臺北高等行政法院判決
98年度訴更一字第147號
98年12月24日辯論終結原 告 華儲股份有限公司代 表 人 甲○○（董事長）訴訟代理人 袁金蘭 會計師（兼送達代收人）
林瑞彬 律師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 乙○○（局長）住同上訴訟代理人 丙○○上列當事人間所得稅法事件，原告不服財政部中華民國97年2 月22日台財訴字第09600453100 號訴願決定（案號：第00000000號），提起行政訴訟，經本院以97年12月18日97年度訴字第955 號判決駁回，原告提起上訴，最高行政法院以98年10月22日98年度判字第1265號判決廢棄，發回更為審理，本院更為判決如下：
主 文訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。
訴訟費用及發回前訴訟費用由被告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告民國（下同）91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，原列報期初餘額新臺幣（下同）144,776,976 元及期末餘額負207,384,336 元，經被告分別核定期初餘額144,776,
976 元及期末餘額41,163,244元。嗣原告於94年7 月申請更正列報期初餘額170,879,564 元及期末餘額負195,955,304元，被告乃依其90年度經核定之期末餘額170,879,561 元，核定91年度期初餘額170,879,561 元，減除申請更正89年度營利事業所得稅( 下稱營所稅) 結算申報經調查核定減少之稅額235,215,368 元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營所稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額2,459,851 元，重行核定期末餘額負183,741,
007 元，並以91年更正退還89年度營所稅235,215,368 元，實際上係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007 元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，不符所得稅法第100條之1 第1 項立法意旨，形同政府以稅收補貼原告之情形，即超額分配可扣抵稅額183,741,007 元，發單補徵應納稅額183,741,007 元。原告不服，申請復查，經被告以96年7 月
2 日北區國稅法一字第0960007394號復查決定書駁回，原告不服，提起訴願，亦遭決定駁回，遂向本院提起行政訴訟，經本院以97年12月18日97年度訴字第955 號判決（下稱原判決）原告之訴駁回，原告不服，提起上訴，經最高行政法院以98年10月22日98年度判字第1265號判決廢棄，發回本院更為審理。
二、本件原告主張：㈠先位聲明：
⒈本案退稅非因行政救濟案件確定後所造成，並非所得稅法
第100 條之1 第1 項所規定要件之涵攝範圍，被告強稱適用並據以向原告補徵稅捐，顯增加法律所無之限制，顯有不當解釋法規並違反租稅法律主義之違法：
⑴被告核定原告須針對因被告於91年全數核退89年營所稅
款予原告，而造成原告91年度之股東可扣抵稅額帳戶負數金額，其書於「調整法令及依據說明書」中之法令依據即為所得稅法第100 條之1 第1 項。惟所得稅法第10
0 條之1 第1 項立法理由，主要基於營所稅係落後徵收，稽徵機關對於營所稅結算申報案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業進行行政救濟之案件，其終局之核定經常更會落後多年。故稅務稽徵機關依所得稅法第100 條第3 項規定，對營利事業行政救濟確定案件核定退稅時，營利事業因未能預知行政救濟結果為退稅，可能已將原繳納稅款計入股東可扣抵稅額帳戶中並分配予股東，致於稅務稽徵機關退稅當時，該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額可能出現小於應退稅款而不足扣減之情形，此情況下，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配予股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰乃於所得稅法第100 條之1 第1 項規定，稽徵機關於行政救濟確定核定退稅時，其應退稅金額應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限；但為避免扭曲營利事業之稅負，並於但書明定，其未退還部分，營利事業可留抵以後年度應納之營所稅，藉其以後年度應納稅額及可分配予股東或社員之可扣抵稅額之減少，調整營利事業與其股東間之稅負。由上述可知，所得稅法第100 條之1第1 項明訂針對「行政救濟結果產生之應退稅款」，須受營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還之限制；且係規定該等超過營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額而於當時未能退還予營利事業之稅款，係用以留抵該營利事業以後之應納稅額；該條文並未規定「非經行政救濟而僅係因稽徵機關其他原因退稅案件」亦有所得稅法第
100 條之1 第1 項規定之適用，被告自無權自行擴張解釋。
⑵本案造成原告截至91年12月31日止帳列之股東可扣抵稅
額帳戶餘額為負數之原因，乃係因原告於89年度向被告提出5 年免稅之申請，申請之免稅期間為89年至93年，惟直至90年5 月原告申報繳納89年度營所稅時，被告均尚未核發該等5 年免稅核准函予原告，是以原告對於是否能成功取得被告對5 年免稅之核准，以及可能於何時接獲該核准函，均未可知；而因原告於90年5 月89年度營所稅申報繳納期限在即，當時尚未取得5 年免稅核准函，故於90年5 月實際申報繳納稅款248,460,743 元，該實際繳納之稅款依所得稅法第66條之3 規定本應計入當期股東可扣抵稅額帳戶，而於後續股東會決議盈餘分配予各股東時，則依所得稅法第66條之4 規定自計算應自股東可扣抵稅額帳戶減除並分配予股東之金額。俟原告於90年12月取得被告核發之5 年免稅核准函，旋即於91年1 月31日向被告申請更正89年度營所稅結算申報並申請退還89年度已繳納之稅款，該申請更正退稅案業經被告於91年底核准並退還稅款235,215,368 元，此時依所得稅法第66條之4第1 項第2 款之規定，原告自應於核定退稅通知書送達日自股東可扣抵稅額帳戶減除該退稅款。
⑶由上述可知，原告對於股東可扣抵稅額帳戶之記載均已
依照所得稅法之相關規定辦理，並無任何違反法令之處。本案原告91年度之股東可扣抵帳戶餘額產生負數之原因，僅單純由於被告對原告5 年免稅之核准落後於5 年免稅實際適用年度，以及被告對營所稅申報案件之核定時點落後數年所致，此情況與一般營利事業先申報繳納營所稅，數年後經稅務機關核定有應退稅款之情況無異。既所有營所稅之結算申報與核定均存有相同的時點落後問題，所得稅法第100 條之1 又僅明文訂定於行政救濟確定後有應退還稅款者，方有退還稅款應以當時股東可扣抵稅額帳戶餘額為限之適用，而未明定一般核定退稅案件亦有適用，應非立法者之疏漏，而係立法者對於一般單純因申報與核定之時間性落差造成繳稅在前，退稅在後情形，認屬無可避免而無須強加限制退稅金額須以股東可扣抵稅額帳戶餘額為限，否則所得稅法第100條之1 自應明定不論原因為何，得退還稅款均應以股東可扣抵稅額帳戶餘額為限，又何必於所得稅法第100 條之1 第1 項特別指明「經行政救濟產生之應退稅款」？本案原告退稅款之產生既非因行政救濟確定而產生，自無所得稅法第100 條之1 第1 項適用，被告援引該條文對原告補徵稅款顯擴張對法律之解釋，自行創設法律所無之構成要件，增法律所無之限制，顯違反租稅法定主義，訴願及復查決定完全未提出任何原處分為適法之理由及法令依據。
⒉本案被告從未以任何行政處分為表示其對原告補稅案係將
其已退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元之處分撤銷，就被告之原處分書及各次答辯均足見其僅是單獨另就原告91年底股東可扣抵稅額之負數餘額於法無明文下為補稅之處分：
本案中被告向來認定原告，因為退稅而使91年度股東可扣抵稅額帳戶（以下簡稱ICA ）餘額下降至負數金額，顯發生股東溢抵稅額，致使國庫收入降低之情事，故原告應為其股東補繳其溢抵稅款，然原判決係認為本案僅係被告於95年6 月1 日以補徵183,741,007 元之處分部分撤銷其前已於91年1 月26日作出退稅235,215,368 元之違法處分，然此等見解並非正確；查本案中被告對原告補徵系爭稅款時相關核定文書及行政救濟各階段文書，均可見被告自始從不認定該補稅係對本案調整其原退稅方式或金額，此可由被告從未依行政程序法第117 條對原全額退稅處分為撤銷之意思表示得證。查被告為系爭補稅處分時係以超額分配可扣抵稅額繳款書命原告補納系爭稅款，其雖於調整法令及依據說明書中稱本案非屬超額分配案件，惟其卻稱本案原告之ICA 產生負數餘額已形成政府以稅收補貼受查公司（即原告），造成租稅不公平故應補繳溢領之稅額云云，其未承認原退稅處分違法或表示有部分撤銷原退稅處分之意，其於處分書上亦使用「補繳」，而非「追回溢退稅款」之文字，且被告於本案訴訟各階段之復查決定書，訴願與行政訴訟答辯狀中，皆一再強調：「91年更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元，實際上係退還營利事業，已納所得稅額中183,741,007 元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，不符合所得稅法第100 條之1 第
