臺北高等行政法院判決
98年度訴字第391號原 告 華儲股份有限公司代 表 人 甲○○(董事長)訴訟代理人 袁金蘭會計師(兼送達代收人)訴訟代理人 林瑞彬律師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 陳文宗（局長）訴訟代理人 乙○○
丙○○上列當事人間因所得稅法事件，原告不服財政部中華民國98年1月6 日台財訴字第09700577080 號( 案號：第00000000號) 訴願決定，提起行政訴訟，並為訴之追加。本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告民國( 下同)91 年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，原列報期末餘額負新臺幣（下同）207,384,336 元，經被告核定為負183,741,007元，超額分配可扣抵稅額183,741,007元，發單補徵應納稅額183,741,007 元。原告不服，申經復查、訴願，均遭駁回，並經本院以97年12月18日97年度訴字第955 號判決駁回，原告不服，提起上訴，現由最高行政法院審理中。嗣原告另以97年5 月27日申請函，請求被告同意其91年度股東可扣抵稅額補徵稅款，得依所得稅法第10
0 條之1 規定留抵以後年度應納營利事業所得稅額，經被告以97年8 月22日北區國稅審一字第0970022630號函復否准所請( 下稱原處分) ，略以: 「所得稅法第100 條之1 第1 項之立法意旨在於營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於應退稅款，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配予股東或社員，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。但為避免扭曲營利事業稅負，明定其未退還部分，營利事業可留抵以後年度應納之營利事業所得稅。原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額經核定為負183,741,007 元，經查係91年間更正退回89年度營利事業所得稅235,215,368 元所致，惟該退還稅額中183,741,007 元已由原告分配予股東申報扣抵或退還稅額，依所得稅法第100 條之1 立法意旨，原查核定補徵之稅額183,741,007 元，僅係將原告已分配予股東之可扣抵稅額追繳，亦非屬同法第100 條第3 項明定之應退稅款，並無同法第100 條之1 得留抵以後年度應納營利事業所得稅之適用等語」。原告仍表不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟。
二、本件原告主張：㈠被告核定原告須就91年度股東可扣抵稅額帳戶負數餘額補繳
稅額之法律依據即為所得稅法第100 條之1 第1 項規定，被告卻又稱本案並無該條規定之適用，顯為矛盾：
原告89年度營利事業所得稅結算申報案件，經被告於91年12月16日核定應退稅額為235,215,368 元並全數退還後，被告卻另遲於95年6 月方認定因原告於91年獲得退稅時之股東可扣抵稅額帳戶餘額不足，經減除上開退稅金額後為負數（183,741,007 ）元，故認依所得稅法第100 條之1 第1 項規定，核定原告應就該負數金額補繳稅款。依據被告於原案核定調整理由及法令依據說明書以及原案復查決定書之見解，被告係因認為原案之案情應援引所得稅法第100 條之1 第1 項規定而對原告為補徵稅款之核定。因此被告於原處分書函中所稱：「亦非屬同法第100 條第3 項明定之應退稅款」，顯與其對原告所為原案處分之核定理由及所依據法律矛盾，故被告於本案中實無法提出任何令人信服之合法法令依據及基礎，其據此而為否准原告申請留抵未來稅額之理由即有重大違反誠信原則之重大瑕疵（行政程序法第8 條參照）。詳言之，稅務機關基於行政一體原則及行政處分之公定力、確定力原則，於原案已透過行政行為指導納稅義務人本案所應適用之法條，被告即應予以遵循，故原告依被告於原案核定所肯認之同一法條，請求將該等補繳之稅款留抵未來應納稅額，實係為貫徹被告對原告原案處分理由所稱應適用所得稅法第100 條之1 第1 項之公定力、確定力，被告實無權割裂適用該條規定，僅採用該條文前半段為依據進行補稅，而否准依據該條文後半段辦理留抵之理，請鈞院明鑑。
㈡原告股東可扣抵稅額之負數餘額，並非所得稅法所訂股東可
扣抵稅額超額分配情形，被告自無得對原告進行補稅；但若被告認為應依所得稅法第100 條之1 第1 項核定原告補繳稅款，如在原告如數繳納之前提下，自應允許原告依據所得稅法第100 條之1 留抵未來應納稅額：
原告91年度股東可扣抵稅額帳戶之所以產生負數餘額，係因被告於91年度核定退還稅款予原告，故依所得稅法第66條之
