臺北高等行政法院判決
99年度訴字第1866號99年12月23日辯論終結原 告 財團法人恩主公醫院代 表 人 陳重華訴訟代理人 施博文 會計師被 告 財政部臺灣省北區國稅局代 表 人 吳自心（局長）住同上訴訟代理人 潘麗玉上列當事人間所得稅事件，原告不服財政部中華民國99年8 月16日台財訴字第09900271140號（案號：第00000000 號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實
一、事實概要：緣原告民國（下同）96年度教育文化公益慈善機關團體及其作業組織結算申報，原列報收入新臺幣（下同）1,723,562,767元（銷售貨物或勞務之收入1,702,482,242元、銷售貨物或勞務以外之收入21,080,525元）、支出 1,765,414,546元（銷售貨物或勞務之支出1,688,945,976 元、與創設目的有關活動之支出76,468,570元）及餘絀數負41,851,779元。被告機關初查，以其銷售貨物或勞務之支出中68,874,060元及與創設目的有關活動之支出中教育研究發展費用227,181 元，係原告82年至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊費用及各項攤提，不予認定，核定本期餘絀數及課稅所得額均為27,249,462元，應退稅額1 元。原告不服，，申經被告機關99年3月9日北區國稅法一字第0990015917號復查決定駁回。原告提起訴願，經被告機關依訴願法第58條第2項規定重新審查以99年5月7日北區國稅法一字第0990016124號重審復查決定：「撤銷……99年3月9日北區國稅法一字第0990015917號復查決定。變更代表人為陳重華，其餘復查駁回。」原告仍表不服，提起訴願遭決定駁回，遂提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：㈠原告聲明求為判決：⒈訴願決定、原處分（含復查決定）均撤銷。
⒉訴訟費用由被告負擔。
㈡被告聲明求為判決：⒈駁回原告之訴。
⒉訴訟費用由原告負擔。
三、兩造之爭點：被告否准原告82年至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊，是否適法？㈠原告主張之理由：
⒈公益團體非事業所得免稅及事業所得應稅之立法目的：
⑴所得稅法第4條第13款規定：「左列各種所得，免納
所得稅：……13、教育、文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得。」上述公益團體免納所得稅之立法目的，應是公益團體從事公益活動，以彌補政府功能之不足，因此應予以獎勵優惠，免予課徵所得稅。
⑵依據77年9 月21日修正之「教育文化公益慈善機關或
團體免納所得稅適用標準」規定，不論公益團體之所得種類如何，包括銷售貨物或勞務之所得（以下簡稱「事業所得」），只要符合該免稅標準之要件，均一律可以享受免稅優惠（原證1 ）。但公益團體所從事之銷售貨物或勞務之事業經濟活動，如與一般營利事業或個人執行業務者所從事之經濟活動相同時，則將產生事業競爭關係，為維持稅制的競爭中立性原則，以維持課稅公平，後來要求公益團體從事銷售貨物或勞務活動所產生之事業所得，也應課徵所得稅（營利事業所得稅）。行政院並於83年12月30日修正「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」增列教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2條之1規定（註現行標準第3 條）：「符合前條規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。」（原證2 ）因此，從84年度以後，有關公益團體，如有銷售貨物或勞務之所得（簡稱事業所得），原則上即應就其事業所得課稅，以維持競爭中立性原則。
⒉公益團體之課稅損益之認定
⑴有關財團法人課稅損益之查核，除基於財團法人之公
益團體有關損益的特殊性，應當另為特別處理外，原則上應可類推適用營利事業所得稅查核準則之規定。⑵故財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000
號函：「（七）決議：有關財團法人課稅損益之查核，原則上比照適用營利事業所得稅查核準則之規定，不再另行訂定僅適用於機關團體之查核準則。」亦係本此意旨。由於公益團體之所得原則上免稅，僅就其中事業所得（銷售貨物或勞務之所得）課稅，因此有應稅所得及免稅所得二種類型，故在計算公益團體之所得時，必須分開計算，才能正確反應二個部門之損益情形。日本法人稅法施行令第6 條即明文規定應當分開計算所得。
⒊公益團體免稅所得之認定
⑴依據行政院83年12月30日修正發布之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2 條規定：
「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定
者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：1 、合於民法總則公益社團及財團之組織，或依其他關係法令，經向主管機關登記或立案者。2 、除為其創設目的而從事之各種活動所支付之必要費用外，不以任何方式對捐贈人或與捐贈人有關係之人給予變相盈餘分配者。3、其章程中明定該機關團體於解散後，其剩餘財產應歸屬該機關團體所在地之地方自治團體，或政府主管機關指定之機關團體者。但依其設立之目的，或依其據以成立之關係法令，對解散後剩餘財產之歸屬已有規定者，得經財政部同意，不受本款規定之限制。……。」⑵上述公益團體所得免稅之要件，主要表現在其收入應
當「專款專用」，「其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入百分之80。但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此限。」（第8款），因此只要其收入專款專用確實使用於與其創設目的有關活動之支出，並達80%或未達80%但經財政部同意專款專用於其他年度，則縱然當年度仍有部分結餘，仍可免稅。亦即，其免納所得稅之立法精神，在於應當將收入「專款專用確實使用於與其創設目的有關活動之支出」，亦即從事公益活動使用，則可免所得稅。
⑶準此，如果公益財團法人醫院之收入（例如捐贈收入
），如果「確實專款專用使用於與其創設目的有關活動之支出」，亦即從事公益活動使用，則可免所得稅。而財團法人醫院購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產，係屬於與其創設目的有關活動，故如將其收入使用於上述活動支出，應符合專款專用之公益活動支出，而可依據上述規定免納所得稅。本件原告將82至85年度捐贈收入等結餘款，經財政部核准保留於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產支出，符合公益活動之專款專用目的，而依法免稅，於法並無不合。就此徵納雙方亦無爭議。