1 項立法意旨，形同政府以稅收補貼原告之不合理現象，本局核定補徵尚無不合」、「原告實質上並未繳納營利事業所得稅，卻超額分配股東可扣抵稅額183,741,007 元予股東扣抵個人綜合所得稅，從而被告核定補徵其超額分配金額183,741,007 元，並無不妥」，由此可證明被告並沒有自認疏失而撤銷原處分之意，該補稅之處分顯非屬原退稅方式或退稅金額之調整，故被告補徵系爭稅款之行政處分自非屬行政程序法第117 條所定之部分撤銷違法行政處分情形。惟原判決未查於此，竟率以被告之訴訟代理人於97年12月4 日言詞辯論程序所稱之「當初被告核退時有所疏失，所以才會全部退稅，事後請原告補繳。」一語即作為判決依據，完全忽略被告之前所有相關文書及正式書狀中完全相左且矛盾之既有主張，實屬偏頗。蓋若此等自認退稅有疏失而予以撤銷之主張為被告為原處分時即有之貫有主張，其自不會遲於言詞辯論庭方才提出，亦絕不會一再以書面表明本案非屬得適用所得稅法第100 條之1 第1項所定未退還稅款得留抵未來應納稅額者；是以本案中被告對股東可扣抵稅額負數餘額所為之系爭補稅處分，並非為對原全額退稅處分之部分撤銷，故被告補徵系爭稅款之行政處分自非屬行政程序法第117 條所定之情形。據此，被告對原告所作之補稅處分，顯係在無法源依據下之補稅行為，既非撤銷過往之違法行政處分，自亦無行政程序法第127 條所定之返還請求權問題，故原判決稱被告發單補徵系爭稅額係違法行政處分撤銷後依行政程序法第127 條規定之返還請求權，亦屬無據。是以，雖最高行政法院98年度判字第1265號判決將本案發回時請大院就被告於何時知悉有撤銷原因，是否已逾2 年之除斥期間之疑義另為調查審理。然如大院詳審本案中被告於原核定、復查與訴願階段之行政處分內容及書面主張，即可知本案並非違法處分撤銷之問題，與行政程序法第117 條第1 項規定實無關聯，故謹請大院就本案被告就91年底股東可扣抵稅額帳戶之負數餘額補稅183,741,007 元之行政處分有無合法依據加以調查審理，以維原告之權利。
⒊本案被告在原告顯不符合法定「超額分配」之要件下強徵
超額分配稅款，顯係於法無明文下恣意為補稅處分，違背租稅法定主義：
依所得稅法第114 條之2 第1 項規定，對於營利事業之股東有溢抵稅款者，只有在該營利事業有發生法定「超額分配股東可扣抵稅額」情事之狀況下，方規定須責令營利事業予以補稅，此乃經所得稅法第114 條之2 所明訂。且觀諸所得稅法第114 條之2 ，並未將本案情況訂為營利事業之「超額分配股東可扣抵稅額」情形之一，故自不須補稅；且查其他所得稅法及其相關解釋函令亦皆完全未規定當發生本案情況時需對營利事業加以補稅，復依據後述第五點更審理由之論理，財政部89年7 月1 日台財稅第00000000號函釋( 下稱財政部89年函釋) 亦已明示營利事業之IC
A 確實有可能因非行政救濟之一般核定退稅而產生負數餘額，亦未規定此種情形須就負數餘額加以補稅，是以本案原告並未有符合所得稅法第114 條之2 第1 項之任何一項法定超額分配情形，至為明確，此亦經被告於原核定之調整理由及依據說明書中所承認，故被告責令原告應為其股東補繳稅款，顯無任何法令依據，原處分任意創造補繳稅款之原因，顯有違反租稅法定主義之違法，戕害法治國家原則甚鉅，自應由大院於更審階段優先對此為裁判並予以撤銷原處分，以正法紀。
⒋被告違反行政程序法第96條及第97條規定，自非屬依據行政程序法第117 條對原違法處分進行部分撤銷：
除有行政程序法第97條之情形外，行政處分皆須依據行政程序法第96條規定敘明其理由及法律依據，故被告對於該行政處分皆應敘明其處分依據；而查本案中原補稅處分並未有任何符合行政程序法第97條規定之事由，被告僅指出本案有國家補貼營利事業之不公情事等理由，而完全未於原補稅處分中援引行政程序法第117 條規定而表示該次行政處分係對原違法全額退稅之行政處分進行部分撤銷，是以本案之原補稅處分絕非對於所謂原違法退稅處分所為之部分撤銷。
⒌退步言之，如大院仍認同本案須就行政程序法第117 條加
以審酌，則被告仍顯然違反該法第121 條之規定，未於知悉原告91年底ICA 餘額出現負數餘額此一事實後兩年內撤銷所謂原違法退稅之處分，亦屬罹於時效而無從撤銷：退步言之，如大院仍認同本案須就行政程序法第117 條加以審酌，則行政程序法第121 條之規定為：「一百十七條之撤銷權，應自原處分機關或其上級機關知有撤銷原因時起二年內為之。」經查，被告所為之補稅處分係於95年6 月
1 日作成，故如其知悉原退稅行政處分違法之時間發生於00年0 月0 日之前，則已屬罹於時效而違反行政程序法第
121 條之規定。經查，原告係於91年12月16日收到被告之退稅款，當時原告之ICA 餘額已因系爭退稅而成為負數，直至91年底原告之ICA 餘額仍為負數，故當原告依據所得稅法第71條於92年5 月31日前（92年5 月30日) 申報91年度營利事業所得稅及ICA 帳戶變動明細申報表時，亦係以一呈現負數之ICA 餘額向被告進行申報，故被告最遲已於92年5 月30日當時知悉此一負數餘額之事實，然92年5 月份距離被告於95年6 月1 日補徵183,741,007 元稅款之時點已顯逾三年，本案必定無法符合行政程序法第121 條之年限規定，被告顯已罹於時效而自不得將三年前之原違法處分撤銷，是以，其對本案原告之補稅處分自非合法。此外，若大院不採前二段之見解，仍認本案被告係於知悉有撤銷原因之二年內以補稅處分完成對原違法退稅處分之撤銷，故未逾兩年期限而符合行政程序法第121 條之規定，然若被告等行政機關要撤銷其已作出之行處分，依據行政程序法第117 條但書規定，被告尚必須考量本案是否具有不得撤銷之原因，如被告主張其曾加以考量，則其可否提出事證以自圓其說？如被告就此未能證明，即顯非屬以補稅處分完成對原違法退稅處分之撤銷。
⒍財政部89年函釋並未違背任何法令，亦無其他不妥而應予修正之處，依實體從舊之原則應可適用於本案：
⑴依據司法院釋字第287 號解釋之意旨，財政部89年函釋
既未有違法之情形，其適用上自不應受其他後釋之影響，而否准於本案援引適用此89年函釋：
查「行政主管機關就行政法規所為之釋示，係闡明法規之原意，固應自法規生效之日起有其適用。惟在後之釋示如與在前之釋示不一致時，在前之釋示並非當然錯誤，於後釋示發布前，依前釋示所為之行政處分已確定者，除前釋示確有違法之情形外，為維持法律秩序之安定，應不受後釋示之影響。」為司法院釋字第287 號解釋所規定，本案中，被告認為財政部89年函釋，遭被告認為財政部90年11月30日台財稅字第0900457339號令（以下簡稱90年函釋）已規定「未編入90年版所得稅法令彙編者自91年1 月1 日起非經重行核定不再援引適用」，故此89年函釋既未經收錄於90年版所得稅法令彙編中，自未能於本90年度案中加以適用。然此等論證顯有錯誤，詳下說明：依據前揭大法官會議規定，89年函釋除確定有違法之情形外，不應受之後其他解釋之影響；是以，既然90年函釋本文、90年版所得稅法令彙編，及其他可查得知所有稅務法令、或財政部頒定之後續解釋函令中皆未說明此89年函釋有違法之情形，且查89年函釋之內容，亦確實與所得稅法第100 條之1 等規定並無不合，而被告亦未能指稱此89年函釋有任何違法之處，故於本案件之適用效力自不應受90年函釋或其他之後函釋之影響，而仍可供大院於審酌本案時作為判決之依據。⑵89年函釋對於所得稅法之解釋屬對法令之當然解釋、且
與現行法令並未有牴觸或不一致之處，顯見該函釋之免列並非其有任何錯誤或不當情事：
經查，財政部90年或94年頒布之法令彙編中並未說明上開89年函釋之免列理由，此乃屬例外；查一般情形下，財政部稅制委員會所制定之法令彙編中，其曾經例示過之免列理由繁多，諸如：對法令之當然解釋、個案核示、或因已列入法規、或因已不適用等原因，亦即，如一函釋之免列理由為「當然解釋」、「個案核示」或「已納入法規」等，將因其並非顯有解釋法律錯誤或不當方予免列，該函釋之規定及其意旨仍應得用以做為所得稅法應如何正確適用及解釋之參考。是以，被告如未證明此函釋之免列理由為該函釋確有違法，即不應逕予否定該89年函釋之參考價值。查財政部既曾經針對前揭所得稅法第100 之1 第1 項應如何正確解釋研擬該89年函釋，並將其公告予大眾週知，其內容為：「所得稅法第10
0 之1 第1 項之退稅應就當時股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還之規定，需受限於所得稅法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退稅款始適用之。至於稽徵機關原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數。）」而此89年函釋雖未編入90年版或94年版之「所得稅法令彙編」中，然而，就前揭法律本文以及解釋函令之文意觀之，所得稅法第100 條之1 本來即是稽徵機關依同法第100 條第3 項「經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者，…」之規定退還營利事業所得稅款時方有其適用，是以89年函釋在重申此項當然之法律解釋後，僅再反面舉例之方式，說明「原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款」非屬同法第100 條第3 項之情形，不能適用同法第100 條之1 之規定，此函釋之說明並未能使納稅義務人更了解所得稅法第100 條之1 之本意，是以，此89年函釋之內容本為「對所得稅法第100 條之1 之當然解釋」，是以其未被收錄至所得稅法令彙編之理由應僅係為避免無謂之重複，並非其解釋內容有違背法令、牴觸母法、錯誤解釋、文字誤植等基本錯誤，是以被告僅以此函釋未再持續被收錄至法令彙編中即謂其全無參考價值，絕非正確。
