臺北高等行政法院判決
99年度再字第153號100年9月15日辯論終結再審原告 維州生物科技股份有限公司代 表 人 柯光達（董事長）訴訟代理人 顧立雄 律師
周廷翰 律師再審被告 財政部臺北市國稅局代 表 人 陳金鑑（局長）住同上訴訟代理人 呂淑惠
鄭錦凰上列當事人間營利事業所得稅事件，再審原告對本院中華民國99年8 月5 日99年度訴字第777 號判決，依行政訴訟法第273 條第
1 項第1 款提起再審之訴，本院判決如下：
主 文再審原告之訴駁回。
訴訟費用由再審原告負擔。
事實及理由
一、程序事項：本件被告代表人凌忠嫄於訴訟進行中變更為陳金鑑，茲據被告現任代表人依法具狀向本院聲明承受訴訟，核無不合，應予准許。
二、事實概要：再審原告民國94年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展支出（以下簡稱研發支出）新臺幣（下同）2,580,511元及可抵減稅額774,153 元，再審被告初查依其申報數核定，嗣查得再審原告於94年度取得經濟部補助款3,185,495 元，並將其中1,502,661 元於研發支出項下減列，而就餘額1,682,834 元於研發支出項未予減列，惟未符合規定，乃重行核定研發支出897,677 元及可抵減稅額269,303 元，應補稅額0 元。再審原告不服，申請復查，未獲變更，提起訴願遭決定駁回，提起行政訴訟，案經本院以99年度訴字第777 號判決駁回。再審原告不服提起上訴，經最高行政法院99年度裁字第2533號裁定駁回再審原告之上訴，茲再審原告仍有不服，以本院99年度訴字第777 號判決適用法規不當為由，提起再審之訴。
三、再審原告訴稱：⑴又凡判決有消極不適用法規而顯然影響裁判之情形，或所適
用之法規違反現行法律、司法院大法官解釋、判例、一般法律原則、經驗法則、證據法則、論理法則或不適用法規、適用不應適用之法規之情形，均屬行政訴訟法第273條第1項第
1 款規定之適用法規顯有錯誤，此有大法官陳敏所著「行政法總論」、司法院釋字第177 號解釋、司法院釋字第185 號解釋、最高行政法院92年判字第258 號判決及最高行政法院93年判字第385 號判決等學說見解及實務見解可稽。
⑵原判決一方面認定94年度之政府補助款1,682,834 元不屬於
公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法（下稱抵減辦法）第2 條之研發支出，另方面卻以該筆1,682,834 元應適用抵減辦法第7 條規定而列入研發支出之抵減範圍，不但顯然抵觸司法院大法官釋字第217 號解釋及租稅法律主義，更適用不應適用之抵減辦法第7 條規定構成行政訴訟法第
273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由：
①促進產業升級條例第6 條第1 項、第4 項分別規定：「為
促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額……」、「第一項及第二項投資抵減之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之」，對此行政院乃訂定扣減辦法，並於抵減辦法第7 條規定：「公司適用投資抵減稅額之研究發展及人才培訓之支出，不包含政府補助款在內……」，且於同辦法第2 條及第3 條分別明訂「研發支出」與「人才培訓支出」之具體支出內容，可知在計算投資抵減稅額之「研發支出」時，應依抵減辦法第2 條所定之各類項目計算研發支出之總額，惟於抵減辦法第2 條所定之各類項目中兼有政府補助款時，應依抵減辦法第7 條規定，將該部分之政府補助款自「研發支出」中扣除（作為研發支出之減項），以計算事業應納營所稅之稅額。亦即，僅於抵減辦法第2 條所定「研發支出」中內含政府補助款之情形，方需將該政府補助款自「研發支出」中扣除，絕非任何補助款皆得作為研發支出之減項。
換言之，於某項支出不被認定為抵減辦法第2 條之「研發支出」時，即無庸審究其是否內含政府補助款，而無所謂應予扣除之問題。
②惟查，關於94年度之政府補助款1,682,834 元，原判決已
於理由欄中認定非屬抵減辦法第2 條所定之「研發支出」，此時依抵減辦法第7 條之反面解釋，理應認定再審原告之研發支出包含該政府補助款1,682,834 元在內，不應由研發支出中進行扣除（作為研發支出之減項），迺原判決竟為相反之認定，致再審原告94年度可扣抵之營所稅額大幅減少，其認事用法不但違背促產條例第6 條及抵減辦法第7 條之明文規定，更有顯然牴觸司法院釋字第217 號解釋及租稅法律主義之重大違誤，徵諸釋憲實務暨最高行政法院相關見解，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由，無疑。