⒋公益團體應稅所得之認定
⑴有關公益團體之事業所得，除「免納所得稅適用標準
」另有特別規定不課稅（同標準第2條之1有特別規定免稅之特殊類型）外，原則上應予以課稅。其事業所得之計算，亦即銷售貨物或勞務之所得之計算，應如何計算？⑵依所得稅法第24條第1 項前段規定：「營利事業所得
之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」亦即課稅所得之計算，係採取「客觀的淨額所得計算原則」，應就其銷售貨物或勞務之收入，減除有關成本費用後之餘額，作為淨額所得，而為課稅所得。
⑶在此必要費用的支出，必須由從事獲得收入的經濟活
動，因此實現獲得收入的構成要件者，所支出，才能認列費用。因此，獲得收入者得扣除自己支出的費用。但不能扣除由第三人負擔支出的費用。在此適用所謂「費用負擔原則」，獲得所得者僅能扣除在經濟上由自己負擔的費用。由於所得者自己負擔費用，以致於降低其經濟上負擔能力，因此該項必要費用得作為所得的減項扣除。只要所得者自己在經濟上負擔費用，即為已足。至於該項費用的來源，原則上在所不問。所得者可能因為第三人的贈與資金或向第三人借貸款項，並持以支付費用。
⑷在公益財團法人醫院購置建物設備等提供醫療事業使
用的情形，由於醫療財團法人為獲得醫療收入之經濟活動，而投入該等建物設備，亦即其購置成本是由醫療財團法人負擔，則依據上述「費用負擔原則」，獲得所得者得扣除在經濟上由自己負擔的成本費用，因此，本件原告購置建物設備等支出，准予提列折舊成本費用，也符合上述「費用負擔原則」以及淨額所得課稅原則。就此日本法人稅基本通達第15-2-2條本文即規定公益法人或無人格之社團等，將收益事業以外之事業用（即免稅事業用）之固定資產，轉供收益事業使用時，則作為收益事業之資產進行區分列帳管理，其於轉供收益事業使用時，依據該固定資產之帳簿價額進行列帳。亦即該固定資產得准予繼續提列折舊，以反應該收益事業之成本，而非當成免成本看待。⑸從稅制競爭中立性原則觀察，一般私人醫院為獲得醫
療收入而購置建物及設備等資產所為固定資產支出，應准認列折舊，僅就其醫療收入減除成本費用後之淨利課稅。則同理可證，在公益財團法人醫院為獲得醫療收入而購置建物及設備等資產所為固定資產支出，也應准予認列折舊，僅就其醫療收入減除成本費用後之淨利課稅。如此方符合公平競爭原則。否則，無異於對於營業收入（無成本支出扣除）課稅，加重公益財團法人之租稅負擔，毫無獎勵公益財團法人之精神，不符合公平競爭原則，及所得稅法獎勵公益財團法人而予以免稅之意旨。
⑹舉例說明，某醫院購置固定資產100億元，投入醫療
事業使用，獲得醫療收入60億元，假設固定資產之折舊費用為20億元可在當年度扣除，則其淨額所得40億元（60億-20億=40億），屬於課稅所得，不論該醫院為私人醫院或公益財團法人醫院，其所得稅租稅負擔均僅就淨額所得40億元課稅，否則違背租稅之公平原則。反之，如認為公益財團法人醫院是以捐贈收入支應固定資產支出（如被告所持法律見解），故不准扣除成本折舊費用時，則私人醫院所得為40億元，但財團法人之所得則為60億元，反而應承擔較重之所得稅負擔，如此顯然不符合所得稅法第4條及其法規命令（教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準）所揭公益法人之收益事業納入公平課稅之競爭中立精神。茲列表如起訴狀第8頁。
⒌被告不能僅因原告以報准「保留結餘款」購買（建）醫
療設備，再轉基金，否准該設備提列折舊，不但於法無據且有違租稅公平原則：
⑴按公益（醫療）財團法人購買（建）固定資產或設備有下列資金來源：
①由「創立基金」支應：依現行課稅實務，購買（建
）固定資產或設備資金源自創立基金，得提列折舊。
②將捐贈收入轉列基金，再由此基金購買（建）固定資產或設備，該資產或設備亦得提列折舊。
③以借款購置固定資產或設備，得提列折舊。
④以實物（固定資產或設備）捐贈，亦得提列折舊。⑤將捐贈收入先報准「保留結餘款」，再以「保留結
餘款」購（建）買固定資產或設備，嗣後再轉列基金，僅是前後順序不同，則不准該設備提列折舊。
被告毫無法律依據卻否准該資產或設備折舊之提列，茲列表說明如起訴狀第9頁。
⑵如該表，均是購買（建）固定資產或設備之事務本質
均相同僅是資金來源先後順序不同，一是源自「創立基金」或源自「基金增列數」或借款或實務捐贈；一是嗣後再轉列基金，卻產生「得准許折舊全數提列」與「否准折舊全數提列」截然不同之結果，且無明確法律依據，有違租稅公平原則、法律保留原則。
⒍在公益事業與收益事業同一之特殊情形，應准予同時認
列支出，才符合稅法立法意旨⑴按所得稅法第4條第13款規定公益法人之公益活動如
有結餘所得，並不納入課稅之立法精神，在於使其結餘款所得可以在以後年度永續從事公益活動，而無必要納入課稅（例如上述德國及日本立法例均規定公益法人免納所得稅。僅就其收益事業之所得，才應課徵所得稅）。因此，只要其收入（主要為社會各界之捐贈善款收入）確實從事於各項與創設目的有關活動之支出，並達一定比例，以落實獎勵公益活動之目的，即為已足。在公益事業與收益事業同一的情形，例如本件公益醫療財團法人建設醫院從事醫療活動，一方面是公益事業，另一面又是收益事業，由於發生交集，以致於其購置建物設備等固定資產支出，在稅務上應當如何處理發生爭議，則應：
①就公益事業而言，其捐款收入用於購置建物設備等
固定資產支出，符合其創設目的，亦即符合原本預定之公益用途，因此就其結餘給與免納所得稅，符合所得稅法之立法精神。
②就收益事業而言，財團法人以自己的收入投入購置
建物設備等固定資產支出之成本，在計算其醫療收入時，應准予認列折舊費用，以按照淨額所得課稅，正符合淨額所得課稅原則。
③上述課稅方式，並不發生重複租稅利益的情事，而僅是依法貫徹公益團體所得免稅之精神而已。
⑵倘若按照被告見解，認為固定資產支出費用僅能選擇
其一認列時，而不能按照上述方式處理時，則將發生如下效果：
①僅作為公益事業支出：不准認列收益事業之折舊，
將扭曲公益法人收益事業所得課稅之基本建制精神（競爭中立性原則），且有違反「客觀淨額所得課稅原則」。
②僅作為收益事業支出：不准作為公益事業支出，則
將違反上述免納所得稅適用標準第2條第8款所定其用於與其創設目的有關活動之支出，即得合法免稅之立法意旨。
③本件爭議原因在於現行法規容許公益事業與收益事
業同一，如本件原告建設醫院從事醫療活動，一方面是公益事業，另一面又是收益事業，才發生此種爭議困擾。
⑶按被告所稱「享受雙重租稅利益」並不當然違法，應