⑶即便財政部89年函釋未編入90年版及94年版之「所得稅
法令彙編」中，在其未被廢止，亦未與其他法令或後釋牴觸下，仍應准予適用於本案：
縱謂財政部89年函釋未編入90年版及94年版之「所得稅法令彙編」中，然如前所述，該89年函釋免列之原因未經稅務機關表明，免列函釋亦多因係「個案核釋」或「當然解釋」而予免列者，故只要未有任何法規與其抵觸或衝突，則該函釋縱已予免列於彙編中，在法律適用上或解釋上有爭議時，仍應得參考該等函釋之規定。本件即為所得稅法第100 條之1 第1 項應如何正確適用之法律爭議，本案原告退稅情況並非所得稅法該條文所明訂之情況，被告是否得主張類推適用該條文本即存有爭議；而該財政部89年函釋既為解釋所得稅法第100 條之1第1 項之函釋，且係經稅務主管機關仔細研擬、審議與公告施行，自應有其效力及稅法上論理之正確性；且解釋函令既係解釋法律，除非經特別明訂生效日，否則應追溯至法規頒訂日起生效，本案之89年函釋及其所闡述之內容未經明文廢止適用、未經稅務機關表明其免列理由、亦未被其他後續新函釋、法令或司法院大法官解釋廢棄，更與現行稅務法令間無相違或矛盾之處（觀諸所得稅法第114 條之2 及其他所有稅務法令中，均完全未規定營利事業發生「股東可扣抵稅額帳戶為負數餘額」為法定「超額分配」態樣之一而須補徵稅款，可以為證），自無於本案中否准適用或參考該財政部89年函釋之理。
⑷若謂該89年函釋於91年1 月1 日起其因未被收錄至法令
彙編中，而須審酌該函是否應於本案適用，惟本更審判決仍須受實體從舊原則及最高行政法院判決意旨之拘束：
在稅法的適用上，除法律有特別規定外，基於法律不溯及既往原則，原則上應可採取「實體從舊，程序從新原則」（56年判字第81號、56年判第24號判例）。亦即除非基於特定重大公益的要求，否則，有關租稅權利義務本體的發生及其內容如何，均應適用行為時或事實發生時所施行法律的規定。而查本案原告相關事件之時間點分別為：①原告於90年12月4 日取得被告核發之五年免稅核准函，產生退稅請求權；②原告於91年1 月31日具文向被告申請更正89年營利事業所得稅申報並申請退稅；③原告於91年12月16日實際獲得被告核退89年營利事業所得稅。是以，既然本案原告已於90年即獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營利事業所得稅，原告於此時即發生向更審被告請求作成退還其原繳之89年度營利事業所得稅之行政處分之權利，其退還稅款範圍，屬於實體事項，依「實體從舊」之法律適用原則，應依90年度當時之法令規定決定之。而89年函釋雖未編入財政部稅制委員會編印之90年版之「所得稅法令彙編」而自91年1 月1 日起不再援引適用，然該89年函釋在90年間尚屬有效之函釋，於本案仍可適用；而最高行政法院判決亦持相同見解，謹請大院鑒核。綜上，該89年函釋自可適用於本案，顯無疑義。
⒎財政部89年函釋已明訂所得稅法第100 條之1 第1 項僅限
於稽徵機關依同法第100 第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用，此見解業經最高行政法院判決所肯認，是以被告對原告之原處分顯然違法：有關所得稅法第100 條之1 第1 項之規定，僅限依同法第
100 第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款有其適用，並未規定一般營利事業所得稅結算申報案件經稅捐機關核定退稅時亦有適用。惟就此疑義，財政部已發布89年函釋明確釐清所得稅法第100 條之1 第1 項之定義僅限於「復查、訴願、行政訴訟」，更再明示稽徵機關就納稅義務人申報之應納稅額核定減少及稽徵機關就其原核定之應納稅額更正核定所造成之應退稅不得適用該條，故被告無權違反財政部所發布之函釋為任何相異之解釋。查本案原告係因五年免稅核准函未及由相關主管機關於免稅適用年度辦理所得稅申報前核發，故於嗣後取得五年免稅核准函後始提出更正申請退還溢繳之稅款，並經被告核定後退還，該應退稅款性質上本屬原查核定較原申報減少稅額應辦理之退稅款，絕非屬因89年函釋所定義之行政救濟產生之應退稅款，殆無疑義。然被告仍錯誤援引所得稅法第100 條之1 第1 項，逕行在未有法令依據下核定原告應補繳股東可扣抵稅額帳戶負數餘額，此種核定方式無庸置疑顯然違反前述89年函釋之明文，當然更違反所得稅法第100 條之1 第1 項規定，其違法至灼。而最高行政法院判決亦認同原告之主張，並作出明確認定：「89年函釋已明言所得稅法第100 條之1 第1 項僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用，而且承認因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數之情形。……對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅，其原因有可能係可歸責納稅義務人，此種情形既已無所得稅法第100 條第3 項規定之適用，舉輕以明重，在如本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形，更應無所得稅法第100 條第3 項規定之適用。」亦即本案既非因行政救濟而產生退稅，即無需受退稅時點ICA 餘額內退還之限制，ICA 產生負數餘額亦為事理之常，其判決之立論意旨甚明，依行政訴訟法第260 條第
3 項「受發回或發交之高等行政法院，應以最高行政法院所為廢棄理由之法律上判斷為其判決基礎。」之規定，可作為大院為更審判決時之依據。
⒏財政部89年函釋亦已明定ICA 餘額係有可能產生負數，且
未提及此種情形須依何種法律依據加以補稅，故稅務機關之主管機關財政部顯然亦不認同ICA 負數餘額應予補稅，方依職權以此函釋對所得稅法加以解釋：另按，此89年函釋已明確揭示股東可扣抵稅額帳戶有可能會產生負數餘額，此為正常現象（最高行政法院判決亦認同此一見解），且未規定此時營利事業之股東有溢抵股東可扣抵稅額而應對營利事業本身予以補稅；此外，該函釋更明訂所得稅法第100 條之1 第1 項僅限於稽徵機關依同法100 條第3 項規定退稅時始有適用，在本件實為所得稅法第100 條之1第1 項應如何正確適用所衍生之稅務爭議下，實有參考該財政部89年函釋，以了解該條法律應如何正確適用及解釋之必要，懇請大院明鑑。
⒐查原告已繳納系爭稅款之半數予被告，並非完全未繳納稅
款，謹請大院鑒察：本案中原告為避免財產遭執行之可能，已依據稅捐稽徵法第39條規定，於提起訴願（96年8 月15日）前完成半數稅款之繳納，自非如原判決所稱至今對系爭稅款仍完全未予繳納，謹先請大院鑒核。惟本案中，原告對於系爭稅款是否全額繳納，抑或是已繳納半數稅款，甚或完全未繳納稅款，皆不應對本案之判決結果產生影響；查被告從未以行政處分或其他意思表示方式告知原告其已自認當初之退稅處分為違法處分，而本案系爭補稅處分為該違法處分之撤銷，故即便原告已繳納半數稅款，甚至全額繳稅也絕不是為了配合其撤銷原違法處分之事實行為，僅是原告為避免遭行政機關依據相關法令對於原告之財產強制執行，而造成營業上之困難而先行繳納半數稅款；是以大院理應無需就本案此一非爭點事項重行調查，而應確認本案之真正爭點為當營利事業產生ICA 負數餘額時應否對其加以補稅，亦即被告事後對本案系爭稅款發單補徵是否合法，以及若應補稅，得否依所得稅法第100 條之
1 第1 項規定留抵其未來應納稅額；而原告對於系爭稅款已繳納程度之多寡，與該等爭點實無影響。
⒑原告是否能取得被告對其五年免稅之核准，以及核准函之
核發時間均非原告所能控制，被告之核定方式不僅無法因為原告補繳該稅款而使原告之股東可扣抵稅額回復正確的狀態，且在被告未明確承諾給予補繳稅款可扣抵以後年度營利事業所得稅之下（即備位聲明情況），將使原告所取得之五年免稅失去其實益，虛增並扭曲原告之稅負，形成營利事業階段之重複課稅而與兩稅合一立法意旨有違：我國自87年實施兩稅合一制，所謂兩稅合一制即是「消除營利所得重複課稅之稅制，認為公司為法律的虛擬體，不具獨立納稅能力，僅是作為把盈餘傳給股東的導管，所以公司階段的所得與股東階段的股利，應僅課徵一次所得稅」，其目的在於「消除營利事業階段重複課稅並建立公平合理之稅制」，此為財政部所發布之兩稅合一疑義問答所明確揭示。而該等兩稅合一之機制設計，主要係透過營利事業將已繳納之稅款計入ICA 內，而於盈餘分配基準日，則應依所得稅法第66條之6 規定之公式計算扣抵比率並將股東可扣抵稅額隨盈餘分配予股東以供其抵稅。然而有關營利事業所申報繳納之營利事業所得稅，其申報金額與經國稅局事後核定之情況往往有差異，甚或有須經過行政救濟後方能確定其營利事業所得稅額者；此外，營利事業申報繳稅時點與嗣後經被告核定或行政救濟確定時點，亦往往有數年之落差，也就是說，營利事業申報繳稅並計入股東可扣抵稅額帳戶之金額，往往不等於最後稅務機關核定或經過行政救濟後確定之金額，此係股東可扣抵稅額帳戶在申報與核定數先天即存在之時間差異。而該等時間差異，隨著時間經過即會弭平，最終結果均會相同- 即公司階段所繳稅款與整體分配予股東抵稅之可扣抵稅額會相等。此外，所得稅法第66條之4 亦規定，87年度以後之營利事業所得稅經稅務機關核定退稅金額，應於核定退稅通知書送達日自營利事業之股東可扣抵稅額帳戶中減除，由此可知有關申報稅額與核定情況間之差異，在稅制之設計上本即非回溯調整股東可扣抵稅額原申報繳納稅額當時之計入數，而是在稅務機關核定時再予調整，否則將造成股東可扣抵稅額帳戶變動不休，在已分配予股東數年後又因核定狀況與申報時有所不同，而必須不斷地回溯調整，而使營利事業各年度盈餘分配基準日所計算之稅額扣抵比率永無確定之日。查本案原告於90年度5 月底申報其89年度營利事業所得稅時，完全不知其五年免稅是否能順利獲得核准，更遑論可預估該核准函核發時程。而依稅法規定，營利事業於取得核准函前本即不得先主張免稅，是以原告必須以非免稅之狀況申報繳納其89年度營利事業所得稅，並依所得稅法第66條之3 規定將繳納之稅款於繳納之日計入其股東可扣抵稅額帳戶內。而原告之該五年免稅核准函遲至90年底方由被告核發予原告，原告於91年1 月31日申請退稅並至91年12月16日始由被告核定並實際退還稅款（實際核定並退稅金額與原告原申請退稅之金額又不相同），故原告於90年及91年盈餘分配基準日時即已依所得稅法第66條之6 規定計算稅額扣抵比率將可扣抵稅額分配予股東，原告上述對於股東可扣抵稅額各時點之記載及分配計算，全係依據所得稅法相關規定而為之，並無任何違反法令之處，謹先敘明。今本案原告先申報納稅而嗣後申請退稅，純係因原告之五年免稅核准落後於申報時點所致，該五年免稅是否能被核准以及何時可取得核准，均非原告所得控制或預測（本案亦經最高行政法院判決認定係無可歸責於再審原告之退稅情形），此與一般營利事業申報繳納營利事業所得稅金額與嗣後稅務機關核定金額有所差異，本屬相同，均係兩稅合一制度下無可避免並經常發生之時間性差異。而此等差異，本無須特別處理，因隨著時間經過，該等時間性差異便會漸漸消除，整體而言股東可獲抵稅之金額與營利事業階段所繳納之所得稅必定會相同，此亦兩稅合一設計之精神，被告實無須特別強令原告額外繳納該等股東可扣抵稅額負數之稅款。
