臺北高等行政法院判決
99年度訴字第778號99年8月26日辯論終結原 告 維州生物科技股份有限公司代 表 人 甲○○ 董事長訴訟代理人 丁○○ ○○○
丙○○ ○○○吳忠德 律師被 告 財政部臺北市國稅局代 表 人 乙○○○○○○訴訟代理人 己○○
戊○○上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國99年2 月8 日台財訴字第09800646120 號（案號：第00000000號）訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：
主 文訴願決定及原處分（復查決定）關於投資抵減部分撤銷。
原告其餘之訴駁回。
訴訟費用由被告負擔百分之十五，餘由原告負擔。
事實及理由
一、事實概要：原告㈠民國（下同）○年度營利事業所得稅結算申報，列報合於獎勵規定之免稅所得（下稱免稅所得）新臺幣（下同）○○元、研究與發展支出○○元、可抵減稅額○○元及本年度抵減稅額○○元，經被告核定免稅所得○○元，並核定研究與發展支出、可抵減稅額及本年度抵減稅額均為○○元，應補稅額○○元；㈡95年度未分配盈餘申報，列報未分配盈餘○○元及本年度准予抵減稅額○○元，經被告核定未分配盈餘○○元及本年度准予抵減稅額○○元，應補稅額○○元。原告不服，申請復查獲追認免稅所得○○元，其餘復查駁回，原告仍表不服，提起訴願遭財政部決定駁回，原告仍未甘服，遂就免稅所得及投資抵減部分之規制性決定向本院提起本件行政訴訟。
二、本件原告主張：㈠免稅所得部分：
⒈按促進產業升級條例自80年1 月1 日施行以來，僅針對新
興之高科技產業提供五年免稅之租稅優惠，惟一般之產業無法適用五年免稅之獎勵；為健全經濟發展並鼓勵投資，因此92年2 月6 日總統公布增訂促進產業升級條例第9 條之2 ，提供一般製造業及其相關技術服務業之增資擴展亦可適用五年免稅；是以只要是製造業或其相關之技術服務業者均得適用依上揭條例第9 條之2之規定。
⒉又，行政院於92年3 月20日依規定發佈「製造業及其相關
技術服務業新增投資五年免徵營利事業所得稅獎勵辦法」（下稱獎勵辦法），針對相關細節事項予以明確規範，符合獎勵辦法規範之業者自即日起即可據以申辦適用，亦此為製造業及其相關技術服務業新增投資五年免徵營利事業所得稅獎勵辦法問答集所揭示。無論上揭條例或其規定之獎勵辦法皆僅針對申請資格條件加以詳定，既無任何對投資計畫之收入做出限制條件，亦無對其銷售對象做出規定。
⒊至於對投資計畫之收入規定，依財政部台財稅字第092045
4226號函之「製造業及其相關技術服務業五年免徵營利事業所得稅所得計算要點」（下稱免稅所得計算要點）第3點：「公司適用免徵營利事業所得稅之範圍，以投資計畫完成證明所載生產之產品或提供之勞務為限」。
⒋原告係於○年間因增資擴展經營第一至第四期臨床試驗、
生體相等性試驗、生體可用率試驗、藥物動力學及藥效學試驗之投資計畫，向主管機關申請核准五年免徵營利事業所得稅，而查原告就○○公司等事業所提供之相關生物試驗服務，也是基於原告依該項增資擴展經營投資計畫中所發展出來的服務業務，故基於倫理法則及免稅所得計算要點第3 條之規定，原告既因該項免稅之投資計畫而提供之服務，就提供該項服務之收入自應認列為免稅所得，自為當然之理。
⒌原告因上開增資擴展投資計畫申請核准五年免徵營利事業
所得稅之資格，基於前述法規，僅係就申請資格之條件加以明確定義，既無任何對投資計畫之收入做出限制條件，亦無對其銷售對象做出規定。衡諸經驗法則及行政程序法第9 條後段關於信賴保護原則之規定，原告自得合理信賴，凡是基於上開投資計畫所擴展經營之服務所取得之收入，性質上應屬免稅所得。而原告與○○公司等事業之間，確實有就上開業務類型簽約受託提供臨床試驗、生體相等性試驗等服務，有雙方之合約書可證，故被告機關以原告對○○公司等事業提供服務而得之收入，並非對製造業提供之服務，故認定無免稅規定之適用，此項認定實無法律之依據，亦有違信賴保護原則。