⑶原判決認定94年度之政府補助款1,682,834 元由再審原告自
行沖減無形資產乙節，與本件爭點無涉，且無礙於本件之核定云云，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由：
①本件94年度之政府補助款1,682,834 元，應依商業會計法
第13條、第41條第1項、商業會計處理準則第2條暨財務會計準則公報29號第12點等規定，作為無形資產之減項，迺原判決竟為相反之認定，構成行政訴訟法第273條第1項第1款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由：
⒈依商業會計法第13條、第41條第1 項及商業會計處理準
則第2 條之規定，關於無形資產之帳面價值，應依取得之實際成本入帳，並於認列時將政府之捐助作為帳面價值之減項，方符會計準則與經濟實質原則，合先敘明。⒉查再審原告將94年度政府補助款中1,682,834 元加上自
籌款項，向精業公司取得開發之客製化應用程式，並於97年10月30日申請註冊商標「VCROCTIS」而成為再審原告之無形資產，為再審被告所不爭執，依商業會計法第13條、商業會計處理準則第2 條暨財務會計準則公報29號第12點等規定，應將94年度政府補助款中之1,682,83
4 元作為該無形資產之減項，並將該無形資產逐年以費用攤提，方屬符合會計準則與經濟實質原則之認列方式，迺原判決竟為相反之認定，其認事用法不但違背商業會計法第13條、商業會計處理準則第2 條暨財務會計準則公報29號第12點等之明文規定，更有顯然牴觸司法院釋字第420 號及第500 號解釋及實質課稅原則之重大違誤，徵諸釋憲實務暨最高行政法院相關見解，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由，至為顯然。
②原判決一方面認定94年度之政府補助款1,682,834 元應作
為研發支出之減項，另方面卻認定再審原告將該筆補助款作為無形資產之減項，無礙於本件之核定云云，顯然違背所得稅法第24條等規定，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由。
⒈關於營所稅之計徵，所得稅法第24條第1 項及同法施行
細則第31條規定應以事業本年度之收入總額減除各項成本、費用、損失及稅捐後之「所得額」為基準，惟促產條例為獎勵事業進行研究創新，乃於第6 條第1 項規定得以「研發支出」抵減所得稅法第24條第1 項規定之「所得額」，但為同時兼顧獎助之公平性與必要性，促產條例第6 條第4 項及抵減辦法第7 條同時規定應將「政府補助款」自「研發支出」中另行扣除，是事業應納稅額之計算式，為「所得額－（研發支出－政府補助款）」，合先敘明。
⒉查再審原告既已合法將94年度之政府補助款1,682,834
元列為無形資產之減項，並將無形資產逐年攤銷，核屬符合經濟實質與會計準則之認列行為，實無從亦無法再將該筆1,682,834 元再列為研發支出之減項，迺原判決竟就此為相反之認定，已構成違反行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由。抑有進者，原判決在認定該筆1,682,834 元業經再審原告列為無形資產之減項，既然再審原告已扣減1,682,
834 元而合理估算資產價值，每年得以攤銷之費用因而減少，收入總額減除各項成本、費用、損失及稅捐後之「所得額」即增加，亦即無形資產之減項適為提高所得稅應納稅額之因素。而於「所得額」處已被評為提高再審原告應納稅額之因素之情況下，原判決竟又認定該筆1,682,834 元應重複列於扣除抵減數額之「政府補助款」處，而再次評價為提高再審原告應納稅額之因素，是關於該筆1,682,834 元補助款之定性，經原判決於「所得額」與「政府補助款」等二處，重複評價為提高再審原告應納稅額之因素，不但違反所得稅法第24條第1 項、同法施行細則第31條、促產條例第6 條第1 項、第4項及抵減辦法第7 條之明文規定，更違背實質課稅原則與租稅法律主義，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由，當無疑義。
⑷原判決以促進企業開發產業技術辦法（下稱促進開發辦法）