⒒被告等於就原告申報繳納89年度營利事業所得稅之後所發
生之事件，回溯調整原告之股東可扣抵稅額帳戶，如此一做法為適法，則營利事業於依所得稅法第66條之6 計算可扣抵比率時將必須「預估」未來所可能發生之一切變動，顯與該條文有違，且不合理：
被告對於本案原告之核定，無異等於責令原告須對其報繳89年度營利事業所得稅之後始發生之事件，於90及91年分配盈餘時即須能未卜先知地先加以預知，且預測結果不能與實際有太大的差異，否則因而造成之股東可扣抵稅額變動，被告將會回溯至原始年度（而非事件確定發生年度）觀之，要求原告額外多課以一筆類似罰款的稅捐（且該額外繳納稅捐無法由股東抵繳其稅捐），造成營利事業階段重複課稅之結果，使得兩稅無法合一。另查所得稅法第66條之6 所明訂之「營利事業分配屬87年度或以後年度之盈餘時，應以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶餘額，佔其帳載累積未分配盈餘帳戶餘額之比率，作為稅額扣抵比率，……。」其盈餘分配日分配予股東可扣抵稅額帳戶之餘額，依照所得稅法第66條之3 ，在繳納自行申報應納稅額，計入時點乃是「繳納稅款日」；退稅時減除時點，依所得稅法第66條之4 ，乃是「核定退稅通知書送達日」，故股東可扣抵稅額比率係以截至該分配基準日營利事業實際已繳納之計入項目及已確知之減除項目所形成之股東可扣抵稅額帳戶餘額（分子）及帳載可供分配盈餘（分母），來加以計算，前揭法條及同法第66條之3 、第66條之4 均未規定營利事業於分配基準日計算稅額扣抵比率時，須「預估」盈餘分配基準日後所發生之有關影響以前各年度股東可扣抵稅額及可供分配盈餘之事件及其結果，原告依法而為，何來違誤之有；加以本案造成原告股東可扣抵稅額為負數之原因均非可歸責予原告者，被告之原核定於法於理均有不合。經查，財政部在90年12月4 日核准更審原告免徵營利事業之申請函時，僅是告知原告五年免稅申請合於法定要件應予准許，至於確切之金額在當時完全未經確認。對於免稅之金額乃係於91年1 月31日向更審被告提出更正申請，必須經過被告查核免稅所得公式之計算結果後方可正式核定。被告確定退稅金額之核定通知乃是在91年12月16日，在原告90及91年股利發放基準日之後。是以，財政部在90年底核准免稅時，原告無法確定可以免稅之金額，也完全未告知原告必須預留多少稅額不得分配，卻在原告分別於90年及91年分配股利後，並於被告全數核退後，方才認定原告有「超額分配」情事，此一做法實際等於要求原告在未確定未來可實際收取之退稅金額時應預估可能之退稅金額來計算可分配予股東之可扣抵稅額，並承擔「預估錯誤」所招致之「超額分配」風險，完全於法無據，謬誤至極。
⒓股東可扣抵稅額帳戶之負數餘額不表示國家稅收會產生有
損失，因為此負數餘額之帳戶於年度間必然產生自動弭平為正數之結果，被告實不應僅就此時間性之問題強行補徵稅款：
本案原告於91年底時之股東可扣抵稅額帳戶雖因被告退稅，須列計一減項而確實產生負數餘額，然此負數餘額在營利事業存續過程中，營利事業有繳稅時依法仍應加計至該帳戶餘額中，亦即透過後續之計入項目漸漸轉為正數，而在此一由負數逐漸轉為正數過程中，該營利事業之股東縱然有獲配盈餘，也無法獲配任何股東可扣抵稅額並以之抵稅，亦即該等可扣抵稅額負數餘額縱代表先前之股東有多取得扣抵稅額，其也必然透過後來股東無法有任何扣抵稅額之犧牲而予以弭平，只要營利事業均依所得稅法相關規定辦理股東可扣抵稅額帳戶減除與計入之記載，而未有所得稅法第114 條之2 超額分配之情事，營利事業之股東可扣抵稅額帳戶雖會因為稅務機關核定稅捐結果與原申報情況不同，且核定落後於申報數年，致有時點差異（也就是稅捐核定與申報之差異會反映在後續各年度之股東可扣抵稅額帳戶之記載中），惟整體而言均只是時間差異而已，國家不會產生稅收損失之風險，被告實無因股東可扣抵稅額暫時產生負數餘額而對營利事業補徵稅款之理。詳言之，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之設計，是為將營利事業所繳納之所得稅額予以記載，以利在盈餘分配時隨同盈餘將該等可扣抵稅額分配予股東抵稅。而所得稅法對於股東可扣抵稅額帳戶之各種計入與減除時點及金額，均有詳細規定，惟因就同一年度所得稅案件而言，原申報繳稅與稅務機關核定之金額往往有差異，加上核定時間往往落後申報時點數年，故營利事業申報繳納某一年度所得稅後，如嗣後稅務機關核定結果有差異而須退稅或補稅，即依所得稅法規定於實際核定退還稅款時自股東可扣抵稅額帳戶減除，於補稅之情形亦於實際補繳時作為加計項目，由此可知，就同一年度營利事業所得稅案件而言，營利事業股東可扣抵稅額反映真正繳納稅款之時間必定有所落差（例如，89年之營利事業所得稅100 元在90年度報繳，故營利事業會在90年繳納時計入100 元至股東可扣抵稅額帳戶中，惟該年度所得稅至92年方由稅局核定，核定結果需再補繳10元，該補繳之10元則於實際補繳時才計入股東可扣抵稅額帳戶，所以89年度真正由營利事業繳納之稅款共110 元，勢必分別在後續年度才陸續計入股東可扣抵稅額帳戶），此為所得稅法兩稅合一及股東可扣抵稅額帳戶制度設計之先天問題，並非本案才有之特殊問題。然而，此等時點落差問題整體而言並不會造成國家的稅收損失，在本制度之下先前年度股東多（少）拿到抵稅權將自然透過後續年度股東少（多）拿到抵稅權，達到弭平差異之結果。因此本案之股東可扣抵稅額帳戶餘額究竟是先正數再逐漸減少為0 、抑或先小於0 再逐漸回復為正數，對於國家稅收皆不產生影響，僅為時間性之選擇性問題，實無適法性上之對錯可言；更何況於被告作出本案原補稅處分之95年度，實際上原告95年度之股東可扣抵稅額帳戶負數餘額已因後續計入項目而轉為正數17,499,541元（請詳原告95年度IC
A 申報書與核定書) ，故被告於核定原告應就股東可扣抵稅額之負數餘額補徵稅款之處分顯屬無任何法律依據下強徵稅收之違法處分，自應予以撤銷。
㈡備位聲明：
⒈所得稅法第100 條之1 第1 項係規定稅捐稽徵機關應於股
東可扣抵稅額帳戶內退還稅款，而未退還部分則用以留抵以後稅額，並非規定先全數退還再令其補繳稅款：查所得稅法第100 條之1 第1 項已明訂在何種情況下稽徵機關應僅就股東可扣抵稅額帳戶餘額範圍內予以退稅，未能退還部份則用以留抵以後應納稅額，該條文並非規定「稅務機關先將該等稅款全數退還後，再就股東可扣抵稅額帳戶餘額負數向營利事業補徵」，惟本案被告之處理方式卻係先全數退還稅款，之後再要求原告補繳稅款，二者之意義及經濟結果相去甚遠，倘如被告於原處分調整理由及依據說明書及復查、訴願決定書中均一再堅稱之其原處分之法律依據為所得稅法第100 條之1 第1 項，何以卻可不依該條文所規定方式辦理，而自行另創一先全數退還稅款再要求補繳稅款之處理方式。故若被告執該條依據，要求原告補繳稅款時卻未明確同意於該稅款補繳後核發該補繳稅款得以抵減原告未來應納營利事業所得稅之許可證明，則被告核定之違法實不言可喻。
⒉被告自創先全數退還再令其補繳稅款之方式，已扭曲並虛
增原告之營利事業所得稅負，若再不同意該補繳稅款可用以抵減原告未來年度應納之營利事業所得稅，則此一處分顯悖離所得稅法第100 條之1 第1 項為避免扭曲營利事業所得稅負之立法意旨，並侵害原告之權益：
所得稅法第100 條之1 第1 項係規定稽徵機關應僅就股東可扣抵稅額帳戶餘額範圍內予以退稅，未能退還部份則用以留抵以後應納稅額，該規定所產生之經濟結果應為：該退稅總金額仍屬該營利事業之資產，只是在股東可扣抵稅額帳戶餘額相等之金額得以現金取回，而未能以現金取回部份，因仍具有與未來應納稅額相抵之抵稅權利，並將使未來實際需以現金繳納稅款金額之減少，故仍屬營利事業之資產（預付稅款或留抵稅額）。而該等經濟結果正符合並達到所得稅法第100 條之1 第1 項立法理由後段中所表明者「但為避免扭曲營利事業之稅負，爰於但書明定，其未退還部分，營利事業可留抵以後年度應納之營利事業所得稅，藉其以後年度應納稅額及可分配予股東之可扣抵稅額之減少，調整營利事業與其股東之稅負。」，並符合兩稅合一之精神。惟本案被告卻採取一未見於所得稅法第10
0 條之1 第1 項之方式，即先將應退稅款全數退還後，再令原告補繳股東可扣抵稅額帳戶餘額負數部分。被告採取之方式，雖看似類似所得稅法第100 條之1 第1 項所訂於股東可扣抵稅額帳戶餘額範圍內退還稅款，惟其結果卻與所得稅法第100 條之1 第1 項之處理結果大相逕庭，其主要差異即在於，被告核定要求原告應就股東可扣抵稅額負數補繳之稅款，無法於補繳後具有留抵未來應納稅額之抵稅權而成為預付稅款或留抵稅款之性質。亦即被告自創先全部退稅再責令補繳之方式，已使原告除了形同僅在股東可扣抵稅額帳戶餘額範圍內獲得退稅以外，未獲退稅的部份竟無法如同所得稅法第100 條之1 第1 項情況下可用以留抵未來應納稅額，使得原告之所得稅負平白增加、資產平白短少，顯已虛增營利事業所得稅負，顯與所得稅法第
