規定有所牴觸。是以，被告未依財政部核發原告5 年免稅核准函時其獎勵辦法業已修訂，顯與行政程序法第9 條之規定相悖，因此被告應自行根據依中央法規標準法第18條之規定，准予原告適用修正後新獎勵辦法計算免稅所得，始符行政程序法第9 條規定之意旨。
⒍本件財政部於作成91年9 月2 日核准原告自同年1 月1 日
起5 年免徵營利事業所得稅之免稅核准函時，新獎勵辦法已經開始實施，則依據中央法規標準法第18條之規定，財政部自應依新法新獎勵辦法之規定，核發原告免稅核准函。況原告之投資計畫，係自91年1 月1 日起始有相關收入之產生，此時方有適用5 年免稅之實益，自應適用當時之新獎勵辦法。此外，原告之第2 次5 年免稅申請案，在財政部最終於91年9 月2 日核發免稅核准函之前，仍屬處於行政機關受理人民申請案之處理階段，並未進入任何行政訴訟程序，訴願決定援引行政法院72年判字第1651號針對進入行政訴訟案件之判例，遽謂本案依實體從舊程序從新之原則，應適用舊獎勵辦法云云，自屬誤解，要無足採。㈡倘認經濟部工業局、新竹科學工業園區管理局以及財政部針
對5 年免稅申請案所各自核發之核准函，分屬獨立之行政處分，則各行政機關本應依職權適用其作成該獨立行政處分當時施行生效之法規；而本件財政部係於91年9 月2 日始做成系爭第2 次5 年免稅核准函，因此財政部本於職權自應適用當時業已生效施行之新獎勵辦法。
⒈參照最高行政法院93年度判字第1183號及95年度判字第12
24號判決意旨，倘認為事業根據促進產業升級條例於各階段向該管主管機關所提出之申請（自申請符合重要科技事業屬於製造業及技術服務業、申報完成證明至申請免稅等），均為各自獨立之申請案，當前一階段之申請或該管主管機關核發許可時，該件申請案即告終結，而當事業進行下一階段之申請案時，該管主管機關於審核此一階段之申請案時，應適用申請案提出當時有效之法規，以為核駁依據。
⒉原告向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業證
明，以及嗣後向科學工業園區申請核發完成證明及向財政部申請核發5 年免稅證明等各階段之申請案，均屬各自獨立之申請案，則各階段之主管機關就各該申請案，自應適用申請案提出時有效之法規，據以核駁原告之申請。查原告就本件第2 次5 年免稅申請，係於91年7 月24日向財政部提出，此由財政部91年9 月2 日台財稅字第0910455539號函，明揭係依據原告91年7 月24日（90）聯發財字第91
050 號函辦理即明，而於原告提出本件申請案時，新獎勵辦法已自91年1 月1 日起開始實施，則財政部自應適用原告提出申請時有效之新獎勵辦法，據以核准，而被告就免稅範圍之核定，自亦應以新獎勵辦法為據。
㈢新獎勵辦法第5 條第3 項增訂目的，係為明確定義免稅收入
範圍，以杜徵納雙方爭議，非增加新獎勵辦法項目，而被告否准原告之第2 次5 年免稅申請案應適用新獎勵辦法，有適用法規不當之違法：
⒈按新獎勵辦法修正總說明第1 項及第5 條修正條文說明可
知，被告在計算原告高階積體電路設計五年免稅收入時，應將原告委外製造之成品銷貨收入納入，如此始符合法規規定。新獎勵辦法增訂目的，係著眼於倘財政部未將此類產品納入免稅範圍，產生徵納雙方爭議，勢必需循行政救濟途徑解決，徒然浪費司法資源並製造民怨，故法規增訂之目的並非有意賦予新申請者較原申請者更為有利之條件，而係將原來新獎勵辦法此項目投資計畫免稅之範圍予以闡明，以杜爭議。
⒉依新獎勵辦法之增訂說明可知，縱依新獎勵辦法，財政部
及被告本即應將原告委外製造之成品銷貨收入納入免稅產品之範圍，而此亦為舊獎勵辦法本欲提供予原告免徵營利事業所得稅之優惠，然被告卻以舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5 條第3 項之規定，即斷章取義認為原告免稅收入範圍不包含自行銷售經核准之投資計畫完成之設計所產製產品。按「行政行為應受法律及一般法律原則之拘束」為行政程序法第4 條所明定，被告適用法規顯然已與新獎勵辦法之增訂說明相牴觸，顯有未洽。
㈣原告請求准予增列之免稅所得額之計算：謹按，原告91年度
營利事業所得稅結算申報，其中屬第2 次5 年免稅（即以90年度增資擴展新增投資計畫）產品收入淨額部分，原列報21,384,174,213元，經被告按75% 核算調減為16,352,603,824元。惟原告認為被告應就全額（即21,384,174,213元）認列為免稅所得額，因此訴請判決撤銷原處分，俾維持原告就93年度營利事業所得稅所申報關於第2 次5 年免稅部分之全額21,384,174,213元，併此敘明。
㈤被告援引行政法院83年3 月16日庭長評事聯席會議決議，指
稱系爭第2 次5 免稅申請案之主管機關為經濟部工業局，就經濟部工業局90年9 月28日所核發之核准函，財政部並無擴充或變更之權限，原告對於第2 次5 年免稅案之產品所得「免稅範圍」之核定表示不服，自應向核定機關或決定機關（即經濟部工業局）提起行政爭訟云云。第查：
⒈根據促進產業升級條例第6 條第2 項、第4 項以及同條例
施行細則第19條等規定，原告欲享受第2 次5 年免稅之獎勵優惠，其申請流程必須經歷下列三階段：⑴先向經濟部工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函；⑵取得工業局核發之核准函後，再向科學工業園區管理局申請核發「新興重要策略性產業完成證明」；⑶於取得上開工業局之核准函以及科學工業園管理局之完成證明後最後始得據以向財政部申請系爭第2 次5 年免稅之核准函。可知：系爭第2 次5 年免稅之獎勵優惠申請程序，整體而言，實包括上述3 機關處理程序在內，乃3 個機關處理程序之總合，並不能割裂，否則即未符法規而無由准許5 年免稅優惠之獎勵。故本件系爭第2 次5 年免稅優惠獎勵之申請程序，於財政部完成最終審核程序前，均屬「行政機關受理人民申請案件，處理程序終結前」之範疇，洵堪認定，且於財政部受理原告於91年7 月24日所提第2 次5 年免稅申請案時，新獎勵辦法業已明文規定其免稅範圍，包括「自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得」，此項增訂為舊獎勵辦法第5 條所未明訂，乃新法規，此為法規變更，自有中央法規標準法第18條之適用，應適用新法規（即新獎勵辦法）。