4 規定，此情形應於核定退稅通知書送達日自原告之股東可扣抵稅額帳戶中減除所導致，此由被告於原處分之說明「三」中所肯認，並由被告核定原告91年度股東可扣抵稅額應於91年間核定退稅通知書送達日將退稅金額235,215,368 元列為減項可證。故原告91年度股東可扣抵稅額帳戶餘額產生負數，並非所得稅法第114 條之2 所明訂之任何一種股東可扣抵稅額超額分配情形，此亦為被告於原案調整理由及法令說明書中所肯認( 見本院卷第75頁) ，故已為兩造所不爭之事實。另遍查所得稅法相關法令，皆未有任何位階之法令明文規定稅務機關得就營利事業股東可扣抵稅額帳戶之負數餘額對營利事業補徵稅款，此係因營利事業股東可扣抵稅額之負數餘額，在營利事業存續過程中，將透過後續之計入項目漸漸轉為正數，而在此一轉為正數過程中，該營利事業之股東縱然有獲配盈餘，也無法獲配任何股東可扣抵稅額並以之抵稅，亦即該等可扣抵稅額負數餘額縱代表先前之股東有多取得扣抵稅額，其也必然透過後來股東無法有任何扣抵稅額之犧牲而予以弭平，只要營利事業均依所得稅法相關規定辦理而未有所得稅法第114 條之2 超額分配情事，實無因股東可扣抵稅額產生負數餘額而對營利事業補徵稅額之必要，此即為所得稅法中只規定營利事業有「超額分配股東可扣抵稅額」情事者即營利事業違反法令將股東可扣抵稅額帳戶上所無之金額分配予股東方需補繳稅款，並未規定因行政機關退稅造成股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額即須補繳稅款，是以被告核定原告應就股東可扣抵稅額之負數餘額補徵稅款之處分顯無任何法律依據，自應予以撤銷，而若予撤銷即不生本案針對補繳稅款是否留抵未來應納稅額之問題，此爭點仍於原案行政救濟程序中，尚未確定，合先敘明。故被告顯係在毫無法律依據之情況下，自行對所得稅法第100 條之1 第1項擴大解釋，而核定被告應依該條規定或意旨核定原告應就股東可扣抵稅額帳戶負數餘額補繳稅款，該核定雖仍於行政救濟爭訟中，但已具公定力，故於本案原告依原案被告意旨請求被告同意於繳納稅款，應准其依同一法條規定之本文或其意旨，將已繳納稅額留抵未來應納稅額，否則如被告在原補稅處分上保留彈性空間，對該法條及其意旨從寬解釋，卻反而在得否留抵未來稅額方面對同一法條及其意旨從嚴解釋，刻意忽略該法條立法理由中已然明示「不扭曲營利事業稅負」之意旨，絕非可使納稅義務人信服之合法行政處分方式。
㈢若原核定補稅案得以所得稅法第100 條之1 第1 項規定為法
律依據，則對該條文所應為之當然解釋自為應允許原告就補稅金額予以扣抵未來應納稅額，此為鈞院對原告同一年度同一事實（即原案）所為之97年訴字第955 號判決理由所肯認，故鈞院於本案似不應另立見解，以免裁判結果歧異而使當事人無所適從：
依所得稅法第100 條之1 第1 項之立法理由可知，所得稅法第100 條之1 第1 項之明文係針對「行政救濟結果產生之應退稅款」情形加以規定，並未規定「非因行政救濟而產生原申報與核定結果不同」之情況亦有其適用，此方為被告當初並未於股東可扣抵稅額帳戶餘額範圍內退稅予原告，而係將全部稅款核退予原告之原因。有關原案中被告退稅予原告之情形，在法律未有明確規定之下，是否得類推適用所得稅法第100 條之1 第1 項，自有爭議，惟此一原案之爭議業經鈞院以97年訴字第955 號判決予以表明，該判決肯定原案得類推適用所得稅法第100 條之1 第1 項之規定，並明確表明原告所補繳稅款本得依同條法律規定留抵未來應納稅額之法律見解，故其於判決理由中明稱：「按納稅義務人適用租稅優惠規定時，常須申請核准（如促進產業升級條例規定），其申請時日與獲准時日暨適用租稅優惠之始點，未必一致；對於納稅義務人繳納當年度營利事業所得稅額，並將該稅額列入股東可扣抵稅額帳戶，分配予股東後始獲當年度免稅通知，而應退稅之情形，實亦與上述所得稅法第100 條之1 第1項所欲規範因不可歸責於徵納雙方之時間差因素，致應退還之稅額有部分或全部已經營利事業分配予其股東或社員…」、「…然此退稅既會產生與該條（指所得稅法第100 條之1）所欲規範情形之相同情事，在該法立法目的範圍，自應為相同處理，而應類推適用該規定，即就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」、以及「有關被告因原告取得免稅核准而退還其已繳之89年度營所稅部分，應類推適用所得稅法第100 條之1 第1 項規定；而就未退還部分係留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅，乃類推適用該規定之當然結果…」。按法律之類推適用係在法規範之體系有漏洞時，基於憲法平等原則要求所為之補救措施，以達成法規範的完滿性，是以，本案之情形，誠如鈞院原案判決所言，亦屬所得稅法第100 條之1 立法意旨所擬規範之退稅時間點差異情形，故既已由鈞院判決原案應類推適用所得稅法第100 條之1 第1 項規定（即被告得依所得稅法第100 條之1 第1 項規定要求原告補稅），則應依同條法律規定，由被告機關同意原告於補繳系爭稅款後將其留抵日後應納之營利事業所得稅額，自不待言。是以，為防免裁判矛盾，鈞院自應將本案被告否准留抵之原處分及訴願決定予以撤銷，謹請鈞院明鑑。