第11條為由，認定94年度之政府補助款1,682,834 元應為研發支出之減項云云，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由：
按促進開發辦法第11條第1 項及第2 項之規定，可知促進開發辦法第11條僅就政府提供補助款之上限及種類予以限定而已，與各該補助款「是否得為研發支出之抵減項目」、「應如何進行抵減」或「應如何於會計上認列」等節，俱無關連，迺原判決竟以促進開發辦法第11條並非逐項計算補助金額為由，即遽然認定凡政府提供之補助金額，不分會計科目均得為研發支出之抵減項目云云，顯然違背促進開發辦法之明文規定，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定「適用法規顯有錯誤」之再審事由，自明。
⑸另在與原判決基礎事實相同之再審原告96年度營所稅額核定
事件中（案號：鈞院99年度訴字778 號），關於再審原告於該事件中所為「再審原告96年度所獲之政府補助款係用於挹注程式開發費之支出，不應認列為研發支出之減項」之主張，不但獲鈞院99年度訴字778 號判決採認在案，鈞院於該判決中更認定再審被告疏未調查補助款之一部，是否用於投資抵減範圍以外之購入程式費用，而與申報之實際研發支出無關，故再審被告逕行核定再審原告96年度之營所稅額，實有率斷之嫌。至於再審被告辯稱此業經最高行政法院100 年度判字第1170號判決認定政府補助款應依抵減辦法第7 條規定予以扣除，故本件再審之訴為無理由云云，惟再審原告實已依「帳列『政府補助款』為『無形資產減項』」之方式，將所領取之政府補助款逐年攤提扣除完畢，故無所謂應再次於「研發支出」中扣除之問題，最高行政法院100 年度判字第1170號判決就此未予審酌，而疏未適用商業會計法第13條、第41條第1 項、商業會計處理準則第2 條暨財務會計準則公報29號第12點等規定，致適用不應適用之抵減辦法第7 條規定而為相反之認定，其認事用法實不足為本件之參考。
⑹綜上，原判決有行政訴訟法第273 條第1 項第1 款「適用法
規顯有錯誤」之再審事由。因而聲明：「①鈞院99年度訴字第777 號判決廢棄；②訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷；③歷審訴訟費用均由再審被告負擔」。
四、再審被告抗辯：⑴按行政訴訟法第273 條第1 項、第2 項及第3 項規定：「有
下列各款情形之一者，得以再審之訴對於確定終局判決聲明不服。但當事人已依上訴主張其事由或知其事由而不為主張者，不在此限：一、適用法規顯有錯誤。二、判決理由與主文顯有矛盾。三、判決法院之組織不合法。四、依法律或裁判應迴避之法官參與裁判。五、當事人於訴訟未經合法代理或代表。六、當事人知他造之住居所，指為所在不明而與涉訟者。但他造已承認其訴訟程序者，不在此限。七、參與裁判之法官關於該訴訟違背職務，犯刑事上之罪。八、當事人之代理人、代表人、管理人或他造或其代理人、代表人、管理人關於該訴訟有刑事上應罰之行為，影響於判決。九、為判決基礎之證物係偽造或變造。十、證人、鑑定人或通譯就為判決基礎之證言、鑑定或通譯為虛偽陳述。十一、為判決基礎之民事或刑事判決及其他裁判或行政處分，依其後之確定裁判或行政處分已變更。十二、當事人發現就同一訴訟標的在前已有確定判決或和解或得使用該判決或和解。十三，當事人發現未經斟酌之證物或得使用該證物。但以如經斟酌可受較有利益之裁判者為限。十四、原判決就足以影響於判決之重要證物漏未斟酌。」、「確定終局判決所適用之法律或命令，經司法院大法官依當事人之聲請解釋為牴觸憲法者，其聲請人亦得提起再審之訴。」及「第1 項第7 款至第10款情形，以宣告有罪之判決已確定，或其刑事訴訟不能開始或續行非因證據不足者為限，得提起再審之訴。」次按行政訴訟法第274 條規定：「為判決基礎之裁判，如有前條所定之情形者，得據以對於該判決提起再審之訴。」又按改制前行政法院61年裁字第153 號及62年度判字第610 號判例：「對原判決所持法律上見解有所爭執申辯，尚難謂為適用法規顯有錯誤。」及「行政訴訟法第24條規定，有民事訴訟法第
496 條所列各款情事之一者，當事人對於本院判決，固得提起再審之訴，惟民事訴訟法第496 條第1 項第1 款所謂『適用法規顯有錯誤』，係指原判決所適用之法規與該案應適用之現行法規相違背，或與解釋判例有所牴觸者而言，至於法律上見解之歧異，再審原告對之縱有爭執，要難謂為適用法規錯誤，而據為再審之理由。」⑵再審原告主張與財團法人資訊工業策進會簽訂之「示範性資