⒉蓋促進產業升級條例第4 條第1 項雖有規定：「本條例所
稱工業主管機關：在中央為經濟部工業局；在直轄市為直轄市政府建設局；在縣（市）為縣（市）政府。」惟同條第2 項亦明文：「本條例所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關會同相關主管機關辦理。」由此可知促進產業升級條例所定新興重要策略性產業之獎勵申請，涉及多個行政機關之職權行使：經濟部工業局職權行使的目的及範圍係就產業是否符合新興重要策略性產業之資格為認定，而財政部職權行使的目的及範圍應就5 年免稅之否准及免稅額之計算為認定，二機關職掌目的及範圍不同，各自應依法本於職權作成符合其職掌目的及範圍之處分。準此，就系爭第2 次5 年免稅申請案之三階段流程而言，經濟部工業局核發之「符合新興重要性產業」核准函，其效力在於核定原告屬於促產條例所規範之「新興重要策略性產業」，科學工業園管理局所核發之完成證明，其效力在於確定原告90年度之增資擴展計畫業已完成，而財政部所核發之5 年免稅核准函，其效力在於核定原告得享受5 年免稅優惠之起迄期間以及免稅範圍，因此原告最終享有5 年免稅優惠之免稅範圍，係於財政部審核階段予以核定。
⒊實則，根據促進產業升級條例第8 條及第9 條之規定，同
條例施行細則第16條及第19條規定，新獎勵辦法第17條第
1 項規定，財政部就系爭免稅申請案，本有根據促進產業升級條例施行細則第19條規定審查核發免稅核准函以及根據新獎勵辦法第17條第1 項計算免稅額之權限，且參照同條例第8 條以及第9 條等規定，亦可知營利事業須係於向財政部提出核發5 年免稅核准函之申請時，始發生擇定適用免徵營利事業所得稅之法律效果，並於獲財政部核發核准函後始產生得享受5 年免徵營利事業所得稅之租稅優惠之效果。是以財政部就5 年免稅核准函之核發，不僅應本於獨立權責，審查核定申請人之免稅要件以及免稅所得額之計算方法，且與經濟部工業局之核准符合新興重要策略性產業核准函之法律效果，各異其趣，亦無所謂變更或擴張經濟部工業局核准函決定之問題，被告之主張，並非事實。
⒋行政法院83年3 月16日庭長評事聯席會議決議之見解，姑
不論前揭庭長評事聯席會議決議並非法律、行政規定、司法院解釋或判例，不具備任何法律之位階，前揭會議決議所示案例事實，在於對於欠稅之營利事業負責人是否限制出境之必要，係由財政部決定，內政部入出境管理局僅單純根據財政部之決定通知，執行境管限制，並無審查財政部決定之當否之權限，從而應認財政部之限制出境決定為行政處分，得對之請求行政救濟。然而就系爭第2 次5 年免稅申請案之3 階段流程而言，財政部於最後階段係本於職權審查被上訴人之免稅申請案，其所核發之核准函並且具有核定原告得享受5 年免稅優惠之起迄期間以及免稅範圍之效力，因此財政部並非經濟部工業局核准函之執行單位，二者迥不相謀，被告恣意援引比附，顯屬無據。
⒌末按，就原告之系爭第2 次5 年免稅案而言，經濟部工業
局核准原告之「符合新興重要策略性產業」核准函，係於90年9 月28日所核發，斯時獎勵辦法尚未進行修正，因此經濟部工業局適用新獎勵辦法核發「符合新興重要策略性產業」核准函，本無任何違誤，原告無須亦無可能對經濟部工業局提起行政救濟。被告主張原告如對系爭免稅申請案有所不服，應向經濟部工業局提起行政救濟，亦無理由。
㈥被告為行政機關，依法有正確適用稅捐法規之權責與義務，
倘所適用稅捐法規有誤，即無由依平等原則或法安定性原則，主張維持其錯誤之行政處分，因此被告主張其稽徵實務上，如受理90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均係參酌賦稅署91年9 月10日覆函之意見，依行為時據以准許之法令作成行政處分云云，復未能舉證證明賦稅署前揭函意見之法源依據何在，所辯自非有理。
㈦綜上所述，訴願決定及原處分均有違法不當，為此，原告依
據行政訴訟法第4 條第1 項規定，提起本件撤銷訴訟，並聲明求為判決：訴願決定及原處分( 即原復查決定及原核定通知) 關於第2 次5 年免稅所得所為不利於原告之部分均予撤銷。訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：㈠按「各機關受理人民聲請許可案件適用法規時，除依其性質
應適用行為時之法規外，如在處理程序終結前，據以准許之法規有變更者，適用新法規。」「行政機關對於人民依法規之申請，除法規另有規定外，應按各事項類別，訂定處理期間公告之。未依前項規定訂定處理期間者，其處理期間為2個月。行政機關未能於前2 項所定期間內處理終結者，得於原處理期間之限度內延長之，但以1 次為限。」「本法所稱行政規則，係指上級機關對下級機關，或長官對屬官，依其權限或職權為規範機關內部秩序及運作，所為非直接對外發生法規範效力之一般、抽象之規定。行政規則包括下列各款之規定︰一、關於機關內部之組織、事務之分配、業務處理方式、人事管理等一般性規定。二、為協助下級機關或屬官統一解釋法令、認定事實、及行使裁量權，而訂頒之解釋性規定及裁量基準。」「為促進產業升級，健全經濟發展，特制定本條例。」「本條例所稱工業主管機關︰在中央為經濟部工業局；在直轄市為直轄市政府建設局；在縣( 市) 為縣( 市) 政府。本條例所定事項，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關會同相關主管機關辦理。」「經依本條例第9 條第1 項規定擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起1 年內，檢齊下列文件，向財政部申請5 年免徵營利事業所得稅：一、符合新興重要策略性產業之核准函影本。二、符合新興重要策略性產業投資計畫之完成證明及全新設備清單影本。三、中央目的事業主管機關就選擇適用免徵營利事業所得稅備查函影本。