㈡研究與發展支出投資抵減部分：
⒈原告於○年間就臨床試驗資訊系統向經濟部申請專案補助
，經經濟部同意後，由財團法人資訊工業策進會（下稱資策會）代經濟部與原告簽訂「示範性資訊應用開發計畫」專案契約書，其中，就該計畫經費之運用及撥付，依該契約第4 條、第5 條之約定，係由資策會代經濟部撥付原告總金額○萬之補助款，並依照該契約所附之「經費預算分配表」之約定分配，進行不同會計科目之經費預算分配，再由原告依照該「經費預算分配表」之項目，檢具收據申請撥補。因此，原告就政府補助款之使用，一向按照該經費預算分配表上之會計科目列帳。而依照該「經費預算分配表」之約定，原告就補助款費用分為對人事、設備費及技術引進及委託研究費之不同項目，於預算分配時自始即已分立，該兩項支出各分別有自籌款及補助款之分配比例，此亦經原告函詢主管機關，有經濟部技術處業界科專專案辦公室書函可證。而，原告在每次補助款撥付下來之後，一向都是依照該經費預算分配表之比例，就執行該計畫之所支付款項中，依自籌款（70.89 ％）與補助款（29.11％）之比例，帳列該次支出中應歸屬於補助款所負擔之金額。以○年度為例，因為原告沒有研發人員的人事費用支出，僅有支付予○○公司之費用，因此原告便就依上開比例，帳列政府補助款中○○元為技術引進及委託研究費。這樣的列帳，經原告於年度執行工作報告陳報資策會，事後經資策會派人查核並製作帳務查核摘要，並同意認列，換言之，原告之補助款認列方式，也已經由該補助案之計畫管理單位資策會同意，並無問題。
⒉原告所從事之「臨床試驗資訊系統應用計畫」其研究開發
費用分為對人事、設備費及程式開發費之不同項目，於預算分配時自始即已分立，該兩項支出也分別有自籌款及補助款之編列。因此，在人事及設備費用方面，原告本已依投資抵減辦法第7 條之規定，將當年度從事研究發展之人員薪資○○元（即自籌款），列為研究支出（而本項○年度並無政府補助款）。惟，就技術引進及委託研究費部份而言，因並非原告內部基於研究發展所作之支出，故原告將轉委託○○公司開發之費用自籌款部份進行資產化（即歸入無形資產），因此，就該費用之政府補助款部分，原告配合無形資產之認列，帳列為無形資產之減項，且未將此項無形資產本身之全額或攤提費用申請作為研發支出。因此，原告○○年度申報之研發支出僅有帳列人員薪資○○元，而無政府補助款之減列。
⒊依投資抵減辦法之立法意旨，適用投資抵減之支出，應以
公司本身為從事研究發展新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程等事項之支出為準，是則，原告就原補助計畫中關於技術引進及委託研究費部份之支出，因認為並非原告公司本身內部就發展所作之支出（自籌款）而予以資產化（即歸入無形資產），則就該費用相同性質之政府補助款○○元部份，自應與申請抵減所得稅之研發支出無關，而無須列為所申報之研發支出之減項。換言之，原告此種列帳方式，反而才是符合抵減辦法第
7 條之規範意旨。被告單方面僅以該項補助款○○元表面上是政府所提供的補助款，便無須斟酌其支出性質，一概核定為適用投資抵減稅額之研發支出的減項，顯然於法不合。
⒋然而，原告就○年度政府補助款係申報為臨床試驗資訊系
統（無形資產）之補助，帳列無形資產之減項，該無形資產之攤銷費用未列報研發投資抵減項目，被告於原核定逕列為研發費用之減項，於會計計算上顯有誤認。
⒌進一步言，實則本件當事人雙方均認為：政府輔助款不應
該列為研發費用之支出，但原告的作法是將該筆輔助款收入列入無形資產的減項，且原告就該項無形資產之攤銷費用，亦未列報申請為研發投資的抵減項目，也已經在申請復查時提出說明。但是，被告對原告這部份無形資產的減項的認列作法沒有取消，卻又直接在研發費用的減項中，再次扣除該筆輔助款，在復查中對於原告之認列無形資產的減項的作法也未說明是否贊同，訴願決定中，也沒有對於原告將該筆輔助款列為無形資產之減項表示否認之意見，顯然有重複扣除之虞。