㈣如依據原案判決( 見本院卷第55頁) ，認原案有所得稅法第
100 條之1 第1 項之適用，亦係被告於原案核退稅款時未遵行該條文規定辦理，方致使原告無端產生納稅義務，自依同條法律應賦予原告抵稅權，方能平衡原告於稅務上之權利與義務，而符合大法官解釋之意旨：按「課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用。」為司法院釋字第385 號所揭示之「衡平原則」。查本案原告91年度之股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，係因當年度被告核定退稅並將全數稅款退還原告，故產生一較大之減項所致，實非可歸責於原告。而依前述鈞院對原案之判決，其認原案有所得稅法第100 條之1 第1 項之適用，然本案之所以滋生爭議，亦係起因於被告於91年間核退89年度營利事業所得稅時，被告既認有所得稅法第100 條之1 第1 項之適用，卻未按該條之規定，於股東可扣抵稅額餘額範圍內退還，方導致原告當年度之股東可扣抵稅額產生負數餘額，原告就此並無任何錯誤、過失可言。另一方面，原告實無法預先得知被告將於何年度核准原告5 年免稅申請，以及實際享受免稅之所得金額是否會被調整及其調整之幅度，故自難以先行預期應留存多少之股東可扣抵稅額帳戶金額供未來獲得退稅時予以減除，更何況如盈餘不分配者將被被告課徵10% 之未分配盈餘稅，被告自不應期待且亦無法令規定營利事業必須先保留盈餘不予分配、或必須先行預估日後可免稅或可退稅金額，並就股東可扣抵稅額中先加以保留而不准納入稅額扣抵比率之計算而據以分配予股東，是以，無論係依據法令或股東可扣抵稅額帳戶之實務運作情形，原告股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額絕非原告之過失或責任，自不應負擔就該負數餘額金額補稅之不利益（先全額退稅後再要求補繳，等於使原告未能實際享受免稅）。既原告91年度此等股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之產生實乃僅肇因於被告未遵行其所認定原案應依據之法律（所得稅法第100 條之1 第1 項）辦理，就超過股東可扣抵稅額帳戶餘額部分溢退稅款所造成，未能正確適用其自己認定應適用之法律，而仍堅持對原告補徵稅款，已不當增加原告之納稅義務，但如能參酌所得稅法第100 條之1 第1 項避免扭曲營利事業稅負之立法意旨，或類推適用其規定之明文，以「准許原告將補徵稅額留抵未來營利事業所得稅應納稅額」之方式，應可以此抵稅權利平衡此等所造成原告無端增加之納稅義務，方為合理。是以，被告自應准許原告將原案補繳稅額留抵未來應納營利事業所得稅額，方為司法院釋字第385 號意旨所要求之法益上平衡。
㈤營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表中附註
二並非有效法令，不應於本案中予以援用：被告依據營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表中附註二之規定：「自繳稅額若有溢繳者，本欄項請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入。」認定原告之股東可扣抵稅額帳戶計算及記載有誤，進而認定被告針對原告91年度股東可扣抵稅額帳戶之負數餘額補徵稅款，且不准原告就該等補繳稅款留抵未來應納稅額之處分並無違誤。惟查此附註二係稅捐機關基於所得稅法之規定，為使納稅義務人明瞭申申報及計算方法所製作之說明，稅務機關若欲以「人民未依循附註二之內容進行申報」為由，對人民做出不利之裁決，則須證明該附註二為對人民得產生拘束力之法規命令，始合於法治國精神下之法律保留原則（參司法院釋字第443 號解釋理由書）。
況依行政程序法第150 條以下之規定可知，法規命令之制訂有一定應循之程序，然本案營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表之附註二，就是否有立法者之授權，及其制訂、發佈是否已遵循應循之程序均未說明，實務上亦罕見行政機關將法規命令以「附註」之形式夾帶於行政表格當中，種種都使原告等納稅義務人不可能預見該附註二竟具強制之規範效力，以及若未遵守此附註將受不利益處分之可能性。是以，此附註二絕非所屬法規命令性質，僅能勉強行政指導之性質；亦即僅屬於稅捐機關在其職權或所掌事務範圍內，為實現一定之行政目的，得以輔導、協助、勸告、建議或其他不具法律上強制力之方法，對人民為行政上之指導，促請納稅義務人為一定作為之行為；惟因行政指導依法不應對人民產生形式抑或實質上的拘束力（況本案被告對於該附註二之解釋亦顯違反所得稅法本法）。故於本案中，該被告於訴願決定中所援引之附註二，顯屬不具強制規範效力之行政指導性質，自不應以此為核定或處分依據而對原告為不利益之決定或判決，請大院明鑑。