」「公司依本條例第9 條第3 項選定延遲開始免稅之期間，應於其投資計畫完成之日起2 年內，依下列規定向財政部申請核定，逾期不予受理，經核定後，不得再行變更：一、與申請適用免徵營利事業所得稅同時申請者，於同一申請書內敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。二、於核准免徵營利事業所得稅後始行申請者，應另備申請書，敘明自行選定開始免稅之期間及其會計年度起訖日期。」分別為中央法規標準法第18條前段、行政程序法第51條第1 項至第3 項、第159 條及促進產業升級條例第1 條、第4 條、同條例施行細則第19條、第21條所明定。次按「第2 條及第
3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下……八、技術服務業……（三）高階積體電路設計。」「公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，新投資創立者應於工廠設立許可函或公司設立執照核發之次日起6 個月內；增資擴充者應於增資變更核准之公司執照或新設工廠之工廠設立許可函核發之次日起6 個月內；或於本辦法發布日起6 個月內，向經濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函。……經濟部工業局於核發第1 項核准函時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，應於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起3 年內完成投資計畫，並於完成後檢具相關文件，依下列規定申請核發完成證明：一、投資計畫之執行地點位於科學工業園區內之公司，向科學工業園區管理局為之。……前項完成證明之格式，由經濟部工業局定之。公司申請核發完成證明時，應於完成證明申請書中自行填入適用第2 條或第3 條相關款次之規定，經擇定後不得變更。第1 項主管機關於核發完成證明時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。
」「經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，未能於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函之次日起
3 年內完成投資計畫，或投資計畫產品或技術服務項目變更者，應於期限屆滿前向經濟部工業局申請展延或變更。但全程計畫完成期限不得超過4 年。經濟部工業局於核定計畫展延或產品變更時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。」「第2 條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下……八、技術服務業……（三）高階積體電路設計……第1 項第8 款第3 目，選擇適用5 年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。」為行政院90年2 月20日台經字第010445號令發布之新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法（下稱舊獎勵辦法）第5 條第1 項第8 款第3 目、第6 條、第8 條、第9條及90年12月27日台經字第071943號令發布之新獎勵辦法第
5 條第1 項第8 款第3 目、第3 項所規定（詳原卷第486 頁至第495 頁）。又「本注意事項所稱稅式支出，指政府為達成經濟或社會目標，利用免稅額、扣除額、稅額扣抵、免稅項目、稅負遞延或優惠稅率等租稅減免方式，補貼特定對象之措施。」「業務主管機關研擬稅式支出法規，於研議可行並具效益後，經自行評估每年度稅收損失在新臺幣5 千萬元以上者，應依下列程序辦理……（三）業務主管機關應邀集財政部、本院主計處、經濟建設委員會與研究發展考核委員會等相關機關及學者專家就所研提之評估方案會商，經確認該方案可行後，擬訂法規，依規定發布或將評估方案及擬訂之法規循程序送本院審查。」為行政院92年7 月18日行政院院臺財字第0000000000-B號函發布之稅式支出評估作業應注意事項第2 點及第4 點前段所規定。
㈡原告係經營積體電路製造業，86年度經科學工業園區管理局
核准新投資創立（下稱第1 次5 年免稅），選定自87年1 月
1 日起連續5 年內免徵營利事業所得稅，88及89年度又經該局核准第1 次及第2 次增資擴展（以下分別稱第1 次4 年免稅及第2 次4 年免稅），分別自89年1 月1 日及90年1 月1日起連續4 年內就其新增所得免徵營利事業所得稅，90及91年度經經濟部工業局核准增資擴展（以下稱第2 次5 年免稅、第3 次5 年免稅），分別自91年1 月1 日及92年1 月1 日起連續5 年內就其新增所得免徵營利事業所得稅。93年度列報免稅所得13,230,804,716元。被告依首揭要點第12點第2項規定，按76.47 ﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額，核定免稅所得10,207,051,831元並無不合。
㈢答辯理由：
⒈經查公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，需先向經