㈢至於原告○年未分配盈餘之本年度准予抵減稅額部分，原告
在本院審理中已表明不在起訴範圍內。因此在言詞辯論時聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分關於免稅所得及投資抵減部分之規制性決定。
三、被告則以：㈠○年度營利事業所得稅－免稅所得部分：
⒈按行為時促進產業升級條例第9 條之2 第1 項第2 款規定
：「為健全經濟發展，並鼓勵製造業及其相關技術服務之投資，該等公司自91年1 月1 日起至92年12月31日止，新投資創立或增資擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：一、……二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5 年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。」次按獎勵辦法第2 條第1 項規定：
「本條例第9 條之2 第1 項所稱製造業，指從事物品製造或加工之公司。所稱製造業相關之技術服務業，指對製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨潔能源工程、資源回收、污染防治、工業用水再利用、溫室氣體排放量減量、智慧財產技術等服務之公司。……。」又按免稅所得計算要點第6 點第1 項第1 款規定：「公司非依前二點規定計算免稅所得額者，其免稅所得額得就下列公式擇一計算免稅所得額，一經選定，在該次投資計畫核准免稅期間內不得變更；核准免稅期間內，另有他次增資並採資本額及購置全新機器、設備、技術方式適用本條例第9 條新興重要策略性產業或本條例第9 條之2 製造業及其相關技術服務業之獎勵者，各次以資本額及購置全新機器、設備、技術方式適用新興重要策略性產業或本條例第9 條之2 之投資計畫，其免稅所得額計算公式，均須一致。（一）採全部機器設備技術比公式計算：免稅所得額＝〔全年所得額－免納或停徵所得稅之所得額－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益或（損失）〕×〔投資計畫之產品（勞務）收入淨額÷全部產品（勞務）收入淨額〕×機器設備技術比率×〔1 －委外加工比率〕……。
」⒉本件原告於○年○月○日經經濟部工業局核准增資擴展5
年免稅，選定自○年○月○日起連續5 年免徵營利事業所得稅，採用全部機器設備技術比公式計算免稅所得，○年度營利事業所得稅結算申報，列報免稅收入比99.34 ％（投資計畫之勞務收入淨額○○元÷營業收入淨額○○元）、機器設備技術比率92.74 ％及免稅所得○○元，被告查核以原告投資計畫之勞務收入淨額○○元中，對非製造業提供勞務收入○○元，不符免稅規定，核算免稅收入比為
80.99 ％〔（○○元－○○元）÷○○元〕及免稅所得為○○元。
⒊92年2 月6 日增定促進產業升級條例第9 條之2 之立法意
旨：「製造業係我國傳統產業之主要命脈之一，對地方產業發展有重要貢獻，為鼓勵業者投資，爰給予創立投資或擴充之業者得享自91年1 月1 日起至92年12月31日間免稅之優惠，以達成全面獎勵之目的。」是該條文明定，製造業及其相關技術服務業於前揭期間新投資創立或增資擴展，且經主管機關核准者，連續5 年內得免徵營利事業所得稅。所稱製造業，係指從事物品製造或加工之公司；所稱製造業相關之技術服務業，係指「對」製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨潔能源工程、資源回收等服務之公司，獎勵辦法第2 條規定甚明。從而，符合獎勵辦法所稱製造業或「對」製造業提供研究發展、設計、檢驗等服務之公司，新投資創立或增資擴展經核准者，方有連續5年免徵營利事業所得稅之適用。又免稅所得計算要點所規範者，以符合促進產業升級條例第9 條之2 及獎勵辦法第