㈥被告對於營利事業所得稅股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報
表中附註二之解釋，顯違上位法律所得稅法第66條之3 及66條之4 之規定，並顯與其行政處分完全矛盾，錯謬至極，顯無可採：如前所述，此附註二應係稅務機關本於所得稅法之規定，為使納稅義務人了解應如何計算與申報，在申報書格式上所附加之說明，其並非有效法令已於前述。縱不論其是否為有效法令，被告機關對於該等行政指導之解讀，亦絕不應違反或逾越所得稅母法對於股東可扣抵稅額帳戶之規定。查該附註二稱「自繳稅額若有溢繳者，本欄項請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入。」，其係在說明股東可扣抵稅額帳戶有關「繳納結算申報自繳稅款」之「計入項目」應如何計算；而其母法為所得稅法第66條之3 ：「（第一項）營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額：一、繳納屬八十七年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額。…（第二項）營利事業有前項各款情形者，其計入當年度股東可扣抵稅額帳戶之日期如左：
一、前項第一款規定之情形，以現金繳納者為繳納稅款日；以暫繳稅款及扣繳稅款抵繳結算申報應納稅額者為年度決算日。」細繹上開所得稅法第66條之3 ，其第一項第一款為規定已由營利事業繳納之稅額應計入股東可扣抵稅額，於第二項第一款再對第一項第一款予以詳細之規定- 也就是該法條將該營利事業繳納之稅款再分為兩種，其計入時點不同：屬於以暫繳及扣繳稅款抵繳者，應在年度決算日計入；而屬於現金繳納者（也就是扣抵了暫繳及扣繳稅款後尚須現金再額外繳納稅款者），則現金繳納數應於繳納稅款日計入。故被告於訴願決定所稱之附註二，係根據上述所得稅法第66條之
3 之規定所製作，其所稱之「自繳稅額若有溢繳者，本欄項（也就是繳納結算申報之自繳稅額）請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入」，其只是在呼應所得稅法第66條之3第一項第一款及第二項第一款的規定- 亦即，在辦理申報時，如果暫扣繳稅款大於應納稅額以致溢繳，表示申報時不需再另行以現金繳納稅款，故無於現金繳納日計入之問題，但是該等情況顯屬以暫扣繳稅款抵繳者，依上揭所得稅法自應於年度決算日將暫扣繳稅款抵繳數計入股東可扣抵稅額帳戶，且因暫扣繳數大於應納稅額，所以依本法規定，得於年度決算日計入者也只有抵繳數而非全部的暫扣繳稅額數。是以，該附註二之本意係在所得稅法第66條之3 之規範下，提醒營利事業應如何正確計算及於正確時點計入該等股東可扣抵稅額帳戶之「計入項目」。惟本案之情況，並非一般暫扣繳稅款抵繳應納稅額之情況，而係原告於90年5 月底申報89年營利事業所得稅時，因未有任何免稅核准函，是以無法享有免稅而實際繳納營利事業所得稅，而當時辦理結算申報，原告亦係依上揭所得稅法第66條之3 辦理股東可扣抵稅額帳戶之計入（暫扣繳稅款抵繳數於89年度決算日計入；現金額外繳納數則於90年實際繳納時入計入）並無任何違誤，故並未違反被告所稱之申報書附註二之說明。而辦理申報後方獲致
5 年免稅核准函，此一時程操之在交通部及財政部，並非原告所得控制，是以嗣後再向被告申請退還89年度營利事業所得稅，此等情況並未由所得稅法第66條之3 所規定。此外，觀所得稅法第66條之3 對於股東可扣抵稅額帳戶「減除項目」之規定：「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除：…。二、八十七年度或以後年度結算申報應納中華民國營利事業所得稅，經稽徵機關調查核定減少之稅額。…營利事業有前項各款情形者，其自當年度股東可扣抵稅額帳戶減除之日期如左：…二、前項第二款規定之情形，為核定退稅通知書送達日。」其係規定經稅務機關調查核定退稅者，應於核定退稅通知書送達日自股東可扣抵稅額帳戶減除。是以，觀諸上開所得稅法第66條之3 及66條之4 ，均未有原告於申報繳稅後再申請核退89年營利事業所得稅時，須回溯自行減除已於現金繳納日計入股東可扣抵稅額帳戶金額之規定，是以被告自行將該附註二解讀為此意，顯違反所得稅法第66條之3 及66條之4 明文規定。此外，如被告真如其於訴願決定所稱，認定申報書格式上附註二之說明，係指原告應該在申請退稅時自行回溯減除其股東可扣抵稅額帳戶，則被告應本於該等見解核定調整原告申請退稅年度（90年度）之股東可扣抵稅額帳戶，且不准原告在91年度之退稅核定書送達日將該等退稅金額列為減除項目才是，何以被告卻未如此辦理，反而在核定原告91年度股東可扣抵稅額帳戶時，認定該退稅款應於91年度核定退稅通知書送達日列為原告股東可扣抵稅額帳戶之減項（也因此才導致原告該年度股東可扣抵稅額帳戶出現負數餘額）？被告於訴願決定中所表明其對申報書附註二之見解與其所作出之行政處分，兩者間顯然完全矛盾。被告對於申報書附註二之解讀不僅與其核定處分完全相背，亦顯然違反所得稅法第66條之3 及66條之4 之規定，顯不可採。