訊應用開發計畫」專案契約書，該案補助款可區分為人事費、設備使用費、技術引進及委託研究費等3 項，其中委託精業公司開發應用程式之支出，因未申報研發支出，該部分補助款不應列為研發支出減項。惟本案補助款與研究發展支出屬同一專案；又依系爭補助款專案契約書之執行依據經濟部「促進開發辦法」，其明定補助金額係以計畫總經費之比例提供。是該案補助款，雖以不同會計科目列示，依抵減辦法第7 條之規定，仍應全數自研究發展支出下減除。原審判決已論之綦詳，要無再審原告所指摘原判決不適用法令情事。
⑶揆諸鈞院99年度訴字第777 號判決所引促進產業升級條例第
6 條、抵減辦法第2 條、第5 條第1 項及第7 條、促進開發辦法第1 條、第3 條及第11條等規定，並無再審理由所指違背法令或適用法規不當情事，茲再審原告對之縱有爭執，依首揭改制前行政法院所著判例，要難謂為適用法規錯誤或不當，是本案應無首揭行政訴訟法第273 條第1 項各款、第2項、第3 項及同法第274 條所載得以提起再審之訴之情事，是再審原告提起再審之訴，顯無合法之理由，亦非適法。
⑷綜上，再審被告以再審原告提起再審之訴，顯無合法理由，
而聲明：「再審原告之訴駁回，訴訟費用由再審原告負擔」。
五、得心證之理由：⑴先行釐清事實上陳述部份：
①本件原確定判決所認定之事實：
再審原告94年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展支出2,580,511 元及可抵減稅額774,153 元，經再審被告查得【再審原告於94年度取得經濟部補助款3,185,495元，將其中1,682,834 元於研究與發展支出項下減列，未合規定】，乃重行核定研究與發展支出897,677 元及可抵減稅額269,303 元，應補稅額0 元。
②經查，原課稅處分之查核過程（參見原處分卷p422）「參
見本科97.11.6.便簽，95年度案件查核時，發現94年度案件申報研發支出投資抵減，漏減補助款1,682,834 元，原核定金額1,502,661 元+1,682,834元= 本次核定3,185,49
5 元」，因此對照表（參見原處分卷p424），研發支出項下「減除政府補助款」項，「上次核定額1,502,661 元」，「核定3,185,495 元」，差異數即為「漏減政府補助款1,682,834 元」。
③因此，原課稅處分之真意是：
1.再審原告94年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展支出時，就研發支出4,083,172 元減除政府補助款1,502,661 元，僅列報研發支出2,580,511 元（即4,083,172-1,502,661= 2,580,511，參見本院99年度訴字第
777 號卷，即前審卷p.46）及可抵減稅額774,153 元（即2, 580,511*30%=774,153）。
2.再審被告事後查得當年度再審原告受領專案部助款計3,185,495 元（1,321,165+887,824+976,506=3,185,495，參見原處分卷p400），而再審原告僅減除其中1,502,
661 元，而漏減補助款1,682,834 元（即3,185,495-1,502,661=1,68 2,834，參見原處分卷p422 ） 。
3.乃重行核定研究與發展支出897,677 元（2,580,511-1,682,834=897,677 ）及可抵減稅額269,303 元（897,677*30%=269,303 ），應補稅額0 元。④故原確定判決所載之事實，就經再審被告查得【再審原告
於94年度取得經濟部補助款3,185,495 元，將其中1,682,
834 元於研究與發展支出項下減列，未合規定】部分，應修正為經再審被告查得【再審原告於94年度取得經濟部補助款3,185,495 元，將其中1,502,661 元於研究與發展支出項下減列，而就餘額1,682,834 元於研究與發展支出項未予減列，未合規定】，先此釐清。但此部分事實陳述之修正，並不影響原課稅處分之內容「重行核定研究與發展支出897,677 元及可抵減稅額269,303 元，應補稅額0 元」，亦此敘明。
⑵本件再審程序上之審查：
①針對本件課稅處分，再審原告不服，申請復查，未獲變更