濟部工業局申請核發符合新興重要策略性產業核准函，並於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起3 年內完成投資計畫，再於完成後申請核發完成證明（申請人係向投資計畫執行地點所在地科學工業園區管理局申請），經取得符合新興重要策略性產業核准函及完成證明後，擇定適用免徵營利事業所得稅之公司，應於其投資計畫完成之次日起1 年內，依首揭施行細則第19條所規定，檢齊相關文件向財政部申請5 年免徵營利事業所得稅。即申請適用新興重要策略性產業獎勵之准駁機關為經濟部工業局，財政部僅依據相關核准函所適用之獎勵辦法、符合法令及適用範圍核准5 年免徵營利事業所得稅之優惠，並無擴充或變更之權限。又舊獎勵辦法及新獎勵辦法分別於90年2 月20日及90年12月27日發布，是於90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令，無新獎勵辦法之適用。本件原告第2 次5 年免稅投資計畫係經經濟部工業局90年9月28日核准符合舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計（詳原卷第227 頁），於經濟部工業局核發符合新興重要策略性產業核准函時，新獎勵辦法尚未發布，即據以准許之法規並未有變更情事，應遵循行為時據以准許之法令，適用舊獎勵辦法之規定。至原告主張於91年7 月12日及同年9 月2 日始分別經科學工業園區管理局核發完成證明及經財政部核備5 年免徵營利事業所得稅（詳原卷第22
4 頁至第225 頁），應適用新獎勵辦法乙節，經查申請適用新興重要策略性產業獎勵之准駁機關為經濟部工業局，並非財政部或科學工業園區管理局，其處理程序於經濟部工業局核發核准函後業已終結，本件經濟部工業局核發其符合新興重要策略性產業核准函之日期為90年9 月28日，且經核准符合之法令係90年2 月20日行政院發布之舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，自無新獎勵辦法規定之適用。然舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5 條第3 項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，被告依首揭要點第12點第
2 項規定，按76.47 ﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額並無不合，請予維持。
⒉行政處分之概念特徵之一，乃直接對外發生法律上效果。
凡行政機關之行為，而未對外發生法律效果者，均應排除於行政處分之外，此類行為首推行政內部行為，例如機關內各單位之會簽意見，或機關與機關間交換意見之行文。行政體系之內部行為通常不屬於行政處分，此一原則，於行政處分類別中之多階段處分亦有其適用。所謂多階段處分係指行政處分之作成，須2 個以上機關本於各自職權共同參與而言，此際具有行政處分性質者乃屬最後階段之行為，亦即直接對外生效之部分，至於先前階段之行為則仍為內部意見之交換。在例外情形，如法規明定其他機關之參與行為為獨立之處分，或參與行為（許可或同意），依法應單獨向相對人為之者，則亦視為行政處分。例如享有租稅優惠之生產事業，須先取得該管機關經濟部之審核證明，財稅主管機關始能據以核准減免稅捐。經濟部之審核證明即屬此種例外情形，行政法院亦認其為獨立之行政處分而予以受理。就行政機關平行關係而言，此類處分以往多於營業許可、減免稅捐事件中存在，近年限制入出境處分常以多階段處分方式出現，例如營利事業所得欠稅達1百萬元或個人欠稅達50萬元者，依「限制欠稅人或欠稅營利事業負責人出境實施辦法」，由財政部通知內政部入出國及移民署限制出境，後者限制出境處分係以前者通知行為為依據，構成多階段處分。此際原則上應以入出國及移民署限制出境之公文書，作為最後階段之處分，如有不服得依法提起行政爭訟。但此種處理原則有其缺點，即受理訴願之機關事實尚難於發揮救濟功能，因為限制出境係財政部所決定，向入出境管理機關之上級機關內政部提起訴願，內政部無從審查財稅機關決定之當否，故應有變通之辦法，在理論上如先前階段之行為（例如財政部致入出國及移民署之函）符合下列條件：一為作成處分之機關（即最後階段行為之機關），依法應予尊重，且不可能有所變更，換言之，當事人權益受損害實質上係因先前階段行為所致；二為先前階段之行為具備行政處分之其他要素；三為已直接送達或以他法使當事人知悉者（例如財政部以公函之副本送交當事人），則應許當事人直接對先前之行為，提起救濟，即以不服財政部之處分為由向行政院提起訴願。目前實務上已採前述變通辦法，行政法院83年3 月16日庭長評事聯席會議決議略以：「營利事業欠稅其負責人（原告）是否有限制出境之必要，係由財政部決定，內政部入出境管理局無從審查財稅機關決定之當否，是於財政部函請該局限制出境同時將副本送達被告時，應認為已發生法律上之效果，即為行政處分，得對之請求行政救濟。本院72年11月份庭長評事聯席會議決議應予變更。」（詳原卷第496 頁）已決定變更往例，改採前述變通辦法（吳庚「行政法之理論與實用」，96年9 月第10版，第336 頁至第338 頁及第362 頁至第364 頁參照；詳原卷第501 頁至第507 頁）。又查促進產業升級條例之立法目的係「促進產業升級，健全經濟發展」，為經濟部之職掌目的及管轄範圍，經濟部基於推動國家經濟政策之業務執掌目的，常藉由「補助」、「技術指導」、「技術合作」、「（受）委託研發」等方式協助國家所欲扶植之產業，並透過立法將該經濟政策落實執行。而上開條例第8 條及第9 條有關「租稅減免」之規定，係經濟部為達成上開經濟政策目的，以「稅式支出」之方式「補助」新興重要策略性產業。次查稅捐稽徵法立法目的係「稅捐之稽徵」，為財政部之職掌目的及管轄範圍，依稅法相關規定，納稅義務人無論係個人或營利事業如有中華民國來源所得或國內外營利事業所得，均應課徵稅捐。因此「租稅減免」係「量能課稅」及「租稅公平」之例外，必須依據其他欲透過「稅式支出」方式補助特定對象之中央主管機關所根據之國家政策（如經濟政策、社會福利政策、教育政策……等）經立法明定之範圍始得為之，首揭「稅式支出評估作業應注意事項」規定參照。準此，新興重要策略性產業之「免稅範圍」取決於經濟部依國家經濟政策所定欲扶植之產業範圍，自應由首揭條例所定之中央主管機關（即經濟部工業局）核定，財政部並無擴充或變更之權限。綜上所論，原告第2 次5 年免稅申請案，核屬上開所述多階段之行政處分，此際原則上應以財政部之核准函，作為最後階段之處分，如有不服得依法向財政部提起行政爭訟。惟查本件系爭免稅申請案係由經濟部工業局、財政部及科學工業園區管理局共同參與，各該機關並依其主管業務之法規分別就其受理之申請案單獨向被告作成獨立之行政處分，核屬上開所述之例外情形。參照上開行政法院83年3 月16日庭長評事聯席會議決議庭長評事聯席會議決議意旨，原告對於第