㈦訴願決定援引財政部90年4 月2 日台財稅第0000000000號函
釋規定，惟該函釋所規定之情況與本案截然不同，顯與被告補徵稅款之核定理由自相矛盾：訴願決定理由（四）稱：「依財政部90年4 月2 日台財稅第0000000000號函釋規定，營利事業補繳股東超額扣抵之稅款，不得再計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，以免發生重複分配之情形。」，惟查該90年函釋該段之完整規定應係載明於說明三、（二）2.：即「營利事業已自動補繳超額分配之可扣抵稅額者，無須再更正其獲配股利或盈餘日之股東可扣抵稅額帳戶餘額。但該自動補繳之稅額，係就以多分配予股東申報扣抵之稅額予以彌補，不得再計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額，以免發生重複分配之情形。」（下稱90年函釋）由該90年函釋之明文可知，該函釋係針對營利事業有「超額分配股東可扣抵稅」之情形予以規定，惟查本案非屬所得稅法第114 條之2 所訂超額分配股東可扣抵稅額之情形已如前述，且亦經被告於核定原告補稅之調整法令及依據說明書中明確指明：「…惟受查公司並未有所得稅法第114 條之2 所規定超額分配之各項情事…」。是以，本案原告既非屬超額分配情況，自與前述90年函釋之前提要件不符而無該函釋之適用，故訴願決定顯未查明本案事實、錯誤引用不應適用之函令規定，並造成顯然與被告於原案中核定原告補稅之核定理由所述內容自相矛盾，此外，訴願決定錯誤引用之財政部90年函釋，亦已經最高法院97年判字第499 號認定其有「違反稅捐法定原則及實質課稅原則」之虞，故該等90年函釋實與本案無關，尚請鈞院明鑑。
㈧綜上所述，被告否准原告補繳91年度股東可扣抵稅額帳戶負
數餘額之稅款，得依所得稅法第100 條之1 第1 項規定留抵未來應納稅額之原處分顯有違誤，依鈞院對原案之97年訴字第955 號判決，其已認定本件可類推適用所得稅法第100 條之1 第1 項，是以原告補繳稅款後就該補繳稅款得用以扣抵其未來應納營利事業所得稅，應為適用該法條之當然結果。為此，原告依據行政訴訟法第5 條第1 項規定，提起本件課予義務訴訟，並聲明求為判決：訴願決定及原處分均撤銷，被告應作成同意原告將已補繳之半數稅款00000000元得予以留抵原告未來應納營利事業所得稅額之處分，並應由被告製發同額之「留抵稅額證明書」予原告；被告應作成同意於原告日後補繳另半數稅款00000000元後，該補繳稅款亦可留抵未來原告應納營利事業所得稅額之處分，並製作同額之「留抵稅額證明書」予原告；訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：㈠按「其後經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者
，稽徵機關應填發繳款書，或收入退還書或國庫支票，送達納稅義務人，分別退補；應補稅之納稅義務人，應於繳款書送達後十日內繳納之。」「稽徵機關依所得稅法第100 條第
3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」為所得稅法第100 條第3 項及第100 條之1第1項所明定。
㈡本件原告91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細表，原列報期
初餘額144,776,976 元及期末餘額負207,384,336 元，經被告分別核定期初餘額144,776,976 元及期末餘額41,163,244元。嗣經原告於94年7 月申請更正列報期初餘額170,879,564元及期末餘額負195,955,304 元，被告依其90 年度經核定之期末餘額170,879,561 元核定91年度期初餘額170,879,56
1 元，減除申請更正89年度營利事業所得稅結算申報經稽徵機關調查核定減少之稅額235,215,368 元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營利事業所得稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額2,459,851 元，重行核定期末餘額為負183,741,007 元，並以91年間退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元，實際上係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007 元已分配予股東申報扣抵或退還稅額，不符所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨，形同政府以稅收補貼原告之情形，遂予補徵91年度股東可扣抵稅額183,741,007 元。原告不服，申經復查、訴願均遭駁回，並經本院以97年度訴字第00955 號判決駁回在案，現由最高行政法院審理中，合先敘明。