2 條規定之公司為前提，此觀免稅所得計算要點第1 點規定：「符合促進產業升級條例（以下簡稱本條例）第9 條之2 暨獎勵辦法規定之公司，依本要點規定計算免稅所得額。」及第2 點規定：「……（二）免稅所得額：指符合獎勵辦法，經核准並完成投資計畫且依本要點計算之所得額。」甚明，是原告主張促進產業升級條例第9 條之2 、獎勵辦法第2條 及免稅所得計算要點第3 點規定，係就申請資格加以定義，並未對投資計畫之收入做出限制條件，亦無對銷售對象做出規定，及依投資計畫所購置之全新機器、設備或技術產出之所得均得免徵營利事業所得稅云云，顯有誤解。
⒋本件原告○年度列報投資計畫之勞務收入淨額○○元，其
中○○元（原查誤植為○○元）係對○○有限公司、國立○○大學醫學院、行政院原子能委員會核能研究所及財團法人○○等非屬獎勵辦法所稱之製造業提供服務之收入，依首揭規定，自無免徵營利事業所得稅之適用。又系爭免稅所得計算式中，「與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益」被告原核算為○○元（非營業收入總額○○元－非營業損失及費用總額○○元），經重行核算應為○○元〔（出售資產增益○○元＋兌換盈餘○○元）－（出售資產損失○○元＋兌換虧損○○元）〕，復查決定變更核定免稅收入比為81 .55％〔（○○元－○○元）÷○○元〕、免稅所得為○○元【〔全年所得額○○元－與經核准並完成之投資計畫產品（勞務）無關之非營業收益○○元〕×〔（投資計畫之產品（勞務）收入淨額○○元－對非製造業提供服務之收入○○元）÷全部產品（勞務）收入淨額○○元〕×〔機器設備比率（○○元÷○○元）〕×（1 －委外加工比0 ％）】及追認免稅所得○○元並無不合，原告再事爭執難謂有理由，本部分原處分（復查決定）請予維持。
⒌原告雖補充說明行政院原子能委員會核能研究所及財團法
人○○係屬製造業並提供經濟部商業司工廠登記資料查詢相關證明，惟獎勵辦法第2 條明定，所稱製造業相關之技術服務業，指對製造業提供研究發展、設計、檢驗、……等服務之公司，行政院原子能委員會核能研究所及財團法人生物技術開發中心非屬公司組織，即無獎勵辦法之適用，原告主張核無足採。
㈡○年度營利事業所得稅－研究與發展支出及可抵減稅額部分：
⒈按促進產業升級條例第6 條規定：「為促進產業升級需要
，……公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35％限度內，自當年度起5 年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；……前二項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額50％為限。……。第1 項及第2 項投資抵減之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序、施行期限、抵減率及其他相關事項，由行政院定之。……。」次按公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法（下稱投資抵減辦法）第2 條、第5 條第1 項及第7 條規定：「本辦法所稱研究與發展之支出，包括公司為研究新產品或新技術、改進生產技術、改進提供勞務技術及改善製程所支出之下列費用：一、……六、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。……九、其他經中央目的事業主管機關及財政部專案認定屬研究與發展之支出。前項第7 款所稱研究機構，包括政府之研究機構、準醫學中心以上之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。」、「公司投資於第2 條所稱研究與發展之支出，在同一課稅年度內得按30％抵減當年度應納營利事業所得稅額；……。」及「公司適用投資抵減稅額之研究與發展及人才培訓之支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。」⒉原告○年度營利事業所得稅結算申報，列報研究與發展支