，提起訴願遭決定駁回，提起行政訴訟，案經本院以99年度訴字第777 號判決駁回；再審原告仍表不服提起上訴，經最高行政法院99年度裁字第2533號裁定駁回再審原告之上訴，茲再審原告仍有不服，以本院99年度訴字第777 號判決適用法規不當為由（消極不適用法規而顯然影響裁判之情形，即原判決錯誤適用不應適用之抵減辦法第7 條，以及消極不適用商業會計法第13、41條、商業會計處理準則第2 條及財務會計公報第29號第12點而影響裁判結果），提起再審之訴。
②經查，原判決所適用法規（包括解釋及判例）與應適用之
現行法規相違背，或消極不適用法規，而顯然影響裁判之情形，應屬行政訴訟法第273 條第1 項第1 款規定之適用法規顯有錯誤（參見陳敏所著「行政法總論（96年版）」p1601 ）；而原確定判決所敘述之事實：「再審原告於94年度取得經濟部補助款3,185,495 元，將其中1,682,834元於研究與發展支出項下減列，未合規定」者，是指系爭「1,682,834 元」於研發經費下減列，未合規定；而原課稅處分之實質認定，是再審原告僅將其中1,502,661 元於研發支出項下減列，而就餘額1,682,834 元於研發支出項未予減列，未合規定，所以就漏減部分再行減除，既然二者在敘述上不同，自有釐清之必要。
③因此再審原告指摘：「原判決一方面認定94年度之政府補
助款1,682,834 元不屬於抵減辦法第2 條之研發支出，另方面卻以該筆1,682,834 元應適用抵減辦法第7 條規定而列入研發支出之抵減範圍，不但顯然牴觸司法院釋字第21
7 號解釋及租稅法律主義，更適用不應適用之抵減辦法第
7 條規定，構成行政訴訟法第273 條第1 項第1 款所規定適用法規顯有錯誤之再審事由」，其程序上之說明應屬完整，本件應有再審之事由，足堪認定。
⑶就此，本件爭執之核心為政府補助款3,185,495 元（1,502,
661 +1,682,834=3,185,495），應否全數於研發支出中扣除（漏減1,682,834 元應於研發支出中補行扣減扣除，作為研發支出之減項）。
①再審原告之處理方式：
1.依政府補助計畫中，政府補助款已依再審原告計畫支出性質區分補助金額，94年中屬於補助精業委外研發支出（公司帳列未攤銷費用，詳原處分卷p.63）已列為該項資本支出之減項，由會計師之查核說明未攤銷費用變動說明該項未攤銷費用當年度新增金額4,098,237 元，已減除政府補助款1,682,834 元。
2.另於再審原告當年度申報之研發支出時，依規定從當年度申報之研發單位專門從事研發工作之全職人員之薪資4,08 3,172元減除政府補助款1,502,661 元（前審卷
p.46）列報研發支出2,580,511 元（即4,083,172-1,502,661= 2,580,511）及可抵減稅額774,153 元（即2,580,511* 30%=774,153）。
②原課稅處分之處理方式：
就再審原告94年「其他收入」顯示（詳原處分卷p400）「科專8 、11、12月補助收入」計3,185,495 元，但再審原告直接將1,682,834 元列其他收入之減項（理由：精業委外研發支出擬減除補助收入後分年攤銷），故再審原告就政府補助款列入其他收入者僅餘1,502,661 元，進而申報研發支出僅減除政府補助款1,502,661 元。就而漏未減除之1,682, 834元，既屬政府專案補助，當再予減除。
⑷本件爭點所涉之相關法規：
①按行為時促進產業升級條例第6 條「（第1 項）為促進產
業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額5%至20% 限度內，自當年度起五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額（略）。（第4 項）第1 項及第2 項投資抵減之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之。（略）」，而就此立法授權，而定有行為時公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法（亦即上開簡稱之抵減辦法）。
②抵減辦法第2 條第1 項第1 款、第6 款規定「本辦法所稱
研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：1.研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。（略）。6.專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。」，而同辦法第5 條「公司投資於第二條所稱研究與發展之支出，在同一課稅年度內得按30% 抵減當年度應納營利事業所得稅額（略）」，而第7 條則規定「公司適用投資抵減稅額之研究與發展及人才培訓之支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。」，研發支出以稅捐稽徵機關所核定之數額是可以抵減當年度應納營利事業所得稅額，但研發支出如有政府補助，該補助款應先行扣除之。