2 次5 年免稅案之產品所得「免稅範圍」之核定表示不服，自應向核定或決定機關（即經濟部工業局）提起行政爭訟，財政部並無從審查經濟部工業局決定之當否，亦無從擴充或變更經濟部工業局本於職權核定「免稅範圍」之獨立行政處分，其理自明。
⒊依最高行政法院93年度判字第1183號判決意旨（詳原卷第
497 頁至第500 頁）其中是否符合「重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準」之申請案，係由經濟部工業局受理並審定，完成證明之申請案係由科學工業園區管理局受理並審定，享受免稅之申請案係由財政部受理並審定，各機關受理申請事項各別，審定權限範圍自屬各別；又中央法規標準法第18條所稱處理程序，已明文係「各」機關（單一機關）受理人民聲請許可案件之處理程序，並非指受理具有關聯性之人民聲請許可案件之「所有」機關的處理程序。查本件原告係對其第2 次5 年免稅案之「免稅範圍」，經核定適用「舊獎勵辦法」規定之行政處分表示不服，惟原告第2次5年免稅申請案業經經濟部工業局於90年9 月28日核定其「免稅範圍」適用舊獎勵辦法所列技術服務業之高階積體電路設計（註：舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5 條第3項 增訂之免稅範圍－包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得），則該聲請許可案件之處理程序於90年12月27日新獎勵辦法發布前即已終結。依上開判決意旨，本件應適用申請時有效之法規，並無中央法規標準法第18條規定之適用。⒋經濟部工業局核定原告系爭「免稅範圍」之參與行為，係
屬前述多階段處分之例外情形，依法應單獨向相對人為之，核屬行政處分，已直接對外發生法律上效果，原告如未再以通常之救濟途逕，向經濟部工業局申請變更，該核定「免稅範圍」之行政處分，即具有存續力或確定力、不可撤銷力，財政部自無可能擴充或變更該處分。另依首揭行政程序法第51條規定，如行政機關未訂定人民申請案之處理期間者，其最長處理期間為4 個月。另依首揭促進產業升級條例施行細則第19條、第21條及獎勵辦法第6 條、第
8 條、第9 條規定，公司組織申請適用新興新興重要策略性產業免稅規定之案件，其向經濟部工業局、科學工業園區管理局及財政部申請期間最長為6 年，加計上開行政機關最長處理期間1 年（4 個月×3 階段），則該免稅申請案之處理期間將長達7 年。然產業之發展與時俱進，經濟部為因應各時期推動之經濟政策，相關法令規定將因經濟部更替所欲扶植產業之「免稅範圍」而迭有變更，倘依原審判決之見解，系爭處理程序包括經濟部工業局、科學工業園區管理局及財政部3 機關之處理程序，且財政部得（法律假設允許之情況下）逕自變更經濟部工業局已確定之行政處分，則對於稅捐機關而言，其所受理之免稅案將因法規迭有變更，致經濟部工業局核定「免稅範圍」之行政處分長期處不確定狀態，造成法律之安定性無以維持。而對於納稅義務人而言，為適用較有利之法規，亦將產生規避租稅之誘因，造成於相同期間取得經濟部工業局核定函之免稅案，因後續申請時點不同而適用不同「免稅範圍」之情形，顯有違租稅公平原則，此當非立法初始之本意。是中央法規標準法第18條所稱處理程序，應非原告所稱包括上述3 機關處理之程序在內。又上述3 機關所為之行政處分均須原告申請始能作成（吳庚「行政法之理論與實用」，96年9 月第10版，第360 頁第11行至第13行；詳原卷第504 頁），是原告如未循序向上述3 機關提出申請，自無由准許適用5 年免稅優惠之獎勵，惟原告之申請要件如皆符合首揭相關法規，其一經申請即可適用免稅優惠之獎勵，與「免稅範圍」係適用舊獎勵辦法或新獎勵辦法無涉。再者，類此案件，被告於稽徵實務經驗上，如受理90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均依行為時據以准許之法令規定作成行政處分，此有財政部賦稅署91年9 月10日台稅一發字第0910454198號函說明二、（一）（二）及三回覆經濟部工業局所研提意見之意旨略以「二、貴局所研提意見，本署意見如次：（一）有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函（註：係經濟部工業局核發）者，無論其何時取得完成證明（註：係科學工業區管理局核發），均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節，本署敬表同意。（二）至於公司之投資計畫依據舊獎勵辦法申請，且於91年1 月1 日以後始取得新興重要策略性產業核准函之案件，其據以准許之法規已有變更，應可適用新法規，其5 年免稅範圍可包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得乙節，本署原則同意，惟仍宜請貴局於核發新興重要策略性產業核准函前，通知申請公司於限期內改按獎勵辦法規定申請辦理完竣，方得適用，以免發生公司申請與核准項目不一致之情形。三、另為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，建請貴局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將上述免稅範圍明確載於公文書中。」（詳原卷第249 頁至第250 頁）可資參照。依行政程序法第6 條規定意旨，相同事項應為相同處分之原則，本件自不得為差別待遇，併予陳明。
㈣綜上論述，原處分及訴願決定並無違誤等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴、訴訟費用由原告負擔。