出○○元及可抵減稅額○○元，被告查核以原告從事「臨床試驗資訊系統應用計畫」，○年度取得政府補助款○○元，大於列報之研究與發展支出，核定研究與發展支出○○元及可抵減稅額○○元。
⒊依審查要點附表項目壹、二、應檢附之證明文件規定，生
產單位改進生產技術或提供勞務技術之費用，應檢附生產單位改進技術或提供勞務技術之計畫及報告，以及改進「前」、「後」之生產程序對照、設計圖對照及各項成本及單位售價明細分析、改進「前」、「後」產能差異分析或改進「前」、「後」產品品質差異分析、單位成本、單位售價、全年銷售量及具體績效等相關資料。原告主張「臨床試驗資訊系統」係用以改進提供勞務技術，進而改善現有產品之生產程序及系統，惟未提示前開相關資料供核，參諸最高行政法院（89年7 月1 日改制前為行政法院）36年判字第16號判例：「當事人主張事實，須負舉證責任，倘其所提出之證據，不足為主張事實之證明，自不能認其主張之事實為真實。」意旨，主張核不足採。
⒋原告為執行經濟部技術處示範性科技應用計畫－「臨床試
驗資訊系統應用計畫」，委託○○公司開發客製化應用程式，該應用程式非屬抵減辦法所稱專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之範疇，又○○公司非屬研究機構，原告委託○○公司開發應用程式之支出復未經專案認定屬研究與發展之支出，依抵減辦法規定，該項支出不得列報為研究與發展之支出，從而原告未將前揭應用程式之攤提費用列報為研究與發展之支出，要無不合，原告主張攤提費用列為研究與發展之支出，方需減除系爭政府補助款乙節，顯有誤解。
⒌原告主張與資策會簽訂之「示範性資訊應用開發計畫」專
案契約書，該案補助款可區分為人事費、設備使用費、技術引進及委託研究費等3 項，其中屬技術引進及委託研究費，因未申報研發支出，該部分補助款不應列為研發支出之減項。惟由前揭契約書執行依據經濟部「促進企業開發產業技術辦法」等相關規定，該辦法係針對企業所從事之事項提供補助（詳該辦法第3 條規定）；補助金額亦以計畫總經費之比例提供，尚非就補助款會計科目逐項計算補助金額（詳該辦法第11條規定）。查本專案計畫經費（含營業稅）計○○元，其中資策會（甲方）代經濟部撥給原告（乙方）之補助專款為○○元。是以：
⑴本案補助款與研究發展支出屬同一專案，雖以不同會計
科目列示，依前揭抵減辦法第7 條規定，仍應全數自研究發展支出下減除。
⑵至原告於○年度營利事業所得稅事件相同案情，主張資
策會已查核認定該補助款之認列方式，惟依資策會查核報告書，其查核目的為檢驗是否符合計畫合約內容及本案資策承辦人員簽章認可之當期費用計算清表以及相關之規定，非針對原告研究發展支出及補助款帳列方式查核，其查核亦與原告結算申報列報研究發展支出無關。
⑶依促進產業升級條例第4 條及第6 條第4 項所定事項，
涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關會同相關主管機關辦理；又依促進企業開發產業技術辦法第1 、2 、3 條及第11條規定，主管機關為經濟部；補助金額係以計畫總經費之比例提供，應不超過審核通過計畫總經費之50％，已有明定。如以計畫中有未符合投資抵減之研究發展支出，而未將同一專案之補助款，自合於投資抵減之研究發展支出減除，則造成該案實際補助金額高於主管機關（經濟部）計畫補助之金額○○元，亦高於前揭升級條例之抵減範圍，有違促進產業升級條例第4 條第2 項規定，涉及各目的事業主管機關職掌者，由各目的事業主管機關會同相關主管機關辦理之意旨。且依抵減辦法第8 條規定，公司申報研究與發展及人才培訓之支出應檢附研究計畫及紀錄，足見同法第7 條「不包括政府補助款」，係以同一計畫論，亦為避免就同一專案，重複優惠，致逾主管機關獎勵範圍。