⑸研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進
生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出，但受限於抵減辦法第2 條第1 項所示之項次，足見不是研究與發展支出之全額，都可以享有稅捐之抵減。而政府為鼓勵企業之研究與發展，會設計專案補助，誠如本件再審原告就「臨床試驗資訊系統應用計畫」就接受政府補助，其計畫預算為3,435.6 萬元，而政府補助之預算為1,000 萬元（差額為再審原告之自籌款，參見該專案契約書，原審卷p.84），然而現實上也會發生領取政府補助款而投入研發支出之專案（包括自籌款部份），該專案研發支出不合於抵減辦法第2 條第
1 項所示之內容。故各種選擇之間均有其應依據之規範。①因此，由享有稅捐抵減之納稅義務人的角度來衡量，在稅
務規劃上，會盡量傾向將政府補助款，使用於「抵減辦法第2 條第1 項所示項次」以外之支出（因為研發支出以稅捐機關所核定之數額為準，可以抵減稅額，但研發支出如有政府補助，該補助款應先行扣除，所以政府補助款無需使用於可抵減稅額之研發支出）。但在稅捐課徵之立場，會將政府補助款盡量認定使用於「抵減辦法第2 條第1項所示項次」之支出（也是因為研發支出如有政府補助，該補助款應先行扣除，研發支出抵減稅捐是政府額外之鼓勵，而政府補助也是政府額外之鼓勵，所以應儘量依抵減辦法第7 條處理）。本案就是二者相衝突之捨取。
②依財務會計準則公報第29號對政府補助款之會計處理，與
資產有關之政府補助，應於資產負債表中以遞延收入表達，或作為相關資產帳面價值之減項；若與所得有關之政府補助其已實現者，應於損益表中列為政府稅捐收入或其他收入，作為相關費用之減少，並於財物報表上為相當之揭露，且應分別揭露政府補助對收入或費用項目之影響。再審原告將94年度政府補助款中1,682,834 元加上自籌款項，向精業公司取得開發之客製化應用程式，並於97年10月
30 日 申請註冊商標「VCROCTIS」而成為再審原告之無形資產，並依商業會計法第13條、商業會計處理準則第2 條暨財務會計準則公報29號第12點等規定，應將94年度政府補助款中之1,682,834 元作為該無形資產之減項，並將該無形資產逐年以費用攤提，符合會計準則，應無疑義。
③再審原告這樣的處理方式，是因為「再審原告將94年度政
府補助款中1,682,834 元加上自籌款項，向精業公司取得開發之客製化應用程式，並於97年10月30日申請註冊商標VCROCTIS」，這個委外客製化應用程式符合「臨床試驗資訊系統應用計畫」接受政府補助之款項使用方式，而且不符合抵減辦法第2 條第1 項第6 款「專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用」，故將這筆款項列在「無形資產之減項」內，可以符合財務會計準則，完整的使用政府補助款，也無須列為抵減辦法第7 條之減項。所以再審原告就政府補助之3,185,
495 元，先行將1,682,834 元列其他收入之減項，僅就政府補助款餘額1,502,661 元列計其他收入；進而申報研發支出僅減除政府補助款1,502,661 元。而發生爭執的前提是先行將政府補助款區分為：「資產有關之政府補助」及「所得有關之政府補助已實現者（此部份列計研發支出之減項）」，而這樣的稅上選擇是有利再審原告的稅捐安排。而再審被告認為：應該盡量將政府補助款列計於「研發支出之減項」，才符合抵減辦法第7 條之規範意旨。
④依再審被告之意見，其前提是政府補助款3,185,495 元之
使用情形要符合「臨床試驗資訊系統應用計畫」之下，而且要使用於「抵減辦法第2 條第1 項所示項次」之支出，才會衍生抵減辦法第7 條之扣減。經核：
1.「臨床試驗資訊系統應用計畫」專案契約書第4 條計畫經費一之末稱「經費內容詳如所附經費預算分配表」（參前審卷p.84），而該預算表就93、94年度之人事費預算分別為2,169,000 元、2,030,000 元（參前審卷p.93、p.94）合計4,199,000元。