四、上開事實概要欄所述之事實，除後列之爭點事項外，其餘為兩造所不爭執，並有原處分書、經濟部工業局90年9 月28日工(90)電字第09000322410 號函、新竹科學工業園區管理局91年7 月12日園商字第0910017104號函、新竹科學工業園區管理局91年7 月12日園商字第0910017104號新興重要策略性產業完成證明、財政部91年9 月2 日台財稅字第0910455539號函、被告( 新竹縣)93 年度營利事業所得稅審查報告書會計師簽證申報案件、原告93年度委外比率計算表、原告93年度合於獎勵類目及標準免稅所得計算說明、原告93年度應稅及免稅產品( 勞務) 生產( 提供) 、銷售明細表、被告92年度營利事業所得稅審查報告書會計師簽證申報案件、原告93年度委外設計比─勞務費、原告93年度委外設計─實驗服務費、財政部賦稅署91年9 月10日台稅一發字第0910454198號函、財政部96年4 月4 日台財稅字第09600142330 號函、經濟部工業局95年5 月26日工電字第09500405530 號函、經濟部工業局91年3 月11日工電字第09100100740 號函、經濟部工業局96年3 月2日 工電字第09600167600 號公文勘誤表、新竹科學工業園區管理局96年3 月19日園商字第0960006803號函、財政部96年3 月15日台財稅字第09600060320 號函、新竹科學工業園區管理局92年8 月13日園商字第0920022209號函、新竹科學工業園區管理局92年8 月13日園商字第0920022209號新興重要策略性產業完成證明、新竹科學工業園區管理局93年4 月16日園商字第0930009561號函、新竹科學園區管理局93年4 月16日園商字第0930009561號新興重要策略性產業完成證明、新竹科學工業園區管理局89年12月29日(89)園商字第029305號函、新竹科學工業園區科學工業稅捐減免事項表(90 年1 月1 日) 、原告主要生產設備清單、新竹科學工業園區管理局91年1 月14日園商字第0910000918號函、財政部93年11月15日台財稅字第09300534340 號函、新竹科學工業園區管理局90年6 月13日(90)園商字第14726 號網際網路業製造業及技術服務業購置設備或技術投資抵減證明、原告依促進產業升級條例第8 條原始認股或應募原重要科技事業、原重要投資事業、原創業投資事業或新興重要策略性產業及其他之股東投資抵減稅額明細表、原告93年度新投資創立或增資擴展適用免徵營利事業所得稅免稅所得計算表等件分別附原處分卷、訴願卷及本院卷可稽，為可確認之事實。
五、歸納兩造上述之主張，本件爭執之重點在於: 原告主張依90年12月增修之新獎勵辦法第5 條第3 項規定，請求被告准予原告於93年度就第2 次5 年免稅產品營業收入自行銷售經核准投資完成之設計所產製產品之所得，認列免稅所得範圍，是否有理由？被告依新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點( 下稱計算要點)(一) 第12點規定，按
76.47 ﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額，核定免稅所得10,207,051,831元，是否適法? 本院判斷如下：
㈠按「前項選擇適用免徵營利事業所得稅者，依下列規定辦理
：一、……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5 年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以增資擴建獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」為促進產業升級條例第9 條第2 項第2款所明定。次按「科學工業得自其產品開始銷售或勞務開始提供之日起2 年內，自行選定4 年內之任何一會計年度之首日開始，連續免徵營利事業所得稅5 年。科學工業增資擴展供生產或提供勞務設備者，得就左列獎勵擇一適用。但擇定後不得變更：一、自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起2 年內，得自行選定4 年內之任何一會計年度之首日開始，連續4 年內，就其新增所得，免徵營利事業所得稅。」分別為行為時科學工業園區設置管理條例第15條第1 項、第2項第1 款所明定。復按「第2 條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：一、……八、技術服務業( 一) ……( 三) 高階積體電路設計：……」為行政院90年2 月20日台經字第010445號令發布之舊獎勵辦法第5 條第
1 項第8 款第3 目所規定。又「第2 條及第3 條投資計畫生產之產品或提供之技術服務，其範圍如下：一、……八、技術服務業( 一) ……( 三) 高階積體電路設計：……第1 項第8 款第3 目，選擇適用5 年免稅者，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得。
」及「技術服務業依第7 點增加銷貨量方式及第8 點公式計算新增投資計畫之產品( 勞務) 收入淨額者，得以投資計畫完成之日起投資計畫勞務( 產品) 收入減基準年度投資計畫勞務( 產品) 收入為準。技術服務業以符合投資計畫勞務(產品) ，產銷非屬投資計畫之最終勞務( 產品) ，其符合投資計畫勞務( 產品) 收入之計算如下：投資計畫勞務( 產品) 收入＝含投資計畫勞務( 產品) 之最終勞務( 產品) 收入淨額×｛財政部備查當年度投資計畫勞務( 產品) 之同業利潤標準之淨利率÷〔財政部備查當年度投資計畫勞務( 產品) 之同業利潤標準之淨利率＋含投資計畫勞務( 產品) 之最終勞務( 產品) 同業別或相近業別買賣業之同業利潤標準之淨利率〕｝依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第5 條第3 項或其他獎勵辦法規定，其免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得者，不適用前項計算公式。」分別為行政院90年12月27日台經字第071943號令發布之新獎勵辦法第5 條第1 項第8 款第3 目、第3 項前段及財政部92年5 月9 日台財稅字第0920452717號令釋之計算要點( 一) 第12點所規定。