綜上所述，原告主張依該申報研究發展支出性質，應僅扣除相應之補助項目，容有誤解，並無足採。
⒍本件原告○年度取得政府補助款○○元，依首揭規定，應
自研究與發展之支出項下減列，原核定以原告取得政府補助款○○元大於所列報研究與發展支出○○元，核定研究與發展支出及可抵減稅額均為○○元並無違誤已如前述，原告再事爭執顯為無理由，本部分原處分請予維持。又系爭政府補助款原告自行沖減無形資產乙節，與本件爭點無涉，並無礙於本件之核定。原告將政府補助款○○元沖減無形資產，亦同額少列○年度之其他收入，核無原告所稱雙重減除情事，併予敘明。並聲明求為判決駁回原告之訴。
四、本院按：㈠本案爭點之確定：
針對原告○年度營利事業所得稅額之計算，兩造對如附表一所示之免稅或抵稅金額發生爭議，其中有關原告之申報數與被告之核定，與二者差異原因之簡要說明，均詳附表一之記載。
⒈其中就免稅所得額差異數○○元部分，計算公式詳附表二所示，至於形成差異之原因則是：
⑴原告就其提供予以下4 家組織勞務而取得之收入○○元
，認其屬「因原告投資於與製造業相關之技術服務業而增資擴展」所生之收入，依92年2 月6 日總統公布增訂之促進產業升級條例第9 條之2 第1 項第2 款之規定，屬免稅收入，因此應納入附表二所示計算公式中之「投資計畫產品( 勞務) 收入淨額」分子項目中，其金額共計為○○元。
①○○有限公司②國立○○大學醫學院③行政院原子能委員會核能研究所④財團法人○○⑵被告則認為，促進產業升級條例第9 條之2 第1 項第2
款規定所獎勵之增資擴展行為，若增資擴展者本身不是「製造業」，而只是「與製造業相關之技術服務業」者，則其增資擴展所新創產能必須提供予製造業者，才屬上開法規範之獎勵範圍，因此所生之對應收入才能納入計算公式中之「免稅收入」範圍（即上述計算公式之「投資計畫產品( 勞務) 收入淨額」分子項目）。而上述
4 家組織，本身不是受獎勵之製造業，因此上開○○元即不能計入上開計算公式之分子項目，扣除此筆金額後，該分子項目金額僅有○○元。
⑶對被告所持上開法律見解，原告則提出：「上開4 家組
織，本身即有工廠登記證，並實際從事生產活動，本質上仍屬製造業，故被告前開定性顯有錯誤」等法律意見，而爭執被告此部分核定之適法性。
⒉其中研究發展而可供抵減稅額之金額部分，形成差異之原因則如下述：
⑴被告將原告此部分申報之金額（研發支出○○元，對應
之抵稅金額則為○○元）全數剔除之理由為，原告當年度有之研發活動有取自政府之補助款○○元，已超過原告實際支付之金額，應該全數剔除。
⑵對此原告則爭執稱：
①其整個單一技術研發活動（名稱為「臨床試驗資訊系
統」）可以劃分為二個部分，一個部分是其自行投入之研發活動，而有對應之「人事費」與「設備使用費」支出，另一部分則是向外購入程式開發軟體以配合上開自行投入之研發活動，而對應之支出則是「程式開發費」。前者支出金額符合研發投資抵減規定，經被告審查確認後，可以抵減應納稅額，後者則不符合研發投資抵減規定，依法不得抵減應納稅額。
②而上開單一研發活動在事前有（透過資策會）向經濟
部申請補助，全部補助款上限○○萬元，並且在補助契約中明白約定，自籌款與補助款之比例為70.89%與
29.11%（換言之，原告之在該單一技術研發活動中至少要支付○○元，而經濟部最高補助○○萬元），且按研發活動支出之三種會計科目種類（即「人事費」「設備使用費」與「技術引進及委託研究費」）分別規定補助款上限，上開「程式開發費」在補助款上之屬性即是「技術引進及委託研究費」。
③本案原告於○年度自經濟部取得之前開○○元補助款