端視其是否符合稅法規定之意旨而定。例如所得稅法第4條第1項第17款規定：「左，列各種所得，免納所得稅：…17、因繼承、遺贈或贈與而取得之財產。」個人因繼承、遺贈或贈與而取得之財產，不論是否已經被課徵遺產稅或贈與稅，均免徵所得稅。而當個人再將該項財產轉讓出售時，其財產交易所得之計算，依據所得稅法第14條第7類財產交易所得之計算規定，仍准予按照繼承或贈與時，該項財產或權利之時價認列成本。在此個人在取得贈與財產時享受免所得稅利益，而在出售時，該無償取得時之時價又可認列成本，仍可再享受租稅利益。也是享受雙重租稅利益，此係基於不同法律關係的不同規定，依法賦予租稅利益。故本件似不宜僅因為享受雙重租稅利益即認為不合法。
⒎被告核定課稅依據之財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函釋之探討：
⑴前揭財政部解釋函令違背所得稅法第24條規定：
①有關財團法人醫院適用免稅標準之疑義，財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000 號函釋：
「1 、財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院依免稅標準第2條之1（註：現行標準第3 條）計算課稅所得額時，其為醫療用途新購置之建物、設備等資產，應比照適用所得稅法相關規定按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本費用。上開資本支出如與其創設目的活動有關，得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除，或全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除；上開醫院計算課稅所得額如選擇按年提列折舊，其依免稅標準第2 條第1項第8款規定計算支出比例時，得適用財政部71年12月10日台財稅第38931號函說明7規定。2.前開醫院當年度為醫療用途新購置之建物、設備等資產有多項時，其與創設目的活動有關部分，得就全部或部分選擇按年提列折舊或全額列為購置年度與其創設目的有關活動之支出。」②該項函示似認為財團法人醫院購置建物設備之資產
支出，應就事業收支及非事業收支分開認列並選擇一種支出列報。亦即得選擇：
作為事業支出：按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除。
作為非事業支出（公益支出）：全額列為購置年
度與其創設目的有關活動之支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除。
③上述函釋應是基於收入與成本分開認列，及一般所
得稅法上成本費用不得重複認列之原則。此一原則如適用於一般公益事業與收益事業可以獨立分離的典型情形，於法應無不合。然而在本件，公益醫療財團法人從事醫療活動，同時符合財團法人之公益事業與收益事業的特殊類型，如果仍適用上述想法，則將發生不符合立法精神之情形，且就公益事業支出而言，其費用支出性質上屬於與其創設目的有關活動之支出，並非為獲得收入之目的而投入之「成本費用」性質，因此，應不發生「成本費用重複認列」之問題，故上述函釋已有誤會其間性質差異，不符合母法所得稅法之規定，在本件情形應無適用餘地。
⑵退步言之，財政部解釋函令不應追溯既往：上述函釋
是針對83年12月30日修正「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」增列第2條之1（註：現行標準第3條）新法規定對於公益團體之事業所得課稅所為函釋，而作成相關費用支出分別處理之原則，依據釋字第287號解釋，解釋令函僅能從法規公布生效時起有其適用，因此，縱然認為上開函釋合法，也僅能適用於84年度以後之案件（亦即本件84年及85年度結餘保留款部分），並不能追溯既往適用於舊法時代之案件。
⑶另依據77年9月21日修正之「教育文化公益慈善機關
或團體免納所得稅適用標準」規定，不論公益團體之所得種類如何，包括銷售貨物或勞務之事業所得，只要符合該免稅標準之要件，均一律可以享受免稅優惠。本件原告82年度及83年度之結餘保留款，依據當時77年9月21日修正之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」享受免稅，其於事後支出用於購置建物設備等，以供銷售貨物或勞務之事業活動使用，該項支出原本即是投入收益事業活動之成本，因此提列折舊，從銷售貨物或勞務之事業收入中減除，以反映該醫院實際銷售貨物或勞務之淨額所得盈餘情形，於法應無不合，也符合所得稅法第24條之「成本與收入配合原則」之精神。
⑷由於82年度及83年度當時不論是否為事業所得，均納
入免稅範圍，因此應不發生重複給予免稅利益之問題。雖然本件保留款延後到新法施行後才支出使用，但應不影響其依據舊法時代所應享有之權益，以符合法註丕追溯既往之精神。因此財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000 號函釋應不得追溯既往適用於82年度及83年度之結餘保留款之情形。
⒏訴願決定原告結餘款購置之固定資產不得分年提列折舊云云。然其認事用法顯有錯誤，查：
⑴固定資產提列折舊列為收入之成本或費用，乃所得稅
法第24條、第50條至第58條及營利事業所得稅查核準則第95條，以及醫療法人財務報告編製準第12條之明文強制規定，合先敘明。
⑵原告為與建醫院而籌募款項，僅因建院支出高峰期在
86年度、87年，故依「免稅標準」第2條第1項第8 款申請保留。至於醫院須運用固定資產始能產生銷售貨物或勞務收入，依所得稅法第24條、第50條至第58條及營利事業所得稅查核準則第95條，醫療法人財務報告編製準則第12條均規定，固定資產應按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本或費用。上開規定，乃稅法基於不同目的、針對不同階段所為之強制規範。⑶在現行稅制上，符合免稅標準而免稅，進而以該免稅
款項購置固定資產，均無重複提列或雙重優惠之問題，更無違反租稅公平原則。此可參見法律基於特定政策目的給予免稅稅捐優惠者，以該免稅款項購置定資產，均應按年提列折舊。例如促進產業升級條例規定，新興重要策略性產業、特定製造業或服務業得5 年免納營利事業所得稅（第9條、第9條之2 ）；獎勵民間參與交通建設條例規定受獎勵之機構5 年免納所得稅（第28條）；促進民間參與公共建設獎勵民間機構特定年限免納所得稅（第36條），該受獎勵免納所得稅之營利事業，如將該免納所得稅之款項用於購置固定資產，嗣後因該固定資產產生之收入，仍應依稅法相關規定按年提列折舊，並未受到限制。足見原訴願決定稱所謂「專案保留款…購建醫療大樓等資產，不得分年提列折舊，否則自有重複列報之嫌等等」，不僅毫無依據，且違反租稅公平、租稅法定原則，更使公益醫療財團法人較私人醫院處於更不公平租稅地位，顯已違背政府獎勵設置公益醫療財團法人之意旨。⑷此外，財政部84年10月18日台財稅字第841653319 號