2.而預算專帳（存摺影本參見前審卷p116以下），93年度沒有任何動支，足見再審原告就「臨床試驗資訊系統應用計畫」93年度並無經費之使用，此由再審原告因該政府補助款而衍生營利事業所得稅事件僅發生於94、95、96年度三個年度亦可佐證（再審原告所涉94年度營利事業所得稅事件，即本案再審訴訟事件；而再審原告另外95年度事件為本院99年度訴字第69號、最高行政法院10
0 年度裁字第1543號裁定事件；96年度事件本院99年度訴字第778 號、最高行政法院100 年度判字第1170號判決事件；且95、96年度均為再審原告不利益判決而確定）。
3.既然人事費用的預算93、94年度合計為4,199,000 元，而93年度沒有任何動支，94年度人事預算當可推估為4,199,000 元，故再審被告從當年度再審原告申報之研發全職人員之薪資4,083,172 元減除政府補助款之全數3,185,495 元（對照表，參見原處分卷p424），足以認定還在「臨床試驗資訊系統應用計畫」專案契約書第4 條所稱「經費預算分配表」範圍內；而研發全職人員之薪資是屬於「抵減辦法第2 條第1 項」所示之項次，而依同抵減辦法第7 條扣減，當屬於法有據。
⑤在財務會計的觀點而言，再審原告針對款項使用之情形，
在財務上做最有利於再審原告之安排，並將說明而反映於財務報表上，確實符合相關財務會計準則。然而「研發支出抵減稅捐」是政府稅上減少（應收的稅減少），是消極性的政府支出，而政府補助是積極性的政府支出，本案情節是原告存在有選擇空間及可能，依抵減辦法第7 條之規範意旨處理；如實反映研發支出抵減稅捐是政府額外之鼓勵，而政府補助也是政府額外之鼓勵，依抵減辦法第7 條處理之，始避免重複性的額外獎勵。
1.再審原告是個營利事業體，無論內部財務規劃如何安排，都在再審原告收入、支出（或費用）之項下呈現；就系爭1,682,834 元，再審原告認為應列其他收入之減項（精業委外研發支出擬減除補助收入後分年攤銷，參原處分卷p400），再審被告認為列計在研發支出中全職人員之薪資下減除（兩造對照表，參見原處分卷p424）。
本案面臨價值觀的衝突，是再審原告透過財務會計的安排，將享有研發支出之減項變小，使可扣抵稅額增加，這是再審原告在享有政府補助之下，重複性的受領政府的額外獎勵。
2.究竟一個營利事業財務規劃的自由性比較應受保護，還是避免重複政府額外之鼓勵應更受重視。這要由不同的觀點來捨取：由營利事業個體的誘因而言，放任財務的自由規劃，取得營利事業的最大利益，就個體財產權而言，是值得維護的；但事實上，政府的額外獎勵是違反平等原則的，之所以取得額外的獎勵，是因為有額外的付出（科技研發行為的風險性或投入特定科技之風險性），這是源之於差異原則（不等則不等之），但是雙重的額外獎勵將深化這些不平等性，而使社會資源的分配更遠離平均正義。當一個進步的社會面臨捨取「營利事業個體的最大利益」或「整體社會資源的分配將更遠離平均正義」，就均富的分配正義之觀點，無寧選擇後者。
六、綜上所述，再審被告所之處分（含復查決定），並無不法，訴願決定予以維持，亦無不合。再審原告徒執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。至於，原判決論及促進企業開發產業技術辦法第11條部分，與本件爭點法規範結構之適用範疇無涉，無需贅言。另外，列計無形資產逐年攤提，是費用認列之範疇，而費用是成本之一，影響到課稅所得額之認定；另研發支出之審認，包括政府補助款之扣減，是因研發支出可抵減稅額之計算；二者是不同的位階，前者涉及到淨所得（所得之減項）的計算，是營業所得之認定，後者涉及到應納稅額之扣抵（稅額之減項），是政府之額外獎勵，來自不同的規範目的，當屬不相同的評價區塊，再審原告稱「重複評價為提高再審原告應納稅額之因素」當無足採；唯就此再審原告所稱不利益之調整，參照本院99年度訴字第69號判決（再審原告所涉95年度營利事業所得稅事件）末頁，該案再審被告已陳明此部分得由再審原告檢齊相關證明文件另循更正程序辦理，並附供參。又本案事證已臻明確，兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。
七、據上論結，本件再審原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 9 月 29 日
臺北高等行政法院第七庭
審判長法 官 黃秋鴻
法 官 林惠瑜法 官 陳心弘上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 100 年 9 月 29 日
書記官 鄭聚恩