100 條之1 第1 項避免扭曲營利事業所得稅負之立法理由相悖。況本案造成原告股東可扣抵稅額餘額負數之原因，並非任何可歸責原告之事由所致，與一般申報案件並無不同，均係因被告核定稅款年度與納稅義務人申報繳納稅款年度不同之時間性差異所造成，怎可因被告之處理方式而虛增原告之所得稅負。被告既認本案應依據所得稅法第10
0 條之1 第1 項辦理，原核定、復查及訴願決定理由中亦一再強調該條之立法理由，其處分方式即應恪守該條文之規定，絕無於該條文明訂處理方式外自創其它方式而要求原告補稅之餘地，縱使原告依從此一不當之方式予以補稅，被告也應明確同意該補繳稅款得以抵減原告未來年度應納之營利事業所得稅，方符該條之立法意旨。如上所述，本案原告在完全無可歸責於己之事由情況下，若因被告於法律外自創之處理方式卻不許該補繳稅款可以抵減未來之稅額，將虛增並扭曲了原告之營利事業所得稅負並使其資產平白短少，此一明顯違法處分已侵害納稅義務人之權益，懇請鈞院明鑑。
⒊查稅務機關於執行所得稅法第100 條之1 第1 項後段之留
抵規定時，實務上確實係以依法發給留抵證明書之行政方式為之，故同意留抵與發給留抵證明本為一事，亦有法源基礎。謹提出被告已發予其他營利事業之留抵證明書，以作為確有此行政先例之證明：
⑴按「參、作業依據：所得稅法第一百條、第一百條之一
、施行細則第九十八條之一。……伍、作業說明：……
一、作業原則：（一）行政救濟核定退還營利事業八十七年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。二、作業程序：……（二）徵收單位接獲法務科行政救濟案件決定應補退稅額通知書時，就應補退稅額通知書所載實退稅額辦理退稅，其留抵稅額以電腦列印留抵稅額證明書乙份併同退稅支票交納稅義務人，留抵稅額證明書做為抵繳其以後年度應納之營利事業所得稅之證明。……（四）抵繳核定稅款：經核定有應補繳稅款者，若營利事業申請以留抵稅額證明書抵繳，應予受理。
」為兩稅合一所得稅制稽徵作業手冊中第四章之「營利事業所得稅行政救濟案件核定退稅作業」所規定。而查此一作業手冊係由財政部頒賦稅署於88年3 月所頒布，是以，各地區國稅局皆應依據此一作業手冊處理兩稅合一之所得稅相關業務，而此作業手冊中明白表示其係依據所得稅法第100 條之1 第1 項等相關規定而頒布施行，故參酌該手冊第四章第伍點作業說明第一項之作業原則，其內容與所得稅法第100 條之1 第1 項之條文可謂完全相同；而於實際運作之作業程序上，財政部亦已規範稅務機關就營利事業之留抵稅額，應以電腦列印留抵稅額證明書交予營利事業，做為抵繳其以後年度應納之營利事業所得稅之證明。而若營利事業申請以留抵稅額證明書抵繳，稅務機關應予受理。是以，原告於起訴狀中關於請求核發留抵證明之備位訴之聲明係有其法令依據。
⑵次按，稅務機關發給營利事業留抵許可證明（前者），
此乃行政機關之作為義務，與營利事業有權將應退稅款用以留抵未來應納稅額（後者）本為一事，並無不同。
依據前述稽徵作業手冊之規定及被告之實務運作，前者實係稅務機關實務上執行後者之行政方式。而本案中被告從未同意原告留抵系爭稅額甚明，甚至以行政文書明白回覆原告本案補繳稅款無所得稅法第100 條之1 第1項所定留抵未來稅款之適用，故本案是否可類推適用系爭條文規定，以及是否可准許原告將系爭稅額依該條文留抵未來應納稅額，實為本案之關鍵爭議；為使司法機關裁判之結果能夠真正化解徵納雙方之爭議，落實行政訴訟法第1 條所定保障人民權利以及確保國家行政權合法行使之意旨，大院當可藉由同意原告備位訴之聲明，以判決被告應同意原告該等補繳稅款得留抵未來應納稅額之判決方式，以維持原告之法定抵稅權益。另查兩稅合一所得稅制稽徵作業手冊中曾提及：留抵稅額證明書，而此留抵稅額證明書在實務上確實存在，被告亦確實曾依上開行政救濟案件退稅規定製發留抵稅額證明書予營利事業，做為抵繳其以後年度應納之營利事業所得稅之證明，原告謹再提呈被告即曾製發與其他營利事業之此等留抵稅額證明書為證，作為確有此行政先例之證明。
⒋退步言之，縱然本案應適用所得稅法第100 條之1 第1 項
有關退稅限額之規定，在「信賴保護」原則下，原告並無「信賴不值得保護」之情形，故被告不得任意撤銷原處分並以新處分代之，或應補償原告因而所遭受財產上之損失（即准許原告補繳之稅款得扣抵以後年度應納稅額）：
按信賴保護規定，係植基於法治國原則下，對於法安定性之保證。依司法院釋字第525 號解釋意旨，人民主張信賴保護時，不得有行政程序法第119 條信賴不值得保護的情形。若依法該行政處分得撤銷者，行政機關應對人民信賴該公權力行為造成的損害給予合理之補償。原告起始於89年度之五年免稅核准函，因於90年5 月申報89年度之營利事業所得稅後方由更審被告核發，該89年度稅款又於91年年底由被告全額核退，時至95年被告才要求原告補繳部份稅款。縱本案如被告之認定，應適用所得稅法第100 條之
1 第1 項之規定，然原告於91年度獲得退稅時，遍查法令並無發現任何違法或不應予全數核退之處，因而信賴原處分之全額退稅之處分，且原告並無行政程序法第119 條所列之信賴不值得保護之情形，是依照行政程序法第117 條，被告不應以後處分之核定形同撤銷部分前處分之決定方式，核定原告應補繳稅款。此外，被告因先前全數核退稅款之處分有所疏漏，於嗣後撤銷部分原全數退稅之處分而令原告應再補繳當初被告不應核退部分，竟使原告額外補繳部份無法如同所得稅法第100 條之1 第1 項所規定得留抵以後年度應納稅額，使原告喪失未來抵稅權利，對此一「朝令夕改」之行政處分而對原告所造成之不利益，本次處分並未附帶任何補償措施，亦違反行政程序法第120 條第1 項之規定。
⒌縱認本案有所得稅法第100 條之1 第1 項之適用，亦係被
告於核退稅款時未遵行該條文規定辦理，方致使原告無端產生納稅義務，自依同條法律應賦予原告抵稅權，方能平衡原告於稅務上之權利與義務，而符合大法官解釋之意旨：
按「課人民以繳納租稅之法律，於適用時，該法律所定之事項若權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，當不得任意割裂適用。」為司法院釋字第38
5 號所揭示之「衡平原則」。查本案原告91年底之股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額，主要係因當年度被告核定退稅故產生一較大之減項所致，實非可歸責於原告。而縱認本案有所得稅法第100 條之1 第1 項（即被告原核定所稱之法律依據）之適用，本案之所以滋生爭議，亦係起因於被告於91年間核退89年度營利事業所得稅時，未按所得稅法第100 條之1 第1 項之規定，於股東可扣抵稅額正數餘額範圍內退還在先，方導致原告當年度之股東可扣抵稅額產生負數餘額，原告就此並無任何錯誤、過失可言。另一方面，如盈餘不分配者將被被告課徵10% 之未分配盈餘稅，被告自不應期待且亦無法令規定營利事業必須先保留盈餘不予分配、或必須先行預估日後可免稅或可退稅金額，並就股東可扣抵稅額中先加以保留而不准納入稅額扣抵比率之計算而據以分配予股東，是以，無論係依據法令或股東可扣抵稅額帳戶之實務運作情形，原告股東可扣抵稅額帳戶產生負數餘額絕非原告之過失或責任，自不應負擔就該負數餘額金額補稅之不利益（先全額退稅後再要求補繳，等於使原告未能實際享受免稅）。既此等負數餘額之產生實乃僅肇因於被告未遵行其所認定本案應依據之法律（所得稅法第100 條之1 第1 項）辦理，就超過股東可扣抵稅額帳戶餘額部分溢退稅款所造成，未能正確適用其自己認定應適用之法律，而仍堅持對原告補徵稅款，已不當增加原告之納稅義務，惟如被告該等要求原告補繳之核定，係為矯正其原溢退稅款之錯誤，以正確適用所得稅法第10
0 條之1 第1 項之規定，則被告當應依同條文規定，在原告退還被告溢退之稅款後，准許原告該等補繳回之稅款得留抵未來應納稅額，方符合該條文之明文規定以及其避免扭曲營利事業稅負之立法意旨。故以「准許原告將補徵稅額留抵未來營利事業所得稅應納稅額」之方式，應可以此抵稅權利平衡此等所造成原告無端增加之納稅義務，方為合理；且如本案有被告原核定所依據之法律- 所得稅法第
100 條之1 第1 項之適用時之正確、完整、衡平、不割裂適用之應適用方式，謹請鈞院予以斟酌，以符合大法官會議解釋所要求之法益上平衡。
㈢綜上所述，原處分及訴願決定均有違誤之處，為此，原告依
據行政訴訟法第4 條第1 項規定，提起本件撤銷訴訟，並聲明求為判決：先位聲明：訴願決定及原處分（及復查決定）有關原告91年度應補繳股東可扣抵稅額183,741,007 元之核定均撤銷；備位聲明：維持原處分及訴願決定，惟被告應作成「原告應補繳股東可扣抵稅額183,741,007 元，惟被告於補徵前開稅額同時同意該補繳稅款可扣抵未來原告應納營利事業所得稅額，並依兩稅合一所得稅稽徵作業手冊規定核發同意留抵之許可證明」之行政處分。訴訟費用由被告負擔。
三、被告則以：㈠按「凡依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87
年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及記錄，以供稽徵機關查核。」「營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額︰一、繳納屬87年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵稅額。」「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除：……二、87年度或以後年度結算申報應納中華民國營利事業所得稅，經稽徵機關調查核定減少之稅額。」「營利事業依第3條之1規定，得分配予股東或社員之可扣抵稅額，以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。」「稽徵機關依第10