函釋，於說二載明：「（略）該等機關團體於計算上開不足支應金額時，有關銷售貨物或勞務以外之收入，如有依相關法律規定免納所得稅之平均地權債券利息及公共建設土地債券利息暨依所得稅法第42條規定免計入所得稅課稅之投資收益等免稅收入，准自銷售貨物或勞務以外之收入中減除」（原證3 ），亦不認為有重複提列、雙重優惠之問題。
⑸綜上，訴願決定認為「訴願人82至85年度之支出因未
符合免稅標準第2條第1項第8款前段規定，原應課徵所得稅，遂依同款後段但書規定，申請將結餘經費核准作為建院計畫用途保留款用以購建前揭資產，並向主管機關報備保留計畫之執行，同時視為保留款發生年度（即82至85年度）之創設目的有關活動之支出，…故嗣後以該保留款所購置之固定資產，自不得再分年提列折舊。如再就保留款購置之固定資產予以提列折舊，將產生同一支出項目重複列報之問題，與會計原則不符且有違租稅公平原則」，如前述，不僅毫無法律依據，且違反租稅公平，更違反租稅法定原則。⒐被告於本件核課法令依據行政規則（非授權命令），係
財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000 號函釋有以下事證：
⑴被告99年3月9日北區國稅法一字第0990015917號復查
決定駁回意旨為：財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院依免稅標準第2條之1（現行標準第3條）計算課稅所得額時，其為醫療用途新購置之建物、設備等資產，應比照適用所得稅法相關規定按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本費用。上開資本支出如與其創設目的活動有關，得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入申減除，或全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除，為財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函所明釋。
⑵與本件96年度所得稅事件同性質，同屬被告核定原告
92年度所得稅原核定通知書調整法令及依據說明書調整之法令依據及理由：經查本期申報之支出金額中，計有125,934,705元係屬該院82年至85年度之結餘款作為建原計劃用途保留款所構建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產所按年提列之折舊費用及各項攤提金額，依財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函會議記錄中第一之（五）項決議議「3、財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊。」，是前項攤提費用依規定不得計入本期之支出金額，應不予認列。
⑶綜上小結，被告訴訟代理人於準備庭陳述本件核課依
據非財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函釋規定，與事實不合。
⒑被告核定課稅依據之賦稅署84年12月19日台稅一發第
000000000號函釋顯然違法且與實質課稅原則有所違背：
⑴前揭財政部解釋函令違背所得稅法第24條規定
①有關財團法人醫院適用免稅標準之疑義，賦稅署84
年12月19日台稅一發第000000000 號函似認為財團法人醫院購置建物設備之資產支出，應就事業收支及非事業收支分開認列並選擇一種支出列報。亦即得選擇：1、作為事業支出：按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除。2、作為非事業支出（公益支出）：全額列為購置年度與其創設目的有關活動之支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除。
②上述解釋函令的基本想法，應是收入與成本分開認
列的原則，以及一般所得稅法上成本費用不得重複認列之原則。此一原則如適用於一般公益事業與收益事業可以獨立分離的典型情形，於法應無不合。
然而在本件情形，公益醫療財團法人從事醫療活動，同時符合財團法人之公益事業與收益事業（兩個事業同一）的特殊類型，如果仍適用上述一般想法，則將發生不符合立法精神之情形，且就公益事業支出而言，其費用支出小生質上屬於與其創設目的有關活動之支出，並非為獲得收入之目的而投入之「成本費用」性質，因此，應不發生「成本費用重複認列」之問題，故上述解釋函令已有誤會其問性質差異，因為解釋函令不符合母法所得稅法之規定，在本件情形依法應無適用餘地。
⑵退步言之，前揭賦稅署84年12月19日台稅一發第0000
00000號函不應追溯既往：該解釋函令是針對83年12月30日修正「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」增列第2條之1（註：現行標準第3 條）新法規定對於公益團體之事業所得課稅所為函釋，而作成相關費用支出分別處理之原則，依據大法官會議釋字第287 號解釋，解釋令函僅能從法規公布生效時起有其適用，因此，縱然認為上開解釋令函合法，也僅能適用於84年度以後之案件（亦即本件84年及85度及85年度保留結餘款）之案件。
⑶另依據77年9月21日修正之「教育文化公益慈善機關
或團體免納所得稅適用標準」規定，不論公益團體之所得種類如何，包括銷售貨物或勞務之事業所得，只要符合該免稅標準之要件，均一律可以享受免稅優惠。本件原告82年度及83年度之結餘保留款，依據當時77年9月21日修正之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」法令規定享受免稅，其於事後支出用於購置建物設備等，以供銷售貨物或勞務之事業活動使用，該項支出原本即是投入收益事業活動之成本，因此提列折舊，從銷售貨物或勞務之事業收入中減除，以反映該醫院實際銷售貨物或勞務之淨額所得盈餘情形，於法應無不合，也符合所得稅法第24條之「成本與收入配合原則」之精神。
⑷由於82年度及83年度當時不論是否為事業所得，均納
入免稅範圍，因此應不發生重複給予免稅利益之問題。雖然本件保留款延後到新法施行後才支出使用，但應不影響其依據舊法時代所應享有之權益，以符合法律不追溯既往之精神。因此，賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函應不得追溯既往適用於82年度及83年度之結餘保留款之情形。
⒒綜上所述
⑴本件固定資產支出應如何認列成本費用，應從相關租