㈢原告主張91年度股東可扣抵稅額帳戶核定補稅事件雖循序提
起行政訴訟，惟財政部97年2 月22日台財訴字第0960045310
0 號訴願決定略以「至於訴願人備位請求原處分機關應作成『訴願人應補繳股東可扣抵稅額183,741,007 元，原處分機關於補徵前開稅額同時核發同意該補繳稅額可扣抵未來訴願人應納營利事業所得稅之許可證明』之行政處分乙節，查訴願人就上開請求尚未向原處分機關提出申請，且原處分機關亦未對其作成任何行政處分，上開請求自非本案審理範圍，應另案向原處分機關提出申請。」等語，爰此另案申請，並主張91年度股東可扣抵稅額帳戶核定補稅之依據為所得稅法第100 條之1 第1 項，該等補繳之稅款應得依同一法條留抵未來應納營利事業所得稅。經查原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額經核定為負183,741,007 元，核定補徵稅款183,741,007 元，係因91年間更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元所致，該退還稅額中183,741,007 元已由原告分配予股東申報扣抵或退還稅額，核定補徵之稅款係將原告已分配予股東之可扣抵稅額追繳，非屬所得稅法第100 條第3 項明定之應退稅款，並無所得稅法第100 條之1 得留抵以後年度應納營利事業所得稅之適用，是原處分否准所請，並無不合。
㈣所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨，係營利事業所得稅
落後徵收，稽徵機關對於營利事業所得稅結算申報案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業申請行政救濟案件之核定，更是落後多年，稽徵機關依同法第100 條第3 項規定，對於營利事業行政救濟案件核定退稅時，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於退稅額，表示營利事業已將行政救濟繳納之二分之一所得稅額部分或全部分配予股東或社員扣抵，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配予股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。但為避免扭曲營利事業之稅負，爰於但書規定，其未退還部分，營利事業可留抵以後年度應納之營利事業所得稅，藉以後年度應納稅額及可分配予股東或社員之可扣抵稅額之減少，調整營利事業與其股東間之稅負。由上可知，股東可扣抵稅額帳戶不論是分配時或退稅時，皆應以該帳戶餘額為最低分配或核退數額。稽徵機關依所得稅法第100 條之1 規定核准營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額，應僅限於依同法第100 條第3 項規定「其後經復查、或訴願或行政訴訟決定之應退稅款」者，始有其適用，原告主張以核定補徵91年度股東可扣抵稅額留抵未來應納營利事業所得稅，於法未合，本件仍請續予維持。
㈤綜上論述，原處分及訴願決定並無違誤等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴、訴訟費用由原告負擔。
四、上開事實概要欄所述之事實，除後列之爭點事項外，其餘為兩造所不爭執，並有原處分書、財政部90年4 月2 日台財稅第0000000000號函、原告97年5 月30日申請函、原告ICA 超額分配案情摘要、原告91年1 月31日更正申請書、原告91年
5 月23日91年股東常會議事錄、原告91年3 月25日第一屆第17次董事會議事錄、原告91年度退稅主檔各細項線上查詢畫面、原告89年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、跨區局繳款書查詢、原告91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書、原告91年度營利事業所得稅股東可扣抵稅額申報核定通知書調整法令及依據說明書、本院97年度訴字第955 號判決、原告90年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表核定通知書等件分別附原處分卷、訴願卷及本院卷可稽，為可確認之事實。
五、歸納兩造上述之主張，本件爭執之重點在於: 被告否准原告補繳91年度股東可扣抵稅額帳戶負數餘額之稅款，得依所得稅法第100 條之1 第1 項規定留抵未來應納稅額，是否適法? 本院判斷如下：
㈠按「其後經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者