0 條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」為行為時所得稅法第66條之1 第1 項前段、第66條之3 第1 項第1 款、第66條之4 第1 項第2 款、第66條之5 第1 項及第100 條之1 第1 項所明定。次按「本法第66條之3 第1 項第1 款所稱繳納中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額，係指營利事業以其已繳納之暫繳稅款與扣繳稅款實際抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額之金額及其結算申報自行繳納之稅額之總和。」「營利事業所得稅結算申報經稽徵機關調查核定增加應納稅額，致減少其應退還稅額者，其依本法第66條之3 第1 項第1 款規定計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額之日期，為核定通知書送達日。」為所得稅法施行細則第48條之2 第1 項前段及第48條之5 第1 項所規定。
㈡本件原告91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表，原列
報期初餘額144,776,976元及期末餘額負207,384,336元，經被告分別核定期初餘額144,776,976元及期末餘額41,163,244元。嗣原告於94年7月申請更正列報期初餘額170,879,564元及期末餘額負195,955,304元，被告乃依其90 年度經核定之期末餘額170,879,561元核定91年度期初餘額170,879,561元，減除申請更正89年度營利事業所得稅結算申報經調查核定減少之稅額235,215,368 元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營利事業所得稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額2,459,851 元，重行核定期末餘額負183,741,007 元，並以91年間更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元，實際上係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007 元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，不符所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨，形同政府以稅收補貼原告之情形，遂予補稅183,741,007 元。原告不服，主張所得稅法第100 條之1 明定僅在行政救濟後若有應退還稅款者，應以當時股東可扣抵稅額帳戶餘額為限，原告截至91年12月31日止帳列股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之原因，係取得5 年免稅之核准函於91年初申請退還89年度已繳納之稅款，91年底經核准及退還已繳納稅款235,215,
368 元，非可歸責於原告，被告作成應補繳溢領之股東可扣抵稅額之核定，無法令依據，應予撤銷云云，申經被告復查決定略以，原告91年1 月31日以已取得財政部核准自89年度起連續5 年內免徵營利事業所得稅核准函，並申請更正89年度應納營利事業所得稅及退還已申報繳納之稅款248,547,580 元，致股東可扣抵稅額帳戶期末為負數，形同企業未繳納租稅卻將稅額分配予股東，形同政府以稅收補貼原告之不合理現象，原核定補徵稅額183,741,007 元，尚無不合，予以維持。原告不服，仍執前詞提起訴願，經財政部97年2 月22日台財訴字第09600453100 號訴願決定駁回，遞經大院97年度訴字第955 號判決駁回有案。
㈢原告猶表不服，仍執前詞提起上訴，經最高行政法院判決略
以，⑴原判決認本案原告因經財政部核准自89年度起連續5年免徵營所稅，而發生被告應退原告原繳之89年度營所稅稅款之類型，應類推適用所得稅法第101條第1項規定，於退稅時僅得以股東可扣抵稅額帳戶餘額為核退數額，被告以退稅中183,741,007 元是分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，而補徵該稅額，是依行政程序法第117 條、第118 條及第
127 條規定，撤銷原核定退稅235,215,368 元處分中就該183,741,007 元部分之違法處分，並請求原告返還因該被撤銷部分所受領之給付。惟依行政程序法第121 條第1 項規定，同法第117 條撤銷權之行使，應自知有撤銷原因時2 年內為之。依原判決認定之事實，被告於91年11月26日送達核定退稅通知書，而原處分係於95年5 月間作成，相距已近3 年半，原審法院未就被告於何時知悉有撤銷原因，其行使撤銷權是否已逾2 年除斥期間，依職權查明或闡明兩造就此重要爭點為攻擊防禦，逕認被告得部分撤銷原核定退稅處分，不適用行政訴訟法第125 條規定不當。⑵所得稅法第100 條之1規定：「稽徵機關依第100 條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」財政部89年函釋：「主旨：87年度或以後年度營利事業所得稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第100 條第3 項規定之適用。說明：所得稅法第100 條之1 第1 項有關稽徵機關退還營利事業87年度或以後之所得稅款時，應就退稅時營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還之規定，僅限於稽徵機關依同法第10
0 條第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用。至於稽徵機關原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數。）」已明言所得稅法第100 條之1 第1 項僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用，而且承認因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數之情形。原判決僅取該函釋「說明」欄之後段，認該函釋係針對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第100 條第3 項規定適用而為，與本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形有別，尚有未合。何況對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅，其原因有可能係可歸責納稅義務人，此種情形既已無所得稅法第100 條第3 項規定之適用，舉輕以明重，在如本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形，更應無所得稅法第100 條第3 項規定之適用。依兩造於原審提出之書狀中主張，原告係於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營所稅，惟於原審準備程序中，原告陳述其於91年1 月31日始獲得自89年度起連續5 年免徵營所稅核准函，致原告究係於何時獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營所稅之事實不明。苟原告確係於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營所稅，原告於此時即發生向被告請求作成退還其原繳之89年度營所稅之行政處分之權利，其退還稅款範圍，屬於實體事項，依「實體從舊」之法律適用原則，應依當時之法令規定決定之。財政部89年函釋雖未編入財政部稅制委員會編印之90年版之「所得稅法令彙編」，亦是自91年1月1 日起不再援引適用（見財政部90年11月30日台財稅第0000000000號函），其在90年間尚屬有效之函釋，於本案仍可適用。即使該函釋未編入上開90年版之「所得稅法令彙編」，係因其解釋內容不正確而廢止之，依稅捐稽徵法第1 條之
1 但書規定之反面解釋，亦應適用有利於原告之該函釋於本案。⑶原判決以原告在言詞辯論終結前，未將系爭補徵之稅款繳還被告，作為駁回原告之備位之訴之重要理由。然原告在言詞辯論終結前，是否完全未繳納系爭補徵稅款，兩造於原審均未就此有所陳述主張，原審法院亦未就此事實為調查，其逕認原告未將系爭補徵之稅款繳還被告，認定事實未憑證據，違反證據法則等語。
㈣第查：
⒈實施兩稅合一後，營利事業得分配其所繳納之營利事業所
得稅予其股東或社員，股東可扣抵稅額帳戶之設置與紀錄，攸關營利事業分配股東等股利或盈餘所含可扣抵稅額之正確性，即自87年度起，在會計帳簿外，應另設置股東可扣抵稅額帳戶，用以紀錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依規定保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，且分配予股東或社員之可扣抵稅額，以股利或盈餘之分配日其股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限；又依所得稅法第10