稅法規的立法意旨探討，不宜拘泥於租稅利益有無重複問題。在公益團體之公益事業與收益事業同一的情形，如本件購置建物設備等固定資產支出，在稅務上應依下列方式處理，始為合法： 1、就財團法人醫院之公益事業而言，其捐款收入用於購置建物設備等固定資產支出，符合其創設目的，亦即符合原本預定之公益用途，因此就其結餘給與免納所得稅，符合所得稅法第4條第13款獎勵公益事業免稅之立法精神。2、就財團法人醫院之收益事業而言，財團法人以捐贈（款）的收入（非醫療勞務收入）投入購置建物設備等固定資產支出之成本，在計算其醫療收入時，應准予認列折舊費用，以按照淨額所得課稅，正符合所得稅法第24條之客觀淨額所得課稅原則以及稅制競爭中立性原則。
⑵上述課稅方式，其就公益事業部分，給與免稅，乃屬
法律所賦予之稅捐優惠及貫徹獎勵公益法人之立法意旨，否則公益醫療法人較私人營利醫院增加所得稅負，不但不符合公平課稅之競爭中立性精神且違背政府獎勵公益醫療法人免稅之立法意旨。而就收益事業部分，准予認列成本折舊，乃貫徹所得稅法第24條之客觀淨額所得課稅原則以及稅制競爭中立性原則。因此，並不發生違法給與重複租稅利益的情事。
⑶財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號
函釋在上開範圍內，與所得稅法第4條第13款、83年12月30日修正「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」增列第2條之1以及所得稅法第24條規定均相牴觸，應不得適用本件建院期間捐贈收入購建固定資產之情形。
⑷被告不能僅因原告以報准「保留結餘款」購買（建）
固定資產或設備再轉列基金卻不得提列折舊，與先以創立基金或先以捐贈收入為基金之增加，再以此基金增加數購買（建）固定資產或設備或以借款或以實物捐贈，其資產均得以提列折舊之情形其購買（建）固定資產或設備之事務本質均相同卻顯然有不同租稅對待致損害原告權益，不但有違租稅公平原則，亦有牴觸法律保留原則。
⑸又上述財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000
000號函釋是針對83年12月30日修正「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」增列第2條之1（註：現行標準第3 條）新法規定對於公益團體之事業所得課稅所為函示，依據釋字第287 號解釋，解釋令函僅能從法規公布生效時起有其適用，因此，縱然認為上開解釋令函合法，也僅能適用於84年度以後之案件（亦即本件96年度屬於84年及85年度結餘保留款購置醫療設備提列折舊部分），並不能追溯既往適用於82年度及83年度之結餘保留款之情形。
⑹原處分及訴願決定顯有違背法令之處，請判決如訴之聲明。
㈡被告主張之理由：
⒈按「左列各種所得，免納所得稅……十三、教育、文化
、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得。」為所得稅法第4條第1項第13款所明定。次按「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅……八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70﹪。但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此限。」「符合前條規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。」為教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準（以下簡稱免稅標準）第2條第1項第8款及第3條第1項所規定。又「有關適用『教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準』第
2 條第1項第8款但書規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其結餘款若有未依其報經核准之計畫使用者，稽徵機關應就全部結餘款依法核課所得發生年度之所得稅，惟該結餘款中已依同標準第2條之1（現行標準第3條）第1項規定課徵所得稅部分應予扣除。」「關於財團法人恩主公醫院以建院期間之捐款收入所購置之資產，得否依法提列折舊乙案……本案財團法人恩主公醫院為建院需要，以報經本部核准之結餘保留款購置固定資產，因該保留款於保留款發生年度已全數視為該年度費用或支出列支，嗣後購置固定資產之價款，自應以該保留款沖轉，故不得再分年提列折舊。」「1.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院依免稅標準第2條之1（現行標準第3條）計算課稅所得額時，其為醫療用途新購置之建物、設備等資產，應比照適用所得稅法相關規定按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本費用。上開資本支出如與其創設目的活動有關，得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除，或全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除；上開醫院計算課稅所得額如選擇按年提列折舊，其依免稅標準第2條第1項第8 款規定計算支出比例時，得適用財政部71年12月10日台財稅第38931號函說明7規定。2.前開醫院當年度為醫療用途新購置之建物、設備等資產有多項時，其與創設目的活動有關部分，得就全部或部分選擇按年提列折舊或全額列為購置年度與其創設目的有關活動之支出。3.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊。」為財政部90年1月10日台財稅第0000000000號函、98年7月9日台財稅字第09800285720 號函及財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函所明釋。
⒉原告96年度列報收入1,723,562,767 元（銷售貨物或勞