，乃是經濟部依補助契約之約定，對原告「向外購入程式」費用所為之補助，依性質上屬「技術引進及委託研究費」之補助款，與自行研發之費用支出毫無關連，而原告本年度申報研發支出○○元，基本上都是其自行投入研發活動所生之對應費用支出，可以享有免稅優惠。
㈡本院對上開爭點之判斷結論及其理由形成。
⒈免稅所得部分：
⑴經查對特定產業為稅捐優惠之法規範，基本上都有「
透過稅捐優惠手段促進產業發展」之功能性目標，而且此等法規範同時具備「量身打造」之特徵，多為國家行政部門與業者談判協商而得者，故此等法規範規範意旨之認知，自應尊重規範主管機關在立法過程中所表明之法律見解。另外當此等法規範之規範內容受限於立法技術過於抽象、概括，而需予以具體化時，其具體化之法規命令或行政規則內容，業者團體通常很多有參與意見之機會，事後應得法院之尊重。⑵而作為本案免稅依據之法規範為行為時促進產業升級
條例第9 條之2 第1 項第2 款之規定，其具體規定內容為：
為健全經濟發展，並鼓勵製造業及其相關技術服務之投資，該等公司自91年1 月1 日起至92年12月31日止，新投資創立或增資擴展，得依下列規定免徵營利事業所得稅：
一、……
二、屬增資擴展者，自新增設備開始作業或開始提供勞務之日起，連續5 年內就其新增所得，免徵營利事業所得稅。但以擴充獨立生產或服務單位或擴充主要生產或服務設備為限。
⑶上開法規範所稱之「相關技術服務」，依獎勵辦法第
2 條第1 項之規定，則限制在「對製造業提供研究發展、設計、檢驗、測試、改善製程、自動化或電子化工程、節約能源或利用新及淨潔能源工程、資源回收、污染防治、工業用水再利用、溫室氣體排放量減量、智慧財產技術等服務之公司」。
⑷而隱藏在以上規定內容背後之規範意旨則是：「上開
法規範乃是為促成製造業之發展，才兼及優惠製造業之支援產業」，因此若製造業支援產業之實際支援對象不是受獎勵之製造業，因該支援而創造之所得即無給予免稅優惠之理由。
⑸在此法理基礎下，由於○○有限公司、國立○○大學
醫學院、行政院原子能委員會核能研究所與財團法人○○等四個組織，並不是上開法規範所預計給予免稅優惠之製造業，因此不在上開獎勵範圍，被告不將原告此等服務所對應之收入計入免稅計算公式中，即無違誤。
⑹至於原告所稱：「國立○○大學醫學院、行政院原子
能委員會核能研究所及財團法人○○三個組織，實質上均有從事製造生產活動，並領有工廠登記證，應受屬製造業」一節，本院則認為：上開三個組織即使實際有從事製造活動之客觀事實，但因為其等組織具有公部門及公益色彩，其本身沒有製造業免稅優惠之適用（前開獎勵辦法第2 條第1 項之規定內容，特別將「製造業」定義為「從事物品製造或加工」之「公司」，明文排斥了政府設立之組織，即使該等組織有生產能力及事實，亦不認有獎勵必要），對其提供服務之相關產業所創造之營業收入，亦不在上開法規範之免稅範圍內，從而原告此等主張於法無據，亦無從推翻原處分此部分規制性決定之合法性。⒉研發投資抵減部分：
⑴此部分爭點，其說理模型之建立。
①按假設單一研究發展活動A ，其研發活動可以分為
向外購買技術但不受獎勵之A1活動，與利用取得之既有技術從事符合獎勵條件之A2研發活動。
②而該項A 研發活動受有政府之補貼，補助契約則有以下之約定內容：
A.該項A研發活動預計之全部費用為a。
B.而政府則補助A 研發活動之金額則是按照預估a金額之固定比例，計算而得b 金額。
C.特定事業在從事A 研發活動時，其支出之實際全部研發金額可能超過a 金額，但政府之補助款則以b為上限。
⑵此時若以政府補助是否分項補助為基準，將有以下二種後續發展模型可供說明。
①在第一種情形，假設b 補助款對補助內容不分項（