0 條之1 第1 項立法意旨，營利事業所得稅係落後徵收，稽徵機關對於營利事業所得稅結算案件之核定，通常已在營利事業當年度盈餘分配之後，尤其對於營利事業申請行政救濟案件之核定，更是落後多年，稽徵機關依同法第10
0 條第3 項規定，對於營利事業行政救濟案件核定退稅時，營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額如小於退稅額時，表示營利事業已將行政救濟繳納之二分之一所得額部分或全部分配予股東或社員扣抵，稽徵機關若仍將該應退稅款全數退還，實際上係退還營利事業已納所得稅額中已分配於股東或社員，由其申報扣抵或退還之稅額，形成政府以稅收補貼營利事業之現象，爰規定稽徵機關核定退稅時，應以營利事業股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。由上可知，股東可扣抵稅額帳戶不論是分配時或退稅時，皆應以該帳戶餘額為最低分配或核退數額，合先陳明。
⒉本件原告89年度營所稅係屬會計師簽證申報案件，原申報
合於獎勵規定之免稅所得994,230,318 元，因尚未取具核准函，結算申報自行繳納稅額248,460,743 元（分別於90年3 月30日繳納220,000,000 元及90年5 月31日繳納28,460,743元）。原告90年1 月1 日股東可扣抵稅額帳戶期初餘額為86,837元，90年3 月5 日召開股東會議決議分配89年度盈餘，並決定分配基準日為90年3 月26日，90年4 月27日實際分配股利帶出股東可扣抵稅額129,399,753 元，因計算可分配之股東可扣抵稅額時誤將90年3 月30日繳納之稅額220,000,000 計入，致超額分配可扣抵稅額129,350,000 元，90年度股東可扣抵稅額期末餘額核定為170,879,561 元。原告90年12月4 日經財政部核准自89年度起連續5 年免徵營所稅，旋於91年1 月31日向被告申請更正89年度營所稅，並申請退還已繳納之自繳稅款248,547,580元，復於91年6 月3 日分配90年度盈餘，帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元；原告申請退還之89年度營所稅，被告核定退稅金額為235,215,368 元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致原告股東可扣抵帳戶餘額為負183,741,007 元；依兩稅合一的基本立法精神，營利事業得分配其所繳納之營所稅予其股東或社員，抵繳其股東或社員之個人綜合所得稅，必須是實質上營利事業已繳納營所稅予政府，始得分配抵繳股東或社員之個人綜合所得稅。惟原告於90年12月4 日已知悉其獲准自89年度起連續5 年免徵營所稅，又明知已將89年度所自繳之營所稅已分配予股東，卻仍向被告申請更正89年度營所稅，申請退還全額之稅額248,547,580 元，且依據股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表註二：自繳稅額若有溢繳者，本欄項（繳納結算申報之自繳稅款）請以減除申請退稅數或溢繳數後之餘額計入，原告91年1 月31日向原被告申請更正並退還89年度營所稅248,547,580 元時，即應依上述規定，將溢繳之自繳稅款自期初股東可扣抵稅額帳戶中減除，惟原告未依規定更正並正確計算股東可扣抵稅額，復於91年6 月3 日分配90年度盈餘，又帶出股東可扣抵稅額103,279,512 元，嗣經被告核定其申請退還89年度營所稅，退稅金額為235,215,368 元，並於91年12月16日將退稅核定通知書送達，致原告股東可扣抵帳戶餘為負183,741,007 元，原告實質上並未繳納營所稅，卻超額分配股東可扣抵稅額183,741,007 元予股東扣抵個人綜合所得稅，從而被告核定補徵其超額分配稅額183,741,007 元，並無不妥，實乃原告悖於上述規定提供不正確資料而致被告原處分結果令其無端受益；再者，縱若依最高行政法院判決撤銷理由認被告有違法行政處分之虞，以被告於91年11月26日送達核定退稅通知書，而原處分係於95年5 月間作成，相距已近3 年半，原判決未就被告於何時知悉有撤銷原因之事，然查被告於91年11月26日送達89年度營利事業所得稅核定退稅通知書時並未覺查原告已將可扣抵稅額先行分配予股東扣抵綜合所得稅，否則當無該核定退稅之舉，固係信賴該更正申請之結果豈料該原處分竟於原告已先行將未實際繳納之稅款分配予股東抵扣綜合所得稅下而無端受益，乃係原告悖於前揭規定提供不正確資料所致，案經原告94年7 月間向被告申請更正91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表時方查得原告有不符所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨，而形同政府以稅收補貼原告之情，遂予補稅183,741,
007 元已如本答辯之理由二所述，故以94年7 月間查覺至95年5 月間作成原處分觀之，並無縱若依最高行政法院判決撤銷理由認被告有違法行政處分之虞而更有逾2 年除斥期間情事。
⒊財政部89年函釋並未編入90年版及94年版之「所得稅法令
彙編」，本即不再援引適用，此有財政部90年11月30日台財稅第0000000000號令及94年11月30日台財稅字第09404574180 號令可稽；惟最高行政法院判決率以原告於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續5 年內免徵營所稅，原告於此時即發生向被告請求作成退還其原繳之89年度營所稅之行政處分之權利等情，然查請求權之效力，當以其行使時方得以成就，故當以原告行使更正請求時（即91年
1 月31日）為行為時得適用之有關法令為據方符，按財政部89年未編列入「90年版及94年版所得稅法令彙編」，即自91年1 月1 日起不再援用，當無最高行政法院判決之退還稅款範圍，屬於實體事項，而有依「實體從舊」之法律原則適用之情；再者，最高行政法院判決亦明知該財政部89年函釋因其解釋內容不正確而廢止之，即無強加以稅捐稽徵法第1 條之1 但書規定之反面解釋，於本件形同政府以其他稅收以補貼原告於未實際繳納稅款下，任其將非屬應可扣抵之稅額提供予股東扣抵綜合所得稅，已顯然違背兩稅合一之立法意旨所造成之公平不備情形之外，逕論以有利納稅義務人為判而縱容益增租稅之不公平現象，當非明斷；況本件原告91年度股東可扣抵稅額帳戶期末餘額經核定為負183,741,007 元，核定補徵稅款183,741,007 元，係因原告申請更正退還89年度營利事業所得稅235,215,
368 元所致，該退還稅額中183,741,007 元已由原告分配予股東申報扣抵或退還綜合所得稅額，是被告核定原告補徵91年度股東可扣抵稅額183,741,007 元，僅係將原告因更正後並未實際繳納稅款卻將之分配予股東之可扣抵稅額為之追繳，非屬所得稅法第100 條第3 項明定之應退稅款，自無所得稅法第100 條之1 規定營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額之適用，此亦有大院98年度訴字第391 號可資參據。
⒋原告於原判決前確未將被告核定補徵稅額000000000 元全
部繳還被告，僅於其提起訴願時依法繳納半數稅款00000000元，如前⒉所述，被告核定原告補徵91年度股東可扣抵稅額183,741,007 元，僅係將原告因更正後並未實際繳納稅款卻將之分配予股東之可扣抵稅額為之追繳，非屬所得稅法第100 條第3 項明定之應退稅款，自無所得稅法第10
0 條之1 規定營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額之適用，況有關「留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅」係以稽徵機關將應退稅額保留未予退還為前提，本件退稅已經全數退還原告，是被告發單補徵系爭稅額縱認係基於違法行政處分撤銷後，依行政程序法第127 條規定之返還請求權，亦無不當，與就所得稅法第100 條之1 第1 項後段所規定之「就未退還部分係留抵營利事業以後年度應納之營利事業所得稅」並不具對待給付關係，原告所訴並不足採，本件原處分請續予維持。
⒌原告主張縱然本案有適用所得稅法第100 條之1 第1 項之
規定而應補繳稅款，被告亦應核發同意該補繳稅款可扣抵未來原告應納營利事業所得額之許可證明乙節，本件原告申請退稅年度之股東可扣抵稅額帳戶餘額產生負數之原因，並非單純由於申請退還已取具89年度5 年免稅核准函繳納之89年度營所稅自繳稅額，尚包含退稅當年度原告於股東會決議盈餘分配予股東所帶出之可扣抵稅額。原告所訴顯係誤解，本件仍應續予維持。
㈤綜上論述，原處分及訴願決定並無違誤等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴、訴訟費用由原告負擔。
四、按「凡依本法規定課徵營利事業所得稅之營利事業，應自87年度起，在其會計帳簿外，設置股東可扣抵稅額帳戶，用以記錄可分配予股東或社員之所得稅額，並依本法規定，保持足以正確計算該帳戶金額之憑證及紀錄，以供稽徵機關查核。」、「營利事業左列各款金額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額︰一、繳納屬87年度或以後年度中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額、經稽徵機關調查核定增加之稅額及未分配盈餘加徵之稅額。」、「營利事業左列各款金額，應自當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除：一、……