務之收入1,702,482,242 元及銷售貨物或勞務以外之收入21,080,525元）、支出1,765,414,546 元（銷售貨物或勞務之支出1,688,945,976 元及與創設目的有關活動之支出76,468,570元）及餘絀數負41,851,779元，被告初查以其銷售貨物或勞務之支出中68,874,060元及與創設目的有關活動之支出中教育研究發展費用227,181 元，係原告82至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊費用及各項攤提，不予認定，分別核算銷售貨物或勞務之支出1,620,071,916 元及與創設目的有關活動之支出76,241,389元，核定本期餘絀數及課稅所得額均為27,249,462元。原告主張系爭購建完成之資產應依相關規定提列折舊，以符合成本收入配合原則及權責發生制之規定云云，申經被告99年3月9日北區國稅法一字第0990015917號復查決定駁回。原告仍表不服，提起訴願，申經被告重審復查決定略以，（一）程序部分：准依原告主張改以陳重華為申請本件復查之代表人。（二）實體部分：原告82至85年度之結餘款係經專案保留至以後年度使用，其實現年度非結餘款發生年度，惟其係與創設目的有關之支出項目且為專款專用性質，自應於購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產時沖轉該保留款，全額列為資本支出，以後年度不得再提列折舊，依前揭規定，原核定課稅所得額27,249,462元並無不合，重審復查決定予以維持。本件原告於訴願階段時主張教育文化公益慈善機關或團體銷售貨物或勞務所得之計算，與一般營利事業核課營利事業所得稅規定應無不同，故自應依所得稅法第24條收入成本配合原則規定，即應以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，又一般私人醫院購置之建物及設備可認列折舊，則財團法人醫院亦應准予認列，方符合公平競爭原則，另財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000 號函釋，應自84年1月1日起適用，不得追溯既往適用於82年度及83年度之結餘保留款等語，資為爭議，訴經財政部訴願決定略以：（一）原告82至85年度之結餘款因未符合免稅標準第2 條第1項第8款前段規定，遂依同款後段但書規定，申請結餘經費核准作為建院計畫用途保留款，用以建構醫療大樓，建物附屬設備、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資產，並向主管機關報備保留計畫之執行在案，則原告82至85年度各年度結餘款延後作為與創設目的有關活動之建院計畫用途支出，免受「免稅標準」第2條第1項第8 款前段規定之限制，而免於核課所得稅，該專案保留款核係屬專款專用性質；故該等保留款依核准之計畫於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資產時，自應沖轉該保留款，被告參照首揭財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000 號函會議記錄以：「第一項決議
（五）3.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊，故無所請提列之折舊，再自銷售貨物或勞務收入中減除之適用。」否准其提列折舊費用，尚無違誤。（二）原告82至85年度之支出因未符合免稅標準第2條第1項第8 款前段規定，原應課徵所得稅，其遂依同款後段但書規定，申請將結餘經費核准作為建院計畫用途保留款，用以購建前揭資產，並已向主管機關報備保留計畫之執行，同時視為保留款發生年度（即82至85年度）之創設目的有關活動之支出，以符合免稅之規定，嗣後如再允許提列前揭固定資產折舊，自有重複列報之嫌，違反租稅公平原則，本件原告用以購置資產之款項，業已全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出，與無免稅標準適用之一般醫院，不得列為購置年度資本支出，而只能於以後按年提列折舊有所不同，自不得再准予認列折舊費用，原告主張顯屬曲解法令，核不足採。（三）財政部賦稅署首揭函釋係主管機關就所得稅法第4條第1項第13款授權制訂免稅標準第2條第1項第8款之適用所為之說明，闡釋財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出，允許將該資本支出提前全額認列或按年提列折舊，僅可擇一適用，避免同一支出項目重複認列，核與成本收益原則相符，該函釋闡明法規之原意，自所得稅法第4條第1項第13款規定施行時，即已生效，並非自該函釋發布時始生效，援引該函釋並無違背法律不溯及既往原則。（四）另本件同一案源及系爭事項之91年度至95年度等案件，其中90年度及91至94年度業分別經最高行政法院判決或裁定原告上訴駁回確定，並詳予論駁在案，95年度經大院判決駁回後，繫屬最高行政法院審理中。綜上，原告所訴各節，核不足採，本件原處分並無不合，訴願決定遂予以駁回。
⒊查財政部就原告得否列報折舊費用及各項攤提乙節，函
覆行政院衛生署之函文說明三及四略以：「三……該等結餘保留款核屬專款專用性質，故不論係先轉列基金總額，再從基金中支出購置固定資產，或將保留款於以後年度購置固定資產，再將固定資產轉列為基金總額，因該購置成本於保留款發生年度已全數視為該年度費用或支出，故嗣後以該保留款所購置之固定資產自不得再分年提列折舊；如再就結餘保留款購置之固定資產予以提列折舊，將產生同一支出項目重複列報之問題，尚與會計原理原則不符且有違租稅公平原則。四、綜上，本案原告為建院需要，以報經本部核准之結餘保留款購置固定資產，因該保留款於保留款發生年度已全數視為該年度費用或支出列支，嗣後購置固定資產之價款，自應以該保留款沖轉，故不得再分年提列折舊。」（原處分卷第391頁至第392頁）已釋明甚詳，是本件原核定本期餘絀數及課稅所得額均為27,249,462元並無不合，請續予維持。
⒋綜上論述：原核定及所為復查、訴願決定並無違誤，請准如答辯之聲明判決。
理 由
一、按「左列各種所得，免納所得稅：一、……十三、教育、文化、公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得。」為所得稅法第4條第1項第13款所明定。次按「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：一、……八、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70﹪。但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此限。」及「符合前條規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依法課徵所得稅。」為教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準（以下簡稱免稅標準）第2 條第1項第8款及第3條第1項所規定。又「有關適用『教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準』第2 條第1項第8款但書規定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其結餘款若有未依其報經核准之計畫使用者，稽徵機關應就全部結餘款依法核課所得發生年度之所得稅，惟該結餘款中已依同標準第2條之1（現行標準第3條）第1項規定課徵所得稅部分應予扣除。」