，稽徵機關應填發繳款書，或收入退還書或國庫支票，送達納稅義務人，分別退補；應補稅之納稅義務人，應於繳款書送達後10日內繳納之。」及「稽徵機關依所得稅法第100 條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」為所得稅法第100 條第3 項及第100 條之1第1 項所明定。次按「營利事業所得稅係落後徵收，稽徵機關對於營利事業所得稅結算申報案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業申請行政救濟案件之核定，更是落後多年，稽徵機關依同法第100 條第3項規定，對於營利事業行政救濟案件核定退稅時，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於退稅額時，表示營利事業已將行政救濟繳納之1/ 2所得稅額部分或全部分配於股東或社員扣抵，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配於股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限」此觀所得稅法第100 條之1 第1 項之立法意旨甚明，可知，股東可扣抵稅額帳戶不論是分配時或退稅時，皆應以該帳戶餘額為最低分配或核退數額。
㈡經查，本件原告於90年12月4 日即已知悉其獲准自89年度起
連續5 年免徵營利事業所得稅，並於91年1 月31日申請退還89年度營利事業所得稅之自繳稅額248,460,743 元（分別於90年3 月30日繳納220,000,000 元及90年5 月31日繳納28,460,743元），卻於91年5 月31日結算申報90年度股東可扣抵稅額帳戶之計入項目「繳納結( 決) 算申報之自繳稅額」為248,460,743 元，未依股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表附註二所載明以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入，復未正確計算股東可扣抵稅額，於91年6 月3 日召開股東會議決議分配盈餘帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元。是原告向被告申請退還溢繳之89年度營利事業所得稅，卻仍將已申請退稅之自繳稅款計入股東可扣抵稅額帳戶，並分配予股東。嗣被告核定其申請退還89年度營利事業所得稅，退稅金額為235,215,368 元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致原告股東可扣抵帳戶餘額為負183,741,007 元。從而，被告依兩稅合一的基本立法精神「營利事業得分配其所繳納之營利事業所得稅予其股東或社員，抵繳其股東或社員之個人綜合所得稅，必須實質上繳納營利事業所得稅予政府，始得分配抵繳股東或社員之個人綜合所得稅」，以原告實質上並未繳納營利事業所得稅，卻超額分配股東可扣抵稅額183,741,007 元予股東扣抵個人綜合所得稅為由，核定補徵其91年度超額分配稅額183,741,007 元。
㈢再查，本件原告91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表
，原列報期初餘額144,776,976 元及期末餘額負207,384,33
6 元，經被告分別核定期初餘額144,776,976 元及期末餘額41,163,244元。嗣原告於94年7 月申請更正列報期初餘額170,879,564 元及期末餘額負195,955,304 元，被告乃依其90年度經核定之期末餘額170,879,561 元，核定91年度期初餘額170,879,561 元，減除申請更正89年度營利事業所得稅結算申報經調查核定減少之稅額235,215,368 元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營利事業所得稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額2,459,851元，重行核定期末餘額負183,741,007 元，並以91年更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元，實際上係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007 元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，形同政府以稅收補貼原告之情形，乃核定補徵91年度股東可扣抵稅額183,741,007 元，原告不服，申經復查、訴願均遭駁回，並經本院以97年度訴字第0095