即沒有明白表明，補助對象之研發活動是A1或A2），特定事業可以自行決定如何運用b 補助款。在這樣的情況下，因為A1研發活動所生之a1支出不享有研發投資抵減優惠，而A2研發活動所生之a2支出在稅法上卻享有研發投資抵減優惠，則受補助之特定事業自然會將全部之b 補助款挹注在A1研發活動之a1支出項下，以增加研發投資抵減之金額；同樣的對立場相反之稅捐機關而言，自然也會認為b 之補助款全部用在挹注A2研發活動之a2支出。此時法院會從稅捐優惠之舉證責任分配角度及資訊不對稱之現實出發，認為應由主張抵減之企業證明b 補助款挹注對象之合理性基礎。
②但在第二種情形，如果b 補助款對補助對象有明白
之劃分（即在契約中預先表明，全部b 補助款中，補助A1研發活動之金額為b1，而補助A2研發活動之金額為b2），此時即可視特定事業補助款運用有無符合補助契約約定之標準，來決定a2金額中受政府補助，而在計算研發投資費用抵減稅額時應扣除之金額。
⑶在本案中，基於下述客觀事實，已可證明「原告此部
分投資抵減費用與政府補助款之關係，符合上開說理模型中之第二種情形」，且提出相關單據說明其當年度自政府取得之補助款全部用於挹注不享有研發投資抵減優惠之「程式開發費」支出，在此情況下，被告僅以其當年度受政府補助金額為○○元，超過原告實際支出之研發支出○○元，而在沒有經過實質審查之情況下，全數否准原告認列扺減稅額，卻忽略調查上開補助款之補助對象是否如原告所言，是補助不在研發投資扺減範圍之購入程式費用，與其申報之實際研發支出費用無關，即嫌率斷，而有重要事實未予合法調查之違法，且因此等事實之認定涉及研究發展行為之專業性及合理性，法院缺乏此等專業人才，故應撤銷原處分、復查決定及訴願決定此部分之規制性決定，發回被告機關依本院前開法律見解重為適法之處理。
①依原告提出之原證3 號「經濟部技術處『示範性資
訊應用開發計劃』專案契約書」附表一所示，原告與經濟部間簽立之補助契約對補助款之補助項目，有分項列明（分別為「人事費」、「設備使用費」及「技術引進費及委託研究費」，其中「技術引進費及委託研究費」之支出不可申報研發投資抵減），並列明補助最高上限金額。
②此外該補助計劃為跨期計劃，預計從○年起實施，
至○年○月完成，以3 個月為一期，進一步劃分為每個週期應投入之補助款金額。
③但原告未能如期執行，而拖至○年間才完成該計劃，因此才會在○年度還有此項計劃之費用支出。
④原告主張其申報上開研發費用支出是屬人事費及設
備使用費之支出，而自政府取得之補助款則是用於挹注「程式開發費」之支出，性質上屬上述「技術引進及委託研究費」之補助；且謂：「當期人事費及設備使用費之支出沒有自政府取得任何補助」等語，並提出相關會計單據為證。
⑤此時被告本應檢證原告取得政府補助款之總額是否
依前開補助契約之約定，分別用在可研發投資抵減與不可研發投資扺減之費用支出項目，不同項目有無違約超額使用補助款，即可確知原告主張之正確與否。
㈢總結以上所述，本件原處分有關免稅所得部分之規制性決
定並無違法，復查決定（追認○○元）、訴願決定遞予以維持，核皆無不合，原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。至於原處分有關研發投資抵減稅額部分之規制性決定尚有違誤，復查決定、訴願決定未予糾正，亦均有未合。原告訴請撤銷，為有理由，應予准許，爰將原處分（復查決定）及訴願決定此部分之規制性決定撤銷，發回被告機關依本院上開所示之法律見解重為適法之處分。
五、據上論結，本件原告之訴為一部有理由，一部無理由，依行政訴訟法第104 條、民事訴訟法第79條，判決如主文。中 華 民 國 99 年 9 月 9 日
臺北高等行政法院第六庭
審判長法 官 闕 銘 富
法 官 林 育 如法 官 帥 嘉 寶上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內，向本院提出上訴狀並表明上訴理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 99 年 9 月 9 日
書記官 李 承 翰