、「關於財團法人恩主公醫院以建院期間之捐款收入所購置之資產，得否依法提列折舊乙案……本案財團法人恩主公醫院為建院需要，以報經本部核准之結餘保留款購置固定資產，因該保留款於保留款發生年度已全數視為該年度費用或支出列支，嗣後購置固定資產之價款，自應以該保留款沖轉，故不得再分年提列折舊。」及「……決議：1.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院依免稅標準第2 條之1（現行標準第3條）計算課稅所得額時，其為醫療用途新購置之建物、設備等資產，應比照適用所得稅法相關規定按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本費用。上開資本支出如與其創設目的活動有關，得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除，或全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除；上開醫院計算課稅所得額如選擇按年提列折舊，其依免稅標準第2 條第1項第8款規定計算支出比例時，得適用財政部71年12月10日台財稅第38931號函說明7規定。2.前開醫院當年度為醫療用途新購置之建物、設備等資產有多項時，其與創設目的活動有關部分，得就全部或部分選擇按年提列折舊或全額列為購置年度與其創設目的有關活動之支出。3.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊。」分別經財政部90年1月10日台財稅第0000000000號、98年7月9日台財稅字第09800285720號及財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函釋在案。
二、本件原告96年度教育文化公益慈善機關團體及其作業組織結算申報，原列報收入1,723,562,767元（銷售貨物或勞務之收入1,702,482,242元、銷售貨物或勞務以外之收入21,080,525元）、支出1,765,414,546元（銷售貨物或勞務之支出1,688,945,976元、與創設目的有關活動之支出76,468,570元）及餘絀數負41,851,779元。被告機關初查，以其銷售貨物或勞務之支出中68,874,060元及與創設目的有關活動之支出中教育研究發展費用227,181 元，係原告82年至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊費用及各項攤提，不予認定，核定本期餘絀數及課稅所得額均為27,249,462元，應退稅額1 元。原告不服，主張系爭購建完成之資產應依相關規定提列折舊，以符合成本收入配合原則及權責發生制之規定云云，申經被告機關重審復查決定略以，原告82至85年度之結餘款係經專案保留至以後年度使用，其實現年度非結餘款發生年度，惟其係與創設目的有關之支出項目且為專款專用性質，自應於購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產時沖轉該保留款，全額列為資本支出，以後年度不得再提列折舊，原查依首揭規定核定課稅所得額27,249,462元，並無不合為由，駁回其復查之申請。原告猶表不服，提起訴願遭決定駁回。
三、原告循序起訴意旨略以：公益團體免納所得稅之立法目的，應是公益團體從事公益活動，以彌補政府功能之不足，因此應予以獎勵優惠，免予課徵所得稅。公益財團法人醫院之收入（例如捐贈收入），如果「確實專款專用使用於與其創設目的有關活動之支出」，亦即從事公益活動使用，則可免所得稅。而財團法人醫院購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產，係屬於與其創設目的有關活動，故如將其收入使用於上述活動支出，應符合專款專用之公益活動支出，而可依據上述規定免納所得稅。本件原告將82至85年度捐贈收入等結餘款，經財政部核准保留於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產支出，符合公益活動之專款專用目的，而依法免稅。從稅制競爭中立性原則觀察，一般私人醫院為獲得醫療收入而購置建物及設備等資產所為固定資產支出，應准認列折舊，僅就其醫療收入減除成本費用後之淨利課稅。
則同理可證，在公益財團法人醫院為獲得醫療收入而購置建物及設備等資產所為固定資產支出，也應准予認列折舊，僅就其醫療收入減除成本費用後之淨利課稅。如此方符合公平競爭原則。被告不能僅因原告以報准「保留結餘款」購買（建）醫療設備，再轉基金，否准該設備提列折舊，不但於法無據且有違租稅公平原則。在公益事業與收益事業同一之特殊情形，應准予同時認列支出，才符合稅法立法意旨。財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第000000000號函釋違背所得稅法第24條規定；退步言之，財政部解釋函令不應追溯既往。被告任原告結餘款購置之固定資產不得分年提列折舊云云，其認事用法顯有錯誤，爰請求判決如聲明所示云云。
四、本件兩造之爭點為：被告機關否准原告82年至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊，是否適法？經查：
（一）按成本收益配合原則為基本會計原則之一，係指當某項收益已經在某一會計期間認列時，所有與該收益之產生有關的成本均應在同一會計期間轉為費用，以便與收益配合而正確計算損益。在衡量損益時，首先，應決定成本是否已經消耗，未耗成本因仍具有未來經濟效益，屬於資產，已耗成本則應轉銷；其次，應決定成本是如何消耗的，因主要營業活動而消耗者為費用，因附屬性活動或其他事項、情況等而消耗者為損失。又已耗成本與收益配合的方法，通常視收益與成本是否能夠直接認定其因果關係及該成本是否會產生未來收益，而分為三種：1.凡收益與成本能夠直接認定其因果關係者，則當收益認列，產生該收益之成本亦應轉為費用，例如直接原料、直接人工成本等。2.當收益與成本沒有直接可認定的因果關係，但能確知成本會產生未來收益時，則以合理而有系統的方法，將成本分攤於各受益期間。例如固定資產之購置，其效用及於以後各年，則以折舊的方式將固定資產的成本在使用各期間轉為費用。3.至於收益與成本間既無直接因果關係可循，又無預期未來經濟效益可作為分攤成本之依據者，則成本應在發生期間立即轉為費用，例如職員薪水、銷售費用等。