5 號判決駁回在案，現由最高行政法院審理中等事實，為兩造所不爭，並有本院97年度訴字第00955 號判決在卷可稽(見本院卷第55-74 頁) 。
㈣稽徵機關依所得稅法第100 條之1 規定核准營利事業得用以
留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額，應僅限於依同法第100 條第3 項規定「其後經復查、或訴願或行政訴訟決定之應退還稅款」者，始有其適用。本件原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額經核定為負183,741,007 元，核定補徵稅款183,741,007 元，係因91年間更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元所致，該退還稅額中183,741,007 元已由原告分配予股東申報扣抵或退還稅額，如前所述，被告核定原告補徵91年度股東可扣抵稅額183,741,007 元，僅係將原告已分配予股東之可扣抵稅額追繳，非屬所得稅法第10
0 條第3 項明定之應退稅款，自無所得稅法第100 條之1 規定營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額之適用，故被告否准所請，於法尚無不合。
六、關於請求被告製作同額之留抵稅額證明書予原告部分:㈠按訴狀送達後，原告原則上不得將原訴變更或追加他訴。但
於被告同意，被告無異議而為本案之言詞辯論，行政法院認為適當者，或有法定情形時，即例外許為訴之變更、追加，此稽之行政訴訟法第111 條第1 項至第3 項自明。又按「原告之訴，有左列各款情形之一者，行政法院應以裁定駁回之。．．．十、起訴不合程式或不備其他要件者。」為行政訴訟法第107 條第1 項第10款所明定。又按「人民因中央或地方機關對其依法申請之案件，予以駁回，認為其權利或法律上利益受違法損害者，經依訴願程序後，得向高等行政法院提起請求該機關應為行政處分或應為特定內容之行政處分之訴訟。」行政訴訟法第5 條第2 項定有明文。故依本條提起課予義務訴訟，須該案件為人民「依法」申請之案件。故若人民雖有所請求，惟所請求者並非依法申請，人民對中央或地方機關並無申請權，或有申請權而未為申請，或未經訴願程序者，即應認人民依據行政訴訟法第5 條第2 項提起之課予義務訴訟，係不備起訴要件，高等行政法院應以裁定駁回之。
㈡經查，本件原告原起訴請求訴願決定及原處分均撤銷( 見本
院卷第9 頁) ，嗣於98年6 月4 日本院行準備程序時，補正聲明為「原處分及訴願決定均撤銷。被告應做成同意原告將補繳之新台幣000000000 元稅款留抵應納稅額之處分。訴訟費用由被告負擔。」( 見本院卷第110 頁) ，又於98年5 月26日具狀請求「被告應作成同意原告將已補繳之半數稅款00000000元得予以留抵原告未來應納營利事業所得稅額之處分，並應由被告製發同額之留抵稅額證明書予原告；被告應作成同意於原告日後補繳另半數稅款00000000元後，該補繳稅款亦可留抵未來原告應納營利事業所得稅額之處分，並製作同額之留抵稅額證明書予原告；訴訟費用由被告負擔。」(見本院卷第117 頁) ，關於請求被告製作同額之留抵稅額證明書予原告部分，核屬訴之追加，經被告無異議而為本案之言詞辯論，應予准許，合先敘明。
㈢再查，原告前於97年5 月27日( 被告於97年5 月30日收文)
，向被告請求同意原告91年度股東可扣抵稅額帳戶案件，遭被告依所得稅法第100 條之1 補繳股東可扣抵稅額帳戶負數金額部分，同意得依上開法條規定留抵申請人以後年度應納營利事業所得稅額，有原告申請函乙件在卷可稽( 見原處分卷第7-11頁) ，觀之該申請函並無請求被告製發同額之「留抵稅額證明書」予原告等事項。本院質之原告原申請書沒有提到留抵稅額證明書事項，原告訴訟代理人答稱: 「當時的申請書雖然沒有寫留抵證明書，但實質上被告會做的就是給予留抵證明書。」等語( 見本院卷第129 頁) ，可知原告並未正式向被告為請求，且此部分未經訴願程序，其逕行提起本件行政訴訟，不合提起課予義務訴訟之合法要件，應予駁回。
七、綜上，被告否准原告申請其91年度股東可扣抵稅額補徵稅款，得依所得稅法第100 條之1 規定留抵以後年度應納營利事業所得稅額，認事用法核無違誤，訴願決定遞予維持，亦無不合，原告徒執前詞，訴請撤銷原處分及訴願決定，並求為判決如訴之聲明第2 項及第3 項所示，為一部無理由，一部不合法，均應予駁回。
八、本件事證已臻明確，兩造其餘主張陳述，於判決結果不生影響，無庸一一論列，併予敘明。
據上論結，本件原告之訴為一部無理由，一部不合法，爰依行政訴訟法第98條第1 項前段、第107 條第1 項第10款後段，判決如
主文。中 華 民 國 98 年 6 月 11 日
臺北高等行政法院第三庭
審判長法 官 楊莉莉
法 官 畢乃俊法 官 林惠瑜上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 98 年 6 月 11 日
書記官 劉道文