㈡原告係經營積體電路製造業，86年度經新竹科學工業園區管
理局核准第1 次5 年免稅，選定自87年1 月1 日起連續5 年內免徵營利事業所得稅，88及89年度又經該局核准第1 次4年免稅及第2 次4 年免稅，分別自89年1 月1 日及90年1 月
1 日起連續4 年內就其新增所得免徵營利事業所得稅，90及91年度經經濟部工業局核准第2 次5 年免稅、第3 次5 年免稅，分別自91年1 月1 日及92年1 月1 日起連續5 年內就其新增所得免徵營利事業所得稅。93年度列報免稅所得13,230,804,716元。被告依首揭要點第12點第2 項規定，按76.47﹪計算其新增投資計畫之產品收入淨額，核定免稅所得10,207,051,831 元，尚無不合。
㈢查原告系爭第2 次5 年免稅申請案，係於90年8 月間向主管
機關經濟部工業局申請核發「符合新興重要策略性產業」核准函，而工業局係於舊獎勵辦法時期即90年9 月28日，核發「符合新興重要策略性產業」核准函，該函說明欄記載：
「．．．核符90年2 月20日行政院發布之『新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法』第3 條第3 款及第5 條第1 項第8 款第3 目之規定（即舊獎勵辦法）．．
．。」有該核准函附卷足稽( 見本院卷第47頁反面) ，被告據該核准函，以原告適用90年2 月20日發布之舊獎勵辦法核定系爭免稅所得，並無不合。又財政部賦稅署曾以91年9 月10日台稅一發字第0910454198號函復經濟部工業局，於說明二表示有關「90年12月31日以前」取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節( 附原處分卷第249-250 頁可稽) ，核該函釋，乃財政部基於主管權責，就有關「90年12月31日以前」取得新興重要策略性產業核准函者，是否適用新獎勵辦法所為之解釋，核無違租稅法律主義及立法之本旨，且90年12月27日發布之新獎勵辦法，無溯及既往規定之適用，基於法之安定性考量，稽徵機關辦理相關案件自得援用。
㈣按促進產業升級條例之立法目的係「促進產業升級，健全經
濟發展」，為經濟部之職掌目的及管轄範圍，經濟部基於推動國家經濟政策之業務執掌目的，常藉由「補助」、「技術指導」、「技術合作」、「（受）委託研發」等方式協助國家所欲扶植之產業，並透過立法將該經濟政策落實執行。而上開條例第8 條及第9 條有關「租稅減免」之規定，係經濟部為達成上開經濟政策目的，以「稅式支出」之方式「補助」新興重要策略性產業。次查稅捐稽徵法立法目的係「稅捐之稽徵」，為財政部之職掌目的及管轄範圍，依稅法相關規定，納稅義務人無論係個人或營利事業如有中華民國來源所得或國內外營利事業所得，均應課徵稅捐。因此「租稅減免」係「量能課稅」及「租稅公平」之例外，必須依據中央主管機關所根據之國家政策（如經濟政策、社會福利政策、教育政策……等）經立法明定之範圍始得為之。準此，新興重要策略性產業之「免稅範圍」取決於經濟部依國家經濟政策所定欲扶植之產業範圍，自應由首揭條例所定之中央主管機關（即經濟部工業局）核定。
㈤本件原告申請核發符合「新興重要策略性產業」之申請案，
係由經濟部工業局受理並審定；投資計畫完成後申請核發完成證明之申請案係由新竹科學園區管理局受理並審定；享受適用5 年免稅之申請案係由財政部受理並審定，以上係各自獨立之申請案，各機關受理申請事項各別，審定權限範圍自屬各別；核屬多階段之行政處分。次按「中央法規標準法第18條，係以人民聲請許可案件，於聲請後至處理程序終結前，據以准許之法規有變更之情形，始生新法規與舊法規比較之問題。本件上訴人於89年7 月1 日受讓系爭被動元件廠，至90年6 月6 日申報完成證明及享受免稅獎勵，並無法規變更之情事。且申請是否符合『重要科技事業屬於製造業及技術服務業部分適用範圍標準』之核發，與申報完成證明及享受免稅，係各自獨立之聲請案件。前者被上訴人於88年12月
9 日核發符合規定，該項聲請許可案件之處理程序即已終結。本件自應適用申請時有效之法規，核與中央法規標準法第18條及稅捐稽徵法第一之一條之規定無涉，亦無適用不真正溯及既往原則之可言。至於司法院釋字第142 號解釋，係針對稅捐核課期間，法律修正後營業稅應否補徵所為釋示，於本件無其適用之餘地。……」（最高行政法院93年度判字第1183號判決意旨參照）。中央法規標準法第18條所稱處理程序，已明文係「各」機關（單一機關）受理人民聲請許可案件之處理程序，並非指受理具有關聯性之人民聲請許可案件之「所有」機關之處理程序。本件原告新投資創立生產高階積體電路設計之投資計畫申請核發符合新興重要策略性產業案，業經經濟部工業局於90年9 月28日核准其「免稅範圍」適用舊獎勵辦法所列技術服務業之高階積體電路設計（舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5 條第3 項增訂之免稅範圍－包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得），則該聲請許可案件之處理程序於90年12月27日新獎勵辦法發布前即已終結，參照前揭說明，本件應適用申請時有效之法規，並無中央法規標準法第18條規定之適用。
㈥又依行政程序法第51條規定，如行政機關未訂定人民申請案
之處理期間者，其最長處理期間為4 個月。另依首揭促進產業升級條例及獎勵辦法第6 條、第8 條、第9 條規定，公司組織申請適用新興重要策略性產業免稅規定之案件，其向經濟部工業局、新竹科學園區管理局及財政部申請期間最長為