（二）一般而言，企業購置廠房設備等營業用資產，並不是要購買該資產之物質本身（例如1部機器），而是要購買該資產所包含的服務潛能或經濟效益。因此，一部機器可以視為是一組未來經濟效益的集合體。機器的成本實即為這些未來經濟效益的成本。這些未來經濟效益或服務潛能將隨著時間的經過，或資產的使用而逐漸消耗。當服務潛能消耗時，如果預期的經濟效益實現，則產生收益，如果預期的經濟效益未實現（例如資產閒置），則無收益發生。不論有無收益產生，凡是已耗之服務潛能或經濟效益，因為已不再具有資產之性質（必須具有未來經濟效益才算資產），其成本即應轉為費用，以與其所產生之收益配合，俾計算損益。使用資產之服務潛能所產生的收益如果大於所耗之成本，則有利益，反之，則有虧損。此乃會計上成本與收益配合原則的應用。又折舊乃是將資產之已耗成本攤入各使用期間之過程，前已言之，因此，要決定每年（期）應計提多少折舊，就應先知道全部耗用之成本有多少？在多長期間內消耗？以及應該用什麼方法把全部耗用成本分攤於耗用期間？換言之，每期折舊之計算，決定於：1.成本：此為實際數。2.估計殘值：指設備資產在預期使用年限終了加以處分時，估計所能得到的淨現金，亦即估計售價減處分成本。3.估計耐用年限：此亦為估計數。4.折舊方法。
（三）本件兩造不爭原告所列報的折舊費用，係就其財產目錄及資產負債表所列之固定資產依其耐用年限而予以提列者，就一般情形而言，就其已耗之成本固應准許轉為費用，以與其所產生之收益相配合。然而，本件應予論究者，在於原告支出之成本是否已經在以前年度被認列費用？查原告82至85年度之結餘款因未符合免稅標準第2條第1項第8款前段規定，遂依同款後段但書規定，申請結餘經費核准作為建院計劃用途保留款，用以購建醫療大樓，建物附屬設施、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資產，並向主管機關報備保留計劃之執行在案；而原告主張之折舊費用，即係以上開結餘經費購置之固定資產所攤銷者，為兩造所不爭，因此上開用以購置固定資產之結餘款，係本來在82至85年度未實際支出之費用，依法本不得列為費用列報，而應按減除其實際支出費用後之餘額納稅，惟因免稅標準第
2 條第1 項第8 款但書「但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此限。」之規定，而准其保留至以後年度支出，因此在82至85各該年度，這些未實際支出之數額，已當作支出費用經被告同意認列了，易言之，就系爭固定資產而言，其已耗成本早在其購置之前即已被全數認列為費用，因此縱使其未來可以產生收益，亦無從亦不得再攤入各使用期間，原告再主張系爭96年度折舊費用之認列，無異將一項費用支出，對應二收入，重複減除，有違實質課稅之公平原則。
（四）次查，原告82至85年度各年度結餘款延後作為與創設目的有關活動之建院計劃用途支出，免受『教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準』第2 條第1 項第8 款前段規定之限制，而免於核課所得稅，該專案保留款核係屬專款專用性質；故該等保留款依核准之計畫於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資產時，自應沖轉該保留款。被告參照上揭財政部賦稅署84年12月19日台稅一字發第000000000 號函會議紀錄以：第一項決議（五）3.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊，故無所請提列之折舊，再自銷售貨物或勞務收入中減除之適用。」否准原告82年至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊，尚無不合。
（五）又原告82至85年度之支出因未符合免稅標準第2條第1項第8款前段規定，原應課徵所得稅，遂依同款後段但書規定，申請將結餘經費核准作為建院計畫用途保留款，用以購建前揭資產，並向主管機關報備保留計畫之執行，同時視為保留款發生年度（即82至85年度）之創設目的有關活動之支出，以符合免稅之規定。查結餘保留款核屬專款專性質，故不論係先轉列基金總額，再從基金中支出購置固定資產，或將保留款於以後年度購置固定資產，再將固定資產轉列為基金總額，因該購置成本於保留款發生年度已全數視為該年度費用或支出，故嗣後以該保留款所購置之固定資產，自不得再分年提列折舊；如再就保留款購置之固定資產予以提列折舊，將產生同一支出項目重複列報之問題，與會計原理不符且有違租稅公平原則。準此，本件原告用以購置資產之款項，既業已全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出，與無免稅標準適用之一般醫院，不得列為購置年度資本支出，而只能於以後按年提列折舊有所不同，自不得再准予認列折舊費用；原告主張，顯係誤解法令，核不足採。至於賦稅署函釋考量為免影響財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院業務之運作、對公益活動及社會福利之推展，允許將資本支出提前全額認列或按年提列折舊，惟僅可擇一適用，避免同一支出項目重複認列，係合目的性之解釋，與司法院大法官會議86年1月17日釋字第420號及88年12月3日釋字第496號：「涉及租稅事項之法律，其解釋應本於租稅法律主義之精神：
依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」等解釋文精神，並無不合。
（六）未按「行政主管機關就行政法規所為之釋示，係闡明法規之原意，固應自法規生效之日起有其適用。」司法院釋字第287 號解釋甚明；上揭財政部賦稅署84年12月19日台稅一字發第000000000 號函所認「財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折舊，故無所請提列之折舊，再自銷售貨物或勞務收入中減除之適用。」乃在闡釋法規原意，被告機關予以適用，亦無不合。原告主張縱然認為上開解釋令函合法，也僅能適用於84年度以後之案件，並不能追溯既往適用於82年度及83年度之結餘保留款，尚難採據。
五、綜上所述，原告起訴論旨，並非可採。被告機關認原告系爭年度保留之結餘款已依規定，專案保留至以後年度使用，係屬專款專用性質，故該等保留款依核准之計畫於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資產時，自應沖轉該保留款，乃否准原告提列系爭折舊，並無違誤，重核復查及訴願決定遞予維持，亦無不合，原告仍執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
六、兩造其餘主張陳述，於判決結果不生影響，無庸一一論列，併予敘明。
七、據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。
中 華 民 國 100 年 1 月 6 日
臺北高等行政法院第六庭
審判長法 官 闕銘富
法 官 林育如法 官 許瑞助上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 100 年 1 月 6 日
書記官 吳芳靜