二、87年度或以後年度結算申報應納中華民國營利事業所得稅，經稽徵機關調查核定減少之稅額。」、「營利事業依第
3 條之1 規定，得分配予股東或社員之可扣抵稅額，以股利或盈餘之分配日，其股東可扣抵稅額帳戶之餘額為限。」及「稽徵機關依第100 條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。」分別為所得稅法第66條之1 第1 項前段、第66條之3 第1 項第1 款、第66條之4第1 項第2 款、第66條之5 第1 項及第100 條之1 第1 項所明定。次按「本法第66條之3 第1 項第1 款所稱繳納中華民國營利事業所得稅結算申報應納稅額，係指營利事業以其已繳納之暫繳稅款與扣繳稅款實際抵繳該年度營利事業所得稅結算申報應納稅額之金額及其結算申報自行繳納之稅額之總和。」及「營利事業所得稅結算申報經稽徵機關調查核定增加應納稅額，致減少其應退還稅額者，其依本法第66條之3第1 項第1 款規定計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額之日期，為核定通知書送達日。」分別為所得稅法施行細則第48條之2 第1 項前段及第48條之5 第1 項所規定。
五、歸納兩造上述之主張，本件爭執之重點在於: 原告於何時獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營利事業所得稅? 本件有無財政部89年函釋之適用? 被告以原告不符所得稅法第10
0 條之1 第1 項立法意旨，予以補稅183,741,007 元，是否適法? 本院判斷如下：
㈠查原告是於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續5 年
免徵營利事業所得稅，有財政部90年12月4 日台財稅字第0900457611號函附卷可稽( 見本院卷第199 頁) ，並為被告所不爭( 見本院卷第124 頁) ，堪以憑認。
㈡按行政訴訟法第260 條第2 項規定：「前項發回或發交判決
，就高等行政法院應調查之事項，應詳予指示。受發回或發交之高等行政法院，應以最高行政法院所為廢棄理由之法律上判斷為其判決基礎。」是本件判決自應以最高行政法院發回判決所為廢棄理由之法律上判斷為基礎，先予敘明。查本件原發回判決之意旨: 「... 五、㈡所得稅法第100 條之1規定：『稽徵機關依第100 條第3 項規定退還營利事業87年度或以後年度之所得稅款時，應就退稅時該營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還，其未退還餘額，營利事業得用以留抵其以後年度應納之營利事業所得稅額。』財政部89年7月1 日台財稅第000000000 號函釋：『主旨：87年度或以後年度營利事業所得稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第
100 條第3 項規定之適用。說明：所得稅法第100 條之1 第
1 項有關稽徵機關退還營利事業87年度或以後之所得稅款時，應就退稅時營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額內退還之規定，僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用。至於稽徵機關原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少稅額應辦理之退稅款，尚無前揭條文之適用（如已分配帶出稅款，則股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數。）』已明言所得稅法第100 條之1 第1 項僅限於稽徵機關依同法第100 條第3項規定退還經復查、訴願或行政訴訟決定之應退還稅款始有適用，而且承認因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數之情形。原判決僅取該函釋『說明』欄之後段，認該函釋係針對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅時，無所得稅法第100 條第3 項規定適用而為，與本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形有別，尚有未合。何況對87年度或以後年度營所稅結算申報案原查（或更正後）核定較原申報（或原核定）減少之稅額應辦理退稅，其原因有可能係可歸責納稅義務人，此種情形既已無所得稅法第100 條第3 項規定之適用，舉輕以明重，在如本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形，更應無所得稅法第100 條第3 項規定之適用。依兩造於原審提出之書狀中主張，上訴人係於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營所稅，惟於原審準備程序中，上訴人陳述其於91年1 月31日始獲得自89年度起連續5年免徵營所稅核准函，致上訴人究係於何時獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營所稅之事實不明。苟上訴人確係於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續5 年免徵營所稅，上訴人於此時即發生向被上訴人請求作成退還其原繳之89年度營所稅之行政處分之權利，其退還稅款範圍，屬於實體事項，依『實體從舊』之法律適用原則，應依當時之法令規定決定之。財政部89年7 月1 日函釋雖未編入財政部稅制委員會編印之90年版之『所得稅法令彙編』，亦是自91年1 月
1 日起不再援引適用( 見財政部90年11月30日台財稅第0000000000號函) ，其在90年間尚屬有效之函釋，於本案仍可適用。即使該函釋未編入上開90年版之『所得稅法令彙編』，係因其解釋內容不正確而廢止之，依稅捐稽徵法第1 條之1但書規定之反面解釋，亦應適用有利於上訴人之該函釋於本案。」等語在卷可按( 見本院卷第10-11 頁) 是依原發回判決意旨，財政部89年函釋應適用於本案。
㈢次查，本件原告91年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表
，原列報期初餘額144,776,976 元及期末餘額負207,384,33
6 元，經被告分別核定期初餘額144,776,976 元及期末餘額41,163,244元。嗣原告於94年7 月申請更正列報期初餘額170,879,564 元及期末餘額負195,955,304 元，被告乃依其90年度經核定之期末餘額170,879,561 元，核定91年度期初餘額170,879,561 元，減除申請更正89年度營利事業所得稅結算申報經調查核定減少之稅額235,215,368 元、分配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額103,279,512 元、依公司法或其他法令規定，提列之法定盈餘公積所含之當年度已納營利事業所得稅額13,665,837元及依公司章程規定分派董監事職工之紅利所含之當年度已納營利事業所得稅額2,459,851元，重行核定期末餘額負183,741,007 元，並以91年更正退還89年度營利事業所得稅235,215,368 元，實際上係退還營利事業已納所得稅額中183,741,007 元已分配予股東由其申報扣抵或退還之稅額，不符所得稅法第100 條之1 第1 項立法意旨，形同政府以稅收補貼原告之情形，遂予補稅183,741,007 元。惟財政部89年函釋意旨已明言所得稅法第100 條之1 第1 項僅限於稽徵機關依同法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願決定或行政訴訟之應退還稅款始有適用，而且承認因退稅造成股東可扣抵稅額帳戶餘額將出現負數之情形。本件原告是於90年12月4 日獲財政部准許自89年度起連續
5 年免徵營利事業所得稅，已如前述，原告截至91年12月31日止帳列股東可扣抵稅額帳戶餘額為負數之原因，係取得5年免稅之核准函於91年初申請更正退還89年度已繳納之稅款，91年底經核准及退還已繳納稅款235,215,368 元，並非稽徵機關依所得稅法第100 條第3 項規定退還經復查、訴願決定或行政訴訟之應退還稅款之情形，且本件無可歸責於徵納雙方之退稅情形，應無所得稅法第100 條第3 項規定之適用。故被告依據所得稅法第100 條之1 及第66條之1 等規定，發單補徵原告應納稅額183,741,007 元，即有違誤。
六、綜上所述，被告以前所為退稅，未依所得稅法第100 條之1第1 項規定，保留超過退稅當時原告股東可扣抵稅額帳戶餘額數額之稅額，致原告期末餘額負183,741,007 元，而發單補徵稅額183,741,007 元，核有違誤；復查及訴願決定未予糾正，均有未合，自均應由本院予以撤銷。是原告訴請撤銷訴願決定及原處分( 含復查決定) ，為有理由，應予准許。
七、本件原告先位之訴已獲勝訴之判決，備位之訴即毋庸審酌，附此敘明。
八、本件事證已臻明確，兩造其餘主張陳述，於判決結果不生影響，無庸一一論列，併予敘明。
據上論結，本件原告之訴為有理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 98 年 12 月 31 日
臺北高等行政法院第三庭
審判長法 官 楊莉莉
法 官 畢乃俊法 官 林惠瑜上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 98 年 12 月 31 日
書記官 劉道文