6 年，加計上開行政機關最長處理期間1 年（4 個月×3 階段），則該免稅申請案之處理期間將長達7 年。然產業之發展與時俱進，經濟部為因應各時期推動之經濟政策，相關法令規定將因經濟部更替所欲扶植產業之「免稅範圍」而迭有變更，倘依原告主張，系爭處理程序包括財政部之處理程序，且財政部得逕自變更經濟部工業局已確定之行政處分，則對於稅捐機關而言，其所受理之免稅案將因法規迭有變更，致經濟部工業局核定「免稅範圍」之行政處分長期處於不確定狀態，造成法律之安定性無以維持。而對於納稅義務人而言，為適用較有利之法規，亦將產生規避租稅之誘因，造成於相同期間取得經濟部工業局核准免稅範圍之核准函，因後續申請時點不同而適用不同「免稅範圍」之情形，顯有違租稅公平原則，此當非立法初始之本意。況類此案件，被告於稽徵實務經驗上，如受理90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函者，無論其何時取得完成證明，均依行為時據以准許之法令規定作成行政處分，此有財政部賦稅署91年
9 月10日台稅一發字第0910454198號函說明二、（一）（二）及三回覆經濟部工業局所研提意見之意旨略以「二、貴局所研提意見，本署意見如次：（一）有關90年12月31日以前取得新興重要策略性產業核准函（註：係經濟部工業局核發）者，無論其何時取得完成證明（註：係科學工業園區管理局核發），均應遵循行為時據以准許之法令，故無適用新獎勵辦法之餘地乙節，本署敬表同意。（二）至於公司之投資計畫依據舊獎勵辦法申請，且於91年1 月1 日以後始取得新興重要策略性產業核准函之案件，其據以准許之法規已有變更，應可適用新法規，其5 年免稅範圍可包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得乙節，本署原則同意，惟仍宜請貴局於核發新興重要策略性產業核准函前，通知申請公司於限期內改按獎勵辦法規定申請辦理完竣，方得適用，以免發生公司申請與核准項目不一致之情形。
三、另為便利徵納雙方於計算免徵營利事業所得稅時有所依循，建請貴局於核發新興重要策略性產業核准函及完工證明時，應將上述免稅範圍明確載於公文書中。」（見原處分卷第249-250 頁）可資參照。依行政程序法第6 條規定意旨，相同事項應為相同處理之原則，本件自不得為差別之待遇。
㈦原告主張90年12月27日新獎勵辦法第5 條第3 項增訂目的，
係明確定義免稅收入範圍，因為舊辦法在解讀上常有爭議，故在新辦法的修正理由中就載明這是屬於免稅範圍的東西，因為財政部擴大解釋，為了避免爭議，所以才明文列入，從實質精神來看，可見新舊辦法對免稅範圍這個部分是一樣的，而被告否准原告之第2 次5 年免稅申請案應適用新獎勵辦法，有適用法規不當之違法乙節。但查舊獎勵辦法第5 條第
1 項第8 款技術服務業，包括具備網際網路功能之軟體或內容、網際網路服務、高階積體電路設計等12目。若經經濟部核准符合上述12目之1 者，該公司必然以從事技術服務為專業，從而於適用免稅所得計算要點時，免稅範圍應以提供技術服務所產生之收入為限。嗣經濟部基於國家政策或經濟發展於新獎勵辦法第5 條增訂第3 項，針對高階積體電路設計及產品工程服務等2 目，將免稅範圍擴大至最終產品。以高階積體電路設計而言，將免稅範圍由舊獎勵辦法之研發設計階段，擴大至新獎勵辦法的全程免稅。是以新獎勵辦法第5條第3 項係「增訂免稅範圍」自明，原告主張係「明確定義免稅收入範圍」，尚難採據。
㈧經就原告提示之經濟部工業局核准函及新興重要策略性產業
完成證明查核，其第2 次5 年免稅投資計畫係經經濟部90年
9 月28日核准符合舊獎勵辦法中技術服務業之高階積體電路設計，舊獎勵辦法並無新獎勵辦法第5 條第3 項有關免稅範圍包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得之適用，被告依首揭計算要點第12點第2 項規定，按76.47%計算其新增投資計畫之產品收入淨額，核定其免稅所得，於法即無不合。
㈨從而，被告以原告新增投資計畫之產品收入淨額列報38,146
,769,647元，其中第2 次5 年免稅產品之營業收入淨額為21,384,174,213元，原告按100 ﹪列報為新增投資計畫之產品收入淨額，該次增資擴展投資計畫係經核准符合舊獎勵辦法第3 條第3 款及第5 條第1 項第8 款第3 目之規定，其免稅範圍並不包括自行銷售依其經核准之投資計畫完成之設計所產製之產品所得，乃依前揭計算要點第12點第2 項規定，按
76.47%〔IC設計淨利率26% ÷(IC 設計淨利率26% ＋IC買賣業淨利率8%) 〕核算第2 次5 年免稅之新增投資計畫之產品收入淨額為16,352,603,824元( 即第2 次5 年免稅21,384,174,213元×76.47 %)，調減新增投資計畫之產品收入淨額計5,031,570,389 元；又以其中1,126,414,888 元核屬應稅產品予以調減，核定全部新增投資計畫之產品收入淨額31,988,784,370元。委外加工比率原列報0%，其研究費中專利申請及律師服務費14,753,964元、專用技術授權費20,696,405元、實驗研究服務費52,493,584元，合計87,943,953元屬委託設計勞務成本，核算委外加工比率8 ﹪（委託設計勞務成本87,943,953÷設計勞務總成本1,099,219,363 ），核定免稅所得10,207,051,831元，揆諸首揭規定，自屬有據。
六、綜上，被告核定本件免稅所得為10,207,051,831元，認事用法核無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷訴願決定及原處分關於第2 次5 年免稅所得所為不利於原告之部分，為無理由，應予駁回。
七、本件判決基礎已經明確，兩造其餘主張或陳述，與判決結果無影響，不再一一論述。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 98 年 6 月 18 日
臺北高等行政法院第三庭
審判長法 官 楊莉莉
法 官 畢乃俊法 官 林惠瑜上為正本係照原本作成。
如不服本裁定，應於送達後10日內向本院提出抗告狀（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 98 年 6 月 18 日
書記官 劉道文